I SA/Ol 25/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Przemysław Krzykowski, Sędziowie sędzia WSA Andrzej Brzuzy (sprawozdawca), sędzia WSA Jolanta Strumiłło, Protokolant sekretarz sądowy Weronika Ćwiek, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 4 marca 2026 r. sprawy ze skargi Instytutu [...] w O. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 19 listopada 2025 r., nr 0114-KDIP4-3.4012.569.2021.9.S.DS w przedmiocie podatku od towarów i usług oddala skargę. Instytut [...] z siedzibą w O. (dalej jako: "wnioskodawca", "strona", "skarżący", "Instytut") na podstawie art. 14b §1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2017 r. poz. 201, ze zm.), dalej jako: "o.p.", skierował do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej wniosek, uzupełniony na wezwanie organu, o wydanie interpretacji indywidualnej przepisów prawa podatkowego w przedmiocie podatku od towarów i usług (dalej również: "podatku VAT"). We wniosku zawarto następujący opis stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego). Wnioskodawca jest zarejestrowanym, czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług. Jest państwową jednostką naukową działającą w oparciu o regulacje zawarte w ustawie z 30 kwietnia 2010 r. o Polskiej Akademii Nauk (Dz.U. z 2019 r. poz. 1183, ze zm.) oraz na podstawie Statutu zatwierdzonego przez Prezesa Polskiej Akademii Nauk w dniu [...]. Świadczy czynności opodatkowane podatkiem od towarów i usług (usługi naukowo-badawcze, usługi wynajmu, działalność wydawnicza) oraz czynności zwolnione od podatku VAT (usługi szkoleniowe, studia doktoranckie, wynajem na cele mieszkalne). Zgodnie ze Statutem do zadań Instytutu należy m.in. prowadzenie twórczych prac badawczych w zakresie: biologii i patologii, wpływu czynników genetycznych i środowiskowych, współpraca z uczelniami i innymi instytucjami badawczymi i naukowymi. Instytut od 1 stycznia 2019 r. realizuje Projekt pod nazwą: "[...]" (dalej jako: "Projekt", "C."). Projekt jest finansowany ze środków Komisji Europejskiej w ramach programu [...]. Jest jednym z działań podejmowanych przez [...] - największą europejską inicjatywę w obszarze rolno-spożywczym, realizującą programy wsparcia innowacji dla sektora żywnościowego w Europie. Projekt jest realizowany przy współpracy z partnerami: A. - Lider Projektu, University of T., O. S.R.L. i P. GmbH (P. - partner przemysłowy). Głównym celem Projektu miało być opracowanie nowego produktu opartego na fagach, stosowanego jako narzędzie biokontroli [...] w celu zmniejszenia rozpowszechnienia [...]. W związku z realizacją Projektu zawarto umowę konsorcjum, której celem było określenie ustaleń umownych pomiędzy stronami umowy dotyczących Projektu, w tym określenia niektórych praw i obowiązków odnoszących się do Partnerów dotyczących między innymi zarządzania Projektem, odpowiedzialności, praw dostępu i rozstrzygania sporów. Opisano zadania, skutki i przeznaczenie otrzymanego dofinansowania, zadania Partnerów i ich finansowanie. W szczególności dofinansowanie otrzymane przez Instytut było przeznaczone na pokrycie: zakupu materiałów laboratoryjnych (np. odczynniki, mikrobiologiczne pożywki hodowlane, bufory, zestawy identyfikacyjne, rozpuszczalniki i ogólne wyposażenie laboratoryjne), zakup [...], transport próbek, utrzymanie zaawansowanych technologii sprzętu (np. autoklawy, fermentory i systemy filtracji wymagane do oczyszczania bakteriofagów) potrzebne do prawidłowego przeprowadzenia eksperymentalnych prób i analiz, zakup materiałów związanych z rozpowszechnianiem i komunikacją (np. publikacja wyników i opłaty rejestracyjne na konferencje), koszty podróży związane z: gromadzeniem danych i pobieraniem próbek w lokalizacjach zewnętrznych, uczestnictwem w bezpośrednich spotkaniach konsorcjum oraz udziałem w działaniach związanych z rozpowszechnianiem Projektów. Jako zadania Projektu wymieniono m.in.: zwiększenie skali produkcji prototypów (wytworzenie objętości prototypu w skali pilotażowej i ostatecznie wyprodukowanie na skalę przemysłową w celu uzyskania objętości do 100 Iitrów), przeprowadzenie oceny i zoptymalizowanie skuteczności prototypu C. w produkcji [...] - poprzez przeprowadzenie testów in vivo w zakładzie pilotażowym w Polsce i/lub w zakładach we Włoszech, opracowanie strategii biznesowej i komercjalizacyjnej - przeanalizowanie ekonomicznej wykonalności przemysłowej produkcji na dużą skalę, opracowanie biznesplanu dla każdego zatwierdzonego zastosowania rozwiązania C., czyli do jego zastosowania jako rozwiązanie biokontroli w gospodarstwie (rozwiązanie do produkcji [...]) oraz w zakładach [...] (rozwiązanie do przetwarzania [...]). Główne oczekiwane skutki Projektu to m.in.: poprawa bezpieczeństwa [...]