III SA/Kr 1639/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Maria Zawadzka Sędziowie Asesor WSA Magdalena Gawlikowska (spr.) Sędzia WSA Janusz Kasprzycki Protokolant specjalista Renata Nowak po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 19 marca 2026 r. sprawy ze skargi G. sp. z o.o. z siedzibą w K. na rozstrzygnięcie Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 14 listopada 2025 r., nr SP-V.432.1.122.2025.AR w przedmiocie nieuwzględnienia protestu I. stwierdza, że ocena projektu została przeprowadzona w sposób naruszający prawo i naruszenie to miało istotny wpływ na wynik oceny, i przekazuje sprawę Zarządowi Województwa Małopolskiego do ponownego rozpatrzenia; II. zasądza od Zarządu Województwa Małopolskiego na rzecz strony skarżącej G. sp. z o.o. z siedzibą w K. 697 (sześćset dziewięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania. Przedmiotem skargi jest rozstrzygnięcie Zarządu Województwa Małopolskiego z 14 listopada 2025 r., znak: SP-V.432.1.122.2025.AR nieuwzględniające protestu G. sp. z o.o. z siedzibą w K. (dalej: spółka, skarżąca, strona skarżąca). Rozstrzygnięcie to wydano w następującym stanie faktycznym i prawnym. Skarżąca 7 stycznia 2025 r. złożyła wniosek o dofinansowanie projektu pod tytułem: Rozwój firmy G. sp. z o. o. poprzez stworzenie Asystenta Al do systemu Smart Home G. w ramach naboru nr FEM FEMP.01.01-IP.01-065/24 Programu Fundusze Europejskie dla Małopolski 2021-2027 w ramach Priorytetu 1. Fundusze europejskie dla badań i rozwoju oraz przedsiębiorczości, Działanie 1.1 Projekty badawczo-rozwojowe przedsiębiorstw, typ projektu A. Prace B+R z przygotowaniem do wdrożenia. W dniu 16 września 2025 r. Zarząd Województwa Małopolskiego wydał uchwałę nr 2151/25 w sprawie zatwierdzenia listy ocenionych projektów oraz wyboru projektów do dofinansowania w ramach przedmiotowego naboru. Zgodnie z przywołaną uchwałą zatwierdzono listę projektów złożonych w odpowiedzi na przedmiotowy nabór i dokonano wyboru projektów. Utworzono również listę rezerwową, projektów, które spełniają kryteria oceny, ale alokacja na konkurs nie jest wystarczająca na wybranie tych projektów do dofinansowania. Dnia 22 września 2025 r. skarżąca otrzymała z Małopolskiego Centrum Przedsiębiorczości informację na temat wyniku oceny, z której wynikało, że projekt skarżącej uzyskał ostateczną ocenę negatywną i został umieszczony na liście rezerwowej. Wskazano, że projekt skarżącej spełnił wszystkie obligatoryjne kryteria oceniane w systemie zero-jedynkowym oraz uzyskał minimalną liczbę punktów w poszczególnych kryteriach merytorycznych punktowych, jednak alokacja na nabór nie wystarczyła na wybranie projektu skarżącej do dofinansowania. Z listy rezerwowej wynika, że projekt skarżącej uplasował się na jej pierwszym miejscu. W związku z negatywną oceną projektu, 6 października 2025 r. skarżąca wniosła do Instytucji Zarządzającej protest. W proteście zarzuciła naruszenie kryterium wyboru projektu: 16. Opłacalność wdrożenia pkt 3. Zgodnie z kryteriami, ocenie w ramach tego kryterium podlegała opłacalność wdrożenia innowacji będącej rezultatem prac B+R planowanych w ramach projektu. Zdaniem skarżącej przedstawiła ona projekcję spodziewanych korzyści (innych niż przychody) dla przedsiębiorcy w związku z wdrożeniem innowacji (np. zmniejszenie kosztów produkcji, skrócenie czasu produkcji), która bazowała na racjonalnych i realistycznych przesłankach. Przedmiotowe kryterium zostało ocenione na 10 na 15 możliwych punktów (2 punkty na 3 o wadze 5), bowiem oceniający uznali, że skarżąca w analizie finansowej (kolumna 6) nie przedstawiła projekcji spodziewanych korzyści (innych niż przychody) dla przedsiębiorcy w związku z wdrożeniem innowacji (0 pkt). Zdaniem skarżącej, w definicji ww. kryterium nie wskazano dokumentu analizy finansowej i kolumny 6 jako jedynego miejsca przeznaczonego do opisania ocenianych w ramach kryterium korzyści innych niż przychody, dlatego te kwestie zostały rozwinięte przez skarżącą w innych częściach projektu. Zaskarżonym rozstrzygnięciem z 14 listopada 2025 r. Zarząd Województwa Małopolskiego, nie uwzględnił protestu. Przyznano jednak, że wdrożenie wyników projektu pozwoli na osiągnięcie dodatkowych korzyści, a zatem pomimo braku opisania dodatkowych