III SA/Wa 1933/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Matylda Arnold-Rogiewicz (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Ewa Izabela Fiedorowicz, sędzia WSA Dariusz Czarkowski, , po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 4 grudnia 2025 r. sprawy ze skargi B. . z o.o. z siedzibą w L. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] czerwca 2025 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych oddala skargę. Przedmiotem skargi wywiedzionej przez B. Sp. z o.o. z siedzibą w L. (dalej jako: "skarżąca", "spółka" lub "strona") jest postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej: "organ II instancji" lub "Dyrektor IAS") z [...] czerwca 2025 r., znak [...], którym utrzymano w mocy postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. (dalej: "Naczelnik US" lub "organ I instancji") z [...] marca 2025 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. w kwocie 3.296.679,00 zł. Dyrektor IAS wyjaśnił, że skarżąca złożyła zeznanie CIT-8 o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r., w którym zadeklarowała: 1) przychody w wysokości 188.112.620,41 zł; 2) koszty uzyskania przychodów w wysokości 166.134.759,09 zł; 3) dochód w wysokości 21.977.861,32 zł; 4) podatek należny w wysokości 3.296.679,00 zł. Wnioskiem z 27 grudnia 2024 r., skarżąca wystąpiła o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za wspomniany wyżej rok podatkowy w kwocie 3.296.679,00 zł. We wniosku tym skarżąca podniosła, że spółka osiągała dochody pochodzące z udziału w transparentnej podatkowo spółce luksemburskiej, tj. E. SCS (dalej: "spółka luksemburska"), która z kolei osiągała dochody pochodzące z działalności gospodarczej dwóch polskich transparentnych spółek komandytowych, tj. E. S.A. Sp.k. oraz E. Sp. z o.o. Sp.k. Strona podniosła, że dochód osiągnięty przez nią powstał m.in. zgodnie z przepisami art. 5 ust. 1-3 oraz art. 12 ust. 3 i 3a ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. z 2019 r., poz. 865 ze zm., dalej: "u.p.d.o.p.") (na zasadzie memoriału). W związku z tym w pierwotnym zeznaniu podatkowym CIT-8 wykazano m.in. przypadający na spółkę dochód, powstały na poziomie powołanych operacyjnych spółek komandytowych, stosownie do swego udziału w zysku ww. spółki luksemburskiej. Akcje spółki luksemburskiej Spółka nabyła od C. Fundusz Inwestycyjny Zamknięty Aktywów Niepublicznych (dalej: "fundusz"). Dodatkowo spółka wyjaśniła, że z informacji, które posiada, wynika, że Szef Krajowej Administracji Skarbowej (dalej: "Szef KAS") wydał dla funduszu: 1) decyzję z [...] grudnia 2023 r., nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 r. w kwocie 15.853.919,00 zł. W związku z tym strona stwierdziła, że z powyższego wynika, że przychód podatkowy nie powstał po stronie spółki, lecz w funduszu, skoro to w stosunku do funduszu wydano decyzję z zastosowaniem art. 119a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2025 r., poz. 111, dalej: "o.p."). Strona wskazała, że wynika z tego również, że jeżeli organ podatkowy zakłada, że spółka w ogóle nie osiągnęła przychodu, to tym samym wykazała i zapłaciła podatek nienależnie, bo nie będąc dla celów podatkowych wspólnikiem spółki luksemburskiej, nie mogła być podatnikiem podatku dochodowego od dochodów polskich transparentnych spółek komandytowych, których spółka luksemburska była komandytariuszem; 2) decyzję z [...] listopada 2024 r., nr [...] określającą zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 r. w kwocie 11.118.691,00 zł. Tak więc, wedle strony, z powyższych decyzji Szefa KAS wynika, że zbycie akcji spółki luksemburskiej na rzecz skarżącej nie wywarło skutków podatkowych. W rezultacie Szef KAS uznał, że to ww. fundusz osiągał dochody z udziału w spółce luksemburskiej, a tym samym z udziału w polskich operacyjnych spółkach komandytowych. Spółka podsumowała, że