I SA/Łd 424/25
WyrokWSA w Łodzi2025-11-05
Skład orzekający: Wiktor Jarzębowski, Ewa Cisowska - Sakrajda, Tomasz Furmanek
Analiza orzeczenia
Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.
Zagadnienie prawne
Czy Dyrektor Izby Administracji Skarbowej zasadnie utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego o przedłużeniu terminu zwrotu części nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, gdy wątpliwości organu dotyczyły rzekomo zawyżonej ceny opakowań nabywanych przez podatnika?Ratio decidendi
Sąd uznał, że organy podatkowe zasadnie przedłużyły termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Wątpliwości organów co do zasadności zwrotu, wynikające z potencjalnie zawyżonej ceny opakowań nabywanych przez podatnika, były wystarczające do zastosowania art. 87 ust. 2 ustawy o VAT i art. 274b Ordynacji podatkowej. Organy prawidłowo wskazały na konkretne wątpliwości i podjęte czynności w celu ich weryfikacji, a podatnikowi przysługuje prawo do odsetek w przypadku niesłusznego wstrzymania zwrotu.Stan faktyczny
Spółka A złożyła deklarację VAT za sierpień 2024 r., wykazując nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu. Naczelnik Urzędu Skarbowego (NUS) powziął wątpliwości co do wartości opakowań nabywanych przez Spółkę, które mogły być zawyżone, co miało związek z wykazaną nadwyżką. W związku z tym NUS przedłużył termin zwrotu. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej (DIAS) utrzymał w mocy postanowienie NUS. Spółka wniosła skargę do WSA, zarzucając naruszenie przepisów prawa materialnego i procesowego, w tym ciągłe przedłużanie postępowania bez winy podatnika oraz naruszenie prawa do dobrej administracji.Rozstrzygnięcie
Oddalił skargę.Pełny tekst orzeczenia
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi – Wydział I w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Wiktor Jarzębowski (spr.), Sędziowie Sędzia WSA Ewa Cisowska - Sakrajda, Asesor WSA Tomasz Furmanek, Protokolant Starszy sekretarz sądowy Przemysław Cieślarek, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 05 listopada 2025 r. sprawy ze skargi A. Sp. z o.o. z/s w Ł. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z dnia 21 maja 2025 r. nr 1001-IOV-2.4033.6.2025.5 w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu części nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2024 r. oddala skargę.
Zaskarżonym postanowieniem z dnia 21 maja 2025 r., wydanym m.in. na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239, art. 274b oraz art.13 § 2c ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2025 r., poz. 111 ze zm.), dalej: "O.p.", Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi, dalej: "DIAS", po rozpatrzeniu zażalenia z 6 marca 2025 r. na postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego Łódź-Widzew, dalej: "NUS", z 26 lutego 2025 r., wydanego wobec Apteki A Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w Łodzi, dalej: "Strona" albo "Spółka", w przedmiocie przedłużenia do dnia 30 kwietnia 2025 r. terminu zwrotu części nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2024 r. w kwocie 31 752,95 zł, utrzymał w mocy postanowienie organu I instancji.
Z dokonanych przez NUS ustaleń wynika, że 23 września 2024 r. Strona złożyła deklarację dla podatku od towarów i usług w formie JPK_V7M za sierpień 2024 r., w której wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 40 000 zł do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni; tj. do 22 listopada 2024 r. Podczas weryfikacji zasadności zwrotu tej nadwyżki NUS powziął wątpliwości co do wartości komponentów (opakowań) wykorzystywanych do leków recepturowych nabywanych przez Stronę ze stawką podatku vat 23%, a następnie sprzedawanych razem z lekami recepturowymi ze stawką 8%. Według jego oceny, nabywane przez Stronę z hurtowni opakowania mają cenę zawyżoną względem ceny rynkowej, co pozostaje w bezpośrednim związku z wykazaną przez Spółkę nadwyżką podatku do zwrotu. Wobec powyższego, w dniu 7 października 2024 r. NUS skierował do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Wolsztynie. wniosek o weryfikację przedmiotowych transakcji u kontrahenta i głównego dostawcy Strony – B Sp. z o.o. i w związku z tym postanowieniem z dnia 28 października 2024 r. orzekł o przedłużeniu terminu zadeklarowanego przez Stronę zwrotu części (31 752,95 zł) różnicy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do dnia 28 lutego 2025 r. Na to postanowienie Spółka nie wniosła zażalenia.
