I SA/Ol 88/20

WyrokWSA w Olsztynie2020-07-31

Skład orzekający: Jolanta Strumiłło, Renata Kantecka, Katarzyna Górska

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O miał podstawy do przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe, a następnie do wydania decyzji określającej zobowiązanie podatkowe w VAT, jeśli podatnik złożył korekty deklaracji zgodne z wynikiem kontroli i zapłacił wynikające z nich zaległości, a następnie złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty wraz z kolejnymi korektami do innego organu?
Ratio decidendi
Kontrola celno-skarbowa nie mogła zostać przekształcona w postępowanie podatkowe, ponieważ podatnik złożył korekty deklaracji zgodne z wynikiem kontroli i zapłacił wynikające z nich zaległości, a organ uwzględnił te korekty. Ponadto, Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O nie był właściwy rzeczowo ani miejscowo do prowadzenia postępowania podatkowego w sytuacji, gdy podatnik złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty wraz z korektami do Naczelnika Urzędu Skarbowego w B. Złożenie korekty deklaracji wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty nie wywołuje skutków prawnych do czasu rozstrzygnięcia wniosku przez właściwy organ, a ewentualne postępowanie wymiarowe lub dowodowe powinien prowadzić organ właściwy do rozpoznania wniosku o nadpłatę.
Stan faktyczny
Spółka A złożyła skargę na decyzję Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego utrzymującą w mocy decyzję organu I instancji określającą zobowiązanie podatkowe w VAT za okres czerwiec-listopad 2014 r. i umarzającą postępowanie za styczeń-maj 2014 r. Organ I instancji zakwestionował prawo do odliczenia VAT z faktur dokumentujących zakup bejcy i usług pośrednictwa/transportu, uznając transakcje za nierzeczywiste i część oszustwa karuzelowego. Spółka zarzuciła naruszenie przepisów o właściwości rzeczowej i miejscowej, twierdząc, że kontrola celno-skarbowa nie powinna zostać przekształcona w postępowanie podatkowe, a decyzje zostały wydane przez niewłaściwy organ. Skarżąca podniosła również zarzuty dotyczące braku rozpatrzenia materiału dowodowego i naruszenia prawa do obrony.
Rozstrzygnięcie
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie stwierdził nieważność zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego i zasądził zwrot kosztów postępowania.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Jolanta Strumiłło (sprawozdawca) Sędziowie sędzia WSA Renata Kantecka asesor WSA Katarzyna Górska Protokolant stażysta Elżbieta Parda po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 23 lipca 2020r. sprawy ze skargi spółki A na decyzję Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego z dnia "[...]", nr "[...]" w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od stycznia do grudnia 2014r. I. stwierdza nieważność zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika Urzędu Celno - Skarbowego z dnia 19 lipca 2019r.; II. zasądza od Naczelnika Urzędu Celno -Skarbowego w Olsztynie na rzecz skarżącej spółki A kwotę 31 095 (trzydzieści jeden tysięcy dziewięćdziesiąt pięć) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Spółka A w T (dalej powoływana jako "podatnik", "strona", "skarżąca", "Spółka") wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie skargę na decyzję Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego (dalej powoływany m.in. jako "organ", "organ II instancji") z dnia "[...]" r., w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od stycznia do grudnia 2014r. Decyzją z "[...]"r. Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w O (jako organu I instancji) z "[...]"r. którą określono kwotę zobowiązania podatkowego za poszczególne miesiące od czerwca do listopada 2014r. i umorzono postępowanie podatkowe w zakresie przestrzegania przepisów prawa podatkowego w podatku od towarów i usług za styczeń, luty, marzec, kwiecień i maj 2014r. Natomiast w zakresie określenia kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc za grudzień 2014r. organ II instancji uchylił decyzję organu I instancji i w tym zakresie umorzył postępowanie. Jak wynika z akt sprawy, organ I instancji przeprowadził kontrolę celno-skarbową, która została przekształcona w postępowanie