I SA/Kr 163/26

|Sygn. akt I SA/Kr 163/26 | [pic] W Y R O K W IMIENIU RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ Dnia 15 maja 2026 r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie następującym: Przewodniczący: Sędzia WSA Grzegorz Klimek Sędziowie: WSA Inga Gołowska (spr.) WSA Borys Marasek po rozpoznaniu w dniu 15 maja 2026 r. na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym sprawy ze skargi S. sp. z o.o. z siedzibą w M. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie z dnia 8 stycznia 2026 r. znak: 1201-IOP2-1.4033.2.2025 w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu różnicy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za grudzień 2020 roku I. uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie organu I instancji, II.zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie na rzecz strony skarżącej kwotę 597,00 zł (słownie: pięćset dziewięćdziesiąt siedem) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Zaskarżonym postanowieniem z dnia 8 stycznia 2026r. znak: 1201-IOP2-1.4033.2.2025 Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Krakowie, działając na podstawie art. 233§1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz.U. z 2025r. poz. 111, ze zm. dalej-O.p.), utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w Myślenicach z dnia 2 grudnia 2025r. nr 1216-SPV.4103.10.2023 w sprawie przedłużenia - do dnia 31 marca 2026r. - terminu zwrotu różnicy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 154.000 zł wykazanej w deklaracji dla podatku od towarów i usług złożonej za grudzień 2020r. Postanowienie zostało wydane w następujących okolicznościach faktycznych i prawnych sprawy: S. Sp. z o.o. z siedzibą w M. (dalej: Spółka, strona skarżąca) w dniu 12 stycznia 2021r. złożyła do organu I instancji plik JPK_VAT za grudzień 2020r., w którym wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 154.000 zł. Naczelnik Urzędu Skarbowego w Myślenicach w dniu 23 marca 2021r. wszczął wobec Spółki kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości rozliczeń z tytułu podatku od towarów i usług za miesiące od maja do grudnia 2020r. W jej toku stwierdzono, że zadeklarowana za grudzień 2020r. nadwyżka podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy wynika z odliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących nakłady poniesione na prowadzenie inwestycji dotyczącej budowy przy ul. [...] w K. zespołu 38 budynków mieszkalnych jednorodzinnych wolnostojących, w zabudowie bliźniaczej i szeregowej, pod nazwą "X.", wraz ze stacją trafo i drogą wewnętrzną. Opisywaną inwestycję Spółka miała realizować na podstawie art. 12 ustawy z dnia 2 marca 2020r. o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych (t.j. Dz.U. z 2020r. poz.374). Spółka w dniu 3 września 2020r. poinformowała Wydział Architektury i Urbanistyki Urzędu Miasta Krakowa o rozpoczęciu prowadzenia tej inwestycji. Organ I instancji wystąpił do Powiatowego Inspektora Nadzoru Budowlanego w Krakowie - Powiat Grodzki o udzielenie informacji, czy prowadzona przez Spółkę inwestycja spełnia wymogi Prawa Budowlanego i czy po jej zakończeniu uzyska pozwolenie na użytkowanie wybudowanych obiektów. Z odpowiedzi z dnia 11 maja 2021r. (oraz z treści innych zgromadzonych w sprawie dokumentów) wynika, że Powiatowy Inspektor Nadzoru Budowanego w Krakowie postanowieniem z dnia 8 października 2020r. wstrzymał ww. budowę. Wstrzymanie prac budowlanych spowodowane było stwierdzeniem, że są one realizowane bez pozwolenia na budowę, a równocześnie nie służą przeciwdziałaniu COVID-19. Postanowienie to, po jego zaskarżeniu przez Spółkę, zostało utrzymane w mocy przez Małopolskiego Wojewódzkiego Inspektora Nadzoru Budowlanego w Krakowie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie wyrokiem z dnia 27 maja 2021r. sygn. akt II SA/Kr 493/21 oddalił skargę wniesioną na ww. postanowienie. Z kolei Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 4 grudnia 2024r. sygn. II OSK 126/22 oddalił skargę kasacyjną złożoną przez Spółkę. Ponadto w dniu 17 listopada 2020r., z uwagi na niezastosowanie się przez Spółkę do nakazu wstrzymania prowadzenia opisywanych prac budowlanych, Powiatowy Inspektor Nadzoru Budowlanego w Krakowie wydał decyzję nakazującą rozbiórkę wybudowanych już części