III SA/Wa 2117/24

WyrokWSA w Warszawie2024-12-13

Skład orzekający: Maciej Kurasz, Ewa Izabela Fiedorowicz, Jacek Kaute

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy w sytuacji, gdy istnieje ostateczna decyzja określająca wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych, możliwe jest wszczęcie postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty tego podatku, mimo że wnioskodawca kwestionuje objęcie opodatkowaniem dodatniej wartości firmy (goodwill)?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że istnienie ostatecznej decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego stanowi przeszkodę proceduralną do wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty tego zobowiązania. Wnioskodawca nie może skutecznie dochodzić stwierdzenia nadpłaty, dopóki ostateczna decyzja określająca zobowiązanie nie zostanie wyeliminowana z obrotu prawnego, nawet jeśli kwestionuje ona objęcie opodatkowaniem dodatniej wartości firmy (goodwill). Kwestia prawidłowości tej decyzji nie może być rozpatrywana w ramach wniosku o stwierdzenie nadpłaty.
Stan faktyczny
Spółka M. sp. z o.o. złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC) w wysokości ponad 2,9 mln zł, argumentując, że podatek ten został nienależnie zapłacony od dodatniej wartości firmy (goodwill). Organ podatkowy pierwszej instancji odmówił wszczęcia postępowania, wskazując na istnienie ostatecznej decyzji określającej Spółce zobowiązanie w PCC z tytułu nabycia przedsiębiorstw i nieruchomości. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał w mocy postanowienie organu pierwszej instancji. Spółka wniosła skargę do WSA, zarzucając naruszenie przepisów Ordynacji podatkowej i ustawy o PCC, w tym brak odniesienia się do kwestii opodatkowania goodwill.
Rozstrzygnięcie
Oddalono skargę.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Maciej Kurasz, Sędziowie sędzia WSA Ewa Izabela Fiedorowicz, sędzia WSA Jacek Kaute (sprawozdawca), po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 13 grudnia 2024 r. sprawy ze skargi M. sp. z o.o. z siedzibą w Z. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] lipca 2024 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postepowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę. Spółka M. Sp. z o.o. (dalej także jako Skarżąca, Strona lub Wnioskodawca), pismem z 5 marca 2024 r., działając poprzez pełnomocnika, wystąpiła w trybie art. 75 § 2 O.p. z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 2.924.737,00 zł dot. czynności nabycia przedsiębiorstw aktem notarialnym Rep. A nr [...] z 28 lutego 2020 r. oraz nieruchomości aktem notarialnym Rep. A nr [...] z 28 lutego 2020 r. Do wniosku dołączyła korektę deklaracji w sprawie podatku od czynności cywilnoprawnych oraz kalkulacja zawierająca wykaz nabytych aktywów, obliczoną wartość firmy i podatku od czynności cywilnoprawnych. W uzasadnieniu, pełnomocnik Spółki zaznaczył, że w ramach nabycia przedsiębiorstw podstawę opodatkowania, poza rzeczami i prawami majątkowymi, stanowiła także dodatnia wartość nabytej firmy w wysokości 292.473.729,00 zł. Wartość ta została opodatkowana według stawki 1%, czyli jak od innych praw majątkowych (art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b) ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 295, dalej: u.p.c.c.). Zatem zapłacony podatek od dodatniej wartości firmy który wyniósł 2.924.737,00 zł i jest podatkiem nienależnym. Pełnomocnik podkreślił, że "(...) Naczelny Sąd Administracyjny 21 lutego 2022 r. podjął w składzie siedmiu sędziów uchwałę, zgodnie z którą "Dodatnia wartość firmy (tzw. goodwill), rozumiana jako nadwyżka ceny nabycia nad wartością rynkową składników majątkowych przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, nie stanowi prawa majątkowego w rozumieniu art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych" (sygn. akt III FPS 2/21)". Z uwagi na uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz fakt, że w związku z umową nabycia przedsiębiorstw z 28 lutego 2020 r., wpłacono podatek od czynności cywilnoprawnych także od dodatniej wartości nabytej firmy, zasadne zdaniem pełnomocnika, jest zwrócenie Spółce nienależnie wpłaconego podatku w wysokości 2.924.737,00 zł. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W., postanowieniem z [...] maja 2024 r., nr [...] odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 2.924.737,00 zł od czynności dokonanej 28 lutego 2020 r. Jego zdaniem, w związku z tym, że w przedmiotowej sprawie w obrocie prawnym istnieje decyzja określająca Spółce wysokość zobowiązania w podatku od czynności cywilnoprawnych, tj. od czynności dokonanej 28 lutego 2020 r., której dotyczy wniosek o stwierdzenie nadpłaty, to nie jest możliwe przeprowadzenia postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty w tym zakresie. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. ustalił bowiem, że 28 lutego 2020 r. na mocy umów sprzedaży sporządzonych w formie aktów notarialnych - Rep. A nr [...] i Rep. A nr [...] Spółka dokonała zakupu dwóch przedsiębiorstw: P. SpJ NIP [...] oraz N. Sp.J. NIP [...] i nieruchomości. Wartość przedmiotów transakcji została przez Strony umów określona na łączną kwotę 425.000.000,00 zł. Od wartości tej notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 5.266.760,00 zł, w tym od wartości 101.676.000,00 zł według stawki 2% w wysokości 2.033.520,00 zł, zaś od wartości 323.324.000,00 zł według stawki 1% w wysokości 3.233.240,00 zł. Z uwagi na złożoność transakcji oraz fakt, że wartość składników transakcji zależała od spełnienia ważnych czynników po dniu transakcji (w tym wycena rzeczowych składników majątku przez rzeczoznawców i określenie cen rynkowych pozostałych aktywów), w dniu transakcji notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych od wstępnie oszacowanych wartości rynkowych. Dlatego też 7 lipca 2020 r. Spółka złożyła do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Z. deklarację PCC-3 korygującą podstawę opodatkowania i kwotę podatku pobraną przez notariusza. W deklaracji tej Spółka wykazała ujemne wartości zarówno podstawy opodatkowania, tj. (-) 12.664.606,00 zł jak i należnego podatku według stawki1%, tj. (-) 126.646,00 zł oraz dodatnią wartość podstawy opodatkowania, tj. 13.754.232,00 zł i dodatnią wartość należnego podatku wg stawki 2%, tj. 275.085,00 zł. Wskazując podatek do zapłaty w wysokości 148.439,00 zł. Wynikająca z tej deklaracji różnica w podatku należnym, tj. kwota 148.439,00 zł wraz z odsetkami w wysokości 3.546,00 zł została uiszczona 3 lipca 2020 r. na konto Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Z. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w Z. zakwestionował prawidłowość złożonej deklaracji i pismem z 19 lutego 2021 r. wezwał Spółkę do złożenia w terminie 7 dni od daty otrzymania wezwania do złożenia korekty deklaracji PCC-3 z powodu błędnie wyliczonego podatku. Organ zaznaczył, że podstawa opodatkowania nie może być kwotą ujemną. Pouczył również, że niezastosowanie się do tego wezwania może spowodować m.in. wszczęcie postępowania w przedmiotowej sprawie. W odpowiedzi na wezwanie, pismem z 1 marca 2021 r. Spółka wyjaśniła, że podatek od umowy sprzedaży z 28 lutego 2020 r. został pobrany przez notariusza od wstępnie oszacowanych wartości rynkowych. Po określeniu rzeczywistych wartości rynkowych poszczególnych składników majątku nabywanych przedsiębiorstw wysokość kwot podatku od czynności cywilnoprawnych powinna wynosić odpowiednio: - według stawki 1 % - kwota 3.106.594,00 zł, tj. mniejsza o 126.646,00 zł, - według stawki 2% - kwota 2.308.605,00 zł, tj. większa o 275.085,00 zł. Spółka wskazała również, że "(...) Biorąc powyższe pod uwagę złożono deklarację PCC-3, w której skorygowano podstawy opodatkowania i kwoty podatku pobrane przez notariusza w dniu 29 lutego 2020 r. Sposób dokonania powyższej korekty został skonsultowany również z zespołem doradztwa podatkowego Deloitte". Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w Z., wobec braku zastosowania się do wezwania, tj. braku złożenia korekty deklaracji PCC-3, wszczął w stosunku do Spółki postępowanie podatkowe w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu umowy sprzedaży przedsiębiorstw zawartej 28 lutego 2020 r. Następnie Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w Z., decyzją z [...] lipca 2022 r., nr [...], określił wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu umowy sprzedaży przedsiębiorstw zawartej 28 lutego 2020 r. aktem notarialnym Rep. A nr [...] oraz umowy sprzedaży nieruchomości z 28 lutego 2020 r. Rep. A nr [...] w kwocie 5.415.199,00 zł. Spółka nie złożyła odwołania od tej decyzji – doręczonej 10 sierpnia 2022 r. – i wobec tego z dniem 24 sierpnia 2022 r. decyzją ta stała się decyzją ostateczną. Pełnomocnik Spółki w zażaleniu na ww. postanowienie z [...] maja 2024 r. Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. wniósł o uchylenie zaskarżonego postanowienia w całości, zarzucając mu naruszenie: 1) art. 165a w zw. z art. 216 § 1 ustawy z dnia 28 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2023 r. poz. 2383 ze zm., dalej O.p.) poprzez jego niezasadne zastosowanie i wydanie postanowienia odmawiającego wszczęcia postępowania w sprawie wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych z uwagi na istnienie decyzji określającej zobowiązanie w podatku od czynności cywilnoprawnych, w sytuacji kiedy decyzja ta nie dotyczyła kwestii objęcia opodatkowaniem dodatniej wartości przedsiębiorstwa (dalej także jako: "goodwill"), jak również w sytuacji, gdy decyzja nie powinna być w ogóle wydana, ponieważ Spółka uiściła podatek w wysokości wskazanej w decyzji dwa lata przed jej wydaniem; 2) art. 81 b § 1 pkt 2 lit. b) O.p. tej ustawy przez jego błędne zastosowanie i uznanie, że w niniejszej sprawie nie jest możliwe złożenie prawnie skutecznej korekty deklaracji z uwagi na funkcjonowanie w obiegu prawnym ostatecznej decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, w sytuacji kiedy kwestia objęcia opodatkowaniem "goodwill" nie była przedmiotem wydanej decyzji, zatem Spółce przysługuje prawo do skorygowania deklaracji i nieobjęcie opodatkowaniem "goodwill" - zgodnie z brzmieniem uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 21 lutego 2022 r. sygn. akt III FPS 2/21; 3) art. 10 ust. 1 u.p.c.c. poprzez jego błędną wykładnię i uznanie za Naczelnikiem [...] Urzędu Skarbowego w Z., że z przepisu tego wynika, że podatnik (Spółka) nie może złożyć deklaracji PCC-3 (korekty deklaracji) w sytuacji kiedy podatek był pobrany przez płatnika - notariusza, podczas gdy przepis ten wskazuje, że w przypadku pobrania podatku przez płatnika podatnik nie jest zobowiązany do składania deklaracji, nie wykluczając przy tym takiej możliwości - w szczególności złożenia korekty deklaracji przez podatnika. W uzasadnieniu pełnomocnik zaznaczył, że błędne jest rozstrzygnięcie organu podatkowego I instancji odmawiające wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty albowiem decyzja określająca Spółce zobowiązanie podatkowe z tytuł zawarcia umowy sprzedaży Przedsiębiorstw, na którą to powołuje się w zaskarżonym postanowieniu Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. dotyczyła ustalenia wartości rynkowej przedmiotów podlegających opodatkowaniu nie odnosiła się natomiast do dodatniej wartości firmy tzw. "goodwill". Ponadto określono w niej wartość rynkową przedmiotów opodatkowania w łącznej kwocie identycznej jak wykazała to Spółka w deklaracji, jeszcze z lipca 2020 r. Nie można zatem, zdaniem pełnomocnika uznać, że merytoryczna decyzja w sprawie nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych byłaby zakresowe tożsama z decyzją Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Z. Zdaniem pełnomocnika, w chwili dokonywania czynności, tj. 28 lutego 2020 r. oraz składania przez Spółkę deklaracji w lipcu 2020 r., "(...) w obrocie prawnym nie istniała uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego jednoznacznie rozstrzygająca kwestię braku opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych goodwill - dodatniej wartości przedsiębiorstwa. Spółka jako podatnik chcący prawidłowo i rzetelnie rozliczać się z budżetem państwa, uiściła podatek od