I FSK 1403/23

WyrokNaczelny Sąd Administracyjny2024-04-16

Skład orzekający: Janusz Zubrzycki, Danuta Oleś, Włodzimierz Gurba

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy Wojewódzki Sąd Administracyjny prawidłowo oddalił skargę podatnika na decyzję organu celno-skarbowego odmawiającą prawa do odliczenia podatku VAT, w sytuacji gdy organ ten nie dopuścił dowodu z opinii biegłego na okoliczności wymagające wiadomości specjalnych, a podatnik przedłożył dokument prywatny sporządzony przez osobę posiadającą takie wiadomości?
Ratio decidendi
Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że Wojewódzki Sąd Administracyjny naruszył przepisy postępowania, w tym art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a. w związku z art. 121, art. 122, art. 187 i art. 188 O.p., poprzez nieuwzględnienie skargi podatnika mimo braku przeprowadzenia dowodu z opinii biegłego w sytuacji, gdy podatnik przedłożył dokument prywatny zawierający wiadomości specjalistyczne z zakresu informatyki, które mogły mieć istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Sąd pierwszej instancji nie odniósł się merytorycznie do wniosków zawartych w tym dokumencie i nie zapewnił stronie możliwości zweryfikowania tych informacji poprzez dopuszczenie dowodu z opinii biegłego. Ponadto, NSA uznał za zasadny zarzut pominięcia przez organ podatkowy odpowiedzi z administracji podatkowej dotyczącej transakcji z kluczowym podmiotem.
Stan faktyczny
Sprawa dotyczyła odmowy prawa do odliczenia podatku VAT przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w T. w związku z fakturami wystawionymi przez M. S.A. za moduły oprogramowania. Organ uznał, że transakcje te nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, a spółka skarżąca miała świadomość nierzetelności. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy oddalił skargę spółki. Spółka wniosła skargę kasacyjną, zarzucając m.in. naruszenie przepisów postępowania poprzez nieuwzględnienie dowodu z opinii biegłego z zakresu informatyki oraz pominięcie istotnych dowodów.
Rozstrzygnięcie
Naczelny Sąd Administracyjny uchylił zaskarżony wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy w całości, uchylił decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w T. z dnia 31 października 2022 r. oraz poprzedzającą ją decyzję z 1 sierpnia 2022 r., a także zasądził od Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w T. na rzecz D. sp. z o.o. kwotę 193.867 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania za obie instancje.

Pełny tekst orzeczenia

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Janusz Zubrzycki (sprawozdawca), Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia WSA del. Włodzimierz Gurba, Protokolant Katarzyna Wojnarska, po rozpoznaniu w dniu 16 kwietnia 2024 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej D. sp. z o.o. z siedzibą w T. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I SA/Bd 16/23 w sprawie ze skargi D. sp. z o.o. z siedzibą w T. na decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w T. z dnia 31 października 2022 r., nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za styczeń, marzec, kwiecień, maj, lipiec i grudzień 2017 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) uchyla decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w T. z dnia 31 października 2022 r., nr [...] oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w T. z 1 sierpnia 2022 r. nr [...], 3) zasądza od Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w T. na rzecz D. sp. z o.o. z siedzibą w T. kwotę 193.867 (słownie: sto dziewięćdziesiąt trzy tysiące osiemset sześćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania za obie instancje. 1. Wyrok Sądu pierwszej instancji. 1.1. Zaskarżonym wyrokiem z 27 marca 2023 r. (sygn. akt I SA/Bd 16/23), Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy (dalej: WSA, Sąd pierwszej instancji) oddalił skargę D. sp. z o.o. z siedzibą w T. (dalej: spółka, skarżąca) na decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno – Skarbowego (dalej: Naczelnik UC-S) w T. z 31 października 2022 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za styczeń, marzec, kwiecień, maj, lipiec i grudzień 2017 r. (opisany wyrok i powołane w uzasadnieniu orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są w internetowej bazie orzeczeń CBOSA). 