I SA/Ke 255/19

WyrokWSA w Kielcach2019-08-22

Skład orzekający: Ewa Rojek, Magdalena Chraniuk-Stępniak, Danuta Kuchta

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy Gmina może być obciążona obowiązkiem zapłaty odsetek od zwróconej części dofinansowania ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, gdy podatek VAT został pierwotnie uznany za wydatek kwalifikowalny, a jego odzyskanie nastąpiło w wyniku zmiany linii orzeczniczej organów i sądów administracyjnych?
Ratio decidendi
Sąd uchylił zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję organu, uznając, że obciążenie Gminy obowiązkiem zapłaty odsetek od zwróconej części dofinansowania, w sytuacji gdy odzyskanie VAT nastąpiło w wyniku zmiany wykładni prawa, naruszałoby zasadę sprawiedliwości społecznej. Zastosowanie sankcji za działanie, które w momencie zawarcia umowy nie nosiło cech nieprawidłowości, jest niedopuszczalne.
Stan faktyczny
Gmina S.-K. otrzymała dofinansowanie ze środków EFRR na realizację projektu, w ramach którego podatek VAT został uznany za wydatek kwalifikowalny. Po zmianie linii orzeczniczej organów i sądów administracyjnych, Gmina odzyskała VAT, co spowodowało, że organ uznał ten wydatek za niekwalifikowalny i nakazał zwrot części dofinansowania wraz z odsetkami. Gmina zaskarżyła tę decyzję, argumentując m.in. naruszenie konstytucyjnych zasad równości i sprawiedliwości społecznej.
Rozstrzygnięcie
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach uchylił zaskarżoną decyzję Zarządu Województwa Ś. i poprzedzającą ją decyzję tego organu oraz zasądził od Zarządu Województwa Ś. na rzecz Gminy S.-K. kwotę 10 288 złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Ewa Rojek, Sędziowie Sędzia WSA Magdalena Chraniuk-Stępniak, Sędzia WSA Danuta Kuchta (spr.), Protokolant Starszy inspektor sądowy Anna Szyszka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 22 sierpnia 2019 r. sprawy ze skargi Gminy S.-K. na decyzję Zarządu Województwa Ś. z dnia (...) nr (...) w przedmiocie zwrotu części dofinansowania ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego 1. uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję tego organu; 2. zasądza od Zarządu Województwa Ś. na rzecz Gminy S.-K. kwotę 10 288 złotych (dziesięć tysięcy dwieście osiemdziesiąt osiem) tytułem zwrotu kosztów postępowania. Zarząd Województwa (Zarząd), jako Instytucja Zarządzająca Regionalnym Programem Operacyjnym Województwa (RPOWŚ) na lata 2007-2013, decyzją z [...] nr [...] utrzymał w mocy decyzję własną z [...] nr [...] orzekającą o zwrocie przez Gminę (Gmina) części dofinansowania ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRR) wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, udzielonego w ramach RPOWŚ na lata 2007 – 2013 na podstawie Umowy nr [...]o dofinansowanie Projektu. W powołanej umowie z 21 września 2009 r. Gmina zobowiązała się do zapoznania się z warunkami kwalifikowalności wydatków określonymi w Podręczniku Kwalifikowalności Wydatków objętych dofinansowaniem w ramach RPOWŚ na lata 2007-2013. Jednocześnie we wniosku Gmina wykazała podatek od towarów i usług jako wydatek kwalifikowalny. Na podstawie umowy o dofinansowanie, w ramach realizowanego projektu Gmina otrzymała środki z EFRR w łącznej wysokości: 4.818.299,06 zł, z czego dofinansowanie VAT wyniosło 875.320,18 zł. W piśmie z 22 czerwca 2015 r. Gmina poinformowała Zarząd, że ze względu na zbliżający się, w odniesieniu do części kosztów poniesionych na realizację inwestycji, koniec 5-letniego okresu, w którym możliwe jest dokonanie odliczenia VAT w drodze wstecznej