Ponadto w uzasadnieniu NUS wskazał, że wartość zakupów i podatku naliczonego, w tym nadwyżki wykazanej przez Stronę do zwrotu na rachunek bankowy, mają bezpośredni związek z generowaniem wysokich kwot refundacji jakie Spółka otrzymała z Narodowego Funduszu Zdrowia, dalej: "NFZ". W związku z tym wnioskiem z 9 października 2024 r. NUS wystąpił do NFZ o udzielenie informacji w zakresie m.in. weryfikacji prawidłowości rozliczeń z Apteką A. W odpowiedzi z 15 października 2024 r. NFZ poinformował, iż nie prowadził czynności sprawdzających ani kontroli wobec Strony.
Postanowieniem z dnia 26 lutego 2025 r. wydanym na podstawie art. 274b O.p. i art. 87 ust. 2 i 2b ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 361), dalej: "u.p.t.u.", NUS po raz drugi przedłużył Stronie termin zwrotu części przedmiotowej nadwyżki do dnia 30 kwietnia 2025 r.
W uzasadnieniu NUS wskazał, że do dnia wydania przedmiotowego postanowienia nie uzyskał odpowiedzi na wniosek z 7 października 2024 r. skierowany do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Wolsztynie., a odpowiedź ta jest kluczowa dla potwierdzenia zasadności wykazanego przez Spółkę zwrotu podatku. Uzyskanie informacji na temat transakcji Spółki z jej głównym dostawcą, firmą B sp. z o.o., umożliwiłoby bowiem zebranie materiału dowodowego i przeprowadzenie dalszych czynności sprawdzających w zakresie weryfikacji wartości komponentów (opakowań) nabywanych ze stawką 23% i sprzedawanych razem z lekami recepturowymi ze stawką 8%. W treści uzasadnienia postanowienia NUS przytoczył te okoliczności jako argumentację dalszego istnienia wątpliwości dotyczących prawidłowości rozliczenia podatkowego Strony oraz wysokości kwoty nadwyżki wykazanej do zwrotu.
Ponadto organ wyjaśnił, że z przesłanego przez Stronę oświadczenia (maile z 8.10.2024 r., 14.10.2024 r.) wynika m. in., że:
- głównymi dostawcami Spółki są: B sp. z o. o i C S.A,
- w aptece są realizowane w ponad 60% leki recepturowe dla Domów Pomocy Społecznej (prywatnych), przy czym nie wskazano nazw DPS-ów,
- realizacja recept jest prowadzona na złożone zapotrzebowania w imieniu pacjenta przez DPS,
- leki odbierane są osobiście lub przez kuriera dostarczane do DPS-u,
- zasięg terytorialny tych DPS-ów to: W., J., P., S., K., S.1., P.1, W.1, L., S.2, C., K.1, C.1, T., B., S.1, T.1, B.1, Ł.
- apteka z Domami Opieki nie ma żadnych zawartych umów, apteka korzysta z refundacji z NFZ na leki recepturowe,
- w aptece zatrudnione są na etat 4 osoby, w tym 3 farmaceutki,
- w działalności apteki nastąpił wzrost ilości recept w okresie: V-VIII/2024 r, w podziale na miesiące: V/2024 r. - 116, VI/2024 r. - 172, VII/2024 r. - 204, VIII/2024 r. - 259,
- wzrost sprzedaży w aptece wynika z coraz większego zainteresowania ze strony DPS-ów na leki robione, ponieważ jest znikoma ilość aptek, które wykonują recepturę i mają aktywną recepturę; stacjonarnie bardzo dobrze rozwija się sprzedaż psychotropów, szczepionek oraz leków deficytowych, co także ma kluczowy wpływ na wielkość sprzedaży.
Osiem spośród przedłożonych przez Stronę do czynności sprawdzających faktur wystawionych przez podmiot B Sp. z o.o. dokumentuje zakup opakowań (B Rec. Butelka z nakrętką, B Rec. pudełko/tuba) ze stawką 23%. Faktury te opiewają łącznie na kwotę netto 138.056,28 zł, VAT 31.752,95 zł.
