III SA/Wa 3830/17
WyrokWSA w Warszawie2018-10-19
Skład orzekający: Katarzyna Owsiak, Tomasz Sałek, Anna Zaorska
Analiza orzeczenia
Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.
Zagadnienie prawne
Czy Gmina ma prawo do odliczenia podatku naliczonego VAT od wydatków inwestycyjnych współfinansowanych ze środków Unii Europejskiej, jeśli podatek ten został uznany za koszt kwalifikowalny, a Gmina nie zwróciła środków przed wejściem w życie ustawy centralizacyjnej?Ratio decidendi
Sąd uchylił zaskarżoną decyzję, uznając, że organy podatkowe błędnie odmówiły Gminie prawa do odliczenia całego podatku naliczonego. Prawo do odliczenia powinno być ograniczone jedynie do tej części podatku, która została sfinansowana ze środków Unii Europejskiej, a nie obejmować całości podatku, w tym części pokrytej ze środków własnych Gminy. Gmina nie miała obowiązku zwrotu dofinansowania w części dotyczącej VAT, jeśli nie dokonała zwrotu środków przed wejściem w życie ustawy centralizacyjnej.Stan faktyczny
Gmina B. złożyła korekty deklaracji VAT-7 za 2012 r. po wejściu w życie ustawy centralizacyjnej, wnioskując o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Organy podatkowe zakwestionowały prawo Gminy do odliczenia VAT naliczonego od wydatków inwestycyjnych na budowę sieci wodno-kanalizacyjnej, które były współfinansowane ze środków UE, argumentując, że Gmina nie zwróciła środków przed terminem. Gmina kwestionowała odmowę odliczenia całości VAT, wskazując na naruszenie zasady neutralności i prawa wstecz.Rozstrzygnięcie
Uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...] czerwca 2017 r. Zasądził od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz Gminy B. kwotę 20651 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.Pełny tekst orzeczenia
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Katarzyna Owsiak, Sędziowie sędzia WSA Tomasz Sałek, sędzia WSA Anna Zaorska (sprawozdawca), Protokolant referent stażysta Anna Chołuj, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 19 października 2018 r. sprawy ze skargi Gminy B. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] września 2017 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2012 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...] czerwca 2017 r. nr [...], 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz Gminy B. kwotę 20651 zł (słownie: dwadzieścia tysięcy sześćset pięćdziesiąt jeden złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
1.1. Zaskarżoną decyzją z [...] września 2017 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. (DIAS) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. (NUS) z [...] czerwca 2017 r. określającą Gminie B. (dalej – "Gmina", "Skarżąca") nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za luty i wrzesień 2012 r., nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy za styczeń 2012 r., za okresy od marca do czerwca 2012 r., za sierpień 2012 r. oraz za okresy od października do grudnia 2012 r., a także stwierdzającą nadpłatę w podatku od towarów i usług za okresy od stycznia do czerwca 2012 r. oraz od sierpnia do grudnia 2012 r.
1.2. W dniu 30 grudnia 2016 r. Gmina złożyła korekty deklaracji VAT-7 za okresy od stycznia do grudnia 2012 r. wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w łącznej wysokości 24.288 zł, wnosząc jednocześnie o zwrot na rachunek bankowy kwoty 1.562.905 zł stanowiącej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za ww. okresy. W uzasadnieniu wniosku Gmina wskazała, że korekty deklaracji VAT-7 zostały sporządzone z powodu skonsolidowania rozliczeń Gminy oraz wszystkich jej jednostek (w tym Zakładu Gospodarki Komunalnej) oraz zwiększenia podatku naliczonego wynikającego z poniesienia przez Gminę wydatków na inwestycję kanalizacyjną i wodociągową.
Powyższe działania Gminy były wynikiem wejścia w życie w dniu 1 października 2016 r. ustawy z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (Dz.U. z 2016 r. poz. 1454, dalej: "ustawa centralizacyjna"). Ustawa ta z kolei została uchwalona, z uwagi na wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) w sprawie C-276/14, w którym stwierdzono, że gminne jednostki budżetowe nie mogą być uznane za podatników VAT, ponieważ nie spełniają kryterium samodzielności.
