I SA/Gl 309/14

WyrokWSA w Gliwicach2014-12-08

Skład orzekający: Bożena Suleja, Paweł Kornacki, Bożena Pindel

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. jest zasadny, jeśli podatnik nie dokonał wpłaty całej zaległości podatkowej wraz z należnymi odsetkami za zwłokę, a spór dotyczy prawidłowego naliczenia tych odsetek z uwzględnieniem okresów, za które nie powinny być naliczane?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty nie jest zasadny, ponieważ podatnik nie dokonał wpłaty całej zaległości podatkowej wraz z należnymi odsetkami za zwłokę. Nadpłata z tytułu odsetek może powstać jedynie wtedy, gdy po zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości głównej i odsetek za zwłokę okaże się, że podatnik faktycznie nadpłacił podatek wraz z odsetkami. Kwestia prawidłowego naliczenia odsetek za zwłokę, w tym okresów, za które nie powinny być naliczane, jest badana w odrębnym postępowaniu, a nie w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty, które ma charakter drugoplanowy i opiera się na wyniku głównego postępowania wymiarowego.
Stan faktyczny
Spółka złożyła wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r., argumentując, że organ podatkowy nie uwzględnił okresów, za które odsetki za zwłokę nie powinny być naliczane. Organy podatkowe odmówiły stwierdzenia nadpłaty, wskazując, że Spółka nie dokonała wpłaty całej zaległości podatkowej wraz z odsetkami. Spółka zaskarżyła decyzję Dyrektora Izby Skarbowej do WSA, podtrzymując swoje stanowisko. WSA oddalił skargę, uznając, że brak wpłaty całej zaległości uniemożliwia stwierdzenie nadpłaty, a kwestia naliczania odsetek jest przedmiotem odrębnego postępowania.
Rozstrzygnięcie
Oddalono skargę.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Bożena Suleja, Sędziowie WSA Paweł Kornacki, Bożena Pindel (spr.), Protokolant Paulina Nowak, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 8 grudnia 2014 r. sprawy ze skargi A S.A. w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. oddala skargę. Zaskarżoną decyzją z dnia [...] Nr [...] Dyrektor Izby Skarbowej w K., działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2012 r. poz. 749 ze zm.; dalej: Ordynacja podatkowa) – po rozpatrzeniu odwołania A S.A. w K. (dalej: Spółka lub skarżąca) od decyzji Naczelnika [...][...] Urzędu Skarbowego w S. z dnia [...] Nr [...] odmawiającej stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w wysokości [...] zł wraz z należnym od tej kwoty oprocentowaniem z uwzględnieniem do czasu rozstrzygnięcia sprawy okoliczności wpłaty odsetek wynikających z decyzji ratalnej z dnia [...] – utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. Podstawą rozstrzygnięcia był następujący stan faktyczny. W piśmie z dnia 12 grudnia 2012 r. (data wpływu 17 grudnia 2012 r.) Spółka złożyła do Naczelnika [...][...] Urzędu Skarbowego w S. wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w wysokości [...] zł wraz z odsetkami należnymi od tej kwoty, powołując się na art. 72 § 1 pkt 1, art. 72 § 2 oraz art. 78 Ordynacji podatkowej. W uzasadnieniu wniosku wskazała, że Naczelnik [...][...] Urzędu Skarbowego w S. postanowieniem z dnia [...] oraz uzupełniającym go postanowieniem z dnia [...] zaliczył dokonaną przez Spółkę w dniu 6 czerwca 2012 roku wpłatę w wysokości [...] zł na poczet zaległości w ww. podatku, a w tym na zaległość główną - [...] zł, oraz odsetki za zwłokę - [...] zł. Pozostałą kwotę zaległości w wysokości [...] zł wraz z odsetkami za zwłokę organ I instancji rozłożył Spółce na raty (decyzją z dnia [...]). Spółka zauważyła jednak, że powyższe rozstrzygnięcie nie uwzględnia okresów, za które odsetki za zwłokę od zaległości podatkowej nie powinny być naliczane z powodu przebiegu postępowania wymiarowego (art. 54 § 1 pkt 2, pkt 3, pkt 4 i pkt 7 w związku z art. 54 § 3 i art. 54 § 2 Ordynacji podatkowej). Wyraziła opinię, że organ I instancji pominął wymienione przepisy Ordynacji podatkowej i nie uwzględnił ich w wydanych ww. postanowieniach o zaliczeniu wpłaty oraz ww. decyzji ulgowej, co uzasadnia złożony wniosek o zwrot nadpłaty. Organ I instancji postanowieniem z dnia [...] wydanym na podstawie art. 216 i art. 165a w związku z art. 75 Ordynacji podatkowej, odmówił Spółce wszczęcia postępowania w sprawie ww. wniosku z dnia 12 grudnia 2012 r. Orzeczenie to zostało następnie uchylone w trybie zażalenia postanowieniem Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...], a sprawę przekazano do ponownego rozpoznania organowi I instancji. Po ponownym rozpoznaniu sprawy organ I instancji decyzją z dnia [...] odmówił stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w wysokości [...] zł wraz z należnymi odsetkami od tej kwoty, z uwzględnieniem, do czasu rozstrzygnięcia sprawy, okoliczności wpłaty odsetek wynikających z decyzji ratalnej z dnia [...]. W uzasadnieniu wskazał, że decyzją z dnia [...] Dyrektor Izby Skarbowej w K. uchylił w części decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia [...] i określił A S.A. zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w wysokości [...] zł, czyli wyższej od zadeklarowanej przez Spółkę, i w konsekwencji zaległość Spółki z tego tytułu wyniosła [...] zł. Decyzja Dyrektora Izby Skarbowej w K. została następnie zaskarżona do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach. Sąd ten wyrokiem z dnia 4 lutego 2013 r. sygn. akt I SA/Gl 808/12 oddalił skargę Spółki, wyrok jest nieprawomocny. W dniu 6 czerwca 2012 r. Spółka dokonała częściowej wpłaty należności wynikającej z decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] w wysokości [...] zł. Wpłata ta została zarachowana postanowieniem organu I instancji z dnia [...] na poczet zaległości głównej - [...] zł oraz odsetek za zwłokę [...] zł. Postanowienie to Dyrektor Izby Skarbowej w K. utrzymał w mocy (postanowieniem z dnia [...]). W dniu 11 czerwca 2012 r. Spółka złożyła także wniosek o rozłożenie na raty zapłaty zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. Po ostatecznym rozpoznaniu sprawy o zarachowanie wpłaty Spółki z dnia 6 czerwca 2012 r. w kwocie [...] zł organ I instancji decyzją z dnia [...] zmienił decyzję z dnia [...], na mocy której rozłożono Spółce spłatę zaległości na osiem rat. Organ I instancji stwierdził, że na dzień złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, a także na dzień wydania decyzji, Spółka nie dokonała wpłaty całej zaległości podatkowej z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. wraz z należnymi odsetkami za zwłokę. Zatem nadpłata w przedmiotowej sprawie nie wystąpiła, w tym także z tytułu odsetek, ponieważ podatnik nie dokonał wpłaty w wartości przewyższającej wysokość zaległości wraz z należnymi odsetkami za zwłokę. Organ powołał się na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...], z którego wynika, że organ I instancji prawidłowo uwzględnił przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. W odwołaniu Spółka zarzuciła decyzji rażące naruszenie: 1) art. 72 § 1 pkt 1 i 75 § 2 pkt 1 lit. a) oraz art. 72 § 2 Ordynacji podatkowej przez ich niewłaściwe zastosowanie w sprawie i uznanie, że podatnik nie posiada nadpłaconego, ani nienależnie zapłaconego podatku oraz nie wpłacił zaległości podatkowej wraz z odsetkami w kwocie przewyższającej odsetki za zwłokę, 2) art. 74a Ordynacji podatkowej z powodu jego niezastosowania i orzeczenia o odmowie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę wyłącznie opierając się na art. 72 § 1 pkt 1 w związku z art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) Ordynacji podatkowej, 3) art. 54 § 1 pkt 2, 3 i 7, art. 54 § 2 1 § 3 ww. ustawy, a także art. 24 ust. 3 i ust. 4 oraz art. 24 ust. 