I SA/Bk 217/12

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w składzie następującym: Przewodniczący sędzia NSA Mieczysław Markowski, Sędziowie sędzia WSA Jacek Pruszyński (spr.), sędzia WSA Małgorzata Roleder, Protokolant Beata Rusiecka, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 19 września 2012 r. sprawy ze skargi A. B. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w B. z dnia [...] maja 2012 r., nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług oraz stwierdzenia braku istnienia przesłanek do nienaliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych za niektóre miesiące 2001 r. oraz odmowy ich zwrotu 1. uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą jej wydanie decyzję Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w B. z dnia [...].02.2012 r., nr [...], 2. stwierdza, że decyzje wymienione w pkt 1 nie mogą być wykonane w całości do czasu uprawomocnienia się niniejszego wyroku, 3. zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w B. na rzecz skarżącego A. B. kwotę 3.784 zł (słownie: trzy tysiące siedemset osiemdziesiąt cztery złote) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Przedmiotem zaskarżenia jest decyzja Dyrektora Izby Skarbowej w B. z [...] maja 2012 r. nr [...] utrzymująca w mocy decyzję Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w B. z [...] lutego 2012 r. nr [...] odmawiającą A. B. (dalej podatnik) stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług w kwocie 123.006,09 zł oraz stwierdzającą brak istnienia przesłanek do nienaliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych za niektóre miesiące 2001 r. wynikających z wydanej przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. decyzji [...] czerwca 2005 r. nr [...] oraz odmawiającą ich zwrotu. Zaskarżone rozstrzygnięcie podjęte zostało w następujących okolicznościach faktycznych. Wnioskiem z 13 grudnia 2011 r. podatnik zwrócił się do Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w B. o stwierdzenie nadpłaty w kwocie 123.006,09 zł tytułem nienależnie zapłaconych w dniach [...] sierpnia 2006 r. oraz [...] września 2006 r. odsetek od zaległości w podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r. naliczonych za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu kontroli skarbowej z [...] czerwca 2005 r. nr [...]. Uzasadniając wniosek podatnik wskazał, iż Trybunał Konstytucyjny wyrokiem z 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 zakwestionował zgodność z Konstytucją przepisów regulujących zasady pobierania odsetek za zwłokę od zaległości stwierdzonych w toku kontroli skarbowej. Decyzją z [...] lutego 2012 r. Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w B. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług oraz stwierdził brak istnienia przesłanek do nienaliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych wynikających z wydanej przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. decyzji z [...] czerwca 2005 r. i odmówił ich zwrotu. W odwołaniu od powyższej decyzji podatnik zarzucił naruszenie: (1) art. 72 § 1 i 2 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa, t.j.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm. (dalej "o.p."), poprzez nieuzasadnione przyjęcie, że dokonana przez podatnika wpłata w wysokości wyższej niż należna, zaliczona przez organ podatkowy na poczet nienależnych odsetek za zwłokę, nie stanowi nadpłaty; (2) art. 54 § 1 pkt 7 w zw. z art. 54 § 2 o.p. poprzez nieuzasadnione przyjęcie, że przekroczenie trzymiesięcznego terminu na wydanie decyzji, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 o.p., zostało spowodowane przyczynami niezależnymi od organu; (3) art. 74 w zw. z art. 74a o.p., poprzez nieuzasadnione przyjęcie, że odwołujący powinien samodzielnie określić wysokość nadpłaty, a organ jedynie stwierdzić jej istnienie bądź nieistnienie. Organ II instancji utrzymując w mocy decyzję pierwszoinstancyjną wskazał, że w myśl art. 72 § 1 pkt 1 o.