1.2. W uzasadnieniu wyroku Sąd podał, że zaskarżoną decyzją z 31 października 2022 r. Naczelnik [...] UC-S w T. utrzymał w mocy swoją własną decyzję z 1 sierpnia 2021 r. w której dokonał stronie rozliczenia podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące: styczeń 2017 r., marzec 2017 r., kwiecień 2017 r., maj 2017 r., lipiec 2017 r. i grudzień 2017 r. a także ustalił wysokość dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za styczeń 2017 r., marzec 2017 r., lipiec 2017 r. i grudzień 2017 r. Przeprowadzone przez organ pierwszej instancji postępowanie wykazało, że skarżąca spółka w okresie objętym prowadzonym postępowaniem: zawyżyła wysokość zwrotu podatku od towarów i usług za marzec, kwiecień, lipiec i grudzień 2017 r. łącznie o 3.420.784,00 zł oraz zaniżyła wysokość zobowiązania podatkowego za styczeń, maj i grudzień 2017 r. łącznie o 2.067.706,00 zł. Powyższe było wynikiem uwzględnienia w rozliczeniach VAT podatku naliczonego w kwocie 5.488.490,00 zł wynikającego z 4 nierzetelnych faktur wystawionych przez M. S.A., w których wykazano usługę wykonania modułów oprogramowania. Łączna kwota faktur wystawionych przez ww. podmiot i ujętych przez stronę w ewidencji oraz złożonych deklaracjach dla podatku od towarów i usług VAT-7 wyniosła: netto 23.863.000,00 zł, podatek VAT 5.488.490,00 zł, brutto 29.351.490,00 zł. Na podstawie oceny całego zebranego materiału dowodowego organ podatkowy uznał, że to nie M. S.A. wykonała na rzecz spółki moduły programistyczne, podobnie jak pozostałe podmioty wyłącznie fakturujące dostawy tych modułów, tj. M. S.A., M. sp. z o.o. i T. W konsekwencji, organ zastosował art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2016 r. poz. 710 ze zm., dalej: u.p.t.u.). 1.3. Sąd pierwszej instancji oceniając zaskarżoną decyzję z punktu widzenia jej zgodności z prawem stwierdził, że decyzja ta nie narusza prawa. Sąd pierwszej instancji w pełni zaaprobował twierdzenie organów obu instancji, że transakcje uwzględnione przez podatnika w ramach rozliczenia podatku od towarów i usług za miesiące: styczeń, marzec, kwiecień, maj, lipiec i grudzień 2017 r. nie dokumentują rzeczywistych transakcji gospodarczych, a strona miała świadomość w tym zakresie, wobec czego faktury te nie mogą stanowić podstawy do odliczenia zawartego w nich podatku naliczonego. W kontrolowanej sprawie organy wykazały, że wystawcy faktur nie dokonali dostawy towarów i usług w nich wykazanych. Dokonując swobodnej, a nie dowolnej oceny materiału dowodowego (art. 191 O.p.) organy wyjaśniły, że o powyższym świadczą w szczególności następujące okoliczności: - niewiarygodność twierdzeń skarżącej dotyczących czynności wykonywanych przez poszczególne podmioty przy wytwarzaniu i przekazywania modułów, wytwarzaniu dokumentacji HLD i wykonywaniu usług wsparcia, powoływanych zasad rozliczeń finansowych, w tym okoliczności takie jak m.in.: - kwestia modyfikowania modułów z oprogramowania M. i wykonywania dwóch ostatnich modułów z projektu 2.1, - udziału w tych czynnościach T., - zaliczki zażądanej przez T. i tezy o promocyjnej cenie projektu 2.1 i rynkowej cenie projektu 3.2.1, - brak kontaktu przez przedstawicieli C. S.A. z M.S.A. i T.; brak wiedzy przez nich o modyfikowaniu/wykonywaniu modułów przez T. z kodów M., przy jednoczesnym utrzymywaniu przez nich kontaktu ze skarżącą, pomimo wykonywania przez C. S.A. dokumentacji HLD i usług wsparcia, czyli weryfikowaniu kodów źródłowych w projekcie, weryfikacji funkcjonalności poszczególnych modułów z HLD, weryfikacji poprawności działania poszczególnych modułów - na początku skarżąca utrzymywała, że jej przedstawiciele nie kontaktowali się z C. S.A. w sprawie dokumentacji HLD, natomiast już na etapie postępowania odwoławczego, zmieniła narrację twierdząc, że takie kontakty były naturalne; - sprzeczności w twierdzeniach skarżącej w zakresie zażądania od M. S.A. informacji o podwykonawcach, przy nieposiadaniu dokumentacji dotyczącej transakcji z podwykonawcami pomimo zapisu w § 14 pkt 2 umowy o dofinansowanie (t. 10, k. 3594-3603); - brak doświadczenia przedstawicieli M. (M. P., M. D.) w realizacji projektów z zakresu cyberbezpieczeństwa, jak również brak posiadania jakiegokolwiek potencjału przez spółkę w tym zakresie, przy czym