jako uczestnik czynności, której skutki podatkowe określono w ww. decyzjach, w świetle treści tych decyzji oraz wyroku WSA w Warszawie (wyrok z 29 maja 2024 r., sygn. III SA/Wa 344/24) nadpłaciła podatek dochodowy od osób prawnych, bo dochody w spółce osobowej, w myśl powołanych wyżej decyzji, opodatkowano w funduszu, w związku z czym konieczne i uzasadnione było złożenie przez spółkę wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty wraz z korektą zeznania CIT-8. W korekcie tej (za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r.) skarżąca wykazała: 1) przychody w wysokości 138.905.052,00 zł; 2) koszty uzyskania przychodów w wysokości 166.134.759,09 zł; 3) stratę w wysokości 27.229.707,10 zł. Naczelnik US postanowieniem z [...] marca 2025 r. odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. w kwocie 3.296.679,00 zł. W ocenie organu I instancji wniosek skarżącej został złożony przed rozpoczęciem biegu terminu, o którym mowa w art. 119j § 3 o.p., a więc był przedwczesny, a wszczęcie postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty oceniono jako niedopuszczalne. Pismem z 24 marca 2025 r. skarżąca złożyła zażalenie, wnosząc o uchylenie postanowienia organu I instancji w całości i przekazanie sprawy Naczelnikowi US do ponownego rozpatrzenia. Spółka podniosła zarzut naruszenie art. 165a § 1 o.p. w związku z art. 119j § 1 - § 3 o.p. oraz art. 75 § 3 oraz art. 81 § 2 i art. 81b § 2a o.p. w związku z art. 27 ust. 1c u.p.d.o.p. Strona wskazała, że stanowisko organu I instancji jest błędne, ponieważ w sprawie nie znajdują zastosowania art. 119j § 1 - § 3 o.p. W jej ocenie Szef KAS nie będzie mógł w sposób skuteczny zawiadomić jej o możliwości złożenia korekty deklaracji lub wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Skarżąca wyjaśniła, że zgodnie z art. 79 § 2 o.p. prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku. Termin przedawnienia zobowiązania podatkowego spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. upłynął z dniem 31 grudnia 2024 r. Ustawodawca nie przewidział wyjątku takiego jak uregulowany w art. 79 § 4 o.p., który czyniłby dopuszczalnym wystąpienie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w oparciu o postanowienie Szefa KAS, o którym mowa w art. 119j § 2 o.p. Wyjaśniono, że upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego spowodował, że materialnoprawne uprawnienie spółki do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wygasło z dniem 31 grudnia 2024 r. Po upływie tego terminu, z uwagi na wyraźne brzmienie przepisu art. 79 § 2 o.p., Szef KAS nie mógłby już zastosować trybu określonego w art. 119j o.p. Gdyby nawet z takim wnioskiem spółka wystąpiła, to wówczas właściwy organ podatkowy uznałby ten wniosek za niedopuszczalny w świetle art. 79 § 2 o.p. Spóła zarzuciła również, że bezpodstawna jest teza postanowienia, jakoby złożenie korekty zeznania CIT-8 w formie papierowej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty powodowało, iż korekta nie wywołała skutków prawnych. Strona stoi na stanowisku, że korekta zeznania podatkowego jest załącznikiem do wniosku o stwierdzenie nadpłaty, który może być złożony w formie papierowej, więc bezpodstawna jest sugestia, jakoby stanowiąca załącznik do tego "papierowego" wniosku "papierowa" korekta nie wywoływała skutków prawnych. Ponadto strona podkreśliła również, że z art. 27 ust. 1c u.p.d.o.p. nie wynika, aby korekta zeznania CIT-8 nie złożona za pomocą środków komunikacji elektronicznej, była korektą prawnie bezskuteczną. Zaskarżonym postanowieniem Dyrektor IAS utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika US z [...] marca 2025 r. Organ II instancji podniósł, że uprawnienie do wydania postanowienia o odmowie wszczęcia postępowania podatkowego istnieje wyłącznie wówczas, gdy w sposób oczywisty brak było podstaw do prowadzenia