I FSK 1221/08
WyrokNaczelny Sąd Administracyjny2009-11-19
Skład orzekający: Maria Dożynkiewicz, Sylwester Marciniak, Grażyna Jarmasz
Analiza orzeczenia
Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.
Zagadnienie prawne
Czy postępowanie kontrolne prowadzone przez organ kontroli skarbowej, które zostało zakończone wynikiem kontroli, a następnie postępowanie podatkowe zostało wszczęte przez inny organ (np. Naczelnika Urzędu Celnego) po upływie 3 miesięcy od zakończenia kontroli, wyłącza naliczanie odsetek za zwłokę na podstawie art. 54 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej?Ratio decidendi
Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie z powodu naruszenia przez Wojewódzki Sąd Administracyjny przepisów postępowania, w szczególności art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. Sąd I instancji nie zakwestionował naruszenia przez organy art. 31 ust. 1 i 2 ustawy o kontroli skarbowej i błędnie ustalił, że postępowanie kontrolne prowadzone przez urząd kontroli skarbowej nie było kontrolą podatkową w rozumieniu art. 54 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej. W związku z tym, NSA uchylił zaskarżony wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania WSA.Stan faktyczny
Sprawa dotyczyła zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowej oraz odsetek za zwłokę. Spółka kwestionowała okres naliczania odsetek, powołując się na przepisy Ordynacji podatkowej i ustawy o kontroli skarbowej. Wojewódzki Sąd Administracyjny oddalił skargę spółki, uznając, że nie można kwestionować prawomocnej decyzji wymiarowej i że postanowienie o zaliczeniu wpłaty jest czynnością rozrachunkową. Spółka wniosła skargę kasacyjną, zarzucając WSA naruszenie przepisów postępowania i prawa materialnego, w tym błędne niezastosowanie art. 54 § 1 pkt 6 i 7 Ordynacji podatkowej oraz art. 31 ust. 1 i 2 ustawy o kontroli skarbowej.Rozstrzygnięcie
Uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu do ponownego rozpoznania.Pełny tekst orzeczenia
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Maria Dożynkiewicz, Sędzia NSA Sylwester Marciniak (sprawozdawca), Sędzia NSA Grażyna Jarmasz, Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 10 listopada 2009 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "A." S.A. we W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 19 marca 2008 r. sygn. akt I SA/Wr 32/08 w sprawie ze skargi "A." S.A. we W. na postanowienie Dyrektora Izby Celnej we W. z dnia 2 listopada 2007 r. nr [...] w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowej oraz odsetek za zwłokę 1) uchyla zaskarżony wyrok i sprawę przekazuje Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu do ponownego rozpoznania, 2) zasądza od Dyrektora Izby Celnej we W. na rzecz "A." S.A. we W. kwotę 380 (trzysta osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 19 marca 2008 r., sygn. akt I SA/Wr 32/08, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu oddalił skargę "A." S.A. we W. na postanowienie Dyrektora Izby Celnej we W. z dnia 2 listopada 2007 r. w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowej oraz odsetek za zwłokę.
2. W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku Sąd I instancji ustalił, że przedmiotem sporu w sprawie była kwestia zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowej oraz odsetek za zwłokę. Strona kwestionowała przede wszystkim okres naliczania podatnikowi odsetek, opierając swoją argumentację na treści art. 165 § 6 w zw. z art. 54 § 1 pkt 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r., Nr 8, poz. 60 ze zm., dalej O.p.), ewentualnie na treści art. 54 § 1 pkt 6 O.p. Strona wskazała też, że z uwagi na art. 31 ust. 2 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2004 r., nr 8, poz. 65 ze zm., dalej u.k.s.) wszczęta w sprawie kontrola była kontrolą podatkową w rozumieniu Ordynacji podatkowej. Zdaniem strony wskazane w art. 31 ust. 1 u.k.s. wyłączenie stosowania art. 54 O.p. oznacza, iż przepisu tego nie stosuje organ kontroli skarbowej prowadzący postępowanie kontrolne i wydający decyzję, co jednak nie ma zastosowania do postępowania podatkowego prowadzonego przez inny organ niż Urząd Kontroli Skarbowej.
