T-428/24

DOCUMENT DE TRAVAIL ARRÊT DU TRIBUNAL (dixième chambre) 17 juin 2026 (*) « FEAGA et Feader – Dépenses exclues du financement – Dépenses effectuées par le Portugal – Période de rétention – Remplacement d’animaux – Modalités de calcul de l’augmentation du taux de contrôle sur place – Éléments de preuve du doute sérieux et raisonnable » Dans l’affaire T‑428/24, République portugaise, représentée par Mmes P. Barros da Costa, L. Medeiros, G. Gomes et M. N. Domingues, en qualité d’agents, partie requérante, contre Commission européenne, représentée par Mme M. Salyková et M. L. Santiago de Albuquerque, en qualité d’agents, partie défenderesse, LE TRIBUNAL (dixième chambre), composé de MM. S. L. Kalėda, président, H. Kanninen et S. Verschuur (rapporteur), juges, greffière : Mme H. Eriksson, administratrice, vu la phase écrite de la procédure, à la suite de l’audience du 9 décembre 2025, rend le présent Arrêt 1        Par son recours fondé sur l’article 263 TFUE, la République portugaise demande l’annulation partielle de la décision d’exécution (UE) 2024/1690 de la Commission, du 12 juin 2024, écartant du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO L, 2024/1690, ci-après la « décision attaquée »), pour autant qu’elle la concerne à hauteur de 2 914 440,05 euros. Antécédents du litige 2        Dans le cadre de l’exercice de son pouvoir d’apurement de conformité prévu à l’article 52 du règlement (UE) no 1306/2013 du Parlement européen et du Conseil, du 17 décembre 2013, relatif au financement, à la gestion et au suivi de la politique agricole commune et abrogeant les règlements (CEE) no 352/78, (CE) no 165/94, (CE) no 2799/98, (CE) no 814/2000, (CE) no 1200/2005 et no 485/2008 du Conseil (JO 2013, L 347, p. 549), et à l’article 34 du règlement d’exécution (UE) no 908/2014, du 6 août 2014, portant modalités d’application du règlement no 1306/2013 en ce qui concerne les organismes payeurs et autres entités, la gestion financière, l’apurement des comptes, les règles relatives aux contrôles, les garanties et la transparence (JO 2014, L 255, p. 59), la Commission européenne a ouvert deux enquêtes concernant certaines mesures mises en œuvre par la République portugaise pour les années de demande 2018 à 2021, la première portant la référence NACR/2021/002/PT et la seconde, la référence NAC/2021/009/PT. 3        Les enquêtes en cause concernaient les dépenses déclarées par la République portugaise dans le cadre des mesures de soutien liées aux animaux, mises en œuvre au titre du régime de soutien couplé facultatif, qui est prévu au titre IV, chapitre 1, du règlement (UE) no 1307/2013 du Parlement européen et du Conseil, du 17 décembre 2013, établissant les règles relatives aux paiements directs en faveur des agriculteurs au titre des régimes de soutien relevant de la politique agricole commune et abrogeant le règlement (CE) no 637/2008 du Conseil et le règlement (CE) no 73/2009 du Conseil (JO 2013, L 347, p. 608). 4        À la suite d’un audit à distance, réalisé entre les 22 et 26 février 2021 dans le cadre de la première enquête (NACR/2021/002/PT), la direction générale (DG) « Agriculture et développement rural » de la Commission a, conformément à l’article 34, paragraphe 2, du règlement d’exécution no 908/2014, rendu compte de ses constatations dans un courrier du 3 août 2021 portant la référence Ares(2021) 4930536 (ci-après la « première lettre de constatations »). 5        Dans la première lettre de constatations, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a fait état de différentes défaillances constatées dans le cadre de trois contrôles clés, à savoir, premièrement, les contrôles administratifs, y compris les contrôles croisés, pour vérifier l’admissibilité des aides, notamment le respect de la période de rétention, deuxièmement, la réalisation du nombre requis de contrôles sur place, notamment l’augmentation du taux de contrôle lorsque les contrôles sur place révèlent des cas de non-conformité significative et, troisièmement, les contrôles de l’exactitude du calcul de l’aide et de l’application de sanctions administratives. 6        À la suite de l’ouverture de la seconde enquête mentionnée au point 2 ci-dessus et d’une mission d’audit réalisée sur place entre les 18 et 22 octobre 2021, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a, conformément à l’article 34, paragraphe 2, du règlement d’exécution no 908/2014, rendu compte de ses constatations dans un courrier du 20 janvier 2022 portant la référence Ares(2022) 442071. 7        Dans son courrier du 20 janvier 2022, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a fait état de défaillances constatées dans le cadre de deux contrôles clés, à savoir, d’une part, les contrôles administratifs, y compris les contrôles croisés pour vérifier l’admissibilité des aides autres que celui du respect de la période de rétention, et, d’autre part, la réalisation de contrôles sur place de qualité suffisante, autres que l’augmentation du taux de contrôle lorsque les contrôles sur place révèlent des cas de non-conformité significative. 8        Par courriers du 3 décembre 2021 et du 21 mars 2022, les autorités portugaises ont transmis des informations et des observations sur les enquêtes en cause tout en exprimant leur désaccord avec les constatations faites. 9        Par courrier du 13 avril 2022, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a informé les autorités portugaises de la jonction des enquêtes en cause. À l’occasion de cette communication, les défaillances ont été reformulées et désormais constatées dans le cadre de quatre contrôles clés, à savoir, premièrement, les contrôles administratifs, y compris les contrôles croisés pour vérifier l’admissibilité des aides, notamment le respect de la période de rétention, deuxièmement, la réalisation du nombre requis de contrôles sur place, notamment l’augmentation du taux de contrôle lorsque les contrôles sur place révèlent des cas de non-conformité significative, troisièmement, la réalisation de contrôles sur place de qualité suffisante et, quatrièmement, les contrôles portant sur l’exactitude du calcul de l’aide et sur l’application de sanctions administratives. 10      En outre, dans son courrier du 13 avril 2022, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a convoqué les autorités portugaises à une réunion bilatérale, laquelle a eu lieu le 26 avril 2022. 