potencjał według deklaracji skarżącej miał być sprawdzany. Reasumując, jeśli jak twierdzi skarżąca odbyły się logowania, przekazywane były w chmurach dane, odbywały się telekonferencje, kontakty między pracownikami spółek, zasadnie organ za niewiarygodne uznał twierdzenie o braku wiedzy strony o zaistniałych zdarzeniach i faktycznym wykonawcy oprogramowania. Taka sytuacja mogłaby ewentualnie dotyczyć podmiotu nieprofesjonalnego, działającego w branży od niedawna, niemającego żadnego doświadczenia, którym skarżąca, posiadająca doświadczenie, renomę, wykwalifikowaną kadrę IT i potencjał techniczny, bezsprzecznie nie jest. Zdaniem Sądu ocena powyższych okoliczności uzasadnia twierdzenie o uznaniu za prawidłowe ustalenia przez organy podatkowe podstawy faktycznej zaskarżonych rozstrzygnięć, z których wynika, że zakwestionowane przez organy faktury VAT nie dokumentowały rzeczywistych transakcji gospodarczych, a skarżąca miała świadomość uczestniczenia w nierzetelnych transakcjach. Okoliczności te Sąd przyjął także jako własną faktyczną podstawę rozstrzygnięcia, w ramach sądowej kontroli zaskarżonej decyzji. Wobec powyższego Sąd uznał, że nie znajdują uzasadnienia podniesione w skardze zarzuty naruszenia prawa materialnego. W tym stanie rzeczy, na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r. poz. 1302; dalej: P.p.s.a.), Sąd skargę oddalił. 2. Skarga kasacyjna. 2.1. Skarżąca spółka wniosła skargę kasacyjną od powyższego wyroku, w której zaskarżyła wyrok Sądu pierwszej instancji w całości. Zaskarżonemu wyrokowi zarzuciła naruszenie: 1. przepisów prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, poprzez błąd wykładni i w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie, tj.: 1) błąd zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u. poprzez jego zastosowanie do transakcji, w których organ celno-skarbowy nawet nie uprawdopodobnił świadomości spółki co do oszukańczego charakteru działalności jej podwykonawcy i skupił się wyłącznie na opisie działalności M. S.A. i M., co skutkowało zastosowaniem odpowiedzialności zbiorowej, 2) błąd zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u. poprzez jego zastosowanie w sytuacji kiedy nie wykazano braku dobrej wiary skarżącej i kiedy wystąpił obrót towarowy/usługowy. Jednocześnie Sąd pierwszej instancji na stronie 17 uzasadnienia wyroku wskazał, że wystąpiły faktyczne dostawy modułów na rzecz M.S.A. tylko, że fakturowanie tych dostaw przez M. miało uwiarygodnić dostawcę. Powyższe wskazuje, że Sąd potwierdził obrót towarowy co przy braku udowodnienia świadomego udziału skarżącej w jakimkolwiek wyłudzeniu podatku wymaga badania dobrej wiary, 3) niewłaściwe zastosowanie art. 86 ust. 1 i 2 pkt 1 lit. a) u.p.t.u. poprzez jego niezastosowanie w sytuacji, kiedy zakupione usługi miały być wykorzystywane do czynności opodatkowanych. Transakcje pomiędzy M. S.A. a skarżącą udokumentowane zostały fakturami zgodnymi podmiotowo i przedmiotowo, a ponadto transakcje te nie zostały uznane za pozorne, 4) art. 167, art. 168 lit. a), art. 178 lit. a), art. 220 pkt 1 i art. 226 Dyrektywy VAT z których to przepisów wynika, że przepisy ustawy o podatku od towarów i usług należy interpretować w ten sposób, że organ podatkowy nie może odmówić prawa do odliczenia podatku bez udowodnienia na podstawie obiektywnych przesłanek, że podatnik wiedział lub powinien wiedzieć, że transakcja mająca stanowić podstawę do odliczenia wiązała się z przestępstwem popełnionym przez dostawcę wystawcy faktury lub inny podmiot działający na wcześniejszym etapie obrotu; taką przesłanką nie jest natomiast znajomość biznesowa prezesa wykonawcy czy też nawiązanie znajomości biznesowej z prezesem w trakcie realizacji umowy, 5) art. 167, art. 168 lit. a), art. 178 lit. a) Dyrektywy VAT z których to przepisów wynika, że organ podatkowy nie może odmówić podatnikowi prawa do odliczenia podatku, jeżeli spełnione zostały wszystkie przesłanki formalne i materialne, tylko dlatego, że podatnik nie upewnił się że dostawca wystawcy faktury za towary dysponował tymi towarami, w jaki sposób go nabył i czy wykazywał podatek do wpłaty czy też rozliczał posiadaną nadwyżkę z innej transakcji, gdy podatnik nie miał przesłanek podejrzewać, że dostawca wystawcy faktury dopuścił się nieprawidłowości lub przestępstwa, 6) art. 112c ust. 1 u.p.t.u. poprzez jego zastosowanie w sytuacji kiedy w przedmiotowej sprawie nie wystąpiły żadne okoliczności uzasadniające zastosowanie tego przepisu. 