I SA/Gd 473/25

WyrokWSA w Gdańsku2025-08-19

Skład orzekający: Małgorzata Gorzeń, Sławomir Kozik, Alicja Stępień

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy organ podatkowy jest zobowiązany do wszczęcia postępowania podatkowego na wniosek strony w celu ustalenia zobowiązania podatkowego w VAT za przeszły okres, jeśli stan faktyczny uległ zmianie po zakończeniu kontroli celno-skarbowej i złożeniu korekty deklaracji uwzględniającej ustalenia kontroli?
Ratio decidendi
Organ podatkowy nie jest zobowiązany do wszczęcia postępowania podatkowego na wniosek strony w celu ustalenia zobowiązania podatkowego w VAT za przeszły okres, jeśli postępowanie takie może być wszczęte wyłącznie z urzędu. Przepisy Ordynacji podatkowej (art. 21 § 3 i art. 99 ust. 12 ustawy o VAT) wskazują, że postępowanie wymiarowe w zakresie weryfikacji samoobliczenia podatnika może być wszczęte wyłącznie z urzędu, a nie na żądanie strony. Ponadto, złożenie korekty deklaracji uwzględniającej ustalenia kontroli celno-skarbowej, zgodnie z przepisami ustawy o KAS (art. 83 ust. 1c), czyni taką korektę trwałą i uniemożliwia podważanie ustaleń kontroli w postępowaniu wymiarowym.
Stan faktyczny
Skarżąca G. S. wniosła o wszczęcie postępowania podatkowego w celu ustalenia zobowiązania podatkowego w VAT za marzec 2020 roku, powołując się na istotną zmianę stanu faktycznego po zakończeniu kontroli celno-skarbowej. Naczelnik Urzędu Skarbowego oraz Dyrektor Izby Administracji Skarbowej odmówili wszczęcia postępowania, uznając, że postępowanie takie może być wszczęte jedynie z urzędu, a złożona korekta deklaracji uwzględniająca ustalenia kontroli jest nieodwracalna. Skarżąca zaskarżyła postanowienie Dyrektora do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku, zarzucając naruszenie przepisów proceduralnych i materialnych.
Rozstrzygnięcie
Oddalono skargę.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Małgorzata Gorzeń, Sędziowie Sędzia NSA Sławomir Kozik (spr.), Sędzia NSA Alicja Stępień, , po rozpoznaniu w Wydziale I w trybie uproszczonym w dniu 19 sierpnia 2025 r. sprawy ze skargi G. S. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku z dnia 28 kwietnia 2025 r., nr 2201-IOV-2.4103.32.2025/20/04 w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania oddala skargę. Zaskarżonym postanowieniem z 28 kwietnia 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku (dalej: Dyrektor), działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 oraz art. 220 § 2 w związku z art. 239 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tj. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.) – dalej: "O.p." po rozpatrzeniu zażalenia G. S. (dalej: Stroma lub Skarżąca) z 11 lutego 2025 r. (uzupełnionego pismem z 13 marca 2025 r.), na postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w Chojnicach (dalej: Naczelnik) z 29 stycznia 2025 r. nr 2203-SPO.4103.8.2025 w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie podatku od towarów i usług za marzec 2020 roku, utrzymał w mocy ww. postanowienie organu pierwszej instancji. Powyższe postanowienia wydano w następującym stanie faktycznym sprawy: Naczelnik Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni na podstawie upoważnienia z 25 czerwca 2020 r. przeprowadził wobec Strony kontrolę celno-skarbową zakończoną wynikiem kontroli z 20 lipca 2021 r. W wyniku kontroli wskazano nieprawidłowości związane z nabyciem przez Stronę modułów hotelowych od S., które nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, a które skutkowały zawyżeniem podatku naliczonego za marzec 2020 roku. W dniu 9 sierpnia 2021 r. Strona złożyła korektę