11      Dans le procès-verbal du 10 juin 2022 relatif à la réunion bilatérale du 26 avril 2022, communiqué par courrier portant la référence Ares(2022) 4294615, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a, en substance, clôturé le troisième contrôle clé, mais maintenu les défaillances constatées dans le cadre des premier, deuxième et quatrième contrôles clés, lesquelles étaient, selon elle, de nature à engendrer un risque accru pour le FEAGA et le Feader (ci-après les « Fonds »). En outre, elle a invité les autorités portugaises à lui transmettre des informations complémentaires, ce que ces dernières ont fait par courriers des 2 juillet et 7 octobre 2022. 12      Par courrier du 13 mars 2023 portant la référence Ares(2023) 1815399, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a communiqué aux autorités portugaises les conclusions préliminaires des enquêtes en cause au titre de l’article 34, paragraphe 3, troisième alinéa, du règlement d’exécution no 908/2014, selon lesquelles, d’une part, les défaillances constatées dans le cadre des premier et deuxième contrôles clés avaient engendré un risque pour les Fonds pour les années de demande 2018 à 2021 et, d’autre part, le quatrième contrôle clé pouvait être clôturé. 13      Plus particulièrement, s’agissant du premier contrôle clé relatif aux contrôles administratifs, y compris les contrôles croisés pour vérifier l’admissibilité des aides, notamment le respect de la période de rétention, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a constaté que la République portugaise n’avait pas respecté l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué (UE) no 640/2014 de la Commission, du 11 mars 2014, complétant le règlement no 1306/2013 en ce qui concerne le système intégré de gestion et de contrôle, les conditions relatives au refus ou au retrait des paiements et les sanctions administratives applicables aux paiements directs, le soutien au développement rural et la conditionnalité (JO 2014, L 181, p. 48), en ce que, pendant ladite période, des animaux pouvaient être remplacés par des animaux qui ne répondaient pas aux conditions d’admissibilité de l’aide. 14      S’agissant du second contrôle clé relatif à la « réalisation du nombre requis de contrôles sur place », notamment l’augmentation du taux de contrôle lorsque les contrôles sur place révèlent des cas de non-conformité significative, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a constaté que, quand bien même des non-conformités avaient été détectées lors des années de demande 2017 et 2018, les autorités portugaises n’avaient pas, de manière adéquate, augmenté le taux de contrôle en ce qui concerne les années de demande 2018 et 2019, ce qui constituerait une violation de l’article 35 du règlement d’exécution (UE) no 809/2014 de la Commission, du 17 juillet 2014, établissant les modalités d’application du règlement no 1306/2013 en ce qui concerne le système intégré de gestion et de contrôle, les mesures en faveur du développement rural et la conditionnalité (JO 2014, L 227, p. 69). 15      Sur cette base, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a confirmé sa proposition d’écarter du financement de l’Union européenne un montant net total de 2 914 440,05 euros relatif aux années de demande 2018 à 2021. 16      Le 27 avril 2023, la République portugaise a soumis une demande motivée auprès de l’organe de conciliation, en vertu de l’article 40 du règlement d’exécution no 908/2014, laquelle n’a toutefois pas abouti, malgré le fait que ledit organe avait, le 24 juillet 2023, envoyé aux parties son rapport, portant la référence Ares(2023) 4596266, dans lequel il avait conclu qu’une conciliation pourrait être envisagée en ce qui concerne le second contrôle clé relatif à la « réalisation du nombre requis de contrôles sur place », à savoir, l’augmentation du taux de contrôle lorsque les contrôles sur place révèlent des cas de non-conformité significative. 17      Par un courrier du 18 janvier 2024 portant la référence Ares(2024) 410151, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a communiqué aux autorités portugaises, conformément à l’article 34, paragraphe 4, du règlement d’exécution no 908/2014, ses conclusions finales, dans lesquelles elle a confirmé que les défaillances constatées dans le cadre des premier et second contrôles clés avaient engendré un risque pour les Fonds. 18      Ainsi, dans la décision attaquée, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a écarté du financement de l’Union le montant total de 2 914 440,05 euros en ce qui concerne les années de demande 2018 à 2021. Conclusions des parties 19      La République portugaise conclut à ce qu’il plaise au Tribunal : –        annuler la décision attaquée pour autant qu’elle la concerne à hauteur de 2 914 440,05 euros ; –        condamner la Commission aux dépens. 20      La Commission conclut à ce qu’il plaise au Tribunal : –        rejeter le recours ; –        condamner la République portugaise aux dépens. En droit 21      Au soutien du recours, la République portugaise soulève deux moyens, tirés, le premier, d’une erreur dans l’interprétation et l’application de l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué no 640/2014 en ce qui concerne la défaillance constatée dans le cadre du premier contrôle clé, liée au respect de la période de rétention, et, le second, d’une erreur dans l’interprétation et l’application de l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 en ce qui concerne la défaillance constatée dans le cadre du second contrôle clé, liée à l’augmentation du taux de contrôle lorsque les contrôles sur place révèlent des cas de non-conformité significative. Sur le premier moyen relatif à une erreur dans l’interprétation et l’application de l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué no 640/2014 22      Le présent moyen concerne la défaillance constatée par la Commission dans le cadre du premier contrôle clé relative au respect de la période de rétention en relation avec trois mesures de soutien couplé facultatif liées aux animaux prises par elle, à savoir les mesures « M01 Prime à la vache allaitante », « M02 Prime à ovins et caprins » et « M03 Prime à la vache laitière » faisant partie du régime de soutien couplé prévu au titre IV, chapitre 1, du règlement no 1307/2013. 