I SA/Gl 169/25

WyrokWSA w Gliwicach2025-08-13

Skład orzekający: WSA Paweł Kornacki, WSA Agata Ćwik-Bury (spr.), Asesor WSA Mikołaj Darmosz

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, jeśli tylko jej część jest niezgodna z interpretacją ogólną?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej nie może stwierdzić wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, jeśli tylko jej część jest niezgodna z interpretacją ogólną. Przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują wygaszenia interpretacji w części, jednakże organ powinien ograniczyć się do stwierdzenia wygaśnięcia tylko tej części interpretacji indywidualnej, która jest sprzeczna z interpretacją ogólną, a nie całej interpretacji. W przeciwnym razie narusza to zasadę ochrony podatnika.
Stan faktyczny
Skarżąca uzyskała interpretację indywidualną dotyczącą ulgi badawczo-rozwojowej. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej stwierdził wygaśnięcie tej interpretacji w całości, powołując się na jej niezgodność z interpretacją ogólną Ministra Finansów. Skarżąca zarzuciła, że jej interpretacja indywidualna nie była sprzeczna z interpretacją ogólną, ponieważ dotyczyła innych kwestii, a nawet jeśli istniała częściowa niezgodność, interpretacja indywidualna powinna zostać wygaszona tylko w tej części, a nie w całości. Dyrektor utrzymał w mocy postanowienie o wygaśnięciu interpretacji.
Rozstrzygnięcie
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach uchylił zaskarżone postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej oraz poprzedzające je postanowienie tego organu. Zasądził od Dyrektora na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Paweł Kornacki, Sędzia WSA Agata Ćwik-Bury (spr.), Asesor WSA Mikołaj Darmosz, , po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 13 sierpnia 2025 r. sprawy ze skargi T. M. na postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 29 listopada 2024 r. nr 0112-KDIL2-2.4011.115.2021.4.AM UNP: 2451974 w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w kwestii podatku dochodowego od osób fizycznych 1) uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora Informacji Skarbowej z dnia 19 września 2024 r. nr 0112-KDIL2-2.4011.115.2021.3.AA UNP: 2378397, 2) zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 680 (sześćset osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania. 1.Przedmiotem skargi T.M. (dalej: Skarżąca) jest postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: Dyrektor) z dnia 29 listopada 2024 r. znak 0112-KDIL2-2.4011.115.2021.4.AM utrzymujące w mocy postanowienie Dyrektora z dnia 19 września 2024 r., znak 0112-KDiL2-2.40n.115.20213.AA, w przedmiocie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w sprawie podatku dochodowego od osób prawnych 2. Dotychczasowy przebieg postępowania 2.1. Skarżąca wnioskiem z 30 stycznia 2021 r., uzupełnionym 5 maja 2021 r., wystąpiła do organu o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie podatku dochodowego od osób fizycznych, który dotyczył możliwości skorzystania z ulgi badawczo-rozwojowej. W dniu 7 maja 2021 r. Dyrektor wydał interpretację indywidualną znak 0112-KDIL2-2.4011.115.2021.2.AA uznając stanowisko Wnioskodawcy w całości za prawidłowe. Przedmiotem wniosku złożonego przez Skarżącą były pytania w zakresie potwierdzenia, że opisana działalność Skarżącej stanowi działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tj. Dz. U. z 2022 r. poz. 2647 ze zm., dalej: u.p.d.o.f.) oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tego tytułu, która to działalność uprawnia Skarżącą do odliczenia wydatków kwalifikowanych ponoszonych w związku z tą działalnością. Organ uznał stanowisko Skarżącej za prawidłowe, potwierdzając, że działalność traktowana jest jako B+R. Organ wskazał także w uzasadnieniu interpretacji indywidualnej, że przez "ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu'', należy rozumieć wyłącznie czas faktycznie przepracowany. W konsekwencji dla obliczenia proporcji kosztów kwalifikowanych nie należy brać pod uwagę czasu, w jakim pracownik nie wykonywał pracy, np. w związku z urlopem, zwolnieniem lekarskim czy też opieką nad dzieckiem. Odliczeniu nie będą podlegały kwoty wynagrodzeń oraz składek proporcjonalnie przypisanych do dni nieobecności pracownika tj. wynagrodzeń za czas urlopu, wynagrodzeń za czas niezdolności do pracy. 