III SA/Wa 1966/12

WyrokWSA w Warszawie2013-03-07

Skład orzekający: Beata Sobocha, Marek Kraus, Grzegorz Nowecki

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy organ podatkowy, stwierdzając wyższą kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu niż zadeklarowana przez podatnika, może arbitralnie przenieść tę nadwyżkę na następny okres rozliczeniowy, zamiast dokonać zwrotu na rachunek bankowy zgodnie z wnioskiem podatnika?
Ratio decidendi
Organ podatkowy, stwierdzając wyższą kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu niż zadeklarowana przez podatnika, nie jest uprawniony do arbitralnego przeniesienia tej nadwyżki na następny okres rozliczeniowy, jeśli podatnik wnioskował o zwrot na rachunek bankowy. W takiej sytuacji organ powinien umożliwić podatnikowi wypowiedzenie się co do sposobu dysponowania nadwyżką lub dokonać zwrotu na rachunek bankowy w pełnej, prawidłowo ustalonej kwocie. Narusza to zasady postępowania podatkowego, w tym zasadę zaufania do organów podatkowych i zasadę neutralności systemu VAT.
Stan faktyczny
Spółka złożyła korektę deklaracji VAT-7 za styczeń 2005 r., wykazując nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy. Po kontroli i postępowaniu podatkowym organy zakwestionowały prawo do odliczenia części podatku naliczonego, co doprowadziło do sporu dotyczącego prawidłowej kwoty nadwyżki i sposobu jej rozliczenia. Spółka kwestionowała decyzję Dyrektora Izby Skarbowej, która umorzyła postępowanie w sprawie odmowy zwrotu części nadwyżki, a pozostałą kwotę przeniosła na następny okres rozliczeniowy, zamiast zwrócić ją na rachunek bankowy.
Rozstrzygnięcie
Uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] kwietnia 2012 r. w części dotyczącej określenia kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za styczeń 2005 r. do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy. Stwierdził, że zaskarżona decyzja w uchylonej części nie może być wykonana. Zasądził od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz T. S. A. kwotę 40.833 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Beata Sobocha, Sędziowie Sędzia WSA Marek Kraus, Sędzia WSA Grzegorz Nowecki (sprawozdawca), Protokolant referent stażysta Marika Krawczyńska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 21 lutego 2013 r. sprawy ze skargi T. S. A. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] kwietnia 2012 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za styczeń 2005 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję w części dotyczącej określenia kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za styczeń 2005 do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, 2) stwierdza, że zaskarżona decyzja w uchylonej części nie może być wykonana, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz T. S. A. z siedzibą w W. kwotę 40.833 zł (słownie: czterdzieści tysięcy osiemset trzydzieści trzy złote) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. W dniu 29 grudnia 2010 r. T. S.A. z siedzibą w W. (dalej "Skarżąca", "Spółka") złożyła korektę deklaracji VAT-7 za styczeń 2005 r. wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku VAT. W korekcie deklaracji za styczeń 2005 r. Spółka wykazała kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 5.766.314,00 zł. Złożenie ww. korekty było skutkiem ponownego wyliczenia przez Spółkę wskaźnika proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm. dalej "u.p.t.u."), w wysokości 96,85% - w zaokrągleniu 97%. W uprzednio złożonej korekcie deklaracji VAT-7 za styczeń 2005 r. Spółka wykazała kwotę zobowiązania podatkowego podlegającego wpłacie do urzędu skarbowego w wysokości 7.542.615,00 zł (wskaźnik proporcji wynosił 67,90% - w zaokrągleniu 68%). W związku z wątpliwościami, co do prawidłowości kwot wykazanych w korekcie deklaracji VAT-7, przeprowadzono w stosunku do Spółki kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości rozliczeń z budżetem państwa z tytułu podatku od towarów i usług za styczeń 2005 r. Po przeprowadzeniu postępowania podatkowego Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. decyzją z dnia [...] października 2010 r. określił Spółce kwotę zobowiązania podatkowego za styczeń 2005 r. Organ pierwszej instancji wskazał, iż w toku kontroli ustalono, że Spółka na podstawie art. 31a ust. 1 ustawy z dnia 29 grudnia 1992 r. o radiofonii i telewizji (Dz. U. z 2004 r., Nr 253, poz. 2531 ze zm.) - dalej "u.r.t." i wydanego na jej podstawie rozporządzenia Krajowej Rady Radiofonii i Telewizji z dnia 3 czerwca 2004 r. w sprawie uzupełnienia opisu zasad prowadzenia dokumentacji związanej z polityką rachunkowości w spółkach radiofonii i telewizji publicznej oraz określenia sposobu sporządzenia sprawozdań kwartalnych i rocznych składanych Krajowej Radzie Radiofonii i Telewizji przez spółki radiofonii i telewizji publicznej (Dz. U. Nr 148, poz. 1566; dalej "rozporządzenie KRRiT"), miała obowiązek stosowania zasad rachunkowości - w tym zakładowego planu kont - w sposób zapewniający ujęcie w księgach rachunkowych przychodów i związanych z nimi kosztów odrębnie w odniesieniu do działalności, o której mowa w art. 21 ust. 1 ww. ustawy (związanej z realizacją misji publicznej) oraz pozostałej działalności, a także metod przypisywania kosztów i przychodów do poszczególnych rodzajów prowadzonej działalności. Przypisanie wydatków do określonej działalności, na gruncie u.p.t.u., daje możliwość odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. W związku z powyższym art. 90 ust. 2 u.p.t.u. nie miał, w ocenie organu pierwszej instancji, zastosowania w stosunku do Spółki. Uznał, że Spółka nie była również uprawniona do zastosowania art. 91 u.p.t.u., gdyż ma on zastosowanie wyłącznie w sytuacji uprzedniego skorzystania przez podatnika z możliwości przewidzianej w art. 90 ust. 2 u.p.t.u.. Opierając się na orzecznictwie sądów organ stwierdził, iż działalność Spółki w ramach realizacji misji publicznej nie stanowi działalności gospodarczej. W związku z tym wywiódł, iż w odniesieniu do czynności realizowanych przez Spółkę w ramach jej zadań określonych w art. 21 ust. 1a pkt 1-5 i 8-9 u.r.t, nie występuje, jako podatnik VAT. Stąd też Spółka nie jest uprawniona do obniżenia podatku należnego o podatek wynikający z nabycia towarów i usług służących przedmiotowej działalności. Argumentując swoje stanowisko wskazał także, że na podstawie art. 31a ust. 1 u.r.t. oraz przepisów wykonawczych, Spółka jest zobowiązana do prowadzenia odrębnej od pozostałej działalności ewidencji przychodów i kosztów związanych z realizacją misji publicznej. Spółka ma więc prawny obowiązek określania kosztów związanych z realizacją misji publicznej. Z uwagi na powyższe uznał, iż Spółka ma możliwość wyodrębnienia kwot określonych w art. 90 ust. 1 u.p.t.u., co w tym zakresie wyklucza możliwość zastosowania proporcji określonej w art. 90 ust. 2 u.p.t.u., eliminując tym samym możliwość jej korekty w art. 91 ww. ustawy. W związku z powyższym, na podstawie art. 21 § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm) – dalej "O.p." oraz art. 99 ust. 12 u.p.t.u. dokonał obliczenia podatku od towarów i usług za ww. miesiąc. W odwołaniu od powyższej decyzji Spółka wniosła o jej uchylenie zarzucając naruszenie: 1) art. 86 ust. 1, art. 90 ust. 1-2, art. 91 oraz art. 163 ust. 2 u.p.t.u. przez uznanie, że Spółce nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupów finansowanych z abonamentu oraz przez uznanie, że Spółka nie miała prawa do stosowania proporcji i tym samym nie miała prawa do dokonania korekty odliczenia podatku naliczonego w zakresie tych zakupów, 2) art. 87 ust. 2 u.p.t.u. przez dokonanie zwrotu różnicy podatku, mimo iż z wyjaśnień złożonych do skorygowanej deklaracji (wniosku o stwierdzenie nadpłaty) wyraźnie wynikał powód tej korekty, a organ podatkowy wcześniej już analizował sytuację prawnopodatkową Spółki w tym zakresie (vide decyzja z dnia 15 września 2009 r.), 3) art. 120, art. 121 § 1 oraz art. 122, art. 187 § 1 O.p. przez m.in. oparcie rozstrzygnięcia decyzji na wyroku sądu administracyjnego, poprzez powołanie się wyłącznie na wybrane i korzystne dla organu elementy tego wyroku oraz poprzez brak wnikliwej analizy sprawy i materiału dowodowego, a także sposób prowadzenia postępowania w sprawie, 4) art. 14b § 4, art. 14k § 1 O.p. przez nieuzasadnione uznanie, że interpretacja indywidualna Ministra Finansów wydana na rzecz Spółki nie wywołuje skutków prawnych oraz poprzez określenie zobowiązania podatkowego Spółce pomimo posiadania przez Spółkę interpretacji indywidualnej, 5) art. 75 § 4 O.p. przez zwrot nadpłaty w trakcie kontroli podatkowej na tydzień przed podpisaniem protokołu z kontroli i w okolicznościach znanych organowi przynajmniej od początku lutego 