I FSK 966/22

WyrokNaczelny Sąd Administracyjny2025-05-19

Skład orzekający: Artur Mudrecki, Roman Wiatrowski, Elżbieta Olechniewicz

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy dofinansowanie otrzymane na pokrycie kosztów realizacji projektu badawczego, które nie ma bezpośredniego wpływu na cenę świadczonych usług, stanowi podstawę opodatkowania podatkiem od towarów i usług?
Ratio decidendi
Dofinansowanie, które pokrywa jedynie koszty związane z realizacją projektu i nie ma charakteru cenotwórczego, nie stanowi zapłaty w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, a tym samym nie podlega opodatkowaniu. Nie ma znaczenia, czy dotacja pochodzi od nabywcy czy osoby trzeciej, kluczowe jest, czy stanowi wynagrodzenie za konkretną usługę lub dostawę.
Stan faktyczny
Sprawa dotyczyła skargi kasacyjnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej od wyroku WSA w Olsztynie, który uchylił interpretację indywidualną dotyczącą podatku od towarów i usług. Sporne było, czy dofinansowanie otrzymane przez Instytut R. na pokrycie kosztów projektu badawczego stanowiło podstawę opodatkowania VAT. WSA uznał, że dofinansowanie dotyczyło kosztów współrealizacji projektu, a nie dostarczenia konkretnych usług, i w związku z tym nie zwiększało obrotu. DKIS w skardze kasacyjnej zarzucił naruszenie przepisów postępowania i prawa materialnego, twierdząc, że dofinansowanie miało bezpośredni wpływ na cenę świadczonych usług.
Rozstrzygnięcie
Oddalił skargę kasacyjną organu.

Pełny tekst orzeczenia

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Artur Mudrecki, Sędzia NSA Roman Wiatrowski (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Elżbieta Olechniewicz, Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 19 maja 2025 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie z dnia 24 marca 2022 r., sygn. I SA/Ol 74/22 w sprawie ze skargi Instytutu R. w O. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 23 listopada 2021 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług oddala skargę kasacyjną. 1. Wyrok Sądu pierwszej instancji. 1.1. Wyrokiem z dnia 24 marca 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 74/22, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie, po rozpoznaniu skargi Instytutu z siedzibą w O. (dalej: Skarżący, Instytut, Strona) na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: organ, DKIS) z dnia 23 listopada 2021 r., w przedmiocie podatku od towarów i usług, działając na podstawie art. 146 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2022 r., poz. 329 ze zm., dalej: p.p.s.a.), uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną (opisany wyrok i powołane w uzasadnieniu orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są na: www.orzeczenia.nsa.gov.pl). 1.2. W ocenie Sądu pierwszej instancji sporne w tej sprawie dofinansowanie otrzymane przez Skarżącego na pokrycie kosztów projektu pod nazwą "C." [...] dotyczyło kosztów współrealizacji projektu, a nie kosztów dostarczenia konkretnych usług, było to pokrycie kosztów poniesionych w związku z zarządzaniem projektem i realizacją usług objętych projektem. W konsekwencji tego Sąd pierwszej instancji uznał, że stanowisko organu, jakoby przedmiotowa dotacja zwiększała obrót w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2021 r., poz. 685 ze zm., dalej: ustawa o VAT), było niezasadne. WSA za zasadny uznał również zarzut naruszenia przez DKIS art. 86 ust. 1 tej ustawy, a także zarzuty naruszenia przepisów postepowania: art. 121 § 1 w zw. z art. 14h oraz art. 14c § 1 i 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2021 r., poz. 1540 ze zm., dalej: Ordynacja podatkowa). 2. Skarga kasacyjna. 