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej – w związku z niewłaściwym zastosowaniem tych przepisów z powodu: "(...) pominięcia przez Naczelnika [...][...] Urzędu Skarbowego w S. okoliczności uzasadniających wyłączenie okresów naliczania odsetek za zwłokę w toku -postępowania wszczętego postanowieniem z dnia [...] r. wobec A S.A. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. i zakończonego decyzją ostateczną z dnia [...] (ok. 7,5 roku), a w rezultacie odmowy stwierdzenia nadpłaty z tego tytułu (...)"; w powiązaniu z pominięciem przyczyn dwukrotnego prowadzenia postępowania kontrolnego zawinionych przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. oraz z pominięciem okresu dotyczącego prowadzonego postępowania odwoławczego, 4) art. 122 i art. 187 § 1 ww. ustawy z powodu zaniechania przez organ podatkowy I instancji przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego w celu ustalenia przebiegu postępowania w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. przed organami obu instancji, w kontekście art. 54 Ordynacji podatkowej i art. 24 ustawy o kontroli skarbowej. W odwołaniu strona zaskarżyła także na podstawie art. 237 Ordynacji podatkowej, postanowienie organu I instancji z dnia [...] (dotyczącego rozpoznania złożonych przez Spółkę wniosków dowodowych), żądając jego uchylenia. W uzasadnieniu odwołania Spółka podniosła, że w przedmiotowej sprawie zagadnieniem spornym jest wysokość nadpłaconych odsetek za zwłokę, które są konsekwencją realizacji decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] wydanej w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. Strona wskazała, że postępowanie podatkowe trwało około 7,5 roku. Spółka zwróciła uwagę, że art. 54 § 3 oraz art. 54 § 1 pkt 2, 3 i 7 Ordynacji podatkowej znajdują zastosowanie także w sytuacji uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania organowi I instancji. Ponadto strona podniosła, że zgodnie z art. 24 ust. 3 i ust. 4 oraz art. 24 ust. 5 i ust. 6 ustawy o kontroli skarbowej (w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 lipca 2010 r. od dnia 30 lipca 2010 r.), jeśli decyzja organu kontroli skarbowej nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, odsetek za zwłokę zasadniczo nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji. Spółka zarzuciła, że organ I instancji, zaniechał w tym zakresie wyjaśnienia wszystkich niezbędnych okoliczności pozwalających na załatwienie sprawy w postępowaniu podatkowym i za wiążące uznał postanowienie z dnia [...] rozstrzygające kwestię wysokości odsetek od zaległości podatkowej. Strona podniosła, że organ I instancji nie dokonał ustaleń faktycznych oraz oceny prawnej we wskazanym wyżej zakresie, a także odmówił włączenia dowodów niezbędnych do ustalenia przyczyn opóźnień w wydaniu decyzji, jak również przesłuchania świadków. W ocenie Strony zaniechania organu pierwszej instancji doprowadziły do naruszenia art. 180 § 1, art. 181, art. 188, art. 190, art. 192 oraz art. 120, art. 121 §1, art. 122 i art. 123 § 1 Ordynacji podatkowej. Powołała się także na postanowienia Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...], które zawiera ocenę braku mocy dowodowej pisma Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia 14 stycznia 2013 r. Dyrektor Izby Skarbowej decyzją z dnia [...] utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. W uzasadnieniu zwrócił uwagę, że Ordynacja podatkowa przewiduje odrębny tryb postępowania odnośnie rozpoznania wniosku podatnika o stwierdzenie nadpłaty, a odrębny do zaliczenia dokonanych wpłat na poczet podatku czy zaległości podatkowej (art. 62 ustawy). W związku z dokonaną przez Spółkę w dniu 6 czerwca 2012 r. wpłatą kwoty [...] zł na poczet zaległości podatkowej sprawa została ostatecznie zbadana przez organ I instancji w postanowieniu z dnia [...] oraz przez organ II instancji w postanowieniu z dnia [...], co skutkuje bezzasadnością zarzutu naruszenia art. 54 Ordynacji podatkowej. Stan faktyczny sprawy wskazuje, że sytuacje wymienione w art. 72 § 1 pkt 2, 3 i 4 Ordynacji podatkowej w ogóle w sprawie nie występują. Natomiast z treści art. 72 § 1 pkt 1 i § 2 Ordynacji podatkowej wynika, że nadpłata stanowi w istocie różnicę pomiędzy podatkiem należnym do zapłaty, a kwotą przewyższającą tę wartość, zaś Spółka na dzień wydania decyzji przez organ I instancji nadal zalega z zapłatą podatku dochodowego os osób prawnych za 2003 r. Wydana przez organ I instancji decyzja ratalna z dnia [...] uwzględnia dokonaną przez Spółkę wpłatę w kwocie [...] zł. Organ dodał, że postępowanie w sprawie nadpłaty, jako drugoplanowe, nie może rozstrzygać kwestii merytorycznych i formalnych, które podlegały rozpoznaniu w postępowaniu o określenie wysokości zobowiązania podatkowego. Uznał za bezprzedmiotowe włączenie do niniejszej sprawy akt postępowania dotyczącego wysokości zobowiązania w podarku dochodowym od osób prawnych za 2003 r., która to sprawa jest obecnie przedmiotem rozpoznania przez Naczelny Sąd Administracyjny po oddaleniu skargi Spółki przez tut. Sąd wyrokiem z dnia 4 lutego 2013 r., sygn. akt I SA/Gl 808/12. z tych samych powodów uznał za niezasadne przeprowadzenie dowodu z przesłuchania świadków. Odnosząc się do zarzutu naruszenia art. 72 § 1 pkt 1 w związku z art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) oraz art. 72 § 2 Ordynacji podatkowej podał, że uprawnienie do dochodzenia nadpłaty w zasadzie istnieje w sytuacji, gdy zobowiązanie podatnika wynika ze złożonej przez niego deklaracji, co w niniejszej sprawie zostało określone decyzją wymiarową ostateczną wydaną przez Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...]