III SA/Wa 3648/16

WyrokWSA w Warszawie2018-01-24

Skład orzekający: Włodzimierz Gurba, Ewa Izabela Fiedorowicz, Ewa Radziszewska-Krupa

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy opóźnienie w wydaniu decyzji wymiarowej w sprawie podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r., wynikające z prowadzenia przez organ kontroli skarbowej tzw. "megapostępowania" obejmującego wiele podatków i okresów rozliczeniowych, może być uznane za opóźnienie powstałe z przyczyn niezależnych od organu w rozumieniu art. 54 § 2 Ordynacji podatkowej, uzasadniające odmowę zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że prowadzenie przez organ kontroli skarbowej tzw. "megapostępowania" obejmującego wiele podatków i okresów rozliczeniowych, choć może być uzasadnione merytorycznie, nie może prowadzić do opóźnienia w wydaniu decyzji w poszczególnych sprawach, za które naliczane są odsetki za zwłokę, wbrew zasadzie wyrażonej w art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej. Opóźnienie wynikające z takiej organizacji postępowania należy uznać za spowodowane przyczynami zależnymi od organu, co wyklucza zastosowanie art. 54 § 2 Ordynacji podatkowej i uzasadnia zwrot nadpłaty z tytułu odsetek.
Stan faktyczny
Spółka B. Sp. z o.o. wniosła o zwrot nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę pobranych od zaległości w podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r., powołując się na wyrok Trybunału Konstytucyjnego. Organy podatkowe odmawiały zwrotu, uznając, że opóźnienie w wydaniu decyzji wymiarowej nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Po uchyleniu przez WSA decyzji organów, sprawa wróciła do ponownego rozpatrzenia. Ostatecznie Dyrektor Izby Skarbowej utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego odmawiającą zwrotu. Spółka wniosła skargę do WSA, zarzucając naruszenie art. 54 § 2 Ordynacji podatkowej oraz art. 153 P.p.s.a.
Rozstrzygnięcie
Uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. i zasądził od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz B. Sp. z o.o. kwotę 5117 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Włodzimierz Gurba (sprawozdawca), Sędziowie sędzia del. SO Ewa Izabela Fiedorowicz, sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa, Protokolant referent stażysta Grażyna Dmitruk, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 24 stycznia 2018 r. sprawy ze skargi B. Sp. z o.o. z siedzibą w O. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] września 2016 r. nr [...] w przedmiocie odmowy zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek pobranych od zaległości w podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. z dnia [...] maja 2016r., nr [...], 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz B. Sp. z o.o. z siedzibą w O. kwotę 5117 zł (słownie: pięć tysięcy sto siedemnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. 1.1. Dyrektor Izby Skarbowej w W., decyzją z 20 września 2016 r. – po rozpatrzeniu odwołania B. Sp. z o.o. (dalej: "Skarżąca" lub "Spółka") od decyzji Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. z 31 maja 2016 r. odmawiającej zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek od zaległości w podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. – utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji. Z uzasadnienia zaskarżonej decyzji wynika, że wnioskiem z 22 sierpnia 2012 r., na podstawie art. 74 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613 ze zm.), dalej zwanej "O.p.", Skarżąca zwróciła się do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. o zwrot nadpłaty w kwocie 50.377 zł z tytułu odsetek za zwłokę pobranych nienależnie za okres postępowania kontrolnego prowadzonego w przedmiocie zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. Skarżąca w uzasadnieniu wniosku powołała się na wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10. Skarżąca podniosła, że wejście w życie wyroku skutkuje koniecznością uznania, że art. 54 § 1 pkt 7 O.p. - pomimo niekonstytucyjnego brzmienia art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej (w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2003 r.) ma zastosowanie do postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej. Zdaniem Spółki, wyrok Trybunału Konstytucyjnego odnosi się do jej sytuacji faktycznej i prawnej, ponieważ na podstawie decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia 25 listopada 2009 r. (data doręczenia 30 listopada 2009 r.) zapłaciła odsetki za zwłokę od zaległości podatkowych w zakresie podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. od 20 września 2006 r. (dzień wszczęcia postępowania) do 28 stycznia 2009 r., tj. do dnia zabezpieczenia tych zaległości w formie zajęcia zabezpieczającego wierzytelności z rachunku bankowego. W ocenie Spółki, te odsetki od zaległości powinny zostać zwrócone wraz z oprocentowaniem przysługującym na podstawie art. 78 § 5 pkt 2 O.p. za okres od dnia powstania nadpłaty do 30 dnia od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego. 1.2. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. decyzją z [...] listopada 2012 r., odmówił Skarżącej zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek pobranych od zaległości w podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. W wyniku przeprowadzonego postępowania odwoławczego Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z [...] sierpnia 2013 r., uchylił decyzję organu pierwszej instancji w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ. W uzasadnieniu decyzji organ odwoławczy, mając na względzie treść wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10 podkreślił, iż regulacja art. 54 § 1 pkt 7 O.p. winna mieć zastosowanie również do postępowań kontrolnych prowadzonych przez organ kontroli skarbowej, o ile wszczęcie postępowania kontrolnego nastąpiło w okresie, w którym obowiązywał art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej (w brzmieniu nadanym ustawą o WKS) i który to przepis następnie został uznany ww. wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego o sygn. akt SK 2/10, za niezgodny z Konstytucją. W świetle powyższego organ drugiej instancji stwierdził, iż ocena tego, czy powstała nadpłata wnioskowana przez Skarżącą, winna być poprzedzona analizą, czy w zaistniałej sytuacji nie zachodzą przesłanki, o których mowa w art. 54 § 2 Ordynacji podatkowej. Uwzględniając powyższe stanowisko organ odwoławczy wskazał, że zgromadzony przez organ pierwszej instancji materiał dowodowy nie jest wystarczający do stwierdzenia, czy przedłużenie prowadzonego postępowania kontrolnego i opóźnienie w wydaniu decyzji nastąpiło w okolicznościach wskazanych w art. 54 § 2 O.p. 1.3. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy, Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. decyzją z 27 lutego 2014 r. odmówił Spółce zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek pobranych od zaległości w podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego stwierdził, iż przebieg poszczególnych postępowań wskazuje, że organ kontroli skarbowej prowadził postępowanie zgodnie z zasadami ogólnymi zawartymi w Ordynacji podatkowej. Kalendarium poszczególnych czynności nie wskazuje na powstanie nieuzasadnionych opóźnień w załatwieniu sprawy. Organ pierwszej instancji stwierdził, iż podejmowane czynności były niezbędne, zasadne i podejmowane bez zbędnej zwłoki. Naczelnik Urzędu Skarbowego odniósł się przy tym do obszerności materiału dowodowego zebranego w sprawie, pochodzącego z kilku źródeł, w tym materiałów zabezpieczonych przez organy ścigania, dowodów pochodzących z akt postępowania przygotowawczego prowadzonego przez Prokuraturę Okręgową w W., oraz protokołów szczegółowych oględzin siedziby Spółki i należących do niej w kontrolowanych okresach stacji paliw i hurtowni, a także podkreślił czasochłonność działań podejmowanych przez organ kontroli skarbowej. Wskazał przy tym, iż pomimo wielokrotnych próśb, Spółka nie przedłożyła dla potrzeb kontroli swoich ewidencji księgowych. Organ kontroli skarbowej, po wszczęciu postępowania kontrolnego nie dysponował więc pełną dokumentacją, na podstawie której mógł stwierdzić prawidłowość rozliczeń podatku od towarów i usług za okresy objęte zakresem decyzji wymiarowej. Reasumując, Naczelnik Urzędu Skarbowego stwierdził, że czas trwania postępowań kontrolnych za poszczególne miesiące 2004 r. został zdeterminowany okolicznościami niezależnymi od organu prowadzącego postępowanie kontrolne. Charakter sprawy, zakres i ilość przeprowadzonych dowodów, oraz czasochłonność analizy materiału dowodowego, skutkowały opóźnieniem w wydaniu decyzji wymiarowej wobec Spółki, z przyczyn niezależnych od organu prowadzącego postępowanie kontrolne. 1.4. W odwołaniu Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji, której zarzuciła naruszenie: - art. 54 § 2 O.p., poprzez jego bezpodstawne zastosowanie w stanie faktycznym sprawy, jako że opóźnienie w wydaniu przez organ kontroli skarbowej decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. nie powstało z przyczyn niezależnych od tego organu; - art. 72 § 2 O.p., poprzez bezzasadną odmowę zwrotu nadpłaty z tytułu uiszczonych nienależnie przez Spółkę odsetek za zwłokę naliczonych za czas trwania przewlekłego postępowania kontrolnego. Dyrektor Izby Skarbowej w W., decyzją z [...] maja 2014 r. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. z [...] lutego 2014 r. 2.1. Wskutek wniesionej skargi, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 15 kwietnia 2015 r. sygn. akt III SA/Wa 2252/14 uchylił decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] maja 2014 r. i stwierdził, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości. 2.2. Dyrektor Izby Skarbowej uchylił decyzję organu pierwszej instancji zalecając wykonanie wskazań wyrażonych w powołanych wyrokach. Po ponownym rozpatrzeniu wniosku Skarżącej z 22 sierpnia 2012 r. o zwrot nadpłaty w kwocie 50.377 zł z tytułu odsetek za zwłokę pobranych nienależnie za okres postępowania kontrolnego prowadzonego w przedmiocie zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r., Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. decyzją z 31 maja 2016 r. odmówił zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek pobranych od zaległości w podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego, oceniając skutki wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10 stwierdził, że do postępowania kontrolnego będzie miał również zastosowanie przepis art. 54 § 2 O.p., zgodnie z którym przepisu art. 54 § 1 pkt 3 i 7 O.p. nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Mając powyższe na uwadze, organ podatkowy przeprowadził postępowanie wyjaśniające, czy w sprawie nie wystąpiły okoliczności wynikające z art. 54 § 2 O.p. Na podstawie informacji udzielonej przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W., karty przebiegu kontroli, dokumentów i akt postępowania kontrolnego toczącego się wobec Skarżącej w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 2004 r. oraz podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2004 r., organ podatkowy uznał, iż opóźnienie w wydaniu decyzji z 25 listopada 2009 r. powstało z przyczyn niezależnych od organu. 2.3. Wskutek wniesionego odwołania, Dyrektor Izby Skarbowej w W., wymienioną na wstępie decyzją utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji. W ocenie Dyrektora Izby Skarbowej, z powyższego wynika, iż materiał dowodowy zgromadzony w sprawie był bardzo obszerny i wymagał bardzo czasochłonnej analizy. Natomiast Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. nie miał wpływu na obszerność materiału dowodowego niezbędnego do dokładnego wyjaśnienia sprawy. Ponadto na czas trwania postępowania miały wpływ wnioski dowodowe składane przez pełnomocników Skarżącej. Organ drugiej instancji stwierdził, że Naczelnik Urzędu Skarbowego zasadnie wskazał, iż w rozpatrywanym przypadku spełniona została dyspozycja art. 54 § 2 O.p., tj. że do opóźnienia zakończenia postępowania i wydania decyzji po terminie trzech miesięcy od wszczęcia postępowania, doszło z przyczyn niezależnych od organu kontroli skarbowej. Podsumowując działania podejmowane przez organ kontroli skarbowej, organ odwoławczy stwierdził, iż wskazane okoliczności - obszerność materiału dowodowego, prowadzenie przez Spółkę "nieformalnej" księgowości, czasochłonność podejmowanych działań w celu ustalenia stanu faktycznego sprawy w realiach toczącego się wobec Spółki postępowania kontrolnego, potwierdzają prawidłowość stanowiska organu pierwszej instancji, iż do opóźnienia w wydaniu decyzji wymiarowej w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za listopad i grudzień 2004 r., doszło z przyczyn niezależnych od organu kontroli skarbowej. 