23      La République portugaise estime que la Commission a commis une erreur en interprétant l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué no 640/2014 de telle sorte qu’il n’est pas permis aux États membres d’autoriser les bénéficiaires de mesures de soutien liées aux animaux de procéder, lors de la période de rétention, au remplacement des animaux par des animaux provenant de l’extérieur de l’exploitation. 24      Selon la République portugaise, les conditions d’admissibilité de l’aide des animaux prévues par la législation portugaise sont les mêmes indépendamment de l’exploitation de provenance de l’animal, et ces conditions sont vérifiées aux fins du respect de la période de rétention prévue. 25      La République portugaise soutient ainsi que, dans le cas d’un remplacement, l’animal remplaçant, quelle que soit sa provenance, doit remplir toutes les conditions d’admissibilité de l’aide, y compris la période de rétention. Selon elle, un animal ne peut jamais faire l’objet d’une aide dans deux exploitations distinctes, étant donné qu’il ne pourrait pas remplir les conditions d’admissibilité de l’aide en même temps, notamment le respect, individuellement, de ladite période. 26      La Commission conteste l’argumentation de la République portugaise. 27      La Commission fait valoir en substance que, bien que la législation de l’Union ne prévoie pas de définition de la notion de « période de rétention » et que l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué no 640/2014 permette que des remplacements d’animaux soient effectués, il ressort de la signification habituelle en plusieurs langues de la notion de « rétention », à savoir celle d’une période pendant laquelle le bénéficiaire doit maintenir l’animal dans son exploitation, ainsi que de l’article 53, paragraphe 4, deuxième alinéa, du règlement délégué (UE) no 639/2014 de la Commission, du 11 mars 2014, complétant le règlement no 1307/2013 et modifiant l’annexe X dudit règlement (JO 2014, L 181, p. 1), et de l’article 2, paragraphe 1, second alinéa, point 18, sous a), du règlement délégué no 640/2014, lesquels font référence au terme « animal » au singulier, que tout animal doit remplir individuellement les conditions d’admissibilité de l’aide dont la « période de rétention ». 28      Partant, la possibilité de remplacer un animal serait limitée aux cas dans lesquels un animal est remplacé par un autre animal répondant lui-même aux conditions d’admissibilité de l’aide égales à celles de l’animal à remplacer, de sorte qu’un animal entrant dans l’exploitation pendant la période de rétention ne peut être considéré comme ayant observé cette période, et ne peut donc être considéré comme admissible à l’aide. 29      Selon la Commission, cela est confirmé par l’arrêt du 25 octobre 2023, Estonie/Commission (T‑62/22, non publié, EU:T:2023:676, point 53), et par les définitions des termes « période de détention », en vigueur dans le droit de l’Union relatif à la politique agricole commune applicable au cours des cadres financiers précédant celui en cause en l’espèce, ainsi que par les objectifs de la période de rétention, tels qu’elle les comprend, à savoir empêcher le transfert des animaux et garantir que l’activité agricole d’élevage est réelle, en évitant que ces animaux ne soient acquis dans le seul but de percevoir une aide et ensuite revendus ou abattus et d’assurer l’efficacité des contrôles sur place. 30      À titre liminaire, il convient de rappeler que l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué no 640/2014, qui, dans le cadre d’un soutien couplé facultatif, concerne la base de calcul de l’aide liée aux animaux, prévoit, dans sa première phrase, que seuls les animaux qui sont identifiés dans une demande d’aide ou de paiement sont considérés comme déterminés. Dans ce cadre, l’article 2, paragraphe 1, second alinéa, point 18, sous a), dudit règlement délégué a défini un animal déterminé comme un animal pour lequel l’ensemble des conditions applicables à l’octroi d’une aide sont remplies. 31      En l’espèce, dans le cadre du régime de soutien couplé facultatif établi au titre IV, chapitre 1, du règlement no 1307/2013, la République portugaise a prévu des mesures de soutien liées aux animaux et, afin de gérer les demandes d’aide ou de paiement des agriculteurs à cet égard, souscrit au système « sans demande », conformément à l’article 21, paragraphe 4, du règlement d’exécution no 809/2014. 32      À cet égard, il y a lieu de relever que, dans le système « sans demande », l’aide est automatiquement demandée pour tous les animaux qui figurent dans la base de données informatisée. En effet, tout animal pour lequel la base de données informatisée indique qu’il se trouve dans l’exploitation du demandeur concerné et qui remplit, à une date fixée, potentiellement les conditions d’admissibilité de l’aide au sens de l’article 2, paragraphe 1, second alinéa, point 17, du règlement délégué no 640/2014 est automatiquement considéré comme identifié dans une demande d’aide ou de paiement au sens de l’article 30, paragraphe 2, dudit règlement délégué. 33      Or, conformément à l’article 53, paragraphe 1, du règlement délégué nº 639/2014, les États membres sont tenus de définir les conditions d’admissibilité de l’aide au bénéfice des mesures de soutien couplé facultatif et, partant, de disposer, sous réserve du respect du cadre établi par le règlement no 1307/2013 et des conditions énoncées dans ledit règlement délégué, d’un pouvoir d’appréciation pour définir lesdites conditions [arrêt du 4 juillet 2024, Agrárminiszter (Taux de vêlage), C‑538/22, EU:C:2024:568, point 41]. 34      En outre, selon la jurisprudence, un État membre est tenu de mettre en œuvre et de contrôler une condition d’admissibilité de l’aide conformément à la définition qu’il en a donnée (voir, en ce sens, arrêt du 25 octobre 2023, Estonie/Commission, T‑62/22, non publié, EU:T:2023:676, point 80). 35      Par ailleurs, il est constant entre les parties que la législation portugaise applicable permet que les animaux potentiellement admissibles à l’aide présents dans l’exploitation soient, sans perte du droit au paiement de l’aide, remplacés pendant la période de rétention, laquelle s’étend du 1er janvier au 30 avril de l’année de demande, à condition qu’il soit garanti que les animaux concernés répondent aux conditions d’admissibilité de l’aide, d’une part, et qu’un tel remplacement ait lieu dans un délai de 15 jours ouvrables à compter de l’événement qui l’a motivé, d’autre part. 36      Dans ce contexte, il ressort du dossier que les trois mesures de soutien couplé facultatif liées aux animaux prises par la République portugaise, à savoir les mesures « M01 Prime à la vache allaitante », « M02 Prime à ovins et caprins » et « M03 Prime à la vache laitière », sont soumises à des conditions d’admissibilité de l’aide liées à l’âge, à la période après vêlage et à la race des animaux, ainsi qu’au nombre détenu dans l’exploitation. 