postępowania. Dyrektor IAS zgodził się z organem I instancji, że spółka złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty przed rozpoczęciem biegu terminu do jego złożenia, wynikającego z przepisów Ordynacji podatkowej. W takiej sytuacji wszczęcie postępowania w sprawie było niemożliwe. Wskazano, że Szef KAS wydał dla funduszu decyzję z [...] maja 2023 r. w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 r. Następnie decyzją z [...] grudnia 2023 r. utrzymał w mocy ww. decyzję. Ponadto Szef KAS wydał dla funduszu decyzję z [...] listopada 2024 r. określającą zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 rok. Dyrektor IAS zwrócił także uwagę, że WSA w Warszawie wyrokiem z 29 maja 2024 r. sygn. III SA/Wa 344/24, uchylił decyzję Szefa KAS utrzymującą w mocy decyzję w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 r. W przedmiotowym wyroku WSA podzielił ustalenia organu, wskazujące na to, że działania funduszu nosiły w tej sprawie znamiona sztuczności, zaś ich celem było przede wszystkim osiągnięcie korzyści podatkowej. Sąd stwierdził jednak, że spółkę luksemburską należało uznawać za spółkę niebędącą osobą prawną, to w myśl przepisu art. 5 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. przychody podatkowe i koszty podatkowe rozpoznane w związku z działalnością tej spółki należało przypisać skarżącemu funduszowi proporcjonalnie do posiadanego prawa do udziału w zysku (udziału). Zamiast tego w decyzji posłużono się metodą kwotową, która w żaden sposób nie wynika z art. 5 u.p.d.o.p. W rezultacie faktycznie otrzymane przez fundusz środki z tytułu obligacji nie stanowiły przychodu, lecz ich otrzymanie czy nieotrzymanie było irrelewantne podatkowo. Wskazano, że Sąd zwrócił uwagę również, że bez wpływu na wynik sprawy jest okoliczność, że podatek, którego zapłaty strona uniknęła, został wykazany i zapłacony przez inny podmiot biorący udział w zespole czynności. Okoliczność ta będzie mogła mieć znaczenie w kontekście ewentualnego zastosowania art. 119j o.p., bowiem zgodnie z tym przepisem, podmiot inny niż strona postępowania zakończonego decyzją wydaną w sprawie, uczestniczący w czynności, której skutki podatkowe określono w tej decyzji, może skorygować swoją deklarację, uwzględniając treść decyzji, a także wystąpić z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku, jeżeli decyzja jest ostateczna, a w przypadku złożenia skargi - jeżeli sąd administracyjny prawomocnie oddalił skargę na tę decyzję, oraz decyzja ta została wykonana w całości. Po ostatecznym ukształtowaniu stanu prawnopodatkowego funduszu w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 r., rozliczenia podatkowe nowych wspólników mogą zostać oparte na hipotetycznym (odpowiednim) stanie faktycznym przyjętym w decyzji i w ten sposób nastąpi zsynchronizowanie skutków podatkowych wszystkich uczestników zidentyfikowanego zespołu czynności. Nie dojdzie tym samym do podwójnego opodatkowania za ten okres rozliczeniowy. Dyrektor IAS zgodził się z organem I instancji, że z art. 119j § 2 i § 3 o.p. wynika, że dla podmiotu niebędącego stroną postępowania prowadzonego przez Szefa KAS, lecz będącego stroną czynności, której skutki podatkowe określił Szef KAS, przewidziany jest szczególny tryb składania korekty deklaracji wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku. To dzień doręczenia postanowienia Szefa KAS wskazano jako początek okresu, w którym podmiot inny niż strona postępowania zakończonego decyzją wydaną w sprawie, o której mowa w art. 119g § 1 o.p., uczestniczący w czynności, której skutki podatkowe określono w tej decyzji, może skorygować swoją deklarację, uwzględniając treść decyzji, a także wystąpić z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku. Z kolei spółka wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. w kwocie 3.296.679,00 zł złożyła 27 grudnia 2024 