2.4. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz decyzji organu pierwszej instancji. Zaskarżonej decyzji Skarżąca zarzuciła naruszenie: - naruszenie przepisu art. 54 § 2 O.p., poprzez bezpodstawne zastosowanie tego przepisu w stanie faktycznym, w którym opóźnienie w wydaniu przez organ kontroli skarbowej decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. powstało z przyczyn zależnych od tego organu, czego konsekwencją było również naruszenie przepisów art. 72 § 2 w zw. z art. 54 § 1 pkt 7 O.p., poprzez bezzasadną odmowę zwrotu nadpłaty z tytułu uiszczonych nienależnie przez Skarżącą odsetek za zwłokę naliczonych za czas trwania przewlekłego postępowania kontrolnego; - naruszenie przepisu art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2017 r., poz. 1369 ze zm., dalej: "P.p.s.a."), poprzez wydanie rozstrzygnięcia sprzecznego z wiążącą w niniejszej sprawie dla organów oceną prawną oraz wskazaniami co do dalszego postępowania wyrażonymi w prawomocnym wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 15 kwietnia 2015 r. sygn. akt III SA/Wa 2252/14. 2.5. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w W. podtrzymał dotychczasowe stanowisko i wniósł o oddalenie skargi. 2.6. W piśmie procesowym polemizującym z odpowiedzią na skargę Skarżąca podtrzymała argumentację skargi i ją uszczegółowiła. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje. 3. Zgodnie z art. 184 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej w związku z art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (tekst jedn. Dz.U. z 2016 r., poz. 1066 ze zm.) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Innymi słowy, kontrola aktów lub czynności z zakresu administracji publicznej dokonywana jest pod względem ich zgodności z prawem materialnym i przepisami procesowymi, nie zaś według kryteriów słuszności. Oznacza to, że kontrola ta sprowadza się do badania, czy organ administracji wydając zaskarżony akt nie naruszył prawa. W wyniku takiej kontroli decyzja lub postanowienie mogą zostać uchylone w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności naruszających prawo i przez to mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r. poz. 270 - dalej zwanej "P.p.s.a.") lub też wystąpiło naruszenie prawa będące podstawą stwierdzenia jej nieważności (art. 145 § 1 pkt 2 P.p.s.a.). Stosownie zaś do treści art. 134 P.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Sąd nie może przy tym wydać orzeczenia na niekorzyść strony skarżącej, chyba że dopatrzy się naruszenia prawa skutkującego stwierdzeniem nieważności zaskarżonego aktu lub czynności. 4. Przedmiotem sporu w rozpatrywanej sprawie jest, czy spełniona została dyspozycja art. 54 § 2 O.p. tj. czy do opóźnienia w wydaniu decyzji wymiarowej przyczyniła się Strona lub jej przedstawiciel lub czy opóźnienie powyższe powstało z przyczyn niezależnych od organu. 5. Skarga zasługuje na uwzględnienie, chociaż nie wszystkie jej zarzuty okazały się trafne. 6. 1. Postępowanie podatkowe w niniejszej sprawie było prowadzone przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W.. Wszczęcie postępowania kontrolnego nastąpiło już po wejściu w życie nowelizacji ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o WKS. Z dniem 1 września 2003 r., przepis art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej uzyskał brzmienie, nadane ww. ustawą o WKS, zgodnie z którym: w zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy O.p., z wyłączeniem art. 54 i art. 290 § 3 tej ustawy, z zastrzeżeniem ust. 1a. Stwierdzić zatem należy, że w rozpatrywanym przypadku znajduje zastosowanie cyt. powyżej art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej, w brzmieniu uznanym przez Trybunał za niezgodny z Konstytucją RP (tj. w zakresie dotyczącym wyłączenia odpowiedniego stosowania art. 54 § 1 pkt 1 i pkt 7 Ordynacji podatkowej). Zawarte w art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej wyłączenie dotyczące art. 54 O.p. wzbudzało poważne zastrzeżenia w doktrynie, gdzie zauważono, że takie rozwiązanie prowadzi do niczym nieuzasadnionego pogorszenia sytuacji podatnika tylko z tego względu, że postępowanie wobec niego wszczął organ kontroli skarbowej, a nie organ podatkowy. Problem ten dostrzegł również Trybunał Konstytucyjny, który w wyroku z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 (OTK-A 2011/8/83) stwierdził, że przepis art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej, w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302), w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 Ordynacji podatkowej, jest niezgodny z art. 84 w zw. z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji RP. Co prawda w sentencji ww. wyroku Trybunał Konstytucyjny stwierdził niezgodność z Konstytucją RP przepisu art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej w zakresie, w jakim wyłącza on stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i pkt 7 O.p., jednakże oceniając skutki tego wyroku trzeba mieć na uwadze, że przepis art. 54 § 2 O.p. jest uzupełnieniem normy prawnej wynikającej z art. 54 § 1 pkt 1 i pkt 7 tej ustawy. Całą postać normy prawnej wyznacza tu nie jeden, lecz kilka przepisów. Przepisy art. 54 § 1 pkt 1 i pkt 7 O.p. nie mają charakteru zupełnego. Ustawodawca zastosował w tym zakresie technikę rozczłonkowania treściowego normy prawnej, która polega na tym, że poza przepisem centralnym istnieją jeszcze inne przepisy (co najmniej jeden), które wpływają na treść tej normy, współwyznaczając ją z przepisem centralnym. Przepisy