III SA/Wa 2508/18

WyrokWSA w Warszawie2019-05-29

Skład orzekający: Sylwester Golec, Agnieszka Olesińska, Jarosław Trelka

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy Dyrektor Izby Administracji Skarbowej prawidłowo utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego o zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowych i odsetek za zwłokę, mimo że postępowanie kontrolne trwało ponad 6 miesięcy, a organ nie wykazał, że opóźnienie nastąpiło z przyczyn niezależnych od niego?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że organy podatkowe nie wykazały, iż przedłużenie postępowania kontrolnego ponad ustawowy termin 6 miesięcy nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. W związku z tym, nie można było odmówić stronie zastosowania przepisu o nienaliczaniu odsetek za zwłokę w okresie przekraczającym ten termin. Z tego powodu zaskarżone postanowienie zostało uchylone.
Stan faktyczny
Spółka Z. sp. z o.o. została objęta postępowaniem kontrolnym w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r. Po wydaniu decyzji określającej zobowiązanie podatkowe i utrzymaniu jej w mocy przez organ odwoławczy, Spółka dokonała wpłaty na poczet zaległości. Naczelnik Urzędu Skarbowego wydał postanowienie o zaliczeniu tej wpłaty na poczet zaległości i odsetek za zwłokę. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał to postanowienie w mocy, uznając błąd w dacie naliczania odsetek za oczywistą omyłkę pisarską i twierdząc, że przedłużenie postępowania kontrolnego, które trwało ponad 6 miesięcy, nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Spółka zaskarżyła postanowienie Dyrektora Izby, zarzucając m.in. naruszenie przepisów dotyczących naliczania odsetek za zwłokę w przypadku przewlekłości postępowania.
Rozstrzygnięcie
Uchylił zaskarżone postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] sierpnia 2018 r. oraz zasądził od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz Z. sp. z o.o. kwotę 597 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Sylwester Golec, Sędziowie sędzia WSA Agnieszka Olesińska (sprawozdawca), sędzia WSA Jarosław Trelka, , po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 29 maja 2019 r. sprawy ze skargi Z. sp. z o.o. z siedzibą w B. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] sierpnia 2018 r. nr [...] w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. 1) uchyla zaskarżone postanowienie, 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz Z. sp. z o.o. z siedzibą w B. kwotę 597 zł (słownie: pięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Na podstawie przedłożonych akt sprawy Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oceniał następujący stan faktyczny: W dniu 29 kwietnia 2014 r. wszczęto postępowanie kontrolne wobec Z. sp. z o.o. z siedzibą w B. (dalej: "Skarżąca", "Strona", "Spółka") w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r. Decyzją z dnia [...] maja 2017 r. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w O. określił Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. w wysokości 513.546,00 zł. Decyzją z dnia [...] września 2017 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W., po rozpatrzeniu odwołania, utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję z dnia [...] maja 2017 r. W dniu 17 stycznia 2018 r. Skarżąca dokonała wpłaty 142.714,00 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. Postanowieniem z dnia [...] maja 2018 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. (dalej również: "NUS") zaliczył wpłatę z 17 stycznia 2018 r. w kwocie 142.714,00 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. oraz odsetki za zwłokę. Pismem z 30 maja 2018 r., Skarżąca złożyła zażalenie na postanowienie organu I instancji z [...] maja 2018 r. wnosząc o jego uchylenie w całości i orzeczenie co do istoty ewentualnie o uchylenie i przekazanie sprawy organowi I instancji do ponownego rozpatrzenia. Po rozpatrzeniu zażalenia, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. postanowieniem z dnia [...] sierpnia 2018 r. utrzymał w mocy postanowienie organu I instancji z dnia [...] maja 2018 r. W uzasadnieniu postanowienia Dyrektor Izby Administracji Skarbowej stwierdził, że organ I instancji w sentencji zaskarżonego postanowienia w kolumnie okres naliczania odsetek błędnie wskazał datę, do której naliczył odsetki, a mianowicie omyłkowo wpisano datę 4 października 2017r., a winno być 17 stycznia 2018 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej zauważył, że powyższy błąd wynika wyłącznie z błędu pisarskiego i stanowi oczywistą omyłkę. Z akt sprawy jak i z sentencji zaskarżonego postanowienia wynika bowiem, iż odsetki za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. organ podatkowy pierwszej instancji naliczył na dzień wpłaty, tj. na 17 stycznia 2018 r., a nie na dzień 4 października 2017 r. Zdaniem Dyrektor Izby Administracji Skarbowej czas oczekiwania na rezultat podjętej przez organ czynności procesowej np. wystosowania wezwania do dostarczenia dokumentów, wystąpienia do innych organów kontroli skarbowej w celu pozyskania informacji z czynności sprawdzających przeprowadzonych u kontrahentów strony, skierowanie wezwań do świadków, nie stanowi wbrew twierdzeniu Strony, opóźnienia z przyczyn zależnych od organu. Czas oczekiwania na materiał dowodowy pozyskiwany od innych organów czy to podatkowych czy też organów ścigania, nie może być traktowany jako opóźnienie w wydaniu decyzji z przyczyn zależnych od organu, bowiem wiąże się to z obowiązkiem wyjaśnienia wszelkich okoliczności sprawy w stopniu niezbędnym dla rozstrzygnięcia i zebrania niezbędnych dowodów. Organ II instancji zwrócił uwagę, że postępowanie prowadzone przez organ kontroli skarbowej było złożone i wielowątkowe, co znajduje potwierdzenie w aktach sprawy. Postępowanie w sprawie dotyczącej zobowiązania Strony w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. wszczęto 29 kwietnia 2014 r. Wobec Spółki na wniosek Prokuratury Okręgowej w O. wszczęto łącznie 15 postępowań kontrolnych za lata 2008-2012 w zakresie podatku od towarów i usług, podatku dochodowego od osób prawnych oraz w zakresie zaliczek na podatek dochodowy od wypłaconych wynagrodzeń pracowniczych. W ramach czynności operacyjnych przeprowadzonych w Spółce przez funkcjonariuszy Centralnego Biura Śledczego w [...] zabezpieczono obszerną dokumentację podatkową, a także zbiory dokumentów "pozapodatkowych", w których Spółka ewidencjonowała zdarzenia gospodarcze, programy komputerowe oraz wykorzystywany w firmie program [...], stanowiący kluczowy dowód dla postępowań kontrolnych. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w O. w piśmie z 28 lutego 2018 r. dotyczącym wyjaśnienia przebiegu postępowań kontrolnych, w tym postępowania w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r., stwierdził, że wstępnie pozyskane dowody (zeznania świadka i strony) wskazywały na prowadzenie w firmie podwójnej księgowości w programie [...] i ewidencjonowanie w nim faktycznej wartości operacji. Organ kontrolny po otrzymaniu programu [...] dokonywał porównania zapisów tego programu z dokumentami zabezpieczonymi w Spółce, tj. zeszytami prowadzonymi dla D. L. , fakturami VAT i dokumentami PZ. Analiza odbywała się poprzez sporządzenie obszernych i czasochłonnych zestawień, które nie podlegały dokumentowaniu w aktach sprawy. Równolegle do postępowania w podarku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. prowadzono postępowanie w zakresie zaliczek na podatek dochodowy od wypłaconych wynagrodzeń pracowniczych za 2012 r. W trakcie postępowania ustalono, iż Skarżąca nie wywiązała się z obowiązku pobrania i wpłacenia należnych zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych od wypłaconych wynagrodzeń. Z uzasadnienia wyniku kontroli kończącego ww. postępowanie wynika, iż Spółka wypłaciła w 2012 r. pracownikom dodatkowe wynagrodzenie nie ujęte w księgach podatkowych. W ramach tego postępowania organ kontroli zwrócił się do Spółki o przekazanie listy plac, które to dokumenty otrzymano 6 maja 2014 r. Ustalenia poczynione w tym postępowaniu miały istotne znaczenie dla postępowania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. W myśl bowiem art. 15 ust. 4g ustawy z dnia 15 lutego 1992r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000r. Nr 54 poz. 654 ze zm.) należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 i 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000r. Nr 14, poz. 176 ze zm.) oraz zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego wypłacane przez zakład pracy stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który są należne, pod warunkiem, że zostały wypłacone lub postawione do dyspozycji w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony. W przypadku uchybienia temu terminowi do należności tych stosuje się art. 16 ust. 1 pkt 75. Spółka wypłaciła w poszczególnych miesiącach 2012 r, wynagrodzenie, które nie zostało ujęte w księgach rachunkowych. Zaliczki od tych wynagrodzeń zostały pobrane i wpłacone wraz z korektą deklaracji PIT-4R w dniu 8 października 2013 r. Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w okresie pierwszych 6 miesięcy postępowania organ kontrolny podejmował czynności polegające na zebraniu dowodów, pozyskaniu dokumentów od kontrolowanego, jak i zabezpieczonych w trakcie przeszukania w siedzibie Spółki. W tym czasie organ kontrolny dokonywał również czasochłonnej analizy programu [...] . Weryfikował jego zapisy z pozostałymi dowodami w sprawie, dokonywał szeregu zestawień i porównań, które w postaci załączników stanowią integralną część protokołów kontroli. Ponadto organ kontrolny prowadził postępowania, gromadził dowody w innych podatkach. Zebrany w nich materiał dowodowy i ustalenia w zakresie stanu faktycznego bezpośrednio przekładały się na wynik postępowania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. i miały wpływ na czas jego trwania. Z uwagi na wskazane zależności powyższych postępowań, wymagający zbadania obszerny materiał dowodowy, jak również konieczność podejmowania dalszych czynności, między innymi przesłuchania świadków wskazanych przez Spółkę, termin zakończenia postępowania w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych musiał wykraczać poza okres 6 miesięcy od daty wszczęcia postępowania, był odległy i trudny do przewidzenia. Organ podkreślił, że organ kontrolny przeprowadził przesłuchania ponad 20 osób, z których protokoły zostały włączone do akt niniejszego postępowania postanowieniem z dnia [...] kwietnia 2017 r. Po sporządzeniu przez organ kontrolny protokołu badania ksiąg podatkowych z dnia 7 kwietnia 2017 r., Pełnomocnik Spółki pismem z 26 kwietnia 2017 r, wypowiedział się w sprawie oraz przedłożył szereg nowych wniosków dowodowych. Organ kontrolny postanowieniem z [...] kwietnia 2017 r. wyznaczył Stronie siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Strona pismem z dnia 11 maja 2017 r. podtrzymała w całości zastrzeżenia do protokołu złożone w piśmie z dnia 26 kwietnia 2017r. Po rozpatrzeniu wniosku Strony z 24 kwietnia 2017 r. organ kontrolny postanowieniem z [...] maja 2017 r. odmówił przeprowadzenia dowodów. Postępowanie zakończono wydaniem decyzji z [...] maja 2017 r. Organ II instancji wskazał, że równolegle do postępowań kontrolnych toczyło się postępowanie prowadzone przez Centralne Biuro Śledcze. Taki stan rzeczy determinował potrzebę wymiany informacji, następnie przetworzenie tych informacji (polegającą m. in. na ocenie skutków podatkowych) i ewentualne ich uzupełnienie. W takich sytuacjach, co do zasady, dokładne zaplanowanie przebiegu postępowania nie jest możliwe. Wyznaczanie kierunków postępowania, które dynamizowane jest pozyskiwaniem nowych dowodów i koniecznością oceny tych dowodów (ich uwiarygodnienia) przekłada się na czas trwania postępowania - przy czym przełożenie to ma charakter wyłącznie indywidualny. W takich sytuacjach, prognozy co do terminu załatwienia sprawy mają charakter wyłącznie hipotetyczny. Omawiając czas trwania postępowania nie sposób nie zaznaczyć, że ma też na niego wpływ dostarczanie korespondencji procesowej. Aby zapewnić stronie jej prawa. np. przy przesłuchaniach