I FSK 802/22

WyrokNaczelny Sąd Administracyjny2023-09-29

Skład orzekający: Roman Wiatrowski, Arkadiusz Cudak, Agnieszka Jakimowicz

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy organ podatkowy może odmówić prawa do odliczenia podatku naliczonego na podstawie faktur VAT RR, jeśli nie odzwierciedlają one rzeczywistego obrotu gospodarczego, a transakcje zostały udokumentowane w nieformalnym, równoległym programie księgowym?
Ratio decidendi
Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną, uznając, że organy podatkowe zasadnie odmówiły prawa do odliczenia podatku naliczonego. Sąd stwierdził, że brak ujęcia faktury w oficjalnym programie księgowym, przy jednoczesnym braku odzwierciedlenia w rzeczywistych zdarzeniach gospodarczych, czyni fakturę dokumentem oderwanym od rzeczywistości. Posiadanie rzetelnej faktury jest kluczowe dla prawa do odliczenia podatku naliczonego, nawet jeśli wydatek został poniesiony i zakwalifikowany jako koszt uzyskania przychodu.
Stan faktyczny
Spółka Z. K. sp. z o.o. kwestionowała decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej odmawiającą prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT za 2011 r. Skarżąca podnosiła zarzuty dotyczące przedawnienia, naruszenia przepisów proceduralnych i materialnych, w tym błędnego ustalenia stanu faktycznego i nieprawidłowej oceny dowodów. Sprawa dotyczyła transakcji zakupu jaj udokumentowanych fakturami VAT RR, które zdaniem organów nie odzwierciedlały rzeczywistego obrotu gospodarczego i nie były ujęte w oficjalnym programie księgowym spółki.
Rozstrzygnięcie
Oddalono skargę kasacyjną. Zasądzono od Z. K. sp. z o.o. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie kwotę 10.800 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

Pełny tekst orzeczenia

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Roman Wiatrowski, Sędzia NSA Arkadiusz Cudak, Sędzia WSA del. Agnieszka Jakimowicz (sprawozdawca), Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 29 września 2023 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Z. K. sp. z o.o. z siedzibą w B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 8 lutego 2022 r. sygn. akt III SA/Wa 1329/21 w sprawie ze skargi Z. K. sp. z o.o. z siedzibą w B. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 21 października 2020 r. nr 1401.IOV-3.4103.156.2018.35 w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2011 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Z. K. sp. z o.o. z siedzibą w B. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie kwotę 10.800 (dziesięć tysięcy osiemset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 8 lutego 2022 r., sygn. akt III SA/Wa 1329/21 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę Z. sp. z o.o. z siedzibą w B. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 21 października 2020 r. o nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2011 r. Na wstępie uzasadnienia powyższego orzeczenia Sąd I instancji odparł zarzut przedawnienia. Wskazał, że wszczęcie postępowania karnoskarbowego, przerywającego bieg terminu przedawnienia nie miało charakteru instrumentalnego, a zawiadomienie o wszczęciu tego postępowania zostało doręczone bezpośrednio spółce w czasie, gdy nie miała ona jeszcze ustanowionego pełnomocnika, a zatem jest w pełni skuteczne. Przechodząc do meritum Sąd I instancji uznał, że organy podatkowe zasadnie na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a i b ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) odmówiły skarżącej spółce prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT RR wystawionych na rzecz firmy F., F.1 i F.2 w S., dokumentujących nabycie jaj, a które to faktury nie znajdowały odzwierciedlenia w zapisach programu S. Materiał dowodowy, w szczególności zabezpieczony przez Centralne Biuro Śledcze program S., dokumenty magazynowe PZ (przyjęcie materiału z zewnątrz) oraz zeszyty ilustrujące zawarte transakcje, wykazał bowiem, że owe transakcje zostały zawarte w ramach nieformalnego porozumienia między kontrahentami i nie odzwierciedlały rzeczywistego obrotu gospodarczego. Brak ujęcia danej faktury w ww. programie oznacza bowiem, że fakturze takiej nie towarzyszyło przyjęcie zewnętrzne towaru, a więc taka faktura jest dokumentem oderwanym od rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Analiza zapisów w programie S. prowadzi do wniosku, że nie da się odnaleźć jednoznacznej korelacji kwotowej i chronologicznej między treścią tych zapisów a treścią spornych faktur. Sąd I instancji podzielił stanowisko organów, że spółka prowadziła podwójną księgowość, a faktyczny przebieg zakupów przez skarżącą udokumentowany był w prowadzonym nieoficjalnie, równolegle z oficjalną dokumentacją, programie S., w którym dokonywano zapisów na podstawie wystawionych przez skarżącą dokumentów