I SA/Kr 61/21
WyrokWSA w Krakowie2021-10-06
Skład orzekający: Wiesław Kuśnierz, Inga Gołowska, Waldemar Michaldo
Analiza orzeczenia
Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.
Zagadnienie prawne
Czy Uniwersytet Jagielloński, zwracając środki pieniężne stanowiące równowartość podatku VAT, który stał się kosztem niekwalifikowalnym w projekcie, powinien zwrócić je wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych?Ratio decidendi
Sąd uznał, że Uniwersytet Jagielloński, zwracając środki pieniężne stanowiące równowartość podatku VAT, który stał się kosztem niekwalifikowalnym w projekcie, powinien zwrócić je wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych. Obowiązek ten wynika z naruszenia procedur określonych w umowie o dofinansowanie oraz przepisów ustawy o finansach publicznych, a także z faktu, że zwiększenie wskaźnika proporcji odliczenia VAT oznaczało możliwość odzyskania przez beneficjenta większej kwoty podatku od państwa, co z kolei zmniejszało kwalifikowalność wydatków w projekcie i rodziło obowiązek zwrotu środków wraz z odsetkami.Stan faktyczny
Uniwersytet Jagielloński otrzymał dofinansowanie na projekt. W związku ze zmianą prewspółczynnika VAT za rok 2019, Uniwersytet miał możliwość odzyskania większej kwoty podatku VAT niż pierwotnie prognozowano, co skutkowało zmniejszeniem kwalifikowalności wydatków w projekcie. Instytucja Zarządzająca RPO WM wezwała Uniwersytet do zwrotu części dofinansowania wraz z odsetkami. Uniwersytet zwrócił należność główną, ale odmówił zapłaty odsetek, kwestionując ich naliczenie. Po bezskutecznym wezwaniu, Zarząd Województwa Małopolskiego wydał decyzję zobowiązującą do zwrotu pozostałej kwoty wraz z odsetkami. Uniwersytet zaskarżył tę decyzję do WSA w Krakowie, zarzucając naruszenie przepisów proceduralnych i materialnych.Rozstrzygnięcie
Oddalono skargę Uniwersytetu Jagiellońskiego.Pełny tekst orzeczenia
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie: Przewodniczący: Sędzia WSA Wiesław Kuśnierz Sędziowie: WSA Inga Gołowska WSA Waldemar Michaldo (spr.) po rozpoznaniu w dniu 6 października 2021 r. na posiedzeniu niejawnym sprawy ze skargi Uniwersytetu Jagiellońskiego z siedzibą w Krakowie na decyzję Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 19 listopada 2020 r. nr FE-I.3160.15.2020 w przedmiocie zwrotu części dofinansowania skargę oddala.
W dniu 23 czerwca 2017 r. pomiędzy Zarządem Województwa Małopolskiego, tj. Instytucją Zarządzającą Regionalnym Programem Operacyjnym Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020 (dalej: IZ RPO WM), a Uniwersytetem Jagiellońskim (dalej: Beneficjent) została zawarta Umowa nr RPMP.06.02.00-12-0336/16-00-XVII/76/FE/17 o dofinansowanie projektu pn. "Przebudowa i rozbudowa szklarni nr 5 i zimownika stanowiącej część kompleksu szklarni "Victoria" w Ogrodzie Botanicznym UJ" w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020, Oś Priorytetowa 6 Dziedzictwo regionalne, Działanie 6.2 Ochrona różnorodności biologicznej.
W dniach 5-6 marca 2020 r. została przeprowadzona przez IZ RPO WM kontrola na zakończenie realizacji ww. projektu. W przesłanej Beneficjentowi Informacji pokontrolnej z dnia 2 kwietnia 2020 r. znak: FE-V.44.26.2020, w części dot. weryfikacji projektu pod kątem kwalifikowalności podatku VAT ustalono, że: "Projekt służy zarówno działalności edukacyjnej ale wykorzystywany jest również do działalności opodatkowanej. W związku z powyższym istnieje prawna możliwość częściowego odzyskania podatku VAT w projekcie. Zgodnie z dyspozycją zawartą w art. 86 ust. 2a ustawy o podatku od towarów i usług w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej działalności jak i do innych celów, w przypadku gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej zwanej sposobem określenia proporcji. Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Uniwersytet Jagielloński przyjmuje strukturę sprzedaży na takim samym poziomie dla całej uczelni. W przypadku projektów łączących elementy działalności edukacyjnej, jak i dotyczące sprzedaży opodatkowanej, które realizowane są przez podstawowe jednostki organizacyjne w rozumieniu statutu uczelni (Wydziały) stosowany jest współczynnik sprzedaży. Uniwersytet Jagielloński przygotowując wnioski o płatność określał kwalifikowalność podatku VAT wg proporcji obowiązującej w danym roku realizacji projektu. W roku 2016 prewspółczynnik wynosił 2,21%, w 2018 roku 2,52%, a w 2019 roku prognozowany prewspółczynnik przyjęty do rozliczania projektu wynosił 3,60%. Zgodnie z informacją przesłaną w Systemie SL2014 w dniu 25.02.2020 roku pn. Korekta podatku VAT beneficjent poinformował IZ RPO WM, iż nastąpiła zmiana prewspółczynnika VAT w roku 2019. Na podstawie wyliczeń Beneficjenta rzeczywisty prewspółczynnik za 2019 rok wyniósł 3,90%. W związku z powyższym Beneficjent nabył prawną możliwość odliczenia większej wartości podatku VAT niż wcześniej prognozował, a tym samym powstała konieczność ponownego przeliczenia wysokości podatku VAT kwalifikowanego w projekcie."
Informacja pokontrolna została podpisana przez Beneficjenta bez zastrzeżeń i odesłana w dniu 9 kwietnia 2020 r. wraz z podpisami elektronicznymi do IZ RPO WM.
Pismem z dnia 18 czerwca 2020 r. znak: FE-IV.433.45.2017 Zarząd Województwa Małopolskiego wezwał Beneficjenta na podstawie art. 207 ust. 8 w związku z ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 869 ze zm.) do zwrotu dofinansowania w łącznej kwocie 5.779,91 zł, w terminie 14 dni od daty doręczenia wezwania, w tym:
1) 157,59 zł wypłaconych ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 5 grudnia 2017 r., do dnia dokonania zwrotu,
2) 2 449,78 zł wypłaconych ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 21 sierpnia 2018 r., do dnia dokonania zwrotu,
3) 9,26 zł wypłaconych ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 10 października 2018 r., do dnia dokonania zwrotu,
4) 1.120,75 zł wypłaconych ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 18 grudnia 2018 r., do dnia dokonania zwrotu,
5) 20,14 zł wypłaconych ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 24 kwietnia 2019 r., do dnia dokonania zwrotu,
6) 1.136,73 zł wypłaconych ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 2 maja 2019 r. do dnia dokonania zwrotu,
7) 48,36 zł wypłaconych ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 17 lipca 2019 r., do dnia dokonania zwrotu,
8) 413,90 zł wypłaconych ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 23 września 2019 r. do dnia dokonania zwrotu,
9) 423,40 zł wypłaconych ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 4 października 2019 r. do dnia dokonania zwrotu.
W wezwaniu wyjaśniono podstawę faktyczną i prawną obowiązku zwrotu dofinansowania, wyszczególniono sposób wyliczenia kwot podlegających zwrotowi, jak również poinformowano Beneficjenta, że w przypadku braku zwrotu środków nastąpi wszczęcie postępowania administracyjnego w przedmiocie wydania decyzji administracyjnej o zwrocie dofinansowania otrzymanego ze środków europejskich. Wezwanie zostało doręczone Beneficjentowi w dniu 23 czerwca 2020 r.
W odpowiedzi na ww. wezwanie do zwrotu środków, Uniwersytet Jagielloński pismem z dnia 2 lipca 2020 r. poinformował IZ RPO WM o braku uwag co do wysokości przypadających do zwrotu należności głównych z wezwania z dnia 18 czerwca 2020 r. znak: FE-IV.433.45.2017, odmawiając jednak zwrotu odsetek od tych należności, które w jego przekonaniu zostały naliczone z naruszeniem przepisów art. 207 ust. 1 pkt 2 w związku z art. 207 ust. 8 ustawy o finansach publicznych.
W ślad za stanowiskiem wyrażonym w piśmie z dnia 2 lipca 2020 r. Beneficjent dokonał w dniu 3 lipca 2020 r. zwrotu środków w kwotach 5.452,75 zł oraz 327,16 zł, odpowiadających jedynie należności głównej w wysokości 5.779,91 zł, bez uregulowania wysokości odsetek.
Z uwagi na brak zwrotu w wyznaczonym terminie całości kwoty przypadającej do zwrotu, tj. należności głównej wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych, IZ RPO WM pismem z dnia 17 lipca 2020 r., znak: FE-1.3160.15.2020, zawiadomiła Uniwersytet Jagielloński o wszczęciu postępowania administracyjnego w przedmiocie zwrotu dofinansowania otrzymanego ze środków europejskich.
Postanowieniem z dnia 17 września 2020 r. nr FE-1.3160.15.2020, działając na podstawie art. 62 § 1 i § 4 w związku z art. 54 § 1 pkt 5 oraz art. 55 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2019 r. poz. 900 ze zm.), art. 67 ust. 1 w związku z art. 60, oraz art. 207 ust. 9 w związku z ust. 1 i ust. 2a ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 869 ze zm.), art. 9 ust. 1 pkt 2 w związku z ust. 2 pkt 9 ustawy z dnia 11 lipca 2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020 (Dz. U. 2020 r. poz. 818), Zarząd Województwa Małopolskiego orzekł o zaliczeniu z urzędu dokonanych przez Beneficjenta w dniu 3 lipca 2020 r. wpłat w kwotach 5.452,75 zł oraz 327,16 zł na poczet należności z tytułu zwrotu środków. Po dokonanym rozliczeniu wpłat, Beneficjentowi pozostały do zwrotu środki europejskie w łącznej kwocie 650,22 zł, w tym: 226,82 zł wypłacone w formie refundacji ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 23 września 2019 r., do dnia dokonania zwrotu oraz 423,40 zł wypłacone w formie refundacji ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 4 października 2019 r., do dnia dokonania zwrotu.
