I SA/Bk 88/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Justyna Siemieniako, Sędziowie sędzia WSA Marcin Kojło (spr.), sędzia WSA Paweł Janusz Lewkowicz, Protokolant starszy sekretarz sądowy Renata Kryńska, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 6 maja 2026 r. sprawy ze skargi D. Sp. j. w . na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku z dnia 20 stycznia 2026 r. nr 2001-IEW.7010.1.2025 w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości i zobowiązania w podatku od towarów i usług wraz z odsetkami za zwłokę 1. uchyla zaskarżone postanowienie, 2. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku na rzecz skarżącej D. Sp. j. w B. kwotę 597 (słownie: pięćset dziewięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Postanowieniem z 26 września 2025 r. nr 2003-SER.7010.4402.2025 Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku (dalej: Naczelnik) zaliczył wpłatę D. Sp. j. w B. (dalej również jako: "spółka", "strona", "skarżąca") z 16 marca 2021 r. w wysokości 620.000 zł - na poczet zaległości podatkowej z tytułu podatku od towarów i usług za grudzień 2015 r. oraz styczeń, czerwiec, lipiec, sierpień i październik 2016 r. wraz z odsetkami za zwłokę a także na poczet zobowiązania w podatku od towarów i usług za marzec 2021 r. Spółka złożyła zażalenie na ww. postanowienie w części zaliczającej wpłatę z 16 marca 2021 r. na poczet odsetek od zaległości w podatku od towarów i usług za miesiące: grudzień 2015 r., styczeń, czerwiec, lipiec, sierpień oraz październik 2016 r. - naliczone za okresy: 1) od dnia 4 kwietnia 2019 r. do dnia 29 lipca 2020 r. (to jest od dnia wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie określenia zobowiązania podatkowego z tytułu podatku VAT za ww. miesiące do dnia doręczenia decyzji wymiarowej wydanej przez organ I instancji); 2) od dnia 3 października 2020 r. do dnia 13 marca 2021 r. (to jest od dnia następującego po wpłacie przez podatnika kwoty 580.041 zł do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego). Strona zarzuciła: 1) błędne przyjęcie, że do opóźnienia w wydaniu decyzji przez organ I oraz II instancji, względem terminów wskazanych w art. 54 § 1 pkt 3 i art. 54 § 1 pkt 7 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jednolity Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.), przyczyniła się strona, a także iż opóźnienie miało powstać z przyczyn niezależnych od organu; 2) pominięcie, iż od dnia wpłaty przez podatnika kwoty 580.041 zł do dnia jej zwrotu na rachunek bankowy podatnika nie można mówić o istnieniu zaległości podatkowej w podatku VAT. Postanowieniem z dnia 20 stycznia 2026 r. nr 2001-IEW.7010.1.2025, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku utrzymał mocy rozstrzygnięcie organu I instancji. Przedstawiając tok postępowania Dyrektor wskazał, że Naczelnik Podlaskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Białymstoku z 22 lipca 2020 r. nr 318000-CKK1-2.4103.5.2019.54 określił spółce m.in. zobowiązanie w podatku od towarów i usług za grudzień 2015 r. w wysokości 119.311 zł, w miejsce zadeklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na miesiąc następny w wysokości 166.149 zł. Ponadto, decyzją z 22 lipca 2020 r. nr 318000-CKK1-2.4103.6.2019.54 Naczelnik Podlaskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Białymstoku określił spółce m.in. zobowiązanie w podatku od towarów i usług za niżej wymienione miesiące: (-) za styczeń 2016 r. w wysokości 200.655 zł, w miejsce zadeklarowanego w wysokości 138.799 zł; (-) za czerwiec 2016 r. w wysokości 182.324 zł, w miejsce zadeklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc w wysokości 228.263 zł; (-) za lipiec 2016 r. w wysokości 8.127 zł, w miejsce zadeklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc w wysokości 282.159 zł; (-) za sierpień 2016 r. w wysokości 8.864 zł, w miejsce zadeklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc w wysokości 371.489 zł; (-) za październik 2016 r. w wysokości 467 zł, w miejsce zadeklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc w wysokości 584.446 zł. W dniu 4 sierpnia 2020 r. do Naczelnika PUCS wpłynęły odwołania spółki z 31 lipca 2020 r. od powyższych decyzji. W dniu 2 października 2020 r. spółka dokonała wpłaty tytułem podatku od towarów i usług za sierpień 2020 r. w wysokości 580.041.00 zł, pomimo że zobowiązanie podatkowe za ww. okres wygasło w całości wskutek zapłaty podatku 25 września 2020 r. w wysokości wykazanej w deklaracji VAT-7. tj. 272 883,00 zł (art. 59 § 1 pkt 1 o.p.). W związku z powyższym Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku wpłatę z 2 października 2020 r. w wysokości 580.041 zł zaliczył na poczet zaległości w podatku od towarów i usług wynikających z nieostatecznych decyzji Naczelnika PUCS z 22 lipca 2020 r. W dniu 16 grudnia 2020 r. do Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku wpłynął wniosek spółki z 11 grudnia 2020 r. o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za sierpień 2020 r. w kwocie 580.041 zł. W związku z powyższym nienależnie dokonana wpłata tytułem podatku VAT za sierpień 2020 r. w kwocie 580.041 zł została spółce zwrócona 12 stycznia 2021 r. W dniu 18 stycznia 2021 r. pełnomocnik spółki złożył do Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku pismo o rozstrzygnięcie wniosku podatnika z 11 grudnia 2020 r. o stwierdzenie nadpłaty w formie określonej przepisami ustawy Ordynacja podatkowa. Pismem z 1 lutego 2021 r. Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku poinformował, że zwrócona 12 stycznia 2021 r. kwota w wysokości 580.041 zł stanowi nadpłatę, zgodnie z art. 72 § 1 pkt. 1 o.p. jako nienależnie zapłacony podatek. Spółka 2 października 2020 r. dokonała zapłaty podatku od towarów i usług za sierpień 2020 r. w wysokości 580.041 zł, pomimo że zobowiązanie podatkowe za ww. okres wygasło w całości wskutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 o.p.). Zobowiązanie w podatku od towarów i usług za sierpień 2020 r. zostało opłacone 25 września 2020 r., w wysokości wykazanej w deklaracji VAT-7, tj. 272.883 zł. Pismem z 8 marca 2021 r pełnomocnik spółki złożył do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku ponaglenie, w którym zarzucił prowadzenie przez Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za sierpień 2020 r. w sposób przewlekły, z uchybieniem terminów wskazanych w Ordynacji podatkowej. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku, po rozpatrzeniu ponaglenia z 8 marca 2021 r. postanowieniem z 7 maja 2021 r. nr 2001-IOV.491.1.2021 uznał je za nieuzasadnione. Decyzją z 30 kwietnia 2021 r. 2003-SPV.4103.49.2021 Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku umorzył postępowanie podatkowe wszczęte wnioskiem z 11 grudnia 2020 r. zatytułowanym "o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiąc sierpień 2020 r. w kwocie 580.041,00 zł". Następnie, po rozpatrzeniu odwołań z 31 lipca 2020 r., Naczelnik PUCS w Białymstoku: - decyzją z 8 marca 2021 r. nr 318000-COP.4103.16.2021 utrzymał w mocy decyzję z 22 lipca 2020r. nr 318000-CKK1-2.4103.5.2019.54 w przedmiocie podatku od towarów i usług za sierpień, wrzesień, październik, listopad i grudzień 2015 r.; - decyzją z 8 marca 2021 r. nr 318000-COP.4103.17.2021 utrzymał w mocy decyzję z 22 lipca 2020 r. nr 318000-CKK 1-2.4103.6.2019.54 w przedmiocie podatku od towarów i usług za styczeń, luty, marzec, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad i grudzień 2016 r. W dniu 24 marca 2021 r. do Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku spółka złożyła deklarację dla podatku od towarów i usług za luty 2021 r. z wykazaną kwotą podatku podlegającego wpłacie do urzędu skarbowego w wysokości 144.680 zł. Dokonała też następujących wpłat za luty 2021 r.: (-) 16 marca 2021 r. - wpłata 620.000 zł, (-) 25 marca 2021 r. - wpłata 54.680 zł, (-) 25 marca 2021 r. - wpłata 90.000 zł. Organ uznał, że zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za luty 2021 r. wygasło w całości wskutek zapłaty podatku 25 marca 2021 r. w łącznej kwocie 144.680 zł. W wyniku czynności sprawdzających organ pierwszej instancji (Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego) ustalił, iż spółka posiadała zaległości w podatku od towarów i usług wynikające z ostatecznych decyzji Naczelnika PUCS w Białymstoku z 8 marca 2021 r. nr 318000-COP.4103.16.2021 i nr 318000-COP.4103.17.2021. Z uwagi na powyższe, Naczelnik postanowieniem z 30 kwietnia 2021 r. nr 2003-SER.7010.800.2021 wpłatę z 16 marca 2021 r. tytułem VAT za luty 2021 r. w wysokości 620.000 zł zaliczył, zgodnie z art. 62 § 1 o.p., na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za grudzień 2015 r., styczeń, czerwiec, lipiec, sierpień, październik 2016 r. oraz marzec 2021 r. Na ww. postanowienie Naczelnika, pełnomocnik spółki 11 maja 2021 r. złożył zażalenie. Dyrektor IAS, postanowieniem z 21 lipca 2021 r. nr 2001-IEW.7010.8.2021.3 uchylił postanowienie Naczelnika z 30 kwietnia 2021 r. w części zaliczającej wpłatę z 16 marca 2021 r. w wysokości 620.000 zł na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za grudzień 2015 r., styczeń, czerwiec, lipiec, sierpień, październik 2016 r. wraz z odsetkami za zwłokę i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi pierwszej instancji. Organ II instancji dostrzegł, że opisane decyzje Naczelnika PUCS w Białymstoku z 22 lipca 2020 r. były poprzedzone postępowaniem podatkowym trwającym powyżej trzech miesięcy. Natomiast postępowanie odwoławcze od ww. decyzji nie zostało zakończone w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3 o.p., co oznacza, że Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku powinien z urzędu przeprowadzić postępowanie celem ustalenia przyczyn przedłużenia postępowania podatkowego prowadzonego przez organ I i II instancji i ewentualnego zaistnienia przesłanki do nienaliczania odsetek za zwłokę. Na ww. postanowienie Dyrektora, pełnomocnik spółki wniósł skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku. Wyrokiem z dnia 8 grudnia 2021 r. sygn. akt I SA/Bk 490/21 sąd skargę oddalił. Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 13 maja 2025 r. sygn. akt I FSK 477/22 oddalił skargę kasacyjną wniesioną przez spółkę. Akta sprawy zaliczenia wpłaty spółki wraz z kserokopią prawomocnego wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku z 8 grudnia 2021 r. zostały zwrócone do organu I instancji 26 sierpnia 2025 r. celem ponownego rozpatrzenia sprawy, który wydał w dniu 26 września 2025 r. wymienione na wstępie postanowienie. Rozpatrując zażalenie spółki, Dyrektor IAS w zaskarżonym aktualnie do sądu postanowieniu podzielił stanowisko Naczelnika, że w przedmiotowej sprawie nie wystąpiły okoliczności, o których mowa w art. 54 § 1 pkt 3 o.p., skutkujące nienaliczaniem odsetek za zwłokę za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 139 § 3, do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego, jeżeli decyzja organu odwoławczego nie została wydana w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3 oraz w art. 54 § 1 pkt 7 o.p. – za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. W ocenie Dyrektora, bezspornym jest, że postępowania podatkowe prowadzone przez Naczelnika PUCS w zakresie podatku od towarów i usług za miesiące od sierpnia do grudnia 2015 r. oraz za miesiące od stycznia do października 2016 r. nie zostały zakończone w terminie trzech miesięcy od dnia ich wszczęcia. Jednakże niezakończenie ww. postępowań w terminie nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu podatkowego, co znajduje potwierdzenie w przebiegu postępowań udokumentowanych w aktach sprawy, w których przeprowadzono szereg uzasadnionych okolicznościami sprawy czynności, istotnie wpływających na czas trwania postępowań. Naczelnik w skarżonym postanowieniu w Tabeli nr 1, zaprezentował chronologiczne zestawienie podjętych czynności wytworzonych i otrzymanych dokumentów w postępowaniach I i II instancji zakończonych wydaniem decyzji Naczelnika PUCS z 8 marca 2021 r. utrzymujących w mocy decyzje Naczelnika PUCS z 22 lipca 2020 r. Dyrektor zauważył, że spis akt zawiera wyłącznie wyszczególnienie wytworzonych dokumentów oraz wpływającej w sprawie korespondencji. Zatem daty wskazane jako daty sporządzenia dowodów nie są tożsame z terminami wykonywania poszczególnych czynności. Przeprowadzone wobec spółki postępowania podatkowe obejmowały zagadnienia o szczególnie złożonym charakterze, wymagające analizy obszernego materiału dowodowego w celu odtworzenia przebiegu transakcji i ustalenia roli podatnika w procederze wyłudzenia podatku od towarów i usług. Rzetelne przeprowadzenie postępowania oraz zgromadzenie wystarczającego materiału dowodowego pozwoliło na wykazanie świadomego udziału spółki w oszustwach podatkowych. Odnosząc się do poszczególnych stwierdzeń zażalenia spółki organ II instancji wskazał, że w okresie od dnia wydania postanowienia o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe do dnia podjęcia przez organ pierwszych czynności (upłynął miesiąc), organ I instancji analizował zebrany materiał dowodowy w związku z wniesioną przez stronę odpowiedzią na wynik kontroli oraz przygotowywał projekt protokołu badania ksiąg. W wyniku realizacji ww. czynności wystąpiła konieczność podjęcia kolejnych czynności dowodowych, a co za tym idzie, przygotowywano pisma kierowane do kontrahentów, wystąpienia do innych organów podatkowych oraz Policji celem ustalenia aktualnych adresów kontrahentów spółki. W ocenie Dyrektora niezasadny jest zarzut, że od dnia zgłoszenia przez pełnomocnika wniosków dowodowych o dokonanie przesłuchań strony oraz świadków do dnia wysłania wezwań na przesłuchanie upłynęły dwa tygodnie, a terminy przesłuchań zostały wyznaczone na miesiąc od dnia wezwania. Strona bowiem, poza ww. wnioskiem wniosła o przeprowadzenie innych dowodów i czynności. Organ realizując wniesione wnioski musiał dokonać ich analizy, aby ocenić ich zasadność. Mając na uwadze, ze organ uznał je za zasadne, wezwania zostały wysłane w terminie dwóch tygodni. Natomiast wyznaczony termin przesłuchania obejmuje terminy proceduralne związane z tą czynnością oraz czas potrzebny operatorowi pocztowemu na ich dostarczenie. Zdaniem Dyrektora niezrozumiałym jest twierdzenie pełnomocnika, ze dopiero 5 stycznia 2020 r., a więc dziewięć miesięcy