I SA/Gd 706/25

WyrokWSA w Gdańsku2026-01-14

Skład orzekający: Irena Wesołowska, Elżbieta Rischka, Małgorzata Gorzeń

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy wszczęcie postępowania karnego skarbowego wobec kontrahenta podatnika (niebędącego nim bezpośrednio) może skutkować zawieszeniem biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego podatnika, jeśli podejrzenie popełnienia przestępstwa wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego wobec kontrahenta podatnika, który nie jest tożsamy ze stroną postępowania podatkowego, nie stanowi zdarzenia powodującego zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego tej strony. Kluczowe jest, aby postępowanie karne skarbowe dotyczyło bezpośrednio podatnika lub istniał niewątpliwy związek między podejrzeniem popełnienia przestępstwa a niewykonaniem zobowiązania przez tego konkretnego podatnika. W sytuacji, gdy postępowanie karne dotyczy innego podmiotu, a związek z niewykonaniem zobowiązania przez stronę jest wątpliwy lub nieudowodniony, zastosowanie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej jest niedopuszczalne.
Stan faktyczny
Spółka A. Sprzedaży Nieruchomości Sp. z o.o. złożyła deklaracje VAT za kwiecień i czerwiec 2016 r., wykazując nadwyżkę podatku naliczonego do zwrotu. Organy podatkowe zakwestionowały prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych przez kontrahenta spółki, C. Sp. z o.o., uznając je za nierzetelne. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał w mocy decyzję organu I instancji, uznając m.in. że bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych spółki został zawieszony z dniem wszczęcia śledztwa w sprawie przestępstw skarbowych wobec C. Sp. z o.o. Spółka wniosła skargę do WSA, zarzucając m.in. naruszenie przepisów dotyczących przedawnienia zobowiązań podatkowych.
Rozstrzygnięcie
Uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku i zasądził od Dyrektora na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Irena Wesołowska, Sędziowie Sędzia NSA Elżbieta Rischka (spr.), Sędzia NSA Małgorzata Gorzeń, Protokolant Starszy sekretarz sądowy Dorota Kotlarek, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 14 stycznia 2026 r. sprawy ze skargi A. Sprzedaży Nieruchomości Spółki z o.o. z siedzibą w S. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku z dnia 7 lipca 2025 r., nr 2201-IOV-1.4103.7-8.2025/10/10 w przedmiocie podatku od towarów i usług za kwiecień i czerwiec 2016 r. 1. uchyla zaskarżoną decyzję, 2. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku na rzecz strony skarżącej kwotę 799 (siedemset dziewięćdziesiąt dziewięć) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania. Zaskarżoną do sądu decyzją z dnia 7.07.2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku (dalej jako "Dyrektor IAS" lub "organ odwoławczy"), działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 oraz art. 220 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111) – dalej jako "O.p.", art. 86 ust. 1, ust. 2 pkt 1 lit. a), art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a), art. 99 ust. 12, art. 103 ust. 1, art. 109 ust. 3 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 ze zm.) - dalej jako "ustawa o VAT", po rozpatrzeniu odwołania A. Spółki z o.o. z siedzibą w B. (dalej jako "A.", "strona" lub "Skarżąca") od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w Słupsku (dalej: "Naczelnik US" lub "organ I instancji") z 22.11.2024 r., określającej w podatku od towarów i usług: - za kwiecień 2016 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 2.803 zł; - za czerwiec 2016 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 177 zł, utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. Rozstrzygnięcie zapadło na tle następującego stanu faktycznego sprawy: A. złożyła do Urzędu Skarbowego w Bytomiu deklaracje dla podatku od towarów i usług za: - kwiecień 2016r., w której wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy wskazany przez podatnika w wysokości 19.769 zł; - czerwiec 