Pismem z dnia 5 października 2020 r. nadanym w dniu 6 października 2020 r., Uniwersytet Jagielloński wniósł zażalenie na postanowienie IZ RPO WM z dnia 17 września 2020 r. nr FE-1.3160.15.2020 do Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie.
Decyzją z dnia 19 listopada 2020 r. nr FE-I.3160.15.2020 Zarząd Województwa Małopolskiego zobowiązał Beneficjenta - Uniwersytet Jagielloński z siedzibą w Krakowie do zwrotu części dofinansowania w łącznej kwocie 650,22 zł wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, w związku ze stwierdzeniem przez Instytucję Zarządzającą Regionalnym Programem Operacyjnym Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020 nieprawidłowości przy wykorzystaniu środków finansowych otrzymanych przez Beneficjenta ze środków europejskich, w tym: 226,82 zł wypłaconych w formie refundacji ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 23 września 2019r., do dnia dokonania zwrotu oraz 423,40 zł wypłaconych w formie refundacji ze środków europejskich wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, tj. od dnia 4 października 2019 r., do dnia dokonania zwrotu. W uzasadnieniu swojej decyzji Zarząd Województwa Małopolskiego opisał dotychczasowy przebieg postępowania w niniejszej sprawie oraz wyjaśnił, że postanowił rozpoznać niniejszą sprawę i wydać decyzję, pomimo wniesionego przez Beneficjenta zażalenia na postanowienie z dnia 17 września 2020 r. nr FE-1.3160.15.2020, gdyż postanowienie to jest aktem formalnym, informującym o sposobie zaliczenia dokonanej wpłaty. Nie ma ono natomiast znaczenia materialnego, gdyż zaliczenie następuje z mocy samego prawa. Organ stwierdził, że postanowienie w sprawie zaliczenia wpłaty dokonanej przez zobowiązanego ma na celu jedynie dokonanie odpowiednich rozliczeń środków pieniężnych, które zobowiązany wpłacił na poczet ciążącego na nim zobowiązania i nie przesądza o istnieniu lub nieistnieniu zobowiązania. Z uwagi na wyłącznie techniczny i formalny charakter postanowienia wydawanego na podstawie art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej, Zarząd Województwa Małopolskiego uznał, że rozstrzygnięcie Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie, jakie zapadnie na skutek rozpoznania ww. zażalenia nie będzie miało merytorycznego wpływu na rozstrzygnięcie niniejszego postępowania w przedmiocie zwrotu dofinansowania otrzymanego ze środków europejskich. Zdaniem organu, Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie nie będzie mogło merytorycznie odnieść się do zarzutów stawianych przez Beneficjenta w złożonym zażaleniu, w tym w szczególności do kwestii wystąpienia lub nie wystąpienia "nieprawidłowości" w rozumieniu Rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 1303/2013 z dnia 17 grudnia 2013 r. ustanawiającego wspólne przepisy dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego, Funduszu Spójności, Europejskiego Funduszu Rolnego na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich oraz Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego oraz ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego, Funduszu Spójności i Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego oraz uchylającego Rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006 (Dz. Urz. UE L 347 z 20.12.2013, str. 320 ze zm.). Rozstrzygnięcie wskazanego zagadnienia pozostaje bowiem w zakresie kompetencji IZ RPO WM. Wobec powyższego Zarząd Województwa Małopolskiego nie znalazł przeszkód do dalszego procedowania oraz merytorycznego rozpoznania przedmiotowej sprawy dotyczącej zwrotu dofinansowania otrzymanego ze środków europejskich.
Przechodząc do merytorycznego rozpoznania sprawy IZ RPO WM przytoczyła treść art. 2 pkt 36, pkt 37, art. 125 ust. 1, ust. 4 i art. 143 ust. 1 Rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 1303/2013 z dnia 17 grudnia 2013 r. ustanawiające wspólne przepisy dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego, Funduszu Spójności, Europejskiego Funduszu Rolnego na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich oraz Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego oraz ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego, Funduszu Spójności i Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego oraz uchylające Rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006 (Dz. Urz. UE L 347 z 20.12.2013, str. 320 ze zm.), art. 2 pkt 14, art. 9 ust. 1 pkt 2, ust. 2, art. 24 ust. 1, ust. 9 pkt 2 ustawy z dnia 11 lipca 2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020 (Dz. U. z 2020 r. poz. 818) oraz art. 184 i art. 207 ust. 1, ust. 8 i ust. 9 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 869 ze zm.).
Następnie Zarząd Województwa Małopolskiego wskazał, że Beneficjent decydując się na ubieganie o dofinansowanie projektu w ramach RPO WM, a w konsekwencji podpisując umowę o dofinansowanie, przyjął zasady i warunki określone w umowie i zobowiązał się do zrealizowania projektu z zachowaniem obowiązujących aktów prawa unijnego i krajowego, procedur i zasad dotyczących współfinansowania. W § 2 ust. 5 umowy o dofinansowanie (w brzmieniu przyjętym Aneksem nr 1 z dnia 15 stycznia 2018 r. do umowy o dofinansowanie) Beneficjent zobowiązał się do realizacji projektu zgodnie z postanowieniami umowy, zgodnie z wnioskiem o dofinansowanie i pozostałymi załącznikami do umowy oraz zgodnie z załącznikiem do Regulaminu konkursu pn. "Definicje wskaźników". Organ podkreślił, że podpisując umowę o dofinansowanie, Beneficjent oświadczył, że zapoznał się z treścią dokumentów wynikających z § 3 ust. 1 ww. umowy, w tym m.in. z Załącznikiem nr 6 pn. "Warunki realizacji oraz rozliczania projektu", Załącznikiem nr 7 pn. "Korekty, pomniejszenia wydatków kwalifikowanych oraz zwroty środków" oraz Załącznikiem nr 8 pn. "Kontrola realizacji projektu (zakresy: merytoryczno-finansowy, zamówienia publiczne)" i zobowiązał się do stosowania zasad z nich wynikających, co wynika z § 3 ust. 2 umowy o dofinansowanie (w brzmieniu przyjętym Aneksem nr 1 z dnia 15 stycznia 2018 r. do umowy o dofinansowanie).
Zarząd Województwa Małopolskiego wskazał, że zgodnie z § 3 ust. 1 Załącznika nr 7 do umowy o dofinansowanie, w sytuacji gdyby, Beneficjent wykorzystał całość lub część dofinansowania niezgodnie z przeznaczeniem, bez zachowania obowiązujących procedur lub pobrał całość lub część dofinansowania w sposób nienależny albo w nadmiernej wysokości, kwota nieprawidłowo wykorzystana jest zwracana przez Beneficjenta, odpowiednio w całości lub w części, wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych od dnia przekazania środków na rachunek Beneficjenta na zasadach określonych w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych. Z kolei w § 4 ust. 1 umowy o dofinansowanie Beneficjent oświadczył, że zapoznał się z treścią wytycznych i zobowiązał się do ich stosowania (w brzmieniu przyjętym Aneksem nr 3 z dnia 29 maja
2019 r. do umowy o dofinansowanie). Zgodnie natomiast z podrozdziałem 6.2 Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków, ocena kwalifikowalności wydatku polega na analizie zgodności jego poniesienia z obowiązującymi przepisami prawa unijnego i prawa krajowego, decyzją w sprawie zatwierdzenia wkładu finansowego na rzecz dużego projektu, umową o dofinansowanie i Wytycznymi oraz innymi dokumentami, do których stosowania beneficjent zobowiązał się w Umowie o dofinansowanie. Zgodnie zaś z podrozdziałem 6.3 Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków, wydatkiem niekwalifikowalnym jest m.in. podatek od towarów i usług (VAT), który może być odzyskany przez beneficjenta albo inny podmiot zaangażowany w projekt i wykorzystujący do działalności opodatkowanej produkty będące efektem jego realizacji, zarówno w fazie realizacyjnej jak i operacyjnej na podstawie przepisów krajowych, tj. ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług oraz aktów wykonawczych do tej ustawy.
Zarząd Województwa Małopolskiego podniósł, że również w podrozdziale 6.13 pkt 1 Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków wskazano, że podatki i inne opłaty, w szczególności podatek od towarów i usług (VAT), mogą być uznane za wydatki kwalifikowalne tylko wtedy, gdy brak jest prawnej możliwości ich odzyskania na mocy prawodawstwa krajowego. Dalej wskazano, iż warunek określony w pkt 1 oznacza, że zapłacony VAT może być uznany za wydatek kwalifikowalny wyłącznie wówczas, gdy beneficjentowi, ani żadnemu innemu podmiotowi zaangażowanemu w projekt oraz wykorzystującemu do działalności opodatkowanej produkty będące efektem realizacji projektu, zarówno w fazie realizacyjnej jak i operacyjnej, zgodnie z obowiązującym ustawodawstwem krajowym, nie przysługuje prawo (tzn. brak jest prawnych możliwości) do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego lub ubiegania się o zwrot VAT. Posiadanie wyżej wymienionego prawa (potencjalnej prawnej możliwości) wyklucza uznanie wydatku za kwalifikowalny, nawet jeśli faktycznie zwrot nie nastąpił, np. ze względu na nie podjęcie przez podmiot czynności zmierzających do realizacji tego prawa.