Dyrektor Izby Celnej, utrzymując w mocy postanowienie organu I instancji, wskazał, że w przedmiotowej sprawie strona nie mogła stawiać zarzutów wobec prawomocnej decyzji wymiarowej, w przypadku podatku od towarów i usług z tytułu importu obowiązek podatkowy powstaje z mocy prawa w dacie powstania długu celnego, a w sprawie nie można zastosować art. 54 § 1 pkt 6 O.p., bowiem postępowanie kontrolne wszczęte zostało przez organ kontroli skarbowej, a zgodnie z art. 31 u.k.s. do takiego postępowania kontrolnego nie ma zastosowania art. 54 O.p.
3. W skardze na powyższe postanowienie strona ponownie zarzuciła naruszenie art. 54 § 1 pkt 7 w zw. z art. 165 § 6 O.p. przez błędne przyjęcie daty wszczęcia postępowania podatkowego i w konsekwencji naliczenie odsetek, mimo iż decyzja nie została podatnikowi doręczona w terminie 3 miesięcy od daty wszczęcia postępowania, jak również naruszenie art. 54 § 1 pkt 6 O.p. przez naliczenie podatnikowi odsetek za okres od dnia wszczęcia kontroli podatkowej do dnia doręczenia decyzji w sprawie, mimo iż postępowanie podatkowe nie zostało wszczęte w terminie 3 miesięcy od dnia zakończenia kontroli.
4. Wojewódzki Sąd Administracyjny, oddalając skargę spółki, uznał, że w przedmiotowej sprawie nie są skuteczne zarzuty wobec prawomocnej decyzji wymiarowej, ponadto postanowienie wydane w trybie art. 55 O.p. stanowi potwierdzenie wynikających z przepisów prawa uprawnień organów podatkowych do zadysponowania dokonaną wpłatą i jest wyrazem czynności rozrachunkowych, nie odnosi się zaś do zasadności wymiaru zobowiązania.
Sąd I instancji podzielił pogląd NSA wyrażony w wyroku z 20 marca 2007 r., sygn. akt I FSK 608/06, że zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów powstaje z mocy prawa z dniem nastąpienia okoliczności, z którymi przepisy u.p.t.u. z 1993 r. łączyły powstanie tego zobowiązania, czyli z chwilą powstania długu celnego. Podatnicy obowiązani są do obliczenia i wykazania w zgłoszeniu celnym kwoty podatku z uwzględnieniem obowiązujących stawek. Różnica między kwotą wynikającą z decyzji naczelnika urzędu celnego a podatkiem pobranym przez ten organ stanowi zaległość podatkową z tytułu powstałego z mocy prawa zobowiązania podatkowego, którego termin płatności w prawidłowej wysokości upływa z terminem płatności cła. Tym samym termin ten nie jest terminem płatności podatku, o którym mowa w art. 47 § 1 O.p., gdyż termin płatności podatku w takim przypadku minął stosownie do art. 47 § 3 O.p. z upływem ostatniego dnia, w którym zgodnie z przepisami prawa podatkowego wpłata podatku obliczonego przez podatnika powinna nastąpić.