2010 r., gdyż - jak stwierdził organ w zaskarżonej decyzji - wystąpiły wątpliwości uzasadniające wszczęcie postępowania kontrolnego, 6) art. 52 § 1 pkt 1 i 2, art. 53 § 1 i § 2 O.p. przez uznanie, że zwrot nadpłaty oraz zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym otrzymane przez Spółkę stanowią zaległość podatkową Spółki oraz przez uznanie, że należy naliczać odsetki od zaległości od kwot tych zwrotów. Decyzją z dnia [...] grudnia 2010 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji. Odnosząc się do obowiązku bezpośredniej alokacji kwot podatku naliczonego wynikającego z art. 90 ust. 1 u.p.t.u., organ odwoławczy wskazał, że istotne jest, czy dany podmiot ma realną możliwość przyporządkowania towarów i usług określonym czynnościom (tj. uprawniającym do odliczenia podatku naliczonego i takim, które tego prawa nie dają). Ocena musi być dokonana w oparciu o obiektywną analizę realiów prowadzonej działalności. Ponadto zauważył, że w okresie objętym postępowaniem, Spółka wykazywała wszystkie zakupy towarów i usług związane zarówno ze sprzedażą opodatkowaną jak i z działalnością niepodlegającą opodatkowaniu VAT (realizacja misji publicznej), jako podlegające odliczeniu przy zastosowaniu wskaźnika proporcji, stosownie do art. 90 ust. 2 u.p.t.u. Zdaniem organu odwoławczego, w zakresie, w jakim wydatki te związane były z realizacją misji publicznej, Skarżącej nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego, gdyż wykonując zadania związane z realizacją misji publicznej nie działała ona w charakterze podatnika VAT. Stwierdził, że ewidencja prowadzona przez Spółkę, w oparciu o art. 31a ust. 1 u.r.t., umożliwia wyodrębnienie wydatków związanych z realizacją misji publicznej. Zatem w oparciu o tę ewidencję istnieje możliwość wyodrębnienia wydatków związanych z realizacją misji publicznej, w którym to zakresie Skarżącej nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego. Ponadto uznał także, iż powyższe wyodrębnienie wywiera skutki również dla rozliczenia podatku od towarów i usług (ewidencja dotycząca wydatków związanych z realizacją misji publicznej daje podstawę do wyodrębnienia tych wydatków również w zakresie prawa do odliczenia podatku). Konkludując, w ocenie organu odwoławczego, Skarżącej nie przysługuje, na podstawie art. 86 ust. 1 u.p.t.u., uprawnienie do odliczenia podatku naliczonego związanego z zakupami służącymi realizacji misji publicznej. Skarżąca nie jest również uprawniona do odliczania podatku naliczonego według proporcji (współczynnika) sprzedaży, gdyż - w jego opinii - na podstawie prowadzonej przez nią ewidencji możliwe jest odrębne określenie kwot podatku naliczonego związanego z prowadzeniem działalności niepodlegającej opodatkowaniu, tzn. usług związanych z realizacją misji publicznej. Konsekwentnie zatem, zdaniem organu, Skarżąca nie miała również prawa dokonać korekty, zgodnie z art. 91 u.p.t.u., za okres od maja do grudnia 2004 r. Zaznaczył również, że w rozpatrywanej sprawie nie zostało zakwestionowane prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupów sfinansowanych z wpływów abonamentowych, lecz z tytułu wydatków przeznaczonych na realizację zadań przy wykonywaniu, których Spółka nie działa w charakterze podatnika VAT. Brak możliwości odliczenia podatku w takim przypadku nie narusza zasady neutralności systemu VAT. W skardze na powyższą decyzję Skarżąca wniosła o jej uchylenie zarzucając naruszenie: - art. 86 ust. 1 i art. 90 ust. 1 i 2 u.p.t.u. przez przyjęcie, że Skarżąca nie była uprawniona do odliczenia, w oparciu o tzw. współczynnik sprzedaży, podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług służących realizacji misji publicznej (sfinansowanych z wpływów abonamentowych), pomimo tego, że zakupy te były jednocześnie związane z wykonywaniem przez Spółkę czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług; - art. 91 ust. 1 u.p.t.u. przez stwierdzenie, że w ramach deklaracji za styczeń 2005 r. Skarżąca nie była uprawniona do korekty podatku naliczonego za okres maj-grudzień 2004 r., wynikającego z tytułu nabycia towarów i usług służących realizacji misji publicznej (sfinansowanych z wpływów abonamentowych), pomimo tego, że zakupy te były jednocześnie związane z wykonywaniem przez Spółkę czynności opodatkowanych. W wyniku rozpoznania skargi, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 30 listopada 