VIII SA/Wa 887/25
WyrokWSA w Warszawie2026-03-05
Skład orzekający: Justyna Mazur, Sławomir Fularski, Cezary Kosterna
Analiza orzeczenia
Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.
Zagadnienie prawne
Czy podatnikowi przysługuje oprocentowanie nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych, gdy decyzja ustalająca zobowiązanie podatkowe została uchylona z powodu niemożności ustalenia przez organ podatkowy daty sprzedaży towarów zakupionych w poprzednim roku podatkowym, a zwrot nadpłaty nastąpił w terminie?Ratio decidendi
Sąd uznał, że podatnikowi nie przysługuje oprocentowanie nadpłaty w sytuacji, gdy decyzja podatkowa została uchylona z powodu niemożności ustalenia przez organ podatkowy daty sprzedaży towarów zakupionych w poprzednim roku podatkowym, a zwrot nadpłaty nastąpił w ustawowym terminie. Kluczowe jest ustalenie, czy organ podatkowy przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji, a w tym przypadku brak możliwości ustalenia daty sprzedaży przez podatnika oraz przedawnienie postępowania za rok poprzedni uniemożliwiły organowi dokonanie jednoznacznych ustaleń, co nie stanowi przyczynienia się organu do uchylenia decyzji.Stan faktyczny
Spółka wniosła o zwrot pozostałej części nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 rok wraz z oprocentowaniem, po tym jak decyzja Naczelnika Urzędu Skarbowego została uchylona, a następnie wydano nową decyzję określającą niższe zobowiązanie podatkowe, co skutkowało powstaniem nadpłaty. Organ odwoławczy uchylił decyzję organu pierwszej instancji i odmówił oprocentowania nadpłaty, argumentując, że organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji, a nadpłata została zwrócona w terminie. Spółka zarzuciła naruszenie przepisów Ordynacji podatkowej, twierdząc, że organ przyczynił się do uchylenia decyzji.Rozstrzygnięcie
Oddalono skargę.Pełny tekst orzeczenia
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Justyna Mazur, Sędziowie Sędzia WSA Sławomir Fularski, Sędzia WSA Cezary Kosterna (sprawozdawca), , Protokolant starszy sekretarz sądowy Magdalena Krawczyk, , po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 5 marca 2026 r. w Radomiu sprawy ze skargi [...] Sp. z o.o. z siedzibą w [...] na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] z dnia 30 września 2025 r. nr [...] w przedmiocie uchylenia decyzji oraz odmowy oprocentowania nadpłaty oddala skargę.
[...] sp. z o.o. z siedzibą w [...] (dalej: Skarżąca, Strona lub Spółka) wniosła skargę na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] (dalej: DIS lub Organ) z 30 września 2026 r. nr [...]. Decyzją tą DIS po rozpatrzeniu odwołania z 26.05.2025 r. od decyzji Naczelnika [...] [...] Urzędu Skarbowego w [...] z 28.04.2025 r. nr [...] w sprawie odmowy stwierdzenia i zwrotu pozostałej części nadpłaty wynikającej z nienależnie wpłaconego podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 rok wraz z pozostałą częścią oprocentowania, związanych z wydaną decyzją Naczelnika [...] [...] Urzędu Skarbowego w [...] z 10.06.2024 r. nr [...],
• uchylił w całości zaskarżoną decyzję organu pierwszej instancji,
• odmówił oprocentowania nadpłaty za okres od dnia jej powstania do dnia zwrotu powstałej wskutek uchylenia decyzji z 29.03.2022 r. nr [...], [...] w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 rok w kwocie 2.280.732,00 zł oraz wydania nowej decyzji z 10.06.2024 r. nr [...] określającej zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 rok w kwocie 1.252.494,00 zł.
Zaskarżona decyzja została wydana w następującym stanie sprawy:
[...] Sp. z o.o. 30 grudnia 2024 r. wniosła o zwrot pozostałej części nadpłaty wynikającej z nienależnie wpłaconego podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. wraz z pozostałą częścią oprocentowania, związanych z decyzją Naczelnika [...] [...] Urzędu Skarbowego w [...] (dalej Naczelnik US lub Organ I instancji) z 10 czerwca 2024 r. Wniosek uzasadniała tym, że Naczelnik US po wydaniu decyzji z 10 czerwca 2024 r. uwzględniającej stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 5 kwietnia 2023 r. sygn. akt VIII SA/Wa 993/22 powtórzone w decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] z 26 września 2023 r., uchylające decyzję [...] [...] Urzędu Skarbowego w [...] z 29 marca 2022 r., określającą Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013r. w kwocie 2.280.732,00 zł, zwrócił nadpłatę podatku w kwocie 1.028.237 zł wraz zapłaconymi przez Stronę odsetkami w kwocie 559.226 zł bez naliczenia oprocentowania na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 Op. Spółka uznała, że zwrócona kwota podlega proporcjonalnemu rozliczeniu stosownie do art. 78a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111, dalej: o.p. lub ordynacja podatkowa). W związku z czym wystąpiła o zwrot pozostałej części nadpłaty oraz o przyznanie oprocentowania nadpłaty w kwocie, której nie pokrył zwrot dokonany przez organ 3 lipca 2024 r.