korekty, Gmina po przeprowadzonych analizach ustaliła, że istnieją przesłanki dające jej prawo do odliczenia VAT. W konsekwencji złożonego przez Gminę wniosku o zwrot podatku z faktur dokumentujących koszty poniesione w 2010 r. na realizację Projektu organ podatkowy uznał za zasadne roszczenie skarżącej i dokonał zwrotu VAT za 2010 r. na rachunek bankowy Gminy. Nadto, w kwietniu 2015 r. Gmina wystąpiła do Urzędu Skarbowego z korektą deklaracji VAT-7 w odniesieniu do kosztów poniesionych w 2011 r. otrzymując częściowy zwrot VAT. Pozostała część VAT została zwrócona Gminie w 2015 r. Tym samym Gmina odzyskała cały VAT związany z przedmiotową inwestycją poniesiony w latach 2010 i 2011 będący kosztem kwalifikowalnym objętym dofinansowaniem. Wobec powyższego Zarząd uznał, że skarżąca powinna zwrócić kwotę VAT otrzymaną w wyniku wykonania umowy ze środków EFRR. Gdyż niedopuszczalne jest podwójne zrefundowanie kosztów podatku. Zgodnie z art. 207 ust 1 ustawy o finansach publicznych (tj. Dz.U.2013.885 ze zm.) dalej "u.f.p." w przypadku, gdy środki przeznaczone na realizację programów finansowanych z udziałem środków europejskich są pobrane nienależnie lub w nadmiernej wysokości (art. 207 ust 1 pkt 3 u.p.f.) podlegają zwrotowi wraz. Ponieważ skarżąca zwróciła dobrowolnie kwotę podatku, organ zaliczył dokonany zwrot proporcjonalnie na należność główną i odsetki. W konsekwencji do zwrotu pozostała jeszcze kwota 308.735 zł wraz z odsetkami. Dlatego decyzją nakazano jej zwrot. Na powyższą decyzję Gmina wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Kielcach. Zarzuciła m.in. naruszenie art. 2 i art. 32 ust. 1 Konstytucji Rzeczpospolitej Polskiej poprzez naruszenie konstytucyjnej zasady równości wobec prawa oraz zakazu dyskryminacji, a także zasady demokratycznego państwa prawa i sprawiedliwości społecznej, przejawiające się przyznaniem Instytucji Zarządzającej prawa do żądania zwrotu części dofinansowania (stanowiącej równowartość VAT w dofinansowanej części) wraz z odsetkami liczonymi od dnia przekazania środków, w związku z założeniem, że kwalifikowalność VAT miała charakter pierwotny, tj. od początku projektu istniała możliwość jego odliczenia, przy jednoczesnym braku takiego prawa po stronie skarżącej tj. braku prawa do żądania. W odpowiedzi na skargę Zarząd podtrzymał stanowisko przedstawione w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji i wniósł o oddalenie skargi. Wyrokiem z 8 września 2016 r. sygn. akt I SA/Ke 363/16 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach oddalił skargę Gminy. Podniósł, że przepisy ustawy z 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz.U.2009.84.712 ze zm.) dalej "z.p.p.r.", ustanawiają szczegółowe regulacje w zakresie przyznawania środków z funduszy europejskich. Na system realizacji regionalnego programu operacyjnego składa się przygotowany przez Instytucję Zarządzającą na podstawie art. 26 ust. 1 pkt 6 ustawy z.p.p.r. Podręcznik kwalifikowalności. Zgodnie z pkt 22 Podręcznika podatek od towarów i usług może być uznany za wydatek kwalifikowalny tylko wtedy, gdy został faktycznie poniesiony przez beneficjenta i beneficjent nie ma prawnej możliwości odzyskania VAT. Zapis ten stanowi konsekwencję postanowień art. 7 ust. 1 Rozporządzenia 1080/2006. Unormowanie to stanowi realizację podstawowej zasady udzielania wsparcia z funduszy unijnych, tj. zasady zakazu podwójnego finansowania. W przypadku zrefundowania kosztów VAT ze środków funduszy strukturalnych lub Funduszu Spójności, a następnie odzyskania tego podatku ze środków budżetu państwa w oparciu o ustawę