I SA/Po 485/26

Dnia 26 maja 2026 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Waldemar Inerowicz Sędziowie Sędzia WSA Szymon Widłak Sędzia WSA Izabela Kucznerowicz (spr.) Protokolant: st. sekr. sąd. Marta Ziewińska po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 26 maja 2026 roku sprawy ze skargi W. Spółki z o.o. w P. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 23 grudnia 2025 r. nr [...] w przedmiocie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2025 r. I. uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego [...] z dnia 20 sierpnia 2025 r., nr [...]; II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 1495 zł (słownie: tysiąc czterysta dziewięćdziesiąt pięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Decyzją z dnia 20 sierpnia 2025 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego P. , odmówił W. Sp. z o.o. w P. (dalej: "skarżąca", "podatnik", "strona") dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek VAT w kwocie wynoszącej 49.819,00 zł, która wynikała ze złożonego 29 lipca 2025 r. pliku [...] za miesiąc czerwiec 2025 r. Organ I instancji wskazał, że zgromadzone informacje i dokumenty oraz dokonane w toku postępowań i zakończonych kontroli celno-skarbowych ustalenia, z których wynika, iż kontrahent skarżącej, tj. O. SPÓŁKA Z OGRANICZONĄ ODPOWIEDZIALNOŚCIĄ, jest podmiotem nierzetelnym, nieprowadzącym rzeczywistej działalności gospodarczej oraz fakt, że w rozliczeniu za czerwiec 2025 r. spółka dokonuje odliczenia podatku VAT od faktur wystawionych przez tego kontrahenta, potwierdzają uzasadnione wątpliwości co do prawidłowości i rzetelności transakcji udokumentowanych fakturami wystawionymi przez kontrahenta strony, co w konsekwencji budzi uzasadnione zastrzeżenia w zakresie prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z przedmiotowych faktur. Organ podkreślił ponadto, że skarżąca i wskazany kontrahent są podmiotami powiązanymi osobowo co jest przesłanką wskazującą na zwiększone ryzyko dokonywania nadużyć. W ocenie organu obecnie nie jest możliwa realizacja zwrotu podatku VAT w kwocie, o którą skarżąca wnioskowała w części deklaracyjnej pliku [...] za czerwiec 2025 r. W odwołaniu strona wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji i uznanie, że weryfikacja zasadności zwrotu różnicy podatku nie dostarcza podstaw do odmowy tego zwrotu. Decyzją z dnia 23 grudnia 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję. W motywach decyzji organ odwoławczy podzielił stanowisko i argumenty przedstawione przez organ I instancji i podkreślił, że powzięcie wskazanych przez organ I instancji wątpliwości skutkowało koniecznością odmowy dokonania zwrotu w drodze decyzji. Organ odwoławczy wyjaśnił, że prawidłowość zadeklarowanej w pliku [...] za czerwiec 2025 r. nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek VAT zostanie zbadana w toku prowadzonej kontroli celno-skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług, która została wszczęta wobec spółki W. we wrześniu 2025 r. Mając powyższe na uwadze organ odwoławczy podtrzymał, że Naczelnik zasadnie w skarżonej decyzji stwierdził, że realizacja zwrotu nie jest obecnie możliwa. Organ odwoławczy zwrócił uwagę, że wprawdzie przywołane przez Naczelnika ustalenia kontroli celno-skarbowej przeprowadzonej w spółce O. nie dotyczą bezpośredniego rozliczenia podatku VAT spółki za czerwiec 2025 r., a dotyczą wcześniejszego okresu, to przedmiot działalności zarówno spółki W. jak i O. nie uległ zmianie. Także przedmiot kwestionowanych w toku kontroli celno-skarbowej faktur tj. "sprzedaż usług niematerialnych" również jest tożsamy w okresie, którego dotyczy zaskarżona decyzja. Jest to zdaniem organu odwoławczego istotne w kontekście podobieństw w funkcjonowaniu tych podmiotów. W konsekwencji powyższe fakty nie pozostają obojętne