1.3. NUS w decyzji z [...] czerwca 2017 r. powołując się na ustawę centralizacyjną argumentował, że Gminie nie przysługuje prawo do obniżenia kwot podatku należnego o kwoty podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT wymienionych w tabeli nr 3 (str. 7-9 decyzji), a dotyczących wydatków inwestycyjnych. Podstawą zakwestionowania prawa do odliczenia tego podatku był fakt, że podatek ten został uznany w całości jako koszt kwalifikowalny, z czego 72,48% zostało dofinansowane ze środków UE, a Gmina nie zwróciła otrzymanych środków przed wejściem w życie ustawy centralizacyjnej tj. przed dniem 1 października 2016 r.
Organ pierwszej instancji stwierdził ponadto, że Gminie nie przysługuje prawo obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur VAT: nr [...] (nabycie soli drogowej), nr [...] (usługa transportu soli i piasku), nr [...] (usługa transportowa piasek+ transport) w łącznej wysokości 1.828,50 zł oraz nr [...] (nabycie opryskiwacza polowego) w wysokości 439,43 zł, ponieważ wydatki te służyły realizacji zadań własnych Gminy. Zdaniem NUS nie podlega odliczeniu również podatek VAT wynikający z faktur dokumentujących nabycie paliwa oraz części do pojazdów: piaskarka [...] oraz [...] (tabela nr 4 i nr 5 na str. 13 - 15 decyzji), z uwagi na fakt, że ww. pojazdy nie były wykorzystywane do czynności podlegających opodatkowaniu.
NUS uznał ponadto, że w wyniku dokonanej centralizacji w podatku VAT czynności dokonywane pomiędzy jednostkami organizacyjnymi danej jednostki samorządu terytorialnego, a zatem czynności wykazane na fakturach wystawionych przez ZGK dla Gminy, związane z zimowym utrzymaniem dróg, zużyciem wody i odprowadzeniem ścieków (tabela nr 6 na str. 17-18 decyzji), są neutralne z punktu widzenia VAT, tzn. nie podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT. Organ I instancji wskazał, że wartość sprzedaży netto i podatek należny, wynikające z ww. faktur nie powinny być wykazywane w rozliczeniach podatku od towarów i usług Gminy.
1.4. Od powyższej decyzji Gmina wniosła odwołanie, w którym zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego tj. art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r., Nr 177, poz. 1054 ze zm.; dalej: "ustawa o VAT"), poprzez zakwestionowanie prawa Gminy do odliczenia przez nią VAT naliczonego od wydatków inwestycyjnych poniesionych na budowę sieci kanalizacyjnej i sieci wodociągowej w części wydatków współfinansowanych przez UE ze środków EFRR w ramach RPO WM 2007- 2013.
Zdaniem Gminy, argumentacja Naczelnika US podważa elementarne podstawowe zasady prawa tj. niedziałanie prawa wstecz. Na potwierdzenie czego wskazała szereg opinii zawartych w piśmiennictwie prawniczym. Według Gminy, organ pierwszej instancji powinien zwrócić jej całą kwotę podatku naliczonego, również w części wydatków inwestycyjnych poniesionych na budowę sieci kanalizacyjnej i sieci wodociągowej w części wydatków współfinansowanych przez UE, a następnie Gmina, zgodnie z jej zobowiązaniem, powinna tą część podatku naliczonego zwrócić jednostce finansującej.
Gmina wniosła o uchylenie decyzji jedynie w części dotyczącej prawa Gminy do odliczenia VAT naliczonego od wydatków poniesionych na budowę sieci kanalizacyjnej i wodociągowej.
Pozostałych ustaleń wynikających z decyzji NUS Gmina nie kwestionowała.
1.5. Utrzymując w mocy decyzję organu pierwszej instancji DIAS wskazał, że od dnia 1 października 2016 r. (data wejścia w życie ustawy centralizacyjnej) jednostce samorządu terytorialnego nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego w takim zakresie, w jakim podatek ten został "uiszczony" środkami unijnymi, tzn. został uznany za wydatek kwalifikowalny, a wskutek wyroku TSUE kwalifikacja ta uległa zmianie. Ograniczenie to nie znajdzie jednak zastosowania, jeśli jednostka samorządu terytorialnego dokonała przed dniem 1 października 2016 r. zwrotu środków europejskich, w części związanej ze zmianą kwalifikowalności podatku.