o VAT dochodzi do niedozwolonego podwójnego finansowania. Zatem w przypadku, gdy VAT, wskazany w umowie jako koszt kwalifikowalny, dofinansowany ze środków pomocowych został przez Gminę odzyskany, zasadnie organ uznał ten wydatek za niekwalifikowalny podlegający zwrotowi wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia przekazania środków. Sąd pierwszej instancji podzielił argumentację organu, że w razie stwierdzenia wystąpienia przesłanek z art. 207 u.f.p. organ nie bada winy czy też zamiaru beneficjenta, jego dobrej bądź złej wiary. W ustawie nie przewidziano żadnych okoliczności – wystąpienia winy lub jej rodzaju, czy też zakresu udziału podmiotów trzecich w powstaniu sytuacji prowadzących do zwrotu środków. Beneficjent podpisując umowę o dofinansowanie projektu otrzymał bezzwrotną pomoc, pod warunkiem zrealizowania określonych w niej warunków. Zgodnie z art. 207 u.f.p "sankcją" za ich niezachowanie jest zwrot środków pobranych nienależnie, wraz z odsetkami. Za nie mającą znaczenia dla oceny uznał Sąd, eksponowany przez skarżącą fakt, że składając wniosek o dofinansowanie oraz oświadczenia dotyczące kwalifikowalności VAT Gmina dysponowała interpretacją indywidualną wydaną na jej wniosek w przedmiocie prawa do odliczenia podatku, że w zakresie prawa do odliczenia VAT brak było jednolitej wykładni. Podkreślił, że te same zasady kwalifikowalności wydatków muszą bowiem obowiązywać zarówno na etapie uzyskiwania dofinansowania jak i na etapie realizacji projektu. Odmienna interpretacja definicji VAT jako wydatku kwalifikowalnego naruszałaby zasadę równego dostępu do pomocy wszystkich kategorii beneficjentów. Tym samym zarzut naruszenia art. 2 i art. 32 ust. 1 Konstytucji RP nie mógł być skuteczny. Skarga kasacyjna Gminy od powyższego wyroku została uwzględniona przez Naczelny Sąd Administracyjny, który w wyroku z 5 kwietnia 2019 r. sygn. akt I GSK 1213/18, uchylił zaskarżony wyrok WSA i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. Naczelny Sąd Administracyjny odnosząc się do zarzutu przedawnienia stwierdził, że w sprawie nie ma zastosowania art. 70 Ordynacji podatkowej, lecz przepis szczególny, tj. art. 3 ust. 1 Rozporządzenie Rady (WE, EUROATOM) Nr 2988/95 z 18 grudnia 1995 r. w sprawie ochrony interesów finansowych Wspólnot Europejskich (Dz.U UE. L. 1995.312.1). Ponieważ Regionalny Program Operacyjny Województwa Świętokrzyskiego na lata 2007 - 2013 jest programem wieloletnim, uznać należy, że na mocy wskazanego przepisu 4 – letni okres przedawnienia w każdym przypadku biegnie do momentu ostatecznego zakończenia programu. Termin zakończenia programu w rozpatrywanej sprawie nie został ustalony, choć zaskarżona decyzja Zarządu zapadła [...] a więc już po upływie okresu, na jaki został ustanowiony Program Regionalny. Niemniej nie ma to wpływu na wynik sprawy. Zgodnie z zaleceniami decyzji Komisji C (2013)1573, wszystkie dokumenty zamknięcia należy złożyć do 31 marca 2017 r., jak określono w art. 89 ust. 1 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006. Termin ten jest zatem terminem ostatecznym, a nie faktycznym terminem złożenia dokumentów. Zdaniem Naczelnego Sadu Administracyjnego nie rozważając aspektu przedawnienia zwrotu płatności sąd pierwszej instancji naruszył art. 134 § 1 ustawy p.p.s.a. Jednak w świetle wyżej wskazanych ustaleń nie miało to wpływu na wynik sprawy. Odnosząc się do pozostałych zarzutów Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że warunkiem wydania decyzji o zwrocie środków jest wykazanie związku przyczynowego pomiędzy stwierdzonym naruszeniem prawa o rzeczywistą