I SA/Wr 760/24

WyrokWSA we Wrocławiu2025-05-07

Skład orzekający: Dagmara Stankiewicz-Rajchman, Piotr Kieres, Tomasz Trybuszewski

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, jeśli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów tylko w części?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej nie może stwierdzić wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, jeśli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną tylko w części. Kompetencja organu do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej jest ograniczona do zakresu interpretacji ogólnej. Stwierdzenie wygaśnięcia w całości, w tym w części prawidłowej i nieobjętej zakresem interpretacji ogólnej, stanowi naruszenie prawa i pozbawia stronę ochrony przewidzianej w art. 14k Ordynacji podatkowej.
Stan faktyczny
Spółka złożyła wniosek o interpretację indywidualną dotyczącą ulgi badawczo-rozwojowej. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS) wydał interpretację częściowo uznając stanowisko Spółki za prawidłowe, a częściowo za nieprawidłowe. Następnie DKIS stwierdził wygaśnięcie tej interpretacji, uznając ją za niezgodną z interpretacją ogólną Ministra Finansów, mimo że Spółka twierdziła, iż jej wniosek i interpretacja dotyczyły innych zagadnień niż interpretacja ogólna. DKIS utrzymał w mocy swoje postanowienie, argumentując, że interpretację indywidualną należy wygasić w całości, nawet jeśli niezgodność dotyczy tylko części.
Rozstrzygnięcie
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu uchylił zaskarżone postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 29 sierpnia 2024 r. oraz poprzedzające je postanowienie z dnia 11 lipca 2024 r. i zasądził od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 597 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący: Sędzia WSA Dagmara Stankiewicz-Rajchman Sędziowie: Sędzia WSA Piotr Kieres Asesor WSA Tomasz Trybuszewski (sprawozdawca) po rozpoznaniu w dniu 7 maja 2025 r. w Wydziale I na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym sprawy ze skargi D. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 29 sierpnia 2024 r. nr 0111-KDIB1-3.4010.62.2021.5.BB w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej I. uchyla zaskarżone postanowienie i poprzedzające je postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 11 lipca 2024 r. nr 0111-KDIB1-3.4010.62.2021.4.HK; II. zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 597 zł (pięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Przedmiotem skargi D. Sp. z o.o. z siedzibą we W. (dalej: Spółka, Wnioskodawca, Strona, Skarżąca) jest postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: organ, DKIS, organ podatkowy) z dnia 29 sierpnia 2024 r. nr 0111-KDIB1-3.4010.62.2021.5.BB, utrzymujące w mocy własne postanowienie z dnia 11 lipca 2024 r. nr 0111-KDIB1-3.4010.62.2021.4.HK w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej. Postępowanie przed organem. W dniu 4.02.2021 r. do DKIS wpłynął wniosek Strony o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych (dalej: CIT), który dotyczył ulgi badawczo-rozwojowej. Przedmiotem wniosku uczyniono ustalenia czy: 1. Czy prowadzone przez Spółkę prace w zakresie realizacji projektów klienckich oraz projektów wewnętrznych spełniają przesłanki do uznania ich za prace badawczo-rozwojowe w rozumieniu ustawy z dnia 15.02.1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2020 r., poz. 1406, dalej: ustawa o CIT), (zarówno przed jak i po zmianie definicji prac badawczo-rozwojowych, o której mowa w art. 4a pkt 26-28 ustawy o CIT, w 2018 r.)? 2. Czy wypłacane w danym miesiącu pracownikom dodatki za pracę w godzinach nadliczbowych, stanowią dla Spółki koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu i mogą podlegać odliczeniu od podstawy opodatkowania Spółki w ramach stosowania ulgi na prace badawczo-rozwojowe? 