. Podatnik zatem nie może skutecznie korygować zeznania, które zostało zastąpione decyzją. Dalej organ stwierdził, że materiał dowodowy sprawy nie wskazuje, iż nadpłata wystąpiła, zatem nie można było jej określić na podstawie art. 74a Ordynacji podatkowej. Zdaniem organu nie ma znaczenia w sprawie postanowienie Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej w K. z dnia [...], bowiem nie rozstrzyga żadnych kwestii dotyczących tego postępowania. Nie stwierdził również naruszenia przez organ I instancji przepisów postępowania. W skardze skierowanej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego pełnomocnik skarżącego domagał się uchylenia decyzji organu II instancji z dnia [...] oraz zasądzenia kosztów postępowania. Zaskarżonej decyzji zarzucił naruszenie przepisów prawa materialnego: 1) art. 72 § 1 pkt 1 i art. 72 § 2 oraz art. 78 Ordynacji podatkowej, z uwagi na ich niewłaściwe zastosowanie w związku z art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) ww. ustawy, poprzez uznanie, że podatnik nie posiada nadpłaconego, ani nienależnie zapłaconego podatku oraz nie wpłacił zaległości podatkowej wraz z odsetkami w kwocie przewyższającej odsetki za zwłokę, 2) art. 74a Ordynacji podatkowej z powodu jego niezastosowania i orzeczenia o odmowie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę wyłącznie opierając się na art. 72 § 1 pkt 1 w związku z art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) tej ustawy, 3) art. 54 § 1 pkt 2, 3 i 7, art. 54 § 2 i § 3 ww. ustawy, a także art. 24 ust. 3 i ust. 4 oraz art. 24 ust. 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej w związku z niewłaściwym zastosowaniem tych przepisów wskutek pominięcia przez organy orzekające okoliczności uzasadniających wyłączenie okresów naliczania odsetek za zwłokę w toku postępowania wszczętego postanowieniem z dnia [...] wobec A S.A. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. i zakończonego decyzją ostateczną z dnia [...] (ok 7,5 roku), a w rezultacie odmowy stwierdzenia nadpłaty z tego tytułu, co pozostaje w związku: - z pominięciem przyczyn dwukrotnego prowadzenia postępowania kontrolnego zawinionych przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K., gdzie decyzją tego organu z dnia [...] wskazano uchybienia tegoż organu w prowadzonym po raz pierwszy postępowaniu, a ostateczną decyzją organu odwoławczego z dnia [...] wskazano na okoliczność gromadzenia sprzecznych z prawem dowodów w sprawie (oświadczenia kontrahentów), które nie mogły być brane pod uwagę przy podjęciu ostatecznego rozstrzygnięcia w sprawie podatku dochodowego za 2003 r., w tym dlatego że dotyczyły też 2000 r. – co przesądza o braku podstaw do naliczenia odsetek za zwłokę za czas prowadzenia tych czynności w postępowaniach, - z pominięciem czasookresu dwukrotnie prowadzonego postępowania odwoławczego, w toku którego nie były podejmowane żadne czynności dowodowe, w tym także w związku z negatywnie rozpatrywanymi wnioskami dowodowymi strony; oraz przepisów postępowania: 1) art. 188, art. 180 § 1, art. 181, art. 187 § 1, art. 192, art. 120, art. 121 § 1, art. 122 i art. 123 § 1 Ordynacji podatkowej: - poprzez zaniechanie przez organy podatkowe orzekające w sprawie nadpłaty, przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego w celu ustalenia przebiegu postępowania prowadzonego przed organami obu instancji w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. i oceny zaistniałych okoliczności w kontekście art. 54 ustawy Ordynacja podatkowa i art. 24 ustawy o kontroli skarbowej, a w rezultacie odmowy przeprowadzenia dowodów wnioskowanych przez stronę, - wskutek związania w sprawie okolicznościami prawnymi wynikającymi z ostatecznego postanowienia w przedmiocie wpłaty z dnia [...] oraz decyzji ratalnej z dnia [...] i uwzględnienie wyłączenia naliczania odsetek za zwłokę jedynie za okres zawieszenia postępowania kontrolnego przez organ kontroli skarbowej w okresie od 28 lipca 2009 r. do dnia 21 kwietnia 2010 r. przy uznaniu pozostałych okoliczności mających wpływ na czas trwania dwukrotnie prowadzonego postępowania kontrolnego za niezależne od organu kontroli skarbowej, zgodnie z pismem Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia 14 stycznia 2013 r., którego treść w tym zakresie pozostaje w rażącej sprzeczności z treścią postanowienia Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...], - wskutek związania w sprawie okolicznościami prawnymi wynikającymi z ostatecznego postanowienia Naczelnika [...][...] Urzędu Skarbowego w S. z dnia [...] w sytuacji, gdy Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach wyrokiem z dnia 3 lutego 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 1020/13, uchylił postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] oraz postanowienie Naczelnika [...][...] Urzędu Skarbowego w S. z dnia [...]. W uzasadnieniu skargi Spółka zauważyła, że zagadnieniem spornym w sprawie jest wysokość odsetek za zwłokę, które są konsekwencją realizacji decyzji wymiarowej Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...]. W związku z tą decyzją na Spółce ciążyła zaległość w kwocie [...] zł wraz z odsetkami za zwłokę, a należność ta po uwzględnieniu wpłaty w wysokości [...] zł została rozłożona na raty. Spółka zarzuciła, że postępowanie podatkowe w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. trwało około 7,5 roku. W tych okolicznościach Spółka podniosła, że zgodnie z art. 54 § 1 Ordynacji podatkowej odsetek za zwłokę nie nalicza się m.in. za okres: - od dnia następującego po upływie terminu, o którym mowa w art. 227 § 1 ww. ustawy do dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy ( art. 54 § 1 pkt 2 ustawy Ordynacja podatkowa), - od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 139 § 3, do dnia doręczenia decyzji wydanej przez organ drugiej instancji w sytuacji, gdy decyzja ta nie została wydana w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3 (art. 54 § 1 pkt 7 ww. ustawy), - od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeśli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Ponadto Spółka podniosła, że w razie niedoręczenia decyzji organu kontroli skarbowej w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, nie nalicza się odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji, chyba że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany, bądź jego przedstawiciel lub też opóźnienie to powstało z przyczyn niezależnych od organu ( art. 24 ust. 3 i 4 oraz art. 24 ust. 4 i ust. 5 ustawy o kontroli skarbowej). Skarżąca uważa, że w postępowaniu o stwierdzeniu nadpłaty organ podatkowy nie przeprowadził postępowania wyjaśniającego w powyższym zakresie, a mianowicie nie ustalił okresów wyłączenia naliczania odsetek za zwłokę, zgodnie z przytoczonymi w skardze przepisami. Zdaniem Spółki, Dyrektor Izby Skarbowej powinien w zaskarżonej decyzji obliczyć wysokość odsetek, z zastosowaniem art. 54 Ordynacji podatkowej oraz art. 24 ustawy o kontroli skarbowej. Z uwagi jednak na fakt, że zarówno organy obu instancji tego nie uczyniły, to nie było uprawnione twierdzenie, że Spółka na dzień wydania decyzji zalegała z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych z 2003 r. Spółka podniosła, że w kwestii zarachowania wpłaty dokonanej w dniu 6 czerwca 2012 roku w kwocie [...] zł, Dyrektor Izby Skarbowej oparł się na własnym postanowieniu z dnia [...]. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach wyrokiem z dnia 3 lutego 2014 roku sygn. akt I SA/Gl 1020/13 uchylił orzeczenie organów obu instancji i orzekł, że postanowienie to nie podlega wykonaniu w całości do czasu uprawomocnienia się wyroku. W tych okolicznościach Spółka uważa, że stanowisko Dyrektora Izby Skarbowej w K. było nieuprawnione. Skarżąca podniosła także, że organ I instancji zaniechał ustaleń w zakresie okresów naliczania odsetek za zwłokę, czemu dał wyraz w postanowieniu z dnia [...]. Potwierdzenia własnego stanowiska Spółka doszukuje się w decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...], którego treść jej zdaniem wskazuje na gromadzenie dowodów sprzecznych z prawem w postaci oświadczeń i wyjaśnień kontrahentów w miejsce zeznań świadków. Okresy te powinny zostać zdaniem Spółki pominięte przy rozstrzyganiu tej sprawy, a za czas prowadzenia postępowania w tym zakresie nie mogą być naliczane odsetki za zwłokę. Zatem skarżąca kwestionuje odmowę włączenia do akt postępowania w sprawie nadpłaty zupełnych akt postępowania wymiarowego. Spółka w skardze powołała się także na postanowienie Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...], w którym wskazano, że organy podatkowe powinny dokonać weryfikacji w przedmiocie przebiegu postępowania i opóźnień powstałych z przyczyn niezależnych od organu (powołała się na wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 30 stycznia 2014 r. sygn. akt III SA/Wa 2495/13). W konsekwencji Spółka zarzuciła, że w postępowaniu odnośnie nadpłaty organy podatkowe uwzględniły wyłącznie okoliczności prawne wynikające z postanowień wydanych w kwestii zaliczenia wpłaty oraz decyzji ratalnej, co doprowadziło zdaniem Spółki do naruszenia art. 72 § 1 pkt 1, art. 72 § 2, art. 78, art. 74 a w związku z art. 75 § 2 pkt 1 lit .a) Ordynacji podatkowej z powodu stwierdzenia, że podatnik nie posiada nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę. Skarżąca uważa, że organy podatkowe nie ustaliły rachunkowo, w wyniku obliczenia, wysokości ciążących na podatniku odsetek do zapłaty z uwzględnieniem art. 54 Ordynacji podatkowej oraz art. 24 ustawy o kontroli skarbowej, zatem wyciągnęły wnioski o braku nadpłaty bez uprzedniego obliczenia prawidłowej wysokości kwoty odsetek w tym postępowaniu, co prowadzi do rażącego naruszenia tych przepisów. Jednocześnie Spółka uważa, że argumentacja organu odwoławczego o braku podstaw do zastosowania art. 75 § 2 pkt 1 lit a) Ordynacji podatkowej była bezprzedmiotowa, bowiem Spółka nie sformułowała wniosku na podstawie tego przepisu. Dyrektor Izby Skarbowej w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie i podtrzymał stanowisko zajęte w zaskarżonej decyzji. Zarzucił Spółce wskazanie w skardze błędnej wartości przedmiotu sporu. Zgodnie z art. 72 § 2 i art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku (art. 72 § 1 pkt 1 ww. ustawy). W sytuacji zaś, gdy wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę. Z przepisów tych wyraźnie wynika, że: - po pierwsze, w odniesieniu do odsetek nadpłata może pojawić się wyłącznie w sytuacji, gdy zaległość została przez podatnika faktycznie wpłacona, - po drugie wpłata ta powinna być zaliczona odpowiednio na poczet zaległości głównej oraz odsetek za zwłokę, - po trzecie nadpłata z tytułu odsetek – co wynika z samej jej definicji – pojawi się dopiero wtedy, gdy po zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości głównej i odsetek za zwłokę, okaże się, że podatnik faktycznie nadpłacił podatek wraz z odsetkami. Zdaniem organu, aby można było mówić o jakiejkolwiek nadpłacie z tytułu odsetek Spółka na dzień złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, musiałaby zapłacić kwotę przewyższającą jej zaległość z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r., a więc z całą pewnością przewyższającą kwotę [...] zł. Taka właśnie zaległość wynikała z decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...], odnośnie której Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach oddalił skargę Spółki wyrokiem z dnia 4 lutego 2013 r. sygn. akt I SA/Gl 808/12. W dniu 6 czerwca 2012 roku Spółka dokonała jedynie częściowej wpłaty należności wynikającej z decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w K., a mianowicie wpłaciła [...] zł. Kwota ta nie pokrywała całej zaległości powstałej z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r., a Spółka nadal zalegała z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 rok. W związku z zapłatą [...] zł na poczet zaległości podatkowej w kwocie [...] zł nie może powstać nadpłata z tytułu odsetek za zwłokę. Zatem w tych okolicznościach wartość przedmiotu sporu wynosi [...] zł, a nie [...] zł, jak podaje Spółka w skardze. Obowiązkiem organu podatkowego jest odniesienie się w wydanym orzeczeniu do wniosku strony bez względu na żądanie podatnika, lecz wartość sporu musi być jednak wartością rzeczywistą, a nie jedynie nieuzasadnionym żądaniem strony. Odpowiadając na zarzut dotyczący sposobu zarachowania przez organ I instancji dokonanej w dniu 6 czerwca 2012 roku wpłaty w wysokości [...] zł, organ zaznaczył, że Ordynacja podatkowa przewiduje odrębny tryb postępowania odnośnie rozpoznania wniosku podatnika o stwierdzenie nadpłaty, a odrębny do zaliczania dokonanych wpłat przez podatnika na poczet podatku, czy zaległości podatkowej (art. 62 Ordynacji podatkowej). Organ przybliżając przebieg postępowania w związku z dokonaniem przez Spółkę wpłaty w kwocie [...] zł wskazał, że organ I instancji, po ponownym zweryfikowaniu stanu faktycznego zaistniałego w ww. sprawie wydał w dniu [...] postanowienie o zaliczeniu wpłaty Spółki z dnia 6 czerwca 2012 r. na poczet należności głównej w podatku dochodowym od osób prawnych w kwocie [...] zł i odsetek za zwłokę w wysokości [...] zł. Postanowienie to Dyrektor Izby Skarbowej w K. utrzymał w mocy postanowieniem z dnia [...] Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach wyrokiem z dnia 3 lutego 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 1020/13 uchylił ww. orzeczenie Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] oraz poprzedzające je orzeczenie organu pierwszej instancji (wyrok na dzień sporządzania pisma był nieprawomocny), co w sprawie zdaniem organu nie ma kluczowego znaczenia. Ponadto podkreślił, że zaskarżona decyzja została wydana w dniu [...], a więc przed dniem 3 lutego 2014 r., w którym zapadł ww. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach. Organ II instancji podniósł, że sytuacje wymienione w art. 72 § 1 pkt 2, pkt 3 i pkt 4 ustawy Ordynacja podatkowa, w ogóle w przedmiotowej sprawie nie wystąpiły. Powtórzył, że zgodnie z art. 72 § 1 pkt 1 i art. 72 § 2 Ordynacji podatkowej nadpłata stanowi w istocie różnicę pomiędzy podatkiem należnym do zapłaty, a kwotą przewyższającą tę wartość. W przedmiotowej sprawie taka sytuacja jednak nie zaistniała. Wpłata w wysokości [...] zł nie przekraczała bowiem zaległości w wysokości [...] zł. Naliczenie natomiast odsetek za zwłokę w decyzji ratalnej z dnia [...] wydanej na rzecz Spółki nie może stanowić o nadpłacie odsetek za zwłokę, bowiem hipotetyczne wskazanie wysokości odsetek w układzie ratalnym (w tym znaczeniu, że nie jest wiadomo, czy Spółka w rzeczywistości te raty zapłaci), nie spełnia wymogu wskazanego w art. 72 § 2 Ordynacji podatkowej (konieczności faktycznej zapłaty zaległości wraz z odsetkami za zwłokę). Podkreślił, że zarówno we wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, odwołaniu od decyzji organu I instancji oraz obecnie w skardze Spółka nie kwestionowała w ogóle wysokości dokonanej wpłaty na poczet zaległości podatkowej w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. Z przepisów Ordynacji podatkowej wynika, że nadpłata jest stanem faktycznym, wynikającym z obliczeń rachunkowych. W podatku dochodowym od osób prawnych w sytuacji, gdy podatek ten został określony przez organ podatkowy w wyniku przeprowadzonego postępowania podatkowego, co miało miejsce w sprawie, postępowanie w odniesieniu do stwierdzenia nadpłaty nie może toczyć się ponownie merytorycznie. Postępowanie w sprawie nadpłaty, jako drugoplanowe, w takich okolicznościach może opierać się jedynie o wynik głównego postępowania wymiarowego. Zatem podniesione przez Spółkę zarzuty m.in.: braku włączenia zupełnych akt postępowania wymiarowego zakończonego ww. decyzją Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...], a także opóźnień w rozpatrzeniu ww. sprawy, są na etapie przedmiotowego postępowania nieuzasadnione. Organ zaakcentował, że postępowanie o stwierdzenie nadpłaty, po uprzednim wydaniu decyzji wymiarowej, nie może rozstrzygać już kwestii merytorycznych, ani formalnych, które podlegały rozpoznaniu na etapie postępowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego, a więc np. związanych z podnoszonymi przez Stronę opóźnieniami w wydawaniu tej decyzji wymiarowej. Organ nie podzielił także zarzutu naruszenia art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) Ordynacji podatkowej. W przypadku Spółki zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. zostało określone decyzją wymiarową ostateczną Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...]. W razie wydania decyzji wymiarowej, podatnik nie może skutecznie korygować zeznania, które zostało w rzeczywistości zastąpione decyzją. Ponadto Spółka we wniosku z dnia 12 grudnia 2012 r. wniosła także o stwierdzenie i zwrot nadpłaty z tytułu samego podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. w sytuacji, gdy sama podawała w dalszej części wniosku, że posiada zaległość podatkową z tego tytułu. Za nieuzasadniony uznał także zarzut naruszenia art. 74a Ordynacji podatkowej. Zgromadzony w przedmiotowej sprawie materiał dowodowy wskazuje, że żadna nadpłata Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych, także w kwestii odsetek za zwłokę, nie wystąpiła. W art. 78 Ordynacji podatkowej ustawodawca uregulował z kolei zasady oprocentowania nadpłat. Zarzut naruszenia tego przepisu na gruncie wskazanego stanu faktycznego jest w ocenie organu odwoławczego całkowicie bezpodstawny. Podkreślił, że w przedmiotowej sprawie nie mogą być rozstrzygane kwestie związane z naruszeniem art. 54 § 1 pkt 2, 3 i 7 oraz art. 54 § 2 i § 3 ustawy Ordynacja podatkowa, jak również naruszeniem art. 24 ust. 3 i ust. 4 oraz 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej (odpowiednio w brzmieniu od 1 lipca 2010 r., o od 30 lipca 2010 r.). Ustawodawca przewidział bowiem dla tych zagadnień odrębną procedurę uregulowaną w art. 62 ustawy Ordynacja podatkowa, a mianowicie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowej z uwzględnieniem art. 55 § 2 oraz 54 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa. W przedmiotowej sprawie istotny jest przede wszystkim fakt, że na dzień wydania orzeczenia przez Dyrektora Izby Skarbowej, czyli na [...] Spółka zalegała nadal z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 rok, a w skardze nie powołała się na inną wpłatę na poczet tej zaległości, niż dokonaną w wysokości [...] zł. W piśmie procesowym z dnia 22 kwietnia 2014 r. Spółka podniosła, że twierdzenia organu można uznać za prawidłowe jedynie wówczas, gdyby była podana prawidłowa kwota odsetek za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym za 2003 r. w wyniku jej obliczenia. Stronę bowiem usiłuje się obciążyć także za okres nieodsetkowy. Tylko w ten sposób możliwe będzie obliczenie rzeczywistej wartości przedmiotu sporu. Jednocześnie do pisma dołączyła dokumenty celem wykazania, że na poczet podatku dochodowego za 2003 r. wraz z odsetkami za zwłokę uiściła kwotę [...] zł. Spółka podtrzymała stanowisko o kluczowym znaczeniu dla niniejszej sprawy rozstrzygnięcia tut. Sądu zawartego w wyroku z dnia 3 lutego 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 1020/13, w którym zakreślono wytyczne dotyczące przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego z uwzględnieniem art. 54 i art. 62 Ordynacji podatkowej. Organy nie przeprowadziły bowiem postępowania wyjaśniającego (w tym dowodowego) w spornej kwestii odsetek za zwłokę. Organ w odpowiedzi (pismo z dnia 12 czerwca 2014 r.) podał, że materiał dowodowy sprawy jest kompletny, w szczególności zawiera potwierdzoną kopię decyzji z dnia ratalnej z dnia [...], która uwzględnia dokonane przez Spółkę wpłaty. Zauważył jednak, że dokonana przez Spółkę wpłata w kwocie [...] zł nie pokryła jej zaległości w podatku dochodowym za 2003 r. wraz z odsetkami za zwłokę, która na dzień złożenia wniosku o udzielenie ulgi podatkowej tj. 11 czerwca 2012 r. wynosiła [...] zł. W dalszej części pisma podtrzymał dotychczasowe stanowisko. W kolejnym piśmie procesowym z dnia 7 sierpnia 2014 r. Spółka – podtrzymując dotychczasową argumentację – zarzuciła organowi dokonywanie manipulacji treścią orzeczenia tut. Sądu z dnia 3 lutego 2014 r. Jej zdaniem do tej pory nie zostały przez wierzyciela określone okresy bezodsetkowe. Organ w odpowiedzi (w piśmie z dnia 28 sierpnia 2014 r.) stwierdził, że Spółka nie dowiodła istnienia nadpłaty w podatku i nie przedstawiła nowych argumentów. Ponadto podał, że różnica pomiędzy dokonywanymi wpłatami przez Spółkę, a wysokością zaległości podatkowej wynosi [...] zł. Na rozprawie w dniu 9 września 2014 r. pełnomocnicy stron podtrzymali dotychczasowe stanowiska. Jednocześnie Sąd stwierdził, że przed tut. Sądem pod sygn. akt I SA/Gl 2/14 zawisła sprawa ze skargi Spółki dotycząca decyzji ratalnej z dnia [...] (utrzymanej w mocy decyzją z dnia [...]), w której podniesiono m.in. zarzut naruszenia art. 54 Ordynacji podatkowej w kontekście dokonanej w dniu 6 czerwca 2012 r. wpłaty w wysokości [...] zł. Organ w piśmie z dnia 22 września 2014 r. (odpowiadając na wezwanie Sądu) podał, że jako organ II instancji na obecnym etapie postępowania nie może poddać ocenie kwestii przerw w naliczeniu odsetek, lecz zaproponował organowi I instancji wypożyczenie posiadanej części akt administracyjnych w celu dokonania oceny wszystkich okoliczności sprawy w myśl treści wyroku tut. Sądu z dnia 3 lutego 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 1020/13. Do pisma załączono prowadzoną w tej sprawie korespondencję pomiędzy organem I a II instancji (pismo organu I instancji z dnia 27 sierpnia 2014 r. oraz II instancji z dnia 22 września 2014 r.). Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje: Stosownie do treści art. 1 § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. nr 153, poz. 1259 ze zm.), sąd administracyjny sprawuje w zakresie swojej właściwości kontrolę pod względem zgodności z prawem. Z brzmienia zaś art. 145 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm.) wynika, że w przypadku gdy Sąd stwierdzi, bądź to naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, bądź to naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, bądź wreszcie inne naruszenie przepisów postępowania, jeśli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, wówczas – w zależności od rodzaju naruszenia – uchyla decyzję lub postanowienie w całości lub części, albo stwierdza ich nieważność bądź też stwierdza wydanie decyzji lub postanowienia z naruszeniem prawa. Wskazana regulacja prawna nie pozostawia zatem wątpliwości co do tego, że zaskarżona decyzja lub postanowienie mogą ulec uchyleniu tylko wtedy, gdy organom podatkowym można postawić uzasadniony zarzut naruszenia prawa, czy to materialnego, czy to procesowego, jeżeli naruszenie to miało, bądź mogło mieć wpływ na wynik sprawy. Skarga analizowana według powyższych kryteriów nie zasługiwała na uwzględnienie, bowiem decyzja będąca przedmiotem kontroli nie narusza przepisów prawa. Spór pomiędzy stronami sprowadza się do oceny, czy na dzień złożenia przez skarżącą wniosku (17 grudnia 2012 r.) istniała nadpłata w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. Strona skarżąca we wniosku domagała się stwierdzenia nadpłaty na podstawie art. 72 § 1 pkt 1, art. 72 § 2 i art. 78 Ordynacji podatkowej. Odwołując się do prowadzonych przez organ postępowań (w szczególności do trwającego prawie 8 lat postępowania wymiarowego) domagała się na podstawie art. 54 § 1 tej ustawy wyliczenia okresów bezodsetkowych. W skardze Spółka akcentowała, że zagadnieniem spornym pozostaje wysokość odsetek za zwłokę, które są konsekwencją realizacji decyzji wymiarowej Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...]. Jej zdaniem kluczowe znaczenie dla sprawy ma wyrok tut. Sądu z dnia z dnia 3 lutego 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 1020/13, w którym zakreślono wytyczne dotyczące prowadzenia postępowania na podstawie art. 54 i art. 62 Ordynacji podatkowej w związku z dokonaną przez Spółkę w dniu 6 czerwca 2012 r. wpłatą w kwocie [...] zł. Przedstawiony stan faktyczny jest po części sporny i zostanie przywołany jedynie w zakresie niezbędnym do dokonania kontroli zaskarżonej decyzji. W związku z zobowiązaniem skarżącej w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w toku pozostają następujące sprawy dotyczące: 1) decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] określającej Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w kwocie [...] zł; tut. Sąd wyrokiem dnia 4 lutego 2013 r. sygn. akt I SA/Gl 808/12 oddalił skargę Spółki – wyrok jest nieprawomocny; 2) dokonanej przez Spółkę w dniu 6 czerwca 2012 r. wpłaty w kwocie [...] zł na poczet zobowiązania podatkowego za 2003 r.; tut. Sąd wyrokiem z dnia 3 lutego 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 1020/13 uchylił zaskarżone postanowienie z dnia [...] Dyrektora Izby Skarbowej w K. oraz poprzedzające je postanowienie z dnia [...] Naczelnika [...][...] Urzędu Skarbowego w S. w sprawie zaliczenia ww. wpłaty na poczet zaległości z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. – wyrok jest prawomocny; 3) decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] utrzymującej w mocy decyzję Naczelnika [...][...] Urzędu Skarbowego w S., na podstawie której rozłożono Spółce na osiem rat zapłatę zaległości podatkowej z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r.; w tej sprawie Spółka także podnosiła argumenty związane z dokonaną w dniu 6 czerwca 2012 r. wpłatą w kwocie [...] zł oraz błędnym ustaleniem wysokości odsetek za zwłokę z pominięciem okresów, za które nie powinny być naliczane zgodnie z art. 54 § 1, § 2 i § 3 Ordynacji podatkowej; tut. Sąd wyrokiem z dnia 1 października 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 2/14 oddalił skargę Spółki – wyrok jest nieprawomocny. Zgodnie z treścią art. 21 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe powstaje z dniem zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania. Jeżeli przepisy prawa podatkowego nakładają na podatnika obowiązek złożenia deklaracji, a zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób określony w § 1 pkt 1, podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty, z zastrzeżeniem § 3 (art. 21 § 2). W myśl art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej, jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego. Stosownie do brzmienia art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Przyjmuje się, że kwotą nadpłaconą podatku jest kwota nadwyżki dokonanej przez podatnika wpłaty nad wynikającą z ustawy (decyzji) kwotę podatku. Podatek nadpłacony to podatek zapłacony w kwocie wyższej niż należna. Podatek zapłacony nienależnie to kwota uiszczona przez podatnika w sytuacji, gdy nie było ustawowego obowiązku jej zapłacenia albo obowiązek ten istniał, ale wygasł. Istota nadpłaty sprowadza się do tego, że podatnik płaci wówczas, gdy nie musi tego robić (nie istnieje obowiązek podatkowy), albo płaci za dużo (kwota podatku zapłaconego przewyższa kwotę należną). W obu przypadkach świadczenie podatnika dokonane na rzecz wierzyciela podatkowego przewyższa to, czego wymaga od niego przepis prawa. Ta nadwyżka świadczenia ponad obowiązkowe jest nadpłatą (por. L. Etel, Komentarz do art. 72 ustawy Ordynacja podatkowa, stan prawny na dzień 15 stycznia 2013 r., System Informacji Prawnej LEX). W orzecznictwie sądów administracyjnych przyjmuje się, że nadpłatę stanowi wpłata podatku, gdy nie istnieje zobowiązanie podatkowe, z którego wynikałby obowiązek dokonania tej wpłaty, jak i wpłata przewyższająca kwotę istniejącego zobowiązania (por. wyrok WSA w Gliwicach z dnia 15 stycznia 2010 r., sygn. akt III SA/Gl 852/09, LEX nr 559837). Wszelkie wpłaty przewyższające należności wynikające z obowiązków podatkowych, jeżeli powstają w związku z samowymiarem decyzyjnym, poborem lub egzekucją podatkową - są nadpłatą (por. wyrok WSA w Gliwicach z dnia 21 stycznia 2009 r., sygn. akt I SA/Gl 1053/08, LEX nr 511375). Nadpłatę scharakteryzować można jako świadczenie podatkowe nadpłacone, czyli gdy rzeczywiście dokonana wpłata jest wyższa niż należna kwota zobowiązania podatkowego, bądź