I SA/Rz 520/25

WyrokWSA w Rzeszowie2026-02-03

Skład orzekający: Grzegorz Panek, Małgorzata Niedobylska, Piotr Popek

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy Dyrektor Izby Administracji Skarbowej prawidłowo utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego przedłużające termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, pomimo wielokrotnych przedłużeń i długotrwałego postępowania weryfikacyjnego?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym było zasadne, ponieważ organ wykazał istnienie wątpliwości co do zasadności zwrotu, które wymagały dalszej weryfikacji w ramach postępowania podatkowego. Spełnione zostały obie przesłanki z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT: postanowienie o przedłużeniu zostało doręczone przed upływem terminu, a zasadność zwrotu wymagała dodatkowego zweryfikowania w ramach trwających postępowań weryfikacyjnych.
Stan faktyczny
Spółka N. Sp. z o.o. złożyła deklarację VAT za marzec 2020 r. z kwotą do zwrotu. Po czynnościach sprawdzających i kontroli podatkowej, organ I instancji wielokrotnie przedłużał termin zwrotu, powołując się na konieczność dalszej weryfikacji transakcji związanych z budową farmy fotowoltaicznej i cyberbezpieczeństwem, w tym analizując powiązania między podmiotami i rzetelność faktur. Organ II instancji utrzymał w mocy postanowienie o przedłużeniu terminu. Spółka zaskarżyła postanowienie organu II instancji, zarzucając naruszenie przepisów prawa materialnego i procesowego, w tym brak uzasadnienia dla kolejnych przedłużeń i przewlekłość postępowania.
Rozstrzygnięcie
Oddalił skargę.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie w składzie następującym: Przewodniczący S. WSA Grzegorz Panek, Sędzia WSA Małgorzata Niedobylska/spr./, Sędzia WSA Piotr Popek, po rozpoznaniu w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym w dniu 3 lutego 2026 r. sprawy ze skargi N. Spółka z o.o. z siedzibą w R. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Rzeszowie z dnia 18 sierpnia 2025 r. nr 1801-IOV-1.4033.1.2025 w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2020 roku oddala skargę. Przedmiotem skargi N. sp. z o.o. z/s w R. (dalej: skarżąca/podatnik/spółka) jest postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Rzeszowie (dalej: DIAS/organ odwoławczy) z dnia 18 sierpnia 2025 r., nr 1801-IOV-1.4033.1.2025, utrzymujące w mocy postanowienie Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w Rzeszowie (dalej: NUS/organ I instancji) z 15 maja 2025 r. znak: 1822-SPV.4103.21.2022 w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2020 r. Z zaskarżonego postanowienia i akt sprawy wynika, że w dniu 20 kwietnia 2020r. spółka złożyła do Drugiego Urzędu Skarbowego w Rzeszowie deklarację dla podatku od towarów i usług VAT-7 za marzec 2020 r., w której zadeklarowała kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w wysokości [...] zł, w tym do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni w wysokości [...] zł oraz do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości [...] zł. Termin zwrotu podatku wynikający ze złożonej deklaracji przypadał na 19 czerwca 2020 r. W związku ze złożonym rozliczeniem podjęte zostały przez organ I instancji czynności sprawdzające mające na celu zweryfikowanie danych zawartych w deklaracji VAT-7 za marzec 2020r., w tym zasadność zadeklarowanego zwrotu. Następnie wszczęto wobec spółki kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości rozliczenia podatku od towarów i usług za marzec 2020 r., zakończoną doręczeniem protokołu z kontroli podatkowej. Podatnik nie skorzystał z prawa do skorygowania deklaracji w związku z ustaleniami kontroli, wobec czego postanowieniem z 31 stycznia 2022 r. organ I instancji wszczął wobec skarżącej postępowanie podatkowe. Z uwagi na złożony charakter zagadnień objętych zakresem kontroli oraz postępowania podatkowego i w konsekwencji niezebranie kompletnego materiału dowodowego niezbędnego do jednoznacznego ustalenia wszystkich