po wszczęciu postępowania organ wezwał podatnika do przedstawienia korespondencji handlowej z białoruskimi kontrahentami, M.S. i P. sp. z o.o., gdzie powinna być to jedna z pierwszych czynności organu w ramach postępowania. W tym zakresie Dyrektor wskazał, że w ramach prowadzonej kontroli celno-skarbowej już w pierwszym wezwaniu do złożenia wyjaśnień z 26 września 2017 r., skierowane zostało pytanie do strony o podanie informacji dotyczących realizowanych transakcji kupna-sprzedaży w zakresie dostawców i odbiorców. Udzielając odpowiedzi na to wezwanie strona nie przedłożyła żadnych dokumentów zawierających korespondencję z kontrahentami. Ponadto, przez cały okres prowadzenia kontroli strona, mogła wnieść dodatkowe dowody mogące mieć wpływ na rozstrzygnięcie sprawy, czego nie zrobiła. Zdaniem Dyrektora niezasadny jest zarzut, że ponad miesiąc trwało rozpatrywanie wniosku strony o przeprowadzenie dowodu z ksiąg rachunkowych (wniosek zgłoszony 10 grudnia 2019 r.). Z akt sprawy wynika, iż nie był to jedyny wniosek wniesiony przez stronę. Strona wniosła, również wniosek o zapoznanie się z aktami sprawy, których jawność została w całości wyłączona. 10 stycznia 2020 r. wydano postanowienie o odmowie przeprowadzenia dowodu z ksiąg rachunkowych. W celu udostępnienia stronie wyłączonych dowodów przeprowadzono ich częściową anonimizację, która wymagała szczegółowej analizy każdego wyłączonego z akt dokumentu, w celu zidentyfikowania danych wymagających ograniczenia jawności. Powyższe czynności obejmowały szereg pism oraz obszernych protokołów kontroli i decyzji wydanych w ramach kontroli i postępowań prowadzonych u kontrahentów spółki oraz ich dostawców występujących w łańcuchu dostaw. Anonimizacja ww. dokumentów (13 decyzji oraz wyników, protokoły przesłuchań, dodatkowe dokumenty przesłane przez inne organy) ze względu na ich obszerność była bardzo pracochłonna, a tym samym wymagała dodatkowego czasu na prawidłowe jej wykonanie. Postanowieniem z 3 marca 2020 r. włączone zostały zanonimizowane dokumenty, których jawność została wyłączona uprzednio postanowieniami. Dalej organ odniósł się do twierdzeń, że "od rozstrzygnięcia zażaleń dotyczących postanowień w przedmiocie umożliwienia zapoznania się z dokumentami, których jawność została wyłączona do dnia wydania decyzji wymiarowej upłynęły ponad trzy tygodnie, przy czym już 03.03.2020 roku organ I instancji wydał ostatnie postanowienie o wyznaczeniu stronie terminu na wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału dowodowego, a dalszych czynności dowodowych nie podejmowano". Dyrektor wskazał, że w tym okresie strona wypowiedziała się w sprawie zebranego materiału dowodowego oraz złożyła zażalenia na postanowienia w przedmiocie umożliwienia zapoznania się z dokumentami, których jawność została wyłączona. Po rozpatrzeniu wniosków strony, Naczelnik PUCS 3 marca 2020 r. wydał postanowienie w przedmiocie wyznaczenia stronie 7-dniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Pełnomocnik pismem z 23 marca 2020 r. wypowiedział się w zakresie zebranego materiału dowodowego, stwierdzając również, że wydanie przez organ postanowienia o wyznaczeniu 7-dniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego, z uwagi na trwające postępowanie w przedmiocie odmowy udzielenia stronie możliwości zapoznania się z dokumentami w trybie art. 179 §1 i 2 o.p., jest przedwczesne. 23 marca 2020 r. strona złożyła zażalenia na postanowienia w przedmiocie umożliwienia zapoznania się z dokumentami, których jawność została wyłączona. Naczelnik PUCS 7 kwietnia 2020 r. ustosunkował się do zarzutów przedstawionych w zażaleniu. Równocześnie sporządzany byt projekt decyzji wymiarowej. Zgromadzony obszerny materiał dowodowy, a tym samym jego analiza celem prawidłowej oceny, miały wpływ na wydłużenie czasu niezbędnego do wydania decyzji. Następnie Dyrektor wskazał, że Naczelnik PUCS 4 kwietnia 2019 r. wydał postanowienia (doręczone 5 kwietnia 2019 r.) o przekształceniu kontroli celno-skarbowych w postępowania podatkowe. 6 maja 2019 r. skierował wezwania do kontrahentów strony – M.S. i P. Sp. z o.o. - o udzielenie wyjaśnień i przedłożenie dokumentów dotyczących współpracy ze stroną (wezwania wróciły 27 maja 2019 r. jako nieodebrane). W tym okresie analizował zebrany materiał dowodowy w związku z wniesioną przez stronę odpowiedzią na wynik kontroli oraz przygotowywał projekt protokołu badania ksiąg. W wyniku realizacji ww. czynności wystąpiła konieczność podjęcia kolejnych czynności dowodowych, a co za tym idzie, przygotowywanie pism kierowanych do kontrahentów, wystąpienia do innych organów podatkowych (np. Naczelnika Urzędu Skarbowego Warszawa-Targówek, Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście), do Komendanta Komisariatu Policji Warszawa Białołęka (21 czerwca 2019 r.) celem ustalenia aktualnych adresów kontrahentów spółki. Postanowieniem z 5 czerwca 2019 r. został wyznaczony nowy termin zakończenia postępowania podatkowego. Przeprowadzone w toku postępowania podatkowego czynności, udokumentowane zostały protokołem badania ksiąg podatkowych z 2 sierpnia 2019 r. (data doręczenia: 20 sierpnia 2019 r.). Postanowieniem z 5 sierpnia 2019 r. został wyznaczony nowy termin zakończenia postępowania podatkowego. Pismem z 3 września 2019 r. pełnomocnik wniósł zastrzeżenia do protokołu badania ksiąg oraz o przeprowadzenie dowodów i czynności, takich jak: "zwrócenie się do E. Sp. z o. o. o wskazanie czy M.S. lub P. Sp. z o. o. wynajmowali powierzchnię handlową (wysłano pismo do spółki – 12 września 2019 r.); przeprowadzenie dowodu wydruku ze strony internetowej Krajowego Rejestru Długów na okoliczność sprawdzenia podatnika, czy M.S. figuruje w rejestrze dłużników; przeprowadzenia dowodu z ksiąg rachunkowych i dokumentacji źródłowej D. Sp. j. będącej podstawą zapisów w księgach rachunkowych na okoliczność ustalenia przedmiotu działalności gospodarczej faktycznie wykonywanej przez D. Sp. j. w okresie od dnia jej powstania do końca 2016 r.; o ponowne przesłuchanie Pana J.K. (wcześniej przesłuchiwany 6 lutego 2019 r.), świadków - Pana B.F., Pana K.M. (wcześniej przesłuchiwany 6 lutego 2018 r., 27 marca 2018 r.). Dyrektor wyjaśnił, że organ I instancji realizując wnioski musiał dokonać ich analizy, aby ocenie ich zasadność. Wezwania zostały wysłane w terminie dwóch tygodni, tj. 16 września 2019 r. Natomiast wyznaczony termin przesłuchania obejmował terminy proceduralne związane z tą czynnością oraz czas potrzebny operatorowi pocztowemu na ich dostarczenie. Następnie Dyrektor wskazał, że postanowieniem z 2 października 2019 r. został wyznaczony nowy termin zakończenia postępowania podatkowego. Postanowieniem Naczelnika PUCS z 22 listopada 2019 r. doręczonym 29 listopada 2019 r. wyznaczono stronie 7-dniowy termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Pełnomocnik, pismem z 6 grudnia 2019 r. wypowiedział się w zakresie zebranego materiału dowodowego, wniósł o przeprowadzenie dowodów i czynności, takich jak: przeprowadzenia dowodu z ksiąg rachunkowych i dokumentacji źródłowej D. Sp. j. będącej podstawą zapisów w księgach rachunkowych na okoliczność ustalenia przedmiotu działalności gospodarczej faktycznie wykonywanej przez D. Sp. j. w okresie od dnia jej powstania do końca 2016 r.; oraz o umożliwienie stronie zapoznania się z aktami sprawy oraz sporządzania kopii dokumentów, których jawność została wyłączona postanowieniami Naczelnika PUCS z 29.01.i 23.11.2018 r. oraz z 26.01.2019 r. 5 stycznia 2020 r. wezwano podatnika do przedstawienia korespondencji handlowej z białoruskimi kontrahentami, M.S. i P. sp. z o. o. 10 stycznia 2020 roku Naczelnik PUCS wydał postanowienie o odmowie przeprowadzenia dowodu z ksiąg rachunkowych. Postanowieniem z 3 marca 2020 r. włączył zanonimizowane dokumenty, których jawność została wyłączona uprzednio postanowieniami. 