I FSK 1492/19

WyrokNaczelny Sąd Administracyjny2023-09-29

Skład orzekający: Roman Wiatrowski, Arkadiusz Cudak, Agnieszka Jakimowicz

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy organy podatkowe i sąd administracyjny prawidłowo ustaliły stan faktyczny i zastosowały przepisy prawa materialnego dotyczące prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego w sytuacji, gdy dokumentacja nabycia towarów (faktury VAT RR) była nierzetelna lub niepełna, a dane z programu księgowego budziły wątpliwości?
Ratio decidendi
Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną, uznając, że organy podatkowe i WSA prawidłowo oceniły materiał dowodowy i zastosowały przepisy prawa. Sąd stwierdził, że rozstrzygnięcie w sprawie podatku VAT jest niezależne od rozstrzygnięcia w sprawie podatku dochodowego, a prawo do odliczenia VAT zależy od posiadania rzetelnej faktury, a nie tylko od poniesienia wydatku. Uchybienia proceduralne organów nie miały istotnego wpływu na wynik sprawy, a zarzuty dotyczące przedawnienia, naruszenia przepisów postępowania i prawa materialnego okazały się bezzasadne.
Stan faktyczny
Spółka Z. [...] sp. z o.o. zaskarżyła decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie dotyczącą podatku od towarów i usług za 2009 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę spółki. Spółka wniosła skargę kasacyjną, zarzucając naruszenie przepisów postępowania i prawa materialnego, w tym m.in. błędne ustalenie stanu faktycznego, niewłaściwą ocenę materiału dowodowego, naruszenie zasady dwuinstancyjności oraz niezastosowanie przepisów dotyczących prawa do odliczenia VAT.
Rozstrzygnięcie
Oddalono skargę kasacyjną i zasądzono od Z. [...] sp. z o.o. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie kwotę 5 400 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

Pełny tekst orzeczenia

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Roman Wiatrowski (sprawozdawca), Sędzia NSA Arkadiusz Cudak, Sędzia WSA del. Agnieszka Jakimowicz, Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 29 września 2023 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Z. [...] sp. z o.o. z siedzibą w B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 20 marca 2019 r. sygn. akt III SA/Wa 2253/18 w sprawie ze skargi Z. [...] sp. z o.o. z siedzibą w B. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 16 lipca 2018 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2009 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Z. [...] sp. z o.o. z siedzibą w B. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie kwotę 5 400 (pięć tysięcy czterysta) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego. 1. Wyrokiem z 20 marca 2019 r., sygn. akt III SA/Wa 2253/18 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę Z. Sp. z o.o. z siedzibą w B. (dalej skarżąca, spółka) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej DIAS) z 16 lipca 2018 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2009 r. (ww. wyrok oraz inne orzeczenia sądów administracyjnych przywołane w niniejszym uzasadnieniu opublikowane zostały w bazie internetowej NSA: www.orzeczenia.nsa.gov.pl). 2. W skardze kasacyjnej spółka na podstawie art. 188 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r., poz. 1302 ze zm., dalej p.p.s.a.) wniosła o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i rozpoznanie skargi lub uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie. Ponadto skarżąca wniosła o rozpoznanie sprawy na rozprawie oraz zasądzenie zwrotu kosztów procesu, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według nor przepisanych, podnosząc zarzuty naruszenia: I. przepisów postępowania, tj.: 1. art. 151 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez oddalenie skargi pomimo tego, że organy podatkowe pierwszej i drugiej instancji naruszyły przepisy postępowania podatkowego, a mianowicie: 1.1. art. 210 § 1 pkt 5 w zw. z art. 180 § 1 oraz w zw. z art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2018 r., poz. 800 ze zm., dalej o.p.) i w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez wydanie decyzji z niewłaściwym rozstrzygnięciem, tj. opartym na nieprawidłowo zgromadzonym materiale dowodowym, z uwagi na: - zaniżenie kwoty zwrotu podatku VAT za styczeń 2009 r. o kwotę 1.341,00 zł, będące skutkiem ewidentnej pomyłki w obliczeniach rachunkowych dokonanych przez Naczelnika UCS, a zaakceptowanych przez organ podatkowy