I SA/Gl 378/04

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący sędzia NSA Anna Wiciak Sędziowie NSA Małgorzata Wolf-Mendecka Asesor WSA Beata Kalaga-Gajewska( spr.) Protokolant staż. ref. Marta Lewicka po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 4 lutego 2005 r. sprawy ze skargi A Sp. z o.o. w B. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług 1. uchyla zaskarżoną decyzję; 2. określa, że ta decyzja nie podlega wykonaniu do czasu uprawomocnienia się wyroku. Zaskarżoną decyzją z dnia [...] nr [...] Dyrektor Izby Skarbowej na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 i art. 240 § 1 pkt 6 i 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. nr 137, poz. 926 z późn. zm.), po rozpatrzeniu odwołania spółki z o.o. A w B. mającej status zakładu pracy chronionej, utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w B. z dnia [...] odmawiającą wznowienia postępowania w sprawach zakończonych decyzjami ostatecznymi o nr [...] i [...] w sprawie zwrotu podatku od towarów i usług za miesiące maj, czerwiec, lipiec, sierpień, październik i grudzień 2000 r., w łącznej wysokości 139. 993, - zł. Przestawiając stan faktyczny podał, iż decyzją z dnia [...] nr [...] Pełnomocnika Rządu do Spraw Osób Niepełnosprawnych w Ministerstwie Pracy i Polityki Socjalnej oraz decyzją Wojewody [...] z dnia [...] nr [...] stronie przyznano status zakładu pracy chronionej. W terminach ustawowych strona złożyła deklaracje VAT-7 z wykazanymi kwotami podatku od towarów i usług do zapłaty i na podstawie wyżej wymienionych decyzji ostatecznych, zgodnie z art. 14 a ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. nr 11 poz. 50 z późn. zm.) otrzymała stosowne zwroty części tego podatku. W dniu [...] strona złożyła wniosek o wznowienie postępowania w oparciu o art. 240 § 1 pkt 6 i 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa i uchylenie ostatecznych decyzji oraz określenie zwrotu w podatku od towarów i usług za okres od maja do sierpnia 2000 r. i za miesiące październik i grudzień 2000 r., w łącznej kwocie 186. 153,- zł. wraz z odsetkami, w związku z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. akt K 45/01 (Dz. U. nr 100, poz. 923). Organ podatkowy pierwszej instancji odmówił wznowienia postępowania w sprawach zakończonych decyzjami ostatecznymi. W odwołaniu strona zarzuciła rażące naruszenie prawa poprzez nie respektowanie wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. i odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za wymieniony okres. Organ odwoławczy nie uznał argumentów odwołania i zaskarżoną decyzją utrzymał w mocy rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji. W uzasadnieniu stwierdził, że powołanie się przez stronę na przepis art. 240 § 1 pkt 6 i 7 Ordynacji podatkowej, jako podstawy do wznowienia postępowania jest błędne, ponieważ w rozpoznawanej sprawie nie zachodzą przesłanki, o których mowa w tym przepisie. Samo żądanie strony mogłoby być zdaniem organu odwoławczego wniesione tylko zgodnie z art. 240 § 1 pkt 8 i art. 241 § 1 i § 2 pkt 2 Ordynacji podatkowej, to jest w terminie miesiąca od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, czyli do dnia 6 sierpnia 2002 r., a nie jak uczyniła to strona z dniem [...] (data wpływu wniosku z dnia [...] do Pierwszego Urzędu Skarbowego w B.). Tym samym w rozpatrywanej sprawie nie jest możliwe wznowienie postępowania na podstawie żadnej z przesłanek wskazanych w art. 240 § 1 Ordynacji podatkowej. W nawiązaniu do wskazanego przez stronę orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego uznał za bezzasadne argumenty wywiedzione przez stronę z jego sentencji, z uwagi na upływ terminu do wniesienia w przedmiotowej sprawie wniosku o wznowienie postępowania. Podniósł, iż w świetle obowiązujących od 1 stycznia 2000 r. przepisów zmieniających zasady wyliczenia kwoty podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi na rzecz Zakładu Pracy Chronionej, na stronie ciążył obowiązek zapłaty podatku wykazanego w deklaracjach VAT-7 za sporny okres, a zatem nie wystąpiła nadpłata, czyli podatek uiszczony nienależnie lub w wysokości większej od należnej. W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego pełnomocnik strony skarżącej wniósł o uchylenie decyzji organu odwoławczego, jako niezgodnej z prawem, a w szczególności z orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego. Argumentował