. Partnerzy konsorcjum podpisali 16 grudnia 2020 r. aneks do umowy konsorcjum w związku z uzgodnieniem z 15 grudnia 2020 r. Zmiana postanowień ww. umowy w przedmiocie komercjalizacji wyników Projektu spowodowała, że Instytut nie ma prawa do otrzymywania wynagrodzenia z tytułu komercjalizacji wyników Projektu. W związku ze zmianą przeznaczenia wykorzystania jego wyników do realizacji badań statutowych, Instytut dokonał korekty podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług służących do realizacji przypisanych mu zadań w Projekcie za okres od stycznia 2021 r. do czerwca 2021 r. Dla celów realizacji Projektu strona prowadziła wyodrębnioną ewidencję księgową zgodnie z zasadą przejrzystości wynikającą z ustawy o rachunkowości. Samodzielnie dokonywała zakupu towarów i usług na potrzeby realizacji Projektu. Kwota dofinansowania wyliczana jest na podstawie szacowanych kosztów realizacji i poniesionego nakładu pracy na zadania. Budżet Projektu jest oceniany pod kątem uzasadnienia kosztów i ich wysokości. Kwota dofinansowania w Projekcie stanowi 100% kwoty zaakceptowanego budżetu. Faktury dokumentujące nabycie towarów i usług na realizację Projektu zostały wystawione na wnioskodawcę. Dofinansowanie mogło zostać przeznaczone wyłącznie na koszty ponoszone w związku z realizacją zadania przypisanego wnioskodawcy w Projekcie, i nie mogło być i nie było przeznaczone na inną działalność prowadzoną przez wnioskodawcę. Rozliczenie środków finansowych następuje po zakończeniu Projektu, poprzez złożenie sprawozdania finansowego z poniesionych kosztów. Sprawozdanie musi być zaakceptowane przez [...], ostatecznie środki finansowe są rozliczane przez centralę [...]. W przypadku niezrealizowania zadań dotyczących Projektu, o którym mowa we wniosku, wnioskodawca zobowiązany byłby do zwrotu otrzymanych środków pieniężnych. W związku z powyższym opisem zadano następujące pytania: 1) czy w świetle art. 29a ust. 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2021 r. poz. 685, ze zm.), dalej jako: "ustawa o VAT", otrzymana dotacja na pokrycie kosztów Projektu stanowi wynagrodzenie podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług? 2) czy w świetle art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 lit. a i b ww. ustawy Instytutowi będzie przysługiwało prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu za 2019 i 2020 r.? 3) czy w świetle art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 lit. a i b ustawy o VAT Instytutowi będzie przysługiwało prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu za 2021 r.? Odnosząc się do pytania pierwszego Instytut wskazał, że jego zdaniem dofinansowanie otrzymane w latach 2019-2021 na pokrycie kosztów związanych z realizacją Projektu nie stanowi wynagrodzenia, o którym mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o VAT skarżący nie świadczy jakichkolwiek usług, wykonuje przypisane mu zadanie, które stanowi element składowy całego Projektu. Przedstawiając swoje stanowisko w zakresie pytania drugiego, Instytut uznał, że w latach 2019-2020 w związku z realizacją zadań przypisanych w Projekcie przysługiwało mu prawo do odliczenia w całości kwot podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług służących do jego realizacji, ponieważ wyniki Projektu w postaci praw własności przemysłowej miały być wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tj. komercjalizacji wyników końcowych. Według pierwotnych ustaleń zawartych w umowie konsorcjum sprzedaż końcowych wyników Projektu miała odbywać się na zasadzie sprzedaży patentów. W związku z tym strona w zakresie jaki przewidywała umowa konsorcjum w brzmieniu do 15 grudnia 2020 r. była uprawniona do udzielenia licencji na prawa własności przemysłowej. Powołując art. 2 pkt 6, art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 8 ust. 1 pkt 1, art. 43 ust. 1, art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 lit. a i b ustawy o VAT, art. 24 ustawy z 30 czerwca 2000 r. - Prawo własności przemysłowej (Dz.U. z 2020 r. poz. 286, ze zm.), art. 45 kodeksu cywilnego wnioskodawca podał, że planowana sprzedaż patentu przez stronę miała stanowić odpłatne świadczenie usług podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT. Dopiero 15 grudnia 2020 r. umowa konsorcjum uległa zmianie w taki sposób, że prawa własności przemysłowej i prawa do czerpania korzyści z ich komercjalizacji otrzymał P. i A. Wnioskodawca natomiast ma prawo do wykorzystania uzyskanych wyników do badań statutowych. Oznacza to, że po jego stronie nie wystąpią czynności opodatkowane. W tym zakresie powołano wyrok TSUE z 17 października 2018 r. w sprawie C-249/17. W zakresie pytania trzeciego skarżący przyjął stanowisko, że nie będzie mu przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług służących realizacji tego Projektu. W tym bowiem przypadku po jego stronie nie wystąpią czynności opodatkowane, które stanowią podstawę do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług związanych z wykonywaniem tych czynności. Interpretacją indywidualną z 19 listopada 2025 r. wydaną po ponownym rozpoznaniu sprawy wskutek wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie z 24 marca 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 74/22 i Naczelnego Sadu Administracyjnego z 19 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 966/22 Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dalej jako: "Dyrektor KIS", "organ", "organ interpretacyjny") uznał stanowisko strony w zakresie: - uznania otrzymanego dofinansowania za wynagrodzenie za czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem VAT oraz braku prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego w związku z realizacją Projektu za 2021 r. (tj. pytania nr 1 i 3) - za prawidłowe, - pełnego prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego w związku z realizacją Projektu za 2019 i 2020 r. (tj. pytania nr 2) - za nieprawidłowe, Dyrektor KIS na wstępie wyjaśnił, że konsorcjum nie jest podmiotem gospodarczym, nie posiada osobowości prawnej ani podmiotowości prawnej, nie musi być rejestrowane ani mieć odrębnej nazwy czy też siedziby. Podmioty tworzące konsorcjum są co do zasady niezależne w swoich dotychczasowych działaniach (czyli w działaniach niezwiązanych z konsorcjum), a w działaniach związanych z konsorcjum realizują wspólne przedsięwzięcie objęte porozumieniem. Przedsiębiorcy działający w ramach konsorcjum są odrębnymi podatnikami VAT. Organ interpretacyjny na s. 20 - 24 interpretacji odniósł się do stanowiska wnioskodawcy w zakresie pytania nr 1, uznając, że dotacja, czyli otrzymany zwrot poniesionych przez niego kosztów związanych z realizacją Projektu nie stanowi wynagrodzenia za jakiekolwiek czynności opodatkowane VAT podlegające opodatkowaniu zgodnie z art. 5 ust. 1 ustawy o VAT. Odnosząc się do wątpliwości strony w kwestii prawa do odliczenia podatku naliczonego od towarów i usług nabytych w związku z realizacją Projektu (pytania nr 2 i 3), Dyrektor KIS wskazał, że stosownie do art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi. Powyższe wyklucza możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z usługami i towarami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku od towarów i usług oraz niepodlegających temu podatkowi. Organ interpretacyjny podkreślił także, że prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części uwarunkowane jest spełnieniem przez podatnika zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 tej ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Decydujące znaczenie dla oceny istnienia prawa do odliczenia ma zamierzony (deklarowany) związek podatku naliczonego z czynnościami opodatkowanymi. Dyrektor KIS zrelacjonował, że we wniosku podano, że Instytut jest zarejestrowanym, czynnym podatnikiem podatku VAT. Faktury dokumenujące nabycie towarów i usług związanych z realizacją Projektu zostały wystawione na stronę. Umowa konsorcjum podpisana 1 stycznia 2019 r., przewidywała udział każdego z Partnerów w komercjalizacji wyników Projektu i otrzymywania z tego tytułu wynagrodzenia. W związku z tym w latach: 2019-2020 wnioskodawca odliczał podatek naliczony przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją zadań określonych w Projekcie. Pod koniec 2020 r. [...] zobowiązał Partnerów konsorcjum do wskazania, którzy Partnerzy będą czerpać zyski z ewentualnej komercjalizacji wyników Projektu. W dniu 16 grudnia 2020 r. na podstawie aneksu do umowy konsorcjum P. i A. (Partnerzy konsorcjum) otrzymali wyłączne prawa własności przemysłowej do możliwych do wykorzystania wyników Projektu, a strona w celu realizacji Projektu ma nieodpłatnie udostępnić posiadaną wiedzę i doświadczenie w zakresie prowadzonych badań. W związku z tym, nie będzie ona właścicielem (ani współwłaścicielem) praw własności przemysłowej powstałych w Projekcie, tym samym nie będzie miała prawa do ich sprzedaży i uzyskiwania z tego tytułu zysków. Organ uznał, że skoro wyniki i wiedza uzyskane w ramach realizacji Projektu są spójne z zadaniami statutowymi Instytutu (wpływ diety i dodatków do niej na dobrostan zwierząt gospodarskich oraz bezpieczeństwo i jakość żywności), to osiągnięte wyniki będą wykorzystywane w realizacji badań statutowych. Ponadto otrzymana przez wnioskodawcę dotacja nie stanowi pokrycia ceny usługi świadczonej w ramach Projektu i nie jest dotacją bezpośrednio wpływającą na jej wartość, tym samym, nie stanowi wynagrodzenia za jakiekolwiek wykonywane przez niego czynności w ramach Projektu. Zatem, jego zdaniem zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT. A ponieważ nabywane w ramach realizacji Projektu towary i usługi strona wykorzystuje wyłącznie do wykonywania czynności niepodlegających opodatkowaniu, nie przysługuje jej prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego w związku z realizacją opisanego Projektu ani w latach 2019-2020 ani za rok 2021, co zostało potwierdzone przez WSA w Olsztynie w ww. wyroku z 24 marca 2022 r., sygn. akt I SA/OI 74/22 zapadłym w niniejszej sprawie. Tym samym w ocenie Dyrektora KIS stanowisko strony w zakresie pytania nr 2, zgodnie z którym w latach 2019-2020 przysługiwało jej pełne prawo do odliczenia jest nieprawidłowe, natomiast stanowisko w zakresie pytania nr 3, zgodnie z którym za rok 2021 nie przysługuje jej pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z realizacją Projektu jest prawidłowe. W skardze na interpretację indywidualną strona wniosła o uchylenie jej w całości oraz o zwrot kosztów postępowania prawem przepisanych. Zarzucono naruszenie: przepisów postępowania mogących mieć istotny wpływ na wynik sprawy tj.: - art. 121 §1 w zw. z art. 14h o.p. poprzez wydanie przedmiotowej