Organ wyjaśnił, że zasady kwalifikowalności podatku VAT zostały uregulowane również w § 2 ust. 15 i nast. Załącznika nr 6 do umowy o dofinansowanie. Zgodnie z ww. zasadami podatek od towarów i usług może zostać uznany za kwalifikowalny (w całości/ w części) w ramach projektu tylko wtedy, gdy Beneficjent oraz każdy inny zaangażowany w realizację/eksploatację/projektu podmiot nie może odzyskać kosztu podatku VAT (nie ma prawnej możliwości jego odzyskania). Podatek VAT w stosunku do wydatków, dla których Beneficjent odlicza ten podatek częściowo według proporcji ustalonej zgodnie z właściwymi przepisami ustawy o VAT, jest kwalifikowalny w części, która nie może zostać odzyskana z budżetu krajowego. W sytuacji gdy rzeczywisty współczynnik proporcji ustalony za dany rok jest wyższy niż współczynnik proporcji prognozowany, oznacza to, że Beneficjent ma prawo do odzyskania z budżetu państwa podatku VAT w wysokości wyższej niż pierwotnie zaplanował. W takiej sytuacji zwiększa się poziom VAT-u niekwalifikowalnego w projekcie, a Beneficjent jest zobowiązany do zwrotu środków wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych. Zdaniem organu, analogiczne zapisy zawiera również rozdział 1 pkt 5 Załącznika nr 7 do Szczegółowego Opisu Osi Priorytetowych, który Beneficjent zobowiązany jest stosować na mocy § 1 pkt 19 (w brzmieniu przyjętym Aneksem nr 3 z dnia 29 maja 2019 r. do umowy o dofinansowanie) oraz § 7 pkt 3 umowy o dofinansowanie (w brzmieniu przyjętym Aneksem nr 1 z dnia 15 stycznia 2018 r. do umowy o dofinansowanie).
Mając na uwadze powyższe Zarząd Województwa Małopolskiego stwierdził, że brak zwrotu środków wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych w sytuacji, gdy zwiększył się poziom VAT-u niekwalifikowalnego w projekcie (rzeczywisty współczynnik proporcji ustalony za dany rok jest wyższy niż współczynnik proporcji prognozowany) stanowi naruszenie procedur określonych w umowie o dofinansowanie i zobowiązuje IZ RPO WM, po zaliczeniu dokonanych wpłat na poczet należności z tytułu zwrotu środków oraz odsetek od tych środków, do dochodzenia zwrotu nieprawidłowo wykorzystanego dofinansowania na zasadach określonych w art. 207 ustawy o finansach publicznych.
Organ wskazał, że we wniosku o dofinansowanie Beneficjent oświadczył w części S.2 "Oświadczenia dla Wnioskodawców, którzy kwalifikują VAT": "Oświadczam że w chwili składania wniosku o dofinansowanie nie mam prawnej możliwości odzyskania w żaden sposób poniesionego kosztu VAT, którego wysokość została określona w części H wniosku o dofinansowanie jako koszt kwalifikowany. Dodatkowo zobowiązuję się do niezwłocznego poinformowania IZ RPO WM o wystąpieniu prawnej możliwości odzyskania podatku VAT oraz do zwrotu zrefundowanej ze środków unijnych części VAT, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku w przyszłości, w tym w okresie trwałości Projektu.".
W dalszej części uzasadnienia swojej decyzji Zarząd Województwa Małopolskiego przytoczył treść art. 15 ust. 1, ust. 2, art. 86 ust. 1, ust. 2a, ust. 2d, ust. 2g, art. 90 ust. 1, ust. 2, ust. 3, ust. 4, art. 90c ust. 1 i art. 91 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2020 r. poz. 106 ze zm.). Zdaniem organu, z powyższych uregulowań wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje w związku z zakupem towarów i usług wykorzystywanych do wykonywania czynności opodatkowanych, wyklucza natomiast możliwość odliczenia podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku oraz niepodlegających temu podatkowi.
IZ RPO WM wskazała, że zgodnie z § 2 ust. 19 Załącznika nr 6 do umowy o dofinansowanie, podatek VAT w stosunku do wydatków, dla których Beneficjent odlicza ten podatek częściowo według proporcji ustalonej zgodnie z właściwymi przepisami ustawy o VAT, jest kwalifikowalny w części, która nie może zostać odzyskana z budżetu krajowego. W sytuacji gdy rzeczywisty współczynnik proporcji ustalony za dany rok jest wyższy niż współczynnik proporcji prognozowany, oznacza to, że Beneficjent ma prawo do odzyskania z budżetu państwa podatku VAT w wysokości wyższej niż pierwotnie zaplanował. Zdaniem organu, w takiej sytuacji zwiększa się poziom VAT-u niekwalifikowalnego w projekcie, a Beneficjent jest zobowiązany do zwrotu środków wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych w takim zakresie, w jakim ma możliwość odzyskania podatku VAT. Według organu, treść podpisanej przez Beneficjenta umowy o dofinansowanie jednoznacznie określa konsekwencje uznania podatku VAT za niekwalifikowalny i niezależnie od postanowień § 3 Załącznika nr 7 do umowy o dofinansowanie, w którym uregulowano procedurę zwrotu dofinansowania, w § 2 Załącznika nr 6 do umowy o dofinansowanie dodatkowo wskazuje się, że Beneficjent będzie zobowiązany do zwrotu środków wraz z odsetkami w sytuacji zwiększenia się poziomu VAT-u niekwalifikowalnego w projekcie.
Zarząd Województwa Małopolskiego wyjaśnił, że kwalifikowalność wydatków stanowi kategorię obiektywną, niezależną od okoliczności związanych z podejmowaniem czynności w sprawie przez beneficjenta lub instytucję zarządzającą. Oznacza to, że niezależnie od chwili, w której ujawniony został fakt dofinansowania wydatku, który nie był wydatkiem kwalifikowalnym, powstaje konieczność zwrotu dofinansowania, gdyż nastąpiło naruszenie procedury przyjętej w systemie realizacji programu operacyjnego.
IZ RPO WM wskazała, że zwiększenie wskaźnika proporcji w jakim przysługiwała Beneficjentowi możliwość odliczenia podatku VAT zostało zgłoszone do IZ RPO WM pismem z dnia 21 lutego 2020 r. Beneficjent poinformował, że w 2019 r. dokonywał odliczeń podatku VAT według planowanego prewskaźnika ze wskaźnikiem struktury 3,60%, natomiast rzeczywisty prewskaźnik ze wskaźnikiem struktury za 2019 rok wyniósł 3,90%. Wobec zaistniałej zmiany zwiększyła się wartość podatku VAT możliwego do odzyskania przez Beneficjenta z budżetu państwa. Okoliczność ta zmniejszyła jednak jednocześnie zakres podatku VAT kwalifikowanego w projekcie, obniżając tym samym wysokość podlegających rozliczeniu w projekcie kosztów pośrednich, oraz spowodowała powstanie po stronie Beneficjenta obowiązku zwrotu części dofinansowania wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych.
Zarząd Województwa Małopolskiego podniósł, że w § 2 ust. 25 Załącznika nr 6 do umowy o dofinansowanie w sposób nie budzący jakichkolwiek wątpliwości wskazano, że w każdym przypadku, gdy zachodzi konieczność zwrotu podatku VAT, który stał się kosztem niekwalifikowalnym w projekcie, ww. zwrot, na etapie zarówno realizacji, kontroli jak i trwałości projektu, odbywa się na zasadach określonych w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (tj. wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków). Z kolei w odniesieniu do kosztów pośrednich, w § 2 ust. 7 Załącznika nr 7 do umowy o dofinansowanie wskazane zostało, że w przypadku nałożenia korekty, koszty pośrednie rozliczane zgodnie ze stawką ryczałtową ulegają proporcjonalnemu obniżeniu i podlegają procedurze zwrotu zgodnie z zasadami opisanymi w § 3 ww. Załącznika, a więc zgodnie z zasadami określonymi w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych. Organ podkreślił, że jak wskazuje się w orzecznictwie, decyzja wydana na podstawie przepisu art. 207 ust. 9 ustawy o finansach publicznych nie tworzy nowego stosunku prawnego. Obowiązek zwrotu dofinansowania powstaje z chwilą zaistnienia przesłanek przewidzianych przepisami prawa, co powoduje, że decyzja o zwrocie ma charakter deklaratoryjny. Jest to zatem decyzja, w której tę kwotę organ jedynie określa - wskazując jej wysokość, a nie ustala - decydując władczo o powstaniu należności we wskazanej wysokości.
Zarząd Województwa Małopolskiego stwierdził, że art. 207 ustawy o finansach publicznych zawiera jednoznaczne unormowanie, że w przypadku wykorzystania środków m.in. z naruszeniem procedur lub pobranych nienależnie lub w nadmiernej wysokości organ jest zobowiązany do dochodzenia ich zwrotu wraz z odsetkami liczonymi w sposób wskazany w ustawie. IZ RPO WM podkreśliła, że w odniesieniu do ww. artykułu nie wprowadzono żadnych wyjątków, w ramach których organ mógłby odstąpić od dochodzenia zwrotu środków wraz z należnymi odsetkami. Jedyną drogą mógłby być co najwyżej wniosek Beneficjenta złożony w trybie art. 64 ustawy o finansach publicznych o umorzenie należności (ewentualnie, o odroczenie terminu ich spłaty lub rozłożenie na raty) bądź zaistnienie okoliczności, o których mowa w art. 56 ust. 1 pkt 1-4 ustawy o finansach publicznych uprawniających organ do umorzenia należności z urzędu. Zarząd Województwa Małopolskiego zauważył przy tym jednak, że ewentualne rozważenie kwestii umorzenia należności pozostaje poza przedmiotem niniejszego postępowania, gdyż Beneficjent nie składał wniosku o ich umorzenie, ani też w sprawie nie zachodzi żadna z okoliczności wymienionych w art. 56 ust. 1 pkt 1-4 ustawy o finansach publicznych. Ponadto dopiero zaistnienie po stronie Beneficjenta zobowiązania potwierdzonego wydaniem ostatecznej decyzji administracyjnej o zwrocie dofinansowania umożliwia wystąpienie z wnioskiem o zastosowanie ulgi w spłacie takiego zobowiązania.