3. Czy do kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 2 ustawy o CIT, Spółka może zaliczyć wydatki na materiały bezpośrednio związane z prowadzoną działalnością badawczo rozwojową, a w przypadku częściowego ich wykorzystania bezpośrednio do działalności badawczo-rozwojowej zastosować odpowiedni klucz alokacji? Przedstawiając własne stanowisko Spółka uznała, że: 1. Prace realizowane w ramach projektów kliencki oraz projektów wewnętrznych należy uznać za prace badawczo-rozwojowe w rozumieniu ustawy o CIT, 2. Wypłacane w danym miesiącu pracownikom dodatki za pracę w godzinach nadliczbowych, stanowią dla Spółki koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu i mogą podlegać odliczeniu od podstawy opodatkowania Spółki w ramach stosowania ulgi na prace badawczo-rozwojowe, 3. Do kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 2 ustawy o CIT, Spółka może zaliczyć wydatki na materiały bezpośrednio związane z prowadzoną działalnością badawczo- rozwojową, a w przypadku częściowego ich wykorzystania bezpośrednio do działalności badawczo-rozwojowej zastosować odpowiedni klucz alokacji. DKIS w dniu 19.04.2021 r. wydał interpretację indywidualną, nr 0111-KDIB1-3.4010.62.2021.2.APO, w którym uznał stanowisko Spółki w sprawie za częściowo prawidłowe, a częściowo nieprawidłowe. Za prawidłowe uznano stanowisko Wnioskodawcy w zakresie pytania nr 1 i nr 3. Za nieprawidłowe organ uznał stanowisko Spółki w zakresie pytania nr 2. Odnosząc się do kwestii uznania przez Spółkę za koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, wypłacanych pracownikom dodatków za pracę w godzinach nadliczbowych DKIS stwierdził, że przepisy podatkowe dają możliwość uznania za koszty kwalifikowane należności z tytułu wynagrodzeń pracownika, który realizuje wskazany cel, tj. wykonuje prace badawczo-rozwojowe. Organ wskazał, że ustawodawca w treści art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, odnosi się do czasu pracy przeznaczonego na realizację działalności badawczo-rozwojowej, a zatem do czasu faktycznie poświęconego na ten cel. DKIS zauważył, że odliczeniu nie będą podlegały kwoty wynagrodzeń oraz składek proporcjonalnie przypisanych do dni nieobecności pracownika tj. wynagrodzeń za czas urlopu, wynagrodzeń za czas niezdolności do pracy, wynagrodzenia za dni wolne na opiekę nad dzieckiem, oraz wynagrodzenie za inne zwolnienia od pracy. Zasadnym jest zatem wyodrębnienie (wyłączenie z ulgi badawczo-rozwojowej) tej części wynagrodzenia oraz świadczeń wypłaconych pracownikom zajmującym się działalnością badawczo-rozwojową, a także składek od tych należności, określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, które nie są związane z realizacją działalności badawczo-rozwojowej. W sytuacji, gdy w danym miesiącu pracownik otrzyma wyłącznie wynagrodzenie za czas, w którym nie będzie faktycznie realizował działalności badawczo-rozwojowej, wówczas ww. wynagrodzenie wraz ze sfinansowanymi przez płatnika składkami od ww. przychodu, określonymi w ustawie z dnia 13.10.1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, nie będzie stanowiło kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT. Organ wyjaśnił, że nieobecność pracownika oznacza, że nie wykonywał on wówczas faktycznie określonych czynności w zakresie działalności badawczo-rozwojowej. Organ wskazał, że nie można zgodzić się z Wnioskodawcą, że wypłacane w danym miesiącu pracownikom dodatki za pracę w godzinach nadliczbowych, stanowią dla Spółki koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Zdaniem organu, w przypadku wypłaty wynagrodzeń za godziny nadliczbowe pracownikom wykonującym prace badawczo-rozwojowe zaliczeniu do kosztów kwalifikowanych podlega wynagrodzenie za godziny nadliczbowe w których pracownik faktycznie wykonywał prace badawczo-rozwojowe, ustalone na podstawie prowadzonej ewidencji. Tym samym, stanowisko Spółki w zakresie pytania oznaczonego we wniosku nr 2 DKIS uznał za nieprawidłowe. Postanowieniem z dnia 11.07.2024 r. organ stwierdził wygaśnięcie interpretacji indywidualnej z dnia 19.04.2021 r. ponieważ jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów z dnia 13.02.2024 r. Nr DD8.8203.1.2021, wydaną w takim samym stanie prawnym. W uzasadnieniu postanowienia, DKIS odwołał się do swojego stanowiska