interpretacji bez wszechstronnej i całościowej analizy treści zawartej we wniosku i w konsekwencji dokonanie nieprawidłowej oceny w sprawie zachowania przez Instytut prawa do odliczenia podatku naliczonego w latach: 2019-2020, - art. 14c §1 i §2 o.p. poprzez wadliwe uznanie stanowiska wnioskodawcy za nieprawidłowe oraz nieuprawnione uznanie, że Instytutowi nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego za lata 2019-2020, 2) naruszenie przepisów prawa materialnego: - art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt. 1 i art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT przez jego niewłaściwe zastosowanie wynikające z przyjęcia, że Instytutowi nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu w latach 2019-2020. W ocenie Instytutu Dyrektor KIS błędnie zinterpretował stanowisko WSA w Olsztynie wyrażone w wyroku z 24 marca 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 74/22, ponieważ sąd wypowiedział się w przedmiocie prawa do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu w związku z wadliwym ustaleniem organu interpretacyjnego, jakoby czynnością opodatkowaną była otrzymana dotacja. Sąd w tym zakresie nie wskazał konkretnie, których lat to stanowisko dotyczy. Stwierdził natomiast, że pomimo uznania przez Dyrektora KIS za prawidłowe stanowiska wnioskodawcy, że będzie przysługiwało mu prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu za 2019 i 2020 r., zaskarżona interpretacja podlega uchyleniu w całości, czego powodem było uznanie przez, że dotacja stanowi dopłatę do ceny. Zdaniem skarżącego za lata 2019-2020 będzie mu przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu. Powołał przy tym stwierdzenie organ interpretacyjnego, że kluczowe w sprawie było podpisanie w dniu 16 grudnia 2020 r. aneksu do umowy konsorcjum, zgodnie z którym Partnerzy konsorcjum P. i A. otrzymali wyłączne prawa własności przemysłowej do możliwych do wykorzystania wyników Projektu, a Instytut w celu realizacji Projektu miał nieodpłatnie udostępnić posiadaną wiedzę i doświadczenie w zakresie prowadzonych badań. Do zmiany postanowień umowy konsorcjum zawartej 1 stycznia 2019 r., która przewidywała udział każdego z Partnerów w komercjalizacji wyników Projektu i otrzymywania z tego tytułu wynagrodzenia Partnerzy konsorcjum zostali zobowiązania przez [...]. Oznacza to, że ani Instytut ani żaden z Partnerów nie mieli wpływu na zmianę postanowień ww. umowy, zmiana postanowień umowy nastąpiła pod koniec 2020 r. "odgórnie" bez woli Instytutu i pozostałych Partnerów. Instytut i pozostali Partnerzy nie mieli wpływu na zmianę wcześniejszych postanowień. W związku z tym wnioskodawca uznał, że za lata 2019-2020 zachował prawo do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu, ponieważ w czasie dokonywania tych nabyć, nabycia te były związane z planowanymi w przyszłości czynnościami opodatkowanymi. Ponieważ zmiana nastąpiła pod koniec 2020 r., to Instytut skorygował podatek naliczony za 2021 r. Powołując się na orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (wyroki: z 20 listopad 2020 r. w sprawie C-734/19, z 28 lutego 2018 r. w sprawie C-672/16, z 17 października 2018 r. w sprawie C-249/17), strona wyraziła przekonanie, że w latach 20219-2020 zaistniały łącznie przesłanki zachowania prawa do odliczenia podatku naliczonego, tj.: (-) Instytut był czynnym podatnikiem podatku VAT, (-) nabywane w tym czasie towary i usługi miały służyć czynnościom opodatkowanym, (-) zaistniały okoliczności niezależne od woli Instytutu, na które nie miał on wpływu. W odpowiedzi na skargę Dyrektor KIS, podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie wniósł o oddalenie skargi. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie zważył, co następuje: Stosownie do art. 1 §1 i §2 ustawy z 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024 r. poz. 334, ze zm.) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej pod względem zgodności z prawem. Oznacza to, że przedmiotem kontroli sądu jest zgodność zaskarżonej decyzji (innego aktu lub czynności) z przepisami prawa materialnego, które mają zastosowanie w sprawie oraz z przepisami prawa procesowego, regulującymi tryb jej wydania lub podjęcia aktu albo czynności będącej przedmiotem zaskarżenia. Usunięcie z obrotu prawnego decyzji lub innego aktu może nastąpić tylko wtedy, gdy postępowanie sądowe dostarczy podstaw do uznania, że przy ich wydawaniu organy administracji publicznej naruszyły prawo w zakresie wskazanym w art. 145 §1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143, ze zm.), dalej jako: "p.p.s.a.", w przypadku istnienia istotnych wad w postępowaniu lub naruszenia przepisów prawa materialnego, mających istotny wpływ na wynik sprawy. W myśl art. 3 §2 pkt 4a p.p.s.a. kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg między innymi na pisemne interpretacje przepisów prawa podatkowego wydawane w indywidualnych sprawach. Na wstępie podkreślenia wymaga, że specyfika postępowania w sprawie wydania pisemnej interpretacji polega między innymi na tym, że organ interpretacyjny rozpatruje sprawę tylko i wyłącznie w ramach zagadnienia prawnego zawartego