II FSK 2725/17

WyrokNaczelny Sąd Administracyjny2019-08-06

Skład orzekający: Maciej Jaśniewicz, Jolanta Sokołowska, Dominik Gajewski

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy przedsiębiorca, który uzyskał zezwolenie na prowadzenie działalności w SSE przed 1 stycznia 2001 r. i następnie wystąpił o jego zmianę w celu stosowania nowych regulacji, może korzystać z limitu pomocy publicznej wypracowanego w ramach pierwotnego zezwolenia po jego formalnym terminie wygaśnięcia, ale w okresie obowiązywania Specjalnej Strefy Ekonomicznej?
Ratio decidendi
Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przedsiębiorca, który uzyskał zezwolenie na prowadzenie działalności w SSE przed 1 stycznia 2001 r. i następnie wystąpił o jego zmianę w celu stosowania nowych regulacji, powinien być traktowany na równi z przedsiębiorcami, którzy uzyskali zezwolenia po tej dacie. W związku z tym, zezwolenie powinno wygasać z upływem terminu, na jaki ustanowiono Specjalną Strefę Ekonomiczną, a nie z dniem wskazanym w pierwotnym zezwoleniu, pod warunkiem, że limit pomocy publicznej nie został wyczerpany. Uchylono zaskarżony wyrok WSA oraz interpretację indywidualną.
Stan faktyczny
Spółka V. sp. z o.o. uzyskała interpretację indywidualną dotyczącą podatku dochodowego od osób prawnych. Spółka prowadziła działalność na terenie SSE na podstawie dwóch zezwoleń: nr 1 z 1999 r. i nr 2 z 2013 r. Zadała pytanie, czy po 15 kwietnia 2017 r. (ostatni dzień obowiązywania zezwolenia nr 1) będzie mogła korzystać z puli pomocy publicznej wypracowanej w ramach zezwolenia nr 1, nawet prowadząc działalność w ramach zezwolenia nr 2. Dyrektor Izby Skarbowej uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe, argumentując, że 'starym przedsiębiorcom' (zezwolenie przed 2001 r.) przysługują inne zasady niż 'nowym'. WSA oddalił skargę spółki.
Rozstrzygnięcie
Uchylono zaskarżony wyrok w całości, uchylono interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z dnia 19 września 2016 r., zasądzono od Szefa Krajowej Administracji Skarbowej na rzecz V. sp. z o.o. zwrot kosztów postępowania sądowego.

Pełny tekst orzeczenia

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący – Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz, Sędzia NSA Jolanta Sokołowska, Sędzia WSA (del.) Dominik Gajewski (sprawozdawca), Protokolant Dorota Rembiejewska, po rozpoznaniu w dniu 6 sierpnia 2019 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej V. sp. z o.o. z siedzibą w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 18 maja 2017 r., sygn. akt I SA/Wr 34/17 w sprawie ze skargi V. sp. z o.o. z siedzibą w L. na interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 19 września 2016 r., nr IBPB-1-3/4510-706/16-1/AW w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) uchyla interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 19 września 2016 r., nr IBPB-1-3/4510-706/16-1/AW, 3) zasądza od Szefa Krajowej Administracji Skarbowej na rzecz V. sp. z o.o. z siedzibą w L. kwotę 880 (słownie: osiemset osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Wyrokiem z 18 maja 2017 r., sygn. akt I SA/Wr 34/17, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu oddalił skargę V. spółka z o.o. z siedzibą w L. na interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach działającego w imieniu Ministra Finansów z dnia 19 września 2016 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych. W uzasadnieniu tego wyroku WSA wyjaśnił, że ze zdarzenia przyszłego przedstawionego we wniosku wynika, iż wnioskodawca prowadzi działalność gospodarczą na terenie Specjalnej Strefy Ekonomicznej (dalej: SSE) na podstawie: - zezwolenia z 19 maja 1999 r. na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE (dalej: "zezwolenie nr 1") zmienionego decyzją z 10 października 2001 r. w sprawie zmiany zezwolenia z 19 maja 1999 r. na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE oraz decyzją z 20 maja 2005 r. w sprawie zmiany zezwolenia z 19 maja 1999 r. na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE i decyzją z 17 kwietnia 2008 r. w sprawie zmiany zezwolenia z 19 maja 1999 r. na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE, oraz - zezwolenia z 25 listopada 2013 r. na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE (dalej: "zezwolenie nr 2"). Spółka jest dużym przedsiębiorcą w rozumieniu załącznika I do Rozporządzenia Komisji UE nr 651/2014 z dnia 17 czerwca 2014 r. uznającego niektóre rodzaje pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym w zastosowaniu art. 107 i 108 Traktatu. Spółka zadała pytanie, czy po 15 kwietnia 2017 r. - prowadząc nadal działalność na terenie SSE na podstawie zezwolenia nr 2 i w zakresie w nim określonym - będzie uprawniona do korzystania z puli pomocy publicznej (w formie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych) przyznanej w związku z inwestycją zrealizowaną w ramach zezwolenia nr 1 (do wyczerpania wypracowanego limitu, o ile limit ten nie zostanie wyczerpany przed datą 15 kwietnia 2017 r.)