drugiej instancji; - zastosowanie odmiennej zasady przyporządkowania wartości zapisów w programie Subiekt do faktur VAT RR niż przyjęta w podatku dochodowym od osób prawnych w dokonanym przez ten sam organ podatkowy rozstrzygnięciach wydanych za 2008 i 2009 r., w wyniku czego pominięto część podatku naliczonego wykazanego w fakturach VAT RR dotyczących nabycia towarów, uznanych za koszt uzyskania przychodów; - zaniżenie wartości podatki naliczonego VAT do odliczenia w 2009 r. o kwotę 71.054,52 zł w wyniku błędnego przyporządkowania części zapisów w programie Subiekt, będące skutkiem nieuwzględnienia przepisów dotyczących terminów wystawiania faktur VAT oraz zasad obowiązujących w tym zakresie w spółce; - przyjęcie w wydanej decyzji do ustalenia wysokości podatku naliczonego całkowicie błędnie danych z programu Subiekt, w którym nie dokonywano wpisów wszystkich transakcji nabyć towarów, co było skutkiem powołania się przez organy podatkowe na dowody z odczytu programu Subiekt bez ich sporządzenia w formie przewidzianej w przepisach prawa. tj. rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 26 sierpnia 2005 r. w sprawie sposobu zabezpieczania, odtwarzania i wykorzystywania dowodów utrwalonych w toku kontroli podatkowej (Dz. U. z 2005 r. nr 166, poz. 1392, dalej rozporządzenie), a w konsekwencji brak możliwości wykorzystania tych danych w wydanych rozstrzygnięciach, z uwagi na nieposiadanie stosownych narzędzi (licencji) do odtwarzania tych danych; 1.2. art. 180 § 1, art. 187 § 1, art. 188 i art. 191 o.p. w zw. z art. 122 o.p. i określonej w tych przepisach zasady zupełności postępowania podatkowego i w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez błędne ustalenie stanu faktycznego oraz niewłaściwą ocenę materiału dowodowego, kierując się wyłącznie interesem fiskalnym Skarbu Państwa, a w szczególności: - nieprzeprowadzenie wnioskowanych przez skarżącą dowodów, m.in. z opinii biegłego z zakresu informatyki w celu dokonania odczytu i analizy zapisów w programie Subiekt, w związku z brakiem licencji na korzystanie z tego programu przez organy podatkowe prowadzące postępowanie; - oparcie rozstrzygnięć na nieprawdziwych informacjach o rzekomej zgodności zapisów w programie Subiekt z tzw. "zeszytami A5" oraz dokumentami PZ, w sytuacji gdy w aktach sprawy brak jest ww. dokumentów za 2009 r.; co w rezultacie spowodowało nieprawidłowe ustalenie wartości nabytych towarów oraz pozbawiło spółkę prawa do odliczenia podatku VAT; 1.3. art. 121 § 1 w zw. z art. 2a o.p. i w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez nieprowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, w tym pomijanie okoliczności korzystnych dla skarżącej, a w rezultacie wydanie niekorzystnego dla skarżącej rozstrzygnięcia, pomimo popełnienia istotnych błędów merytorycznych przy ustaleniu podstawy opodatkowania polegających na: - powołaniu się w decyzjach obu instancji na nieistniejące materiały dowodowe, które nie znajdują się również w aktach niniejszej sprawy i których organy nie weryfikowały, tj. zeszyty A5 i dokumenty PZ dotyczące A. S., J. i U. T. oraz M. i A. J.; - bezpodstawnym nieuznaniu za dokonane nabyć części towarów, mimo niepodważenia zadeklarowanej przez spółkę sprzedaży, co jest sprzeczne z zasadami neutralności i proporcjonalności podatku VAT, a także orzeczeniem Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie C-712/17 z 8 maja 2019 r; 1.4. art. 127 w zw. z art. 229 o.p. i w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez całkowite pominięcie i nierozważenie przez organ podatkowy drugiej instancji argumentacji faktycznej (dowodów) i prawnej przedstawionej przez skarżącą na etapie postępowania odwoławczego, tj. w pismach procesowych z 13 lutego (w trybie art. 200 § 1 o.p.), 22 marca i 22 czerwca 2018 r. i bezpodstawne uznanie, że spółka nie wskazała żadnych nowych okoliczności, które mogłyby mieć wpływ na ocenę sprawy, czym naruszono zasadę dwuinstancyjności postępowania, a w konsekwencji prawo skarżącej do obrony i dwukrotnego, merytorycznego rozpoznania sprawy; 1.5. art. 70 § 6 pkt w zw. z art. 70c o.p. w zw. z art. 113 § 1 ustawy z dnia 10 września 1999 r. Kodeksu karnego skarbowego (Dz. U. z 2017 r, poz. 2226 ze zm., dalej k.k.s.) oraz art. 313 § 1 i 2 ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. Kodeksu postępowania karnego (Dz. U. z 2017 r., poz. 1904 ze zm., dalej k.p.k.) poprzez ich błędne zastosowanie i uznanie, że w