PZ i na podstawie zapisów w zeszytach prowadzonych dla poszczególnych dostawców. Program ów służył do ewidencjonowania zdarzeń gospodarczych tylko z wybranymi, zaufanymi kontrahentami, którzy następnie zwracali do spółki w gotówce część zapłaconej przez nią kwoty za zakup jaj. Choć nie było to przedmiotem zarzutów, Sąd I instancji zapewnił ponadto, że prawidłowe były również ustalenia organów podatkowych, które uznały, że spółka zaniżyła podatek należny, poprzez nieopodatkowanie całej sprzedaży. W skardze kasacyjnej wywiedzionej od powyższego wyroku, pełnomocnik spółki zarzucił: I. naruszenie przepisów prawa proceduralnego, tj.: 1. art. 151 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 134 § 1 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi poprzez oddalenie skargi na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie pomimo tego, że organy podatkowe I i II instancji naruszyły przepisy postępowania podatkowego, a mianowicie: a) art. 210 § 1 pkt 5 w zw. z art. 180 § 1 i art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2020 r., poz. 1325 z późn. zm.), poprzez utrzymanie w mocy rozstrzygnięcia organu I instancji, pomimo niezebrania niezbędnego do prawidłowego rozstrzygnięcia sprawy materiału dowodowego i niedokonanie właściwej analizy zgromadzonego materiału dowodowego, co przełożyło się na błędne ustalenie stanu faktycznego sprawy i w efekcie błędne określenie zobowiązań podatkowych, w tym: - zaniżenie wartości podatku naliczonego VAT do odliczenia w 2011 r. w wyniku błędnego przyporządkowania części zapisów w programie S., będące skutkiem nieuwzględnienia przepisów dotyczących terminów wystawiania faktur VAT oraz zasad obowiązujących w tym zakresie w spółce, - zastosowanie odmiennej zasady przyporządkowania wartości zapisów w programie S. do faktur VAT RR niż przyjętej w podatku dochodowym od osób prawnych za 2010 i 2011 r., w wyniku czego pominięto część podatku naliczonego wykazanego w fakturach VAT RR, - pominięcie materiałów z postępowania kontrolnego nr [...] przeprowadzonego wobec kontrahenta A.S. w zakresie podatku VAT za 2010 r., zakończonego decyzją nr [...] z dnia 15 grudnia 2016 r., w wyniku którego wpisy o wartości netto 714.483,22 zł zawarte w programie S. uznano za sprzedaż dokonaną w 2010 r. przez A.S. na rzecz Z. sp. z o.o., natomiast w skarżonej decyzji wydanej wobec skarżącej w zakresie podatku VAT za 2011 r. zostały one pominięte, - przyjęcie w wydanej decyzji do ustalenia wysokości podatku naliczonego VAT całkowicie błędnie danych z programu S., co było skutkiem powołania się przez organy podatkowe na dowody z odczytu programu S. bez ich sporządzenia w formie przewidzianej w przepisach prawa, tj. rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 26 sierpnia 2005 r. w sprawie sposobu zabezpieczania, odtwarzania i wykorzystywania dowodów utrwalonych w toku kontroli podatkowej (Dz. U. z 2005 r., nr 166, poz. 1392), a w konsekwencji uniemożliwienie wykorzystania tych danych w wydanych przez organy podatkowe obu instancji rozstrzygnięciach, z uwagi na nieposiadanie stosownych narzędzi (licencji) umożliwiających odczyt danych; b) art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1, art. 188, art. 191 oraz art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej poprzez naruszenie wynikającej z tych przepisów zasady prawdy obiektywnej i zupełności postępowania oraz dokonanie dowolnej, w miejsce swobodnej oceny dowodów i w efekcie nieustalenie zgodnego z rzeczywistością stanu faktycznego sprawy, co przejawiało się w szczególności w: - niepodjęciu przez organy podatkowe wszelkich niezbędnych działań celem dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy i nierozpatrzenia w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego, - bezzasadnej odmowie przeprowadzenia przez organ podatkowy II instancji wnioskowanych przez skarżącą dowodów, które pozwoliłyby na prawidłowe ustalenie stanu faktycznego, - dokonaniu dowolnej, w miejsce swobodnej oceny zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego, przejawiającej się w szczególności w jednostronnej, niekorzystnej dla skarżącej analizie zgromadzonych dowodów, a w konsekwencji naruszeniem zasady prawdy obiektywnej, co w rezultacie spowodowało nieprawidłowe ustalenie wartości nabytych towarów oraz pozbawiło spółkę prawa do odliczenia podatku VAT; c) art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 134 § 1 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi poprzez nieprowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, w tym pomijanie okoliczności korzystnych dla skarżącej, a w rezultacie wydanie niekorzystnego dla spółki rozstrzygnięcia, pomimo popełnienia istotnych błędów merytorycznych przy ustaleniu podstawy opodatkowania polegających na: - niedostrzeżeniu przez Dyrektora lzby Administracji Skarbowej