2.2. W dniu 13 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną Nr DD8.8203.1.2021, która została opublikowana w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów z 21 lutego 2024 r. poz. 16. Dotyczy ona możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. Minister Finansów przyznał słuszność wieloletniemu orzecznictwu i stwierdził, że należności z tytułu urlopu czy choroby mogą stanowić koszty kwalifikowane do ulgi B+R. 2.3. Postanowieniem z dnia 19 września 2024 r. Dyrektor stwierdził wygaśnięcie w całości przedmiotowej interpretacji indywidualnej. W uzasadnieniu powołał się na fakt jej niezgodności z interpretacją ogólną Ministra Finansów z dnia 13 lutego 2024 r. Nr DD8.8203.1.2021. 2.4. W zażaleniu Skarżąca nie podzieliła stanowiska Dyrektora, wskazując, iż ww. interpretacja ogólna nie dotyczy sytuacji opisanej przez Skarżącą w interpretacji indywidualnej, albowiem Skarżąca nie dokonywała takich odliczeń. Kwestia szczegółowych kosztów kwalifikowanych nie była przedmiotem zapytania we wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji podatkowej dla Skarżącej. 2.5. Zaskarżonym postanowieniem Dyrektor utrzymał w mocy postanowienie wydane w I instancji. W uzasadnieniu przywołał mające zastosowanie w sprawie regulacje prawne i wskazał, że Interpretacja ogólna z 13 lutego 2024 r. znak DD8.8203.1.2021 dotyczy - na gruncie przepisów u.p.d.o.f. możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. Wskazano w niej m.in., że: (...) zasadnym jest jednoznaczne wskazanie, że do katalogu przychodów określonych w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. należą także, niewymienione literalnie w ww. ustawach, przychody pracownika związane z usprawiedliwioną nieobecnością, tj. wynagrodzenia za czas urlopu oraz choroby. (...) Należy się zgodzić ze stwierdzeniem prezentowanym w orzecznictwie, że zarówno czas urlopu jak i czas zwolnienia chorobowego, za które przysługuje wynagrodzenie chorobowe, nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, ale są czasem zatrudnienia pracownika, za który to czas przysługują pracownikowi należności wynikające z zatrudnienia, a na pracodawcy ciążą obowiązki związane, czy to z wypłatą wynagrodzenia, czy z odprowadzaniem składek z tytułu zatrudnienia. (...) Maj na uwadze rozbieżności interpretacyjne oraz uwzględniając linię orzeczniczą prezentowaną przez sądy administracyjne w zakresie omawianego zagadnienia, stwierdzam, że do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. (...), należą poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu, w tym również należności z tytułu usprawiedliwionej nieobecności pracownika, do których poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów, m.in. te dotyczące urlopu oraz choroby. Odnosząc się do wydanej wobec Skarżącej interpretacji indywidualnej Dyrektor podniósł, iż uznał stanowisko strony skarżącej za prawidłowe. W nawiązaniu do art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. wskazał w niej jednak, że: Przez "ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu", należy rozumieć wyłącznie czas faktycznie przepracowany. W konsekwencji dla obliczenia proporcji kosztów kwalifikowanych nie należy brać pod uwagę czasu, w jakim pracownik nie wykonywał pracy, np. w związku z urlopem, zwolnieniem lekarskim czy też opieką nad dzieckiem. Natomiast z omawianej interpretacji ogólnej wynika, że wynagrodzenia za czas usprawiedliwionej nieobecności pracownika, w takiej części, w jakiej do ich poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów oraz przy zachowaniu wszystkich pozostałych wymogów nakładanych na