okoliczności faktycznych sprawy podatkowej, organ kolejnymi postanowieniami przedłużał termin zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2020 r., w tym postanowieniem z 15 maja 2025r. przedłużył ten termin do 29 sierpnia 2025 r. Spółka złożyła zażalenie na ww. postanowienie z 15 maja 2025 r., wnosząc o jego uchylenie w całości i dokonanie podatnikowi zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy, w kwocie wskazanej w deklaracji VAT-7 za marzec 2020 r. Postanowieniem z 18 sierpnia 2025r. DIAS utrzymał w mocy zaskarżone rozstrzygnięcie, podzielając stanowisko organu I instancji co do konieczności wydłużenia terminu zwrotu nadwyżki ze względu na istniejące w sprawie obiektywne i uprawdopodobnione przesłanki uzasadniające konieczność dalszego badania zasadności tego zwrotu. Zdaniem organu odwoławczego, zgromadzony w toku postępowania podatkowego materiał dowodowy wykazał istotne rozbieżności pomiędzy datami wystawienia faktur dokumentujących nabycie i dalszą sprzedaż towarów, a rzeczywistym momentem ich dostarczenia i posiadania przez podmioty uczestniczące w obrocie. Dotyczyło to w szczególności falowników Huawei SUN2000-105KTL-H1, urządzeń Huawei Smart Logger 2000 oraz konstrukcji wsporczej do farmy fotowoltaicznej, jak również urządzeń typu Next Generation Firewall, przełączników/routerów oraz routerów brzegowych. Ustalono, że faktury były wystawiane w tych samych dniach lub w krótkich odstępach czasu przez kolejne podmioty uczestniczące w łańcuchach dostaw, mimo że w datach ich wystawienia towary te nie znajdowały się w posiadaniu wystawców faktur, ani na terytorium Polski, bądź nie zostały jeszcze faktycznie wykonane lub dostarczone. W konsekwencji organ uznał, że w tych dniach nie doszło do rzeczywistego wydania towarów, a wystawione faktury nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Jednocześnie nie zakwestionowano samego faktu powstania farmy fotowoltaicznej, ani nabycia urządzeń przez końcowych inwestorów. Ustalono natomiast, że rzeczywiste dostawy towarów nastąpiły w terminach późniejszych niż wynikało to z faktur i harmonogramów rzeczowo-finansowych, które miały umożliwić rozliczenie inwestycji oraz uzyskanie dofinansowania. Organ podatkowy stwierdził, że w odniesieniu do wskazanych transakcji została utworzona sztuczna sieć podmiotów, w dużej mierze powiązanych osobowo, której celem było wystawianie faktur w określonych datach, bez rzeczywistego przeniesienia władztwa ekonomicznego nad towarami. Analogiczne ustalenia poczyniono w odniesieniu do projektu "[...] – innowacyjna usługa w zakresie cyberbezpieczeństwa". Z uwagi na obszerność materiału dowodowego oraz konieczność dalszej weryfikacji rzetelności transakcji, organ I instancji kontynuował postępowanie dowodowe, w tym zwrócił się do innych organów podatkowych o informacje dotyczące postępowań prowadzonych wobec kontrahentów spółki, a także zapoznawał się z aktami śledztwa prowadzonego przez Prokuraturę Okręgową w R. – w zakresie, na jaki uzyskano zgodę prokuratora. W skardze na powyższe postanowienie skarżąca, domagając się jego uchylenia wraz z poprzedzającym je postanowieniem NUS, zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego oraz przepisów postępowania mające istotny wpływ na wynik sprawy, tj.: 1. art. 87ust.2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm. - dalej: (ustawa o VAT) w zw. z 120, art.121 § 1 i art.124 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz.111 ze zm. - dalej: O.p.), w zw. z art. 32 ust. 1 i art. 64 ust. 2 w zw. z art. 2 i art. 21 Konstytucji RP oraz unijną zasadę neutralności i proporcjonalności, poprzez błędne przyjęcie przez DIAS, że wydanie względem [...] sp. z o.o. (tj. wystawcy spornych faktur) decyzji kasacyjnej uzasadnia przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, wynikającego z faktur, których dotyczy ta decyzja. Skoro wydana względem wystawcy ww. spornych faktur decyzja wymiarowa została uchylona, to nie można mówić o uprawdopodobnieniu istnienia podstaw