2. Na podstawie art 174 pkt 2 P.p.s.a. skarżąca zarzuciła naruszenie przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj.: 1) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. w zw. art. 210 § 1 pkt 6 O.p. poprzez nieuwzględnienie skargi pomimo braku należytego uzasadnienia faktycznego zaskarżonej decyzji, z którego wynikałoby jaki stan faktyczny ustalił organ podatkowy, oraz dlaczego pominął dowody, które w swoim całokształcie jednoznacznie wskazywały, iż spółka M. S.A. powierzyła wykonanie modułów oprogramowania spółce T. z W., a następnie otrzymane od tej ostatniej spółki moduły sukcesywnie przekazywała skarżącej w wykonaniu umowy zawartej ze skarżącą, 2) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a. poprzez nieuwzględnienie przez Sąd pierwszej instancji skargi skarżącej spółki w sytuacji gdy decyzja Naczelnika [...] UC-S w T. została wydana z rażącym naruszeniem: a) art. 123 w zw. z art. 190 ust. 2 O.p. poprzez pozbawienie strony czynnego udziału w postępowaniu, w tym poprzez niezapewnienie możliwości udziału w przesłuchaniu M. D. oraz D. O. i celowe oraz świadome przeprowadzenie tych dowodów w sytuacji posiadania wiedzy o niedopuszczeniu strony i jej pełnomocnika do udziału w przesłuchaniach, b) art. 120 i art. 121 O.p. poprzez złamanie zasady praworządności oraz zasady zaufania do organu, w tym poprzez przyjęcie stanowiska nieznajdującego podstawy w przepisach prawa, c) art. 121 w zw. z art. 122 w zw. z art. 187 i art. 191 O.p. poprzez nierozpatrzenie w sposób wyczerpujący całości dowodów i w konsekwencji dokonanie błędu w ustaleniach faktycznych co do okoliczności, że spółka była świadoma, że uczestniczy w transakcjach zmierzających co do oszukańczego wykorzystania systemu VAT oraz nieudowodnieniu posiadania przez spółkę takowej świadomości, d) art. 121 w zw. z art. 122 w zw. z art. 187 i art. 191 O.p. poprzez pozorowanie chęci ustalenia stanu faktycznego, w tym poprzez pomijanie weryfikacji roli, jaką odgrywała spółka w rzekomym wyłudzeniu podatku VAT, a także lekceważenie wagi dokumentu urzędowego w postaci odpowiedzi z administracji podatkowej W.; e) art. 121 w zw. z art. 122 w zw. z art. 187 i art. 188 O.p. poprzez nieprzeprowadzenie licznych dowodów, w tym: • nieprzeprowadzenie dowodu z wydruku logowań do chmury, za pośrednictwem której przekazywane były moduły; • nieprzeprowadzenie dowodu z opinii biegłego sądowego D. G. przedłożonej do akt sprawy; • niezlecenie opinii biegłemu podczas kwestionowania opinii przedłożonej przez stronę; • pominięcie odpowiedzi z administracji podatkowej W. w sytuacji, kiedy podważany jest udział [...] firmy zatrudniającej tysiące informatyków; • nieprzesłuchania w charakterze świadka prezesa spółki T. z siedzibą w W. na okoliczność zawarcia umowy ze spółką M. i jej wykonywania oraz podpisania ze skarżącą umowy dotyczącej ukończenia prac nad projektem, który przestał być realizowany przez M. S.A., podczas gdy ocena materiału dokonana w zgodzie z zasadami logiki i doświadczenia życiowego doprowadzi do wniosku, że sporne moduły zostały przekazane skarżącej przez M. i finalnie wykonane przez T. i tym samym brak byłoby podstawy do odmowy skarżącej prawa do odliczenia podatku VAT ze spornych faktur. 3) art. 133 § 1 zdanie pierwsze w związku z art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez wydanie wyroku z pominięciem kluczowych dla rozstrzygnięcia sprawy faktów i dowodów znajdujących się w aktach sprawy, a także pominięcie dowodów wskazujących, że skarżąca nie miała świadomości o nieprawidłowościach na wcześniejszych etapach transakcji oraz nieprzedstawienie argumentacji wskazującej, że powinna mieć taką wiedzę w okolicznościach przedmiotowej sprawy, a uwzględnienie wszystkich faktów i dowodów doprowadziłoby do wniosków, że sporne moduły zostały dostarczone skarżącej przez M. S.A. i jednocześnie skarżąca nie miała świadomości ani wiedzy o ewentualnych nieprawidłowościach na wcześniejszych etapach obrotu, 4) art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez sporządzenie uzasadnienia wyroku w sposób uniemożliwiający ustalenie jakimi kryteriami kierował się Sąd oddalając skargę. Sąd ograniczył się również do przekopiowania stanowiska Naczelnika UC-S w T. uznając, że przyjmuje je jako własne podczas gdy nie odniósł się zarzutów skarżącej i nie podjął z nimi polemiki. Mając na uwadze powyższe, skarżąca domagała się uchylenia zaskarżonego wyroku w całości i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania, ewentualnie uchylenia zaskarżonego wyroku na podstawie art. 188 P.p.s.a. i rozpoznania skargi oraz zasądzenia kosztów postępowania według norm przepisanych wraz z kosztami zastępstwa procesowego i rozpatrzenia skargi kasacyjnej na rozprawie. 