2011 r., sygn. akt III SA/Wa 629/11, uchylił zaskarżoną decyzję. W ocenie Sądu, nabywane towary i usługi służące, co do zasady realizacji misji publicznej, która nie uprawnia do odliczenia podatku VAT, równocześnie mogły być także związane z działalnością opodatkowaną (wskazywane przez Spółkę usługi reklamowe, emisja wskazań sponsorskich, usługi licencyjne itd.). Oczywisty dla Sądu jest związek pomiędzy emisją programów telewizyjnych, czyli działalnością “misyjną", do jakiej ustawowo zobowiązana jest Skarżąca, a działalnością wykraczającą poza art. 21 u.r.t., której żaden przepis nie zabrania, a która jest opodatkowana. Inaczej mówiąc – istnienie działalności “misyjnej" warunkuje działalność komercyjną. Powołany przepis u.r.t. w żaden sposób nie wyklucza takiej podwójnej roli ponoszonych wydatków. Przepis ten stanowi tylko tyle, że Skarżąca była obowiązana do określenia w dokumentacji, o której mowa w art. 10 ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (Dz. U. z 2002 r. Nr 76, poz. 694, z późn. zm.), zasad rachunkowości, w tym zakładowego planu kont, w sposób zapewniający ujęcie w księgach rachunkowych przychodów i związanych z nimi kosztów odrębnie w odniesieniu do działalności, o której mowa w art. 21 ust. 1 (misja publiczna), oraz pozostałej działalności, a także metod przypisywania kosztów i przychodów do poszczególnych rodzajów prowadzonej działalności. Natomiast z § 8 rozporządzenia KRRiT wynika, iż koszty, które z założenia poniesione zostały w związku z realizacją zadań wynikających z misji publicznej mogą być w całości im przypisane. Jeżeli bowiem koszty (wydatki), które z założenia poniesione zostały w związku z misją publiczną mogły być w całości im przypisane, to znaczy, iż prawodawca przewidywał również i taką sytuację, gdy koszty (wydatki) poniesione z założenia, w związku z tą misją służyć mogły także innym celom (czynnościom opodatkowanym), a mimo to przypisane miały być misji publicznej (czynnościom nieopodatkowanym). To natomiast przesądza o tym, iż dokumentacja, o której mowa w powołanych przepisach u.r.t. oraz rozporządzenia KRRiT nie umożliwia wyodrębnienia kwot, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności w związku, z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje. Dokumentacja ta miała zresztą jedynie zapewnić możliwość kontroli wykonywania obowiązku nałożonego przez art. 31a ust. 1 u.r.t. Z poszczególnych przepisów rozporządzenia KRRiT wynika jedynie, że zarządy spółek radiofonii i telewizji publicznej zobowiązane są do rachunkowego wykazania wykonywania powołanego przepisu ustawy. Organem kontrolującym ten obowiązek jest bowiem specyficzny, konstytucyjny organ państwowy, jakim jest Krajowa Rada Radiofonii i Telewizji, której zadaniem jest nie tyle egzekwowanie przepisów podatkowych albo rachunkowych, lecz przepisów dotyczących tzw. ładu medialnego. Jego filarem jest natomiast “misyjna" działalność spółek radiofonii i telewizji publicznej, finansowana także z wpływów abonamentowych. Zależność pomiędzy wpływami abonamentowymi, a tą działalnością jest natomiast taka, że w całości muszą być one przeznaczane na realizację zadań wymienionych w art. 21 u.r.t., ale zadania te mogą być finansowane także z innych źródeł, gdyż żaden przepis prawa tego nie zabrania, a ponadto finansowanie działalności “misyjnej" nie wyklucza związku z działalnością komercyjną, gdyż żaden przepis prawa takiego związku nie wyklucza. Sąd uznał również, wbrew twierdzeniom organów podatkowych, że przepisy art. 31a ust. 1 u.r.t. oraz rozporządzenia KRRiT nie pozwalają na wyodrębnienie kwot, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, zatem Skarżąca, zgodnie z art. 90 ust. 2 u.p.t.u. mogła pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego i w konsekwencji dokonać korekty kwoty podatku naliczonego na zasadzie określonej w art. 91 ust. 1 u.p.t.u. Po ponownym rozpatrzeniu odwołania, Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z dnia [...] kwietnia 2012 r. nr [...] uchylił w całości decyzję organu pierwszej instancji oraz umorzył postępowanie w sprawie odmowy zwrotu na rachunek bankowy kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za styczeń 2005 r. w wysokości 5.766.314 zł, a także określił kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za styczeń 2005 r. do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 3.361.867 