korzyści w analizie finansowej, potwierdzono, że projekt pozwoli na osiągnięcie innych korzyści niż np. przychody, bazujących na racjonalnych i realistycznych przesłankach. Instytucja Zarządzająca ostatecznie przyznała skarżącej 3 punkty (przed przemnożeniem przez wagę 5), tj. 15 punktów (po przemnożeniu przez wagę 5). W związku z tym, projekt uzyskał łącznie 74 punkty na 89 możliwych do uzyskania, co stanowi 83,15%. W konsekwencji projekt spełnił wszystkie obligatoryjne kryteria oceniane w systemie zero-jedynkowym i uzyskał minimalną liczbę punktów w poszczególnych kryteriach merytorycznych punktowych. Mimo to, uznano, że ze względu na wyczerpanie kwoty przeznaczonej na dofinansowanie projektu zgodnie z Uchwałą Nr 2151/25 Zarządu Województwa Małopolskiego z 16 września 2025 r. w sprawie zatwierdzenia listy ocenionych projektów oraz wyboru projektów do dofinansowania w ramach przedmiotowego naboru, wniosek nie mógł zostać wybrany do dofinansowania i pozostał na liście rezerwowej. Na ww. rozstrzygnięcie Zarządu Województwa Małopolskiego spółka wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie. Zaskarżonemu rozstrzygnięciu zarzuciła naruszenie: 1) art. 45 ust. 1 i 2 ustawy wdrożeniowej poprzez błędną jego wykładnię i przeprowadzenie postępowania w sposób niezapewniający przejrzystości i rzetelności, co skutkowało oczywiście błędną oceną merytoryczną złożonego przez skarżącą projektu i zaniżeniem punktacji, w sytuacji gdy projekt w istocie powinien otrzymać wyższą liczbę punktów i zakwalifikować się do dofinansowania bez konieczności prowadzenia postępowania odwoławczego i wynikającego z tego narażania na wyczerpanie środków na dofinansowanie projektów, co zresztą zostało potwierdzone i przyznane w zaskarżonym rozstrzygnięciu, 2) art. 69 ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 69 ust. 2 pkt 1 w zw. z art. 78 ustawy wdrożeniowej poprzez jego błędne zastosowanie i nieuwzględnienie złożonego przez skarżącą protestu mimo stwierdzenia przez organ zasadności zarzutów skarżącej w wyniku przeprowadzania ponownej oceny projektu oraz zwiększenia liczby przyznanych punktów, co powinno skutkować uwzględnieniem protestu i przyznaniem dofinansowania wobec tego, że projekt po ponownej weryfikacji uzyskał wynik plasujący go w gronie projektów przeznaczonych do dofinansowania, podczas gdy Instytucja Zarządzająca, pomimo pozytywnej ponownej oceny odmówiła uwzględnienia przyznania projektowi dofinansowania, 3) art. 77 ust. 2 pkt 1 w zw. z art. 77 ust. 3 w zw. z art. 61 ust. 1 ustawy wdrożeniowej poprzez błędną wykładnię pojęcia wyczerpania kwoty, polegającą na przyjęciu, że następuje ono w momencie wyboru podmiotu uzyskującego dofinansowanie, podczas gdy, gdy do wyczerpania środków dochodzi dopiero w momencie całkowitego i ostatecznego wyczerpania kwoty środków przeznaczonej na dofinansowanie projektów w ramach określonego działania oraz zawarcia umów o dofinansowanie, co w niniejszej sprawie nie miało miejsca na dzień wydawania zaskarżonego rozstrzygnięcia, 4) art. 78 w zw. z art. 61 ust. 4 ustawy wdrożeniowej w zw. z podrozdziałem 4.5 ust 16 oraz 5.4 ust. 1 Regulaminu poprzez ich niezastosowanie i w konsekwencji odmowę uwzględnienia protestu skarżącej z powodu rzekomego wyczerpania środków, w sytuacji, w której Instytucja Zarządzająca była uprawniona do zastosowania instrumentów prawnych umożliwiających wstrzymanie się z zawarciem umów o dofinansowanie, aby nie doprowadzić do wyczerpania środków i aby zagwarantować rzeczywistą ochronę odwołującej się skarżącej. Zdaniem skarżącej gdyby Instytucja Zarządzająca zastosowała ww. instrumenty wnikające z ustawy wdrożeniowej i regulaminu, w związku z postępowaniem odwoławczym oraz pozyskaniem wiedzy o okolicznościach mogących mieć wpływ na wynik oceny innych projektów, a które w przypadku zawarcia umowy na dofinansowanie mogą doprowadzić do wyrządzenia szkody w mieniu publicznym, to nie doszłoby do rzekomego wyczerpania środków, 5) art. 77 ust. 2 pkt 1 w zw. z art. 77 ust. 3 ustawy wdrożeniowej poprzez ich niewłaściwe zastosowanie i niewykazanie, że doszło do wyczerpania kwoty, podczas, gdy obowiązkiem Instytucji Zarządzającej powołującej się na ten fakt, jest szczegółowe wykazanie zaistniałych okoliczności. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie. Odpowiadając na zarzuty skargi wskazał, że zarzut określony w pkt 1 odnosi się do oceny projektu przeprowadzonej przez KOP, a przedmiotem zaskarżenia skargą do sądu administracyjnego jest rozstrzygnięcie protestu (w ramach którego doszło do merytorycznej zmiany oceny projektu w kryterium Opłacalność wdrożenia). Uznano więc, że zarzut ten jest całkowicie niezasadny w kontekście wniesionej skargi. Odnośnie zarzutu z pkt 2 podkreślono, że projekt skarżącej uzyskał ocenę negatywną, przy czym nastąpiło to nie ze względu na niespełnienie przez projekt kryteriów wyboru projektów (art. 56 ust. 5 ustawy wdrożeniowej), lecz w powołaniu na art. 56 ust. 6 ustawy wdrożeniowej. W związku z wyczerpaniem kwoty przeznaczonej na dofinansowanie projektów w danym naborze, nie było możliwe wybraniu projektu do dofinansowanie. W tych okolicznościach jedynym możliwym na gruncie ustawy wdrożeniowej rozstrzygnięciem, jakie mogło zostać wydane, było nieuwzględnienie protestu. Organ wskazał, że uwzględnienie zarzutów protestu i zwiększenie punktacji ocenianego projektu na etapie rozpatrywanie protestu od negatywnej oceny nie zawsze oznacza pozytywną ocenę projektu i nie zawsze jest równoznaczne z uwzględnieniem protestu. Jest to możliwe tylko wówczas, gdy zaistnieją przesłanki przewidziane w art. 69 ust. 2 pkt 1. W sytuacji wyczerpania kwoty przeznaczonej na dofinansowanie projektów w danym naborze (jak miało to miejsce w przedmiotowej sprawie) nie było możliwym wybranie projektu do dofinansowania, z tego też względu protest nie mógł zostać uwzględniony. Organ wskazał, że wbrew stanowisku skarżącej, w wyniku rozpatrzenia protestu (pomimo zwiększenia punktacji) z uwagi na wyczerpanie środków brak było postaw prawnych do aktualizacji informacji, o której mowa w art. 57 ust. 1 ustawy wdrożeniowej (wprowadzenia projektu skarżącej na 15 miejsce listy rankingowej projektów, którym przyznano dofinansowanie, zamiast umieszczenia go na liście rezerwowej). Jak podano, wprowadzenie projektu skarżącej na 15 miejsce listy rankingowej, oznaczałoby zmiany w pierwotnie zatwierdzonej liście projektów wybranych do dofinansowania polegające na usunięciu z niej innego projektu. Takie działanie, zdaniem organu, jest niemożliwe w świetle brzmienia przepisów ustawy wdrożeniowej. Odnośnie treści art. 77 ust. 3 ustawy wdrożeniowej organ podniósł, że wyczerpanie alokacji należy rozumieć szerzej niż to przyjmuje skarżąca, czyli nie tylko przez pryzmat zawarcia umów o dofinansowanie projektu, albo podjęcia decyzji o dofinansowaniu projektu, opiewających na całą kwotę przeznaczoną na realizację danego działania, ale także jako wybranie do dofinansowania i zatwierdzenie przez komisję projektów, które spełniają warunki do dofinansowania (przed podpisaniem umów lub wydaniem decyzji), opiewające na całą kwotę przeznaczoną na realizację określonego działania (tj. zgodnie z art. 57 ust.1 ustawy wdrożeniowej). Organ podniósł, że poziom wykorzystania alokacji w danym naborze był powszechnie wiadomy i wynikał z uchwały Zarządu Województwa Małopolskiego Nr 2151/25 z 16 września 2025 r. Dalej organ wskazał, że wbrew argumentacji skarżącej ustawa wdrożeniowa nie zawiera instrumentów prawnych umożliwiających wstrzymanie się z zawarciem umów o dofinansowanie projektów wybranych już do dofinansowania z powodu toczącej się procedury odwoławczej dotyczącej oceny o czym wprost świadczy treść art. 78 ustawy. Organ podał, że Podrozdział 4.5 Regulaminu dotyczy etapu oceny i wyboru, przytoczony w skardze ustęp 16 obejmuje sytuację, gdy pomiędzy wyborem projektu do dofinasowania, a przed zawarciem umowy o dofinansowanie tego projektu ujawnią się okoliczności mogące mieć negatywny wpływ na wynik oceny tego projektu. Taka sytuacja otwiera drogę do ponownej oceny takiego projektu. Analogiczny mechanizm przewidziany został na etapie zawierania umów o dofinansowanie w podrozdziale 5.4. ust. 1. Powyższe zapisy Regulaminu stanowią powtórzenie art. 61 ust. 8 ustawy wdrożeniowej, dotyczącego ponownej oceny projektu wybranego do dofinansowania. Przewidziana powyżej ponowna ocena projektu, który został już pozytywnie oceniony i został umieszczony na liście projektów wybranych do dofinansowania, aktualizuje się tylko wówczas, gdy przed