deklaracji VAT-7 za marzec 2020 roku, która uwzględniała ustalenia dokonane w toku kontroli celno-skarbowej. Dnia 16 października 2023 r. Strona złożyła do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczącej kwestii prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury zakwestionowanej w wyniku kontroli celno-skarbowej. Natomiast zadane we wniosku pytania dotyczyły też możliwości wszczęcia postępowania podatkowego w przedmiocie ustalenia prawa do odliczenia podatku naliczonego oraz uprawnienia do złożenia korekty odwracającej w związku ze zmianą stanu faktycznego po zakończeniu kontroli celno-skarbowej. Wskazany organ postanowieniem z 11 grudnia 2023 r. nr 0114-KDIP1-2.4012.488.2023.1.AGM odmówił wszczęcia postępowania w sprawie wskazując, że udzielenie odpowiedzi na pytania Strony wymagałoby przeprowadzenia postępowania dowodowego co wykraczałoby poza postępowanie interpretacyjne. Po rozpatrzeniu zażalenia Strony postanowieniem z 1 lutego 2024 r. nr 0114-KIDP1-2.4012.488.2023.3.AGM/EW utrzymał w mocy zaskarżone rozstrzygnięcie, a skarga Strony została oddalona wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z 11 września 2024 r., o sygn. akt I SA/GI 360/24. Pismem z 2 stycznia 2025 roku Strona wystąpiła do Naczelnika z żądaniem wszczęcia postępowania podatkowego mającego na celu ustalenie zobowiązania podatkowego - nadwyżki zapłaconego podatku w podatku od towarów i usług za marzec 2020 roku w kwocie 18.367.040,- zł. z uwagi na istotną zmianę stanu faktycznego. W uzasadnieniu żądania wskazano, że po zakończeniu kontroli celno-skarbowej w związku z zakupem nieruchomości na wyspach Turks i Caicos, przebudową modułów hotelowych oraz wyeksportowania ich na ww. wyspy zmianie uległ stan faktyczny, a w konsekwencji stan prawny. Strona powołała się przy tym na art. 254 O.p. dopuszczający zmianę decyzji ostatecznej wskutek zmiany okoliczności faktycznych. Postanowieniem z 29 stycznia 2025 r. Naczelnik odmówił Stronie wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie podatku od towarów i usług za marzec 2020 roku. W jego ocenie postępowanie nie może być wszczęte z uwagi na istnienie szczególnych regulacji zawartych w art. 82 i 83 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j. Dz. U. z 2023 r., poz. 615 ze zm.) - dalej zwaną ustawą o KAS, które uniemożliwiają wszczęcie postępowania w przypadku złożenia przez Stronę korekt uwzględniających ustalenia kontroli celno-skarbowej. Dodatkowo wskazano, że pismo Strony może być odczytane jako wniosek o stwierdzenie nadpłaty, który nie może być rozpoznany ze względu na brak uprawnienia do złożenia korekty deklaracji za marzec 2020 roku. Wskazano również, że obowiązek wszczęcia postępowania nie wynika również ani z postanowień DKIS z 11 grudnia 2023 r. oraz 1 lutego 2024 r. ani z wyroku WSA w Gliwicach. Wskazano w nich tylko, że udzielenie odpowiedzi na pytanie Strony wymagałoby przeprowadzenia postępowania dowodowego, co wykraczałoby poza postępowanie interpretacyjne, a sam przedstawiony stan przyszły dotyczy stanu faktycznego, w ramach którego doszło od władczego ukształtowania sytuacji prawnej Strony. Ponadto podkreślono że art. 254 O.p., na który powołano się w żądaniu, dotyczy wyłącznie postępowań zakończonych decyzją ostateczną, a nie kontrolą celno-skarbową. W zażaleniu z 11 lutego 2025 r., uzupełnionym pismem z 13 marca 2025 r. Strona wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz wszczęcie postępowania celem merytorycznego rozpatrzenia sprawy, zgodnie z pierwotnym żądaniem. Zaskarżonemu postanowieniu zarzuciła naruszenie prawa poprzez odmowę wszczęcia postępowania podatkowego