2.1. Skargę kasacyjną od powyższego wyroku wniósł DKIS, zaskarżając wyrok w całości. Wyrokowi Sądu pierwszej instancji zarzucił: 1) na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a., naruszenia przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.: a) art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) oraz art. 151 w zw. z art. 141 § 1 p.p.s.a. w powiązaniu z art. 14c § 1 i 2 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h Ordynacji podatkowej, poprzez bezpodstawne przyjęcie przez Sąd pierwszej instancji w skarżonym wyroku, że organ w wydanej interpretacji indywidualnej w sprzeczności ze stanem faktycznym, bez wszechstronnej i całościowej analizy treści wniosku Skarżącej i w konsekwencji przez dokonanie nieprawidłowej oceny stanu faktycznego, z pominięciem okoliczności faktycznych wniosku przyjął, że dotacja stanowiła wynagrodzenie za wykonane usługi i zachodzi bezpośredni związek pomiędzy wydatkowaną dotacją a ceną podczas gdy organ w skarżonej interpretacji indywidualnej dokonał szczegółowiej i pełnej oceny przedstawionego stanu faktycznego oraz oceny prawnej stanowiska Skarżącej w uzasadnieniu prawnym zawartym w interpretacji indywidualnej oraz wbrew stanowisku Sądu pierwszej instancji nie dokonał nieuprawnionej modyfikacji zaistniałego stanu faktycznego przyjmując go w całości do podstawy faktycznej rozstrzygnięcia, z której uznał, że otrzymana przez Skarżącą dotacja na pokrycie kosztów Projektu dotyczącego badań innowacyjnych dla sektora żywnościowego produkcji produktów drobiowych finansowanego ze środków Komisji Europejskiej jest dotacją bezpośrednio wpływającą na wartość świadczonych przez Skarżącą usług i zwiększając podstawę opodatkowania stanowi wynagrodzenie Skarżącej za świadczenie usług podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług i w konsekwencji Skarżącej będzie przysługiwało prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu zarówno za lata 2019 i 2020 rok kiedy wyniki badań w postaci praw własności przemysłowej miały być wykorzystane do wykonywania czynności opodatkowanych w zakresie komercjalizacji wyników tych badań, jak również za rok 2021 w sytuacji kiedy na skutek aneksu do umowy konsorcjum prawa własności przemysłowej i prawa do czerpania korzyści z komercjalizacji wyników Projektu poprzez nieodpłatne przekazanie przez Skarżącą wyników badań otrzymali partnerzy konsorcjum, a Skarżąca uczestniczyła w dalszym ciągu w realizacji Projektu przy wykorzystaniu środków otrzymanych z dotacji; b) art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) w zw. z art. 141 § 4 p.p.s.a. w zw. z art. 14c § 2 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h Ordynacji podatkowej, poprzez sporządzenie uzasadnienia zaskarżonego wyroku zawierającego stwierdzenia wewnętrznie sprzeczne, a więc w sposób uchybiający regułom przekonywania, co w konsekwencji uniemożliwia organowi poznanie motywów podjętego przez Sąd pierwszej instancji rozstrzygnięcia, niedostateczne wyjaśnienie i uzasadnienie podstawy prawnej orzeczenia, na skutek braku pogłębionej analizy prawnej zasadniczych dla prawidłowego rozstrzygnięcia kwestii, w tym w szczególności brak wyjaśnienia na czym w ocenie Sądu pierwszej instancji polegało wydanie decyzji indywidualnej w sprzeczności ze stanem faktycznym, bez wszechstronnej i całościowej analizy treści wniosku Skarżącej i w konsekwencji dokonanie nieprawidłowej oceny stanu faktycznego przez organ z pominięciem okoliczności faktycznych wniosku w sytuacji, gdy organ w skarżonej interpretacji indywidualnej dokonał szczegółowej i pełnej oceny przestawionego stanu faktycznego oraz oceny prawnej stanowiska Skarżącej w uzasadnieniu prawnym zawartym w interpretacji indywidualnej oraz wbrew stanowisku Sądu