niniejszej sprawie doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za 2009 r., podczas gdy: - termin do wydania decyzji za miesiące od stycznia do listopada 2009 r. upłynął w dniu 31 grudnia 2014 r., a za grudzień 2009 r. w dniu 31 grudnia 2015 r.; - skierowane do skarżącej zawiadomienie o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie zawierało wszystkich wymaganych informacji, tj. jednostki redakcyjnej k.k.s. dotyczącej czynu, w sprawie którego wszczęto postępowanie; 2. art. 141 § 4 w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez sporządzenie przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie niepełnego uzasadnienia zaskarżonego wyroku poddającego w wątpliwość i uniemożliwiającego sprawdzenie, czy Sąd dokonał prawidłowej kontroli legalności działalności organów administracji publicznej i wydanych przez te organy rozstrzygnięć, co miało istotny wpływ na wynik sprawy, gdyż w praktyce uniemożliwiło skarżącej ocenę i kontrolę toku rozumowania Sądu pierwszej instancji, a co tym idzie, pozbawiło stronę możliwości polemizowania z dokonaną przez Sąd oceną stanu faktycznego i prawnego sprawy, a ponadto uniemożliwiło również kontrolę instancyjną wydanego rozstrzygnięcia, co przejawia się w szczególności w: 2.1. braku w treści uzasadnienia zaskarżonego wyroku własnej oceny sprawy, a jedynie powielenie argumentacji organów podatkowych, co nie pozwoliło na zrozumienie istoty zarzutów skarżącej, która wskazała na oczywiste sprzeczności w ocenie stanu faktycznego w rozstrzygnięciach organów podatkowych w zakresie podatku VAT za 2009 r. w stosunku do uprzednio wydanych decyzji w podatku CIT za 2008 i 2009 r.; 2.2. niedostrzeżenie ewidentnej pomyłki w obliczeniach rachunkowych skutkujących zaniżeniem przez organy podatkowe kwoty zwrotu podatku VAT za styczeń 2009 r. o kwotę 1.341,00 zł; 2.3. nie odniesienie się do zarzutu skarżącej podniesionego skardze do WSA w zakresie naruszenia przez organ drugiej instancji zasady dwuinstancyjności postępowania, co miało istotny wpływ na wynik sprawy; 2.4. braku dogłębnej analizy stanu faktycznego sprawy w zakresie poprawności procedur stosowanych w postępowaniu, a w szczególności; - naruszenia przez organy podatkowe przepisów o gromadzeniu dowodów w sprawie; - powołania się na materiały, które nie mogą być uznane za dowody w sprawie prawa do odliczenia podatku VAT przez skarżącą; 2.5. niedostrzeżeniu błędnego zastosowania przez organy podatkowe przepisów prawa materialnego, umożliwiających wystawianie faktur VAT z opóźnieniem - art. 19 ust. 1 i 4 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm., dalej ustawa o VAT); 2.6. braku w treści uzasadnienia zaskarżonego wyroku konkretnych odniesień do zebranych dowodów, co w konsekwencji doprowadziło do tego, że WSA w Warszawie skupił się jedynie na powierzchownym i lakonicznym wykazaniu, że organy podatkowe wydały decyzje w oparciu o kompletny materiał dowodowy, a nie dokonał rozpoznania istoty sprawy; 3. art. 134 § 1 w zw. z art. 3 § 1 oraz w zw. z art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a. poprzez ich niezastosowanie i niezauważenie, że w niniejszej sprawie doszło do istotnego naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 19 ust. 1 i 4 ustawy o VAT, które co prawda nie były przedmiotem zarzutów, jednakże do wzięcia pod uwagę których Sąd pierwszej instancji zobligowany był z urzędu (zasada oficjalności), niezależnie od żądań i zarzutów podniesionych w skardze. II. przepisów prawa materialnego, tj.: 1. art. 1 Dyrektywy 2006/112/WE Rady z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U. UE. z 2006 r., poz. 347 nr 1 ze zm., dalej dyrektywa 112), zgodnie z którym państwa członkowskie muszą zgodnie z zasadą proporcjonalności stosować środki, które jednocześnie w jak najmniejszym stopniu zagrażają celom i zasadom wynikającym z odpowiednich przepisów wspólnotowych, takim jak zasada podstawowa prawa do odliczenia VAT; 2. art. 5 ust. 1 pkt 1 art. 7 ust. 1 ustawy o VAT poprzez ich błędną wykładnię i nierespektowanie przez organ pierwszej instancji prawa do odliczenia podatku VAT przez skarżącą, wbrew konstrukcji podatku VAT i zasadzie neutralności, mimo dokonywania nabyć towarów i usług w związku z wykonywaniem czynności opodatkowanych, które organy podatkowe uznały za prawidłowo zadeklarowane; 3. art. 19 ust. 1 i 4 ustawy o VAT poprzez ich niezastosowanie i przyjęcie przez organ podatkowy pierwszej i drugiej instancji