III SA/Wa 1945/15
WyrokWSA w Warszawie2016-08-09
Skład orzekający: Agnieszka Góra-Błaszczykowska, Tomasz Janeczko, Waldemar Śledzik
Analiza orzeczenia
Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.
Zagadnienie prawne
Czy w przypadku uchylenia decyzji organu pierwszej instancji i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania, termin 3-miesięczny, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej, należy liczyć sumując czasookresy trwania postępowania przed organem pierwszej instancji od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia ponownej decyzji organu pierwszej instancji, czy też należy go liczyć na nowo od dnia zwrotu akt do organu pierwszej instancji?Ratio decidendi
Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał, że w przypadku uchylenia decyzji organu pierwszej instancji i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania, termin 3-miesięczny, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej, należy liczyć sumując czasookresy trwania postępowania przed organem pierwszej instancji od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia ponownej decyzji. Sąd oparł swoje rozstrzygnięcie na uchwale siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 25 października 2015 r. sygn. akt I FPS 2/15, która przesądziła o takiej wykładni przepisów.Stan faktyczny
Sprawa dotyczyła zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. oraz naliczenia odsetek za zwłokę. Skarżąca kwestionowała okresy, za które naliczono odsetki, wskazując na naruszenie art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej w związku z uchyleniem decyzji i ponownym rozpatrywaniem sprawy. Organy podatkowe uznały, że przerwy w naliczaniu odsetek należy liczyć od nowa po każdym uchyleniu decyzji, podczas gdy Skarżąca domagała się sumowania okresów od wszczęcia postępowania do doręczenia ostatecznej decyzji.Rozstrzygnięcie
Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylił zaskarżone postanowienie i zasądził od Dyrektora Izby Skarbowej na rzecz Skarżącej zwrot kosztów postępowania sądowego.Pełny tekst orzeczenia
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Agnieszka Góra-Błaszczykowska, Sędziowie sędzia WSA Tomasz Janeczko, sędzia WSA Waldemar Śledzik (sprawozdawca), Protokolant specjalista Lidia Wasilewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 9 sierpnia 2016 r. sprawy ze skargi S. S.A. z siedzibą w W. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] czerwca 2015 r. nr [...] w przedmiocie zaliczenia wpłaty z dnia 24 marca 2015 r. na poczet zaległości podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za grudzień 2007 r. 1) uchyla zaskarżone postanowienie, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz S. S.A. z siedzibą w W. kwotę 100 z (słownie: sto złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
S. S.A. z siedzibą w W. (zwana dalej: "Skarżącą") złożyła w dniu 31 marca 2008 r. do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. (zwanego dalej: "organem pierwszej instancji") korektę zeznania o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych (CIT-8) za 2007r., w której wykazała kwotę nadpłaty w wysokości 7.589.037 zł. Zwrotu nadpłaty dokonano w dniu 24 czerwca 2008 r.
W dniu 23 czerwca 2008 r. Skarżąca złożyła do organu pierwszej instancji kolejną korektę zeznania o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych za 2007 r. z wykazaną kwotą nadpłaty w wysokości 7.917.771 zł, tj. wyższą o 328.734 zł od wykazanej w korekcie CIT-8 z dnia 31 marca 2008 r. Nadpłata zaliczona została na zobowiązanie w podatku od towarów i usług za wrzesień 2008 r., którego termin płatności upływał w dniu 27 października 2008 r.
W dniu [...] maja 2013 r. organ pierwszej instancji wszczął wobec Skarżącej postępowanie kontrolne w zakresie prawidłowości rozliczeń z budżetem państwa z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2007 r., które zakończone zostało doręczeniem Skarżącej, w dniu 25 czerwca 2013r., protokołu kontroli.
W dniu 6 sierpnia 2013 r. na konto organu podatkowego wpłynęła wpłata w wysokości 198.593 zł tytułem "[...] ".
W dniu 9 sierpnia 2013 r. Skarżąca złożyła do organu pierwszej instancji kolejną korektę zeznania o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych (CIT-8) za 2007 r., w której wykazała kwotę nadpłaty w wysokości 7.796.019 zł, tj. niższą o 121.752 zł od wykazanej w korekcie zeznania CIT-8 z dnia 23 czerwca 2008 r.