w pytaniu podatnika, stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego) przedstawionego przez niego oraz wyrażonej przez podatnika oceny prawnej (stanowisko podatnika). Organ nie przeprowadza w tego rodzaju sprawach postępowania dowodowego, ograniczając się do analizy okoliczności podanych we wniosku. W stosunku tylko do tych okoliczności wyraża następnie swoje stanowisko, które winno być ustosunkowaniem się do stanowiska prezentowanego w danej sprawie przez wnioskodawcę, a w razie negatywnej oceny stanowiska wyrażonego we wniosku winno wskazywać prawidłowe stanowisko z uzasadnieniem prawnym (art. 14b §3 i art. 14c §1 i §2 o.p.). Kontrola sądu administracyjnego w swojej istocie polega na ocenie, czy za podstawę udzielonej interpretacji podatkowej posłużył stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe przedstawione przez podatnika we wniosku o interpretację, a jeśli tak, to czy Dyrektor KIS prawidłowo zinterpretował przepisy prawa. Zgodnie ponadto z art. 57a p.p.s.a. skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie, opinię zabezpieczającą i odmowę wydania opinii zabezpieczającej może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Jednocześnie sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną. W świetle powołanego przepisu granice rozpoznania przez sąd sprawy dotyczącej skargi na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydanej w indywidualnej sprawie wyznaczają zatem zarzuty skargi. Uwzględniając równocześnie zapadły w niniejszej sprawie wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 19 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 966/22, sąd ma ponadto na uwadze, że zgodnie z art 190 p.p.s.a. przy ponownym rozpoznawaniu danej sprawy jest on związany wykładnią dokonaną przez NSA zarówno w zakresie prawa materialnego, jak i przepisów postępowania, przy czym ocena ustaleń faktycznych jest pochodną oceny wykładni (a w konsekwencji zastosowania) przepisów postępowania. W tym sensie orzeczenie wiąże sąd I instancji przy ponownym rozpoznawaniu sprawy (por. wyrok NSA z 20 października 2020 r., sygn. akt II FSK 3130/19). Trzeba też pamiętać o związaniu sądu administracyjnego treścią art. 153 p.p.s.a., z którego wynika, że nie może on formułować nowych ocen prawnych, które są sprzeczne z wyrażonym wcześniej poglądem, lecz zobowiązany jest do podporządkowania się mu w pełnym zakresie oraz konsekwentnego reagowania w razie stwierdzenia braku zastosowania się organu administracji publicznej do wskazań w zakresie dalszego postępowania. Oznacza to, że ilekroć sprawa będzie przedmiotem ponownego rozpoznania przez sąd oraz organ administracji publicznej, będą one obowiązane podporządkować się ocenie prawnej wyrażonej w uzasadnieniu poprzednio wydanego wyroku, jeżeli nie zostanie on uchylony, nie ulegnie istotnej zmianie stan faktyczny sprawy lub zmianie nie ulegną przepisy (por. wyrok WSA w Bydgoszczy z 30 września 2025 r., sygn. akt II SA/Bd 246/25). Poruszając się w tak zakreślonych ramach kontroli zgodności z prawem zaskarżonej interpretacji i będąc związany granicami skargi oraz ww. wyrokiem kasacyjnym, jak i wyrokiem WSA w Olsztynie z 24 marca 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 74/22 sąd uznał, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie, bowiem zaskarżona interpretacja indywidualna nie narusza zarówno wskazanych w skardze przepisów prawa procesowego, tj. art. 121 §1 w zw. z art. 14h o.p. i art. 14c §1 i §2 o.p., jak i prawa materialnego, tj. art. 86 ust. 1 i 2 ustawy o VAT i art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT w stopniu powodującym konieczność jej wyeliminowania z obrotu prawnego. Zgodnie z art. 14h o.p. w sprawach dotyczących interpretacji indywidualnej stosuje się odpowiednio przepisy art. 120, art. 121 §1, art. 125, art. 126, art. 129, art. 130, art. 135, art. 140, art. 143, art. 165 §3b, art. 165a, art. 168, art. 169 §1-2 i 4, art. 170, art. 171, art. 208, art. 213 w zakresie uzupełniania lub sprostowania co do skargi do sądu administracyjnego, art. 214, art. 215 § 1 i 3 oraz przepisy rozdziałów 3a, 5, 6, 7, 10, 14, 16 i 23 działu IV. Z art. 121 §1 o.p. wynika natomiast, że postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych Według art. 14c §1 i §2 o.p. interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie. W razie negatywnej oceny stanowiska wnioskodawcy interpretacja indywidualna zawiera wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym. W myśl art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Natomiast z art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT wynika, że kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu: (a) nabycia towarów i usług, (b) dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi. Z art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT zaś, że nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku gdy: (...) transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku. W tym miejscu należy podnieść, że nie jest kwestionowane w skardze rozstrzygnięcie organu (będące pochodną poprzedniego wyroku WSA w Olsztynie z 24 marca 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 