23 marca 2020 r. pełnomocnik złożył zażalenie na postanowienia w przedmiocie umożliwienia zapoznania się z dokumentami, których jawność została wyłączona. 7 kwietnia 2020 r. organ I instancji ustosunkował się do zarzutów zażalenia. Równocześnie sporządzany był projekt decyzji wymiarowej. Organ odwoławczy postanowieniem z dnia 29 czerwca 2020 r. utrzymał zaskarżone postanowienie w mocy. 22 lipca 2020 r. Naczelnik PUCS wydał decyzje w zakresie podatku od towarów i usług za sierpień, wrzesień, październik, listopad, grudzień 2015 r. oraz za styczeń, luty, marzec, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik 2016 r. Zdaniem Dyrektora, przedstawiona chronologia wydarzeń w postępowaniu podatkowym pozwala stwierdzić, iż organ nie dopuścił się bezczynności, nie przyczynił się tym samym do opóźnienia w wydaniu decyzji wymiarowych. Za bezpodstawny Dyrektor uznał zarzut, iż" w ramach postępowania odwoławczego nie podjęto żadnych czynności dowodowych, a wnioski dowodowe zgłoszone w odwołaniu przez podatnika rozpoznano dopiero po upływie ponad pięciu miesięcy od uzupełnienia braków formalnych odwołania (21.09.2020 roku), to jest w dniu wydania decyzji oddalającej odwołanie (08.03.2021r.)". Pełnomocnik składając 31 lipca 2020 r. odwołanie zaskarżył decyzje organu I instancji oraz 5 postanowień Naczelnika PUCS. Z uwagi na to, ze odwołanie nie spełniało wymogów formalnych strona została wezwana do ich uzupełnienia. Pismem z 21 września 2020 roku - "uzupełnienie braków odwołania" pełnomocnik zaskarżył decyzje i postanowienia w całości, wniósł o przeprowadzenie dowodów zawartych w pięciu punktach. Organ wydał postanowienia o odmowie ich przeprowadzenia. Postanowieniem z 10 listopada 2020 r. Naczelnik PUCS wyznaczył stronie termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego (doręczone 23 listopada 2020 r.). Pełnomocnik pismem z 15 października 2020 r. złożył wniosek o dopuszczenie dowodu z dwudziestu dokumentów, które zostały wymienione w decyzji organu odwoławczego z 8 marca 2021 r. Dokumenty te stanowiły materiał dowodowy sprawy i zostały poddane ocenie w decyzji organu odwoławczego. Organ odwoławczy, wbrew twierdzeniom pełnomocnika, podejmował inne czynności dowodowe, takie jak korespondencja z innymi organami, np. z Naczelnikiem Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku z 20 listopada 2020 r., z 16 grudnia 2020 r. (e-mail), 15 stycznia 2021 r. (e-mail), w toku postępowania zbierano materiały dowodowe, wydruki z KRS z 18 listopada 2020 r., 20 listopada 2020 r. (x3), 26 listopada 2020 r., 22 lutego 2021 r.; wydruki z rejestru podmiotów VAT z 27 listopada 2020 r. i z 8 grudnia 2020 r. W trakcie postępowania podatkowego analizowano m.in. dokumenty TAX FREE i stwierdzono, że spółka dokonywała sprzedaży podróżnym z Białorusi w ramach procedury TAX FREE. Analiza zgromadzonego obszernego materiału dowodowego pozwoliła na wskazanie łańcucha podmiotów wystawiających faktury. 8 marca 2021 r. Naczelnik PUCS wydał decyzję utrzymujące w mocy decyzje organu I instancji z 22 lipca 2020 r. Wobec powyższego, zdaniem Dyrektora w sprawie nie wystąpiły okoliczności, o których mowa w 54 § 1 pkt 3 i art. 54 § 1 pkt 7 o.p., skutkujące nienaliczaniem odsetek za zwłokę, a opóźnienie w wydaniu decyzji przez organ I instancji jak i II instancji powstało z przyczyn niezależnych od organu. Za niezasadny Dyrektor uznał zarzut "pominięcia, iż od dnia wpłaty przez podatnika kwoty 580.041 zł do dnia jej zwrotu na rachunek bankowy podatnika nie można mówić o istnieniu zaległości podatkowej w podatku VAT". Dyrektor zauważył, że wygaśnięcie zaległości wynikających z ostatecznych decyzji Naczelnika PUCS z 8 marca 2021 r. w podatku VAT za poszczególne okresy rozliczeniowe za 2015 -2016 r. nie nastąpiło wskutek wpłaty z 2 października 2020 r. w kwocie 580.041 zł. Pełnomocnik powołał się na pismo Naczelnika z 20 listopada 2020 r., skierowane do Naczelnika PUCS. Na dzień udzielenia odpowiedzi, Naczelnik stwierdził, że zobowiązanie określone w decyzjach z 22 lipca 2020 r. wygasło. Dyrektor zauważył jednak, że 2 października 2020 r. spółka dokonała wpłaty tytułem podatku od towarów i usług za sierpień 2020 r., pomimo, że zobowiązanie podatkowe za ww. okres wygasło w całości na skutek zapłaty podatku 25 września 2020 r. w wysokości wskazanej w deklaracji VAT-7, t.j. 272 883 zł. W związku z powyższym Naczelnik wpłatę z 2 października w wysokości 580.041 zł zaliczył na poczet nieostatecznych decyzji Naczelnika PUCS z 22 lipca 2020 r. Jednakże 16 grudnia 2020 r. wpłynął do Naczelnika wniosek strony z 11 grudnia 2020 r. o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiąc sierpień 2020 r. w kwocie 580.041,00 zł. Ponieważ tytuł wpłaty nie wskazywał na dobrowolne wykonanie nieostatecznych decyzji, jak też nie było wniosku o jej zaliczenie, Naczelnik nienależnie dokonaną wpłatę tytułem VAT za sierpień 2020 r. zwrócił na rachunek bankowy spółki 12 stycznia 2021 r. W ocenie Dyrektora, odnośnie wpłaty kwoty 580.041,00 zł z 12 października 2020 r. nie można mówić o dobrowolnym wykonaniu decyzji, bowiem miała ona status decyzji nieostatecznej. Naczelnik nie mógł podjąć czynności prowadzących do wykonania nieostatecznej decyzji wbrew woli podatnika. Decyzję nieostateczną można wykonać tylko wówczas gdy decyzji zostanie nadany rygor natychmiastowej wykonalności bądź też gdy podatnik dobrowolnie wpłaci na jej poczet lub złoży wniosek o zaliczenie wpłaty. W tym przypadku takie sytuacje nie miały miejsca. Stąd też, nienaliczanie odsetek jak wskazuje pełnomocnik "od dnia 3 października 2020 r. (t. j. od dnia następującego po dniu, w którym podatnik dokonał wpłaty kwoty 580.041 zł tytułem podatku VAT, pokrywając tym samym istniejące zaległości podatkowe) do dnia 12 stycznia 2021 r., kiedy to kwota została zwrócona podatnikowi w efekcie złożonego wniosku o stwierdzenie nadpłaty", nie ma zastosowania w sprawie zaliczenia wpłaty z 16 marca 2021 r. w kwocie 620.000,00 zł i naliczonych odsetek od zaległości podatkowych w podatku od towarów i usług na poczet decyzji ostatecznych Naczelnika PUCS. Nie godząc się z takim rozstrzygnięciem spółka wywiodła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku. Pełnomocnik spółki zaskarżył postanowienie Dyrektora z 20 stycznia 2026 r. w całości, zarzucając naruszenie: 1) art. 121 w zw. z art. 187 § 1 w zw. z art. 191 o.p., poprzez przekroczenie zasady swobodnej oceny dowodów, a to przyjęcie, iż w sytuacji, w której: a) postępowanie podatkowe