Organ zaznaczył, że w świetle art. 207 ust. 1 ustawy o finansach publicznych konieczność uiszczenia odsetek nie jest zależna np. od stopnia zawinienia Beneficjenta, terminu w jakim dokona on zwrotu należności głównej czy też innego rodzaju szczególnych okoliczności sprawy. Obowiązek uiszczenia odsetek powstaje z mocy samego prawa w przypadku wykorzystania przez Beneficjenta środków europejskich niezgodnie z przeznaczeniem, z naruszeniem procedur, o których mowa w art. 184 ustawy o finansach publicznych lub pobrania ich nienależnie lub w nadmiernej wysokości. Wobec tego organ nie zgodził się z argumentami przedstawionym przez Beneficjenta w piśmie z dnia 2 lipca 2020 r., iż "(...) w przypadku niezwłocznego po dokonaniu korekty struktury podatku VAT poinformowaniu Instytucji Zarządzającej o tym fakcie oraz niezwłocznego zwrotu odpowiedniej części podatku VAT, nie można mówić o zaistnieniu przesłanek określonych w art. 207 ust. 1 ustawy o finansach publicznych, a co za tym idzie, brak jest podstaw w takiej sytuacji do naliczania odsetek.".
Zarząd Województwa Małopolskiego nadmienił również, że Beneficjent miał wiedzę, że dopiero po upływie każdego roku podatkowego będzie musiał ustalić rzeczywisty wskaźnik proporcji, według którego ustalana będzie wysokość podatku VAT naliczonego, którą będzie mógł odliczyć od podatku należnego za dany rok podatkowy. Podpisując umowę o dofinansowanie miał też świadomość, że taka korekta może wpłynąć na zakres wydatków kwalifikowalnych w projekcie i wiązać się z koniecznością zwrotu środków europejskich wraz z odsetkami jak dla zaległości podatkowych w przypadku, gdy rzeczywisty współczynnik proporcji ustalany za dany rok okaże się wyższy niż współczynnik proporcji prognozowany. Zasady te wprost wynikają z postanowień umowy. Tym samym zdaniem organu, w okolicznościach przedmiotowej sprawy nie ma znaczenia, że dopiero po zakończeniu roku podatkowego ustala się w jakiej części podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku VAT należnego o kwotę podatku naliczonego.
IZ RPO WM wskazała, że nałożenie korekty finansowej w związku ze zmianą proporcji VAT na wydatki, które zostały rozliczone we wnioskach o płatność oznacza obniżenie wysokości bezpośrednich kosztów kwalifikowanych projektu i w konsekwencji powoduje proporcjonalne zmniejszenie wysokości kosztów pośrednich rozliczanych stawką ryczałtową. Wobec powyższego, część otrzymanych środków w ramach kosztów pośrednich należy uznać za środki pobrane w nadmiernej wysokości w rozumieniu art. 207 ust. 1 pkt 3 ustawy o finansach publicznych, które podlegają procedurze zwrotu wraz z odsetkami określonymi jak dla zaległości podatkowych.
Mając na uwadze powyższą argumentację Zarząd Województwa Małopolskiego uznał, że nie ma możliwości odstąpienia od dochodzenia od Beneficjenta odsetek od należności podlegających zwrotowi w myśl art. 207 ust. 1 ustawy o finansach publicznych. Obowiązek zwrotu środków europejskich wraz z odsetkami znajduje oparcie zarówno w przepisach prawa, tj. w ustawie o finansach publicznych, jak i w obowiązującej Beneficjenta umowie o dofinansowanie.
W ocenie organu, w przedmiotowej sprawie doszło do zaistnienia nieprawidłowości w rozumieniu rozporządzenia ogólnego, zaś szkoda dla budżetu Unii Europejskiej ma realny charakter, ponieważ sfinansowanie nieuzasadnionego wydatku, tj. wydatku niekwalifikowanego jakim jest możliwy do odzyskania podatek VAT oraz pobranych w nadmiernej wysokości kosztów pośrednich skutkuje realnym uszczupleniem budżetu ogólnego UE. Szkoda obejmuje całość podatku VAT możliwego do odzyskania w zakresie wydatków, które zostały przedstawione i rozliczone we wnioskach o płatność oraz proporcjonalnie pomniejszoną wysokość kosztów pośrednich. W sprawie istnieje zatem możliwość ustalenia rzeczywistej szkody na podstawie wyliczenia konkretnej kwoty o jaki uszczuplony został budżet UE. Na zakończenie organ przedstawił sposób określenia kwoty do zwrotu oraz termin, od którego naliczane są odsetki.
Uniwersytet Jagielloński nie zgodził się z powyższą decyzją Zarządu Województwa Małopolskiego i pismem z dnia 10 grudnia 2020 r. wniósł na nią skargę, domagając się jej uchylenia. Zaskarżonej decyzji strona skarżąca zarzuciła naruszenie:
I. przepisów postępowania, które miało wpływ na wynik sprawy, tj.:
1) art. 6, 7, 8 § 1 i 12 i 77 ustawy Kodeks postępowania administracyjnego w zw. z 67 ust. 1 ustawy o finansach publicznych przez naruszenie zasady dogłębnego wyjaśnienia okoliczności danej sprawy i zasady pogłębiania zaufania do obywateli z uwagi na danie pierwszeństwa zasadzie szybkości postępowania i merytoryczne rozstrzygnięcie niniejszej sprawy pomimo, że kluczowe z punktu widzenia niniejszego postępowania ma postanowienie z dnia 17 września 2020 r. o zaliczeniu wpłaconych przez skarżącego należności nie zostało do tej pory merytorycznie rozstrzygnięte, co skutkowało zaniechaniem zebrania i rozpatrzenia całego materiału dowodowego w sprawie;
2) art. 107 § 1 w zw. z art. 11 Kodeksu postępowania administracyjnego w zw. z 67 ust. 1 ustawy o finansach publicznych przez sporządzenie wewnętrznie sprzecznego uzasadnienia decyzji nie wskazującego jednoznacznie czy zwrot środków następuje na podstawie art. 207 ust. 1 pkt 2 ustawy o finansach publicznych w związku z naruszeniem procedur przy udzielaniu dofinansowania czy też na podstawie art. 207 ust. 1 pkt 3 ustawy o finansach publicznych, tj. pobrania środków przez skarżącego w nadmiernej wysokości.
II. przepisów prawa materialnego, tj.:
1) art. 207 ust. 1 pkt 2 i ust. 9 w zw. z art. 184 ustawy o finansach publicznych, art. 9 ust. 1 pkt 2 oraz art. 9 ust. 2 pkt 8, 9a, 9c oraz art. 24 ust. 1 ustawy o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020 i art. 90, 90c, 91 oraz art. 86 ust. 2a ustawy o podatku od towarów i usług, poprzez błędną ich wykładnię i nieprawidłowe przyjęcie, że wystąpiły w niniejszej sprawie okoliczności powodujące obowiązek zwrotu środków dofinansowania wraz z odsetkami, pomimo że skarżący dokonał rozliczenia podatku VAT zgodnie z przepisami ustawy o VAT, przekazując na bieżąco informacje o dokonywanych korektach w związku z zmianą prewspółczynika VAT za 2019 r. oraz zwracając jednocześnie nominalną kwotę podatku VAT wynikającą z tej korekty;
2) art. 2 pkt 36 Rozporządzenia Europejskiego i Rady (UE)nr 1303/2013 z dnia 17 grudnia 2013 r. w zw. z art. 2 pkt 14, art. 24 ust. 1 i art. 24 ust. 9 pkt 2 ustawy o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020 w zw. z art. 207 ust. 1 pkt 2 i ust. 9 ustawy o finansach publicznych, poprzez niewłaściwe ich zastosowanie i przyjęcie, iż w niniejszej sprawie wystąpiła "nieprawidłowość" skutkująca koniecznością nałożenia na skarżącego obowiązku zwrotu dofinansowania wraz z odsetkami jak za zaległości podatkowe, podczas gdy:
a) skarżący w sposób zgody z przepisami ustawy o VAT ustalił, a następnie poinformował organ o dokonanej korekcie współczynnika VAT,
b) nie nastąpiła realnie (i nawet potencjalnie) szkoda w budżecie UE poprzez sfinansowanie nieuzasadnionego wydatku lub wydatku w nieuzasadnionej wysokości z uwagi na zwrot przez skarżącego nominalnej kwoty podatku VAT wynikającego z korekty;
3) art. 2 w zw. z art. 8 ust. 2 Konstytucji RP, poprzez naruszenie zasady sprawiedliwości społecznej i demokratycznego państwa prawnego, polegające na obciążeniu skarżącego koniecznością zapłaty odsetek liczonych jak dla zaległości podatkowych w sytuacji, gdy dokonany przez skarżącego na rzecz Instytucji Zarządzającej zwrot niekwalifikowanego wydatku, tj. podatku VAT nastąpił - zgodnie z przepisami ustawy o VAT - po dokonaniu korekty kwoty podatku odliczonego przy uwzględnieniu proporcji odliczonej dla zakończonego roku i w wartości nominalnej odzyskanego od organu podatkowego przez skarżącego podatku VAT;
4) art. 55 Ordynacji podatkowej, poprzez nieprawidłowe rozliczenie dokonanych wpłat na poczet należności głównej oraz odsetek, w sytuacji gdy strona nie jest obowiązana do uiszczenia odsetek.