te doktryna określa jako modyfikujące przepis centralny, inaczej modyfikatory (zob. M. Zieliński, Wykładnia prawa. Zasady, reguły, wskazówki, Warszawa 2002, s. 115). Takim właśnie modyfikatorem przepisu art. 54 § 1 pkt 7 O.p. jest przepis art. 54 § 2 tej ustawy, który stanowi, że przepisu § 1 pkt 7 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. W ocenie Sądu, wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10, stwierdzający niezgodność z Konstytucją RP przepisu art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej w zakresie, w jakim wyłącza on stosowanie do postępowania kontrolnego art. 54 § 1 pkt 7 O.p., należy odnosić do pełnej postaci normy prawnej wynikającej z art. 54 § 1 pkt 7 O.p., której uzupełnieniem jest art. 54 § 2 tej ustawy. Tylko takie rozumienie skutków przywołanego wyroku pozostaje w zgodzie z motywami, którymi kierował się Trybunał Konstytucyjny wydając to orzeczenie. Trybunał wyraźnie bowiem wskazał, że celem tego orzeczenia było wyeliminowanie różnic w sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje. Omawiana regulacja (art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej) stawiała w gorszej sytuacji podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej, pozbawiając ich prawa nienaliczania odsetek. 6.2. Niesporne w sprawie jest, że wniosek o zwrot nadpłaty Spółki inspirowany był wskazanym wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10. Wyrok ten dawał podstawę prawna zastosowania do postępowań kontrolnych prowadzonych przez organy kontroli skarbowej art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p., jak również art. 54 § 2 O.p. W konsekwencji, w sprawie istniał obowiązek zbadania z urzędu przez organy podatkowe, czy nie zachodzą okoliczności wynikające z art. 54 § 2 O.p., tzn. czy do opóźnienia w wydaniu decyzji przez organ kontroli skarbowej przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. 7.1. Z treści art. 53 § 1 O.p. wynika, że od zaległości podatkowych, z zastrzeżeniem art. 54, naliczane są odsetki za zwłokę. W świetle normy art. 54 § 2 O.p. w zw. z art. 54 § 1 pkt 7 tej ustawy, w sytuacji kiedy decyzja organu nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, organ ten w wydanej decyzji powinien wskazać, czy za okres zwłoki należne są od podatnika odsetki oraz uzasadnić w tym zakresie swoje stanowisko. W sytuacji bowiem, kiedy art. 54 § 1 pkt 7 O.p. stanowi w sposób jednoznaczny, że odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania - odstępstwo od tej normy na podstawie art. 54 § 2 O.p. wymaga wykazania przesłanek określonych w tym przepisie. To jednocześnie oznacza, że okoliczności te – uzasadniające odstępstwo od normy art. 54 § 1 pkt 7 O.p. – wymagają od Sądu skrupulatnego przeanalizowania i oceny, czy terminowość podejmowanych przez organ w danej sprawie czynności procesowych przemawia za zastosowaniem tego odstępstwa. Skoro norma art. 54 § 2 O.p. ma charakter dyscyplinujący organ, a jednocześnie chroniący stronę postępowania przed skutkami prowadzenia tego postępowania w sposób przewlekły, niezależny od niej, Sąd oceniając terminowość czynności procesowych podejmowanych przez organ skarbowy, musi dokonać ich analizy w aspekcie zasadności ich podejmowania, z uwzględnieniem zasady szybkości postępowania, a tym samym realizacji poszczególnych czynności procesowych bez zbędnej zwłoki, w sposób pozwalający organowi na terminowe zakończenie postępowania (zob. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 14 października 2014 r., sygn. akt I FSK 1519/14 – CBOSA). 7.2. w orzecznictwie sądów administracyjnych ugruntowanym jest pogląd (np. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 listopada 2009 r., sygn. akt II FSK 907/08, CBOSA) że oceniając, czy przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu w rozumieniu art. 54 § 2 O.p. należy mieć na względzie złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, prawidłowe zorganizowanie postępowania, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych (np. wezwania świadków czy pozyskania informacji od innych organów). Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to uznać należy, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Z drugiej jednak strony, to że sprawa ma charakter skomplikowany i wymagała przeprowadzenia wielu dowodów nie oznacza, że może być rozpoznawana w dowolnie długim terminie. Nawet jeżeli organ podejmuje wiele czynności w prowadzonym postępowaniu, muszą to być działania niezbędne, służące wyjaśnieniu sprawy, winny być też zaplanowane i przeprowadzone w taki sposób, aby całe postępowanie zakończyć w możliwie najkrótszym terminie (zob. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku z dnia 3 października 2012 r., sygn. akt I SA/Bk 217/12 - CBOSA). Dla wyjaśnienia podstaw prawnych niniejszego wyroku warto przytoczyć też wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 29 sierpnia 2017 r., sygn. akt II FSK 2050/15, CBOSA), w którym wyjaśniono relacje między bezczynnością postępowania, a opóźnieniem w wydaniu decyzji. Istotne różnice w pojmowaniu terminu "przewlekłość postępowania" oraz terminu "opóźnienie w wydaniu decyzji", o którym mowa w art. 24 ust. 6 u.k.s. (także: w art. 54 § 1 i 2 O.p.), wynikają z tego, że w pierwszym przypadku kontroli instancyjnej oraz sądowoadministracyjnej poddawana jest sprawność postępowania z punktu widzenia realizacji zasady szybkości postępowania (art. 125 O.p.), natomiast w drugim przypadku kontrolowana jest zasadność i celowość podejmowanych przez organ czynności procesowych z punktu widzenia realizacji przede wszystkim zasady prawdy materialnej (art. 122 O.p.). W konsekwencji, w sprawie przewlekłości postępowania na organie ciąży obowiązek wykazania, że działał wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia. Natomiast, w sprawie w której do opóźnienia w wydaniu decyzji doszło z przyczyn zależnych od organu, to kontrolowany/podatnik powinien wykazać, że czynności podejmowane przez organ nie były uzasadnione i celowe, gdyż nie zmierzały do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy. Jak