NUS wyjaśnił, że źródłem stwierdzonych w sprawie wątpliwości co do prawidłowości rozliczenia przez Stronę podatku od towarów i usług za sierpień 2024 r. jest brak materiału dowodowego niezbędnego do oceny rzetelności dokonywanych przez Spółkę zakupów tych opakowań, w sytuacji kiedy zachodzą uzasadnione wątpliwości, że zakupione od hurtowni B Sp. z o.o. opakowania mają zawyżoną cenę względem ceny rynkowej, co pozostaje w związku z wykazaną nadwyżką podatku naliczonego nad należnym wykazaną do zwrotu.
Jako dodatkowe uzasadnienie stwierdzonych wątpliwości NUS wskazał, że na stronie internetowej Ministerstwa Zdrowia zamieszczony jest komunikat w sprawie nadużyć związanych z lekami recepturowymi, w którym Minister informuje m.in. o sytuacjach dotyczących podmiotów, które zawyżają ceny opakowań stosowanych do przechowywania wytworzonych leków recepturowych oraz wzrostu kosztu leków gotowych wykorzystywanych w praktyce recepturowej, wskazując, że buteleczka jałowa kosztuje ponad 4 zł, tymczasem wystąpiły sytuację, w których NFZ zapłacił za nią 31 razy więcej, np. za opakowanie Linomagu (płyn) NFZ zapłacił 302 zł, a cena rynkowa identycznego preparatu wynosi niewiele ponad 17 zł.
Po przeanalizowaniu zażalenia Skarżącej na powyższe rozstrzygnięcie opisanym na wstępie postanowieniem z dnia 21 maja 2025 r. DIAS utrzymał je w mocy.
W uzasadnieniu DIAS podkreślił, że odpowiedź Naczelnika Urzędu Skarbowego w Wolsztynie na wniosek NUS z 28 października 2024 r. w sprawie komponentów sprzedawanych Stronie przez spółkę B wpłynęła do organu I instancji dopiero 13 marca 2025 r., a więc już po wydaniu przez ten organ zaskarżanego postanowienia. W ocenie organu odwoławczego, wobec opisanych przez NUS wątpliwości co do prawidłowości rozliczeń podatkowych Strony, oczekiwanie na ten dowód oraz ewentualny czas niezbędny na jego ocenę, były wystarczającą i uzasadnioną podstawą wydania postanowienia NUS z 26 lutego 2025 r. o przedłużeniu terminu częściowego zwrotu. Aby ustalić stan faktyczny oraz stwierdzić poprawność rozliczenia Strony konieczna jest bowiem dalsza analiza zgromadzonego materiału dowodowego oraz przeprowadzenie dalszych czynności niezbędnych do ustalenia zasadności zwrotu przedmiotowej nadwyżki polegających m.in. na weryfikacji składników nabytych przez Spółkę ze stawką VAT 23% i następnie sprzedanych w formie leków recepturowych ze stawką \/AT 8%. Różnica w stawce podatku między nabyciem tych towarów, a ich dostawą ma bowiem wpływ na wysokość kwoty deklarowanej do zwrotu.
DIAS wskazał, że dokonując przedłużenia terminu zwrotu NUS znajdował się w trybie czynności sprawdzających. W takim wypadku organ może przedłużyć termin zwrotu wtedy, kiedy zasadność zwrotu wykazanego przez podatnika wymaga dodatkowego zweryfikowania, zaś organ, mając na uwadze konkretne wątpliwości, z tego właśnie powodu w konkretnym stanie faktycznym uzna przedłużenie zwrotu za zasadne. W opinii DIAS, organ I instancji w uzasadnieniu wskazał na takie konkretne wątpliwości oraz na czynności, które podjął celem weryfikacji zasadności wykazanego zwrotu. W ocenie organu odwoławczego, podjęte przez NUS działania stanowią wystarczające motywy uzasadniające konieczność przedłużenia zwrotu. Organ podatkowy nie przekroczył granic wskazanych w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, gdyż w zaskarżonym postanowieniu, przedłużając termin zwrotu podatku od towarów i usług, wskazał na powody odmowy dokonania zwrotu w ustawowym terminie, przedstawił istniejące w tym zakresie wątpliwości oraz wskazał, dlaczego uznał, że takie wątpliwości wystąpiły. Podatnik otrzymał więc jasną informację, z czego wynika powód przedłużenia terminu zwrotu podatku od towarów i usług.