W ocenie Spółki, od nadpłaty zwróconej w wyniku wydania nowej decyzji po uchyleniu poprzedniej decyzji należne jest oprocentowanie na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej, gdyż decyzje, na podstawie których Spółka dokonała zapłaty zaległości podatkowej wraz z odsetkami zostały prawomocnie i ostatecznie uchylone ze względu na naruszenie przez organy podatkowe przepisów postępowania w stopniu, które miało wpływ na wynik sprawy. W związku z wydaniem decyzji z 10 czerwca 2024 r., Naczelnik [...] [...] Urzędu Skarbowego w [...] dokonał zwrotu wpłaconej przez Spółkę kwoty należności głównej oraz zapłaconych odsetek.
Organ pierwszej instancji po analizie przebiegu postępowania w niniejszej sprawie stwierdził, że Spółce nie przysługuje oprocentowanie z tytułu nadpłaty zwróconej 3 lipca 2024 r. i odmówił stwierdzenia i zwrotu pozostałej części nadpłaty wynikającej z nienależnie wpłaconego podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 rok wraz z pozostałą częścią oprocentowania. Organ ten stwierdził, że nie przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji z 29 marca.2022 r. nr [...] [...], zatem nie wystąpiła przesłanka do naliczenia oprocentowania nadpłaty od dnia jej powstania do dnia jej zwrotu na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 Op. Ponadto organ stwierdził, że wnioskowana nadpłata została zwrócona w terminie wynikającym z art. 77 § 1 pkt 1 Op, gdyż decyzja organu podatkowego, z której wynika nadpłata wydana została 10.06.2024 r. a zwrotu nadpłaty dokonano 3.07.2024 r.
Spółka zarzuciła decyzji Organu I instancji naruszenie art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 72 § 1 pkt 1, art. 78 § 1, art. 120 i art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej. poprzez bezpodstawne przyjęcie, że organ podatkowy nie przyczynił się do uchylenia decyzji z 29.03.2022 r. Zdaniem Strony w przedmiotowej sprawie organ podatkowy przyczynił się do uchylenia decyzji Naczelnika [...] [...] Urzędu Skarbowego w [...] z 29 marca 2022 r. Strona twierdziła że niezrozumiałe jest stanowisko organu podatkowego przedstawione w skarżonej decyzji, zgodnie z którym wyłącznym argumentem braku winy organu jest jeden fragment uzasadnienia wyroku, w którym Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie podzielił ustalenia organu dotyczące nierzeczywistego charakteru transakcji. O przyczynieniu się organu do uchylenia decyzji z 29.03.2022 r. nie może bowiem rozstrzygać jednostkowe potwierdzenie jednego ustalenia organu przez WSA. Istotne jest to, że w pozostałym zakresie Sąd stwierdził, że decyzja jest błędna. W ocenie Spółki przepisy Ordynacji podatkowej, a także orzecznictwo krajowe, nie warunkują wagi błędu popełnionego przez organy podatkowe w odniesieniu do przyznania podatnikowi oprocentowania od nadpłaty. Regulacje te mają charakter zero-jedynkowy, tzn. albo decyzja jest uchylana z winy organu podatkowego, albo nie. Jeżeli jest uchylana z winy organu podatkowego (bo naruszono przepisy postępowania czy prawa materialnego), wówczas oprocentowanie podatnikowi się należy. Z takim przypadkiem mamy do czynienia w niniejszej sprawie. Brak zaskarżenia przez Spółkę tej części wyroku, która akceptuje ustalenia organu podatkowego nie ma w sprawie żadnego znaczenia.
W toku postępowania przed DIS, Spółka odniosła się do zebranego w sprawie materiału dowodowego.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] uzasadniając zaskarżoną do Sądu decyzję na wstępie przytoczył treść art. 78 § 1 Op, art. 78 § 3 pkt 1 i 3 i art. 78 § 4 Op. Wskazane w tych przepisach przypadki oprocentowania nadpłaty stanowią katalog zamknięty. Następnie Organ przytoczył przebieg postępowania, w wyniku którego doszło do powstania nadpłaty. Stwierdził, że nadpłata w niniejszej sprawie powstała wskutek zapłaty podatku dokonanego przez podatnika na podstawie decyzji, która następnie została uchylona, zatem warunki określone w przepisie art. 78 § 3 pkt 1 Op, w postaci wystąpienia przypadków przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 1 Op, wystąpiły. Analiza przepisu art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej wskazuje, że w przypadku gdy nadpłata powstała w związku z uchyleniem decyzji na skutek wydania nowej decyzji oprocentowanie nadpłaty będzie przysługiwało w dwóch przypadkach:
1. jeżeli organ podatkowy przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji,
2. jeżeli organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji, lecz nadpłata nie została zwrócona w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę.