zł. Organ odwoławczy stwierdził, iż Spółka na podstawie art. 86 ust. 1 i art. 90 ust. 1 i u.p.t.u. była uprawniona do odliczenia podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług służących realizacji misji publicznej, sfinansowanych z wpływów abonamentowych w przypadku, gdy zakupy te były jednocześnie związane z wykonywaniem przez Spółkę czynności opodatkowanych VAT. Wskazał, iż w zakresie ostatecznej korekty dokonywanej na podstawie art. 91 ust. 1-3 u.p.t.u., dotyczącej kwoty podatku naliczonego za okres obejmujący styczeń 2005 r. oraz ww. miesiące 2004 r., organ odwoławczy wydał decyzję z dnia 23 grudnia 2011 r. W ww. decyzji organ odwoławczy stwierdził, iż ostateczna korekta proporcji podatku naliczonego przysługującego Spółce do odliczenia, której wyliczenia Spółka powinna dokonać na podstawie art. 90 ust. 2-6 u.p.t.u., powinna zostać określona przez Spółkę, za okres od stycznia do grudnia 2005 r. w wysokości 99%. Kwota proporcji w wysokości 98,03% wyliczona przez Spółkę podlegała bowiem zaokrągleniu, na podstawie art. 90 ust. 4 zd. 2 ustawy do 99% (w górę do najbliższej liczby całkowitej). Spółka w sposób nieprawidłowy przyjęła, iż w przypadku dokonywania ostatecznej korekty proporcji kwoty podatku naliczonego do odliczenia dokonywanej na podstawie art. 91 ust. 1 i ust. 2 u.p.t.u., ma zastosowanie art. 90 ust. 10 pkt 1 u.p.t.u. Ustawodawca w art. 91 ust. 1 (jak również w art. 90 ust. 2 u.p.t.u.) nie zawarł bowiem odesłania do art. 90 ust. 10 u.p.t.u., zatem Spółka nie była uprawniona, aby wyliczony ostateczny wskaźnik proporcji 98,03%, dotyczący okresu od stycznia do grudnia 2005 r., zaokrąglić do 100%. Wyjaśnił, iż skoro decyzja z dnia [...] grudnia 2011 r. jest decyzją ostateczną, zatem nie jest władny, aby w sposób odmienny dokonać wyliczenia ostatecznego wskaźnika proporcji za styczeń 2005 r., który zgodnie z ww. decyzją wyniósł 99%. Mając na uwadze powyższe zaznaczył, iż w niniejszej sprawie konieczne jest dokonanie rozliczenia podatku naliczonego, przysługującego Spółce do odliczenia z uwzględnieniem ww. wskaźników proporcji oraz na podstawie ustaleń zawartych w protokole kontroli podatkowej przeprowadzonej w stosunku do Spółki w zakresie prawidłowości rozliczeń z budżetem państwa z tytułu podatku od towarów i usług, przed dokonaniem zwrotu za styczeń 2005 r. Zdaniem organu odwoławczego, Spółka była uprawniona do rozliczenia podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług wykorzystywanych przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i z czynnościami w związku z którymi takie prawo nie przysługiwało w oparciu o art. 90 ust. 2 u.p.t.u. Podkreślił jednak, iż odliczenia podatku naliczonego, związanego z zakupami wykorzystywanymi przez Spółkę do czynności dających prawo do odliczenia, jak i czynności, co do których prawo do odliczenia nie przysługiwało, należy dokonać z uwzględnieniem uprawnienia Spółki do określenia ostatecznego wskaźnika proporcji w wysokości 98,03% (po zaokrągleniu 99%). W związku z powyższym uznał, że Spółce przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego związanego z zakupami wykorzystywanymi przez Spółkę do czynności dających prawo do odliczenia, jak i czynności, co do których prawo do odliczenia nie przysługiwało w wysokości 6.452.958,60 (99% z kwoty 6.518.140 zł), po zaokrągleniu 6.452.959 zł. Stwierdził, iż łączna kwota podatku naliczonego przysługującego Spółce do odliczenia związanego nabyciem towarów i usług pozostałych wynosi 6.798.562 zł. Zgodnie z wyjaśnieniami Spółki z dnia 3 marca 2010 r. (stanowiącymi załącznik nr 12 do protokołu kontroli) zakupy środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych były związane zarówno ze sprzedażą opodatkowaną jak i zwolnioną. Mając na uwadze powyższe – w ocenie organu odwoławczego – kwota podatku naliczonego wykazana w pozycji "Korekta podatku naliczonego od nabycia środków trwałych" powinna ulec zwiększeniu z uwzględnieniem ostatecznego wskaźnika proporcji, o którym mowa w art. 91 ust. 1 u.p.t.u. w wysokości 99%. W kontekście powyższego, w jego opinii, kwota podatku naliczonego do odliczenia z tytułu ww. korekty podatku naliczonego związanego z zakupami środków trwałych powinna ulec zwiększeniu o kwotę 1.285.693 zł. Ponadto organ odwoławczy stanął na stanowisku, iż w zakresie korekty ostatecznego wskaźnika proporcji podatku naliczonego zobowiązany jest