? Spółka stwierdziła, że prowadząc - po 15 kwietnia 2017 r. - działalność na terenie SSE w oparciu o zezwolenie strefowe nr 2, w zakresie w nim określonym, będzie uprawniona do korzystania z limitu pomocy publicznej (w formie zwolnienia z podatku CIT) wypracowanego w ramach zezwolenia nr 1 (jako najwcześniejszego), a po jego ew. wyczerpaniu - z limitu pomocy wypracowanego w ramach zezwolenia nr 2. Działający z upoważnienia Ministra Finansów, Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe. Wyjaśnił, że na gruncie ustawy z 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (t.j. z 14 lutego 2007 r. Dz. U. Nr 42, poz. 274, dalej: "ustawa o SSE"). można wyróżnić dwie grupy przedsiębiorców tzw. "starych przedsiębiorców", którzy uzyskali zezwolenie przed 1 stycznia 2001 r. – uprawnionych do korzystanie z pomocy publicznej na preferencyjnych zasadach w postaci nielimitowanych zwolnień podatkowych oraz przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie po tej dacie, korzystających z pomocy publicznej limitowanej, uzależnionej od wysokości poniesionych wydatków inwestycyjnych. Ustawa zmieniająca z 2000 r., która weszła w życie od 1 stycznia 2001 r., wprowadziła również nowe zasady zwolnienia z podatku dochodów uzyskanych z działalności prowadzonej w SSE. W art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn. Dz. U. z 2014 r. poz. 851 ze zm. – dalej: u.p.d.o.p.) wprowadzono zwolnienie przedmiotowe z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielonej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami. Normy przejściowe (art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r.) przyjęte w związku z wprowadzeniem nowych zasad korzystania ze zwolnienia od podatku dochodów uzyskanych na terenie SSE, zachowały tzw. stary reżim prawny dla przedsiębiorców, który uzyskali zezwolenie przed 1 stycznia 2001 r. W ten sposób ustawodawca przesądził, że do tzw. "starych przedsiębiorców" zastosowanie mają przepisy obowiązujące do 31.12.2000 r. W konsekwencji wprowadzony po tym terminie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. nie ma zastosowania do tych podmiotów. Dyrektor Izby Skarbowej uznał, że spółka, jako inwestor może korzystać ze zwolnienia podatkowego do ostatniego dnia obowiązywania zezwolenia nr 1 (15 kwietnia 2017 r.), a w przypadku wcześniejszego wykorzystania limitu pomocy publicznej, do dnia jego wyczerpania. Ponadto, zdaniem organu, spółka nie może korzystać z niewyczerpanej puli pomocy z zezwolenia nr 1 w odniesieniu do dochodów uzyskanych w ramach zezwolenia nr 2. Wezwany do usunięcia naruszenia prawa Dyrektor Izby Skarbowej stwierdził brak podstaw do zmiany interpretacji indywidualnej. W skardze spółka zarzuciła naruszenie: - art. 16 ust. 1 i art. 19 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 3 ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. Nr 188, poz. 1840 ze zm., dalej: "ustawa zmieniająca z 2003 r.") i w zw. z art. 5 ustawy z dnia 16 listopada 2000 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz o zmianie niektórych ustaw (Dz. U. Nr 117, poz. 1228 ze zm., dalej: "ustawa zmieniająca z 2000 r.") w zw. z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. przez ich błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że spółka może korzystać z pomocy publicznej (w formie zwolnienia z podatku dochodowego) wypracowanego w ramach zezwolenia nr 1 wyłącznie do ostatniego dnia terminu wynikającego z zezwolenia nr 1; pomimo, że na mocy art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. uchylony został art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r., a spółka zdecydowała się na stosowanie nowych regulacji dot. korzystania z pomocy publicznej, w związku z czym do spółki powinny być stosowane analogiczne zasady, jak do przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenia po dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2000 r., w tym w zakresie terminu obowiązywania zezwolenia; ewentualnie - naruszenie art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. w zw. z art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. przez niewłaściwą ocenę co do ich zastosowania i w konsekwencji ich niezastosowanie i uniemożliwienie spółce skorzystania z otrzymanej puli pomocy publicznej do czasu na jaki ustanowiona została strefa – tj. obecnie do 31 grudnia 2026 r. pomimo, że na mocy art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. uchylony został przepis przejściowy zawarty