poprzedzone było trwającą 23 miesiące kontrolą celno-skarbową; b) od dnia wydania postanowienia o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe (4 kwietnia 2019 r.) do dnia wystosowania wezwania do M.S. i P. sp. z o.o. (06 maja 2019 r.) upłynął jeden miesiąc; c) od dnia zwrotu wezwań wskazanych powyżej (27 maja 2019 r.) do dnia wystąpienia do odpowiednich urzędów w celu ustalenia aktualnych adresów M.S. i P. sp. z o.o. (21-25 czerwca 2019 r.) upłynął jeden miesiąc; d) od dnia zgłoszenia wniosków dowodowych o przesłuchanie strony (J.K.) i świadków (BF., K.M.) przez pełnomocnika podatnika (3 września 2019 r.) do dnia wystania wezwania na przesłuchanie (16 września 2019 r.) upłynęły dwa tygodnie; e) cztery miesiące upłynęły od wszczęcia postępowania do sporządzenia protokołu badania ksiąg podatkowych; f) dopiero 5 stycznia 2020 r., a więc dziewięć miesięcy po wszczęciu postępowania (i prawie dwa i pół roku od wszczęcia kontroli celno-skarbowej) organ I instancji wezwał podatnika do przedstawienia korespondencji handlowej z białoruskimi kontrahentami, M.S. i P. sp. z o.o., gdzie powinna być to jedna z pierwszych, jeśli nie pierwsza czynność organu w ramach postępowania; g) ponad miesiąc trwało rozpoznanie wniosku o przeprowadzenie dowodu z ksiąg rachunkowych (wniosek zgłoszony dnia 10 grudnia 2019 r. został rozpoznany postanowieniem z dnia 10 stycznia 2020 r.); h) od rozstrzygnięcia zażaleń dotyczących postanowień w przedmiocie umożliwienia zapoznania się z dokumentami, których jawność została wyłączona (29 czerwca 2020 r.) do dnia wydania decyzji wymiarowej upłynęły ponad trzy tygodnie, przy czym już 3 marca organ I instancji wydal ostatnie postanowienie o wyznaczeniu stronie terminu na wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału dowodowego, a dalszych czynności dowodowych nie podejmowano; i) podjęte na etapie postępowania odwoławczego czynności dowodowe ograniczyły się do wysłania jednego pisma i dwóch wiadomości e-mail do innego organu oraz sporządzenia 6 wydruków z KRS i dwóch wydruków z rejestru VAT; j) wnioski dowodowe zgłoszone w odwołaniu przez podatnika rozpoznano dopiero po upływie ponad pięciu miesięcy od uzupełnienia braków formalnych odwołania (21 września 2020 r.), to jest w dniu wydania decyzji oddalającej odwołanie (8 marca 2021 r.); - niezachowanie 3-miesięcznego terminu na wydanie decyzji w ramach postępowań w I i II instancji nastąpiło z przyczyn niezależnych od organów. 2) art. 54 § 2 o.p. poprzez pominięcie, że rolą organu jest takie planowanie poszczególnych czynności aby postępowanie podatkowe było prowadzone w sposób sprawny i efektywny, a tym sam fakt, iż w ramach postępowań należy przeprowadzić kilkanaście lub nawet kilkadziesiąt czynności (w tym na wniosek podatnika) nie może być same w sobie podstawą do uznania, iż opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu; 3) art. 62 § 1 oraz art. 76 § 1 o.p. poprzez pominięcie, że dokonane przez podatnika wpłaty i powstałe nadpłaty podlegają z urzędu (z mocy prawa) zaliczeniu na poczet zaległości podatkowych, a tym od dnia wpłaty przez podatnika kwoty 580.041 zł do dnia jej zwrotu przez organ nie istniała zaległość podatkowa, od której można by naliczać odsetki. Wskazując na powyższe autor skargi wniósł o uchylenie zaskarżonego postanowienia i zasądzenie na rzecz skarżącej kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych. Odpowiadając na skargę organ wniósł o jej oddalenie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku zważył, co następuje. Skarga zasługuje na uwzględnienie, choć nie wszystkie jej zarzuty okazały się zasadne. Przedmiotem sporu jest prawidłowość zaliczenia przez organ – w oparciu o art. 62 § 1 o.p. – dokonanej przez skarżącą spółkę 16 marca 2021 r. wpłaty kwoty 620.000 zł na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za grudzień 2015 r. oraz za styczeń, czerwiec, lipiec, sierpień i październik 2016 r. wraz z odsetkami za zwłokę. Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku zaliczając ww. wpłatę na poczet wymienionych zaległości uczynił to po ponownym rozpatrzeniu sprawy, na skutek rozstrzygnięcia Dyrektora Izby Administracji Skarbowej eliminującego z obrotu prawnego wcześniej wydane postanowienie w tym temacie z uwagi na konieczność przeprowadzenia postępowania celem ustalenia przyczyn przedłużenia postępowania podatkowego prowadzonego przez organy obu instancji i ewentualnego zaistnienia przesłanki do nienaliczania odsetek za zwłokę. Decyzja kasacyjna organu II instancji kontrolowana była przez WSA w Białymstoku, który wyrokiem w sprawie I SA/Bk 490/21 oddalił skargę spółki. NSA wyrokiem z dnia 13 maja 2025 r. sygn. akt I FSK 477/22 oddalił skargę kasacyjną spółki. W zaakcentowanym spornym aspekcie spółka formułuje dwie główne grupy zarzutów. Z jednej strony kwestionuje pogląd organu, że nie wystąpiły okoliczności skutkujące nienaliczaniem odsetek za zwłokę, o których mowa w art. 54 § 1 pkt 3 i 7 o.p. Poza tym, nawiązując do wpłaty kwoty 580.041 zł dokonanej 2 października 2020 r., jest zdania, że od dnia 3 października 2020 r. do dnia 12 stycznia 2021 r., kiedy to Naczelnik zwrócił podatnikowi wpłaconą kwotę nie istniała zaległość, od której można by naliczać odsetki za zwłokę, a organ dysponował środkami podatnika w wysokości odpowiadającej zaległości stwierdzonej decyzjami wymiarowymi. Zdaniem skarżącej, fakt zaliczenia wpłaty i wygaśnięcia zaległości podatkowych został potwierdzony przez Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku w piśmie z dnia 20 listopada 2020 r. skierowanym do Naczelnika Podlaskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Białymstoku. Zdaniem sądu nie doszło do naruszenia art. 62 § 1 oraz art. 76 § 1 o.p., upatrywanego przez autora skargi w pominięciu, że dokonane przez podatnika wpłaty i powstałe nadpłaty podlegają z urzędu (z mocy prawa) zaliczeniu na poczet zaległości podatkowych, a tym od dnia wpłaty przez podatnika kwoty 580.041 zł do dnia jej zwrotu przez organ nie istniała zaległość podatkowa, od której można by naliczać odsetki. Zgodnie z art. 62 § 1 o.p., jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku zgodnie ze wskazaniem podatnika, a w przypadku braku takiego wskazania - na poczet zobowiązania podatkowego o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zobowiązań podatkowych podatnika. W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe, których termin płatności upłynął, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności we wskazanym przez podatnika podatku, a w przypadku braku takiego wskazania lub braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku - na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych podatnika. Zgodnie zaś z powoływanym w skardze art. 76 § 1 o.p. nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Z faktu, że nadpłaty podlegają z urzędu zaliczeniu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami, nie można wywodzić, że zaliczenie takie nastąpi również w takiej sytuacji, gdy zobowiązania podatkowe czy zaległości podatkowe wynikają z decyzji, która nie jest ostateczna. Zgodnie z art. 239a o.p. decyzja nieostateczna, nakładająca na stronę obowiązek podlegający wykonaniu w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji, nie podlega wykonaniu, chyba że decyzji nadano rygor natychmiastowej wykonalności. W orzecznictwie sądów administracyjnych uznaje się za niedopuszczalne wykonanie przez organ jakichkolwiek czynności, które wbrew woli podatnika prowadzą do skutku równoważnego z wykonaniem nieostatecznej decyzji podatkowej. Decyzja taka nie może stanowić podstawy do podjęcia jakichkolwiek czynności zmierzających do wygaśnięcia zobowiązania podatkowego (zob. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z 30 czerwca 2011 r. sygn. akt II FSK 2675/10, z 25 października 2012 r. sygn. akt II FSK 625/11). Uznaje się bowiem, że art. 239a o.p. odnosi się do wszystkich sposobów realizacji obowiązków wynikających z wydanej decyzji nieostatecznej, a nie tylko wykonywanych w ramach egzekucji administracyjnej (wyrok z 28 maja 2015 r. sygn. akt II FSK 1904/13). Zauważa się, że art. 239a o.p. stwierdza wyłącznie, że decyzja nieostateczna (spełniająca określony warunek, tzn. nadająca się do egzekucji) nie podlega wykonaniu. Wskutek takiego sformułowania przepis art. 239a o.p. dotyczy wyłącznie tych decyzji nieostatecznych, które nakładają obowiązek podlegający wykonaniu w trybie egzekucyjnym, stanowiąc, że decyzje takie nie podlegają wykonaniu. Sposobu, w jaki wspomniane decyzje nie mogą być wykonane ustawa już expressis verbis nie określa. W orzecznictwie przyjmuje się, że "wykonanie decyzji" należy rozumieć szeroko, jako wszelkie działania zmierzające do uzyskania stanu wynikającego z danej decyzji, niekoniecznie o charakterze przymusowym, ale również dobrowolnym. Zatem decyzja nieostateczna, o której mowa w art. 239a o.p., nie może być wykonana nie tylko w postępowaniu egzekucyjnym, ale także poprzez zaliczenie na nią nadpłat lub zwrotów podatku (por. wyroki NSA: z dnia 25 października 2012 r. sygn. akt II FSK 624/11; z dnia 5 marca 2013 r. sygn. akt II FSK 777/12; z dnia 4 września 2013 r. sygn. akt I FSK 1119/12; wyrok WSA w Bydgoszczy z dnia 18 czerwca 2013 r. sygn. akt I SA/Bd 288/13; wyrok WSA w Gliwicach z dnia 27 sierpnia 2013 r. sygn. akt I SA/Gl 232/13). Niewykonalność decyzji oznacza, że organ nie jest uprawniony do podjęcia żadnych działań zmierzających do powstania stanu zgodnego z treścią nieostatecznej, a zatem i niewykonalnej decyzji, a nie tylko działań w sferze czynności egzekucyjnych. Przyjąć należy, że organ nie może zaliczyć nadpłaty na zobowiązania podatkowe, wynikające z nieostatecznych decyzji, które określają stosowne podatki. Wykonaniem decyzji, o którym mówi rozdział 16a o.p., jest, m.in., jednostronne i władcze działanie organu, jakim jest wydanie postanowienia o zaliczeniu nadpłaty podatku na rzecz zaległości podatkowej. Gdyby dopuścić możliwość dokonywania potrąceń na poczet zaległości wynikających z nieostatecznych decyzji, ochrona podatników, którą chciał wprowadzić ustawodawca, okazałaby się iluzoryczna. Oznaczałoby to, że organ nie mógłby wprawdzie wdrożyć egzekucji, mógłby jednak doprowadzić do takiego samego rezultatu, jaki byłby efekt postępowania egzekucyjnego, czyli do zapłaty podatku. Z powyższego wynika więc, co słusznie zauważa organ, że wykonanie nieostatecznej decyzji, której nie nadano rygoru natychmiastowej wykonalności, możliwe jest tylko w drodze dobrowolnego jej wykonania przez podatnika. Podsumowując, zasadnie przyjęto w zaskarżonej decyzji, że dopiero ostateczny charakter decyzji określających zobowiązania podatkowe w podatku od towarów i usług za grudzień 2015 r. oraz styczeń, czerwiec, lipiec, sierpień i październik 2016 r., pozwalał na zaliczenie nadpłaty na poczet istniejących, wynikłych z tych decyzji, zaległości podatkowych. W analizowanym przypadku Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku wpłatę dokonaną przez spółkę w dniu 2 października 2020 r. na poczet podatku od towarów i usług za sierpień 2020 r., po stwierdzeniu, że zobowiązanie za ten okres wygasło wskutek zapłaty w dniu 25 września 2020 r., zaliczył na poczet zaległości w podatku od towarów i usług wynikających z nieostatecznych decyzji Naczelnika PUCS w Białymstoku z 22 lipca 2020 r. Jednak w związku z tym, że spółka wnioskiem z 16 grudnia 2020 r. wystąpiła o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za sierpień 2020 r. organ, uznając dokonaną wpłatę za nienależną zwrócił ją spółce w styczniu 2021 r. Dopiero ostateczne decyzje Naczelnika PUCS w Białymstoku z 8 marca 2021 r. utrzymujące w mocy decyzje tego organu z 22 lipca 2020 r., z racji przymiotu ich wykonalności spowodowały możliwość zaliczenia wpłat na poczet zaległości podatkowych. Zastosowanie znalazł wówczas przepis art. 62 § 1 o.p. W tych okolicznościach należy przyjąć, że dokonanie przez spółkę w dniu 16 marca 2021 r. wpłaty kwoty uprawniało Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku do jej zaliczenia na poczet zaległości w podatku od towarów i usług wynikającego z ostatecznych decyzji Naczelnika PUCS z 8 marca 2021 r. Natomiast dopóki istniała w obiegu prawnym jedynie decyzja nieostateczna, takie zaliczenie mogło nastąpić jedynie w drodze dobrowolnego wykonania przez podatnika. Brak woli spółki dobrowolnego uregulowania zaległości podatkowych skutkował tym, że chociaż organ wstępnie zaliczył wpłatę z 2 października 2020 r. na poczet zobowiązań wynikających z decyzji nieostatecznych, w sytuacji zażądania przez spółkę zwrotu kwoty 580.041 zł, została ona spółce zwrócona jako nienależna organowi. Pamiętać trzeba, że dokonując wpłaty 2 października 2020 r. spółka wskazała, że czyni to tytułem podatku od towarów i usług za sierpień 2020 r., pomimo, że zobowiązanie podatkowe za ww. okres wygasło w całości na skutek zapłaty podatku 25 września 2020 r. Dyrektor trafnie ocenił, że skoro tytuł wpłaty nie wskazywał na dobrowolne wykonanie nieostatecznych decyzji, jak też nie było wniosku o jej zaliczenie na poczet przedmiotowych decyzji nieostatecznych, Naczelnik nienależnie dokonaną wpłatę tytułem VAT za sierpień 2020 r. zwrócił na rachunek bankowy spółki 12 stycznia 2021 r. Słusznie wskazał organ, że nie nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania wynikającego z decyzji Naczelnika PUCS w związku z wpłatą z 2 października 2020 r. Zaliczenie nadpłaty na poczet zobowiązań podatkowych wynikających z nieostatecznych decyzji nie mogło w takiej sytuacji skutkować wygaśnięciem tych zobowiązań. W efekcie sąd podziela pogląd Dyrektora, że nienaliczanie odsetek jak wskazuje pełnomocnik "od dnia 3 października 2020 r. (tj. od dnia następującego po dniu, w którym podatnik dokonał wpłaty kwoty 580.041 zł tytułem podatku VAT, pokrywając tym samym istniejące zaległości podatkowe) do dnia 12 stycznia 2021 r., kiedy to kwota została zwrócona podatnikowi w efekcie złożonego wniosku o stwierdzenie nadpłaty", nie ma zastosowania w sprawie zaliczenia wpłaty z 16 marca 2021 r. w kwocie 620.000,00 zł i naliczonych odsetek od zaległości podatkowych w podatku od towarów i usług na poczet decyzji ostatecznych Naczelnika PUCS z marca 2021 r. Kontrolując legalność zaskarżonego postanowienia sąd dostrzega jednak naruszenie art. 121 w zw. z art. 187 § 1 i w zw. z