37      En outre, la République portugaise a expliqué, sans être contredite par la Commission, que la période de rétention prévue vise à identifier, à la suite du comptage quotidien des animaux potentiellement admissibles à l’aide entre le 1er janvier et le 30 avril de l’année concernée, le jour où le nombre d’animaux sur l’exploitation concernée a atteint le niveau le plus bas, afin de déterminer sur cette base le nombre d’animaux au titre desquels ladite exploitation pourrait recevoir des paiements. 38      Enfin, la Commission ne conteste pas la légalité du remplacement d’un animal pendant la période de rétention par un autre animal qui se trouve déjà sur la même exploitation, de sorte que le seul point de discordance entre les parties concerne la légalité d’un tel remplacement par un animal provenant de l’extérieur de l’exploitation du bénéficiaire. 39      À cet égard, en premier lieu, il convient de constater à l’instar de la Commission que, même si la notion de « période de rétention » n’est pas définie comme telle dans le droit de l’Union relatif à la politique agricole commune, le sens habituel du mot « rétention » en langage courant implique qu’il s’agit d’une période pendant laquelle l’animal doit, en principe, rester dans l’exploitation du bénéficiaire. 40      En second lieu, il convient de relever que, même à supposer que la période de rétention doive être respectée par chaque animal pris individuellement, un remplacement d’un animal provenant de l’extérieur de l’exploitation pendant cette période n’entraîne pas par définition la perte du droit au paiement de l’aide. 41      En effet, l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué no 640/2014 permet un remplacement pendant la période de rétention telle que définie dans la législation applicable de l’État membre, à condition que l’autorité compétente n’ait pas encore informé le bénéficiaire des cas de non-conformité constatés dans la demande d’aide ou de paiement ou qu’elle n’ait pas encore prévenu ce dernier de son intention d’effectuer un contrôle sur place. Or, le libellé de cette disposition ne fait pas de distinction entre le remplacement par un animal provenant de l’exploitation du bénéficiaire et le remplacement par un animal provenant de l’extérieur. 42      À cet égard, il y a lieu d’écarter l’argument de la Commission tiré du fait que l’article 53, paragraphe 4, du règlement délégué no 639/2014 et l’article 2, paragraphe 1, second alinéa, point 18, sous b), du règlement délégué no 640/2014 font mention de la « période de rétention de l’animal concerné » et de la notion d’« animal déterminé » au singulier. 43      En effet, le simple emploi des termes en question au singulier ne saurait, à lui seul, déterminer l’interprétation de l’article 30, paragraphe 2, deuxième phrase, du règlement délégué no 640/2014, en ce sens que le remplacement par un animal provenant de l’extérieur de l’exploitation du bénéficiaire serait, en toute hypothèse, exclu. 44      Par ailleurs, ne pas admettre, dans le système « sans demande », le remplacement par un animal provenant de l’extérieur de l’exploitation, comme le soutient la Commission, aboutirait à ce qu’aucun remplacement ne soit possible, ce qui priverait d’effet utile l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué no 640/2014. En effet, dans un tel système, tout animal de l’exploitation pour lequel la base de données informatisée indique qu’il remplit potentiellement les conditions d’admissibilité est automatiquement considéré comme étant identifié dans une demande d’aide ou de paiement (voir point 32 ci-dessus), de sorte que, dans pareil système, un remplacement d’un animal par un autre animal de la même exploitation est pratiquement exclu et seul le remplacement par un animal provenant de l’extérieur de l’exploitation est possible. 45      En outre, il convient de rejeter l’argument de la Commission tiré des objectifs de la période de rétention, tels que ladite institution les comprend, à savoir empêcher le transfert des animaux et garantir que l’activité agricole d’élevage soit réelle et non spéculative et éviter que ces animaux ne soient acquis dans le seul but de percevoir une aide et ensuite revendus ou abattus, que plusieurs agriculteurs puissent demander une aide pour un même animal ou de garder les animaux dans l’exploitation afin de faciliter les contrôles sur place (voir point 29 ci-dessus). 46      En effet, la République portugaise opère un système « sans demande » pour gérer les demandes d’aide, dans lequel chaque animal admissible à l’aide est identifié dans la base de données et cela pour chaque jour de la période de rétention, afin qu’il n’y ait de doute quant à l’identité de l’animal concerné et au lieu où il se trouve. Ainsi, un animal provenant de l’extérieur de l’exploitation qui quitte son exploitation d’origine, ne pourrait plus faire l’objet d’une demande au bénéfice de l’agriculteur qui détient cette dernière exploitation. 47      En outre, il convient de rappeler que, dans le système « sans demande » opéré par la République portugaise, le nombre d’animaux pour lesquels une exploitation pourrait bénéficier de paiements est déterminé sur la base du jour où le nombre d’animaux dans l’exploitation concernée a atteint son niveau le plus bas au cours de la période de rétention (voir point 37 ci-dessus), de sorte qu’un transfert d’un animal d’une exploitation à une autre pendant cette période aurait généralement pour effet de réduire le nombre d’animaux pour lequel cette première peut bénéficier d’un paiement, sans que ce nombre soit augmenté pour cette dernière. 