w art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. w związku z czym do spółki powinny być stosowane analogiczne zasady, jak do przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie po dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2000 r., w tym w zakresie obowiązywania zezwolenia; - art. 5 ust. 2 pkt 1b ustawy zmieniającej z 2003 r. przez niewłaściwą ocenę co do jego zastosowania i w konsekwencji niezastosowanie, co doprowadzało do tego, że pominięto, iż wielkość pomocy publicznej (limit) został już spółce z góry przyznany i wynosi 75% kosztów inwestycji poniesionych; - art. 16 ust. 1 oraz art. 19 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. przez błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że spółka może korzystać z limitu pomocy publicznej (w formie zwolnienia z podatku dochodowego) wypracowanego w ramach zezwolenia nr 1 z dnia 19 maja 1999 r. wyłącznie do ostatniego dnia terminu wynikającego z tego zezwolenia, niezależnie od tego czy w ww. dacie wypracowany wcześniej limit został wyczerpany czy nie i pomimo tego, że spółka będzie nadal prowadzić działalność na terenie SSE w ramach swojego drugiego zezwolenia, na wynikających z niego warunkach; - art. 12 ustawy o SSE w zw. z art. 9 ust. 1 i art. 17 ust. 1 pkt 34 i ust. 4 u.p.d.o.p. w zw. z § 5 ust. 4 rozporządzenia Rady Ministrów w sprawie pomocy publicznej udzielonej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (tekst jedn. Dz. U. z 2015 r., poz. 465 – dalej: "rozporządzenie strefowe") przez ich błędną wykładnię i przyjęcie, że nie jest możliwe dyskontowanie pomocy publicznej wynikającej łącznie ze wszystkich posiadanych zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE i chronologiczne wykorzystanie limitów wynikających z poszczególnych zezwoleń w odniesieniu do sumy dochodów uzyskanych z działalności prowadzonej na terenie SSE podczas gdy z prawidłowej wykładni tych przepisów wynika, że obowiązek odrębnego ustalania dochodu istnieje wyłącznie w odniesieniu do dochodów zwolnionych z opodatkowania (uzyskanych z działalności w SSE) oraz dochodów opodatkowanych na zasadach ogólnych; - art. 120, art. 121 § 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz. U. z 2015 r., poz. 613 ze zm. – dalej: "O.p.") w zw. z art. 14 § 6 i art. 14h tej ustawy przez błędną wykładnię przepisów prawa bez kompleksowej ich wykładni, co doprowadziło do naruszenia zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych. W uzasadnieniu skargi spółka powtórzyła argumentację przedstawioną we wniosku o wydanie interpretacji. W zaskarżonym wyroku WSA stwierdził, że prawidłowo przyjęto w zaskarżonej interpretacji, iż na skutek zmian w ustawie o specjalnych strefach ekonomicznych nie doszło do przekształcenia się zezwolenia nr 1 z zezwolenia wydanego z określeniem terminu jego obowiązywania w zezwolenie nieokreślające terminu, a obowiązujące do końca istnienie SSE, na terenie której spółka prowadzi działalność. W ocenie WSA, fakt uzyskania przez spółkę już na nowych zasadach, kolejnego zezwolenia (nr 2), związanego z rozbudową i modernizacją inwestycji na terenie SSE, nie uprawnia spółki do przyjęcia, że w ramach tego drugiego zezwolenia (nr 2), może rozliczać wydatki na inwestycje objęte zezwoleniem nr 1 po dniu 15 kwietnia 2017 r. WSA orzekł, że po tym dniu spółka nie ma już prawa korzystania ze zwolnienia z podatku dochodowego na podstawie zezwolenia nr 1, a zatem uwzględniać przyznanego jej limitu pomocy publicznej z uwagi na jednoznacznie terminowy charakter zezwolenia. W skardze kasacyjnej wywiedzionej od ww. wyroku spółka zaskarżyła go w całości, wnosząc o jego uchylenie w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania na podstawie, względnie o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i rozpoznanie skargi, a następnie uchylenie zaskarżonej interpretacji, oraz zasądzenie na rzecz skarżącej kosztów postępowania według norm przepisanych. Zaskarżonemu wyrokowi zarzucono: I. na podstawie art. 174 pkt 1 ustawy z dnia 20 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2016 r., poz. 718 ze zm.; dalej: "p.p.s.a." naruszenie prawa materialnego tj.: 1. art. 6 ust. 1 i ust. 2 w zw. z art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. w zw. z art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. w zw. z art. 16 ust. 1 oraz 19 ust. 1 ustawy o SSE poprzez ich błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że zezwolenie nr 1 wygasło z dniem 15 kwietnia 2017 r., pomimo, że: - na podstawie ustawy zmieniającej z 2000 r. ustawodawca wyeliminował możliwość wydawania zezwoleń na czas określony (ograniczając je jedynie terminem, na jaki ustanowione zostały strefy ekonomiczne); - na mocy art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. uchylony