DIAS wskazał, że dotychczas Gmina odliczała podatek naliczony na zasadzie bezpośredniej alokacji, tj. w zakresie w jakim podatek naliczony od zakupu był związany wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną np. w przypadku refakturowania. Podatek naliczony od innych kategorii kosztów nie był odliczany zarówno na zasadzie bezpośredniej alokacji, jak również na zasadzie wskaźnika proporcji VAT. W strukturach Gminy funkcjonuje kilka jednostek budżetowych, głównie szkoły podstawowe, gminny ośrodek pomocy społecznej oraz zakład gospodarki komunalnej (ZGK). ZGK jako czynny podatnik VAT świadczy dla mieszkańców, jak i innych jednostek budżetowych Gminy odpłatne usługi w zakresie dostawy wody i odprowadzania nieczystości, podlegające opodatkowaniu według 8% stawki podatku VAT. ZGK został zarejestrowany w urzędzie skarbowym, jako odrębny podatnik podatku VAT i składał odrębne deklaracje dla podatku VAT, w których dokonywał pełnego odliczenia podatku naliczonego, bowiem podatek ten związany był wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną VAT. Z kolei Gmina realizowała inwestycje, od których nie odliczała VAT naliczonego. Były to m.in. i inwestycje wodno-kanalizacyjne. Inwestycje związane były z zadaniami realizowanymi w Gminie, które zostały powierzone jej jednostce budżetowej (ZGK). Wraz z korektami deklaracji VAT-7 za poszczególne miesiące 2012 r. Gmina złożyła informację (o treści załącznika nr 1 do ustawy centralizacyjnej), że będzie rozliczać podatek od towarów i usług wraz ze wszystkimi jednostkami organizacyjnymi od dnia 1 stycznia 2009 r. Informacja ta zawiera wykaz jednostek organizacyjnych Gminy z podaniem ich nazwy, adresu oraz numeru identyfikacji podatkowej.
W toku kontroli podatkowej Gmina przedłożyła faktury VAT dotyczące wydatków współfinansowanych przez UE ze środków EHRRR w ramach RPO WM 2007-2013 w związku z budową kanalizacji sanitarnej w miejscowościach T. i N. oraz budową oczyszczalni ścieków w T. (tabela nr 3, str. 7-9 decyzji NUS), wykazane w deklaracjach VAT-7 jako nabycie towarów i usług zaliczanych do środków trwałych. Gmina okazała również umowę z dnia [...] czerwca 2011 r. wraz z aneksem o dofinansowanie inwestycji "Budowa kanalizacji sanitarnej w miejscowościach: T. i N. oraz budowa oczyszczalni ścieków w T." współfinansowanej z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach priorytetu IV "Środowisko, zapobieganie zagrożeniom i energetyka" działania 4.1 "Gospodarka wodno-ściekowa" Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa M. 2007-2013. Umowa została zawarta pomiędzy Województwem M. reprezentowanym przez Zarząd Województwa M, a Beneficjentem – Gminą. Według § 2 ust. 2 ww. umowy, dofinansowanie zostanie przekazane Beneficjentowi w kwocie stanowiącej nie więcej niż 72,48% kwoty całkowitych wydatków kwalifikowanych Projektu. Zgodnie z § 7 ust. 4 Umowy "Wydatki poniesione na podatek od towarów i usług (VAT) mogą zostać uznane za kwalifikowalne, jeśli nie podlega on zwrotowi lub odliczeniu na rzecz Beneficjenta, co Beneficjent potwierdza składając oświadczenie". Składając wniosek o dofinansowanie Gmina złożyła między innymi następujące oświadczenie: "Oświadczam, że realizując powyższy projekt: - nie zrefundowano tego samego wydatku w ramach dwóch różnych projektów współfinansowanych ze środków funduszy strukturalnych lub Funduszu Spójności: nie zrefundowano kosztów podatku VAT ze środków funduszy strukturalnych lub Funduszu Spójności a następnie nie odzyskano tego podatku ze środków budżetu państwa zgodnie z ustawą o podatku od towarów i usług (...)".
Na fakturach wymienionych w tabeli nr 3, widnieje pieczęć o treści "Wydatek współfinansowany przez UE ze środków EFRR w ramach RPO WM 2007-2013".
W dniu 7 lutego 2017 r. Gmina ponownie złożyła informację, że będzie rozliczać podatek od towarów i usług wraz ze wszystkimi jednostkami organizacyjnymi od dnia 01.01.2009 r. oraz wykaz jednostek organizacyjnych Gminy objętych centralizacją rozliczeń VAT. Jednocześnie poinformowała, że złożone korekty są związane z wyrokiem TSUE, zgodnie z art. 11 ust. 1 pkt 2 ustawy centralizacyjnej. Pozostałe korekty deklaracji podatkowych dla podatku od towarów i usług zostaną złożone w przeciągu 3 lat.
