III SA/Wa 281/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Marta Waksmundzka-Karasińska, Sędziowie sędzia WSA Matylda Arnold-Rogiewicz, sędzia WSA Piotr Dębkowski (sprawozdawca), , po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 14 stycznia 2026 r. sprawy ze skargi D. Z., Z. S. i M. K. na postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia [...] grudnia 2024 r. nr [...] w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w sprawie podatku dochodowego od osób fizycznych 1) uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia [...] września 2024 r. nr [...], 2) zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej solidarnie na rzecz D. Z., Z. S. i M. K. kwotę 597 zł (słownie: pięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. W dniu 3 listopada 2022 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dalej Dyrektor KIS lub DKIS) wydał interpretację indywidualną, w której uznał za prawidłowe stanowisko D.Z., Z.S. oraz M.K. (dalej Skarżący, Strona) zawarte we wniosku wspólnym z 1 września 2022 r. o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie ustalenia, czy: 1) opisane we wniosku aktywności B+R (badawczo rozwojowe) realizowane w okresie od 2017 r. do 30 kwietnia 2021 r. przez Skarżących stanowiły działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu art. 5a pkt 38 w zw. z art. 5a pkt 40 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2021 r., poz. 1128 – dalej updof, ustawa o PIT) w brzmieniu obowiązującym w okresie od 1 stycznia 2017 r. do 30 września 2018 r. oraz w okresie od 1 października 2018 r. do 30 kwietnia 2021 r., a tym samym w związku z Aktywnościami B+R Skarżący będą uprawnieni do skorzystania z ulgi badawczo-rozwojowej, o której mowa w art. 26e ustawy o PIT; 2) koszty wynagrodzeń oraz składki z tytułu tych należności w części finansowanej przez Spółkę komandytową jako płatnika składek tj.: składki na ubezpieczenie emerytalne, składki na ubezpieczenie rentowe, składki na ubezpieczenie wypadkowe, poniesione w odniesieniu do poszczególnych pracowników realizujących Aktywności B+R zgodnie z zastosowanym Kluczem Alokacji stanowiły w latach 2017-2021 koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT i podlegały odliczeniu od podstawy opodatkowania? Minister Finansów wydał interpretację ogólną z dnia [...] lutego 2024 r., nr [...], dotyczącą możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. updof oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. Postanowieniem z [...] września 2024 r. Dyrektor KIS stwierdził wygaśnięcie ww. interpretacji indywidualnej z dnia 3 listopada 2022 r., z uwagi na niezgodność z interpretacją ogólną Ministra Finansów z dnia [...] lutego 2024 r. Strona wniosła zażalenie na to postanowienie. Postanowieniem z [...] grudnia 2024 r. Dyrektor KIS utrzymał w mocy własne rozstrzygnięcie z dnia [...] września 2024 r. o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych. W uzasadnieniu postanowienia wskazał, że zakres przedmiotowy wniosku obejmujący zadane pytania dotyczy zagadnienia, o którym mowa w interpretacji ogólnej z [...] lutego 2024 r. oraz stanu prawnego tożsamego z tym, w którym wydano interpretacją ogólną. Stanowisko przedstawione w interpretacji indywidualnej z 3 listopada 2022 r. jest niezgodne z interpretacją Ministra Finansów, z tego względu prawidłowo organ I instancji stwierdził wygaśnięcie interpretacji indywidualnej. W opinii DKIS, przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r., poz. 2382 – dalej Op) nie przewidują ani zmiany, ani wygaszenia interpretacji w części. W sytuacji, gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej – interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. DKIS wskazał, że co prawda pytanie nr 2 dotyczące zaliczenia wynagrodzeń do kosztów kwalifikowanych nie odnosiło się do wynagrodzenia za czas choroby i urlopu, lecz w opisie stanu faktycznego Strona wskazała, że Spółka komandytowa zamierza uznać za koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 Updof i korzystać z ulgi badawczo-rozwojowej za lata 2017-2021 w odniesieniu do wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne z pominięciem tych