I SA/Rz 32/21

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie w składzie następującym: Przewodniczący S.WSA Piotr Popek, Sędzia WSA Małgorzata Niedobylska /spr./, Asesor WSA Jacek Boratyn, po rozpoznaniu na posiedzeniu niejawnym w dniu 18 lutego 2021 r. sprawy ze skargi "A." Sp. z o.o. z siedzibą w Z. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia [...] listopada 2020 r., nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1) uchyla zaskarżoną interpretację, 2) zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz skarżącej "A." Sp. z o.o. z siedzibą w Z. kwotę 697 (sześćset dziewięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Przedmiotem skargi jest interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: Dyrektor KIS) z dnia [...] listopada 2020r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych. Wnioskiem z 11 września 2020 r. "A" Sp. z o.o. z siedzibą w Z. (dalej: Wnioskodawca/Skarżąca/Spółka) zwróciła się do Dyrektora KIS o wydanie indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego, przedstawiając następujące zdarzenie przyszłe: Wnioskodawca jest osobą prawną mającą siedzibę na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej i podlega w Polsce opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych. Rok podatkowy Wnioskodawcy jest zbieżny z rokiem kalendarzowym. Spółka nie posiada statusu centrum badawczo-rozwojowego, o którym mowa w art. 17 ustawy z dnia 30 maja 2008 r. o niektórych formach wspierania działalności innowacyjnej (Dz. U. z 2018 r. poz. 141). Wnioskodawca może uzyskiwać przychody z zysków kapitałowych w rozumieniu art. 7b ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2020 r., poz. 1406, ze zm. - dalej: ustawa o CIT), jednakże w stosunku do tych przychodów nie zamierza korzystać z odliczenia w ramach Ulgi B+R. W celu skorzystania z ulgi na działalność badawczo-rozwojową (dalej: Ulga B+R) Wnioskodawca wyodrębni koszty działalności badawczo-rozwojowej w ewidencji, o której mowa w art. 9 ust. 1b w zw. z art. 9 ust. 1 ustawy o CIT. Ponoszone przez Spółkę wydatki, które mogą stanowić koszty kwalifikowane w ramach Ulgi B+R, będą zaliczane do kosztów uzyskania przychodu danego roku, o ile nie będą kapitalizowane w wartości początkowej środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych. W takim przypadku bowiem, wydatki te będą zaliczane do kosztów podatkowych z uwzględnieniem przepisów art. 16a-16 m ustawy o CIT. Wiodącym przedmiotem działalności Wnioskodawcy jest: - produkcja kabli światłowodowych; - produkcja sprzętu telekomunikacyjnego; - produkcja pozostałych elektronicznych i elektrycznych przewodów i kabli; - sprzedaż hurtowa sprzętu elektronicznego i telekomunikacyjnego, oraz części do niego. Spółka prowadzi działalność produkcyjną w J. oraz w Z. na gruntach objętych Specjalną Strefą Ekonomiczną (dalej: "SSE"). Spółka posiada 5 zezwoleń na prowadzenie działalności w SSE (dalej: "Zezwolenia"), przy czym dla najnowszego z nich, z uwagi na otrzymanie dotacji, pula dostępnej pomocy publicznej została wyczerpana nim uruchomiono produkcję. Spółka w poprzednich latach podatkowych korzystała ze zwolnienia podatkowego w związku z działalnością w SSE na podstawie Zezwoleń. Pomoc publiczna, dostępna do wykorzystania z tytułu Zezwoleń w rozliczeniu podatkowym za rok 2020 wynosi wg kalkulacji Spółki 98 tys. PLN. Spółka wpłaca co miesiąc zaliczki na podatek dochodowy na zasadach uproszczonych. Jednakże, dla potrzeb wewnętrznych Spółka co miesiąc kalkuluje wysokość generowanych dochodów, a co za tym idzie jest w stanie monitorować stopień wykorzystania przysługującego zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w SSE. Dzięki temu Spółka jest w stanie określić moment, w którym przysługujące jej na mocy posiadanego Zezwoleń zwolnienie podatkowe zostało w pełni wykorzystane. Spółka stale rozwija oferowany asortyment oraz udoskonala prowadzone procesy