III SA/Wa 2588/20

WyrokWSA w Warszawie2021-08-17

Skład orzekający: Jarosław Trelka, Maciej Kurasz, Agnieszka Sułkowska

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa, która nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych?
Ratio decidendi
Sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa, która zgodnie z art. 6 pkt 1 ustawy o VAT nie podlega opodatkowaniu tym podatkiem, nie podlega również opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 2 pkt 4 lit. a ustawy o PCC. Wynika to z zasady alternatywy rozłącznej, zgodnie z którą dana transakcja podlega albo jednemu, albo drugiemu podatkowi. W związku z tym, wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w PCC był zasadny.
Stan faktyczny
Spółka F. sp. z o.o. w likwidacji sprzedała zorganizowaną część przedsiębiorstwa, w tym nieruchomości, na podstawie aktu notarialnego z 30 października 2014 r. Notariusz nie pobrał podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC), powołując się na zwolnienie z art. 2 pkt 4 ustawy o PCC. Organ podatkowy uznał, że transakcja ta podlega opodatkowaniu PCC, ponieważ nie była opodatkowana VAT, gdyż stanowiła sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Spółka wpłaciła podatek i złożyła wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty. Po odmowie organu pierwszej i drugiej instancji, spółka wniosła skargę do WSA.
Rozstrzygnięcie
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. i zasądził od organu na rzecz skarżącej zwrot kosztów postępowania sądowego.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Jarosław Trelka (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Maciej Kurasz, asesor WSA Agnieszka Sułkowska, , po rozpoznaniu na posiedzeniu niejawnym w dniu 17 sierpnia 2021 r. sprawy ze skargi F. sp. z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] października 2020 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz F. sp. z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. kwotę 125 017 zł (słownie: sto dwadzieścia pięć tysięcy siedemnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Jak wynika z akt sprawy, F. Sp. z o.o. w W. jako sprzedająca oraz P. Sp. z o.o. w W. jako kupująca (obecnie F. Sp. z o.o. w likwidacji w W. – "Skarżąca", "Spółka"), aktem notarialnym z dnia 30 października 2014 r., zawarły umowę sprzedaży: 1) prawa użytkowania wieczystego zabudowanej nieruchomości położonej w Z., o łącznym obszarze 6, 9762 ha, wraz z własnością znajdujących się na tym gruncie budynków, stanowiących odrębną nieruchomość, dla których Sąd Rejonowy w Z. [...] Wydział Ksiąg Wieczystych prowadzi księgę wieczystą nr [...] (Nieruchomość 1), 2) własności zabudowanej nieruchomości gruntowej położonej w Z. przy ulicy [...], stanowiącej działkę ewidencyjną nr [...], o obszarze 0, 0889 ha, dla której Sąd Rejonowy w Z. [...] Wydział Ksiąg Wieczystych prowadzi księgę wieczystą nr [...] (Nieruchomość 2). Nieruchomość 1 była zabudowana budynkiem galerii handlowo - usługowo - rozrywkowej, funkcjonującej pod nazwą F., o łącznej powierzchni użytkowej wynoszącej około 46 205 m², w tym powierzchni użytkowej lokali najemców wynoszącej około 28 897 m² ("Centrum Handlowe"), jak również infrastrukturą towarzyszącą w postaci dróg dojazdowych, dróg wewnętrznych, parkingów, placów, chodników i terenów ogólnodostępnych. Nieruchomość 2 zabudowana była infrastrukturą towarzyszącą w postaci drogi wewnętrznej i zatoki manewrowej. Wartość transakcji wyniosła netto 97 413 600 EUR, powiększona o należny podatek od towarów i usług w kwocie 22 405 128 EUR. Notariusz nie pobrał podatku od czynności cywilnoprawnych z uwagi na zwolnienie wynikające z art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2010 Nr 101, poz. 649 ze zm., dalej też jako "p.c.c."). Ponadto, w dniu 30 października 2014 r., F. Sp. z o.o. oraz P. sp. z o. o. zawarły umowę przeniesienia prawa użytkowania wieczystego niezabudowanej nieruchomości gruntowej położonej w Z., przy ul. [...], stanowiącej działkę ewidencyjną nr [...], o obszarze 264 m² z obrębu [...], dla której Sąd Rejonowy w Z. [...] Wydział Ksiąg Wieczystych prowadzi księgę wieczystą nr [...]