w zgromadzonym materiale dowodowym do zakwestionowania prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z tych faktur, a przyjęcie przeciwnego stanowiska skutkowałaby koniecznością przyjęcia, że to podatnik musi ponieść konsekwencje niezgodnego z prawem działania organu podatkowego, a niezgodne z prawem działanie organu podatkowego wywoływałoby dla tego organu, pod kątem finansowym, takie same konsekwencje jak działanie zgodne z prawem, a ponadto prowadziłoby do tego, że to samo zdarzenie procesowe wywoływałoby różne skutki procesowe w stosunku do wystawcy spornych faktur i w stosunku do odbiorcy tych faktur, co narusza nie tylko unijną zasadę proporcjonalności i neutralności podatku VAT, ale również konstytucyjną zasadę równości we wprowadzaniu ograniczeń; 2. art. 87 ust. 2 ustawy o VAT zw. z art. 120, art.121 § 1 i art.124 O.p., poprzez uzależnianie przez DIAS przedłużenia terminu zwrotu VAT (dokonywanego już po raz 25-ty w ciągu pięciu lat prowadzenia przez organy podatkowe działań weryfikacyjnych) od pozyskania bliżej nieokreślonych dokumentów od innych organów z innych postępowań, tj. Prokuratury Okręgowej w R., Naczelnika Urzędu Skarbowego w S.czy Naczelnika Urzędu Skarbowego w B., na również bliżej nieokreślone okoliczności, bez wykazania jakie okoliczności faktyczne wymagają dalszej weryfikacji, ani jakie kolejne samodzielne czynności dowodowe organ I instancji planuje wykonać, w sytuacji gdy oczekiwanie na udostępnienie informacji i/lub dokumentów przez inne organy podatkowe oraz instytucje do tego powołane, mogłoby co najwyżej wystarczać jedynie jako motywacja dla pierwszych przedłużeń terminu zwrotu VAT, ale już nie w sytuacji takiego 25-tego przedłużenia; 3. art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w zw. z art. 120, art.121 § 1 i art. 124 O.p., poprzez uzasadnienie przez organ I instancji przyczyny przedłużania zwrotu podatku VAT "okolicznością zwrócenia się do Prokuratury Okręgowej w R. o zgodę na udostępnienie i wykorzystanie materiałów zgromadzonych przez ten organ", w sytuacji gdy zgoda ta została dokonana pismem z 13 lutego 2025 r. Tym samym, okoliczność ta nie mogła uzasadniać kolejnego przedłużenia zwrotu VAT z uwagi na to, że: - na dzień wydania przez organ I instancji zaskarżonego postanowienia w dniu 15 maja 2025 r. udzielony przez Prokuraturę Okręgową w R. w odpowiedzi na wniosek z 13 lutego 2025 r. dostęp upoważnionym pracownikom organu I instancji do akt przedmiotowego śledztwa wygasł, a przed wydaniem tego postanowienia organ I instancji nie zwrócił się ponownie do Prokuratury Okręgowej w R. o udzielenie dostępu do przedmiotowego śledztwa; - po wyrażeniu przez Prokuraturę Okręgową w R. zarządzeniem z 17 lutego 2025 r. w odpowiedzi na wniosek organu I instancji z 13 lutego 2025 r., zgody na zapoznanie się upoważnionym prawnikom organu I instancji z aktami przedmiotowego śledztwa, organ I instancji nie podjął wskazanych przez Prokuraturę działań w celu ich wykorzystania w niniejszym postpowaniu podatkowym prowadzonym względem skarżącej. Oznacza to, że przywołany przez DIAS brak możliwości włączenia do akt niniejszej sprawy podatkowej "jakichkolwiek materiałów będących w posiadaniu Prokuratury Okręgowej w Rz." jest wyłącznie rezultatem braku działań ze strony organu I instancji. Organy podatkowe nie mogą wyciągać negatywnych dla podatnika skutków ze swojego niedziałania tj. w tym przypadku przez przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, bo kłóciłoby się to z konstytucyjną zasadą państwa prawa (art.2 Konstytucji RP), jak i wynikającymi z Ordynacji podatkowej zasadami legalizmu i prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 120 O.p. i art. 121 § 1 O.p.); - w aktach sprawy nie znajdują się jakiekolwiek dowody (protokół ani żadna adnotacja) potwierdzający zapoznanie się z aktami przedmiotowego śledztwa przez pracowników organu I instancji w okresie, w którym w odpowiedzi na ten wniosek na podstawie zarządzenia Prokuratury z 17 lutego 2025 r. aktywne było