produkcyjne, o czym świadczy m.in. planowane na ten rok uruchomienie centrum badawczo-rozwojowego. Efekty podejmowanych działań innowacyjnych pracowników "A" przejawiają m.in. w składanych zgłoszeniach patentowych (2 w 2019 r.) oraz uzyskiwanych patentach na wynalazki (przykładowo 1 w 2019 r.). Wnioskodawca w roku podatkowym 2020 prowadzi działalność badawczo - rozwojową oraz ponosi w roku podatkowym koszty uzyskania przychodów na tę działalność w rozumieniu art. 18d ust. 2-3 ustawy o CIT (dalej: koszty kwalifikowane). Spółka otwiera centrum badawczo-rozwojowe, posiada dział Badań i Rozwoju, oraz inne jednostki organizacyjne prowadzące działalność B+R. Wnioskodawca zaznacza jednocześnie, że ocena czy prowadzi on działalność B+R w rozumieniu art. 4a pkt 26 ustawy o CIT nie jest objęta zakresem niniejszego wniosku. Rozwój działalności produkcyjnej Spółki oraz utworzenie centrum badawczo-rozwojowego w tzw. Z. 2 są w części dofinansowane w ramach zawartych przez Spółkę umów o dofinansowanie z Ministrem Rozwoju i Finansów oraz Polską Agencją Rozwoju Przedsiębiorczości. Spółka planuje skorzystać z Ulgi B+R w roku 2020 oraz w latach kolejnych w zakresie kosztów kwalifikowanych, które nie zostaną dofinansowane w ramach zawartych umów o dofinansowanie. Ponadto, mając na uwadze posiadane Zezwolenia Spółka planuje skorzystać z Ulgi B+R po wyczerpaniu dostępnego zwolnienia podatkowego, tj. dopiero w odniesieniu do miesięcy, za które skorzystanie z niego nie będzie już możliwe z uwagi na wyczerpanie dostępnego limitu pomocy. W związku z tym od połowy 2020 r., już po wyczerpaniu pomocy publicznej z tytułu zezwolenia strefowego wydziela koszty działalności B+R na odrębnych, utworzonych w tym celu kontach rachunkowych (na poziomie rachunkowości zarządczej). Spółka ma pewność, że koszty te nie zostaną ujęte jako koszty działalności zwolnionej - ponoszone są bowiem w okresie, w którym Spółka zaprzestała kalkulacji wyniku zwolnionego z uwagi na pewność co do wyczerpania dostępnej pomocy strefowej (wraz ze złożeniem deklaracji rocznej dojdzie jedynie do potwierdzenia tego faktu, poprzez odpowiednie zadeklarowanie dochodu zwolnionego osiągniętego w pierwszym półroczu 2020 r.). W związku z powyższym Wnioskodawca zadał następujące pytanie: 1. Czy Spółka może odliczyć w ramach ulgi badawczo - rozwojowej za rok podatkowy 2020 koszty kwalifikowane, poniesione w miesiącach, w których korzystanie ze zwolnienia z podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT na podstawie Zezwoleń, z uwagi na wyczerpanie limitu zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych nie było możliwe, a więc w miesiącach, w których poniesione koszty kwalifikowane nie zostaną uwzględnione w kalkulacji dochodu za rok podatkowy 2020 osiągniętego z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie Zezwoleń? Jednocześnie wskazał, że powyższe pytanie dotyczy kosztów kwalifikowanych, które nie będą przez Spółkę w żaden sposób przyporządkowywane do działalności zwolnionej, tj. ani na podstawie bezpośredniego przypisania, ani za pomocą tzw. klucza przychodowego, gdyż ten dotyczyć może kosztów poniesionych w okresie, w którym Spółka osiągała jeszcze przychody opodatkowane i zwolnione, i nie była możliwa ich bezpośrednia alokacja. Zdaniem Wnioskodawcy, może on odliczyć w ramach ulgi badawczo - rozwojowej za rok podatkowy 2020 koszty kwalifikowane, poniesione w miesiącach, w których korzystanie ze zwolnienia z podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT na podstawie Zezwoleń, z uwagi na wyczerpanie limitu zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych, nie było możliwe, a więc w miesiącach, w których poniesione koszty kwalifikowane nie zostaną uwzględnione w kalkulacji dochodu za rok podatkowy 2020 osiągniętego z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie Zezwoleń. W jego ocenie możliwość taka wynika z art. 18d ust. 6 ustawy o CIT, a