III SA/Wa 1970/25
WyrokWSA w Warszawie2025-12-10
Skład orzekający: Piotr Dębkowski, Tomasz Grzybowski, Anna Zaorska
Analiza orzeczenia
Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.
Zagadnienie prawne
Czy podatnikowi przysługuje oprocentowanie nadpłaty podatku od towarów i usług, gdy nadpłata została stwierdzona w trybie art. 74a Ordynacji podatkowej, a żądanie jej zwrotu zgłoszono w toku postępowania kontrolnego?Ratio decidendi
Sąd uznał, że organ podatkowy błędnie odmówił wypłaty oprocentowania nadpłaty. Zastosowanie niższej stawki VAT, potwierdzone ostatecznymi decyzjami NSA, skutkowało powstaniem nadpłaty, która powinna podlegać oprocentowaniu. Organ nieprawidłowo zinterpretował przepisy Ordynacji podatkowej, ignorując konstytucyjne zasady i zobowiązania traktatowe dotyczące rekompensaty za bezprawne dysponowanie środkami podatnika. Sąd podkreślił, że nawet jeśli żądanie zwrotu nadpłaty zgłoszono w toku postępowania kontrolnego, powinno ono zostać merytorycznie rozpatrzone, a przepisy Ordynacji podatkowej nie wykluczają oprocentowania w takiej sytuacji.Stan faktyczny
Spółka M. Sp. z o.o. domagała się wypłaty oprocentowania nadpłat w podatku od towarów i usług za lata 2012-2014, które powstały w wyniku zastosowania niższej stawki VAT (5% zamiast 8%) do sprzedaży posiłków. Organy podatkowe odmówiły wypłaty oprocentowania, uznając, że spółka nie złożyła wniosków o stwierdzenie nadpłaty w odpowiednim terminie i trybie. Spółka argumentowała, że jej pisma złożone w toku postępowania kontrolnego powinny być traktowane jako wnioski nadpłatowe, a nadpłata wynikała z błędnych decyzji organów i naruszenia prawa UE. Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylił decyzje organów, uznając ich stanowisko za nieprawidłowe.Rozstrzygnięcie
Uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Warszawie, zasądził od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz M.Sp. z o.o. kwotę 997 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.Pełny tekst orzeczenia
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Piotr Dębkowski, Sędziowie sędzia WSA Tomasz Grzybowski (sprawozdawca), sędzia WSA Anna Zaorska, Protokolant sekretarz sądowy Krzysztof Durka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 10 grudnia 2025 r. sprawy ze skargi M. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] lipca 2025 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wypłaty oprocentowania nadpłat w podatku od towarów i usług za okres od I kwartału 2012 r. do IV kwartału 2014 r. oraz oprocentowania zwrotu za IV kwartał 2014 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Warszawie z dnia [...] kwietnia 2025 r., nr [...], 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz M.Sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 997 zł (dziewięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Zaskarżoną decyzją z [...] lipca 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] kwietnia 2025 r., wydaną wobec M. spółki z o.o. z siedzibą w W. (skarżąca), odmawiającą wypłaty oprocentowania nadpłat (oraz oprocentowania zwrotu) w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe lat 2012-2014. Stan faktyczny sprawy przedstawia się następująco.
Z uwagi na korzystne dla skarżącej prawomocne wyroki NSA o sygn. I FSK 493-494/19, spory nadpłatowe zakończyły ostateczne decyzje Naczelnika [...] Celno-Skarbowego w W, z [...] maja 2024 r., w których uznano, że podatnik powinien zastosować stawkę 5% VAT (w miejsce stawki 8%) do dokonywanej przez siebie sprzedaży gotowych posiłków i dań: wewnątrz punktów sprzedaży (sprzedaż typu in store), z okienek zewnętrznych punktów sprzedaży (sprzedaż typu drive in i walk through), jak też wewnątrz galerii handlowych w wyznaczonych strefach (sprzedaż typu food court). Spółka korzystała bowiem z ochrony wynikającej z wydanych wobec niej interpretacji indywidualnych, na podstawie art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej. Wobec tego nastąpiło zmniejszenie podstawy opodatkowania (wskutek zastosowania niższej stawki podatku) i odpowiednio do tego określono kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym / nadpłatę w odniesieniu do poszczególnych okresów rozliczeniowych. W rezultacie spółka otrzymała zwrot różnicy podatku oraz nadpłat, jednakże bez naliczenia oprocentowania (opis na s. 5-9 decyzji).