podatnika przez art. 26e u.p.d.o.f., powinny być traktowane jako składniki kosztu wynagrodzenia kwalifikowanego do ulgi badawczo-rozwojowej. Interpretacja indywidualna z 7 maja 2021 r. dotyczy: 1) zagadnienia, o którym mowa w interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. znak DD8.8203.1.2021; 2) stanu prawnego tożsamego z tym, w którym wydano ww. interpretację ogólną, a stanowisko, które w niej przedstawiłem, jest niezgodne z ww. interpretacją ogólną. Dyrektor argumentował, że w sytuacji gdy stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) przedstawiony we wniosku odpowiada zagadnieniu będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej wydanej w takim samym stanie prawnym, rozstrzygnięcie co do zakresu oraz sposobu stosowania przepisów prawa podatkowego w interpretacji indywidualnej jest niezgodne (nawet w niewielkiej części z interpretacją ogólną), to zachodzi podstawa do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w tym trybie, a obowiązujące przepisy nie dają podstaw do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. W konsekwencji, w sytuacji gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów prowadzonych przez siebie rozważań, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej - w ocenie Organu interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. 2.6. W skardze zaskarżonej decyzji strona skarżąca, reprezentowana przez radcę prawnego, zaskarżając ją w całości, zarzuciła naruszenie przepisów: a) art. 14e § 1a pkt 2 ustawy z dnia sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tj.Dz.U. dalej: O.p.) polegające na utrzymaniu w mocy postanowienia Dyrektora z dnia 19 września 2024 r. stwierdzającego wygaśnięcie w całości interpretacji indywidualnej z dnia 7 maja 2021 r. jako niezgodnej z interpretacją ogólną z dnia 13 lutego 2024 r. nr DD8.8203.1.2021, w sytuacji gdy postanowienie I instancji powinno podlegać uchyleniu z uwagi na fakt, że interpretacja indywidualna Skarżącej nie była niezgodna z interpretacją ogólną, gdyż interpretacja ogólna dotyczyła wyłącznie szczegółowej kwestii kwalifikowalności do kosztów ulgi B+R kosztów związanych z usprawiedliwioną nieobecnością pracowników a interpretacja indywidualna Skarżącej potwierdzała prawidłowość stanowiska Skarżącej co do: 1) możliwości potraktowania prowadzonych przez Skarżącej prac jako prac B+R, 2) kwalifikowalności do ulgi B+R ponoszonych przez Skarżącą kosztów pracowniczych w ogólności, kosztów materiałowych i kosztów amortyzacji, 3) kwalifikowalności do ulgi B+R wartości odpisów amortyzacyjnych od maszyn wykorzystywanych w pracach B+R - a tym samym interpretacja indywidualna obejmowała swoim zakresem kwestie dalece wykraczające poza zakres przedmiotowy interpretacji ogólnej i nie odnosiła się bezpośrednio do kwestii poruszonych w interpretacji ogólnej, b) art. 121 § 1 w zw. z art. 124 O.p. w zw. z art. 14e § 1a pkt 2 i art. 14h O.p. poprzez naruszenie zasady zaufania do organów podatkowych oraz zasady przekonywania o trafności ustaleń organu podatkowego, poprzez utrzymanie w mocy postanowienia I instancji w sytuacji, gdy postanowienie to nie zawierało uzasadnienia z czego wynika i w jakim zakresie zachodzi niezgodność interpretacji indywidualnej, w której potwierdzono Jedynie ogólnie prawo Skarżącej do uznania za koszty kwalifikowane ulgi B+R wynagrodzeń pracowników zaangażowanych w prace B+R, z interpretacją ogólną, dotyczącą kwalifikowalności do kosztów B+R tzw. wynagrodzeń urlopowych i chorobowych, c) art. 217 § 2 w zw. z art. 127 O.p. poprzez wadliwe uzasadnienie faktyczne i prawne zaskarżonego postanowienia polegające na pominięciu okoliczności, że podatnik we wniosku o interpretację stanowiącym podstawę do wydania wygaszonej interpretacji w stanie faktycznym zawarł informację, że nie zamierza zaliczać do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń związanych z nieobecnościami pracowników, co oznacza że kwestia ta w istocie nie była przedmiotem interpretacji, wobec czego niemożliwym