świadków, pisma wysyłane muszą być z założeniem, że odbiór przez adresata nastąpić może w 14 dniu od złożenia pisma w placówce pocztowej. Jeżeli chodzi o przesłuchania świadków to czynności takie mogą być rozłożone w czasie z uwagi na priory tety składania zeznań, jak i niedyspozycje wzywanych świadków, jak miało to miejsce w analizowanej sprawie, co spowodowało wyznaczenie innego terminu aniżeli pierwotnie zaplanowany (tj. z 16 listopada 2015 r. na 7 grudnia 2015 r.). Zdaniem organu odwoławczego wykonanie ciążących na organie podatkowym obowiązków z uwagi na złożony charakter sprawy, konieczność wyjaśnienia wielu faktów, przeprowadzenia szeregu dowodów, może stanowić przyczynę przedłużenia postępowania ponad okres wskazany w art. 24 ust. 5 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (t.j. Dz. U. z 2016 r., poz. 720 ze zm.) dalej jako: u.k.s.. W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej analiza i wnioskowanie z zachowaniem reguł wynikających z przepisów prawa procesowego i materialnego musiało zająć odpowiednio dużo czasu, a chronologia podejmowanych przez organ kontroli skarbowej czynności potwierdza zakres kontroli i dowodzi szybkości i częstotliwości podejmowania poszczególnych czynności, nie stanowiąc okoliczności zależnej od organu, która przyczyniła się do opóźnienia w wydaniu decyzji, zatem opóźnienie w wydaniu decyzji nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Skarżąca złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie wnosząc o uchylenie zaskarżonego postanowienia w całości i poprzedzającego go postanowienia organu I instancji, uchylenie zaskarżonego postanowienia w całości i przekazanie sprawy organowi II instancji do ponownego rozpatrzenia, zasądzenie od organu podatkowego na rzecz Skarżącej kosztów postępowania. Skarżąca zarzuciła zaskarżonemu postanowieniu naruszenie: 1. art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2018 r, poz, 800 ze zm.) dalej jako: o.p, w związku z art. 24 ust. 5 i 6u.k.s. poprzez: a) niezasadne obciążanie Spółki odsetkami za zwłokę za okres trwania postępowania kontrolnego, tj. za okres od 29 kwietnia 2014 r. do 5 czerwca 2017 r., tj. za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r, podczas gdy w obrocie prawnym nie funkcjonuje żaden akt administracyjny, który uprawniałby organy podatkowe do obciążania Skarżącego odsetkami za zwłokę za okres postępowania kontrolnego trwającego z winy organu kontroli ponad 3 lata, gdyż: • decyzja Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w O. z [...] maja 2017 r., nr [...] nie zawiera w uzasadnieniu przyczyn wydłużenia postępowania kontrolnego ponad ustawowe 6 miesięcy; • w sprawie nie został wydany odrębny akt administracyjny, tj. oddzielna decyzja lub postanowienie, w którym organ w związku z przekroczeniem ustawowego terminu 6 miesięcy na prowadzenie postępowania kontrolnego uregulowałby kwestię odsetek za zwłokę; b) jego niezastosowanie, a w rezultacie błędne określenie okresu naliczania odsetek za zwłokę od zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r., z uwagi na niewyłączenie okresu od 29 kwietnia 2014 r. do 5 czerwca 2017 r., tj, okresu od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r., za który to okres w przypadku gdy decyzja nie została doręczona w terminie 6- miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego nie nalicza się odsetek za zwłokę; 2. art. 16 o.p, w związku z art. 6 ust. 1 i art. 8 ust. 1 u.k.s. poprzez naruszenie właściwości rzeczowej organu podatkowego i bezpodstawne przyjęcie kompetencji Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. do rozstrzygania kwestii odsetek za zwłokę w związku z przekroczeniem przez organ kontroli skarbowej - Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w O. ustawowego terminu 6 miesięcy na prowadzenie postępowania kontrolnego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r. i bezzasadne zaliczenie wpłaty z dnia 17 stycznia 2018 r w kwocie 142.714,00 zł również na poczet odsetek za zwłokę, podczas gdy kompetencję do określenia czy w przedmiotowej sprawie należne są od Skarżącego odsetki za zwłokę za okres postępowania kontrolnego z uwagi na doręczenie decyzji po upływie 6 miesięcznego terminu oraz czy wystąpiły okoliczności wyłączające możliwość zastosowania przerwy w naliczeniu odsetek posiadał w świetle ustawy o kontroli skarbowej jedynie Naczelnik [...] Urzędu Celno - Skarbowego w O. ; 3. art. 233 § 1 pkt 1 w związku z art. 239 o.p. i w związku z art. 120 o.p. w związku z art. 6 ust. 1 i art. 8 ust. 1 u.k.s. poprzez utrzymanie w mocy postanowienia organu I instancji, pomimo że nie posiadał on uprawnień do rozstrzygania w postanowieniu o zaliczeniu wpłaty z 17 stycznia 2018 r. kwestii odsetek za zwłokę, z uwagi na fakt, iż w świetle art. 6 ust. 1 i art 8 ust. 1 u.k.s. nie jest podmiotem sprawującym kontrolę skarbową, gdyż organem kontroli skarbowej jest dyrektor urzędu kontroli skarbowej, czym w rezultacie naruszono przepisy o właściwości; 4. art. 233 § 1 pkt 1 w związku z art. 239 o.p. poprzez utrzymanie w mocy zamiast uchylenia postanowienia organu I instancji, które to postanowienie zasługiwało na wyeliminowanie z obrotu prawnego, gdyż zawiera błędne wyliczenie okresu za jaki należne są od Spółki odsetki za zwłokę od zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r., z uwagi na niewyłączenie okresu od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji, za który to okres z uwagi na niedoręczenie, przez organ I instancji, decyzji w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r. w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego nie nalicza się odsetek za zwłokę; 5. art. 233 § 1 pkt 1 w związku z art. 239 o.p. poprzez utrzymanie w mocy zamiast uchylenia postanowienia organu I instancji, które to postanowienie zasługiwało na wyeliminowanie z obrotu prawnego, gdyż zawiera błędne wyliczenie okresu za jaki należne są od Spółki odsetki za zwłokę od zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r., z uwagi na niewyłączenie okresu od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji, za który to okres z uwagi na niedoręczenie, przez organ I instancji, decyzji w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r. w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego nie nalicza się odsetek za zwłokę; 6. 