wskazuje Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 24 listopada 2009 r., sygn. akt II FSK 930/08 (CBOSA), dopiero wykazanie organowi braku działań czy też nieuzasadnioną przewlekłość lub przyczynienie się (z reguły zawinione) przez stronę oraz wystąpienie związku pomiędzy zachowaniem stron a powstałym z tego powodu opóźnieniem umożliwia zastosowanie art. 54 § 2 O.p. Jak wskazał w tym wyroku Naczelny Sąd Administracyjny: "Zatem odstąpienie od naliczania odsetek z reguły musi wiązać się z zachowaniem się jednej ze stron postępowania, które nie jest akceptowanie społecznie. Ustawodawca w art. 54 § 1 pkt 7 Ord. pod. zakreślił dla organu, niezależnie od postanowień art. 139 Ord. pod., trzymiesięczny termin, w jakim organ podatkowy pierwszej instancji powinien zakończyć postępowanie podatkowe, aby nie pozbawić siebie możliwości poboru odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji". W tym cytowanym wyroku wskazano też, że aby mogło dojść do naliczenia odsetek za zwłokę w sytuacji, gdy doszło do opóźnienia w załatwieniu sprawy, muszą przede wszystkim zaistnieć okoliczności w nim wymienione (przyczynienie się strony lub jej przedstawiciela do opóźnienia w załatwieniu sprawy lub też organu podatkowego) oraz związek przyczynowo - skutkowy między działaniem strony czy też organu, a załatwieniem sprawy po upływie terminu, o jakim mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. Pogląd o braku akceptacji społecznej został powtórzony w innych wyrokach np. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 21 maja 2013 r., sygn. akt II FSK 995/12 (CBOSA). 8.1. Przechodząc do zbadania legalności zaskarżonej decyzji, w pierwszej kolejności należy odnieść się do zarzutu naruszenia art. 153 P.p.s.a. poprzez wydanie rozstrzygnięcia sprzecznego z wiążącą w niniejszej sprawie dla organów oceną prawną oraz wskazaniami co do dalszego postępowania wyrażonymi w prawomocnym wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 15 kwietnia 2015 r., sygn. akt III SA/Wa 2252/14 8.2. Przypomnieć należy kluczowe elementy oceny prawnej wyrażonej w tym wyroku i zaleceń co do dalszego postępowania: - "Zdaniem Sądu, zarówno uzasadnienie decyzji organu pierwszej instancji, jak i uzasadnienie utrzymującej ją w mocy decyzji z dnia [...] maja 2014 r., nie zawierają pełnej i dogłębnej analizy materiału dowodowego dotyczącego okoliczności wynikające z art. 54 § 2 O.p., tzn. czy do opóźnienia w wydaniu decyzji przez organ kontroli skarbowej przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu", - "W tym zakresie organ odwoławczy nie ocenił należycie, czy w okresach wskazanych ww. piśmie procesowym, w szczególności w okresie np. od 6 grudnia 2006 r. do dnia 20 maja 2007 r., w okresie od dnia 31 stycznia 2008 r. do dnia 7 września 2008 r. czy też w okresie od dnia 10 czerwca 2009 r. do dnia 25 listopada 2009 r. - organ kontroli terminowo dokonywał czynności procesowych i czy czynności procesowe we wskazanych terminach podejmowano zgodnie z zasadą szybkości postępowania", - "Mając powyższe na uwadze Sąd dokonując kontroli legalności zaskarżonej decyzji uznał, że w analizowanej sprawie organ odwoławczy nie dokonał gruntownej analizy terminowości czynności podejmowanych przez Dyrektora Urzędu kontroli Skarbowej, w kontekście zasady szybkości postępowania, niezbędnej dla oceny, czy w sprawie opóźnienie w wydaniu decyzji powstało z przyczyn niezależnych od organu, w rozumieniu art. 54 § 2 O.p.", - "Ponownie rozpoznając sprawę, organ odwoławczy dokona wnikliwej analizy i ustali wszelkie okoliczności mające istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia, tj. ustali brak lub zaistnienie winy organu kontroli skarbowej w przekroczeniu terminu załatwienia sprawy". 8.3. W ocenie Sądu orzekającego w niniejszej sprawie organy wykonały zalecenia Sądu. Kalendarium przebiegu postępowania kontrolnego zawarte w decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia [...] maja 2016 r., jest dużo bardziej szczegółowe niż wcześniejsze kalendarium zaprezentowane w uchylonej decyzji. Faktem jest, że to kalendarium nie jest pełne, tj. wynikają z niego okresy, w którym nie były podejmowane żadne czynności procesowe przez organ kontroli skarbowej. Sąd nie wymagał jednak od organu, aby kalendarium było sporządzone na każdy dzień prowadzenia postępowania kontrolnego. Skoro organ nie wskazuje jakie czynności procesowe były podejmowane w poszczególnych dniach lub okresach, w których w kalendarium istnieją luki, to znaczy, że w tych dniach lub okresach nie były podejmowane żadne czynności procesowe lub organ nie jest w stanie ich precyzyjnie zidentyfikować i opisać. Wiedza o tym, że w niektórych dniach lub okresach nie dokonywano czynności procesowych też jest wiedzą istotną w okolicznościach niniejszej sprawy. Treść zaskarżonej decyzji oraz decyzji ją poprzedzającej wskazuje, zgodnie z obliczeniami Skarżącej, że okresy bez identyfikowalnych czynności procesowych w spornej sprawie dają sumę 163 dni. Brak czynności procesowych w niektórych dniach lub okresach nie świadczy więc o tym, że organ nie wywiązał się z zaleceń Sądu. Sąd stwierdza, że tym razem stan faktyczny sprawy został dostatecznie wyjaśniony, a uzasadnienie decyzji, w tym przedstawione kalendarium przebiegu postępowania kontrolnego, pozwala na ocenę przez Sąd spornej kwestii, czyli tego czy opóźnienie w wydaniu decyzji nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Zarzut naruszenia art. 153 P.p.s.a. nie jest zasadny. 8.4. Mając na uwadze wskazaną powyżej wykładnię istotnych dla rozpoznania niniejszej sprawy przepisów prawa materialnego (tj. art. 54 § 1 pkt 7 i art. 54 § 2 O.p.) należy więc rozstrzygnąć, czy z prawidłowo ustalonego stanu faktycznego sprawy organ wyciąga właściwe wnioski i czy ocena materiału dowodowego jaką organ przedstawił w zaskarżonej decyzji jest prawidłowa. 