48      Pour les mêmes raisons, il convient de rejeter l’argument avancé par la Commission lors de l’audience, lié à l’objectif de la prévisibilité, lequel consisterait à garantir qu’il y ait une correspondance entre les animaux qui font l’objet d’une demande d’aide et ceux qui sont effectivement présents quand il y a des contrôles sur place, étant donné que ceux-ci ont, en grande partie, lieu pendant la période de rétention, ainsi qu’il ressort de l’article 42, paragraphe 1, deuxième alinéa, du règlement d’exécution no 809/2014. En effet, dans le système « sans demande » opéré par la République portugaise, chaque animal admissible à l’aide devrait être identifié dans la base de données pour chaque jour de cette période, afin qu’il n’y ait aucun doute quant à l’identité de l’animal concerné et au lieu où il se trouve, ce qui saurait permettre des contrôles sur place efficaces. 49      Enfin, ne saurait pas non plus prospérer l’argument de la Commission tiré de l’arrêt du 25 octobre 2023, Estonie/Commission (T‑62/22, non publié, EU:T:2023:676). Certes, au point 80 dudit arrêt, le Tribunal a jugé qu’il résultait de l’appréciation de la Commission dans l’affaire ayant donné lieu à cet arrêt que, si la définition des critères applicables au soutien mentionne une période de rétention comme critère d’admissibilité au bénéfice dudit soutien, ce critère devait être satisfait pour chaque animal pris individuellement. Toutefois, cette considération a été effectuée en réponse à une critique concernant l’intelligibilité du fondement de ladite appréciation dans le contexte spécifique du régime du soutien couplé facultatif adopté par la République d’Estonie, qui opérait un système mixte entre un système « sans demande » et un système « avec demande », lequel, comme il ressort du point 20 de cet arrêt, ne faisait pas référence au remplacement des animaux. 50      Par ailleurs, au point 80 de l’arrêt du 25 octobre 2023, Estonie/Commission (T‑62/22, non publié, EU:T:2023:676), le Tribunal a établi le principe plus large selon lequel un État membre est tenu de mettre en œuvre et de contrôler une condition d’admissibilité au soutien couplé facultatif conformément à la définition qu’il en a donnée. Il en résulte que ledit État membre a le pouvoir d’appréciation de définir les conditions d’admissibilité de l’aide, mais qu’il est ensuite tenu de les respecter. 51      Or, en l’espèce, la Commission n’a fourni aucun élément permettant de conclure que la République portugaise s’est écartée des conditions d’admissibilité de l’aide qu’elle avait définies en vertu de l’article 53, paragraphes 1 à 4, du règlement d’exécution no 639/2014, notamment en ce qui concerne la période de rétention. 52      Il en résulte, au vu du pouvoir d’appréciation dont disposent les États membres pour définir lesdites conditions d’admissibilité, que l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué no 640/2014 permet en principe aux États membres d’autoriser les bénéficiaires de mesures de soutien couplé facultatif liées aux animaux de procéder, lors d’une période de rétention définie en vertu du droit national applicable, au remplacement des animaux par des animaux provenant de l’extérieur de l’exploitation. 53      Par conséquent, sans qu’il y’ait besoin d’examiner les autres arguments soulevés par la République portugaise dans le cadre du premier moyen, il convient d’accueillir ce dernier. Sur le second moyen relatif à la violation de l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 54      Le présent moyen concerne la défaillance constatée par la Commission dans le cadre du second contrôle clé concernant l’augmentation du taux de contrôle lorsque les contrôles sur place révèlent des cas de non-conformité significative en relation avec trois mesures de soutien liées aux animaux que celle-ci a prises, à savoir les mesures « M01 Prime à la vache allaitante », « M02 Prime à ovins et caprins » et « M03 Prime à la vache laitière » faisant partie du régime de soutien couplé prévu au titre IV, chapitre 1, du règlement no 1307/2013. 55      Plus particulièrement, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a soulevé que, tenant compte des taux d’erreurs élevés constatés lors de contrôles sur place effectués en 2017 et en 2018, le pourcentage de bénéficiaires soumis à des contrôles dans les années suivantes, à savoir en 2018 et en 2019, n’avait pas été augmenté de manière appropriée, en violation de l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014. 56      La République portugaise conteste ne pas avoir respecté l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 et fait valoir que la Commission n’a pas présenté d’éléments de preuve permettant de considérer que le doute que celle-ci éprouvait par rapport au caractère approprié de l’augmentation du taux de contrôle constituait un doute sérieux et raisonnable au sens de la jurisprudence. 57      Selon la République portugaise, la Commission s’est à tort basée sur le document de travail portant la référence DS/CDP/2015/02 en appliquant les taux de contrôle qui y étaient prescrits pour les régimes d’aide liée à la surface aux régimes d’aide liée aux animaux en cause dans la présente affaire, malgré les différences entre ces régimes, notamment en ce qui concerne le type et le niveau d’erreur ou de non-conformité pouvant être détecté. 58      En outre, la République portugaise estime qu’il ressort de l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 que les États membres disposent d’une marge d’appréciation pour déterminer l’augmentation du taux de contrôle et soutient que, au cours de l’enquête, les autorités portugaises ont présenté la méthode qu’elles ont utilisée à cet égard. 59      La Commission conteste les arguments de la République portugaise. 60      À titre liminaire, il y a lieu de rappeler que l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 énonce que, « [l]orsque des contrôles sur place révèlent une non-conformité significative dans le cadre d’un régime d’aide ou d’une mesure de soutien ou dans une région ou une partie de région, l’autorité compétente augmente en conséquence le pourcentage de bénéficiaires devant faire l’objet d’un contrôle sur place l’année suivante ». 61      En outre, dans la mesure où l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 ne fixe ni le taux d’augmentation des contrôles sur place qui s’impose en cas de non-conformité significative ni les modalités conformément auxquelles ce taux doit être déterminé, cet article confère aux États membres une marge de manœuvre, laquelle est toutefois limitée par l’obligation qu’ont ces derniers, en vertu de l’article 58, paragraphe 1, sous a) et b), et paragraphe 2, du règlement no 1306/2013, d’adopter les mesures à même de garantir l’efficacité des contrôles afin de veiller au respect de la législation régissant les régimes d’aide de l’Union et de réduire à son minimum le risque de préjudice financier pour celle-ci (voir, en ce sens, arrêt du 6 avril 2022, Hongrie/Commission, T‑57/21, non publié, EU:T:2022:218, points 25, 27 et 28 et jurisprudence citée). 