W uzasadnieniu skargi skarżąca uczelnia przytoczyła argumenty, które jej zdaniem przemawiają za zasadnością podniesionych przez nią zarzutów.
W odpowiedzi na skargę Zarząd Województwa Małopolskiego podtrzymał swoje stanowisko w sprawie i wniósł o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył, co następuje:
W pierwszej kolejności zaznaczenia wymaga, że niniejsza sprawa została rozpoznana na posiedzeniu niejawnym, na podstawie art. 15 zzs4 ust. 3 ustawy z dnia 2 marca 2020 r. o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych (Dz. U. z 2020 r. poz. 1842 ze zm.).
W niniejszej sprawie zarządzeniem z dnia 15 września 2021 r. Przewodniczący Wydziału I skierował sprawę do rozpoznania na posiedzeniu niejawnym, uznając rozpoznanie sprawy za konieczne z uwagi na obowiązek terminowego załatwienia sprawy. W ocenie Sądu, skierowanie niniejszej sprawy do rozpoznania na posiedzeniu niejawnym umożliwiło rozstrzygnięcie sprawy bez szkody dla jej wyjaśnienia, przeciwdziałając jednocześnie stanowi przewlekłości postępowania. Wyjaśnić należy przy tym, że rozpoznanie sprawy na posiedzeniu niejawnym nie prowadzi do pominięcia argumentacji strony skarżącej, bowiem podnoszone przez nią argumenty, podobnie jak i argumenty organu, były wnikliwie rozważane przez Sąd w oparciu o akta sprawy oraz złożoną skargę wraz z odpowiedzią organu na skargę.
W dalszej kolejności należy przypomnieć, iż stosownie do brzmienia art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 2167 ze zm.), kontrola sądowa zaskarżonych decyzji, postanowień bądź innych aktów wymienionych w art. 3 § 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2017 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2019 r. poz. 2325 ze zm., dalej p.p.s.a.), sprawowana jest przez sądy administracyjne na podstawie kryterium zgodności z prawem. Ocenie Sądu podlega zatem zgodność aktów (w tym wypadku decyzji administracyjnej) zarówno z przepisami prawa materialnego, jak i procesowego. W związku z tym, w celu wyeliminowania z obrotu prawnego aktu wydanego przez organ administracji publicznej konieczne jest stwierdzenie, że doszło w nim do naruszenia przepisu prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, bądź przepisu postępowania w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na rozstrzygnięcie, albo też przepisu prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania, lub ustalenie, że akt taki dotknięty jest wadą nieważności (art. 145 § 1 pkt 1 i 2 p.p.s.a.). Natomiast w razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części, Sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części (art. 151 p.p.s.a.).
Ponadto wskazać należy, że zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną (z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a.).
Sądowa kontrola zaskarżonej decyzji przeprowadzona z uwzględnieniem powyższych reguł, doprowadziła do uznania, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie.
Kwestią sporną w kontrolowanej sprawie jest rozstrzygnięcie, czy strona skarżąca (Beneficjent), zwracając środki pieniężne, przeznaczone na niekwalifikowany podatek VAT, powinien je zwrócić wraz z odsetkami, o których mowa w art. 207 ust. 1 ustawy o finansach publicznych. Kwestia ta była już przedmiotem rozważań tut. Sądu w analogicznych sprawach toczących się ze skarg skarżącej uczelni na decyzje Zarządu Województwa Małopolskiego w przedmiocie zwrotu części dofinansowania (por. wyroki WSA w Krakowie z dnia 30 kwietnia 2019 r. sygn. akt I SA/Kr 928/18, z dnia 29 marca 2021 r. sygn. akt I SA/Kr 390/20 i z dnia 24 czerwca 2021 r. sygn. akt I SA/Kr 640/21, dostępne na stronie orzeczenia.nsa.gov.pl). Stanowisko zaprezentowane w tych orzeczeniach Sąd orzekający w niniejszej sprawie podziela i przyjmuje za własne.
W ślad za wskazanymi orzeczeniami należy na wstępie przypomnieć, iż aktem prawa wspólnotowego, mającym zastosowanie w rozpoznawanej sprawie, jest w szczególności rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (EU) nr 1303/2013 z dnia 17 grudnia 2013 r. ustanawiającego wspólne przepisy dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego, Funduszu Spójności, Europejskiego Funduszu Rolnego na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich oraz Europejskiego Funduszu oraz Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego oraz ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego, Funduszu Spójności i Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego oraz uchylające rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006 (Dz.U.EU.L.2013.347.320 ze zm., zwane dalej rozporządzeniem 1303/2013). Z treści uregulowań tego rozporządzenia wynika, że za zarządzanie programami operacyjnymi i ich kontrolę odpowiedzialne są państwa członkowskie. Do tych państw należy zapobieganie, wykrywanie i korygowanie nieprawidłowości oraz odzyskiwanie kwot nienależnie wypłaconych wraz z odsetkami z tytułu zwrotu tych kwot po terminie (art. 122 ust. 2 ww. rozporządzenia). Skuteczność realizacji przez państwa procedur odzyskiwania środków finansowych, które zostały wypłacone beneficjentom ma znaczenie dla konsekwencji, które obciążają to państwo. Zgodnie z art. 122 ust. 2 rozporządzenia 1303/2013, w przypadku braku możliwości odzyskania kwot nienależnie wypłaconych beneficjentom przez państwo członkowskie, państwo to odpowiada za zwrot tych kwot do budżetu Unii, jeżeli zostanie stwierdzone, że straty te powstały z jego winy lub niedbalstwa z jego strony. Natomiast w sytuacji, gdy państwo członkowskie uchyla się od odzyskania środków finansowych wydatkowanych nieprawidłowo, Komisja może wnieść do Trybunału Sprawiedliwości UE skargę na naruszenie przez to państwo zobowiązań traktatowych (art. 258 Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej) lub zawiesić termin płatności okresowych (art. 142 ust. 1 rozporządzenia 1303/2013). Zadania instytucji zarządzającej określone zostały w art. 125 tego rozporządzenia, który w ust. 1 stanowi, że instytucja ta m.in. odpowiada za zarządzanie programem operacyjnym zgodnie z zasadą należytego zarządzania finansami.
Wskazać także należy, że zgodnie z treścią art. 207 ust. 1 pkt 2 i pkt 3 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 869 ze zm., zwanej dalej u.f.p.), w przypadku, gdy środki przeznaczone na realizację programów finansowanych z udziałem środków europejskich są wykorzystane z naruszeniem procedur, o których mowa w art. 184 lub zostały pobrane nienależnie lub w nadmiernej wysokości - podlegają zwrotowi wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, w terminie 14 dni od dnia doręczenia ostatecznej decyzji, o której mowa w ust. 9, na wskazany w tej decyzji rachunek bankowy.
Stosownie do art. 184 ust. 1 u.f.p. wydatki związane z realizacją programów i projektów finansowanych ze środków, o których mowa w art. 5 ust. 1 pkt 2 i 3, są dokonywane zgodnie z procedurami określonymi w umowie międzynarodowej lub innymi procedurami obowiązującymi przy ich wykorzystaniu. Natomiast przy wydatkowaniu środków, o których mowa w art. 5 ust. 1 pkt 3 oraz ust. 3 pkt 5 lit. c i d, a także środków przeznaczonych na realizację programów finansowanych z tych środków, stosuje się odpowiednio zasady rozliczania określone dla dotacji z budżetu państwa (art. 184 ust. 2 u.f.p.).
Dodatkowo podkreślenia wymaga to, że art. 207 ust. 1 pkt 2 i pkt 3 u.f.p. należy interpretować w powiązaniu z art. 2 pkt 36 rozporządzenia 1303/2013, zgodnie z którym każde naruszenie prawa unijnego lub prawa krajowego dotyczącego stosowania prawa unijnego, wynikające z działania lub zaniechania podmiotu gospodarczego zaangażowanego we wdrażanie EFSI, które ma lub może mieć szkodliwy wpływ na budżet Unii poprzez obciążenie budżetu Unii nieuzasadnionym wydatkiem stanowi nieprawidłowość, której stwierdzenie w operacjach nakłada na państwo członkowskie - zgodnie z art. 143 tego rozporządzenia - obowiązek dokonania korekt finansowych. Zauważyć więc należy, że wskazana "nieprawidłowość" ma miejsce w sytuacji, gdy na skutek naruszenia procedur lub pobrania środków nienależnie lub w nadmiernej wysokości doszło do powstania szkody lub mogłoby dojść do jej powstania w budżecie ogólnym UE. Możliwość powstania szkody należy więc rozumieć jako możliwość uszczuplenia środków unijnych.
Zgodnie z treścią art. 207 ust. 8 pkt 1 u.f.p. w przypadku stwierdzenia okoliczności, o których mowa w ust. 1, instytucja określona, odpowiednio w ust. 9, 11 i 11a, wzywa do zwrotu środków w terminie 14 dni od dnia doręczenia wezwania.
Z kolei zgodnie z ust. 9 pkt 1 wskazanego przepisu po bezskutecznym upływie terminu, o którym mowa w ust. 8, organ pełniący funkcję instytucji zarządzającej lub instytucji pośredniczącej w rozumieniu ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (...) wydaje decyzję określającą kwotę przypadającą do zwrotu i termin, od którego nalicza się odsetki, oraz sposób zwrotu środków, z uwzględnieniem ust. 2. Przepis art. 207 ust. 10 ustawy o finansach publicznych stanowi natomiast, że decyzji (o której mowa w ust. 9) nie wydaje się, jeżeli dokonano zwrotu środków przed jej wydaniem.
