I SA/Po 714/24

WyrokWSA w Poznaniu2025-01-28

Skład orzekający: Małgorzata Bejgerowska, Waldemar Inerowicz, Michał Ilski

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, jeśli tylko część tej interpretacji jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej nie może stwierdzić wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, jeśli tylko jej część jest niezgodna z interpretacją ogólną. Organ powinien ograniczyć wygaśnięcie do tej części interpretacji indywidualnej, która jest sprzeczna z interpretacją ogólną. Stwierdzenie wygaśnięcia w całości, gdy tylko część jest niezgodna, narusza prawo i zasady postępowania administracyjnego.
Stan faktyczny
Spółka uzyskała interpretację indywidualną dotyczącą ulgi badawczo-rozwojowej. Po wydaniu interpretacji ogólnej przez Ministra Finansów, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej stwierdził wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, uznając ją za niezgodną z interpretacją ogólną. Spółka złożyła skargę, zarzucając organowi naruszenie przepisów poprzez wygaszenie całej interpretacji, podczas gdy niezgodność dotyczyła tylko jej części. Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał skargę za zasadną.
Rozstrzygnięcie
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu uchylił zaskarżone postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 9 września 2024 r. oraz poprzedzające je postanowienie z dnia 25 czerwca 2024 r. i zasądził od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania.

Pełny tekst orzeczenia

Dnia 28 stycznia 2025 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Małgorzata Bejgerowska (spr.) Sędziowie Sędzia WSA Waldemar Inerowicz Asesor sądowy WSA Michał Ilski po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 28 stycznia 2025 roku sprawy ze skargi A. P. na postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 09 września 2024 r. nr [...] w przedmiocie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej I. uchyla zaskarżone postanowienie i poprzedzające je postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 25 czerwca 2024 r., nr [...]; II. zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę [...]- zł ([...]) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. 1. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej postanowieniem z dnia 9 września 2024 r., nr [...], po rozpatrzeniu zażalenia A. P. (dalej zwana jako "strona", "spółka", "skarżąca") utrzymał w mocy postanowienie z dnia 25 czerwca 2024 r., nr [...], o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych. 1.1. Przedstawiając przebieg postępowania organ wyjaśnił, że w dniu 6 października 2020 r. wpłynął wniosek spółki o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych, dotyczący ulgi badawczo-rozwojowej. W dniu 7 grudnia 2020 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wydał interpretację indywidualną, nr [...], uznając stanowisko spółki częściowo za prawidłowe, a w częściowo za nieprawidłowe. Interpretacja dotyczyła podatku dochodowego od osób prawnych m.in. w zakresie możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej wynagrodzeń pracowników zatrudnionych na podstawie umowy o pracę. W motywach organ interpretacyjny podał m.in., że: "pojęcie czasu pracy przeznaczonego na realizację działalności badawczo-rozwojowej, o którym mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2019 r., poz. 865 ze zm. - dalej w skrócie: "u.p.d.o.p."), odnosi się do czasu faktycznie poświęconego. Zatem, odliczeniu nie będą podlegały kwoty wynagrodzeń oraz składek proporcjonalnie przypisanych do dni nieobecności pracownika tj. wynagrodzeń za czas urlopu, wynagrodzeń za czas niezdolności do pracy, wynagrodzenia za dni wolne na opiekę nad dzieckiem, oraz wynagrodzenie za inne zwolnienia od pracy. W sytuacji, gdy w danym miesiącu pracownik otrzyma wyłącznie wynagrodzenie za czas, w którym nie będzie faktycznie realizował działalności badawczo-rozwojowej, wówczas powyższe wynagrodzenie wraz ze sfinansowanymi przez płatnika składkami od powyższego przychodu, określonymi w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, nie będzie stanowiło kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. Zgodnie z powyższymi wyjaśnieniami koszty wynagrodzenia pracowników za czas choroby oraz urlopu oraz wydatki na opłacenie składek na ubezpieczenie społeczne w części obciążającej pracodawcę od powyższej należności nie mogą stanowić