74/22, zaakceptowanego przez NSA w wyroku z 20 października 2020 r., sygn. akt II FSK 3130/19) uznające stanowisko strony w sprawie pytania nr 1 (Czy w świetle art. 29a ust. 1 ustawy o VAT otrzymana dotacja na pokrycie kosztów Projektu stanowi wynagrodzenie podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT?) - za prawidłowe. W przyjętych rozstrzygnięciach sądy obu instancji wskazały bowiem, że otrzymane przez stronę wsparcie nie będzie stanowić dopłaty do ceny. W związku z tym nie jest wynagrodzeniem w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT i nie stanowi czynności opodatkowanej, o której mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1 tego aktu prawnego. Nie jest również kwestionowane w skardze rozstrzygnięcie organu odnoszące się do pytania nr 3 (Czy w świetle art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 lit. a i b ustawy o VAT Instytutowi będzie przysługiwało prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu za 2021 r.?) i przyjętego w tym zakresie stanowiska przez stronę - za prawidłowe. Wynika z niego bowiem, że z uwagi na zmianę postanowień umowy konsorcjum (gdzie strona aneksem do przedmiotowej umowy, podpisanym 16 grudnia 2020 r. została pozbawiona praw własności przemysłowej powstałych w Projekcie, a w konsekwencji prawa do ich sprzedaży i uzyskiwania z tego tytułu zysków i jednocześnie zobowiązano ją do nieodpłatnego przekazania wiedzy i doświadczenia w zakresie prowadzenia badań oraz ich oceny, a prawa do komercjalizacji wyników Projektu otrzymali inni konsorcjanci - którzy w rzeczywistości mieli prawo do wykorzystania wyników strony) od stycznia 2021 r. stronie nie przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego na nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu. Takie stanowisko wynika z faktu, że dofinansowanie, jakie otrzyma skarżący w związku z nim nie będzie stanowić wynagrodzenia o charakterze dopłaty do ceny świadczonych usług czy dostarczanych towarów, bowiem nie wystąpi sprzedaż w rozumieniu art. 2 pkt 22 ustawy o VAT podlegająca opodatkowaniu, o którym mowa w art. 5 ust. 1 tej ustawy. Skarżący kwestionuje natomiast rozstrzygnięcie organu uznające stanowisko strony odnośnie pytania nr 2 (Czy w świetle art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 lit. a i b ustawy o podatku od towarów i usług Instytutowi będzie przysługiwało prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu za 2019 i 2020 r.?) - za nieprawidłowe. Wskazując przy tym, że Dyrektor KIS błędnie zinterpretował stanowisko WSA w Olsztynie zaprezentowane we wspomnianym już wyroku z 24 marca 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 74/22, ponieważ ten wypowiedział się w przedmiocie prawa do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu w związku z wadliwym ustaleniem organu jakoby czynnością opodatkowaną była otrzymana dotacja. Sąd w tym zakresie nie wskazał nadto konkretnie, których lat to stanowisko dotyczy. Natomiast stwierdził, że pomimo uznania przez organ za prawidłowe stanowiska wnioskodawcy, że stronie będzie przysługiwało prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu za 2019 r. i 2020 r. zaskarżona interpretacja podlega uchyleniu w całości, czego powodem było uznanie przez organ, że dotacja stanowi dopłatę do ceny. Natomiast zdaniem skarżącego za lata 2019-2020 zachował on prawo do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu ponieważ w czasie dokonywania tych nabyć, były one związane z planowanymi w przyszłości czynnościami opodatkowanymi. Zmiana nastąpiła bowiem pod koniec 2020 r., kiedy podpisano w dniu 16 grudnia 2020 r. aneks do umowy konsorcjum, zgodnie z którym dwóch Partnerów otrzymało wyłączne prawa własności przemysłowej do możliwych do wykorzystania jego wyników, a strona w celu realizacji Projektu, miała nieodpłatnie udostępnić posiadaną wiedzę i doświadczenie w zakresie prowadzonych badań. Do zmiany postanowień umowy konsorcjum zawartej w dniu 1 stycznia 2019 r., która przewidywała udział każdego z Partnerów w komercjalizacji wyników Projektu i otrzymywania z tego tytułu wynagrodzenia, Partnerzy konsorcjum zostali nadto zobowiązani przez [...]. Oznacza to, że strona ani żaden z Partnerów nie mieli wpływu na zmianę postanowień ww. umowy, zmiana jej postanowień nastąpiła pod koniec 2020 r. "odgórnie" bez jej woli i pozostałych Partnerów. Takie stanowisko (zdaniem wnioskodawcy) prezentowane jest także w wyrokach TSUE (z 20 listopad 2020 r., w sprawie C-734/19 oraz z 28 lutego 2018 r., w sprawie C- 672/16), z których wynika, że nabyte prawo do odliczenia pozostaje co do zasady zachowane (co miało miejsce w ocenie strony za lata 2019-2020), nawet jeśli później, ze względu na okoliczności niezależne od jego woli, podatnik nie korzysta z tych towarów i usług, które prowadziły do odliczenia w ramach opodatkowanych transakcji. Zdaniem Trybunału, wystarczy, że podatnik rzeczywiście miał zamiar wykorzystać odnośne towary i/lub usługi do prowadzenia działalności gospodarczej, z tytułu której skorzystał on z przysługującego mu prawa do odliczenia. TSUE zwrócił uwagę na to, że zgodnie z art. 167 dyrektywy