. Wartość transakcji wyniosła 26 400 EUR, powiększona o należny od tej sprzedaży podatek od towarów i usług w kwocie 6 072 EUR, co dało łączną cenę brutto 32 472 EUR. W treści aktu notarialnego wyjaśniono, że podatku od czynności cywilno-prawnych nie pobrano po zastosowaniu tego samego zwolnienia z art. 2 pkt 4 p.c.c. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. ("Naczelnik") przeprowadził kontrolę podatkową w Spółce w zakresie prawidłowości rozliczeń z tytułu podatku od czynności cywilnoprawnych za październik 2014 r., Zdaniem Naczelnika objęcie przedmiotowych transakcji opodatkowaniem podatkiem od czynności cywilnoprawnych uzależnione było od rozstrzygnięcia zagadnienia dotyczącego opodatkowania transakcji nabycia centrum handlowego podatkiem od towarów i usług. W protokole z dnia 7 maja 2019 r., kończącym kontrolę w zakresie prawidłowości rozliczeń z budżetem Państwa z tytułu podatku od towarów i usług za październik 2014 r., organ stwierdził m.in., że przedmiot transakcji dokumentowanych fakturami z dnia 30 października 2014 r. spełniał określone w art. 2 pkt 27e ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm., dalej też "ustawa o VAT" lub "u.p.t.u.") warunki pozwalające uznać, że przedmiotem umowy sprzedaży z dnia 30 października 2014 r. była zorganizowana część przedsiębiorstwa, czyli transakcja niepodlegająca ustawie o VAT na podstawie art. 6 pkt 1 tej ustawy. F. Sp. z o.o. weszła w prawa i obowiązki poprzednika przejmując nieruchomości i ruchomości wraz z najemcami o takim stopniu zorganizowania, który umożliwił niezakłócone działanie galerii w niezmienionym formacie. Nabywca zorganizowanej części przedsiębiorstwa miał nie tylko zamiar prowadzenia działalności gospodarczej za pośrednictwem nabytego przedsiębiorstwa, ale także od momentu przejęcia centrum handlowego wraz z najemcami zaczął generować obroty. W konsekwencji Naczelnik stwierdził, że podatnik w październiku 2014 r. dokonał uszczuplenia dochodów budżetowych w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 8 233 291 zł. Skarżąca złożyła w dniu 2 września 2019 r. zeznania, w których uwzględniła wartości ustalone w toku kontroli. Spółka dokonała wpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 11 409 311 zł, która została zaksięgowana na poczet podatku od czynności cywilnoprawnych PCC-3 z dnia 30 października 2014 r. Następnie Skarżąca złożyła wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych w ww. kwocie wraz z oprocentowaniem. Spółka wniosła jednocześnie, na podstawie art. 201 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, o zawieszenie postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty, do czasu ostatecznego zakończenia sporu w zakresie prawidłowości rozliczenia Spółki w podatku od towarów i usług za październik 2014 r. Spółka podkreśliła, iż w zakresie opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych i VAT transakcji będącej przedmiotem postępowania uzyskała dwie interpretacje indywidualne i przysługuje jej ochrona wynikająca z tych interpretacji, w których stanowisko Spółki zostało uznane za prawidłowe. Naczelnik, postanowieniem z [...] listopada 2019 r., zawiesił postępowanie podatkowe do czasu ostatecznego rozstrzygnięcia sprawy w zakresie prawidłowości rozliczenia Skarżącą w podatku od towarów i usług za październik 2014 r. przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. ("Dyrektor"). Dyrektor, decyzją z dnia [...] lutego 2020 r., ostatecznie rozstrzygnął w przedmiocie podatku od towarów i usług za październik 2014 r. utrzymując w mocy decyzję organu I