pierwszej instancji nie dokonał nieuprawnionej modyfikacji zaistniałego stanu faktycznego przyjmując go w całości do podstawy faktycznej rozstrzygnięcia, a sama odmienna ocena i kwalifikacja prawnopodatkowa określonych zdarzeń nie stanowiła podstawy do uwzględnienia zarzutów procesowych skargi skoro Sąd pierwszej instancji jedynie kwestionuje merytoryczną prawidłowość oceny stanowiska Skarżącej dokonanej przez organ, a rozstrzygnięcie, czy dotacja byłą elementem wynagrodzenia, stanowiącego podstawę opodatkowania była przedmiotem zapytania skierowanego do organu, a nie elementem stanu faktycznego. Tym samym niedokonanie przez Sąd pierwszej instancji prawidłowej kontroli wydanej interpretacji indywidualnej, podczas gdy organ uwzględnił i odniósł się do wszystkich elementów stanu faktycznego istotnych dla wskazania w sposób wyczerpujący prawidłowego stanowiska wraz z jego uzasadnieniem prawnym; c) art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 p.p.s.a. w powiązaniu z art. 14c § 1 i 2 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h Ordynacji podatkowej w powiązaniu z art. 29a ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 i art.8 ust. 1 oraz art. 86 ust. 1 i ust. 2 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 8 ust. 1 ustawy o VAT, poprzez przyjęcie, że zaskarżona interpretacja została wydana z naruszeniem wskazanych przepisów prawa materialnego i procesowego, mimo że do takich naruszeń nie doszło i w konsekwencji nieuzasadnione uchylenie zaskarżonej interpretacji zamiast oddalenia skargi. 2) na podstawie art. 174 pkt 1 p.p.s.a., naruszenia przepisów prawa materialnego, tj.: a) art. 29a ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 i art. 8 ust. 1 ustawy o VAT, poprzez ich niewłaściwe zastosowanie polegające na błędnym przyjęciu przez Sąd pierwszej instancji w skarżonym wyroku, że otrzymana przez Skarżącą dotacja na pokrycie kosztów Projektu dotyczącego badań innowacyjnych dla sektora żywnościowego produkcji produktów drobiowych finansowanego ze środków Komisji Europejskiej nie jest dotacją bezpośrednio wpływającą na wartość świadczonych usług i zwiększając podstawę opodatkowania nie stanowi wynagrodzenia Skarżącej za świadczenie usług podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług lecz jej przekazanie nie było związane z dofinansowaniem sprzedaży określonego towaru lub usługi tylko pokryciem kosztów współrealizacji Projektu jako zleconego zadania; b) art. 86 ust. 1 i ust. 2 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 i w zw. z art. 8 ust. 1 ustawy o VAT, poprzez ich niewłaściwe zastosowanie polegające na błędnym przyjęciu przez Sąd pierwszej instancji w skarżonym wyroku, ze Skarżącej nie będzie przysługiwało prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu zarówno za lata 2019 i 2020 rok kiedy wyniki badań w postaci praw własności przemysłowej miały być wykorzystane do wykonywania czynności opodatkowanych w zakresie komercjalizacji wyników tych badań, jak również za rok 2021 w sytuacji kiedy na skutek aneksu do umowy konsorcjum prawa własności przemysłowej i prawa do czerpania korzyści z komercjalizacji wyników Projektu poprzez nieodpłatne przekazanie przez Skarżącą wyników badań otrzymali partnerzy konsorcjum, a Skarżąca uczestniczyła w dalszym ciągu w realizacji Projektu przy wykorzystaniu środków otrzymanych z dotacji od osoby trzeciej lecz nie można jej powiązać z obrotem jako niemającej związku z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem VAT, w związku ze świadczeniem której przysługuje odliczeni podatku naliczonego na nabycie towarów i usług. Powołując się na powyższe podstawy kasacyjne, DKIS wniósł o: na podstawie art. 188 p.p.s.a. uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i rozpoznanie skargi kasacyjnej, względnie o jego uchylanie na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Olsztynie oraz na podstawie art. 203 pkt 2 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. zasądzenie od Skarżącej na rzecz organu zwrotu kosztów postępowania wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm przepisanych. 