Kompetencje do ustalania i nakładania na beneficjentów sankcji w związku z powstałymi w toku realizacji projektów nieprawidłowościami powierzone zostały organom krajowym, tj. instytucjom zarządzającym. W niniejszej sprawie taką instytucją zarządzającą jest zarząd województwa (art. 9 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 lipca 2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020, Dz. U. z 2020 r. poz. 818 ze zm., zwanej dalej ustawą wdrożeniową).
Zasady na jakich organy realizują zadania związane z odzyskiwaniem kwot podlegających zwrotowi, przewidują konieczność kumulatywnego wystąpienia przesłanek, tj. wystąpienie naruszenia przepisów prawa (polskiego bądź unijnego) przez beneficjenta, które spowodowało lub mogłoby spowodować konsekwencje finansowe.
W tej kwestii należy opowiedzieć się za szeroką wykładnią przesłanki naruszenia prawa wspólnotowego, obejmującą zarówno naruszenie prawa unijnego, jak i prawa krajowego. Przyjęcie takiej rozszerzającej wykładni naruszenia prawa oznacza, iż do popełnienia nieprawidłowości w rozumieniu art. 2 pkt 36 rozporządzenia 1303/2013 dochodzi również wtedy, gdy naruszony został przepis krajowy ustanawiający wymogi związane z wydatkowaniem środków finansowych budżetu Unii, przyjęty w obszarach nieuregulowanych prawem unijnym lub ustanawiający wymogi bardziej rygorystyczne od tych, które wynikają z przepisów prawa Unii. Analiza przepisów prawa Unii prowadzi więc do jednoznacznej konstatacji, iż wykrycie naruszenia czy to tego prawa, czy też prawa krajowego i uznanie go za nieprawidłowość, w rozumieniu art. 2 pkt 36 rozporządzenia 1303/2013, prowadzi do powstania obowiązków ustanowionych prawem unijnym, a wiążących się z wykryciem nieprawidłowości, w tym obowiązku odzyskania nienależnie pozyskanych kwot.
W tym miejscu warto przytoczyć treść orzeczenia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 19 października 2017 r. sygn. akt III SA/Gd 422/17, LEX nr 2392940, w którym wskazano, że w orzecznictwie sądowym ugruntowany został pogląd, że z przepisu art. 207 ust. 1 pkt 2 w zw. z art. 184 ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych [...] wynika, że wydatki związane z realizacją programów i projektów finansowanych ze środków pochodzących z budżetu UE są dokonywane zgodnie z procedurami określonymi w umowie międzynarodowej lub innymi procedurami obowiązującymi przy ich wykorzystaniu, przy czym te "inne procedury", o których mowa w art. 184 ust. 1 ww. ustawy, to także procedury określone w umowie między beneficjentem a Instytucją Zarządzającą (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 17 maja 2017r., sygn. akt II GSK 2420/15, z dnia 9 stycznia 2014 r., sygn. akt II GSK 1546/12). Również w wyroku z dnia 16 listopada 2017 r. sygn. akt II GSK 489/16 Naczelny Sąd Administracyjny zajął stanowisko, że procedury, jakich naruszenie może uzasadniać zastosowanie art. 207 ust. 1 pkt 2 u.f.p., mogą wynikać nie tylko z aktu prawa powszechnie obowiązującego, ale także z łączącej strony umowy o dofinansowanie, w której zostaje określony uzgodniony sposób działania beneficjenta. Sposób ten jest obowiązujący, a odstępstwo od niego bez wątpienia stanowi naruszenie procedur, o jakim mowa w art. 184 u.f.p.
W tej sytuacji podkreślenia wymaga, że jako naruszenie można uznać wszelkie odstępstwa od zapisów umowy lub też naruszenie przepisów prawa unijnego czy krajowego, które spowodowało lub mogło spowodować szkodę (uszczerbek) w budżecie ogólnym UE.
W przedmiotowej sprawie przytoczony powyżej pogląd ma o tyle doniosłe znacznie, gdyż strona skarżąca decydując się na realizację projektu finansowego ze środków europejskich w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020, a w konsekwencji podpisując w dniu 23 czerwca 2017 r. umowę o dofinansowanie projektu, zmienionej następnie aneksami: nr 1 z dnia 15 stycznia 2018 r., nr 2 z dnia 24 lipca 2018 r., nr 3 z dnia 29 maja 2019 r. oraz nr 4 z dnia 19 grudnia 2019 r., przyjęła zasady i warunki określone w tej umowie.
I tak, w § 2 ust. 5 umowy o dofinansowanie (w brzmieniu przyjętym aneksem nr 1 z dnia 15 stycznia 2018 r., k. 28 akt adm.) Beneficjent zobowiązał się do realizacji projektu zgodnie z postanowieniami umowy, zgodnie z wnioskiem o dofinansowanie i pozostałymi załącznikami do umowy oraz zgodnie z załącznikiem do Regulaminu konkursu pn. "Definicje wskaźników". Z § 3 ust. 2 umowy o dofinansowanie (w brzmieniu przyjętym aneksem nr 1, k. 29 akt adm.) wynika, że podpisując umowę o dofinansowanie, Beneficjent oświadczył, że zapoznał się z treścią dokumentów wynikających z § 3 ust. 1 ww. umowy, w tym m.in. z Załącznikiem nr 6 pn. "Warunki realizacji oraz rozliczania projektu", Załącznikiem nr 7 pn. "Korekty, pomniejszenia wydatków kwalifikowanych oraz zwroty środków" oraz Załącznikiem nr 8 pn. "Kontrola realizacji projektu (zakresy: merytoryczno-finansowy, zamówienia publiczne)" i zobowiązał się do stosowania zasad z nich wynikających.
Z kolei zgodnie z § 3 ust. 1 Załącznika nr 7 do umowy o dofinansowanie (k. 81 akt adm.), w sytuacji gdy zostanie stwierdzone, że Beneficjent wykorzystał całość lub część dofinansowania niezgodnie z przeznaczeniem, bez zachowania obowiązujących procedur lub pobrał całość lub część dofinansowania w sposób nienależny albo w nadmiernej wysokości, kwota nieprawidłowo wykorzystana jest zwracana przez Beneficjenta, odpowiednio w całości lub w części, wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych od dnia przekazania środków na rachunek Beneficjenta na zasadach określonych w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych.
W § 1 pkt 19 umowy o dofinansowanie (w brzmieniu przyjętym aneksem nr 3 z dnia 29 maja 2019 r., k. 63 akt adm.) jest strony ustaliły, że przez wydatki kwalifikowalne należy rozumieć wydatki uznane za kwalifikowalne zgodnie z Umową o dofinansowanie oraz zgodnie z: a) rozporządzeniem 1303/2013, b) Wytycznymi w zakresie kwalifikowalności wydatków w ramach Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności na lata 2014-2020, c) Szczegółowym Opisem Osi Priorytetowych. W § 4 ust. 1 umowy o dofinansowanie Beneficjent oświadczył, że zapoznał się z treścią wytycznych i zobowiązał się do ich stosowania (w brzmieniu przyjętym aneksem nr 3 z dnia 29 maja 2019 r., k. 64 akt adm.). Zgodnie natomiast z podrozdziałem 6.2 pkt 1 Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków, ocena kwalifikowalności wydatku polega na analizie zgodności jego poniesienia z obowiązującymi przepisami prawa unijnego i prawa krajowego, decyzją w sprawie zatwierdzenia wkładu finansowego na rzecz dużego projektu, umową o dofinansowanie i Wytycznymi oraz innymi dokumentami, do których stosowania beneficjent zobowiązał się w umowie o dofinansowanie (k. 131 akt adm.). Zgodnie zaś z podrozdziałem 6.3 pkt 1 lit. k Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków, wydatkiem niekwalifikowalnym jest m.in. podatek od towarów i usług (VAT), który może być odzyskany przez beneficjenta albo inny podmiot zaangażowany w projekt i wykorzystujący do działalności opodatkowanej produkty będące efektem jego realizacji, zarówno w fazie realizacyjnej jak i operacyjnej ha podstawie przepisów krajowych, tj. ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług oraz aktów wykonawczych do tej ustawy (k. 133 akt adm.).
Należy również zauważyć, że w podrozdziale 6.13 pkt 1 i 2 Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków (k. 134 akt adm.) wskazano, że podatki i inne opłaty, w szczególności podatek od towarów i usług (VAT), mogą być uznane za wydatki kwalifikowalne tylko wtedy, gdy brak jest prawnej możliwości ich odzyskania na mocy prawodawstwa krajowego. Dalej wskazano, iż warunek określony w pkt 1 oznacza, że zapłacony VAT może być uznany za wydatek kwalifikowalny wyłącznie wówczas, gdy beneficjentowi, ani żadnemu innemu podmiotowi zaangażowanemu w projekt oraz wykorzystującemu do działalności opodatkowanej produkty będące efektem realizacji projektu, zarówno w fazie realizacyjnej jak i operacyjnej, zgodnie z obowiązującym ustawodawstwem krajowym, nie przysługuje prawo (tzn. brak jest prawnych możliwości) do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego lub ubiegania się o zwrot VAT. Posiadanie wyżej wymienionego prawa (potencjalnej prawnej możliwości) wyklucza uznanie wydatku za kwalifikowalny, nawet jeśli faktycznie zwrot nie nastąpił, np. ze względu na nie podjęcie przez podmiot czynności zmierzających do realizacji tego prawa.