Zdaniem WSA w niniejszej sprawie nie ma zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 w zw. z art. 165 § 6 O.p., który został dodany do O.p. w celu wprowadzenia jednolitych zasad postępowania w sprawach celnych i podatkowych, jeżeli organ celny stwierdzi, że w zgłoszeniu celnym podane zostały nieprawidłowe lub nieprawdziwe dane (uzasadnienie projektu nowelizacji, Druk sejmowy nr 2556 z 23 lutego 2004 r., www.sejm.gov.pl). Tylko zatem w przypadku zakwestionowania zgłoszenia celnego w sytuacji określonej w art. 23 ust. 2 ustawy z 19 marca 2004 r. Prawo celne (Dz. U. nr 68, poz. 622 ze zm.) również z mocy prawa wszczyna się z urzędu postępowanie podatkowe w zakresie podatku od towarów i usług z tytułu importu. W przedmiotowej sprawie zgłoszenie celne nie zostało zakwestionowane w trybie określonym w art. 23 ust. 2 Prawa celnego z uwagi na upływ okresu przedawnienia, zatem nie znajduje zastosowania norma art. 165 § 6 O.p. Zasadnie zatem organ wszczął z urzędu postępowanie w formie postanowienia, o którym mowa w art. 165 § 2 O.p. ze skutkiem od dnia jego doręczenia. Wprowadzenie art. 165 § 6 O.p. od 1 maja 2004 r. bez przepisów intertemporalnych oznacza, że zasadniczo zakłada się bezpośrednie stosowanie nowego prawa (tempus regit actum). Nie do pogodzenia zaś z zasadą niedziałania prawa wstecz jest przyjęcie, że wprowadzenie od 1 maja 2004 r. art.165 § 6 O.p. powoduje retrospektywne wszczęcie postępowań podatkowych w zakresie podatku od towarów i usług z mocy prawa w stosunku do zgłoszeń celnych złożonych przed tą datą z konsekwencjami określonymi w art. 54 § 1 pkt 7 O.p.
Zdaniem Sądu I instancji nieuzasadniony był też zarzut naruszenia przez organy podatkowe art. 54 § 1 pkt 6 O.p., skoro zgodnie z art. 31 ust. 1 u.k.s. wyłączał on w zakresie postępowania kontrolnego zastosowanie art. 54 O.p. Wobec zaś braku bardziej szczegółowych regulacji w tym zakresie przyjąć należy, że wszczęcie postępowania kontrolnego przez organ kontroli skarbowej nie stanowi wszczęcia kontroli podatkowej, o której mowa w art. 54 § 1 pkt 6 O.p. Bez znaczenia pozostaje przy tym, że organ kontroli skarbowej zakończył kontrolę wynikiem kontroli, a następnie organ podatkowy wszczął postępowanie podatkowe i wydał decyzję wymiarową. Art. 53 § 1 O.p. stanowi o obowiązku zapłaty odsetek za zwłokę powstającym z mocy prawa i wynikającym z samego faktu wystąpienia zaległości podatkowej, a art. 54 określa wyjątki od tej zasady, więc nie mogą być one interpretowane rozszerzająco.
5. W skardze kasacyjnej od powyższego wyroku strona wniosła o jego uchylenie w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania oraz zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego, w tym zwrotu kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych, a w przypadku wydania przez NSA orzeczenia merytorycznego na podstawie art. 188 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm., dalej P.p.s.a.) zasądzenie kosztów postępowania, w tym zwrotu kosztów zastępstwa procesowego za obie instancje według norm przepisanych.
Zaskarżonemu wyrokowi zarzucono naruszenie:
1) przepisów postępowania mających wpływ na wynik sprawy, a w szczególności art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. Nr 153, poz. 1269 ze zm., dalej P.u.s.a.) oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w ten sposób, iż WSA pomimo obowiązku zbadania legalności przeprowadzonego przez organy celne postępowania nie zakwestionował odmowy zastosowania w niniejszej sprawie art. 165 § 6 O.p. i mylnego w konsekwencji przyjęcia daty wszczęcia postępowania na podstawie art. 165 § 2 O.p., pomimo iż decyzja wymiarowa została wydana w przypadku, o którym mowa w art. 23 ust. 2 Prawa celnego;
2) przepisów postępowania mających wpływ na wynik sprawy, a w szczególności art. 1 § 1 i § 2 P.u.s.a. oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w ten sposób, iż WSA nie zakwestionował naruszenia przez organy celne art. 39 ustawy z 19 marca 2004 r. Przepisy wprowadzające ustawę - Prawo celne (Dz. U. nr 68, poz. 623 ze zm.) przez odmowę zastosowania w niniejszej sprawie wprowadzonego tą ustawą art. 165 § 6 O.p. i w konsekwencji mylne ustalenie momentu wszczęcia postępowania na podstawie art. 165 § 2 O.p. zamiast na podstawie jej art. 165 § 6;
3) prawa materialnego przez odmowę zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 O.p., mimo iż decyzja nie została podatnikowi doręczona w terminie 3 miesięcy od daty wszczęcia postępowania;
4) przepisów postępowania mających wpływ na wynik sprawy, a w szczególności art. 1 § 1 i § 2 p.u.s.a. oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w ten sposób, iż WSA nie zakwestionował naruszenia przez te organy art. 31 ust. 1 i 2 u.k.s. i wbrew literalnemu brzmieniu tego przepisu ustalił, iż postępowanie kontrolne prowadzone w niniejszej sprawie przez Urząd Kontroli Skarbowej nie było kontrolą podatkową w rozumieniu art. 54 § 1 pkt 6 O.p.;
5) prawa materialnego przez odmowę zastosowania art. 54 § 1 pkt 6 O.p. i uznanie istnienia obowiązku skarżącej do zapłaty odsetek od zaległości podatkowej za okres od dnia wszczęcia kontroli podatkowej do dnia doręczenia decyzji w sprawie, mimo iż postępowanie podatkowe nie zostało wszczęte w terminie 3 miesięcy od dnia zakończenia kontroli.