przy tym, iż Trybunał Konstytucyjny stwierdził niezgodność z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej art. 14 a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. nr 11, poz. 50 z późn. zm.), w zakresie w jakim pomija określone regulacje i orzeczenie to stanowi wystarczającą podstawę do zwrotu żądanej nadpłaty podatku od towarów i usług. Tak więc skoro podatek był pobierany bez podstawy prawnej, to istnieje sytuacja kwalifikująca się w zakres definicji "nadpłaty" w podatku od towarów i usług oraz istnieje podstawa do wznowienia postępowania w tej sprawie. W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy wniósł o oddalenie skargi i podtrzymał stanowisko zaprezentowane w zaskarżonej decyzji. Na rozprawie pełnomocnik strony skarżącej wnosił i wywodził jak w skardze, wskazując na ugruntowaną linię orzecznictwa w tego rodzaju sprawach. Pełnomocnik organu odwoławczego podtrzymał dotychczasowe stanowisko, akcentując, iż w świetle obowiązujących przepisów nie ma podstaw do wznowienia postępowania, gdyż strona skarżąca wniosek w przedmiocie wznowienia postępowania złożyła z uchybieniem terminu określonego w art. 241 § 1 i § 2 pkt 2 Ordynacji podatkowej. Wojewódzki Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy zważył, co następuje: Skarga jest uzasadniona, dlatego zaskarżoną decyzję należało uchylić. Na samym wstępie należy zauważyć, iż organy podatkowe rozstrzygające niniejszą sprawę wyraziły pogląd, który legł u podstaw zaskarżonej decyzji, iż w przedmiotowej sprawie zakończonej decyzjami ostatecznymi nie występują przesłanki do wznowienia postępowania, o których mowa w art. 240 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. nr 137, poz. 926 z późn. zm.). Pogląd ten w oparciu o bezsporną okoliczność, iż decyzje o nr [...] i [...] w sprawie zwrotu podatku od towarów i usług za miesiące maj, czerwiec, lipiec, sierpień, październik i grudzień 2000 r. stały się ostateczne przed dniem 1 stycznia 2003 r. nie zasługuje na uwzględnienie. Podstawą tego stwierdzenia jest brzmienie art. 24 ustawy z dnia 12 września 2002 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 169, poz. 1387). Na jego podstawie żądanie uchylenia, zmiany lub stwierdzenia nieważności przedmiotowych decyzji podlega rozpatrzeniu w trybie, na zasadach i w terminach określonych w przepisach ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 1997 r. Nr 137, poz. 926 i Nr 160, poz. 1083, z 1998 r. Nr 106, poz. 668, z 1999 r. Nr 11, poz. 95 i Nr 92, poz. 1062, z 2000 r. Nr 94, poz. 1037, Nr 116, poz. 1216, Nr 120, poz. 1268 i Nr 122, poz. 1315, z 2001 r. Nr 16, poz. 166, Nr 39, poz. 459, Nr 42, poz. 475, Nr 110, poz. 1189, Nr 125, poz. 1368 i Nr 130, poz. 1452 oraz z 2002 r. Nr 89, poz. 804, Nr 113, poz. 984 i Nr 153, poz. 1271) w brzmieniu obowiązującym przed dniem 1 stycznia 2003 r. Tym samym w przedmiotowej sprawie należy stosować brzmienie art. 240 ustawy Ordynacja podatkowa obowiązujące przed dniem 1 stycznia 2003 r., czyli przed nowelizacją dokonaną w oparciu o art. 1 pkt 161 ustawy z dnia 12 września 2002 r. (Dz. U. nr 169, poz. 1387) - zmieniającą ten artykuł z dniem 1 stycznia 2003 r., która polegała na dodaniu do art. 240 § 1 punktu 8 w brzmieniu obowiązującym do dnia dzisiejszego. Przed nowelizacją z dnia 12 września 2002 r., gdy Trybunał Konstytucyjny orzekł o niezgodności aktu normatywnego z Konstytucją RP, to brzmienie art. 240 ustawy Ordynacja podatkowa nie pozwalało wznowić postępowania w sprawie podatkowej, na podstawie przepisów tej ustawy. Przyjmowano wówczas, że wznowienie takie będzie następowało na podstawie art. 190 ust. 4 Konstytucji RP z dnia 2 kwietnia 1997 r. (Dz. U. nr 78, poz. 483 z późn. zm.), którą w takim przypadku należy stosować bezpośrednio. Mając na uwadze powyższe można przystąpić do zasadniczych w sprawie rozważań, dotyczących skutków wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. akt K 45/01 (Dz. U. nr 100, poz. 923 i OTK –A z 2002 r. nr 4, poz. 46) wobec wydanych w niniejszej sprawie ostatecznych decyzji. Zasadnicze znaczenie w rozpoznawanej sprawie ma to, iż powołany wyrok zawiera rozstrzygnięcie stwierdzające niekonstytucyjność przepisów ustawowych wymienionych w pkt 1 i 2 jego sentencji. Stosownie do art. 190 ust. 4 Konstytucji RP orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego o niezgodności z Konstytucją, umową międzynarodową lub ustawą aktu normatywnego, na