Dyrektor IAS uznał, że w badanej sprawie kwestią sporną jest ustalenie, czy do uchylenia decyzji przyczynił się organ podatkowy. Bowiem w przypadku stwierdzenia, że organ nie przyczynił się do uchylenia decyzji, oprocentowanie nie przysługuje, gdyż nadpłata została zwrócona Stronie w terminie 30 dni od wydania decyzji. W art. 78 § 3 pkt 1 Op ustawodawca posługuje się pojęciem "przyczynienia się do powstania przesłanki" uchylenia decyzji, a nie samego uchylenia. Nie chodzi więc o to, co było podstawą samego uchylenia decyzji, lecz o to, co doprowadziło do zaistnienia takiej podstawy. W tym kontekście istotnym elementem dokonywanej w świetle art. 78 § 3 pkt 1 Op oceny działania organów podatkowych i jego wpływu na zaistnienie okoliczności powodujących uchylenie decyzji, powinien być sposób prowadzenia postępowania, w tym moment wyjścia na jaw okoliczności istotnych dla rozstrzygnięcia sprawy. Organ powołał się na wykładnię dokonaną w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 18.08.2023 r., III FSK 4221/21.
Oceniając działania organów podatkowych w badanej sprawie, a także ich wpływ na zaistnienie okoliczności, które spowodowały uchylenie decyzji, Dyrektor IAS zauważył, że w wyniku prowadzonego postępowania ustalono, że w złożonym 31 marca 2014 r. zeznaniu podatkowym za 2013 rok Spółka wykazała podatek należny w wysokości 1.135.410,00 zł. Następnie 21 października 2014 r. Spółka powyższe zeznanie skorygowała wykazując podatek należny w wysokości 1.098.429,00 zł. W wyniku kontroli podatkowej i postępowania podatkowego Naczelnik [...] [...] Urzędu Skarbowego w [...] stwierdził, że Spółka bezzasadnie zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów w 2013 roku kwotę 6.322.646,88 zł wynikającą z nierzetelnych faktur wystawionych przez [...] Sp. z o. o. na rzecz [...] Sp. z o.o. potwierdzających sprzedaż lodów i frytek, palet oraz towarów zaliczonych do środków trwałych, tj. dwóch zabudów na samochody, zamrażarek i urządzeń chłodniczych wraz z montażem i osprzętem. [...] sp. z o.o. oraz jej kontrahent [...] sp. z o.o. dokonały pomiędzy sobą wzajemnych transakcji tymi samymi towarami w postaci lodów i frytek, zabudów na samochody oraz urządzeń chłodniczych. W pierwszej kolejności w grudniu 2012 r. wystąpiła bowiem sprzedaż ww. rzeczy przez [...] sp. z o.o. na rzecz [...] sp. z o.o., a następnie te same rzeczy zostały odsprzedane przez [...] sp. z o.o. na rzecz [...] sp. z o.o. w 2013 roku. W wyniku oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego potwierdzającego powyższe okoliczności organ pierwszej instancji stwierdził, ze faktury VAT wystawione przez [...] sp. z o.o. są nierzetelne, nie odzwierciedlają rzeczywistych transakcji gospodarczych, zatem nie mogą być uznane za podstawę ustalenia kosztów uzyskania przychodów. Uwzględniając stwierdzone nieprawidłowości, decyzją nr [...], [...] z 29 marca 2022 r. Naczelnik [...] [...] Urzędu Skarbowego w [...] określił dla [...] Sp. z o. o. zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 r. w wysokości 2.280.732,00 zł.