kosztów działalności badawczo-rozwojowej, bowiem nie dotyczą czasu pracy faktycznie poświęconego na realizację działalności badawczo-rozwojowej (...). Minister Finansów w dniu 13 lutego 2024 r. wydał interpretację ogólną, nr [...], opublikowaną w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów z dnia 21 lutego 2024 r., poz. 16. Interpretacja ta dotyczy możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu, należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2022 r., poz. 2647 ze zm. – dalej w skrócie: "u.p.d.o.f.") oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. W dniu 25 czerwca 2024 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wydał postanowienie, nr [...], o wygaśnięciu powyższej interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych. W motywach rozstrzygnięcia organ stwierdził, że interpretacja indywidualna, którą wydał na wniosek spółki dotyczy zagadnienia, o którym mowa w interpretacji ogólnej z dnia 13 lutego 2024 r. oraz stanu prawnego tożsamego z tym, w którym wydano powyższą interpretację ogólną, a stanowisko, które w niej przedstawiono jest niezgodne z interpretacją ogólną. 1.2. W zażaleniu na powyższe postanowienie spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia w całości. Zaskarżonemu postanowieniu zarzucono naruszenie m.in.: art. 14e § 1a pkt 2, art. 14b § 2 w zw. z art. 14c § 1, art. 14h w zw. z art. 121 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r., poz. 2383 ze zm. - dalej w skrócie: "o.p."). 1.3. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej powołanym na wstępie postanowieniem z dnia 9 września 2024 r., utrzymał w mocy postanowienie wydane w pierwszej instancji, stwierdzając, że nie ma podstaw do jego uchylenia. W uzasadnieniu rozstrzygnięcia organ wskazał, że zakres przedmiotowy wniosku dotyczy zagadnienia, o którym mowa w interpretacji ogólnej z dnia 13 lutego 2024 r. oraz stanu prawnego tożsamego z tym, w którym wydano interpretację ogólną. Podkreślono, że przepisy o.p. nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części i w przypadku, gdy interpretacja w części jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów, należy ją wygasić w całości, w trybie art. 14e § 1a pkt 2 o.p. Dotyczy to wygaszania wszystkich interpretacji indywidualnych. Zaznaczono, że w sytuacji gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej - interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. Stwierdzenie jakiejkolwiek niezgodności interpretacji indywidualnej oraz ogólnej, musi prowadzić do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości. Dodano, że spółka ma prawo wystąpienia z ponownym wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie, w którym kwestionuje stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji (tj. nieodnoszącym się do kwestii zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo-rozwojową należności pracowniczych z tytułu urlopów, chorób i innej usprawiedliwionej nieobecności). Złożenie ponownego wniosku daje możliwość ponownego uzyskania potwierdzenia zasadności swojego stanowiska w zakresie skutków podatkowych i/lub obowiązków spółki. W konkluzji uznano, że organ był zobligowany do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej. 2. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu spółka, reprezentowana przez pełnomocnika, wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia w całości oraz uchylenie poprzedzającego go postanowienia z dnia 25 czerwca 2024 r. o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej, a także o zasądzenie od organu na rzecz skarżącej zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego. Zaskarżonemu postanowieniu zarzucono naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, a mianowicie: 1) art. 14e § 1a pkt 2 o.p. poprzez błędne uznanie, że wydana na rzecz spółki interpretacja indywidualna z dnia 7 grudnia 2020 r. jest w całości niezgodna z interpretacją ogólną nr [...] z dnia 13 lutego 2024 r.; 2) art. 14e § 1a pkt 2 o.p. poprzez brak wyodrębnienia zagadnień objętych interpretacją ogólną od tych, które tą interpretacją nie były objęte, co doprowadziło do wadliwego stwierdzenia wygaśnięcia całości interpretacji indywidualnej; 3) art. 14b § 2 w związku z art. 14c § 1 o.p. poprzez błędne przyjęcie, że przedstawiony we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) odpowiada zagadnieniu, będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej, nr [...], z dnia 13 lutego 2024 r. w zakresie następujących zagadnień: a) prawidłowości stanowiska strony, że podejmowana przez spółkę działalność w zakresie wytwarzania programów komputerowych, w całości lub w którejś z części, stanowi działalność badawczo-rozwojową, w rozumieniu art. 18d ust. 1 w zw. z art. 4a pkt 26-28 u.p.d.o.p. w zw. z art. 4 ust. 2 i 3 ustawy prawo o szkolnictwie wyższym i nauce; b) prawidłowości stanowiska strony, że podejmowana przez spółkę działalność w zakresie wytwarzania stron internetowych, w całości lub w którejś z części, stanowi działalność badawczo-rozwojową, w rozumieniu art. 18d ust. 1 w zw. z art. 4a pkt 26-28 u.p.d.o.p. w zw. z art. 4. ust. 2 i 3 ustawy prawo o szkolnictwie wyższym i nauce; c) prawidłowości stanowiska strony dotyczącego uznania wydatków na wynagrodzenia pracowników zatrudnionych w oparciu o umowy o pracę można uznać za kwalifikowalne koszty poniesione na działalność badawczo-rozwojową; d) prawidłowości stanowiska strony dotyczącego uznania wydatków poniesionych przez spółkę w zakresie wytworzenia i wdrożenia prototypu i uznania prototypu za pracę rozwojową za koszty poniesione na działalność badawczo-rozwojową; e) prawidłowości stanowiska strony dotyczącego uznania za koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. wpłat dokonywanych przez spółkę na P. P. K.; f) prawidłowości stanowiska strony dotyczącego uznania, że spółka w sposób poprawny prowadzi wyodrębnioną w prowadzonych księgach rachunkowych, o których mowa w art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p., ewidencję rachunkową kosztów kwalifikowanych; 4) art. 14h w związku z treścią art. 121 § 1 o.p. poprzez naruszenie zasady zaufania do organów podatkowych, w sytuacji stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, gdy brak jest ku temu podstaw prawnych; 5) art. 13 § 2a oraz art. 221, art. 233 § 1 pkt 1 i art. 239 w zw. z art. 14h o.p. poprzez utrzymanie postanowienia o wygaśnięciu interpretacji w mocy. W uzasadnieniu skargi skarżąca rozwinęła podniesione zarzuty, powielając w znacznej części argumentację zawartą w zażaleniu. Nie zgadzając się ze stanowiskiem organu interpretacyjnego co do braku możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji w części, autor skargi powołał się na poglądy przedstawione w judykacie Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 sierpnia 2023 r., o sygn. akt II FSK 1158/21, w którym za dopuszczalne uznano stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji w części. 2.1. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej o oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko i argumentację w sprawie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu rozważył, co następuje: 3. Skarga zasługuje na uwzględnienie. Sprawa została rozpoznana przez Sąd w trybie uproszczonym, na podstawie art. 119 pkt 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r., poz. 935 ze zm. - dalej w skrócie: "p.p.s.a."). Zgodnie bowiem z art. 119 pkt 3 p.p.s.a. sprawa, w której przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, może być rozpoznana w trybie uproszczonym, czyli na posiedzeniu niejawnym w składzie trzech sędziów. Na podstawie art. 120 p.p.s.a. w trybie uproszczonym sąd rozpoznaje sprawy na posiedzeniu niejawnym w składzie trzech sędziów. Z powyższych względów nie zachodziły podstawy do przeprowadzenia rozprawy. 3.1. Stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd wydaje rozstrzygnięcie w granicach danej sprawy, nie będąc przy tym związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem nie znajdującym zastosowania w niniejszej sprawie. Oceniając zaskarżone postanowienie oraz postanowienie je poprzedzające przez pryzmat zgodności z prawem stwierdzić należy, że naruszają one prawo w stopniu uzasadniającym wyeliminowanie ich z obrotu prawnego. Na wstępie rozważań wskazać należy, że sporne między stronami zagadnienie prawne było przedmiotem rozstrzygnięcia w judykatach, m.in. Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia: 20 kwietnia 2023 r., o sygn. akt II FSK 2732/20; 8 sierpnia 2023 r., o sygn. akt: II FSK 1157/21 i II FSK 1158/21, powołanym również w skardze oraz w wyrokach WSA w Warszawie z dnia 12 grudnia 2024 r., o sygn. akt III SA/Wa 2205/24; WSA w Krakowie z dnia 18 grudnia 2024 r., o sygn. akt I SA/Kr 801/24; WSA w Gorzowie Wlkp. z dnia 19 grudnia 2024 r., o sygn. akt I SA/Go 293/24 oraz WSA w Poznaniu z dnia 14 stycznia 2025 r., o sygn. akt: I SA/Po 678/24 i I SA/Po 679/24 (powołane w uzasadnieniu niniejszego wyroku orzeczenia są dostępne na stronie internetowej bazy CBOSA). Sąd w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę w pełni podziela ocenę prawną zaprezentowaną w powyższych wyrokach i odwoła się do zawartej w nich argumentacji w niezbędnym zakresie. 