I FSK 816/18
WyrokNaczelny Sąd Administracyjny2021-12-15
Skład orzekający: Adam Bącal, Małgorzata Niezgódka-Medek, Jan Rudowski
Analiza orzeczenia
Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.
Zagadnienie prawne
Czy w stanie prawnym obowiązującym przed 1 października 2016 r. gmina, chcąc skorzystać z prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków inwestycyjnych przekazanych swojej jednostce organizacyjnej, była zobowiązana do dokonania centralizacji rozliczeń podatku VAT wszystkich swoich jednostek organizacyjnych?Ratio decidendi
Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że ustawa o centralizacji wprowadziła obowiązek centralizacji rozliczeń podatku VAT dla gmin i ich jednostek organizacyjnych od 1 października 2016 r. W okresach poprzedzających tę datę, gmina miała wybór: albo dokonać wstecznej centralizacji rozliczeń, co dawało prawo do odliczenia podatku naliczonego, albo utrzymać fikcję prawną odrębności jednostek, co skutkowało brakiem prawa do odliczenia. W związku z tym, organ podatkowy miał prawo uzależnić odliczenie podatku naliczonego za lata poprzednie od dokonania przez gminę wstecznej centralizacji rozliczeń.Stan faktyczny
Gmina złożyła korekty deklaracji VAT-7, domagając się uwzględnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków na infrastrukturę wodno-kanalizacyjną. Organ podatkowy odmówił, powołując się na brak wykorzystania majątku do zadań opodatkowanych przez gminę, a przez zakład budżetowy. WSA uchylił decyzję organu, uznając prawo gminy do odliczenia. Po ponownym postępowaniu, organ podatkowy ponownie odmówił, uzależniając odliczenie od centralizacji rozliczeń zgodnie z ustawą o centralizacji. WSA ponownie uchylił decyzję organu. NSA uchylił wyrok WSA, uznając, że organ miał prawo uzależnić odliczenie od wstecznej centralizacji rozliczeń.Rozstrzygnięcie
Uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Bydgoszczy do ponownego rozpoznania. Zasądził od Gminy C. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy kwotę 31 240 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.Pełny tekst orzeczenia
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Adam Bącal, Sędzia NSA Małgorzata Niezgódka-Medek (sprawozdawca), Sędzia NSA Jan Rudowski, Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 15 grudnia 2021 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z dnia 1 grudnia 2017 r. sygn. akt I SA/Bd 779/17 w sprawie ze skargi Gminy C. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy z dnia 9 czerwca 2017 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za styczeń, marzec, kwiecień, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad i grudzień 2011 r., styczeń i marzec 2012 r. oraz wrzesień 2013 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i sprawę przekazuje Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Bydgoszczy do ponownego rozpoznania, 2) zasądza od Gminy C. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy kwotę 31 240 (trzydzieści jeden tysięcy dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Skarga kasacyjna Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy dotyczy wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z 1 grudnia 2017 r. sygn. akt I SA/Bd 779/17. W orzeczeniu tym Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2017 r. poz. 1369, ze zm.), zwanej dalej w skrócie "P.p.s.a.", uchylił zaskarżoną przez Gminę C. decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy z 9 czerwca 2017 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za styczeń, marzec, kwiecień, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad i grudzień 2011 r., styczeń i marzec 2012 r. oraz wrzesień 2013 r.
Przedstawiając stan faktyczny sprawy Sąd podał, że Gmina 6 maja 2014 r. złożyła w [...] Urzędzie Skarbowym w T. korekty deklaracji VAT-7 obejmujące m.in. wskazane wyżej okresy rozliczeniowe, domagając się uwzględnienia jej prawa do odliczenia podatku naliczonego od poniesionych wydatków służących wytworzeniu infrastruktury wodno-kanalizacyjnej polegającej na realizacji III i IV etapu budowy sieci wodociągowej w C., budowie sieci kanalizacji deszczowej na ulicach K. i L. w C. wraz z przebudową i modernizacją drogi umożliwiającej odprowadzanie wody opadowej do kanału deszczowego, przekazanej do używania G..