błędnego zastosowania przez organ podatkowy I instancji przepisów prawa materialnego, umożliwiających wystawianie faktur VAT z opóźnieniem, tj. art. 19 ust. 1 i ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług, w brzmieniu obowiązującym w latach 2010-2011; - powołaniu się w decyzjach obu instancji na nieistniejące materiały dowodowe, które nie znajdują się również w aktach niniejszej sprawy i których organy nie weryfikowały, tj. zeszyty A5 i dokumenty PZ dotyczące A.S., J. i U.T. oraz M. i A.J., - bezpodstawnym nieuznaniu za dokonane nabyć części towarów, mimo niepodważenia zadeklarowanej przez spółkę sprzedaży, co jest sprzeczne z zasadami neutralności i proporcjonalności podatku VAT, a także orzeczeniem Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie C-712/17 z dnia 8 maja 2019 r.; d) art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c i art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez ich błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, iż bieg terminu przedawnienia został przerwany, co nie miało miejsca w rzeczywistości, gdyż przy zawiadomieniu spółki o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia pominięto pełnomocnika skarżącej, skutkiem czego spółkę zobowiązano do zapłaty nieistniejącego zobowiązania podatkowego; e) art. 127 w zw. z art. 229 Ordynacji podatkowej poprzez całkowite pominięcie i nierozważenie przez organ podatkowy II instancji argumentacji faktycznej (dowodów) i prawnej przedstawionej przez skarżącą na etapie postępowania odwoławczego i bezpodstawne uznanie, że spółka nie wskazała żadnych nowych okoliczności i dowodów, które mogłyby mieć wpływ na ocenę sprawy, czym naruszono zasadę dwuinstancyjności postępowania; 2. art. 141 § 4 w zw. z art. 134 § 1 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi poprzez sporządzenie przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie niepełnego uzasadnienia skarżonego wyroku poddającego w wątpliwość i uniemożliwiającego sprawdzenie, czy Sąd dokonał prawidłowej kontroli legalności działalności organów administracji publicznej i wydanych przez te organy rozstrzygnięć, co miało istotny wpływ na wynik sprawy, gdyż w praktyce uniemożliwiło skarżącej ocenę i kontrolę toku rozumowania Sądu I instancji, a co za tym idzie, pozbawiło stronę możliwości polemizowania z dokonaną przez Sąd oceną stanu faktycznego i prawnego sprawy, a ponadto uniemożliwiło również kontrolę instancyjną wydanego rozstrzygnięcia, co przejawia się w szczególności w: a) braku w treści uzasadnienia skarżonego wyroku własnej oceny sprawy, a jedynie powielenie argumentacji organów podatkowych, co nie pozwoliło na zrozumienie istoty zarzutów skarżącej, b) nie odniesieniu się do zarzutu skarżącej podniesionego skardze do WSA naruszenia przez Dyrektora zasady dwuinstancyjności postępowania, co miało istotny wpływ na wynik sprawy, c) braku dogłębnej analizy stanu faktycznego sprawy w zakresie poprawności procedur stosowanych w postępowaniu, d) niedostrzeżeniu błędnego zastosowania przez organy podatkowe przepisów prawa materialnego, umożliwiających wystawianie faktur VAT z opóźnieniem (art. 19 ust. 1 i 4 ustawy o podatku od towarów i usług); II. naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: 1. art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c i art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez ich błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, iż bieg terminu przedawnienia został przerwany, co nie miało miejsca w rzeczywistości, gdyż pominięto pełnomocnika skarżącej, skutkiem czego spółkę zobowiązano do zapłaty nieistniejącego zobowiązania podatkowego za okres od stycznia do grudnia 2011 r., 2. art. 19 ust. 1 i ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług w brzmieniu obowiązującym w latach 2010-2011, poprzez ich niezastosowanie i przyjęcie przez organ podatkowy I i II instancji niezgodnego z tymi przepisami założenia, iż jeżeli dostawa towaru powinna być potwierdzona fakturą, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, podczas gdy zgodnie z brzmieniem tych przepisów obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w 7. dniu, licząc od dnia wydania towaru; 3. art. 5 ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 7 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług poprzez ich błędną wykładnię i nierespektowanie przez organ I instancji prawa do odliczenia podatku VAT przez skarżącą, wbrew konstrukcji podatku VAT i zasadzie neutralności, mimo dokonywania nabyć towarów i usług w związku z wykonywaniem czynności opodatkowanych, które organy podatkowe uznały za prawidłowo zadeklarowane; 4. art. 86 ust. 1, ust. 2 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług w zw. z wynikającą z art. 1 ust. 2 oraz art. 167 dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UE z 2006, nr 