3.2. Istota sporu sprowadza się do oceny zgodności z prawem zaskarżonego postanowienia i poprzedzającego go postanowienia z dnia 25 czerwca 2024 r. o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej, na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 o.p. Skarżąca na etapie zażalenia i skargi zarzuciła, że postanowienie pierwszoinstancyjne powinno podlegać uchyleniu z uwagi na fakt, że interpretacja indywidualna z dnia 7 grudnia 2020 r., wydana na wniosek spółki, nie była niezgodna w całości z interpretacją ogólną z dnia 13 lutego 2024 r. Ministra Finansów. Ta ostatnia dotyczyła bowiem wyłącznie jednej z wielu szczegółowych kwestii kwalifikowalności do kosztów ulgi badawczo-rozwojowej kosztów związanych z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. Natomiast interpretacja indywidualna obejmowała swoim zakresem kwestię istoty działalności badawczo-rozwojowej, co dalece wykraczało poza zakres przedmiotowy interpretacji ogólnej i w tej części nie odnosiła się ona ani pośrednio, ani bezpośrednio do zagadnienia będącego przedmiotem interpretacji ogólnej z dnia 13 lutego 2024 r. Skarżąca wytknęła, że organ wydał postanowienie o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w całości, pomimo, że interpretacja ogólna nie poruszała szeregu zagadnień, które były przedmiotem interpretacji indywidualnej wydanej na wniosek skarżącej. Strona stoi na stanowisku, zgodnie z którym organ zobowiązany był zbadać zakres interpretacji indywidualnej oraz wniosku interpretacyjnego, porównać go z zakresem interpretacji ogólnej i stwierdzić ewentualnie wygaśnięcie jedynie części interpretacji indywidualnej. Interpretacja ogólna dotyczy bowiem wyłącznie przepisów art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. oraz art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. w odniesieniu do możliwości zaliczania do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo-rozwojową, poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., za czas urlopów i innych usprawiedliwionych nieobecności pracownika oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Według skarżącej zakresy wniosku interpretacyjnego oraz interpretacji indywidualnej były zatem szersze niż zakres interpretacji ogólnej. Interpretacja ogólna w ogóle nie poruszała kwestii opisanych w pytaniach strony oznaczonych literami a), b), d), e), f), czyli nie dotyczyła m.in. działalności spółki (tj. programy komputerowe, strony internetowe, prototypy) w kontekście działalności badawczo - rozwojowej, prowadzenia ewidencji rachunkowej kosztów kwalifikowanych, czy też wpłat na P. P. K.. W ocenie skarżącej nie zachodziła zatem tożsamość zagadnienia interpretacji indywidualnej i ogólnej, gdyż interpretacja indywidualna była szersza, zakres przepisów obu interpretacji był różny (tj. szerszy w zakresie interpretacji indywidualnej), a zakres niezgodności obu interpretacji był jedynie ewentualnie częściowy - a nie całościowy. Zdaniem skarżącej wadliwe działanie organu doprowadziło w konsekwencji do wygaśnięcia powyższej interpretacji indywidualnej również w części prawidłowo zinterpretowanych zagadnień, naruszając przy tym zasady postępowania podatkowego. Przeciwny pogląd zaprezentował organ uznając, że zakres przedmiotowy wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej i zadane w nim pytania dotyczą zagadnienia, o którym mowa w interpretacji ogólnej z dnia 13 lutego 2024 r. oraz stanu prawnego tożsamego z tym, w którym wydano powyższą interpretację ogólną. W ocenie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej stanowisko przedstawione w interpretacji indywidualnej z dnia 7 grudnia 2020 r. jest niezgodne z interpretacją ogólną Ministra Finansów, dlatego też stwierdzono jej wygaśnięcie. Zdaniem organu nie jest możliwe wygaśnięcie interpretacji indywidualnej jedynie w części. Nawet w sytuacji, gdy zawiera ona kilka zakresów (zagadnień prawnych), a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej, to interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. 3.3. Stosownie do art. 14e § 1a pkt 2 o.p. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może z urzędu stwierdzić wygaśniecie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Powyższa instytucja ma istotne znaczenie dla jednolitości wykładni przepisów i spójności systemu prawa. Celem rozwiązania przyjętego przez ustawodawcę w art. 14e § 1a pkt 2 o.p. jest jednoznaczne ustalenie w przepisach Ordynacji podatkowej relacji między interpretacją ogólną a interpretacjami indywidualnymi i eliminowanie sprzeczności. Z powyższym rozwiązaniem koresponduje przepis art. 14b § 5a o.p., wskazujący na brak możliwości wydania interpretacji indywidualnej, jeżeli w takim samym stanie prawnym została wydana interpretacja ogólna. Przyjęcie omawianej zasady powoduje przyznanie przez ustawodawcę prymatu wykładni dokonanej w interpretacji ogólnej (por. K. Teszner Ordynacja podatkowa. Komentarz aktualizowany, red. L. Etel, LEX/el. 2021, art. 14). W przypadku postanowień stwierdzających wygaśniecie interpretacji indywidualnej, wydanych w trybie art. 14e § 1a pkt 2 o.p., sądowe kompetencje kontrolne ograniczają się do oceny, czy organ dokonał prawidłowego porównania interpretacji ogólnej i indywidualnej pod kątem stanu prawnego oraz tożsamości zagadnień podatkowych analizowanych w obu interpretacjach, czy prawidłowo uznał, że pomiędzy obiema interpretacjami zachodzi sprzeczność uzasadniająca zastosowanie art. 14e § 1a pkt 2 o.p., a także, czy stwierdzając wygaśnięcie interpretacji indywidualnej organ dopełnił wymogu formalnego z art. 14e § 5 o.p., tj. wskazał oznaczenie interpretacji ogólnej wraz z podaniem miejsca jej publikacji. 3.4. Dokonując kontroli zgodności z prawem zaskarżonych postanowień, według powyższych kryteriów, Sąd stwierdza, że w stanie faktycznym sprawy wskazane powyżej przesłanki zastosowania art. 14e § 1a pkt 2 o.p. zostały co do zasady jedynie spełnione. Rację ma bowiem skarżąca spółka, że tożsamość interpretacji indywidualnej i interpretacji ogólnej dotyczyła tylko jednej spornej kwestii - ujętej w pytaniu oznaczonym literą c), co oznacza, że tylko w tej części zachodziła niezgodność obu interpretacji. Bezsporne jest, że w dniu 13 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną, nr [...], która została opublikowana w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów z dnia 21 lutego 2024 r., poz. 16. Dotyczy ona możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej, poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. W dniu 25 czerwca 2024 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wydał postanowienie o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej z dnia 7 grudnia 2020 r., ponieważ była niezgodna z powołaną interpretacją ogólną Ministra Finansów, wydaną w takim samym stanie prawnym. W uzasadnieniu rozstrzygnięcia przyjęto, że obowiązujące przepisy nie dają podstawy do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. W stanie faktycznym rozpoznawanej sprawy przedmiotem sporu był zatem zakres zastosowania przepisu art. 14e § 1a pkt 2 o.p., a w szczególności przesądzenie, czy wygaśnięcie interpretacji dotyczyć winno całości interpretacji indywidualnej, jak twierdził organ, czy może być ograniczone do części tej interpretacji, jak oczekuje strona skarżąca. Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę nie podziela poglądu organu, co do braku możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części. W interpretacjach indywidualnych organ dokonuje bowiem interpretacji wielu przepisów prawa podatkowego, często dotyczących różnych kwestii, co miało miejsce również w analizowanej sprawie. Wobec powyższego nieuprawnione było stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, tj. również w przedmiocie zagadnień prawidłowo zinterpretowanych, w sytuacji kiedy konieczność ta pojawiła się w związku z jednym elementem stanu faktycznego, czy jednym przepisem, który to element nie miał znaczenia dla pozostałych kwestii poruszonych w danej interpretacji. Wobec powyższego uznać należy, że sposób rozumienia art. 14e § 1a pkt 2 o.p. proponowany przez organ nie wypełnia założeń sprawnego działania administracji podatkowej, ekonomiki procesowej i, w konsekwencji, nie może zostać przyjęty jako wiążący sposób postępowania. Wykładnia przepisu art. 14e § 1a pkt 2 o.p. została także dokonana przez Naczelny Sąd Administracyjny, który w powołanych powyżej wyrokach z dnia 8 sierpnia 2023 r. o sygn. akt: II FSK 1157/21 i II FSK 