2.2. Naczelnik [...] UC-S w T. w odpowiedzi na skargę kasacyjną skarżącej spółki wniósł o jej oddalenie po przeprowadzeniu rozprawy oraz zasądzenie od skarżącej kasacyjnie na rzecz organu administracji kosztów postępowania kasacyjnego wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm przepisanych. 3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje: skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie. 3.1. Przede wszystkim za zasadny należy uznać zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a. w związku z art. 121, art. 122 oraz art. 187 i art. 188 O.p. w zakresie nieprzeprowadzenia dowodu z opinii biegłego odnośnie okoliczności wymagających wiadomości specjalnych, w sytuacji nieuwzględnienia okoliczności wynikających z dowodu w postaci dokumentu prywatnego sporządzonego przez osobę mającą wiadomości specjalne w zakresie informatyki. 3.2. Spór w niniejszej sprawie dotyczy faktu wykonania (niewykonania) na rzecz skarżącej spółki przez M. S.A. z udziałem podwykonawców 12 modułów programistycznych i dostawy sprzętu informatycznego w zakresie projektu "[...]" oraz 46 modułów programistycznych i dostawy sprzętu informatycznego odnośnie projektu "[...]". Organ podatkowy nie kwestionuje przy tym samego faktu wykonania przedmiotowych projektów (wytworzenia modułów programistycznych), lecz fakt uczestnictwa w opracowaniu tych modułów M. S.A. z udziałem wskazanych podwykonawców. Zdaniem organu ocena zebranego w niniejszej sprawie materiału dowodowego wskazuje, że T., M. i M.- nie były wykonawcami modułów. Wskazują na to przepływy środków finansowych, które według ustaleń organu, nie mają żadnego bezpośredniego związku z przyjęciem przez M. S.A. zobowiązania do realizacji na rzecz skarżącej ww. projektów oraz nie potwierdzają wykonania przez M. S.A. zleconych usług. Ponadto, zarówno M. S.A., jak i M. z o.o. nie wytworzyły na zlecenie M. S.A. żadnych modułów, ponieważ w tym czasie nie dysponowały żadnym potencjałem kadrowym do ich wytworzenia. M. S.A. nie przedłożyła żadnego dokumentu potwierdzającego dysponowanie przez nią kodem źródłowym należącym do M. sp. z o.o. W rezultacie powoływanie się dopiero od października 2017 r. na udział T. miało uwiarygodniać wykonawcę modułów, których dostawy zarówno w projekcie 2.1, jak i 3.2.1, na rzecz M. fakturowała M. S.A. i M. sp. z o.o. Ponadto, koszt modyfikacji, którą miała dokonać T., brak płatności M. S.A. na rzecz T., która nie wystawiła żadnej faktury, czy też analiza roboczogodzin wykazanych przez T. na wykonanie modułów wskazuje zdaniem organów, że firma ta nie wykonywała żadnych modułów, mimo jej oświadczenia, że takie zlecenie realizowała. Tym samym zdaniem organu, M. S.A., która nie dysponowała modułami oprogramowania, nie mogła ich dostarczyć spółce skarżącej, co oznacza, że spółka ta nie nabyła modułów od M. S.A. 3.3. Swoje ustalenia, z których wyciągnięto powyższą konstatację, organ poczynił zatem w oparciu o analizę treści umów ww. podmiotów, dokonywanych między nimi rozliczeń, możliwości kadrowe tych podmiotów, jak również zeznania świadków, zwłaszcza w zakresie wykazywania wzajemnych ich sprzeczności. 3.4. Strona jednak w toku postępowania przed organem pierwszej instancji przedłożyła dowód w postaci opinii rzeczoznawcy w zakresie informatyki D. G., która oczywiście nie ma – w świetle art. 197 O.p. - charakteru opinii biegłego w postępowaniu podatkowym, lecz dokumentu prywatnego. Ten dokument sporządzony jednak został przez osobę mającą niewątpliwie wiadomości specjalne w zakresie informatyki (jak wskazano w opinii: biegłego skarbowego i biegłego sądowego w zakresie: informatyki śledczej, telekomunikacji i analiz ekonomicznych inwestycji, ekspert w zakresie wykrywania cyberprzestępczości), a spór – jak wskazano na wstępie – dotyczy wykazania jakie podmioty uczestniczyły w wykonaniu przedmiotowych modułów programistycznych. Ma on zatem istotne znaczenie w tej sprawie, niewątpliwie wymagającej wiadomości specjalnych w sferze informatyki w zakresie możliwości ustalenia twórców przedmiotowego oprogramowania. 