uwzględnić, iż ww. decyzji ostatecznej z dnia [...] grudnia 2011 r. korekta proporcji wskazanej w art. 90 ust. 3 dokonana przez Spółkę na podstawie art. 91 ust. 1 i ust. 2 u.p.t.u., powinna zostać określona przez Spółkę ze wskaźnikiem proporcji w wysokości 98,03%, z uwzględnieniem zaokrąglenia dokonanego na podstawie art. 90 ust. 4 zd. 2 ustawy o VAT - 99%. Mając na uwadze powyższe wywnioskował, iż zwiększenie kwoty podatku naliczonego dotyczącego nabyć pozostałych w okresie od maja 2004 r. do grudnia 2004 r. powinno wynieść 15.699.643,33 zł. Organ odwoławczy ustalił, że z materiału dowodowego wynika, iż Spółka była uprawniona do wskazania w złożonej w dniu 29 grudnia 2009 r. korekcie deklaracji VAT-7 za styczeń 2005 r., nadwyżki kwoty podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 5.766.314.00 zł. W związku z powyższym postępowanie w sprawie odmowy zwrotu podatku umorzył, gdyż kwota podatku przysługującego Spółce do zwrotu zgodna jest ze wskazaną w korekcie deklaracji. Natomiast nadwyżka w wysokości 3.361.867 zł, ponad ww. kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za styczeń 2005 r. stanowi w niniejszej sprawie – zdaniem organu odwoławczego – kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, bowiem ta część kwoty nadwyżki nie została wykazana w korekcie deklaracji VAT-7 za styczeń 2005 r., jako kwota do zwrotu "bezpośredniego". W skardze na powyższą decyzję Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania. Zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie art. 21 § 3a w zw. z art. 123 § 1 oraz art. 121 § 2 O.p. w zw. art. 87 ust. 1 u.p.t.u. poprzez wydanie decyzji dotyczącej przeniesienia dodatkowo określonej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za styczeń 2005 r. na następny okres rozliczeniowy, zamiast wydania decyzji o zwrocie na rachunek bankowy określonej kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Uzasadniając powyższy zarzut Skarżąca wskazała, że nie miała możliwości wypowiedzenia się, jako dysponent nadwyżki, co do zakresu zadysponowania dodatkowo określoną kwotą nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. W ocenie Skarżącej, z okoliczności sprawy wynika również, iż wolą Skarżącej był zwrot kwoty na jej rachunek bankowy, bowiem Spółka wnioskowała w złożonej korekcie deklaracji o zwrot całej kwoty na jej rachunek bankowy, a przeniesienie w dniu wydania zaskarżonej decyzji kwoty nadwyżki na następny okres rozliczeniowy, czyni uzyskanie zwrotu nadwyżki niemożliwym, z uwagi na upływ biegu terminu przedawnienia. Zaznaczyła, iż na podstawie art. 87 ust. 1 u.p.t.u., w przypadku gdy kwota podatku naliczonego jest w danym okresie wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego na następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. W ocenie Skarżącej nadwyżka podatku naliczonego nad należnym jest pewnego rodzaju wierzytelnością publicznoprawną, która przysługuje podatnikowi w stosunku do Skarbu Państwa. Podkreśliła, że zgodnie z obowiązującymi przepisami u.p.t.u., to podatnik jest w pełni dysponentem kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym i to on ma prawo wskazania, w jaki sposób pragnie zadysponować tą kwotą (por. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 21 maja 2009 r., sygn. akt III SA/Wa 319/09). Podniosła, że złożenie przez podatnika wniosku o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym daje organom podatkowym podstawę do podjęcia czynności sprawdzających, wszczęcia kontroli podatkowej, postępowania podatkowego lub postępowania kontrolnego w rozumieniu przepisów o kontroli skarbowej. Wskazała, iż w przypadku wszczęcia postępowania podatkowego oraz stwierdzenia, że kwota zwrotu podatku lub kwota nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w rozumieniu przepisów u.p.t.u. jest inna niż wskazana w deklaracji, organ podatkowy na podstawie art. 21 § 3a O.p. wydaje decyzję, w której określa prawidłową wysokość zwrotu podatku lub nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Ponadto organ podatkowy zobowiązany jest do przestrzegania zasad wynikających z art. 123 § 1 i art. 121 § 2 O.p. W opinii Skarżącej, całokształt regulacji art. 87 ust. 1 u.p.t.u. oraz art. 21 § 3a w zw. z art. 123 § 1 oraz art. 121 § 2 O.p. prowadzi do konkluzji, iż w sytuacji, gdy podatnik podatku od towarów i usług deklaruje w złożonej przez siebie deklaracji lub