goodwill w 2020 roku. W toku postępowania przeprowadzonego przez organ podatkowy w Z. (zdaniem Strony niesłusznie wszczętego) kwestia opodatkowania lub braku opodatkowania dodatniej wartości przedsiębiorstwa w ogóle nie była podnoszona. Także w decyzji organu (wydanej zdaniem Spółki z naruszeniem art. 21 § 3 O.p.) brak jest rozważań odnoszących się do objęcia opodatkowaniem goodwill. Dlatego opodatkowanie goodwill nie było przedmiotem decyzji wydanej przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Z. Dopiero po uzyskaniu informacji, że wpłacony podatek od goodwill jest podatkiem nadpłaconym, Strona zdecydowała się złożyć wniosek o nadpłatę i odzyskać środki, które zgodnie z uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego III FPS 2/21 zostały nienależnie wpłacone na rzecz budżetu państwa. Zatem zakres złożonego wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie pokrywa się z zakresem wydanej decyzji przez Organ w Z., która dotyczyła wyłącznie ustalenia wartości rynkowych przedmiotów opodatkowania (ostatecznie przyjętych w wysokości zadeklarowanej przez Spółkę)". Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej jako Dyrektor) postanowieniem z [...] lipca 2024 r. nr [...], na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 w związku z art. 239 i art. 220 O.p., utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. Jego zdaniem, w obrocie prawnym znajduje się ostateczna decyzja Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w 2022 r. określająca Spółce wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu umowy sprzedaży przedsiębiorstw zawartej 28 lutego 2020 r. aktem notarialnym Rep. A nr [...] oraz umowy sprzedaży nieruchomości z 28 lutego 2020 r. Rep. A nr [...] w kwocie 5.415.199,00 zł, która to, dopóty, dopóki nie zostanie wyeliminowana z obrotu prawnego uniemożliwia rozpoczęcie postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Wskazał, że w art. 75 O.p. wyliczone są sytuacje, w których można wydać decyzję stwierdzającą nadpłatę. Nie ma tam wskazanej możliwości wydania decyzji w sprawie nadpłaty po wydaniu decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego. Stąd w sprawie nie wystąpiły przesłanki do wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w żądanej wysokości. Spółka, reprezentowana przez zawodowego pełnomocnika (adwokata), wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie na ww. postanowienie zaskarżając je w całości i wnosząc o uchylenie jego uchylenie oraz poprzedzającego go postanowienia Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] maja 2024 r. oraz o zasądzenie kosztów postępowania. Skarżąca zarzuciła naruszenie: 1) art. 165a w zw. z art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 i 220 O.p. poprzez jego niezasadne zastosowanie i wydanie postanowienia utrzymującego w mocy postanowienie odmawiające wszczęcia postępowania w sprawie wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych z uwagi na istnienie decyzji określającej zobowiązanie w podatku od czynności cywilnoprawnych, w sytuacji kiedy decyzja ta nie dotyczyła kwestii objęcia opodatkowaniem dodatniej wartości przedsiębiorstwa (dalej także jako: "goodwill"), jak również w sytuacji gdy decyzja nie powinna być w ogóle wydana, ponieważ Spółka uiściła podatek w wysokości wskazanej w decyzji dwa lata przed jej wydaniem; 2) art. 210 § 1 pkt 6 O.p. poprzez brak odniesienia się przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. do zarzutów zawartych w zażaleniu na postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] maja 2024 r., mianowicie zarzutu naruszenia przez ten organ art. 10 ust. 1 u.p.c.c. poprzez jego błędną wykładnię i uznanie za Naczelnikiem [...] Urzędu Skarbowego w Z., że z przepisu tego wynika, że podatnik (Spółka) nie może złożyć deklaracji PCC-3 (korekty deklaracji) w sytuacji kiedy podatek był pobrany przez płatnika - notariusza, podczas gdy przepis ten wskazuje, że w przypadku pobrania podatku przez płatnika podatnik nie jest zobowiązany do składania deklaracji, nie wykluczając przy tym takiej możliwości - w szczególności złożenia korekty deklaracji przez podatnika. W uzasadnieniu pełnomocnik przywołał przepisy O.p. odnoszące się kwestii nadpłat oraz przepisy u.p.c.c. W treści uzasadnienia skargi pełnomocnik Spółki w pierwszej kolejności odniósł się do kwestii dodatniej wartości przedsiębiorstwa - "goodwill". Podkreślił, że zarówno w chwili dokonywania czynności, tj. 28 lutego 2020 r., jak i składania przez Stronę w lipcu 2020 r. deklaracji PCC, w obrocie prawnym nie istniała jeszcze uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego jednoznacznie rozstrzygająca kwestię braku opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych dodatniej wartości przedsiębiorstwa - "goodwill". Spółka, chcąc prawidłowo i rzetelnie rozliczać się z budżetem państwa, uiściła podatek od "goodwill" w 2020 r. W toku postępowania przeprowadzonego przez Organ w Z. (zdaniem Strony niesłusznie wszczętego) kwestia opodatkowania lub braku opodatkowania dodatniej wartości przedsiębiorstwa w ogóle nie była podnoszona. Także w decyzji Organu w Z. (wydanej zdaniem Spółki z naruszeniem art. 21 § 3 O.p.) brak jest rozważań odnoszących się do objęcia opodatkowaniem goodwill. Można zatem powiedzieć, że opodatkowanie goodwill nie było przedmiotem wydanej decyzji. Decyzja Organu w Z. z [...] lipca 2022 r. określa zobowiązanie w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości zadeklarowanej i wpłaconej przez Spółkę na dwa lata przed jej wydaniem. Błędne jest zatem twierdzenie Naczelnika (utrzymane przez Dyrektora), że Spółka zapłaciła podatek od czynności cywilnoprawnych z tytułu czynności z 28 lutego 2020 r. w wysokości wynikającej z decyzji Organu w Z. Dopiero po uzyskaniu informacji, że wpłacony podatek od "goodwill" jest podatkiem nadpłaconym, Spółka zdecydowała się złożyć wniosek o nadpłatę i odzyskać środki, które zgodnie z uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego III FPS 2/21 zostały nienależnie wpłacone na rzecz budżetu państwa. Zatem zakres złożonego wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie pokrywa się z zakresem wydanej decyzji przez Organ w Z., która dotyczyła wyłącznie ustalenia wartości rynkowych przedmiotów opodatkowania (ostatecznie przyjętych w wysokości zadeklarowanej przez Spółkę). W opinii pełnomocnika, nie można wobec tego uznać, że w przypadku wydania decyzji w przedmiocie nadpłaty, byłaby ona dotknięta wadą nieważnościową z art. 247 § 1 pkt 4 O.p. (dotyczy sprawy już poprzednio rozstrzygniętej inną decyzją ostateczną). O ile w relacji między decyzją określającą zobowiązanie Spółce a decyzją stwierdzającą nadpłatę zachodziłaby tożsamość podmiotowa (Spółka byłaby stroną obu decyzji), to nie można mówić o tożsamości stanu faktycznego w tych sprawach. Jak wspomniano wcześniej w decyzji określającej Organ w Z. nie zajmował się kwestią opodatkowania dodatniej wartości przedsiębiorstwa. Dodatkowo pełnomocnik podkreślił, że "(...) decyzja Organu w Z. z [...] lipca 2022 r. określa zobowiązanie w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości zadeklarowanej i wpłaconej przez Spółkę na dwa lata przed jej wydaniem(...)". W przypadku Spółki należy wskazać, że zapłaciła w 2020 r. podatek w wysokości określonej przez organ dwa lata później (i jak się okazuje, zgodnie ze wspomnianą wyżej uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego w zawyżonej wysokości), złożyła skorygowaną deklarację, z której wynikało wpłacone zobowiązanie. Niezrozumiałe w związku z tym było przeprowadzanie postępowania oraz wydanie decyzji określającej uregulowane już zobowiązanie. W związku z powyższym niezgodne z zasadą prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie (art. 121 O.p.) jest na obecnym etapie nierozstrzyganie o prawie Strony do nadpłaty (przesądzonego uchwałą przez najwyższy sąd administracyjny w kraju) z uwagi na wydanie przez Organ w Z. decyzji, która po pierwsze nie dotyczyła zakresu wniosku o nadpłatę, a po drugie została wydana niezgodnie z prawem. Organy obu instancji na obecnym etapie uchylają się od merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy. W