9. Przenosząc powyższe rozważania judykatury, które Sąd w pełni podziela i uznaje za własne, na grunt rozpatrywanej sprawy i analizując przebieg postępowania przedstawiony w zaskarżonej decyzji, Sąd doszedł do przekonania, że do opóźnienia w wydaniu decyzji w sprawie podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. nie przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel, ani też – wbrew twierdzeniom organów – opóźnienie nie powstało z przyczyn niezależnych od organu, a zatem nie wystąpiły przesłanki z art. 54 § 2 O.p., uzasadniające odmowę zwrotu Skarżącej nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę. 10. 1. Jak wynika z akt niniejszej sprawy, postępowanie kontrolne w zakresie rozliczeń z budżetem państwa z tytułu podatku od towarów i usług za listopad i grudzień 2004 r. zostało wszczęte w dniu 20 września 2006 r., zaś decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia [...] listopada 2009 r., określającą nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc za listopad 2004 r. oraz określającą zobowiązanie w podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r., doręczono w dniu 30 listopada 2009 r. W ocenie Sądu, mimo że przedmiotem niniejszej sprawy są odsetki za zwłokę od zaległości w podatku za grudzień 2004 r. to jednak postępowanie dotyczące listopada 2004 r. integralnie wiąże się z wymiarem podatku za grudzień z uwagi na przeniesienie podatku naliczonego. 10.2. W ocenie Sądu kluczową w niniejszej sprawie jest kwestia zakresu postępowania kontrolnego. Postępowanie kontrolne zostało wszczęte (w dniu 20 września 2006 r.) w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych oraz podatku od towarów i usług za listopad i grudzień 2004 r., jednak wiele czynności dokonywanych w tym postępowaniu objęło aż 3 lata (2003-2005), obejmując nie tylko poszczególne okresy rozliczeniowe w podatku do towarów i usług ale także inne podatki, w tym podatek dochodowy; gromadzono też dowody w zakresie podatku akcyzowego oraz podatku od nieruchomości. Organ kontroli skarbowej przeprowadził więc u Skarżącej, swoistego rodzaju megapostępowanie. Wyznaczając tak szeroki zakres postępowania kontrolnego oczywistym dla organu musiało być, że tego postępowania nie da się zakończyć w terminie 3 miesięcy. 10.3. Sąd nie neguje tego, że wytyczony zakres tego megapostępowania miał pozytywny wpływ na optymalizację podejmowanych przez organ kontroli skarbowej działań. Organ mógł bowiem pozyskiwać zbiorczo, w jednym i tym samym terminie, wszelkie dowody zwłaszcza spośród przeprowadzonych przez organy ścigania, co pozwoliło analizować poszczególne ujawnione zdarzenia w dłuższym przedziale czasowym. Taka taktyka procesowa bez wątpienia ma swoje zalety w zakresie ustalania stanu faktycznego sprawy. Równocześnie Sąd zauważa, że taka taktyka procesowa ma też swoje wady wyrażające się w opóźnieniu wydania decyzji w poszczególnych cząstkowych sprawach. Skarżąca trafnie podnosi, że różnice w stanie faktycznym poszczególnych spraw spowalniały przebieg wszystkich postępowań kontrolnych. Również podobny wpływ na czas trwania postępowania miało objęcie kontrolą równocześnie rozliczeń w zakresie podatku od towarów i usług, jak i podatku dochodowego. Wskutek powyższego, czynności niezbędne dla ustalenia stanu faktycznego istotne z punktu widzenia podatku dochodowego, prowadziły do przesunięcia w czasie wydania decyzji dotyczącej podatku od towarów i usług. Przykładowo, konieczność oczekiwania na dokumenty dotyczące roku 2003 niepotrzebnie spowalniały proces gromadzenia dowodów dotyczących lat 2004 i 2005 (i na odwrót). Taka organizacja postępowania kontrolnego prowadzi do wielowektorowości czynności procesowych i, kolokwialnie rzecz ujmując, przeładowania całego postępowania czynnościami, które nie są niezbędne dla rozstrzygnięcia każdej poszczególnej sprawy. 10.4. Podkreślić trzeba, że organ prowadzący postępowanie kontrolne ustalał strategię działania wobec Skarżącej i uznał, że wszczęcie megapostępowania kontrolnego da większe korzyści w postaci rzetelności ustalenia stanu faktycznego sprawy, nawet jeżeli postępowanie wymiarowe w zakresie podatku od towarów i usług dotyczące grudnia 2004 r. będzie prowadzone znacznie dłużej niż miałoby to miejsce w razie wszczęcia odrębnego postępowania kontrolnego w zakresie podatku za ten miesiąc i miesiąc go poprzedzający. O pewnej odrębności sprawy wymiaru podatku za miesiąc listopad i grudzień 2004 r. świadczy też to, że te dwa miesiące uczyniono przedmiotem odrębnej decyzji wymiarowej, niezależnie od wymiaru podatku od towarów i usług za inne okresy rozliczeniowe. Organ prowadzący postępowanie kontrolne uznał więc, że lepiej przeprowadzić jedno wielomodułowe, obejmujące różne podatki, za różne okresy rozliczeniowe. Sąd zauważa, też że w czasie prowadzenia postępowania kontrolnego organ kontroli skarbowej działał w przeświadczeniu, że art. 54 § 2 O.p. w tej sprawie nie ma i nie będzie miał zastosowania; wyrok Trybunału Konstytucyjnego zapadł już bowiem po zakończeniu postępowania. To mogło wpływać na pewną swobodę organu w wyborze taktyki procesowej, w której mniejszą wagę przywiązywano do terminowości wydawania decyzji w poszczególnych sprawach. Sąd podkreśla, że nie neguje dopuszczalności takiej organizacji postępowania jaka została przyjęta w rozpatrywanej sprawie. Taka organizacja postępowania kontrolnego, jakkolwiek może być uzasadniona pewnymi względami merytorycznymi, to jednak nie może prowadzić do tego, że Skarżąca ponosi tego konsekwencje w warstwie temporalnej w postaci zwłoki, za którą naliczane są odsetki za zwłokę, wbrew zasadzie wyrażonej w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. 