podstawie którego została wydana między innymi ostateczna decyzja administracyjna lub rozstrzygnięcie w innych sprawach, stanowi podstawę do wznowienia postępowania, uchylenia decyzji lub innego rozstrzygnięcia na zasadach i w trybie określonym w przepisach właściwych dla danego postępowania. Przenosząc regulację zawartą w art. 190 ust. 4 Konstytucji RP na grunt postępowania podatkowego, należy stwierdzić, iż przepisami określającymi zasady i tryb postępowania, o których mowa w tym artykule, są między innymi te postanowienia ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 - Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 936 ze zm.), które regulują instytucję nadpłaty. Tak więc skoro wyrok Trybunału Konstytucyjnego dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. akt K 45/01 zawiera rozstrzygnięcie o niekonstytucyjności objętych kontrolą norm ustawowych to jest orzeczeniem, które może stanowić podstawę do wszczęcia postępowania przewidzianego w art. 190 ust. 4 Konstytucji RP, a przedmiotem tego postępowania może być także stwierdzenie nadpłaty, o której mowa w art. 74 ustawy Ordynacja podatkowa. Pogląd ten podziela Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie, który w wyroku z dnia 7 kwietnia 2004 r. sygn. akt FSK 16/04 sformułował tezę, że: "Przepisami określającymi zasady i tryb postępowania, o których mowa w art. 190 ust. 4 Konstytucji RP, są między innymi te postanowienia ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.), które regulują instytucję nadpłaty" (publ. ONSAiWSA 2004/2/41, M. Podat. 2004/12/44, POP 2004/5/107, Prz. Podat. 2004/10/60) . Tymczasem, art.14 a ust.2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. nr 11, poz. 50 z późn. zm.) stanowi, że przez prowadzącego zakład pracy chronionej lub zakład aktywności zawodowej rozumie się podmiot spełniający warunki określone w art. 28 i 29 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. nr.123, poz. 776 z późn. zm.). Jeśli zatem skarżąca takie wymagania spełniała, to dotyczyły jej preferencje podatkowe wynikające z przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Przepisy ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych były bowiem zharmonizowane z przepisami ustaw o podatkach dochodowych i ustawą o podatku od towarów usług oraz o podatku akcyzowym. W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji nie przedstawiono jakichkolwiek powodów, które wykluczałyby skarżącą z grona podatników, których dotyczy wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002r. sygn. akt FSK 16/04. Wskazać trzeba, iż w tym wyroku Trybunał Konstytucyjny orzekł, iż "art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, w zakresie, w jakim zmienia zasady wyliczenia kwoty podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi na rzecz zakładu pracy chronionej, przed upływem trzyletniego okresu, przewidzianego w art. 30 ust. 1 zdanie drugie ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r. (Dz. u. Nr 123, poz. 776 ze zm.), jest niezgodny z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku, wyrażonymi w art. 2 Konstytucji, w zakresie, w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy – w zaufaniu do dotychczasowych przepisów – rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach". Tak więc orzeczenie o niezgodności z Konstytucją przepisu art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 95, poz. 1100) oznacza utratę jego mocy obowiązującej "w zakresie, w jakim nie przewidywał regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy – w zaufaniu do dotychczasowych przepisów – rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach". Wyrok ten nie spowodował bezwarunkowej utraty mocy powołanego przepisu ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, a więc nie wyeliminował całkowicie tego przepisu z systemu prawnego, uwzględnił jednak sytuację podatników prowadzących zakłady pracy chronionej, których ustawa z 20 listopada 1999 r. zastała w trakcie prowadzenia długookresowych przedsięwzięć na rzecz zatrudnianych osób niepełnosprawnych, skutkiem czego kontynuowanie takich długookresowych inwestycji miało następować w nowych mniej korzystnych warunkach podatkowych, a to mogło oznaczać poważne ograniczenie środków finansowych i postawić pod znakiem zapytania możliwość dokończenia podjętych przedsięwzięć. Zasadniczym źródłem finansowania takich przedsięwzięć był