niezgodnego z tymi przepisami założenia, że jeżeli dostawa towaru powinna być potwierdzona fakturą, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, podczas gdy zgodnie z brzmieniem tych przepisów obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w 7. dniu, licząc od dnia wydania towaru; 4. art. 86 ust. 1, ust. 2 pkt 3 ustawy o VAT w zw. z wynikającą z art. 1 ust. 2 oraz art. 167 dyrektywy 112 zasadą neutralności podatkowej poprzez ich niezastosowanie powodujące bezpodstawne pozbawienie skarżącej prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w sytuacji uznania nabyć towarów za koszt uzyskania przychodu oraz stwierdzonych luk w zapisach w programie Subiekt i nieposiadania przez organ żadnych dowodów, że towary nie zostały nabyte przez spółkę; 5. art. 116 ust. 6 ustawy o VAT poprzez jego niezastosowanie, mimo że spółka spełniła wszelkie wymogi, dające prawo do odliczenia podatku VAT z faktur VAT RR, które nie zostały uwzględnione w sporządzonych w decyzjach zestawieniach z dokonanego rzekomo odczytu zapisów z programu Subiekt. 3. Organ nie złożył odpowiedzi na skargę kasacyjną. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje. 4. Naczelny Sąd Administracyjny, rozpoznając sprawę w granicach wyznaczonych zarzutami skargi kasacyjnej (art. 183 § 1 w związku z art. 174 pkt 1 i 2 oraz art. 176 p.p.s.a.) stwierdził, że skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie. Na wstępie należy odnotować, że Naczelny Sąd Administracyjny wyrokami z 29 września 2023 r. w sprawach o sygn. akt: I FSK 941/19, I FSK 939/21, I FSK 802/22 oraz I FSK 803/22 rozpoznał inne sprawy skarżącej z zakresu podatku od towarów i usług za lata 2008, 2010, 2011 i 2012. Sprawy te zostały połączone do wspólnego rozpoznania i odrębnego rozstrzygnięcia wraz z niniejszą sprawą z uwagi na zbieżność podnoszonych w tych sprawach zarzutów kasacyjnych, jak i identyczny stan faktyczny sprawy. 5. Mając na uwadze treść zarzutów kasacyjnych, w pierwszej kolejności należało rozpoznać najdalej idący zarzut przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną do WSA decyzją organu II instancji, a zatem zarzut naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c i art. 70 § 1 o.p. 5.1. Zarzut ten jednak nie zasługiwał na uwzględnienie. Jak bowiem prawidłowo odnotował Sąd pierwszej instancji, z akt sprawy wynika, iż doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia. W dniu 27 czerwca 2013 r. Prokuratura Okręgowa w O. wszczęła wobec spółki postępowanie o sygn. akt [...] w sprawie o przestępstwo skarbowe polegające na prowadzeniu nierzetelnej dokumentacji oraz uszczupleniu należności podatkowych, co stanowiło naruszenie przepisów o podatku VAT. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. pismem z 21 października 2013 r. (doręczonym spółce 24 października 2013 r.) zawiadomił stronę o zawieszeniu z dniem 27 czerwca 2013 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego m.in. w zakresie podatku VAT za okres od stycznia do grudnia 2009 r. na skutek wystąpienia przesłanki, o której mowa w art. 70 § 6 pkt 1 o.p. Przedmiotowe zawiadomienie, wystosowane w trybie art. 70c o.p., prawidłowo zostało doręczone spółce, albowiem spółka nie była wówczas reprezentowana przez pełnomocnika, który został ustanowiony dopiero po wszczęciu postępowania kontrolnego postanowieniem z 11 kwietnia 2014 r. (k. 1 akt administracyjnych, tom I). Nie ma przy tym znaczenia dla skuteczności tego zawiadomienia, że pismo to nie wskazywało konkretnej jednostki redakcyjnej k.k.s. (por. wyrok NSA z 21 lutego 2023 r., sygn. akt I FSK 139/19). 6. Odnosząc się natomiast do zarzutów naruszenia przepisów postępowania, zaznaczyć należy, że w istocie w dużej mierze stanowią one polemikę z rozstrzygnięciem zawartym zarówno w decyzji organu odwoławczego, jak i wyroku WSA. Skarżąca w istocie forsowała tezy stawiane przez siebie w toku całego postępowania, abstrahując od argumentacji WSA, w której uznano je za nieuzasadnione. Tym samym w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, nie zdołano skutecznie podważyć twierdzeń o braku prawa spółki do odliczenia zryczałtowanego zwrotu podatku oraz podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT RR wystawionych przez skarżącą na rzecz zaufanych dostawców jajek w części nieodzwierciedlającej faktycznej wartości nabycia towarów rolnych. Organy zgromadziły bogaty i kompletny materiał dowodowy, oceniły go w zgodzie z zasadami logiki i doświadczenia życiowego, a wnioski wyciągnięte z tej oceny zawarły w prawidłowo skonstruowanym uzasadnieniu. 