W odwołaniu Spółka nie zgodziła się z ustaleniami organu odnośnie fikcyjnego charakteru transakcji pomiędzy Spółką a [...] utrzymując, że do zawarcia tych transakcji doszło w rzeczywistości. Jednocześnie w odwołaniu zawarła alternatywną argumentację, że przyjmując, że ustalenia organu są poprawne (zatem transakcje są fikcyjne), zakupione towary pozostały na stanie Spółki na 31.12.2012 r. i Spółka powinna mieć prawo do rozpoznania kosztów uzyskania przychodu w postaci wydatku na zakup towarów w roku 2013, jako koszt własny sprzedanych w 2013 roku towarów, gdyż w roku 2013 dokonała sprzedaży tych towarów na rzecz podmiotów trzecich. Dowodów potwierdzających okoliczności posiadania przez Spółkę towarów na dzień 31.12.2012 r. Strona nie przedstawiła. W opinii Spółki na powyższe prawo Spółki nie ma wpływu okoliczność uprzedniego zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów za 2012 rok, a także okoliczność przedawnienia zobowiązania podatkowego za 2012 rok, które uniemożliwiło korektę kosztów za 2012 rok. W odwołaniu Spółka wskazała także, że System księgowy, z którego korzystała w tamtym czasie, nie posiadał możliwości śledzenia towaru, lecz z uwagi na to, że przedmiotem transakcji były lody i mrożonki, czyli produkty szybko zbywalne i charakteryzujące się krótką datą ważności, należy założyć, że towary te zostały sprzedane w 2013 roku. Odnosząc się do argumentacji organu odnośnie braku możliwości skorygowania rozliczenia wydatków na zakup towarów w rozliczeniu za 2012 rok z uwagi na przedawnienie zobowiązania, Spółka wskazała, że rozliczenie podatkowe za 2012 rok nie jest przedmiotem decyzji, a w wyniku upływu terminu przedawnienia i niewzruszenie rozliczenia przez organ podatkowy korzysta z domniemania prawidłowości, pomimo tego, że zgodnie z przepisami podatkowymi koszt zakupu towarów nie mógł być rozliczony w 2012 roku, gdyż przychód został osiągnięty w 2013 roku.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] decyzją z 25.10.2022 r., utrzymał w mocy decyzję organu I instancji twierdząc, że Spółka [...] sp. z o.o. niesłusznie zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów z działalności gospodarczej wartość netto wydatków na zakup towarów handlowych udokumentowanych nierzetelnymi fakturami wystawionymi przez [...] sp. z o.o. Odnosząc się do kwestii uwzględnienia w kosztach uzyskania przychodów wydatków na nabycie towarów na podstawie art. 15 ust. 4 updop organ odwoławczy stwierdził, że aby było możliwe zaliczenie poniesionych wydatków na nabycie towarów do kosztów uzyskania przychodów roku 2013 konieczne jest stwierdzenie, że nabyte towary rzeczywiście zostały sprzedane dopiero w 2013 roku. Tymczasem Spółka twierdziła, że sprzedała towary w 2012 roku, a następnie te same towary odkupione od [...] ponownie sprzedała w 2013 roku na rzecz innych nabywców a uzyskany z tego przychód zaewidencjonowała prawidłowo w księgach. Organ zauważył, że skoro zarówno transakcja zbycia w grudniu 2012 roku towarów handlowych, jak i transakcje odkupienia przez Spółkę towarów, były fikcyjne, zawarte tylko dla pozoru, fikcyjny może być również sporządzony wyłącznie dla tego celu spis towarów sporządzony na dzień zbycia, tj. 21.12.2012 r., z którego wynika, że na dzień zbycia Spółka dysponowała towarem. Ponadto organ odwoławczy zwrócił uwagę, że Strona konsekwentnie twierdziła zarówno przed organem pierwszej instancji, jak i w postępowaniu odwoławczym, że towary zakupione w 2012 roku były sprzedane w grudniu 2012 roku.
Wyrokiem z 5.04.2023 r., sygn. akt VIII SA/Wa 993/22 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] z 25.10.2022 r. W uzasadnieniu rozstrzygnięcia WSA stwierdził, że wbrew twierdzeniom skargi organy podatkowe w sposób niebudzący wątpliwości ustaliły stan faktyczny i dokonały jego oceny wyprowadzając prawidłowe wnioski, iż zakwestionowane transakcje z [...] nie miały rzeczywistego charakteru. Dokonane ustalenia doprowadziły do trafnych wniosków o braku rzeczywistego charakteru zakwestionowanych transakcji, co skutkuje stwierdzeniem, iż sporna kwota wydatków 5.621.253,87 zł wynikających z zakwestionowanych faktur nie stanowi dla spółki kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu art 15 ust. 1 updop. Odnosząc się do zarzutu naruszenia art. 15 ust. 4 updop WSA stwierdził, że postępowanie w tym zakresie jest obarczone naruszeniem przepisów art. 121 § 1, art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1 i art. 191 Op., organy podatkowe nie dokonały bowiem prawidłowych ustaleń i ich oceny, co do możliwości zastosowania w sprawie art. 15 ust. 4 updop. W związku z uznaniem przez WSA za prawidłową ocenę fikcyjności transakcji sprzedaży towarów a następnie ich odkupienia pomiędzy Spółką a [...], organ powinien dokonać stosowanych ustaleń i rozważyć zasadność zastosowania w sprawie art. 15 ust. 4 updop,
W wyniku ponownego rozpatrzenia sprawy organ pierwszej instancji stwierdził, że towary (lody i frytki) zakupione fikcyjnie od [...] w 2013 roku zostały faktycznie nabyte w roku 2012, a przychody ze sprzedaży tych towarów zostały uzyskane w roku 2013. Przy czym w 2012 roku spółka poniosła wydatki na nabycie tych towarów w wysokości 5.411.779,82 zł. W związku z tym Spółce przysługuje prawo do rozpoznania jako koszt uzyskania przychodów na podstawie art. 15 ust. 4 updop wydatków w kwocie 5.411.779,82 zł jako koszt sprzedanych towarów, natomiast w związku ze stwierdzeniem, że faktury dokumentujące nabycie towarów (lodów i frytek) wystawione przez [...] sp. z o.o. w łącznej kwocie 5.621.254,67 zł były fikcyjne, wydatki w tej kwocie nie stanowią kosztów uzyskania przychodów. Biorąc pod uwagę powyższe organ pierwszej instancji decyzją z 10.06.2024 r. określił zobowiązania podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 rok w kwocie 1.252.494,00 zł, tj. w kwocie mniejszej od zapłaconej przez Stronę, w związku z czym na koncie Strony powstała nadpłata w kwocie 1.028.237,00 zł.