zawartego w w/w interpretacji indywidualnej w części dotyczącej pytania nr 2. Wskazał, że w tym zakresie uznał stanowisko Wnioskodawcy za nieprawidłowe. Organ powołał się na okoliczność, że w dniu 13.02.2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną Nr DD8.8203.1.2021, która została opublikowana w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów z 21.02.2024 r. pod poz. 16. Dotyczy ona możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. DKIS wyjaśnił, że aby zapewnić jednolitość stosowania przepisów, ustawodawca w art. art. 14e § 1a pkt 2 ustawy z dnia 29.08.1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2023 r. poz. 2383, dalej: O.p.) wprowadził również instytucję stwierdzania wygaśnięcia interpretacji indywidulanych, które: - dotyczą tego samego zagadnienia, co interpretacja ogólna, - dotyczą tych samych przepisów, co interpretacja ogólna (tego samego stanu prawnego) i - są niezgodne z interpretacją ogólną. Dalej organ podał, że we wzmiankowanej interpretacji ogólnej stwierdzono, że do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT i art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, należą poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu, w tym również należności z tytułu usprawiedliwionej nieobecności pracownika, do których poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów, m.in. te dotyczące urlopu oraz choroby. Podsumowując DKIS uznał, że interpretacja indywidualna, wydana dla Spółki, dotyczy: - zagadnienia, o którym mowa w interpretacji ogólnej z dnia 13.02.2024 r., - stanu prawnego tożsamego z tym, w którym wydano ww. interpretację ogólną, a stanowisko, które organ w niej przedstawił jest niezgodne z ww. interpretacją ogólną. Dlatego organ stwierdził z urzędu, że interpretacja indywidualna wygasła. Na skutek wniesionego przez Spółkę zażalenia, DKIS postanowieniem z dnia 29.08.2024 r. utrzymał w mocy zaskarżone postanowienie. W uzasadnieniu postanowienia organ stwierdził, że przepisy O.p. nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części i w przypadku, gdy interpretacja w części jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów należy ją wygasić w całości w trybie art. 14e § 1a pkt 2 tejże ustawy. Dotyczy to wygaszania wszystkich interpretacji indywidualnych. Odnosząc się do w/w przepisu DKIS stwierdził, że w sytuacji gdy stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) przedstawiony we wniosku odpowiada zagadnieniu będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej wydanej w takim samym stanie prawnym, rozstrzygnięcie co do zakresu oraz sposobu stosowania przepisów prawa podatkowego w interpretacji indywidualnej jest niezgodne (nawet w niewielkiej części z interpretacją ogólną), to zachodzi podstawa do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w tym trybie, a obowiązujące przepisy nie dają podstaw do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. Zdaniem organu niewątpliwie przesłanka warunkująca stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej, o której mowa w art. 14e § 1a pkt 2 O.p., tj. interpretacja indywidualna jest niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym, jest spełniona również w przypadku, gdy interpretacja indywidualna dotyczy także innych zagadnień podatkowych (pozostających poza zakresem interpretacji ogólnej). Mając na uwadze, że akty te – chociażby w części – zostały podjęte w tożsamym stanie prawnym oraz fakt, że przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują możliwości wygaszania interpretacji w części, DKIS uznał, że przysługuje mu prawo do stwierdzenia wygaśnięcia takiej interpretacji indywidualnej. W związku z powyższym, w sytuacji gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej, w ocenie organu interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. Stwierdzenie jakiejkolwiek niezgodności interpretacji indywidualnej z ogólną, musi prowadzić do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości. Reasumując, w ocenie DKIS, postanowienie organu I instancji nie zostało wydane z naruszeniem art. 14e ust. 1a pkt 2 w zw. z art. 14e § 1 pkt 3 O.p. Postępowanie przed Sądem. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu na powyższe postanowienie Spółka, zaskarżyła je w całości, zarzucając naruszenie: - art. 14e § 1a pkt 2 O.p., w związku z art. 14e § 3 O.p. poprzez uznanie, że przepisy te mają zastosowanie w sprawie, będące pochodną błędnego uznania, iż do stanu faktycznego opisanego przez Stronę w indywidualnej interpretacji podatkowej znajduje zastosowanie interpretacja ogólna, co skutkowało jednoczesnym stwierdzeniem wygaśnięcia interpretacji indywidualnej i wydaniem skarżonego postanowienia, podczas gdy nie zaszły przesłanki niezbędne do zastosowania tych przepisów, z uwagi na brak tożsamości zagadnień podatkowych oraz stanu prawnego obu pism, - art. 121 § 1 O.p. w związku z art. 14h O.p. poprzez ogólnikowe wskazanie na treść interpretacji ogólnej w realiach rozpatrywanej sprawy oraz pozbawienie Skarżącej praw nabytych tj. ochrony przewidzianej w art. 14k O.p., podczas gdy interpretacja ogólna Ministra Finansów sygn. DD8.8203.1.2021 nie zawiera tożsamości zagadnień oraz stanu prawnego, które zostały rozstrzygnięte w interpretacji indywidualnej. W związku z powyższymi zarzutami, Spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego go postanowienia I instancji oraz zasądzenie na rzecz Skarżącej od organu zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych. W uzasadnieniu skargi Strona wyjaśniła, że DKIS w interpretacji indywidualnej z 19.04.2021 r., analizując i uzasadniając własne stanowisko w sprawie pytania nr 2 wyraził pogląd odnośnie wynagrodzenia za czas nieobecności spowodowanych urlopem, niezdolnością do pracy, opieką i innymi zwolnieniami, mimo iż kwestie te pozostawały bez znaczenia dla sprawy. Skarżąca wskazała, że jak wynika z treści powołanych interpretacji i orzeczeń, kontrowersyjne zagadnienie opisane w interpretacji ogólnej dotyczyło oceny czy wynagrodzenie za czas urlopu i choroby może stanowić koszt kwalifikowany do ulgi, o której mowa wart. 18d ustawy o CIT. Dalej Strona podniosła, że skoro interpretacja ogólna dot. kosztów wynagrodzeń za czas urlopu lub choroby nie sposób zrozumieć jaką niezgodność DKIS zarzuca wygaszanej interpretacji indywidualnej. Co wynika ze stanu faktycznego interpretacji indywidualnej, Strona Skarżąca ww. kwestii nie poruszała, a co więcej żadne zadane pytanie nie dotyczyło bezpośrednio materii rozstrzyganej w interpretacji ogólnej. Skarżąca podniosła, że nie miała wątpliwości co do kwestii zaliczania do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń za czas nieobecności ani określania ogólnego czasu pracy. Wątpliwości na kanwie tego pytania budziła jedynie kwestia specyficznego, występującego u Strony sposobu rozliczenia nadgodzin. Organ podatkowy, analizując i uzasadniają własne stanowisko w sprawie pytania nr 2 w indywidualnej interpretacji wyraził pogląd odnośnie wynagrodzenia za czas nieobecności spowodowanych urlopem, niezdolnością do pracy, opieką i innymi zwolnieniami, niemniej kwestie te pozostawały bez znaczenia dla rozstrzygnięcia i zdaniem Skarżącej nie uprawniały DKIS do zastosowania art. 14e § 1a pkt 2 O.p. Spółka zarzuciła ponadto, że opis zdarzeń faktycznych oraz zadane pytania zawarte we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, wykraczały znacznie poza zagadnienia, do jakich odnosiła się interpretacja ogólna, w szczególności poza kosztami wynagrodzenia za nadgodziny (pytanie nr 2) interpretacja indywidualna dotyczyła kwalifikacji działań prowadzonych przez Skarżącą do prac badawczo-rozwojowych oraz do sposobu uznawania za koszt kwalifikowany materiałów, w konsekwencji organ nie miał uprawnień do wygaszenia przedmiotowej indywidualnej interpretacji prawa (pytania nr 1 i 3. W odpowiedzi na skargę DKIS podtrzymał stanowisko zawarte w skarżonym postanowieniu i wniósł o jej oddalenie. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje: Skarga zasługiwała na uwzględnienie, ponieważ zaskarżone postanowienie i poprzedzające je postanowienie naruszają prawo w stopniu uzasadniającym ich uchylenie. Przechodząc do omówienia motywów wydanego wyroku, należy wskazać, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na postanowienia wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także na postanowienia rozstrzygające sprawę co do istoty (art. 3 § 2 pkt 2 ustawy z 30.08.2002r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r., poz. 935; dalej: p.p.s.a.)). Wskutek takiej kontroli postanowienie może zostać uchylone, jeśli sąd stwierdzi: a) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, b) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, c) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a.). W przypadku kwalifikowanego naruszenia prawa sąd stwierdza nieważność postanowienia (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, które to zastrzeżenie nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie. Przedmiotem sporu między stronami jest kwestia czy organ podatkowy mógł stwierdzić wygaśnięcie w całości interpretacji indywidualnej, która jedynie w części była niezgodna z interpretacją ogólną. Zdaniem organu podatkowego przepis art. 14e § 1a pkt 2 O.p. nie pozwala mu na inne działanie. Skarżąca zaś argumentowała, iż DKIS stwierdził wygaśnięcie interpretacji indywidualnej z uwagi na jej niezgodność z interpretacją ogólną, mimo iż – zdaniem Spółki – nie dotyczyła ona zagadnienia, o którym mowa w interpretacji ogólnej. Z tym również nie zgodził się DKIS, wskazując na fragmenty interpretacji indywidualnej niezgodne z interpretacją ogólną. W ocenie Sądu, w tak zarysowanym sporze należy przyznać rację Skarżącej. Odnosząc się w pierwszej kolejności do stanowiska Skarżącej, iż w interpretacji indywidualnej, której wygaśnięcie stwierdził DKIS postanowieniem z dnia 11 lipca 2024 r. (utrzymanym w mocy zaskarżonym postanowieniem), organ odniósł się do kwestii nieobjętych pytaniem Spółki (wynagrodzeń za czas nieobecności w pracy), wywodząc powinność oceny tego zagadnienia z opisu stanu faktycznego, wskazać należy, iż w niniejszym postępowaniu Sąd nie jest uprawniony do kontroli zgodności z prawem interpretacji indywidualnej w zakresie pożądanym przez Skarżącą. Kwestionując zasadność wypowiedzenia się przez organ co do kwestii, które zdaniem Spółki, nie były przedmiotem wniosku, Skarżąca winna była dążyć do wyeliminowania interpretacji indywidualnej z obrotu prawnego, wdrażając adekwatne środki zaskarżenia. Oceniając te kwestie w niniejszym postępowaniu, Sąd w zasadzie dokonałby kontroli innego zagadnienia oraz w konsekwencji rozstrzygnięcia (interpretacji indywidualnej), niż będące przedmiotem skargi, a wcześniej postępowania przed organem podatkowym. Skoro zaś interpretacja indywidualna nie została wyeliminowana z obrotu prawnego, to podlega ona kontroli zgodności z interpretacją ogólną w trybie art. 14e § 1a pkt 2 O.p. w pełnym jej zakresie. Nie ma zaś sporu co do tego, iż zawarte w interpretacji indywidualnej stanowisko DKIS, odnośnie tego czy wydatki pracownicze poniesione w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika mogą stanowić koszt kwalifikowany do ulgi badawczo-rozwojowej, jest niezgodne ze stanowiskiem wyrażonym w interpretacji ogólnej. Następnie przypomnieć trzeba, że jednym z obowiązków organu podatkowego jest działanie w granicach udzielonej mu kompetencji. Każde działanie organu podatkowego powinno mieć oparcie w przepisie prawa (zakaz domniemywania kompetencji). Obowiązek działania organów władzy publicznej (organów podatkowych) w granicach i na podstawie wyraźnych przepisów prawa wywodzi się z zasady państwa prawnego (art. 2 Konstytucji RP), zasady legalizmu (art. 7 Konstytucji RP i art. 120 OP) oraz zasady podziału i równowagi władzy (art. 10 Konstytucji RP). Wykładnia przepisów kompetencyjnych zawsze wiąże się z dylematem między dwoma wartościami: skutecznością (sprawnością) instytucji publicznej w wykonywaniu jej zadań, z jednej strony, oraz przewidywalnością i racjonalnością (rzetelnością) rozstrzygnięć instytucji publicznej, z drugiej. U podstaw każdego domniemania kompetencji leży zarówno troska o efektywność działania instytucji publicznej, jak i obawa o interesy