dla sprawy, a wręcz skłaniają aby bieżące transakcje poddać dodatkowej weryfikacji. Zdaniem organu odwoławczego ustalenia poczynione względem kontrahenta strony, a także istnienie między nimi powiązań osobowych wzmacniają powody do głębszej weryfikacji prawidłowości i rzetelności przebiegu transakcji w zakresie świadczonych usług. Wobec strony wszczęto kontrolę celno-skarbową obejmującą swym zakresem czerwiec 2025 r., a Dyrektor Izby Administracji Skarbowej uznaje za logiczny i zgodny z doświadczeniem życiowym wniosek organu podatkowego I instancji, że wynik kontroli celno- skarbowej może mieć istotny wpływ na bieżące rozliczenie spółki W. . Dodatkowo, zdaniem organu odwoławczego, wątpliwości w sprawie potęguje również fakt, że strona nie zastosowała się do wezwania organu I instancji i nie udostępniła kompletu żądanych dokumentów, które miały posłużyć wyjaśnieniu okoliczności, jednocześnie nie przedstawiając przyczyn takiego stanu rzeczy. Z akt sprawy wynika bowiem, że Naczelnik wezwał spółkę do przedłożenia faktur dotyczących transakcji ze spółką O. (sprzedaży oraz nabyć) wraz z innymi licznymi dokumentami, co zostało wypełnione jedynie w szczątkowym zakresie, tj. przedstawiono tylko kopie wspomnianych faktur. Podsumowując organ odwoławczy stwierdził, że na chwilę rozstrzygania o odmowie zwrotu, nie można było z całą pewnością stwierdzić, że spełniono warunek konieczny do przyznania podatnikowi prawa do odliczenia podatku naliczonego. Istniały bowiem uzasadnione wątpliwości, czy faktury którymi posłużyła się strona dla obniżenia podatku należnego dokumentują rzeczywiste transakcje. Prawidłowość rozliczenia podatku od towarów i usług za czerwiec 2025 r. jest obecnie badana w toczącej się wobec spółki kontroli celno-skarbowej. Dopiero ustalenia wdrażanych przez organ podatkowy procedur pozwolą stwierdzić czy spółka W. spełniła nieodzowny warunek konieczny do przyznania jej prawa do odliczenia podatku naliczonego, jakim jest niewątpliwie dysponowanie fakturami odzwierciedlającymi rzeczywiście dokonane czynności. Zatem na dzień wydania spornej decyzji nie była możliwa realizacja ww. zwrotu. Pismem z 3 lutego 2026 r. skarżąca złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu, wnosząc o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji i poprzedzającej ją decyzji organu I instancji oraz zasądzenie na rzecz skarżącej kosztów postępowania. Zaskarżonej decyzji zarzucono naruszenie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. 2025 r. poz. 111 ze zm. – dalej: "O.p.") w wyniku bezzasadnego utrzymania w mocy decyzji organu I instancji, w sytuacji gdy to rozstrzygnięcie obarczone jest: 1. naruszeniem przepisów postępowania, tj. art. 120, art. 121 § 1, art. 124 oraz art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 O.p., w szczególności poprzez zaniechanie ustosunkowania się do wszystkich zarzutów zawartych w odwołaniu, zaniechanie przedstawienia podstaw uzasadniających podjęte rozstrzygnięcie, jak i dowolną ocenę w zakresie dokonanych ustaleń; 2. naruszeniem art. 87 ust. 2b ustawy z dnia 11 marca 2004 r., o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2025 r poz. 775 ze zm. – dalej: "u.p.t.u.") w zw. z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u. na skutek bezzasadnej odmowy zwrotu podatku VAT, - a powyższe naruszenia miały wpływ na wynik sprawy. W uzasadnieniu skargi spółka wyraziła przekonanie, jakoby organ podatkowy II instancji miałby zastępować Naczelnika w przedstawieniu okoliczności sprawy, a także niezasadnie zaakceptować sposób, w jaki organ I instancji wywiódł przedmiotową odmowę spółce zwrotu podatku. Skarżąca zarzuca, że nie przedstawiono jej w sposób wyczerpujący motywów mających stać za wydaniem niekorzystnego dla niej rozstrzygnięcia. Spółka sprzeciwiła się przy tym wszelkim wskazaniom organów podatkowych