217 § 2 w związku z art. 210 § 4 i w związku z art. 219 o.p. poprzez ich niewłaściwe zastosowanie, a w konsekwencji brak w treści skarżonego postanowienia prawidłowego uzasadnienia faktycznego i prawnego, w szczególności: a) sprzeczne stanowisko organu II instancji co do zasadności zastosowania art. 24 ust. 6 u.k.s.; b) powielenie w ślad za organem I instancji błędów w wyliczeniu okresu naliczania odsetek za zwłokę od zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r.; 7. art. 84 w związku z art. 217 Konstytucji RP poprzez nieuregulowanie kwestii odsetek za zwłokę w żadnym akcie administracyjnym, tj. ani w decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w O. ani w oddzielnym postanowieniu, a tym samym uniemożliwienie Skarżącemu wypełnianie konstytucyjnych obowiązków związanych z ponoszeniem ciężarów i środków publicznych, pomimo chęci wywiązywania się przez Spółkę z wszelkich obowiązków wobec Państwa; 8. art, 122 o.p. w związku z art. 187 § 1 o.p. i w związku z art. 191 o.p. poprzez niepodjęcie wszelkich możliwych działań w przedmiocie analizy przebiegu postępowania kontrolnego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. prowadzonego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. (od dnia 1 marca 2017 r. przez Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w O. ) i zaistnienia niezależnych od organu przesłanek przedłużenia postępowania ponad ustawowy okres, a w rezultacie nieuzasadnione przerzucenie na Skarżącego odpowiedzialności za opóźnienie w wydaniu decyzji i dowolną ocenę zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego oraz uznanie, że przedłużenie postępowania było spowodowane przyczynieniem się strony do opóźnienia w wydaniu decyzji, a tym samym możliwe było wyłączenie zastosowania zwolnienia z obliczania odsetek Nadto, z ostrożności procesowej, zaskarżonemu postanowieniu Skarżąca zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s. poprzez ich błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że w sprawie opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu, bowiem analiza i wnioskowanie z zachowaniem reguł wynikających z przepisów prawa procesowego i materialnego musiało zająć odpowiednio dużo czasu, podczas gdy przedłużenie postępowania kontrolnego było wynikiem niewłaściwej organizacji pracy oraz równoczesnym prowadzeniem przez pracowników organu postępowań kontrolnych w innych sprawach, w tym m. in. w sprawie Skarżącego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r., a w rezultacie bezpodstawne zastosowanie okoliczności wyłączających przerwę w naliczaniu odsetek za zwłokę i obciążenie Skarżącego nienależnymi odsetkami. Po przeanalizowaniu zarzutów przedstawionych w złożonej skardze Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonym postanowieniu. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje: Skarga okazała się zasadna, choć nie wszystkie zawarte w niej zarzuty Sąd uznał za słuszne. Dokonując oceny legalności zaskarżonego postanowienia Sąd uznał, że skarga podlega uwzględnieniu, albowiem przy wydaniu zaskarżonego postanowienia doszło do naruszenia przepisów postępowania mogącego mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Zaprezentowane niżej stanowisko Sądu jest zgodne z tym, które zajął WSA w Warszawie w wydanych wobec Skarżącej wyrokach z dnia 11 października 2018 r. (III SA/Wa 1338/18), z dnia 27 marca 2019 r. (III SA/Wa 1644/18), z dnia 7 maja 2019 r. (III SA/Wa 2506/18) i z dnia 29 maja 2019 r. (III SA/Wa 2507/18). W uzasadnieniu niniejszego wyroku wykorzystano zaprezentowaną w nich argumentację. Zaskarżone postanowienie rozstrzyga w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowej oraz przypadających od niej odsetek za zwłokę. Kwestią sporną w rozpatrywanej sprawie jest wysokość odsetek za zwłokę naliczonych od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r., która w ocenie Skarżącej została zawyżona, z uwagi na nieuwzględnienie przez organ przerwy w ich naliczaniu wynikającej z art. 24 u.k.s. Zdaniem organów, w przedmiotowej sprawie brak zaś było podstaw do zastosowania, na podstawie art. 24 ust. 5 u.k.s., przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r., gdyż opóźnienie w wydaniu decyzji nastąpiło z przyczyn i okoliczności niezależnych od organu, z uwagi na złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzonych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania. Z takim stanowiskiem nie zgadza się Skarżąca podnosząc, w szczególności, że – wbrew twierdzeniom organu - przedłużenie postępowania kontrolnego było wynikiem niewłaściwej organizacji pracy i rozłożenia zadań przez organ kontroli skarbowej, w wyniku czego bezpodstawnie nie zastosowano przerwy w naliczeniu odsetek za zwłokę i obciążono Stronę nienależnymi odsetkami. Przy tak zakreślonych granicach skargi, punktem wyjścia do oceny wydanego zaskarżonego skargą postanowienia jest wskazanie na obowiązujące regulacje prawne mające zastosowanie w sprawie, przy uwzględnieniu, iż postępowanie kontrolne wobec Skarżącej prowadzone było początkowo (tj. niemal przez 3 lata) przez organ kontroli skarbowej, a zakończyło się – po przejęciu postępowania - decyzją naczelnika urzędu celno-skarbowego. Ponieważ jednak Skarżąca podnosi także zarzut braku tytułu prawnego do egzekwowania od Spółki odsetek za zwłokę, Sąd w pierwszej kolejności obowiązany był odnieść się do kwestii "nieuregulowania odsetek za zwłokę w żadnym akcie administracyjnym, a tym samym uniemożliwienia Skarżącej wypełnianie konstytucyjnych obowiązków związanych z ponoszeniem ciężarów i środków publicznych (...)". Zacząć należy od tego, że w wyniku wydania decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w O. z dnia [...] maja 2017 r. została ujawniona zaległość w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r., od której - w myśl art. 53 § 1 i § 4 O.p. - naliczane są odsetki za