na podstawie art. 165a O.p. Dyrektor postanowieniem z 28 kwietnia 2025 r. utrzymał w mocy zaskarżone postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania. W uzasadnieniu powołując się na przepisy art. 165 § 1-5 i art. 165a § 1 O.p. wskazał, że pismem z 2 stycznia 2025 roku Strona zażądała wszczęcia postępowania wymiarowego mającego na celu ustalenia zobowiązania podatkowego - nadwyżki zapłaconego podatku w podatku od towarów i usług za okres marzec 2020 roku. Uprawnienie dla organu podatkowego do wszczęcia postępowania mającego na celu weryfikację dokonanego przez Podatnika samoobliczenia wynika wprost z art. 21 § 3 O.p. Ponadto wskazując na art. 99 ust. 12 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2020 r. poz. 106 ze zm.) wskazał, że z powyższych przepisów nie można wywodzić obowiązku organu podatkowego do prowadzenia postępowania wymiarowego na żądanie strony. Wynika z nich natomiast, że może być ono wszczęte wyłącznie z urzędu. Dyrektor przypomniał, że organ podatkowy podejmuje postępowania tam, gdzie podatnik nie złożył rozliczenia, albo gdzie zachodzi przypuszczenie nieprawidłowego rozliczenia podatku. Jednakże w zakresie tym nie można mówić o prawnie określonym obowiązku prowadzenia postępowania. Tym bardziej nie można z tego przepisu wywieść kompetencji strony do zainicjowania postępowania podatkowego zmierzającego do wymiaru zobowiązania powstającego z mocy prawa, skoro trybem jego określenia jest samoobliczenie. Postępowanie podatkowe zmierzające do weryfikacji rozliczenia podatnika może być wszczęte jedynie z urzędu, więc Strona nie mogła ani zainicjować ani też uruchomić tego postępowania. Tym samym w sprawie zachodzi przesłanka, wynikająca z art. 165a § 1 O.p., tj. postępowanie nie może być wszczęte "z innych przyczyn". Na przeszkodzie zainicjowania go na wniosek Strony stoi bowiem przedstawiona powyżej wykładnia przepisów art. 21 § 3 O.p. oraz 99 ust. 12 ustawy o VAT. Dyrektor wyjaśnił, że przed nowelizacją przepisów ustawy o KAS podatnik, który otrzymał wynik kontroli celno-skarbowej, mógł albo wejść w spór z naczelnikiem urzędu celno-skarbowego, albo zakończyć spór podatkowy poprzez złożenie korekty deklaracji podatkowej w terminie 14 dni od daty doręczenia wyniku. Dokonana w tym trybie i terminie korekta nie zamykała jednak całkowicie drogi do kolejnej korekty deklaracji, w tym także takiej, która zmieniała zaakceptowane wcześniej ustalenia kontroli celno-skarbowej. Na skutek nowelizacji i wejścia w życie przepisu art. 83 ust. 1c ustawy o KAS od 2 stycznia 2019 r. korekta cofająca ustalenia kontroli celno-skarbowej, poza pewnymi wyjątkami, nie jest już możliwa. Zgodnie ze zdaniem pierwszym art. 83 ust. 1c ustawy o KAS ponowne skorygowanie deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej nie wywołuje skutków prawnych w zakresie, w jakim dokonana korekta przewiduje cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej. Z kolei w przypadku złożenia korekty cofającej ustalenia kontroli celno-skarbowej - organ zawiadamia pisemnie składającego korektę o jej bezskuteczności (zdanie drugie art. 83 ust. 1c ustawy o KAS). Podkreślono, że nowa regulacja dając podatnikowi możliwość wyboru, czy dokonać korekty deklaracji, czy wdać się w spór z organami podatkowymi jednocześnie miała na celu spowodowanie aby podatnik był konsekwentny w swoim wyborze. Przenosząc powyższe do stanu faktycznego w niniejszej sprawie Dyrektor wskazał, że Strona po otrzymaniu wyniku kontroli celno-skarbowej dokonała korekty deklaracji VAT-7 za marzec 2020 roku zgodnie z ustaleniami kontroli i wpłaciła należny podatek. Tym samym zrezygnowała z