podatkowe w zakresie przestrzegania przepisów prawa podatkowego w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od stycznia do grudnia 2014r. W uzasadnieniu decyzji organu I instancji wskazano, że strona w kontrolowanym okresie czasu uczestniczyła w łańcuchach transakcji, określanych jako karuzela podatkowa, mających na celu wyłudzenie podatku od towarów i usług. Organ stwierdził, że Spółka pełniła rolę brokera tj. podmiotu, który korzystając z opodatkowania stawką podatkową 0% dostaw towarów do krajów Unii Europejskiej, występuje o zwrot podatku VAT, który w rzeczywistości nie został uregulowany na wcześniejszych etapach obrotu przez tzw. znikających podatników. Organ ustalił, że faktury przyjęte przez stronę do rozliczenia od czerwca 2014r. do listopada 2014r. – z tytułu zakupu profesjonalnej bejcy do drewna, wystawione przez N Sp. z o.o. z siedzibą w Z, a następnie faktury wystawione przez stronę na odsprzedaż tego towaru w ramach wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów na rzecz podmiotów ze Słowacji tj. X s.r.o. i S s.r.o. nie dokumentują rzeczywistych transakcji gospodarczych. Organ I instancji zakwestionował także prawo do odliczenia podatku z faktur dokumentujących zakup usług pośrednictwa (wystawionych przez firmę R Sp. z o.o.) oraz usług transportowych (wystawionych przez firmy: K., P., O., T., D.), związanych z handlem bejcą, jako nie wykorzystywanych przez Spółkę do wykonywania czynności opodatkowanych. Organy stwierdziły, że strona co najmniej nie dochowała należytej staranności i nie podjęła wystarczających działań przed uchronieniem się od udziału w łańcuchach transakcji stanowiących oszustwo na tle podatku od towarów i usług. Organ w oparciu o przepisy art. 86 ust.1 i 2 pkt 1 lit. a w związku z przepisami art. 88 ust. 3a pkt 4 lit.a ustawy z 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz.U.2020.106 t.j. z dnia 2020.01.23 ze zm.; dalej jako ustawa VAT), pozbawił stronę prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający ze spornych faktur w łącznej kwocie "[...]"zł. Uznano również, że wystawione na rzecz słowackich kontrahentów przez stronę faktury, nie dokumentowały wykonania faktycznych wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów. Tak więc kwoty netto transakcji wynikające z tych faktur nie podlegały rozliczeniu w deklaracjach VAT-7 na łączną kwotę "[...]" zł. W konsekwencji organ określił kwotę zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za miesiące czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik i listopad 2014r. oraz kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc za grudzień 2014r. Organ uznał, że postępowanie podatkowe nie wykazało nieprawidłowości w rozliczeniu podatku za poszczególne miesiące od stycznia do maja 2014r. Spółka nie zgodziła się z powyższym i złożyła odwołanie żądając uchylenia zaskarżonej decyzji i przekazania akt postępowania właściwemu organowi podatkowemu do rozpatrzenia. Organ II instancji zaskarżoną decyzją utrzymał w mocy decyzję organu I instancji w zakresie rozliczenia podatku VAT za okres od stycznia do listopada 2014r. a co do rozliczenia podatku VAT za grudzień 2014r. uchylił decyzję organu I instancji i umorzył w tym zakresie postępowanie. W skardze do Sądu strona domagała się uchylenia zaskarżonej decyzji i decyzji organu I instancji w całości ewentualnie stwierdzenia nieważności decyzji organów obu instancji. Skarżąca zarzuciła naruszenie przepisów zarówno prawa procesowego jak i prawa materialnego, w szczególności: • art. 15 § 1, art.247 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej w związku z art. 28 ust. 1 pkt 1, art. 83 ust.1,2,4 ustawy z 16 listopada 2016r. o Krajowej Administracji Skarbowej poprzez wydanie decyzji przez organ niewłaściwy rzeczowo i miejscowo; • art.75 § 3, § 4, art.81b § 2a Ordynacji podatkowej w związku z art.87 ust.2, art.99 ust.12 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług przez uznanie, że korekta deklaracji złożona jako załącznik do wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku wywołuje samoistnie skutek prawny w postaci zmiany rozliczenia podatnika i niweluje skutki prawne korekty deklaracji złożonej w wykonaniu ustaleń wyniku kontroli celno-skarbowej; • art.99 