DIAS zauważył ponadto, że w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego, organ pierwszej instancji wezwał Gminę do wyjaśnienia, czy podatek od towarów i usług wykazany na fakturach przedstawionych do dofinansowania był uznany za wydatek kwalifikowalny (§ 7 pkt 4 Umowy) oraz w przypadku uznania, że podatek od towarów i usług był wydatkiem kwalifikowalnym o złożenie oświadczenia czy dokonano zwrotu przedmiotowego podatku do instytucji finansującej (poproszono o przedstawienie kopii przelewu lub jakiegokolwiek innego dokumentu potwierdzającego dokonanie zwrotu).
W odpowiedzi na powyższe Gmina poinformowała, że w okresie realizacji Umowy, zgodnie z obowiązującą wówczas praktyką, podatek wykazany na fakturach jej dotyczących był uznawany za wydatek kwalifikowalny. W związku z powyższym, Gmina na pierwotny moment składania deklaracji podatkowych VAT-7 nie dokonywała odliczeń podatku naliczonego od niniejszej inwestycji. Po dokonaniu weryfikacji interpretacji podatkowych, orzecznictwa oraz praktyki, złożono korekty deklaracji podatkowych VAT-7, uwzględniając odliczenia podatku naliczonego z tych faktur. Na chwilę obecną nie dokonano zwrotu przedmiotowego podatku do instytucji finansującej, jednak Gmina dokona zwrotu otrzymanego podatku naliczonego od urzędu skarbowego do jednostki finansującej w odpowiedniej wysokości.
DIAS zauważył, że odnośnie rozliczania środków europejskich, w zakresie rozliczeń VAT jako kosztu kwalifikowanego ustawa centralizacyjna przewiduje – w zależności od przyjętych przez daną jednostkę samorządu terytorialnego rozwiązań – obowiązek zwrotu tych środków wraz z odsetkami, bądź też brak takiego obowiązku.
Zgodnie z art. 17 ust. 1 ustawy centralizacyjnej, jednostka samorządu terytorialnego lub jej jednostka organizacyjna nie jest obowiązana do zwrotu środków przeznaczonych na realizację projektów w takim zakresie, w jakim w związku z wyrokiem TSUE nastąpiła zmiana kwalifikowalności podatku VAT w części dotyczącej kwoty podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowanej z powyższych środków, pod warunkiem jednak, że jednostka (art. 17 ust. 2 ustawy) nie dokonała przed dniem wejścia w życie ustawy, tj. przed 1 października 2016 r. odliczenia podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług, finansowanego ze środków przeznaczonych na realizację projektów, w tym w ramach korekty deklaracji, o której mowa w art. 86 ust. 13 i 13a oraz w trybie art. 91 ust. 7-8 ustawy o VAT.
Zgodnie natomiast z art. 10 ustawy centralizacyjnej, jeżeli przed dniem wejścia w życie ustawy nie dokonano zwrotu środków przeznaczonych na realizację projektów w związku ze zmianą kwalifikowalności podatku VAT, jednostce nie przysługuje prawo do odliczenia tej kwoty podatku, w tym także w ramach korekty deklaracji, o której mowa w art. 86 ust. 13 i 13a ustawy o VAT oraz w trybie przewidzianym w art. 91 ust. 7-8 tej ustawy.
Organ odwoławczy zauważył, że z powyższego wynika, że od dnia 1 października 2016 r. (data wejścia w życie ustawy centralizacyjnej) jednostce samorządu terytorialnego nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego w takim zakresie, w jakim podatek ten został "uiszczony" środkami unijnymi, tzn. został uznany za wydatek kwalifikowany, a wskutek wyroku TSUE kwalifikacja ta uległa zmianie. Ograniczenie to nie znajdzie jednak zastosowania, jeśli jednostka samorządu terytorialnego dokonała przed dniem 1 października 2016 r. zwrotu środków europejskich, w części związanej ze zmianą kwalifikowalności podatku.
W ocenie DIAS, mając na uwadze, że Gmina nie dokonała zwrotu podatku do instytucji finansującej, nie przysługiwało jej prawo do obniżenia kwot podatku należnego o kwoty podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT dotyczących wydatków współfinansowanych przez UE ze środków EFRR w ramach RPO WM 2007-2013.