Na powyższe postanowienie Spółka wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi. Zaskarżonemu postanowieniu zarzucono naruszenie przepisów prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, tj.:
1.1. art. 87 ust. 2 u.p.t.u., poprzez ciągłe (kolejne) przedłużanie postępowania w sprawie częściowego zwrotu bez winy podatnika, tj. w wyniku braku możliwości przeprowadzenia weryfikacji transakcji u podmiotów trzecich (kontrahentów podatnika);
1.2. art. 274b O.p., poprzez ciągłe (kolejne) przedłużanie postępowania w sprawie częściowego zwrotu bez winy podatnika, tj. w wyniku braku możliwości przeprowadzenie weryfikacji transakcji u podmiotów trzecich (kontrahentów podatnika);
1.3. art. 21 ust. 1, art. 64 ust. 2 Konstytucji RP oraz art. 17 ust. 1 w zw. z art. 51 ust. 1 Karty praw podstawowych UE (Dz. Urz. UE. z dnia 14 grudnia 2007 r. Nr C 303, s. 1), poprzez pozbawienie podatnika możliwości korzystania z kapitału;
1.4. art. 2 Konstytucji RP oraz ort. 41 ust. 1 w zw. z ort. 51 ust. 1 Karty praw podstawowych UE (Dz. Urz. UE. z dnia 14 grudnia 2007 r. Nr C 303, s. 1), poprzez pozbawienie podatnika prawo do dobrej administracji.
Mając na uwadze powyższe zarzuty wniesiono o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia (w skardze omyłkowo wskazano "zaskarżonej decyzji") oraz poprzedzającego je postanowienia organu I instancji oraz zasądzenie kosztów postępowania.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując argumentację zawartą w zaskarżonym postanowieniu.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi zważył, co następuje:
Skarga nie jest uzasadniona, gdyż organ podatkowy nie naruszył ani przepisów prawa materialnego, ani przepisów prawa procesowego w stopniu mającym lub mogącym mieć wpływ na wynik sprawy, a w szczególności nie naruszył przepisów prawa wskazanych w zarzutach skargi.
Podstawą przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej przez Spółkę w deklaracji za sierpień 2024 był m.in. art. 87 ust. 2 i 2b u.p.t.u. w zw. z art. 274b § 1 O.p. Zgodnie z treścią tego pierwszego przepisu zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b,6, 6a, 6d następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, pisemnego, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. Zgodnie zaś z art. 87 ust. 2b u.p.t.u. weryfikacja zasadności zwrotu różnicy podatku może obejmować sprawdzenie rozliczenia podatnika, rozliczeń innych podmiotów biorących udział w obrocie towarami lub usługami, będącymi przedmiotem rozliczenia podatnika, oraz sprawdzenie zgodności tych rozliczeń z faktycznym przebiegiem transakcji.
Z kolei z art. 274b O.p. wynika, że jeżeli przeprowadzenie czynności sprawdzających zasadność zwrotu podatku wymaga przedłużenia terminu zwrotu podatku wynikającego z odrębnych przepisów, organ podatkowy może postanowić o przedłużeniu tego terminu do czasu zakończenia czynności sprawdzających.
Z przepisów powyższych wynika, że zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym nie jest automatyczny i nie zależy tylko od wykazania go w deklaracji sporządzanej przez podatnika, bowiem w razie wątpliwości co do zasadności zwrotu organ wskazany w przepisie, a więc właściwy naczelnik urzędu skarbowego, może przedłużyć termin deklarowanej do zwrotu nadwyżki podatku do czasu sprawdzenia, czy jest ona uzasadniona. Z brzmienia analizowanego przepisu można też wyprowadzić wniosek, że postanowienie przedłużające termin zwrotu nie może być dowolnie uzasadniane, skoro w przepisie użyto takich wyrażeń, jak "zasadność zwrotu" i "wymóg dodatkowego zweryfikowania". Organ podatkowy powinien wskazać na powody odmowy dokonania zwrotu i przedstawić istniejące w tym przedmiocie wątpliwości. Podatnik w tym zakresie powinien otrzymać jasną informację, z czego wynika powód zakwestionowania zasadności zwrotu podatku. Brak wystarczającego uzasadnienia narusza ogólne zasady postępowania, w tym zasadę zaufania obywatela do organów podatkowych. Uzasadnione wątpliwości, uzasadniające przedłużenie terminu do zwrotu podatku, powinny być oparte na obiektywnych racjach, powinny być słuszne i usprawiedliwione (zob. wyrok WSA w Białymstoku z 16.07.2014 r. I SA/Bk 217/14, LEX nr 1493703). Jednocześnie z przepisu tego nie wynika, że do wydania postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku konieczne jest udowodnienie, iż zwrot podatku jest niezasadny. Ustawodawca jedynie wymaga, aby zasadność zwrotu wywoływała podejrzenia.