budynków. Kontrola podatkowa została zakończona w dniu 29 czerwca 2021r. Po jej zakończeniu Spółka nie skorzystała z przysługującego jej, zgodnie z art. 81b O.p. prawa do skorygowania deklaracji podatkowych złożonych za okresy objęte kontrolą. Naczelnik Urzędu Skarbowego w Myślenicach, postanowieniem z dnia 8 października 2021r. wszczął następnie wobec Spółki postępowanie podatkowe w sprawie prawidłowości rozliczeń z tytułu podatku od towarów i usług za miesiące od sierpnia do grudnia 2020r. W toku tego postępowania organ I instancji, uznając, że powyższe okoliczności wskazują na istnienie wątpliwości odnośnie do zasadności złożonego przez Spółkę wniosku, postanowieniem z dnia 1 grudnia 2021r. przedłużył terminu zwrotu do dnia 31 marca 2022r., w celu weryfikacji jego zasadności. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Krakowie, po rozpatrzeniu zażalenia złożonego na to rozstrzygnięcie, postanowieniem z dnia 28 lutego 2022r. stwierdził uchybienie terminu do wniesienia zażalenia. Naczelnik Urzędu Skarbowego w Myślenicach wydał ponadto w dniu 14 grudnia 2021r. postanowienie w sprawie zawieszenia prowadzonego wobec Spółki postępowania podatkowego, do czasu rozstrzygnięcia przez Małopolskiego Wojewódzkiego Inspektora Nadzoru Budowlanego w Krakowie zagadnienia wstępnego - odwołania od decyzji z dnia 17 listopada 2020r. dotyczącej nakazu rozbiórki przez Spółkę wybudowanych już części budynków wchodzących w zakres tej inwestycji. Ponieważ postępowanie odwoławcze od tej decyzji było w toku, organ I instancji wydawał kolejne postanowienia o przedłużeniu terminu opisywanego zwrotu za grudzień 2020r: - z dnia 17.03.2022r., doręczone w dniu 21.03.2022r. - do dnia 30.06.2022r. - z dnia 2.06.2022r., doręczone w dniu 6.06.2022r. - do dnia 31.08.2022r., - z dnia 9.08.2022r., doręczone w dniu 29.08.2022r. - do dnia 31.10.2022r., - z dnia 12.10.2022r., doręczone w dniu 14.10.2022r. - do dnia 31.12.2022r., - z dnia 7.12.2022r., doręczone w dniu 9.12.2022r. - do dnia 31.03.2023r., - z dnia 16.03.2023r., doręczone w dniu 31.03.2023r. - do dnia 30.06.2023r., - z dnia 9.06.2023r., doręczone w dniu 28.06.2023r. - do dnia 30.09.2023r., - z dnia 8.09.2023r., doręczone w dniu 13.09.2024r. - do dnia 30.12.2023r., - z dnia 6.12.2023r., doręczone w dniu 6.12.2023r. - do dnia 30.03.2024r., - z dnia 19.03.2024r., doręczone w dniu 19.03.2024r. - do dnia 30.06.2024r., - z dnia 4.06.2024r., doręczone w dniu 6.06.2024r. - do dnia 30.09.2024r. Postępowanie odwoławcze prowadzone przez Małopolskiego Wojewódzkiego Inspektora Nadzoru Budowlanego w Krakowie zostało zakończone decyzją z dnia 11 czerwca 2024r., którą organ ten uchylił w całości decyzję Powiatowego Inspektora Nadzoru Budowlanego w Krakowie z dnia 17 listopada 2020r., jednocześnie jednak nakazując Spółce rozbiórkę dotychczas wybudowanych budynków oraz fundamentów zrealizowanych w ramach budowy zespołu mieszkalnego "X.", w związku z prowadzeniem tam robót budowlanych pomimo wstrzymania ich postanowieniem Powiatowego Inspektora Nadzoru Budowlanego w Krakowie z dnia 8 października 2020r. Spółka złożyła na tę decyzję skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, Małopolski Wojewódzki Inspektor Nadzoru Budowlanego w Krakowie wydał w dniu 23 lipca 2024r. postanowienie w sprawie wstrzymania jej wykonania. Organ I instancji postanowieniem z dnia 3 września 2024r., doręczonym w dniu 5 września 2024r., przedłużył termin zwrotu opisywanej nadwyżki do dnia 31 grudnia 2024r. Z kolei pismem z 19 września 2024r. Główny Urząd Nadzoru Budowlanego poinformował o wszczęciu na wniosek Spółki postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności ww. decyzji Małopolskiego Wojewódzkiego Inspektora Nadzoru Budowlanego w Krakowie. Organ ten równocześnie zawiesił prowadzone w tym zakresie postępowanie, do czasu prawomocnego zakończenia postępowania sądowoadministracyjnego ze skargi na tę decyzję. Następnie organ I instancji postanowieniem z dnia 4 grudnia 2024r., doręczonym w dniu 6 grudnia 2024r., przedłużył termin zwrotu opisywanej nadwyżki do dnia 30 marca 2025r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie wyrokiem z dnia 25 października 2024r. sygn. akt II SA/Kr 1104/24 oddalił skargę Spółki na decyzję Małopolskiego Wojewódzkiego Inspektora Nadzoru Budowlanego w Krakowie