2016r., w której wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym o zwrotu na rachunek bankowy wskazany przez podatnika w wysokości 9.837 zł. Z uwagi na konieczność zweryfikowania zasadności zwrotów wykazanych w złożonych deklaracjach, Naczelnik US w Bytomiu, podjął bezskuteczne czynności zmierzające do zweryfikowania danych wykazanych w deklaracjach za kwiecień i czerwiec 2016 r. Wobec powyższego postanowieniami z 16.06.2016 r., (za kwiecień 2016 r.) oraz z 26.07.2016 r., (za czerwiec 2016 r.) przedłużył terminy zwrotów nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do czasu zakończenia czynności sprawdzających. Z uwagi na zmianę od 7.12.2017 r. adresu siedziby Spółki (S.), czynności sprawdzające w podatku VAT za kwiecień i czerwiec 2016 r. zostały przejęte przez Naczelnika US w Słupsku - organ właściwy miejscowo. Przeprowadzone w okresie od 21.03-7.05.2018 r. czynności sprawdzające zostały udokumentowane protokołem z 7.05.2018 r., uzupełnionym aneksami z 9.11.2018 r. oraz z 18.05.2021 r. W wyniku tych ustaleń Naczelnik US postanowieniem z 1.09.2021 r., (doręczonym 15.09.2021 r.) wszczął postępowanie podatkowe w sprawie prawidłowości rozliczeń z budżetem z tytułu podatku od towarów i usług za kwiecień i czerwiec 2016 r. Decyzją z 22.11.2021 r. Naczelnik US, po ponownym rozpoznaniu sprawy, określił spółce w podatku od towarów i usług nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy za kwiecień 2016 r. w wysokości 2.803 zł, za czerwiec 2016 r. w wysokości 177 zł. Podstawą powyższego rozstrzygnięcia było nieuwzględnienie zakupu na podstawie trzech faktur VAT wystawionych przez C. Sp. z o.o. w S. (dalej: C.) za kwiecień 2016 r. w wysokości 16.966,60 zł oraz za czerwiec 2016 r. w wysokości 9.660,00 zł, albowiem w opinii organu zakwestionowane faktury nie dokumentowały rzeczywistych zdarzań gospodarczych. Dyrektor IAS utrzymując zaskarżoną decyzję w mocy na wstępie podkreślił, że kwestię sporną w rozpatrywanej sprawie stanowi, czy nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, czy też wszczęcie postępowania karnego skarbowego miało charakter instrumentalny oraz prawidłowość rozliczenia Spółki z budżetem państwa z tytułu podatku VAT za kwiecień i czerwiec 2016 r. Z akt sprawy wynika, że pismem z 2.09.2021 r. (doręczonym zastępczo: 17.09.2021 r.) Naczelnik US zawiadomił Stronę, że nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia z dniem 30.04.2021 r., zobowiązań podatkowych A. z tytułu podatku od towarów i usług za kwiecień i czerwiec 2016 r. z uwagi na wszczęcie 30.04.2021 r. wobec C. (kontrahenta A.) śledztwa w sprawie podania nieprawdy w złożonych deklaracjach dla podatku od towarów i usług na formularzu VAT-7 za marzec, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień 2016 r., polegającej m.in. na wystawieniu w 2016 r. w sposób nierzetelny faktur VAT m.in. na rzecz A., które to faktury nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, tj. o przestępstwo skarbowe z art. 56 §1 w zb. z art. 62 §2 w zw, z art. 7 §1 w zw. z art. 6 §2 w zw. z art. 9 §3 w zw. z art. 37 §1 pkt 1, 1a, 2 ustawy Kodeks karny skarbowy, którego podejrzenie popełnienia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Dyrektor IAS podkreśla, że w aktach sprawy znajduje się również postanowienie Naczelnika US o wszczęciu 30.04.2021 r. wyżej wymienionego śledztwa, które zostało przekazane według właściwości do Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni i otrzymało w Ewidencji Spraw Karnych nr [...], a następnie postanowieniem Prokuratora Prokuratury Rejonowej w Słupsku niniejsze śledztwo zostało włączone do śledztwa o sygn. akt [...]. Obecnie jest prowadzone przez Prokuraturę Okręgową w Słupsku pod sygn. akt [...]. Kolejno organ odwoławczy podkreśla, że Prokuratura Okręgowa w Słupsku pismem z 5.04.2024 r. wskazała, że: jest prowadzone postępowanie o sygn. akt [...] m.in. przeciwko W.