zwłokę, od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności podatku. W świetle obowiązujących przepisów prawa, w przypadku wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, które stanowi zaległość podatkową, brak jest podstaw do wydania przez organ podatkowy odrębnej decyzji określającej wysokość należnych od tej zaległości odsetek za zwłokę. Naliczenie odsetek za zwłokę przez organ podatkowy dokonywane jest tylko w decyzji wydawanej na podstawie art. 53a O.p. Jej przedmiotem jest naliczanie odsetek od zaliczek. W każdym natomiast innym przypadku, organ nie wydaje odrębnego aktu w przedmiocie naliczania odsetek za zwłokę, biegną one z mocy prawa, zgodnie z art. 53 § 3 O.p. ma obowiązek naliczyć je sam zobowiązany (podatnik, płatnik, inkasent itd.). W art. 53 § 3 zawarto sformułowanie "z zastrzeżeniem" – co oznacza, że co do zasady odsetki nalicza podatnik (płatnik, inkasent itd.) ale "z zastrzeżeniem" sytuacji, kiedy jednak ma to zrobić organ. Jest tak m.in. wówczas, gdy określenie wysokości odsetek jest niezbędne do dokonywania określonej czynności np. proporcjonalnego zaliczenia wpłaty na poczet zaległości i odsetek (art. 55 § 2 O.p. w zw. z art. 62 § 4 o.p.). Tak więc wysokość odsetek za zwłokę stanowi odrębne rozstrzygnięcie tylko w przypadku decyzji wydanej na podstawie art. 53a O.p. Niezasadnie zatem w skardze zarzucono, że wysokość odsetek w niniejszej sprawie nie została określona w odrębnym akcie. Zarazem, niezasadnie zarzucono, że Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. wszedł w kompetencje Naczelnika UCS w O., gdyż tylko ten organ – w świetle wywodów skargi – byłby uprawniony do określenia wysokości odsetek za zwłokę. Otóż zdaniem Sądu z przytoczonych już przepisów Ordynacji podatkowej wynika, że odsetki w tym wypadku powinien naliczyć organ. Zgodnie bowiem z art. 53 § 3 odsetki nalicza sam podatnik – ale z zastrzeżeniem m.in. art. 62 § 4 o.p., czyli przepisu stanowiącego o obowiązku (tak jak w niniejszej sprawie) wydania postanowienia o zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowej i odsetek za zwłokę. Owo "z zastrzeżeniem" uzyte w art. 53 § 3 O.p. wyraźnie wskazuje, że odsetki w tym wypadku nalicza nie sam podatnik, tylko organ, a po drugie – że musi to być ten organ, który dokonuje zaliczenia wpłaty wydając postanowienie, czyli ten właściwy dla podatnika miejscowo organ, na rzecz którego podatnik dokonał wpłaty. Skoro zachodziła konieczność zaliczenia wpłaty na poczet podatku (zaległości) i przypadających od niego odsetek – to prawidłowo naczelnik urzędu skarbowego dokonujący zarachowania odniósł się w postanowieniu do wysokości odsetek za zwłokę. Aby zaliczyć wpłatę, musiał stwierdzić, jakie są odsetki za zwłokę. Niezależnie od zastrzeżeń Sądu co do prawidłowości ustalenia wysokości odsetek za zwłokę Sąd stwierdza, że Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego miał kompetencje do obliczenia ich wysokości dla potrzeb wydania postanowienia, o którym mowa w art. 62 § 4 O.p. Z całą pewnością zaś żaden przepis takich kompetencji nie przyznaje organowi, który wydał decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego, tj. naczelnikowi UCS w O.. Zgodnie z art. 53 § 1 i 4 O.p. od zaległości podatkowych naliczane są odsetki za zwłokę od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności podatku. W świetle powyższego, w ocenie Sądu, za nietrafny należy uznać zarzut skargi dotyczący nieuregulowania kwestii odsetek za zwłokę i braku możliwości ustalenia przez Skarżącą, za jaki okres powinna je zapłacić, co pozostaje w sprzeczności z art. 84 w związku z art. 217 Konstytucji RP. Za zasadne Sąd uznał natomiast zarzuty skargi odnoszące się do niewykazania przez organ, że w sprawie zachodził wyjątek od zasady nienaliczania odsetek przewidziany w art. 24 ust. 6 ustawy o kontroli skarbowej (u.k.s.). Organy zdaniem Sądu nie wykazały, iż przedłużenie czasu trwania postępowania przed organem kontroli skarbowej nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Uchybienie to skutkować musiało przyjęciem, że doszło do naruszenia przepisów postępowania mogącego mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a w konsekwencji, uchyleniem zaskarżonego postanowienia, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. Zgodnie z art. 53 § 1 O.p. od zaległości podatkowych, z zastrzeżeniem art. 52 § 1 pkt 2 i art. 54 O.p., naliczane są odsetki za zwłokę. Odsetki za zwłokę naliczane są od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności. Zgodnie zaś z art. 62 § 1 O.p., jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku, począwszy od zobowiązania o najwcześniejszym terminie płatności, chyba że podatnik wskaże, na poczet którego zobowiązania dokonuje wpłaty. Stosownie do art. 76 § 1 O.p. nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Obowiązek naliczania odsetek za zwłokę powstaje z mocy prawa i wynika z samego faktu wystąpienia zaległości podatkowej (art. 53 § 1 O.p.). Jednocześnie art. 55 § 1 O.p. wskazuje, że odsetki za zwłokę wpłacane są bez wezwania organu podatkowego, jeśli natomiast wpłata nie pokrywa kwoty zaległości wraz z odsetkami za zwłokę, rozlicza się ją proporcjonalnie, czyli zalicza na poczet zaległości podatkowej oraz odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim w dniu wpłaty pozostaje kwota zaległości do kwoty odsetek (§ 2). Oznacza to, że z chwilą wpłaty na poczet zaległego podatku, organ podatkowy ma obowiązek zarachowania jej proporcjonalnie na należność główną i odsetki za zwłokę. Od zasady naliczania odsetek ustawodawca przewidział wyjątki , które wskazał w art. 54 O.p. oraz – co ma znaczenie w niniejszej sprawie – w art. 24 ust. 5 u.k.s. Art. 24 u.k.s. przewiduje w ust. 5, że nie nalicza się odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej, jeżeli od wszczęcia postępowania kontrolnego do chwili doręczenia decyzji kontrolowanemu upłynęło więcej niż 6 miesięcy ("Jeżeli decyzja, o której mowa w ust. 1 pkt 1 i ust. 2, nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, nie nalicza się odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji"). Wyłączenie