III SA/Wa 1963/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Tomasz Grzybowski (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Jacek Kaute, sędzia WSA Dariusz Czarkowski, po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 11 lutego 2026 r. sprawy ze skargi A. sp. z o.o. z siedzibą w W. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] lipca 2025 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 r. 1) uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...] kwietnia 2025 r. nr [...]; 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz A. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 597 zł (słownie: pięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Zaskarżonym postanowieniem z [...] lipca 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] kwietnia 2025 r., wydane wobec A. spółki z o.o. (skarżąca), którym to postanowieniem naczelnik odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 r. Zdaniem organów, postępowanie nie mogło zostać wszczęte z uwagi na wygaśnięcie prawa strony do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, w rozumieniu art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej, jako złożonego po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Przedmiotowe zobowiązanie przedawniło się bowiem 31 grudnia 2024 r., podczas gdy wniosek o stwierdzenie nadpłaty został złożony 11 marca 2025 r. Nie uwzględniono tym samym stanowiska skarżącej, że bieg terminu przedawnienia przedmiotowego zobowiązania uległ zawieszeniu w okresie obowiązywania stanu zagrożenia epidemicznego oraz stanu epidemii na podstawie regulacji szczególnej, tj. art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 2 marca 2020 r. o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych (Dz. U. poz. 374 ze zm., dalej: "ustawa COVID") (por. s. 5 i n. zaskarżonego postanowienia. W skardze do tut. Sądu spółka domagała się uchylenia postanowień organów obu instancji, jak też zwrotu kosztów postępowania, zarzucając naruszenie art. 79 § 2, art. 120, art. 121 § 1, art. 233 § 1 pkt 1 i art. 239 Ordynacji podatkowej, art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID, a ponadto art. 2 Konstytucji RP (opis zarzutów na s. 2 skargi). W motywach ww. zarzutów poddano krytyce swoiście zero-jedynkowe uwzględnienie przez organ tezy uchwały NSA o sygn. I FPS 2/22, która co do zasady wyklucza zastosowanie art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID do biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Organy pominęły, że w orzecznictwie sądów administracyjnych obu instancji utrwalił się pogląd, że uchwały tej nie należy odnosić do sytuacji złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty po upływie nominalnego terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (s. 4-10 skargi). Organ odwoławczy w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasową argumentację (s. 4 i n.). Sąd rozpoznał sprawę na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje. W punkcie wyjścia odnotować należy, że rozstrzygnięcie przedmiotowej sprawy ma charakter postinterpretacyjny w tym sensie, że zagadnienie będące jej przedmiotem zostało już jurydycznie opracowane, a treść racji przemawiających za przyjętą wykładnią jest stronom znana, jak wynika z pism procesowych złożonych w sprawie. W szczególności organy obu instancji dostrzegają dominujące w judykaturze stanowisko, zbieżne z prezentowanym przez spółkę, że korzystne dla podatników skutki ww. uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego, wyrażające się zakazem orzekania przez organy podatkowe z urzędu w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego z uwagi na przedawnienie, nie uzasadniają tego, by kwestionować prawo do wnioskowania o stwierdzenie nadpłaty z powodu upływu terminu przedawnienia, poprzez pominięcie skutków wynikających z art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Argumentom przedstawianym w relewantnym orzecznictwie na rzecz wskazanego poglądu organy nie przeciwstawiły przy tym racji, które pozwalałyby na odstąpienie od przywołanego stanowiska; ograniczono się do ogólnej formuły braku związania wyrokami wydanymi w innych sprawach (s. 6 zaskarżonego postanowienia), czy też wskazania na nieistotną (w każdym razie Sąd nie dostrzegł takiego waloru) różnicę w stanie faktycznym, którego dotyczy (częściowo) odnośne orzecznictwo (złożenie wniosku nadpłatowego przed wydaniem ww. uchwały – s. 2 postanowienia organu pierwszej instancji). Wprawdzie trudno nie zgodzić się z ww. twierdzeniami organów; nie uchylają one jednak założenia normatywnego, osadzonego m.in. w treści przywołanych w skardze przepisów, zwłaszcza art. 2 Konstytucji, art. 120, art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej, by orzecznictwo sądowe oddziaływało na praktykę organów podatkowych na zasadzie imperio rationis, nie zaś tam, gdzie uznają to za dogodne. Tę ostatnią myśl odnieść należy do słusznie krytykowanego w skardze zapatrywania organów, wyrażonego w tej sprawie wbrew orzeczniczej recepcji uchwały o sygn. I FPS 2/22; jak zauważono uchwała ta miała chronić, a nie ograniczać prawa podatników. Zastosowanie art. 165a § 1 Ordynacji podatkowej było w związku z powyższym przedwczesne. Ponownie rozpatrując sprawę organ oceni żądanie strony uwzględniając okresy zawieszenia biegu terminu przedawnienia przedmiotowego zobowiązania, wynikające z ww. art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Podstawę prawną wyroku, uwzględniającego wnioski skargi w całości, stanowiły art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c w zw. z art. 135 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (pkt 1 formuły sentencji), jak też art. 200 w zw. z art. 205 § 1 i § 4 tej ustawy (w zakresie kosztów postępowania).