treści skargi pełnomocnik Spółki zaznaczył ponadto, że Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. rozpoznając zażalenie na postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. w żaden sposób nie odniósł się do zarzutu naruszenia przez ten organ art. 10 ust. 1 u.p.c.c. W zaskarżonym postanowieniu organ podatkowy pierwszej instancji powołując się na przepis art. 10 ust. 1 u.p.c.c. uznał, że podatnik nie ma możliwości złożenia deklaracji w sprawie podatku od czynności cywilnoprawnych w związku z dokonaną czynnością. Taka wykładania wskazanego przepisu jest, zdaniem pełnomocnika Strony, nieprawidłowa i ograniczająca prawa podatnika, a Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W., nie odnosząc się do tej kwestii, zaakceptował stanowisko organu pierwszej instancji, które w istocie (wbrew formie prawnej) wyklucza możliwość odzyskania nadpłaconego przez Spółkę podatku. Przytaczając treść art. 10 ust. 1 u.p.c.c. pełnomocnik zaznaczył, iż z przepisu tego wynika jedynie, kiedy złożenie przez podatnika deklaracji nie jest obowiązkowe. W analizowanym przepisie brak jest jednak zakazu złożenia czy skorygowania przez podatnika deklaracji wcześniej złożonej przez płatnika. Dodatkowo, pełnomocnik wskazał na przepis art. 81 § 1 O.p. regulujący ogólną zasadę, zgodnie z którą jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej, podatnicy, płatnicy i inkasenci mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację. Zatem, zdaniem pełnomocnika, ogólna zasada możliwości korekty deklaracji przez podatnika znajduje zastosowanie, a prezentowana przez organ podatkowy wykładnia jest niedopuszczalną wykładnią rozszerzającą, a mając na uwadze także wspomniany ogólny przepis art. 80 § 1 O.p., także wykładnią contra legem. Dyrektor, w odpowiedzi na skargę, zwrócił się o oddalenie skargi. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje. Skarga nie jest zasadna. Kwestię sporną w sprawie stanowi zasadność odmowy wszczęcia postępowania w zakresie wniosku Spółki z 5 marca 2024 r. o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu umowy sprzedaży przedsiębiorstw zawartej 28 lutego 2020 r. aktem notarialnym Rep. A nr [...] oraz umowy sprzedaży nieruchomości z 28 lutego 2020 r. Rep. A nr [...] w sytuacji, gdy w obrocie prawnym pozostaje decyzja Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Z. z [...] lipca 2022 r., nr [...] określająca Spółce wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu w/w umów sprzedaży. Tytułem wstępu należy zwrócić uwagę na to, że jak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 23 kwietnia 2024 r., sygn. akt II FSK 1951/23 "skoro na gruncie obowiązujących przepisów prawa, niedopuszczalne jest załatwienie wniosku dotyczącego stwierdzenia nadpłaty zobowiązania podatkowego, które wcześniej zostało określone decyzją organu podatkowego, to wniosek o stwierdzanie nadpłaty dotyczący zobowiązania podatkowego określonego ostateczna decyzją wymiarową powinien być załatwiony przez wydanie postanowienia odmawiającego wszczęcia postępowania, którego podstawę prawną stanowi art. 165a § 1 O.p.". W konsekwencji stwierdzić należy, że uprzednie określenie decyzją organu podatkowego zobowiązania podatkowego (co do zasady) stanowi "inną przyczynę" w rozumieniu art. 165a §1 O.p. z jakiej postępowanie w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty tego zobowiązania podatkowego nie może być wszczęte. Przenosząc powyższe rozważania na grunt rozpoznawanej sprawy stwierdzić, że w sprawie nie jest sporne to, że z tytułu zawartych w dn. 28 lutego 2020 r. umów sprzedaży (przedsiębiorstw zawartej aktem notarialnym [...] oraz nieruchomości zawartej aktem notarialnym [...]) notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 5.266.760 zł (str. 3 skargi oraz str. 2/3 zaskarżonego postanowienia), ostateczną decyzją Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Z. z [...] lipca 2022 r. (k. 433 akt podatkowych) określono Skarżącej wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu ww. umów w kwocie 5.415.199 zł, kwota 148.439 zł (5.415.199 