Postanowieniem z dnia [...] sierpnia 2013 r. doręczonym w tym samym dniu, organ pierwszej instancji wszczął postępowanie podatkowe wobec Skarżącej w sprawie określenia wysokości zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. Następnie decyzją z dnia [...] listopada 2013 r., doręczoną w dniu 12 listopada 2013 r., organ pierwszej instancji określił Skarżącej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. w kwocie 3.373.550 zł.
W dniu 12 grudnia 2013 r. do Izby Skarbowej w W. wpłynęło odwołanie Skarżącej od decyzji organu pierwszej instancji z dnia [...] listopada 2013 r., po rozpatrzeniu którego Dyrektor Izby Skarbowej w W. (zwany dalej: "organem odwoławczym") decyzją z dnia [...] maja 2014 r., doręczoną w dniu 4 czerwca 2014 r., uchylił powyższą decyzję organu pierwszej instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia temu organowi. Akta sprawy wraz z decyzją organu odwoławczego zwrócone zostały do organu pierwszej instancji w dniu 24 czerwca 2014 r.
Po ponownym rozpatrzeniu sprawy organ pierwszej instancji decyzją z dnia [...] marca 2015 r. określił Skarżącej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. w wysokości 2.470.916 zł. W wyniku wydania ww. decyzji ujawniona została zaległość w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. w wysokości 1.692.176 zł. Decyzję doręczono Skarżącej w dniu 9 marca 2015 r. W dniu 9 marca 2015 r. Skarżąca wpłaciła na poczet ww. zaległości kwotę 2.756.936 zł.
Następnie organ pierwszej instancji postanowieniem z dnia [...] marca 2015 r., wydanym na podstawie art. 62 § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012r., poz. 749 z późn. zm.) - zwanej dalej: "O.p." poinformował Skarżącą o dokonaniu zaliczenia wpłaty z dnia 24 marca 2015 r. w kwocie 90.259 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r., w tym:
- kwotę 55.018 zł - na należność główną,
- kwotę 35.229 zł - na odsetki za zwłokę naliczone za okres od dnia 27 października 2008r. do dnia 24 marca 2015 r. z wyłączeniem okresu od dnia 13 lutego 2014 r. do dnia 4 czerwca 2014 r. na podstawie art. 54 § 1 pkt 3 O.p. oraz okresu od dnia 24 czerwca 2014r. do dnia 9 marca 2015 r. na podstawie art. 54 § 3 O.p.
oraz wskazał kwotę nadpłaty w wysokości 12 zł.
W uzasadnieniu powyższego postanowienia organ pierwszej instancji wskazał, że stosownie do treści art. 62 § 1 O.p., jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku, począwszy od zobowiązania o najwcześniejszym terminie płatności, chyba że podatnik wskaże, na poczet którego zobowiązania dokonuje wpłaty. Organ pierwszej instancji stwierdził ponadto, że stosownie do treści art. 55 § 2 O.p., jeżeli wpłata nie pokrywa kwoty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę, wpłatę tę zalicza się proporcjonalnie na poczet kwoty zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim, w dniu wpłaty, pozostaje kwota zaległości podatkowej do kwoty odsetek za zwłokę.
Skarżąca pismem z dnia 7 kwietnia 2015 r. wniosła zażalenie na powyższe postanowienie organu pierwszej instancji, wnosząc o jego uchylenie oraz naliczenie odsetek od zaległości podatkowej w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. zgodnie z art. 54 § 1 pkt 7 O.p.
W uzasadnieniu zażalenia Skarżąca wskazała, że kwestionuje okresy za które naliczone zostały odsetki za zwłokę w zaskarżonym postanowieniu organu pierwszej instancji. W opinii Skarżącej, od zaległości w kwocie 206.982 zł odsetki za zwłokę winny być naliczone od dnia 27 października 2008 r., natomiast od zaległości w kwocie 1.485.194 zł odsetki za zwłokę winny być naliczone od dnia 24 czerwca 2008 r. W obu przypadkach odsetki winny być naliczone do dnia 22 sierpnia 2013 r., tj. do dnia wszczęcia postępowania podatkowego wobec Skarżącej, gdyż zgodnie z art. 54 § 1 pkt 7 O.p., odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Skarżąca zauważyła również w tym miejscu, że powyższy przepis stosuje się także w razie uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia oraz stwierdzenia nieważności (art. 53 § 3 O.p.). Postępowanie podatkowe wszczęte zostało w dniu [...] sierpnia 2013 r., zaś decyzja wydana po ponownym rozpatrzeniu sprawy doręczona została w dniu 9 marca 2015 r. Powyższe oznacza zdaniem Skarżącej, że zgodnie z powołanymi przepisami odsetki za zwłokę nie powinny być naliczane za okres od dnia 22 sierpnia 2013 r. do dnia 9 marca 2015r.