Istota i sens procedury weryfikacyjnej została trafnie określona przez WSA we Wrocławiu w wyroku z 28.08.2014 r. (I SAB/Wr 5/14, LEX nr 1510332), w którym podkreślono, że "kontrola zasadności VAT jest z założenia kontrolą doraźną, za pomocą której w sposób szybki powinno się zweryfikować zaistniałe wątpliwości w przedmiocie zasadności zwrotu VAT. Szybkość ma tutaj aspekt kluczowy, albowiem z jednej strony pozwala na skuteczne zidentyfikowanie potencjalnych oszustów w zakresie VAT i zastosowanie adekwatnych środków wobec tych podmiotów, jak też ochronę rzetelnych podatników, którzy funkcjonują w systemie VAT przed narażeniem ich na straty ekonomiczne. Procedura ta jednak nie powinna wykraczać poza to, co jest konieczne dla takiej weryfikacji i powodować, że uzyskanie takiego zwrotu jest nadmiernie utrudnione lub w praktyce wręcz niemożliwe. [...] Bezczynność organu kontroli skarbowej w zakresie weryfikacji zasadności zwrotu VAT w pierwszej kolejności uderza w interesy rzetelnego podatnika, u którego brak zwrotu VAT może przyczynić się do jego upadłości z uwagi na utratę przez niego płynności finansowej. Po drugie, ww. postępowanie organu kontroli skarbowej godzi w interesy Skarbu Państwa nie tylko poprzez fakt konieczności zapłaty odsetek za zwłokę w razie stwierdzenia zasadności zwrotu, lecz przede wszystkim dlatego, że niweczy szanse na wykrycie oszustów VAT, co prowadzi do strat budżetowych. Po trzecie, takie postępowanie godzi także w interesy innych państw członkowskich i Unii Europejskiej, albowiem niepodejmowanie działań skutecznych w celu wykrycia oszustów na terytorium Polski jest sprzeczne z systemem VAT i zobowiązaniem Polski w zakresie współpracy w tym zakresie. Nie można zapominać, że funkcjonowanie dużej ilości oszustów w systemie VAT prowadzi do zakłócenia warunków konkurencji, a w konsekwencji ma to negatywny wpływ na funkcjonowanie rynku wewnętrznego. Po czwarte, powyższe godzi też w interesy innych rzetelnych podatników VAT, którzy mają prawo oczekiwać od Państwa skutecznych działań w ww. zakresie tak, aby nie ponosili ujemnych skutków oszustw podatkowych".
Sąd rozpatrujący niniejszą sprawę zgadza się ze sformułowanym wyżej poglądem. Analizując treść zaskarżonego postanowienia można dojść do wniosku, że organ odwoławczy utrzymując w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego Łódź-Widzew podzielił pogląd, że istnieją rzeczywiste wątpliwości co do zasadności wykazanego zwrotu, które wymagają dalszej weryfikacji, a ponadto, że organ pierwszej instancji w dostateczny sposób wskazał zarówno na te wątpliwości, jak i na zakres koniecznej do przeprowadzenia weryfikacji.
Rozpatrując treść wskazanych wyżej przepisów dotyczących możliwości przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku można stwierdzić, że warunki skutecznego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym są następujące:
- istnieją rzeczywiste wątpliwości co do zasadności wykazanego przez podatnika zwrotu;
- przedłużenie terminu zwrotu dokonywane jest przez uprawniony do tego organ, czyli naczelnika urzędu skarbowego;
- przedłużenie takie dokonywane jest w celu weryfikacji zasadności deklarowanej do zwrotu kwoty nadwyżki, która to weryfikacja może odbyć się w ramach jednej z procedur wymienionych w art. 87 ust. 2 u.p.t.u.;
- przedłużenie terminu zwrotu dokonywane jest przed upływem wynikającego z ustawy terminu zwrotu, lub gdy jest to kolejne przedłużenie, przed upływem terminu wyznaczonego przez naczelnika urzędu skarbowego we wcześniejszym postanowieniu;
- wskazywane przez organ wątpliwości co do zasadności zwrotu muszą dotyczyć okresu rozliczeniowego, w którym ten zwrot został wykazany.