ust. 12 ustawy o podatku od towarów i usług przez pominięcie skutków prawnych złożenia deklaracji VAT-7 za sporne okresy w wykonaniu ustaleń wyniku kontroli, a także zapłaty zaległości podatkowych z odsetkami, które z tych korekt wynikały; • art.210 § 4 Ordynacji podatkowej przez wewnętrznie sprzeczne i niejednoznaczne uzasadnienie decyzji, uniemożliwiające ustalenie przyczyn zastosowania przepisów prawa materialnego; • art.86 ust.1 w związku z art.88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług przez zakwestionowanie prawa do odliczenia podatku naliczonego w okolicznościach, w których nie ustalono działania w celu uzyskania korzyści podatkowej, ani nie wykazano, że korzyść taką uzyskano, a także nie wykazano nierzeczywistego charakteru transakcji; • art.42 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług przez bezzasadne zakwestionowanie prawa do zastosowania stawki 0% w dokonanych dostawach wewnątrzwspólnotowych; • art.120, 121 § 1, 122 w związku z art. 180, 187 § 1, 191, 192, 188, 210 § 4 Ordynacji podatkowej przez brak rozpatrzenia i oceny całości materiału dowodowego, ocenę dowodów z przekroczeniem granic swobodnej oceny dowodów oraz odmowę przeprowadzenia dowodów wnioskowanych przez stronę w celu wykazania okoliczności istotnych dla wyjaśnienia sprawy oraz uniemożliwienie stronie zapoznania się z całością materiału dowodowego, na podstawie którego wydano zaskarżone decyzje tj. z naruszeniem prawa do obrony i czynnego udziału w postępowaniu. W uzasadnieniu skargi strona podkreśliła, że z powodu naruszenia przez organy przepisów o właściwości rzeczowej i miejscowej decyzja dotknięta jest nieważnością. Spółka zarzuciła, że postępowanie podatkowe nie zostało wszczęte przez właściwy organ. Strona podkreśliła, że właściwym organem jest Naczelnik Urzędu Skarbowego w B, gdyż to przed tym organem toczyło się postępowanie o zwrot nadpłaty podatku VAT na skutek złożonego "[...]"r. wniosku, a nie zaistniały przesłanki do przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe (zgodnie z art. 83 ust.1 pkt 2 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej z 26. 04.2019. t.j., Dz. U. 2019.768 ze zm. – dalej powoływana jako ustawa o KAS), ponieważ Spółka po kontroli celno-skarbowej złożyła prawnie skuteczne korekty deklaracji za kontrolowane okresy, zgodnie z wynikiem kontroli. Korekty te organ uwzględnił zawiadomieniem z "[...]"r. Strona podkreśliła, że organ nie dostrzega różnicy pomiędzy ponownym skorygowaniem deklaracji po zakończeniu kontroli (art. 87 ustawy o KAS), a korektą deklaracji złożoną z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty (art. 75 § 3 Ordynacji podatkowej). Zdaniem skarżącej w sytuacji gdy zostały złożone deklaracje korygujące po doręczeniu wyniku kontroli, a skarżąca zapłaciła wynikające z tych korekt zaległości z odsetkami zaś organ uwzględnił te korekty – nie zachodzą podstawy do przekształcenia zakończonej kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. Spółka podkreśliła, że jej działanie nie było pozorne gdyż miała prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku, a złożenie "[...]"r. deklaracji korygujących za sporne okresy nie miało na celu "zniwelowania ustaleń zawartych w korektach deklaracji z "[...]"r." ponieważ Spółka zapłaciła zaległy podatek z odsetkami. Skarżąca wskazała, że złożenie deklaracji korygujących było spełnieniem obowiązku wynikającego z przepisów art.75 § 3 Ordynacji podatkowej, gdzie wskazano, że razem z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty należy złożyć korektę deklaracji. Gdyby złożenie deklaracji w tym trybie miało inny cel skarżąca byłaby wezwana do złożenia korekt zgodnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Skarżąca podkreśliła, że skuteczność tych korekt była zawieszona do czasu rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty przez właściwy organ. Bowiem gdy organ zwróciłby nadpłatę, bez wydawania decyzji, złożone korekty wywołują skutki prawne zgodnie z treścią art. 75 § 4 Ordynacji podatkowej, w razie zaś odmowy stwierdzenia nadpłaty, korekty nie wywołują skutków prawnych. Skarżąca wskazała, że do momentu rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty z "[...]"r. w mocy pozostawały deklaracje