III SA/Wa 2754/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Jacek Kaute, Sędziowie sędzia WSA Dariusz Czarkowski (sprawozdawca), sędzia WSA Agnieszka Sułkowska, Protokolant referent stażysta Agnieszka Kurzawska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 23 kwietnia 2026 r. sprawy ze skargi H. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] listopada 2025 r. nr [...] w przedmiocie odmowy oprocentowania nadpłaty stwierdzonej w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz H. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 997 zł (słownie: dziewięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. 22 maja 2025 roku P. Sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej jako: "Skarżąca", "Strona" lub "Spółka") złożyła do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. (dalej jako: "Organ I instancji" lub "Naczelnik") wniosek o zapłatę oprocentowania lub o wydanie rozstrzygnięcia. Wniosek ten obejmował żądanie wypłaty oprocentowania od nadpłaty stwierdzonej na rzecz Spółki decyzją wydaną przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej jako: "Dyrektor IAS" lub "Organ odwoławczy") [...] kwietnia 2025 r. od dnia pobrania podatku przez płatników od zmiany umowy Spółki - podwyższenie kapitału zakładowego - uchwalonej 27 września 2019 roku, od zmiany umowy Spółki - podwyższenie kapitału zakładowego - uchwalonej 22 grudnia 2021 roku i od zmiany umowy Spółki - podwyższenie kapitału zakładowego - uchwalonej 29 grudnia 2022 r. Zgodnie ze stanem faktycznym sprawy 27 września 2019 roku Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników Spółki podjęło uchwałę nr 1 w sprawie podwyższenia kapitału zakładowego Spółki w drodze utworzenia nowych udziałów oraz wyrażenia zgody na nabycie akcji i udziałów spółek w ramach podwyższenia kapitału zakładowego. Na mocy tej Uchwały NZW postanowiło podwyższyć kapitał zakładowy o kwotę [...] zł, tj. z kwoty [...] zł do kwoty [...] zł. Podwyższenie kapitału zakładowego miało nastąpić poprzez utworzenie [...] nowych udziałów o wartości nominalnej 100 zł każdy udział i łącznej wartości nominalnej [...] zł. Nowe udziały miał objąć Skarb Państwa: a) w zamian za wkład pieniężny w kwocie [...] zł za 2.500.000 nowych udziałów; b) w zamian za wkład niepieniężny o łącznej wartości [...] zł za 1.983.712 nowych udziałów. Powyższą Uchwałę nr 1 zaprotokołował notariusz w akcie notarialnym Rep. [...] nr [...] oraz na podstawie art. 1, art. 6 oraz art. 7 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (t.j. Dz. U. z 2019 r. poz. 1519 z późn. zm., dalej: upcc), pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie w wysokości [...] zł. Następnie aktem notarialnym z [...] września 2019 roku Rep. [...] nr [...] pomiędzy Spółką a Skarbem Państwa została zawarta umowa, na mocy której Skarb Państwa objął w spółce pod firmą P. sp. z o.o. 2.500.000 nowych udziałów w zamian za wkład pieniężny oraz 1.983.712 nowych udziałów w zamian za wkład niepieniężny. 22 grudnia 2021 roku Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników Spółki podjęło Uchwałę nr 1 w sprawie podwyższenia kapitału zakładowego Spółki w drodze utworzenia nowych udziałów, a także zgody na nabycie udziałów w innej spółce związane z podwyższeniem kapitału zakładowego. Na mocy tej Uchwały NZW postanowiło podwyższyć kapitał zakładowy o kwotę [...] zł, tj. z kwoty. [...] zł do kwoty [...] zł, w drodze utworzenia 7.556.320 nowych udziałów, o wartości nominalnej 100 zł każdy i łącznej wartości [...] zł. Nowe udziały w liczbie 7.556.320 miały zostać objęte przez jedynego wspólnika Skarb Państwa: a) w zamian za wkład pieniężny w kwocie [...] zł za 7.500.000 nowych udziałów, b) w zamian za wkład niepieniężny w kwocie 5.632.000, za 56.320 nowych udziałów. Powyższą Uchwałę nr 1 zaprotokołował notariusz w akcie notarialnym Rep. [...] nr [...] oraz na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 9 w zw. z art. 6 ust. 9 pkt 1,2,3 upcc pobrał podatek od podstawy opodatkowania [...] zł w kwocie [...] zł. Natomiast na podstawie art. 2 pkt 6 lit. c) upcc nie pobrał podatku od kwoty [...] zł. Następnie aktem notarialnym z [...] grudnia 2021 roku, Rep. [...] nr [...] pomiędzy Spółką a Skarbem Państwa zawarta została umowa objęcia udziałów, która dotyczyła objęcia przez Skarb Państwa 7.500.000 nowych udziałów za wkład pieniężny. 