dotyczących wiedzy prezesa zarządu spółki W. na temat działań organów podatkowych podejmowanych u kontrahenta tj. spółki O.. Skarżąca poddaje w wątpliwość formę źródła pozyskanych przez Naczelnika informacji o jej kontrahencie tj. spółce O.. Zauważa, że były to tylko pisemne informacje przedstawiane w korespondencji między organami, a nie dokumenty urzędowe. Uważa, że wartość dowodowa takich wyłącznie pisemnych informacji obiektywnie jest nikła i są one nieweryfikowalne. W odniesieniu do ustaleń dotyczących jej kontrahenta wyraziła przekonanie, że jeżeli podmiot faktycznie świadczy usługi, to nie może być jednocześnie oceniany jako taki, który nie prowadzi rzeczywistej działalności gospodarczej i jest podmiotem nierzetelnym. Stwierdziła, że te dwa aspekty są wewnętrznie niespójne. Ponadto w jej ocenie organy obu instancji nie wykazały zaistnienia "uzasadnionych podejrzeń", które uzasadniałyby odmowę zwrotu podatku VAT. Skarżąca zwróciła uwagę, że badany w kontroli celno-skarbowej dotyczącej 2023 r. i spółki O. okres jest odległy od okresu rozliczeniowego, za który organ I instancji zaskarżoną decyzją odmówił zwrotu podatku VAT, tj. 2025 r. Skarżąca podniosła również, że podobieństwo w działaniu spółki W. w 2023 i 2025 r. oraz sprzedaż usług niematerialnych, nie oznacza automatycznie tożsamości spraw. Niezależne od meritum sprawy wskazanie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej dotyczące wyroku WSA w Poznaniu z 7 sierpnia 2025 r. sygn. akt I SA/Po 318/25 skarżąca uznała za nietrafne i niemiarodajne. Podkreśla, że organy obu instancji nie przeprowadziły własnej oceny ustaleń z tamtej odrębnej sprawy kontrahenta spółki. Wyraziła przekonanie, że ustalenia organów w niniejszej sprawie rodzą wyłącznie wątpliwości co do prawidłowości rozliczeń spółki. Skarżąca zwróciła również uwagę na spotkanie przedstawicieli spółki W. z pracownikami Urzędu Skarbowego P. wskazując przy tym, że przekazano organowi I instancji materiały, których w przekonaniu spółki oczekiwał. Skarżąca wskazuje na brak kontaktu ze strony pracowników Urzędu i wywodzi, że nie byli zainteresowani rzetelnym wyjaśnieniem sprawy. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje: Skarga zasługiwała na uwzględnienie. Stosownie do art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024, poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Jak wynika z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r., poz. 143 ze zm.; dalej: "P.p.s.a."), aby uchylić w całości lub w części zaskarżone rozstrzygnięcie organu administracji publicznej konieczne jest stwierdzenie, że doszło w nim do naruszenia bądź przepisu prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, bądź do naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, bądź też do innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Natomiast w razie nieuwzględnienia skargi sąd skargę oddala (art. 151 P.p.s.a.). Przy czym, sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a (art. 134 § 1 P.p.s.a.). Brak związania granicami skargi oznacza, że sąd pierwszej instancji ma prawo, a jednocześnie obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został podniesiony w skardze. Sąd nie jest przy tym skrępowany sposobem sformułowania skargi, przytoczonymi argumentami, a także zgłoszonymi wnioskami, zarzutami i żądaniami. Kontrola sądowoadministracyjna w sprawach podatkowych sprawowana jest pod względem legalności, tj. oceny działań administracji podatkowej pod kątem przestrzegania przepisów postępowania i prawidłowości stosowanej wykładni przepisów prawa. Rola sądu administracyjnego sprowadza się do badania i ewentualnego korygowania działania lub zaniechania organów administracji publicznej, a nie zastępowania ich w załatwianiu spraw przez wydawanie końcowego rozstrzygnięcia w sprawie. Sąd administracyjny ocenia