Organ odwoławczy po rozpatrzeniu powyższego zażalenia postanowieniem z dnia [...] czerwca 2015 r. utrzymał w mocy zaskarżone postanowienie organu pierwszej instancji.
W uzasadnieniu organ odwoławczy wskazał na wstępie, że przedmiotem sporu w niniejszej sprawie jest wysokość odsetek za zwłokę naliczonych od zaległości Skarżącej w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. Organ odwoławczy powołał się następnie na treść przepisów art. 51 § 1, art. 52 § 1 pkt 1, art. 53 § 1, art. 54 § 1 i § 3 O.p., wskazując że w świetle powołanych przepisów należy stwierdzić, iż jeżeli w sprawie zachodzą okoliczności wskazane w pkt 3 i 7 § 1 art. 54 O.p. organ podatkowy zobowiązany jest zastosować przerwę w naliczaniu odsetek za zwłokę. Zdaniem organu odwoławczego, przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę określone w art. 54 § 1 pkt 3 i 7 O.p. należy zastosować również, zgodnie z art. 54 § 3 O.p. w razie uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia. Natomiast decyzja organu pierwszej instancji z dnia [...] listopada 2013 r., jak wynika z akt sprawy, została doręczona Skarżącej w terminie 3 miesięcy od wszczęcia postępowania podatkowego. Tym samym brak jest podstaw do zastosowania za ten okres przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę, o której stanowi art. 54 § 1 pkt 7 O.p. Organ odwoławczy zauważył również w tym miejscu, że odwołanie od decyzji organu pierwszej instancji z dnia [...] listopada 2013 r. wraz z aktami sprawy wpłynęło do Izby Skarbowej w W. w dniu 12 grudnia 2013 r., a zatem dwumiesięczny termin na jego rozpatrzenie upływał w dniu 12 lutego 2014 r. Tymczasem decyzja organu odwoławczego wydana została w dniu [...] maja 2014 r., a doręczona Skarżącej w dniu 4 czerwca 2014 r. Powyższe oznacza zdaniem organu odwoławczego, że organ pierwszej instancji powołując się na treść przepisu art. 54 § 1 pkt 3 O.p., zasadnie zastosował przerwę w naliczaniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. za okres od dnia 13 lutego 2014 r. do dnia 4 czerwca 2014 r.
Organ odwoławczy uznał również, że w sposób prawidłowy, na podstawie art. 54 § 1 pkt 7 w związku z art. 54 § 3 O.p., zastosowana została przez organ pierwszej instancji przerwa w naliczaniu odsetek za zwłokę za okres od dnia 24 czerwca 2014r. do dnia 9 marca 2015 r. Z treści art. 54 § 3 O.p. wynika bowiem, że w razie uchylenia decyzji organu pierwszej instancji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia również znajduje zastosowanie przepis art. 54 § 1 pkt 7 O.p. Organ odwoławczy zauważył w tym miejscu, że akta sprawy wraz z decyzją tego organu z dnia [...] maja 2014 r. przekazane zostały do organu pierwszej instancji w dniu 24 czerwca 2014 r. i od tego dnia należy liczyć trzymiesięczny termin na wydanie i doręczenie decyzji organu pierwszej instancji wydanej po ponownym rozpatrzeniu sprawy. Zatem trzymiesięczny termin na wydanie decyzji przez organ pierwszej instancji upływał w dniu 24 września 2014 r. Tymczasem decyzja organu pierwszej instancji wydana została w dniu 2 marca 2015 r., zaś doręczona Skarżącej w dniu 9 marca 2015 r. Powyższe oznacza zdaniem organu odwoławczego, że organ pierwszej instancji zasadnie uznał, że za okres od dnia 24 czerwca 2014 r. do dnia 9 marca 2015 r., należy zastosować na podstawie art. 54 § 1 pkt 7 O.p. przerwę w naliczaniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych.