3.5. Jeżeli z opinii tej o charakterze dokumentu prywatnego, jak podnosi strona, wynika że: a) maszyny wirtualne przekazywane do M. miały ustawioną strefę czasową W., lokalizacja H. (strona 7 opinii); b) wskazano wszystkie konta użytkowników danej maszyny wirtualnej (strona 8 opinii); c) maszyny wirtualne przesyłane do M. pochodziły z okresu 30 marca 2016 r. do 28 listopada 2017 r. (strona 10 opinii); d) kod źródłowy 10 badanych modułów programistycznych składa się z 2.229.901 linii kodu, co odpowiada średnio 222.990 godzinom pracy programisty (strona 11 opinii); e) kod modułów wytworzonych przez T. pokrywa się z kodami pierwotnych modułów M. (strony 11 - 14 opinii); f) analiza dokumentacji HLD powstała na bazie rozwiązania M. (strona 19 opinii); g) potwierdzono komunikację i wymianę plików pomiędzy T. z M. oraz pomiędzy M. a skarżącą z wykorzystaniem tych samych adresów IP; h) w transferze danych na linii T. a M. zlokalizowane zostały trzy adresy IP: [...] (pula IP z P.); [...] (pula adresów w W.) oraz [...] przypisany do serwera pośredniczącego (strona 20 opinii); i) w transferze danych pomiędzy M. a skarżącą również zlokalizowano trzy adresy IP: [...] (M. ten sam z którym komunikował się z T.); [...] należący do skarżącej oraz [...] podmiotu pośredniczącego (strona 11 opinii); j) potwierdzono dwuletni transfer plików w obydwu kanałach pliku ok 4 GB w różnych wersjach - od wersji 0 do wersji 57 (strona 20 opinii); k) wymianę informacji zapoczątkował M. w 20 stycznia 2016 r. (strona 20 opinii); I) wymiana plików charakteryzuje się zmianą ich znaczenia poprzez dodanie znacznika diff co może wskazywać różnice w poszczególnych wersjach, które były uzgadniane; m) zdaniem biegłego materiał badany jest w pełni spójny i pozwala w sposób niebudzący wątpliwości potwierdzić, że do daty sporządzenia opinii M. dostarczył do skarżącej 10 poprawnie działających modułów, zrealizowanych w 6 etapach (strona 25 opinii); n) badane moduły są modułami działającymi o wartości rynkowej od 33,5 - 55,7 min złotych (strona 25 opinii) - to powyższe informacje wynikające z tego dokumentu, sporządzonego przez osobę legitymująca się wiedzą specjalistyczną w zakresie informatyki, potwierdzoną przez organy państwowe wpisem m.in. na listę biegłych sądowych, wymagały zweryfikowania tych informacji przez organ podatkowy. 3.6. Tymczasem organ, nie odnosząc się do merytorycznej zawartości tego dokumentu, nie uwzględnił jego treści stwierdzając, że "w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji organ pierwszej instancji odniósł się do zawartych w niej wniosków, wyjaśniając jednocześnie, że przedstawione w decyzji ustalenia wykluczają wykonywanie modułów przez T. i udział w tej realizacji M. S.A., M. S.A. i M. sp. z o.o., stąd opinia nie może stanowić dowodu potwierdzającego modyfikowanie/wykonywanie modułów przez T.". Organ zatem opierając się na swoich dotychczasowych ustaleniach i analizach, dokonanych w oparciu o treści dokumentów zasadniczo w postaci umów, rozliczeń i zeznań świadków (np. M. P.) i niespójności z nich wynikających, nie odniósł się de fecto do informacji mających charakter specjalistyczny, bazujących w oparciu o analizę źródeł o charakterze informatycznym: maszyn wirtualnych przekazywanych do M., wskazania kont użytkowników danej maszyny wirtualnej, kodów źródłowych 10 badanych modułów programistycznych, analizy dokumentacji HLD, komunikacji i wymiany plików pomiędzy T. M. oraz pomiędzy M. a skarżącą, transfery danych na linii T. a M. Co istotne zdaniem sporządzającego tę opinie o charakterze prywatnym rzeczoznawcy, materiał badany jest w pełni spójny i pozwala w sposób niebudzący wątpliwości potwierdzić, że do daty sporządzenia opinii M. dostarczył do skarżącej 10 poprawnie działających modułów, zrealizowanych w 6 etapach (strona 25 opinii). Jak ustalił ww. rzeczoznawca, w systemie było utworzone jedno konto o nazwie cyber, które było wykorzystywane przez spółkę [...] do wykonania zamówienia. W ramach tego konta znajdował się z kolei katalog o nazwie P. T, w którym z kolei znajdowało się 6 podkatalogów o nazwach od [...] do [...]