lub potencjalną szkodą w budżecie UE. Konieczne jest zatem przeprowadzenie takiej operacji myślowej, w której wskazane zostanie logiczne następstwo zdarzeń zapoczątkowanych naruszeniem prawa, a następnie zakończonych finansowaniem, lub też możliwością finansowania nieuzasadnionego wydatku z budżetu UE. Zatem tylko w takiej sytuacji można mówić o "nieprawidłowości" w rozumieniu art. 2 pkt 7 rozporządzenia nr 1083/2006. Podstawowa zasada udzielania wsparcia z funduszy unijnych, opiera się na zakazie podwójnego finansowania. Do niedozwolonego podwójnego finansowania dochodzi m. in. w przypadku zrefundowania kosztów VAT ze środków funduszy strukturalnych lub Funduszu Spójności, a następnie odzyskania tego podatku ze środków budżetu państwa w oparciu o ustawę o VAT. W sprawie poza sporem jest, że Gmina otrzymała dofinansowanie na realizację projektu ze środków unijnych na zasadach i warunkach określonych w umowie. Wnioskując o przyznanie dofinansowania w formie refundacji, Gmina przedstawiała VAT jako koszt kwalifikowalny w całości, tj. taki, którego nie będzie mogła odzyskać. Już po zawarciu umowy uzyskała indywidualną interpretację podatkową potwierdzająca brak możliwości odzyskania VAT. Stanowisko skarżącej zawarte we wniosku i potwierdzone interpretacją indywidualną miało, w zakresie objętym wnioskiem, swoje umocowanie w znacznej ilości rozstrzygnięć organów podatkowych i orzecznictwa sądów administracyjnych. Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że w ww. zakresie nastąpiła jednak zmiana linii orzeczniczej organów i sądów administracyjnych. Zdaniem sądu II instancji zmiana ta uzasadnia wniosek, że w okresie zawierania przedmiotowej umowy, objęcie VAT wnioskiem o dofinansowanie, nie było traktowane jako nieprawidłowość zmierzająca do finansowania nieuzasadnionego wydatku. W konsekwencji obciążenie Gminy obowiązkiem poniesienia dodatkowego wydatku w postaci odsetek, naruszałoby zasadę sprawiedliwości społecznej poprzez zastosowanie sankcji za działanie, które w okresie zawarcia umowy o dofinansowanie, nie nosiło cech nieprawidłowości, gdyż taka była wówczas dominująca wykładnia prawa. Oznaczałoby to, że Instytucja Zarządzająca, która wcześniej nie miała wątpliwości co do kwalifikowalności wydatku, gdyż potwierdzał to m. in. stosowny dokument urzędowy załączony do akt sprawy, przerzuciła na beneficjenta wszelką odpowiedzialność za zmianę wykładni prawa, na którą beneficjent nie miał najmniejszego wpływu. W tej sytuacji odstąpienie od zastosowania sankcji w postaci naliczenia odsetek, znajduje swoje oparcie w art. 2 Konstytucji RP. W konsekwencji Naczelny Sąd Administracyjny za zasadny uznał zarzut dotyczący naruszenia art. 207 ust 1 pkt 3 ust. 8 i ust. 9 pkt 1 w zw. z art. 169 ust.1 i ust. 3 u.f.p. poprzez błędną wykładnię i przyjęcie, że zwrot nienależnie pobranego VAT, który następuje na podstawie art. 207 u.f.p., może nastąpić tylko z odsetkami. Sąd odwoławczy wskazał, że ponownie rozpoznając sprawę sąd pierwszej instancji winien rozważyć, kiedy skarżąca gmina, na skutek zmiany pragmatyki organów skarbowych, będących następstwem zmiany orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego uzyskała faktyczną możliwość zwrotu VAT, czy rozliczenie podatku w 2015 r. (korekta pierwotnego rozliczenia) zostało dokonane w najwcześniejszym możliwym terminie, a w konsekwencji, czy pomiędzy tym terminem a korektą rozliczenia podatku i zwrotem płatności wystąpił okres uzasadniający ewentualne naliczenie odsetek. Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje: Zgodnie z zasadami wyrażonymi w art. 1 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (j.t. Dz.U.2016.1066) i art. 134 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (j.t. 2016.718 ze zm.), określanej dalej jako "ustawa p.p.s.a.", sąd bada zaskarżone orzeczenie pod kątem jego zgodności z obowiązującym prawem, zarówno materialnym, jak i procesowym, nie jest przy tym związany, co do zasady, zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Przedmiotem skargi jest decyzja Zarządu Województwa z [...] utrzymująca w mocy decyzję własną z [...] orzekającą o zwrocie przez Gminę części dofinansowania ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRR) wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, udzielonego w ramach RPOWŚ na lata 2007 – 2013 na podstawie umowy o dofinansowanie Projektu. Rozpoczynając rozważania nad zgodnością z prawem zaskarżonej decyzji w pierwszej kolejności należy wskazać, że orzekając w niniejszej sprawie Sąd działa w warunkach związania oceną prawną zawartą w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 kwietnia 2019 r., sygn. akt I GSK 1213/18, którym uchylił zaskarżony wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Kielcach z 8 września 2016 r. sygn. akt I SA/Ke 363/16 i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania sądowi pierwszej instancji. Zgodnie z art. 190 p.p.s.a. sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Przywołana norma prawna w zdaniu pierwszym wskazuje wprost na ograniczenie swobody sądu pierwszej instancji przy wydawaniu nowego orzeczenia, po wyroku NSA przekazującym mu sprawę do ponownego rozpoznania. Sąd rozpoznając sprawę ponownie nie może zatem dokonać odmiennej interpretacji przepisów niż interpretacja wynikająca z orzeczenia wydanego w wyniku rozpoznania skargi kasacyjnej, nie może też ocenić prawidłowości rozstrzygnięcia sądu odwoławczego. Z postawionych w skardze zarzutów oraz z wyroku NSA wynika, że istota sporu prawnego dotyczy zasadności obciążenia Gminy odsetkami, wobec uznania wydatku na VAT poniesionego w ramach realizowanego przez skarżącą Projektu, za wydatek niekwalifikowalny. Zdaniem skarżącej, mimo, że odzyskany faktycznie VAT jest wydatkiem niekwalifikowalnym, brak było podstaw obciążenia Gminy obowiązkiem zapłaty odsetek. Według organu możliwość odzyskania VAT, a tym bardziej jego faktyczne odzyskanie przesądza o uznaniu za wydatek niekwalifikowalny i obliguje Instytucję Zarządzającą do orzeczenia o jego zwrocie wraz z odsetkami od dnia wypłaty środków. Podkreślenia wymaga, że ocena prawna zawarta w uzasadnieniu wyroku NSA została przedstawiona w taki sposób, że w pierwszej kolejności wystąpiło związanie tą oceną co do najdalej idącego zarzutu naruszenia art. 70 Ordynacji podatkowej tj. zarzut przedawnienia, który skarżąca powiązała z zarzutem naruszenia art. 1 § 1 i 2 u.u.s.a. i art. 3 2 pkt 1 p.p.s.a. oraz art. 134 1 p.p.s.a. w zw. z art. 207 ust. 1 u.f.p. Dlatego NSA rozpoznał go jako pierwszy i uznał, że w rozpoznawanej sprawie nie ma zastosowania art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, mimo że art. 67 u.f.p. w stanie prawnym obowiązującym w dacie wydania decyzji nakazującej zwrot środków pozwalał na odpowiednie stosowanie przepisów Działu III Ordynacji podatkowej. Ma natomiast zastosowanie przepis szczególny tj. Rozporządzenie Rady (WE,EUROATOM) Nr 2988/95 z dnia 18 grudnia 1995 r. w sprawie ochrony interesów finansowych Wspólnot Europejskich (Dz. U. UE. L. 1995.312.1). Art. 3 ust. 1 tego rozporządzenia stanowi, że "Okres przedawnienia wynosi cztery lata od czasu dopuszczenia się nieprawidłowości określonej