art. 191 o.p. oraz art. 54 § 2 o.p. uzasadniające jego wyeliminowanie z obrotu prawnego. Nie jest przekonujące stanowisko organ II instancji, że w sprawie nie wystąpiły okoliczności, o których mowa w art. 54 § 1 pkt 3 i 7 o.p. skutkujące nienaliczaniem odsetek za zwłokę, gdyż opóźnienie w wydaniu decyzji powstało z przyczyn niezależnych od organu. Treść zaskarżonego postanowienia, argumenty w nim zawarte nie pozwalają na wysnucie takiego wniosku. Zgodnie z art. 54 § 1 pkt 3 o.p., odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 139 § 3, do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego, jeżeli decyzja organu odwoławczego nie została wydana w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3. Przepis art. 139 § 3 o.p., do którego odwołuje się § 1 pkt 3 art. 54 stanowi, iż załatwienie sprawy w postępowaniu odwoławczym powinno nastąpić nie później niż w ciągu 2 miesięcy od dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy, a sprawy, w której przeprowadzono rozprawę lub strona złożyła wniosek o przeprowadzenie rozprawy - nie później niż w ciągu 3 miesięcy. Z kolei w myśl art. 54 § 1 pkt 7 o.p., odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Stosownie jednak do art. 54 § 2 o.p., przepisu § 1 pkt 3 i 7 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Wprowadzenie przez ustawodawcę w art. 54 § 1 pkt 7 i pkt 3 O.p. regulacji dot. wyłączenia naliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej miało na celu z jednej strony zdyscyplinowanie organu prowadzącego postępowanie podatkowe przed jego nadmiernym wydłużeniem, z drugiej zaś ochronę podatników przed niekorzystnymi skutkami ewentualnej przewlekłości. Ponieważ regułą określoną w powyższych normach prawnych jest nienaliczanie odsetek za zwłokę w przypadku prowadzenia postępowania podatkowego przez okres przekraczający 3 miesiące od dnia wszczęcia tego postępowania (§ 1 pkt 7), a także za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 139 § 3, do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego, jeżeli decyzja organu odwoławczego nie została wydana w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3 (§ 1 pkt 3) uznać trzeba, że możliwość naliczenia odsetek za te okresy stanowi wyjątek od reguły i to organ administracji, w przypadku zamiaru obciążenia strony odsetkami za ww. okresy, zobowiązany jest do logicznego i przekonującego uzasadnienia umożliwiającego sądową kontrolę zgodności z prawem takiego rozstrzygnięcia, że do prowadzenia postępowania ponad wskazane okresy doszło z przyczyn niezależnych od organu. W przypadku zamiaru obciążenia strony odsetkami na podstawie art. 54 § 2 o.p. organ zobowiązany jest wykazać, że do prowadzenia postępowania ponad wskazany w art. 54 § 1 pkt 7 i pkt 3 o.p. okres doszło z przyczyn od niego niezależnych. Imperatywny charakter odstąpienia od naliczania odsetek wskazuje, że organ, który uważa, że są one należne za cały okres trwania postępowania winien swe stanowisko uzasadnić, a uzasadnienie to nie może być ogólnikowe np. wskazywać na skomplikowany charakter sprawy, lecz konkretne i weryfikowalne, dające odpowiedź na pytanie, jakie czynności wynikające z owego skomplikowanego charakteru winny były być podjęte dla jej końcowego załatwienia, co przełożyło się na długotrwałość postępowania i kto - strona lub jej przedstawiciel czy organ - przyczynił się do tego, że czynności w postępowaniu nie charakteryzowały się niezbędną koncentracją (por. np. wyroki NSA z 4 marca 2016 r. sygn. akt II GSK 2010/14, z dnia 19 stycznia 2023 r. sygn. akt III FSK 1526/21). Oceniając, czy przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu w rozumieniu art. 54 § 2 o.p. należy mieć na względzie złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, prawidłowe zorganizowanie postępowania, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych, jak np. wezwania świadków, czy pozyskania informacji od innych organów. Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to przyjmuje się, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu (por. m.in. wyroki NSA: z dnia 4 października 2023 r. sygn. akt II FSK 681/23; z dnia 16 lutego 2016 r. sygn. akt II FSK 3642/13; z dnia 3 grudnia 2015 r. sygn. akt II FSK 2692/13). W niniejszym przypadku nie ulega wątpliwości i nie jest sporne, że decyzje podatkowe w obu instancjach zostały wydane po upływie ustawowych terminów załatwienia sprawy. Uzasadniając czas trwania postępowania podatkowego w I i II instancji, Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego przedstawił chronologicznie w ujęciu tabelarycznym zestaw czynności dowodów przeprowadzanych w obu instancjach i powołał się na okoliczność tego, że postępowania podatkowe obejmowały zagadnienia o szczególnym charakterze, wymagające analizy obszernego materiału dowodowego w celu odtworzenia przebiegu transakcji i ustalenia roli podatnika w procederze wyłudzenia VAT. Rozpatrując zażalenie spółki Dyrektor podjął próbę wyjaśnienia czasu trwania poszczególnych czynności i ich wpływu na przedłużenie postępowania, tych które strona uwypukliła w złożonym środku zaskarżenia, dowodząc, że nie stanowią przyczyn niezależnych od organu. Rezultat tej oceny nie jest przekonujący i zadawalający w kontekście ww. przepisów wyłączających naliczanie odsetek za zwłokę. Jeżeli chodzi o newralgiczne punkty postępowania podatkowego w I instancji zwraca uwagę, że pisma do kontrahentów organ wystosował w maju 2019 r., tj. miesiąc po wszczęciu postępowania podatkowego, chociaż od początku kontroli celno-skarbowej kontrahenci ci byli uznawani za uczestników karuzeli podatkowej. Po zwrocie korespondencji upłynął kolejny miesiąc, gdy wdrożono poszukiwanie aktualnych adresów kontrahentów i rozpoczęto w czerwcu 2019 r. kierowanie korespondencji do innych organów. Celnie wskazuje autor skargi, że organ nie uzasadnił przekonująco dlaczego konieczność przeprowadzenia tych czynności wymagała uprzedniego przeanalizowania materiału dowodowego. Zastrzeżenia budzi także fakt, że protokół badania ksiąg podatkowych sporządzony został dopiero po 4 miesiącach od wszczęcia postępowania podatkowego. Otwarta pozostaje odpowiedź na pytania dlaczego tyle czasu zajęła za czynność?, czy wystarczającym uzasadnieniem była analiza wniesionych zastrzeżeń do wyniku kontroli wieńczącego kontrolę celno-skarbową, skoro w tym czasie w aktach nie pojawiły się żadne nowe dowody, a podstawą protokołu badania ksiąg były materiały zgromadzone w toku kontroli celno-skarbowej? Trafne są zastrzeżenia skargi, że w postanowieniu nie wskazano jakie okoliczności niezależne od organu spowodowały, że sama czynność sporządzania protokołu badania ksiąg podatkowych została zakończona cztery miesiące po wszczęciu postępowania podatkowego. Wreszcie, dopiero 9 miesięcy od wszczęcia postępowania podatkowego organ wezwał spółkę do przedstawienia korespondencji handlowej z białoruskimi kontrahentami, oraz z P. i M.S. Zasadnym staje się pytanie, czy nie powinna to być jedna z pierwszych czynności po wszczęciu postępowania podatkowego? Organ w tym zakresie argumentuje, że wezwanie do udzielenia informacji i dokumentów wystosowano do strony już we wrześniu 2017 r. w toku