Ponadto powyższe warunki zastosowania art. 87 ust. 2 u.p.t.u. powinny znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu postanowienia wydawanego przez właściwego naczelnika urzędu skarbowego, aby możliwa była kontrola takiego aktu, najpierw przez podatkowy organ odwoławczy, a później ewentualnie przez sąd administracyjny.
Przedmiotem oceny Sądu w tej sprawie jest nie tylko zaskarżone postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z dnia 21 maja 2025 r., ale także poprzedzające je postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego Łódź-Widzew z 26 lutego 2025 r. przedłużające Spółce do 30 kwietnia 2025 r. termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2024 r. Wynika to m.in. z tego, że w skardze Spółka wniosła o uchylenie także postanowienia organu pierwszej instancji, a zgodnie z art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz.U. z 2024 r. poz. 935), w skrócie P.p.s.a., sąd stosuje przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia.
W ocenie Sądu wymienione wyżej przesłanki przedłużenia terminu zwrotu części nadwyżki podatku naliczonego nad należnym zostały spełnione, co zostało wykazane w postanowieniach organów wydanych w tej sprawie.
Poza sporem jest to, że postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu zostało wydane przez uprawniony organ, to jest Naczelnika Urzędu Skarbowego Łódź-Widzew, że zostało wydane przed upływem terminu wynikającego z pierwszego przedłużenia, które przez Spółkę nie było kwestionowane, że celem przedłużenia jest weryfikacja zasadności deklarowanej do zwrotu kwoty nadwyżki, i że weryfikacja odbywa się w ramach jednej z procedur wymienionych w art. 87 ust. 2 u.p.t.u. Natomiast przedmiotem sporu jest to, czy istnieją rzeczywiste wątpliwości co do zasadności wykazanego przez Spółkę zwrotu. W zakresie tego sporu Sąd przyznaje rację organom, które w dostateczny sposób wykazały istnienie takich wątpliwości i wskazały na sposób ich weryfikacji.
Należy podkreślić, że procedura przyjęta w omawianym przepisie ma służyć zabezpieczeniu interesów budżetu państwa i unikaniu dokonywania zwrotów, które w wyniku późniejszych działań administracji podatkowej mogłyby okazać się nienależnymi lub nawet niemożliwymi do odzyskania. Przepis art. 87 ust. 2 zd. 2 u.p.t.u. nie zawiera konkretnych przesłanek nakazujących weryfikację zasadności zwrotu. Wystarczy więc powzięta przez organ podatkowy wątpliwość co do zasadności zwrotu (por. wyrok WSA w Warszawie z dnia 8 grudnia 2015 r., III SA/Wa 2384/15).
W postanowieniu o przedłużeniu terminu zwrotu organ podatkowy decyduje wyłącznie o konieczności dalszego badania zasadności zwrotu, a nie o samej zasadności zwrotu. Organ nie ma wykazać, że zwrot jest niezasadny, ani że istnieją dowody przemawiające za niezasadnością zwrotu. Ustawodawca nie uzależnia możliwości przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku VAT od wykazania przez organ, że zwrot ten jest nienależny, lecz od uznania, że konieczna jest weryfikacja (sprawdzenie zasadności) tego zwrotu. Organ obowiązany jest natomiast wykazać, że istnieją okoliczności przemawiające za potrzebą dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku. Chodzi zatem o sytuacje, gdy istnieją okoliczności przemawiające za potrzebą dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku (por. wyrok NSA z dnia 11 kwietnia 2014 r., I FSK 610/13) i na takie okoliczności w rozpatrywanej sprawie organy wskazały. Przede wszystkim wskazano, że wątpliwości w zakresie zadeklarowanej do zwrotu kwoty nadwyżki i konieczności dalszego sprawdzania wynikają z potrzeby sprawdzenia rzetelności faktur VAT dokumentujących zakup składników nabytych przez skarżącą Spółkę ze stawką VAT 23% i następnie sprzedanych w formie leków recepturowych ze stawką VAT 8%, gdyż na wnioskowaną kwotę zwrotu bezpośredniego VAT-u wpływ ma m.in. różnica między nabyciem towarów opodatkowanych stawką 23% a dostawą towarów opodatkowanych stawką 8%. Przy czym weryfikacji podlegały transakcje z kilkoma kontrahentami, z tym że wątpliwości wzbudziły transakcje z głównym dostawcą komponentów (opakowań) do wytworzenia leków recepturowych - B sp. z o.o. na łączną kwotę 138.056,28 zł netto i 31.752,95 zł VAT. Transakcje z tym kontrahentem stanowią 42,75% zakupów w sumie wszystkich zakupów.