udostępnienie przez Prokuraturę wyznaczonym pracownikom organu I instancji akt śledztwa (w okresie od 18 lutego 2025 r. do 18 marca 2025 r.), z czego można wnioskować że mimo zgody wydanej Prokuraturę, organ I instancji w ogóle nie zapoznał się w tym okresie z aktami śledztwa, co jednak nie przeszkodziło organom powoływać się na tę okoliczność ponownie, po raz 25-ty, przedłużając termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym; 4. art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w zw. z art. 192 O.p., art. 121 § 1 O.p., art. 123 § 1 i art.120 O.p. oraz art. 178 § 1, art. 179 § 1 i art. 216 § 1 O.p., poprzez powoływanie się przez organy jako na podstawę rozstrzygnięcia o przedłużeniu spółce terminu zwrotu nadwyżki podatki naliczonego nad należnym na protokół kontroli podatkowej spółki C. i informację od Naczelnika Urzędu Skarbowego w B. o jego wydaniu, w sytuacji gdy żaden z tych dokumentów nie był włączony do akt niniejszej sprawy podatkowej na moment wydania przez organ I instancji zaskarżonego postanowienia o przedłużeniu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Ponadto, ani organ I instancji, ani organ II instancji nie wskazał żadnych konkretnych samodzielnych czynności dowodowych, które w związku z pozyskaniem od Naczelnika Urzędu Skarbowego w B. informacji o wydaniu protokołu kontroli wydanego względem C. sp. z o.o. zamierza podjąć, ani okoliczności, które tymi czynnościami zamierza rozstrzygnąć, a jedynie, że rozważa "wystąpienie do ww. organu podatkowego o udostępnienie dowodów zebranych w toku kontroli podatkowej przeprowadzonej wobec tego kontrahenta"; 5. art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, ponieważ DIAS uzasadniając konieczność przedłużenia spółce zwrotu VAT jako okoliczności budzące "istotne wątpliwości co do zasadności zwrotu" przywołał ustalenia organu I instancji na temat okoliczności, które występowały w odniesieniu do wszystkich spornych faktur, a co do których DIAS w decyzji kasacyjnej wydanej względem wystawcy spornych dokumentujących sprzedaż na rzecz spółki falowników, smart loggerów i konstrukcji wsporczej przesądził już, że w oparciu o nie organ nie może podważać rzeczywistego charakteru transakcji i prawa do rozliczenia tych transakcji w zakresie podatku VAT, a jednocześnie DIAS nie wskazał żadnych okoliczności, które wskazywałyby, że sporne transakcje skutkowały uzyskaniem nienależnej korzyści w podatku VAT kosztem wpływów budżetowych. Powoduje to, że ww. okoliczności, na moment wydania przez organ I instancji 25-tego postanowienia o przedłużeniu spółce terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2020 r., nie mogły uzasadniać takiego przedłużenia; 6. art. 217 § 1 pkt. 5 i § 2 O.p. w zw. z art. 210 § 4 i art. 219 O.p. oraz 121 § 1, art. 124, art. 125 i art. 122 O.p., poprzez lakoniczne uzasadnienie zaskarżonego postanowienia, które zamiast precyzyjnie wskazywać co wzbudziło wątpliwość organów co do zasadności zwrotu podatku VAT (np. wskazać na istniejące rozbieżności, czy nieścisłości lub braki w materiale dowodowym) oraz jakie jeszcze okoliczności faktyczne wymagają w związku z tym zbadania i jakie w tym celu kolejne czynności dowodowe organ prowadzi albo zamierza przeprowadzić, pomimo ponad 5-letniego odraczania terminu zwrotu VAT 25-cioma postanowieniami, ograniczało się do prostego zreferowania ustaleń protokołów kontroli wydanych względem spółki oraz jej kontrahentów i ostatnich czynności podjętych w postępowaniu podatkowym w niniejszej sprawie ze wskazaniem jako przyczyn przedłużenia terminu zwrotu VAT okoliczności powielonych z poprzednich postanowień o przedłużeniu terminu na dokonanie tego zwrotu sprowadzających się do konieczności oczekiwania na pozyskanie bliżej nieokreślonych dokumentów od innych organów z innych postępowań. Co więcej, o ile DIAS (choć zdaniem strony zrobił to z naruszeniem zasady dwuinstancyjności) próbował uzupełnić uzasadnienie postanowienia organu I instancji w przedmiocie przedłużenia zwrotu podatku VAT