W uzasadnieniu pkt 1 skarżąca podniosła, iż w okolicznościach niniejszej sprawy mamy do czynienia z sytuacją określoną w art. 165 § 6 O.p., bowiem organ celny stwierdził, że w zgłoszeniu celnym zadeklarowano nieprawidłowe dane i w związku z tym określił prawidłową wartość celną towaru oraz wysokość podatku VAT w decyzji wydawanej na podstawie art. 32 ust. 2 u.p.t.u. w sytuacji, o której mowa w art. 23 ust. 2 Prawa celnego. WSA zajął natomiast stanowisko, iż art. 165 § 6 Ordynacji podatkowej będzie miał zastosowanie wyłącznie w przypadku, kiedy decyzja wymiarowa będzie poprzedzona decyzją w sprawie określenia kwoty wynikającej z długu celnego. Zwlekanie przez organ w celu uzyskania wysokich odsetek z wszczęciem postępowania byłoby sprzeczne z intencją ustawodawcy, zmierzającą do zmotywowania organów do szybkiego i sprawnego działania i nieprzerzucania na podatników konsekwencji ich ewentualnej opieszałości. Gdyby podzielić pogląd, że upływ terminu przedawnienia powoduje brak możliwości zastosowania art. 165 § 6 O.p., to doszłoby do zupełnie nielogicznej sytuacji, w której od decyzji wydanych wcześniej nie byłyby naliczane odsetki, a od wydanych później tak.
W kwestii zarzutu 2 skargi kasacyjnej jej autor podniósł, że przy wydawaniu rozstrzygnięć stosuje się przepisy regulujące procedurę postępowania obowiązujące w dniu orzekania, chyba że ustawodawca wskaże obowiązek zastosowania innych przepisów. Dla niniejszej sprawy oznacza to, iż powinna być ona rozpatrywana w zakresie procedury na tle obecnie obowiązujących przepisów - art. 23 Prawa celnego, art. 33-40 u.p.t.u. oraz przepisów Ordynacji podatkowej w obecnie obowiązującym brzmieniu. WSA, mimo iż zgodził się z tym poglądem, to w niniejszej sprawie uznał, że stosowanie nowego prawa procesowego nie znajduje zastosowania do stosunków prawnych (czynności) dokonanych przed dniem wejścia w życie ustawy zmieniającej. Skoro zatem nowe prawo stosuje się nawet do spraw już toczących się, to z natury rzeczy te sprawy dotyczą stosunków prawnych (czynności) dokonanych przed wejściem w życie nowego prawa. W świetle powyższych wywodów (ad. 1 i ad. 2) za datę wszczęcia postępowania podatkowego w niniejszej sprawie należało zdaniem strony przyjąć datę przyjęcia zgłoszenia celnego. W tej sytuacji odnośnie pkt 3 skargi kasacyjnej skarżąca wskazała, że skoro decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od wszczęcia postępowania, to w związku z tym utrzymanie przez WSA postanowienia naliczającego odsetki w mocy było naruszeniem art. 54 § 1 pkt 7 O.p.