składników, które przypadają na okresy nieobecności pracowników i tylko w takiej części, w jakiej na podstawie wewnętrznych systemów można określić część wynagrodzeń przypadającą na czas pracy nad aktywnościami B+R. W związku z takimi wskazaniu zawartymi we wniosku, w uzasadnieniu interpretacji indywidualnej z 3 listopada 2022 r. podniesiono, że w sytuacji, gdy w danym miesiącu pracownik otrzyma wyłącznie wynagrodzenie za czas, w którym nie będzie faktycznie realizował działalności badawczo-rozwojowej (wynagrodzenia za czas choroby oraz urlopu, wówczas ww. wynagrodzenie, nie będzie stanowiło kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 ww. ustawy. W opinii DKIS, w tej sytuacji interpretacja indywidualna wydana dla Strony jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów, dlatego należało ją wygasić. Jednocześnie DKIS stwierdził, że na żadnym etapie postępowania nie uchybił procedurom wynikającym z przepisów Op. W skardze wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Strona wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego go postanowienia z dnia 17 września 2024 r. i zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego. Zaskarżonemu postanowieniu zarzuciła naruszenie przepisów postępowania tj.: - art. 14e § 1a pkt 2 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h Op poprzez nieuzasadnione przyjęcie, że stanowisko zawarte w interpretacji indywidualnej jest niezgodne z interpretacją ogólną z dnia 13 lutego 2024 r., co doprowadziło do utrzymania w mocy postanowienia pozbawiającego Stronę ochrony interpretacyjnej w pełnym zakresie, co narusza zasadę zaufania do organu podatkowego; - art. 217 § 2 Op poprzez wadliwe uzasadnienie faktyczne i prawne zaskarżonego postanowienia polegające na pominięciu okoliczności, że Strona we wniosku o interpretację stanowiącym podstawę do wydania wygaszonej interpretacji w stanie faktycznym zawarła informację, że nie zamierza zaliczać do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń związanych z nieobecnościami pracowników, co oznacza, że kwestia ta w istocie nie była przedmiotem interpretacji, wobec czego niemożliwym jest stwierdzenie jej niezgodności z interpretacją ogólną; - art. 31 ust. 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. w zw. z art. art. 14e § 1a pkt 2 Op poprzez wygaszenie całości interpretacji indywidualnej, co stanowi nieproporcjonalne działanie skutkujące tym, że wnioskodawca traci ochronę interpretacyjną także w zakresie, w jakim wygaszona interpretacja nie jest niezgodna z treścią interpretacji ogólnej; - art. 233 § 1 Op poprzez utrzymanie w mocy wadliwego rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji, zamiast uchylenia i umorzenia postępowania w sprawie na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) Op. W odpowiedzi na skargę Dyrektor KIS wniósł o jej oddalenie podtrzymując argumentację zawartą w zaskarżonym postanowieniu. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje. Skarga zasługuje na uwzględnienie. Złożona w niniejszej sprawie skarga została rozpoznana przez Sąd na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym, stosownie do art. 119 pkt 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tj. Dz.U. z 2024 r., poz. 935 – dalej Ppsa). Zgodnie z tym przepisem, sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym, na które służy zażalenie. W realiach rozpoznawanej sprawy nie jest sporne, że [...] lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną nr [...]. Interpretacja ta dotyczy możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 Updof oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. Istota sporu sprowadza się natomiast do odpowiedzi na pytanie, czy zasadnie organ interpretacyjny wygasił w całości interpretację indywidualną z 3 listopada 2022 r. na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 Op z uwagi na jej niezgodność z interpretacją ogólną Ministra Finansów z [...] lutego 2024 r. Na wstępie rozważań wskazać należy, że na podstawie art. 14b § 1 Op Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, na wniosek zainteresowanego, wydaje, w jego indywidualnej sprawie, interpretację przepisów prawa podatkowego (interpretację indywidualną). Z uwagi na treść art. 14c § 1 Op, interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie. Zgodnie z dyspozycją art. 14a § 1 Op minister właściwy do spraw finansów publicznych dąży do zapewnienia jednolitego stosowania przepisów prawa podatkowego przez organy podatkowe, w szczególności poprzez dokonywanie ich interpretacji z urzędu lub na wniosek (interpretacje ogólne), uwzględniając przy tym orzecznictwo sądów, Trybunału Konstytucyjnego lub Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Zgodnie zaś z art. 14e § 1a pkt 2 Op organ interpretacyjny może z urzędu stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. W niniejszej sprawie spośród pytań zadanych we wniosku wspólnym, istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia ma pytanie nr 2. W opisie stanu faktycznego wniosku Strona wskazała, że w skład kosztów związanych z wynagrodzeniem pracowników realizujących aktywność B+R wchodziły następujące składniki stanowiące należności ze stosunku pracy - wynagrodzenie zasadnicze, dodatek funkcyjny, ryczałt za godziny nadliczbowe, premia uznaniowe; - koszty wynagrodzeń związane z okresami nieobecności pracowników, w szczególności: wynagrodzenie za czas urlopu, wynagrodzenie za czas niezdolności do pracy, wynagrodzenie za urlop okolicznościowy, wynagrodzenie za czas nieobecności w związku z opieką nad dzieckiem; - wydatki dotyczące składek na ubezpieczenia społeczne pracowników w części finansowej przez spółkę komandytową jako pracodawcę: składka emerytalna, rentowa, wypadkowa, na Fundusz Pracy, na Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych. Strona wyjaśniła, że w celu ustalenia wysokości kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 Updof ustaliła normatywny miesięczny czas pracy każdego pracownika, a następnie od wartości tej odjęła czas przypadający na wszelkie nieobecności pracownika w danym miesiącu. W ten sposób ustaliła indywidualny miesięczny czas pracy danego pracownika. Następnie ustaliła czas poświęcony na aktywności B+R. Dzięki tym wartościom spółka ustaliła "Klucz Alokacji", który stosuje w celu ustalenia wysokości kosztów kwalifikowanych. We wniosku wskazano, że spółka zamierza uznać za koszty kwalifikowane o których mowa w art. 26 ust. 2 pkt 1 Updof i korzystać z ulgi badawczo-rozwojowej w odniesieniu do wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne z pominięciem tych składników, które przypadają na okresy nieobecności pracowników i tylko w takiej części, w jakiej na podstawie wewnętrznych systemów można określić część wynagrodzenia przypadają na czas pracy nad aktywnościami B+R. DKIS w interpretacji indywidualnej wydanej dla Strony uznał stanowisko przedstawione we wniosku za prawidłowe. Wskazał przy tym, że odliczeniu nie będą podlegały kwoty wynagrodzeń proporcjonalnie przypisanych do dni nieobecności pracownika tj. wynagrodzeń za czas urlopu, wynagrodzeń za czas niezdolności do pracy, wynagrodzenia za dni wolne na opiekę nad dzieckiem, oraz wynagrodzenie za inne zwolnienia od pracy. Istotnym jest, że wniosek Strony o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczył kilku zagadnień. Interpretacja ogólna odnosi się natomiast jedynie do tej części opisu stanu faktycznego wniosku, w którym Strona wskazała, że nie zamierza korzystać w tym zakresie z ulgi. Pozostałych zagadnień do których odnosiła się interpretacja indywidualna (rodzajów grup pracowników, czy też rodzajów wypłacanych na ich rzecz świadczeń) nie poruszono w interpretacji ogólnej. Nie może przy tym budzić wątpliwości istota wydanej 13 lutego 2024 r. przez Ministra Finansów interpretacji ogólnej. Minister przyjął w niej korzystną wykładnię art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT i art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT w zakresie możliwości zaliczania do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo-rozwojową, poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, za czas urlopów i innych usprawiedliwionych nieobecności pracownika oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Minister uznał, że należy się zgodzić ze stwierdzeniem prezentowanym w orzecznictwie, że zarówno czas