Dyrektor IAS uznał, że powodem uchylenia decyzji było zajęcie przez organ pierwszej instancji stanowiska na korzyść Strony, wobec zaistniałych w sprawie trudności dowodowym spowodowanych niemożliwością udowodnienia w jakiej dacie doszło do faktycznej sprzedaży nabytych w 2012 roku towarów. Zauważył, że w toku całego postępowania Strona konsekwentnie utrzymywała, że dokonała sprzedaży towarów na rzecz [...] sp. z o.o. w 2012 roku. W związku z przedawnieniem zobowiązania podatkowego za 2012 rok, a także nie sporządzeniem przez Stronę remanentu końcowego stanu towarów za 2012 rok, a przede wszystkim z uwagi na nieprowadzenie przez Spółkę ewidencji rozchodu towarów, oraz nieposiadania ewidencji umożliwiających śledzenie ruchu towarów niemożliwe okazało się ustalenie, czy Strona dysponowała towarami zakupionymi od producentów na początek 2013 roku, czy też towary te zostały zbyte na rzecz innych odbiorców, niekoniecznie [...]. Strona po zapoznaniu się z ustaleniami kontroli dostosowała swoje stanowisko do tych ustaleń przedstawiając alternatywną argumentację na wypadek, gdyby ustalenia organu o fikcyjności transakcji okazały się słuszne. W konsekwencji nie przedstawiła jednoznacznego stanowiska w zakresie daty zbycia towarów, twierdząc, że towary zostały zbyte w 2012 roku na rzecz [...], a jeżeli organ zakwestionuje te transakcje, to że zostały zbyte w 2013 roku na rzecz innych odbiorców. Dopiero w piśmie z 15 maja 2024 r. Strona przedłożyła w formie elektronicznej szczegółowe zestawienie dotyczące sprzedaży towarów w 2013 roku, które rzekomo nabyła od [...]. Organ pierwszej instancji uwzględnił złożone przez Spółkę elektroniczne materiały dowodowe i dokonał ustaleń w oparciu o te dowody, które pozwoliły stwierdzić, że towary zakupione w 2012 roku na kwotę 5.411.779,82 zł i przypisane jako koszt własny do fikcyjnych faktur sprzedaży dla [...] sp. z o.o. w grudniu 2012 r., zostały faktycznie sprzedane w roku 2013. Powyższe ustalenie wynika wyłącznie z założenia, że towary, które zostały nabyte wcześniej, zostały jako pierwsze sprzedane, nie jest możliwe bowiem precyzyjne wykazanie na podstawie ewidencji księgowej faktycznej daty sprzedaży konkretnych towarów. Powyższa okoliczność, że Strona poniosła koszty nabycia w wysokości 5.411.779,82 zł dotyczące sprzedanych na rzecz innych kontrahentów towarów została uwzględniona w treści rozstrzygnięcia.
W konkluzji Dyrektor IAS uznał, że stanowisko Strony o przyczynienie się organu do powstania przesłanki uchylenia decyzji nie znajduje potwierdzenia w niniejszej sprawie. Strona w toku prowadzonego postępowania nie dostarczyła bowiem dowodów pozwalających precyzyjnie stwierdzić kiedy faktycznie doszło do sprzedaży zakupionych w 2012 roku towarów, a dowody pozwalające ustalić wysokość kosztów sprzedanych w 2013 roku towarów dostarczyła dopiero 15 maja 2024 r., które odpowiadały zakwestionowanym transakcją w postępowaniu prowadzonym po uchyleniu pierwszej decyzji przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w wyniku uwzględnienia stanowiska WSA w przedmiotowej sprawie, który nakazał ocenić i dokonać dodatkowych ustaleń w zakresie przedstawionego przez Stronę alternatywnego stanowiska w zakresie uwzględnienia kosztów uzyskania przychodów. W wyniku analizy tych dokumentów dopasowano w sposób sztuczny do towarów objętych zakwestionowanymi transakcjami koszty nabycia.