z dnia 11 czerwca 2024r. S. Sp. z o.o. złożyła od ww. wyroku skargę kasacyjną. Organ I instancji z uwagi na złożenie skargi kasacyjnej wydał kolejne postanowienia w sprawie przedłużenia terminu zwrotu, tj.: - z dnia 07.03.2025r., doręczone w dniu 07.03.2025r. - do dnia 30.06.2025r., - z dnia 4.06.2025r., doręczone w dniu 20.06.2025r. - do dnia 30.09.2025r., - z dnia 2.09.2025r., doręczone w dniu 09.09.2025r. - do dnia 31.12.2025r. Ze względu na wniesioną skargę kasacyjną organ I instancji postanowieniem z dnia 2 grudnia 2025r. nr 1216- SPV.4103.10.2023 przedłużył po raz kolejny termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym w kwocie 154.000 zł, wynikającej z deklaracji złożonej za grudzień 2020r., do dnia 31 marca 2026r. Postanowienie to zostało doręczone w dniu 7 grudnia 2025r. Podstawą wydania takiego rozstrzygnięcia było stwierdzenie, że decyzja Małopolskiego Wojewódzkiego Inspektora Nadzoru Budowlanego w Krakowie z dnia 11 czerwca 2024r. wydana odnośnie do nakazu rozbiórki budowanych przez Spółkę budynków mieszkalnych nie jest prawomocna. Uznając prawomocne zakończenie postępowania prowadzonego w tym zakresie za zagadnienie wstępne, stwierdzono, że nadal nie ma przesłanek umożliwiających odwieszenie postępowania podatkowego prowadzonego w sprawie prawidłowości rozliczenia z budżetem państwa z tytułu podatku od towarów i usług za VIII - XII 2020r. Prawomocne rozstrzygniecie tego zagadnienia wstępnego jest niezbędne do ustalenia stanu faktycznego sprawy i dalszej weryfikacji zadeklarowanego przez Spółkę zwrotu podatku. Powołano się w tym zakresie na regulację zawartą w art. 205a§4 O.p. zgodnie z którą organ podatkowy podejmuje postępowanie z urzędu, gdy ustanie przyczyna zawieszenia, w szczególności gdy rozstrzygnięcie sprawy jest uzależnione od rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego przez inny organ lub sąd - w dniu powzięcia przez organ podatkowy wiadomości o uprawomocnieniu się orzeczenia kończącego to postępowanie. Tym samym uznano, że zaistniały okoliczności uzasadniające przedłużenie terminu zwrotu tej nadwyżki do dnia 31 marca 2026r. W zażaleniu wniesionym od ww. postanowienia Spółka zarzuciła m.in. naruszenie: - art. 274b§1 O.p. poprzez błędne założenie o potrzebie przeprowadzenia czynności sprawdzających zasadność zwrotu podatku, pomimo wyjaśnienia i wykazania w samym postanowieniu, że zakupione przez podatnika materiały i usługi zostały wykonane w celu realizacji inwestycji, - art. 201§1 pkt 2 O.p. przez błędne przyjęcie, że rozpatrzenie sprawy i wydanie decyzji uzależnione jest od rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego przez Powiatowego Inspektora Nadzoru Budowlanego (a następnie Małopolskiego Wojewódzkiego Inspektora Nadzoru Budowlanego), co doprowadziło do zawieszenia postępowania kontrolnego, - art. 124 i 121§1 O.p. poprzez brak wyjaśnienia poprzez wadliwe sporządzenie uzasadnienia oraz instrumentalne i wielokrotne przedłużanie zwrotu (wydano 11 postanowienie o przedłużeniu), - oraz naruszenie podstawowych zasad procedury podatkowej wyrażonych w art. 120 i art. 191, a także art. 217§2 O.p. w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na rozstrzygnięcie sprawy. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Krakowie nie znalazł podstaw do uwzględnienia zażalenia i opisanym na wstępie postanowieniem z dnia 8 stycznia 2026r. orzekł o utrzymaniu w mocy postanowienia organu I instancji. Na wstępie organ wyjaśnił, że o tym, czy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania w ramach postępowania wymienionego w art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, decyduje organ podatkowy. Ocena, czy potrzeba taka występuje nie może być dowolna, ale musi opierać się na odpowiednich przesłankach. Muszą zatem wystąpić okoliczności, które wskazują, że istnieje potrzeba dodatkowej weryfikacji rozliczenia podatnika (zasadności zwrotu). Nie chodzi jednak o przesłanki, które mają charakter konkretnych dowodów świadczących o nieprawidłowościach w rozliczeniu, czy konkretnych zarzutów, które można postawić podatnikowi. Na tym etapie postępowania organ decyduje bowiem wyłącznie o konieczności dalszego badania zasadności zwrotu, a nie o samej zasadności zwrotu. Nie chodzi więc o wykazanie, że zwrot jest niezasadny, ani o