nienależnie uiszczone np. gdy podatnik świadczył kwotę pieniężną mimo, że nie jest do tego zobowiązany lub gdy w chwili dokonania świadczenia istniał wprawdzie tytuł prawny, lecz został następnie uchylony (por. wyrok WSA w Gliwicach z dnia 26 września 2008 r., sygn. akt III SA/Gl 631/08, LEX nr 490378). Zapłatą podatku – umożliwiającą żądanie stwierdzenia nadpłaty w trybie określonym w przepisach art. 72 i art. 75 Ordynacji podatkowej – jest wpłata podatku na konto uprawnionego organu, przelanie z rachunku bankowego zobowiązanego, ale także przymusowe ściągnięcie przez organ kwoty zaległości podatkowej w postępowaniu egzekucyjnym (por. wyrok NSA z dnia 1 września 2010 r., sygn. akt II FSK 726/09, LEX nr 745824). Natomiast w art. 75 Ordynacji podatkowej został uregulowany tryb postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty. Zgodnie z § 1 tego przepisu jeżeli podatnik kwestionuje zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku. Upoważnienie to przysługuje również podatnikom, których zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1, jeżeli w zeznaniach (deklaracjach), o których mowa w art. 73 § 2, wykazali zobowiązanie podatkowe nienależne lub w wysokości większej od należnej i wpłacili zadeklarowany podatek albo wykazali nadpłatę w wysokości mniejszej od należnej (art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) Ordynacji podatkowej.). W przypadkach, o których mowa w § 2 pkt 1 lit. a), podatnik równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowane zeznanie (art. 75 § 3 Ordynacji podatkowej). W myśl art. 75 § 4 tej ustawy jeżeli prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) nie budzi wątpliwości, organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę. L. Etel w Komentarzu do art. 75 Ordynacji podatkowej (stan prawny na dzień 15 stycznia 2013 r., System Informacji Prawnej LEX) wskazał, że podatnicy mają prawo do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty generalnie w trzech sytuacjach: 1) jeżeli kwestionują zasadność pobranego podatku przez płatnika lub jego wysokość; 2) jeżeli wykazali w deklaracjach zobowiązanie nienależne lub w wysokości większej niż należna albo mniejszą kwotę nadpłaty; w tym przypadku podatnicy zobowiązani do składania deklaracji (w tym i zeznań), którzy błędnie wyliczyli kwotę podatku (zawyżenie) albo nadpłaty (zaniżenie), mogą wystąpić z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, korygując jednocześnie deklarację; 3) jeżeli nie będąc zobowiązani do złożenia deklaracji (zeznania), dokonali wpłaty podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej. Podsumowując stwierdzić należy, że nadpłata może być następstwem błędów popełnionych przez podatnika, jeżeli dotyczy ona podatku, w którym zobowiązanie powstało z mocy prawa (art. 21 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), a podatnik błędnie wpłacił zadeklarowany w deklaracji, czy zeznaniu podatek albo wykazał nadpłatę w wysokości mniejszej od należnej. Wniosek może być złożony dopiero po zakończeniu okresu rozliczeniowego. Wniosek może też być złożony, gdy podatnik nie był obowiązany do składania deklaracji, czy zeznania podatkowego, ale dokonał wpłaty podatku w nim wykazanego. Wniosek o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowaną deklaracją podatnik podatku dochodowego od osób fizycznych może złożyć w trybie art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) tej ustawy. W przypadku skarżącej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. zostało określone decyzją wymiarową ostateczną wydaną przez ten organ w dniu [...], natomiast jak wyżej wskazano wydany przez tut. Sąd wyrok w sprawie I SA/Gl 808/12 jest nieprawomocny. Sąd podziela stanowisko zajęte przez organ II instancji, że skarżącej nie przysługuje uprawnienie do korygowania zeznania podatkowego, które zostało ustalone wydaną przez organ podatkowy decyzją. Postępowanie wszczęte i prowadzone w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty podatku nie może doprowadzić do zmiany tej decyzji. Zatem prawo żądania stwierdzenia nadpłaty nie przysługuje, gdy podatek został ustalony decyzją wymiarową, możliwość taką wyklucza art. 75 § 2 pkt 1 Ordynacji podatkowej. W niniejszej bowiem sprawie wszczęcie postępowania określającego wysokość zobowiązania podatkowego (art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej) poprzedzało złożenie przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Skarżąca we wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty przyznała, że posiada zaległość w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. Odwołała się zarówno do dokonanej wpłaty w kwocie [...] zł (w dniu 6 czerwca 2012 r.) jak również do zawartego z organem układu ratalnego (decyzja organu I instancji z dnia [...]), którym zarzuciła nieuwzględnienie okresów, za które nie nalicza się odsetek za zwłokę. Dopiero na etapie postępowania sądowego podnosiła, że zrealizowała wpłaty na łączną kwotę [...] zł (pismo Spółki z dnia 22 kwietnia 2014 r.). Organ nie kwestionował dokonania tych wpłat i przyznał (w piśmie z dnia 12 czerwca 2014 r.), że wynikają one ze znajdujących się w aktach dowodów. Z tych względów nie było potrzeby przeprowadzania dowodów na tę okoliczność. Organ podniósł ponadto, że tylko do dnia 11 czerwca 2012 r. (tj. do dnia złożenia wniosku o udzielenie ulgi podatkowej) należność podatkowa Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych wraz z odsetkami za zwłokę wynosiła [...] zł. Z kolei w piśmie z dnia 28 sierpnia 2014 r. wskazał, że na dzień złożenia przez Spółkę ww. wniosku zaległość podatkowa wynosiła [...] zł. Tak dokonanych wyliczeń organu Spółka nie kwestionowała. Podzielić zatem należy ustalenia organu odwoławczego, że w odniesieniu do odsetek, nadpłata może pojawić się wyłącznie w sytuacji, gdy zaległość została przez podatnika faktycznie wpłacona, wpłata powinna być zaliczona odpowiednio na poczet zaległości głównej oraz odsetek za zwłokę, nadpłata z tytułu odsetek pojawi się dopiero wtedy, gdy po zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości głównej i odsetek za zwłokę, okaże się, że podatnik faktycznie nadpłacił podatek wraz z odsetkami. Z przyczyn wyżej podniesionych nie zasługują na uwzględnienie zarzuty skargi dotyczące naruszenia art. 72 § 1 pkt 1 i § 2, art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) oraz art. 74a i art. 78 Ordynacji podatkowej. Nie zasługują także na uwzględnienie zarzuty naruszenia art. 54 § 1 pkt 2, 3 i 7 oraz art. 54 § 2 i § 3 Ordynacji podatkowej w związku z art. 24 ust. 3 i 4 (następnie ust. 5 i 6) ustawy o kontroli skarbowej. Przepis art. 54 Ordynacji podatkowej określa wyjątki od zasady naliczania odsetek za zwłokę za cały okres istnienia zaległości podatkowych i kwot traktowanych na równi z zaległościami. Przepis wymienia przypadki nienaliczania odsetek w sytuacjach ściśle określonych, zaś podmioty, na których ciąży