w art. 1 ust 1. Zasady sektorowe mogą jednak wprowadzić okres krótszy, który nie może wynosić mniej niż trzy lata. W przypadku nieprawidłowości ciągłych lub powtarzających się okres przedawnienia biegnie od dnia, w którym nieprawidłowość ustała. W przypadku programów wieloletnich okres przedawnienia w każdym przypadku biegnie do momentu ostatecznego zakończenia programu. Przerwanie okresu przedawnienia jest spowodowane przez każdy akt właściwego organu władzy, o którym zawiadamia się daną osobę, a który odnosi się do śledztwa lub postępowania w sprawie nieprawidłowości. Po każdym przerwaniu okres przedawnienia biegnie na nowo. Upływ przedawnienia następuje najpóźniej w dniu, w którym mija okres odpowiadający podwójnemu terminowi okresu przedawnienia, jeśli do tego czasu właściwy organ władzy nie wymierzył kary; nie dotyczy to przypadków, w których postępowanie administracyjne zostało zawieszone zgodnie z art. 6 ust. 1." Ponieważ Regionalny Program Operacyjny Województwa [...] na lata 2007 - 2013 jest programem wieloletnim, uznać należy, że na mocy wskazanego przepisu okres przedawnienia w każdym przypadku biegnie do momentu ostatecznego zakończenia programu. NSA wskazał także, że termin zakończenia programu w rozpatrywanej sprawie nie został ustalony, choć zaskarżona decyzja Zarządu zapadła 13 kwietnia 2016 r. a więc już po upływie okresu, na jaki został ustanowiony Program Regionalny. Niemniej jednak nie ma to wpływu na wynik sprawy. Wskazano również, że zgodnie z treścią art. 89 ust. 5 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1260/1999, zamknięcie programu operacyjnego następuje w dacie wcześniejszego spośród następujących trzech wydarzeń: płatności salda końcowego określonego przez Komisję na podstawie dokumentów, o których mowa w ust. 1, przesłania noty debetowej na kwoty nienależnie wypłacone państwu członkowskiemu przez Komisję w odniesieniu do danego programu operacyjnego, anulowania salda końcowego zobowiązania budżetowego. Komisja informuje państwo członkowskie o dacie zamknięcia programu operacyjnego w nieprzekraczalnym terminie dwóch miesięcy. Nadto kwestie zamknięcia programu reguluje decyzja Komisji zmieniająca decyzję C (2013)1573 w sprawie zatwierdzenia wytycznych dotyczących zamknięcia programów operacyjnych przyjętych do celów pomocy z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego i Funduszu Spójności (2007-2013). Zgodnie z jej zaleceniami, wszystkie dokumenty zamknięcia należy złożyć do dnia 31 marca 2017 r., jak określono w art. 89 ust. 1 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006. Termin 31 marca 2017 r. jest zatem terminem ostatecznym, a nie faktycznym terminem złożenia dokumentów. W konkluzji oceny prawnej odnoszącej się do przedawnienia, NSA stwierdził, że nie rozważając aspektu przedawnienia zwrotu płatności Sąd pierwszej instancji naruszył powyższy przepis. Sąd ten nie poczynił bowiem ustaleń faktycznych, a także prawnych pozwalających na ustalenie, czy i kiedy sporne zobowiązanie przedawniało się. Jednak w świetle wyżej wskazanych ustaleń nie miało to wpływu na wynik sprawy. Powyższą oceną prawną co do kwestii przedawnienia przedmiotowego zobowiązania, Sąd ponownie rozpoznający sprawę jest nią związany stosownie do art. 190 p.p.s.a., a następnie organ na podstawie art. 153 p.p.s.a. W myśl wyżej powołanego przepisu art. 190 p.p.s.a, Sąd ponownie rozpoznając sprawę jest związany również oceną prawną zaprezentowaną w wyroku NSA z 5 kwietnia 2019 r. dotyczącą zasadności obciążenia Gminy odsetkami, wobec uznania wydatku na VAT poniesionego w ramach realizowanego