Z kolei spór w sprawie niniejszej zainicjował wniosek skarżącej z 24 grudnia 2024 r. o zwrot nadpłaty z tytułu niezwróconego oprocentowania dotyczącego ww. okresów rozliczeniowych. We wniosku spółka domagała się oprocentowania nadpłaty i zwrotu podatku związanego ze sprzedażą realizowaną w modelu in store naliczonego od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty/różnicy podatku (której to czynności spółka dokonała w toku postępowań kontrolnych), jak też od dnia powstania nadpłaty (ew. różnicy podatku) za poszczególne okresy rozliczeniowe. We wskazanym zakresie skarżąca nie zastosowała się do korzystnej dla siebie interpretacji indywidualnej i domagała się uwzględnienia obniżonej stawki podatku w postępowaniu kontrolnym. Zdaniem podatnika w przedmiotowym przypadku niejako nakładają się na siebie zróżnicowane źródła nadpłaty, z których każde powinno podlegać oprocentowaniu, tzn. złożenie wniosków o stwierdzenie i zwrot nadpłaty oraz nadwyżki podatku naliczonego, wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie C-703/19, a także uchylenie pierwotnie wydanych decyzji wymiarowych (opis stanowiska skarżącej na s. 9-11 decyzji).
Odnosząc się do wskazanego wniosku w zaskarżonej decyzji wywiedziono, że jego podstawy nie można (wbrew stanowisku skarżącej) upatrywać w art. 78 § 3 pkt 3 lit. b Ordynacji podatkowej. Poza tym, że potraktowanie pism strony złożonych w toku postępowań kontrolnych jako wniosków nadpłatowych jest wykluczone z uwagi na ograniczenia wynikające z art. 79 § 1 oraz art. 81b § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, to nie można uznać że takie żądanie wynika z ich treści; spółka nie złożyła także korekt deklaracji. Były to wyłącznie pisma procesowe, w których strona wnioskowała o uwzględnienie w toku postępowania kontrolnego interpretacji indywidualnych oraz wskazanej w nich stawki podatku (a do których odniesiono się merytorycznie w protokole badania ksiąg skarżącej). Do dnia wszczęcia postępowania kontrolnego spółka nie złożyła korekt deklaracji i nie wnioskowała o stwierdzenie nadpłaty, co wyklucza rekompensatę (w postaci oprocentowania). Zdaniem organu skarżąca miała wystarczający czas, ponad roku – od wydania w maju 2015 r. interpretacji indywidualnej dotyczącej sprzedaży typu in store do wszczęcia postępowania kontrolnego – by zastosować się do pozytywnej dla niej interpretacji i żądać stwierdzenia nadpłaty oraz skorygować deklaracje podatkowe. Żądanie uwzględnienia stanowiska wynikającego z ww. interpretacji zgłosiła dopiero na etapie postępowania kontrolnego, wszczętego w czerwcu 2016 r. przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. Zaniechania w ww. zakresie postrzegać należy jako działanie na własną niekorzyść, które nie może skutkować obciążeniem organu skutkami tego stanu rzeczy. Gdyby spółka zastosowała się do pozytywnej interpretacji i zainicjowała w tym zakresie postępowanie nadpłatowe, zostałby zachowany ustawowy model ubiegania się o nadpłatę podlegającą oprocentowaniu. Spółka nie może się także ubiegać o wypłatę oprocentowania w oparciu o treść art. 78 § 1 i § 3 pkt 3 lit. a Ordynacji podatkowej. Kwota nadpłaty została przez organ określona na podstawie art. 74a ww. ustawy; ustawodawca nie przewidział oprocentowania w takiej sytuacji (nie odwołuje się do takowej art. 78 § 3 ustawy). Wreszcie podstawy oprocentowania nadpłat nie mogły stanowić art. 78 § 5 pkt 1 w zw. z art. 74 pkt 1 Ordynacji podatkowej. W tym kontekście ponownie podkreślono, że pisma spółki złożone w toku postępowania kontrolnego nie stanowiły wniosków o stwierdzenie nadpłat/zwrot różnicy podatku. Ponadto złożono je jeszcze przed wydaniem korzystnego dla spółki, ww. wyroku Trybunału Sprawiedliwości (a nawet przed skierowaniem pytania prejudycjalnego); zatem nie można ich traktować jako złożonych w związku z tym orzeczeniem. Co więcej, również ze względu na nominalny termin przedawnienia należności (gdyby nie zaistniały przesłanki zawieszające), nie można traktować ewentualnych wniosków/korekt jako związanych z wyrokiem TSUE, który zapadł w 2021 r. (zatem już po nominalnym upływie okresu przedawnienia) (s. 14-18, 22-24 decyzji). Organ podkreślił, że przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują oprocentowania nadpłat w każdym przypadku jej powstania. W szczególności nie mieści się w tym katalogu opisana wyżej sytuacja skarżącej, w której określono nadpłatę w trybie art. 74a Ordynacji podatkowej; w orzecznictwie można wskazać zapatrywanie zbieżne z tym stanowiskiem (s. 19 i n., 25 i n. decyzji).