6.1. Analizując zarzut błędu w zakresie kwoty zawyżonego podatku VAT za styczeń 2009 r. o 1.341 złotych (I pkt 1.1. tiret pierwsze) skarżąca podnosiła go w stosunku do dwóch faktur wystawionych względem A. S., gdzie kwota brutto wynikająca ze wskazanych faktur była niższa niż kwota brutto wskazana w programie Subiekt. Skarżąca wskazała zatem, że zgodnie z przyjętą zasadą nie doszło do zawyżenia podatku naliczonego VAT z tych faktur, przy czym organ drugiej instancji nie skorygował tego. Słusznie skarżąca zauważyła, że w treści decyzji organu pierwszej instancji (str. 70 decyzji – k. 3961 verte akt administracyjnych, tom XXIII) jedynie w przypadku stwierdzenia, że wartość na fakturze VAT RR jest większa od wartości wykazanej w programie Subiekt, organ stwierdzał zawyżenie podatku naliczonego na fakturze VAT RR w wysokości różnicy pomiędzy tymi wartościami. W pozostałych zaś wypadkach tj. jeżeli wartość na fakturze VAT RR była niższa od wartości wykazanej w programie Subiekt (co miało miejsce także w przypadku wskazanym przez skarżącą) z treści decyzji wynikało, że nie mogło dojść do zawyżenia podatku VAT (jak np. co do faktury nr [...] z 2 kwietnia 2009 r. wystawionej na rzecz M. J. (str. 74 decyzji organu pierwszej instancji – k. 3963 verte akt administracyjnych, tom XXIII). O ile doszło to omyłki rachunkowej, która nie została zauważona przez organ drugiej instancji, to uchybienie to nie stanowi naruszenia przepisów prawa procesowego, które wpływałyby na wynik sprawy. Skoro jest to oczywista omyłka rachunkowa, która umknęła zarówno organowi odwoławczemu, jak również WSA (czemu nie przeczy skarżąca), to winna ona podlegać sprostowaniu w trybie art. 213 o.p. Fakt ten jednak nie stanowi podstawy do uchylenia decyzji w zakresie całości podatku za styczeń 2009 r. (co postulowała skarżąca), czy na tym etapie uchylenia zaskarżonego wyroku i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania WSA. 6.2. W odniesieniu do - mocno eksponowanego w treści rozpoznawanego środka zaskarżenia w wielu miejscach i w różnych konfiguracjach - zarzutu ustalenia stanu faktycznego w sposób odmienny niż w zakresie postępowania względem skarżącej w zakresie podatku dochodowego, gdzie koszty zakupu jaj w całości zostały zakwalifikowane do kosztów uzyskania przychodów, należy stwierdzić, iż jak słusznie odnotował WSA, że rozstrzygnięcie w zakresie podatku CIT nie ma wpływu na podjęte rozstrzygnięcie w zakresie podatku od towarów i usług. Prawo do uwzględnienia podatku naliczonego daje rzetelna pod względem przedmiotowym i podmiotowym faktura, nie zaś wpis w dodatkowej ewidencji prowadzonej przez stronę. Dlatego też organy nie mogły uwzględnić podatku naliczonego wyłącznie z programu Subiekt, jeżeli spółka nie dysponowała stosownymi fakturami. Nie ma przy tym znaczenia, czy skarżąca poniosła koszty zakupu towaru (jaj), które organ zakwalifikował jej do kosztów uzyskania przychodu w decyzji dotyczącej podatku od towarów i usług. Na gruncie podatku od towarów i usług oraz podatku dochodowego występują różnice dokumentacyjne wpływające na uznanie kwot wydatkowanych na zakup towarów za koszt uzyskania przychodu i na uznanie od tych kwot prawa do odliczenia podatku naliczonego. Na podstawie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych za koszt uzyskania przychodu przyjmuje się wydatek poniesiony w celu jego uzyskania. Fakt poniesienia wydatku, który został udokumentowany (w tym przypadku wpisem w programie Subiekt) i ma związek z przychodem stanowi koszt uzyskania przychodu. O ile sam fakt poniesienia wydatku daje możliwość jego uwzględnienia jako kosztu uzyskania przychodu, o tyle o prawie do odliczenia podatku od towarów i usług decyduje także posiadanie rzetelnej faktury. 