nowelizacja przepisów w tym zakresie została dokonana właśnie po to, żeby w tego typu sytuacjach nie odbierać podatnikom możliwości korzystania z Ulgi B+R z samego tylko względu, że w tym samym roku finansowym podlegali zwolnieniu strefowemu. Koszty kwalifikowane poniesione przez Spółkę po wyczerpaniu limitu pomocy publicznej nie są uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku, lecz w kalkulacji dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych. Ponadto, koszty kwalifikowane, w odniesieniu do których Spółka planuje skorzystać z Ulgi B+R nie będą w żaden sposób przyporządkowywane do działalności zwolnionej, a więc nie będą uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego na podstawie Zezwoleń. Wynikać to będzie z faktu zaewidencjonowania ich na koncie utworzonym już po wyczerpaniu pomocy publicznej z tytułu działalności w SSE. Powodować to będzie, że koszty te nie będą wpływać bezpośrednio na wynik na działalności zwolnionej. Koszty te nie wpłyną na wynik również z uwagi na podział ich na podstawie klucza przychodowego o czym mowa w art. 15 ust. 2a ustawy o CIT, gdyż podziałowi za pomocą klucza podlegają jedynie te kategorie kosztów, których nie można powiązać z działalnością zwolnioną lub opodatkowaną (a w tym przypadku całość kosztów zostanie poniesiona za okres po wyczerpaniu puli pomocy, całość kosztów związana będzie z działalnością opodatkowaną). Wnioskodawca zwrócił również uwagę na samą konstrukcję przepisów w zakresie kalkulacji dochodu zwolnionego, w szczególności art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT. Prowadzenie działalności na terenie SSE nie oznacza automatycznie, że ten dochód w całości podlega zwolnieniu z CIT, bowiem zwolniony jest jedynie dochód do określonej wysokości. Od momentu wyczerpania limitu pomocy, podatnik nie będzie osiągać przychodów zwolnionych i odpowiadających im kosztów. W związku z powyższym koszty kwalifikowane, w odniesieniu do których Spółka planuje skorzystać z Ulgi B+R nie będą uwzględnione w kalkulacji dochodu zwolnionego. Będą bowiem ponoszone po jego wykorzystaniu oraz uwzględnione w kalkulacji dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych. Sam fakt rozliczenia, złożenia deklaracji po zakończeniu roku, niczego w tym zakresie nie będzie zmieniać, gdyż jest to działanie jedynie techniczne, które nie ma wpływu na moment poniesienia kosztów, ani tym bardziej nie wpływa na ich powiązanie z działalnością zwolnioną. W interpretacji indywidualnej z dnia [...] listopada 2020r. Dyrektor KIS uznał stanowisko Wnioskodawcy za nieprawidłowe. Zdaniem organu, nie można uznać, że koszty kwalifikowane poniesione na działalność badawczo-rozwojową, które, jak jednoznacznie wynika z wniosku, stanowią koszty uzyskania przychodów osiągane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie Zezwolenia (czyli niezwiązane z przychodami z działalności innej niż działalność prowadzona na terenie SSE na podstawie Zezwolenia), nie będą uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT. Treść tego przepisu określa sposób wyliczenia wysokości dochodu zwolnionego od podatku. Pierwszym krokiem jest ustalenie wysokości dochodu z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie Zezwolenia. Wyliczając ten dochód podatnik sumuje wszystkie przychody i wszystkie koszty, także "koszty kwalifikowane" w rozumieniu ulgi B+R, które osiąga i ponosi w działalności prowadzonej na terenie SSE. Różnica pomiędzy sumą przychodów, a sumą kosztów stanowi dochód uzyskany z działalności prowadzonej na terenie SSE. Dopiero tak ustalony dochód, a dokładniej wyliczony od niego podatek, porównywany jest z dostępnym limitem pomocy publicznej dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami. Tylko ta część dochodu, od której podatek nie przekracza limitu jest zwolniona na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT. Nie można więc powiedzieć, że "koszty