przewidziane w ust. 5 cyt. przepisu nie ma zastosowania jedynie w sytuacji, "jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu" (art. 24 ust. 6 u.k.s.). Przepisy art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s., dodane zostały do tej ustawy na mocy ustawy z dnia 25 czerwca 2010 r. o zmianie ustawy o kontroli skarbowej oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2010 r., nr 127, poz. 858). W uzasadnieniu projektu ustawy zmieniającej wskazano, że "(...) Dodanie ust. 5 ma na celu wprowadzenie ochrony kontrolowanych przed niekorzystnymi skutkami przewlekłości postępowania, w zakresie naliczania odsetek za zwłokę. Obecnie na mocy wyłączenia z art. 31, do postępowań kontrolnych nie stosuje się przepisu art. 54 Ordynacji podatkowej dotyczącego nienaliczania odsetek za zwłokę. Aby kontrolowany nie był narażony na straty związane z naliczaniem odsetek ze względu na przedłużające się postępowanie kontrolne, zgodnie z projektowanym ust. 5 odsetki nie będą naliczane od momentu wszczęcia postępowania kontrolnego do jego zakończenia, jeżeli decyzja organu kontroli skarbowej nie zostanie doręczona w ciągu 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Na podstawie ust. 6 nie będzie dotyczyć to sytuacji, kiedy do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynia się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu." Nie powinno budzić wątpliwości, że z przytoczonego fragmentu wynika, iż przepisy te mają charakter dyscyplinujący organ, a jednocześnie chroniący stronę postępowania przed skutkami prowadzenia postępowania w sposób przewlekły, niezależny od niej. Należy zarazem pamiętać, że przepis art. 24 ust. 6 u.k.s. stanowi wyjątek od zasady ogólnej przewidzianej w art. 24 ust. 5 u.k.s., co oznacza, że ciężar wykazania, iż przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu i że w związku z tym podatnik nie może skorzystać z regulacji zawartej w art. 24 ust. 5 u.k.s., spoczywa na organie podatkowym. Dokonując oceny zaskarżonego postanowienia i przytoczonej w nim argumentacji poprzez pryzmat wskazanych przepisów, rozstrzygnięcia zatem wymaga, czy okoliczności opóźnienia wskazywane przez organ były w istocie przyczynami niezależnymi od organu (organ nie powołuje się na drugą przesłankę, tj. na to, aby opóźnienie było rezultatem przyczynienia się kontrolowanego lub jego przedstawiciela i sąd nie dostrzegł w aktach sprawy okoliczności, które pozwalałyby w postawie strony poszukiwać przyczyn opóźnienia). Na marginesie należy dodać, że ustawa o kontroli skarbowej została uchylona z dniem wejścia w życie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (1 marca 2017 r.), jednak w niniejszej sprawie wszczęcie postępowania kontrolnego oraz upływ 6-miesięcznego terminu nastąpiły pod jej rządami, dlatego ocen należy dokonywać w oparciu o art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s. Zdaniem DIAS zebrany w sprawie materiał dowodowy wskazuje, że brak jest podstaw do zastosowania wobec Skarżącej przerwy w naliczaniu odsetek za okres postępowania toczącego się przed organem pierwszej instancji (art. 24 ust. 5 u.k.s.), mimo że czas trwania tego postępowania bezspornie przekroczył termin 6 miesięcy - albowiem zdaniem DIAS, opóźnienie w wydaniu i doręczeniu decyzji przez organ pierwszej instancji nastąpiło z przyczyn niezależnych od tego organu. Zaświadczać o tym mają takie, w szczególności, okoliczności jak to, że: – Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w E. (potem Naczelnik UCS w O.) nie miał wpływu na obszerność materiału dowodowego niezbędnego do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy; – organ ten prowadził wobec Skarżącej postępowania kontrolne za okres od 2008 do 2012 r. w zakresie podatku od towarów i usług, podatku dochodowego od osób prawnych i pobranych zaliczek na podatek dochodowy od wypłaconych wynagrodzeń; – postępowania kontrolne były prowadzone na zlecenie Prokuratury Okręgowej w O., zaś część dokumentów źródłowych Spółki zostało zabezpieczonych przez Policję i konieczne było oczekiwanie na udostępnienie ich organowi kontroli skarbowej; – dopiero pismem z dnia 9 czerwca 2014 r. CBŚ Komendy Głównej Policji w W. przekazało kontrolującym dokumentację zabezpieczoną w Spółce, zaś zabezpieczone w trakcie przeszukania w siedzibie Skarżącej dane elektroniczne programu [...] zlecono do odczytania biegłym; – istniała konieczność oczekiwania na efekty pracy biegłych, która przyczyniła się do przedłużenia czasu trwania postępowania, przy czym dane zapisane w programie [...] miały kluczowe znaczenie dla ustaleń faktycznych do postępowań za okres od 2008 r. do 2012 r. w zakresie podatku od towarów i usług oraz podatku dochodowego od osób prawnych; – w okresie od 24 października 2013 r. do 10 stycznia 2017 r. gromadzono dowody; – z opisu przebiegu postępowania kontrolnego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. wynika, że Skarżąca w pełni korzystała w jego trakcie z przysługujących praw (co jednak nie zostało poczytane przez organy jako przyczynienie się Skarżącej do opóźnienia w wydaniu decyzji; organy uznają jedynie, że opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu). Jednocześnie DIAS podkreślił, że czas oczekiwania na rezultat podjętej czynności procesowej, w tym np. wystosowanie do strony wezwania do dostarczenia dokumentów wystąpienia do kontrahentów strony o udzielenie informacji, wystąpienia do innych organów kontroli skarbowej w celu pozyskania informacji, wystąpienia do organów ścigania o udostępnienie dowodów zgromadzonych w toku śledztwa, skierowania wezwań do świadków nie stanowi opóźnienia z przyczyn zależnych od organu, jest wypełnieniem obowiązków procesowych, często związanych z uprawnieniami strony. Ponadto na czas przeprowadzenia poszczególnych czynności nie składa się wyłącznie dzień wystosowania konkretnego pisma, a również czas niezbędny do zachowania terminów procesowych przewidzianych dla takich czynności, czas do wpływu dokumentów, pozyskania żądanych informacji lub czas wpływu zwrotnych potwierdzeń odbioru wezwań i zawiadomień, co ma również związek z