29 grudnia 2022 roku Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników Spółki podjęło uchwałę nr 1 w sprawie podwyższenia kapitału zakładowego Spółki w drodze utworzenia nowych udziałów (dalej: "Uchwała"). Tą uchwałą NZW postanowiło podwyższyć kapitał zakładowy o kwotę [...] zł, tj. z kwoty [...] zł do kwoty [...] zł, poprzez utworzenie 2.000.000 nowych udziałów o wartości nominalnej 100 zł każdy. Nowe udziały zostały objęte po cenie 100 zł każdy w zamian za wkład pieniężny. Powyższą uchwałę zaprotokołował notariusz aktem notarialnym Rep. [...] nr [...] oraz na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 9 w zw. z art. 6 ust. 9 pkt 1,2,3 upcc, od powyższej czynności pobrał podatek w wysokości [...] zł. Następnie 29 grudnia 2022 roku pomiędzy Skarbem Państwa, a Spółką zawarta została umowa objęcia udziałów, która dotyczyła objęcia przez Skarb Państwa 2.000.000 nowych udziałów za wkład pieniężny. We wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych Spółka zakwestionowała pobranie przez notariusza podatku od podwyższenia kapitału zakładowego, ponieważ w jej ocenie wnoszenie wkładów do Spółek kapitałowych przez jednostki gospodarki uspołecznionej nie powinno podlegać opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych w świetle przepisów prawa unijnego. W uzasadnieniu Spółka stanęła na stanowisku, że wniesienie przez Skarb Państwa wkładu do Spółki na dzień 1 stycznia 2006 roku stanowiłoby zdarzenie zwolnione od opodatkowania zgodnie z art. 6 ust. 9 pkt 4 upcc. Oznacza to, że na podstawie art. 7 ust. 1, ust. 2 Dyrektywy 2008/7 Polska jako państwo członkowskie powinno zwolnić przedmiotową czynność z opodatkowania podatkiem kapitałowym, tj. podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Zdaniem Spółki, brak zwolnienia w powyższym zakresie stanowi naruszenie art. 7 ust. 1 - 2, 5 Dyrektywy 2008/7. Skoro w stanie prawnym obowiązującym przed 1 stycznia 2006 roku zmiana umowy spółki kapitałowej w zakresie podwyższenia kapitału zakładowego w drodze aportu, albo wkładu pieniężnego wniesionego przez Skarb Państwa nie podlegała opodatkowaniu podatkiem kapitałowym, to w ocenie Spółki wprowadzenie tego podatku z dniem 1 stycznia 2009 roku do ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych stanowi naruszenie prawa unijnego i wynikającej z niego zasady stand-still. Tym samym, obowiązujące w dacie dokonania czynności cywilnoprawnej przepisy krajowe są w powyższym zakresie sprzeczne z prawem unijnym, tj. dyrektywą 69/335/EWG oraz dyrektywą 2008/7/WE. W toku postępowania Naczelnik ustalił, że Spółka występowała już z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w odniesieniu do podwyższeń kapitału zakładowego z 23 marca 2018 roku oraz z 27 września 2019 r. Naczelnik decyzją z [...] września 2020 roku stwierdził nadpłatę dla Spółki w kwocie [...] zł z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego z 27 września 2019 roku. Wobec czego 22 czerwca 2023 roku Spółka skorygowała wniosek o stwierdzenie nadpłaty do łącznej kwoty [...] zł, pomniejszając żądanie nadpłaty o kwotę [...] zł od podwyższenia kapitału zakładowego z 27 września 2019 roku. Następnie Naczelnik decyzją z [...] lipca 2023 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 5.999.826,00 zł pobranego przez płatnika z tytułu zmian umowy Spółki uchwalonych 27 września 2019 roku, 22 grudnia 2021 roku oraz 29 grudnia 2022 roku. Dyrektor IAS, po rozpatrzeniu odwołania, wydał [...] października 2023 roku decyzję utrzymującą w mocy decyzję Organu I instancji. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z 16 lutego 2024 roku, sygn. akt III SA/Wa 2567/23 uchylił decyzję z [...] października 2023 r. Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 14 listopada 2024 roku, sygn. akt III FSK 681/24, oddalił skargę kasacyjną Dyrektora IAS. Dyrektor IAS, decyzją z [...] kwietnia 2025 roku w związku z ww. wyrokami sądów administracyjnych, po ponownym rozpatrzeniu odwołania Spółki od decyzji Naczelnika z [...] lipca 2023 roku, uchylił w całości decyzję Organu I instancji i stwierdził nadpłatę w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 5.999.826,00 zł. 30 kwietnia 2025 roku Naczelnik dokonał zwrotu nadpłaty na rachunek bankowy Spółki wraz z oprocentowaniem w łącznej kwocie 7.700.078,00 zł. Ta kwota zawiera nadpłatę w łącznej wysokości 5.999.826,00 zł oraz należne oprocentowanie w kwocie 1.700.252,00 zł liczone od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, tj. 2 czerwca 2023 roku do dnia zwrotu, tj.: - od czynności z 27 września 2019 roku, nadpłata 1.249.952,00 zł, oprocentowanie 354.216,00 zł; - od czynności z 22 grudnia 2021 r., nadpłata 3.749.937,00zł, oprocentowanie 1.062.670,00 zł; - od czynności z 29 grudnia 2022 r., nadpłata 999.937,00 zł, oprocentowanie 283.366,00 zł. We wniosku z 22 maja 2025 r. Spółka zakwestionowała wysokość wypłaconego oprocentowania od nadpłaty stwierdzonej w podatku od czynności cywilnoprawnych przez Dyrektora IAS w decyzji z [...] kwietnia 2025 roku. Spółka zażądała wypłaty oprocentowania od dnia pobrania podatku przez notariusza. Wskazała we wniosku, że z treści decyzji Organu odwoławczego wynika, że stwierdzona w niej nadpłata powstała w wyniku naruszenia prawa unijnego co potwierdzają zapadłe w sprawie ww. wyroki sądów obu instancji. Zdaniem Spółki obowiązek naliczenia oprocentowania od nadpłaty powstałej w wyniku naruszenia prawa unijnego istnieje od momentu jej powstania. Spółka odwołała się do wyroku TSUE z 8 czerwca 2023 roku w sprawie o sygn.C-322/22 cytując jego fragmenty. W ocenie Spółki z wyroku w sprawie C- 322/22 wynika, że w przypadku powstania nadpłaty w wyniku naruszenia prawa unijnego wypłacone odsetki obejmują cały okres od dnia, w którym zapłacił on daną kwotę pieniężną do dnia, w którym została ona zwrócona (pkt 40 uzasadnienia). Wysokość oprocentowania powinna odpowiadać wysokości oprocentowania od nadpłat określonego w przepisach krajowych. Na potwierdzenie stanowiska spółka powołała wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 26 lutego 2019 roku, sygn. II FSK 644/17, z 8 stycznia 2020 roku, sygn. II FSK 368/18 oraz wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 8 kwietnia 2021 roku, sygn. III SA/Wa 512/21. Naczelnik, po rozpatrzeniu wniosku decyzją z [...] sierpnia 2025 r. odmówił oprocentowania nadpłaty stwierdzonej w podatku od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 5.999.826,00 zł, tj. od dnia pobrania przez płatnika podatku od czynności cywilnoprawnych od: - 27 września 2019 roku od kwoty 1.249.952,00 zł, - 22 grudnia 2021 roku od kwoty 3.749.937,00 zł, - 29 grudnia 2022 roku od kwoty 999.937,00 zł. W uzasadnieniu rozstrzygnięcia Organ I instancji wskazał, że oprocentowanie od nadpłaty nie zasługuje na uwzględnienie, ponieważ: oprocentowanie zostało naliczone i wypłacone zgodnie z przepisami prawa, odnoszącymi się do postępowań przeprowadzonych na wniosek podatnika o stwierdzenie nadpłaty (art. 78 § 3 pkt 3 lit. b Op); nie zaistniały przesłanki do zwrotu oprocentowania w oparciu o art. 78 § 3 pkt 3a) Op względem nadpłaty stwierdzonej decyzją Dyrektora IAS z [...] kwietnia 2025 r., brak wyroku TSUE dotyczącego rodzaju czynności objętych postępowaniem podatkowym przeprowadzonym na wniosek z 2 czerwca 2023 r., brak jest przesłanek do zwrotu oprocentowania w oparciu o art. 78 § 3 pkt 1 Op, ponieważ podstawą zwrotu nadpłaty nie jest art. 77 § 1 pkt 1 i 3 Op; kwota dokonanego zwrotu zrealizowana 30 kwietnia 2025 roku pokrywa kwotę nadpłaty wraz z należnym oprocentowaniem, wobec tego w sprawie nie znajduje zastosowania art. 78a Op. Od powyższej decyzji Strona wniosła odwołanie, wnosząc o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji oraz rozstrzygniecie sprawy co do istoty. Decyzją