kontroli celno-skarbowej, a spółka udzieliła wtedy ogólnych informacji, a później ponowiono wezwanie w lutym 2018 r. o dokumenty związane z weryfikacją kontrahentów (spółka na to drugie wezwanie przedstawiła dokumenty). Czy fakty te uzasadniały zwlekanie z kolejnym wezwaniem do stycznia 2020 r.? Zdaniem sądu nie. Organ nie wskazał okoliczności, zdarzeń, faktów, które po wszczęciu postępowania podatkowego uzasadniały zwlekanie z tym wezwaniem. Skoro organ uznawał je za konieczne powinien znacznie wcześniej podjąć próbę uzyskania informacji, danych i dokumentów, nie zaś zwlekać do stycznia 2020 r. Gdyby nie ta zwłoka oraz nieprzekonująco uzasadnione opóźnienia w dokonaniu czynności wymienionych w akapitach powyżej, postępowanie podatkowe mogłoby trwać dużo krócej. Wydaje się też, że okres realizacji wniosku strony z 6 grudnia 2019 r. o udostępnienie dowodów wyłączonych z akt sprawy był nadmierny. Obszerność dokumentacji, na którą wskazuje organ (13 decyzji oraz wyników, protokoły przesłuchań, dodatkowe dokumenty przesłane przez inne organy) nie jest wystarczającym argumentem do przeprowadzania czynności ich anonimizacji przez okres 3 miesięcy. W zakresie postępowania przed organem II instancji na uwagę zasługuje, że po uzupełnieniu odwołań spółki od decyzji z 22 lipca 2020 r. wnioski dowodowe skarżącej rozpatrzone zostały dopiero po 5 miesiącach. Tyle samo czasu zajęło organowi odwoławczemu załatwienie sprawy i wydanie decyzji. Nie jest przekonująca argumentacja, że uzasadnieniem czasu trwania postępowania odwoławczego było kolejne pismo spółki z dołączoną dokumentacją (20 dokumentów, przyjętych i ocenionych w decyzji odwoławczej) oraz korespondencje mailowe z Naczelnikiem Pierwszego US, gromadzenie wydruków KRS i rejestru VAT. Zwłaszcza te ostatnie czynności można było lepiej skoncentrować czasowo, tymczasem bez uzasadnionej przyczyny (takowej nie wskazano w postanowieniu) zostały one realizowane na przestrzeni kolejnych trzech miesięcy listopada, grudnia 2020 r. i stycznia 2021 r. Nawet okoliczność wyznaczenia stronie terminu na wypowiedzenie się co do materiałów (10 listopada 2020 r. - 30 listopada 2020 r.) oraz wypożyczenie akt prokuratorowi (18 grudnia 2020 r. - 12 stycznia 2021 r.) oraz objęcie zaskarżeniem również 5 postanowień wydanych w toku kontroli celno-skarbowej i postępowania podatkowego dot. odmowy przeprowadzenia dowodu z ksiąg rachunkowych podatnika, wyłączających część materiałów z akt sprawy, nie usprawiedliwiają ze swej istoty rozpatrzenia sprawy w II instancji w czasie niemal dwukrotnie przekraczającym ustawowy termin przewidziany w art. 139 § 3 o.p. (podstawowy termin – 2 miesiące od dnia otrzymania odwołania, wydłużony 3 miesięczny termin – gdy strona złożyła wniosek o przeprowadzenie rozprawy). Sąd nie przeczy, że prowadzenie postępowań w przedmiocie VAT było skomplikowane i czasochłonne. Nie można jednakże zaakceptować stanowiska, że okoliczność ta sama w sobie stanowi wystarczający powód przedłużania prowadzonego postępowania w obu instancjach. Wykazanie, że opóźnienie w wydaniu decyzji powstało z przyczyn niezależnych od organu wymaga logicznego, konkretnego, weryfikowalnego oraz przekonującego uzasadnienia, którego w niniejszej sprawie zabrakło. Teza prezentowana w zaskarżonym postanowieniu, że opóźnienie w wydaniu ww. decyzji powstało z przyczyn niezależnych od organu prowadzącego postępowania podatkowe nie została poparta nieodpartą argumentacją. W zasadzie głównym powodem, za który organ uznaje obiektywną konieczność przedłużenia postępowania jest, oprócz niekwestionowanego obowiązku dochowania terminów proceduralnych i czasu niezbędnego na doręczenia korespondencji, stopień skomplikowania sprawy, konieczność zgromadzenia i oceny obszernego materiału dowodowego, który co należy podkreślić w zdecydowanej większości zebrany został już na etapie kontroli celno-skarbowej oraz aktywność strony w toku postępowania. W przywołanym już wyroku z dnia z dnia 4 października 2023 r. sygn. akt II FSK 681/23, NSA zwrócił uwagę, że nieuprawnione jest wyprowadzanie wniosku, że pod pojęciem "przyczyn niezależnych od organu" ustawodawca rozumiał prowadzenie postępowania w sprawie złożonej i wymagającej przeprowadzenia dużej ilości dowodów, pod warunkiem jedynie, że postępowanie jest prowadzone zgodnie z przepisami i w sposób prawidłowo zorganizowany. Skoro ustawodawca, przyjmując racjonalność jego działań legislacyjnych, określa termin do załatwienia sprawy - wydania decyzji, to z pewnością uwzględnia konieczność respektowania w prowadzonym postępowaniu wszelkich zasad procesowych, w tym dotyczących prawa strony do czynnego udziału w tym postępowaniu. Nie przewidział on przy tym, możliwości różnicowania terminów na załatwienie sprawy, z punktu widzenia ich złożoności czy też stopnia trudności. Ponadto sąd ten dostrzegł, że wprawdzie organ odwoławczy jest zobowiązany na nowo rozpoznać sprawę to jednak nie powinno budzić wątpliwości, że rozstrzygając ponownie sprawę ma możliwość bazowania na informacjach i danych, jakie zostały już zgromadzone przez organ pierwszej instancji i przeanalizowane w decyzji tego organu. Taki stan rzeczy niewątpliwe w znacznym stopniu upraszcza i przyspiesza załatwienie sprawy na etapie postępowania odwoławczego. W analizowanym przypadku organ nie wyjaśnił przekonująco, że poszczególne, opisane wyżej czynności nie mogły zostać podjęte w krótszym czasie. Nie wykazał, że zajmowały one odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap. Analizy zawartej w zaskarżonym postanowieniu nie sposób uznać jako wnikliwej i szczegółowej. Na uwadze mieć trzeba, że decyzje Naczelnika PUCS w I instancji z 22 lipca 2020 r. wydane zostały po przeprowadzeniu postępowania podatkowego trwającego od 4 kwietnia 2019 r. (ponad 15 miesięcy), poprzedzonego kontrolą celno-skarbową trwającą 23 miesiące. Decyzje Naczelnika PUCS w II instancji wydane zostały z kolei 8 marca 2021 r., tj. ponad 5 miesięcy od uzupełnienia odwołań podatnika. Zatem szeroko rozumiany proces rozpatrywania sprawy podatkowej trwał ponad 3 i pół roku. Reasumując, w zaskarżonym postanowieniu Dyrektor nie przedstawił przekonujących argumentów na poparcie tezy, że to okoliczności obiektywne, na które organy podatkowe nie miał wpływu spowodowały, że postępowania podatkowe w I i w II instancji nie mogło zakończyć się w ustawowym terminie. W tym stanie rzeczy sąd orzekł jak w sentencji o uchyleniu zaskarżonego postanowienia na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143). O kosztach postanowiono po myśli 200 i art. 205 § 2 ww. ustawy oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2026 r. poz. 118). Ponownie rozpoznając sprawę, organ powinien uwzględnić powyższe wywody sądu i rzetelnie ocenić okoliczności rozpoznawanej sprawy przez pryzmat zastosowania art. 54 § 1 pkt 3 i 7 o.p., a w razie braku przesłanek z art. 54 § 2 o.p. dopuścić tzw. okresy nie odsetkowe przy zaliczaniu wpłaty spółki z 16 marca 2021 r. na poczet zaległości podatkowej z tytułu podatku od towarów i usług za grudzień 2015 r. oraz styczeń, czerwiec, lipiec, sierpień i październik 2016 r. Marcin Kojło Justyna Siemieniako Paweł Janusz Lewkowicz