r., tj. przed terminem, który nie zaczął jeszcze biec, gdyż nie wystąpiły przesłanki do wydania przez Szefa KAS postanowień, o których mowa w art. 119j § 2 o.p. Organ II instancji podniósł także okoliczność, że w przypadku postępowania w sprawie określenia funduszowi wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 r. sprawa znajduje się na etapie rozstrzygania przez NSA (brak przesłanki ostatecznego oddalenia skargi na decyzję). Natomiast odnosząc się do postępowania w sprawie określenia funduszowi wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 r. organ skazał, że decyzja Szefa KAS nie jest ostateczna z uwagi na złożone w kwietniu 2025 r. odwołanie. Tak więc wskazano, że w związku z tym, że w sprawie nie zostały wydane, a tym bardziej doręczone, postanowienia Szefa KAS, o których mowa w art. 119j § 2 o.p., to nie rozpoczął się bieg miesięcznego terminu do złożenia korekty deklaracji wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku, w których podmiot niebędący stroną postępowania podatkowego prowadzonego przez Szefa KAS, będący zaś stroną czynności, której skutki podatkowe określono w decyzji Szefa KAS, może uwzględnić decyzję Szefa KAS. Tak więc zarzut spółki odnośnie naruszenia art. 165a § 1 o.p. w związku z art. 119j § 1 - § 3 o.p., polegającego na błędnym przyjęciu, że wniosek spółki o stwierdzenie i zwrot nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych był przedwczesny, a co za tym idzie, że wszczęcie postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty było niedopuszczalne, jest bezzasadny. Dyrektor IAS wyjaśnił także, że reguła, zgodnie z którą prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, nie ma charakteru bezwzględnego. Przepisy ustaw podatkowych mogą bowiem przewidywać inny tryb zwrotu podatku. Zdaniem tego organu, taki inny, niż określony w art. 75 o.p., tryb zwrotu podatku przewidują właśnie przepisy art. 119g § 1 - § 3 o.p., która niewątpliwie spełnia definicję ustawy podatkowej, zawartą w art. 3 pkt 1 o.p. Z art. 119g § 1 o.p. wynika, że uprawnienie do skorygowania deklaracji, uwzględniającego treść decyzji Szefa KAS, a także wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku pojawia się dopiero, gdy decyzja będzie ostateczna, a w przypadku złożenia skargi - gdy sąd administracyjny prawomocnie oddali skargę na tę decyzję, oraz decyzja ta zostanie wykonana w całości. Odnośnie zaś twierdzeń strony o skuteczności złożonej papierowo deklaracji CIT-8, organ II instancji wyjaśnił, że deklaracje można składać elektronicznie lub w formie papierowej, chyba że przepisy wprost wskazują określony sposób jako właściwy do złożenia konkretnego typu deklaracji. To oznacza, że jeśli nie ma regulacji szczególnej, deklaracja podatkowa może zostać złożona za pośrednictwem środków komunikacji elektronicznej lub w formie papierowej. Jeśli natomiast obowiązuje regulacja szczególna, to konkretną deklarację można złożyć wyłącznie w wersji papierowej albo wyłącznie w wersji elektronicznej. W przypadku zeznania CIT-8 za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. zastosowanie znajduje art. 27 ust. 1c u.p.d.o.p., zgodnie z którym zeznanie, o którym mowa w ust. 1, składa się za pomocą środków komunikacji elektronicznej zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej. Dyrektor IAS wskazał także, że co do zasady, w przypadku złożenia korekty zeznania CIT-8 w formie papierowej, jako załącznika do wniosku o stwierdzenie nadpłaty, organ winien wezwać do uzupełnienia braków formalnych wniosku poprzez skuteczne złożenie korekty zeznania. Niemniej jednak, w rozpatrywanej sprawie organ I instancji odstąpił od ww. procedury z uwagi na fakt, że obecnie strona nie mogłaby złożyć skutecznej korekty z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. Wskazano przy tym, że spółka będzie miała możliwość złożenia stosownego zeznania w przypadku ziszczenia się warunków określonych w art. 119g § 1 - § 3 o.p. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie na powyższe postanowienie Dyrektora IAS, skarżąca podniosła zarzut naruszenia: 1) art. 165a § 1 o.p. w związku z art. 79 § 2 o.p. w związku z art. 119j § 1- § 3 o.p., polegającego na błędnym przyjęciu, że z uwagi na treść przepisów art. 119j § 1 - § 3 o.p. wniosek spółki o stwierdzenie i zwrot nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. był przedwczesny, a co za tym idzie, że wszczęcie postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty było niedopuszczalne; 2) art. 75 § 3 o.p. oraz art. 81 § 2 o.p. i art. 81b § 2a o.p. w związku z art. 27 ust. 1c u.p.d.o.p., polegające na błędnym przyjęciu, że korekta zeznania CIT-8 za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. złożona jako załącznik do wniosku o stwierdzenie nadpłaty, nie wywołała skutków prawnych, ponieważ została złożona w formie papierowej jako załącznik do wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W oparciu o powyższe spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego je postanowienia wydanego w I instancji oraz o zasądzenie od Dyrektora IAS na rzecz skarżącej zwrotu kosztów postępowania sądowego według norm przepisanych W odpowiedzi na skargę organ II instancji wniósł o jej oddalenie, podtrzymując swoje wcześniejsze stanowisko. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje: Skarga nie zasługiwała na uwzględnienie. Stosownie do art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2023 r. poz. 1634 ze zm., dalej "p.p.s.a.") sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. W ramach swej kognicji sąd bada, czy przy wydaniu zaskarżonego aktu nie doszło do naruszenia prawa materialnego i przepisów postępowania. Natomiast zgodnie z treścią art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Zobowiązany jest natomiast do wzięcia z urzędu pod uwagę wszelkich naruszeń prawa, w tym także tych niepodniesionych w skardze, które są związane z materią zaskarżonych aktów administracyjnych. Uwzględnienie skargi następuje w przypadkach naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a.), naruszenia prawa, dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego (art. 145 § 1 pkt. 1 lit. b) p.p.s.a.), oraz innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a.). W przypadkach, gdy zachodzą przyczyny określone w art. 156 Kodeksu postępowania administracyjnego lub w innych przepisach, sąd stwierdza nieważność decyzji lub postanowienia (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Natomiast w razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części (art. 151 p.p.s.a.). Należy również wskazać, że złożona w niniejszej sprawie skarga została rozpoznana przez sąd na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym, stosownie do przepisu art. 119 pkt 3 p.p.s.a. Zgodnie z jego brzmieniem, sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy stronie zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie. Kontroli sądu zostało poddane postanowienie organu odwoławczego, którym utrzymał on w mocy postanowienie Naczelnika US odmawiające wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. Spór w sprawie sprowadzał się do rozstrzygnięcia, czy wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, złożony przez spółkę, jest wnioskiem przedwczesnym. Podkreślenia wymaga szczególny charakter ww. wniosku. Mianowicie spółka wskazała, że osiągała dochody pochodzące z udziału w transparentnej podatkowo spółce luksemburskiej E. SCS (dalej: spółka luksemburska), która z kolei osiągała dochody pochodzące z działalności gospodarczej dwóch polskich transparentnych spółek komandytowych E. S.A. Sp.k. oraz E. Sp. z o.o. Sp.k. Dochód osiągnięty przez spółkę powstał m.in. zgodnie z przepisami art. 5 ust. 1-3 oraz art. 12 ust. 3 i 3a ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (na zasadzie memoriału). W związku z tym w pierwotnym zeznaniu podatkowym CIT-8 wykazano m.in. przypadający na spółkę dochód, powstały na poziomie powołanych operacyjnych spółek komandytowych, stosownie do jej udziału w zysku ww. spółki luksemburskiej. Akcje spółki luksemburskiej Spółka nabyła od C. Fundusz Inwestycyjny Zamknięty Aktywów Niepublicznych. Z informacji Spółki wynika, że Szef Krajowej Administracji Skarbowej (dalej: Szef KAS) wydał dla funduszu, na postawie art. 119a i nast. o.p., decyzję z [...] grudnia 2023 r., nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 rok w kwocie 15.853.919,00 zł, w której stwierdził, że jeżeli przyjąć, że pierwsza czynność zespołu czynności (zbycie przez fundusz akcji spółki luksemburskiej) została dokonana w warunkach opisanych w art. 119a § 1 Ordynacji podatkowej, to eliminacja tej czynności z hipotetycznego stanu faktycznego powoduje, że spółki celowe nie osiągnęły korzyści podatkowych, ponieważ w ogóle nie nabyły akcji w spółce luksemburskiej i nie osiągnęły dochodu z tytułu udziału w zyskach tej spółki. Nie byłoby zatem możliwe wydanie decyzji z zastosowaniem art. 119a § 1 Ordynacji podatkowej wobec tych spółek celowych, gdyż u tych podmiotów nie zaistniałby w stanie hipotetycznym nawet przychód z tytułu udziału w zysku spółki luksemburskiej. W ocenie Spółki, z powyższego wynika, że przychód podatkowy nie powstał u B. Sp. z o.o., lecz w C. Fundusz Inwestycyjny Zamknięty Aktywów Niepublicznych, skoro to w stosunku do tego funduszu wydano decyzję z zastosowaniem art. 119a § 1 Op. Wynika z tego również konsekwentnie, że jeżeli organ podatkowy zakłada, że spółka w ogóle nie osiągnęła przychodu, to tym samym wykazała i zapłaciła podatek nienależnie, bo nie będąc dla celów podatkowych wspólnikiem spółki luksemburskiej, nie mogła być podatnikiem podatku dochodowego od dochodów polskich transparentnych spółek komandytowych, których spółka luksemburska była komandytariuszem. Spółka wskazuje także na druga decyzję Szefa KAS wydaną wobec funduszu - decyzję z [...] listopada 2024 r., nr [...] określającą zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 rok w kwocie 11.118.691,00 zł. W decyzji tej Szef KAS stwierdził m.in. że skutki podatkowe należy określić tak, jakby fundusz nie dokonał zmiany w swoim portfelu inwestycyjnym, tj. dalej posiadał udziały w spółce luksemburskiej. W związku z powyższym, fundusz byłby zobowiązany do zapłaty podatku dochodowego o osób prawnych z tytułu udziału w dochodach spółki osobowej na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 57 lit. a) u.p.d.o.p. i jego rozliczenia w zeznaniu podatkowym za rok 2018. A więc tak, zdaniem spółki, jakby spółka nigdy nie była podatnikiem od dochodów dwóch polskich spółek komandytowych w związku z dysponowaniem udziałami w spółce luksemburskiej. Przedmiotowy wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty dotyczy podatku dochodowego o osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2027 r. do 30 września 2019 r. Zgodnie z art. 70 § 1 o.p., przewidującym że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku, terminem przedawnienia ww. zobowiązania podatkowego za przedmiotowy rok podatkowy, niepokrywający się z rokiem kalendarzowym, był 31 grudnia 2024 r. Przed upływem tego terminu, wnioskiem z 27 grudnia 2024 r., spółka wystąpiła na podstawie art. 57 § 2 i § 3 o.p. o stwierdzenie i zwrot nadpłaty za ww. rok podatkowy. Spółka podkreśla, że w jej ocenie złożenie ww. wniosku było konieczne, gdyż w przeciwnym razie prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasłoby z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. W ocenie spółki przepisy art. 119j § 1 - § 3 o.p. nie znajdują zastosowania w przedmiotowej sprawie ani nie są przepisami szczególnymi w rozumieniu art. 79 § 2 in fine