6.3. Nie można było uwzględnić wywodów skarżącej dotyczących przyjęcia przez organy błędnej metodologii przyporządkowania zapisów programu Subiekt do faktur VAT RR. W tym miejscu przypomnieć należy, że pomimo ujawnionych nierzetelności i wadliwości w ewidencjonowaniu przez spółkę obrotu, organy nie odmówiły stronie odliczenia zryczałtowanego zwrotu podatku od całości faktur uznanych za nierzetelne, ale działając na korzyść podatnika stwierdziły, że w każdym przypadku, w którym faktura była nierzetelna, ale udało się ją przyporządkować do wpisu w programie Subiekt na podstawie dokumentu PZ, w których nanoszono numer nadany tym dokumentom przez program Subiekt oraz nr faktury VAT RR, przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT w kwocie wykazanej w fakturze (gdy wartość nabycia w fakturze była niższa niż w programie Subiekt) lub też do wysokości podatku określonego z programu Subiekt (gdy podatek VAT wynikający z faktury był wyższy od kwoty podatku wyliczonej z programu Subiekt). Przyjęto więc, że obliczona z programu Subiekt kwota VAT, zawarta jest w kwocie podatku ujętej w fakturze. Skarżąca w istocie nie kwestionuje tak przyjętej metody powiązania faktur VAT RR z programem Subiekt poprzez dokumenty i numery PZ, jednakże z uwagi na fakt, iż metoda owa nie pozwoliła na przyporządkowanie części zapisów programu do niektórych faktur VAT RR, to strona domaga się, by w dalszej kolejności dokonać powiązania faktur z zapisami programu poprzez daty wpisów w programie i daty sporządzenia faktur. Argumentacja skarżącej zmierzała do tego, aby przyznać jej prawo do odliczenia podatku naliczonego na podstawie faktur nierzetelnych. Nie mógł zostać nadto uwzględniony argument dotyczący nieuwzględnienia możliwości wystawienia części faktur z opóźnieniem, która to możliwość wynika z treści art. 19 ust. 1 i 4 ustawy o VAT. Skarżąca w tym zakresie nie podała żadnych konkretnych przykładów, poza samą prawną możliwością wystawiania faktur w terminie 7 dni od dnia nabycia towarów, bez wskazania jakiejkolwiek korelacji kwotowej, czy chronologicznej w treści zapisów w programie Subiekt. 6.4. Odnosząc się z kolei do wątpliwości skarżącej spółki w zakresie sposobu korzystania przez organy z programu Subiekt, co miało polegać na powołaniu się na dowody z odczytu tego programu bez ich sporządzenia w formie przewidzianej w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 26 sierpnia 2005 r. w sprawie sposobu zabezpieczenia, odtwarzania i wykorzystania dowodów utrwalonych w toku kontroli podatkowej, w szczególności wynikającej z § 5 tego rozporządzenia, zgodnie z którym każde odtworzenie i wykorzystanie dowodu wymaga dokonania wpisu do karty ewidencyjnej dowodu, a kartę ewidencyjną dowodu umieszcza się w aktach kontroli podatkowej (wzór karty ewidencyjnej dowodu określa załącznik do rozporządzenia), stwierdzić należy, że jakkolwiek faktycznie organ nie sporządził stosownej dokumentacji w tym zakresie, to jednakże strona nie wykazała, by to uchybienie proceduralne miało jakikolwiek wpływ na rozstrzygnięcie. Tymczasem wyeliminowanie decyzji z obrotu prawnego z uwagi na naruszenie przepisów proceduralnych jest możliwe tylko w sytuacji, gdy naruszeni to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a.). Strona nie wykazała, by organ dokonując odczytu danych zawartych w systemie Subiekt i dokonując na ich podstawie wyliczeń, popełnił jakiś konkretny błąd w ustaleniach, który wynikałby z wadliwego odczytania tychże danych, albo że doszło do ingerencji w treść programu. Wadliwego działania programu nie stwierdził nadto informatyk śledczy, który dokonywał jego odczytu i sporządzał kopię danych. Skarżąca podnosi, że w danych z programu Subiekt są luki i sprzeczności w zapisach, ale nie wskazuje o jakie konkretnie wadliwości chodzi. Zatem twierdzenie to pozostaje całkowicie gołosłowne. W świetle art. 180 § 1 o.p., nie było również wymogu sporządzenia papierowego wydruku z programu księgowego, na co wskazuje § 3 cyt. rozporządzenia, co czyni chybionym zarzut w zakresie uznaniu na niekorzyść skarżącej luk w zapisach w kopii programu Subiekt. 6.5. Co do uchybienia przepisowi art. 210 § 1 pkt 5 o.p., że skoro decyzja organu odwoławczego zawiera rozstrzygnięcie, a jedyną okolicznością jest to, że skarżąca nie zgadza się z jej treścią, to nie stanowi to naruszenia wskazanego przepisu. 6.6. Wskazując na odmowę przeprowadzenia przez organ drugiej instancji wnioskowanych przez skarżącą dowodów, co miało doprowadzić do naruszenia art. 188 o.p., skarżąca nie wyjaśniała jakie konkretnie dowody miała na myśli. Z motywów skargi kasacyjnej wynika jedynie, że skarżąca domagała się dopuszczenia dowodu z biegłego informatyka lub zespołu biegłych z zakresu informatyki, analizy finansowej i księgowości, co miało zostać w toku postępowania "szczegółowo uzasadnione". Brak było również podstaw do ponownego powoływania biegłego informatyka, który odczytywał bazy danych z programu księgowego Subiekt, skoro ten nie zgłaszał jakichkolwiek błędów technicznych w odczytywaniu danych z programu, nie podnosił, by pewne treści nie dały się odczytać lub były zniekształcone. O niekompletności opinii zaś nie może świadczyć "możliwość" występowania błędów w trakcie odczytu danych w nowszych systemach Windows, co postulowała skarżąca, bez wskazania na jakikolwiek przykład transakcji będącej przedmiotem sprawy, która w programie Subiekt ma konkretny zapis, a została błędnie odczytana przez organy skarbowe. 