Organ odwoławczy odnosząc się ponadto do zawartego w zażaleniu Skarżącej stwierdzenia, że przy naliczaniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. należało zastosować przerwę za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego, tj. od dnia 22 sierpnia 2013r. do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji z dnia [...] marca 2015 r., tj. do dnia 9 marca 2015 r., powołał się na pogląd wyrażony w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2011r. sygn. akt II FSK 383/11, stwierdzając że brak jest normatywnych podstaw do tego by przy ustalaniu 3 miesięcznego terminu, o którym stanowi art. 54 § 1 pkt 7 O.p., łączyć terminy prowadzenia postępowania przez organ pierwszej instancji od momentu jego wszczęcia do chwili wydania decyzji przez ten organ w sytuacji, gdy było kilka decyzji w wyniku ich uchylenia oraz, że uchylenie decyzji i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia skutkuje tym, że terminy o których mowa w art. 54 § 1 pkt 2, pkt 3 i pkt 7 O.p. liczone są na nowo i nie podlegają sumowaniu z dotychczasowymi. W konsekwencji przepis art. 54 § 1 pkt 7 i § 3 O.p. nie stanowi zdaniem organu odwoławczego, podstawy prawnej do zastosowania przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. za okres od dnia 22 sierpnia 2013 r. do dnia 9 marca 2015 r. Biorąc powyższe pod uwagę organ odwoławczy za niezasadny uznał zarzut Skarżącej, że przy naliczaniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. należało zastosować przerwę za okres od dnia 22 sierpnia 2013 r. do dnia 9 marca 2015 r.
Skarżąca zaskarżyła następnie powyższe postanowienie organu odwoławczego z dnia [...] czerwca 2015 r., wnosząc skargę w piśmie z dnia 26 czerwca 2015 r., w której wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia wraz z poprzedzającym postanowieniem organu pierwszej instancji oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania według norm przepisanych. Skarżąca zarzuciła w skardze naruszenie następujących przepisów:
1) art. 53 § 1 w zw. z art. 54 § 1 pkt 3 i 7 w zw. z art. 54 § 3 O.p., poprzez nieprawidłowe naliczenie odsetek od jej zaległości podatkowej,
2) art. 121 § 1 O.p. poprzez nieuzasadnione przerzucenie na nią odpowiedzialności za błędną (tj. uchyloną decyzją organu odwoławczego) decyzję organu pierwszej instancji określającą zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2007 r. w nieprawidłowej wysokości.
Skarżąca w uzasadnieniu skargi zarzuciła, że zaprezentowana w zaskarżonym postanowieniu wykładnia przepisu art. 54 § 3 O.p. jest nieprawidłowa. Zdaniem Skarżącej, przyjęcie stanowiska organów podatkowych w kwestii kalkulacji spornych odsetek w sposób istotny zmienia brzmienie art. 54 § 1 pkt 7 O.p., gdyż oznacza, że po uchyleniu decyzji organu pierwszej instancji i przekazaniu sprawy do ponownego rozpoznania, odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, a nie jak wskazane zostało w zaskarżonym postanowieniu - od dnia zwrotu akt organowi pierwszej instancji wraz z decyzją przekazującą sprawę do ponownego rozpatrzenia. W opinii Skarżącej, taka interpretacja przepisu art. 54 § 1 pkt 7 O.p. jest niekorzystna i obciążająca podatnika skutkami wadliwego prowadzenia postępowania przez organ podatkowy.
Skarżąca wskazała również, że przepis art. 54 § 3 O.p. pełni rolę dyscyplinującą dla organów podatkowych. W ocenie Skarżącej, z gramatycznej wykładni art. 54 § 1 pkt 7 w powiązaniu z art. 54 § 3 O.p. jasno wynika, że gdy okres załatwienia tej samej sprawy w razie uchylenia decyzji i przekazania jej do ponownego rozpatrzenia liczony od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia ponownego doręczenia decyzji organu pierwszej instancji przekroczył 3 miesiące, za cały okres prowadzenia tego postępowania podatkowego nie nalicza się odsetek za zwłokę. Zdaniem Skarżącej, z analizy wyżej powołanych przepisów wynika, że konsekwencji negatywnych zachowań organów nie ponosi podatnik czego potwierdzeniem jest treść przepisu art. 54 § 2 O.p., który stanowi, że przepisu § 1 pkt 3 i 7 nie stosuje się jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Zatem konsekwencjami wyeliminowania z obrotu prawnego decyzji nie powinien być obarczany podatnik, zaś konsekwencją powyższego, w ocenie Skarżącej, jest naruszenie art. 121 § 1 O.p.