W kwestii pozostałych ustaleń faktycznych i prawnych, dotyczących rozliczenia Gminy poczynionych przez NUS, a niekwestionowanych przez pełnomocnika w złożonym odwołaniu, DIAS uznał zasadność stanowiska organu pierwszej instancji.
2. Od powyższej decyzji Skarżąca wywiodła skargę. W skardze zarzuciła:
Naruszenie przepisów prawa materialnego, tj. art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, poprzez:
- zakwestionowanie prawa Gminy do odliczenia przez nią VAT naliczonego od wydatków inwestycyjnych poniesionych na budowę sieci kanalizacyjnej i sieci wodociągowej w części wydatków współfinansowanych przez UE ze środków EFRR w ramach RPO WM 2007-2013,
- zastosowanie art. 10 ustawy centralizacyjnej, uchwalonego w sprzeczności z art. 2 Konstytucji RP, a w konsekwencji naruszenie zasady neutralności podatku wyrażonej w art. 1 ust. 2 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UE. L Nr 347; dalej: "Dyrektywa VAT");
Naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło on mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art 121 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz.U z 2017 r. poz. 201; dalej: "O.p."), poprzez:
- wydanie decyzji naruszającej prawo, a tym samym godzącej w zasadę zaufania do organów podatkowych.
W uzasadnieniu skargi Skarżąca powołując się na orzecznictwo TSUE argumentowała przede wszystkim, że najważniejszą cechą podatku od wartości dodanej jest zasada neutralności podatku, a przepisy krajowe nie mogą wymagać spełnienia przez podatnika dodatkowych warunków w celu uzyskania zwrotu podatku. Zdaniem Skarżącej, przepis art. 10 ustawy centralizacyjnej, stoi w sprzeczności tą z zasadą. Ponadto przepis ten w zasadzie wyklucza możliwość skorzystania z prawa do odliczenia podatku VAT w przypadku zamiany kwalifikowalności podatku w związku z wyrokiem TSUE w sprawie C-276/14.
Skarżąca argumentowała, że przepis ten uzależnia prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o podatek naliczony od dokonania zwrotu środków przeznaczonych na realizację projektów w części związanej ze zmianą kwalifikowalności podatku przed dniem wejścia w życie ustawy centralizacyjnej, tj. 1 października 2016 r. Biorąc pod uwagę, że ustawa centralizacyjna opublikowana została dnia 13 października 2016 r., Gmina miała jedynie 19 dni na zwrot dotacji jednostce finansującej. Zdaniem Gminy, w procesie legislacyjnym uchybiono nakazowi dochowania odpowiedniego okresu dostosowawczego (vacatio legis), wynikającego z art. 2 Konstytucji RP.
W ocenie Skarżącej, NUS winien zwrócić jej kwotę podatku naliczonego związanego z inwestycją, którą następnie Gmina zwróci jednostce współfinansującej projekt. Odwrócenie kolejności wzajemnych rozliczeń skutkować będzie naruszeniem zasady neutralności podatku VAT oraz narazi Gminę na poniesienie niezawinionych kosztów.
Skarżąca wniosła o uchylenie decyzji w części dotyczącej braku prawa Gminy do odliczenia przez nią podatku naliczonego od wydatków inwestycyjnych poniesionych na budowę sieci kanalizacyjnej i sieci wodociągowej oraz o zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania.
3. W odpowiedzi na skargę DIAS wniósł o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:
4.1. Skarga wniesiona na powyższą decyzję zasługiwała na uwzględnienie, jednakże zasadniczo z innych powodów niż w niej wskazane.
4.2. W rozpoznawaj sprawie spór dotyczy zasadności zakwestionowania przez organy podatkowe prawa Gminy do odliczenia podatku naliczonego, w związku z poniesionymi przez tę Gminę wydatkami na inwestycje dotyczące budowy sieci kanalizacyjnej i wodociągowej, po dokonaniu centralizacji rozliczeń Gminy z jej jednostkami organizacyjnymi.
4.3. Rozważając powyższe zagadnienie przypomnieć należy, że w dniu 29 września 2015 r. TSUE wydał wyrok w sprawie sygn. C-276/14, w którym orzekł, że art. 9 ust. 1 Dyrektywy VAT należy interpretować w ten sposób, że podmioty prawa publicznego, takie jak gminne jednostki budżetowe będące przedmiotem postępowania głównego, nie mogą być uznane za podatników podatku od wartości dodanej, ponieważ nie spełniają kryterium samodzielności przewidzianego w tym przepisie.