W skardze na ww. decyzję spółka domagała się uchylenia decyzji wydanych przez organy podatkowe obu instancji, a także zwrotu kosztów postępowania, zarzucając naruszenie art. 74 pkt 1, art. 77 § 1 pkt 4-4a i pkt 6 lit. a, art. 78 § 1 i § 3 pkt 1 i pkt 3 lit. b oraz pkt 3a, art. 78a, art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej, art. 87 ust. 7 i art. 99 ust. 12 ustawy o podatku od towarów i usług, art. 2, art. 64 ust. 2-3, art. 77 ust. 1 Konstytucji RP (opis zarzutów na s. 2 i n. skargi).
Istota argumentacji strony skarżącej sprowadza się do następujących zasadniczych twierdzeń:
- aktualne stanowisko judykatury potwierdza, że skarżącej przysługuje oprocentowanie nadpłaty od momentu złożenia wniosku o ww. przedmiocie; art. 78 § 1 Ordynacji podatkowej należy wykładać funkcjonalnie, toteż nadpłata może podlegać oprocentowaniu również w sytuacjach wprost niewymienionych w tym przepisie, zwłaszcza gdy nadpłata jest rezultatem błędu organu podatkowego, ponadto także gdy żądanie zostało zgłoszone w toku postępowania kontrolnego (s. 13-16 skargi),
- dyskusja o charakterze wniosków spółki złożonych w 2016 r., w toku postępowania kontrolnego, jawi się jako bezprzedmiotowa, skoro żądania stwierdzenia nadpłaty zostały uwzględnione w decyzjach naczelnika urzędu celno-skarbowego; niemniej proceduralne wykluczenie przez organ możliwości zgłoszenia ww. żądań/korekt deklaracji prowadzi również do zanegowania kompensacyjnej funkcji oprocentowania i w nieuprawniony sposób różnicuje sytuację podatników żądających nadpłaty (w zależności od tego czy owo żądanie zostanie zgłoszone w trakcie postępowania, czy też poza nim); ponadto w tej sprawie nadpłata została w istocie wykreowana przez wadliwe działania organów; zatem pisma spółki zawierające żądanie uwzględnienia w rozstrzygnięciu dyrektora urzędu kontroli skarbowej prawidłowej stawki VAT powinny wywołać analogiczny skutek, co złożenie wniosków o stwierdzenie nadpłaty, o którym mowa w art. 78 § 3 pkt 3 lit. b Ordynacji podatkowej (s. 16-23 skargi),
- organ bezpodstawnie stwierdził, mając na uwadze ustawowy termin do złożenia żądania stwierdzenia nadpłaty, że spółka miała czas na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty (niespełna półtoraroczny) od daty wydania interpretacji do momentu wszczęcia postępowania kontrolnego; niezależnie od tego obiektywne okoliczności związane z możliwością wszczęcia wobec strony postepowania karnoskarbowego zadecydowały o tymczasowym zaniechaniu złożenia wniosków nadpłatowych/zwrotowych we wskazanym przez organ czasie (w odniesieniu do sprzedaży typu in store), które to ryzyko zresztą finalnie się zmaterializowało w zakresie, w jakim skarżąca zastosowała się do pozytywnych dla niej interpretacji, tj. w odniesieniu do sprzedaży typu drive in, walk through i food court (s. 24-27 skargi),
- organ wadliwie odwołał się w spornej decyzji do art. 14m § 3 Ordynacji podatkowej, który w sprawie nie znajdował zastosowania, ponieważ spółka nie zastosowała się do korzystnej dla siebie interpretacji indywidualnej dotyczącej sprzedaży typu in store; w tym zakresie błędnie przywołano motywy wyroków NSA wydanych w sprawach nadpłatowych, które dotyczyły schematów obrotu typu drive in, walk through i food court (s. 27-30 skargi),
- chybione jest stanowisko organu, że wnioski spółki nie mają związku z wyrokiem Trybunał Sprawiedliwości UE w sprawie C-703/19; wniosek o stwierdzenie nadpłaty/zwrot różnicy podatku związany z niezgodnością regulacji krajowych z prawem UE może zostać złożony także przed wydaniem orzeczenia przez TSUE (s. 31-35),