Organ odwoławczy w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:
Zgodnie z art. 184 Konstytucji RP, w związku z art. 1 § 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. - Dz. U. z 2014r., poz. 1647 ze zm.) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej.
Stosownie do art. 145 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. - Dz. U. z 2012r., poz. 270 ze zm., zwaną dalej "p.p.s.a.") uwzględnienie skargi następuje w przypadku naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego albo innego naruszenia przepisów postępowania, jeśli mogło mieć ono istotny wpływ na wynik sprawy. Ponadto, zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a.
Badając w świetle wskazanych kryteriów zaskarżone postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] czerwca 2015r. utrzymujące w mocy postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...] marca 2015r. w sprawie zaliczenia wpłaty z dnia 9 marca w kwocie 90.259 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007r. oraz odsetek za zwłokę, Sąd uznał, iż skarga podlega uwzględnieniu albowiem zaskarżone postanowienie narusza zarówno przepisy prawa materialnego, jak przepisy procesowe, które miały wpływ na wynik sprawy.
W rozpoznawanej sprawie stan faktyczny jest niesporny. Istota sporu między stronami sprowadza się – co do zasady – do kwestii wykładni przepisu art. 54 § 3 O.p. w związku z brzmieniem art. 54 § 1 pkt 7 tejże ustawy, a w szczególności czy art. 54 § 1 pkt 7 O.p. należy intepretować w ten sposób, że termin 3 miesięcy należy liczyć od dnia wszczęcia postępowania do doręczenia ostatniej w sprawie decyzji organu pierwszej instancji czy też termin ten należy liczyć każdorazowo po każdym uchyleniu zaskarżonej decyzji, jak to uczynił w rozstrzyganej sprawie Organ odwoławczy.
Zdaniem Skarżącej, z powyższych przepisów "jasno" wynika, że po uchyleniu decyzji organu pierwszej instancji i przekazaniu sprawy do ponownego rozpoznania, odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, czego "dodatkowym" potwierdzeniem jest przepis art. 54 § 2 O.p., który stanowi, że przepisu § 1 pkt 3 i 7 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu.
W ocenie Organu zaprezentowana przez Skarżącą wykładnia "liczenia" terminu, określonego w art. 54 § 1 pkt 7 O.p., przy ponownym rozpatrywaniu sprawy, jest nieuprawniona, gdyż termin ten należy liczyć od dnia, w którym organ pierwszej instancji otrzymuje akta sprawy, co ma swoje oparcie w przepisie art. 187 § 1w związku z art. 234a O.p. Zgodnie z tymi przepisami organ podatkowy jest bowiem zobowiązany wydać swoje rozstrzygnięcie na podstawie całokształtu zgromadzonego materiału dowodowego, zaś przepis art. 234a O.p. stanowi, że organ odwoławczy zwraca akta sprawy organowi pierwszej instancji nie wcześniej niż po upływie terminu do wniesienia skargi do sądu administracyjnego, a zatem dopiero w dniu, w którym organ odwoławczym zwraca akta organowi pierwszej instancji możliwym jest przystąpienie do ponownego rozpatrywania sprawy. Na gruncie przedmiotowej sprawy należało więc przyjąć, że trzymiesięczny termin na wydanie decyzji przez organ pierwszej instancji upływał w dniu 24 września 2014r. i dlatego należało zastosować przerwę w naliczaniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za okres od dnia 24 czerwca 2014r. do dnia 9 marca 2015r. W konsekwencji Organ przyjął za błędne stanowisko Spółki, że za okres od 22 sierpnia 2013r. (tj. daty wszczęcia postępowania podatkowego) do dnia otrzymania ostatniej decyzji organu I instancji organ nie powinien naliczać odsetek za zwłokę.