z dnia [...] listopada 2025 r. Dyrektor IAS utrzymał w mocy zaskarżoną decyzją Organu I instancji. W uzasadnieniu wydanego rozstrzygnięcia Organ odwoławczy wskazał, że przedmiotem sporu w tej sprawie jest to, czy Stronie przysługuje oprocentowanie nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych, uiszczonego w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego Spółki w dniach 27 września 2019 roku, 22 grudnia 2021 roku oraz 29 grudnia 2022 roku, tj. od momentów jej powstania do jej zwrotu. Dyrektor IAS przytoczył treść z art. 74 pkt 3 Op., art. 77 § 1 pkt 4 Op i art. 78 § 3 pkt 3a Op art. 77 § 1 pkt 4 i pkt 4a, art. 78 Op, art. 78 § 3 Op, art. 78 § 4 Op. W ocenie Organu odwoławczego, w tej sprawie nie mamy do czynienia z żadną z okoliczności, do których zastosowanie znajduje obecnie obowiązujący przepis art. 78 § 3 pkt 3a Op. Ten przepis dotyczy oprocentowania nadpłat powstałych w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego (dalej "TK") lub orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej: "TSUE"), a zobowiązanie powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1 Op. Nadpłata stwierdzona decyzją Dyrektora IAS z [...] kwietnia 2025 r. nie wynika z orzeczenia TK lub orzeczenia TSUE. Nadpłata od czynności z 27 września 2019 roku, 22 grudnia 2021 roku oraz 29 grudnia 2022 roku nie powstała zatem w trybie, do którego odwołuje się art. 74 Op. Z powyższych przepisów wynika, że sposób naliczenia oprocentowania uzależniony jest od trybu powstania nadpłaty. 2 czerwca 2023 roku Spółka wystąpiła o stwierdzenie nadpłaty na podstawie art. 75 § 1 Op. Tylko w przypadku zwrotu nadpłaty dokonywanej w trybie art. 74 Op, podatnikowi przysługuje oprocentowanie nadpłaty od dnia powstania nadpłaty (art. 78 § 3 pkt 3a Op). Organ odwoławczy wyjaśnił, że w polskim porządku prawnym istnieją przepisy, regulujące zarówno procedurę stwierdzania nadpłaty (art. 75 § 1 Op), jak i zwrotu nadpłaty (art. 74 Op) oraz wypłaty oprocentowania od nadpłaty powstałej w wyniku orzeczenia TSUE zgodnie z art. 74 Op, art. 77 § 1 pkt 4 Op, art. 78 § 3 pkt 3a Op oraz wypłaty oprocentowania od nadpłat stwierdzonych stosownie do art. 75 § 1 Op, art. 72 § 1 pkt 2 Op w zw. z art. 73 § 1 pkt 2 Op. Skoro powstanie nadpłaty nie jest związane z orzeczeniem TSUE, to do zwrotu nadpłaty wraz z oprocentowaniem zastosowanie miał art. 75 § 1 Op, art. 72 § 1 pkt 2 Op w zw. z art. 73 § 1 pkt 2 Op oraz art. 78 §3 pkt 3 lit. b) Op- Zdaniem Organu odwoławczego prawidłowe jest zatem stanowisko Organu I instancji, że w sytuacji złożenia przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty, na podstawie przepisów art. 75 § 1 Op oprocentowanie przysługuje wyłącznie od dnia złożenia wniosku, pod warunkiem nie wydania jej w terminie 2 miesięcy od dnia jego złożenia. Strona w odwołaniu powołała się na wyrok Trybunału Sprawiedliwości z 19 lipca 2012 roku w sprawie Littlewoods Retail Ltd sygn. C-591/10. W tym wyroku TSUE orzekł, iż prawo Unii należy interpretować w ten sposób, że wymaga ono, aby podatnik, który nadpłacił podatek od wartości dodanej, pobrany przez dane państwo członkowskie z naruszeniem przepisów prawa Unii w dziedzinie podatku od wartości dodanej, miał prawo do zwrotu podatku pobranego z naruszeniem prawa Unii oraz do wypłaty odsetek przysługujących od kwoty tego podatku. Ustalenie, z poszanowaniem zasad skuteczności i równoważności, czy od kwoty głównej należne są odsetki proste, odsetki składane czy odsetki obliczane według innej metody, jest kwestią prawa krajowego. Z powyższego wyroku, w ocenie Organu odwoławczego, wynika, że regulacje dotyczące wypłaty odsetek leżą w gestii prawa krajowego. Przepisy krajowe przewidują wypłatę oprocentowania od dnia pobrania podatku przez płatnika w przypadkach, gdy zapadło orzeczenie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W sprawie nie zapadło orzeczenie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, które stanowiłoby podstawę wystąpienia w czerwcu 2023 roku z żądaniem zwrotu nadpłaty w związku