Projektu, za wydatek niekwalifikowalny. W tej istotnej dla dalszego postępowania kwestii, należy mieć na uwadze, że NSA podkreślił podstawową zasadę udzielania wsparcia z funduszy unijnych, która opiera się na zakazie podwójnego finansowania. Według NSA, do niedozwolonego podwójnego finansowania dochodzi m. in. w przypadku zrefundowania kosztów VAT ze środków funduszy strukturalnych lub Funduszu Spójności, a następnie odzyskania tego podatku ze środków budżetu państwa w oparciu o ustawę o VAT. I z taką sytuacją mamy do czynienia w niniejszej sprawie. Poza sporem bowiem jest, że Gmina otrzymała dofinansowanie na realizację projektu ze środków unijnych na zasadach i warunkach określonych w umowie. Wnioskując o przyznanie dofinansowania w formie refundacji, Gmina przedstawiała VAT jako koszt kwalifikowalny w całości, tj. taki, którego nie będzie mogła odzyskać. Jednakże po przeprowadzonych analizach ustaliła, że istnieją przesłanki dające jej prawo do odliczenia VAT. Wobec tego złożyła w grudniu 2014 r. wniosek o zwrot podatku z faktur dokumentujących koszty poniesione w 2010 r. oraz w kwietniu 2015 r. korektę deklaracji VAT 7 w odniesieniu do kosztów poniesionych w 2011 r., na realizację Projektu. Otrzymując zwrot kwot VAT w dniach 2 marca 2015 r., 13 marca 2015 r. oraz 17 czerwca 2015 r., tym samym Gmina odzyskała cały VAT związany z przedmiotową inwestycją poniesiony w latach 2010 i 2011 będący kosztem kwalifikowalnym objętym dofinansowaniem. Następnie Gmina dokonała 30 lipca 2015 r. zwrotu środków na rachunek Zarządu, w kwocie odpowiadającej dofinansowaniu VAT, bez odsetek. Sąd ponownie rozpoznając n/sprawę jest związany oceną prawną wyrażoną w wyroku NSA o uznaniu zarzutu dotyczącego naruszenia art. 207 ust 1 pkt 3 ust. 8 i ust. 9 pkt 1 w zw. z art. 169 ust.1 i ust. 3 u.f.p. poprzez błędną wykładnię i przyjęcie, że zwrot nienależnie pobranego VAT, który następuje na podstawie art. 207 u.f.p., może nastąpić tylko z odsetkami. Dokonując zatem ponownej kontroli zaskarżonej decyzji, należy mieć na uwadze następujące okoliczności wyeksponowane w wyroku NSA z 5 kwietnia 2019 r. Po pierwsze, że zmiana linii orzeczniczej organów i sądów administracyjnych, która nastąpiła po zawarciu umowy o dofinasowanie uzasadnia wniosek, że w okresie zawierania przedmiotowej umowy, objęcie VAT wnioskiem o dofinansowanie, nie było traktowane jako nieprawidłowość zmierzająca do finansowania nieuzasadnionego wydatku. Wątpliwości dotyczące rozliczeń w podatku od towarów i usług gmin, gminnych zakładów i jednostek budżetowych zaowocowały kilkoma uchwałami Naczelnego Sądu Administracyjnego np. z 24 czerwca 2013 r., I FPS 1/13 dotyczącej gminnych jednostek budżetowych, które (w odróżnieniu od zakładów budżetowych) nie zostały uznane za podatnika podatku od towarów i usług. Zaś w wyroku z 2 września 2014 r., I FSK 938/14 akceptując stanowisko, że samorządowy zakład budżetowy jest podatnikiem VAT odrębnym od jednostki samorządu terytorialnego, NSA następnie doszedł jednak do przekonania, że w świetle zasady neutralności, nie ma żadnych przeszkód, aby Gmina realizowała prawo do odliczenia podatku naliczonego z tytułu wydatków poniesionych na inwestycje, w oparciu o które samorządowy zakład budżetowy wykonuje - w jej imieniu - jej zadania własne, generujące podatek należny. Wątpliwości dotyczące wykładni prawa w tym zakresie rozwiała dopiero uchwała NSA z 26 października 2015 r., I FPS 4/15, z której wynika, że gmina ma prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych związanych z realizacją inwestycji, które zostały następnie