- niezależnie od powyższego okoliczności sprawy wypełniają hipotezę art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej, tzn. oprocentowanie dotyczy nadpłaty, która powstała w związku z uchyleniem pierwotnych decyzji; naczelnik urzędu celno-skarbowego określił bowiem nadpłaty w związku z "kaskadowymi" rozstrzygnięciami NSA i dyrektora izby administracji skarbowej, które eliminowały z obrotu prawnego pierwotne decyzje wymiarowe (s. 35 i n. skargi).
W odpowiedzi na skargę organ w całości podtrzymał zapatrywanie wynikające z decyzji, wnosząc o oddalenie skargi (s. 8 i n.).
Na rozprawie przed tut. Sądem pełnomocnicy stron wnosili i wywodzili jak dotychczas.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.
Sąd podzielił w całości zapatrywanie strony skarżącej, że stanowisko organu jest nieprawidłowe zarówno co do zasady (gdy wywodzi, że sytuacja spółki jest niejako poza normatywnym katalogiem podstaw wypłaty oprocentowania – por. s. 12 in fine i n., 16 i n., 19 i n., 25 in fine decyzji), jak i co do oceny poszczególnych przesłanek wypłaty oprocentowania wskazywanych przez stronę w toku postępowania podatkowego i obecnie w skardze.
W punkcie wyjścia należy podkreślić zasadność zarzutu strony odnoszącego się do aksjo-normatywnych (konstytucyjnych) podstaw żądania kompensaty w postaci oprocentowania stwierdzonej nadpłaty (pkt 3 petitum skargi). Na obecnym etapie szeroko pojmowanego sporu między stroną a administracją skarbową (w znaczeniu obejmującym jego źródło, tj. przyjętą przez organ błędnie stawkę podatku do sprzedaży opodatkowanej skarżącej) nie podlega dyskusji, że Skarb Państwa dysponował środkami podatnika. W szczególności nie ma już miejsca na analizę ewentualnego zarzutu bezpodstawnego wzbogacenia podatnika (por. odpowiednio wyrok Trybunału Sprawiedliwości w sprawie C-606/22, B. sp. z o.o.). Z powagi rzeczy osądzonej korzystają bowiem ww. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego wskazujące, że podatek w stawce 8% został przez skarżącą zapłacony nienależnie w rozumieniu art. 72 § 1 Ordynacji podatkowej, ze wszystkimi tego stanu rzeczy konsekwencjami (art. 170 i n. Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi), w tym w postaci ostatecznych decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w W. określających wysokość nadpłaty w trybie art. 74a Ordynacji podatkowej (por. s. 9 decyzji). Z ustalenia tego płyną istotne konsekwencje w optyce oceny prawa skarżącej do oprocentowania nadpłat / zwrotu różnicy podatku, zwłaszcza że te dotyczą podatku od wartości dodanej. Jak bowiem wynika przykładowo z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości, nie do zaakceptowania jest sytuacja, gdy krajowe przepisy dotyczące obliczania odsetek należnych w przypadku wniosku o zwrot nadpłaconego, podlegającego odliczeniu VAT, niezwróconego z naruszeniem prawa Unii, prowadzą do pozbawienia podatnika stosownego odszkodowania za straty spowodowane utratą możliwości dysponowania owymi kwotami; zasada neutralności podatkowej wymaga, by warunki wypłaty odsetek były sformułowane w taki sposób, by obciążenie ekonomiczne związane z kwotami nienależnie niezwróconego podatku mogło zostać zrekompensowane (pkt 43-44 wyroku ws. połączonych Sole-Mizo Zrt. i Dalmandi Mezőgazdasági Zrt. o sygn. C-13/18 i C-126/18).