kwalifikowane" nie są ujęte w kalkulacji (czyli inaczej mówiąc obliczaniu) dochodu zwolnionego. Miałoby to miejsce tylko wówczas, gdyby koszty te nie stanowiły kosztów uzyskania przychodów z działalności strefowej. Należy zwrócić uwagę, że w przepisie art. 18d ust. 6 ustawy o CIT, ustawodawca nie mówi o "kosztach kwalifikowanych", które nie zostały uwzględnione w dochodzie zwolnionym, tylko o kosztach, które nie zostały uwzględnione w kalkulacji dochodu zwolnionego. W przedmiotowej sprawie efekty działalności badawczo-rozwojowej są wykorzystywane do działalności określonej w zezwoleniu. W związku z tym "koszty kwalifikowane" stanowią koszty działalności prowadzonej na terenie strefy, czyli są uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego. To, że nie cały dochód korzysta ze zwolnienia jest konsekwencją przekroczenia maksymalnej wielkości pomocy publicznej. Sytuacji opisanej we wniosku nie można porównać do takiej, w której "koszty kwalifikowane" dotyczą działalności prowadzonej poza terenem SSE, bądź rodzajów działalności niewymienionych w Zezwoleniu. W tych przypadkach "koszty kwalifikowane" nie są brane pod uwagę przy ustalaniu wysokości dochodu z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie Zezwolenia, czyli nie są uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego. Nie dotyczą one bowiem działalności prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia. Powyższe rozumienie pojęcia "uwzględnienia w kalkulacji dochodu zwolnionego" znajduje oparcie w treści uzasadnienia do rządowego projektu ustawy z dnia 9 listopada 2017 r. o zmianie niektórych ustaw w celu poprawy otoczenia prawnego działalności innowacyjnej (druk sejmowy nr 1934), wprowadzającej zmiany w ustawie o CIT, w tym w art. 18d ust. 6, w którym m.in. proponuje się, aby prawo do ulgi (odliczenia kosztów) przysługiwało w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie stanowią kosztów prowadzenia działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej. Ponadto maksymalna intensywność pomocy publicznej ustalana jest na dzień skorzystania przez Wnioskodawcę z tej pomocy, tj. na dzień, w którym upływa termin na złożenie zeznania rocznego. Dlatego nie można uznać, że Spółka w ciągu roku wykorzystała limit dostępnej pomocy publicznej i w związku z tym, poniesione koszty stanowią wyłącznie koszty działalności opodatkowanej, skoro dniem skorzystania z pomocy publicznej jest dzień, w którym upływa termin na złożenie zeznania rocznego. W skardze na powyższą interpretację Spółka wniosła o jej uchylenie, zarzucając naruszenie przepisów prawa materialnego, tj. art. 18d ust. 6 ustawy o CIT, przez jego błędną wykładnię, polegającą na uznaniu, że Spółka nie może odliczyć w ramach ulgi badawczo-rozwojowej za rok podatkowy 2020 kosztów kwalifikowanych poniesionych w miesiącach, w których korzystanie ze zwolnienia z CIT na podstawie art. 17 ust. 34 ustawy o CIT nie było możliwe, z uwagi na wyczerpanie w trakcie roku podatkowego limitu zwolnienia określonego w stosownym zezwoleniu na prowadzenie działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, podczas gdy prawidłowa wykładnia winna skutkować przyjęciem, iż Spółka ze względu na wyczerpanie limitu zwolnienia, a co za tym idzie brak uwzględnienia kosztów kwalifikowanych w kalkulacji dochodu za 2020 rok podatkowy osiągniętego z działalności zwolnionej, jest uprawniona do odliczenia tego rodzaju kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi badawczo-rozwojowej; Skarżąca powtórzyła swoje stanowisko wyrażone w złożonym wniosku o interpretację. Powołała się na postulaty podnoszone przy okazji prac nad Białą Księgą Innowacji, których efektem była nowelizacja art. 18d ust. 6 ustawy o CIT. Wśród tych postulatów proponowano objęcie możliwością skorzystania z ulgi B+R m.in. tych przedsiębiorców działających na terenie SSE, którym już nie przysługuje ulga podatkowa. Zdaniem Skarżącej, za możliwością