możliwości ponownego badania prawidłowości rozliczenia w postępowaniu podatkowym. Przy czym w niniejszej sprawie nie zachodziła żadna z przesłanek zawartych w art. 83 ust. 1d ustawy o KAS. Wobec tego Dyrektor zgodził się z Naczelnikiem, że postępowanie wymiarowe w zakresie objętym żądaniem Strony nie mogło być wszczęte. Nie istnieje bowiem prawna możliwość ponownego badania rozliczenia podatkowego Strony w postępowaniu podatkowym. Korekta deklaracji dokonana w trybie art. 82 ust. 3 ustawy o KAS po otrzymaniu wyniku kontroli ma charakter trwały i nieodwracalny. Uniemożliwia również podważanie ustaleń dokonanych w wyniku kontroli celno-skarbowej w postępowaniu wymiarowym. Dyrektor wskazał, że podstawy do wszczęcia postępowania nie może stanowić art. 254 § 1 O.p., gdyż zawarta w nim procedura dotyczy wyłącznie postępowań zakończonych decyzją ostateczną. Nie może mieć ona więc zastosowania do postępowań zakończonych wynikiem kontroli. W ocenie Dyrektora bezzasadne są twierdzenia Strony, że konieczność wszczęcia postępowania wynika wprost z uzasadnienia wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z 11 września 2024 r., sygn. akt I SA/GI 360/24. We wskazanym orzeczeniu Sąd wskazuje tylko na okoliczności uzasadniające oddalenie skargi na postanowienie DKIS. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Skarżąca zaskarżyła ww. postanowienie w całości, podnosząc zarzut naruszenie przepisów postępowania mającego istotny wpływ na wynik sprawy, tj.: art. 233 § 1 pkt 1 i 2 w zw. z art. 239 O.p. poprzez utrzymanie w mocy postanowienia Organu I instancji w sprawie odmowy wszczęcia postępowania podatkowego - podczas gdy Organ powinien uchylić to postanowienie w całości; art. 165 § 1 O.p. poprzez uznanie, iż w sprawie z wniosku o wszczęcie postępowania podatkowego złożonego przez Skarżącą do Organu I instancji, postępowanie nie powinno zostać wszczęte - podczas gdy postępowanie w przedmiotowej sprawie powinno zostać wszczęte, art. 21 § 3 O.p. poprzez brak zastosowania wskazanego przepisu - podczas gdy Organ powinien był przeprowadzić postępowanie podatkowe, w rezultacie którego wysokość zobowiązania podatkowego zostałaby określona w innej wysokości niż wykazana przez Skarżącą w deklaracji, art. 254 § 1 O.p. poprzez uznanie, że wysokość zobowiązania podatkowego określona w postępowaniu zakończonym wynikiem kontroli nie może ulec zmianie - podczas gdy należało uznać, że skoro wysokość zobowiązania podatkowego określona w postępowaniu podatkowym w drodze decyzji ostatecznej może być zmieniona przez organ podatkowy, to tym bardziej powinna istnieć taka możliwość w przypadku postępowania zakończonego wynikiem kontroli, art. 165a § 1 O.p. poprzez błędną interpretację zapisu "z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte", iż stanowi podstawę do odmowy wszczęcia postępowania, art. 165b § 3 pkt 2 O.p. poprzez brak wszczęcia postępowania w sytuacji przedstawionej przez Skarżącą, pomimo powzięcia informacji o nowych okolicznościach faktycznych, jakie zaistniały w sprawie - podczas gdy Organ (podobnie jak Organ I instancji), powziąwszy informację o tych okolicznościach, powinien odpowiednio wszcząć postępowanie, art. 217 § 1 pkt 4 O.p. poprzez brak powołania przez Organ podstawy prawnej uzasadniającej odmowę wszczęcia postępowania z wniosku złożonego przez Skarżącą do Organu I instancji, art. 99 ust. 12 o podatku od towarów i usług poprzez błędne przywołanie wskazanej regulacji jako podstawy prawnej uzasadniającej odmowę wszczęcia postępowania z wniosku złożonego przez Skarżącą do Organu I instancji. Mając na względzie postawione