został dodatkowo przepis przejściowy zawarty w art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. (utrzymujący tzw. "stare zasady" dla zezwoleń wydanych przed dniem wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2000 r.), a spółka (wnosząc o zmianę zezwolenia nr 1 na podstawie art. 6 ust 1 i ust. 2 ustawy zmieniającej z 2003 r.) zdecydowała się na stosowanie wobec niej tzw. nowych regulacji dotyczących korzystania z pomocy publicznej; - w związku z czym do spółki powinny być stosowane analogiczne zasady, jak do przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie po dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2000 r., w tym w zakresie terminu obowiązywania zezwolenia; 2. art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. w zw. z art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. poprzez ich niewłaściwe zastosowanie tj. ich niezastosowanie i w konsekwencji uznanie, że uchylenie art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. przez art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. nie powoduje, że do tzw. starych zezwoleń należy stosować również nowe regulacje prawne (obowiązujące po 2000 r.) w tym w zakresie braku terminu obowiązywania zezwolenia; 3. art. 5 ust. 2 pkt 1) lit. b) ustawy zmieniającej z 2003 r. w zw. z art. 6 ust. 1 i 2 oraz w zw. z art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. w zw. z art. 12 ust. 1 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejście w życie ustawy zmieniającej z 2000 r. i art. 16 ust. 1 oraz 19 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 9 ust. 1 i art. 17 ust. 1 pkt 34 i ust. 4 u.p.d.o.p., poprzez ich błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że: - dopuszczalną wielkość pomocy z jakiej spółka może korzystać na podstawie zezwolenia nr 1 wyznacza m.in. okres, na jaki zostało wydane zezwolenie nr 1 na prowadzenie działalności na terenie SSE; - a zatem spółka może korzystać z limitu pomocy publicznej (w formie zwolnienia z podatku CIT) wypracowanego w ramach zezwolenia nr 1 z dnia 19 maja 1999 r. wyłącznie do ostatniego dnia terminu wynikającego z zezwolenia nr 1 z dnia 19 maja 1999 r., niezależnie od tego czy w ww. dacie wypracowany wcześniej i wynikający z ww. przepisów limit został wyczerpany czy nie i niezależnie od terminu, na jaki została ustanowiona Legnicka Specjalna Strefa Ekonomiczna, podczas gdy art. 12 ust. 1 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejście w życie ustawy zmieniającej z 2000 r. wyraźnie powiązał limit dopuszczalnej pomocy z okresem obowiązywania stref, a nie z datą wskazaną w zezwoleniu; - i pomimo tego, że spółka będzie nadal prowadzić działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w ramach pozostałego zezwolenia (zezwolenia nr 2 z dnia 25 listopada 2013 r.) na wynikających z nich warunkach, to po dniu wskazanym w zezwoleniu nr 1 z 1999 r. tj. po 15 kwietnia 2017 r. nie będzie mogła korzystać ze zwolnienia dochodu z opodatkowania na podstawie ww. zezwolenia nr 1 (zakładając, że limit pomocy nie zostanie wyczerpany na tamten dzień); - a tym samym niemożliwe jest, zdaniem Sądu, dyskontowanie pomocy publicznej wynikającej łącznie ze wszystkich posiadanych zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie strefy ekonomicznej i chronologiczne wykorzystywanie limitów wynikających z poszczególnych zezwoleń w odniesieniu do sumy dochodów uzyskanych z działalności prowadzonej na terenie SSE, podczas gdy z prawidłowej wykładni tych przepisów wynika, że obowiązek odrębnego ustalania dochodu istnieje wyłącznie w odniesieniu do dochodów zwolnionych z opodatkowania (uzyskanych z działalności prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej) oraz dochodów opodatkowanych na zasadach ogólnych; II. na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. - naruszenie przepisów postępowania, mające istotny wpływ na wynik sprawy, tj.: 1. art. 146 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a w zw. z art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 3 § 1 p.p.s.a. poprzez nienależyte wykonanie obowiązku kontroli administracji publicznej polegające na oddaleniu skargi spółki oraz nieuchyleniu Interpretacji, podczas gdy interpretacja wydana została z rażącym naruszeniem przez organ prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy tj.: a) art. 16 ust. 1 oraz 19 ust. 1 ustawy o SSE w zw. art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. w zw. z art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. zw. z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., poprzez ich błędną wykładnię i uznanie, że zmiany w przepisach strefowych (w tym przepisach przejściowych ustawy zmieniającej z 2000 r., jak również to, że spółka wystąpiła