347/1) zasadą neutralności podatkowej poprzez ich niezastosowanie powodujące bezpodstawne pozbawienie skarżącej prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w sytuacji uznania nabyć towarów za koszt uzyskania przychodu oraz stwierdzonych luk w zapisach w programie S. i nieposiadania przez organ żadnych dowodów, iż towary nie zostały nabyte przez spółkę; 5. art. 116 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług, mimo że spółka spełniła wszelkie wymogi, dające prawo do odliczenia podatku VAT z faktur VAT RR, które nie zostały uwzględnione w sporządzonych w decyzjach zestawieniach z dokonanego rzekomo odczytu zapisów z programu S.; 6. art. 99 ust. 12 ustawy o podatku od towarów i usług poprzez jego niezastosowanie i zakwestionowanie prawidłowości rozliczeń skarżącej niezgodnie z konstrukcją podatku VAT oraz wbrew generalnym zasadom podatku VAT, tj. neutralności i proporcjonalności. W świetle powyższych zarzutów wniesiono o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i rozpoznanie skargi lub uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie oraz o zasądzenie od strony przeciwnej na rzecz skarżącej zwrotu kosztów procesu, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych. W odpowiedzi na skargę kasacyjną pełnomocnik organu wniósł o jej oddalenie i zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje. Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie. Zgodnie z art. 183 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2023 r., poz. 1634 z późn. zm.), Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, biorąc z urzędu pod rozwagę nieważność postępowania, która w sprawie tej jednak nie występuje. Z tego względu, przy rozpoznaniu sprawy, Naczelny Sąd Administracyjny związany był granicami skargi kasacyjnej, która oparta została na obydwu podstawach kasacyjnych, o których mowa w art. 174 cyt. ustawy, albowiem zarzuca się w niej zarówno naruszenie przepisów postępowania, jak i prawa materialnego. W takiej sytuacji jako zasadę przyjmuje się rozpoznanie w pierwszym rzędzie zarzutów o charakterze procesowym, dopiero bowiem po przesądzeniu, że stan faktyczny sprawy przyjęty przez Sąd w zaskarżonym wyroku jest prawidłowy, albo że nie został skutecznie podważony, można przejść do skontrolowania prawidłowości wykładni prawa lub subsumcji stanu faktycznego do zastosowanego przez ów Sąd przepisu prawa materialnego. Niemniej jednak w niniejszej sprawie w pierwszej kolejności należało rozpoznać najdalej idący zarzut przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną do WSA w Warszawie decyzją organu II instancji, a zatem zarzut naruszenia prawa materialnego w postaci art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c i art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Abstrahując od tego, że kasator niezasadnie umieścił przywołane przepisy jednocześnie w podstawie kasacyjnej, o której mowa w art. 174 pkt 2 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, wskazać trzeba, że zarzut ów nie zasługuje na uwzględnienie. Jak bowiem prawidłowo odnotował Sąd I instancji, z akt sprawy wynika, iż doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia. W dniu 27 czerwca 2013 r. Prokuratura Okręgowa w O. wszczęła wobec spółki postępowanie o sygn. akt [...] w sprawie o przestępstwo skarbowe polegające na prowadzeniu nierzetelnej dokumentacji oraz uszczupleniu należności podatkowych, co stanowiło naruszenie przepisów o podatku VAT. Naczelnik Trzeciego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w R. pismem z dnia 21 października 2013 r. (doręczonym spółce w dniu 24 października 2013 r.) zawiadomił stronę o zawieszeniu z dniem 27 czerwca 2013 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w zakresie podatku VAT za okres od stycznia do grudnia 2011 r. na skutek wystąpienia przesłanki, o której mowa w art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Przedmiotowe zawiadomienie, wystosowane w trybie art. 70c cyt. ustawy, prawidłowo zostało doręczone spółce, albowiem spółka nie była wówczas reprezentowana przez pełnomocnika, który został ustanowiony dopiero po wszczęciu postępowania kontrolnego postanowieniem z dnia 11 kwietnia 2014 r., doręczonym spółce w dniu 29 kwietnia 2014 r. Bez znaczenia pozostaje przy tym podnoszony w skardze kasacyjnej fakt, że spółka miała pełnomocnika w śledztwie toczącym się w Prokuraturze Okręgowej w O. w osobie adwokata B.J., albowiem nie było to postępowanie kontrolne lub podatkowe dotyczące zobowiązania podatkowego (por. uchwała 7 sędziów NSA z dnia 18 marca 2019 r., sygn. akt I FPS 3/18). Podobnie jak nie ma znaczenia fakt, iż ten sam adwokat reprezentował następnie spółkę w postępowaniu kontrolnym wszczętym już po doręczeniu stronie spornego zawiadomienia. Z kolei zawieszenie postępowania karnego skarbowego było uzasadnione z