Przyczyną uchylenia decyzji było zatem działanie Strony, sprowadzające się do prowadzenia niekompletnej dokumentacji księgowej uniemożliwiającej przyporządkowanie poniesionych kosztów nabycia do odpowiadających tym towarom transakcji zbycia, nie przedłożenie remanentu końcowego w toku prowadzonego postępowania, a także konsekwentne przedstawianie w toku prowadzonego postępowania alternatywnej argumentacji w zakresie faktów, które powinny wynikać z ewidencji księgowej. Wobec nieprowadzenia szczegółowej ewidencji rozchodu towarów precyzyjne ustalenia daty zbycia towarów okazało się niemożliwe, zatem organ pierwszej instancji ustalił koszt nabycia zbytych towarów poprzez przypisanie kosztów nabycia do towarów ujętych w fikcyjnych fakturach sprzedaży, uznając na korzyść Strony, że zostały one sprzedane w roku 2013 na rzecz innych odbiorców.
W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej przedstawiony przebieg postępowania dowodzi, że działanie organu pierwszej instancji nie miało wpływu na zaistnienie okoliczności, które spowodowały uchylenie decyzji, co oznacza, że brak jest podstaw do przyznania oprocentowania nadpłaty od dnia jej powstania do dnia zwrotu, na podstawie art. 78 § 3 pkt 1. lOp. Nie doszło zatem do naruszenia art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 72 § 1 pkt 1, art. 78 § 1, art. 120 i art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez bezpodstawne przyjęcie, że organ podatkowy nie przyczynił się do uchylenia decyzji z 29 marca 2022 r.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej dokonał korekty treści rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji. Wniosek Strony z 30.12.2024 r. pomimo wskazania, że Strona ubiega się "o zwrot pozostałej nadpłaty wynikającej z nienależnie wpłaconego podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r wraz z pozostałą częścią oprocentowania" w istocie dotyczył przyznania oprocentowania nadpłaty na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej w związku z uchyleniem decyzji Naczelnika [...] [...] Urzędu Skarbowego w [...] z 29.03.2022 r. nr [...] [...] 10.06.2024 r. Zatem treść rozstrzygnięcie organu powinna dotyczyć kwestii przyznania oprocentowania, co zostało uwzględnione w sentencji niniejszej decyzji.
[...] sp. z o.o. zaskarżyła omówioną decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] w całości Zarzuciła tej decyzji naruszenie:
- art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 72 § 1 pkt 1, art. 78 § 1, art. 120 i art. 121 § Op - poprzez bezpodstawne przyjęcie, że Naczelnik [...] [...]US nie przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji z 29 marca 2022 r. nr [...], [...], w związku z czym nadpłata nie powinna zostać zwrócona z oprocentowaniem, podczas gdy decyzja ta została uchylona z powodu naruszenia przez Naczelnika [...] [...]US przepisów prawa postępowania, które ostatecznie skutkowało błędnymi ustaleniami dotyczącymi prawa materialnego - i co w konsekwencji potwierdza zasadność zwrotu nadpłaty z oprocentowaniem;
- art. 78a w zw. z art. 72 § 1 pkt 1, art. 78 § 1, art. 120 i art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej - poprzez błędne uznanie, że nie ma podstaw do zaliczenia zwróconej Spółce kwoty proporcjonalnie na poczet kwoty nadpłaty oraz oprocentowania, podczas gdy kwota dokonanego Spółce zwrotu w związku z Drugą Decyzją [...] [...]US nie pokryła całości kwoty nadpłaty wraz z jej oprocentowaniem;
- art. 121 § 1 w zw. z art. 120, art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej - poprzez prowadzenie postępowania w sposób niebudzący zaufania podatnika do organów podatkowych, tj. poprzez przedstawianie w rozstrzygnięciu informacji, które nie znajdują odzwierciedlenia w okolicznościach sprawy objawiających się w powielaniu w uzasadnieniu Decyzji ustaleń sprzecznych z rzeczywistym przebiegiem postępowania oraz z treścią prawomocnego Wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 5 kwietnia 2023 r., sygn. akt VIII SA/Wa 993/22 i decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 26 września 2023 r, o [...], a także na przypisywaniu im treści, które nie znajdują oparcia w tych rozstrzygnięciach;
- art. 122 w zw. z art. 121 § 1, art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej - poprzez bezpodstawne przyjęcie, że to Skarżąca przyczyniła się do przesłanki uchylenia Pierwszej Decyzji [...] [...]US, a nie Naczelnik US, podczas gdy okoliczności sprawy - w tym prawomocny Wyrok WSA - jednoznacznie potwierdzają, że to uchybienia popełnione przez Organ I instancji doprowadziły do uchylenia tej decyzji;
- art. 122 w zw. z art. 120, art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej - poprzez prowadzenie postępowania w sposób sprzeczny z zasadą prawdy obiektywnej, wyrażający się w kwestionowaniu oraz odmiennym interpretowaniu prawomocnych ustaleń wynikających z wyroku WSA i Drugiej Decyzji DIAS, które mają charakter wiążący i determinują ocenę stanu faktycznego w niniejszym postępowaniu dotyczącym zwrotu pozostałej części nadpłaty oraz oprocentowania.