zawarciem umowy o dofinansowanie ujawnią się okoliczności mogące mieć wpływ na wynik oceny tego, konkretnego projektu i uzasadnionym jest ponowna weryfikacja kwalifikacji tego projektu do dofinansowania w zakresie zgodności projektu z kryteriami oceny mającymi zastosowanie w danym naborze. Uzasadnieniem dla takiej ponownej oceny, nie są jednak, zdaniem organu, wyniki procedury odwoławczej dotyczącej innego projektu (np. zwiększenie punktacji projektu po rozpatrzeniu zarzutów z protestu). Organ podkreślił, że na gruncie ustawy wdrożeniowej przesłanką aktualizacji informacji z listą podmiotów wybranych do dofinansowania są przykładowo ostateczne rozstrzygnięcia procedury odwoławczej lub wybór projektów po zakończeniu postępowania (zgodnie z Podrozdziałem 9.1. pkt 10 Wytycznych dotyczących wyboru projektów na lata 2021-2027), jednak brak jest podstaw prawnych do przyjmowania, że aktualizacja takiej listy ma polegać w takich sytuacjach na usunięciu innych znajdujących się już na tej liście projektów, które otrzymały ocenę pozytywną i zostały wybrane do dofinansowania. Lista podmiotów wybranych do dofinansowania jest skutkiem przeprowadzonej oceny projektów, uwzględnia ona bowiem wyniki oceny projektów w ramach danego naboru. Podobnie aktualizacja tej listy jest skutkiem oceny projektów (np. w ramach procedury odwoławczej). Lista ta ani jej aktualizacja, nie jest natomiast przyczyną oceny projektów (ponownej oceny). Odnosząc się do zarzutu niewykazania, że doszło do wyczerpania kwoty przeznaczonej na dofinansowanie projektów w ramach naboru, wskazano, że z treści skargi wynika, że skarżąca znała zarówno wysokość alokacji dostępnej w ramach naboru, jak i kwotę, jaka została przeznaczona na projekty znajdujące się na liście projektów wybranych do dofinansowania. Informacje w tym zakresie zawarte zostały w powołanej w treści skargi Uchwale Zarządu Województwa Małopolskiego nr 2151/25 z dnia 16 września 2025 r. Dostępna w ramach przedmiotowego naboru kwota środków wynosiła 86 130 000 zł. Zgodnie z tą uchwałą na liście podstawowej projektów wybranych do dofinansowania znalazło się 21 projektów, na sumę 83 971 586,87 zł (97,49% dostępnej alokacji). Dostępnych środków pozostało zatem 2 158413,13 zł, natomiast kwota dofinansowania w przypadku projektu skarżącej wynosi 6 327 452,69 zł. Podkreślono, że uchwała nr 2151/25 Zarządu Województwa Małopolskiego zawierająca listę projektów wybranych do dofinansowania i listę rezerwową nie była zmieniana od czasu jej wydania tj. od 16 września 2025 r. Procedura odwoławcza w odniesieniu do wszystkich projektów, dla których złożone zostały protesty nie została zakończona, a dopiero po jej zakończeniu przeprowadzona zostanie ewentualna aktualizacja ww. list. Organ wskazał też, że z informacji uzyskanych z Małopolskiego Centrum Przedsiębiorczości, na dzień sporządzania niniejszej odpowiedzi na skargę, zostały zawarte umowy o dofinansowanie dla 20 projektów w ramach przedmiotowego naboru. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył, co następuje. Stosownie do treści art. 1 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz.U. z 2024 r., poz. 1267) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej pod kątem jej zgodności z obowiązującym prawem. Stosownie do art. 3 § 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r., poz. 143) dalej: "p.p.s.a.", sądy administracyjne orzekają także w sprawach, w których przepisy ustaw szczególnych przewidują sądową kontrolę i stosują środki określone w tych przepisach. Do takich ustaw szczególnych zalicza się dalej: "ustawa wdrożeniowa", która określa m.in. sposób wyboru projektów do dofinansowania oraz procedurę odwoławczą w sprawach dotyczących oceny projektów finansowanych ze środków europejskich. Zakres kontroli sprawowanej przez sądy administracyjne w procedurach wynikających z ustawy wyznacza art. 134 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 73 ustawy wdrożeniowej. Stosownie do pierwszego przepisu Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Zgodnie natomiast z art. 73 ust. 8 ustawy wdrożeniowej, w wyniku rozpoznania skargi sąd może: 1) uwzględnić skargę, stwierdzając, że: a) ocena projektu została przeprowadzona w sposób naruszający prawo i naruszenie to miało istotny wpływ na