jednostek podległych jej władzy. W języku Konstytucji dylemat ten został wyrażony w zasadzie sprawności i rzetelności działania instytucji publicznej (zawartej w preambule). Zaś zakaz domniemywania kompetencji w prawie publicznym, w tym prawie podatkowym, służy przede wszystkim dwóm celom: ochronie obywatela przed arbitralnymi i nieprzewidywalnymi działaniami władzy publicznej oraz zagwarantowaniu równowagi pomiędzy instytucjami publicznymi w ustroju opierającym się na podziale władzy (por. J. Roszkiewicz, Zakaz domniemywania kompetencji i wyjątki od tego zakazu. Studium publicznoprawne. C.H. Beck Warszawa 2022, s. 5-6). Istota zakazu domniemywania kompetencji sprowadza się do obowiązku językowej wykładni norm kompetencyjnych, czyli ustalenia treści uprawnienia organu władzy publicznej (organu podatkowego) wyłącznie w oparciu o literalne brzmienie przepisu, w którym dana norma została wysłowiona. Co do zasady, wszelkie wątpliwości (niejasności) co do rozumienia norm kompetencyjnych należy rozstrzygać na rzecz ograniczenia jej skutków władczych. Zaś sięgnięcie do metod pozajęzykowej wykładni przepisu kompetencyjnego może prowadzić do potwierdzenia rezultatu wykładni językowej (tamże s. 67-68). Stosowanie wnioskowania z "celu na środki" do wykładni przepisów kompetencyjnych jest w zasadzie niedopuszczalne, w szczególności zakazane jest wywodzenie kompetencji z tzw. przepisów zadaniowych, czyli określających funkcję bądź zadania organu władzy publicznej, bez przypisania im uprawnień koniecznych dla ich realizacji (tamże s. 64). Stosownie do treści art. 14e § 1a pkt 2 O.p., Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może z urzędu stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Wynikająca z powołanego wyżej przepisu kompetencja DKIS w zakresie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej dotyczy jedynie sytuacji, w której jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Zakres określonej w ww. przepisie kompetencji wyznacza możliwy kierunek działania organu podatkowego. Zatem organ podatkowy nie może stwierdzić wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w sytuacji, gdy interpretacja indywidualna jest: zgodna z interpretacją ogólną lub nie wchodzi w zakres udzielonej interpretacji ogólnej. Wsparcie powyższego stanowiska odnajdujemy w wykładni systemowej. Interpretując art. 14e §1a pkt 2 O.p., należy mieć bowiem na uwadze, że dotyczy on zarówno interpretacji indywidualnych, jak i interpretacji ogólnych, stąd też nie można go wykładać z pominięciem chociażby art. 14c § 1 i 2 O.p. oraz art. 14a § 1a O.p. – czyli przepisów mających zasadnicze znaczenie dla zrozumienia istoty obu rodzajów interpretacji. Zgodnie z art. 14c § 1 O.p., interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie. W razie negatywnej oceny stanowiska wnioskodawcy interpretacja indywidualna zawiera wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym (art. 14c § 2 O.p.). W świetle art. 14a § 1a pkt 1 O.p., Minister właściwy do spraw finansów publicznych dąży do zapewnienia jednolitego stosowania przepisów prawa podatkowego przez organy podatkowe, w szczególności: dokonując ich interpretacji, z urzędu lub na wniosek (interpretacje ogólne), - przy uwzględnieniu orzecznictwa sądów, Trybunału Konstytucyjnego lub Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Interpretacja ogólna wydawana jest na tle abstrakcyjnie ujętego zdarzenia (zagadnienia) w powiązaniu z konkretnym problemem prawnym powstałym w związku z interpretacją przepisów prawa podatkowego. Natomiast treść art. 14a § 2 pkt 2 O.p. wyraźnie wskazuje, że instytucja ta ma służyć zachowaniu jednolitości stosowania prawa przez organy podatkowe. Tego rodzaju interpretacja nie ma jednak sama z siebie żadnej mocy wiążącej, zarówno dla organów podatkowych, jak i podatników. Tym niemniej można w sposób pośredni przypisać jej funkcje ochronne. Przede wszystkim w art. 14k § 2 O.p. przewidziano, że zastosowanie się do interpretacji ogólnej przed jej zmianą nie może szkodzić temu, kto się do niej zastosował, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Ponadto