Argumentując w kwestii zarzutu z pkt 4 skargi kasacyjnej, spółka podniosła, że do obliczenia ewentualnych odsetek w niniejszej sprawie powinien mieć zastosowanie art. 54 § 1 pkt 6 O.p., bowiem wszczęcie kontroli Urzędu Kontroli Skarbowej jest równoznaczne z kontrolą podatkową. Do końca 2002 r. istniały formalnie odrębne procedury postępowania podatkowego i kontroli podatkowej z jednej, a kontroli skarbowej z drugiej strony, od 1 stycznia 2003 r. funkcjonuje zaś jednolity model postępowania kontrolnego. Przepisy Ordynacji podatkowej regulujące postępowanie podatkowe lub kontrolę podatkową co do zasady mają zastosowanie także do kontroli skarbowej. Zawsze zatem, gdy Ordynacja podatkowa określa prawa lub obowiązki związane z postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową i z nich wynikające, rozciągają się one także na sytuację prawną uczestników kontroli skarbowej. Art. 31 ust. 1 u.k.s. wyłącza stosowanie art. 54 O.p. w postępowaniu kontrolnym prowadzonym przez Urząd Kontroli Skarbowej, co jednak nie oznacza, iż wyłącza jego stosowanie do postępowania podatkowego prowadzonego przez inny organ niż Urząd Kontroli Skarbowej. Do postępowania prowadzonego przez inny organ przepisy Ordynacji podatkowej będą miały zastosowanie w całości, łącznie z jej art. 54 § 1 pkt 6. Z tych względów spółka nie zgodziła się ze stanowiskiem WSA, iż wszczęcie postępowania kontrolnego przez organ kontroli skarbowej nie stanowi wszczęcia kontroli podatkowej, o której mowa w art. 54 § 1 pkt 6 O.p.
Dalej autor skargi kasacyjnej wskazał w kontekście zarzutu z pkt 5, że skoro wszczęcie postępowania nastąpiło po upływie 3 miesięcy od wszczęcia postępowania kontrolnego, to przyjęcie przez WSA istnienia po stronie skarżącej obowiązku zapłaty odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia kontroli nastąpiło z naruszeniem art. 54 § 1 pkt 6 O.p. Gdyby nawet uznać, że odsetki co do zasady powinny być naliczone, to powinny one zostać naliczone z uwzględnieniem ograniczeń wynikających z tego przepisu. W ocenie spółki obciążenie jej odsetkami w niniejszej sprawie stanowi jaskrawy przykład naruszenia konstytucyjnej zasady demokratycznego państwa prawnego i wynikających z niej zasad sprawiedliwości i ochrony własności. Wątpliwości, jakie mogły się w niniejszej sprawie pojawić, WSA rozstrzygał na niekorzyść skarżącej wbrew przyjętej w orzecznictwie zasadzie lex benignior, iż w przypadku wątpliwości, jakie przepisy należy w sprawie zastosować, należy zastosować przepisy korzystniejsze dla podatnika (Uchwała Składu Siedmiu Sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 30 czerwca 2003 r., sygn. akt FPS 3/2003, ONSA 2003/4, poz. 119).