2.2. Instytut nie skorzystał z możliwości złożenia odpowiedzi na skargę kasacyjną. 2.3. Strona w piśmie procesowym z dnia 8 stycznia 2025 r. odniosła się do zarzutów skargi kasacyjnej, wnosząc o jej oddalenie jako nieuzasadnionej oraz zasądzenie kosztów prawem przepisanych. 3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje. 3.1. Skarga kasacyjna nie miała usprawiedliwionych podstaw. 3.2. Istota sporu w niniejszej sprawie sprowadzała się do rozstrzygnięcia, czy w stanie faktycznym zakreślonym przez Stronę we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, otrzymanie przez nią dofinansowanie w ramach realizowanego projektu stanowiło podstawę opodatkowania w myśl art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. 3.3. Powyższe zagadnienie było już przedmiotem rozważań Naczelnego Sądu Administracyjnego zawartych m.in. w wyrokach wydanych w sprawach Instytutu z dnia: 11 lipca 2023 r., sygn. akt I FSK 551/23 oraz z dnia 9 lutego 2022 r.: sygn. akt I FSK 2486/21, sygn. akt I FSK 2498/21, sygn. akt I FSK 2359/21, sygn. akt I FSK 2460/21, które zapadły na tle zbliżonych do niniejszej sprawy stanów faktycznych. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie rozpoznającym niniejszą skargę kasacyjną w pełni podziela poglądy wyrażone w powołanych orzeczeniach. 3.4. Decydujące w sprawie okazało się rozstrzygnięcie charakteru dofinansowania, będącego przedmiotem niniejszej sprawy, tj. czy ma ono charakter tzw. dotacji kosztowej, jak uznał Sąd pierwszej instancji, czy też – jak wskazywał DKIS – sporne dofinansowanie miało bezpośredni wpływ na cenę świadczonych przez Skarżącego usług, a zatem rzutuje również na podstawę opodatkowania. Stosownie do art. 29a ust. 1 ustawy o VAT podstawą opodatkowania, z zastrzeżeniem ust. 2, 3 i 5, art. 30a-30c, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5, jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika. Przepis ten stanowi implementację art. 73 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.Urz. UE L z 2006 r., nr 347, poz. 1 ze zm., dalej: Dyrektywa 112), zgodnie z którym, w odniesieniu do dostaw towarów i świadczenia usług innych niż te, o których mowa w art. 74-77, podstawa opodatkowania obejmuje wszystko, co stanowi zapłatę otrzymaną lub którą dostawca lub usługodawca otrzyma w zamian za dostawę towarów lub świadczenie usług, od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z subwencjami związanymi bezpośrednio z ceną takiej dostawy lub świadczenia. Z treści art. 29a ust. 1 ustawy o VAT wynika zatem, że do podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług wlicza się tylko takie dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze, które mają bezpośredni wpływ na kwotę należną (cenę) z tytułu dostawy lub świadczenia usługi. Elementem zasadniczym wpływającym na objęcie uzyskanej przez podatnika dotacji definicją podstawy opodatkowania jest stwierdzenie, że dotacja udzielana jest w celu sfinansowania, czy też dofinansowania, dostawy konkretnych towarów lub świadczenia konkretnych usług. Oznacza to, że podstawa opodatkowania obejmuje dotacje o charakterze przedmiotowym, a nie te, które mają charakter podmiotowy. Jak trafnie stwierdził Sąd pierwszej instancji, z orzecznictwa TSUE wynika, że do podstawy opodatkowania podatkiem VAT zalicza się, w przypadkach które określa art. 73 