korekcie deklaracji wolę otrzymania zwrotu na rachunek bankowy całej kwoty wykazywanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, to w sytuacji, gdy organ podatkowy na podstawie postępowania podatkowego uzna, iż wnioskowana przez podatnika kwota jest zbyt niska, powinien w wydanej decyzji określić wyższą niż zadeklarowana przez podatnika kwotę do zwrotu na rachunek bankowy, lub co najmniej w ramach prowadzonego postępowania, umożliwić podatnikowi wypowiedzenie się w zakresie woli zadysponowania nadwyżką podatku naliczonego nad należnym. Zdaniem Skarżącej, prawidłowa interpretacja art. 21 § 3a O.p. powinna zakładać, iż na skutek złożenia wniosku o zwrot podatku, organ podatkowy kwestionuje wysokość wykazywanej przez podatnika kwoty, powinien wydać decyzję, w której określa prawidłową w jego uznaniu kwotę podatku do zwrotu, ewentualnie powinien umożliwić wypowiedzenie się Skarżącej w zakresie sposobu dysponowania nadwyżką. Na potwierdzenie swojego stanowiska wskazała orzecznictwo (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego o sygn. akt I FSK 1136/09, I FSK 716/09, I FSK 1972/09, I FSK 582/06). W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w W., podtrzymując dotychczasową argumentację, wniósł o jej oddalenie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje: Na wstępie należy podkreślić, iż w świetle art. 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.) - dalej także w skrócie: "p.p.s.a."), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrolę tę sprawują stosując jedynie kryterium legalności, a więc zgodności z prawem zaskarżonych aktów. Nie kierują się zasadami słuszności, czy sprawiedliwości społecznej. Oznacza to, iż tylko ustalenie, że zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, z naruszeniem prawa dającym podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego lub z innym naruszeniem przepisów postępowania, jeżeli mogło mieć ono istotny wpływ na wynik sprawy może skutkować uchyleniem przez Sąd zaskarżonej decyzji, na podstawie art. 145 § 1 p.p.s.a. Ponadto wskazać należy, iż zgodnie z art. 134 tej ustawy Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Oznacza to, że Sąd bierze pod uwagę każde naruszenie prawa, także to nie kwestionowane przez stronę. Poddając analizie stan faktyczny oraz prawny sprawy, w pierwszej kolejności zgodnie z dyspozycją art. 153 p.p.s.a. należało uwzględnić rozstrzygnięcie, jakie miało miejsce w sprawie na mocy prawomocnego wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 30 listopada 2011 r., sygn. akt III SA/Wa 629/11. Ocena prawna dokonana przez Sąd jest wiążąca nie tylko co do sentencji wyroku, ale także jego uzasadnienia, w szczególności w zakresie wskazań co do dalszego postępowania w tej sprawie. Sąd w powyższym wyroku w szczegolności wskazał, iż organ podatkowy w sposób nieprawidłowy przyjął, iż przepisy art. 31a ust. 1 u.r.t. oraz rozporządzenia KRRiT nie pozwalają na wyodrębnienie kwot, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, zatem Skarżąca, zgodnie z art. 90 ust. 2 u.p.t.u, mogła pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego i w konsekwencji dokonać korekty kwoty podatku naliczonego na zasadzie określonej w art. 91 ust. 1 u.p.t.u. Wynikający z cytowanego wyroku sposób postępowania organu w tej sprawie, poprzez wskazanie przez Sąd przepisów prawa jakie winny mieć w tym przypadku zastosowanie, spowodował ponowne określenie przez organ podatkowy II instancji wysokości zobowiązania podatkowego Skarżącej w podatku od towarów i usług za styczeń 2005 r. w wysokości przewyższającej wykazaną kwotę nadpłaty w korekcie deklaracji VAT-7 za ten okres rozliczeniowy. Jednocześnie organ zarachował kwotę nadwyżki 3.361.867 zł, ponad żądaną przez Skarżącą kwotę 5.766.314 zł i wskazaną do zwrotu bezpośredniego na rachunek bankowy Strony, do rozliczenia w następnych okresach podatkowych. Kwestia ta stała się istotą sporu między podatnikiem i organem podatkowym. Przystępując do oceny legalności zaskarżonej decyzji skład orzekający w niniejszej sprawie skupił się na ocenie zgodności z prawem decyzji organu podatkowego wydanej przy już niespornym i prawidłowo ustalonym stanie faktycznym oraz prawnym sprawy, zgodnie z powołanym wyżej prawomocnym wyrokiem sądu administracyjnego. Przechodząc do meritum sprawy w ocenie Sądu nie można podzielić stanowiska organu i uznać za pozbawione