6.7. Jeśli chodzi z kolei o zarzucaną w skardze kasacyjnej kwestię oparcia się przez organy na nieistniejących dowodach, zauważyć należy, że w przeprowadzonym postępowaniu wykorzystano dowody przekazane przez CBŚP w W., wśród których znalazł się program komputerowy Subiekt wraz z bazą danych, włączony do akt sprawy w postaci płyty CD, oraz kilkanaście zeszytów formatu A5 z zapisami dotyczącymi transakcji z kontrahentami w latach 2008-2013, w tym z A. S., J. i U. T., M. i A. J.. Nie budziło wątpliwości, że w poczet materiału dowodowego sporządzono przykładowe kopie zapisów w zeszycie np. zeszytu dotyczącego "RSP P." (str. 5 uzasadnienia). Niemniej dowody te miały pokazać i potwierdzić mechanizm dokumentowania przez spółkę operacji gospodarczych (str. 22-23 uzasadnienia). Zapisy w nich zawarte i ich analiza (oraz zapisy i analiza pozostałych zeszytów dotyczących transakcji z innymi zaufanymi kontrahentami) posłużyła w tym przypadku organowi jedynie do uznania, że program Subiekt jest miarodajnym dowodem w zakresie faktycznej wartości transakcji, pomimo zniszczenia zeszytów za okres objęty niniejszym postępowaniem, a dotyczących rozliczeń z pozostałymi kontrahentami. Dlatego powiązania wpisów w programie Subiekt z fakturami VAT RR i fakturami VAT organy dokonały nie na podstawie wpisów w zeszytach, bo te zostały zniszczone, ale na podstawie znajdujących się w aktach sprawy dokumentów PZ. Poprzez to porównanie ustalono rzeczywistą wartość transakcji zakupu jaj. 6.8. Naczelny Sąd Administracyjny nie dopatrzył się nadto naruszenia zasady zaufania, o której mowa w art. 121 § 1 o.p. O naruszeniu tego przepisu i zawartej w nim normy nakazującej organom prowadzenie postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, nie może stanowić podjęcie przez organ podatkowy rozstrzygnięcia odmiennego od oczekiwanego przez podatnika. Strona ma bowiem prawo do własnego subiektywnego przekonania o zasadności jej zarzutów, jednakże przekonanie to nie musi mieć odzwierciedlenia w obowiązujących przepisach prawnych i ich wykładni (tak przykładowo wyroki NSA: z 20 października 2022 r., sygn. akt III FSK 1014/21, czy z 26 listopada 2021 r., sygn. akt I FSK 2014/21). Co do zaś zarzutu w zakresie sprzeczności rozstrzygnięcia w związku z zasadą neutralności VAT, proporcjonalności VAT, a także wyrokiem TSUE w sprawie C-712/17 z dnia 8 maja 2019 r., trudno było doszukać się w tym zakresie jakiejkolwiek argumentacji w treści skargi kasacyjnej. Zarzut ten stanowił bowiem uzupełnienie wcześniejszych zarzutów i polegał na wspomnieniu, że działanie organów podatkowych nadto naruszyło np. zasadę neutralności podatku VAT. Skonstruowanie zarzutu w taki sposób nie podlega kontroli instancyjnej. 6.9. Chybiony jest również zarzut naruszenia zasady dwuinstancyjności tj. art. 127 w zw. z art. 229 o.p. DIAS w decyzji odwoławczej dokonał własnej oceny zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego, poszerzonej o kwestie związane z przesłankami przedawnienia zobowiązań podatkowych, a co za tym idzie dopuszczalnością orzekania, wbrew twierdzeniom skarżącego, szczegółowo ustosunkował się również do zarzutów i argumentów zawartych w odwołaniu oraz szeregu pismach procesowych skarżącej składanych w toku postępowania. Fakt, że ocena całokształtu dowodów i okoliczności ujawnionych w sprawie dokonana w decyzji odwoławczej pokryła się z oceną wyrażoną przez organ podatkowy pierwszej instancji, której to oceny skarżąca nie akceptuje, nie świadczy ani o naruszeniu wskazanej zasady, ani też o wadliwości uzasadnienia decyzji w świetle dyrektyw wynikających z art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z § 4 o.p. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, nie narusza zasady dwuinstancyjności przywołanie, a nawet dosłowne przytaczanie treści dowodów i ich ocen poczynionych w decyzji organu pierwszej instancji, jeśli okazują się one trafne i są w pełni aprobowane przez organ odwoławczy. 