wykazanie, że istnieją dowody przemawiające za niezasadnością zwrotu. Chodzi natomiast o wykazanie, że istnieją okoliczności przemawiające za potrzebą dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku. W świetle powyższego Dyrektor Izby Administracji Skarbowej stwierdził, że organ pierwszej instancji nie był zobowiązany do udowodnienia zaistnienia uchybienia w zakresie wysokości zadeklarowanej przez Spółkę za grudzień 2020r. nadwyżki do zwrotu na rachunek bankowy, a jedynie miał uprawdopodobnić wątpliwości, co do zasadności dokonania tego zwrotu i konieczności dalszej weryfikacji rozliczenia. Przy przeciwnym założeniu instytucja przedłużenia terminu zwrotu przyznana organom podatkowym przez ustawodawcę w art. 87 ust. 2 ustawy u podatku od towarów i usług nigdy nie miałaby zastosowania. Wydanie postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu musiałoby być bowiem w istocie poprzedzone rozstrzygnięciem sprawy dotyczącej zasadności deklarowanego zwrotu. W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie wskazane przez organ pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia okoliczności są wystarczające dla wykazania, że zaistniały przesłanki, które uprawdopodobniały wystąpienie wątpliwości, co do zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za grudzień 2020r. W rozpatrywanej sprawie organ pierwszej instancji jako przyczynę przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, wykazanej przez Spółkę w deklaracji dla podatku od towarów i usług za ww. okres, wskazał na konieczność prawomocnego zakończenia postępowania prowadzonego przed Naczelnym Sądem Administracyjnym w sprawie wydanego wobec Spółki nakazu rozbiórki budynków i ich części wchodzących w skład realizowanego zespołu mieszkaniowego "X.". Organ odwoławczy podzielił powyższe stanowisko. Zebrane w sprawie dokumenty świadczą o tym, że zgodnie ze stanowiskiem organów nadzoru budowlanego Spółka rozpoczęła realizację inwestycji budowlanej na terenie, który zgodnie z zapisami obowiązującego miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego jest terenem zielonym nieprzeznaczonym pod budownictwo mieszkaniowe. Spółka rozpoczęła przy tym prace budowlane bez uzyskania na nie pozwolenia na budowę, prowadzenie ich uzasadniając potrzebą przeciwdziałania epidemii COVID-19 i powołując się na przepisy wydane w tym zakresie. Z uwagi na tę okoliczność wydane zostały najpierw (prawomocny) nakaz wstrzymania przez Spółkę prac budowlanych, a następnie nakaz rozbiórki już wybudowanych budynków i ich części. Pomimo wydania w dniu 8 października 2020r. nakazu wstrzymania prac budowlanych Spółka nadal prace te kontynuowała - co organy nadzoru budowlanego uznały za samowolę budowlaną - nabywając w okresie 8 października 2020r. – 31 grudnia 2020r. usługi budowlane tam realizowane o łącznej wartości netto 930.706,40 zł i wartości podatku naliczonego 138.687,47 zł (dane wynikające z protokołu kontroli podatkowej doręczonego Spółce w dniu 29 czerwca 2021r.). W tym miejscu organ przytoczył obszerne fragmenty wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 4 grudnia 2024r. sygn. akt II OSK 1267/22 stwierdzającego prawidłowość postanowienia o wstrzymaniu prowadzenia przez Spółkę prac budowanych przy opisywanej inwestycji oraz wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 25 października 2024r. sygn. akt II SA/Kr 1104/24 - stwierdzającego prawidłowość postanowienia o nakazie rozbiórki wybudowanych przez Spółkę budynków i ich części. W wyroku WSA z dnia 25 października 2024r. sygn. II SA/Kr 1104/24 zaznaczono m.in., że w skardze złożonej na postanowienie wydane w przedmiocie rozbiórki budynków zakwestionowane zostały tylko ustalenia dokonane przez organ w ramach prowadzonego postępowania dowodowego, że budowa była kontynuowana pomimo wydania postanowienia o wstrzymaniu budowy. Odnosząc się do tych zarzutów Sąd w ww. wyroku wskazał, że postanowienie Powiatowego Inspektora Nadzoru Budowlanego o wstrzymaniu robót budowlanych zostało doręczone Spółce w dniu 13 października 2020r. Zgodnie z art. 143 k.p.a. wniesienie zażalenia na postanowienie nie wstrzymuje jego wykonania. Istotne w sprawie było zatem, czy po 13 października 2020r. roboty budowlane były kontynuowane. Zdaniem Sądu - wbrew twierdzeniom skargi - okoliczność ta nie jest