Z kolei w uchwale z dnia 26 października 2015 r. sygn. I FPS 4/15 Naczelny Sąd Administracyjny stanął na stanowisku, zgodnie z którym, w świetle art. 15 ust. 1 oraz art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług gmina ma prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych związanych z realizacją inwestycji, które zostały następnie przekazane do gminnego zakładu budżetowego, który realizuje powierzone mu zadania własne tej gminy, jeżeli te inwestycje są wykorzystywane do sprzedaży opodatkowanej podatkiem od towarów i usług. Jednocześnie w motywach tej uchwały Naczelny Sąd Administracyjny wyraźnie nawiązał do kryteriów samodzielności podatnika omówionych w wyroku TSUE z 29 września 2015 r. w sprawie sygn. C-276/14.
Odpowiedzią ustawodawcy na powyższe orzeczenia była ustawa centralizacyjna, która weszła w życie z dniem 1 października 2016 r.
Zgodnie z art. 3 tej ustawy, jednostki samorządu terytorialnego były obowiązane do podjęcia rozliczania podatku wraz ze wszystkimi jednostkami organizacyjnymi najpóźniej od dnia 1 stycznia 2017 r
Ustawa centralizacyjna określa również szczególne zasady dokonywania przez jednostki samorządu terytorialnego zwrotu środków przeznaczonych na realizację projektów w przypadku zmiany kwalifikowalności podatku w związku z wyrokiem TSUE z dnia 29 września 2015 r.
W świetle art. 2 pkt 2 ustawy centralizacyjnej, ze zmianą kwalifikowalności VAT mamy do czynienia wtedy, gdy pierwotnie podatek VAT stanowił koszt kwalifikowany, a więc w braku prawa do odliczenia podlegał częściowemu dofinansowaniu, jednakże na skutek wyroku TSUE sytuacja ta uległa zmianie,
tj. potwierdzono prawo do odliczenia i tym samym nie może on już podlegać częściowemu dofinansowaniu.
Jak wynika z art. 17 ust 1 ustawy centralizacyjnej, jednostka samorządu terytorialnego lub jej jednostka organizacyjna nie jest obowiązana do zwrotu środków przeznaczonych na realizację projektów w takim zakresie, w jakim nastąpiła zmiana kwalifikowalności podatku w części dotyczącej kwoty podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowanej ze środków przeznaczonych na realizację projektów w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości.
Przy czym przepis ust. 1 stosuje się pod warunkiem, że jednostka samorządu terytorialnego nie dokonała przed dniem wejścia w życie ustawy obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowaną ze środków przeznaczonych na realizację projektów, o której mowa w ust. 1, również w ramach korekty, o której mowa w art. 86 ust. 13 i 13a ustawy o podatku od towarów i usług, oraz w trybie art. 91 ust. 7- 8 ustawy o podatku od towarów i usług (art. 17 ust. 2).
Zgodnie natomiast z art. 10 ustawy centralizacyjnej, w zakresie, w jakim nastąpiła zmiana kwalifikowalności podatku w części dotyczącej kwoty podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowanej ze środków przeznaczonych na realizację projektów w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości, jednostce samorządu terytorialnego nie przysługuje prawo do dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o tę kwotę podatku naliczonego, również w ramach korekty, o której mowa w art. 86 ust. 13 i 13a ustawy o podatku od towarów i usług, oraz w trybie art. 91 ust. 7-8 ustawy o podatku od towarów i usług, jeżeli przed dniem wejścia w życie ustawy nie dokonano zwrotu środków przeznaczonych na realizację projektów w części związanej ze zmianą kwalifikowalności podatku.
Z powołanego przepisu wynika, że w braku dokonania przed wejściem w życie ustawy zwrotu środków przeznaczonych na realizację inwestycji w części związanej ze zmianą kwalifikowalności VAT – prawo do odliczenia VAT z tytułu inwestycji ulega ograniczeniu.
Innymi słowy, w powyższej sytuacji nie można odliczyć VAT w tej części, która podlegała dofinansowaniu.
Wskazuje na to wyraźnie już samo literalne brzmienie art. 10 ustawy centralizacyjnej. Przepis ten posługuje się sformułowaniem "kwota finansowana ze środków przeznaczonych na realizacje projektów", przewidując, że w przypadku zmiany kwalifikowalności w części dotyczącej takiej kwoty, jednostce samorządu terytorialnego nie przysługuje prawo do odliczenia o tę właśnie kwotę. Oznacza to, że w sytuacji, gdy dana jednostka samorządu terytorialnego otrzymała dofinansowanie obejmujące w jakimś zakresie podatek VAT, to nie ma prawa do odliczenia VAT w kwocie, która podlegała dofinansowaniu.