z naruszeniem przepisów Unii Europejskiej. W konsekwencji wniosek Spółki z 22 maja 2025 roku dotyczący oprocentowania nadpłat na skutek orzeczeń TSUE jest bezzasadny. Dyrektor IAS zaznaczył, że w odwołaniu pełnomocnik przywołał wyrok Trybunału Sprawiedliwości w sprawie C 322/22 z 8 czerwca 2023 roku oraz ww. orzeczeń sądów administracyjnych obu instancji. Stan faktyczny i prawny opisany w tym wyroku Trybunał Sprawiedliwości, różni się od stanu tej sprawy. Trybunał wskazał (pkt 29 orzeczenia): "Poprzez swoje pytanie sąd odsyłający dąży w istocie do ustalenia, czy zasady równoważności i skuteczności w związku z zasadą lojalnej współpracy należy interpretować w ten sposób, że stoją one na przeszkodzie uregulowaniu krajowemu, które w przypadku gdy wniosek o zwrot nadpłaty podatku został złożony po upływie 30 dni od opublikowania w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej wyroku Trybunału, z którego wynika stwierdzenie sprzeczności rozpatrywanego opodatkowania z prawem Unii, ogranicza oprocentowanie nadpłaty należne danemu podatnikowi do trzydziestego dnia po tej publikacji, a nawet wyklucza wszelkie oprocentowanie w przypadku, gdy owa nadpłata została dokonana przez podatnika po upływie tego trzydziestego dnia." W powyższym wyroku Trybunał stwierdził (pkt 57) w świetle powyższych rozważań zasadę skuteczności w związku z zasadą lojalnej współpracy należy interpretować w ten sposób, że stoi ona na przeszkodzie uregulowaniu krajowemu, które w przypadku gdy wniosek o zwrot nadpłaty podatku został złożony po upływie 30 dni od opublikowania w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej wyroku Trybunału, z którego wynika stwierdzenie sprzeczności rozpatrywanego opodatkowania z prawem Unii, ogranicza oprocentowanie nadpłaty należne danemu podatnikowi do trzydziestego dnia po tej publikacji, a nawet wyklucza wszelkie oprocentowanie w przypadku, gdy owa nadpłata została poniesiona przez podatnika po upływie tego trzydziestego dnia. Organ odwoławczy wyjaśnił, że sprawa C-322/22 odnosi się do naliczania oprocentowania nadpłat, które powstały w związku z orzeczeniami TSUE a podatnik wystąpi o zwrot nadpłaty w trybie art. 74 Op. Taka sytuacja nie ma miejsca w tej sprawie. Odnosząc się z kolei do powołanych wyroków sądów administracyjnych, na których oparte zostało uzasadnienie wniosku o wypłatę oprocentowania od stwierdzonej nadpłaty, Organ odwoławczy wskazał, że wydane zostały w indywidualnych sprawach i wiążą strony, których dotyczą sprawy w nich opisane. W konsekwencji Dyrektor IAS stwierdził, że skoro niezgodność z Konstytucją RP bądź prawem unijnym przepisów polskiej ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, które skutkują opodatkowaniem wkładów kapitałowych wnoszonych przez Skarb Państwa w ramach podwyższenia kapitału zakładowego spółki kapitałowej, nie została stwierdzona odpowiednim orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego bądź Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, to zasadnie uznał Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. w zaskarżonej decyzji, że nie miał podstaw prawnych do zastosowania art. 78 § 3 pkt 3a Op. Organ odwoławczy zauważył również, że organy podatkowe nie mają możliwości prawotwórczej modyfikacji przepisów Ordynacji podatkowej regulujących kwestie wypłaty oprocentowania, w celu przyznania Spółce oprocentowania nadpłaty powstałej wskutek sprzeczności polskich regulacji dot. podatku od czynności cywilnoprawnych w zakresie opodatkowania wkładów kapitałowych wnoszonych przez Skarb Państwa w ramach podwyższenia kapitału zakładowego spółki kapitałowej z dyrektywą 2008/7/WE, stwierdzonej przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z 16 lutego 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 2567/23 oraz Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 14 listopada 2024 r., sygn. akt III FSK 681/24. Takiej modyfikacji może dokonać jedynie sąd administracyjny. Mając powyższe na uwadze, w ocenie Organu odwoławczego, zasadnie stwierdził Organ I instancji