korygujące z "[...]"r. uwzględniające w całości ustalenia zakończonej kontroli celno-skarbowej. Skarżąca podała również, że Naczelnik Urzędu Skarbowego w B decyzją z dnia "[...]"r. odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty podatku od towarów i usług za czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik i listopad 2014r., dlatego zdaniem Spółki korekty deklaracji złożone "[...]"r. nie wywołały skutków prawnych i nie spowodowały zmiany rozliczenia podatku od towarów i usług Spółki. Skarżąca podkreślił, że nie było podstaw do przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe, tym samym nie było podstaw do wydania decyzji przez organy I i II instancji. Organy nie były więc właściwe ani rzeczowo ani miejscowo do wydania zaskarżonej decyzji. Skarżąca zarzuciła również brak rozpatrzenia i oceny całości materiału dowodowego, ocenę dowodów z przekroczeniem granic swobodnej oceny dowodów, pominięcie dowodów wnioskowanych przez skarżącą, jak również uniemożliwienie zapoznania się przez skarżącą z całością materiału dowodowego w sprawie. Podkreśliła, że materiał dowodowy zebrany w sprawie nie jest kompletny. Powołując się na orzecznictwo sądów zaakcentowała, że rozbieżność pomiędzy opisem towaru na fakturze, a rzeczywistym przedmiotem dostawy nie skutkuje automatycznie uznaniem faktury za "pustą", o ile w toku postępowania ustalono, że do dostawy doszło i co było jej przedmiotem, a dla pozbawienia podatnika prawa do odliczenia konieczne jest wykazanie, że faktycznie dostarczony towar nie podlega zasadom ogólnym albo że doszło do świadomego udziału w oszustwie podatkowym czego organy w sprawie nie wykazały, a bezsporne jest, że dostawy miały miejsce. Skarżąca wskazywała również, że w spornych transakcjach działała w dobrej wierze, weryfikowała swoich kontrahentów i żadne okoliczności nie wskazywały by działała w łańcuchu dostaw. Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie. W uzasadnieniu wskazał, że w sprawie uzasadnione było przekształcenie kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. Strona złożyła "[...]" r. ponowne korekty deklaracji VAT-7 cofające ustalenia kontroli celno-skarbowej przed upływem 14 dni od doręczenia wyniku kontroli, a więc organ uznał, że korekty te zniwelowały skutki złożonych korekt z "[...]"r. Zdaniem organu kolejne korekty deklaracji – złożone po zakończeniu kontroli celno-skarbowej należało traktować jako oświadczenie podatnika zastępujące poprzednie rozliczenia podatku za poszczególne miesiące 2014r. organ wskazał, że w sytuacji gdy ocena prawna rozliczenia podatku VAT dokonana przez organ w kontroli celno-skarbowej została w całości zakwestionowana przez stronę obowiązkiem organu było zbadanie rozliczenia podatku w postępowaniu podatkowym. Organem właściwym do przeprowadzenia postępowania podatkowego, jak argumentował organ, był Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O, niezależnie od tego, że organem właściwym do rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty był Naczelnik Urzędu Skarbowego w B. Organ podkreślił również, że korekta deklaracji podatkowej złożona przy wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest oświadczeniem wiedzy podatnika co do zakresu jego zobowiązania podatkowego i wywołuje skutki podatkowe do czasu dopóki nie zostanie zakwestionowana przez organy. Stwierdzono, że organ odwoławczy nie był związany postanowieniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w K w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu równicy podatku VAT za sierpień 2014r., organy bowiem nie są związane rozstrzygnięciami innych organów podatkowych. Każde postępowanie jest odrębne od innych postępowań, a rozstrzygnięcie jako akt administracyjny wydawane w indywidualnej sprawie jest wiążące tylko wyłącznie w tej sprawie. Co do pozostałych zarzutów skargi organ wskazał, że w sprawie zgromadzono i przeanalizowano obszerny materiał dowodowy. Zakwestionowane transakcje dokonane były w ramach systemu podatku VAT i badaniu podlegały wszystkie elementy łańcucha transakcji. Ustalenia dotyczące poszczególnych firm występujących w łańcuchu transakcji umożliwiły ustalenie rzeczywistego przebiegu zdarzeń. Organ włączył w poczet materiału dowodowego pozyskane