wynik oceny, przekazując jednocześnie sprawę właściwej instytucji w celu ponownego rozpatrzenia podjętego przez nią rozstrzygnięcia w przedmiocie nieuwzględnienia protestu, o którym mowa w art. 69 ust. 1 pkt 2, albo w przedmiocie negatywnej ponownej oceny, o której mowa w art. 69 ust. 4 pkt 2, b) pozostawienie protestu bez rozpatrzenia było nieuzasadnione, przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia właściwej instytucji, która pozostawiła protest bez rozpatrzenia; 2) oddalić skargę w przypadku jej nieuwzględnienia; 3) umorzyć postępowanie w sprawie, jeżeli jest ono bezprzedmiotowe. Sąd wskazuje też, że dokonując kontroli zaskarżonego aktu nie ma obowiązku odnosić się osobno do każdego z zarzutów podniesionych w skardze oraz innych pismach procesowych sprawy i do każdego z argumentów na ich poparcie, może je oceniać całościowo. Najistotniejsze jest to, aby z wywodów Sądu wynikało, dlaczego w sprawie doszło albo nie doszło do naruszenia prawa wskazanego w skardze (por. wyrok NSA z 18 października 2016 r., sygn. akt II GSK 702/15; wyrok NSA z 19 czerwca 2018 r., sygn. akt II GSK 2336/16; wyrok NSA z 18 kwietnia 2018 r., sygn. akt II GSK 2671/16). Zaskarżone w niniejszej sprawie rozstrzygnięcie zostało wydane na podstawie art. 56 ust. 6 ustawy wdrożeniowej. Z treści tego przepisu wynika min., że komisja oceny projektów przedstawia właściwej instytucji wyniki oceny projektów (ust. 1). Właściwa instytucja zatwierdza wyniki oceny projektów (ust. 2). Zatwierdzenie wyniku oceny niestanowiącego oceny negatywnej, o której mowa w ust. 5 i 6, oznacza wybór projektu do dofinansowania albo zakwalifikowanie projektu do kolejnego etapu oceny (ust. 3). Negatywną oceną jest każda ocena w zakresie spełniania przez projekt kryteriów wyboru projektów, na skutek której projekt nie może być zakwalifikowany do kolejnego etapu oceny lub wybrany do dofinansowania (ust. 5). Negatywna ocena, o której mowa w ust. 5, obejmuje także przypadek, w którym projekt nie może być wybrany do dofinansowania z uwagi na wyczerpanie kwoty przeznaczonej na dofinansowanie projektów w danym naborze (ust. 6). Podkreślenia w tym miejscu wymaga, że ustawa reguluje postępowanie sądowoadministracyjne pod wieloma względami odmiennie od trybu określonego w p.p.s.a. Ustawa p.p.s.a. znajduje bowiem odpowiednie zastosowanie jedynie w zakresie nieuregulowanym przez ustawę wdrożeniową, z wyłączeniem art. 52-55, art. 61 § 3-6, art. 115-122, art. 146, art. 150 i art. 152 p.p.s.a. (art. 76 ustawy wdrożeniowej). Szczegółowy tryb wnoszenia skargi został określony w art. 73 ustawy wdrożeniowej. W realiach kontrolowanej sprawy procedura odwoławcza została przez skarżącą wyczerpana. Po otrzymaniu informacji o wyniku oceny projektu, wniosła w terminie przewidzianym ustawą protest, który nie został uwzględniony. W ustawowym terminie 14 dni strona skarżąca złożyła skargę do WSA w Krakowie na nieuwzględnienie protestu. Skarżąca wnosząc skargę do Sądu zachowała wszystkie wymogi formalne i wyczerpała tryb zaskarżenia określony w ustawie, umożliwiając Sądowi dokonanie kontroli zaskarżonego aktu. Określając podstawę prawną kontrolowanego rozstrzygnięcia, wskazać należy, że postępowanie w sprawie prowadzone było w oparciu o przepisy ustawy wdrożeniowej oraz dokumenty (dostępne na stronie internetowej Fundusze Europejskie dla Małopolski 2021-2027) dotyczące naboru FEMP.01.01-IP.01-065/24, czyli w szczególności Regulamin wyboru projektów dla Priorytetu 1. Fundusze europejskie dla badań i rozwoju oraz przedsiębiorczości (dalej: "Regulaminem wyboru projektów"). Zgodnie z art. 6 ust. 2 ustawy wdrożeniowej, podstawę systemu realizacji programu mogą stanowić w szczególności przepisy prawa, wytyczne, szczegółowy opis priorytetów programu, opis systemu zarządzania i kontroli oraz instrukcje wykonawcze zawierające procedury działania właściwych instytucji. Jak stanowi art. 45 ust. 1 ustawy wdrożeniowej, właściwa instytucja przeprowadza postępowanie w zakresie wyboru projektów do dofinansowania w sposób przejrzysty, rzetelny i bezstronny. Właściwa instytucja zapewnia równy dostęp do informacji o warunkach i sposobie wyboru projektów do dofinansowania oraz równe traktowanie wnioskodawców (ust. 2). W okolicznościach niniejszej sprawy bezsporne było