Ś. - prezesowi zarządu C., którym przedstawiono szereg zarzutów związanych m. in. z wystawianiem nierzetelnych faktur niedokumentujących rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, nierzetelnym prowadzeniem ksiąg, podania nieprawdy w deklaracjach podatkowych, wyłudzenia nienależnego zwrotu podatku VAT; ustalono, że prezes zarządu C. wystawił na rzecz A. szereg nierzetelnych faktur w okresie od 22.03.2016 r. do 29.06.2016 r., w związku z czym przedstawiono mu zarzut popełnienia przestępstw karnych skarbowych. W toku prowadzonego postępowania cały czas podejmowane są czynności zmierzające do wszechstronnego wyjaśnienia wszystkich okoliczności sprawy, w tym ustalenia dalszych osób zaangażowanych w przestępczy proceder polegający na wystawianiu i posługiwaniu się nierzetelnymi dokumentami księgowymi. W prowadzonym postępowaniu analizowana jest działalność bardzo wielu podmiotów gospodarczych zarówno takich, w których prezes zarządu C. pełnił określone funkcje jak i takich, w których funkcje te pełniły inne osoby, a które to podmioty były odbiorcą wystawianych przez jego spółki dokumentów księgowych. Zgodnie z treścią §106 Rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 7.04.2016 r. - Regulamin wewnętrznego urzędowania powszechnych jednostek organizacyjnych prokuratury - śledztwo wszczęte w sprawie prowadzi się w stosunku do wszystkich czynów ujawnionych w jego toku, co oznacza, że przedmiotowe postępowanie dotyczy m. in. A., niezależnie od treści wydanych w sprawie postanowień o wszczęciu postępowania czy aktualnego kształtu zarzutów. Postępowanie nie zostało zakończone decyzją merytoryczną, w związku z powyższym zarzuty mogą w przyszłości ulec zmianie. Organ odwoławczy, w świetle uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24.05.2021r., sygn. akt I FPS 1/21, podkreśla, że warunkami zaistnienia przesłanki w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia w oparciu o przepis art. 70 § 6 pkt 1 O.p. są: - wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, co następuje w drodze postanowienia właściwego organu prowadzącego postępowania przygotowawcze w sprawach karnych skarbowych (art. 118 w zw. z art. 133 i 134 k.k.s.), stosownie do art. 303 k.p.k. w zw. z art. 113 § 1 k.k.s.; - ustalenie związku podejrzenia popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, objętego postanowieniem o wszczęciu postępowania w sprawie o takie przestępstwo lub wykroczenie, z niewykonaniem zobowiązania, którego dotyczy przedawnienie; Aby doszło do nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie wystarczy w świetle obowiązującej regulacji, wszczęcie postępowania o przestępstwo lub wykroczenie skarbowe. Konieczne jest także istnienie związku pomiędzy podejrzeniem popełnienia takiego przestępstwa lub wykroczenia a niewykonaniem tego zobowiązania, a także zawiadomienie podatnika, spełniające warunki określone w art. 70c O.p. Dyrektor IAS podkreśla, że żaden przepis nie uzależnia przesłanki warunkującej zawieszenie biegu terminu przedawnienia (zgodnie z art. 70 § 6 pkt 1 O.p.) od postawienia zarzutów konkretnej osobie, czy też wszczęcia wobec niej postępowania karnego (karnoskarbowego). Przywołany już art. 70 § 6 pkt 1 O.p. stanowi wprost, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Organ odwoławczy nie zgadza się ze stanowiskiem Strony zaprezentowanym w odwołaniu, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego został zawieszony w chwili wszczęcia postępowania karnego skarbowego wobec C., tj. kontrahenta, który nie jest tożsamy z A. i na tej podstawie uważa, że zawieszenie biegu terminu przedawnienia jest bezskuteczne z mocy prawa. Natomiast w opinii organu odwoławczego trafne jest stwierdzenie Naczelnika US, iż postępowanie karne skarbowe, prowadzone wobec C. obejmuje również A.; nie doszło też do instrumentalnego wykorzystania art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Zawiadomieniem z 2.09.2021 r. na podstawie art. 70c w zw. z art. 70 §6 pkt 1 O.p. z dniem 30.04.2021 r., nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, z tytułu podatku od towarów i usług, za kwiecień i czerwiec 2016 r., z uwagi na wszczęcie 30.04.2021 r. wobec