Z powyższego wynika, że przyjęte przez organ założenie o braku możliwości wypłaty oprocentowania nadpłat/zwrotu skarżącej jest obarczone błędem zasadniczym, tj. natury konstytucyjnej w szerokim sensie, jako że opiera się na odczytaniu ustawy w oderwaniu od kontekstu systemowego, zwłaszcza w oderwaniu od hierarchii źródeł prawa i zobowiązań traktatowych. Zarówno bowiem na gruncie Konstytucji (vide zwłaszcza powołany w skardze art. 64), jak i w perspektywie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (w tym zwłaszcza zasady neturalności) nie do przyjęcia jest sytuacja, w której podatnik nie otrzymuje żadnej kompensaty z tytułu bezprawnego dysponowania jego środkami, które to ustalenie, jak wskazano, jest dla składu orzekającego wiążące. Zdaniem Sądu organ powinien w opisanym stanie rzeczy poszukiwać normatywnej podstawy wypłaty oprocentowania na rzecz podatnika. Strona trafnie przy tym wskazuje na jurydyczne podstawy takiego zapatrywania (s. 13-15, 23 skargi), które organ usiłuje zbagatelizować (s. 20 i n. decyzji). Wektor rozumowania przedstawiony w zaskarżonej decyzji jest tymczasem wprost przeciwny do tego, który implikują normy konstytucyjne; w istocie trudno inaczej odczytywać uzasadnienie decyzji, aniżeli jako próbę "zamknięcia oczu" na wspomniane konstytucyjne założenie swego rodzaju symetrii w relacji podatnik – fiskus, którą oddają z jednej strony przepisy dotyczące odsetek za zwłokę, a z drugiej oprocentowania nadpłaty podatku. Przejawia się powyższe po pierwsze w przemilczeniu niektórych twierdzeń strony, jak i po drugie, w poszukiwaniu argumentów natury perswazyjnej, niezwiązanych ściśle z normatywnymi przesłankami oprocentowania nadpłaty.
Jak chodzi o ten pierwszy zarzut, to należy zauważyć, że zarówno w skardze (s. 35 i n.), jak i na etapie postępowania podatkowego (s. 11 decyzji) skarżąca podnosiła, że podstawę oprocentowania nadpłaty/zwrotu powinien stanowić, niezależnie od pozostałych wskazywanych przez nią przepisów, art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Decyzje Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w W. z [...] maja 2024 r. określające wysokość nadpłaty zostały bowiem wydane w następstwie uchylenia pierwotnie wydanych decyzji wymiarowych, w ramach których m.in. nie uwzględniono korzystnej dla skarżącej (5%) stawki VAT w stosunku do sprzedaży typu in store (okoliczność niesporna – opis na s. 7 i n. decyzji). Organ nie rozważył, czy sytuacja ta wpisuje się w przesłankę powstania nadpłaty w związku z "uchyleniem decyzji"; w zaskarżonej decyzji w istocie nie odniesiono się do tej podstawy żądania oprocentowania nadpłaty/zwrotu (co zresztą dostrzegła skarżąca – s. 36 skargi). Jako swego rodzaju "protezę" analizy w tym zakresie organ przedstawia literalne zestawienie art. 78 § 3 oraz art. 77 § 1 i art. 74a Ordynacji podatkowej (s. 16 i n., 19, 21 decyzji). Odwołując się jednakże do prawnej podstawy decyzji nadpłatowych (art. 74a Ordynacji podatkowej) i oprocentowania nadpłaty zarazem unika oceny problemu w kontekście historycznym, tzn. w odniesieniu do tego, że ww. decyzje stanowiły następstwo uchylenia pierwotnych decyzji wymiarowych. Organ wyłożył zatem przepisy o oprocentowaniu w oderwaniu od stanu faktycznego. Nie zbadano wobec tego również, czy w ramach wymiaru podatku przyczyniono się do uchylenia decyzji, w ujęciu art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej (co notabene jawi się jako oczywiste skoro w decyzjach nadpłatowych zanegowano pierwotnie przyjęte ustalenie, że spółka nie mogła korzystać z ochrony, o której mowa w art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej – s. 7 i 9 decyzji). Już tylko omówione uchybienie podważa tezę o braku oprocentowania rzeczonych nadpłat.