między stronami, że gdyby projekt skarżącej został pierwotnie prawidłowo oceniony przez MCP, znalazłby się na liście projektów objętych dofinansowaniem. Jedynym powodem nieuwzględnienia protestu przez było, stwierdzenie przez IZ wyczerpania kwoty alokacji na etapie wydawania zaskarżonego rozstrzygnięcia. Istota sprawy sprowadzała się zatem do rozstrzygnięcia jak należy rozumieć pojęcie "wyczerpania kwoty przeznaczonej na dofinansowanie", czy organ prawidłowo wywiązał się z obowiązku zbadania wyczerpania alokacji oraz czy (uwzględnienie zarzutów protestu) obligowało organ do uwzględnienia wyników procedury odwoławczej w sposób, który prowadził do umieszczenia skarżącej na liście projektów do dofinansowania w miejsce innego podmiotu, który pierwotnie na tej liście się znalazł. W zakresie wykładni pojęcia "wyczerpania kwoty przeznaczonej na dofinansowanie" wskazać należy, że zgodnie z art. 77 ustawy wdrożeniowej: 1. Prawomocne rozstrzygnięcie sądu, z wyłączeniem uwzględnienia skargi, o którym mowa w art. 73 ust. 8 pkt 1, kończy procedurę odwoławczą oraz procedurę wyboru projektu. 2. W przypadku gdy na jakimkolwiek etapie postępowania w zakresie procedury odwoławczej zostanie wyczerpana kwota przeznaczona na dofinansowanie projektów w ramach działania albo kategorii regionu, jeżeli w ramach działania kwota przeznaczona na dofinansowanie projektów jest podzielona na kategorie regionów: 1) właściwa instytucja, do której wpłynął protest, pozostawia go bez rozpatrzenia, informując o tym wnioskodawcę, pouczając jednocześnie o możliwości wniesienia skargi do sądu administracyjnego na zasadach określonych w art. 73; 2) sąd, uwzględniając skargę, wyłącznie stwierdza, że ocena projektu została przeprowadzona w sposób naruszający prawo i naruszenie to miało istotny wpływ na wynik oceny, nie przekazując sprawy do ponownego rozpatrzenia. 3. Przez wyczerpanie kwoty, o której mowa w ust. 2, należy rozumieć sytuację, w której środki przeznaczone na cel, o którym mowa w ust. 2, zostały rozdysponowane na projekty objęte dofinansowaniem w rozumieniu art. 61 ust. 1 oraz wybrane do dofinansowania w rozumieniu art. 43 w związku z art. 56 ust. 3, z zastrzeżeniem art. 61 ust. 3 i 4. 4. Właściwa instytucja niezwłocznie podaje do publicznej wiadomości na swojej stronie internetowej oraz na portalu informację o wyczerpaniu kwoty, o której mowa w ust. 2. Jednocześnie zgodnie z art. 61 ustawy wdrożeniowej w zakresie istotnym dla niniejszej sprawy w celu objęcia projektu dofinansowaniem właściwa instytucja, po wybraniu go do dofinansowania, zawiera z jego wnioskodawcą umowę o dofinansowanie projektu albo podejmuje decyzję o dofinansowaniu projektu (ust. 1). W przypadku projektu partnerskiego umowa o dofinansowanie projektu jest zawierana z partnerem wiodącym, o którym mowa w art. 39 ust. 9 pkt 4, będącym beneficjentem odpowiedzialnym za przygotowanie i realizację projektu (ust.2). Umowa o dofinansowanie projektu nie może być zawarta, a decyzja o dofinansowaniu projektu nie może być podjęta, w przypadku gdy: 1) wnioskodawca nie dokonał czynności, o których mowa w art. 51 ust. 1 pkt 10; 2) wnioskodawca został wykluczony z możliwości otrzymania dofinansowania na podstawie przepisów odrębnych; 3) wnioskodawca zrezygnował z dofinansowania; 4) doszło do unieważnienia postępowania w zakresie wyboru projektów (ust. 3). W uzasadnionych przypadkach właściwa instytucja może odmówić zawarcia umowy o dofinansowanie projektu albo odmówić podjęcia decyzji o dofinansowaniu projektu, jeżeli zachodzi obawa wyrządzenia szkody w mieniu publicznym w następstwie zawarcia umowy o dofinansowanie projektu albo podjęcia decyzji o dofinansowaniu projektu, w szczególności gdy w stosunku do wnioskodawcy będącego osobą fizyczną lub członka organów zarządzających wnioskodawcy niebędącego osobą fizyczną toczy się postępowanie karne lub karne skarbowe za przestępstwo składania fałszywych zeznań, przekupstwa, przeciwko mieniu, wiarygodności dokumentów, obrotowi pieniędzmi i papierami wartościowymi, obrotowi gospodarczemu, systemowi bankowemu albo inne związane z wykonywaniem działalności gospodarczej lub popełnione w celu osiągnięcia korzyści majątkowych, w związku z dofinansowaniem, które zostało udzielone ze środków publicznych na realizację