dokumenty z organów podatkowych w sprawie zagranicznych kontrahentów skarżącej tj. uzyskane dokumenty od Słowackiej Administracji Podatkowej; decyzje podatkowe wydane wobec poszczególnych podmiotów biorących udział w oszustwie karuzelowym; materiały pochodzące z akt śledztwa. Organ podkreślił, że skarżąca miała dostęp do powiązanych postępowań, w tym dowodów na podstawie których organy obu instancji wydały decyzje. Skarżąca miała możliwość zapoznania się z dokumentami, ale nie skorzystała z niego. Organ wskazał również, że skarżąca na każdym etapie postępowania odwoławczego miała zapewniony dostęp do akt sprawy. Zdaniem organu zaskarżona decyzja nie narusza wskazanych w skardze przepisów prawa procesowego i materialnego i zawiera wszystkie elementy określone w art. 210 § 1 Ordynacji podatkowej. Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje: W świetle materiału dowodowego ustalonego w niniejszej sprawie skargę należało uznać za zasadną. Sądowa kontrola zaskarżonej decyzji dokonywana jest zarówno co do prawidłowości stosowania przepisów postępowania, jak i zgodności z przepisami prawa materialnego. Zauważenia wymaga przy tym, że zadaniem sądu nie jest dokonywanie ustaleń faktycznych stanowiących podstawę zastosowania prawa materialnego. Rolą sądu jest bowiem kontrola prawidłowości działania organu administracji, który wydał zaskarżoną decyzję. W pierwszej kolejności więc oceny wymaga kwestia czy przy wydawaniu zaskarżonej decyzji nie doszło do istotnego naruszenia przepisów postępowania. Głównym zarzutem skargi jest dopuszczalność przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe i prowadzenie postępowania podatkowego wobec skarżącej w przedmiocie wymiaru podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2014r. Wskazać należy, że niesporne w sprawie jest, że : • "[...]". Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O sporządził wobec skarżącej protokół kontroli celno-skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od stycznia do grudnia 2014r., który doręczono stronie "[...]"r. • "[...]"r. Spółka złożyła korekty deklaracji VAT-7 za okres od czerwca 2014r. do stycznia 2015r. w całości uwzględniając wynik kontroli celno-skarbowej; • "[...]"r. Spółka złożyła do Naczelnika Urzędu Skarbowego w B wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług razem z korektami deklaracji VAT-7 za okres od czerwca do listopada 2014r. • "[...]"r. Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O wydał wobec skarżącej postanowienie o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od stycznia do grudnia 2014r. • "[...]"r. Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O wydał wobec skarżącej decyzję, którą określił zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za miesiące od czerwca do listopada 2014r.; kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc za grudzień 2014r. oraz umorzył postępowanie podatkowe za miesiące od stycznia do maja 2014r. • "[...]"r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w B wydał wobec skarżącej decyzję, którą odmówił stwierdzenia nadpłaty podatku od towarów i usług za czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik i listopad 2014r. Na tak zakreślonej osi czasu zasadnym wydaje się zarzut skarżącej co do właściwości miejscowej i rzeczowej organów. Na tym tle powstają dwa aspekty skuteczności tego zarzutu. Po pierwsze czy Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O miał podstawy do przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe i po drugie czy Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O był organem właściwym rzeczowo i miejscowo do prowadzenia postępowania podatkowego. Do 2 stycznia 2019r. art. 83 ustawy o KAS (Dz.U.2018.508 t.j.) stanowił, że w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli kontrolowany nie złożył korekty deklaracji, o której mowa w art. 82 ust. 3, albo organ nie uwzględnił złożonej korekty deklaracji. Przepisy art. 81b § 1 pkt 1 w części dotyczącej postępowania podatkowego oraz art. 81b § 1 pkt 2 lit. b Ordynacji podatkowej stosuje się odpowiednio. Skarżąca, co jest bezsporne, złożyła korektę deklaracji i zapłaciła wynikającą z wyniku kontroli kwotę zobowiązania podatkowego z odsetkami. Dalej, z punktu 2 art. 83 