o.p. Natomiast w ocenie organu, w sprawie zastosowanie może znaleźć art. 119j o.p., o ile w przyszłości spełnią się wszystkie przesłanki przewidziane w art. 119j § 1 o.p. Natomiast w chwili składania wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, jak również w czasie wydawania postanowień przez organy obu instancji, przesłanki te jeszcze się nie ziściły, a ponadto nie rozpoczął biegu termin, o którym mowa w art. 119j § 3 w zw. z § 2 o.p. Tym samym spółka złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty przed rozpoczęciem biegu terminu do jego złożenia, a w takiej sytuacji wszczęcie postępowania w sprawie nie jest możliwe. W ocenie Sądu rację należy przyznać organowi. Przepis art. 79 § 2 o.p. stanowi, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku. Zdaniem Sądu przepisem ustawy podatkowej (bo taką niewątpliwie jest Ordynacja podatkowa) przewidującym inny tryb zwrotu podatku, niż określony w art. 79 § 2 o.p., jest art. 119j o.p. mający następujące brzmienie: § 1. Podmiot inny niż strona postępowania zakończonego decyzją wydaną w sprawie, o której mowa w art. 119g § 1, uczestniczący w czynności, której skutki podatkowe określono w tej decyzji, z wyłączeniem skutków podatkowych określonych na podstawie art. 119a § 6, może skorygować swoją deklarację, uwzględniając treść decyzji, a także wystąpić z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku, jeżeli decyzja jest ostateczna, a w przypadku złożenia skargi - jeżeli sąd administracyjny prawomocnie oddalił skargę na tę decyzję, oraz decyzja ta została wykonana w całości. § 2. W terminie miesiąca od dnia spełnienia przesłanek wskazanych w § 1 Szef Krajowej Administracji Skarbowej, w drodze postanowienia, zawiadamia podmiot, o którym mowa w tym przepisie, o możliwości złożenia korekty deklaracji lub wniosku o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku. Postanowienie zawiera opis skutków podatkowych dotyczących tego podmiotu oraz pouczenie o terminie złożenia korekty deklaracji lub wniosku o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku. Do postanowienia, o którym mowa w zdaniu pierwszym, przepisu art. 293 nie stosuje się. § 3. Korektę deklaracji oraz wniosek o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku związane z realizacją uprawnień, o których mowa w § 1, należy złożyć w terminie miesiąca od dnia doręczenia postanowienia, o którym mowa w § 2. § 4. Termin określony w § 3 nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu na okres, w którym złożenie korekty deklaracji lub wniosku o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku z uwagi na prowadzoną kontrolę podatkową, kontrolę celno-skarbową lub postępowanie podatkowe nie jest skutecznie możliwe. § 5. W sytuacji określonej w § 4, na żądanie podmiotu będącego stroną postępowania podatkowego, organ podatkowy uwzględnia uprawnienia wynikające z § 1. Sama skarżąca uważa, że z wyżej powołanych decyzji Szefa KAS wydanych wobec funduszu wynika, iż zbycie akcji spółki luksemburskiej na rzecz skarżącej spółki nie wywarło skutków podatkowych. W rezultacie, Szef KAS uznał, że to ww. fundusz osiągał dochody z udziału w spółce luksemburskiej, a tym samym z udziału w polskich operacyjnych spółkach komandytowych. Innymi słowy, uznając, że to w funduszu powstało zobowiązanie podatkowe z tytułu udziału w spółce luksemburskiej, Szef KAS pozbawił spółkę, jako wspólnika spółki luksemburskiej, statusu podatnika osiągającego dochody z udziału w spółce luksemburskiej (a pośrednio polskich operacyjnych spółkach komandytowych) na podstawie przepisów art. 5 ust. 1-3 oraz art. 12 ust. 3 i 3a u.p.d.o.p. Wobec powyższego stanowiska spółki zdziwienie budzi to, że wyraża ona pogląd, iż art. 119j o.p. nie ma (i nie będzie miał) zastosowania. Skarżąca jest podmiotem innym niż strona postępowania zakończonego decyzją wydaną w sprawie, o której mowa