7. Nie mógł nadto zostać uwzględniony zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a., sformułowany w powiązaniu z art. 134 § 1. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego uzasadnienie zaskarżonego wyroku spełnia standardy i wymogi wskazane w owym przepisie, albowiem przedstawiono w nim stan faktyczny sprawy, zrelacjonowano sformułowane w skardze zarzuty, wskazano podstawę prawną oddalenia skargi, przy czym WSA w dostateczny sposób wyjaśnił motywy podjętego rozstrzygnięcia, przez co zaskarżone orzeczenie w pełni poddawało się kontroli kasacyjnej. Stąd nie znajduje żadnego odzwierciedlenia w treści uzasadnienia kontrolowanego wyroku twierdzenie pełnomocnika o braku zawarcia przez Sąd pierwszej instancji własnej oceny sprawy. WSA rozpoznał zarzuty sformułowane w skardze i odniósł się do tych twierdzeń skarżącej, które były istotne z punktu widzenia rozstrzygnięcia. W szczególności, wbrew twierdzeniom skargi kasacyjnej, ocenił zarzut naruszenia zasady dwuinstancyjności, wyjaśnił podstawę, odniósł się też szeroko do kwestii prawidłowości prowadzonego przez organy obydwu instancji postępowania, zaś okoliczność, że pełnomocnik nie zgadza się z oceną Sądu wyrażoną w tej materii nie świadczy o wadliwości uzasadnienia wyroku. Zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. nie służy bowiem zwalczaniu prawidłowości przyjętego przez sąd meriti stanu faktycznego, jego oceny, czy też stanowiska co do wykładni bądź zastosowania prawa materialnego, a w konsekwencji trafności rozstrzygnięcia. 8. Z powyższych powodów niezasadny także pozostaje zarzut naruszenia art. 134 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 3 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a. (I pkt 3) oraz w części poprzedni zarzut, co do niedostrzeżenia przez WSA błędnego zastosowania przez organy podatkowe art. 19 ust. 1 i 4 ustawy o VAT (I pkt 2.5.). O ile istotnie WSA nie pochylił się szczegółowo nad tą kwestią, podnosząc wyłącznie niezasadność tego zarzutu w zakresie praktyki wystawiania faktur u skarżącej z uwzględnieniem powołanego przepisu ustawy o VAT, to jednak zarzuty skargi w tym zakresie nie zasługiwały na uwzględnienie. Sama skarżąca bowiem w treści skargi kasacyjnej nie podała żadnych przykładów faktur, które w taki sposób zostały wystawione i ich przełożenie na wpis w programie Subiekt. Samo gołosłowne powołanie się możliwość późniejszego wystawienia faktury zgodnie z art. 19 ust. 1 i 4 ustawy o VAT, bez wskazania konkretnych przykładów, nie może stanowić argumentów na wadliwość wydanej decyzji, czy też rozumowania Sądu pierwszej instancji w zaskarżonym wyroku. 9. Brak skutecznego podważenia stanu faktycznego w niniejszej sprawie, skutkuje z kolei uznaniem za chybione zarzutów naruszenia przepisów prawa materialnego poprzez niewłaściwe zastosowanie, a w zasadzie, jak wskazuje skarżąca, niezastosowanie art. 1 dyrektywy 112, art. 19 ust. 1 i 4, art. 99 ust. 12, art. 86 ust. 1, ust. 2 pkt 3 ustawy o VAT w zw. z art. 1 ust. 2 oraz art. 167 dyrektywy 112 oraz zastosowanie art. 116 ust. 6 ustawy o VAT (II pkt 1, 3, 4, 5). Tymczasem błędne zastosowanie konkretnego przepisu prawa materialnego polega na tzw. błędzie w subsumcji, a więc błędnym uznaniu stanu faktycznego ustalonego w sprawie za odpowiadający stanowi hipotetycznemu przewidzianemu w mającej zastosowanie w sprawie normie prawnej. Ocena zasadności zastosowania prawa materialnego może zostać dokonana jedynie na gruncie prawidłowo ustalonego i ocenionego stanu faktycznego. Dlatego, gdy skarżący nie podważa skutecznie okoliczności faktycznych sprawy i ich oceny dokonanej przez Sąd pierwszej instancji, jak to miało miejsce na gruncie niniejszej sprawy, zarzuty niewłaściwego zastosowania prawa materialnego są zarzutami bezpodstawnymi. 10. Natomiast formułując zarzut błędnej wykładni art. 5 ust. 1 w zw. z art. 7 ust 1 ustawy o VAT, skarżąca nie wskazała, ponad lakonicznym powołaniem się na zaskarżone rozstrzygnięcia, w czym upatruje wadliwości w dokonanej przez WSA wykładni wskazanych przepisów i z tej przyczyny zarzut ten nie mógł zostać uwzględniony. 11. Mając na uwadze wszystkie przedstawione wyżej okoliczności Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 p.p.s.a., oddalił skargę kasacyjną uznając ją za bezzasadną. 11.1. O zwrocie kosztów postępowania orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. Arkadiusz Cudak Roman Wiatrowski Agnieszka Jakimowicz

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 13.07.2026. · Źródło