wynika, że w przypadku gdy organ uwzględnił złożoną przez kontrolowanego korektę deklaracji, o której mowa w art. 82 ust. 3, kontrolowanemu doręcza się zawiadomienie o uwzględnieniu korekty deklaracji. Taka sytuacja miała miejsce w niniejszej sprawie i zawiadomienie o uwzględnieniu korekty deklaracji zostało Spółce doręczone ("[...]" r.), przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w O. Jak z powyższego wynika skarżąca wypełniła przesłanki wynikające z treści przepisów art.83 ustawy o KAS i nie było podstaw do przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. Dopiero bowiem po zmianie przepisów art.83 ustawy o KAS (2 stycznia 2019r. Dz.U.2018.2354) istnieje podstawa prawna do takiego przekształcenia – art.83 ust. pkt 3 stanowiący, że zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe gdy "organ uwzględnił złożoną korektę deklaracji i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub istnieją przesłanki do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2018 r. poz. 2174, 2193, 2215 i 2244). Co do właściwości miejscowej i rzeczowej do wydania decyzji przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w O Sąd uznał zarzuty skargi za skuteczne. Zdaniem Sądu nie można, jak czyni to organ, korekty deklaracji złożonych po wyniku kontroli celno-skarbowej z "[...]"r. traktować tożsamo z korektą deklaracji złożonych z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Podkreślić należy, że zgodnie z treścią art. 82 ustawy o KAS kontrola celno-skarbowa zakończona została doręczeniem stronie wyniku kontroli i strona uznając ten wynik złożyła korektę deklaracji podatkowych uwzględniających w całości wynik kontroli celno-skarbowej prowadzonej przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w O. Strona zapłaciła również wynikające z korekt zaległości podatkowe z odsetkami, a organ uwzględnił te korekty. Strona wnioskiem z "[...]"r. zainicjowała postępowanie o stwierdzenie nadpłaty podatku, do którego dołączyła korektę deklaracji składając ten wniosek do Naczelnika Urzędu Skarbowego w B zgodnie z właściwością rzeczową i miejscową. Podkreślić należy, że jeśli nadpłata wiąże się ze złożoną deklaracją podatkową, korekta deklaracji jest elementem koniecznym bez którego wniosek o stwierdzenie nadpłaty nie może być w ogóle rozpatrywany (art.75 § 3 Ordynacji podatkowej). Nie uzupełnienie takiego braku może wręcz prowadzić do pozostawienia wniosku o nadpłatę bez rozpatrzenia. Złożenie więc korekty deklaracji wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty należy uznać za warunek konieczny czy nawet przesłankę do nabycia prawa do stwierdzenia nadpłaty podatku, a co za tym idzie korekta ta nie wywołuje skutków prawnych do czasu rozstrzygnięcia przez organ zasadności wniosku o zwrot nadpłaty. W tej sytuacji zdaniem Sądu nie jest prawidłowe stanowisko organów, że korekta złożona z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku z "[...]"r., bezpośrednio wywarła skutki na korektę złożoną po otrzymaniu przez stronę wyniku kontroli celno-skarbowej "[...]"r. Rozpatrując wniosek o stwierdzenie nadpłaty organ nie ma obowiązku przed rozpatrzeniem tego wniosku wszczynać w każdej sprawie postępowania celem określenia wysokości zobowiązania podatkowego. "Zakwestionowanie skorygowanego zeznania (deklaracji) sprowadza się do oceny, że budzi ono uzasadnione wątpliwości, które polegać mogą na nieprawidłowościach formalnych sporządzenia dokumentu czy też błędach w przedstawionych w nim obliczeniach, a także na niepotwierdzeniu się określonych jednostkowych zdarzeń i subsumcji prawnych, na których wnioskujący o stwierdzenie nadpłaty opiera swoje żądanie. W takich przypadkach wszczynanie i prowadzenie odrębnego postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego nie będzie potrzebne, a więc będzie nieuzasadnione." (vide wyrok WSA w Gliwicach I SA/Gl 247/19). Wskazać również należy na uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 27 stycznia 2014r. II FPS 5/13. W uchwale tej Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że nie w każdej sytuacji obok postępowania nadpłatowego zachodzi potrzeba wszczynania postępowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego. Jednakże gdy na poparcie żądania stwierdzenia