jest stwierdzenie jej niezgodności z interpretacją ogólną, co powinno doprowadzić do uchylenia przez Organ postanowienia wydanego w I instancji. Mając powyższe na uwadze pełnomocnik wniósł o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia Dyrektora i poprzedzającego go postanowienia Dyrektora, ewentualnie o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia oraz przekazanie sprawy do organu celem ponownego rozpatrzenia, zasądzenie na rzecz Skarżącego kosztów postępowania. Zdaniem Skarżącej, uzyskana przez nią interpretacja indywidualna nie jest sprzeczna z interpretacją ogólną w zakresie stanu faktycznego będącego przedmiotem postawionego pytania. Fakt, iż Organ niejako przy okazji wyraził zapatrywanie na pojęcie "ogólny czas pracownika" nie może doprowadzić do wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości. Dyrektor zaczął w 2024 r. masowo wygaszać indywidualne interpretacje podatkowe w przedmiocie możliwości skorzystania z ulgi badawczo-rozwojowej. Wydawane postanowienia są praktycznie identyczne i tak samo lapidarne w przedmiocie uzasadnienia. Pojawiły się jednak pierwsze orzeczenia Wojewódzkich Sądów Administracyjnych w tym przedmiocie, przyznające słuszność skarżącym (np. wyrok WSA z Gorzowa Wielkopolskiego z 12.12.2024 r. I SA/Go 294/24). W kwestii wykładni przepisu art. 14e § 1a pkt 2 O.p. wypowiadał się także NSA, który w wyroku z dnia 8 sierpnia 2023 r. II FSK1158/21 stwierdził, że organ ma prawo stwierdzić wygaśnięcie tylko części interpretacji indywidualnej, skoro interpretacje te mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości Jest bezzasadne. Zdaniem pełnomocnika Organ całkowicie zaniechał analizy ewentualnej niezgodności między interpretacjami oraz kwestią istotności ewentualnej niezgodności na cel i charakter wydanej interpretacji. Za brakiem wygaszenia interpretacji przemawiają dodatkowo następujące okoliczności: 1) Nawet w przypadku stwierdzenia niezgodności interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną nie zachodzi ryzyko, że dojdzie do potencjalnych negatywnych skutków podatkowych dla Skarbu Państwa (w szczególności zaniżenia kwot zobowiązań podatkowych) i poszukiwania przez Podatnika nieuzasadnionej ochrony w uzyskanej interpretacji indywidualnej niezgodnej z interpretacją ogólną. W niniejszej sprawie mamy bowiem do czynienia z kwestią stosowania ulgi podatkowej, czyli uprawnienia podatnika do obniżenia obciążeń podatkowych, gdzie podatnik sam Jednoznacznie wskazał, że w pewnym zakresie nie zamierza z tego uprawnienia korzystać, a następnie interpretacja ogólna wskazała, że w takim zakresie również to uprawnienie przysługuje. Z tej perspektywy wygaszenie interpretacji nie jest celowe ani racjonalne. Wygaszenie byłoby uzasadnione, gdyby podatnik uzyskał interpretację potwierdzającą możliwość zaliczania do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń za czas nieobecności, a następnie została wydana interpretacja ogólna która takiej możliwości nie przewiduje. W takiej sytuacji uzasadnione byłoby wyeliminowanie z obrotu prawnego interpretacji indywidualnej sprzecznej z interpretacją ogólną. Po drugie, wygaszona interpretacja obejmowała także inne zagadnienia i na skutek jej wygaszenia w całości pozbawia podatnika ochrony interpretacyjnej w całości, a nie tylko w zakresie zagadnienia niezgodnego z interpretacją ogólną. Podkreślić należy, że podatnik wstanie faktycznym wskazał, że nie zamierza zaliczać do ulgi badawczo-rozwojowej wynagrodzeń za czas nieobecności pracowników. Po trzecie, jak wynika z uzasadnienia zaskarżonego postanowienia, mimo wygaszenia interpretacji podatnik może poszukiwać analogicznej ochrony na podstawie interpretacji ogólnej, ale pomija fakt, że traci ochronę w zakresie pozostałych zagadnień objętych interpretacją indywidualną. I to zagadnień będących jedynym przedmiotem pytania we wniosku o wydanie Indywidualnej Interpretacji. Jest to rażący przejaw naruszenia zasady zaufania. Trudno nie odnieść wrażenia, że w ten sposób zastawiana Jest swoista pułapka na podatnika, który może nie być świadomy, że ochrona wynikająca z interpretacji ogólnej dotyczy tylko zagadnienia objętego tą interpretacją ogólną, a na skutek wygaszenia interpretacji indywidualnej podatnik straci ochronę w całym pozostałym zakresie.  