III SA/Wa 719/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Andrzej Cichoń, Sędziowie sędzia WSA Dariusz Czarkowski, asesor WSA Tomasz Grzybowski (sprawozdawca), , po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 13 sierpnia 2025 r. sprawy ze skargi T. S.A. z siedzibą w W. na postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia [...] stycznia 2025 r. nr [...] w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w sprawie podatku dochodowego od osób prawnych 1) uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia [...] listopada 2024 r. nr [...]; 2) zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz T. S.A. z siedzibą w W. kwotę 597 zł (słownie: pięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Zaskarżonym postanowieniem z [...] stycznia 2025 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, po rozpatrzeniu zażalenia wniesionego przez E. S.A. z siedzibą w W. (skarżąca, spółka), utrzymał w mocy własne postanowienie z [...] listopada 2024 r. o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych. Z motywów postanowienia wynika, że w dniu 9 kwietnia 2020 r. DKIS wydał interpretację indywidualną, uznając stanowisko spółki w części za prawidłowe i w części za nieprawidłowe w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych; w interpretacji udzielono odpowiedzi na szereg pytań dotyczących interpretacji i stosowania przepisów dotyczących ulgi badawczo-rozwojowej. W dniu 13 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną, która dotyczyła możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułu niektórych kosztów zatrudnienia, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. z 2022 r. poz. 2647 ze zm., dalej: "u.p.d.o.f.") oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. W dniu [...] listopada 2024 r. DKIS wydał postanowienie o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej, ponieważ była niezgodna z interpretacją ogólną MF z 13 lutego 2024 r., wydaną w takim samym stanie prawnym. Utrzymując to rozstrzygnięcie w mocy spornym postanowieniem DKIS wskazał, że przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują zmiany, ani wygaszania interpretacji w części i w przypadku, gdy interpretacja jest niezgodna z interpretacją ogólną MF w części należy ją także wygasić w całości. Organ wyjaśnił, że złożenie przez spółkę ponownego wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie, w którym kwestionuje stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji z 9 kwietnia 2020 r. (tj. nieodnoszącym się do kwestii zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo-rozwojową należności pracowniczych z tytułu urlopów, chorób i innej usprawiedliwionej nieobecności) daje spółce możliwość ponownego uzyskania potwierdzenia zasadności swojego stanowiska w zakresie skutków podatkowych i/lub obowiązków podatnika. W skardze do Sądu spółka wniosła o uchylenie postanowień wydanych przez organy obu instancji, jak też o zwrot kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, zarzucając naruszenie: - art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej poprzez wydanie postanowienia utrzymującego w mocy postanowienie o stwierdzeniu wygaśnięcia w całości interpretacji indywidualnej z 9 kwietnia 2020 r., jako niezgodnej z interpretacją ogólną z 13 lutego 2024 r., w sytuacji gdy taka okoliczność nie ma miejsca, gdyż interpretacja ogólna dotyczyła wyłącznie szczegółowej kwestii kwalifikowalności do kosztów ulgi B+R kosztów związanych z usprawiedliwioną nieobecnością pracowników, a interpretacja indywidualna spółki potwierdzała prawidłowość stanowiska spółki co do pozostałych kwestii, tj.: możliwości potraktowania części prac prowadzonych przez spółkę, jako prac B+R, kwalifikowalności do ulgi B+R ponoszonych przez spółkę wybranych kosztów pracowniczych, kwalifikowalności do ulgi B+R wydatków na sprzęt komputerowy, który nie jest zaliczany do środków trwałych oraz odpisów amortyzacyjnych od urządzeń wykorzystywanych w pracach B+R, kwalifikowalności do ulgi B+R wydatków lub/i odpisów amortyzacyjnych od zakupu oprogramowania, możliwości odliczenia kosztów kwalifikowanych, uwzględniając że koszty kwalifikowane nie zostały spółce w żaden sposób zwrócone i odliczone od podstawy opodatkowania; tym samym interpretacja indywidualna obejmowała swoim zakresem kwestie dalece wykraczające poza zakres przedmiotowy interpretacji ogólnej i nie odnosiła się wyłącznie do kwestii poruszonych w interpretacji ogólnej, a w jedynym potencjalnie zbieżnym zakresie interpretacji indywidualnej i ogólnej (tj. kwestii wynagrodzeń chorobowych i urlopowych), stanowisko spółki przedstawione we wniosku o wydanie interpretacji zostało uznane za nieprawidłowe, - art. 121 § 1 w zw. z art. 124 w zw. z art. 14e § 1a pkt 2 i art. 14h