z wnioskiem o stosowanie wobec niej nowych regulacji dot. korzystania z pomocy publicznej, nie spowodowało, że należy wobec niej stosować również nowe regulacje dot. terminu obowiązywania zezwolenia strefowego; b) art. 5 ust. 2 pkt 1) lit. b) ustawy zmieniającej z 2003 r. poprzez niewłaściwą ocenę co do jego zastosowania i w konsekwencji jego niezastosowanie, co doprowadziło do tego, że organ pominął, że wielkość pomocy publicznej (limit) został już spółce z góry przyznany (i wynosi stosowny % kosztów inwestycji poniesionych do końca 2006 r.); c) art. 12 ustawy o SSE w związku z art. 9 ust. 1 oraz art. 17 ust. 1 pkt 34 i ust. 4 u.p.d.o.p. w zw. z § 5 ust. 5 rozporządzenia strefowego oraz art. 16 ust. 1 oraz 19 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., poprzez ich błędną wykładnię i przyjęcie, że nie jest możliwe dyskontowanie pomocy publicznej wynikającej łącznie ze wszystkich posiadanych zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie strefy ekonomicznej i chronologiczne wykorzystywanie limitów wynikających z poszczególnych zezwoleń w odniesieniu do sumy dochodów uzyskanych z działalności prowadzonej na terenie SSE, podczas gdy z prawidłowej wykładni tych przepisów wynika, że obowiązek odrębnego ustalania dochodu istnieje wyłącznie w odniesieniu do dochodów zwolnionych z opodatkowania (uzyskanych z działalności prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej) oraz dochodów opodatkowanych na zasadach ogólnych; 2. art. 146 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 3 § 1 p.p.s.a. poprzez nienależyte wykonanie obowiązku kontroli administracji publicznej polegające na oddaleniu skargi spółki oraz nieuchyleniu interpretacji wydanej z naruszeniem artykułu 120 i art. 121 § 1 w zw. z art. 14h O.p. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje. Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie. Należy wskazać, że zgodnie z art. 183 § 1 ustawy p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, uwzględnia jednak z urzędu nieważność postępowania, której przypadki zostały określone w § 2 tego artykułu. Zaskarżony wyrok nie został wydany w warunkach nieważności, stąd do rozstrzygnięcia pozostawały zarzuty skargi kasacyjnej, które w sprawie oparte zostały na obu podstawach kasacyjnych wymienionych w art. 174 pkt 1 i 2 ustawy p.p.s.a. Merytoryczna ocena zasadności przeprowadzonej przez Sąd pierwszej instancji argumentacji musi zostać uprzedzona zwróceniem uwagi na treść art. 170 p.p.s.a., z którego wynika, iż orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby. Jak podniesiono w orzecznictwie, "[r]atio legis art. 170 polega na tym, że gwarantuje on zachowanie spójności i logiki działania organów państwowych, zapobiegając funkcjonowaniu w obrocie prawnym rozstrzygnięć nie do pogodzenia w całym systemie sprawowania władzy" (wyrok NSA z dnia 19 maja 1999 r., sygn. akt IV SA 2543/98, LEX nr 48643; dalsze rozważania za wyrokiem NSA z dnia 25 marca 2013 r., sygn. akt II GSK 2322/11, dostępnym, podobnie jak inne orzeczenia powołane w niniejszym uzasadnieniu, w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych – orzeczenia.nsa.gov.pl). Istota mocy wiążącej prawomocnego orzeczenia sądu wyraża się w tym, że także inne sądy i inne organy państwowe, a w wypadkach przewidzianych w ustawie - także inne osoby, muszą brać pod uwagę fakt istnienia oraz treść prawomocnego orzeczenia sądu. Moc wiążąca orzeczenia określona w art. 170 w odniesieniu do sądów oznacza, że podmioty te muszą przyjmować, że dana kwestia prawna kształtuje się tak, jak stwierdzono w prawomocnym orzeczeniu. Zatem w kolejnym postępowaniu, w którym pojawia się dana kwestia, nie może być już ona ponownie badana (por. J. Kunicki, glosa do postanowienia SN z dnia 21 października 1999 r., I CKN 169/98, OSP 2001, z. 4, poz. 63). Dalej trzeba wskazać, że na gruncie niniejszej sprawy istotne znaczenie ma treść wyroku NSA z 25 września 2015 r., sygn. akt I FSK 563/14, w którym przedstawiono rozważania dotyczące regulacji art. 170 (oraz art. 153) p.p.s.a. w kontekście możliwości zmiany interpretacji indywidualnej przez organ interpretacyjny. Odpowiednie odczytanie konkluzji zawartych w tym orzeczeniu przekłada się na uznanie znaczenia ww. wyroku NSA dla rozstrzygnięcia sprawy niniejszej. Okoliczność funkcjonowania ww. prawomocnego wyroku NSA z dnia 1 marca 2018 r., sygn. akt II GSK 5295/16 jest kluczowa. Treść tego orzeczenia warunkowała bowiem treść rozstrzygnięcia w sprawie niniejszej. Zaznaczyć można, że przedmiotowym wyrokiem NSA nie tylko uchylił wyrok Sądu pierwszej instancji, ale i obie poprzedzające jego wydanie decyzje organów. W obu sprawach (tj. w sprawie wskazanej oraz sprawie niniejszej) zachodzi tożsamość podmiotowa i częściowo