Odnosząc się do tak zakreślonego sporu na wstępie przypomnieć należy, że zgodnie z art. 62 § 1 O.p., jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku, począwszy od zobowiązania o najwcześniejszym terminie płatności, chyba że podatnik wskaże, na poczet którego zobowiązania dokonuje wpłaty. Zgodnie z § 4 cyt. artykułu, do wpłat zaliczanych na poczet zaległości podatkowej stosuje się art. 55 § 2. Obowiązek naliczania odsetek za zwłokę powstaje z mocy prawa i wynika z samego faktu wystąpienia zaległości podatkowej.
Jednocześnie art. 55 O.p. wskazuje, że odsetki za zwłokę wpłacane są bez wezwania organu podatkowego, jeśli natomiast wpłata nie pokrywa kwoty zaległości wraz z odsetkami za zwłokę, rozlicza się ją proporcjonalnie, czyli zalicza na poczet zaległości podatkowej oraz odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim w dniu wpłaty pozostaje kwota zaległości do kwoty odsetek. Oznacza to, że z chwilą wpłaty na poczet zaległego podatku, organ podatkowy ma obowiązek zarachowania jej proporcjonalnie na należność główną i odsetki za zwłokę.
Dalej stwierdzić należy, że kwestia odsetek za czas postępowania podatkowego pierwszoinstancyjnego uregulowana została w treści art. 54 §1 pkt 7 O.p. Przewiduje on, że nie nalicza się odsetek za zwłokę jeżeli od wszczęcia postępowania podatkowego do doręczenia decyzji upłynęło więcej niż 3 miesiące. Powyższy przepis, na podstawie art. 54 § 3 O.p. stosuje się również w razie uchylenie decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia oraz stwierdzenia nieważności decyzji.
W tym miejscu Sąd zauważa - odnosząc się do kluczowej kwestii spornej – że w orzecznictwie sądowoadministracyjnym pojawiły się rozbieżne stanowiska co do rozumienia i wykładni treści art. 54 § 3 Ordynacji podatkowej, tj. czy wraz z wydaniem decyzji kasatoryjnej i przekazaniem akt sprawy organowi pierwszej instancji termin, o którym mowa w art. 54 §1 pkt 7 tej ustawy, rozpoczyna swój bieg na nowo, czy też czas trwania postępowanie przed organem pierwszej instancji sumuje się.
Nie wdając się w szczegółowe rozważania co do przywoływanej argumentacji prawnej na potwierdzenie przeciwstawnych sobie stanowisk a w konsekwencji rozbieżnych wyroków sądowych skonstatować należy, że Naczelny Sąd Administracyjny dostrzegając wątpliwości w tym zakresie postanowieniem z dnia 3 marca 2015r. przedstawił do rozpoznania składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego wyłaniające się na tym tle następujące zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, a mianowicie : "Czy art. 54 § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja Podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749) należy tak rozumieć, że w razie uchylenia decyzji organu pierwszej instancji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia termin 3-miesięczny, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O. p., należy – sumując czasookresy trwania postępowania przed organem pierwszej instancji – liczyć od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia ponownej decyzji organu pierwszej instancji, czy też termin ten należy od nowa liczyć od dnia zwrotu akt do organu pierwszej instancji w celu ponownego rozpoznania sprawy po uchyleniu poprzedniej decyzji."
Odpowiadając na powyższe pytanie Naczelny Sąd Administracyjny, działając w składzie siedmiu sędziów tego sądu, w dniu 25 października 2015r. w sprawie o sygn. akt I FPS 2/15 podjął następującą uchwałę: "Artykuł 54 § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja Podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749 z późn. zm.) należy tak rozumieć, że w razie uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania, termin 3-miesięczny, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej należy liczyć – sumując czasookresy trwania postępowania przed organem pierwszej instancji – od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia ponownej decyzji organu pierwszej instancji".