koniecznością respektowania uprawnień postępowania. Zdaniem Sądu, powyższa argumentacja oraz analiza uzasadnienia zaskarżonego postanowienia wskazuje, że – generalnie biorąc - ma ono charakter sprawozdawczy, odwołując się do opisu czynności wykonanych przez organ kontroli skarbowej, ale bez przekonującego uzasadnienia powodów przewlekłości postępowania kontrolnego, które w zakresie przedmiotowego podatku było prowadzone przez ponad 3 lata. Sąd podziela zastrzeżenia Skarżącej, że tak w zaskarżonym postanowieniu, ani w postanowieniu je poprzedzającym, poza samym wyliczeniem przeprowadzonych czynności, nie wyjaśniono na jakiej podstawie oparto wniosek o skomplikowanym charakterze sprawy i co istotne, dlaczego organ kontroli aż szesnastokrotnie przedłużał termin zakończenia sprawy (organ w postanowieniu pierwszej instancji z [...] maja 2018 r. wymienił 16 postanowień wyznaczających nowy termin – s. 2-3). Organ pierwszej instancji w swoim postanowieniu (s. 3) powoływał się m.in. na to, że prowadzący postępowanie kontrolne DUKS w E. zwracał się do CBŚ o przekazanie dokumentów zabezpieczonych siedzibie Spółki. Jednak sam organ przyznaje, że to zwrócenie się miało miejsce 12 maja 2014 r., a DUKS otrzymał je już 9 czerwca 2014 r. Dalej, DUKS powołuje się na to, że analizowanie danych z programu [...] było czasochłonne – nie wskazuje jednak, ile czasu to zajęło, a zatem nie wiadomo, czy rzeczywiście było to dużo czasu, a jeśli – to nie wiadomo, czy aż tak dużo (?) czasu było na to potrzeba. Wręcz przeciwnie – organ wskazuje w postanowieniu, że dokonywanie "obszernych i czasochłonnych zestawień nie podlegało dokumentowaniu w aktach sprawy" (s. 11 postanowienia DIAS z [...] sierpnia 2018 r.). W zaskarżonym postanowieniu organ uznał, że jedną z przesłanek niezależnych od organu, warunkującą wyłączenie przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę za okres trwania postępowania kontrolnego było to, że przesłuchano ponad 20 osób. Na s. 13 zaskarżonego postanowienia DIAS wskazuje na niedyspozycję jednego świadka, który zamiast w zaplanowanym terminie 16 listopada 2015 r. został przesłuchany 7 grudnia 2015 r. Te okoliczności w sumie zdaniem Sądu nie przesądzają o uznaniu, że to z przyczyn niezależnych od organu postępowanie trwało ponad 6 miesięcy (a konkretnie, ponad 3 lata). Przykładowo, Organ odwoławczy ani organ pierwszej instancji nie wyjaśnił, jakie były uzasadnione przyczyny, niezależne od organu, że od 28 maja 2014 r. (protokół pobrania e-danych) do 29 października 2014 r. (skierowanie do Spółki wezwania do przedstawienia ewidencji środków trwałych) organ kontroli skarbowej nie podjął żadnych czynności, a przynajmniej nie zostały wskazane one w zestawieniu przebiegu postępowania (por. zestawienie przebiegu postępowania zamieszczone na s. 2 postanowienia organu pierwszej instancji). Z tego samego zestawienia wynika, że potem od końca listopada 2014 r. do 15 maja 2015 r. Organ znów nie podejmował żadnych czynności – a organy nie wyjaśniają, dlaczego taki stan miał miejsce, czy było to uzasadnione oczekiwaniem na coś (z zestawienia to nie wynika). Jeszcze bardziej jaskrawym przypadkiem niewyjaśnienia powodów przyczyn niepodejmowania określonych czynności przez organ stanowi okoliczność, że w okresie od 24 lutego 2016 r. do 6 października 2016 r. organ ograniczył się jedynie do czterokrotnego przedłużenia postępowania kontrolnego. Nie wskazano co organ robił pomiędzy wydawaniem przedmiotowych postanowień o przedłużeniu terminu zakończenia postępowania – z zestawienia wynika, że organ kontroli nie podjął żadnych działań merytorycznych. Podane w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia okoliczności i wyjaśnienia zdaniem Sądu są w przeważającej mierze natury ogólnej, nie potwierdzają jednoznacznie stanowiska, że to z przyczyn niezależnych od organu postępowanie w tej konkretnej sprawie trwało dłużej niż 6 miesięcy. Przecież z zasady w postępowaniu trzeba przesłuchiwać świadków i analizować dokumenty, w wielu postępowaniach trzeba uzyskiwać dokumenty od organów ścigania. Ustawodawca zakreśla jednak termin 6 miesięcy jako taki, który – standardowo – powinien na to wystarczyć. Organ powołuje się na to, że od wezwania świadka do terminu jego przesłuchania musi upłynąć trochę czasu. To prawda – ale przecież ustawodawcy te okoliczności były znane gdy wprowadzał 6 miesięczny termin. Liczba świadków przesłuchanych w tym postepowaniu nie była nadzwyczajnie duża. W tym miejscu należy podkreślić, że Sąd nie przesądza o tym, że wymienione powyżej, zresztą jedynie przykładowe okresy długiego braku aktywności organu są nieusprawiedliwione okolicznościami sprawy, a jedynie wskazuje, że tak organ I instancji, jak Organ odwoławczy, nie podjęły próby wyjaśnienia lub zweryfikowania przyczyn w opóźnieniu działań organów, nie wykazywały, że pewnych czynności nie można było skoncentrować i tym samym przeprowadzić sprawniej postępowania. Sama zaś analiza akt postępowania kontrolnego nie wyklucza zasadności stanowiska strony, że postępowanie kontrolne prowadzono przewlekle. W tym kontekście należy zgodzić się z argumentacją skargi, że Organy zasadność naliczania odsetek za zwłokę za okres postępowania kontrolnego oparły na ogólnych sformułowaniach, niepopartych konkretnymi danymi z okoliczności przedmiotowej sprawy. Organ odwoławczy nie zweryfikował przy tym, czy wskazane przerwy w działaniu organu kontroli skarbowej faktycznie były spowodowane oczekiwaniem na obieg dokumentów, a jeśli tak, to czy potrzebne było aż tyle czasu, ile to w rzeczywistości zajęło. Samo zaś wyliczenie czynności mających miejsce w postępowaniu kontrolnym jedynie odzwierciedla obraz podejmowanych działań, natomiast przedstawiona chronologia nie wyjaśnia, a tym bardziej nie usprawiedliwia długotrwałości postępowania (ponad 3 lata od wszczęcia postępowania; postanowienie o wszczęciu doręczone 29 kwietnia 2014 r., decyzja organu pierwszej instancji wydana [...] maja 2017 r.). Organy wskazują, że pełnomocnik strony w toku postępowania kilkakrotnie wnosił o przedłużenie czasu wyznaczonego stronie na dostarczenie