o wskazanie okoliczności, które wzbudziły wątpliwości organów co do sensu ekonomicznego sposobu ukształtowania spornych transakcji z udziałem spółki, to nie wskazał ani w jaki sposób te wątpliwości miałyby przekładać się na nieprawidłowości w zakresie rozliczenia przez spółkę podatku VAT, bez czego nie można mówić o zasadności przedłużania zwrotu VAT, ani jakimi czynnościami dowodowymi organy zamierzają rozstrzygnąć te wątpliwości; 7. art. 233 § 1 pkt.1 O.p. i art. 127 O.p. w zw. z art. art. 217 § 1 pkt. 5 i § 2, art. 210 § 4 i art. 219 O.p. w zw. z art. 121 § 1, art. 124, art. 125 i art. 122 O.p., ponieważ zawarta w zaskarżonym postanowieniu DIAS ocena i kontrola instancyjna zasadności przedłużenia spółce postanowieniem organu I instancji z 15 maja 2025 r. terminu zwrotu VAT za marzec 2020r., miała jedynie charakter "iluzoryczny"; 8. art. 4 ust. 3 TUE w zw. z art. 267 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz.U.2004.90.864/2- dalej: TFUE) oraz art. 2 Traktatu Akcesyjnego, w zw. z art. 17 ust. 1 w zw. z art. 51 ust. 1 i art. 41 ust.1 Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej w zw. z art. 2, 21 ust.1 i art. 64 ust.2 Konstytucji RP, poprzez niezastosowanie się przez DIAS do zasady lojalnej współpracy unijnej i zasad konstytucyjnych, polegające na niezastosowaniu przy wydaniu zaskarżonego postanowienia w przedmiocie przedłużenia spółce terminu zwrotu VAT za marzec 2020 r. przepisów prawa unijnego, unijnej zasady proporcjonalności i neutralności podatku VAT oraz stanowiska wyrażanego przez TSUE, odnoszących się do zasad, którymi organy powinny kierować się przy odraczaniu podatnikowi zwrotu VAT (tj. zasady proporcjonalności, neutralności podatku VAT i dokonywania zwrotu VAT "w rozsądnym terminie") oraz wynikającej z Konstytucji PR i Karty Praw Podstawowych zasady ochrony prawa własności (art. 21 ust. 1, art. 64 ust. 2 Konstytucji RP oraz art. 17 ust. 1 w zw. z art. 51 ust. 1 Karty praw podstawowych i prawa do dobrej administracji (art. 2 Konstytucji RP oraz art. 41 ust. 1 w zw. z art. 51 ust. 1 Karty). W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko. W odniesieniu do zarzutów skargi dotyczących okoliczności zapoznawania się przez organ I instancji z materiałami zgromadzonymi przez Prokuraturę Okręgową w R. podniesiono, że powyższa okoliczność sama w sobie nie stanowi przesłanki uzasadniającej przedłużenie terminu zwrotu VAT, bowiem taką przesłankę stanowią istniejące w sprawie wątpliwości, które przez wskazane czynności miały być wyjaśnione. Wbrew twierdzeniom podatnika, brak jakichkolwiek protokołów czy adnotacji z czynności przeglądania akt w prokuraturze, nie świadczy o tym, że organ czynności tej nie wykonał. Natomiast brak możliwości włączenia do akt sprawy podatkowej materiałów będących w posiadaniu Prokuratury Okręgowej w R. nie jest rezultatem braku działań ze strony organu instancji, lecz wynika z braku zgody prokuratora. Wojewódzki Sąd Administracyjny miał na uwadze, co następuje: Zgodnie z art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 2167 ze zm.) oraz art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2019 r. poz. 2325 ze zm.; dalej: p.p.s.a.) sąd administracyjny sprawuje kontrolę działalności administracji publicznej pod względem zgodności z prawem, stosując środki przewidziane w ustawie. Przy czym, jak stanowi art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach sprawy, nie będąc związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Skarga nie zasługuje na uwzględnienie. Przedmiotem sporu w sprawie jest zasadność przedłużenia terminu do zwrotu nadwyżki VAT, w sytuacji gdy jest to kolejne przedłużenie tego terminu, umotywowane przez organ okolicznościami, które w ocenie skarżącej nie znajdują uzasadnienia w stanie faktycznym sprawy. Podstawę prawną wydania zaskarżonego postanowienia stanowił art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem, zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b, 6, 6a i 6d, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju (...). Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. Z powyższego wynika, że aby przedłużenie terminu do zwrotu podatku było prawnie skuteczne, powinny zostać spełnione dwie przesłanki. Po pierwsze, użyty przez ustawodawcę termin "przedłużyć" wskazuje na konieczność zachowania ciągłości między określonym wprost w ustawie terminem zwrotu różnicy podatku, a terminem wskazanym w postanowieniu naczelnika urzędu skarbowego. Oznacza to, że możliwość przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku istnieje dopóty, dopóki trwa pierwotny sześćdziesięciodniowy termin określony w ustawie. Wynika z tego, że postanowienie w tym przedmiocie musi zostać doręczone podatnikowi przed upływem ustawowego terminu zwrotu. (por. wyrok NSA z 9 stycznia 2001 r., sygn. III SA 2803/99). Per analogiam należy przyjąć, że jeżeli w toku sprawy zostało już wydane postanowienie o przedłużeniu terminu do zwrotu podatku, to kolejne postanowienie w tej materii musi zostać doręczone podatnikowi przed upływem terminu zwrotu określonego przez organ w poprzedzającym postanowieniu. Po drugie, uprawnienie naczelnika urzędu skarbowego do przedłużenia terminu zwrotu aktualizuje się, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Należy podkreślić, że ustawodawca uzależnił przedłużenie terminu do zwrotu nie od wykazania, że zwrot ten jest nienależny, ale od wykazania, że konieczna jest dodatkowa weryfikacja jego zasadności. Przy czym przepisy wprost określają jak ma być przeprowadzona owa weryfikacja. Przywołując brzmienie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT zdanie drugie in fine, weryfikacja rozliczenia podatnika od strony procesowej może być dokonywana w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Z kolei od strony materialnej, zgodnie z brzmieniem art. 87 ust. 2b ustawy o VAT, weryfikacja zasadności zwrotu różnicy podatku może obejmować sprawdzenie rozliczenia podatnika, rozliczeń innych podmiotów biorących udział w obrocie towarami lub usługami, będącymi przedmiotem rozliczenia podatnika oraz sprawdzenie zgodności tych rozliczeń z faktycznym przebiegiem transakcji. W orzecznictwie sądowoadministracyjnym wskazuje się, że zastosowanie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT opiera się na uznaniu administracyjnym, przy czym jest ono limitowane okolicznością w postaci stwierdzenia, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Stwierdzenie to powinno być dokonywane w oparciu o co najmniej uprawdopodobnione przesłanki. Przewidziany warunek zakłada, że przed upływem ustawowego terminu zwrotu podjęte zostały czynności zmierzające do zweryfikowania jego zasadności, lecz nie dały one jeszcze rezultatu lub jest on niejednoznaczny (por. np. wyrok Naczelnego Sadu administracyjnego z 5 października 2016 r. sygn. akt I FSK 87/15, dost. CBOiS). Uzasadnienie postanowienia wydanego w oparciu o art. 87 ust. 2 ustawy o VAT powinno zawierać powody odmowy dokonania zwrotu w terminie z przedstawieniem istniejących w tym przedmiocie wątpliwości wraz ze wskazaniem przyczyn, dla których organ uznał, że takie wątpliwości wystąpiły. Podatnik w tym zakresie powinien otrzymać jasną informację, z czego wynika powód przedłużenia terminu zwrotu podatku (por. wyrok NSA z 5 lipca 2016 r., sygn. I FSK 2039/15). W okolicznościach przedmiotowej sprawy w pierwszej kolejności należy zauważyć, że spełniona została pierwsza ze wskazanych przesłanek, gdyż postanowienie Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w Rzeszowie z 15 maja 2025 r. w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku za marzec 2020 r. zostało doręczone pełnomocnikowi skarżącej 26 maja 2025 r., a zatem w trakcie trwania terminu wyznaczonego poprzedzającym postanowieniem, który upływał 30 maja 2025r. Nawiązując do drugiej przesłanki, w ocenie Sądu zaskarżone postanowienie organu zawiera wskazanie przesłanek uzasadniających konieczność dalszego procedowania przy weryfikacji zgłoszenia, które jest wystarczające do uznania, że