wątpliwa i została przez organ należycie i bez wątpliwości udokumentowana. Jak bowiem wynika z akt sprawy, organ I Instancji przeprowadził w terenie kontrole w dniu 21.09.2020r., w dniu 8.10.2020r., w dniu 23.10.2020r., w dniu 30.10.2020r., w dniu 5.11.2020r., a następnie na zlecenie organu II Instancji - w trybie art. 136 k.p.a. - w dniu 16.02.2022r. oraz w dniu 24.01.2024r. Wobec powyższego możliwe było prześledzenie postępu wykonywanych robót budowlanych. Zdaniem Sądu zgromadzone w aktach sprawy protokoły ww. kontroli wraz z dokumentacją fotograficzną, jednoznacznie wskazują na wypełnienie przesłanki kontynuowania budowy pomimo wstrzymania jej postanowieniem. W tej sytuacji Sąd podzielił stanowisko organu nadzoru budowlanego, że zgodnie z art. 49e pkt 6 P.b., organ zobligowany był wydać decyzję w przedmiocie nałożenia obowiązku rozbiórki obiektu budowlanego. W związku z powyższym prawomocne zakończenie postępowania sądowoadministracyjnego mającego na celu weryfikację poprawności stanowiska organów nadzoru budowlanego o konieczności rozbiórki wybudowanych przez Spółkę budynków, a tym samym brak możliwości zakończenia i oddania do użytkowania zespołu mieszkalnego "X." ma charakter zagadnienia wstępnego warunkującego prawidłową ocenę zasadności zadeklarowania przez Spółkę za grudzień 2020r. nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym do zwrotu na rachunek bankowy. Tym samym, zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie, wbrew temu co twierdzi Spółka, organ pierwszej instancji w uzasadnieniu postanowienia wskazał powody, które w jego ocenie zaważyły na konieczności przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za grudzień 2020r. i przedstawił istniejące w tym przedmiocie wątpliwości. Spółka otrzymała jasną informację, z czego wynika powód przedłużenia terminu zwrotu podatku. Zaznaczono, że rozstrzygnięcie o zasadności zwrotu nadwyżki podatku za grudzień 2020r. będzie miało miejsce dopiero po zakończeniu weryfikacji rozliczenia w podatku od towarów i usług za ww. okres rozliczeniowy. W postanowieniu o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, organ podatkowy decyduje wyłącznie o potrzebie dalszej weryfikacji zasadności zwrotu podatku, a nie o samej zasadności zwrotu, czy też jej braku. Zatem od organu pierwszej instancji nie można oczekiwać, aby już w momencie wydania takiego postanowienia wykazał się konkretnymi ustaleniami, co do faktów podważających zasadność wnioskowanego zwrotu podatku. Przepis art. 87 ust. 2 powołanej ustawy nie wymaga bowiem dla przedłużenia terminu zwrotu udowodnienia, że zwrot jest bezzasadny. W przepisie tym został bowiem zabezpieczony interes Skarbu Państwa w postaci mechanizmu umożliwiającego dodatkowe sprawdzenie, czy zwrot nie jest bezzasadny oraz interesu podatnika, w postaci przysługującej mu rekompensaty w postaci odsetek według opłaty prolongacyjnej, jeśli zwrot był zasadny. W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, Naczelnik Urzędu Skarbowego w Myślenicach podjął działania zmierzające do zweryfikowania, czy dane przedstawione przez Spółkę w deklaracji są rzetelne i uzasadniają zwrot podatku w żądanej wysokości, a wydane przez ten organ postanowienie zawiera uzasadnienie faktyczne i prawne. Jednocześnie zaznaczono, że przedłużenie zwrotu nie oznacza pozbawienia podatnika prawa do zwrotu podatku zapłaconego na poprzednim etapie obrotu. Zwrot podatku jest jedynie czasowo wstrzymany i będzie dokonany, jeśli tylko wątpliwości co do jego zasadności zostaną usunięte. Ponadto podatnik, który chce uzyskać zwrot podatku wykazany w deklaracji mimo wątpliwości, co do zasadności tego zwrotu, może go uzyskać w terminie wynikającym z treści art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, jeżeli złoży zabezpieczenie majątkowe w wysokości odpowiadającej kwocie wnioskowanego zwrotu podatku, jak o tym stanowi art. 87 ust. 2a powołanej ustawy. Z niespornych okoliczności sprawy wynika, że w dniu 12 stycznia 2021r. Spółka złożyła plik JPK_VAT za grudzień 2020r., w którym wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w kwocie 154.000 zł do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni. Na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, w związku z art. 12 § 5 O.p., termin ww. zwrotu przypadał na dzień 