dokumentów bądź złożenie wyjaśnień – nie wskazując wszelako, czy i jak długą zwłokę te wnioski wywołały. Wskazano też, że strona składała liczne wnioski dowodowe, z których część uwzględniono. Z postanowień jednak nie wynika, czy i jak dalece wnioski Strony wydłużyły postępowanie i czy uznaje, że to właśnie były te przyczyny "niezależne od organu". Reasumując powyższe ustalenia i rozważania, w ocenie Sądu, w rozstrzyganej sprawie organy nie wykazały przesłanki, która uzasadniałaby obciążanie Skarżącej odsetkami za okres postępowania kontrolnego i zastosowanie art. 24 ust. 6 u.k.s. W konsekwencji, działania organów podatkowych pozostają w sprzeczności z art. 122, art. 187 § 1 i 191 O.p., które to naruszenia mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy. To Organ podatkowy jako gospodarz postępowania powinien podjąć wszelkie niezbędne działania celem ustalenia zasadności obciążania Skarżącej odsetkami za zwłokę za czas trwania postępowania kontrolnego – pamiętając o tym, że postępowanie trwające dłużej niż 6 miesięcy z zasady powinno uwalniać Skarżącą od odsetek, a jeśli organ twierdzi, że zaistniały przesłanki wykluczające tę regułę (tj. ma zastosowanie art. 24 ust. 6 u.k.s.) – to powinny to wykazać. Strona nie może zaś ponosić ujemnych konsekwencji procesowych z tytułu zaniechań lub zaniedbań organu podatkowego w tym zakresie. W niniejszej sprawie organy podatkowe ograniczyły się do ogólnych, lakonicznych sformułowań o przyczynach prowadzenia przez organ kontroli postępowania ponad ustawowe 6 miesięcy. Nie zostały rozważone dokonywane przez organ kontroli czynności i podejmowane działania oraz czas ich realizacji. Nie ustalono, czy organ kontroli skarbowej faktycznie potrzebował aż tak długich odstępów czasu pomiędzy dokonywaniem poszczególnych czynności. Ustalenie tych kwestii było obowiązkiem organu, jeśli próbował on wykazać, że postępowanie trwało tak długo z przyczyn niezależnych od organu. Naruszono też art. 217 § 2 O.p. w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy, gdyż – jak wskazano wyżej – uzasadnienie postanowienia (zarówno pierwszej, jak i drugiej instancji) nie zawiera przekonującego i precyzyjnego wskazania okoliczności faktycznych uzasadniających twierdzenie, że opóźnienie w wydaniu decyzji spowodowane było okolicznościami niezależnymi od organu. Sąd po raz kolejny podkreśla, w nawiązaniu do rozważań z części wstępnej, że - co do zasady - odpowiedzialność za sprawność postępowania ponosi organ, natomiast możliwość przypisania podatnikowi współodpowiedzialności za opóźnienia w tym zakresie może wystąpić tylko wyjątkowo, przy czym jako przyczyny opóźnienia nie można ocenić takiego zachowania podatnika, które polega na korzystaniu przez stronę z przysługujących jej uprawnień procesowych. Organ nie wykazał, aby zachowanie podatnika nosiło cechy nadużywania jego uprawnień. W istocie argumentację organu odwoławczego można sprowadzić do stwierdzenia, że nie można było zakończyć postępowania kontrolnego w terminie, z uwagi na skomplikowany charakter sprawy. Lakoniczność i ogólnikowość argumentacji organu, nie dawały podstaw do uznania za zasadny poglądu, że z przyczyn niezależnych od organu, faktycznie postępowanie kontrolne nie mogło zakończyć się w wyznaczonym przez ustawodawcę terminie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie rozpatrujący niniejszą skargę w pełni podziela pogląd, że "1. Artykuł 24 ust. 6 u.k.s. stanowi wyjątek od zasady ogólnej przewidzianej w art. 24 ust. 5 tej ustawy. Oznacza to, że ciężar wykazania, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu i że w związku z tym podatnik nie może skorzystać z regulacji zawartej w art. 24 ust. 5 u.k.s., spoczywa na organie podatkowym. 2. Nie może być podstawą uznania, że wydłużenie postępowania kontrolnego nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, poprzez powołanie się na zebranie obszernego materiału dowodowego, jak i przeprowadzenie licznych dowodów w celu weryfikacji rzetelności dokumentów, analizę materiałów zgromadzonych w czasie kontroli u kontrahenta kontrolowanego. Są to bowiem normalne (obowiązkowe) czynności podejmowane w trakcie kontroli skarbowej przez prowadzące ją organy" (tak wyrok WSA w Łodzi z dnia 9 maja 2018 r., I SA/Łd 272/18, LEX nr 2493261). Dlatego też, zdaniem Sądu, skoro termin wynikający z art. 24 ust. 5 u.k.s. został przekroczony, a organ nie wykazał, że opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od niego, to na podstawie argumentacji organu nie można było uznać, że nie ma zastosowania wyjątek od naliczania odsetek przewidziany w ust. 6. Niewykazanie przez organ, że przedłużenie czasu trwania postępowania przed organem kontroli skarbowej nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu powoduje, że uzasadnione są podniesione w skardze zarzuty naruszenia art. 122, art. 187 § 1 i 191 O.p., a zatem doszło do naruszenia przepisów postępowania mogącego mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W konsekwencji należało uchylić zaskarżone postanowienie na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. W ponownie prowadzonym postępowaniu, organ odwoławczy weźmie pod uwagę wszystkie wskazane w niniejszym uzasadnieniu uwagi. Przeprowadzi dokładną analizę wszystkich dokonanych przez organ kontroli czynności, w szczególności pod kątem szybkości postępowania, w tym zbada, czy organ skoncentrował postępowanie dowodowe i czy czynności przeprowadzane w późniejszym etapie postępowania, nie mogły zostać przeprowadzone już na jego początku. Jeśli takie okoliczności były, i były one niezależne od organu – to organ powinien wskazać, co spowodowało, że nie można było zakończyć postępowania w terminie. O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 P.p.s.a. w związku z § 2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018, poz. 1687), na które złożyły się kwota uiszczonego wpisu od skargi w wysokości 100 zł, koszty zastępstwa procesowego w kwocie 480 zł oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa w kwocie 17 zł.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 14.07.2026. · Źródło