zgodność z prawem zaskarżonego aktu organu administracji publicznej, lecz nie zastępuje go w czynnościach. Przejęcie przez sąd administracyjny kompetencji organu administracji do końcowego załatwienia sprawy stanowiłoby wykroczenie poza konstytucyjnie określone granice kontroli działalności administracji publicznej (wyrok NSA z 11 kwietnia 2013r., II GSK 108/2012, LexisNexis nr 5991706). Oceniając zaskarżone decyzje z punktu widzenia ich zgodności z prawem stwierdzić należy, że decyzje ta naruszają prawo w stopniu uzasadniającym ich uchylenie. W ocenie Sądu, zaskarżone decyzje zostały wydane z naruszeniem między innymi przepisów art. 120, art. 121 § 1, art. 124 oraz art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 O.p. Naruszenia te Sąd ocenił jako mogące mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Formułując powyższą ocenę Sąd miał na uwadze następujące względy i przepisy prawa. Organy podatkowe w toku postępowania działając na podstawie przepisów prawa (art. 120 O.p.), obowiązane są uwzględniać zasady wyrażone m.in. w art. 122, art. 180, art. 187 § 1 i art. 191 O.p. Jak stanowi przepis art. 122 O.p. w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym. Zgodnie z art. 123 § 1 O.p. organy podatkowe obowiązane są zapewnić stronom czynny udział w każdym stadium postępowania, a przed wydaniem decyzji umożliwić im wypowiedzenie się co do zebranych dowodów i materiałów oraz zgłoszonych żądań. Prawidłowe ustalenie stanu faktycznego jest koniecznym warunkiem właściwego zastosowania przepisu prawa materialnego. Proces ustalenia stanu faktycznego przez organy podatkowe winien uwzględniać zasady wyrażone w art. 180, art. 187 § 1, art. 188 i art. 191 O.p., a organy te mają obowiązek podejmowania wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz zebrania i rozpatrzenia w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego; nie mogą ograniczać zakresu środków dowodowych, ale w myśl art. 180 O.p. obowiązane są jako dowód dopuścić wszystko, co może się przyczynić do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem. Dopiero po zgromadzeniu wszystkich dowodów z zachowaniem powyższych zasad oraz po ocenie wiarygodności zebranych dowodów, organy podatkowe oceniają, czy dana okoliczność została udowodniona. Przez rozpatrzenie całego materiału dowodowego należy rozumieć: "Uwzględnienie wszystkich dowodów przeprowadzonych w postępowaniu, jak i uwzględnienie wszystkich okoliczności towarzyszących przeprowadzeniu poszczególnych dowodów, a mających znaczenie dla oceny ich mocy i wiarygodności" (W. Siedlecki, Uchybienia procesowe w sądowym postępowaniu cywilnym, Wydawnictwo Prawnicze, Warszawa 1971, s. 100). Organ podatkowy obowiązany jest, zgodnie z art. 187 § 1 i art. 191 O.p., dokładnie przeanalizować każdy zgromadzony dowód, a w przypadku niekompletności materiału dowodowego zgromadzić ten materiał zgodnie z art. 122 O.p. Organ podatkowy obowiązany jest rozpatrzyć nie tylko poszczególne dowody z osobna, ale wszystkie dowody we wzajemnej łączności, ustosunkowując się do istotnych różnic w zebranych dowodach. Przy czym ocena zebranego materiału dowodowego winna być dokonywana zgodnie z treścią art. 191 O.p., tj.: na podstawie całokształtu materiału dowodowego zebranego w sprawie, bez związania sztywnymi regułami określającymi wartość poszczególnych dowodów, kierując się własnym przekonaniem, uwzględniając wiedzę, doświadczenie życiowe, prawa logiki, informacje wynikające z wzajemnych relacji między poszczególnymi dowodami oraz normy procesowe dotyczące środków dowodowych, w tym ograniczenia wynikające z treści art. 193 § 1 i art. 194 § 1 O.p. W przeciwnym wypadku, jeżeli ocena dowodów pozbawiona będzie logiki, zawierać będzie luki bądź sprzeczności, jeżeli będzie sprzeczna z zasadami wiedzy i doświadczenia życiowego, a także wybiórczo