C. śledztwa w sprawie o przestępstwo skarbowe, którego podejrzenie popełnienia przestępstwa wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Reasumując tę część rozważań, Dyrektor IAS stwierdza, że w rozpoznawanej sprawie doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań w podatku od towarów i usług za ww. okresy rozliczeniowe, a w konsekwencji zobowiązanie to nie uległo przedawnieniu. Strona została skutecznie zawiadomiona o okoliczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia, przed jego upływem określonym w art. 70 § 1 O.p. W świetle przywołanych wyżej okoliczności brak jest przeszkód do merytorycznego rozpatrzenia sprawy objętej odwołaniem. Odnośnie meritum sprawy organ odwoławczy stwierdza, że w sprawie będącej przedmiotem rozpatrzenia istotę sporu stanowi zasadność dokonanego przez Naczelnika US, odmiennego od deklarowanego przez A. rozliczenia podatku od towarów i usług za kwiecień i czerwiec 2016 r., wobec zakwestionowania dokonanego przez Podatnika w tych okresach obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wykazany w fakturach dokumentujących zakup usług budowlanych i okołobudowlanych, na których jako wystawca figuruje C., tj. zakwestionowania przez organ I instancji transakcji na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o VAT. W opinii organu odwoławczego, całokształt sprawy nie pozwala A. na zachowanie prawa do odliczenia podatku naliczonego, wynikającego z faktur wystawionych przez C. Tylko w przypadku gdy nabywca, przy zachowaniu należytej staranności wynikającej z okoliczności danej sprawy, nie mógł wiedzieć, że dokonane przez niego transakcje wiążą się z popełnieniem przestępstwa na poprzednim etapie obrotu, może skorzystać z prawa do odliczenia. Tymczasem A. wspólne z ww. podejmowała celowe i świadome czynności w celu uprawdopodobnienia rzekomych zdarzeń gospodarczych. W sytuacji zaś stwierdzenia, że podatnik nie podjął działań zmierzających do upewnienia się, że nie uczestniczy w transakcjach związanych z przestępstwem lub nadużyciem w zakresie podatku od towarów i usług, organ podatkowy jest uprawniony odmówić takiemu podatnikowi prawa do odliczenia podatku naliczonego. Organ odwoławczy podkreśla, że znajomość stron transakcji umożliwiła wspólne podjęcie celowych i świadomych działań dla wytworzenia podatku naliczonego dla nabywcy, by mógł on zmniejszyć podatek należny, a co za tym idzie zmniejszyć kwoty zobowiązań podatkowych. Powyższe potwierdza także przywołany w pierwszej części niniejszej decyzji, dotyczącej analizy przedawnienia zobowiązania, akt oskarżenia z 23.07.2019 r., sygn. akt [...], z którego wynika, że W.Ś. powołał do życia spółkę C. wykorzystując mechanizm zatajenia rzeczywistej sytuacji finansowej innej swojej spółki. W opinii organu odwoławczego, zgromadzony w sprawie materiał dowodowy wskazuje, iż podjęte przez A. działania były celowe i świadome. Ponadto wszystkie należności dla podwykonawców usług (kontrahentów C.) E. Sp. z o.o. M. Sp. z o.o. wynikające z wystawionych faktur VAT zostały zapłacone gotówką. Obowiązek zapłaty za pośrednictwem rachunku bankowego ma służyć ochronie interesu publicznego, ma zapobiegać niekontrolowanemu przepływowi środków finansowych w gospodarce prywatnej, zwalczając w ten sposób zjawiska patologiczne, np. oszustwa podatkowe. W opinii organu odwoławczego, strony transakcji wspólnie, świadomie podjęły decyzję o rzekomej zapłacie należności gotówką, by uniemożliwić dokonanie weryfikacji dokumentów w tym zakresie. W przypadku dokonania płatności przelewem nie byłoby problemu z weryfikacją tych danych i ustaleniem czy należności z faktur faktycznie zostały zapłacone w kwotach z nich wynikających. Jednocześnie organ odwoławczy zaznacza, że organy podatkowe I jak i II instancji nie podważają wykonania prac budowlanych w B., a jedynie ich wykonanie przez wskazanego kontrahenta i jego podwykonawców. Mając na uwadze powyższe organ odwoławczy stwierdza, że w niniejszej sprawie zostało udowodnione (co wykazano powyżej), że sporne faktury, z których Spółka