w art. 119g § 1, uczestniczącym w czynności, której skutki podatkowe określono w tej decyzji. Tym samym będzie mogła skorygować swoją deklarację, uwzględniając treść decyzji, a także wystąpić z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku. Jednakże z art. 119j § 1 in fine o.p. wynikają jasno warunki, które muszą się ziścić, aby ww. uprawnienie powstało: (1) decyzja (a w tej sprawie, z uwagi na specyficzny rok podatkowy skarżącej spółki – obie ww. decyzje) musi być ostateczna; (2) w przypadku złożenia skarg na te decyzje – skargi takie muszą zostać prawomocnie oddalone przez sąd administracyjny; (3) decyzje muszą zostać wykonane w całości. Z brzmienia art. 119j § 1 wynika, że warunki nr 1 i 3 zawsze muszą zostać spełnione łącznie, zaś w przypadku zaskarżenia decyzji niezbędne jest także spełnienie się warunku nr 2. Nie ulega wątpliwości, że w sprawie niniejszej dotychczas nie doszło do łącznego spełnienia wszystkich ww. warunków – wystarczy wskazać na nieprawomocny w dacie składania wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, a także w chwili wydawania wyroku w niniejszej sprawie, wyrok tutejszego Sądu z 29 maja 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 344/24, uchylający pierwszą z ww. decyzji Szefa KAS. Jednocześnie w zaskarżonym postanowieniu wskazano, że jeśli chodzi o postępowanie w sprawie określenia funduszowi wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 rok, decyzja Szefa KAS nie jest ostateczna z uwagi na złożone w kwietniu 2025 roku odwołanie. Dopiero po spełnieniu przesłanek określonych w art. 119j § 1 o.p., Szef KAS wyda postanowienie, o którym mowa w art. 119j § 2 o.p. Wraz z doręczeniem takiego postanowienia rozpocznie się bieg miesięcznego terminu do złożenia korekty deklaracji wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Podkreślić należy, że obowiązek zawiadomienia spółki przez Szefa KAS będzie aktualny również po upływie wynikającego z art. 70 § 1 o.p. terminu przedawnienia. Spełnienia się przesłanek określonych w art. 119j § 1 o.p. otworzy spółce możliwość złożenia korekty deklaracji oraz wniosku o stwierdzenie nadpłaty, o czym spółka zostanie powiadomiona. Wniosek spółki o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, złożony przed doręczeniem stosownego postanowienia Szefa KAS, zawiadamiającego o możliwości złożenia korekty i stosownego wniosku, należy uznać za złożony przed rozpoczęciem terminu, o którym mowa w art. 119j § 3 o.p. Wobec tego wniosek ten jest przedwczesny. Zgodnie z art. 165a § 1 o.p. gdy żądanie, o którym mowa w art. 165, zostało wniesione przez osobę niebędącą stroną lub z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wydaje postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania. Przepis art. 165 § 9 stosuje się odpowiednio. Skoro wniosek o stwierdzenie nadpłaty jest przedwczesny, to wszczęcie postępowania w tej sprawie jest niedopuszczalne. Tym samym zasadne było wydanie przez organ I instancji postanawiania o odmowie wszczęcia postępowania oraz prawidłowo postąpił organ II instancji utrzymując w mocy to postanowienie. Wobec tego Sąd stwierdza, że zarzut naruszenia art. 165a § 1 o.o. w zw. z art. 79 § 2 o.p. w zw. z art. 119j § 1 - § 3 o.p. nie jest zasadny. Natomiast skoro zasadnie organ odmówił wszczęcia postępowania, to zarzut dotyczący błędnego przyjęcia, że korekta zeznania CIT-8 złożona w formie papierowej nie wywoła skutków prawnych jest bezprzedmiotowy, skoro postępowanie o stwierdzenia nadpłaty i tak się nie toczy. Mając na uwadze powyższe, uznając, że zaskarżone postanowienie odpowiada prawu, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a., oddalił skargę. Orzeczenia sądów administracyjnych powołane w niniejszym uzasadnieniu, dostępne są w internetowej Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych CBOSA pod adresem http://orzeczenia.nsa.gov.pl