urlopu jak i czas zwolnienia chorobowego, za które przysługuje wynagrodzenie chorobowe, nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, ale są czasem zatrudnienia pracownika, za który to czas przysługują pracownikowi należności wynikające z zatrudnienia, a na pracodawcy ciążą obowiązki związane, czy to z wypłatą wynagrodzenia, czy z odprowadzaniem składek z tytułu zatrudnienia. W świetle powyższego, nie ma zatem podstaw prawnych do wyłączenia z katalogu kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej należności poniesionych przez pracodawcę, stanowiących, zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, przychód pracownika realizującego działalność badawczo-rozwojową, a uzyskanych, gdy nie świadczy on pracy z powodu usprawiedliwionej nieobecności. Zdaniem Sądu, DKIS bezzasadnie, konsekwentnie podtrzymuje stanowisko o konieczności wygaszenia interpretacji indywidualnej z uwagi na interpretację ogólną Ministra Finansów. Przede wszystkim przedmiotem pytań zawartych we wniosku o interpretację nie była kwestia uznania za koszty kwalifikowane wynagrodzeń pracowników za czas urlopu i choroby. W opisie stanu faktycznego Strona wskazała, że z ulgi badawczo-rozwojowej nie zamierza korzystać w zakresie wydatków dotyczących wynagrodzeń za czas urlopu, ekwiwalentu pracownika za niewykorzystany urlop, czas choroby, czas opieki nad dzieckiem, jednak DKIS wypowiedział się w tym zakresie uznając, że ww. koszty nie mogły stanowić kosztów kwalifikowanych, jednocześnie uznając stanowisko Strony za prawidłowe. Brak było zatem podstaw do wygaszenia interpretacji indywidualnej. Niezależnie od powyższego Sąd nie podzielił poglądu DKIS co do braku możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części. Zdaniem Sądu, właściwa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 Op prowadzi do wniosku, że organ ma prawo stwierdzić wygaśnięcie również w części interpretacji indywidualnej. Interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości, jest bezzasadne. Przede wszystkim przesłanką zastosowania wspomnianego przepisu jest niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. W sytuacji, gdy zachodzi niezgodność tylko części interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - organ powinien stwierdzić wygaśnięcie tej pierwszej w części, a nie w całości, albowiem w określonym zakresie jest wciąż adekwatna względem obowiązujących przepisów i daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony. Jak zauważył NSA w wyroku z 20 czerwca 2024 r., II FSK 268/24, brak jest podstaw do wniosku, że jakakolwiek (każda) niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną nawet nieistotna z punktu widzenia racjonalnego ustawodawcy dotycząca innych sfomułowań użytych w tych aktach, które to różnice same w sobie nie wskazują na sprzeczność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - stanowi podstawę do zastosowania art. 14e §1a pkt 2 Op. Musi to być, jak stwierdził NSA, niezgodność znacząca (o charakterze istotnym) uzasadniająca pozbawienie podatnika praw nabytych, tj. ochrony przewidzianej w art. 14k Op. Przepis ten nie może być zatem stosowany przez Dyrektora KIS w sposób dowolny, a przy tym niekorzystny dla podatnika, bez jednoznacznego wykazania przez organ działający z urzędu w ramach uznania administracyjnego, że zaistniały wszystkie przesłanki wymienione w jego treści. W konsekwencji, zdaniem Sądu, zaskarżone postanowienie organu interpretacyjnego oraz poprzedzające je postanowienie wydane w pierwszej instancji zostało wydane z naruszeniem przepisów wskazanych w skardze, w szczególności art. 14e § 1a pkt 2 Op i art. 121 § 1 Op. Mając powyższe na uwadze Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 135 Ppsa uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie wydane w pierwszej instancji. O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 Ppsa, zasądzając od organu interpretacyjnego na rzecz Strony koszty postępowania w kwocie 597 zł, na którą składają się: uiszczony wpis od skargi w wysokości 100 zł, wynagrodzenie pełnomocnika, będącego doradcą podatkowym w wysokości 480 zł oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa 17 zł.