W tym stanie rzeczy, mając na uwadze, że - po pierwsze, zaskarżone rozstrzygnięcie dotyczy okresu i stanu prawnego, o którym mowa w przytoczonej uchwale siedmiu sędziów NSA oraz, że – po drugie, sąd administracyjny z mocy art. 269 § 1 p.p.s.a. związany jest rozstrzygnięciem zawartym w tego rodzaju uchwale, sąd w składzie orzekającym zobowiązany był uchylić zaskarżone postanowienie albowiem podstawą stanowiska organów było przyjęcie, iż w realiach sprawy termin, określony w art. 54 § 1 pkt 7 O.p., przy ponownym rozpatrywaniu sprawy, należy liczyć od dnia, w którym organ pierwszej instancji otrzymuje akta sprawy, podczas gdy z przywołanej uchwały wynika, że należy zsumować "cały" czas trwania postępowania przed organem pierwszej instancji.
Ponownie rozpoznając sprawę Organ będzie zatem obowiązany do rozpoznania sprawy i poczynienia ustaleń w oparciu o sposób liczenia czasu trwania postępowania przedstawiony w powołanej uchwale.
Końcowo Sąd zauważa, że wyrażonego w niniejszej wyroku składu orzekającego stanowiska prawnego nie może zmienić okoliczność, iż z dniem 1 stycznia 2016r. "sporny" przepis § 3 art. 54 O.p. otrzymał brzmienie zgodne z prezentowanym przez Organ odwoławczy w przedmiotowej sprawie, tj., że – w interesującym nas zakresie – "(...) W tym przypadku terminy liczone są na nowo od dnia otrzymania akt sprawy i nie podlegają sumowaniu z dotychczasowymi".
Jak już bowiem stwierdzono wcześniej, w stanie prawnym rozstrzyganej sprawy (a więc przed nowelizacją wskazanego przepisu) kwestia wykładni art. 54 § 3 O.p. budziła poważne wątpliwości, które zostały jednoznacznie przesądzone przywołaną uchwałą NSA z dnia 26 października 2015r. (sygn. I FPS 2/15) poprzez przyjęcie, że w razie uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania, termin 3-miesięczny, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej, należy liczyć sumując czasookresy trwania postępowania przed organem pierwszej instancji – od dnia wszczęcia postępowania podatkowego, do dnia doręczenia ponownej decyzji organu pierwszej instancji.
Sąd w składzie orzekającym, mimo – jak stwierdzono wyżej - "korzystnej" ostatecznie dla organów podatkowych zmiany treści przez ustawodawcę przepisu § 3 art. 54 O.p. nie znajduje jednak podstaw przedstawienia tego zagadnienia do ponownego rozstrzygnięcia odpowiedniemu składowi Naczelnego Sądu Administracyjnego, gdyż w pełni identyfikuje się z poglądem wyrażonym przez NSA w przedmiotowej uchwale, a mianowicie, że skoro uzasadnieniem dla wydania decyzji kasatoryjnej jest tak dalece idąca ułomność postępowania prowadzonego przez organ pierwszej instancji, że wydanie rozstrzygnięcia merytorycznego wymaga przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub części, zaś przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia nie wszczyna nowego postępowania, to tym samym przyjęcie tezy interpretacyjnej Organu, zgodnie z którą okresy trwania postępowania przed organem pierwszej instancji nie sumują się, prowadziłoby do sprzecznego z art. 32 ust. 1 Konstytucji Rzeczypospolitej Polski różnicowania sytuacji podmiotów, wobec których postępowanie zakończyło się wraz z wydaniem przez organ odwoławczy decyzji ostatecznej, utrzymującej w mocy rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji względem tych, wobec których koniecznym okazało się wydanie decyzji kasatoryjnej.
Reasumując, ponieważ zaskarżona decyzja narusza przepisy prawa materialnego tj. art. 53 § 3 w zw. z art. 54 § 1 pkt 3 i 7 O.p. poprzez nieprawidłowe naliczenie odsetek od zaległości podatkowej Skarżącej, a także przepisy procesowe, tj. art. 121 § 1 O.p. poprzez nieuzasadnione przerzucenie na Skarżącą odpowiedzialności za błędną (tj. uchyloną decyzją kasatoryjną organu odwoławczego) decyzję organu pierwszej instancji określającą zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2007 r. w nieprawidłowej wysokości, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a orzekł, jak w pkt 1 w sentencji wyroku, uchylając zaskarżone postanowienie. O zwrocie kosztów postepowania sądowego Sąd orzekła na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 1 p.p.s.a
Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 27.07.2026. · Źródło