Podnosząc te zarzuty Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej Decyzji, a także poprzedzającej jej Decyzji I instancji oraz orzeczenie zwrotu kosztów postępowania.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] wniosło jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył co następuje:
Skarga jest niezasadna.
Zasadniczy spór w sprawie, mimo podniesienia zarzutów naruszenia wielu przepisów postępowania, sprowadza się do kwestii wykładni i zastosowania art. 78 § 3 pkt 1 o.p. Organy podatkowe stoją na stanowisku, że organy podatkowe nie przycyzniły się w rozumieniu tego przepisu do powstania presłanki uchylenia decyzji skutkującej powstaniem nadpłaty, z czym nie zgadza się Skarżąca. Sąd w sprawie niniejszej przyznał rację organom podatkowym.
Na wstępie trzeba przypomnieć że zgodnie z 72 § 1 pkt 1 o.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Z kolei w myśl 77 § 1 o.p. nadpłata podlega zwrotowi w terminie: 30 dni od dnia wydania nowej decyzji - jeżeli nadpłata powstała w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji (pkt 1); 30 dni od dnia wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę lub określającej wysokość nadpłaty (pkt 2); 30 dni od dnia wydania decyzji o zmianie, uchyleniu albo stwierdzeniu nieważności decyzji - jeżeli w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji nie wystąpi obowiązek wydania nowej decyzji (pkt 3). Zagadnienie oprocentowania nadpłaty zostało uregulowane w art. 78 o.p.. I tak stosownie do postanowień art. 78 § 1 o.p., nadpłaty podlegają oprocentowaniu w wysokości równej wysokości odsetek za zwłokę, o których mowa w art. 56 § 1, pobieranych od zaległości podatkowych. Z art. 78 § 3 pkt 1 o.p. wynika, że oprocentowanie przysługuje w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 1 i 3 - od dnia powstania nadpłaty, a jeżeli organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji, a nadpłata nie została zwrócona w terminie - od dnia wydania decyzji o zmianie lub uchyleniu decyzji.
Art. 78 § 3 pkt 1 przewiduje więc dwie sytuacje, gdy przysługuje oprocentowanie nadpłaty:
- pierwsza sytuacja zwyczajna – od dnia powstania nadpłaty w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji – wtedy oprocentowanie przysługuje od dnia powstania nadpłaty
- druga sytuacja szczególna – gdy organ nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji (skutkującej powstaniem nadpłaty) a jednocześnie napłata została zwrócona w terminie - wtedy oprocentowanie przysługuje od dnia wydania decyzji o zmianie lub uchyleniu decyzji.
Właśnie zaistnienie tej drugiej sytuacji uznały organy obu instancji w przedmiotowej sprawie, nie ma przy tym sporu, że nadpłata została zwrócona w terminie.
Ustawodawca rozróżnia więc sytuacje uchylenia decyzji podatkowej w ogólności i sytuację, gdy do uchylenia decyzji dochodzi bez przyczynienia się organu podatkowego do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji.
Należy zwrócić uwagę, że istota przesłanek określonych w art. 78 § 3 pkt 1 OP wiąże oprocentowanie nadpłaty z uchyleniem decyzji wadliwej, a więc z wadą tkwiącą w samej decyzji. Tym samym przez "przyczynienie się", o którym mowa w powołanym przepisach, należy rozmieć taką sytuację, w której działanie lub zaniechanie organu, pozostawało w bezpośrednim związku z wadą decyzji, którą może być naruszenie przepisów prawa materialnego lub procesowego (por. wyrok WSA w Opolu z 8 lutego 2018 r., I SA/Op 493/17, wyrok NSA z 4 lipca 2017 r., II FSK 486/17). Sąd w składzie rozpoznającym tę sprawę podziela pogląd Naczelnego Sądu Administracyjnego zawarty w wyroku w wyroku z 18 sierpnia 2023 r. III FSK 4221/21, że ustalenie, czy organ podatkowy przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji wymaga ustaleń faktycznych i ocen poczynionych na tle konkretnych okoliczności danej sprawy. W zakresie oprocentowania nadpłaty art. 78 § 3 pkt 2 o.p. odwoływał się do przyczynienia się do "powstania przesłanki" uchylenia decyzji, a nie samego uchylenia. Nie chodzi więc o to, co było podstawą uchylenia decyzji, lecz o to co doprowadziło do zaistnienia takiej podstawy. W tym kontekście istotnym elementem dokonywanej w świetle art. 78 § 3 pkt 2 w związku z pkt 1 o.p. oceny działania organów podatkowych i jego wpływu na zaistnienie okoliczności powodujących uchylenie decyzji, był sposób prowadzenia postępowania. Nie można przy tym postawić generalnej tezy, że w każdym przypadku uchylenia decyzji organu podatkowego możliwym będzie przypisanie organowi "przyczynienia się do uchylenia decyzji". Oprocentowanie nadpłaty nie jest ogólnym, bezwarunkowym uprawnieniem
podatnika do oprocentowania lecz przewidzianą przez przepisy obowiązującego prawa w ściśle określonych sytuacjach specyficzną formą wynagrodzenia podatnika w drodze postępowania podatkowego, ale wyłącza to uprawnienie brak przyczynienia się organu podatkowego do powstania przesłanek zmiany lub uchylenia decyzji.