wywodzi prawo do odliczenia podatku naliczonego, są nierzetelne w tym zakresie, że nie dokumentują zdarzeń gospodarczych zrealizowanych przez C.. Dyrektor IAS wskazuje, że w realiach sprawy, w której nie jest kwestionowany sam fakt wykonania usług remontowo - budowlanych, a jedynie strona podmiotowa - faktyczny dostawca usług, okoliczności dobrej wiary i starannego działania mają zasadnicze znaczenie dla oceny zasadności zakwestionowania prawa do odliczenia przez Spółkę podatku naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących te usługi. Organ odwoławczy podziela równocześnie ustalenia i ocenę organu I instancji, zgodnie z którą Strona nie dochowała standardów należytej staranności wymaganej przy doborze kontrahenta, a co za tym idzie nie można Jej przypisać działania w dobrej wierze. Przy dokonaniu tej oceny organ I instancji ocenił działania Podatnika w szczególności z uwzględnieniem tego, czy podjął wszelkie działania jakich można oczekiwać od "sumiennego kupca". Za niezasadne organ odwoławczy uznał również pozostałe zarzuty odwołania. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku na powyższą decyzję, Skarżąca wnosząc o jej uchylenie, podniosła 1. zarzuty w zakresie naruszenia przepisów procesowych w stopniu mającym istotny wpływ na wynik rozstrzygnięcia: - art. 170 p.p.s.a. - stanowiący zasadę związania wyrokiem prawomocnym oraz mówiący, że: orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby. Naruszenie zasady poprzez brak uszanowania przez organ ww. przepisu i skierowanie sprawy do ponownego zbadania, pomimo posiadania wiedzy o wydaniu przez NSA wyroku o sygn. akt I FSK 437/22, uchylającego w całości wyrok WSA w Gdańsku sygn. I SA/Gd 733/21 wraz z decyzją Dyrektora IAS, wydanych wobec C., czyli wykonawcy rzeczywistych, ale zakwestionowanych przez organy podatkowe usług budowlanych. Wyrok NSA jest jednoznaczny i nie daje podstaw do ponownego badania już osadzonej sprawy, ale zabrania ponownego wykonywania tych czynności. - art. 171 p.p.s.a. - stanowiący zasadę powagi rzeczy osądzonej. Wyrok prawomocny ma powagę rzeczy osądzonej tylko co do tego, co w związku ze skargą stanowiło przedmiot rozstrzygnięcia. Sprawa była już rozstrzygnięta prawomocnie przez Sąd i niedopuszczalne jest badanie przez ten sam organ podatkowy tej samej sprawy, czyli badanie sprawy C. za okres od marca do września 2016 r., ponieważ została już ostatecznie rozstrzygnięta przez Sąd kasacyjny. Ponadto zaskarżonej decyzji Skarżąca zarzuciła naruszenie: 1. art 120 w zw. z art. 235 O.p. - poprzez: niepełne wyjaśnienie stanu faktycznego sprawy, naruszenie zasady swobodnej oceny dowodów, nierozważenie całości materiału dowodowego sprawy; wyciąganie wniosków sprzecznych z zasadami logicznego rozumowania i doświadczenia życiowego oraz całkowicie dowolnych, nie mających oparcia w żadnym w przeprowadzonych w sprawie dowodów. 2. art. 121 O.p. - zasady zaufania do organów podatkowych; organ prowadził postępowanie z nastawieniem wyłącznie na pro fiskalne korzyści budżetu; 3. art. 122 O.p. - poprzez brak kompleksowego i wszechstronnego rozpatrzenia całego materiału dowodowego, a w rezultacie brak ustalenia rzeczywistego stanu faktycznego oraz brak przedstawienia przesłanek uzasadniających podjęte rozstrzygnięcie; 4. art. 165 §1 O.p. - organ podatkowy czynności sprawdzające, w zakresie prawidłowości zadeklarowania podatku od towarów i usług, zakończył wydaniem protokołu z tych czynności 7.05.2018 r., natomiast postanowienie o wszczęciu postępowania podatkowego zostało wydane przez organ I instancji 1.09.2021 r., czyli po upływie ponad 3 lat od zakończenia czynności sprawdzających. Zgodnie z wyrokiem NSA z 8.12.2023 r., sygn. akt III FNP 1/23 termin 6 miesięcy od zakończenia kontroli podatkowej należy liczyć od dnia doręczenia protokołu kontroli podatnikowi (art. 291 § 4 w zw. z art. 290 § 6 O.p.), co oznacza, że formalne zakończenie kontroli następuje w momencie, gdy podatnik otrzyma protokół; 5. art. 187 §1 O.p. - organ podatkowy nie podołał ciążącemu na nim