Zasady kwalifikowalności podatku VAT zostały uregulowane również w § 2 ust. 15 i nast. Załącznika nr 6 do umowy o dofinansowanie (k. 75 i 76 akt adm.). Zgodnie z ust. 16 podatek od towarów i usług może zostać uznany za kwalifikowalny (w całości/ w części) w ramach projektu tylko wtedy, gdy Beneficjent oraz każdy inny zaangażowany w realizację/eksploatację projektu podmiot nie może odzyskać kosztu podatku VAT (nie ma prawnej możliwości jego odzyskania). Podatek VAT w stosunku do wydatków, dla których Beneficjent odlicza ten podatek częściowo według proporcji ustalonej zgodnie z właściwymi przepisami ustawy o VAT, jest kwalifikowalny w części, która nie może zostać odzyskana z budżetu krajowego. W sytuacji gdy rzeczywisty współczynnik proporcji ustalony za dany rok jest wyższy niż współczynnik proporcji prognozowany, oznacza to, że Beneficjent ma prawo do odzyskania z budżetu państwa podatku VAT w wysokości wyższej niż pierwotnie zaplanował. W takiej sytuacji zwiększa się poziom VAT-u niekwalifikowalnego w projekcie, a Beneficjent jest zobowiązany do zwrotu środków wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych (ust. 19). Analogiczne zapisy zawiera również rozdział 1 pkt 5 Załącznika nr 7 do Szczegółowego Opisu Osi Priorytetowych (k. 143 akt adm.).
W ocenie Sądu, organ zasadnie stwierdził, że brak zwrotu środków wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych w sytuacji, gdy zwiększył się poziom VAT niekwalifikowalnego w projekcie (rzeczywisty współczynnik proporcji ustalony za dany rok jest wyższy niż współczynnik proporcji prognozowany), stanowi naruszenie procedur określonych w umowie o dofinansowanie. Prawidłowo zatem IZ RPO WM (po zaliczeniu dokonanych wpłat na poczet należności z tytułu zwrotu środków oraz odsetek od tych środków) podjęła działania, zmierzające do dochodzenia zwrotu nieprawidłowo wykorzystanego dofinansowania na zasadach określonych w art. 207 u.f.p.
Jak wynika z akt badanej sprawy, zwiększenie wskaźnika proporcji, w jakim przysługiwała stronie skarżącej możliwość odliczenia podatku VAT zostało zgłoszone do IZ RPO WM pismem z dnia 21 lutego 2020 r. Strona poinformowała, że w 2019 r. dokonywała odliczeń podatku VAT według planowanego prewskaźnika ze wskazaniem struktury 3,60%, natomiast rzeczywisty prewskaźnik ze wskaźnikiem struktury za 2019 r. wyniósł 3,90%. Wobec zaistniałej zmiany, zwiększyła się wartość podatku VAT możliwego do odzyskania przez stronę z budżetu państwa. Okoliczność ta zmniejszyła jednak jednocześnie zakres podatku VAT kwalifikowalnego w projekcie, obniżając tym samym wysokość podlegających rozliczeniu w projekcie kosztów pośrednich oraz spowodowała powstanie po stronie skarżącej, obowiązku zwrotu części dofinansowania wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych.
Zauważyć należy, że w odpowiedzi z dnia 2 lipca 2020 r. na wysłane przez IZ RPO WM wezwanie do zwrotu dofinansowania z dnia 18 czerwca 2020 r., strona skarżąca nie zakwestionowała zasadności zwrotu należności głównej. Odmówiła jednak zapłaty odsetek, które jej zdaniem zostały naliczone z naruszeniem przepisów art. 207 ust. 1 pkt 2, art. 207 ust. 8 u.f.p. oraz art. 184 u.f.p. Co więcej w dniu 3 lipca 2020 r. dokonała przelewu środków w kwotach odpowiadających należności głównej, bez uregulowania wysokości odsetek.
Nie budzi wątpliwości Sądu, że okoliczności faktyczne sprawy wskazują, iż strona skarżąca zwróciła zrefundowaną część podatku VAT, wyliczoną na podstawie przepisów art. 90c i art. 91 ust. 1 ustawy o VAT, które to wskazują, że podatnik jest zobowiązany dokonać korekty kwoty podatku naliczonego przy uwzględnieniu proporcji obliczonej dla zakończonego roku podatkowego oraz wyliczoną proporcjonalnie zrefundowaną część kosztów pośrednich.
W kontekście powyższego, prawidłowe jest stanowisko organu, że w okolicznościach przedmiotowej sprawy, zachodzi konieczność zwrotu ww. środków wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków do dnia ich zwrotu.
W tym miejscu stwierdzić należy, że w § 2 ust. 25 załącznika nr 6 do umowy o dofinansowanie (k. 76 akt adm.) w sposób niebudzący wątpliwości wskazano, że w każdym przypadku, gdy zachodzi konieczność zwrotu podatku VAT, który stał się kosztem niekwalifikowalnym w projekcie, ww. zwrot, na etapie, zarówno realizacji, kontroli, jak i trwałości projektu, odbywa się na zasadach określonych w ustawie o finansach publicznych (tj. wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków). Z kolei w odniesieniu do kosztów pośrednich, w § 2 ust. 7 załącznika nr 7 do umowy o dofinansowanie (k. 81 akt adm.) wskazane zostało, że w przypadku nałożenia korekty, koszty pośrednie, rozliczane zgodnie ze stawką ryczałtową, ulegają proporcjonalnemu obniżeniu i podlegają procedurze zwrotu, zgodnie z zasadami opisanymi w § 3 ww. załącznika, a więc zgodnie z zasadami określonymi w ustawie o finansach publicznych.
Nadmienić również należy, że na gruncie badanej sprawy, strona skarżąca miała wiedzę, że dopiero po upływie każdego roku podatkowego będzie musiała ustalić rzeczywisty wskaźnik proporcji, według którego ustalana będzie wysokość podatku VAT naliczonego, którą będzie mogła odliczyć od podatku należnego za dany rok podatkowy. Podpisując umowę o dofinansowanie miała też świadomość, że taka korekta może wpłynąć na zakres wydatków kwalifikowanych w projekcie i wiązać się z koniecznością zwrotu środków europejskich wraz z odsetkami jak dla zaległości podatkowych w przypadku, gdy rzeczywisty współczynnik proporcji ustalany za dany rok okaże się wyższy niż współczynnik proporcji prognozowany. Zasady te wprost wynikają z postanowień umowy o dofinansowanie.
Tym samym, wbrew twierdzeniom strony skarżącej, w okolicznościach badanej sprawy nie ma znaczenia, że dopiero po zakończeniu roku podatkowego ustala się, w jakiej części podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku VAT należnego o kwotę podatku naliczonego.
Ponadto wskazać należy, że sama strona skarżąca w oświadczeniu o kwalifikowalności podatku VAT z dnia 5 grudnia 2017 r. (k. 57 akt adm.) oświadczyła, że: "Zobowiązuję się do zwrotu zrefundowanej w ramach projektu części podatku VAT wraz z odsetkami, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku w przyszłości, w tym po okresie realizacji Projektu. Jestem świadomy, iż w każdym przypadku, gdy będzie konieczność zwrotu podatku VAT, który stanie się kosztem niekwalifikowalnym w projekcie, zwrot odbywać się będzie na zasadach określonych w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009r. o finansach publicznych (tj. wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia przekazania środków)".
Jednocześnie należy zwrócić uwagę, że powoływane przez stronę skarżącą wyroki Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 4 lipca 2016r., sygn. akt IV SA/GI 67/16 oraz utrzymujący go w mocy wyrok NSA z dnia 4 kwietnia 2017r., sygn. akt II GSK 5056/16, zostały wydane w odmiennym stanie faktycznym. Wyroki te dotyczyły innego, ogólnokrajowego stanu faktycznego, a mianowicie całkowitej zmiany wykładni przepisów dotyczących odzyskiwania podatku VAT przez jednostki samorządu terytorialnego i ich jednostki. Dotyczyły wydatków kwalifikowalnych, które były za takie uważane, zarówno przez organy podatkowe, jak i orzecznictwo sądów. Beneficjent posiadał ponadto indywidualną interpretację od właściwego organu, który fakt ten potwierdzał. Taka ocena zmieniła się dopiero z chwilą wydania uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego. Podkreślić należy, że w cyt. wyżej wyroku, w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, wydatek objęty wnioskiem o dofinansowanie ze środków unijnych, który w momencie zawierania stosownej umowy był uznawany za kwalifikowany (o czym przesądzała dominująca wykładnia przepisów prawa oraz indywidualna interpretacja uzyskana przez beneficjenta od właściwego organu), ma cechę nieprawidłowości, o której mowa jest w art. 2 pkt 7 i art. 98 ust. 2 rozporządzenia nr 1083/2006, jeżeli wskutek późniejszej zmiany wykładni prawa, wydatek ten został sfinansowany z innych źródeł, co w konsekwencji spowodowało, że beneficjent zwrócił instytucji zarządzającej otrzymaną wartość dofinansowania. Oceny tej nie zmienia również okoliczność, że w momencie zawierania umowy beneficjent działał w dobrej wierze, mając uzasadnioną podstawę do przyjęcia, że wydatek objęty wnioskiem jest kwalifikowany.
W kontekście powyższego, podkreślenia wymaga, że w niniejszej sprawie obowiązek zwrotu części dofinansowania, stanowiącego równowartość podatku VAT, który stał się kosztem niekwalifikowalnym w projekcie nie wynika ze zmiany linii orzeczniczej sądów administracyjnych, modyfikującej treść wydanych na rzecz beneficjentów interpretacji indywidualnych, którzy w momencie zawierania umowy o dofinansowanie działali w zaufaniu do obowiązującej wykładni prawa i nie mieli najmniejszego wypływu na jej zmianę, ale jest konsekwencją wzrostu prognozowanego przez Beneficjenta prewskaźnika ze wskaźnikiem struktury, który oznacza, że Beneficjent ma prawo do odzyskania z budżetu państwa podatku VAT w wysokości wyższej niż pierwotnie zaplanował. W takiej sytuacji zaistniała zatem przesłanka zwrotu sfinansowanego ze środków europejskich podatku VAT, który wbrew oświadczeniu strony był wydatkiem niekwalifikowalnym z uwagi na możliwość jego odliczenia, czego naturalną konsekwencją jest również obowiązek naliczenia odsetek. Jeszcze raz podkreślić należy, że nie bez znaczenia jest tu fakt, że strona, rozliczając w ramach kosztów kwalifikowalnych projektu, część podatku VAT od początku była świadoma, że: "W każdym przypadku, gdy będzie konieczność zwrotu podatku VAT, który stanie się kosztem niekwalifikowalnym w projekcie, zwrot odbywać się będzie na zasadach określonych w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009r. o finansach publicznych (tj. wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia przekazania środków)".