instancji. Naczelnik, postanowieniem z dnia [...] marca 2020 r., podjął z urzędu postępowanie o nadpłatę w podatku od czynności cywilnoprawnych. Decyzją z 23 czerwca 2020 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. Jego zdaniem w sprawie nie znajdują zastosowania wyłączenia wymienione w art. 2 pkt 4 p.c.c. z uwagi na fakt, że transakcja sprzedaży zorganizowanej części przedsiębiorstwa nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Zauważył, że kwestię opodatkowania podatkiem od towarów i usług ostatecznie rozstrzygnął Dyrektor, utrzymując w mocy decyzję organu pierwszej instancji. Stwierdził on, że "(...) nabyte przez Spółkę składniki majątkowe stanowią zorganizowaną część przedsiębiorstwa. Przekazano zespół składników stanowiących zorganizowany kompleks majątkowy przeznaczony do prowadzenia określonej działalności. Poszczególne składniki majątkowe nie stanowiły przypadkowego zbioru rzeczy i praw, lecz pozostawały ze sobą w relacjach funkcjonalnych i organizacyjnych, które uczyniły z nich całość zdolną do prowadzenia samodzielnej działalności gospodarczej.". Dlatego Naczelnik uznał, że skoro transakcja sprzedaży zorganizowanej części przedsiębiorstwa z dnia 30 października 2014 r. jest wyłączona z zakresu opodatkowania podatkiem od towarów i usług, to powyższa czynność będzie podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. a) w związku z art. 1 ust. 4 p.c.c. Spółka w odwołaniu do Dyrektora wniosła o zawieszenie niniejszego postępowania. Ponadto decyzji Spółka zarzuciła m.in.: 1) naruszenie art. 201 § 1 pkt 2 oraz art. 123 § 1 Ordynacji podatkowej, poprzez wydanie decyzji pomimo konieczności zawieszenia postępowania do czasu rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego w toku postępowania sądowoadministracyjnego zainicjowanego skargą Spółki z dnia 30 marca 2020 r. na decyzję w przedmiocie VAT, 2) naruszenie art. 122 w zw. z art. 187 § 1 oraz art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej, poprzez brak rozpatrzenia całego zgromadzonego materiału dowodowego oraz brak zawarcia w decyzji wyczerpującego uzasadnienia w zakresie spornych zagadnień. Spółka ponownie powołała się na wydane interpretacje indywidualne. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W., decyzją z dnia [...] października 2020 r., utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję Naczelnika z [...] czerwca 2020 r. Dyrektor uznał, że uiszczony podatek od czynności cywilnoprawnych jest podatkiem należnym, zatem brak jest podstaw do stwierdzenia nadpłaty. Zauważył, że odmówił zawieszenia postępowania, czego Skarżąca nie kwestionowała. Odnotował, że o kwalifikacji przedmiotu transakcji z 30 października 2014 r., jako sprzedaży zorganizowanej części przedsiębiorstwa, wypowiedział się ostatecznie w decyzji z [...] lutego 2020 r., utrzymując w mocy rozstrzygnięcie Naczelnika z [...] listopada 2019 r., wydane w zakresie podatku od towarów i usług. W skardze na decyzję z [...] października 2020 r. Skarżąca zarzuciła naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.: 1) art. 122 w zw. z art. 187 § 1 i z art. 127 oraz art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej, poprzez brak rozpatrzenia całego zgromadzonego materiału dowodowego oraz brak zawarcia w decyzji wyczerpującego uzasadnienia w zakresie: (i) kwalifikacji przedmiotu umowy oraz (ii) rzekomych różnic pomiędzy stanem faktycznym przedstawionym we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, a faktycznym przebiegiem transakcji, 2) art. 121 § 1 w zw. z art. 124 oraz art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej, poprzez brak zawarcia w uzasadnieniu decyzji odniesienia do części argumentacji Spółki w kwestii kwalifikacji przedmiotu umowy, 3) art. 122 w zw. z art 191 Ordynacji podatkowej, poprzez błędną ocenę zebranego materiału dowodowego oraz uznanie, iż składniki