Niekorzystna dla Gminy decyzja Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 21 kwietnia 2015 r. została uchylona wyrokiem WSA w Bydgoszczy z 15 września 2015 r. sygn. akt I SA/Bd 566/15. W wyroku tym Sąd uznał, że organ podatkowy drugiej instancji, odmawiając Gminie prawa do odliczenia podatku naliczonego wykazanego w fakturach związanych z realizacją wskazanych wyżej inwestycji, naruszył art. 15 ust. 1 oraz art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535, ze zm.), zwanej dalej w skrócie "u.p.t.u.". Sąd przyjął, odwołując się do zasady neutralności i interpretującego ją orzecznictwa TSUE (m.in. wyroku z 1 marca 2012 r. C – 280/10 w sprawie [...]), że dla przyznania Gminie prawa do odliczenia podatku naliczonego istotnym jest, że Gmina dokonując tej inwestycji działała jako podatnik VAT, a Zakład, mimo że stanowił wyodrębnioną jednostkę organizacyjną, wykonywał usługi komunalne w jej imieniu, wykorzystując przy tym wytworzone przez Gminę mienie. W związku z tym Sąd stwierdził, że w wydanej ponownie decyzji organ oceni, czy w związku z prawem Gminy do odliczenia podatku naliczonego w sprawie znajdą zastosowanie przepisy art. 86 ust. 13 i art. 91 ust. 2, 3 i 7a u.p.t.u.
Po ponownym przeprowadzeniu postępowania podatkowego przez organy obu instancji w decyzji z 9 czerwca 2017 r., objętej kontrolą w zaskarżonym wyroku, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy podkreślił, że wykonując wyrok WSA był zobligowany, stosownie do art. 153 P.p.s.a., do zastosowania obowiązującej od 1 października 2016 r. ustawy z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (Dz. U. poz. 1454), zwanej dalej w skrócie "ustawą o centralizacji", oraz zawartych w niej uregulowań przejściowych.
Organ odwoławczy podniósł, że w rozpatrywanej sprawie Gminie nie przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającego z realizacji wskazanej wyżej inwestycji gdyż nie była ona wykorzystywana przez Gminę do wykonywania zadań opodatkowanych podatkiem od towarów i usług. Takie zadania wykonywał bowiem G. w C., który był faktycznym użytkownikiem majątku użyczonego mu przez Gminę. Podsumowując swoje stanowisko Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy podkreślił, że nie kwestionuje prawa Gminy do odliczenia podatku naliczonego wykazanego w fakturach związanych z realizacją dokonywanych inwestycji. Uważa jednak, że odliczenie tego podatku musi nastąpić zgodnie z obowiązującymi w tym zakresie przepisami oraz wytycznymi wnikającymi z orzecznictwa unijnego i krajowego. Wynika z nich, że warunkiem dokonania przez Gminę odliczenia jest wyrażenie woli dokonania "centralizacji" (tzn. rozliczenia podatku VAT przez Gminę razem ze wszystkimi jej jednostkami organizacyjnymi). W sytuacji zaś braku woli scentralizowania rozliczeń podatku VAT organy podatkowe nie mogą uwzględnić prawa do odliczenia podatku naliczonego tylko do wybranych przez Gminę podmiotów (jednostek organizacyjnych).
Rozpatrując skargę Gminy na wskazaną wyżej decyzję, Wojewódzki Sąd Administracyjny w zaskarżonym wyroku uznał, że narusza ona prawo.
Sąd podkreślił, że w istota sprawy rozstrzygniętej w tej decyzji sprowadza się do odpowiedzi na pytanie czy w stanie prawnym obowiązującym przed 1 października 2016 r. Gmina chcąc zrealizować prawo określone w art. 86 ust. 1 u.p.t.u. do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych, związanych z realizacją inwestycji, które zostały przekazane nieodpłatnie swojej jednostce organizacyjnej – G., zobowiązana jest dokonać korekt rozliczeń podatku łącznie wszystkich swych jednostek organizacyjnych.
WSA zwrócił uwagę, że sprawa była już rozpatrywana przez tut. Sąd, który uznał w wyroku z 15 września 2015 r., sygn. akt I SA/Bd 566/15, że zasada neutralności wymaga, aby Gminie w przedstawionej sytuacji przyznać prawo do odliczenia od zakupów inwestycyjnych, dokonanych przez nią w celu prowadzenia działalności opodatkowanej przez gminną jednostkę organizacyjną jaką jest samorządowy zakład budżetowy i podzielił to stanowisko.