skorzystania przez nią w zaprezentowanym stanie faktycznym z ulgi badawczo-rozwojowej przemawia także wykładnia celowościowa art. 18d ust. 6 ustawy o CIT. Skoro bowiem ustawodawca w uzasadnieniu do projektu ustawy nowelizującej licznie wskazuje, że zmiana przedmiotowej regulacji ma na celu wdrożyć w życie postulaty strony społecznej zaprezentowane w Białej Księdze Innowacji, to nie sposób nie stwierdzić, iż przepis art. 18d ust. 6 ustawy o CIT po nowelizacji miał na celu umożliwić podatnikom takim jak np. Skarżąca skorzystanie z ulgi badawczo - rozwojowej w sytuacji, gdy m.in. nie przysługuje im już zwolnienie podatkowe. Rozszerzenie tej możliwości nie zostało przy tym ograniczone przez ustawodawcę do roku, w którym już nie będzie korzystać w ogóle ze zwolnienia, a istotne jest to, by nie odliczać w ramach ulgi B+R kosztów ujmowanych w kalkulacji kwoty zwolnienia, aby nie doszło do udzielenia podwójnej ulgi. Natomiast przyjęcie za właściwe stanowiska organu prowadzi w konsekwencji do sytuacji, w której nowelizacja art. 18d ust. 6 ustawy o CIT nie skutkuje żadnymi zmianami dla podmiotów prowadzących działalność na terenie SSE w odniesieniu do możliwości skorzystania z ulgi badawczo - rozwojowej. Zdaniem Skarżącej, zaprezentowane powyżej stanowisko znajduje potwierdzenie w doktrynie przedmiotu, natomiast interpretacja wywodzona przez organ ze sposobu kalkulowania wyniku podatkowego, jest niezgodna z praktyką oraz brzemieniem przepisów, bowiem decydująca jest możliwość identyfikacji momentu wykorzystania zwolnienia, a nie to kiedy dokonuje się rozliczenia rocznego. Skarżąca na podstawie prowadzonej ewidencji jest w stanie określić moment, w którym nastąpiło wykorzystanie w pełni dostępnej pomocy publicznej i od kiedy nie jest uprawniona do stosowania zwolnienia podatkowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT (na co wskazano we wniosku). Koszty kwalifikowane poniesione przez nią po wyczerpaniu limitu pomocy publicznej nie są uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku, lecz w kalkulacji dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych. Ponadto, koszty kwalifikowane, w odniesieniu do których Spółka planuje skorzystać z Ulgi B+R nie będą w żaden sposób przyporządkowywane do działalności zwolnionej, a więc nie będą uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego na podstawie Zezwoleń. Wynikać to będzie z faktu zaewidencjonowania ich na koncie utworzonym już po wyczerpaniu pomocy publicznej z tytułu działalności w SSE. W ocenie Skarżącej w sytuacji, gdy koszty kwalifikowane będą uwzględniane w kalkulacji dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych, to wówczas mogą podlegać odliczeniu od podstawy opodatkowania na zasadzie określonej w art. 18d ust. 1 ustawy o CIT. Dyrektor KIS, w odpowiedzi na skargę, podtrzymał stanowisko i argumentację zawartą w zaskarżonej interpretacji i wniósł o oddalenie skargi. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie zważył, co następuje: Postępowanie o wydanie indywidualnej interpretacji prawa podatkowego jest uregulowaniem szczególnym. Przedmiotem tego postępowania jest dokonanie wykładni zagadnienia prawnego przedstawionego uprawnionemu organowi do wyjaśnienia w trybie przepisów rozdziału 1a Działu I Ordynacji podatkowej. W postępowaniu interpretacyjnym przedstawiony we wniosku stan faktyczny, przyporządkowane mu pytanie oraz własne stanowisko wnioskodawcy w sprawie oceny prawnej zaistniałego/przyszłego stanu faktycznego wyznaczają organowi granice takiej interpretacji i w tych też granicach przeprowadzana jest kontrola sądu administracyjnego, co do zgodności z prawem wydanej interpretacji. Dodać przy tym należy, że stosownie do treści art. 57a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2019 r. poz. 2325 - dalej: P.p.s.a.) - sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną, przy czym skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczenia się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. W rozpoznawanej sprawie spór dotyczy możliwości odliczenia w ramach ulgi badawczo-rozwojowej kosztów kwalifikowanych poniesionych przez Spółkę w miesiącach, w których korzystanie ze zwolnienia, na podstawie art.17 ust.1 pkt 34 ustawy o CIT w oparciu o posiadane Zezwolenia strefowe, nie było możliwe z uwagi na wyczerpanie limitu zwolnienia. W złożonej skardze Skarżąca kwestionuje dokonaną przez organ wykładnię przepisów prawa materialnego, tj. art.18d ust.6 ustawy o CIT. Zgodnie z art. 18d ust. 1 ustawy o CIT, podatnik uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych odlicza od podstawy opodatkowania, ustalonej zgodnie z art. 18, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo- rozwojową, zwane dalej "kosztami kwalifikowanymi". Kwota odliczenia nie może w roku podatkowym przekraczać kwoty dochodu uzyskanego przez podatnika z przychodów innych niż przychody z zysków kapitałowych. Koszty kwalifikowane podlegają odliczeniu, jeżeli nie zostały podatnikowi zwrócone w jakiejkolwiek formie lub nie zostały odliczone od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym (art. 18d ust. 5 ustawy o CIT). Natomiast zgodnie z treścią art. 18d ust. 6 ustawy o CIT, podatnikowi, który w roku podatkowym korzysta ze zwolnień podatkowych, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a, prawo do odliczenia przysługuje jedynie w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie są przez podatnika uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku na podstawie tych przepisów. Nie ulega wątpliwości, że aktualne brzmienie przepisu art.18d ust.6 ustawy o CIT, dopuszcza możliwość korzystania z ulgi B+R przez podmioty prowadzące działalność na terenie SSE, jak też na obszarze objętym decyzją o wsparciu. Z treści przepisu wynika, że z ulgi B+R mogą korzystać podatnicy, którzy w tym samym roku korzystali ze zwolnień podatkowych, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a ustawy o CIT. Dalsza treść powołanego przepisu zawiera zastrzeżenie, aby "koszty kwalifikowane" nie obejmowały wydatków, które są przez podatnika uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku na podstawie przepisów art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a ustawy o CIT. Nie może bowiem dojść do podwójnego odliczenia tych samych kosztów – raz na potrzeby kalkulacji dochodu zwolnionego, a drugi raz dla celów rozliczenia ulgi B+R. Natomiast innych ograniczeń powyższy przepis nie przewiduje, w szczególności nie zawęża pojęcia "wydatków nie uwzględnianych w kalkulacji dochodu zwolnionego" do tych wydatków, które dotyczą działalności prowadzonej poza terenem SSE, bądź działalności niewymienionej w zezwoleniu. Nie można zatem uznać, że tylko w tych przypadkach "koszty kwalifikowane" nie są brane pod uwagę przy ustalaniu wysokości dochodu zwolnionego. Możliwa jest sytuacja - i taka ma miejsce w przedstawionym zdarzeniu przyszłym - że w związku z działalnością prowadzoną na terenie SSE na podstawie zezwolenia, ponoszone są wydatki, które jednak nie zostały uwzględnione w kalkulacji dochodu zwolnionego. W ocenie Sądu organ interpretacyjny błędnie założył, że kalkulacji dochodu zwolnionego, o którym mowa w powołanym przepisie, można dokonać dopiero po zakończeniu roku podatkowego. Założenie to nie ma oparcia w obowiązujących przepisach. Wprawdzie podatek dochodowy od osób prawnych ostatecznie rozliczany jest rocznie, ale już w trakcie roku podatkowego podatnik dokonuje obliczenia dochodu, bo zaliczki na poczet podatku (jeśli wystąpią) uiszczane są w okresach miesięcznych. Zatem z rozliczeniem puli przyznanej pomocy podatnik nie może czekać do zakończenia roku podatkowego, ale na bieżąco powinien uwzględniać wysokość przyznanego zwolnienia i monitorować poziom wykorzystanej pomocy, bowiem z chwilą wykorzystania kwoty przyznanego zwolnienia następuje przejście