6. W odpowiedzi na skargę kasacyjną Dyrektor Izby Celnej odparł zawarte w niej zarzuty, wniósł o jej oddalenie i zasądzenie kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
7. Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie, a to z powodu uwzględnienia zarzutu wyartykułowanego w punkcie czwartym petitum skargi kasacyjnej. Autor wniesionego środka zaskarżenia sformułował zarzut naruszenia przez WSA przepisów postępowania mających wpływ na wynik sprawy, a w szczególności art. 1 § 1 i § 2 P.u.s.a. oraz art. 145 § 1 ust. 1 lit. c P.p.s.a. upatrując się naruszenia tych przepisów w ten sposób, że Sąd I instancji pomimo obowiązku zbadania legalności przeprowadzonego przez organy postępowania nie zakwestionował naruszenia przez organy art. 31 ust. 1 i 2 u.k.s. i wbrew literalnemu brzmieniu tego przepisu ustalił, że postępowanie kontrolne prowadzone w sprawie przez urząd kontroli skarbowej nie było kontrolą podatkową w rozumieniu art. 54 § 1 pkt 6 O.p. W uzasadnieniu odwołał się do charakteru zmian przepisu art. 31 ust. 1 i 2 u.k.s. wywodząc, że kontrola prowadzona w spółce była w myśl tego przepisu kontrolą podatkową w rozumieniu ustawy Ordynacja podatkowa. Ten tok rozumowania doprowadził autora skargi kasacyjnej do wniosku, że przepis art. 54 § 1 pkt 6 O.p. powinien mieć w sprawie zastosowanie. Tak więc zarzut ten sprowadzał się w istocie do zakwestionowania wykładni przez WSA przepisu art. 31 ust. 2 u.k.s., co doprowadziło ten Sąd do wadliwego rozumienia pojęcia "kontroli podatkowej" użytego w art. 54 § 1 pkt 6 O.p. I z tym zarzutem należy się zgodzić.
Niezbędnym jest w tym miejscu wskazanie, że wszczęcie kontroli przez urząd kontroli skarbowej nastąpiło w niniejszej sprawie 19 maja 2004 r., a zakończono ją wynikiem kontroli 12 lipca 2004 r. Postanowienie o wszczęciu postępowania zostało wydane przez Naczelnika Urzędu Celnego w dniu 2 kwietnia 2007 r. Zakończono je wydaniem decyzji przez ten organ w dniu 28 czerwca 2007 r., w której określono prawidłową wartość celną towaru jak i podatek od towarów i usług z tytułu dokonanej czynności importu. Nie podano natomiast dat doręczenia tych aktów, o czym będzie mowa niżej.
Zauważyć zatem należy, że zmiana art. 31 ust. 2 u.k.s. wprowadzona z dniem 21 sierpnia 2004 r. przepisem art. 10 ustawy 2 lipca 2004 r. Przepisy wprowadzające ustawę o swobodzie działalności gospodarczej (Dz. U. Nr 173, poz. 1808) powodowała, że użyte w ustawie określenia oznaczały od tej daty:
1) organ kontroli skarbowej – organ podatkowy;
2) inspektor kontroli skarbowej albo osoba dokonująca czynności kontrolnych – kontrolującego;
3) postępowanie kontrolne – postępowanie podatkowe, o którym mowa w dziale IV ustawy Ordynacja podatkowa;
4) kontrola podatkowa – kontrolę, o której mowa w dziale VI ustawy Ordynacja podatkowa.
Biorąc także pod uwagę art. 13 ust. 1 i ust. 3 u.k.s. w brzmieniu nadanym przez ww. zmianę od dnia 21 sierpnia 2004 r. tj., że wszczęcie postępowania kontrolnego następuje wyłącznie z urzędu w formie postanowienia (ust. 1), a organ kontroli skarbowej może w ramach prowadzonego postępowania kontrolnego przeprowadzić kontrolę podatkową (ust. 3), należy dojść do wniosku, że od daty wprowadzenia zmiany postępowanie kontrolne prowadzone przez organy kontroli skarbowej zostało zrównane z postępowaniem podatkowym prowadzonym na podstawie przepisów działu IV Ordynacji podatkowej zatytułowanego "Postępowanie podatkowe". W trakcie tego postępowania przepis art. 13 ust. 3 u.k.s. dopuszczał przeprowadzenie kontroli na podstawie przepisów działu VI Ordynacji podatkowej opatrzonego tytułem "Kontrola podatkowa".