traktować zgromadzone dowody, będzie to ocena dowolna, skutkująca wadliwością rozstrzygnięcia na takiej ocenie dokonanego. Zasada swobodnej oceny dowodów zakłada, że organ podatkowy nie jest skrępowany przy ocenie dowodów kryteriami formalnymi. Ma swobodnie oceniać wiarygodność i moc dowodową poszczególnych dowodów zgromadzonych w sprawie. Ocena ta jednak powinna być zgodna z wymaganiami wiedzy, doświadczenia i logiki. "Zasada swobodnej oceny dowodów nie oznacza, że organ jest uprawniony do oceny dowodów według swego widzimisię: swoją ocenę w tej mierze obowiązany jest oprzeć na przekonujących podstawach i dać temu wyraz w uzasadnieniu" (E. Iserzon [w:] E. Iserzon, J. Starościak, Kodeks postępowania administracyjnego. Komentarz, teksty, wzory i formularze, Wydawnictwo Prawnicze, Warszawa 1970, s. 155). Zatem zarówno wskazanie zgromadzonych dowodów, jak i ich ocena winna znaleźć swoje odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji. Zgodnie z art. 210 § 1 pkt 6 O.p. decyzja winna zawierać uzasadnienie faktyczne i prawne. Uzasadnienie faktyczne decyzji zawiera w szczególności wskazanie faktów, które organ uznał za udowodnione, dowodów, którym dał wiarę, oraz przyczyn, dla których innym dowodom odmówił wiarygodności. Uzasadnienie prawne zaś zawiera wyjaśnienie podstawy prawnej decyzji z przytoczeniem przepisów prawa (art. 210 § 4 O.p.). Uzasadnienie faktyczne winno być spójne i logiczne, tak by z jego treści w sposób niebudzący wątpliwości wynikał ustalony przez organ podatkowy stan faktyczny, stanowiący podstawę rozstrzygnięcia podatkowego. Norma ta jest uzupełnieniem postanowień zawartych w art. 124 O.p., zgodnie z którym organy podatkowe powinny wyjaśniać stronom zasadność przesłanek, którymi kierują się przy załatwianiu sprawy, aby w miarę możliwości doprowadzić do wykonania przez strony decyzji bez stosowania środków przymusu. Wyjaśnienie przesłanek, którymi kierują się organy przy załatwianiu sprawy winno znaleźć się w szczególności w uzasadnieniu decyzji. Należyte uzasadnienie decyzji pozwala na dokonanie oceny, czy decyzja nie została wydana z takim naruszeniem przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a w szczególności czy organ nie pozostawił poza swoimi rozważaniami argumentów podnoszonych przez stronę, czy nie pominął istotnych dla rozstrzygnięcia sprawy materiałów dowodowych lub czy nie dokonał oceny tych materiałów wbrew zasadom logiki lub doświadczenia życiowego. Należyte uzasadnienie decyzji służy także realizacji zasad zaufania stron do organów orzekających oraz przekonywania stron (zob. wyroki WSA w Warszawie z 18 lutego 2014r. III SA/Wa 1547/13 i z 30 stycznia 2017r. III SA/Wa 3325/15; CBOSA). Postępowanie podatkowe powinno być bowiem prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.). Zgodnie natomiast z przepisem art. 124 O.p. organy podatkowe powinny wyjaśniać stronom zasadność przesłanek, którymi kierują się przy załatwianiu sprawy. "Niewątpliwie zasada przekonywania powinna być przede wszystkim wprowadzona w czyn przez właściwe motywowanie decyzji. Przecież motywy decyzji, zredagowane w sposób należyty, powinny akceptować zasadność wszystkich przesłanek faktycznych i prawnych, którymi organ administracyjny kierował się przy załatwianiu sprawy wydaną decyzją" (S. Rozmaryn: O zasadach ogólnych kodeksu postępowania administracyjnego, PiP 1961, nr 12, s. 898). Podkreślić też należy, że zgodnie z zasadą dwuinstancyjności wyrażoną w art. 127 O.p., organ odwoławczy obowiązany jest ponownie rozpoznać i rozstrzygnąć sprawę rozstrzygniętą decyzją organu pierwszej instancji. Nie może więc ograniczyć się do kontroli decyzji organu pierwszej instancji, ale obowiązany jest ponownie rozstrzygnąć sprawę. Istota administracyjnego toku instancji polega na dwukrotnym rozstrzygnięciu tej samej sprawy, nie zaś na kontroli