obowiązkowi, jaki na organy nakłada wskazany przepis; 6. art. 191 O.p. - poprzez dowolną a nie swobodną ocenę zebranego materiału dowodowego. Dyrektor IAS naruszył zasadę, poprzez wyłącznie fiskalne podejście do oceny zebranego materiału dowodowego. Nie można w świetle prawa mówić o swobodnej ocenie dowodów w sytuacji, gdy dowody te są niepełne. Taka ocena z gruntu jest wadliwa a więc stanowi o dowolności organu; 7. art. 208 § 1 O.p. w związku z brakiem umorzenia postępowania podatkowego pomimo braku podstaw do jego wszczęcia (naruszenie art. 165b § 1 w zw. z art. 290 § 2 pkt 5a O.p.), a także przedstawienie prawa do wszczęcia postępowania podatkowego (naruszenie art. 165b §1 O.p.); 8. art. 210 § 4 O.p. - poprzez całkowicie błędne uzasadnienie decyzji, nakierowane przez organ na z góry przyjęte rozstrzygnięcie, negatywne dla skarżącej; 9. art. 233 §1 pkt 1 i pkt 2 lit. a) w zw. z art. 165b §1 oraz art 208 §1 O.p. - poprzez jego zastosowanie w sytuacji, gdy prawidłowo oceniony stan faktyczny i prawny obligował do uchylenia decyzji organu I instancji i umorzenia postępowania z uwagi na znaczny upływ terminu do wszczęcia postępowania podatkowego. Zarzuty w zakresie przepisów prawa materialnego: 1. art. 70 § 1 oraz art. 70c w zw. z art. 208 § 1 O.p. - poprzez brak umorzenia postępowania i wydanie decyzji w zakresie zobowiązania spółki w podatku od towarów i usług za miesiące kwiecień i czerwiec 2016 r., podczas gdy zobowiązanie to uległo przedawnieniu; 2. art. 70 § 6 pkt 1 O.p. - poprzez nie uwzględnienie przy rozstrzygnięciu sprawy, że w sposób jednoznaczny i definitywny upłynął czas i nastąpiło przedawnienie zobowiązań podatkowych; 3. art. 86 ust. 1, ust. 2 pkt 1 lit. a), art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o VAT - poprzez odmowę prawa do odliczenia podatku naliczonego pomimo braku do tego podstaw, w szczególności wobec braku udowodnienia, że czynności potwierdzone kwestionowanymi fakturami nie zostały dokonane. Fakt wadliwego i niepełnego ustalenia stanu faktycznego sprawy wynika wprost z wyroku NSA z 22.06.2022 r., sygn. akt I FSK 437/22, wydanego w sprawie C., która była wykonawcą wszystkich zakwestionowanych przez organy usług budowlanych i innych zrealizowanych na rzecz skarżącej; 4. art. 87 pkt 1 ustawy o VAT - poprzez nie dokonanie przez organ podatkowy zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, wykazanego w złożonych do organu deklaracjach VAT-7, pomimo upływu ustawowego terminu do dokonania tego zwrotu; 5. art. 247 § 3 pkt 1 O.p. - poprzez wszczęcie postępowania podatkowego po upływie ponad 3 lat od daty zakończenia postępowania sprawdzającego, co jest oczywistym naruszeniem prawa, skutkującym nieważnością wydanej w tym postępowaniu decyzji. Uzasadnienie skargi stanowi rozwinięcie stawianych zarzutów. W odpowiedzi na skargę Dyrektor IAS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje: Skarga jest zasadna. Na wstępie rozważań należy wskazać, że zgodnie z art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1267) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Z kolei przepis art. 3 § 2 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r. poz. 935 ze zm. – dalej jako "p.p.s.a.") stanowi, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne. W wyniku takiej kontroli decyzja może zostać uchylona w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a, b i c p.p.s.a.). Z przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. wynika z kolei, że Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Wykładnia powołanego wyżej przepisu wskazuje, że Sąd ma prawo ale i obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego, nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został w skardze podniesiony. Badając rozpoznawaną sprawę w tak zakreślonej kognicji, Sąd dopatrzył się naruszeń prawa, które skutkowały koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonej decyzji. W pierwszej kolejności rozpoznania przez Sąd wymaga kwestia przedawnienia zobowiązań podatkowych - zarzut naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 O.p. w zw. z art. 70c O.p, jako najdalej idący. Skarżąca trafnie podnosi, że w stosunku do A. zobowiązania podatkowe za okresy rozliczeniowe kwiecień i czerwiec 2016 r. uległy przedawnieniu z dniem 31.12.2021 r. Art. 70 § 6 pkt 1 O.p. stanowi wprost, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Organ podatkowy I instancji zawiadomieniem z 2.09.2021 r. na podstawie art. 70c w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. poinformował Skarżącą, że z dniem 30.04.2021 r., nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, z tytułu podatku od towarów i usług, za kwiecień i czerwiec 2016 r., z uwagi na wszczęcie 30.04.2021 r. wobec C. śledztwa w sprawie o przestępstwo skarbowe, którego podejrzenie popełnienia przestępstwa wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. W ocenie Sądu w okolicznościach rozpoznawanej sprawy stwierdzić należy, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego Skarżącej nie został zawieszony w chwili wszczęcia postepowania karnego skarbowego wobec C., tj. kontrahenta strony, który nie jest tożsamy ze Skarżącą. Należy zauważyć, że Prokuratura Okręgowa w Słupsku pismem z 5.04.2024 r. wskazała, że postępowanie pod sygn. akt [...] prowadzone jest przeciwko W.Ś., który nigdy nie był i nie jest związany ze Skarżącą ani nie pełnił w niej żadnych funkcji. Postępowanie to zostało postanowieniem z dnia 27.06.2023 r. zawieszone. Jak wynika z powyższego postępowanie karne nie dotyczyło i nie dotyczy Skarżącej. Jak trafnie zauważa Skarżąca, zgodnie z art. 297 § 1 k.p.k. w zw. z art. 113 § 1 k.k.s., celem postępowania przygotowawczego jest: 1.ustalenie, czy został popełniony czyn zabroniony i czy stanowi on przestępstwo; 2. wykrycie i w razie potrzeby ujęcie sprawcy; 3. zebranie danych stosownie do art. 213 i 214; 4. wyjaśnienie okoliczności sprawy, w tym ustalenie osób pokrzywdzonych i rozmiarów szkody; 5. zebranie, zabezpieczenie i w niezbędnym zakresie utrwalenie dowodów dla potrzeb sądu. Brak takich działań przez organ, który wszczął postępowanie, w orzecznictwie jednoznacznie zostało uznane za działanie instrumentalne. Tym samym, aby z mocy prawa nastąpił skutek w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia muszą łącznie wystąpić trzy przesłanki: - nastąpić wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe postanowieniem właściwego organu prowadzącego postępowanie karne skarbowe; - powinien istnieć związek podejrzenia popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, objętego w/w postanowieniem, z niewykonaniem zobowiązania, którego dotyczy przedawnienie; - zawiadomienie podatnika o tych okolicznościach w sposób wskazany w art. 70c O.p. powinno nastąpić przez upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, objętego postępowaniem podatkowym. Nie budzi wątpliwości, że do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia, konieczne jest wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe (wykroczenie skarbowe) związane ze zobowiązaniem podatkowym. Istotne jest, aby objęty postępowaniem karnoskarbowym czyn podatnika, pozostawał w związku z danym zobowiązaniem, tj. aby działanie podatnika mogło wpływać na niewykonanie zobowiązania. Na konieczność ustalenia związku popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, objętego postanowieniem o wszczęciu postępowania w sprawie o takie przestępstwo lub wykroczenie, z niewykonaniem zobowiązania, którego dotyczy przedawnienie wskazuje także aktualne orzecznictwo NSA, który w uchwale z 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21 (dostępna w CBOSA) stwierdził, że aby doszło do nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie wystarczy w świetle obowiązującej regulacji, w przeciwieństwie do pierwotnego brzmienia analizowanego przepisu wprowadzonego do Ordynacji podatkowej 1 stycznia 2003 r., wszczęcie postępowania o przestępstwo lub wykroczenie skarbowe. Konieczne jest także istnienie związku pomiędzy podejrzeniem popełnienia takiego przestępstwa lub wykroczenia, a niewykonaniem