W konsekwencji, prawidłowe działanie Organu powinno polegać na pozostawieniu w obrocie uzyskanej przez Skarżącą interpretacji indywidualnej, skoro i tak może na podstawie interpretacji ogólnej uzyskać analogiczną ochronę w sprawie zagadnienia, które daje mu potencjalnie większe uprawnienia. Innymi słowy, gdyby podatnik w przyszłości zmienił zdanie i zamierzał uwzględniać w uldze B+R koszty wynagrodzeń za czas nieobecności, to mógłby to zrobić w oparciu o interpretację ogólną, a nie występować o interpretację indywidualną. 2.6. W odpowiedzi na skargę Dyrektor, podtrzymując dotychczasowe stanowisko, wniósł o jej oddalenie. 3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje: 3.1. Skarga okazała się zasadna, albowiem zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora naruszają przepisy prawa procesowego w stopniu skutkującym koniecznością ich eliminacji z obrotu prawnego. 3.2. Istota sporu sprowadza się do odpowiedzi na pytanie czy zasadnie Dyrektor wygasił interpretację indywidualną w całości na podstawie art. 14 e § 1a pkt 2 O.p. z uwagi na jej sprzeczność z Interpretacją Ogólną Ministra Finansów. Rozważając sporne zagadnienie Sąd podzielił stanowisko Skarżącej, zgodnie z którym uzyskana przez nią interpretacja indywidualna nie jest sprzeczna z interpretacją ogólną w zakresie stanu faktycznego będącego przedmiotem postawionego pytania. 3.3. Uzasadniając takie rozstrzygnięcie na wstępie wskazać należy, że w przypadku postanowień wydanych w trybie art. 14e § 1a pkt 2 O.p., sądowe kompetencje kontrolne ograniczają się do oceny, czy organ dokonał prawidłowego porównania interpretacji ogólnej i indywidualnej pod kątem stanu prawnego oraz tożsamości zagadnień podatkowych poruszanych w obu interpretacjach, czy prawidłowo uznał, że pomiędzy obiema interpretacjami zachodzi sprzeczność uzasadniająca zastosowanie art. 14e § 1a pkt 2 O.p., a także, czy stwierdzając o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej organ dopełnił wymogu formalnego z art. 14e § 5 O.p., tj. wskazało znaczenie interpretacji ogólnej wraz z podaniem miejsca jej publikacji. Dalej przypomnieć należy, że sporna pomiędzy stronami problematyka była już przedmiotem rozważań w sądownictwie administracyjnym, w tym w przywołanych przez stronę skarżącą wyrokach NSA (np. wyrok NSA z dnia 8 sierpnia 2023 r. II FSK 1157/21) i WSA. Skład orzekający podziela poglądy w tych judykatach wyrażone i w dalszej części uzasadnienia posłuży się zawartą w nich argumentacją. W tych ramach wskazać należy, że zgodnie z art. 14e § 1a pkt 2 O.p. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może z urzędu stwierdzić wygaśniecie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. W literaturze uznaje się, że wprowadzone rozwiązanie ma istotne znaczenie i wynika z jednoznacznego ustalenia w przepisach Ordynacji podatkowej relacji między interpretacją ogólną a interpretacjami indywidualnymi. Kluczowe znaczenie ma tu art. 14b § 5a O.p., który wskazuje na brak możliwości wydania interpretacji indywidualnej, jeżeli w takim samym stanie prawnym została wydana interpretacja ogólna. Przyjęcie tej zasady powoduje przyznanie przez ustawodawcę prymatu wykładni dokonanej w interpretacji ogólnej (por. K. Teszner (w:) Ordynacja podatkowa. Komentarz aktualizowany, red. L. Etel, LEX/el. 2021, art. 14 (e). 