zł – 5.266.760 zł)stanowiąca różnicę pomiędzy kwotą podatku pobraną przez notariusza a kwotą zobowiązania równą kwocie wynikającej z decyzji została uiszczona przez Spółkę (dodatkowo z należnymi odsetkami w kwocie 3.546 zł) w dn. 3 lipca 2020 r. (str. 3 skargi oraz str. 3 zaskarżonego postanowienia). Tym samym stwierdzić należy, że na dzień złożenia przez Spółkę wniosku o stwierdzenie nadpłaty (i w konsekwencji na dzień orzekania przez organ pierwszej i drugiej instancji) Spółka uiściła podatek od czynności cywilnoprawnych w wysokości 5.416.199 zł ("na rachunek [...] Urzędu Skarbowego w Z. wpłacony został podatek od czynności cywilnoprawnych w wysokości łącznie 5 414 199 zł" – str. 1 wniosku z dn. 5 marca 2024 r. o stwierdzenie nadpłaty), co odpowiada wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych określonego w ostatecznej decyzji Naczelnika z [...] lipca 2022 r. W konsekwencji stwierdzić należy, że niedopuszczalne jest wszczęcie postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku do czynności cywilnoprawnych w wysokości 2.924.737 zł (z uwagi na kwestionowanie przez Skarżącą wliczenia do podstawy opodatkowania tym podatkiem dodatniej wartości firmy (tzw. goodwill) w wysokości 292.473.729 zł z powołaniem się na uchwałę 7 sędziów NSA z 21 lutego 2022 r., sygn. akt III FPS 2/21), gdyż wysokość zobowiązania podatkowego w kwocie 5.415.199 zł, którą to wysokość Skarżąca kwestionuje, została określona ostateczną decyzją Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Z. z [...] lipca 2022 r. W tym kontekście (i odnosząc się do argumentów prezentowanych przez Skarżącą) należy stwierdzić, że w następstwie złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie ma możliwości weryfikowania prawidłowości decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w Z. z [...] lipca 2022 r. ( "Niezrozumiałe w związku z tym było przeprowadzanie postępowania oraz wydanie decyzji określającej uregulowane już zobowiązanie. (...) została wydana niezgodnie z prawem" – str. 5 skargi). Wbrew temu co sugeruje Skarżąca decyzja Naczelnika Urzędu Skarbowego w Z. z [...] lipca 2022 r. nie dotyczyła (tylko) "ustalenia wartości rynkowej przedmiotów podlegających opodatkowaniu. Określono w niej wartość rynkową przedmiotów opodatkowania w łącznej kwocie identycznej jak wykazała to Spółka" (str. 4 skargi) ale przesądzała – tak jak pierwotnie uważała Skarżąca (i z jakiego to powodu wpłaciła podatek w łącznej kwocie 5.415.199 zł) – że dodatnia wartość firmy (tzw. goodwill) wchodzi do podstawy opodatkowania. W tym kontekście nie ma znacznie to, czy Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w Z. w decyzji z [...] lipca 2022 r. uczynił przedmiotem odrębnych rozważań (czy nie uczynił) kwestię tego, czy dodatnia wartość firmy wchodzi do podstawy opodatkowania. Wystarczy, że organ ten określił wysokość zobowiązania podatkowego Skarżącej w kwocie 5.415.199 zł (zapłaconej przez Skarżącą), co jak sama Skarżąca przyznaje obejmowało również podatek związany z włączeniem do podstawy opodatkowania dodatniej wartości firmy (tzw. goodwill). Co więcej, nawet gdyby Naczelnik w decyzji z [...] lipca 2022 r. z innego powodu niż włączenie do podstawy opodatkowania dodatniej wartości firmy (tzw. goodwill) określił wysokość zobowiązania na kwotę 5.415.199 zł, to Skarżąca również nie byłaby uprawniona do skutecznego zainicjowania postępowania o stwierdzenie nadpłaty w wysokości 2.924.737 zł. Póki w obrocie prawnym istnieje decyzja Naczelnika z [...] lipca 2022 r. określająca wysokość zobowiązania podatkowego w kwocie 5.415.199 zł, we wskazanej wyżej wysokości zobowiązanie podatkowe zostało określone (co wiąże organy i Skarżącą), a co za tym idzie nie można (skutecznie) wywodzić, że winno ono być należne w niższej wysokości, gdyż byłoby to równoznaczne z kwestionowaniem ww. decyzji, co nie może być realizowane w ramach wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku. Zgodnie bowiem z art. 128 O.p. decyzje, od których nie służy odwołanie w postępowaniu podatkowym, są ostateczne. Uchylenie lub zmiana tych