Dyrektywy 112, m.in. przyznane podatnikom subwencje bezpośrednio związane z ceną dostawy lub świadczenia. Przepis ten zmierza do obciążenia podatkiem VAT całej wartości towarów lub usług, a przez to do uniknięcia zmniejszenia przychodu z podatku na skutek przyznania subwencji. TSUE wskazywał wielokrotnie, że aby subwencja była uznana za bezpośrednio związaną z ceną danej transakcji, powinna ona być przyznawana konkretnie podmiotowi subwencjonowanemu po to, by dostarczał on określony towar lub wykonywał określoną usługę. Jedynie w tym przypadku subwencja może być uznana za świadczenie wzajemne względem dostawy towaru lub świadczonej usługi, a w związku z tym podlegać opodatkowaniu (np. pkt 28 wyroku w sprawie C-144/02). Ponadto, subwencje związane bezpośrednio z ceną interpretuje się jako obejmujące jedynie subwencje, które stanowią całość lub część wynagrodzenia za dostawę towarów lub świadczenie usług i które są płacone przez stronę trzecią sprzedawcy lub dostawcy (zob. np. pkt 18 wyroku w sprawie C-184/00). Niezbędne jest, by cena, którą ma zapłacić nabywca lub usługobiorca, była ustalona w taki sposób, by zmniejszała się w stosunku odpowiadającym subwencji przyznanej sprzedawcy towarów lub świadczącemu usługi, która stanowiłaby zatem element determinujący cenę, jakiej ten ostatni żąda (zob. pkt 29 wyroku w sprawie C-144/02). W sprawie C-353/00 TSUE wyraził pogląd, że niezależnie od tego, czy dofinansowanie spełnia warunek bezpośredniego związku z ceną, czy też nie spełnia takiego warunku, zwiększać będzie podstawę opodatkowania, jeśli osoba trzecia (także organ władzy publicznej) wpłaca pewną kwotę pieniędzy na poczet usług świadczonych na rzecz osoby fizycznej. W konsekwencji, kryterium decydującym o uznaniu dotacji za stanowiącą podstawę opodatkowania jest stwierdzenie, czy dotacja dokonywana jest w celu sfinansowania konkretnej czynności podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Dotacje niedające się powiązać z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem VAT, nie stanowią podstawy opodatkowania w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. Nie ma przy tym znaczenia od kogo dostawca towaru lub świadczący usługę otrzymuje zapłatę – czy od nabywcy czy od osoby trzeciej. Ważne jest, aby było to wynagrodzenie za daną konkretną usługę lub za daną konkretną dostawę. W sytuacji zatem, gdy podatnik dla konkretnej dostawy towarów lub konkretnego świadczenia usług otrzymuje od innego podmiotu dofinansowanie, np. w postaci dotacji stanowiącej dopłatę do ceny towaru lub usługi – tego rodzaju dofinansowanie stanowi uzupełniający element podstawy opodatkowania z tytułu tej dostawy lub świadczenia. Natomiast dotacje mające na celu dofinansowanie ogólnych kosztów działalności, niedające się powiązać z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, a więc nieuzależnione od ilości i wartości dostarczanych towarów lub świadczonych usług, nie stanowią zapłaty w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, a tym samym nie wpływają na podstawę opodatkowania danej czynności. 3.5. W świetle powyższego, zarzuty naruszenia art. 29a ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 i art. 8 ust. 1 ustawy o VAT oraz art. 86 ust. 1 i ust. 2 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 i w zw. z art. 8 ust. 1 ustawy o VAT nie zasługiwały na uwzględnienie. Wskazać bowiem należy, że uzyskane przez Skarżącego dofinansowanie zostało udzielone w konkretnym celu, którym było pokrycie kosztów realizacji konkretnych zadań (sfinansowania prowadzonych przez Stronę i pozostałych partnerów prac służących do realizacji projektu), a nie na wynagrodzenie za przekazanie wiedzy. Błędny był zatem pogląd DKIS, że otrzymane