zasadności argumentów postawionych w stosunku do orzeczenia organu pierwszej instancji. Zdaniem Sądu, sposób gromadzenia i ocena materiału dowodowego dokonana w niniejszej sprawie przytoczonych wyżej zasad nie spełniają. W rozpoznanej sprawie organy podatkowe odmówiły skarżącej dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 49.819, która wynika ze złożonego 29 lipca 2025 r. pliku [...] za czerwiec 2025 r. Według organów istniały uzasadnione wątpliwości czy faktury, którymi posłużyła się strona, dokumentują rzeczywiste transakcje. W ocenie organu odwoławczego nie można było z całą pewnością stwierdzić, że spełniono warunek konieczny do przyznania podatnikowi prawa do odliczenia podatku naliczonego. Organy podkreśliły, że z art. 88 ust 3a pkt 4 lit a u.p.t.u. wynika, że podstawę do dokonania odliczenia może stanowić jedynie faktura odzwierciedlająca faktyczne zdarzenie gospodarcze zarówno w aspekcie podmiotowym, przedmiotowym jak i ilościowym. Niezgodność któregokolwiek z tych aspektów eliminuje możliwość odliczenia podatku naliczonego, zawartego w fakturze. Z akt sprawy wynika jednak, że organy obu instancji nie stwierdziły ww. niezgodności. Organ odwoławczy wskazał natomiast, że prawidłowość zadeklarowanej w pliku [...] za czerwiec 2025 r. nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek VAT zostanie zbadana w toku prowadzonej kontroli celno-skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług, która została wszczęta wobec spółki W. we wrześniu 2025 r. Mimo takiego stwierdzenia utrzymał w mocy decyzję organu I instancji odmawiającą zwrotu. Zgodnie z art. 87 ust. 1 u.p.t.u. w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Natomiast w art. 87 ust. 2 u.p.t.u. zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b, 6, 6a i 6d, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, sporządzonego na piśmie, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. Stosownie do art. 87 ust. 6a u.p.t.u. na wniosek podatnika, zawarty w złożonej deklaracji podatkowej, urząd skarbowy jest obowiązany dokonać zwrotu różnicy podatku, o której mowa w ust. 2, na rachunek VAT podatnika w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia. Z powyższej regulacji prawnej, normującej kwestię zwrotu podatku VAT, płyną dwa wnioski. Po pierwsze zasadność wykazanego przez podatnika w ramach samoobliczenia podatku zwrotu podatku VAT powinna być weryfikowana przez organ co do zasady. Po drugie zaś, wtedy gdy w ramach tej pierwotnej weryfikacji organ dojdzie do przekonania, że poprawność żądania podatnika budzi wątpliwości wszczyna procedurę przedłużenia terminu do zwrotu VAT (tak wyrok WSA w Łodzi z 20 lipca 2017 r., I SA/Łd 534/17, dostępny w internetowej Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie internetowej publ. baza CBOSA, podobnie jak pozostałe orzeczenia krajowych sądów administracyjnych powołane w niniejszym uzasadnieniu). Podkreślić należy, że decydując o odmowie zwrotu VAT organ podatkowy każdorazowo ma obowiązek wskazać jakie okoliczności za tym przemawiają. Organ wskazał na wątpliwości co do zasadności zwrotu i stwierdził, że z uwagi na te wątpliwości nie może teraz dokonać tego zwrotu. W takiej sytuacji organ zamiast odmowy zwrotu powinien przedłużyć termin wnioskowanego przez skarżącą zwrotu oraz wskazać dlaczego uważa, że okoliczności uzasadniają przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT. Podkreślić też należy, że uzasadnieniem decyzji odmawiającej dokonania zwrotu nie może być powołanie się na konieczność dalszej weryfikacji. Podkreślić należy, że zaskarżona decyzja Dyrektora IAS nie wskazuje na jakiekolwiek nieprawidłowości po stronie skarżącej, jak również po stronie jej bezpośredniego kontrahenta. Organy stwierdziły ogólnie, że kontrahent jest podmiotem nierzetelnym, nieprowadzącym rzeczywistej działalności