przedmiotowa. W sprawie niniejszej uczestniczył bowiem ten sam podmiot, co w sprawie II GSK 5295/16, dotyczy ona tych samych zwolnień, w obu sprawach też istotne znaczenie mają te same przepisy prawa – choć zastrzec trzeba, że dla rozstrzygnięcia bezpośrednio związanego z tym, co stanowi przedmiot sporów sądowych w obu sprawach (co sprawy te różni), zastosowanie znajdzie także inna, szczegółowa regulacja. Zasadnicze znaczenie w sprawie miała kwestia wykładni przepisów dotyczących funkcjonowania specjalnych stref ekonomicznych, zwłaszcza w kontekście zmian dokonanych w tym zakresie ustawami z 2000 i 2003 r. Kluczowa była odpowiedź na pytanie, czy spółka może korzystać z limitu pomocy publicznej (w formie zwolnienia w podatku dochodowym od osób prawnych) wypracowanego w ramach zezwolenia z 19 maja 1999 r. (opisanego we wniosku jako zezwolenie nr 1) w dacie po 15 kwietnia 2017 r., tj. po upływie ostatniego dnia terminu wynikającego z tego zwolnienia. Sąd pierwszej instancji wyraził pogląd, że na skutek zmian w ustawie o specjalnych strefach ekonomicznych nie doszło do przekształcenia się zezwolenia nr 1 z zezwolenia wydanego z określeniem terminu jego obowiązywania w zezwolenie nieokreślające terminu, a obowiązujące do końca istnienie specjalnej strefy ekonomicznej, na terenie której spółka prowadzi działalność. Ponadto, skarżąca miała prawo do stosowania zasad określonych w art. 5 ust. 2 ustawy zmieniającej z 2003 r. tylko do 15 kwietnia 2017 r. Przedstawiając takie stanowisko WSA przychylił się do postawy prezentowanej w toku postępowania przez organ interpretacyjny. Powyższe musi zostać zestawione z tym, co we wskazanym wyroku NSA stwierdził skład orzekający, w którym za oparty na usprawiedliwionej podstawie uznano zarzut kasacyjny naruszenia przez organ art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. w zw. z art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. Wyjaśnić tutaj należy, że możliwość przedłużenia obowiązywania zezwolenia do końca okresu, na jaki ustanowiono Specjalną Strefę Ekonomiczną, wynika z kolejnych nowelizacji ustawy o SSE, poczynając od ustawy zmieniającej z 2000 r. która zmieniła m.in. następujące przepisy: uchylony został art. 16 ust. 9, który stanowił, że zezwolenia udziela się na czas oznaczony, a art. 19 ust. 1 i 2 ustawy o SSE otrzymał następujące brzmienie: "Art. 19. 1. Zezwolenie wygasa z upływem okresu na jaki ustanowiona została strefa, z zastrzeżeniem ust. 2. Ust. 2 - zezwolenie wygasa w dniu wyczerpania przysługującego przedsiębiorcy zwolnienia, o którym mowa w art. 12 i spełnienia warunków określonych w zezwoleniu". Jednocześnie ww. ustawa zmieniająca zawierała w art. 5 przepis przejściowy, zgodnie z którym cyt.: "Art. 5. 1. Przedsiębiorcy, którzy przed dniem wejścia w życie ustawy uzyskali zezwolenia na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy wymienionej w art. 1, zachowują przez okres ważności zezwolenia prawo do zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy, o której mowa w art. 1 w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy. 2. W zakresie zwolnień i preferencji podatkowych przysługujących przedsiębiorcom, o których mowa w ust. 1. stosuje się przepisy art. 12-14 i 19 ustawy wymienionej w art. 1 w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy." Według tej ustawy do przedsiębiorców, których zezwolenia zostały wydane przed 2001 r., zastosowanie miał przepis art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu sprzed 1 stycznia 2001 r. Przepis ten przewidywał zasadniczo, że dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia, mogą być całkowicie zwolnione z podatku dochodowego w okresie równym połowie okresu, na jaki ustanowiona została strefa, a po tym terminie w części nie przekraczającej 50% takich dochodów. Ponieważ jednak w tej ustawie wprowadzono przepis przejściowy (art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r.), tym samym doprowadziło to do powstania na terenie stref ekonomicznych – jak określiła to spółka we wniosku o wydanie pisemnej interpretacji – dwóch odrębnych reżimów prawnych dla przedsiębiorców działających na podstawie zezwoleń udzielonych przed i po 1 stycznia 2001 r. Jako że była to sytuacja różnicująca sytuację przedsiębiorców, ustawodawca przeprowadzając kolejny etap harmonizacji, dążył do ujednolicenia zasad prowadzenia działalności gospodarczej na terenie stref. Dlatego też, w celu ujednolicenia zasad korzystania z pomocy publicznej przedsiębiorcom działającym na terenie specjalnych stref ekonomicznych, ustawą zmieniającą z 2003 r. dokonano ponownej zmiany przepisów strefowych. Celem nowelizacji było także dostosowanie polskiego prawa do regulacji unijnych. Narzędziem do przeprowadzenia ponownego ujednolicenia przepisów