Z zebranego w sprawie materiału dowodowego wynika, iż skarżąca Spółka w spornym okresie zadeklarowała 225 transakcji głównie na rzecz osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej na wartość 278.266,90 zł netto i 23.112,84 zł VAT oraz zadeklarowała 10 transakcji z B sp. z o.o. na łączną wartość 75.428,31 zł netto i 16.391 zł VAT, 137 transakcji z D S.A na łączną kwotę jedynie 39.046,57 zł netto i 2.359,12 zł VAT oraz z 78 transakcji z E S.A. na łączną wartość 25.624 zł netto i 1.660,90 zł VAT. Z przekazanych przez spółkę dokumentów wynika natomiast, że osiem spośród przedłożonych do czynności sprawdzających faktur wystawionych przez B sp. z o.o. dokumentuje zakup opakowań ze stawka 23% VAT na łączną kwotę 138.056,28 zł netto i 31.752,95 zł VAT. Spółka przyznała też, że w aptece są realizowane w ponad 60% leki recepturowe dla Domów Pomocy Społecznej, ale nie ma z nimi zawartych żadnych umów, jak też nie wskazała ich nazw. Recepty te spółka zrealizowała na rzecz DPS-ów w całej Polsce – W., J., P., S., K., S.1., P.1, W.1, L., S.2, C., K.1, C.1, T., B., S.1, T.1, B.1, Ł.. Skarżąc spółka – apteka zatrudnia na etat cztery osoby, w tym trzy farmaceutki. Leki recepturowe miały być odbierane osobiście lub dostarczane kurierem do DPS-ów.
Wszystkie te okoliczności wzięte pod uwagę razem i w świetle już zgromadzonych dowodów dały podstawę do powzięcia wątpliwości o prawidłowości wykazanego zwrotu. Analiza tych danych może rodzić wiele wątpliwości, przede wszystkim, co do wartości komponentów (opakowań). Można zaobserwować niepokojące zjawisko nabywania przez Spółkę opakowań do leków recepturowych mających znaczną wartość w stosunku do surowca farmaceutycznego, z którego wykonywane są leki recepturowe. A to zjawisko należy oceniać w kontekście wprowadzenia od stycznia 2024 r. limitów refundacji na surowce farmaceutyczne, przy jednoczesnym braku limitu na opakowania. Wartość nabytych przez skarżącą Spółkę opakowań jest bowiem kilkakrotnie większa niż ich wartość rynkowa, jak wskazują organy. Jak podaje w oficjalnym komunikacie Ministerstwo Zdrowia, ostrzegając przed nadużyciami w sprzedaży leków recepturowych, analogiczne opakowanie (buteleczka jałowa) kosztuje około 4 zł, natomiast NFZ refundując lek recepturowy przekazał tytułem tej refundacji na to opakowanie kwotę 31 razy większą, za opakowanie Linomagu zrefundował 302 zł, podczas gdy cena rynkowa identycznego preparatu wynosi niewiele ponad 17 zł. Za słuszny należy zatem uznać wniosek organów, że nabyte przez skarżącą Spółkę od B sp. z o.o. opakowania mają zawyżoną cenę w stosunku do ich ceny rynkowej, co ma bezpośredni związek z wykazaną nadwyżką podatku naliczonego nad należnym wykazaną do zwrotu w części deklarowanej w spornym okresie w JPK_V7M oraz generowaniem wysokich refundacji, jakie spółka otrzymała z NFZ. Zakup bardzo drogich opakowań (ze stawką 23% VAT) potrzebnych do realizacji recept na leki recepturowe wygenerował taką nadwyżkę. A co nie bez znaczenia skarżąca Spółka, pomimo wykazania sprzedaży i podatku należnego (skalkulowanych według wysokich kosztów zakupu), w rzeczywistości nie ponosi ciężaru z tego tytułu. Otrzymuje bowiem refundację z NFZ.