kolejne przedłużenie terminu do zwrotu nadwyżki jest oparte na powołanej podstawie prawnej. Innymi słowy, organ wystarczająco precyzyjnie wykazał, że zachodzi potrzeba dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu deklarowanej przez podatnika kwoty. Z akt sprawy wynika, że badanie zasadności zwrotu podatku od towarów i usług odbywało się w ramach kontroli podatkowej, zaś w kolejnym etapie w postępowaniu podatkowym. Zatem badanie zasadności zwrotu podatku odbywało się w ramach postępowań weryfikacyjnych, wskazanych w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. W przedmiotowej sprawie wskazano, że weryfikacja zasadności zwrotu nadal trwa w oparciu o postępowanie podatkowe prowadzone wobec skarżącej. Postępowanie to zostało wszczęte postanowieniem Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w Rzeszowie z 31 stycznia 2022 r. i na dzień wydania zaskarżonego postanowienia nie zakończyło się. Sąd nie podziela zarzutów skargi, co do braku uzasadnienia dla kolejnego przedłużenia terminu zwrotu. Organ I instancji wskazał, że źródłem wątpliwości co do zasadności zwrotu podatku były ustalenia kontroli podatkowej przeprowadzonej wobec skarżącej w zakresie prawidłowości rozliczeń z budżetem państwa z tytułu podatku od towarów i usług za marzec 2022 r. W toku kontroli organ zakwestionował transakcje dotyczące komponentów niezbędnych do budowy instalacji fotowoltaicznych, związane z realizacją dwóch projektów w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Podkarpackiego na lata 2014–2020, tj. "Budowa farmy fotowoltaicznej o mocy 2 MW w gminie S.." oraz "[...] – innowacyjna usługa w zakresie cyberbezpieczeństwa". Organ I instancji ustalił, że w łańcuchach dostaw poszczególnych towarów uczestniczyły podmioty powiązane ze sobą osobowo, a ponadto wykazano, iż faktury dokumentujące sporne transakcje nie odzwierciedlały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Jednocześnie nie kwestionowano samego faktu nabycia przez skarżącą towarów wskazanych na fakturach, ani istnienia farmy fotowoltaicznej w S. Zakwestionowano natomiast przebieg łańcuchów dostaw oraz istnienie powiązań osobowych pomiędzy spółkami uczestniczącymi w realizacji obu projektów, tj.: N. sp. z o.o., G. sp. z o.o., O.sp. z o.o., B. sp. z o.o., C. sp. z .o.o. i G. S. sp. z o.o., których celem – w ocenie organu – miało być wystawianie tzw. pustych faktur. Należy podkreślić, że weryfikacja okoliczności dotyczących kontrahentów skarżącej ma istotne znaczenie dla oceny jej prawa do zwrotu podatku, albowiem prawo to uzależnione jest od całokształtu okoliczności związanych z realizowanymi transakcjami. Ewentualne nieprawidłowości po stronie kontrahentów mogą wpływać na zakres praw i obowiązków podatnika w sytuacji, gdy podatnik wiedział lub – przy zachowaniu należytej staranności – powinien był wiedzieć o tych nieprawidłowościach. W tym kontekście organ wskazał na konieczność przeprowadzenia dodatkowej weryfikacji rozliczeń podatnika, wynikającą z powziętych wątpliwości co do ich prawidłowości. Wątpliwości te powstały m.in. na tle wyników postępowania podatkowego prowadzonego wobec spółki G. S., zakończonego decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 4 lipca 2024 r., w której uchylono decyzje Naczelnika Urzędu Skarbowego w S. i przekazano sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi I instancji, a także w związku z nadal toczącym się – na dzień wydania zaskarżonego postanowienia – postępowaniem podatkowym wobec C. sp. z o.o., na co zwrócił uwagę organ II instancji. Wbrew zarzutom skargi samo uchylenie decyzji podatkowej wobec kontrahenta – wystawcy faktur, nie przesądza, czy rozliczenie tej spółki w przedmiocie VAT jest prawidłowe czy też nie, a z uzasadnienia decyzji wprost wynika, że w sprawie istnieją wątpliwości odnośnie tego rozliczenia, co przesądziło o konieczności przeprowadzenia postępowania dowodowego przez organ I instancji. Reasumując, z uzasadnienia zaskarżonego rozstrzygnięcia wynika, że wobec skarżącej