dofinansowanie stanowi środki otrzymane od podmiotu trzeciego, które mają bezpośredni wpływ na cenę świadczonych przez Instytut usług w ramach realizacji zadań przypisanych w projekcie. Odnosząc się do powyższej kwestii należy zgodzić się z Sądem pierwszej instancji, że z wniosku o interpretację nie wynika, aby istniało powiązanie kwoty dofinansowania z ewentualnym, konkretnym wynikiem projektu (zwiększenie skali produkcji prototypów, przeprowadzenia oceny i zoptymalizowania skuteczności prototypu C. w produkcji drobiu przed ubojem, poprzez przeprowadzenie testów in vivo w zakładzie pilotażowym w Polsce i/lub w zakładach we Włoszech; opracowania strategii biznesowej i komercjalizacyjnej – przeanalizowania ekonomicznej wykonalności przemysłowej produkcji na dużą skalę, opracowanie biznesplanu dla każdego zatwierdzonego zastosowania rozwiązania C., czyli do jego zastosowania jako rozwiązanie biokontroli w gospodarstwie oraz w zakładach uboju/przetwórstwa), które wskazywałoby na to, że dofinansowanie to stanowi dopłatę do ceny praw do procesów technologicznych powstałych w toku prac badawczych, jako pokrycie części jej wartości lub rekompensatę z powodu obniżenia ceny. O bezpośrednim związaniu dotacji z ceną można by mówić jedynie wtedy, gdyby Strona zbyła po określonej cenie wyniki swoich badań, zaś po uzyskaniu dofinansowania, cena za jaką ostatecznie dokonałby zbycia zależałaby od kwoty dotacji. W niniejszej sprawie nie sposób dopatrzeć się takiego związku. Tym samym dofinansowanie pokrywa jedynie koszty związane z realizacją projektu, jak podano we wniosku, obejmujące wydatki na pokrycie zakupu materiałów laboratoryjnych (np. odczynniki, mikrobiologiczne pożywki hodowlane, bufory, zestawy identyfikacyjne, rozpuszczalniki i ogólne wyposażenie laboratoryjne), zakup kurczaków i paszy, transport próbek, utrzymanie zaawansowanych technologii sprzętu (np. autoklawy, fermentory i systemy filtracji wymagane do oczyszczania bakteriofagów) potrzebne do prawidłowego przeprowadzenia eksperymentalnych prób i analiz, zakup materiałów związanych z rozpowszechnianiem i komunikacją (np. publikacja wyników i opłaty rejestracyjne na konferencje), koszty podróży związane z: gromadzeniem danych i pobieraniem próbek w lokalizacjach zewnętrznych, uczestnictwem w bezpośrednich spotkaniach konsorcjum oraz udziałem w działaniach związanym z rozpowszechnianiem projektów. Skarżący nie może przeznaczać otrzymanego dofinansowania na cele inne, niż związane z projektem, w szczególności na finansowanie swojej działalności. Rozliczenie uzyskanych środków następuje po zakończeniu projektu, poprzez złożenie sprawozdania finansowego z poniesionych kosztów, którego akceptacja jest warunkiem rozliczenia. Podsumowując, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, iż – jak trafnie uznał Sąd pierwszej instancji - opisane we wniosku o interpretację dofinansowanie nie stanowi dopłaty do wynagrodzenia, ale zwrot poniesionych kosztów realizacji projektu (ma charakter zakupowy, a nie sprzedażowy). Pokrywa tylko koszty związane z realizacją projektu i nie ma charakteru cenotwórczego, lecz stanowi zwrot poniesionych kosztów. W konsekwencji, w związku z realizacją projektu Instytut nie otrzyma sfinansowanego tym dofinansowaniem wynagrodzenia za świadczone usługi w rozumieniu przepisów ustawy o VAT, wobec czego otrzymane dofinansowanie na realizację projektu nie będzie stanowiło obrotu w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT i tym samym nie podlega opodatkowaniu, gdyż nie znajdują tu zastosowania przepisy art. 5 ust. 1 pkt 1 i art. 8 ust. 1 ustawy o VAT. W tym kontekście, wbrew zarzutom skargi kasacyjnej, WSA słusznie uznał za nieprawidłową zaskarżoną interpretację także w zakresie zastosowania art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w oparciu o wadliwe ustalenie, że sporne dofinansowanie stanowi element podstawy opodatkowania, a świadczenia w postaci prowadzenia prac badawczych na rzecz konsorcjantów stanowią odpłatne świadczenie usług podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. W takiej sytuacji nabycia towarów i usług związane z realizacją projektu nie będą stanowiły podstawy do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. 