bowiem zakładowy fundusz rehabilitacji osób niepełnosprawnych, gdyż na ten cel prowadzący zakład pracy chronionej miał obowiązek przekazywać 90 % środków uzyskanych z tytułu zwolnień z podatków (10 % środków było przekazywanych na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych). Przypomnieć zatem należy, iż przepis art. 14 a ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. nr 11, poz. 50 z późn. zm.), w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 1999 r., przewidywał całkowite zwolnienie prowadzącego zakład pracy chronionej lub zakład aktywności zawodowej od wpłat do urzędu skarbowego należności w zakresie działalności tego zakładu, z tytułu podatku od towarów i usług stanowiącego różnicę podatkiem należnym a naliczonym, w rozumieniu art. 19 ust. 1 i 2 tej ustawy przy czym, jeżeli kwota zwolnienia, była wyższa od kwoty stanowiącej iloczyn liczby osób niepełnosprawnych zatrudnionych w tych zakładach oraz trzykrotności najniższego wynagrodzenia, różnica podlegała przekazaniu na Państwowy fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych, w terminach przewidzianych dla rozliczeń z tytułu podatku od towarów i usług (ust. 3). Natomiast niekorzystna zmiana, dokonana nowelą z dnia 20 listopada 1999 r., wprowadziła zasadę otrzymywania przez prowadzącego zakład pracy chronionej lub zakład aktywności zawodowej częściowego lub całkowitego zwrotu wpłaconej kwoty podatku (art. 14a ust.1 w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2000 r.), a równocześnie obniżyła limit zwrotu stanowiący iloczyn jak poprzednio, poprzez ustanowienie – w miejsce trzykrotności najniższego wynagrodzenia – jedynie najniższego wynagrodzenia. Dodatkowo kwota zwrotu została ograniczona do wysokości wpłaconego podatku (ust. 4). Nie ulega zatem wątpliwości, iż omówiona regulacja prawna wprowadzona ustawą z dnia 20 listopada 1999 r. znacznie ograniczyła środki finansowe uzyskiwane przez prowadzących zakłady pracy chronionej i zakłady aktywności zawodowej, bowiem po dniu 1 stycznia 2000 r. podmioty te nie były zwolnione z podatku od towarów i usług, a jedynie mogły uzyskać zwrot częściowy lub całkowity poprzednio wpłaconego podatku w ramach mniej korzystnego limitu. W tym kontekście orzeczenie przez Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. akt K 45/01 niezgodności z Konstytucją RP art. 1 pkt 8 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym oznacza, iż przejściowo tj. do czasu wprowadzenia regulacji prawnych mających na celu zrekompensowanie negatywnych skutków wprowadzonych rozwiązań, w stosunku do podatników wymienionych w sentencji wyroku Trybunału Konstytucyjnego, a więc prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy – w zaufaniu do dotychczasowych przepisów – rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach, ma zastosowanie art. 14 a ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 1999 r. Analogiczną tezę sformułował Naczelny Sąd Administracyjny na tle sprawy zakończonej wyrokiem z dnia 9 kwietnia 2003 r. sygn. akt I SA/Wr 2035/00 (publik. POP 2003/5/135, por. glosa częściowo aprobująca: Rusek J. POP 2004/5/421), bowiem uznał, iż "Utrata na skutek wydania przez Trybunał Konstytucyjny wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. mocy obowiązującej art. 2 pkt 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 95, poz. 1101) oznaczała to, iż przejściowo w stosunku do podatników wymienionych w sentencji wyroku Trybunału Konstytucyjnego została "reanimowana" poprzednia treść art. 31 ust. 1 pkt.1 i 2 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych". W kwestii reaktywacji art. 14 a ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 1999 r., przytoczyć można fragment z uzasadnienia wyżej powołanego wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 9 kwietnia 2003 r. sygn. akt I SA/Wr 2035/00, w którym stwierdzono, iż " Przywołać w tym miejscu należy wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 20 grudnia 1999r. (sygn. akt K 4 /99, OTK z 1999 r., nr 7, poz. 165, str. 896) i wyrażony w uzasadnieniu tego wyroku pogląd, że "stwierdzenie materialnej (treściowej) niezgodności przepisów z konstytucją powoduje utratę ich mocy obowiązującej, co prowadzi do przywrócenia obowiązywania nowelizowanych przepisów w brzmieniu, jakie miały one do dnia wejścia w życie niezgodnych z konstytucją przepisów nowelizujących". Tak kategoryczne stanowisko