Przyczyną wydania przez Naczelnika [...] [...] Urzędu Skarbowego decyzji wymiarowej z 29 marca 2022 r. było zakwestionowanie zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów w 2013 r. kwotę 6.322.646,88 zł wynikającą z nierzetelnych faktur wystawionych przez [...] Sp. z o.o. Sąd we wspomnianym prawomocnym wyroku z 4 maja 2023 sygn. akt VIII SA/Wa 993/22 uznał, że organy podatkowe prawidłowo stwierdziły, że nie miały rzeczywistego charakteru zarówno sprzedaż przez Spółkę mrożonek na rzecz [...] w grudniu 2012 r., jak i zakup tych towarów od [...] w okresie od stycznia
do marca 2013 r. Sąd w składzie rozpoznającym te sprawę ocenę tę w pełni podziela, niezależnie od tego, że jest nią związany zgodnie z art. 153 p.p.s.a.
Przyczyną uchylenia przez Sąd decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] z dnia 25 października 2022 r. nr [...], która w efekcie skutkowała uchyleniem decyzji wymiarowej Naczelnika [...][...]US z 29 sierpnia 2022 r. i powstaniem nadpłaty była wyłącznie konieczność rozważenia zastosowania art. 15 ust. 4 updop ze względu na to, że nie było kwestionowane dokonanie przez Skarżącą zakupu towarów od [...] Sp. z o.o. w 2012 r. Organy podatkowe miały dokonać sprawdzenia, czy te towary zostały sprzedane przez Skarżącą w 2012 r. i koszty z tego zakupu wynikające zostały przypisane do wyliczenia dochodów w 2012 r. (wtedy nie byłoby podstaw do podważenia decyzji wymiarowej z 29 sierpnia 2022 r., a więc i do powstania nadpłaty). Jednak przeprowadzenie postepowania podatkowego dotyczącego roku 2012 nie było już możliwe ze względu na przedawnienie. Spółka nie dostarczyła też dokumentów pozwalających na jednoznaczne ustalenie, kiedy zostały sprzedane (w 2012 czy w 2013 roku) czy towary zakupione od [...] sp. z o.o. w 2012 r. Do wydania decyzji skutkującej powstaniem nadpłaty za 2013 r. doszło zatem na skutek braku możliwości ustalenia, kiedy te towary zostały sprzedane, wobec czego organy podatkowe na korzyść spółki przyjęły domniemanie ich sprzedaży w 2013 r. zaliczając do kosztów tego roku koszty zakupów dokonanych w 2012 r., co doprowadziło do uchylenia decyzji wymiarowej za 2013 r. z 29 sierpnia 2022 r. i powstania nadpłaty. W ocenie Sądu w tej sytuacji Organy podatkowe w zaskarżonych w tej sprawie decyzji słusznie przyjęły, że do powstania przesłanek uchylenia decyzji skutkującej powstaniem nadpłaty nie przyczyniły się organy podatkowe, gdyż sytuacja ta zaistniała na skutek braku możliwości przeprowadzenia postępowania podatkowego za 2012 r. ze względu na przedawnienia przy jednoczesnym uniemożliwieniu przez Skarżącą sprawdzenia, czy towary zakupione od [...] sp. z o.o. w 2012 r. sprzedane zostały w 2012 r.
Stan faktyczny został ustalony w oparciu o wystarczający do ustalenia istotnych w sprawie okoliczności faktycznych, wyczerpująco rozpatrzony materiał dowodowy, przy wyciągnięciu wniosków zgodnych z zasadami logiki i doświadczenia życiowego. Skarżąca reprezentowana przez profesjonalnych pełnomocników miała zapewnioną możliwość brania czynnego udziału w sprawie, z czego korzystała. Fakt, że działania i wniosków organów nie pokrywały się z oczekiwaniami Skarżącej, nie stanowi o prowadzeniu postępowania w sposób godzący w zasadę zaufania określoną w art. 121 § 1 o.p.
Reasumując, Sąd uznał, że Organy podatkowe dokonały prawidłowej wykładni art. 78 § 3 pkt 1ordynacji podatkowej, oraz dokonały właściwej subsumcji prawid0łwo ustalonego stanu faktycznego. Tym samym nie zasługiwały na uwzględnienie podniesione w skardze zarzuty naruszenia art. 78 . 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 72 § 1 pkt 1, art. 78 § 1, art. 120 i art. 121 § o.p., art. 187 § 1 i art. 191 o.p.
Dlatego też na podstawie art. 151 p.p.s.a skargę należało oddalić.
Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 29.07.2026. · Źródło