VAT prawo do odliczenia powstaje w momencie, w którym podlegający odliczeniu podatek staje się wymagalny. W konsekwencji o istnieniu prawa do odliczenia decyduje jedynie to, czy w odnośnym dniu dana osoba posiada przymiot podatnika oraz czy działa w takim charakterze. Bezspornie też w latach 2019-2020 strona była czynnym podatnikiem podatku VAT i w takim charakterze działała. Uwzględniając dotychczasowe rozważania (w tym przepisy prawa oraz zapadłe wyroki w obu instancjach) z powyższym stanowiskiem trudno się zgodzić. Zauważyć bowiem należy, że wbrew twierdzeniu Instytutu (w przedmiocie prawa do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu, że sąd I instancji w wyroku z 24 marca 2022 r. nie wskazał konkretnie, których lat to stanowisko dotyczy) zarówno ww. sąd, ale przede wszystkim Naczelny Sąd Administracyjny w rozstrzygnięciu kasacyjnym wyraźnie stwierdził, że problematyka ta dotyczy zarówno lat 2019-2020 jak i 2021 r. Ma to swoje potwierdzenie i uzasadnienie w treści skargi kasacyjnej wywiedzionej przez organ od wskazanego już wyroku WSA w Olsztynie z 24 marca 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 74/22, z której wyraźnie wynika, że Dyrektor KIS zarzucił ww. rozstrzygnięciu naruszenie, m.in.: "art. 86 ust. 1 i ust. 2 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 i w zw. z art. 8 ust. 1 ustawy o VAT, poprzez ich niewłaściwe zastosowanie polegające na błędnym przyjęciu, że skarżącej nie będzie przysługiwało prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją Projektu zarówno za lata 2019 i 2020, kiedy wyniki badań w postaci praw własności przemysłowej miały być wykorzystane do wykonywania czynności opodatkowanych w zakresie komercjalizacji wyników tych badań, jak również za rok 2021 w sytuacji kiedy na skutek aneksu do umowy konsorcjum prawa własności przemysłowej i prawa do czerpania korzyści z komercjalizacji wyników Projektu poprzez nieodpłatne przekazanie przez Skarżącą wyników badań otrzymali Partnerzy konsorcjum, a Skarżąca uczestniczyła w dalszym ciągu w realizacji Projektu przy wykorzystaniu środków otrzymanych z dotacji od osoby trzeciej lecz nie można jej powiązać z obrotem jako niemającej związku z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem VAT, w związku ze świadczeniem której przysługuje odliczeni podatku naliczonego na nabycie towarów i usług.". Sąd kasacyjny w przyjętym wyroku z 20 października 2020 r., sygn. akt II FSK 3130/19 odnosił się zatem do każdego z ww. okresów (wbrew zaopatrywaniu strony). Słusznie zatem przyjęto, że w zakresie pytania nr 2 (zgodnie z którym w latach 2019-2020 przysługiwało stronie pełne prawo do odliczenia stanowisko strony jest nieprawidłowe) - stanowisko Instytutu jest nieprawidłowe. WSA w Olsztynie stwierdził bowiem wyraźnie, że wadliwe ustalenie organu interpretacyjnego, że dofinansowanie na realizację przedmiotowego Projektu będzie stanowić zapłatę otrzymaną od osoby trzeciej (stanowiącą podstawę opodatkowania w myśl art. 29a ust. 1 ustawy o VAT) stanowi naruszenie art. 86 ust. 1 tego aktu prawnego i powoduje, że organ ten błędnie uznał, że stronie będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT związanych z realizowanym Projektem w takim zakresie, w jakim są one związane z wykonywaniem czynności opodatkowanych. Sąd stwierdził zatem (wbrew stanowisku organu interpretującego zaprezentowanemu na ówczesnym etapie postepowania), że skarżącemu nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego na nabyciu towarów i usług w związku z realizacją Projektu. Co istotne, stanowisko to potwierdził Naczelny Sąd Administracyjny ww. rozstrzygnięciu kasacyjnym stwierdzając, że (w kontekście przyjęcia przez sąd I instancji stanowiska, że opisane we wniosku o interpretację dofinansowanie nie stanowi dopłaty do wynagrodzenia, ale zwrot poniesionych kosztów realizacji Projektu/ma charakter zakupowy, a nie sprzedażowy, wobec czego nie będzie stanowiło obrotu w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT i tym samym nie podlega opodatkowaniu, gdyż nie znajdują tu zastosowania przepisy art. 5 ust. 1 pkt 1 i art. 8 ust. 1 ustawy o VAT), wbrew zarzutom skargi kasacyjnej WSA w Olsztynie słusznie uznał za nieprawidłową zaskarżoną interpretację także w zakresie zastosowania art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w oparciu o wadliwe ustalenie, że sporne dofinansowanie stanowi element podstawy opodatkowania, a świadczenia w postaci prowadzenia prac badawczych na rzecz konsorcjantów stanowią odpłatne świadczenie usług podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Wskazał tym samym, że w takiej sytuacji nabycia towarów i usług związane z realizacją Projektu nie będą stanowiły podstawy do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. Nie ma zatem uzasadnienia twierdzenie Instytutu, że WSA w Olsztynie w poprzednim rozstrzygnięciu nie wskazał konkretnie, których lat ww. stanowisko dotyczyło. Wobec takich rozstrzygnięć organ nie miał również innego wyjścia (będąc nimi związany), jak stwierdzić, że stanowisko skarżącego w zakresie pytania nr 2 (zgodnie z którym w latach 2019-2020 będzie przysługiwało mu pełne