10.5. Organowi umyka zagadnienie kluczowe w niniejszej sprawie. Otóż przedmiotem niniejszego postępowania nie jest ocena przebiegu całego postępowania kontrolnego w zakresie wszystkich podatków i wszystkich okresów rozliczeniowych nim objętych. Sąd nie ocenia więc, czy te ponad 38 miesięcy toku postępowania kontrolnego to był czas wystarczający do jednoczesnego przeprowadzenia kilku postępowań zakończonych wydaniem ośmiu decyzji. Przedmiotem postępowania w niniejszej sprawie jest tylko i wyłącznie ocena, czy doszło do opóźnienia w wydaniu decyzji w zakresie podatku za grudzień 2004 r. i czy to opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Sąd neguje taką wykładnię art. 54 § 2 O.p., która prowadzi do jego zastosowania w każdym przypadku, gdy organ połączy wiele postępowań wykazując, że te wszystkie postępowania łącznie są bardzo skomplikowane. Prowadzenie łącznego postępowania kontrolnego dla wielu spraw i wydawanie wielu odrębnych decyzji w różnych sprawach nie może usprawiedliwiać generalizowania przyczyn opóźnienia w tych sprawach. Przepis art. 54 § 2 O.p. posługuje się pojęciem "opóźnienia w wydaniu decyzji", a więc nakazuje fragmentaryzować terminowość postępowania w każdej sprawie odrębnie. Organizując "pakietowe" postępowanie w wielu sprawach jednocześnie, organ podejmuje ryzyko, że niektóre z decyzji mogą zostać wydane później niż miałoby to miejsce, gdyby takiego "pakietu" nie organizowano. Terminowość postępowania w jednej sprawie zostaje w takiej sytuacji obciążona tempem postępowania w innych sprawach. Taka organizacja postępowania kontrolnego bez wątpienia należy do kompetencji organu, a więc przenosząc to na grunt art. 54 § 2 O.p. jest przyczyną zależną od organu. W ocenie Sądu, Skarżąca ma rację wykazując (strona 16 skargi), że część czynności procesowych nie miała związku z kontrolą rozliczenia w podatku od towarów i usług za miesiące listopad i grudzień 2004 r. 11.1. Sąd nie kwestionuje stanowiska organu odwoławczego, że przy ocenie sprawności, organizacji działań procesowych i terminowości czynności organów zasadne jest uwzględnienie, że na czas przeprowadzenia przez organ kontroli skarbowej poszczególnych czynności składa się wiele elementów, poczynając od czynności wstępnych i przygotowawczych (nie zawsze odzwierciedlonych w konkretnych dokumentach czy rozstrzygnięciach), a kończąc na poprzedzającej ostateczne rozstrzygnięcie analizie zebranego materiału przed wydaniem decyzji. Na czas ten składają się też liczne czynności biurowo-techniczne (sformułowania pism, wezwań i zawiadomień, czas potrzebny na ich sporządzenie, wysyłkę, oczekiwania na nadejście zwrotnych poświadczeń odbioru itp.), w znacznej mierze zależne od stopnia złożoności sprawy i aktywności strony, oraz czas wynikający z terminów procesowych, ustawowych, zakreślanych stronie i innym uczestnikom postępowania (świadkom, biegłym, organom współdziałającym i udzielającym niezbędnych informacji). 11.2 W prawomocnym wyroku z dnia 6 grudnia 2011 r., sygn. akt III SA/Wa 2166/10, wydanym wobec Spółki w przedmiocie wymiaru podatku od towarów i usług za listopad i grudzień 2004 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyraźnie zaznaczył, że "Trzeba wyraźnie podkreślić, iż te różnego rodzaju zeszyty, kartki, kartoteki, zapiski, symbole, zestawienia, ewidencje, specjalnie oznaczone dokumenty WZ, na podstawie których organom podatkowym przyszło dokonywać ustaleń i wyliczeń, to nie jest oficjalna - prowadzona według najwyższych wymaganych przepisami standardów - księgowość, w której można i należałoby oczekiwać, iż wszystkie jej elementy będą ze sobą idealnie pasować. To raczej rodzaj "księgowości" bardzo nieformalnej, sporządzanej w rozproszonym systemie przez różne osoby, prowadzonej w potajemny sposób dla ukrycia rzeczywistych obrotów, na użytek wtajemniczonych osób, według tylko im znanej metodologii. Z założenia więc trudno jest wymagać, aby wszystkie elementy tego rodzaju dokumentacji źródłowej idealnie do siebie pasowały, czego zdaje się oczekiwać Spółka. Chodzi więc zwłaszcza o zachowanie wspomnianej już staranności w działaniach organów podatkowych, zmierzających do określenia podstawy opodatkowania w oparciu o ten rodzaj dowodów. W ocenie Sądu, organy podatkowe sprostały ciążącym na nich w tym zakresie powinnościom. W prowadzonym postępowaniu wykazały duży nakład pracy, staranność i skrupulatność, aby na podstawie wyjaśnień osób prowadzących tę nieformalną księgowość, odtworzyć metodologię jej sporządzania, znaczenie poszczególnych zapisów i ich wzajemne powiązanie - świadczy o tym, m.in. obszerność zebranego materiału dowodowego". Akta postępowania kontrolnego za listopad i grudzień 2004 r. były obszerne; zawierały 100 pozycji i obejmowały 2031 kart. Integralną częścią liczącego 130 stron protokołu kontroli stanowiło 81 sztuk załączników do protokołu, zawierających 681 kart. Zgromadzony materiał dowodowy pochodził z wielu źródeł. Rację ma więc organ drugiej instancji wskazując, iż zgromadzenie tak obszernego materiału dowodowego, a następnie jego przeanalizowanie i ocena wymagało niewątpliwie znacznego nakładu czasu pracy organu kontroli. 11.3. Skarżąca ma rację, że nie jest argumentem zasługującym na uznanie w tej sprawie, powołanie się przez organy na fakt, że wydana przez organ kontroli skarbowej decyzja wymiarowa została następnie utrzymana w mocy przez organ odwoławczy oraz sądy administracyjne obu instancji, które nie kwestionowały prawidłowości przeprowadzonego przez organ kontroli skarbowej postępowania dowodowego. Istotne w tej sprawie aspekty temporalne tj. przewlekłość postępowania bądź niezbędność niektórych z podjętych czynności dowodowych nie były w ogóle badane w toku kontroli instancyjnej i sądowej (wyrokiem o sygn. akt III SA/Wa 2166/10), gdyż tego typu naruszenia nie mogą mieć istotnego wpływu na wynik sprawy, co go jego meritum. 11.4. W ocenie Sądu, nie można jednak podzielić argumentacji organu, że opóźnienie w wydaniu decyzji spowodowane było przyczynami niezależnymi od organu, w rozumieniu przesłanki wskazanej w art. 54 § 2 O.p. Sąd zwraca uwagę, że to Dyrektor UKS był gospodarzem postępowania kontrolnego i decydował o jego przebiegu i dlatego właściwa organizacja tegoż postępowania, w tym ustalenia zakresu postępowania i dobór odpowiedniej liczby kontrujących, należała do jego wyłącznej kompetencji. Dodać można, że przy szerokim zakresie zadań, ustawodawca "symetrycznie" wyposażył organy podatkowe oraz organy kontroli skarbowej we wszelkie niezbędne instrumenty potrzebne do realizacji nałożonych zadań. 