podstaw stwierdzenie Skarżącej, że skoro wnioskowała o dokonanie zwrotu bezpośredniego nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, o której mowa w art. 87 ust. 1 u.p.t.u, w trybie art. 87 ust. 2 tej ustawy, to żądanie takie nie obejmowało nadwyżki podatku określonej ponad kwotę wskazaną przez podatnika do zwrotu. Zdaniem Sądu jeżeli organ podatkowy wskaże prawidłową wysokość zobowiązania tj. w jego ocenie zgodną z przepisami które ma obowiązek stosować z urzędu, bez względu na fakt zmniejszenia jak i zwiększenia różnicy podatku naliczonego nad należnym, to nie znajduje ograniczenia zasada dokonywania zwrotu zgodnie z wolą podatnika, chyba że organ w ogóle zakwestionuje prawo do dokonania zwrotu różnicy podatku. W zaskarżonej decyzji organ odwoławczy przyznał rację stronie Skarżącej, iż prawidłowo wskazała na uprawnienie do zwrotu na rachunek bankowy Spółki kwoty 5.766.314 zł umarzając postępowanie w sprawie odmowy jej zwrotu na jej rachunek bankowy. Skoro organ odwoławczy nie miał podstawy aby zakwestionować zadysponowaną przez podatnika kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy, to był zobowiązany do uwzględnienia wniosku zgłoszonego przez Spółkę o dokonanie zwrotu bezpośredniego w pełnym zakresie, tj. określonej ostatecznie w wydanej decyzji prawidłowej kwoty nadwyżki podatku naliczonego przypadającej do zwrotu za okres rozliczeniowy wskazany w przywołanej powyżej korekcie deklaracji VAT-7 za styczeń 2005 r. Dyrektor Izby Skarbowej w ocenie Sądu nie był uprawniony do ograniczenia zwrotu bezpośredniego wykazanej kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na podstawie art. 21 § 3a O.p., arbitralnie zarachowując ją do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy. Dlatego należy uznać za uzasadniony podniesiony przez Skarżącą zarzut naruszenia zasad ogólnych postępowania podatkowego, a w szczególności art. 121 O.p. Przepis ten statuuje zasadę prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych. Postępowanie budzące zaufanie to przede wszystkim postępowanie staranne i merytorycznie poprawne, w którym równoważnie traktuje się interesy podatnika i fiskalne interesy Państwa. Na etapie postępowania przed organem drugiej instancji Dyrektorowi Izby Skarbowej można w przedmiotowej sprawie przypisać działanie godzące w interesy podatnika i wspierającego interesy fiskalne Państwa, poprzez ograniczenie zwrotu podatku od towarów i usług skutkujące de facto brakiem możliwości jego odzyskania przez podatnika, z uwagi na upływ terminu przedawnienia. W ten sposób pośrednio naruszono także zasadę neutralności systemu VAT. Należy w tym miejscu podkreślić, iż w realiach niniejszej sprawy to błędna wykładnia przepisów prawa dokonana przez organ podatkowy doprowadziła do niekorzystnej dla Skarżącej sytuacji prawnopodatkowej, polegającej na braku możliwości odzyskania nadpłaty w podatku od towarów i usług w innej formie, niż dokonania zwrotu bezpośredniego tego podatku na jej rachunek bankowy. W ocenie Sądu, uwzględniając całokształt okoliczności spawy, nie kwestionując wysokość dokonanej przez Spółkę korekty wysokości podatku naliczonego w deklaracji za styczeń 2005 r., połączonej z wnioskiem Spółki o zwrot kwoty wykazywanej na skutek korekty na jej rachunek bankowy, Dyrektor Izby Skarbowej nie był uprawniony do wydania decyzji za styczeń 2005 r. na podstawie której Spółce zmniejszono kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na jej rachunek bankowy przenosząc ją do rozliczenia w kolejnym okresie podatkowym. Dokonując takiego rozstrzygnięcia organ podatkowy nie wziął także pod uwagę ugruntowanego orzecznictwa sądowego w przedmiotowym zakresie (patrz w szczególności powołane wyżej orzeczenia Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. akt: I FSK 1136/09, I FSK 716/09, I FSK 1972/09, I FSK 582/06). Ponownie rozpoznając sprawę organ weźmie pod uwagę przedstawioną analizę prawną. W tym stanie rzeczy, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. uchylił decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. w zaskarżonej części. Zakres, w jakim uchylona decyzja nie podlega wykonaniu określono w oparciu o art. 152 p.p.s.a. Na wniosek Skarżącej Sąd zasądził na jej rzecz koszty postępowania sądowego, zgodnie z art. 200 w związku z art. 205 § 4 p.p.s.a.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 17.07.2026. · Źródło