uwagi na brzmienie art. 114a k.k.s., co szeroko zostało omówione w zaskarżonym wyroku. Odnosząc się natomiast do zarzutów naruszenia przepisów postępowania zawartych w pkt 1 petitum skargi kasacyjnej, zaznaczyć należy, że w istocie w dużej mierze stanowią one powtórzenie zarzutów sformułowanych uprzednio w odwołaniu, a następnie w skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, do których to zarzutów i argumentacji przytoczonej na ich poparcie szczegółowo odniósł się zarówno organ II instancji, jak i Sąd. W motywach skargi kasacyjnej brak jest natomiast jakiejkolwiek konstruktywnej polemiki ze stanowiskiem Sądu zawartym w zaskarżonym wyroku. Zamiast tego strona cały czas forsuje tezy stawiane przez siebie w toku całego postępowania, abstrahując od argumentacji Sądu I instancji, w której uznano je za nieuzasadnione. Tym samym w ocenie Sądu kasacyjnego, nie zdołano skutecznie podważyć twierdzeń o braku prawa spółki do odliczenia zryczałtowanego zwrotu podatku oraz podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT RR wystawionych przez skarżącą spółkę na rzecz zaufanych dostawców jajek w części nieodzwierciedlającej faktycznej wartości nabycia towarów rolnych. Organy zgromadziły bogaty i kompletny materiał dowodowy, oceniły go w zgodzie z zasadami logiki i doświadczenia życiowego, a wnioski wyciągnięte z tej oceny zawarły w prawidłowo skonstruowanym uzasadnieniu. W odniesieniu do - mocno eksponowanego w treści rozpoznawanego środka zaskarżenia w wielu miejscach i w różnych konfiguracjach - zarzutu ustalenia stanu faktycznego w sposób odmienny niż w zakresie podatku dochodowego, gdzie koszty zakupu jaj w całości zostały zakwalifikowane do kosztów uzyskania przychodów, należy stwierdzić, iż jak słusznie odnotował Sąd I instancji, rozstrzygnięcie w zakresie podatku CIT nie ma wpływu na podjęte rozstrzygnięcie w zakresie podatku od towarów i usług. Zasadnie Sąd ów wyjaśniał stronie w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku i z twierdzeniami tymi Sąd kasacyjny w pełni się utożsamia, że zgodnie z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług (w tym jej art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a i pkt 3) prawo do uwzględnienia podatku naliczonego daje rzetelna pod względem przedmiotowym i podmiotowym faktura, nie zaś wpis w dodatkowej ewidencji prowadzonej przez stronę. Dlatego też organy nie mogły uwzględnić podatku naliczonego wyłącznie z programu S., jeżeli spółka nie dysponowała stosownymi fakturami. Nie ma przy tym znaczenia, czy skarżąca poniosła koszty zakupu towaru (jaj), które organ zakwalifikował jej do kosztów uzyskania przychodu w decyzji dotyczącej podatku dochodowego. Należy powtórzyć za Sądem I instancji, że na gruncie podatku od towarów i usług oraz podatku dochodowego występują różnice dokumentacyjne wpływające na uznanie kwot wydatkowanych na zakup towarów za koszt uzyskania przychodu i na uznanie od tych kwot prawa do odliczenia podatku naliczonego. Na podstawie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych za koszt uzyskania przychodu przyjmuje się wydatek poniesiony w celu jego uzyskania. Fakt poniesienia wydatku, który został udokumentowany (w tym przypadku wpisem w programie S.) i ma związek z przychodem stanowi koszt uzyskania przychodu, co znalazło wyraz w ustaleniach z zakresu podatku dochodowego za 2010 i 2011 r., gdzie organ uznał za koszty uzyskania przychodu całą wartość zakupu jaj wykazaną w programie S., ale nie wynikającą z faktur zakupu. O ile sam fakt poniesienia wydatku daje możliwość jego uwzględnienia jako kosztu uzyskania przychodu, o tyle o prawie do odliczenia podatku od towarów i usług decyduje także posiadanie rzetelnej faktury. W związku z tym, jak prawidłowo stwierdził Sąd I instancji, fakt ujęcia zakupu w programie S., bez odpowiadającej mu faktury, kwalifikował go do uznania za koszt uzyskania przychodu, ale nie uprawniał do odliczenia podatku naliczonego. Z tych samych przyczyn ustalenie w postępowaniu prowadzonym wobec A.S. wartości sprzedaży jaj na rzecz spółki Z. z uwzględnieniem wszystkich wpisów w programie S. nie oznacza, że podatnik mógł mieć prawo do odliczenia podatku VAT na podstawie wszystkich wpisów w programie S. Stąd też w postępowaniu prowadzonym wobec A.S. prawidłowo określono, dla celów opodatkowania podatkiem VAT, wartość sprzedaży jaj przez tego kontrahenta z uwzględnieniem wszystkich zapisów w programie S., jak też zasadnie w postępowaniu w podatku VAT za 2011 r. nie przyznano Z. prawa do odliczenia podatku VAT z tzw. pustych wpisów w programie S., niepowiązanych z żadną fakturą VAT RR. W postępowaniu ustalono bowiem, że spółka Z. nie dysponowała wymaganym ustawą o podatku od towarów i usług dokumentem (fakturą) potwierdzającym nabycie jaj od A.S., a zatem fakt zrealizowania sprzedaży przez A.S. na rzecz spółki (ustalony na podstawie wpisów w programie S.) nie przekładał się automatycznie na prawo do odliczenia podatku VAT. Niezależnie od powyższego spółka nie wykazała jaki jest związek pomiędzy decyzją wydaną względem A.S. za 2010 r., a decyzją wydaną wobec spółki za 2011 r. Odnosząc się z kolei do wątpliwości skarżącej spółki w zakresie sposobu korzystania przez organy z programu S., co miało polegać na powołaniu się na dowody z odczytu tego programu bez ich sporządzenia w formie przewidzianej w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 26 sierpnia 2005 r. w sprawie sposobu zabezpieczenia, odtwarzania i wykorzystania dowodów utrwalonych w toku kontroli podatkowej, w szczególności wynikającej z § 5 tego rozporządzenia, zgodnie z którym każde odtworzenie i wykorzystanie dowodu wymaga dokonania wpisu do karty ewidencyjnej dowodu, a kartę ewidencyjną dowodu umieszcza się w aktach kontroli podatkowej (wzór karty ewidencyjnej dowodu określa załącznik do rozporządzenia), stwierdzić należy, że jakkolwiek faktycznie organ nie sporządził stosownej dokumentacji w tym zakresie, to jednakże strona nie wykazała, by to uchybienie proceduralne miało jakikolwiek wpływ na rozstrzygnięcie. Tymczasem wyeliminowanie decyzji z obrotu prawnego z uwagi na naruszenie przepisów proceduralnych jest możliwe tylko w sytuacji, gdy naruszenie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. c Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi). Strona nie wykazała, by organ dokonując odczytu danych zawartych w systemie S. i dokonując na ich podstawie wyliczeń, popełnił jakiś konkretny błąd w ustaleniach, który wynikałby z wadliwego odczytania tychże danych, albo że doszło do ingerencji w treść programu. Wadliwego działania programu nie stwierdził nadto informatyk śledczy, który dokonywał jego odczytu i sporządzał kopię danych. Skarżąca podnosi, że w danych z programu S. są luki i sprzeczności w zapisach, ale nie wskazuje o jakie konkretnie wadliwości chodzi. Zatem twierdzenie to pozostaje całkowicie gołosłowne. Słusznie nadto Sąd I instancji wskazał, że wbrew wywodom spółki, organ nie musiał dysponować licencją, by móc odczytywać i analizować dane zawarte w programie, zwłaszcza że celem organu nie było korzystanie z programu, ale zapoznanie się z zapisaną w nim treścią. W świetle art. 180 § 1 Ordynacji podatkowej, nie było również wymogu sporządzenia papierowego wydruku z programu księgowego, na co wskazuje § 3 cyt. rozporządzenia. Nie można było nadto uwzględnić wywodów pełnomocnika skarżącej spółki odnośnie do przyjęcia przez organy błędnej metodologii przyporządkowania zapisów programu S. do faktur VAT RR. W tym miejscu przypomnieć należy, że pomimo ujawnionych nierzetelności i wadliwości w ewidencjonowaniu przez spółkę obrotu, organy nie odmówiły stronie odliczenia zryczałtowanego zwrotu podatku od całości faktur uznanych za nierzetelne, ale działając na korzyść podatnika stwierdziły, że w każdym przypadku, w którym faktura była nierzetelna, ale udało się ją przyporządkować do wpisu w programie S. na podstawie dokumentu PZ, w których nanoszono numer nadany tym dokumentom przez program S. oraz nr faktury VAT RR, przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT w kwocie wykazanej w fakturze (gdy wartość nabycia w fakturze była niższa niż w programie S.) lub też do wysokości podatku określonego z programu S. (gdy podatek VAT wynikający z faktury był wyższy od kwoty podatku wyliczonej z programu S.). Przyjęto więc, że obliczona z programu S. kwota VAT, zawarta jest w kwocie podatku ujętej w fakturze. Skarżąca w istocie nie kwestionuje tak przyjętej metody powiązania faktur VAT RR z programem S. poprzez dokumenty i numery PZ, jednakże z uwagi na fakt, iż metoda owa nie pozwoliła na przyporządkowanie części zapisów programu do niektórych faktur VAT RR, to strona domaga się, by w dalszej kolejności dokonać powiązania faktur z zapisami programu poprzez daty wpisów w programie i daty sporządzenia faktur. Zasadne są w tym zakresie wątpliwości Sądu I instancji, że skarżąca w zasadzie ubiega się o to, by prawo do odliczenia podatku naliczonego przyznać jej ze wszystkich spornych faktur, tylko dlatego, że w programie S. istnieją zapisy nieprzyporządkowane do żadnych konkretnych faktur, domaga się zatem, by prawo to przyznane zostało nie na podstawie faktur, ale tylko na podstawie zapisów w programie S. Poza tym argumentacja spółki zmierza do tego, aby przyznać jej prawo do odliczenia podatku naliczonego na podstawie faktur nierzetelnych. Nie mógł zostać także uwzględniony argument odnośnie do wystawiania części faktur z opóźnieniem, która to możliwość wynika z treści art. 19 ust. 1 i 4 ustawy o podatku od towarów i usług. Sąd I instancji zasadnie zauważył, że nie da się jednoznacznie powiązać wpisów w programie S. z fakturami VAT RR jedynie w