3.6. Zgodzić się natomiast należy z autorem skargi kasacyjnej, że Sąd pierwszej instancji, dokonując oceny spornego zagadnienia w swojej argumentacji częściowo odwołał się do regulacji prawa cywilnego, dotyczących umowy zlecenia i umowy o dzieło, co nie było prawidłowe. Trafnie wskazano w skardze kasacyjnej, że punktem wyjścia dla oceny zagadnienia z zakresu prawa podatkowego powinny być przepisy prawa podatkowego z uwagi na ich autonomiczny charakter wobec innych gałęzi prawa, w tym prawa cywilnego. Należy jednak zauważyć, że WSA w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku przeanalizował także adekwatne regulacje prawa podatkowego i orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Stanowisko Sądu pierwszej instancji, pomimo dostrzeżonej częściowej wadliwości, okazało się trafne i zyskało aprobatę Naczelnego Sądu Administracyjnego. Biorąc powyższe pod uwagę za chybione należało uznać zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 29a ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 8 ust. 1 ustawy o VAT. 3.7. Odnosząc się natomiast do zarzutów dotyczących naruszenia przez Sąd pierwszej instancji przepisów postępowania, tj.: art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) oraz art. 151 w zw. z art. 141 § 4 p.p.s.a. w powiązaniu z art. 14c § 1 i 2 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h Ordynacji podatkowej; art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) w zw. z art. 141 § 4 p.p.s.a. w zw. z art. 14c § 2 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h Ordynacji podatkowej oraz art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 p.p.s.a. w powiązaniu z art. 14c § 1 i 2 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h Ordynacji podatkowej, należy zgodzić się z autorem kasacji, że wydana w niniejszej sprawie interpretacja nie naruszała ww. przepisów postępowania. Rację ma bowiem kasator wskazując, że przedmiotowa interpretacja została wydana z zachowaniem reguł procesowych i nie naruszała art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej. Nie została też wydana w sprzeczności z przedstawionym we wniosku stanem faktycznym. Natomiast fakt, że interpretacja nie potwierdziła prawidłowości stanowiska Instytutu nie oznacza, że została wydana z naruszeniem ww. przepisów procesowych. Niemniej jednak Naczelny Sąd Administracyjny w tym zakresie uznał, że zaskarżony wyrok, pomimo błędnego uzasadnienia, odpowiada prawu (art. 184 p.p.s.a.). 3.8. W tym stanie rzeczy, Naczelny Sąd Administracyjny, działając na podstawie art. 184 p.p.s.a., oddalił skargę kasacyjną organu. W niniejszej sprawie nie orzeczono o kosztach postępowania kasacyjnego, bowiem pismo procesowe Instytutu z dnia 8 stycznia 2025 r. zostało złożone po upływie 14 dni od dnia doręczenia skargi kasacyjnej, a więc po upływie terminu określonego w art. 179 p.p.s.a. W konsekwencji zawarty w tym piśmie wniosek o zasądzenie kosztów postępowania był nieskuteczny (por. wyroki NSA z dnia 11 lutego 2025 r., sygn. akt III OSK 1662/24, czy z dnia 18 lipca 2024 r., sygn. akt II GSK 1223/23). Elżbieta Olechniewicz Artur Mudrecki Roman Wiatrowski sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 13.07.2026. · Źródło