majątkowe będące przedmiotem umowy stanowiły zorganizowaną część przedsiębiorstwa, podczas gdy nabyciu przez Spółkę podlegała w rzeczywistości nieruchomość, 4) art. 122 w zw. z art. 191 Ordynacji podatkowej, poprzez błędną ocenę zgromadzonego materiału dowodowego i nieprawidłowe uznanie, iż okoliczności przedstawione w zdarzeniu przyszłym wniosku o wydanie interpretacji różnią się w istotny sposób od stanu faktycznego niniejszej sprawy, Nadto Spółka zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: 1) art. 2 pkt 4 lit. a p.c.c. w zw. z art. 6 pkt 1 ustawy o VAT, art. 2 pkt 27e ustawy o VAT oraz art. 551 Kodeksu cywilnego, poprzez ich nieprawidłowe zastosowanie i błędne uznanie, że przedmiotem transakcji była zorganizowana część przedsiębiorstwa, 2) naruszenie art. 2 pkt 4 lit. a p.c.c. w zw. z art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, poprzez odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych wskutek uznania, iż sprzedaż nieruchomości podlega opodatkowaniu, 3) naruszenie art. 14k § 1 w zw. z 14m § 3 Ordynacji podatkowej, poprzez odmowę określenia wysokości nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych wskutek błędnego uznania, iż Spółce nie przysługuje ochrona z tytułu interpretacji, 4) naruszenie art. 14n § 4 pkt 2 oraz art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej, poprzez brak uwzględnienia ochrony przysługującej Spółce z tytułu zastosowania się do utrwalonej praktyki interpretacyjnej organów podatkowych. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W., w odpowiedzi na skargę, wniósł o jej oddalenie i ponowił swoją argumentację. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje: Zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. Nr 153, poz. 1269 ze zm.), sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej pod względem zgodności z prawem. Ocenie sądu podlega zgodność aktów, w tym decyzji administracyjnych, zarówno z przepisami prawa materialnego, jak i procesowego. Zgodnie natomiast z art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2019 r., poz. 2325), sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną (z zastrzeżeniem nieistotnym dla sprawy). Skarga zasługiwała na uwzględnienie. Należy przypomnieć, że postępowanie sądowe w niniejszej sprawie zostało zawieszone postanowieniem z 3 lutego 2021 r. Powodem, dla którego Sąd zawiesił to postępowanie, była ścisła jego zależność od wyniku postępowania sądowego w sprawie III SA/Wa 1148/20, dotyczącej podatku VAT, zaś zależność ta wynikała z faktu, że art. 2 pkt 4 lit. a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych konstruuje alternatywę rozłączną co do podlegania danej transakcji podatkowi od czynności cywilnoprawnych albo podatkowi od towarów i usług. Oznacza to zatem, że dana transakcja podlega albo jednemu, albo drugiemu podatkowi. Opodatkowanie jej VAT oznacza automatycznie, że nie podlega ona p.c.c. Podstawą prawną zawieszenia postępowania sądowego był art. 125 § 1 pkt 1 P.p.s.a. W dniu 25 lutego 2021 r. tut. Sąd wydał wyrok w sprawie III SA/Wa 1148/20, w którym uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora wydaną dla Spółki w przedmiocie podatku od towarów i usług za październik 2014 r. Sąd w całości podzielił argumentację Skarżącej. Wskazał zatem, że "...nie było podstaw do zastosowania w ustalonym stanie faktycznym art. 6 pkt 1 u.p.t.u. Przedmiot zbycia jak i całokształt okoliczności dotyczących transakcji nie pozwala na uznanie, że doszło do zbycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 2 pkt 27e u.p.t.u.". W efekcie, według Sądu wtedy orzekającego i oceniającego transakcje z 30 października 2014 r., "...należało przyjąć, że przedmiotem nabycia były nieruchomości i prawa ściśle z nimi związane, które to nieruchomości Skarżąca uczyniła składnikiem własnego przedsiębiorstwa. Ponadto Sąd uznał