62      Pour autant, la Commission, qui est chargée de l’exécution du budget de l’Union et de la gestion des programmes en vertu de l’article 17, paragraphe 1, TUE, n’est pas pour autant privée de tout pouvoir de contrôle et de vérification pour faire respecter, notamment, le règlement no 1306/2013 et pour réduire à son minimum le risque de fraude, et il lui incombe d’apprécier si les mesures prises par les États membres au titre de l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 sont adéquates et si, au vu des non-conformités constatées antérieurement, ceux-ci ont « augment[é] en conséquence » le taux des contrôles sur place (arrêt du 6 avril 2022, Hongrie/Commission, T‑57/21, non publié, EU:T:2022:218, point 30). 63      Dans ce contexte, lorsque la Commission refuse de mettre à la charge des Fonds certaines dépenses pour cause de violation des dispositions du droit de l’Union imputables à un État membre, il lui appartient de présenter un élément de preuve du doute sérieux et raisonnable qu’elle éprouve à l’égard de ces contrôles ou de ces chiffres, et il incombe à l’État membre de présenter la preuve la plus détaillée et complète de la réalité de ses contrôles ou de ses chiffres et, le cas échéant, de l’inexactitude des affirmations de la Commission [voir, en ce sens, arrêts du 7 juin 2013, Portugal/Commission, T‑2/11, EU:T:2013:307, point 100 et jurisprudence citée, et du 7 février 2024, Autriche/Commission, T‑501/22, EU:T:2024:71, point 58 (non publié) et jurisprudence citée]. 64      En d’autres termes, l’État membre concerné ne saurait infirmer les constatations de la Commission sans étayer ses propres allégations par des éléments établissant l’existence d’un système fiable et opérationnel de contrôle. Dès lors qu’il ne parvient pas à démontrer que les constatations de la Commission sont inexactes, celles-ci constituent des éléments susceptibles de faire naître des doutes sérieux quant à la mise en place d’un ensemble adéquat et efficace de mesures de surveillance et de contrôle (voir arrêt du 22 novembre 2018, Lituanie/Commission, T‑508/15, non publié, EU:T:2018:828, point 54 et jurisprudence citée). 65      Enfin, il y a lieu de rappeler que la Commission dispose, en matière de politique agricole commune, d’un large pouvoir d’appréciation et, par conséquent, le contrôle du juge doit se limiter à vérifier si elle n’a pas manifestement dépassé les limites de ce pouvoir, de sorte qu’il n’y a pas lieu de contrôler si la mesure adoptée par la Commission est la plus appropriée, mais il revient au juge de vérifier si celle-ci n’est pas manifestement inappropriée (voir arrêt du 22 novembre 2018, Lituanie/Commission, T‑508/15, non publié, EU:T:2018:828, point 56 et jurisprudence citée). 66      C’est à l’aune de ces principes qu’il convient d’examiner les arguments soulevés par les parties. 67      En l’espèce, la République portugaise ne conteste ni l’existence ni le caractère significatif des non-conformités constatées par la Commission, qui reconnaît à son tour que, à la suite desdites non-conformités, la République portugaise a procédé à des augmentations du taux de contrôle. 68      La Commission soulève toutefois avoir un doute sérieux et raisonnable à l’égard du caractère approprié de l’augmentation du taux de contrôle à la suite des taux d’erreurs constatés. 69      À cet égard, il ressort de la jurisprudence que la première lettre de constatations, qui était la communication visée à l’article 34, paragraphe 2, premier alinéa, du règlement d’exécution no 908/2014, constitue l’élément principal de référence pour appréhender le doute sérieux et raisonnable qu’éprouvait la Commission par rapport au caractère approprié des augmentations du taux de contrôle effectuées par la République portugaise (voir, en ce sens, arrêt du 7 février 2024, Autriche/Commission, T‑501/22, EU:T:2024:71, points 138 et 139 et jurisprudence citée). 70      La première lettre de constatations comporte un tableau qui indique les taux d’erreurs initialement constatés pour les exercices allant de 2017 à 2019, les taux de contrôle sur place recommandés par la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission pour les années 2018 et 2019, ainsi que le taux de contrôle initialement considéré comme étant réalisé par la République portugaise lors de ces années. 71      Il est expliqué, dans la première lettre de constatations, que le taux de contrôle sur place recommandé est calculé conformément au document de travail portant la référence DS/CDP/2015/02 et que compte tenu des taux d’erreurs des exercices indiqués comme N‑1, le pourcentage de bénéficiaires à contrôler sur place au cours de l’exercice suivant, l’exercice N, n’a pas été augmenté de manière appropriée. 72      Il est également fait référence, dans la première lettre de constatations, à la circonstance que, au cours de l’enquête, les autorités portugaises avaient affirmé que le document de travail portant la référence DS/CDP/2015/02 utilisé par la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission pour établir le niveau recommandé de contrôles sur place en ce qui concerne les régimes d’aide liée à la surface n’était pas applicable aux régimes d’aide liée aux animaux et que, selon la méthode qu’elles avaient utilisée pour constituer l’échantillon à contrôler sur place, l’existence d’un échantillon de contrôle supérieur au minimum de 5 % requis à l’article 33 du règlement d’exécution no 809/2014 était suffisante pour satisfaire aux dispositions de l’article 35 dudit règlement. 73      La DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a toutefois estimé que l’augmentation de l’échantillon au cours des exercices concernés n’apparaissait pas proportionnelle au niveau des taux d’erreurs révélés par les contrôles sur place réalisés au cours des années précédentes et que, par conséquent, la méthode spécifique utilisée par les autorités portugaises pour constituer l’échantillon sur place ne servait pas de méthode permettant de déterminer convenablement le niveau approprié d’augmentation. En outre, les autorités portugaises ont été invitées à fournir à cette direction générale la méthode utilisée pour augmenter le taux de contrôle et une explication de la manière dont l’augmentation est liée au taux de non-conformité constaté. 