4.4 Przenosząc powyższe rozważania na grunt rozpoznawanej sprawy należy zauważyć, że w przypadku wskazanych inwestycji, z uwagi na fakt, że dofinansowaniem objęto również VAT (VAT stanowił koszt kwalifikowalny projektu), niewątpliwie w związku z wyrokiem TSUE doszło do zmiany kwalifikowalności tych wydatków. W takich przypadkach znajduje zastosowanie art. 10 ustawy centralizacyjnej. Oznacza to, że – w braku dokonania przed wejściem w życie ustawy zwrotu środków przeznaczonych na realizację inwestycji w części związanej ze zmianą kwalifikowalności VAT – prawo do odliczenia VAT z tytułu inwestycji ulega ograniczeniu. Tym samym, w powyższej sytuacji nie można odliczyć VAT w tej części, która podlegała dofinansowaniu.
W sprawie nie jest natomiast kwestionowane, że Gmina nie dokonała zwrotu stosowanej kwoty otrzymanego dofinansowania.
W konsekwencji nie jest zasadna argumentacja Skarżącej, zgodnie z którą, organ podatkowy obowiązany był dokonać zwrotu Gminie całej kwoty podatku (również w części dofinansowanej), a dopiero po otrzymaniu tej kwoty Skarżąca winna dokonać zwrotu części dofinansowanej do odpowiedniej instytucji finansującej.
4.5. W ocenie Sądu, na gruncie rozpoznawanej sprawy nie doszło również do naruszenia zasady neutralności podatkowej, w tym zakresie w jakim organ nie uznał prawa Gminy do odliczenia podatku naliczonego w części sfinansowanej ze środków Unii Europejskiej.
Zauważyć bowiem należy, że w tym zakresie Gmina, po pierwsze, nie poniosła ciężaru ekonomicznego tej części podatku. Po drugie, przyznanie Gminie prawa do odliczenia podatku w tej części, przy braku zwrotu dofinasowania, mogłoby stanowić bezpodstawnie wzbogacenie Gminy.
W takiej z kolei sytuacji Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej dopuszcza możliwość odmowy zwrotu podatku (zob. wyrok w sprawie Alacor C-191/12 z 16 maja 2013 r.). W orzeczeniu tym TSUE wskazał, że możliwa jest odmowa dokonania zwrotu podatku pobranego z naruszeniem prawa Unii, gdy powodowałby on bezpodstawne wzbogacenie podmiotów mających do niego prawo tj. w sytuacji, gdy ciężar zapłaty tych należności przerzucony był na inne podmioty. Pod warunkiem, że ciężar finansowy nienależnie pobranego podatku został w całości zneutralizowany.
Zauważyć należy, że na gruncie ustawy centralizacyjnej mamy do czynienia
z możliwością całkowitego zneutralizowania ciężaru finansowego podatku.
Gmina może bowiem zrezygnować z odliczenia podatku w części dofinansowanej i wówczas nie musi dokonywać zwrotu dofinansowania w zakresie w jakim nastąpiła zmiana kwalifikowalności podatku (art. 17 ustawy centralizacyjnej), albo dokonać zwrotu środków w części związanej ze zmianą kwalifikowalności podatku i wówczas może odliczyć podatek naliczony (art. 10 ustawy centralizacyjnej).
Jak już wskazywano wyżej zwrotowi podlega tylko ta część podatku, która była objęta dofinansowaniem. Natomiast w przypadku np. braku środków na zwrot całej dofinansowanej kwoty podatku Gmina może np. złożyć korektę w takiej części w jakiej podatek ten nie był dofinansowany i został pokryty ze środków własnych.
Ustawodawca przyjął więc w tym zakresie rozwiązanie kompleksowe. Polega ono na tym, że ta część VAT, która podlegała dofinansowaniu, nie może być odzyskana z budżetu państwa. Jednocześnie zaś nie jest konieczny zwrot dofinansowania w części przypadającej na VAT. Rozwiązanie to w założeniu realizować ma kluczową dla systemu VAT zasadę neutralności, zapewniając, że jednostki samorządu terytorialnego mają możliwość efektywnie odzyskać cały należny im VAT - w części poprzez zachowane dofinansowanie, a w części poprzez mechanizm odliczenia (korekta deklaracji w ramach centralizacji).