w zaskarżonej decyzji, że Spółce, na podstawie przepisu art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) i § 4 Op, przysługuje oprocentowanie od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty do dnia jej zwrotu. Pismem z dnia 27 listopada 2025 r. Skarżąca wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skargę na powyższą decyzję, wnosząc o jej uchylenie wraz z poprzedzającą ją decyzję Organu I instancji. W skardze zawarto również wniosek o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania. Zaskarżonej decyzji zarzucono : a) naruszenie art. 72 § 1 pkt 2, 73 § 1 pkt 2, art. 74 pkt 2),3), art. 74a oraz art. 77 § 1 pkt 1,2,4-43, art. 78 § 1,2 oraz 3, 4 oraz 5 Ordynacji podatkowej (oraz w stanie prawnym obowiązującym od 1 maja 2025 r. 78 § 3 pkt 3a Ordynacji Podatkowej) w związku z wyrokami TSUE z dnia 8 czerwca 2023 r., w sprawie o sygn. C-322/22, z dnia 19 lipca 2012 r. w sprawie Littlewoods Retail Ltd (C-591/10) oraz z dnia 18 kwietnia 2013 r. w sprawie Mariana Irimie (C-565/11) oraz z art. 267 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (dalej: TFUE) i art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. (dalej: Konstytucja RP) i art. 4 ust. 3 Traktatu o Unii Europejskiej, poprzez ich błędną wykładnię prowadzącą do błędnego zastosowania przejawiającego się w odmowie naliczenia i zwrotu oprocentowania, c) naruszenie art. 72 § 1 pkt 2, 73 § 1 pkt 2, art. 74 pkt 2),3), art. 74a oraz art., 77 § 1 pkt 4-43, art. 78 § 1 oraz 3, art. 78 § 5 Ordynacji podatkowej (oraz w stanie prawnym obowiązującym od 1 maja 2025 r. 78 § 3 pkt 3a Ordynacji Podatkowej) w związku z wyrokami TSUE z dnia 8 czerwca 2023 r., w sprawie o sygn. C-322/22, z dnia 19 lipca 2012 r. w sprawie Littlewoods Retail Ltd (C-591/10) oraz z dnia 18 kwietnia 2013 r. w sprawie Mariana Irimie (C-565/11) oraz z art. 267 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (dalej: TFUE) i art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. (dalej: Konstytucja RP) i art. 4 ust. 3 Traktatu o Unii Europejskiej w związku z art. 7 ust. 1-2, art. 1 lit. a, art. 2 ust. 1 lit. a w związku z pkt 21 (i) załącznika I, art. 3 lit. c, art. 13 lit. a i b, art. 15 Dyrektywy Rady 2008/7/WE z dnia 12 lutego 2008 roku dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (dalej Dyrektywy 2008/7), w związku z art. 7 ust. 1 i 2 oraz art. 3 ust. 1, art. 4 ust. 1 lit. c, ust. 2, art. 8 Dyrektywy 69/335 oraz art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. 1 pkt 2, art. 1 ust. 2 pkt 1, art. 1 ust. 3 pkt 1 i 2, art. 1a pkt 1 i 2, art. 4 pkt 9, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a i b, art. 7 ust. 1 pkt 9, art. 9 pkt 11 lit. d ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych w brzmieniu, które obowiązywało w 2017 roku, w związku z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. 1 pkt 2, ust. 3 pkt 1 i 2, art. 1a pkt 1 i 2, art. 4 pkt 9, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a i b, art. 6 ust. 9 pkt 4 w związku z art. 8 pkt 5, art. 7 ust. 1 pkt 9 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnym, w brzmieniu, które obowiązywało w latach 2004-2006 i tej ustawy w brzmieniu za okres 2007-2008 roku oraz art. 1 pkt 4 lit. b i pkt 5 lit. b ustawy z dnia 7 listopada 2008 roku o zmianie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, oraz art. 9 pkt 11 lit. d ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych. W odpowiedzi na skargę Organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie, podtrzymując swoje stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje. Skarga okazała się zasadna. Wojewódzki Sąd Administracyjny, zgodnie z art. 3 § 1 p.p.s.a., sprawuje kontrolę działalności administracji publicznej i stosownie do art. 1 § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (tekst jedn. Dz. U. z 2024 r. poz. 1267, ze zm.), kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem (legalności), jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. W wyniku takiej kontroli decyzja może zostać