gospodarczej, a spółka w spornym okresie dokonuje odliczenia podatku VAT od faktur wystawionych przez tego kontrahenta. Organy powołały się na pismo Naczelnika W. Urzędu Celno-Skarbowego w P., z którego wynika, że wobec kontrahenta spółki przeprowadzono kontrolę celną za okres od 1 stycznia 2023 r. do 30 września 2023 r. W trakcie kontroli ustalono, że kontrahent skarżącej jest tzw. touroperatorem, świadczącym usługi turystyczne na rzecz osób fizycznych. Do rozliczenia podatku VAT stosuje metodę VAT marża. Usługi takie w jego przypadku są faktycznie świadczone w ok. 10% całości deklarowanej sprzedaży. Kontrahent wystawiał faktury VAT na różnego rodzaju usługi, zarówno podmiotom powiązanym, tym samym niwelując podatek VAT do zapłaty swoim kontrahentom, a także na zewnątrz kręgu powiązanych podmiotów tj. podmiotom prowadzącym rzeczywistą działalność, umożliwiając im nienależne obniżenie zobowiązań podatkowych. W wyniku przeprowadzonej kontroli celno-skarbowej ustalono m.in., że ww. kwestionowane faktury wystawione na rzecz skarżącej dotyczą fikcyjnej sprzedaży usług niematerialnych. Organy przywołując treść pisma nie wyjaśniły na jakiej podstawie i dlaczego uznały kontrahenta skarżącej za nieprowadzącego rzeczywistej działalności gospodarczej, a wystawione przez niego faktury za nierzetelne. Słusznie zauważyła skarżąca, że z pisma Naczelnika W. Urzędu Celno-Skarbowego w P. wynika, że usługi świadczone przez O. są faktycznie świadczone w ok. 10% całości deklarowanej sprzedaży, a organ nie wyjaśnił, dlaczego w takiej sytuacji uznał, że kontrahent spółki nie prowadzi działalności gospodarczej. Ze wskazanego wyżej pisma wynika również, że wskazana kontrola celna dotyczyła okresu od 1 stycznia 2023 r. do 30 września 2023 r., natomiast zaskarżona decyzja dotyczy czerwca 2025 r. Organy w żaden sposób nie udowodniły, że sporne faktury są nierzetelne. Organy mają tylko wątpliwości co do wiarygodności zakwestionowanych transakcji. W takich okolicznościach bez znaczenia pozostaje kwestia powiązań obu spółek z uwagi na osobę R. W. i jego świadomości, co to rzetelności transakcji. Organ odwoławczy zwrócił również uwagę na wyrok WSA w Poznaniu z 7 sierpnia 2025 r., sygn. akt I SA/Po 318/25, przyznając jednocześnie, że dotyczy on odmiennego stanu faktycznego, w którym podatnik utracił status czynnego podatnika VAT, a w konsekwencji nie miał możliwości skorzystania z uprawnienia do odliczenia podatku naliczonego. Nie ulega wątpliwości, że w niniejszej sprawie podatnik ma status czynnego podatnika VAT, natomiast w sprawie I SA/Po 318/25 takiego statusu został pozbawiony, co było przyczyną odmowy zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Drugą kwestią jest przedmiot jednego i drugiego postępowania, a mianowicie tamta sprawa dotyczyła odmowy zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za lipiec 2024 r., natomiast sprawa będąca obecnie przedmiotem rozstrzygnięcia dotyczy odmowy dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2025 r. Reasumując, w sprawie doszło do naruszenia wymienionych w skardze przepisów, art. 87 ust. 2b w zw. z art. 88 ust 3a pkt 4 lit a u.p.t.u. Naruszenia przepisów postępowania dotyczyły podstawowych zasad procedury podatkowej wyrażonych w art. 120, art. 121 § 1, art. 124 i art. 210 § 1 pkt 6 i p 4 O.p. Przepisy te naruszono w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Dlatego zaskarżone decyzje podlegały wyeliminowaniu z obiegu prawnego. Ponownie rozpatrując sprawę organ będzie miał na uwadze uwagi Sądu, w szczególności w zakresie wymogów uzasadnienia. W związku z powyższym Sąd, działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c, P.p.s.a. i art. 135 P.p.s.a., orzekł jak w pkt I sentencji wyroku. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 i art. 205 § 1 P.p.s.a., jak pkt II sentencji wyroku.