15 marca 2021r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w Myślenicach po raz pierwszy przedłużył termin zwrotu różnicy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji dla podatku od towarów i usług za grudzień 2020r. postanowieniem z dnia 11 marca 2021r., które zostało doręczone w dniu 12 marca 2021r., a zatem ww. postanowienie zostało zarówno wydane, jak i doręczone przed upływem terminu, o którym stanowi art. 87 ust. 2 ww. ustawy. Wszystkie wydane później postanowienia przedłużające termin opisywanego zwrotu zostały również wydane, jak i doręczone przed upływem terminu, o którym stanowi art. 87 ust. 2. Będące przedmiotem zażalenia postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w Myślenicach nr 1216-SPV.4103.10.2023 zostało wydane w dniu 2 grudnia 2025r., a doręczone w dniu 7 grudnia 2025r., a zatem także ww. postanowienie zostało zarówno wydane, jak i doręczone przed upływem terminu na dokonanie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, określonym w poprzednim postanowieniu na dzień 31 grudnia 2025r. Mając na uwadze powyższe organ odwoławczy stwierdził, że sformułowane w zażaleniu zarzuty naruszenia art. 274b§1 oraz art. 201§1 pkt 2, a także art. 124 i 121§1 O.p. nie znajdują uzasadnienia. Podjęte przez organ pierwszej instancji działania pozostawały w zgodzie z treścią art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, a zatem postanowienie organu pierwszej instancji zasługuje na utrzymanie w mocy. W skardze wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie Spółka zarzuciła naruszenie: - art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług poprzez przyjęcie, że Spółce nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego wykazanego w odliczanych fakturach; - art. 121§1 O.p. w zw. z art. 2 Konstytucji RP poprzez wydanie rozstrzygnięcia w oparciu o ocenę prawną transakcji będących przedmiotem postępowania w sposób nieuzasadniony; - art. 274b§1 O.p. poprzez błędne założenie o potrzebie przeprowadzenia czynności sprawdzających zasadność zwrotu podatku, pomimo wyjaśnienia i wykazania w samym postanowieniu, że zakupione przez podatnika materiały i usługi zostały wykonane w celu realizacji inwestycji, - art. 201§1 pkt 2 O.p. przez błędne przyjęcie, że rozpatrzenie sprawy i wydanie decyzji uzależnione jest od rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego przez Powiatowego Inspektora Nadzoru Budowlanego (a następnie Małopolskiego Wojewódzkiego Inspektora Nadzoru Budowlanego), co doprowadziło do zawieszenia postępowania kontrolnego - art. 124 i 121§1 O.p. poprzez wadliwe sporządzenie uzasadnienia oraz instrumentalne i wielokrotne przedłużanie zwrotu (wydano 11 postanowienie o przedłużeniu), - art. 1 ust. 2 Dyrektywy 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UELNr 347; dalej: Dyrektywa 112) poprzez niewłaściwą ocenę, co do jego zastosowania polegającą na braku jego zastosowania, a w konsekwencji naruszenie zasady neutralności VAT i dopuszczenie do sytuacji, w której podatnik nie jest w stanie skorzystać z przysługującego mu prawa do odliczenia VAT, - naruszenie podstawowych zasad procedury podatkowej wyrażonych w art. 120 i art. 191, a także art. 217§2 O.p. w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na rozstrzygnięcie sprawy. W oparciu o powyższe zarzuty Spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz zasądzenie kosztów postepowania według norm przepisanych. Odpowiadając na skargę organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczas prezentowane stanowisko. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył, co następuje: Stosownie do art. 3§1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnym (tekst jedn. Dz. U. z 2026r. poz. 143 ze zm. dalej-p.