WSA stwierdził, że po wydaniu tego wyroku odwoławczy organ podatkowy decyzją z 8 lutego 2016 r. uchylił decyzję organu pierwszej instancji wskazując jednocześnie, że przy ponownym załatwianiu sprawy należy odnieść się do zmian ustawowych, które w tym czasie zaszły w zakresie centralnego rozliczenia Gminy i uzyskać od niej stanowisko czy zastosuje się do tych zmian, czy też pozostanie przy dotychczasowym systemie rozliczeń.
Sąd odnosząc się do ponownie przeprowadzonego postępowania podkreślił, że organy powinny wykonać wymieniony wyżej wyrok sygn. akt I SA/Bd 566/15. Podniósł, że centralizacja obowiązuje od 1 stycznia 2016 r. a za lata ubiegłe rozliczenie takie jest fakultatywne. Skoro zatem prawo to dotyczy lat ubiegłych, to żądanie centralizacji rozliczeń za lata ubiegłe jest nadinterpretacją. Zwrócił uwagę, że ustawa centralizacyjna weszła w życie 1 października 2016 r., a więc już po wydaniu decyzji organu odwoławczego z 8 lutego 2016 r. Organ pierwszej instancji z wydaniem decyzji oczekiwał cały rok i wydał ją 9 lutego 2017 r. gdy ustawa centralizacyjna już obowiązywała. Organ uznał, że wyrok wydany przez tutejszy Sąd o sygn. akt I SA/Bd 566/15 wskutek zmiany stanu prawnego już nie wiąże. Organ uznał także, że skoro Gmina odmówiła dokonania centralizacji rozliczeń to należało jej odmówić prawa do odliczenia podatku naliczonego od poniesionych wydatków związanych z realizacją opisanych wyżej inwestycji.
WSA podkreślił, że to stanowisko budzi wiele wątpliwości a orzecznictwo sądów administracyjnych w tej materii jest niejednolite. Odwołał się przy tym do poglądu zawartego w uzasadnieniu postanowienia NSA z 16 listopada 2017 r. sygn. akt I FSK 1237/17, w którym przedstawiono składowi siedmiu sędziów do rozstrzygnięcia zagadnienie prawne dotyczące powyższej kwestii. Z poglądu tego wynikało, że organ w stosunku do lat poprzednich (tj. przed 1 października 2016 r.) nie miał prawa do odmowy odliczenia podatku naliczonego dodatkowo uzależniając odliczenie od dokonania centralizacji.
W podsumowaniu WSA podkreślił, że ustawa centralizacyjna wprowadziła taki obowiązek od dnia wejścia w życie, a w latach ubiegłych rozliczająca się gmina miała wybór. Ponadto Sąd uznał, że organ przyjmując, iż prawo do odliczeń w stosunku do lat ubiegłych będzie przysługiwało pod warunkiem centralizacji, dokonał nieuprawnionej interpretacji i pominął zupełnie wyrok o sygn. akt I SA/Bd 566/15, czym naruszył art. 153 P.p.s.a.
W skardze kasacyjnej od tego wyroku WSA w Bydgoszczy Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy zaskarżył to orzeczenie w całości i wniósł o jego uchylenie oraz o przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia Sądowi administracyjnemu pierwszej instancji, a także o zasądzenie na rzecz organu zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego według norm przepisanych.
W podstawach kasacyjnych zarzucił temu wyrokowi naruszenie:
1. przepisów postępowania , które to uchybienie miało istotny wpływ na wynik sprawy (art. 174 pkt 2 P.p.s.a.), tj.:
- art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w zw. z art. 153 P.p.s.a., polegające na niezasadnym uchyleniu zaskarżonej decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy poprzez wydanie wyroku, w którym wskazano, że organy podatkowe naruszyły art. 153 P.p.s.a. i pominęły wyrok WSA w Bydgoszczy z 15 września 2015 r. sygn. akt I SA/Bd 566/15, podczas gdy organy podatkowe w niniejszej sprawie oceniły zgodnie z jego wytycznymi czy w związku z prawem Gminy do odliczenia podatku naliczonego przepisy art. 86 ust. 13 i art. 91 ust. 2,3, i 7a u.p.t.u. mogą znaleźć w sprawie zastosowanie;