obowiązek naliczania odsetek, są zobowiązane je uwzględniać. Niewątpliwie skarżąca Spółka może domagać się ustalenia przez organ podatkowy ustalenia okresów, za które nie nalicza się odsetek za zwłokę w trybie wymienionego przepisu. W odniesieniu do zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2003 uczyniła to trzykrotnie i za każdym razem sprawa była poddana kontroli sądu; tj. w wymienionych już wyżej sprawach o sygn. akt I SA/Gl 1020/13 i I SA/Gl 2/14 oraz w niniejszym postępowaniu. Na potrzeby rozstrzygnięcia tej kwestii Sąd odwoła się do tych spraw. W sprawie dokonanej przez Spółkę w dniu 6 czerwca 2012 r. wpłaty w kwocie [...] zł na poczet zobowiązania podatkowego za 2003 r. tut. Sąd wyrokiem z dnia 3 lutego 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 1020/13 uchylił postanowienia organów obu instancji. W uzasadnieniu tego wyroku – rozpoznając m.in. zarzut naruszenia art. 54 i art. 55 § 2 Ordynacji podatkowej – stwierdził, że skoro przepisy art. 54 Ordynacji podatkowej ustanawiając okresy nienaliczania odsetek za zawlokę (§ 1 i § 3) oraz przesłanki decydujące o nieuwzględnieniu niektórych z takich okresów (§ 2), są w istocie normami prawa materialnego, to tym samym należy uznać, że przepisy te stosuje każdy organ podatkowy, który w zakresie swojej właściwości, rozstrzyga o kwocie odsetek zwłoki, wydając w tej materii stosowne orzeczenie. W przypadku zaliczenia wpłaty (w trybie art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej), na zaległość podatkową i odsetki zwłoki wyliczone zgodnie z art. 55 § 2 Ordynacji podatkowej, oceny istnienia okresów tzw. bezodsetkowych dokonuje organ właściwy do tej czynności, korzystając z wszelkich dostępnych informacji i dowodów, w tym badając akta podatkowe sprawy, w toku której miało dojść lub doszło do zaistnienia przesłanek i warunków z art. 54 Ordynacji podatkowej. Dla dokonania takiej analizy nie jest wystarczające uzyskanie stanowiska organu (organów), przed którym toczyło (toczyły) się takie postępowanie (postępowania), co do stosowania lub nie tego przepisu szczególnie w sytuacji, gdy podatnik kwestionuje to stanowisko wskazując na szereg okoliczności koniecznych do ustalenia celem wyczerpującego zbadania przyczyn długotrwałego prowadzenia postępowania podatkowego czy zasadności podejmowanych w tym postępowaniu czynności mających wpływ na spełnienie lub nie okoliczności wymienionych w art. 54 § 2 Ordynacji podatkowej. Oznacza to, że czynność opisana w artykule 62 § 4 Ordynacji podatkowej nie ma charakteru czynności materialno-technicznej, o ile dla dokonania wskazanego tam zaliczenia, niezbędne jest prowadzenie postępowania w celu prawidłowego obliczenia kwoty odsetek zwłoki z uprzednim ustaleniem istnienia okresów tzw. bezodsetkowych (art. 54 Ordynacji podatkowej). Sąd, wskazując dalszy kierunek postępowania podniósł, że organ odwoławczy będzie miał także na uwadze wywody Sądu co do zakresu postępowania w sprawie zaliczenia wpłat w sytuacji istnienia okresów bezodsetkowych oraz uwagi dotyczące możliwości uzupełnienia tego rodzaju postanowienia w przypadku, gdy zaliczono przedmiotowe wpłaty na istniejącą zaległość zgodnie z żądaniem wpłacającego podatnika. Natomiast w sprawie sygn. akt I SA/Gl 2/14 (dotyczącej rozłożenia Spółce na raty zaległości podatkowej z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r.) organ II instancji w odpowiedzi na skargę podał, że kwestie dotyczące art. 54 Ordynacji podatkowej były badane przez organy podatkowe w drodze odrębnego postępowania, które zakończyło się wydaniem postanowienia z dnia [...] w sprawie zaliczenia dokonanej przez Spółkę w dniu 6 czerwca 2012 r. wpłaty w wysokości [...] zł. Sąd – oddalając skargę Spółki wyrokiem z dnia 1 października 2014 r. – odwołał się do wyroku w sprawie I SA/Gl 1020/13 i stwierdził, że kwotę odsetek wylicza organ podatkowy orzekający na mocy art. 62 § 4 Ordynacja podatkowa, ale nie jest to przedmiotem wydanego przez niego postanowienia. Postanowienie to nie może być traktowane jako akt, w którym określone zostały podatnikowi odsetki za zwłokę. Postanowienie to jest aktem formalnym informującym jedynie o sposobie zaliczenia wpłaty stosowanie do unormowania art. 62 Ordynacja podatkowa. Niemniej jednak z uzasadnienia postanowienia w sprawie zaliczenia wpłat na poczet istniejących zaległości, jasno winno wynikać, w jaki sposób organ ustalił wysokość odsetek tj. od jakiej kwoty, za jaki okres oraz według jakich stawek zostały one naliczone, tak by była pełna możliwość zweryfikowania ich wysokości. Sąd przyznał, że na etapie postępowania prowadzonego na podstawie art. 253a Ordynacji podatkowej w sprawie udzielenia ulgi podatkowej nie istnieje możliwość weryfikacji naliczonych odsetek za zwłokę. Wobec czego uznał za niezasadny zarzut strony skarżącej w zakresie naruszenia przez organy podatkowe przepisów prawa materialnego tj. art. 54 § 1, § 2 i § 3 Ordynacji podatkowej oraz art. 24 ustawy o kontroli skarbowej. Kontrola w zakresie prawidłowego naliczania odsetek za zwłokę, odbywa się bowiem w postępowaniu w zakresie dokonywanych przez podatników wpłat. Stanowisko wyrażone w obu wyżej prezentowanych wyrokach skład orzekający w tej sprawie podziela i akceptuje. Organ w piśmie z dnia 22 września 2014 r. (odpowiadając na wezwanie Sądu) potwierdził, że na obecnym etapie postępowania zaproponował organowi I instancji wypożyczenie posiadanej części akt administracyjnych w celu dokonania oceny wszystkich okoliczności sprawy w myśl treści wyroku tut. Sądu z dnia 3 lutego 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 1020/13. Podsumowując tę część rozważań należy zaznaczyć, że żądanie strony skarżącej dotyczące wyliczenia przez organ podatkowy tzw. okresów bezodsetkowych w trybie art. 54 § 1 Ordynacji podatkowej jest obecnie badane w wyniku realizacji przez organy podatkowe prawomocnego wyroku tut. Sądu z dnia 3 lutego 2014 r. sygn. akt I SA/Gl 1020/13. Zatem wniosek skarżącej o dokonanie takich ustaleń w niniejszej sprawie należy uznać za niezasadny, Spółka bowiem nie została pozbawiona możliwości dokonania ustaleń w żądanym zakresie, a wręcz przeciwnie jej wniosek jest aktualnie realizowany przez organ podatkowy. W kontekście powyższych rozważań należy stwierdzić, że nie zostały naruszone przepisy prawa procesowego. Organy podatkowe obu instancji orzekające w niniejszej sprawie zgodnie z art. 120 Ordynacji podatkowej działały w granicach i na podstawie przepisów prawa oraz dostatecznie wyjaśniły stan faktyczny sprawy i nie naruszyły reguł prowadzenia postępowania dowodowego ustalając wszystkie istotne dla rozstrzygnięcia sprawy okoliczności. Sąd ocenił także zupełność uzasadnienia zaskarżonej decyzji i stwierdził jej zgodność z przepisami prawa. Z tych wszystkich względów, na podstawie art. 151 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi Sąd oddalił skargę.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 17.07.2026. · Źródło