74      Ensuite, il convient de constater que, lors de la suite de la procédure d’apurement de conformité, les autorités portugaises ont communiqué à la Commission la méthode qu’elles avaient adoptée pour appliquer l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014, tout en indiquant qu’elles n’étaient pas en mesure de démontrer de manière concluante l’existence de ladite méthode en 2017 et en 2018, ni l’utilisation de cette méthode dans l’analyse des contrôles sur place au cours de ces années. En outre, la DG « Agriculture et développement rural » de la Commission a, par rapport à la méthode en question, estimé trop élevé et incohérent avec un système « sans demande », considéré comme solide car entièrement automatisé et dématérialisé, le niveau de 50 % de demandes non conformes comme point de départ pour augmenter le niveau de contrôle. 75      Il convient donc d’examiner si, à la lumière de la jurisprudence citée au point 63 ci-dessus, la Commission était justifiée à fonder le doute sérieux et raisonnable qu’elle éprouvait à l’égard du caractère approprié de l’augmentation du taux de contrôle appliquée par la République portugaise sur les éléments qui ont fait l’objet des échanges qu’elle avait eus avec cette dernière lors de la procédure d’apurement de conformité. 76      Ainsi, il convient d’examiner si la Commission était justifiée à fonder son doute sérieux et raisonnable sur le fait que la République portugaise n’avait pas prouvé que, pendant les années faisant l’objet de l’audit, elle avait effectivement appliqué la méthode que celle-ci lui avait présentée lors de la procédure d’apurement de conformité et que l’augmentation du taux de contrôle qu’elle avait appliquée n’était pas appropriée, compte tenu du taux d’erreurs élevé constaté lors des années 2017 et 2018, alors qu’elle disposait d’un système entièrement automatisé. 77      À cet égard, il convient de constater que même si, dans leur réponse à l’invitation à la réunion bilatérale, les autorités portugaises ont soumis une grille qui aurait servi de base pour le calcul des augmentations du taux de contrôle pour les années 2018 et 2019, la République portugaise a reconnu, lors de la procédure devant le Tribunal, qu’il n’existait aucun document formel présentant ladite grille, de sorte que cette dernière n’a pas su démontrer l’existence d’un système fiable et opérationnel de contrôle pour les années 2018 et 2019 en matière d’augmentation du taux de contrôle sur place en cas de non-conformité significative au sens de l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014. 78      Or, quand bien même, en vertu des règles du droit de l’Union, notamment l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014, il incombe aux États membres d’organiser un système efficace de contrôle et de surveillance (voir, en ce sens, arrêt du 24 avril 2008, Belgique/Commission, C‑418/06 P, EU:C:2008:247, point 31), il y a lieu de relever que la simple circonstance que l’État membre ne soit capable de soumettre une méthode qui a été appliquée lors des années faisant l’objet de l’audit n’est pas, en tant que telle, suffisante pour remettre en cause la fiabilité des contrôles effectués par cet État membre. 79      Néanmoins, il peut être déduit de l’absence d’une telle méthode que l’État membre n’a pas utilisé la marge de manœuvre qui lui était conférée pour adopter une approche cohérente en matière d’augmentation du taux de contrôle sur place en cas de non-conformité significative au sens de l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 (voir point 61 ci-dessus). Ainsi, ladite absence peut corroborer d’autres éléments fournis par la Commission et par conséquent, dans le cadre d’une évaluation globale, contribuer à établir la preuve d’un doute sérieux et raisonnable, au sens de la jurisprudence citée au point 63 ci-dessus. 80      Il convient dès lors d’examiner si la Commission était justifiée à fonder son doute sérieux et raisonnable sur le fait que l’augmentation du taux de contrôle appliquée par la République portugaise n’était pas appropriée, compte tenu des taux d’erreurs élevés constatés lors des années 2017 et 2018, et du fait que la République portugaise dispose d’un système entièrement automatisé. 81      À cet égard, il y a lieu de relever que l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 prévoit que, en cas de « non-conformité significative » constatée lors des contrôles sur place, l’autorité compétente doit augmenter « en conséquence » le pourcentage de bénéficiaires devant faire l’objet d’un contrôle sur place l’année suivante. 82      Or, en l’espèce, à l’issue de la procédure d’apurement de conformité, il était constant entre les parties, d’une part, que le taux d’erreurs constaté s’élevait, en termes de nombre d’animaux, à 7,18 % en 2017 et à 9,87 % en 2018, et, en termes de nombre de demandes, à 45,53 % en 2017 et à 62,99 % en 2018, et, d’autre part, que le taux de contrôle était passé de 5 à 6,25 % en 2018 et de 5 à 7,50 % en 2019. 83      En outre, il convient de constater à l’instar de la Commission que, dans un système « sans demande » tel qu’il a été adopté par la République portugaise, le fait que certains taux d’erreurs constatés étaient élevés alors même que les augmentations du taux de contrôle avaient été faibles suffit pour fonder un doute sérieux et raisonnable pesant sur la conformité de la méthode appliquée par la République portugaise avec l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014. 84      En effet, comme la Commission l’a indiqué sans être contestée par la République portugaise, l’avantage d’un système « sans demande », qui est entièrement automatisé et dématérialisé, consiste en une diminution du risque d’erreurs parce qu’il permet une transmission rapide et instantanée des informations et, partant, une identification des divergences dans les données transmises, invitant les autorités compétentes à la vérification des données. Cette circonstance renforce la gravité relative des taux d’erreurs constatés. 