Jednakże w niniejszej sprawie kontrola prowadzona była, kiedy to omawiany art. 31 ust. 2 w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2003 r. do 21 sierpnia 2004 r. tj. w/w zmiany, postanawiał, że użyte w ustawie o kontroli skarbowej określenia: 1) organ kontroli skarbowej, 2) inspektor kontroli skarbowej, albo osoba dokonująca czynności kontrolnych, 3) postępowanie kontrolne prowadzone przez organ kontroli skarbowej – oznaczają odpowiednio: organ podatkowy, kontrolującego, postępowanie podatkowe, kontrolę podatkową w rozumieniu ustawy Ordynacja podatkowa. Z regulacji tej wynika, że w tym stanie prawnym, organy kontroli skarbowej prowadziły postępowanie kontrolne, a do tego postępowania stosowały przepisy o postępowaniu podatkowym jak i przepisy o kontroli podatkowej. Wobec tego zasadnym jest stwierdzenie, że kontrola ta była zarazem kontrolą podatkową. W myśl przepisu art. 24 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu sprzed daty 21 sierpnia 2004 r. , po doręczeniu zawiadomienia, o którym mowa w art. 291 § 4 pkt 1, lub po upływie terminu, o którym mowa w art. 291 § 4 pkt 2 O.p., organ kontroli skarbowej uprawniony był do wydania decyzji w rozumieniu ustawy Ordynacja podatkowa, gdy ustalenia dotyczyły m.in. podatków, których określanie lub ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych oraz podatku akcyzowego (pkt 1 lit. a), jak też wyniku kontroli, gdy ustalenia dotyczyły należności celnych (pkt 2 lit. b). Taki też wynik kontroli został w niniejszej sprawie wydany.
Do Sądu I instancji zostało zaskarżone postanowienie Dyrektora Izby Celnej utrzymujące w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Celnego o zaliczeniu proporcjonalnym wpłaconej przez skarżącą kwoty pieniężnej na poczet zaległości podatkowej w podatku od towarów i usług z tytułu importu wydane na podstawie art. 62 § 1 oraz § 4 O.p.. Ocenie co do zgodności z prawem, do której zobowiązany był Sąd I instancji, poddane było rozstrzygnięcie organów podatkowych w przedmiocie zaliczenia dokonanej wpłaty na zaległość podatkową. Wydając je organ winien, zgodnie z art. 62 § 4 zd. 1 O.p., stosować przepis art. 55 § 2 tej ustawy, a więc proporcjonalne zaliczenie wpłaty na zaległość podatkową oraz odsetki za zwłokę. Zatem obowiązkiem organu organ było ustalenie także wielkości tych odsetek z zastosowaniem wszystkich przepisów normujących tę materię, z przepisem art. 54 O.p. włącznie. W punkcie 6 tegoż artykułu 54 § 1 zawarto wyłączenie od obowiązku naliczania odsetek za zwłokę w przypadku, gdy w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej, postępowanie podatkowe nie zostało wszczęte w terminie 3 miesięcy od dnia zakończenia kontroli. Wyłączeniu podlegał okres od dnia wszczęcia kontroli podatkowej do dnia doręczenia decyzji w sprawie będącej przedmiotem kontroli.
Wobec powyższego, skoro w niniejszej sprawie prowadzone było przez organ kontroli skarbowej postępowanie kontrolne, będące zarazem kontrolą podatkową w rozumieniu przepisów Ordynacji podatkowej, w zakresie nieprawidłowości dotyczących wartości celnej towaru oraz podatku od towarów i usług i zostało ono zakończone 12 lipca 2004 r., zaś postępowanie Naczelnika Urzędu Celnego zostało wszczęte 2 kwietnia 2007 r., to zachodziła przesłanka z art. 54 § 1 pkt 6 O.p. do wyłączenia stosownego okresu, określonego w tym przepisie, przy naliczaniu odsetek za zwłokę. Przepis art. 31 ust. 1 u.k.s., na który powołał się WSA wyrażając pogląd o nie stosowaniu przepisu art. 54 O.p., odnosi się do postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej. Ten to właśnie organ prowadząc postępowanie kontrolne stosuje odpowiednio przepisy ustawy Ordynacja podatkowa, z wyłączeniem właśnie art. 54 jak i 290 § 3 tej ustawy. Wobec tego wyłączenie to nie dotyczy organu podatkowego wydającego postanowienie o zaliczeniu dokonanej przez podatnika wpłaty.