1158/21, podkreślił m.in., że organ ma prawo stwierdzić wygaśnięcie tylko części interpretacji indywidualnej, skoro interpretacje te mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości, jest bezzasadne. Zdaniem NSA, przesłanką zastosowania wspomnianego przepisu jest niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej, czyli jej przedmiot wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. Podążając za nieakceptowalnym tokiem rozumowania organu należałoby przyjąć, że wówczas gdy zachodzi niezgodność tylko części interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - organ powinien stwierdzić wygaśnięcie tej pierwszej w całości, chociaż w określonym zakresie ta pierwsza jest wciąż adekwatna względem obowiązujących przepisów i daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony. W ocenie NSA przyjęcie takiego wyniku wykładni jest niezasadne, a rozumowanie organu jest obarczone błędem polegającym na założeniu, że na poziomie językowym dany przepis wykłada się w oderwaniu od pozostałych przepisów aktu prawnego, w którym się on znajduje. Interpretując zatem regulację zawartą w art. 14e § 1a pkt 2 o.p. należy mieć na uwadze, że dotyczy ona zarówno interpretacji indywidualnych, jak i interpretacji ogólnych, stąd też nie można wykładać jej z pominięciem chociażby art. 14c § 1 oraz art. 14a § 1a o.p., czyli przepisów mających zasadnicze znaczenie dla zrozumienia obu rodzajów interpretacji. Stosownie do art. 14a § 1a o.p. interpretacja ogólna wydawana jest na tle abstrakcyjnie ujętego zdarzenia (zagadnienia) w powiązaniu z konkretnym problemem prawnym powstałym w związku z interpretacją przepisów prawa podatkowego. Natomiast treść art. 14a § 2 pkt 2 o.p. wyraźnie wskazuje, że instytucja ta ma służyć zachowaniu jednolitości stosowania prawa przez organy podatkowe. Interpretacja ogólna nie ma jednak wprost żadnej mocy wiążącej, zarówno dla organów, jak i dla podatników. Tym niemniej można w sposób pośredni przypisać jej funkcje ochronne. W treści art. 14k § 2 o.p. przewidziano bowiem, że zastosowanie się do interpretacji ogólnej przed jej zmianą nie może szkodzić temu, kto się do niej zastosował, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Ponadto podatnik może wywodzić ją z ogólnych zasad Ordynacji podatkowej, chociażby z zasady zaufania do organów (art. 121 § 1 o.p.). Powyższe oznacza jednak, że tak długo, jak w obrocie prawnym pozostaje interpretacja indywidualna odnosząca się do stanu faktycznego bądź zdarzenia przyszłego, jak również stanowiska prawnego strony, które odpowiadają zagadnieniu, o którym jest mowa w art. 14a § 1a pkt 1 o.p. - jej adresat korzysta z ochrony przewidzianej w art. 14k § 1 o.p. Ochrona owa ustaje dopiero wraz ze stwierdzeniem wygaśnięcia interpretacji indywidualnej, na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 o.p. Sąd w składzie orzekającym podziela pogląd NSA, zgodnie z którym, przepis art. 14e § 1a pkt 2 o.p. pozostaje w takiej relacji systemowej względem interpretacji indywidualnych i ogólnych, że w pełni zasadnym jest posłużenie się jedną z podstawowych reguł interpretacyjnych, tj. wnioskowania a fortiori w postaci argumentum a maiori ad minus. Dla tego rodzaju rozumowania podstawą są przepisy uprawniające, a przebiega ono w ten sposób, że skoro komuś wolno więcej, tym bardziej wolno mniej. W rozpoznawanej sprawie oznacza to tyle, że skoro organ mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do jej części (por. wyrok NSA z dnia 8 sierpnia 2023 r., o sygn. akt II FSK 1158/21). Uwzględniając powyższe przy ponownym rozpoznaniu sprawy organ uwzględni przedstawione powyżej stanowisko Sądu co do wykładni i stosowania art. 14e § 1a pkt 2 o.p., w okolicznościach faktycznych niniejszej sprawy. 3.5. Mając powyższe na uwadze, za zasadne uznać należy sformułowane w skardze zarzuty naruszenia art. 14e § 1a pkt 2 o.p., a w konsekwencji na uwzględnienie zasługują także zarzuty naruszenia art. 121 § 1 oraz art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) w zw. z art. 239 o.p. Wobec powyższego, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) w zw. z art. 135 p.p.s.a., Sąd orzekł jak w pkt I sentencji. W przedmiocie kosztów postępowania sądowego orzeczono, jak w pkt II sentencji wyroku, w oparciu o art. 200, art. 209 i art. 205 § 2 P.p.s.a. w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1935).

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 18.07.2026. · Źródło