Ponadto należy mieć na uwadze, że skarżone w niniejszej sprawie postanowienie DIAS dotyczyło utrzymania w mocy postanowienia NUS z dnia 26 lutego 2025 r., które było drugim postanowieniem przedłużającym termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2024 r. Pomijając już wskazane wyżej bardzo istotne okoliczności mogące budzić wątpliwości co do zasadności zwrotu nadwyżki podatku za sierpień 2024 r., to należy zauważyć, że w chwili wydawania przez NUS postanowienia organ ten nie miał jeszcze odpowiedzi na swój wniosek skierowany do NUS w W. o weryfikację transakcji Spółki z B sp. z o.o. A zatem w chwili wydawania tego postanowienia sytuacja była w zasadzie taka sama jak w chwili przedłużania terminu zwrotu różnicy podatku po raz pierwszy, czego przecież Spółka nie kwestionowała. Zasadnie NUS Łódź-Widzew zauważył, że na tym etapie weryfikacji zasadności wykazanego zwrotu kluczowe było uzyskanie odpowiedzi na zapytanie skierowane do NUS w W., gdyż informacje zawarte w takiej odpowiedzi pozwolą na ukierunkowanie ewentualnych dalszych czynności sprawdzających. Oceny tej nie zmienia fakt, że oczekiwana odpowiedź wpłynęła od NUS w W. 13 marca 2025 r., a więc przed wydaniem zaskarżonego postanowienia DIAS, ale jednak po wydaniu postanowienia NUS Łódź-Widzew. Należy bowiem mieć na uwadze, że przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku dokonuje właściwy naczelnik urzędu skarbowego, a zatem na chwilę wydawania postanowienia przez ten organ powinny być zgromadzone informacje konieczne do oceny sytuacji.
Zaskarżone w niniejszej sprawie postanowienie utrzymuje w mocy postanowienie NUS z 26 lutego 2025 r., a zatem postanowienia te nie zostały wydane w znacznej odległości czasowej od ustawowego 60-dniowego terminu zwrotu, który przypadał na koniec listopada 2024. Istotne jest także to, że organ przedłużył termin zwrotu różnicy podatku jedynie w części, tj. w kwocie 31.752,95 zł, wynikającej jedynie z faktur wystawionych przez głównego dostawcę skarżącej Spółki - B, podczas gdy skarżąca dokonywała w spornym okresie transakcji także z innymi kontrahentami (dostawcami surowców). Świadczy to o tym, że rzeczywistym celem przedłużenia terminu zwrotu było dążenie do weryfikacji zasadności wykazanego zwrotu i uzyskania na to dodatkowego czasu, a nie zwlekanie z dokonaniem zwrotu bez powodu.
Nie są także uzasadnione zarzuty z punktów 1.3. i 1.4. skargi, bowiem zastosowanie instytucji przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku jest przewidziane przepisami prawa i podatnik musi się liczyć z wynikającą dla niego niedogodnością polegającą na braku czasowej możliwości korzystania z kapitału. Przedłużenie terminu zwrotu zostało w tej sprawie zastosowane zgodnie z prawem.
Sąd ma też na uwadze, że w przypadku niesłusznego wstrzymania zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym, gdy przeprowadzone postępowanie wyjaśniające wykaże zasadność zwrotu nadwyżki podatku, podatnikowi wypłaca się należną kwotę zwrotu powiększoną o odsetki w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia terminu płatności podatku lub rozłożenia go na raty (art. 87 ust 2 zd. trzecie ustawy o VAT). Interesy finansowe Spółki są zatem w taki sposób zabezpieczone. Tym bardziej więc nie zasługuje na uwzględnienie argument odwołujący się do braku możliwości dysponowania kapitałem.
Mając powyższe na uwadze Sąd, na podstawie art. 151 p.p.s.a., oddalił skargę.
mko
Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 13.09.2026. · Źródło