Wobec powyższego, część otrzymanych środków w ramach kosztów pośrednich, należy uznać za środki pobrane w nadmiernej wysokości w rozumieniu art. 207 ust. 1 pkt 3 u.f.p., które podlegają procedurze zwrotu wraz z odsetkami określonymi jak dla zaległości podatkowych.
Mając na uwadze powyższą argumentację, wskazać należy, że w badanej sprawie, organ nie miał możliwości odstąpienia od dochodzenia od strony skarżącej odsetek od należności podlegających zwrotowi w myśl art. 207 ust. 1 u.f.p. Obowiązek zwrotu środków europejskich wraz z odsetkami znajduje oparcie, zarówno w przepisach prawa, tj. w ustawie o finansach publicznych, jak i w obowiązującej stronę skarżącą, umowie o dofinansowanie.
W ocenie Sądu, w badanej sprawie doszło do zaistnienia nieprawidłowości w rozumieniu rozporządzenia 1303/2013, zaś szkoda dla budżetu Unii Europejskiej ma realny charakter, ponieważ sfinansowanie nieuzasadnionego wydatku, tj. wydatku niekwalifikowanego, jakim jest możliwy do odzyskania podatek VAT oraz pobranych w nadmiernej wysokości kosztów pośrednich, skutkuje realnym uszczupleniem budżetu UE. Szkoda obejmuje całość podatku VAT możliwego do odzyskania w zakresie wydatków, które zostały przedstawione i rozliczone we wnioskach o płatność oraz proporcjonalnie pomniejszoną wysokość kosztów pośrednich. W sprawie istnieje zatem możliwość ustalenia rzeczywistej szkody na podstawie wyliczenia konkretnej kwoty, o jaki uszczuplony został budżet UE.
W świetle powyższego, uznać trzeba, że w kontrolowanej decyzji, organ prawidłowo określił kwoty do zwrotu, termin, do którego są naliczane odsetki oraz sposób zwrotu środków i uczynił to w oparciu o obowiązujące przepisy prawa.
W konsekwencji, zarzuty skargi w zakresie naruszenia przez organ przepisów prawa materialnego, uznać należy za bezpodstawne.
Sąd nie dopatrzył się również naruszenia przez organ konstytucyjnej zasady sprawiedliwości społecznej. Z uwagi na to, że zarzut ten został przez stronę skarżącą podniesiony również w sprawie I SA/Kr 640/21 orzekający w niniejszej sprawie Sąd podziela rozważania zawarte w wydanym w tamtej sprawie wyroku z dnia 24 czerwca 2021 r. W związku z tym ponownie należy wyjaśnić, że zgodnie z treścią art. 2 Konstytucji RP, Rzeczpospolita Polska jest demokratycznym państwem prawnym, urzeczywistniającym zasady sprawiedliwości społecznej. Z przepisu tego wywodzona jest podstawowa wartość demokratycznego państwa prawnego, jaką jest prawo jednostki do obrony interesu prawnego. Nie można pomijać wskazanych uregulowań ustrojowych, gdyż system prawa jest spójny, czyli normy prawne konstruujące system są ze sobą niesprzeczne (por. np. T. Chauvin, T. Stawecki, P. Winczorek, Wstęp do prawoznawstwa, Warszawa 2009, s. 108-113). Oznacza to, że stosowanie danych norm prawnych nie może tworzyć sprzeczności z postanowieniami innych norm prawnych lub zaprzeczać ich obowiązywaniu. Przeciwnie, stosując daną normę prawną, należy mieć na względzie dyspozycję innych norm, obowiązujących w danym czasie tak, aby podjęte przez organ działanie było koherentne z wymogami prawa pojmowanego, jako całościowy system (por. wyrok NSA z dnia 9 lutego 2011r, sygn. akt II FSK 1796/09). Zasada legalizmu, wyrażona w art. 7 Konstytucji RP, który nakazuje organom władzy publicznej działanie na podstawie i w granicach prawa, wyklucza takie stosowanie prawa, które jednocześnie, naruszałoby przepisy Konstytucji RP i inne obowiązujące przepisy ustaw, czy ratyfikowanych umów międzynarodowych, które są źródłami powszechnie obowiązującego prawa.
Dlatego też nie można mówić, że ww. zasady zostały naruszone, bowiem organ działał na podstawie i granicach przepisów prawa oraz zawartej ze stroną skarżącą umowy, co również w niniejszej sprawie jest bardzo istotne. Zawierając bowiem umowę strona skarżąca, godziła się, że zawarte w niej postanowienia, będą przestrzegane, jak również, znając system podatku od towarów i usług, miała w pełni świadomość, że zadeklarowana proporcja może ulec zmianie, co będzie skutkować tym, że część podatku VAT, stanie się wydatkiem niekwalifikowanym w projekcie.
Odnosząc się do zarzutów naruszenia przepisów postępowania, stwierdzić należy, że nie ma racji skarżąca uczelnia, że zaskarżona decyzja została wydana przedwcześnie, tj. przed rozpatrzeniem przez Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie jej zażalenia na postanowienie z dnia 17 września 2020 r. o zaliczeniu wpłaconych przez nią należności. Podkreślić należy, że wydane na podstawie art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej postanowienie ma jedynie charakter deklaratoryjny. Oznacza to, że dokonana wpłata podlega zaliczeniu na poczet zaległości podatkowej z dniem jej dokonania, a wydane postanowienie jedynie odzwierciedla i potwierdza dokonanie czynności materialno-technicznej polegającej na rozliczeniu dokonanej przez podatnika wpłaty na poczet zaległości podatkowych, według zasad określonych w Ordynacji podatkowej. Postanowienie o zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowych nie ma znaczenia materialnego, gdyż zaliczenie następuje z mocy prawa. Co więcej, w postanowieniu tym, organ podatkowy nie orzeka o wysokości zaległości podatkowych ciążących na podatniku i nie prowadzi postępowania w tym zakresie. Tym samym wydane przez Samorządowe Kolegium Odwoławcze rozstrzygnięcie pozostawało bez wpływu na bieg toczącego się w niniejszej sprawie postępowania i wydaną w nim decyzję będącą przedmiotem skargi.
Na marginesie należy zauważyć, że jak wynika z pism Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie z dnia 31 maja 2021 r. i z dnia 17 czerwca 2021 r., postanowieniem z dnia 29 marca 2021 r. nr SKO.SW/4101/173/2020 Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie utrzymało w mocy postanowienie Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 17 września 2020 r. nr FE-I.3160.15.2020. Strona skarżąca nie wniosła skargi na postanowienie Kolegium.
Orzekający w niniejszej sprawie Sąd nie dopatrzył się również naruszenia przez organ pozostałych wymienionych w skardze przepisów postępowania.
W ocenie Sądu, organy obu instancji podjęły wszelkie niezbędne czynności do dokładnego wyjaśnienia sprawy, w sposób wyczerpujący zebrały materiał dowodowy i dokonując jego oceny zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów określonej w art. 80 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2020 r. poz. 256 ze zm., zwanej dalej k.p.a.), ustaliły wszystkie istotne do rozstrzygnięcia sprawy fakty, a następnie motywy podjętego rozstrzygnięcia przedstawiły w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, spełniającym kryteria określone w art. 107 § 3 k.p.a. Uzasadnieniu prawnym zaskarżonego rozstrzygnięcia, organ w sposób szczegółowy, wskazał źródła regulacji, odnoszące się do realizacji Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020, w tym art. 207 ust. 1 pkt 2 i 3 ustawy o finansach publicznych. Organ wyjaśnił, iż środki przeznaczone na realizację programów finansowanych ze środków europejskich, podlegają zwrotowi, jeśli zostały wykorzystane niezgodnie z przeznaczeniem, wykorzystane z naruszeniem procedur lub pobrane nienależnie lub w nadmiernej wysokości. Ponadto organ wyjaśnił, wskazując przepisy oraz orzecznictwo, o jakich procedurach jest mowa. Następnie wyjaśniono, co oznacza pobranie środków w nadmiernej wysokości (art. 207 ust. 1 pkt 3 ustawy o finansach publicznych) i w jakim momencie doszło do pobrania środków przez beneficjenta. Zatem nie można zgodzić się z argumentacją strony skarżącej, iż uzasadnienie decyzji jest wewnętrzne sprzeczne, niespójne i nielogiczne.
Zauważyć również należy, że organ poinformował stronę o terminie załatwienia sprawy, a także pouczył o przysługującym jej prawie do wypowiedzenia się, co do zebranych dowodów, materiałów i zgłoszonych żądań, zapoznania się z aktami sprawy oraz składania dodatkowych wyjaśnień i wniosków dowodowych (pismo z dnia 27 października 2020 r. nr FE-I.3160.15.2020 r., k. 174-175 akt adm.).
W świetle powyższych ustaleń należy stwierdzić, że zaskarżona decyzja Zarządu Województwa Małopolskiego jest zgodna z prawem, gdyż ani argumentacja skargi, ani też analiza akt sprawy nie ujawniła wad tego rodzaju, które mogły mieć wpływ na jej wynik, dlatego Sąd, działając na podstawie art. 151 p.p.s.a., orzekł jak w sentencji wyroku.
Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 17.07.2026. · Źródło