tego zobowiązania, a także zawiadomienie podatnika, spełniające warunki określone w art. 70c O.p. W szczególności ustalenie czy podejrzenie popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego wiąże się z niewykonaniem zobowiązania wymaga merytorycznej analizy działań podejmowanych zarówno na gruncie prawa karnego/karnego skarbowego, jak i prawa podatkowego. Literalna wykładnia art. 70 § 6 pkt 1 O.p. prowadzi do wniosku, iż do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia nie jest konieczne przekształcenie postępowania z fazy in rem w fazę ad personam, czyli przedstawienie zarzutów osobom podejrzanym o popełnienie czynu zabronionego. Jednak również w przypadku, gdy postępowanie karnoskarbowe znajduje się w fazie in rem konieczne jest zaistnienie związku pomiędzy wszczęciem postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe a niewykonaniem zobowiązania podatkowego. Związek ten powinien być niewątpliwy. W świetle powyższego zgodzić się należy ze Skarżącą, że wszczęcie postępowania karnego w stosunku do kontrahentów podatnika nie stanowi zdarzenia określonego w art. 70 § 6 pkt 1 O.p., powodującego zawieszenie przedawnienia zobowiązania podatnika (tak NSA w wyroku z dnia 30 listopada 2012r. sygn. akt I FSK 1303/12). W konsekwencji wymaganego treścią art. 70 § 6 pkt 1 O.p. związku nie sposób wywodzić z aktu oskarżenia skierowanego w ramach toczącego się śledztwa, wobec osób reprezentujących kontrahenta skarżącej. Skierowanie aktu oskarżenia wobec kontrahenta spółki nie świadczy o tym, iż postępowanie w ramach którego wniesiono akt oskarżenia stanowi zdarzenie określone w 70 § 6 pkt 1 O.p. Skarżąca trafnie zauważa, że w sprawie Skarżącej organ próbuje przypisać przyszłe wykrycie w śledztwie, nie dotyczącym Skarżącej, lecz prowadzonym wobec innego podatnika – C. i innych osób związanych ze Skarżącą. Podsumowując: skoro nie było zawiadomienia o wszczęciu postępowania karnego, czy karnoskarbowego w stosunku do Skarżącej, ani istniejącego zobowiązania, działania organów prowadzone były wobec innego podmiotu tj. C. i innych osób nie związanych ze Skarżącą, organ podatkowy zastosował w sprawie w sposób niedopuszczalny rozszerzającą wykładnię tego przepisu na niekorzyść podatnika, w sytuacji gdy mamy do czynienia z regulacją wyjątkową (nadzwyczajną), stanowiąca wyjątek od zasady, że każde zobowiązanie podatkowe przedawnia się po upływie 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (art. 70 § 1 O.p.). W konsekwencji bez znaczenia jest okoliczność zawiadomienia Skarżącej na podstawie art. 70c O.p. że z dniem 30.04.2021 r. na skutek przesłanek zawartych w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. uległ zawieszeniu bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za kwiecień i czerwiec 2016 r., jeżeli na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. nie doszło do takiego zawieszenia, z uwagi na niespełnienie przesłanki wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, którego podejrzenia popełnienia wiązałoby się z niewykonaniem tych zobowiązań Skarżącej. Należy raz jeszcze podkreślić, że analizując treść ww. postanowienia o wszczęciu śledztwa m.in. w sprawie nierzetelnych rozliczeń podatku od towarów i usług, przez C. - a to przeciwko temu podatnikowi prokurator wszczął postępowanie - nie można dopatrzeć się bezpośredniego związku, wymaganego treścią art. 70 § 6 pkt 1 O.p., pomiędzy podejrzeniem popełnienia przestępstwa skarbowego przez C., którego dotyczy to postępowanie karnoskarbowe, a niewykonaniem zobowiązania przez Skarżącą w podatku od towarów i usług za wskazane miesiące 2016 r. Z tych przyczyn zbędnym było rozpoznawania pozostałych zarzutów skargi. Rozpoznając sprawę ponownie, organy podatkowe zobowiązane będą do uwzględnienia powyższego stanowiska. Mając zatem na uwadze podane okoliczności, Sąd orzekł jak w wyroku i na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit a) uchylił zaskarżoną decyzję oraz zasądził na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 19.07.2026. · Źródło