oparciu o prawną możliwość wystawiania faktur w terminie 7 dni od dnia nabycia towaru, na co podał konkretne przykłady, na które zresztą powoływała się sama spółka, a z których wynika, że nie sposób odnaleźć jednoznacznej korelacji kwotowej i chronologicznej pomiędzy treścią zapisów w programie S. a treścią spornych faktur. Jeśli chodzi z kolei o zarzucaną w skardze kasacyjnej kwestię oparcia się przez organy na nieistniejących dowodach, to zauważyć należy, że w przeprowadzonym postępowaniu wykorzystano dowody przekazane przez CBŚP w Warszawie, wśród których znalazł się program komputerowy S. wraz z bazą danych, włączony do akt sprawy w postaci płyty CD, oraz kilkanaście zeszytów formatu A5 z zapisami dotyczącymi transakcji z kontrahentami w latach 2008-2013, w tym z A.S, J. i U.T., M. i A.J. (kserokopie wybranych kart z zeszytów - karta 1115-59, VIII tom akt) z zapisami dotyczącymi transakcji w latach późniejszych niż 2011. Zeszyty za 2011 r. bowiem zostały przez spółkę zniszczone. Niemniej jednak, zeszyty te, mimo że nie odnoszą się wprost do kontrolowanego okresu, pokazują i potwierdzają mechanizm dokumentowania przez spółkę operacji gospodarczych. Zapisy w nich zawarte i ich analiza (oraz zapisy i analiza pozostałych zeszytów dotyczących transakcji z innymi zaufanymi kontrahentami) posłużyła w tym przypadku organowi jedynie do uznania, że program S. jest miarodajnym dowodem w zakresie faktycznej wartości transakcji, pomimo zniszczenia zeszytów za okres objęty niniejszym postępowaniem, a dotyczących rozliczeń z M.J., A.J., J. i U.T. Dlatego powiązania wpisów w programie S. z fakturami VAT RR i fakturami VAT organy dokonały nie na podstawie wpisów w zeszytach, bo te zostały zniszczone, ale na podstawie znajdujących się w aktach sprawy dokumentów PZ. Poprzez to porównanie ustalono rzeczywistą wartość transakcji zakupu jaj od A.S., J. i U.T. A.J. i M.J. Wskazując na bezzasadną w ocenie kasatora odmowę przeprowadzenia przez organ II instancji wnioskowanych przez stronę skarżącą dowodów, co miało doprowadzić do naruszenia art. 188 Ordynacji podatkowej, pełnomocnik nie wyjaśnia jakie konkretnie dowody ma na myśli. W tej materii nie wystarczy ogólnikowe odesłanie do treści odwołania, czy składanych w toku postępowania pism z dnia 21 stycznia 2019 r., 27 marca 2019 r., czy 22 stycznia 2020 r. Z motywów skargi kasacyjnej wynika jedynie, że podatnik wnioskował o dołączenie do akt sprawy i uznanie za dowód protokołów i decyzji podatkowych dotyczących podatku CIT za rok 2010 i 2011, co nie mogło mieć wpływu na treść rozstrzygnięcia, albowiem – jak wskazano wyżej - rozliczenia w podatku dochodowym nie przekładają się automatycznie na kwestie związane z podatkiem od towarów i usług. Nie było również podstaw do ponownego powoływania biegłego informatyka, skoro ten, który odczytywał bazy danych z programu księgowego S. – o czym była mowa wyżej - nie zgłaszał jakichkolwiek błędów technicznych w odczytywaniu danych z programu, nie podnosił, by pewne treści nie dały się odczytać lub były zniekształcone. Nie wiadomo natomiast na czym miałoby polegać uchybienie przepisowi art. 210 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej, skoro decyzja organu I instancji zawiera rozstrzygnięcie. Okoliczność, że skarżąca spółka nie zgadza się z jego treścią nie powoduje naruszenia wskazanego przepisu. Chybiony jest również zarzut naruszenia zasady dwuinstancyjności (art. 127 w powiązaniu z art. 229 Ordynacji podatkowej). Lektura decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie wskazuje, iż dokonał on własnej oceny zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego, poszerzonej o kwestie związane z przesłankami przedawnienia zobowiązań podatkowych, a co za tym idzie dopuszczalnością orzekania, wbrew twierdzeniom kasatora szczegółowo ustosunkował się również do zarzutów i argumentów zawartych w odwołaniu oraz szeregu pismach procesowych spółki składanych w toku postępowania. Fakt, że ocena całokształtu dowodów i okoliczności ujawnionych w sprawie dokonana w decyzji odwoławczej pokryła się z oceną wyrażoną przez Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w O., a której to oceny strona nie akceptuje, nie świadczy ani o naruszeniu wskazanej zasady, ani też o wadliwości uzasadnienia decyzji w świetle dyrektyw wynikających z art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z § 4 Ordynacji podatkowej. Należy nadto w pełni zgodzić się z poglądem Sądu I instancji, zgodnie z którym nie narusza zasady dwuinstancyjności przywołanie, a nawet dosłowne przytaczanie treści dowodów i ich ocen poczynionych w decyzji organu I instancji, jeśli okazują się one trafne i są w pełni aprobowane przez organ odwoławczy. Sąd kasacyjny nie dopatrzył się nadto naruszenia zasady zaufania, o której mowa w art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej. O