- art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w zw. z art. 153 P.p.s.a. w zw. z art. 22 ust. 1, ust. 3, art. 23 oraz art. 11 ust. 1 pkt 2 ustawy centralizacyjnej polegające na niezasadnym uchyleniu zaskarżonej decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy poprzez wydanie wyroku, w którym wskazano, że organy podatkowe naruszyły art. 153 P.p.s.a. poprzez pominięcie wyroku WSA w Bydgoszczy z 15 września 2015 r. i uzależnienie odliczenia od dokonania centralizacji odliczeń w sytuacji, w której w niniejszej sprawie przez wejście w życie ustawy centralizacyjnej zaistniały podstawy do stwierdzenia, że powstały okoliczności skutkujące utratą mocy obowiązującej oceny prawnej zawartej w wyroku WSA w Bydgoszczy I SA/Bd 566/15;
- art. 141 § 4 P.p.s.a. w zw. z art. 153 P.p.s.a. oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. poprzez wskazanie przez Sąd pierwszej instancji jako podstawy uchylenia zaskarżonej decyzji art. 145 § 1 pkt 1 lit. a P.p.s.a. podczas gdy w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku Sąd wskazał, że organ naruszył przepis prawa procesowego tj. art. 153 P.p.s.a., co czyni wyrok wewnętrznie niespójnym i uniemożliwia bądź utrudnia jego wykonanie;
- art. 145 § 1 pkt 1 lit. a P.p.s.a. przez uchylenie decyzji odpowiadającej prawu, podczas gdy skarga powinna zostać oddalona na podstawie art. 151 P.p.s.a.;
2) przepisów prawa materialnego (art. 174 pkt 1 P.p.s.a.), tj.:
- art. 22 ust. 1, 3 oraz art. 11 ust. 1 pkt 2 ustawy centralizacyjnej w zw. z art. 86 ust. 1, 10 i 13 w zw. z art. 87 ust. 1, 2 u.p.t.u. przez błędną wykładnię i niezastosowanie w sprawie poprzez błędne przyjęcie przez WSA w Bydgoszczy, że organy podatkowe przyjęły, że art. 86 ust. 1 u.p.t.u. doznaje ograniczeń w związku z wejściem w życie ustawy centralizacyjnej podczas gdy organy nie kwestionują prawa Gminy jako podatnika VAT do odliczenia kwot podatku naliczonego od wydatków związanych z inwestycją wykorzystywaną przez gminną jednostkę organizacyjną do świadczenia usług opodatkowanych VAT, jednakże jeżeli Gmina chce dokonać wspólnych rozliczeń w terminie wcześniejszym niż 1 stycznia 2017 r. to powinna zgodnie z art. 22 ustawy centralizacyjnej stosować przepisy tej ustawy;
- art. 22 ust.1, 3, art. 23 oraz art.11 ust. 1 pkt 2 ustawy centralizacyjnej w zw. z art. 86 ust. 1, 10 i 13 w zw. z art. 87 ust. 1, 2 u.p.t.u. przez błędną wykładnię i niezastosowanie w sprawie poprzez błędne przyjęcie przez WSA w Bydgoszczy, że zgodnie z ustawą centralizacyjną obowiązkowa centralizacja obowiązuje od 1 stycznia 2017 r. (w wyroku błędnie wskazano 2016 r.) a za lata ubiegłe rozliczenie centralizacyjne jest fakultatywne, dlatego skoro w niniejszej sprawie prawo to dotyczy lat ubiegłych, to żądanie centralizacyjne rozliczeń za lata ubiegłe jest nadinterpretacją, podczas gdy prawidłowa interpretacja powołanych przepisów powinna prowadzić do wniosku, iż Gmina wraz z podległymi jej jednostkami organizacyjnymi musi obowiązkowo być traktowana i ma prawo dokonywać odliczeń podatku naliczonego jako jeden podatnik VAT od 1 stycznia 2017 r., natomiast w stosunku do okresów rozliczeniowych sprzed tej daty możliwe jest niejako utrzymanie fikcji prawnej w zakresie statusu podatkowego samorządowych jednostek organizacyjnych i ich odrębności od Gminy, dlatego też Gmina może przed tą datą fakultatywnie albo traktować siebie i podległe sobie samorządowe jednostki organizacyjne za jednego podatnika i wówczas złożyć korekty deklaracji jako jeden podatnik obejmujące wszystkie jednostki organizacyjne i w takim przypadku mieć prawo do stosownych odliczeń podatku naliczonego, albo do dnia 1 stycznia 2017 r. przyjąć fikcję prawną odrębności swoich jednostek w zakresie podmiotowości w podatku od towarów i usług i wówczas rozliczać się oddzielnie od tych jednostek na dotychczasowych zasadach, co skutkowałoby, że nie będzie jej przysługiwało odpowiednie odliczenie w podatku VAT.