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Podatek zapłacony nienależnie to kwota uiszczona przez podatnika w sytuacji, gdy nie było ustawowego obowiązku jej zapłacenia albo obowiązek ten istniał, ale wygasł. Istota nadpłaty sprowadza się zatem do tego, że podatnik płaci wówczas, gdy nie musi tego robić (nie istnieje obowiązek podatkowy), albo płaci za dużo (kwota podatku zapłaconego przewyższa kwotę należną). W obu przypadkach świadczenie podatnika dokonane na rzecz wierzyciela podatkowego przewyższa to, czego wymaga od niego przepis prawa. Zgodnie natomiast z art. 72 § 2 o.p. jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę. Zdaniem organu, w świetle przywołanych przepisów za nadpłatę uważa się więc wyłącznie nadpłacony lub nienależnie zapłacony podatek, a jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę. Jak wskazuje brzmienie ww. art. 72 § 2 odsetki za zwłokę dzielą los wpłaty głównej. Oznacza to tyle, że skoro główna część wpłaty nie stanowi nadpłaty, to tym bardziej nadpłatą nie będą wpłacone odsetki. Organ odwoławczy wskazał, że w niniejszej sprawie Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w B. wydał wobec podatnika decyzję z [...] czerwca 2005 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy organ ten wydał decyzję z [...] września 2006 r., w której określił za niektóre miesiące 2001 r. kwoty zwrotu podatku od towarów i usług niższe od zadeklarowanych, która została następnie utrzymana w mocy przez Dyrektora Izby Skarbowej w B. decyzją z [...] grudnia 2006 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku wyrokiem z 17 lutego 2009 r., I SA/Bk 611/08 oddalił skargę podatnika na ww. decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w B., a następnie Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 28 maja 2010 r., I FSK 948/09 oddalił skargę kasacyjną podatnika. W sprawie nie doszło zatem do skutecznego podważenia rozstrzygnięcia organu kontroli skarbowej, z którego wynika zaległość w podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r. W konsekwencji w sprawie nie mamy do czynienia z nienależnie zapłaconym podatkiem. Odnosząc się kwestii zwrotu odsetek za zwłokę naliczonych za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu kontroli skarbowej organ zauważył, że w myśl art. 54 § 1 pkt 7 o.p. odsetek nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Przy czym w świetle § 2 ww. art. 54 przepisu § 1 pkt 7 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. W przedmiotowej sprawie, zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej, zasadnie przyjęto, że przekroczenie trzymiesięcznego terminu na wydanie decyzji, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 o.p. zostało spowodowane przyczynami niezależnymi od organu. Odnosząc się do zarzutów odwołania organ podniósł, że postępowanie kontrolne i podatkowe polega nie tylko na gromadzeniu materiału dowodowego, ale przede wszystkim na dokładnej i wszechstronnej analizie tegoż materiału. Biorąc pod uwagę treść przepisów m.in. art. 122 oraz 187 o.p. organ kontroli skarbowej zobligowany był do wnikliwego zbadania sprawy w oparciu o jak najpełniejszy materiał dowodowy. Z analizy akt sprawy wynika, iż postępowanie zakończone decyzją Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z [...] czerwca 2005 r. było postępowaniem skomplikowanym i zawiłym. Wymagało szeregu działań oraz czasochłonnej analizy zebranych materiałów. Organ kontroli skarbowej celem zgromadzenia materiału występował do różnych instytucji m.in. do: Drugiego Urzędu Skarbowego w S. i Pierwszego Urzędu Skarbowego w Z. (pisma z [...] marca 2003 r.) z wnioskami o przeprowadzenie czynności sprawdzających u kontrahentów podatnika - odpowiedzi wpłynęły [...] maja 2003 r. oraz [...] kwietnia 2003 r.; Komendanta [...] Oddziału Straży Granicznej w B. (pisma z [...] kwietnia 2003 r. i [...] lipca 2003 r.) z prośbą o udzielenie informacji dotyczących terminów wjazdów i wyjazdów osób, którym zwracany był w firmie strony podatek VAT na podstawie dokumentów TAX FREE, a następnie zwrócił się z wnioskiem o wystąpienie do organów państwowych Republiki Łotewskiej celem uzyskania danych, które miały być uzupełnieniem niepełnych informacji dotyczących wjazdów i wyjazdów obywateli tego państwa na terytorium Polski - odpowiedzi wpłynęły [...] kwietnia 2003 r. oraz [...] lipca 2003 r.; Kierownika Oddziału Dokumentacji Skarbowej w B. (pismo z [...] lipca 2003 r.) z prośbą o wystąpienie do odpowiednich organów Republiki Łotewskiej o przesłuchanie obywateli tego kraju, posługujących się wystawionymi przez