projektu temu wnioskodawcy, podmiotowi powiązanemu z nim osobowo lub kapitałowo lub członkowi organów zarządzających tego wnioskodawcy lub podmiotu (ust. 4). Co prawda ww. przepis art. 77 ust. 2 i 3 ustawy wdrożeniowej dotyczy "wyczerpania kwoty przeznaczonej na dofinansowanie projektów w ramach działania albo kategorii regionu, jeżeli w ramach działania kwota przeznaczona na dofinansowanie projektów jest podzielona na kategorie regionów" to jednak w orzecznictwie stosuje się zawarte w ust. 3 tego przepisu rozumienie "wyczerpania kwoty przeznaczonej na dofinansowanie" także odnośnie zawartego w art. 56 ust. 6 ustawy wdrożeniowej pojęcia "wyczerpania kwoty przeznaczonej na dofinansowanie projektów w danym naborze" (por. wyrok WSA w Krakowie z 11 czerwca 2025 r. sygn. akt III SA/Kr 379/25, wyrok WSA w Krakowie z 27 sierpnia 2025 r., sygn. akt III SA/Kr 469/25, wyrok WSA w Krakowie z 4 grudnia 2025 r., sygn. akt III SA/Kr 889/25). W orzecznictwie sądów administracyjnych podkreśla się jednolicie, że: "przez wyczerpanie kwoty przeznaczonej na dofinansowanie projektów dla danego działania należy rozumieć zawarcie umów o dofinansowanie projektu albo podjęcie decyzji o dofinansowaniu projektu, opiewające na całą kwotę przeznaczoną na realizację danego działania oraz wybranie do dofinansowania i zatwierdzenie przez komisję projektów spełniające warunki do dofinansowania (przed podpisaniem umów lub wydaniem decyzji), opiewające na całą kwotę przeznaczoną na realizacje określonego działania, o ile względem zgłoszonych projektów nie zachodzą przesłanki opisane w art. 61 ust. 3 i 4, uniemożliwiające zawarcie stosownych umów lub wydanie decyzji. Takimi przesłankami mogą być przykładowo: niedokonanie przez wnioskodawcę wymaganych czynności; wykluczenie wnioskodawcy z możliwości otrzymania dofinansowania; rezygnacja wnioskodawcy z dofinansowania; unieważnienie postępowania w zakresie wyboru projektów czy też obawa wyrządzenia szkody w mieniu publicznym (...). Przyjęcie takiego rozumienia wyczerpania alokacji oznacza, że obowiązkiem organu w ramach procedury odwoławczej jest bieżące monitorowanie czy kwota przeznaczona na dofinansowanie projektów w ramach danego działania nie została wyczerpana" (wyrok NSA z 1 października 2025 r., sygn. akt I GSK 1056/25). Jednocześnie w doktrynie i orzecznictwie podnosi się, że okoliczność wyczerpania kwoty przeznaczonej do dofinansowania powinna wynikać z akt sprawy. "W przypadku gdy organ twierdzi, że zostały wyczerpane środki na dofinansowanie, obowiązkiem sądu jest zbadanie faktu, czy podnoszone przez organ okoliczności zostały udowodnione oraz czy w toku postępowania organ kierował się przepisami prawa i systemu oceniania. Nie do zaakceptowania byłaby bowiem w świetle art. 2 Konstytucji RP sytuacja braku weryfikacji, czy organ zgodnie z przyjętymi zasadami wydatkował środki publiczne. Brak możliwości kontroli takiego postępowania organu skutkowałby uznaniem kontroli sądu administracyjnego za iluzoryczną i pozorną" (P. Czubała, P. Pietrasz [w:] Ustawa o zasadach realizacji zadań finansowanych ze środków europejskich w perspektywie finansowej 2021-2027. Komentarz, red. M. Perkowski, R. Poździk, Warszawa 2023, art. 73 i powołany tamże wyrok NSA z 11 kwietnia 2019 r. I GSK 378/19). Zatem to na właściwej instytucji spoczywa ciężar dowodu polegający na wykazaniu, że owo wyczerpanie miało miejsce. W realiach niniejszej sprawy ani z akt, ani z treści zaskarżonego rozstrzygnięcia nie wynika, aby kwestia wyczerpania kwoty przeznaczonej do dofinansowania była przedmiotem badania w zakresie, jaki wynika z art. 77 ust. 3 in fine ustawy wdrożeniowej. Należy zgodzić się ze stanowiskiem organu wyrażonym w odpowiedzi na skargę, że wyczerpanie alokacji następuje nie tylko w przypadku zawarcia umów o dofinansowanie projektu czy podjęcia decyzji o dofinansowaniu projektu ale także w przypadku wybrania do dofinansowania i zatwierdzenia przez komisję projektów spełniających warunków do dofinansowania (przed podpisaniem umów lub wydaniem decyzji). Jednakże organ pomija, zastrzeżenie ustawodawcy, że chodzi o projekty wybrane do dofinansowania, względem których nie zachodzą przesłanki opisane w cyt. wyż art. 61 ust. 3 i 4, uniemożliwiające zawarcie stosownych umów lub wydanie