na ogólne zasady opodatkowania. Z wniosku o interpretację wynika, że Spółka wpłaca co miesiąc zaliczki na podatek dochodowy na zasadach uproszczonych, jednakże, dla potrzeb wewnętrznych co miesiąc kalkuluje wysokość generowanych dochodów, a co za tym idzie jest w stanie monitorować stopień wykorzystania przysługującego zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w SSE. Jak wskazywała Spółka w opisie zdarzenia przyszłego, na podstawie prowadzonej ewidencji jest ona w stanie określić moment, kiedy nastąpiło wykorzystanie w pełni dostępnej pomocy publicznej i od kiedy nie jest uprawniona do stosowania zwolnienia podatkowego. Zgodnie z przepisami (m.in. art. 9 ust. 1 ustawy o CIT i przepisami odrębnymi), podatnicy są obowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby możliwe było precyzyjne rozdzielenie przychodów i kosztów uzyskania przychodów związanych z działalnością prowadzoną w SSE oraz działalnością prowadzoną poza terenem SSE. Z przedstawionego opisu zdarzenia przyszłego wynika, że ponoszone od lipca 2020r. koszty działalności B+R nie będą już kosztami działalności strefowej, zwolnionej i Spółka będzie je uwzględniała w kalkulacji dochodu z działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych. A to oznacza, że będą podlegać odliczeniu od podstawy opodatkowania na zasadzie określonej w art. 18d ust. 1 ustawy o CIT. W rezultacie, na gruncie obecnie obowiązujących przepisów nie ma przeszkód aby podmiot działający w SSE mógł rozliczać ulgę B+R w odniesieniu do działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych, która nie jest objęta zwolnieniem z uwagi na wyczerpanie limitu (może być to działalność prowadzona zarówno w strefie lub poza jej terenem). W ocenie Sądu tak rozumiany przepis art.18d ust.6 ustawy o CIT stanowi realizację postulatów strony społecznej zaprezentowanych w Białej Księdze Innowacji, a to właśnie w odpowiedzi na powyższe postulaty nastąpiła nowelizacja omawianego przepisu. Istotne jest, aby nie następowało podwójne odliczenie tych samych wydatków - raz na potrzeby kalkulacji dochodu zwolnionego, a drugi raz dla celów rozliczenia ulgi B+R i temu służy zastrzeżenie zawarte w art.18d ust.6 ustawy o CIT. Skarżąca wskazała, że koszty kwalifikowane poniesione przez Spółkę po wyczerpaniu limitu pomocy publicznej nie są uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku, lecz w kalkulacji dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych. Ponadto, koszty kwalifikowane, w odniesieniu do których Spółka planuje skorzystać z Ulgi B+R nie będą w żaden sposób przyporządkowywane do działalności zwolnionej, a więc nie będą uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego na podstawie Zezwoleń. Wynikać to będzie z faktu zaewidencjonowania ich na koncie utworzonym już po wyczerpaniu pomocy publicznej z tytułu działalności w SSE, a w efekcie koszty te nie będą wpływać bezpośrednio na wynik działalności zwolnionej. Złożenie deklaracji po zakończeniu roku podatkowego stanowi ostateczne rozliczenie podatkowe całej działalności podatnika, lecz - wbrew stanowisku organu - nie jest to moment, w którym dopiero ustalany jest dochód i podatek i następuje porównanie tych wielkości z dostępnym limitem pomocy publicznej. Jak wyżej wskazano, przedsiębiorca prowadzący działalność w SSE na podstawie zezwolenia musi monitorować na bieżąco wykorzystywanie dostępnej pomocy, ponieważ to z chwilą wykorzystania limitu zezwolenia jego dochód opodatkowany jest na zasadach ogólnych, a nie dopiero z chwilą złożenia zeznania rocznego. Z powyższych względów Sąd uznał za zasadny zarzut błędnej wykładni art.18d ust.6 ustawy o CIT. Mając powyższe na uwadze Sąd na podstawie art. 146 § 1 w zw. z art.145 § 1 pkt 1 lit.a P.p.s.a., orzekł jak w sentencji. O kosztach orzeczono na podstawie art.200 i art.205 § 2 P.p.s.a. oraz § 2 ust.1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018r., poz.1687).