prawo do odliczenia) jest nieprawidłowe, natomiast stanowisko w zakresie pytania nr 3, zgodnie z którym za 2021 r. nie przysługuje mu pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z realizacją Projektu - jest prawidłowe. Raz jeszcze należy podkreślić, że ilekroć sprawa jest przedmiotem ponownego rozpoznania przez sąd oraz organ administracji publicznej (co miało miejsce w tej sprawie), to są one obowiązane podporządkować się ocenie prawnej wyrażonej w uzasadnieniu poprzednio wydanego wyroku, jeżeli nie zostanie on uchylony, nie ulegnie istotnej zmianie stan faktyczny sprawy lub zmianie nie ulegną przepisy. Dyrektor KIS zatem nie miał innego wyjścia (uwzględniając przepisy prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, tj. art. 153 w zw. z art. 190), jak podporządkować się przyjętym w obu instancjach sądowych rozstrzygnięciom i stwierdzić, że ponieważ nabywane w ramach realizacji Projektu towary i usługi strona wykorzystuje wyłącznie do wykonywania czynności niepodlegających opodatkowaniu, to nie przysługuje jej prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego w związku z jego realizacją ani w latach 2019-2020 ani za 2021 r. Jak zauważył bowiem WSA w Krakowie w wyroku z 19 stycznia 2026 r., sygn. akt II SA/Kr 1636/25, z przepisu art. 153 p.p.s.a. wynika, że ani organ administracji publicznej ani sąd, orzekając ponownie w tej samej sprawie nie mogą nie uwzględnić oceny prawnej i wskazań wyrażonych w zapadłym wcześniej wyroku sądu, ponieważ są nimi związane. Natomiast w razie zaskarżenia do sądu decyzji wydanej po ponownym rozpoznaniu sprawy, sąd administracyjny kontroluje, czy organy administracji prawidłowo uwzględniły wytyczne zawarte w uprzednim wyroku. Podporządkowanie się wyrażonej przez sąd ocenie prawnej i jego wytycznym co do dalszego postępowania stanowi zatem główne kryterium weryfikacji poprawności nowo wydanego rozstrzygnięcia (też wyrok NSA z 27 listopada 2025 r., sygn. akt III FSK 1001/25). Nadto przepis ten ma charakter bezwzględnie obowiązujący (por. wyrok WSA w Gliwicach z 27 listopada 2025 r., sygn. akt II SA/Gl 1143/25). Uzasadniając przyjęte stanowisko organ wskazał też (odwołując się do stanu faktycznego przedstawionego we wniosku), że strona była zarejestrowanym, czynnym podatnikiem podatku VAT. Faktury dokumenujące nabycie towarów i usług związanych z realizacją Projektu zostały na nią wystawione. Umowa konsorcjum podpisana 1 stycznia 2019 r., przewidywała udział każdego z Partnerów w komercjalizacji jego wyników i otrzymywania z tego tytułu wynagrodzenia. W związku z tym w latach 2019-2020 odliczała ona podatek naliczony przy nabyciu towarów i usług związanych z realizacją zadań określonych w Projekcie. Pod koniec 2020 r. [...] zobowiązał jednakże Partnerów konsorcjum do wskazania, którzy z nich będą czerpać zyski z ewentualnej komercjalizacji wyników Projektu. W dniu 16 grudnia 2020 r. na podstawie aneksu do umowy konsorcjum tylko dwóch Partnerów otrzymało zatem wyłączne prawa własności przemysłowej i prawa do czerpania korzyści z komercjalizacji jego wyników, a skarżący w celu realizacji Projektu miał nieodpłatnie udostępnić posiadaną wiedzę i doświadczenie w zakresie prowadzonych badań. W związku z tym strona nie była już właścicielem (ani współwłaścicielem) praw własności przemysłowej powstałych w Projekcie, tym samym nie miała już prawa do ich sprzedaży i uzyskiwania z tego tytułu zysków. Ponieważ wyniki i wiedza uzyskane w ramach realizacji Projektu są spójne z zadaniami statutowymi strony (wpływ diety i dodatków do niej na dobrostan zwierząt gospodarskich oraz bezpieczeństwo i jakość żywności), to osiągnięte wyniki miały być wykorzystywane w realizacji badań statutowych. Ponadto, jak ustalono powyżej, otrzymane dofinansowanie nie stanowiło pokrycia ceny usługi świadczonej w ramach Projektu i nie stanowiło dotacji bezpośrednio wpływającej na jej wartość, tym samym nie stanowiło wynagrodzenia za jakiekolwiek wykonywane przez stronę czynności w jego ramach. Zatem zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT nie podlegało opodatkowaniu podatkiem VAT. Uwzględniając dotychczasowe rozważania, wskazać należy, że zarzuty podniesione w skardze w żaden sposób nie wpływają na prawidłowość zaskarżonej interpretacji indywidualnej. Przeprowadzona natomiast przez organ interpretacyjny odmienna ocena ustalonego stanu faktycznego nie dowodzi, że naruszono nałożony na organy obowiązek działania w granicach i na podstawie obowiązującego prawa. Strona ma bowiem prawo do własnego subiektywnego przekonania o zasadności wskazanych w skardze zarzutów, jednakże przekonanie to nie musi mieć odzwierciedlenia w obowiązujących przepisach prawnych i ich wykładni (tym bardziej, że wypowiedział się w jej zakresie zarówno sąd kasacyjny, jak i WSA w Olsztynie (jako sąd I instancji), a zarówno organ jak tut. sąd jest nią związany). Mając na uwadze powyższe, sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. oddalił skargę. Orzeczenia, których sygnatury przywołano w uzasadnieniu dostępne są na stronie internetowej orzeczeń sądów administracyjnych: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.