firmę strony dokumentami TAX FREE - odpowiedzi wpłynęły [...] listopada 2003 r., [...] stycznia 2004 r. oraz [...] marca 2004 r.; Izby Celnej w B. (pismo z [...] grudnia 2004 r.) z prośbą o weryfikację dokumentów TAX FREE wystawionych na obywateli Republiki Łotewskiej - odpowiedź wpłynęła [...] stycznia 2005 r.; Naczelnika Urzędu Celnego w S. (pismo z [...] lutego 2005 r.) z prośbą uzupełnienie informacji o wywozie towarów przez obywateli Łotwy - odpowiedź wpłynęła [...] lutego 2005 r. Z kolei pismem z [...] czerwca 2003 r. Komenda Główna Policji Centralne Biuro Śledcze Wydział IX w B. poinformowała, iż prowadzi czynności dotyczące współpracy handlowej firmy "B" (firma podatnika) z podmiotami indywidualnymi z terenu Łotwy. Następnie Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w B. pismem z [...] lipca 2003 r. wystąpił do Komendy Głównej Policji Centralnego Biura Śledczego w B. z prośbą o wystąpienie do odpowiednich organów Republiki Łotewskiej w celu ustalenia rzeczywistego przebiegu transakcji handlowych dokonywanych z obywatelami Łotwy - odpowiedź wpłynęła [...] grudnia 2004 r. Ponadto konieczne było powołanie biegłego tłumacza przysięgłego języka rosyjskiego (postanowienie z [...] sierpnia 2003 r.) oraz biegłego grafologa w celu przeprowadzenia badań pieczęci znajdujących się w rubryce "pieczęć urzędu celnego potwierdzająca wywóz towaru poza państwową granicę Rzeczypospolitej Polskiej" (postanowienie z [...] lutego 2005 r.). W dniu [...] grudnia 2003 r. sporządzono protokół na okoliczność złożenia opinii przez biegłego tłumacza z języka rosyjskiego, natomiast w dniu [...] kwietnia 2005 r. sporządzono protokół na okoliczność złożenia opinii przez biegłego grafologa. Powyższe dowodzi, w ocenie organu, że prowadzone postępowanie wymagało szeregu działań, w tym pozyskania dokumentów z różnych organów i instytucji. Z kolei uzyskane dokumenty i informacje wymagały czasochłonnej analizy. Okoliczności te świadczą o tym, iż "opóźnienie" w wydaniu decyzji przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. powstało z przyczyn niezależnych od organu. Organ odwoławczy stwierdził dodatkowo, że ewentualny zwrot odsetek mógłby nastąpić jako zwrot świadczenia nienależnego, o którym mowa w art. 410 § 2 Kodeksu cywilnego. W skardze do sądu administracyjnego podatnik zarzucił naruszenie: (1) art. 72 § 1 i 2 o.p. poprzez nieuzasadnione przyjęcie, że dokonana przez skarżącego wpłata w wysokości wyższej, niż należna, zaliczona przez organ podatkowy na poczet nienależnych odsetek za zwłokę, nie stanowi nadpłaty; (2) art. 74a o.p. poprzez nieuzasadnioną odmowę określenia nadpłaty w sytuacji, w której podatnik wpłacił tytułem zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę kwotę wyższą niż należna, nie kwestionując jednak istnienia, ani wysokości samej zaległości wynikającej z decyzji; (3) art. 127 w zw. z art. 229 w zw. z art. 233 § 2 o.p. poprzez naruszenie zasady dwuinstancyjności postępowania, polegające na przeprowadzeniu dopiero przez organ odwoławczy znacznej części postępowania dowodowego; (4) art. 180 w zw. z art. 122 w zw. z art. 187 o.p. poprzez: (a) zaniechanie podjęcia niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy, w szczególności poprzez zaniechanie przeprowadzenia dowodów na okoliczności istotne dla sprawy oraz uznanie za udowodnione tych okoliczności, mimo że faktycznie nie zostały udowodnione, (b) akceptację przez organ odwoławczy działania organu I instancji polegającego na poprzestaniu odebrania przez ten organ jedynie wyjaśnień dotyczących przebiegu postępowania przed Dyrektorem Urzędu Kontroli Skarbowej w B., podczas gdy obiektywnie możliwe i nieutrudnione było przeprowadzenie dowodu z dokumentów znajdujących się w aktach sprawy prowadzonej przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B.; (5) art. 121 § 1 o.p. poprzez prowadzenie postępowania w sposób naruszający zasadę budzenia zaufania podatnika do organów podatkowych, polegające w szczególności na zignorowaniu przez organ przytoczonych przez kontrolowanego stanowisk prezentowanych w orzecznictwie sądów administracyjnych wydanych w analogicznych sytuacjach oraz na wydaniu rozstrzygnięcia, z którego nie wynika, z jakich przyczyn organ podatkowy kwestionuje publicznoprawny charakter nadpłaconej