Gmina nie skorzystała z możliwości wniesienia odpowiedzi na skargę kasacyjną.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga kasacyjna została oparta na usprawiedliwionych podstawach.
W pierwszej kolejności należy odnieść się do zarzutów ujętych w podstawach kasacyjnych, powiązanych przez stronę skarżącą – Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z art. 174 pkt 1 P.p.s.a. Sposób interpretacji prawa materialnego w zaskarżonym wyroku rzutował bowiem na ocenę zastosowania art. 153 P.p.s.a. przez organy podatkowe w toku ponownie przeprowadzonego postępowania podatkowego na skutek uchylenia wcześniejszej decyzji tego organu z 21 kwietnia 2015 r. wyrokiem z 15 września 2015 r. I SA/Bd 566/15.
W zaskarżonym wyroku WSA w Bydgoszczy przyjął, że zgodnie z ustawą centralizacyjną, centralizacja rozliczeń gminy ze wszystkimi jednostkami organizacyjnymi obowiązuje od 1 stycznia 2017 r. (z kontekstu wynika, że błędnie wskazana w uzasadnieniu wyroku data 1 stycznia 2016 r., na co zwrócił uwagę organ wnoszący skargę kasacyjną, stanowi oczywistą omyłkę – dopisek NSA), a za lata ubiegłe rozliczenie takie jest fakultatywne. W związku z tym stwierdził, że skoro w rozpatrywanej sprawie wniosek Gminy dotyczył rozliczenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wskazane w decyzji niektóre miesiące 2011, 2012 i 2013 r., a więc prawo do odliczenia podatku naliczonego dotyczyło lat przed zmianą prawa, to żądanie przez organy podatkowe centralizacji rozliczeń w tych latach aby możliwe było skorzystanie z prawa do odliczenia jest nadinterpretacją. Powołał się przy tym na stanowisko zawarte w uzasadnieniu postanowienia NSA z 16 listopada 2017 r. sygn. akt I FSK 1237/17, wydanego na podstawie art. 187 § 1 P.p.s.a. Sąd pierwszej instancji nie wziął przy tym pod uwagę, że pogląd prezentowany w motywach orzeczenia, w którym przedstawia się zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości do rozstrzygnięcia poszerzonemu składowi NSA, ilustruje różne możliwe warianty rozumienia zarysowanego problemu prawnego, a nie ich rozstrzygnięcie. W postępowaniu uruchomionym wskazanym postanowieniem NSA w składzie siedmiu sędziów, na podstawie art. 187 § 3 P.p.s.a. przejął sprawę do rozpoznania. Następnie w wyroku z 23 kwietnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1237/17 (opubl. CBOSA) zajął m.in. stanowisko, że dla skuteczności złożonej przez jednostkę samorządu terytorialnego przed dniem 1 października 2016 r. deklaracji korygującej rozliczenie w zakresie podatku od towarów i usług w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C – 276/14, [....], tj. w celu realizacji uprawnienia z art. 86 ust. 1 u.p.t.u., wymagana jest w świetle art. 23 w zw. z art. 12 ustawy centralizacyjnej, centralizacja rozliczeń jednostki samorządu terytorialnego i wszystkich jej niesamodzielnych jednostek organizacyjnych, począwszy od najwcześniejszego okresu rozliczeniowego, którego dotyczy korekta. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie rozpatrującym niniejszą sprawę podziela to stanowisko i argumentację zawartą w wymienionym wyżej wyroku składu siedmiu sędziów NSA, wobec czego nie ma potrzeby ponownego jej przywoływania w rozpatrywanej sprawie.