. Te dane odpowiadają zaś ilości etapów, w których zostały przekazane moduły spółce przez spółkę M. . Według opinii biegłego pliki tworzone przez T. przesyłane w maszynach wirtualnych pochodziły z okresu od dnia 30 marca 2016 r. do dnia 28 listopada 2017 r. Ponadto dokument ten wskazuje, że kod źródłowy, który był wykorzystywany przez spółkę T. przy tworzeniu modułów programistycznych w ramach [...] na potrzeby badań, analizy i detekcji zagrożeń cybernetycznych został wytworzony przez spółkę M.: z analizy plików wynika, iż prace takie wykonywali m.in.: M. P. oraz P. R., gdyż ich komentarze jako programistów znalazły się w samym programie (str. 15 opinii). Również one potwierdzają to, że w procesie tworzenia modułów oprogramowania dla potrzeb projektu Rozbudowa centrum badawczo-rozwojowego na potrzeby realizacji badań analizy i detekcji zagrożeń cybernetycznych udział brały trzy podmioty, tj. M., T. i skarżąca. 3.7. W tej sytuacji rację należy przyznać stronie skarżącej, że podważenie treści dokumentu zawierającego wiadomości specjalne, przedstawione przez osobę dysponującą wiedzą specjalistyczną w zakresie informatyki, w oparciu o analizę źródeł o charakterze informatycznym (przedmiotem badań były, m.in.: płyty DVE+R, dysk twardy z maszynami wirtualnymi, logi z serwerów, dokumentacja HLD), wskazującego wnioski całkiem odmienne od tych, które wywiódł organ podatkowy, wymagało dopuszczenia z urzędu dowodu z opinii biegłego na podstawie art. 197 O.p. w celu zweryfikowania powyższych treści i wyciągniętych wniosków. W szczególności, czy rzeczywiście analiza źródeł o charakterze informatycznym, na których oparł się D. G. wskazuje, że moduły finalne przekazane do skarżącej zostały wytworzone w W. przez T., czy kod źródłowy tych modułów zawiera pierwotne rozwiązanie M., czy faktycznie następował transfer i wymiana informacji pomiędzy T. a M. oraz M. i skarżąca. 3.8. Oczywiście o tym, czy wiadomości specjalne są w sprawie wymagane, decyduje organ podatkowy, lecz w sprawach o zawiłym stanie faktycznym, jak w tej sprawie gdzie strona przedstawiła już dowód w postaci dokumentu prezentującego wiadomości specjalne, którą można wyjaśnić wtedy, gdy dysponuje się specjalnymi wiadomościami, organ podatkowy jest obowiązany wykorzystać środek dowodowy w postaci opinii biegłego. Rezygnacji z przeprowadzenia dowodu z opinii biegłego nie może usprawiedliwiać użyte w art. 197 O.p. słowo "może", gdy chodzi o prawną regulację korzystania z opinii biegłego, gdyż regulacja ta pozostawia wprawdzie organowi swobodę w korzystaniu z tego środka dowodowego, jednakże granice tej swobody są wyznaczone przez zasadę prawdy obiektywnej, bo z niej wypływa obowiązek organu podjęcia wszelkich niezbędnych działań mających na celu dokładne wyjaśnienie stanu faktycznego sprawy, na co wskazuje art. 122 O.p. (wyrok NSA w Warszawie z 25.01.2001 r., V SA 1085/00, LEX nr 51255). 3.9. W tej sytuacji, w tym zakresie za trafny należy uznać zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a. w związku z art. 121, art. 122 oraz art. 187 i art. 188 O.p., gdyż organ, nieuwzględniając korzystnych dla strony informacji wynikających z dokumentu autorstwa D. G., bezpodstawnie, za aprobatą Sądu, odmówił stronie przeprowadzenia dowodu z opinii biegłego powołanego przez organ na okoliczności, odnośnie których w przedłożonym dokumencie wypowiedział się rzeczoznawca D. G., które zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, mają charakter nie tylko istotny dla rozstrzygnięcia tej sprawy, ale jednocześnie dla wyjaśnienia których, wymagane są wiadomości specjalne. 