zarzuty, Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego je postanowienia i zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania według norm przepisanych. W odpowiedzi na skargę Dyrektor podtrzymał dotychczasowe stanowisko w sprawie i wniósł o oddalenie skargi. Skarżąca w piśmie z 23 lipca 2025 r. podtrzymała swoje stanowisko, wnosząc i wywodząc jak we wniesionej skardze. Podkreślała, że przepis art. 165 § 5 pkt 1 O.p. może mieć zastosowanie do spraw, w których nie ustalono bezspornie staniu faktycznego. Natomiast zamiana stanu faktycznego nie została zakwestionowana przez organy. Dlatego też w jej ocenie organ był obowiązany do wszczęcia i przeprowadzenia postępowania podatkowego, celem ustalenia nowego stanu faktycznego i określenia jego konsekwencji prawnopodatkowych. Skoro organ powziął informację, że stan faktyczny w sprawie uległ zmianie, to powinien on – jeśli nie na wniosek Skarżącej – z urzędu wszcząć takie postępowanie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje: Skarga podlega oddaleniu, gdyż zaskarżone postanowienia nie naruszają prawa w stopniu nakazującym ich uchylenie. Istota sporu sprowadza się do rozstrzygnięcia, czy zasadnie Dyrektor utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie podatku od towarów i usług za marzec 2020 roku. Zgodnie z art. 165 § 1 O.p. postępowanie podatkowe wszczyna się na żądanie strony lub z urzędu). Stosownie do art. 165a § 1 O.p. gdy żądanie, o którym mowa w art. 165, zostało wniesione przez osobę niebędącą stroną lub z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wydaje postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania. Przepis art. 165 § 9 stosuje się odpowiednio. W niniejszej sprawie podstawę odmowy wszczęcia postępowania stanowiło stwierdzenie, że zaistniały "inne przyczyny" uniemożliwiające wszczęcie postępowania. Istnienie tej przesłanki powinno być badane przede wszystkim w odniesieniu do kompetencji organu a w szczególności do tego, czy organ posiada uprawnienie do wszczęcia danego postępowania (tj. czy przepis prawa upoważnia organ do wydawania wiążącego rozstrzygnięcia w danej sprawie). Jednocześnie czynnością poprzedzającą wydanie rozstrzygnięcia każdorazowo powinna być ocena treści żądania. Sąd podziela przywołane w zaskarżonym postanowieniu stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego, zgodnie z którym wyrażenie "nie może być wszczęte" należy odnieść do sytuacji, gdy wszczęciu postępowania podatkowego stoi na przeszkodzie przepis prawa bądź poszczególne przepisy, których wykładnia uniemożliwia prowadzenie tego postępowania i rozpatrzenia treści żądania w sposób merytoryczny. W takim przypadku organ podatkowy w podstawie prawnej swego rozstrzygnięcia (art. 217 § 1 pkt 4 Ordynacji podatkowej) nie może wskazać żadnego przepisu prawa materialnego (skoro nie mógł rozpoznać sprawy merytorycznie z uwagi na stwierdzoną przeszkodę), lecz w uzasadnieniu swojego orzeczenia winien określić te przepisy prawa, których wykładnia uniemożliwia prowadzenie postępowania, o którego wszczęcie wnosiła strona (wyrok NSA z 18 stycznia 2022 r., sygn. akt II FSK 1175/19). Przenosząc powyższe uwagi do stanu faktycznego niniejszej sprawy należy zgodzić się z organami, że postępowanie w zakresie zawartym w żądaniu Strony nie może być skuteczne zainicjowane ze względu na istnienie szczególnych przepisów, których wykładnia uniemożliwia w zaistniałym stanie faktycznym wszczęcie postępowania na wniosek. Należy przypomnieć, że Strona Skarżąca zażądała wszczęcia postępowania wymiarowego mającego na celu ustalenia zobowiązania podatkowego - nadwyżki zapłaconego podatku w podatku od towarów i usług