Zasadnym jest także wskazanie art. 27 ust. 2a u.k.s. (w brzmieniu obowiązującym do dnia 21 sierpnia 2004 r.), że wydany przez organ kontroli skarbowej wynik kontroli był doręczany także właściwemu dla kontrolowanego organowi celnemu, tak jak i innym właściwym organom, aby umożliwić im podjęcie przewidzianych prawem postępowań. Uchylenia zaskarżonego skargą kasacyjną wyroku i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania nastąpiło z powodu uwzględnienia ww. zarzutu. Ponieważ akta administracyjne sprawy zawierają postanowienia organów i wniesione od nich środki odwoławcze koniecznym będzie w ponownym postępowaniu dokonanie przez WSA ustaleń dotyczących okresów i dat mających znaczenie dla sprawy, zwłaszcza dat doręczeń m.in. postanowień o wszczęciu postępowania kontrolnego jak i podatkowego, wyniku kontroli, decyzji wymiarowej, jak i przedmiotu postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej.
8. Naczelny Sąd Administracyjny natomiast nie podziela poglądu autora skargi kasacyjnej i zarzutów w tym zakresie sformułowanych, że zastosowanie miał także przepis art. 54 § 1 pkt 7 O.p. Przepis ten określa przypadek nienaliczania odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu I instancji, ale tylko w sytuacji, gdy decyzja ta nie została doręczona w terminie trzech miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Słusznie zauważa Sąd I instancji, że nie może jednocześnie mieć zastosowania zarówno pkt 6, jak i pkt 7 paragrafu 1 art. 54 O.p. Skoro w sprawie wyłączeniu z naliczania odsetek, co stwierdzono wyżej, podlegał okres od dnia wszczęcia kontroli do dnia doręczenia decyzji w sprawie będącej przedmiotem kontroli (pkt 6), to bezcelowe byłoby stwierdzanie, że zarazem chodzi o przedział czasowy od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia wydania tej decyzji.
9. Także i zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia przez WSA przepisu art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. poprzez niezakwestionowanie odmowy zastosowania w sprawie art. 165 § 6 O.p. nie znajdują podstaw prawnych i w kwestii daty wszczęcia postępowania podatkowego należy zgodzić się z Sądem I instancji, czemu Naczelny Sąd Administracyjny dał wyraz w wyżej przedstawionych wywodach dotyczących art. 54 O.p. Otóż ma rację WSA stwierdzając, że w myśl art. 165 § 6 O.p. organ celny nie wydaje postanowienia o wszczęciu postępowania w przedmiocie podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego w przypadku o którym mowa w art. 23 ust. 2 Prawa celnego, a więc w sytuacji, gdy organ ten dochodzi do wniosku, że w zgłoszeniu tym zadeklarowano nieprawidłowe dane mogące mieć wpływ na wysokość długu celnego lub zastosowaną procedurę. W niniejszej sprawie taka sytuacja nie wystąpiła. Wobec czego Naczelnik Urzędu Celnego, jako organ podatkowy, był zobowiązany i uprawniony wszcząć postępowanie tylko podatkowe, w przedmiocie podatku od towarów i usług, w trakcie którego, zgodnie z art. 38 ust. 2 u.p.t.u., mógł określić elementy kalkulacyjne według zasad określonych w przepisach celnych na potrzeby prawidłowego określenia tego podatku, a to z powodu przedawnienia długu celnego. Inaczej rzecz określając organ celny wydał decyzję nie w wyniku zakwestionowania deklaracji celnej (art. 23 ust. 2 Prawa celnego), co spowodowało określenie długu celnego, jak i podatku od towarów i usług, lecz decyzja została wydana po przeprowadzeniu postępowania w przedmiocie tego podatku z możliwością przewidzianą przez art. 38 ust. 2 u.p.t.u. określenia elementów kalkulacyjnych z zakresu prawa celnego.
10. W związku z powyższym Naczelny Sąd Administracyjny, działając na podstawie przepisu art. 185 § 1 P.p.s.a., orzekł jak w sentencji. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 203 pkt 1 tej ustawy.
Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 15.07.2026. · Źródło