decyzji, stwierdzenie ich nieważności oraz wznowienie postępowania mogą nastąpić tylko w przypadkach przewidzianych w niniejszej ustawie oraz w ustawach podatkowych. W tym kontekście nie ma również znaczenia to, że Skarżąca uiściła całą kwotę podatku dwa lata przed wydaniem decyzji Naczelnika z [...] lipca 2022 r. (w kwocie odpowiadającej kwocie określonej w decyzji z [...] lipca 2022 r.). Wraz z wydaniem (i jej skutecznym doręczeniem) decyzji z [...] lipca 2022 r., zobowiązanie Skarżącej zostało określone w tej decyzji i okoliczność wcześniejszej zapłaty podatku w takiej samej wysokości (gdyż wówczas, zdaniem Skarżącej, było ono należne w tej wysokości) nie zmienia tego, że obecnie (na dzień wydania zaskarżonego postanowienia i postanowienia je poprzedzającego) zobowiązanie to wynika z tej decyzji. Mimo że Skarżąca wpłaciła podatek najpierw Notariuszowi (działającemu w charakterze płatnika) przy zawieraniu umów sprzedaży, potem zaś sama wpłaciła różnicę podatku w związku ze złożoną przez siebie korektą, czyli zapłaciła łącznie kwotę 5.416.199 zł, to kwota ta stanowiła zapłatę zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu umów zawartych w dn. [...] lutego 2020 r, ostatecznie określonego na tę kwotę decyzją Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Z. w decyzji z [...] lipca 2022 r. Wbrew stanowisku Skarżącej – która implicite próbuje wywieźć, że skoro podatek zapłaciła dwa lata przed wydaniem decyzji z [...] lutego 2020 r., to nie jest to podatek wynikający z tej decyzji – w niniejszej sprawie mamy do czynienia z (jednym) zobowiązaniem z tytułu podatku od czynności cywilnoprawnych z tyt. umów z dn. 28 lutego 2020 r., które zostało ostatecznie określone w decyzji z dn. [...] lutego 2020 r. w wysokości 5.416.199 zł i zapłacone przez Skarżącą w tej wysokości. Skoro zobowiązanie to zostało określone w decyzji z dn. [...] lutego 2020 r. w ww. wysokości (i zapłacone przez Skarżącą w tej wysokości) i decyzja ta pozostaje w obrocie prawnym, to Skarżąca nie może (przed wyeliminowaniem tej decyzji z obrotu prawnego) wnosić o stwierdzenie nadpłaty podatku. Końcowo Sąd zauważa, że z racji tego, że zaskarżone postanowienie dotyczy kwestii proceduralnej (braku możliwości odmowy wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty z uwagi na okoliczność wydania przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Z. decyzji z [...] lipca 2022 r.), nieistotne dla sprawy są rozważania dot. wykładni art. 10 ust. 1 u.p.c.c., a co za tym idzie kwestia ewentualnego naruszenia wskazanego przepisu przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. w postanowieniu z [...] maja 2024 r. i braku odniesienia się do tej kwestii przez Dyrektora w zaskarżonym postanowieniu. Powodem, dla którego należało odmówić wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty była bowiem okoliczność istnienia w obrocie prawnym decyzji z dn. [...] lutego 2020 r., a w konsekwencji zatem kwestia uprawnienia do złożenia deklaracji w związku z dokonaną czynności, o czym mowa w art. 10 ust. 1 u.p.c.c. lub braku uprawnienia do złożenia deklaracji w takim przypadku – istotna w przypadku braku wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego – jest w niniejszej sprawie nieistotna i w konsekwencji również brak odniesienia się do tej kwestii przez Dyrektora w zaskarżonym postanowieniu, jako naruszenie, które nie mogło mieć istotnego wpływu na wynik sprawy, nie uprawnia Sądu do uchylenia zaskarżonego postanowienia (zarzut naruszenia art. 210 § 1 pkt 6 O.p.). Mając na uwadze powyższe, uznając, że zaskarżone postanowienie odpowiada prawu (i w konsekwencji nie jest zasadny zarzut naruszenia art. 165a w zw. z art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 i 220 O.p.), Sąd na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 – dalej "p.p.s.a") oddalił skargę. Niniejsza sprawa została rozpoznana w trybie uproszczonym zgodnie z art. 119 pkt 3 p.p.s.a. w zw. z art. 120 p.p.s.a. na posiedzeniu niejawnym w składzie trzech sędziów.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 28.07.2026. · Źródło