85      Or, ni lors de la procédure d’apurement de conformité, ni lors de la procédure devant le Tribunal, la République portugaise n’a réussi à démontrer l’existence d’un système fiable et opérationnel de contrôle pour les années 2018 et 2019 en matière d’augmentation du taux de contrôle sur place en cas de non-conformité significative au sens de l’article 35 du règlement d’exécution no 809/2014 (voir point 77 ci-dessus). 86      En outre, la République portugaise n’a pas fourni davantage d’explications sur le lien qui devait être établi entre l’augmentation du taux de contrôle appliquée par elle en 2018 et 2019 et les taux d’erreurs constatés en 2017 et en 2018, ni sur le fait que ladite augmentation constituait une réponse appropriée auxdits taux d’erreurs. 87      Au vu de ce qui précède, il convient de constater que la Commission était justifiée à fonder son doute sérieux et raisonnable sur le fait que l’augmentation du taux de contrôle appliquée par la République portugaise n’était pas appropriée, compte tenu des taux d’erreurs élevés constatés en 2017 et en 2018, et du fait que cette dernière disposait d’un système entièrement automatisé. 88      S’agissant de l’argument de la République portugaise selon lequel la Commission ne pouvait pas invoquer le document de travail portant la référence DS/CDP/2015/02, dès lors qu’il s’appliquait exclusivement aux régimes d’aide liée à la surface et ne saurait être appliqué par analogie aux régimes d’aide liée aux animaux, étant donné les différences entre ces régimes, notamment en ce qui concerne le type et le niveau d’erreur ou de non-conformité pouvant être détecté, premièrement, il convient de constater que ledit document a été conçu afin de donner des orientations dans le calcul du taux de contrôle par rapport aux régimes d’aide liée à la surface, et non aux régimes d’aide liée aux animaux, ce qui n’est pas contesté par les parties. 89      La méthode qui est exposée dans le document de travail portant la référence DS/CDP/2015/02 se fonde explicitement, par exemple, sur des éléments qui sont purement liés aux surfaces. Ainsi, le pourcentage minimum de contrôles à effectuer est identifié, pour chaque groupe de cultures concerné, d’une part, sur la base du pourcentage des agriculteurs qui, à la suite des contrôles sur place, ont déclaré une surface supérieure par rapport à la surface déterminée (B) et, d’autre part, sur la base du pourcentage total de déclarations d’une surface supérieure par rapport à la surface déterminée (A). En particulier, pour chaque combinaison d’une tranche donnée du pourcentage « B » et d’une tranche donnée du pourcentage « A », une augmentation du taux de contrôle (entre 1,2 et 5 fois) est indiquée. 90      Deuxièmement, il convient de constater, ainsi que l’a relevé la République portugaise, qu’il existe, hormis le document de travail portant la référence DS/CDP/2015/02, d’autres documents de travail pour l’écologisation (document de travail portant la référence DS/CDP/2015/19 – Rev3) et pour la conditionnalité (document de travail portant la référence DS/2009/28/rev3), de sorte qu’il était encore moins clair pour les autorités portugaises qu’elles auraient dû appliquer spécifiquement le document consacré aux aides liées à la surface dans le cadre d’un régime d’aide liée aux animaux. 91      Troisièmement, ainsi que l’a expliqué la République portugaise lors de l’audience, il existe des différences entre le régime d’aide liée à la surface et le régime d’aide liée aux animaux, notamment en ce qui concerne le type et le niveau d’erreur ou de non-conformité pouvant être détecté, dans la mesure où dans le cadre du premier, l’erreur est due à l’action de l’exploitant, tandis que dans le cadre du second, elle est le résultat du comportement de l’animal qui, par exemple, a perdu sa marque d’identification ou s’est caché à un endroit sur le terrain l’empêchant ainsi d’être présent lors du comptage. 92      Par conséquent, dans le cadre d’un régime d’aide liée aux animaux, un document de travail spécifiquement conçu pour les régimes d’aide liée à la surface ne suffit pas, en tant que tel, pour fonder le doute sérieux et raisonnable de la Commission. 93      Néanmoins, l’écart qui existe entre les taux de contrôle augmentés appliqués par la République portugaise, à savoir 6,25 % en 2018 et 7,50 % en 2019, d’une part, et les taux de contrôle augmentés qui auraient dû être respectés en cas d’une application par analogie en l’espèce du document de travail portant la référence DS/CDP/2015/02, à savoir 10 % en 2018 et 15 % en 2019, est si important en l’espèce qu’il en résulte un indice supplémentaire qui corrobore le caractère inapproprié de l’augmentation du taux de contrôle effectuée par la République portugaise lors des années 2018 et 2019. 94      Dès lors, au vu de ces circonstances, il convient de rejeter le second moyen. 95      Par conséquent, il ressort de ce qui précède qu’il convient d’annuler la décision attaquée pour autant qu’elle impose à la République portugaise une correction financière en raison d’un manquement à l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué no 640/2014, et de rejeter le recours pour le surplus. Sur les dépens 96      Aux termes de l’article 134, paragraphe 2, du règlement de procédure du Tribunal, si plusieurs parties succombent, le Tribunal décide du partage des dépens. En l’espèce, il convient de condamner chacune des parties à supporter ses propres dépens. Par ces motifs, LE TRIBUNAL (dixième chambre) déclare et arrête : 1)      La décision d’exécution (UE) 2024/1690 de la Commission, du 12 juin 2024, écartant du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader), est annulée pour autant qu’elle impose à la République portugaise une correction financière en raison d’un manquement à l’article 30, paragraphe 2, du règlement délégué (UE) no 640/2014 de la Commission, du 11 mars 2014, complétant le règlement (UE) no 1306/2013 du Parlement européen et du Conseil en ce qui concerne le système intégré de gestion et de contrôle, les conditions relatives au refus ou au retrait des paiements et les sanctions administratives applicables aux paiements directs, le soutien au développement rural et la conditionnalité. 2)      Le recours est rejeté pour le surplus. 3)      La République portugaise et la Commission européenne supporteront leurs propres dépens. Kalėda Kanninen Verschuur Ainsi prononcé en audience publique à Luxembourg, le 17 juin 2026. Signatures *      Langue de procédure : le portugais.