podjęto czynności zmierzające do zbadania zasadności zwrotu podatku, przy czym czynności te nie zostały zakończone przed dniem wydania zaskarżonego postanowienia. W konsekwencji należało uznać, że spełnione zostały przesłanki umożliwiające organowi przedłużenie terminu dokonania zwrotu VAT. Należy zaznaczyć, że instytucja, o której mowa w art.87 ust.2 ustawy o VAT, ma na celu przeciwdziałanie wyłudzeniom nienależnego zwrotu podatku, przy jednoczesnym uwzględnieniu interesów rzetelnego podatnika. W przypadku bowiem, gdy przeprowadzone czynności potwierdzą zasadność zwrotu, organ podatkowy dokonuje jego wypłaty wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej przy odroczeniu terminu płatności podatku lub rozłożeniu na raty. Odnosząc się do zarzutów skargi, należy wskazać, że wbrew twierdzeniom skarżącej, uzasadnienie postanowienia zostało sporządzone w sposób prawidłowy, a argumentacja organu uzasadniająca konieczność dodatkowej weryfikacji spornego zwrotu podatku jest spójna, logiczna i czytelna. Organ wskazał konkretne czynności wymagające przeprowadzenia, a fakt podjęcia określonych działań znajduje potwierdzenie w aktach sprawy. Obowiązujące przepisy nie ograniczają możliwości przedłużenia terminu zwrotu VAT, ani co do terminu, ani co ilości wydanych postanowień w tym przedmiocie. Wprawdzie postępowanie weryfikacyjne toczy się już kilka lat, a wydane postanowienie jest 25-tym z kolei, ale trzeba zauważyć, że weryfikacja obejmuje wiele transakcji przeprowadzonych przez wiele podmiotów, wobec których prowadzone są nie tylko liczne postępowania podatkowe, ale też postępowanie prowadzi Prokuratura Okręgowa w R. i Marszałek Województwa P. Zasada szybkości postępowania jest istotna, ale jej ścisłe egzekwowanie nie może prowadzić do naruszenia zasady praworządności. Dopóki więc istnieją w sprawie istotne wątpliwości, uniemożliwiające zakończenie weryfikacji zasadności zwrotu, dopóty istnieją przesłanki uzasadniające przedłużenie terminu zwrotu. Natomiast zarzuty co do przewlekłości postępowania mogą być podnoszone w postępowaniu podatkowym. Sąd podziela również stwierdzenia DIAS, że brak jakichkolwiek protokołów czy adnotacji z czynności przeglądania akt w prokuraturze, nie świadczy o tym, że organ czynności tej nie wykonał. Natomiast brak możliwości włączenia do akt sprawy podatkowej materiałów będących w posiadaniu Prokuratury Okręgowej w R. nie jest rezultatem braku działań ze strony organu, lecz wynika z braku zgody prokuratora. Wbrew zarzutom skargi, DIAS nie naruszył zasady dwuinstancyjności postępowania. W polskim systemie prawnym, organ odwoławczy rozpoznaje sprawę co do meritum, może korygować i uzupełniać rozstrzygnięcie wydane w I instancji. W rozpoznawanej sprawie istotnie uzasadnienie NUS było dość lakoniczne, ale organ odwoławczy rozwinął je, wskazując jakie konkretnie czynności zostaną podjęte w celu wyjaśnienia pozostających wątpliwości. Z tego względu w ocenie Sądu nie zasługują na uwzględnienie zawarte w skardze zarzuty naruszenia przepisów postępowania zawartych w Ordynacji podatkowej. Mając na uwadze całokształt zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego należy uznać, że organy obu instancji prawidłowo ustaliły stan faktyczny przedmiotowej sprawy uznając, że zwrot kwoty nadwyżki podatku od towarów i usług za marzec 2020 r. nie jest możliwy w sytuacji gdy trwa weryfikacja zasadności tego zwrotu. Wbrew zarzutom skargi trzeba stwierdzić, że to właśnie wbrew zasadzie praworządności byłoby dokonywanie zwrotu podatku czy zaliczenia wykazanego zwrotu bez jakiejkolwiek weryfikacji, co do jego zasadności. Jak wskazano powyżej, przesłanki wydania postanowienia określone w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w niniejszej sprawie zostały spełnione. Sąd nie dopatrzył się naruszenia wskazanych w skardze przepisów prawa materialnego, ani procedury podatkowej, dlatego na podstawie art. 151 P.p.s.a., oddalił skargę.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 29.07.2026. · Źródło