naruszeniu tego przepisu i zawartej w nim normy nakazującej organom prowadzenie postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, nie może stanowić podjęcie przez organ podatkowy rozstrzygnięcia odmiennego od oczekiwanego przez podatnika. Strona ma bowiem prawo do własnego subiektywnego przekonania o zasadności jej zarzutów, jednakże przekonanie to nie musi mieć odzwierciedlenia w obowiązujących przepisach prawnych i ich wykładni (tak przykładowo wyroki NSA: z dnia 20 października 2022 r., sygn. akt III FSK 1014/21, czy z dnia 26 listopada 2021 r., sygn. akt I FSK 2014/21). Nie mógł nadto zostać uwzględniony zarzut naruszenia art. 141 § 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, sformułowany w powiązaniu z art. 134 § 1 tej ustawy. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego uzasadnienie zaskarżonego wyroku spełnia standardy i wymogi wskazane w owym przepisie, albowiem przedstawiono w nim stan faktyczny sprawy, zrelacjonowano sformułowane w skardze zarzuty, wskazano podstawę prawną oddalenia skargi, przy czym Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w dostateczny sposób wyjaśnił motywy podjętego rozstrzygnięcia, przez co zaskarżone orzeczenie w pełni poddawało się kontroli kasacyjnej. Stąd nie znajduje żadnego odzwierciedlenia w treści uzasadnienia kontrolowanego wyroku twierdzenie pełnomocnika o braku zawarcia przez Sąd I instancji własnej oceny sprawy. WSA rozpoznał zarzuty sformułowane w skardze i odniósł się do tych twierdzeń skarżącej, które były istotne z punktu widzenia rozstrzygnięcia. W szczególności, wbrew twierdzeniom skargi kasacyjnej, ocenił zarzut naruszenia zasady dwuinstancyjności, wskazał, z jakich przyczyn chybione są argumenty pełnomocnika związane z brzmieniem art. 19 ust. 1 i 4 ustawy o podatku od towarów i usług, odniósł się też szeroko do kwestii prawidłowości prowadzonego przez organy obydwu instancji postępowania, zaś okoliczność, że pełnomocnik nie zgadza się z oceną Sądu wyrażoną w tej materii nie świadczy o wadliwości uzasadnienia wyroku. Zarzut naruszenia art. 141 § 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi nie służy bowiem zwalczaniu prawidłowości przyjętego przez sąd meriti stanu faktycznego, jego oceny, czy też stanowiska co do wykładni bądź zastosowania prawa materialnego, a w konsekwencji trafności rozstrzygnięcia. Z kolei brak uzasadnienia dla zarzutu naruszenia art. 134 § 1 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, do czego zobowiązywała fachowego pełnomocnika treść art. 176 § 1 pkt 2 tej ustawy, pozostawia go poza merytoryczną kontrolą Sądu kasacyjnego. Brak skutecznego podważenia stanu faktycznego w niniejszej sprawie, skutkuje z kolei uznaniem za chybione zarzutów naruszenia przepisów prawa materialnego poprzez niewłaściwe zastosowanie, a w zasadzie, jak wskazuje kasator, niezastosowanie art. 19 ust. 1 i 4, art. 99 ust. 12, art. 86 ust. 1, ust. 2 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług w zw. z art. 1 ust. 2 oraz art. 167 dyrektywy 112 oraz zastosowanie art. 116 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług. Tymczasem błędne zastosowanie konkretnego przepisu prawa materialnego polega na tzw. błędzie w subsumcji, a więc błędnym uznaniu stanu faktycznego ustalonego w sprawie za odpowiadający stanowi hipotetycznemu przewidzianemu w mającej zastosowanie w sprawie normie prawnej. Ocena zasadności zastosowania prawa materialnego może zostać dokonana jedynie na gruncie prawidłowo ustalonego i ocenionego stanu faktycznego. Dlatego, gdy skarżący nie podważa skutecznie okoliczności faktycznych sprawy i ich oceny dokonanej przez Sąd I instancji, jak to miało miejsce na gruncie niniejszej sprawy, zarzuty niewłaściwego zastosowania prawa materialnego są zarzutami bezpodstawnymi. Natomiast formułując zarzut błędnej wykładni art. 5 ust. 1 w zw. z art. 7 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, pełnomocnik spółki nie wskazuje w czym upatruje wadliwości w dokonanej przez Sąd I instancji wykładni wskazanych przepisów. Niemniej jednak, jak wynika z treści samego petitum skargi kasacyjnej, zarzut ten w istocie rzeczy został skierowany przeciwko ustaleniom stanu faktycznego, a zatem, z przyczyn opisanych wyżej nie mógł zostać uwzględniony. Mając na uwadze wszystkie przedstawione wyżej okoliczności Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, oddalił skargę kasacyjną uznając ją za bezzasadną. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono natomiast na podstawie art. 209, art. 204 pkt 1 i art. 205 § 2 w zw. z art. 207 § 1 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a w zw. z ust. 1 pkt 1 lit. a w zw. z § 2 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2018 r., poz. 265 z późn. zm.).

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 13.07.2026. · Źródło