strefowych było m.in.: uchylenie art. 13 ustawy o SSE gwarantującego przedsiębiorcom niepogarszanie warunków korzystania ze zwolnień podatkowych oraz uchylenie w art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. z jednoczesnym wprowadzeniem do ustawy zmieniającej z 2003 r. art. 6 ust. 1, zgodnie z którym: "Przedsiębiorca, który uzyskał zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001 r. może wystąpić z wnioskiem do ministra właściwego do spraw gospodarki o jego zmianę polegającą na zastosowaniu do tego przedsiębiorcy przepisów dotyczących zwolnień podatkowych określonych w art. 5 w miejsce przepisów art. 12 ustawy, o której mowa w art. 1 w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000 r." Dodatkowo według ustawodawcy do tych sytuacji nie stosowało się jedynie art. 19 ust. 4 ustawy w nowym brzmieniu, co tylko potwierdza, że w pozostałym zakresie (a więc co do ust. 1) - tak. Ustawa zmieniająca z 2003 r. dała zatem przedsiębiorcom możliwość podjęcia decyzji, według jakich regulacji prawnych zamierzają korzystać z pomocy publicznej. Spółka wnioskiem z 3 grudnia 2007 r. wystąpiła do organu o zmianę zezwolenia oraz zdecydowała się na stosowanie nowych regulacji dotyczących korzystania z pomocy publicznej (zgodnych z regułami unijnymi). Ta sama ustawa jednocześnie uchylała art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r. Oznacza to, że z dniem wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2003 r. przestały obowiązywać przepisy przejściowe ustawy zmieniającej z 2000 r., a więc także do tzw. "starych zezwoleń" (wydanych przed 1 stycznia 2001 r.) należało od tej daty stosować wszelkie regulacje ustawy zmieniającej z 2000 r., w tym przepis dotyczący wygaszania zezwoleń z upływem terminu, na jaki ustanowiona została specjalna strefa ekonomiczna (a więc najpierw do 31 grudnia 2020 r. następnie do 31 grudnia 2026 r.). Spółka, występując z wnioskiem o zmianę zezwolenia 19 maja 1999 r., dobrowolnie zrezygnowała zatem z warunków prowadzenia działalności gospodarczej przyznanych jej w zezwoleniu na "starych zasadach", a wydanie decyzji zmieniającej miało tę rezygnację jednoznacznie potwierdzić. Nie jest w sprawie sporne, że do spółki znalazły zastosowanie zasady ograniczania wysokości zwolnienia (limity dotyczące maksymalnej intensywności tej pomocy). Wobec powyższego, Naczelny Sąd Administracyjny podzielił stanowisko spółki, że na podstawie wskazanych przepisów prawa powinny mieć do niej zastosowanie także te, które wprost w określają (w art. 19 ust. 1), że zezwolenie strefowe wygasa z chwilą upływu terminu na jaki ustanowiona została strefa. Jak wyjaśniono we wskazywanym wyroku, skoro bowiem zezwolenia strefowe wydane przedsiębiorcom przed wejściem w życie ustawy zmieniającej z 2000 r. przewidywały praktycznie całkowite zwolnienie od podatku dochodowego od osób prawnych i fizycznych na czas równy połowie okresu, na który ustanowione zostały strefy ekonomiczne, to uznać trzeba, iż termin ważności zezwoleń stanowił wówczas jedyną przesłankę limitująca wielkość pomocy przyznanej przedsiębiorcom. Nie funkcjonowały wówczas takie pojęcia jak: intensywność pomocy, maksymalna wysokość wydatków kwalifikujących się do objęcia wsparciem, czy termin zakończenia realizacji inwestycji. Na skutek jednak ustawy zmieniającej z 2003 r. i wprowadzenia maksymalnej kwoty kosztów inwestycji i maksymalnego terminu dla ich poniesienia, pozostawienie w zezwoleniach daty dziennej, po której zezwolenie miałoby wygasać, straciło uzasadnienie. Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny zgodził się we wskazywanym orzeczeniu ze stanowiskiem skarżącej, że wniosek spółki miał w istocie charakter porządkujący i formalnie potwierdzający zaistniały stan faktyczny, a jego celem nie było uzyskanie pomocy publicznej w większym wymiarze niż ten już przyznany, a jedynie usystematyzowanie zasad korzystania z pomocy publicznej w oparciu o zezwolenie nr 1 W tym kontekście szczególne znaczenie mają uwagi NSA dotyczące takiej interpretacji przepisów – jak przyjęte w niniejszej sprawie przez WSA oraz organ interpretacyjny – które prowadzą do nierównego traktowania beneficjentów, którzy z jednej strony otrzymują pomoc publiczną na jednakowych zasadach, podczas gdy z drugiej strony tylko niektórzy z nich mają możliwość jej efektywnego wykorzystania w pełnym okresie, na jaki została ustanowiona strefa, zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy o SSE. Oznacza to, że kierując się równością wobec prawa, które przewiduje termin obowiązywania specjalnych stref ekonomicznych do 31 grudnia 2026 r., wnioskowana zmiana zezwolenia spółki powinna nastąpić niejako automatycznie, zmierza bowiem do umożliwienia spółce działania na terenie specjalnej strefy