za okres marzec 2020 roku. Zaznaczyć należy, że uprawnienie dla organu podatkowego do wszczęcia postępowania mającego na celu weryfikację dokonanego przez Podatnika samoobliczenia wynika z art. 21 § 3 O.p. i art. 99 ust. 12 ustawy o podatku od towarów i usług. Zgodnie z art. 21 § 3 O.p. jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, albo powstałego zobowiązania nie wykazano, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego. Ponadto stosowanie do art. 99 ust. 12 ustawy o podatku od towarów i usług, zobowiązanie podatkowe, kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że organ podatkowy określi je w innej wysokości. Z powyższych przepisów nie można więc wywodzić obowiązku organu podatkowego do prowadzenia postępowania wymiarowego na żądanie strony. Wynika z nich natomiast, że może być ono wszczęte wyłącznie z urzędu. Mając na uwadze powyższe należało uznać zarzut Skarżącej, dotyczący błędnej wykładni art. 165a § 1 O.p., w tym w szczególności wyrażenia "nie może być wszczęte", za bezzasadny, gdyż na przeszkodzie wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie podatku od towarów i usług na wniosek Skarżącej stoi treść art. 21 § 3 oraz art. 99 ust. 12 ustawy o VAT. Z powyższych przepisów wynika wprost, że postępowanie wymiarowe we wskazanym we wniosku zakresie mogłoby być wszczęte wyłącznie z urzędu. Jeżeli więc organ podatkowy może podjąć postępowania w sytuacji, gdy podatnik nie złożył rozliczenia, albo gdy zachodzi przypuszczenie nieprawidłowego rozliczenia podatku. Rację mają zatem organy, że w świetle powołanych przepisów, Strona nie może skutecznie zainicjować postępowania podatkowego zmierzającego do wymiaru zobowiązania powstającego z mocy prawa, skoro trybem jego określenia jest samoobliczenie. Zatem skoro postępowanie podatkowe zmierzające do weryfikacji rozliczenia podatnika może być wszczęte jedynie z urzędu, to jak słusznie przyjęły organy podatkowe obu instancji, Skarżąca takiego postępowania nie mogła ani zainicjować ani też uruchomić (tak też WSA w Gdańsku w wyroku I SA/Gd 23/24 z 10 kwietnia 2024 r.). Bezzasadny jest zarzut Skarżącej odnośnie naruszenia art. 99 ust. 12 ustawy o VAT, poprzez błędne przywołanie wskazanej regulacji jako podstawy prawnej uzasadniającej odmowę wszczęcia postępowania z wniosku złożonego do organu pierwszej instancji. Z powyższego bowiem przepisu wprost wynika wyłączne uprawnienie organu podatkowego do określenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług w innej wysokości niż wynika to z deklaracji podatkowej. Kolejno odnosząc się do zarzutu naruszenia przepisu art. 254 § 1 O.p., który zdaniem Skarżącej stanowi podstawą do wszczęcia postępowania, zaakcentować należy, że wskazany przepis stanowi, że: decyzja ostateczna, ustalająca lub określająca wysokość zobowiązania podatkowego na dany okres, może być zmieniona przez organ podatkowy, który ją wydał, jeżeli po jej doręczeniu nastąpiła zmiana okoliczności faktycznych mających wpływ na ustalenie lub określenie wysokości zobowiązania, a skutki wystąpienia tych okoliczności zostały uregulowane w przepisach prawa podatkowego obowiązujących w dniu wydania decyzji. Z treści tego przepisu wynika, że powyższa procedura dotyczy wyłącznie postępowań zakończonych decyzją ostateczną. Oznacza to, że nie ma ona zastosowania do postępowań zakończonych wynikiem kontroli, które nie mają charakteru decyzji. Stanowisko to znajduję aprobatę w orzecznictwie. Naczelny Sąd Administracyjny w wyrok z 18 stycznia 2022 r., sygn. akt II FSK 1175/19 skonstatował, że wynik kontroli stanowi czynność, która nie kształtuje praw i obowiązków strony, a jedynie