co do "reanimacji" poprzednio obowiązujących przepisów może wprawdzie budzić wątpliwości z uwagi na brak w tym zakresie wyraźnych kompetencji Trybunału Konstytucyjnego (por. Z. Czeszejko – Sochacki, Bezpośrednie skutki prawne orzeczeń Trybunału Konstytucyjnego - materiały na Konferencję sędziów NSA, Popowo 16 – 18 października 2000 r. str. 20 – 21), jednakże powstała na skutek orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego luka może zostać usunięta bądź za pomocą klauzuli odroczenia mocy obowiązującej z art. 190 ust. 3 Konstytucji, a przy braku takiego rozstrzygnięcia, uzasadnienie znajdzie stanowisko o przywróceniu mocy obowiązującej aktowi uchylonemu do czasu rozwiązania tej kwestii w drodze legislacyjnej". Stanowisko to w pełni akceptuje skład orzekający w niniejszej sprawie. Ponadto, kwestia ta była już rozpoznawana przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach, który w uzasadnieniach wyroków z dnia 11 lutego 2004 r. sygn. akt I SA/Ka 80/03 i z dnia 15 marca 2004 r. sygn. akt I SA/Ka 3021/02 zawarł stanowisko zbieżne z wyżej zaprezentowanym. W tym stanie rzeczy za chybiony należy uznać pogląd Izby Skarbowej, iż w sprawie brak jest przesłanek określonych w art. 240 § 1 i art. 241 ustawy Ordynacja podatkowa, w związku z tym nie ma zastosowania art. 73 § 2 pkt 1 tej ustawy, dotyczący nadpłaty powstałej w wyniku prawomocnego orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego i nie doszło do naruszenia prawa, w tym art. 190 Konstytucji RP. Reasumując przedstawione rozważania stwierdzić zatem należy, iż skoro Trybunał Konstytucyjny orzekł o niezgodności z Konstytucją RP art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, to – zgodnie z art. 190 § 1 i 3 Konstytucji RP – z chwilą ogłoszenia wyroku w dniu 5 lipca 2002 r. – przepis ten w stosunku do podatników, którzy rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w zakładach pracy chronionej lub aktywności zawodowej, utracił moc obowiązującą. Natomiast brak regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy wdrożyli inwestycje powoduje konieczność badania sprawy z uwzględnieniem jej indywidualnych okoliczności, a w takim przypadku rzeczą organów podatkowych będzie ocena dowodów przedstawionych przez stronę skarżącą, co do rozpoczęcia i kontynuowania długookresowych przedsięwzięć na rzecz niepełnosprawnych uwarunkowanych posiadaniem statusu zakładu pracy chronionej. W rozpatrywanej sprawie niezbędne jest zatem ustalenie, czy skarżąca należy do kręgu podmiotów, wobec których będzie miało zastosowanie orzeczenie o niezgodności z Konstytucją RP przywołanych przepisów tj. czy prowadzony przez nią zakład pracy chronionej, do dnia [...] rozpoczął i kontynuował długookresowe przedsięwzięcia na rzecz osób niepełnosprawnych, zatrudnionych w tym zakładzie. Jeżeli udowodnionym zostanie, iż w rozpoznawanym przypadku mamy do czynienia z naruszeniem zasady ochrony praw nabytych i zasady ochrony interesów w toku, to konieczne stanie się rozważenie, czy za dany okres zachodziły podstawy do wydania decyzji o stwierdzeniu nadpłaty. W tym przypadku na skarżącej spoczywa ciężar dowodu wykazania tych okoliczności, a rzeczą organów podatkowych będzie ocena tych dowodów i ustalenie, czy prowadzone przedsięwzięcia należą do kategorii opisanych przez Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. akt K 45/01 oraz czy skarżąca, ubiegając się o zwrot tej nadpłaty jest podmiotem, którego dotyczy to orzeczenie. W razie pozytywnego ustalenia, do czasu wejścia w życie przepisów zawierających regulacje, o których mowa w uzasadnieniu tego wyroku Trybunału Konstytucyjnego zastosowanie będzie miał przepis art. 14a ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 1999 r., a w dalszej kolejności w razie uprzedniego uiszczenia nienależnego podatku, zastosowanie będą miały przepisy ustawy Ordynacja podatkowa o stwierdzeniu nadpłaty. Uwzględniając zatem całokształt okoliczności sprawy Sąd – działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c i art. 152 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz.1270) skargę uwzględnił i zaskarżoną decyzję uchylił, orzekając zarazem, że decyzja ta nie może być wykonana. Sąd nie zawarł w wyroku orzeczenia opartego na przepisie art. 200 w związku z art. 210 wyżej wymienionej ustawy, z uwagi na nie zgłoszenie przed zamknięciem rozprawy wniosku o przyznanie zwrotu należnych kosztów postępowania.