wówczas, że na uwzględnienie zasługiwał również zarzut naruszenia art. 14k § 1 O.p., poprzez błędne uznanie, że uzyskana przez Spółkę indywidualna interpretacja prawa podatkowego, dotycząca konsekwencji podatkowych nabycia nieruchomości (oczywiście w podatku VAT), nie posiada mocy wiążącej z uwagi na rozbieżności opisu stanu faktycznego i treści rzeczywiście dokonanej transakcji. Według Sądu orzekającego w sprawie III SA/Wa 1148/20 Dyrektor błędnie uznał, że uzyskana przez Spółkę interpretacja dotycząca konsekwencji podatkowych nabycia nieruchomości nie posiada mocy wiążącej w odniesieniu do przedmiotowych transakcji. Stan faktyczny wskazany w interpretacji był bowiem tożsamy ze stanem faktycznym będącym przedmiotem rozstrzygnięcia wydanego przez Dyrektora IAS, a jedynie istotne rozbieżności pomiędzy stanem zadeklarowanym we wniosku, a stanem rzeczywistym, uzasadniałyby pozbawienie interpretacji jej funkcji ochronnej. Sąd ocenił, że w postępowaniu interpretacyjnym, zakończonym wydaniem interpretacji z 24 czerwca 2014 r., takich istotnych rozbieżności nie było. Wyrok z 25 lutego 2021 r. stał się prawomocny – Organ nie wniósł skargi kasacyjnej. Wobec powyższego, mając na uwadze zasady wynikające z art. 153 oraz 170 P.p.s.a., przyjąć należy w niniejszym postępowaniu sądowym, że przedmiotowa transakcja z 30 listopada 2014 r., która stała się źródłem sporu pomiędzy Organami, a Spółką, była transakcją sprzedaży (dostawy) nieruchomości, a zatem podlegała ona podatkowi od towarów i usług (nie stosował się do niej wyjątek z art. 6 pkt 1 u.p.t.u.). Nie podlegała zatem podatkowi od czynności cywilnoprawnych (art. 2 pkt 4 lit. a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.). Wniosek Spółki o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w p.c.c. był więc zasadny. Ponadto Skarżąca korzystała z ochronnej funkcji interpretacji indywidualnej z 4 lipca 2014 r. Dyrektor zakwestionował bowiem możliwość skorzystania z tej funkcji wskazując, że interpretacja ta oparta została na innej, ww. interpretacji z 24 czerwca 2014 r., wydanej w zakresie VAT, a skoro w tej interpretacji dotyczącej VAT analizowano - według Dyrektora - inny stan faktyczny, niż rzeczywiście zaistniały w październiku 2014 r., to ta jej funkcja ochronna nie jest aktualna. Tymczasem przypomnieć należy, że tutejszy Sąd odrzucił ten argument Organu uznając, że między zadeklarowanym we wniosku o udzielenie interpretacji w VAT stanem faktycznym, a stanem rzeczywiście zaistniałym w związku z transakcją, nie było żadnych istotnych różnic. Trzeba zatem przyjąć, że w sprawie Spółki zastosowanie miał art. 14m § 3 O.p., gdyż odmowa stwierdzenia nadpłaty pozostawała w sprzeczności z wydaną interpretacją w zakresie p.c.c. (tak samo zresztą, jak w zakresie VAT). W dalszym postępowaniu Dyrektor uwzględni powyższy pogląd Sądu. Mając powyższe na uwadze, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. "a" oraz "c" P.p.s.a., Sąd uchylił zaskarżoną decyzję. W kwestii kosztów podstawą orzeczenia był art. 200 w zw. z art. 205 § 2 P.p.s.a. w zw. z § 2 pkt 9 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2015 r., poz. 1804 ze zm.). Na koszty te złożył się wpis od skargi (100 000 zł), wynagrodzenie profesjonalnego pełnomocnika – radcy prawnego (25 000 zł) oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa (17 zł). Podstawą rozpoznania skargi w na posiedzeniu niejawnym był art. 15zzs4 ust. 3 ustawy z dnia 2 marca 2020 r. o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych (Dz. U. z 2020 r., poz. 374 ze zm.). Aktualna sytuacja epidemiczna nadal nie pozwalała rozpoznać skargi na jawnej rozprawie, z udziałem stron, pełnomocników i publiczności, zaś rozpoznanie sprawy na odległość, z jednoczesnym, bezpośrednim przekazem obrazu i dźwięku, nie było możliwe.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 24.07.2026. · Źródło