decyzji. W tych okolicznościach nie można się zgodzić z organem, że już sama treść uchwały Zarządu Województwa Małopolskiego z 16 września 2025 r. Nr 2151/25 w sprawie zatwierdzenia listy ocenionych projektów oraz wyboru projektów do dofinansowania w ramach przedmiotowego naboru świadczyła o wyczerpaniu kwoty przeznaczonej do dofinansowania. Organ nie przedstawił żadnych danych, które pozwalałyby ocenić, czy wobec innych wnioskodawców (pierwotnie zakwalifikowanych do dofinansowania), nie zachodzą przesłanki opisane w art. 61 ust. 3 i 4 ustawy wdrożeniowej. Organ oświadczył jedynie, że w przypadku 20 na 21 projektów objętych do dofinansowania zostały zawarte umowy. W ocenie Sądu jest to niewystarczające. Organ nie dokonał więc wnikliwiej i rzetelnej analizy tej kwestii na etapie rozpoznawania protestu, przez co dopuścił się naruszenia art. 45 ustawy wdrożeniowej. W ponownym postępowaniu organ ustali i wykaże w swoim rozstrzygnięciu jaka kwota pozostaje do alokowania oraz na jakim etapie (w szczególności dotyczącym okoliczności, o których mowa w art. 61 ust. 3 i 4 ustawy wdrożeniowej) pozostaje procedura dofinansowania pozostałych projektów. Sąd nie podzielił natomiast zapatrywania skarżącej jakoby organ miał narzędzia prawne do wstrzymania się z zawieraniem umów do czasu rozstrzygnięcia procedury odwoławczej, a także aby istniała prawna możliwość aktualizacji listy projektów do dofinansowania poprzez zastąpienie podmiotu pierwotnie wybranego do dofinansowania podmiotem takim jak skarżąca, tj. gdy zarzuty protestu zostały uwzględnione, a jedynym powodem nieuwzględnienia protestu było wyczerpanie kwoty dofinansowania. Zgodnie z treścią art. 78 ustawy wdrożeniowej procedura odwoławcza, o której mowa w art. 63-77, nie wstrzymuje zawierania umów o dofinansowanie z wnioskodawcami, których projekty zostały wybrane do dofinansowania. Rację ma organ, że podstawą do uwzględnienia stanowiska skarżącego nie może być art. 61 ust. 8 ustawy wdrożeniowej, zgodnie z którym, jeżeli właściwa instytucja po wybraniu projektu do dofinansowania, a przed zawarciem umowy o dofinansowanie projektu albo podjęciem decyzji o dofinansowaniu projektu poweźmie wiedzę o okolicznościach mogących mieć negatywny wpływ na wynik oceny projektu, ponownie kieruje projekt do oceny w stosownym zakresie, o czym informuje wnioskodawcę. Przepisy rozdziału 14 i rozdziału 16 stosuje się odpowiednio. Sąd podziela stanowisko organu, że okoliczności, o których mowa w tym przepisie dotyczą tego samego projektu wybranego do dofinansowania, a nie innego projektu. Zdaniem Sądu również art. 69 ust. 2 pkt 1 ustawy wdrożeniowej daje podstawę do wybraniu projektu do dofinansowania i aktualizacji informacji, o której mowa w art. 57 ust. 1 jedynie w przypadku uwzględnienia protestu, co z kolei może nastąpić, jeżeli nie została wyczerpana kwota przeznaczona na dofinansowanie projektów w danym naborze. W przeciwnym razie musiałoby się to wiązać z koniecznością wyeliminowania podmiotu wybranego do dofinansowania na rzecz podmiotu, dla którego pozytywnie zakończyła się procedura odwoławcza. Tymczasem w wyroku z 1 października 2025, sygn. akt I GSK 1056/25 NSA wykluczył możliwość aktualizowania listy projektów wybranych do dofinansowania po przeprowadzeniu procedury odwoławczej innych podmiotów, w sytuacji wyczerpania alokacji. Stwierdzono tam, że wprowadzenie w zaktualizowanej liście, do grupy projektów, które uzyskały dofinansowanie wnioskodawców, których wnioski ostatecznie uzyskały, po rozpatrzeniu ich protestu, punktację kwalifikującą do otrzymania dofinansowania, zaś wynik punktowy oceny byłby wyższy od wniosków już zakwalifikowanych do dofinansowania i umieszczonych na liście - naruszałoby prawa tych wnioskodawców, którzy w dobrej wierze z tych środków skorzystali. Orzekający w niniejszej sprawie Sąd w pełni podziela stanowisko wyrażone w tym wyroku oraz wyrokach tam powołanych i przyjmuje za własne. Z ww. powodów, Sąd orzekł w pkt I sentencji wyroku, zgodnie z art. 73 ust. 8 pkt 1 ustawy wdrożeniowej. Przy ponownym rozpoznaniu organ przeprowadzi ponownie ocenę, uwzględniając ocenę prawną zawartą w uzasadnieniu niniejszego wyroku. O kosztach postępowania Sąd orzekł w pkt II sentencji wyroku na podstawie art. 200 w zw. art. 205 § 2 p.p.s.a.