3.4. W realiach rozpoznawanej sprawy nie jest sporne, że 3 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretacje ogólną nr DD8.8203.1.2021, w takim samym stanie prawnym. Interpretacja ta dotyczy możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. Natomiast przedmiotem wniosku złożonego przez Skarżącą były zadane pytania w zakresie potwierdzenia, że opisana działalność Skarżącej stanowi działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tj. Dz. U. z 2022 r. poz. 2647 z późn. zm., dalej: u.p.d.o.f.) oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tego tytułu, która to działalność uprawnia Skarżącą do odliczenia wydatków kwalifikowanych ponoszonych w związku z tą działalnością. Organ uznał stanowisko Skarżącej za prawidłowe, potwierdzając, że działalność traktowana jest jako B+R. Jednocześnie Dyrektor wskazał w uzasadnieniu interpretacji indywidualnej, że przez "ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu'', należy rozumieć wyłącznie czas faktycznie przepracowany. W konsekwencji dla obliczenia proporcji kosztów kwalifikowanych nie należy brać pod uwagę czasu, w jakim pracownik nie wykonywał pracy, np. w związku z urlopem, zwolnieniem lekarskim czy też opieką nad dzieckiem". Organ stwierdził zatem, że odliczeniu nie będą podlegały kwoty wynagrodzeń oraz składek proporcjonalnie przypisanych do dni nieobecności pracownika tj. wynagrodzeń za czas urlopu, wynagrodzeń za czas niezdolności do pracy, co nie było przedmiotem pytania skierowanego przez Skarżącą we wniosku. Tymczasem Skarżąca wyjaśniła we wniosku, że nie zamierzała uwzględniać tych kosztów. Mając na uwadze powyższe Sąd nie podzielił stanowiska Dyrektora o konieczności wygaśnięcia powołanej wyżej interpretacji z uwagi na Interpretację Ogólną Ministra Finansów. Zasadnie bowiem podniesiono w skardze, że nie jest ona sprzeczna z interpretacją indywidualną wydaną w stosunku do Wnioskodawcy. Po pierwsze przedmiotem pytania zawartego we wniosku o interpretację nie była kwestia uznania za koszty kwalifikowane wynagrodzeń pracowników za czas urlopu, choroby. Niemniej jednak Dyrektor wypowiedział się w tym zakresie uznając, że ww. koszty nie mogły stanowić kosztów kwalifikowanych. 3.5. Niezależnie od powyższego Sąd nie podzielił poglądu Dyrektora co do braku możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części. W interpretacjach indywidualnych bowiem organ dokonuje wykładni wielu przepisów prawa podatkowego, często dotyczących różnych kwestii. Zatem nieuprawnione byłoby stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, tj. również w zagadnieniach prawidłowo zinterpretowanych, w sytuacji, kiedy konieczność ta pojawiła się w związku z jednym elementem sprawy (jednym przepisem), który to element nie miał znaczenia dla pozostałych kwestii poruszonych w danej interpretacji. Należy mieć bowiem na uwadze przede wszystkim literalne brzmienie art. 14e § 1a pkt 6 O.p. Przepis ten przewiduje tylko jedną, pozytywną przesłankę warunkująca zasadność stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej: jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Równocześnie przepisy Ordynacji podatkowej nie ustanawiają żadnych przesłanek negatywnych, które uniemożliwiałyby organowi wyeliminowanie z obrotu prawnego interpretacji indywidualnej po zmianie stanu prawnego, w którym została ona wydana. Zdaniem Sądu właściwa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 O.p. prowadzi do wniosku, że organ ma prawo stwierdzić wygaśnięcia również w części interpretacji indywidualnej. Interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości jest bezzasadne. Przede wszystkim, jak już była o tym mowa powyżej, przesłanką zastosowania wspomnianego przepisu jest niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. W sytuacji, gdy zachodzi niezgodność tylko części interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - organ powinien stwierdzić wygaśnięcie tej pierwszej w części, a nie w całości, albowiem w określonym zakresie jest wciąż adekwatna względem obowiązujących przepisów i daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony. Interpretując art. 14e § 1a pkt 6 O.p. należy mieć na uwagę, że dotyczy on zarówno interpretacji indywidualnych, jak i interpretacji ogólnych, stąd też nie można go wykładać z pominięciem chociażby art. 14c § 1 oraz art. 14a § 1a O.p. - czyli przepisów mających