kwoty; (6) art. 210 § 4 o.p. poprzez uzasadnienie zaskarżonej decyzji w sposób wadliwy i niepełny, niewskazujący argumentów przemawiających za zasadnością wydanego rozstrzygnięcia; (7) art. 124 o.p. poprzez zaniechanie sformułowania argumentów uzasadniających w sposób należyty odmowę stwierdzenia nadpłaty; (8) art. 54 § 1 pkt 7 w zw. z art. 54 § 2 o.p. poprzez nieuzasadnione przyjęcie, że przekroczenie trzymiesięcznego terminu na wydanie decyzji, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 o.p., zostało spowodowane przyczynami niezależnymi od organu. Wskazując na powyższe zarzuty skarżący wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w B. z [...] lutego 2012 r. w całości oraz zasądzenie od organu na rzecz skarżącego kosztów postępowania. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w B. wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko wyrażone w zaskarżonej decyzji. Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje: Skarga jest zasadna. W pierwszej kolejności należy wskazać, że we wniosku z 13 grudnia 2011 r. (wszczynającym kontrolowane postępowanie) złożonym do Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w B. podatnik wniósł o stwierdzenie nadpłaty w kwocie 123.006,09 zł tytułem nienależnie zapłaconych w dniach [...] sierpnia 2006 r. i [...] września 2006 r. odsetek od zaległości w podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r. Nie ulega zatem wątpliwości, że wniosek ten winien być potraktowany, jako wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Po rozpoznaniu przywołanego wniosku Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w B. wydał decyzją z 16 lutego 2012 r., w której zawarł zaś dwa rozstrzygnięcia. Otóż odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług oraz jednocześnie stwierdził brak istnienia przesłanek do nienaliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych wynikających z wydanej przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. decyzji z [...] czerwca 2005 r. i odmówił ich zwrotu. Uzasadnienie decyzji wskazuje, że pierwsze rozstrzygnięcie wynika ze stwierdzenia, że kwota zapłaconych odsetek od zaległości podatkowych nie może stanowić nadpłaty podatkowej, gdy nadpłaty nie stanowi kwota uiszczona na poczet zaległości podatkowej. Drugie rozstrzygnięcie wynika natomiast z oceny zasadności żądania podatnika odnośnie nienalicznia odsetek od zaległości w podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r. za okres prowadzenia postępowania przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. stosownie do art. 54 § 1 pkt 7 o.p., a w konsekwencji ich zwrotu. Decyzja ta została utrzymana w mocy przez Dyrektora Izby Skarbowej w B. z analogicznym uzasadnieniem. W kontrolowanej sprawie wydano zatem decyzje, w których z jednej strony organy stwierdziły, że wniosek podatnika nie może być rozpatrzony w trybie przewidzianym dla nadpłaty podatkowej, z drugiej strony oceniły zasadność tego wniosku (tj. wniosku o stwierdzenie nadpłaty), bez wyjaśnienia w jakim trybie ocena ta została dokonana. Postępowanie takie należy uznać za niedopuszczalne w świetle zasady legalizmu wyrażonej w art. 120 o.p., jak też zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych wynikającej z art. 121 § 1 o.p. Uznanie, że wniosek nie może być rozpoznany w trybie wskazanym przez podatnika oraz jednoczesne stwierdzenie, że jest on niezasadny powoduje, że strona uzyskuje dwie sprzeczne informacje. W konsekwencji, nie tylko nie sposób jest ustalić, jak zostało w istocie załatwione złożone podanie, ale utrudnia to też podjęcie przez stronę obrony przed działaniami organu, poprzez właściwe sformułowanie zarzutów odnośnie stanowiska organu. Kolejną kwestią wymagającą wyjaśnienia jest ustalenie, czy wniosek podatnika może być oceniony w trybie postępowania przewidzianego w o.p. dla nadpłaty podatkowej. Biorąc pod uwagę stanowisko organów, ocena taka jest niemożliwa, a podatnikowi pozostaje jedynie możliwość dochodzenia nadpłaconych (w jego ocenie) odsetek w ramach postępowania cywilnego, jako świadczenia nienależnego. Sąd stanowiska tego nie podziela. Zgodnie z art. 72 § 1 o.p. za nadpłatę uważa się kwotę: (1) nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku; (2) podatku pobraną przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej; 3) zobowiązania zapłaconego przez płatnika lub inkasenta, jeżeli w decyzji, o której mowa w art. 30 § 4, określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej; (4) zobowiązania zapłaconego przez osobę trzecią lub spadkobiercę, jeżeli w decyzji o ich odpowiedzialności podatkowej lub decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego spadkodawcy określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej. Stosownie do § 2 art. 72 o.p. jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę. Istota nadpłaty sprowadza się do tego, że podatnik płaci wówczas, gdy nie musi tego robić (nie istnieje obowiązek podatkowy), albo płaci za dużo (kwota podatku zapłaconego przewyższa kwotę należną. W obu przypadkach świadczenie podatnika dokonane na rzecz wierzyciela podatkowego przewyższa to, czego wymaga od niego przepis prawa. Ta nadwyżka świadczenia ponad obowiązkowe jest nadpłatą (por. wyrok WSA w Łodzi z 7 czerwca 2011 r., I SA/Łd 1322/10, LEX nr 821376). Wskazuje się przy tym, że przyczyną powstania nadpłaty musi być zawsze przekonanie podatnika, że to, co płaci, jest realizacją ciążącego na nim obowiązku podatkowego (por. wyrok WSA w Warszawie z 11 marca 2005 r., III SA/Wa 1140/04, LEX nr 251446). Zasadniczo nadpłatę stanowi kwota nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Przepis art. 72 § 2 o.p. wyjaśnia, że jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę. Odsetki za zwłokę są następstwem powstania zaległości podatkowej. Powstają one w sytuacji, gdy podatnik lub inny podmiot zobowiązany do świadczenia podatku (należności) nie uiści ich w terminie płatności. Odsetki od zaległości podatkowej nie są samodzielnym, oderwanym od zaległości podatkowej świadczeniem. Mają one charakter akcesoryjny w stosunku do należności głównej - zaległości podatkowej. Mogą powstać jedynie wówczas, gdy powstała sama zaległość. Wygaśnięcie zaległości w całości lub w części przesądza o wygaśnięciu odsetek za zwłokę (w całości lub w części) (por. wyrok WSA w Olsztynie z 20 maja 2009 r., I SA/Ol 302/09, LEX nr 546815). Zgodnie z zasadą wyrażoną w art. 53 § 3 o.p. odsetki za zwłokę nalicza podatnik, płatnik, inkasent, następca prawny lub osoba trzecia odpowiadająca za zaległości podatkowe, z zastrzeżeniem art. 53a, art. 62 § 4, art. 66 § 5, art. 67a § 1 pkt 1 lub 2 i art. 76a § 1. To zatem przede wszystkim podatnik jest zobowiązany do naliczenia odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych. Obowiązek ten spoczywa na organie podatkowym jedynie w ściśle określonych sytuacjach, nie występuje on w szczególności w przypadku wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego w trybie art. 21 § 3 o.p. Organ podatkowe wywodzą, że kwota odsetek stanowi nadpłatę jedynie wtedy, gdy nadpłatą jest odpowiadająca im należność główna. Zdaniem Sądu, niewątpliwie gdy występuje nadpłata podatku, nadpłatę stanowią również wpłacone z tego tytułu odsetki, jednakże występują również sytuacje, w których pomimo należnej zapłaty podatku, mamy do czynienia z nadpłaconymi lub nienależnie zapłaconymi odsetkami. Nie ma jakichkolwiek podstaw by sytuacje te różnicować, przyjmując, że nadpłacone lub nienależnie zapłacone odsetki od zaległości podatkowych stanowią nadpłatę, jedynie w razie nadpłacenia kwoty należności głównej. Skoro podatnik ma obowiązek zapłaty kwoty zaległości podatkowej i kwoty odsetek, przy naliczonych których winien kierować się m.in. zasadami opisanymi w przepisach art. 53 i art. 54 o.p., konsekwentnie w każdym przypadku zapłata tych kwot nienależnie lub w wysokości wyższej od należnej winna być one traktowana jako nadpłata. Nie ma przy tym znaczenia, że w danym przypadku podatnik nie kwestionuje istnienia, ani wysokości samej zaległości podatkowej. W niniejszej sprawie podatnik dokonując wpłaty na poczet odsetek od zaległości w podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r., przy ich wyliczeniu kierował się dyspozycją art. 31 ust. 1 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, który stanowił, że do postępowania kontrolnego nie stosuje się art. 54 o.p. Przepis ten wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10 został uznany za niezgodny z Konstytucja RP, w zakresie w jakim wyłącza stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 o.p. W konsekwencji zaistniała konieczność oceny, czy przy naliczeniu odsetek od zaległości w podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r. należało zastosować normę art. 54 § 1 pkt 7 o.p. Zdaniem Sądu ocena taka powinna być dokonana we wszczętym przez podatnika postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty. Podatnik bowiem naliczył i uiścił kwotę odsetek należnych od zaległości podatkowych kierując się obowiązującymi przepisami prawa, które następnie zostały uchylone. Organy uznając, że ocena taka jest niemożliwa naruszyły przepisy art. 72 § 1 i 2 o.p. Zdaniem Sądu przeszkody do orzeczenia o stwierdzeniu nadpłaty nie stanowi podniesiona na rozprawie kwestia wydania przez Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w B. postanowień o zarachowaniu dokonanych przez podatnika wpłat na poczet odsetek. W orzecznictwie ukształtowane jest bowiem stanowisko, że postanowienie takie jest aktem formalnym informującym jedynie o sposobie zaliczenia dokonanej wpłaty. Wyliczenie kwoty odsetek przez organ podatkowy nie jest przedmiotem postanowienia o którym mowa w art. 55 § 2 o.p., dotyczącego zaliczenia dokonanej wpłaty na poczet zaległości i odsetek (por. m.in. wyrok NSA z 13 marca 2009 r., II FSK 1823/07, LEX nr 575404; Wyrok NSA z 13 marca 2009 r., II FSK 1526/08, LEX nr 529311; wyrok WSA w Gdańsku z 17 czerwca 2010 r., I SA/Gd 390/10, LEX nr 585960; wyrok WSA w Krakowie z 18 maja 2010 r., LEX nr 673314). Organy obu instancji w wydanych decyzjach, pomimo zakwestionowania możliwość rozpoznania wniosku w trybie stwierdzenia nadpłaty, oceniły zasadność żądanego przez podatnika zwrotu odsetek za zwłokę naliczonych od zaległości w podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r. za okres od wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu kontroli skarbowej. Ocena ta musi być też zatem poddana kontroli Sądu. Analiza argumentów przedstawionych w tym zakresie przez organy podatkowe prowadzi do wniosku o naruszeniu art. 122 i art. 187 § 1 o.p., a w konsekwencji art. 54 § 2 o.p. Rozpoznanie żądania podatnika wymaga w szczególności ustalenia, czy w postępowaniu prowadzonym przez organ kontroli skarbowej dotyczącym podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r. zachodziły okoliczności wskazujące na wystąpienie przesłanki, o której mowa w art. 54 § 2 w zw. z art. 54 § 1 pkt 7 o.p, pozwalające na uznanie, że przekroczenie 3-miesięcznego okresu prowadzenia postępowania kontrolnego nastąpiło z przyczyn niezależnych od tego organu. Zgodnie z art. 54 § 1 pkt 7 o.p. odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu I instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Natomiast w art. 54 § 2 o.p. wskazano, że przepis przewidujący taki skutek nie ma zastosowania, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. W kontrolowanej sprawie organy uznając, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu kontroli skarbowej stwierdziły, że odsetki za zwłokę winny być naliczane także za okres trwania postępowania. W pierwszej kolejności należy wskazać, że Sąd podziela stanowisko odnośnie interpretacji art. 54 § 2 o.p. wyrażone w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 listopada 2009 r., II FSK 907/08 (LEX nr 576753). W orzeczeniu tym NSA stwierdził, że oceniając, czy przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu w rozumieniu art. 54 § 2 o.p., należy mieć na względzie złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, prawidłowe zorganizowanie postępowania, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych (np. wezwania świadków czy pozyskania informacji od innych organów). Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to uznać należy, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. W uzasadnieniu kontrolowanej decyzji organ ograniczył się stwierdzenia, że analizowana sprawa miała charakter skomplikowany i zawiły, wskazując na ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów oraz konieczność ich analizy. Zdaniem Sądu stwierdzenie, że sprawa ma charakter skomplikowany i wymagała przeprowadzenia wielu dowodów nie oznacza, że może być rozpoznawana w dowolnie długim terminie. Trzeba zauważyć, że postępowanie dotyczące podatku od towarów i usług za niektóre miesiące 2001 r. trwało aż ponad 26 miesięcy, zostało wszczęte postanowieniem z [...] marca 2003 r. (doręczonym [...] marca 2003 r.), a zakończone decyzją z [...] czerwca 2005 r. (doręczoną [...] czerwca 2005 r.). W tych okolicznościach ocenie organów winny podlegać także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania oraz prawidłowe zorganizowanie postępowania. Nawet jeżeli organ podejmuje wiele czynności w prowadzonym postępowaniu, muszą to być działania niezbędne, służące wyjaśnieniu sprawy, winny być też zaplanowane i przeprowadzone w taki sposób, aby całe postępowanie zakończyć w możliwie najkrótszym terminie. Jeżeli organ dokonujący oceny przesłanek z art. 54 § 2 o.p. ustali, że przy rozpoznawaniu sprawy nastąpiło wydłużenie terminu wynikające z uchybienia powyższym wymogom, nie ma podstaw do zastosowania wyjątku ustanowionego w tym przepisie. Pominięcie przez organy oceny tych okoliczności wskazuje na zaniechanie podjęcia niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i załatwienia sprawy, a przez to naruszenie wskazanych na wstępie przepisów. Organ winien odnieść się m.in. do wskazywanych przez podatnika "okresów bezczynności" w prowadzeniu postępowania przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B., jak też spóźnionego podejmowania czynności, które, zdaniem podatnika, mogły być dokonane znaczenie wcześniej. Należałoby także wyjaśnić, a czego brakuje w skarżonej decyzji, jakie znaczenie dla przedłużenia rozpoznania sprawy miało wskazywane prowadzenie przez Komenda Główna Policji CBŚ czynności dotyczących współpracy handlowej podatnika z podmiotami łotewskimi. Zasadny jest także podniesiony w skardze zarzut naruszenia art. 127 w związku z art. 229 i art. 233 § 2 o.p. Nie ulega wątpliwości, iż organ I instancji badając podatnika zwrotu odsetek oparł się wyłącznie na dwóch pismach wyjaśniających Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. (z [...] stycznia 2012 r. i [...] stycznia 2012 r.). Organ ten nie badał natomiast akt postępowania prowadzonego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. Z wnioskiem o wydanie tych akt wystąpił dopiero Dyrektor Izby Skarbowej w ramach postępowania odwoławczego. Zgodnie z art. 127 o.p. postępowanie podatkowe jest dwuinstancyjne. Przepis art. 229 o.p. stanowi, że organ odwoławczy może przeprowadzić, na żądanie strony lub z urzędu, dodatkowe postępowanie w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie albo zlecić przeprowadzenie tego postępowania organowi, który wydał decyzję. Jeżeli natomiast rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, organ odwoławczy może - stosowanie do art. 233 § 2 o.p. - uchylić w całości organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ. Niewątpliwie analiza treści akt postępowania Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. ma zasadnicze znaczenie dla podjęcia rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie, stąd nie można uznać, iż dowód ten ma jedynie znaczenie pomocnicze. Tymczasem w kontrolowanej sprawie ten zasadniczy dowód został przeprowadzony dopiero na etapie postępowania odwoławczego. Nie znajduje zatem uzasadnienia stwierdzenie, że postępowanie dowodowe organu II instancji miało jedynie charakter dodatkowy, uzupełniający wobec postępowania wyjaśniającego organu I instancji. W istocie podatnika pozbawiono w ten sposób prawa do dwukrotnego rozpoznania jego sprawy. Stwierdzone w sprawie naruszenia przepisów postępowania i przepisów prawa materialnego musiały skutkować uchyleniem decyzji organów obu instancji stosownie do postanowień art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm.). Na mocy art. 152 ww. ustawy orzeczono, że uchylone decyzje nie podlegają wykonaniu w całości do czasu uprawomocnienia się wyroku, orzeczenie o kosztach postępowania Sąd oparł na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 i 3 ww. ustawy oraz § 14 ust. 2 pkt 1 lit. a i § 6 pkt 5 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego ustanowionego z urzędu (Dz. U. Nr 163, poz. 1349 ze zm.). Rozpoznając ponownie sprawę organ winien uwzględnić dokonaną przez Sąd ocenę prawną sprawy. W szczególności należy rozpoznać wniosek podatnika o stwierdzenie nadpłaty, dokonując pełnej oceny zaistnienia przesłanek z art. 54 § 2 o.p.