stanowi środek dowodowy, który może być wykorzystany w innym postępowaniu, a ustalenia w nim zawarte mogą być kwestionowane przez stronę w toku ewentualnego postępowania podatkowego. Mając na uwadze powyższe, przepis na który powołuje się Skarżąca, nie mógł mieć w żaden sposób zastosowania w niniejszej sprawie. W sprawie nie doszło także do naruszenia art. 165b § 3 pkt 2 O.p. poprzez brak wszczęcia postępowania, pomimo powzięcia informacji o nowych okolicznościach faktycznych, jakie zaistniały w sprawie. Zgodnie z art. 165b O.p.: § 1. W przypadku ujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości co do wywiązywania się przez kontrolowanego z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego oraz niezłożenia przez podatnika deklaracji lub niedokonania przez niego korekty deklaracji w całości uwzględniającej ujawnione nieprawidłowości, organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej, nie później niż w terminie 6 miesięcy od zakończenia kontroli. § 2 tego ww. artykułu stanowi, że przepisu § 1 nie stosuje się w przypadku, gdy złożone przez kontrolowanego wyjaśnienia lub zastrzeżenia do protokołu kontroli zostały w całości uwzględnione przez kontrolujących. Jak wynika z § 3 art. 165b O.p., w przypadku, o którym mowa w § 1, postępowanie podatkowe może być wszczęte także po upływie 6 miesięcy od zakończenia kontroli podatkowej, jeżeli: 1) podatnik dokona ponownej korekty deklaracji, w której nie zostaną uwzględnione nieprawidłowości ujawnione w kontroli podatkowej; 2) organ podatkowy otrzyma informacje od organów podatkowych lub od innych organów, uzasadniające wszczęcie postępowania podatkowego. Z powyższego wynika więc wprost, że zawarte w nim regulacje dotyczą wyłącznie wszczęcia postępowania podatkowego po zakończeniu kontroli podatkowej. Nie ma on więc zastosowania w niniejszej sprawie biorąc pod uwagę, że wobec Skarżącej była prowadzona kontrola celno-skarbowa zakończona wynikiem kontroli i złożeniem przez nią korekty uwzględniającej zawarte w nim ustalenia. Rację mają organy, że w takim przypadku w niniejszej sprawie mają zastosowanie regulacje szczególne zawarte w art. 83 ustawy o KAS, które uniemożliwiają wszczęcie postępowania w przypadku złożenia korekty uwzględniającej ustalenia zawarte w wyniku kontroli. Jednocześnie nie przewidziano w tych przepisach również wszczęcia postępowania podatkowego na wniosek podatnika w przypadku pojawienia się nowych okoliczności w sprawie. Całkowicie bezzasadny jest zarzut dotyczący naruszenia art. 217 § 1 pkt 4 O.p. przez brak powołania podstawy prawnej uzasadniającej odmowę wszczęcia postępowania na wniosek Skarżącej, gdyż w postanowieniu wyraźnie wskazano, że podstawą odmowy wszczęcia postępowania był art. 165a O.p. Wskazano również, że na przeszkodzie wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie podatku od towarów i usług stoi przedstawiona w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia wykładnia przepisów art. 21 § 3 O.p. oraz art. 99 ust. 12 ustawy o VAT. Ponadto w samym uzasadnieniu postanowienia szeroko odniesiono się do zarzutów Skarżącej zawartych w samym zażaleniu. Sąd stwierdza, że ocena zaistniałych w sprawie okoliczności została dokonana zgodnie z regułami określonymi w Ordynacji podatkowej. Nie doszło do naruszenia przepisów wymienione w skardze. Sąd kontrolując zaskarżone postanowienie nie stwierdził też innych naruszeń z urzędu. Mając powyższe na uwadze, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tj.: Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.), skargę oddalił.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 20.07.2026. · Źródło