3.10. Zasadny jest także zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a. w związku z art. 121, art. 122 oraz art. 187 O.p. w zakresie w jakim podniesiono "pominięcie odpowiedzi z administracji podatkowej W. w sytuacji, kiedy podważany jest udział [...] firmy zatrudniającej tysiące informatyków". W sytuacji bowiem gdy w rozpatrywanej sprawie spornym jest, czy w wytworzeniu modułów programistycznych w ramach realizowanych przez skarżącą spółkę projektów (za pośrednictwem M. S.A.) uczestniczyła [...] spółka T., istotnym jest pozyskanie w tym zakresie informacji do administracji [...], w tym również, jeżeli fakt ten zostałby przez tę administrację potwierdzony (sama spółka T. to potwierdza), przedstawienia przez stronę [...] dokumentów (np. umów, faktur, dowodów zapłaty), czy innych dowodów (np. w zakresie informatycznym), w oparciu o które organy [...] poczyniły takie ustalenie. Niezrozumiałym jest przy tym stanowisko organu, który 9 czerwca 2020 r. zawiesił kontrolę (za 2016 r.) z uwagi na konieczność uzyskania odpowiedzi od administracji [...] dotyczącej transakcji z T. jako dowodu niezbędnego do ustalenia stanu faktycznego, po czym nieuzyskując tej odpowiedzi zmienił zdanie i odpowiedź tą pominął, wydając w niniejszej sprawie decyzję. Stanowisko organu, że najpierw dowód ten uznano za istotny dla wyniku sprawy, po czym uznano go za nieistotny z uwagi na już zebrany materiał dowodowy i wydano decyzję, wskazuje na naruszenie powyższych przepisów z uwagi na nieuzyskanie istotnego dla sprawy dowodu, przy jednoczesnym niewykazaniu, że dowodu tego nie mógł uzyskać. Organ nie przedstawił bowiem żadnych argumentów wskazujących na czynienie starań w celu uzyskania tej odpowiedzi. 3.11. Za niezasadny uznać natomiast należy zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a. w związku z art. 123 w zw. z art. 190 ust. O.p. poprzez pozbawienie strony czynnego udziału w postępowaniu, w tym poprzez niezapewnienie możliwości udziału w przesłuchaniu M. D. oraz D. O. i celowe oraz świadome przeprowadzenie tych dowodów w sytuacji posiadania wiedzy o niedopuszczeniu strony i jej pełnomocnika do udziału w przesłuchaniach. W zakresie tego zarzutu podzielić należy stanowisko Sądu pierwszej instancji. 3.12. Nie ma też podstaw do uwzględnienia zarzutu naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a. w związku z art. 121 w zw. z art. 122 w zw. z art. 187 i art 188 O.p. poprzez nieprzeprowadzenie dowodu z przesłuchania w charakterze świadka prezesa spółki T. z siedzibą w H. na okoliczność zawarcia umowy ze spółką M. i jej wykonywania oraz podpisania ze skarżącą umowy dotyczącej ukończenia prac nad projektem, który przestał być realizowany przez M. S.A. Okoliczności te powinny bowiem zostać po stronie podmiotu [...] zweryfikowane obiektywnie przez tamtejszy organ podatkowy, a uzyskanie wyników takiej weryfikacji powinno być przedmiotem starań rozpoznającego sprawę krajowego organu podatkowego. 3.13. Natomiast odnoszenie się do pozostałych zarzutów procesowych, jak również prawa materialnego uznać należy na tym etapie sprawy za bezprzedmiotowe, gdyż odnoszą się one w przeważającej części do oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego, co w sytuacji konieczności przeprowadzenia dowodów w postaci dopuszczenia dowodu z opinii biegłego na okoliczności wskazane powyżej oraz informacji uzyskanej od podatkowej administracji [...] odnośnie T., wymaga przeprowadzenia całościowej oceny materiału dobowego z uwzględnieniem informacji wynikających z tych dowodów. Dopiero wówczas będzie też można odnosić te ustalenia do stosownych przepisów prawa materialnego w zakresie prawa do odliczenia podatku z zakwestionowanych faktur M. S.A. 3.14. Mając na uwadze powyżej Naczelny Sąd Administracyjny stwierdzając, że Sąd pierwszej instancji uchybił zaskarżonym orzeczeniem powyższym przepisom postępowania, na podstawie art. 188 P.p.s.a.: - uchylił zaskarżony wyrok, z uwagi na jego wydanie z naruszeniem art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a. w związku z art. 121, art. 122 oraz art. 187 i art. 188 O.p. oraz - na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) w zw. art. 135 P.p.s.a. uchylił - z tych samych względów - zaskarżoną do Sądu pierwszej instancji decyzję organu odwoławczego oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji. 3.15. Rozpoznając ponownie sprawę organ pierwszej instancji jest zobowiązany, uwzględniając treść niniejszego wyroku, uzupełnić postępowanie dowodowe w zakresie wskazanym powyżej. Uchylenie decyzji organów ma charakter stricte procesowy, a więc w żaden sposób nie wskazuje na sposób ponownego załatwienia niniejszej sprawy. O kosztach postępowania za obie instancje orzeczono na podstawie art. 200 i art. 203 pkt 1 P.p.s.a. Danuta Oleś Janusz Zubrzycki Włodzimierz Gurba Sędzia NSA Sędzia NSA Sędzia WSA (del.)

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 17.07.2026. · Źródło