ekonomicznej tak długo, jak pozostali beneficjenci, którym wydano zezwolenia po 1 stycznia 2001 r. i nie spowoduje zwiększenia przyznanej już spółce wysokości pomocy publicznej. Powyższe powoduje, że Naczelny Sąd Administracyjny uznaje za usprawiedliwione zarzuty naruszenia przepisów postępowania ujętych w punkcie I.1 oraz I.2. skargi kasacyjnej – ich istota sprowadzała się bowiem do kwestii wyżej wyjaśnionych, co usprawiedliwia też łączną ich ocenę. Tutaj – również bazując na wskazywanym wyroku NSA – trzeba podkreślić jeszcze jedną kwestię. Otóż możliwość zmiany zezwolenia na podstawie art. 6 ust. 2 ustawy zmieniającej z 2003 r. (a więc w trybie preferencyjnym, umożliwiającym zmianę elementów, których zmiana na podstawie przepisów ogólnych byłaby niemożliwa) miała stanowić pewną zachętę dla przedsiębiorców, aby zdecydowali się na dokonanie konwersji zezwolenia (a więc przyczynili się do dopasowania polskiego systemu prawnego do regulacji unijnych). Nie można jednak uznać, że w związku z ww. regulacją od momentu pozytywnego rozpatrzenia wniosku o konwersję zezwolenia przedsiębiorcy ci niejako zrzekali się możliwości zmiany zezwolenia w późniejszym terminie (na podstawie przepisów ogólnych). Powyższy przepis nie wyłączał bowiem stosowania (poza postępowaniem dotyczącym konwersji zezwolenia) art. 19 ust. 4 ustawy o SSE, a zatem nie wykluczał zmiany zezwolenia na zasadach ogólnych. WSA dokonał błędnej wykładni art. 19 ust 1 ustawy o SSE, uznając, że przepis ten ma zastosowani do zezwoleń wydanych na czas nieoznaczony. Skoro ustawodawca, jak wyżej wskazano, zdecydował się na wprowadzenie takiego przepisu, nie różnicując rodzajów zezwoleń, do których ma mieć zastosowanie, jego intencją było, aby znalazł on zastosowanie do wszystkich zezwoleń. Tym bardziej, że w momencie wejścia w życie tego przepisu nie istniała już możliwość wydawania innych zezwoleń, niż na czas nieoznaczony. Rację ma skarżąca, wskazując, że celem ustawy zmieniającej z 2000 r. i ustawy zmieniającej z 2003 r. było odejście od rozróżnienia zezwoleń z uwagi na okres ich obowiązywania i zrównanie ich przez jednolite określenie daty końcowej jako daty funkcjonowania SSE. A skoro tak, to do spółki należało zastosować art. 19 ust 1 ustawy o SSE. Uwzględnienie kwestii wyżej przedstawionych pozwoli na nowo rozpatrzeć zagadnienie, które strona przedstawiła we wniosku. Zarazem, dokonywanie przesądzającej oceny przez NSA w zakresie zarzutu oznaczonego w punkcie I.3 skargi kasacyjnej, byłoby nieuprawnione i odbierałoby stronie prawo do dwuinstancyjnej kontroli sądowej interpretacji indywidualnej. Przedmiotowy zarzut jest uzasadniony w tym zakresie, jaki wynika z przedstawionych wyżej rozważań, natomiast w pozostałej części – zwłaszcza w zakresie wykładni art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. - organ interpretacyjny winien wypowiedzieć się na nowo, przy uwzględnieniu treści niniejszego uzasadnienia oraz ww. wyroku II GSK 5295/16. Powyższe uwagi znajdują odpowiednie przełożenie na stanowisko składu orzekającego względem zarzutów naruszenia przepisów postępowania oznaczonych w punkcie II.1.a), b) oraz c) skargi kasacyjnej. Należy tutaj podobnie rozróżnić kwestię interpretacji przepisów o SSE (w tym ich zmian) od interpretacji przepisów podatkowych (art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p.). Co do pierwszej kwestii, skład orzekający wypowiadał się w oparciu o ww. wyrok NSA z 1 marca 2018 r., sygn. akt II GSK 5295/16. Co do drugiej – organ interpretacyjny jest zobowiązany dopiero wyrazić swoje stanowisko. Skład orzekający nie uznał natomiast za zasadny zarzut naruszenia przepisów postępowania oznaczony w punkcie II.2 skargi kasacyjnej. Ogólne przepisy Ordynacji podatkowej nie doznają z konieczności naruszenia, gdy organ wydaje interpretację indywidualną, w której nie podziela stanowiska wnioskodawcy. Kwestia taka, czy doszło do naruszenia np. zasady budzenia zaufania do organów podatkowych tylko dlatego, że w toku kontroli sądowej uchylono tę interpretację, nie jest też na gruncie niniejszej sprawy zagadnieniem wywierającym istotny wpływ na jej wynik. Powyższe uwagi eksplikują, dlaczego skład orzekający, mając na uwadze art. 188 p.p.s.a., uznał, iż znajduje on zastosowanie w niniejszej sprawie. W związku z tym uchylono zaskarżony wyrok w całości oraz uchylono interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 19 września 2016 r. oraz zasądzono od Szefa Krajowej Administracji Skarbowej na rzecz spółki zwrot kosztów postępowania sądowego, a to na podstawie art. 203 pkt 1 p.p.s.a. oraz art. 200 p.p.s.a. w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. ----------------------- 14

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 13.07.2026. · Źródło