Ordynacji podatkowej poprzez naruszenie zasady zaufania do organów podatkowych oraz zasady przekonywania o trafności ustaleń organu podatkowego, poprzez brak uzasadnienia z czego wynika i w jakim zakresie zachodzi niezgodność interpretacji indywidualnej, w której potwierdzono prawidłowość stanowiska wnioskodawcy w odniesieniu do kilku istotnych zagadnień wykraczających poza kwestię traktowania jako kosztów kwalifikowanych ulgi B+R wynagrodzeń urlopowych i chorobowych. W motywach skargi spółka argumentowała, że organ nie ma racji twierdząc, że w sytuacji gdy jedną interpretacją indywidualną objętych jest kilka kwestii merytorycznych, a wyłącznie jedna z nich jest sprzeczna ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej, to interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. W ocenie skarżącej interpretacja ogólna, na którą powołuje się DKIS, nie odnosi się do wszystkich kwestii objętych wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej, nie odnosi się, ani do pozostałych kosztów wskazanych we wniosku, tj. kosztów amortyzacji, kosztów materiałowych, ani nie dotyczy możliwości uznania działalności takiej jaką prowadzi spółka, za działalność badawczo-rozwojową. Organ w replice podtrzymał dotychczasowe stanowisko, wnosząc o oddalenie skargi. Sprawę rozpoznano na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym, na podstawie art. 119 pkt 3 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje. Na wstępie wskazać należy, że zagadnienie prawne sporne między stronami było już przedmiotem rozważań judykatury, m.in. Naczelnego Sądu Administracyjnego w wyroku z 8 sierpnia 2023 r., o sygn. akt: II FSK 1157/21 i II FSK 1158/21 oraz w wyrokach WSA w Krakowie z 21 listopada 2024 r. o sygn. akt I SA/Kr 771/24, z 18 grudnia 2024 r. o sygn. akt I SA/Kr 801/24, z 14 lutego 2025 r. o sygn. akt I SA/Kr 971/24, z 28 lutego 2025 r. o sygn. akt I SA/Kr 52/25 (CBOSA). Na stanowisko to powołano się zresztą w skardze (s. 5). Sąd w pełni podziela ocenę prawną zaprezentowaną w powyższych wyrokach. Przedmiotem sporu jest w istocie zakres zastosowania przepisu art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej, a w szczególności przesądzenie, czy wygaśnięcie interpretacji dotyczyć może tylko całości interpretacji (jak twierdził organ), czy również części interpretacji (jak twierdziła strona skarżąca), w sytuacji gdy przedmiotem interpretacji indywidualnej jest kilka kwestii, a jedna z nich mogłaby zostać uznana za objętą stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej. Na tym tle bezsporne jest w sprawie, że w dniu 13 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną, która została opublikowana w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów z 21 lutego 2024 r. poz. 16. Minister, uwzględniając orzecznictwo sądów administracyjnych przyjął w niej, że nie ma podstaw do wyłączenia z katalogu kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej należności poniesionych przez pracodawcę, stanowiących zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o PIT przychód pracownika realizującego działalność badawczo-rozwojową, a uzyskanych gdy nie świadczy on pracy z powodu usprawiedliwionej nieobecności. Bezsporne jest również twierdzenie skarżącej, że przedmiotem ww. interpretacji ogólnej nie objęto wszystkich zagadnień, w zakresie których wypowiedział się DKIS w interpretacji indywidualnej z 9 kwietnia 2020 r. Sąd nie podziela w tym kontekście poglądu organu co do braku możliwości stwierdzenia wygaśnięcia ww. interpretacji indywidualnej w części. Nie ma racjonalnych powodów dla przyjęcia możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, tj. również w odniesieniu do zagadnień nieobjętych interpretacją ogólną, w sytuacji kiedy konieczność ta pojawiła się w związku z jednym elementem sprawy (jednym przepisem), który to element nie miał znaczenia dla pozostałych kwestii poruszonych w interpretacji. Sposób rozumienia art. 14e §1a pkt 2 Ordynacji podatkowej proponowany przez organ nie wypełnia założeń sprawnego działania administracji podatkowej, ekonomiki procesowej i w konsekwencji nie może zostać przyjęty jako wytyczna wiążącego sposobu postępowania. Wykładnia ww. przepisu forsowana przez organ nie uwzględnia też reguły inferencyjnej a maiori ad minus; jeżeli bowiem organ interpretacyjny posiada kompetencję to "stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej" w całości, to może to uczynić również w części. Zatem nie tylko funkcjonalnie, ale i w istocie literalnie odczytanie ww. przepisu zostało dokonane nieprawidłowo w postanowieniach wydanych przez DKIS w obu instancjach. Jak zauważył NSA w wyroku z 20 czerwca 2024 r., II FSK 268/24, brak jest podstaw do wniosku, że jakakolwiek (każda) niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną stanowi podstawę do zastosowania art. 14e §1a pkt 2 Ordynacji podatkowej, nawet nieistotna z punktu widzenia racjonalnego ustawodawcy, dotycząca innych sformułowań użytych w tych aktach, które to różnice same w sobie nie wskazują na sprzeczność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną. Musi to być, jak stwierdził NSA, niezgodność znacząca (o charakterze istotnym) uzasadniająca pozbawienie podatnika praw nabytych, tj. ochrony przewidzianej w art. 14k Ordynacji podatkowej. Przepis ten nie może być zatem stosowany przez Dyrektora KIS w sposób dowolny, a przy tym niekorzystny dla podatnika, bez jednoznacznego wykazania przez organ działający z urzędu w ramach uznania administracyjnego, że zaistniały wszystkie przesłanki wymienione w jego treści. W kwestii wykładni przepisu art. 14e §1a pkt 2 Ordynacji podatkowej wypowiadał się również NSA w wyroku z 8 sierpnia 2023 r., II FSK 1158/21, wskazując że organ ma prawo stwierdzić wygaśnięcia tylko części interpretacji indywidualnej skoro interpretacje te mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też bezzasadne jest przyjęcie, że za każdym razem gdy interpretacja indywidualna traci aktualność tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości. W uzasadnieniu wyroku NSA argumentował, że przesłanką zastosowania wspomnianego przepisu jest niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. Na zasadność tego stanowiska wskazuje zdaniem Sądu kasacyjnego również interpretacja systematyczna, odwołująca się do treści art. 14a § 1a, art. 14c § 1, a także art. 14k § 2 Ordynacji podatkowej. Jak zauważono, stanowisko Ministra Finansów dotyczyło wyłącznie kwestii zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wydatków na wynagrodzenia pracownika za czas jego usprawiedliwionej nieobecności w pracy. Zakres interpretacji indywidualnej dotyczył zaś jeszcze szeregu innych kwestii ww. w ramach omówienia zarzutów strony (czemu organ nie przeczy). W znacznej części stanowisko spółki DKIS uznał za prawidłowe i oceny tej nie zmieniła wydana później interpretacja ogólna. Stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości było zatem nieuprawnione i pozbawiło spółkę ochrony wynikającej z zastosowania się do interpretacji, o której mowa w art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej. Stanowisko organu w zakresie konieczności wygaszenia interpretacji w całości narusza w przekonaniu Sądu zasadę proporcjonalności, jak i zasadę zaufania oraz jest dysfunkcjonalne, bowiem wymusza ponowne złożenie wniosku o wydanie interpretacji w zakresie kwestii już pozytywnie dla wnioskodawcy wyjaśnionych, nie wspominając o generowaniu dodatkowych kosztów postępowania interpretacyjnego. Końcowo zastrzec należało, że interpretacja ogólna nie była pozbawiona wpływu na treść interpretacji indywidualnej wydanej dla spółki. Kwestia zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wynagrodzenia pracowników za czas ich usprawiedliwionej nieobecności w pracy była jednym z wątków poruszonych przez DKIS. Organ zawarł stanowisko niekorzystne dla spółki w tym zakresie stwierdzając, że koszty te nie podlegają zaliczeniu do kosztów kwalifikowanych. Interpretacja ogólna zmienia to zapatrywanie na korzyść skarżącej. Jak wskazano w interpretacji ogólnej, pojedyncze elementy składowe wynagrodzenia pracownika, tj. wynagrodzenia urlopowe i chorobowe, powinny być traktowane jako składniki kosztu wynagrodzenia kwalifikowanego do ulgi badawczo-rozwojowej, w takiej części, w jakiej do ich poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów oraz przy zachowaniu wszystkich pozostałych wymogów nakładanych na podatnika poprzez treść art. 26e ustawy o PIT i odpowiednio art. 18d ustawy o CIT. Mając na uwadze powyższe Sąd stwierdził, że organ dopuścił się naruszenia art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej, ponieważ nie porównał zakresu interpretacji indywidualnej z ogólną, uznając a limine konieczność wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości. Trafny okazał się na tym tle również zarzut naruszenia art. 121 § 1 i art. 124 Ordynacji podatkowej. Podzielając przywołane zapatrywania orzecznictwa sądów administracyjnych należało w związku z tym uchylić – jako wyrażające tożsame co do istoty stanowisko – postanowienia wydane przez DKIS w obu instancjach, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a w zw. z art. 135 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. W ramach ponownego rozpatrzenia sprawy organ będzie zobowiązany uwzględnić wykładnię art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej dokonaną w niniejszym orzeczeniu. Orzeczenie o kosztach postępowania sądowego wydano na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 i § 4 ww. ustawy.