W takiej sytuacji, w ocenie Sądu, nie mamy do czynienia z naruszeniem zasady neutralności podatkowej.
4.6. Odnośnie z kolei zarzutu dotyczącego zbyt krótkiego terminu na ewentualny zwrot dofinansowania przewidziany w ustawie centralizacyjnej, a w konsekwencji naruszenie art. 2 Konstytucji RP, Sąd zauważa, że na gruncie rozpoznawanej sprawy powyższy zarzut jest chybiony. Gmina bowiem w ogóle nie zwróciła dofinansowania. Kwestia ta mogłaby wymagać ewentualnego rozważenia, gdyby Gmina zwróciła dofinansowanie, ale po terminie wskazanym przez ustawodawcę, co jak wskazano wyżej, nie miało miejsca w sprawie.
W konsekwencji argumentację podniesioną w skardze w powyższym zakresie Sąd pozostawia poza swoimi rozważaniami.
4.7. Sąd oceniając legalność zaskarżonej decyzji również w części, która nie była przedmiotem skargi, podziela w tym zakresie stanowisko organów podatkowych.
4.8. O konieczności uchylenia zaskarżonej decyzji oraz decyzji jej poprzedzającej zadecydowało natomiast naruszenie przez organy podatkowe art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w zw. z art. 10 ustawy centralizacyjnej, ale jedynie w części dotyczącej kwoty podatku naliczonego, która nie była sfinansowana ze środków UE.
Podkreślić bowiem należy – co już kilkukrotnie wyżej wskazywano – że powoływany przepis art. 10 ustawy centralizacyjnej daje podstawę do wyłączenia prawa do odliczenia podatku w sytuacji, gdy nie dokonano zwrotu odpowiedniej części dofinasowania, ale tylko w odniesieniu do tej kwoty, która została sfinansowana ze środków publicznych. Wyłączenie nie obejmuje natomiast całej kwoty podatku.
Jak wynika z akt sprawy podatek naliczony z faktur dokumentujących prowadzone inwestycje dofinasowany był w wysokości 72,48% kwoty. Pozostała kwota podatku pokrywana była ze środków własnych Gminy. W takiej sytuacji zasadna była odmowa odliczenia podatku jedynie w części dofinansowanej. Organy podatkowe bezzasadnie odmówiły więc odliczenia całości podatku naliczonego
z faktur dotyczących wskazanych inwestycji.
Sąd zauważa jednocześnie, że prawidłowy sposób rozliczenia podatku związanego z inwestycjami dokonywanymi przez Gminę wskazywał organ podatkowy w protokole kontroli podatkowej z [...] stycznia 2017 r. (k- 1148 akt admin.). Inną natomiast kwalifikację organ ten już przyjął w decyzji z [...] czerwca 2017 r. Zakwestionował bowiem prawo Gminy do odliczenia podatku ze spornych faktur
w całości. Powyższe jednoznacznie wynika z treści decyzji i wyliczeń w niej zawartych (zob. str. 7-9 i str. 11 decyzji). Powyższego zdaje się nie dostrzegł organ odwoławczy. Z jednej bowiem strony wskazywał na brak prawa Gminy do odliczenia podatku naliczonego w takim zakresie w jakim podatek ten został "uiszczony" środkami unijnymi, tzn. został uznany za wydatek kwalifikowalny, a wskutek wyroku TSUE kwalifikacja ta uległa zmianie. Z drugiej natomiast strony utrzymał w mocy decyzję NUS, która odmówiła jednak prawa do takiego odliczenia, co do całej kwoty podatku naliczonego (w tym również w części podatku uiszczonego ze środków własnych Gminy).
4.9. Ponownie rozpoznając sprawę organy podatkowe uwzględnią powyższą argumentację
4.10. Mając na uwadze powyższe Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a)
w zw. z art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2018 r. poz. 1302 ze zm., dalej – "P.p.s.a."), uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji.
Na wniosek Skarżącej Sąd zasadził na jej rzecz zwrot kosztów postępowania sądowego w wysokości obejmującej wpis (13.451 zł) oraz koszty zastępstwa procesowego (7.200 zł), stosownie do art. 200, art. 205 § 2 i § 4 oraz art. 209 P.p.s.a.
Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 29.07.2026. · Źródło