Z kolei jak chodzi o grupę argumentów organu, które można określić jako nierelewantne, to odnosi się powyższe do trafnie akcentowanych przez stronę kwestii kwalifikacji jej pism składanych w toku postępowania kontrolnego jako wniosków nadpłatowych oraz związku nadpłaty z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości w sprawie C-703/19 J.K (por. odpowiednio s. 16-30 oraz 31-35 skargi).
Zdaniem organu spółka nie złożyła wniosków o stwierdzenie nadpłaty ani korekt deklaracji przed wszczęciem postępowania kontrolnego; dysponując wystarczającym okresem czasu (ponad roku), nie usiłowała dochodzić ochrony wynikającej z interpretacji indywidualnej. Żądanie uwzględnienia korzystnej dla siebie stawki podatku, wskazanej w wydanej na jej rzecz interpretacji indywidualnej, zgłosiła dopiero na etapie postępowania kontrolnego (s. 15 i n., 23 decyzji). Zdaniem składu orzekającego argumentacja ta jest niespójna. Z jednej bowiem strony organ sugeruje spóźniony, bo niedopuszczalny na etapie postępowania kontrolnego charakter żądania nadpłatowego, skoro wskazuje na dostateczny w jego mniemaniu horyzont czasowy złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz z korektami deklaracji (między otrzymaniem interpretacji indywidualnej a zainicjowaniem postępowania kontrolnego). Nawiasem mówiąc, argument ten skarżąca zasadnie obala odwołując się do normatywnego terminu żądania nadpłaty (art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej) (vide s. 24 i n. skargi). Z drugiej strony organ zdaje się w ogóle wykluczać możliwość potraktowania pism skarżącej z października i grudnia 2016 r. jako wniosków o stwierdzenie nadpłaty, posługując się w tym zakresie akontekstowo (por. trafną krytykę na s. 27 i n. skargi) fragmentami uzasadnienia wyroków NSA w ww. sprawach o sygn. I FSK 493-494/19 (tzn. nie wyjaśniając związku tez tamże zwartych z niniejszą sprawą – s. 15 decyzji) oraz wskazując na brak złożenia korekt deklaracji, czy wreszcie na ocenę ww. pism dokonaną w toku postępowania kontrolnego. Zatem stosunek organu do swego rodzaju klinczu proceduralnego, w którym znalazła się strona po wszczęciu postępowania kontrolnego (art. 79 § 1, art. 81b § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), jest niejednoznaczny. Zarazem ma ono wyznaczać cezurę czasową wniosku nadpłatowego i przesądzać o treści (intencji podatnika) wyrażonej w pismach składanych w ostatnim kwartale 2016 r. (s. 23 in fine i n. decyzji). W ocenie Sądu mylne jest przede wszystkim przekonanie organu, że oprocentowanie nie przysługuje razie zgłoszenia wniosku nadpłatowego w toku postępowania kontrolnego. Sąd podzielił na tym tle poglądy prezentowane w orzecznictwie i przywołane przez samą skarżącą (s. 15-24 skargi), a sprowadzające się do tezy, że podatnik może żądać nadpłaty w toku postępowania wymiarowego lub wnosić o stwierdzenie nadpłaty, jeżeli nie toczy się postępowanie wymiarowe. W każdym przypadku, gdy podatnik zgłasza istnienie nadpłaty przed upływem terminu przedawnienia to organ musi merytorycznie rozpatrzyć to żądanie. Przy czym złożenie skorygowanego zeznania (deklaracji), z uwagi na wspomniane ograniczenie (art. 81b § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej) nie jest konieczne dla skuteczności wniosku o stwierdzenie nadpłaty złożonego w toku postępowania wymiarowego (m.in. wyroki tut. Sądu o sygn. III SA/Wa 1777/19, III SA/Wa 1268/19 CBOSA). Nie jest zatem tak, że pism skarżącej nie można było potraktować jako wniosków o stwierdzenie nadpłaty / zwrot podatku z uwagi na czas ich złożenia / etap procedowania rozliczenia podatkowego skarżącej (w toku postępowania kontrolnego), ze wszystkimi konsekwencjami powyższego. Ponadto trudno dostrzec w spornej decyzji argumenty, inne aniżeli ww. i trafnie przez spółkę kontestowane, które miałyby przesądzać o braku możliwości uznania pism spółki składanych w toku postępowania kontrolnego jako wniosków nadpłatowych, tym bardziej, że jak wskazuje słusznie strona, do określenia nadpłaty finalnie doszło (s. 16 i n. skargi). Wszak intencja podatnika została w tych pismach jasno wyrażona – zastosowana stawka 8% od sprzedaży typu in store była nieadekwatna (za wysoka), co potwierdza interpretacja indywidualna. Tymczasem do tak manifestowanego zamiaru skarżącego organ w zaskarżonej decyzji (ponownie) odniósł się wymijająco, odnotowując ocenę pism spółki dokonaną przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej w protokole badania ksiąg (s. 22 i n. decyzji).
Podobnie chybiony jest wywód organu forsujący tezę o braku związku pism z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości w sprawie C-703/19 J.K. Po pierwsze i w tym zakresie dostrzegalny jest brak konsekwencji, skoro ów związek badany jest mimo tego że zasadniczo zanegowano możliwość przyjęcia, że pisma spółki stanowiły wnioski nadpłatowe (s. 17 i n., 24 i n. decyzji). Po drugie, nie jest zasadne w tym zakresie twierdzenie, że z uwagi na złożenie ww. pism jeszcze przed wszczęciem procedury prejudycjalnej nie może być mowy związku żądań spółki z wyrokiem wydanym w tejże procedurze. Organ wspiera się w tym zakresie scenariuszem świata możliwego/potencjalnego (uwzględniającego nominalny termin przedawnienia należności). Trzeba zatem przede wszystkim odnotować, że ocenie nie podlegał hipotetyczny stan faktyczny, lecz ten, w którym należność strony nie przedawniła się przed wydaniem wyroku luksemburskiego. Poza tym – abstrahując już w tym miejscu od linii orzeczniczej, na którą powołała się skarżąca wskazując na możliwość złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty również przed wydaniem wyroku przez TSUE (s. 32 i n. skargi), przede wszystkim trafnie akcentuje strona oczywisty związek zawyżonej stawki podatku skutkującej nadpłatą z naruszeniem prawa UE (s. 34 i n. skargi). Kryterium chronologiczne, jak zasadnie zauważono (tamże), nie powinno być jedynym uwzględnianym przy ocenie źródła nadpłaty, tj. związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości.
Z tych powodów orzeczono jak w sentencji, zgodnie z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c w zw. z art. 135 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Sąd uwzględnił bowiem w szczególności sformułowane w skardze zarzuty naruszenia odnośnych jednostek redakcyjnych art. 77-78 Ordynacji podatkowej, a także art. 2 i art. 64 Konstytucji RP, a ponadto stwierdził naruszenie art. 121 § 1 i art. 210 § 4 ww. ustawy.
Ponownie rozpatrując wniosek o stwierdzenie nadpłaty organ ustali relację zróżnicowanych źródeł nadpłat/zwrotu wskazanych przez stronę skarżącą i związanych z nimi przesłanek oprocentowania. W tych ramach organ wskaże w szczególności, która z podstaw oprocentowania (jako najbardziej zasadna w realiach sprawy) powinna stanowić podstawę wypłaty oprocentowania i stosownie do tego określi jego wysokość.
O kosztach postępowania rozstrzygnięto uwzględniając treść art. 200 w zw. z art. 205 § 2 i § 4 ww. ustawy.
Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 27.07.2026. · Źródło