nadpłaty wnioskodawca składa korektę deklaracji, w której koryguje całość lub znaczną część samoobliczenia podatku, to organ podatkowy powinien z urzędu wszcząć postępowanie w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego. Bowiem od wysokości tego zobowiązania podatkowego określonego w decyzji, o której mowa w art. 21§ 3 Ordynacji podatkowej zależy, w jakiej części żądana kwota stanowi nadpłatę podlegającą zwrotowi, a w rezultacie w jakiej części należy odmówić jej stwierdzenia. Jeżeli więc podatnik składa wniosek o stwierdzenie nadpłaty i koryguje wcześniej złożoną deklarację, to organ nie zgadzając się z rozliczeniem podatnika, powinien wszcząć postępowanie wymiarowe w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego. Stwierdzenie czy nadpłata istnieje i ewentualnie w jakiej wysokości, możliwe bowiem będzie dopiero po zakończeniu postępowania w sprawie określenia zobowiązania w podatku, inaczej przedwczesne będą rozważania o wysokości i terminie zwrotu nadpłaty. Naczelny Sąd Administracyjny wskazał również, że "zmiana i przedstawienie na nowo w całości albo w znacznej części samoobliczenia podatku wymaga jego kompleksowej kontroli, z czym wiąże się zbadanie, przeanalizowanie i weryfikacja okresu podatkowego, którego dotyczy, tym bardziej, że skutkiem tych działań może być wydanie rozstrzygnięcia określającego wysokość zaległości podatkowej z tytułu niewykonania należnego zobowiązania podatkowego, które nie może zostać podjęte w postępowaniu, w którym wnioskodawca dochodzi wyłącznie stwierdzenia nadpłaty. Postępowanie w przedmiocie nadpłaty nie może natomiast przekształcić się w czasie jego trwania w postępowanie w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego. Ocena czy wnioskujący o nadpłatę koryguje w związku z tym żądaniem całość albo znaczną część samoobliczenia podatku określonego okresu podatkowego winna być dokonywana ad casum – w każdym postępowaniu, w relacji do jego okoliczności. Nie ma przeszkód prawnych, aby w trakcie postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty organ podatkowy, kiedy jest to uzasadnione, wszczął z urzędu odrębne postępowanie w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego". Tak więc w kompetencji organu rozpoznającego wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku będzie ocena tego wniosku, który wyznacza zakres i przedmiot postępowania, w którym jest rozpoznawany. Jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 28 września 2017r. I FSK 33/16 "intencją wnioskodawcy nie musi być zawsze kontrola i weryfikacja samoobliczenia podatku za dany okres podatkowy lecz wyłącznie stwierdzenie nadpłaty z tytułu i na podstawie określonych, podatkowo znaczących okoliczności, na które we wniosku i związanej z nim deklaracji powołuje się podatnik." Dlatego uznać należy, że złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie zobowiązuje automatycznie organu do wszczynania postępowania wymiarowego. W sytuacji bowiem gdy organ nie będzie prowadził postępowania zmierzającego do określenia wysokości zobowiązania podatkowego będzie i tak zobowiązany do przeprowadzenia kompleksowego postępowania dowodowego w postępowaniu w przedmiocie nadpłaty, celem wyjaśnienia wszystkich okoliczności faktycznych sprawy. Tak więc w realiach niniejszej sprawy uznać należy, że ewentualne postępowanie podatkowe (wymiarowe) czy też kompleksowe postępowanie dowodowe powinien był prowadzić Naczelnik Urzędu Skarbowego w B w związku ze złożonym przez stronę wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku, a nie Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w O po zakończonej kontroli celno-skarbowej. W związku z uznaniem skuteczności najdalej idącego zarzutu skargi tj wydania decyzji z naruszeniem przepisów o właściwości organu sąd nie odniósł się do pozostałych zarzutów skargi. Dlatego biorąc powyższe rozważania pod uwagę na podstawie przepisów art. 145 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz.U.2019.2325 t.j. z dnia 2019.11.28 ze zm.) w związku z art. 247 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej orzeczono jak w wyroku. O kosztach sąd orzekł na podstawie przepisów art. 200 p.p.s.a.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 20.07.2026. · Źródło