W związku jednak z poglądem zaprezentowanym zaskarżonym wyroku i podtrzymanym w toku rozprawy przez Gminę, że w świetle ustawy centralizacyjnej, w której przyjęto, że obowiązek centralizacji gmin z ich jednostkami organizacyjnymi istnieje dopiero od 1 stycznia 2017 r., a w latach ubiegłych gminy miały w tym zakresie wybór należy podkreślić, że wybór dotyczył innej kwestii, co wynika z art. 22 ust. 1 i 3, art. 23 oraz art. 11 ust. 1 pkt 2 w zw. z art. 86 ust. 1, 10 i 13 w zw. z art. 87 ust. 1 i 2 u.p.t.u.. Gminy miały bowiem możliwość wyboru czy w odniesieniu do wcześniejszych okresów rozliczeniowych, nieobjętych na mocy art. 3 ustawy centralizacyjnej obowiązkiem centralizacyjnym, przyjmą za te okresy, fikcję prawną odrębności podatkowej jednostki samorządu terytorialnego i jej jednostek organizacyjnych, takich jak jednostki budżetowe lub w rozpatrywanej sprawie zakład budżetowy, czy też dokonają wstecz całościowej centralizacji swoich rozliczeń w podatku od towarów i usług. Konsekwencją wyboru jednej z tych opcji jest możliwość skorzystania przez jednostkę samorządu terytorialnego z uprawnienia o którym mowa w art. 86 ust. 1 u.p.t.u., do odliczenia podatku naliczonego od podatku należnego związanego z działalnością gospodarczą prowadzoną w ramach aktywności jej jednostek organizacyjnych.
W związku z tym Naczelny Sąd Administracyjny podziela stanowisko organu zawarte w skardze kasacyjnej, że prawidłowa interpretacja wskazanych wyżej w podstawach kasacyjnych przepisów ustawy centralizacyjnej prowadzi do wniosku, iż gmina wraz z podległymi jednostkami organizacyjnymi od 1 stycznia 2017 r. musi być traktowana jako jeden podatnik podatku od towarów i usług. Natomiast w stosunku do okresów rozliczeniowych sprzed tej daty możliwe jest wybranie i utrzymanie przez gminę swoistej fikcji prawnej w zakresie statusu podatkowego działających w ramach tej gminy samorządowych jednostek organizacyjnych i utrzymanie przy rozliczeniach ich odrębności od gminy. Z tego względu gmina może przed tą datą fakultatywnie albo traktować siebie i podległe jednostki organizacyjne jako jednego podatnika i wówczas złożyć korekty deklaracji jako jeden podatnik obejmujące wszystkie jednostki i w takim przypadku mieć prawo do stosownych odliczeń podatku naliczonego, albo też przyjąć za ubiegłe okresy fikcję prawną odrębności swoich jednostek organizacyjnych w zakresie podmiotowości w podatku od towarów ich aktywności gospodarczej i wówczas rozliczać się oddzielnie od tych jednostek na dotychczasowych zasadach, co spowoduje jednak brak prawa do odpowiedniego odliczenia podatku naliczonego od podatku należnego.
W związku powyższym podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia prawa materialnego – wymienionych wyżej przepisów ustawy centralizacyjnej - przez ich błędną wykładnię w zaskarżonym wyroku są zasadne. Organ podatkowy wbrew twierdzeniu Sądu pierwszej instancji miał prawo do uzależnienia odliczenia podatku naliczonego za lata poprzednie od dokonania przez gminę wstecznej centralizacji rozliczeń, co wynika wprost z art. 12 i 13 w zw. z art. 22 ust. 1 i 3 oraz art. 23 ustawy centralizacyjnej.
W efekcie przyjęcia przez WSA jako podstawy kontroli niewłaściwego rozumienia art. 22 ust. 1 i 3, art. 23 oraz art. 11 ust. 1 pkt 2 w zw. z art. 86 ust. 1, 10 i 13 w zw. z art. 87 ust. 1 i 2 u.p.t.u. doszło do nieprawidłowej oceny zgodności z prawem zaskarżonej decyzji, która nie objęła kwestii czy Gmina wypełniła obowiązek dokonania korekt deklaracji podatkowych zgodnie z art. 11 ust. 1 pkt 2 ustawy centralizacyjnej. To zagadnienie będzie musiało zostać poddane analizie przy ponownym rozpatrywaniu sprawy przez Wojewódzki Sąd Administracyjny.
Błędna wykładnia przepisów prawa materialnego w zaskarżonym wyroku rzutowała również na zaprezentowaną przez WSA ocenę zastosowania w ponownie prowadzonym postępowaniu podatkowym art. 153 P.p.s.a. i zajęcie stanowiska, że w kontrolowanej decyzji doszło do uchybienia temu przepisowi.
W rozpatrywanej sprawie Sąd administracyjny pierwszej instancji po raz kolejny bowiem dokonywał kontroli zgodności z prawem decyzji wydanej przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy w przedmiocie określenia podatku od towarów i usług za niektóre okresy rozliczeniowe 2011, 2012 i 2013 r. Tym razem orzeczenia wydanego po ponownym przeprowadzeniu postępowania podatkowego na skutek uchylenia wcześniejszej decyzji tego organu z 21 kwietnia 2015 r. wyrokiem z 15 września 2015 r. sygn. akt I SA/Bd 566/15. W takim przypadku zgodnie z art. 153 P.p.s.a. "Ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie."