przekazane do gminnego zakładu budżetowego, który realizuje powierzone mu zadania własne tej gminy, jeżeli te inwestycje są wykorzystywane do sprzedaży opodatkowanej podatkiem od towarów i usług. Uchwała ta zapadła w wyniku wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 29 września 2015 r., C 276/14. W ślad za tą uchwałą i wyrokiem TSUE poszły zmiany w ustawie o podatku od towarów i usług ujednolicające rozliczenia gmin w zakresie podatku VAT. Wskazana zmiana linii orzeczniczej organów i sądów administracyjnych, w stanie prawnym obwiązującym w dacie wydania zaskarżonego wyroku nie oznacza, zdaniem NSA zmiany stanu prawnego. Te nastąpiły później. Uzasadnia jednak wniosek, że w okresie zawierania przedmiotowej umowy, objęcie podatku VAT wnioskiem o dofinansowanie, nie było traktowane jako nieprawidłowość zmierzająca do finansowania nieuzasadnionego wydatku. Należało także uwzględnić stanowisko prawne NSA, że obciążenie Gminy obowiązkiem poniesienia dodatkowego wydatku w postaci odsetek, naruszałoby zasadę sprawiedliwości społecznej poprzez zastosowanie sankcji za działanie, które w okresie zawarcia umowy o dofinansowanie, nie nosiło cech nieprawidłowości, gdyż taka była wówczas dominująca wykładnia prawa. Oznaczałoby to, że Instytucja Zarządzająca, która wcześniej nie miała wątpliwości co do kwalifikowalności wydatku, gdyż potwierdzała interpretacja indywidualna załączona do akt sprawy, przerzuciła na beneficjenta wszelką odpowiedzialność za zmianę wykładni prawa, na którą beneficjent nie miał najmniejszego wpływu. W tej sytuacji odstąpienie od zastosowania sankcji w postaci naliczenia odsetek, znajduje swoje oparcie w art. 2 Konstytucji RP. Jednakże uwzględniając wytyczne zawarte w części końcowej wyroku NSA, zaistniała konieczność do dokonania dalszych ustaleń faktycznych w sprawie w zakresie następującym: kiedy skarżąca Gmina, na skutek zmiany pragmatyki organów skarbowych, będących następstwem zmiany orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego (uchwała NSA z 24 czerwca 2013 r., I FPS 1/13; wyrok NSA z 2 września 2014 r., I FSK 938/14; uchwała NSA z 26 października 2015 r., I FPS 4/15) uzyskała faktyczną możliwość zwrotu VAT, czy rozliczenie podatku VAT zostało dokonane w najwcześniejszym możliwym terminie, a w konsekwencji, czy pomiędzy tym terminem a korektą rozliczenia podatku i zwrotem płatności wystąpił okres uzasadniający ewentualne naliczenie odsetek. Ustalenie powyższych faktów i ich ocena nie mieści się w granicach kompetencji Sądu, do którego należy wyłącznie ocena legalności wydanej decyzji. Powyższe obowiązki spoczywają zatem na organie, który będzie zobowiązany je wypełnić w ponownie prowadzonym postępowaniu i w warunkach związania wyżej zaprezentowaną oceną prawną dotyczącą następujących kwestii: przedawnienia przedmiotowego zobowiązania, co do zasady brakiem zasadności obciążenia Gminy sankcją w postaci odsetek, czy i ewentualnie od jakiej daty należałoby jednak naliczyć odsetki wobec uznania wydatku na VAT poniesionego w ramach Projektu, za wydatek niekwalifikowany. W związku z powyższym, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy p.p.s.a. w zw. z art. 7, art. 8 § 1 i 2 oraz art. 77 § 1 K.p.a., orzekł jak w punkcie 1 wyroku. O kosztach postępowania (wpis od skargi – 3088 zł, wynagrodzenie pełnomocnika – 7200 zł) orzeczono na podstawie art. 200 w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a oraz § 2 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2015 r. poz. 1804 z późn. zm.).

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 19.07.2026. · Źródło