uchylona w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a), b) i c) p.p.s.a.). Uwzględnienie skargi może nastąpić również poprzez stwierdzenie nieważności decyzji lub postanowienia – w wypadku ustalenia, że zaskarżony akt jest dotknięty jedną z wad wymienionych w art. 156 § 1 k.p.a. lub w innych przepisach, np. w art. 247 § 1 o.p. (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Rozstrzygnięcie sądu nie wymaga w tym wypadku wcześniejszego ustalenia, że ujawniona wada miała wpływ na wynik sprawy. Z przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. wynika z kolei, że Sąd badając legalność zaskarżonego aktu nie jest związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a. (który w niniejszej sprawie nie ma zastosowania). Nie może przy tym wydać orzeczenia na niekorzyść strony skarżącej, chyba że dopatrzy się naruszenia prawa skutkującego stwierdzeniem nieważności zaskarżonego aktu lub czynności. Wykładnia powołanego wyżej przepisu wskazuje, że Sąd ma prawo, ale i obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został w skardze podniesiony. Przedmiotem sporu w niniejszej sprawie jest ocena czy Skarżącej przysługuje oprocentowanie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. Rozpoznając sprawę według powyższych kryteriów, Sąd uznał, że skarga zasługuje na uwzględnienie. W ocenie Strony, ponieważ – jak wynika z ww. decyzji – nadpłata została stwierdzona w związku z naruszeniem prawa unijnego, na rzecz Skarżącej winny zostać zwrócone odsetki od nadpłaty naliczone od dnia poboru podatku. Z takim stanowiskiem nie zgadza się organ odwoławczy. Rację w tym sporze należy przyznać Stronie skarżącej. Mając na uwadze podobieństwo niniejszej sprawy do sprawy osądzonej wyrokiem tut. Sądu w sprawie o sygn. akt III SA/Wa 2063/25 Sąd w składzie niniejszym posłuży się argumentacją zawartą w tamtym uzasadnieniu orzeczenia celem uzasadnienia kierunku rozstrzygnięcia niniejszej sprawy. W pierwszym rzędzie skład orzekający podzielił trafną co do zasady krytykę przedstawioną w skardze, a związaną z analogicznym względem rozwiązania określonego w art. 78 § 5 Ordynacji podatkowej obowiązkiem naliczania odsetek od nadpłaty powstałej w wyniku naruszenia prawa UE. Wynika z tejże krytyki, że owo naruszenie, o ile jest oczywiste (okoliczność niesporna w sprawie, potwierdzona w decyzji stwierdzającej nadpłatę), generuje obowiązek oprocentowania nadpłaty, niezależnie od tego, czy naruszenie prawa unijnego zostało potwierdzone bezpośrednio wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości. Powyższe znajduje potwierdzenie w argumentacji wyrażonej w ugruntowanym stanowisku sądów administracyjnych, których odpowiednie orzeczenia zostały zacytowane w skardze. Organ odwoławczy zdaje się dystansować o tego stanowiska. Dodać należy, że zapatrywanie judykatury, do którego odwołano się także w skardze w zakresie w jakim wskazuje na moment początkowy naliczania odsetek (tj. w tym przypadku od dnia pobrania podatku przez płatnika) znalazło odzwierciedlenie w bieżącej nowelizacji ordynacji podatkowej. Od 1 maja 2025 r. obowiązuje bowiem pkt 3a art. 78 § 3 ordynacji podatkowej. Stanowi on, że oprocentowanie przysługuje w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 4 i 4a - od dnia powstania nadpłaty. Sąd nie miał zatem wątpliwości co do poprawności twierdzenia strony, że gdy do powstania nadpłaty doszło w wyniku pobrania podatku na podstawie przepisów, które były niezgodne z prawem wspólnotowym, nawet jeżeli nie zostało to potwierdzone wyrokiem TSUE, lecz było oczywiste, zastosowanie powinny znajdować w stanie prawnym sprawy (w drodze analogii legis) zasady wynikające art. 78 § 5 ordynacji podatkowej i odnośnego orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości. Zapewnienie standardu ochrony podatnika w zakresie oprocentowania nadpłat wynikających z naruszenia prawa unijnego (a tym samym osiągnięcie stanu zgodności prawa krajowego i unijnego) jest bowiem obowiązkiem zarówno sądów krajowych (będących wszak zarazem sądami unijnymi), jak