W wymienionym wyżej prawomocnym wyroku sygn. akt I SA/Bd 566/15 Sąd stwierdził, że po pierwsze z zasady neutralności wynika prawo Gminy do odliczenia podatku naliczonego od zakupów inwestycyjnych dokonanych przez nią w celu prowadzenia opodatkowanej działalności przez gminną jednostkę organizacyjną (w tym przypadku samorządowy zakład budżetowy). Po drugie nakazał organowi podatkowemu, aby w ponownie wydanej decyzji ocenił czy w związku z prawem Gminy do odliczenia podatku naliczonego przepisy art. 86 ust. 13 i art. 91 ust. 2, 3 i 7a u.p.t.u. mogą znaleźć w sprawie zastosowanie?
Zdaniem Sądu pierwszej instancji, zaprezentowanym w zaskarżonym wyroku, organy podatkowe przy ponownym rozpatrywaniu sprawy naruszyły ten przepis gdyż przesądzone zostało w orzeczeniu sygn. akt I SA/Bd 566/15, że to "Gminie jako podatnikowi VAT przysługuje prawo do odliczenia kwot podatku naliczonego od wydatków związanych z inwestycją wykorzystywaną przez gminną jednostkę budżetową do świadczenia usług opodatkowanych VAT.". WSA zajął przy tym błędne stanowisko, o czym była mowa wyżej, że skorzystanie przez jednostkę samorządu terytorialnego z prawa do odliczenia za okresy przed wejściem w życie ustawy centralizacyjnej nie jest powiązane z koniecznością dokonania centralizacji. Tym samym w istocie uznał, że zmiana przepisów prawa, o której mowa w art. 153 P.p.s.a., nie miała wpływu na obowiązek wykonania przez organy podatkowe wyroku tut. Sądu z 15 września 2015 r. sygn. akt I SA/Bd 566/15.
Pogląd ten jest nieprawidłowy. W zaskarżonej decyzji Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy, tak jak i organ podatkowy pierwszej instancji, co do zasady zaakceptował prawo Gminy jako podatnika podatku od towarów i usług do odliczenia kwot podatku naliczonego od wydatków związanych z inwestycją wykorzystywaną do prowadzenia przez gminny zakład budżetowy usług opodatkowanych podatkiem od towarów i usług. Uzależniał jedynie, realizację tego prawa od zastosowania przepisów tej ustawy tj. dokonania rozliczenia uwzględniającego wszystkie czynności Gminy oraz jej jednostek organizacyjnych w postaci samorządowych jednostek oraz zakładów budżetowych. Stanowisko to miało podstawę w zmianie przepisów prawa w toku prowadzonego ponownie postępowania podatkowego wynikającej z wejścia w życie ustawy centralizacyjnej. W przepisach przejściowych tej ustawy (art. 23 w zw. z art. 22 ust. 1 pkt 1) uregulowano sytuację jednostek samorządu terytorialnego, których dotyczyło postępowanie podatkowe uruchomione złożeniem korekt deklaracji podatkowych przed wejściem w życie ustawy centralizacyjnej. W związku z tym organy podatkowe przy ponownym rozpatrywaniu sprawy miały obowiązek uwzględnić stanowisko zawarte w wyroku Sądu administracyjnego pierwszej instancji z 15 września 2015 r. tylko w takim zakresie, który nie został zmodyfikowany przez zmianę prawa dokonaną ustawą centralizacyjną, która stosownie do jej art. 25 weszła w życie 1 października 2016 r.
W związku z powyższym zarzuty naruszenia w zaskarżonym wyroku przepisów postępowania, które to uchybienie miało istotny wpływ na wynik sprawy tj. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 153 P.p.s.a. oraz art. 141 § 4 w zw. z art. 153 P.p.s.a. należało uznać za usprawiedliwione.
Wobec powyższego zasadne okazały się także zarzuty dotyczące wydania wyroku w oparciu o wadliwą podstawę prawną art. 145 § 1 pkt 1 lit. a P.p.s.a.
W tym stanie rzeczy Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 185 § 1 oraz art. 203 pkt 2 P.p.s.a. orzekł jak w sentencji wyroku.
Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 17.07.2026. · Źródło