podatnik może wywodzić ją z ogólnych zasad ustawy - Ordynacja podatkowa, chociażby z zasady zaufania do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.). Powyższe oznacza, że tak długo, jak w obrocie prawnym pozostaje interpretacja indywidualna odnosząca się do stanu faktycznego bądź zdarzenia przyszłego, jak również stanowiska prawnego strony, które odpowiadają zagadnieniu, o którym jest mowa w art. 14a § 1a pkt 1 O.p. – jej adresat korzysta z ochrony przewidzianej w art. 14k § 1 O.p. Ustaje ona dopiero wraz ze stwierdzeniem wygaśnięcia interpretacji indywidualnej na podstawie art. 14e §1a pkt 2 O.p. Sąd nie podziela poglądu organu podatkowego, że właściwa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 O.p. powinna prowadzić do wniosku, iż organ podatkowy zobowiązany jest do stwierdzenia wygaśnięcia całości interpretacji indywidualnej. Jak słusznie zauważył NSA w swoich wyrokach z dnia: 13 lipca 2023 r. sygn. akt II FSK 224/21 i 8 sierpnia 2023 r. sygn. akt II FSK 1157/21 oraz 1158/21, (CBOSA), interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Przesłanką zastosowania wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jest jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. Gdyby przyjąć, że interpretacja indywidualna jest niezgodna z ogólną tylko w części, a organ zobligowany jest stwierdzić jej wygaśnięcie w całości – to orzekałby o wygaśnięciu interpretacji również w części prawidłowej, w zakresie, w jakim daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony. Skoro art. 14e § 1a pkt 2 O.p. pozostaje w takiej relacji względem interpretacji indywidualnych i ogólnych, to w pełni zasadne jest posłużenie się jedną z podstawowych reguł interpretacyjnych, tj. wnioskowaniem a fortiori w postaci argumentum a maiori ad minus. Dla tego rodzaju rozumowania podstawą są przepisy uprawniające, a przebiega ono w ten sposób, że skoro komuś wolno więcej, tym bardziej wolno mniej. W rozpoznawanej sprawie oznacza to tyle, że skoro organ podatkowy mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do jej części. O tym, jakie działanie podejmie, decyduje zaś zakres stwierdzonej niezgodności interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną. Nie ma wątpliwości, że uzyskana przez Skarżącą interpretacja indywidualna z dnia 19.04.2021 r. nr 0111-KDIB1-3.4010.62.2021.2.APO miała znacznie szerszy zakres, niż interpretacja ogólna Ministra Finansów z dnia 13 lutego 2024 r. nr DD8.8203.1.2021, czego organ podatkowy nie kwestionuje. Stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, czyli również w części nieobjętej zakresem interpretacji ogólnej, stanowi naruszenie w sposób istotny art. 14e § 1a pkt 2 O.p., jak też art. 121 § 1 O.p. w zw. z art. 14h O.p. Niewątpliwie stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości było działaniem na szkodę Skarżącej i pozbawiło ją ochrony z przedmiotowej interpretacji indywidualnej po myśli art. 14k § 1 O.p. W uzasadnieniu niniejszego wyroku Sąd wykorzystał argumentację przedstawioną w wyroku WSA we Wrocławiu z dnia 9.04.2025 r. sygn. akt I SA/Wr 759/24. Z przedstawionych wyżej względów uchylono w całości postanowienie organu podatkowego wydane w pierwszej i drugiej instancji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) w zw. z art. 135 p.p.s.a. (punkt I sentencji wyroku). W ponownym postępowaniu organ podatkowy zobowiązany jest stwierdzić wygaśnięcie przedmiotowej interpretacji indywidualnej w części, w jakiej jest ona niezgodna z przedmiotową interpretacją ogólną. W związku z uwzględnieniem skargi Sąd orzekł również w punkcie II sentencji wyroku o kosztach postępowania na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a., zasądzając na rzecz Skarżącej zwrot kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw w kwocie 597 zł, obejmujący zwrot uiszczonego wpisu sądowego od skargi (100 zł) oraz opłaty od pełnomocnictwa (17 zł), a także wynagrodzenie pełnomocnika Skarżącej będącego doradcą podatkowym (480 zł).

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 20.07.2026. · Źródło