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. W ramach swej kognicji sąd bada, czy przy wydaniu zaskarżonego aktu nie doszło do naruszenia prawa materialnego i przepisów postępowania. Zgodnie z art. 134§1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Zobowiązany jest natomiast do wzięcia z urzędu pod uwagę wszelkich naruszeń prawa, w tym także tych nie podnoszonych w skardze, które są związane z materią zaskarżonych aktów administracyjnych. Orzekanie odbywa się z uwzględnieniem wówczas obowiązujących przepisów prawa. Na podstawie art. 135 p.p.s.a. Sąd podejmuje środki w celu usunięcia naruszenia prawa, w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego załatwienia sprawy. Uwzględnienie skargi następuje w przypadkach naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy (art. 145§1 pkt 1 lit. a p.p.s.a.), naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego (art. 145§1 pkt 1 lit. b p.p.s.a.), oraz innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145§1 pkt 1 lit. c p.p.s.a.). W przypadkach, gdy zachodzą przyczyny określone w art. 156 Kodeksu postępowania administracyjnego lub w innych przepisach sąd stwierdza nieważność decyzji lub postanowienia (art. 145§1 pkt 2 p.p.s.a.). Sąd wydał wyrok na podstawie akt sprawy na posiedzeniu niejawnym w postępowaniu uproszczonym (art. 133§1 w zw. z art. 119 pkt 3 i art. 120 p.p.s.a). Zgodnie z art. 119 pkt 3 oraz art. 120 p.p.s.a., jeżeli przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie. Sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym w składzie trzech sędziów. Sąd był uprawniony do oceny działań organu w toku postępowania administracyjnego do dnia wniesienia skargi, ale z uwzględnieniem stanu sprawy na dzień orzekania. W przypadku tego rodzaju skarg, skierowanie ich do rozpoznania w powyższym trybie nie jest uzależnione od wniosku strony. Skarga nie zasługiwała na uwzględnienie. W zaskarżonym postanowieniu, organ odwoławczy prezentując dotychczasowy przebieg postępowania wskazał, że Naczelnik Urzędu Skarbowego w Myślenicach, postanowieniem z dnia 1 grudnia 2021r. przedłużył do dnia 31 marca 2022r. termin zwrotu S. Sp. z o.o. w Myślenicach, termin zwrotu podatku od towarów i usług za grudzień 2020r. W przedłożonych Sądowi aktach administracyjnych sprawy nie ma tego postanowienia. Co więcej, nie ma też pozostałych 14 postanowień, które były wydawane w sprawie oraz zażaleń i rozstrzygnięć organu II instancji. Nieprzekazanie Sądowi kompletnych akt postępowania stanowi uchybienie organu, które uniemożliwia Sądowi dokonanie pełnej kontroli zaskarżonego rozstrzygnięcia a w szczególności poznanie szczegółowej motywacji wydawanych kolejnych postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu podatku od towaru i usług za grudzień 2020r. Wskazać bowiem należy, że zgodnie z treścią art. 133§1 p.p.s.a. sąd orzeka na podstawie akt sprawy. Orzekanie "na podstawie akt sprawy" oznacza, że sąd przy ocenie legalności decyzji bierze pod uwagę okoliczności, które z akt tych wynikają i które legły u podstaw zaskarżonego aktu. Podstawą orzekania przez sąd administracyjny jest zatem materiał dowodowy zgromadzony przez organ administracji publicznej w toku postępowania, na podstawie stanu faktycznego i prawnego istniejącego w dniu wydania zaskarżonego rozstrzygnięcia. W zakresie oceny stanu faktycznego ustalonego przez organy sąd administracyjny nie ustala stanu faktycznego, a jedynie wskazuje, które ustalenia organu zostały przez niego przyjęte, a które nie (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 lutego 2008r., sygn. akt II FSK 1665/06). Przypomnieć należy, że przez akta sprawy administracyjnej należy rozumieć w szczególności pełną dokumentację stanowiącą dowód przeprowadzonych przez organy administracyjne i strony czynności prawnomaterialnych i procesowych pozwalających na kontrolę prawidłowości ustaleń poczynionych w sprawie przez organy prowadzące postępowanie administracyjne (por. np. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 27 lutego 2014r., sygn. akt II OSK 2331/12). Podstawą orzekania przez sąd administracyjny jest zatem - co do zasady - materiał dowodowy zgromadzony przez organ administracji publicznej w toku postępowania przed tym organem (zob. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 12 września 2019r., sygn. akt I OSK 2623/17; z dnia 10 lipca 2014r., sygn. akt I GSK 463/13). Orzekanie przez sąd administracyjny możliwe jest tylko na podstawie całości akt sprawy. Oznacza to, że orzeczenie wojewódzkiego sądu administracyjnego powinno być podjęte nie tylko w oparciu o analizę uzasadnienia zaskarżonego aktu i wyjaśnienia stron, ale na podstawie całego materiału faktycznego i dowodowego zgromadzonego przez organ administracji. Warunkiem wydania przez sąd rozstrzygnięcia merytorycznego jest stwierdzenie, że wszystkie okoliczności faktyczne i prawne zostały w sprawie wyjaśnione. Jest to możliwe jedynie wówczas, gdy sąd będzie dysponował kompletnymi aktami sprawy. Sąd nie może wyrokować na podstawie wybiórczej dokumentacji przedstawionej mu przez organ, którego decyzja jest przedmiotem skargi. Tylko pełne akta administracyjne dają sądowi możliwość wszechstronnego i dogłębnego zbadania sprawy we wszystkich jej aspektach, a następnie podjęcia obiektywnego, zgodnego z prawem rozstrzygnięcia. Niedopuszczalne jest zatem, aby sąd orzekał w sprawie nie dysponując całością akt administracyjnych, a w konsekwencji nie zapoznawszy się ze wszystkimi dokumentami sprawy. Przenosząc powyższe uwagi na grunt niniejszej sprawy należy podnieść, że nadesłane przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie akta sprawy, z uwagi na swoje braki, uniemożliwiają Sądowi przeprowadzenie oceny prawidłowości dokonanych przez ten organ ustaleń. W konsekwencji wskazany przez Sąd w niniejszym uzasadnieniu brak pełnych akt administracyjnych uniemożliwia Sądowi nie tylko kontrolę zaskarżonego postanowienia ale również zbadanie zasadności zarzutów skargi. Wskazać należy, że obowiązkiem organu jest przekazanie Sądowi wraz ze skargą i odpowiedzią na skargę kompletnych akt administracyjnych. Rolą Sądu nie jest bowiem poszukiwanie akt w celu ich skompletowania. Niedopuszczalne jest, aby Sąd orzekał nie dysponując zebranymi i powoływanymi przez organy dokumentami, a w konsekwencji nie zapoznawszy się z nimi. Brak kompletnych akt administracyjnych sprawy należy postrzegać jako uchybienie determinujące negatywną ocenę procedowania przez organ. Zgodnie z treścią art. 54§2 p.p.s.a. organ, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania są przedmiotem skargi ma obowiązek wraz z odpowiedzią na skargę przedstawić akta sprawy. W związku z treścią art. 54§2 p.p.s.a. Sąd jest zobligowany przyjąć, że przesłane przez Kolegium przy skardze akta sprawy są tymi, które organ posiadał, prowadząc postępowanie zakończone orzeczeniem zaskarżonym do tut. Sądu. Mając na uwadze ujawnione braki akt postępowania należy tym samym uznać, że organ II instancji oparł swoje rozstrzygnięcie na niepełnym materiale dowodowym i niekompletnych aktach sprawy naruszając art. 120, art. 187§1 i art. 191 O.p. a w konsekwencji doszło również do naruszenia art. 54§2 p.p.s.a. Pierwszy z wymienionych przepisów prawa stanowi, że organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. Art. 187§1 O.p. stanowi natomiast, że organ podatkowy jest obowiązany zebrać i w sposób wyczerpujący rozpatrzyć cały materiał dowodowy. Zgodnie z art. 191 O.p. organ podatkowy ocenia na podstawie całego zebranego materiału dowodowego, czy dana okoliczność została udowodniona. Wykazane powyżej nieprawidłowości postępowania, zakończonego zaskarżonym postanowieniem obligowały Sąd do wyeliminowania go z porządku prawnego jak również postanowienia organu I instancji. Należy przy tym zauważyć, że niniejszy wyrok nie przesądza kwestii zasadności podnoszonych przez Skarżącą Spółkę zarzutów, gdyż wskazane braki akt sprawy uniemożliwiają Sądowi pełne odniesienie się do przeprowadzonego przez organy postępowania w zakresie prawidłowego zastosowania przepisów procesowych (Ordynacji podatkowej) oraz przepisów prawa materialnego. Ponownie orzekając organ odwoławczy, na zasadzie art. 153 p.p.s.a., uwzględni ocenę prawną i wskazania co do dalszego postępowania sformułowane w uzasadnieniu niniejszego wyroku a w szczególności skompletuje akta o brakujące wszystkie postanowienia dotychczas wydane, zażalenia i postanowienia organu odwoławczego. Mając na uwadze, iż zaskarżona decyzja narusza przepisy postępowania Sąd działając w oparciu o art. 145§1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. orzekł o uchyleniu zaskarżonego postanowienia oraz postanowienia organu I instancji gdyż było to niezbędne do końcowego załatwienia sprawy (art. 135 p.p.s.a.). O kosztach rozstrzygnięto na podstawie art. 200, art. 205§2 i §4 i art. 209 p.p.s.a. w zw. z §2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018r. Nr 1687). Na koszty w wysokości 597,00 zł złożył się uiszczony wpis od skargi (100,00 zł), wynagrodzenie profesjonalnego pełnomocnika-doradcy podatkowego (480,00 zł) oraz kwota uiszczonej opłaty skarbowej od pełnomocnictwa (17,00 zł).