krajowych organów administracji publicznej (por. np. wyrok w sprawie C-103/88, Fratelli Costanzo, pkt 31 i n.). Ustalenie (walidacyjne), na które powołał się organ, że w przepisach ustawy podatkowej brak jest bezpośredniej podstawy prawnej dotyczącej wypłaty oprocentowania w sytuacji takiej, jak występująca w sprawie niniejszej (braku wyroku Trybunału Sprawiedliwości, potwierdzającego naruszenia prawa UE), nie może więc stanowić przeszkody w tym zakresie. Tym samym stanowisko organu przeczące niejako a limine możliwości wypłaty oprocentowania uznać należało za chybione. Podkreślić jednak należy, że w świetle zapatrywań Naczelnego Sądu Administracyjnego "okres oprocentowania winien być odniesiony do czasu, którego punktem początkowym jest pobranie podatku, a końcowym możliwość skutecznego domagania się zwrotu nadpłaty. Od momentu, kiedy podatnik może skutecznie, przy wykorzystaniu dostępnych w procedurze krajowej instrumentów prawnych, żądać zwrotu nadpłaconego podatku, nie jest już pozbawiony możliwości rozporządzania nienależnie pobranymi środkami, jako że ich dostępność (możliwość rozporządzania nimi) uzależniona już jest od jego woli i aktywności." W konsekwencji po stronie podatnika "należy oczekiwać staranności, aby w racjonalnym terminie" złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Odsetki powinny bowiem pełnić funkcję "odszkodowania za brak możliwości korzystania z własnych pieniędzy, tj. wyrównania uszczerbku majątkowego spowodowanego naruszeniem" prawa UE, a nie nabierać "charakteru inwestycji finansowej" (por. np. wyrok NSA o sygn. II FSK 1458/20). Również tutejszy Sąd stwierdził, że o ile oprocentowanie nadpłaty ma niwelować negatywne skutki ekonomiczne związane z brakiem możliwości dysponowania przez podatnika nienależnie wpłaconymi kwotami, instytucja nadpłaty (i jej oprocentowania) nie może prowadzić do sytuacji, w której odsetki stałyby się w istocie wynagrodzeniem podobnym do wynagrodzenia, quasi-inwestycją (wyrok o sygn. III SA/Wa 2751/24). Organy obu instancji do ww. kwestii się nie odniosły, tj. nie badały, czy wniosek o stwierdzenie nadpłaty został złożony we właściwym czasie, tzn. momentu, w którym można było uznać naruszenie prawa UE za oczywiste. Z zaskarżonej decyzji wynika, że organ odwoławczy poprzestał na stwierdzeniu, że oprocentowanie nie przysługuje co do zasady, które to stanowisko okazało się błędne. Wobec tego ponownie rozpatrując sprawę powinien rozważyć, czy Skarżąca dochowała należytej staranności w złożeniu wniosku nadpłatowego. Będzie to wymagało wskazania na osi czasu momentu, w którym uchybienie przepisom unijnym, na skutek których powstała nadpłata, stało się oczywiste. Prima facie (nie przesądzając jednakże tej kwestii) taki punkt odniesienia może stanowić ujednolicenie stanowiska judykatury (zwłaszcza na poziomie Naczelnego Sądu Administracyjnego) w zakresie niezgodności z prawem UE pobrania podatku od czynności cywilnoprawnej takiej, jak dokonana przez Stronę skarżącą. Mając na uwadze powyższe, sąd podzielił tym samym zarzut naruszenia prawa materialnego, tj. w szczególności art. 78 § 5 ordynacji podatkowej (jako irrelewantny postrzegając przy tym zwłaszcza zarzut zgłoszony w drugiej kolejności, w zakresie w jakim odnosi się do materialnoprawnych podstaw samej nadpłaty). W konsekwencji powyższego należało uchylić wydaną w sprawie decyzję DIAS, na podstawie art. na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) ppsa, o czym orzeczono w punkcie 1) sentencji wyroku. O kosztach postępowania sąd orzekł w punkcie 2) sentencji wyroku, na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 ppsa. Łączną kwotę 997 zł zasądzoną z tego tytułu na rzecz skarżącej stanowią: wpis od skargi – 500 zł, wynagrodzenie pełnomocnika – 480 zł oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa – 17 zł. Orzeczenia powołane w niniejszym uzasadnieniu są opublikowane w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych (CBOSA) pod adresem internetowym http://orzeczenia.nsa.gov.pl. ----------------------- #