11.5. Sąd zauważa, że weryfikacja rozliczenia Skarżącej za jeden miesiąc tj. grudzień 2004 r. wymagała aż 38 miesięcy postępowania kontrolnego. Taka proporcja (1:38) nie może być uzasadniania ani stopniem skomplikowania sprawy, wielością źródeł dowodowych, ani nawet niedbalstwem Skarżącej w prowadzeniu dokumentacji rachunkowej i podatkowej. Nawet uwzględniając czas na weryfikację rozliczenia podatku od towarów i usług za listopad 2004 r. związany integralnie z rozliczeniem podatku za grudzień, opóźnienie w wydaniu decyzji jest nienaturalnie długie. Sądowi jest znane z urzędu, z rozstrzygania innych spraw, że postępowania wymiarowe dotyczące jednego miesiąca w podatku VAT zwykle są kończone w czasie znacznie krótszym niż to miało miejsce w rozpatrywanej sprawie. Dzieje się tak nawet w sytuacji, gdy cały schemat działania podatnika i podmiotów z nim powiązanych jest ukierunkowany na maksymalne utrudnianie i przewlekanie postępowania. 12. 1. Przechodząc do szczegółowej analizy kalendarium przebiegu postępowania kontrolnego, nadmienić należy, że postępowanie zostało wszczęte w dniu 20 września 2006 r., zaś decyzję wydano w dniu [...] listopada 2009 r. i doręczono w dniu 30 listopada 2009 r. 12.2. Sąd stwierdza, że czynności procesowe w spornej sprawie koncentrowały się przede wszystkim w latach 2006 i 2007: - w grudniu 2006 r. Skarżąca wydała organowi posiadaną dokumentację (większość dokumentacji została zabezpieczona wcześniej przez organy ścigania), - duplikaty faktur organ uzyskał od Skarżącej w okresie sierpień-listopad 2007 r., - w okresie od listopada 2006 r. do kwietnia 2007 r. analizowano i segregowano dokumentację zabezpieczoną przez organy ścigania; w tym i późniejszych okresach sukcesywnie włączono dowody zgromadzone w ramach postępowania karnego, - oględziny miejsca prowadzenia działalności Skarżącej były przeprowadzone w okresie lipiec – sierpień 2007 r., - w okresie wrzesień – listopad 2007 r. prowadzono czynności sprawdzające u kontrahentów Skarżącej. Podsumowując powyższe, nie można stwierdzić, że w latach 2008 i 2009 organ prowadził intensywne postępowanie dowodowe. Okres postępowania dowodowego zajął mniej więcej połowę czasu trwania postępowania kontrolnego. W tym zakresie wywody Skarżącej wskazujące, z niewielkimi wyjątkami, okresy merytorycznie jałowe w toku postępowania w latach 2008 i 2009 (zawarte na stronach 13 i 14 skargi) są trafne. 12.3. Sąd nie może traktować jako niezależnej od organu, okoliczności sporządzania uzasadnienia decyzji dotyczącej podatku do towarów i usług za listopad i grudzień 2004 r. przez około pół roku (od maja do listopada 2009 r.). Ponownie należy podkreślić, że decyzja dotyczyła podatku VAT za dwa miesiące. Takie tempo przygotowywania uzasadnienia jednej decyzji obejmującej tylko dwa miesiące nie jest właściwe. Decyzja wymiarowa organu pierwszej instancji liczy 90 stron. Statystycznie rzecz ujmując, decyzja była więc sporządzana w tempie ok. pół strony dziennie, w co wchodzi też około miesięczny czas opiniowania projektu przez komórkę prawną organu. Z drugiej strony kalendarium czynności podejmowanych w sprawie wskazuje, że poza paroma dniami w lipcu i wrześniu 2009 r., projekt decyzji był sporządzany zasadniczo w październiku 2009 r. To ustalenie także nie stawia w korzystnym świetle szybkości postępowania, bo wskazuje, że z tych kilku miesięcy wskazanych jako czas na opracowanie projektu decyzji w praktyce zabrało to tylko jeden miesiąc, a więc większość czasu w okresie maj-listopad 2009 r. okazuje się jałowa dla postępowania w sprawie wymiaru podatku do towarów i usług za listopad i grudzień 2004 r. Sąd wie, że w tym samym czasie organ redagował kilka innych decyzji, za inne okresy rozliczeniowe, a także decyzji w innych podatkach będących efektem megapostępowania kontrolnego, ale nie może to usprawiedliwiać opóźnienia wydania decyzji w tej jednej, spornej sprawie. Powyższe wywody Sądu odnoszące się do ujęcia w jednym pakiecie postępowania kontrolnego wielu różnych spraw są aktualne także w zakresie organizacji czynności przygotowania uzasadnienia decyzji. Okazało się bowiem, że ta taktyka procesowa obciążyła terminowość przygotowania uzasadnienia decyzji w spornej sprawie. 12.4. Sąd stwierdza, że w toku prowadzonego wobec Skarżącej postępowania kontrolnego występowały okresy niepodejmowania żadnych czynności procesowych, natomiast część realizowanych w tym postępowaniu czynności procesowych była przewlekła (np. pisanie przez kilka miesięcy projektu decyzji) lub niezwiązana z zakresem postępowania w spornej sprawie (czynności dotyczące naruszeń prawa w zakresie innych zobowiązań podatkowych). 13. 1. Skarga jest zasadna. Sąd stwierdza, że organ podatkowy naruszył art. 54 § 2 O.p. poprzez bezpodstawne zastosowanie tego przepisu w stanie faktycznym, w którym opóźnienie w wydaniu przez organ kontroli skarbowej decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2004 r. powstało z przyczyn zależnych od tego organu, czego konsekwencją było również naruszenie przepisów art. 72 § 2 w zw. z art. 54 § 1 pkt 7 O.p., poprzez bezzasadną odmowę zwrotu nadpłaty z tytułu uiszczonych nienależnie przez Skarżącą odsetek za zwłokę naliczonych za czas postępowania kontrolnego. Wskazane powyżej naruszenia przepisów prawa materialnego miały wpływ na wynik sprawy. W tym stanie rzeczy decyzja podlega uchyleniu na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) P.p.s.a., co orzeczono w sentencji wyroku. 13.2. W ocenie Sądu jest konieczne uchylenie, na podstawie art. 135 P.p.s.a, także poprzedzającej zaskarżoną decyzję, decyzji organu pierwszej instancji, która jest dotknięta takimi samymi wadami jakie Sąd stwierdza w zaskarżonej decyzji. 13. 3. Rozpoznając sprawę ponownie organy uwzględnią poczynione wyżej wywody i ocenę prawną dokonaną przez Sąd w niniejszym wyroku. 14. Na wniosek strony skarżącej Sąd zasądził na jej rzecz zwrot kosztów postępowania sądowego wysokości obejmującej wpis w wysokości 1500 zł, opłatę skarbową od pełnomocnictwa w wysokości 17 zł i koszty zastępstwa procesowego w wysokości 3.600 zł (art. 200, art. 205 § 2 i art. 209 P.p.s.a. w związku z § 3 ust. 1 pkt 1 lit. f rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 31 stycznia 2011 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu - Dz. U. z 2011 r. Nr 31, poz. 153).

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 29.07.2026. · Źródło