zasadnicze znaczenie dla zrozumienia obu rodzajów interpretacji. W świetle art. 14a § 1a O.p. interpretacja ogólna wydawana jest na tle abstrakcyjnie ujętego zdarzenia (zagadnienia) w powiązaniu z konkretnym problemem prawnym powstałym w związku z interpretacją przepisów prawa podatkowego. Natomiast treść art. 14a § 2 pkt 2 O.p. wyraźnie wskazuje, że instytucja ta ma służyć zachowaniu jednolitości stosowania prawa przez organy podatkowe. Tego rodzaju interpretacja nie ma jednak sama z siebie żadnej mocy wiążącej, zarówno dla organów, jak i podatników. Tym niemniej można w sposób pośredni przypisać jej funkcje ochronne. Przede wszystkim w art. 14k § 2 O.p. przewidziano, że zastosowanie się do interpretacji ogólnej przed jej zmianą nie może szkodzić temu, kto się do niej zastosował, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Ponadto podatnik może wywodzić ją z ogólnych zasad Ordynacji podatkowej, chociażby z zasady zaufania do organów (art. 121 § 1 O.p.). Powyższe oznacza jednak, że tak długo, jak w obrocie prawnym pozostaje interpretacja indywidualna odnosząca się do stanu faktycznego bądź zdarzenia przyszłego, jak również stanowiska prawnego strony, które odpowiadają zagadnieniu, o którym jest mowa w art. 14a § 1a pkt 1 O.p. - jej adresat korzysta z ochrony przewidzianej w art. 14k § 1 O.p. Ustaje ona dopiero wraz ze stwierdzeniem wygaśnięcia interpretacji indywidualnej na podstawie art. 14e § 1a pkt 6 O.p. Ponadto podnieść należy, że art. 14e § 1a pkt 6 O.p. pozostaje w takiej relacji względem interpretacji indywidualnych i ogólnych, że w pełni zasadnym jest posłużenie się jedną z podstawowych reguł interpretacyjnych, tj. wnioskowania a fortiori w postaci argumentum a maiori ad minus. Dla tego rodzaju rozumowania podstawą są przepisy uprawniające, a przebiega ono w ten sposób, że skoro komuś wolno więcej, tym bardziej wolno mniej. W rozpoznawanej sprawie oznacza to tyle, że skoro organ mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do części z niej. Reasumując, jakkolwiek zasadnie twierdzi Dyrektor, iż przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części, to jednak z powołanego powyżej przepisu wynika, iż w przypadku, gdy interpretacja w części jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów, brak podstaw prawnych do jej wygaszenia w całości w trybie art. 14e § 1a pkt 2 O.p. W konsekwencji, zdaniem Sądu zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora wydane w I instancji zostało wydane z naruszeniem art. 14e § 1a pkt 2 O.p. 3.6. Sąd nie podzielił natomiast podniesionych w skardze zarzutów naruszenia pozostałych przepisów prawa procesowego w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W ocenie Sądu nie może zostać uznany za trafny zarzut naruszenia art. 121 § 1 w zw. z art. 124 O.p. w zw. z art. 14e § 1a pkt 2 i art. 14h O.p. oraz art. 217 § 2 w zw. z art. 127 O.p. w sposób w skardze wskazany. Podkreślić także trzeba, iż wygaśnięcie interpretacji indywidualnej pozbawi Stronę wynikającej z tej interpretacji ochrony. Z art. 14k § 1, § 2, § 3 O.p. wynika bowiem "zasada nieszkodzenia" - i to w okolicznościach, kiedy stwierdzono wygaśnięcie pierwotnie wydanej interpretacji (A. Kabat (w:) S. Babiarz, B. Dauter, R. Hauser, M. Niezgódka-Medek, J. Rudowski, A. Kabat, Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. XI, Warszawa 2019, art. 14k). 3.7. Mając powyższe na uwadze Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2024 r., poz. 935 ze zm.) uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie wydane w I instancji. Wyeliminowanie powyższych aktów z obrotu prawnego oznacza, że nie zachodzi konieczność ponownego rozstrzygnięcia w sprawie, tj. wydania postanowienia o wygaszeniu interpretacji indywidualnej. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 p.p.s.a. Na zasądzoną kwotę składa się uiszczony wpis od skargi w wysokości 200 zł, wynagrodzenie pełnomocnika w wysokości 480 zł oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 24.07.2026. · Źródło