II FSK 185/21

WyrokNaczelny Sąd Administracyjny2023-08-03

Skład orzekający: Maciej Jaśniewicz, Jan Grzęda, Artur Kot

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy wynagrodzenia za czas urlopu i zwolnienia chorobowego pracowników zaangażowanych w działalność badawczo-rozwojową mogą być uznane za koszty kwalifikowane w ramach ulgi B+R, oraz czy ulga B+R może być stosowana równolegle z ulgą IP Box?
Ratio decidendi
Naczelny Sąd Administracyjny uchylił wyrok WSA we Wrocławiu, uznając częściowo zasadność skargi kasacyjnej Dyrektora KIS. Sąd uznał, że wynagrodzenia za czas urlopu i zwolnienia chorobowego pracowników zaangażowanych w B+R mogą być uznane za koszty kwalifikowane, ale z uwzględnieniem proporcji czasu pracy. Jednocześnie NSA stwierdził, że WSA nieprawidłowo uchylił interpretację w części dotyczącej równoległego stosowania ulgi B+R i IP Box, co wymaga ponownego rozpoznania przez WSA.
Stan faktyczny
Sprawa dotyczyła wniosku o interpretację indywidualną w zakresie podatku dochodowego od osób fizycznych. Wnioskodawca, wspólnik spółki z o.o. spółki komandytowej, pytał m.in. o możliwość zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń pracowników za czas urlopu i zwolnienia chorobowego w ramach ulgi B+R oraz o możliwość równoległego stosowania ulgi B+R i ulgi IP Box. Dyrektor KIS uznał, że wynagrodzenia za czas usprawiedliwionej nieobecności nie są kosztami kwalifikowanymi, a ulgi B+R i IP Box nie mogą być stosowane równolegle. WSA we Wrocławiu uchylił interpretację w części dotyczącej wynagrodzeń za czas usprawiedliwionej nieobecności oraz w części dotyczącej równoległego stosowania ulg. NSA uchylił wyrok WSA, przekazując sprawę do ponownego rozpoznania.
Rozstrzygnięcie
Uchylono zaskarżony wyrok w punkcie I i w tym zakresie przekazano sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu. Odstąpiono od zasądzenia zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego w całości.

Pełny tekst orzeczenia

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz (spr.), Sędzia NSA Jan Grzęda, Sędzia WSA (del.) Artur Kot, Protokolant Rafał Malina, po rozpoznaniu w dniu 3 sierpnia 2023 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 14 października 2020 r. sygn. akt I SA/Wr 246/20 w sprawie ze skargi Ł. A. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 14 lutego 2020 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych 1. uchyla zaskarżony wyrok w punkcie I i w tym zakresie przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu, 2. odstępuje od zasądzenia zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego w całości. 1.1. Wyrokiem z dnia 14 października 2020 r., sygn. akt I SA/Wr 246/20, w sprawie ze skargi L. A. (dalej: "Skarżący") na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: "DKIS) z 14 lutego 2020 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu na podstawie art. 146 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz. U. z 2019 r., poz. 2325 ze zm.; dalej: "p.p.s.a.") w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. w pkt I. uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną w części dotyczącej pytania drugiego i piątego; w pkt II. w pozostałym zakresie skargę oddalił. Wyrok ten jest dostępny w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych (na stronie www.orzeczenia.nsa.gov.pl, dalej: "CBOSA). 1.2. Sad pierwszej instancji przedstawił następujący stan faktyczny sprawy. We wspólnym wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej złożonym przez Skarżącego oraz innych zainteresowanych nie będących stronami postępowania przedstawiono m.in. następujący stan faktyczny. Zainteresowani – osoby fizyczne mające nieograniczony obowiązek podatkowy na terytorium RP i podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych, są wspólnikami spółki z o.o. spółki komandytowej, mającej status komplementariusza (dalej: "Spółka"), opodatkowanej podatkiem dochodowym od osób prawnych. Spółka zajmuje się tworzeniem innowacyjnych gier komputerowych na urządzenia mobilne oraz dedykowane na serwisy społecznościowe. Gry oferowane przez Spółkę bazują na najnowszych technologiach oraz własnych, innowacyjnych pomysłach i rozwiązaniach. Dodatkowo Spółka prowadzi prace mające na celu stworzenie innowacyjnej metody produkcji gier, wpływającej bezpośrednio na efektywność i jakość tworzonych gier, w postaci systemu analizy i predykcji zachowań graczy w chmurze obliczeniowej, z wykorzystaniem uczenia maszynowego (ang. Machine Learning). Spółka dla potrzeb prowadzonej działalności zatrudnia pracowników na zasadach prawa pracy. Działania pracowników Spółki pokrywają wszelkie etapy prac rozwojowych, począwszy od pomysłu, definiowania wymagań, projektowania rozwiązań, poprzez ich analizę, specyfikację, studium wykonalności, konstruowanie, rozwój, testowanie czy też ich usprawnianie. W związku z powyższym zadano następujące pytania: 1. Czy realizowane przez Spółkę projekty spełniają definicję działalności badawczo-rozwojowej w rozumieniu art. 5a pkt 38-40 ustawy z dnia 26 lipca 1997 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j.: Dz. U. z 2019 r., poz. 1387 ze zm., dalej: "u.p.d.o.f."), która uprawnia zainteresowanego do skorzystania z odliczenia kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 26e u.p.d.o.f.? 2. Czy poniesione koszty pracy pracowników zaangażowanych w projekty B+R oraz ewentualnie koszty wskazane w art. 13 pkt 18 lit. a) u.p.d.o.f. można uznać za koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p., w wysokości ustalonej z zastosowaniem wskaźnika B+R, wynikającego z ewidencji prowadzonej przez Spółkę i czy wskaźnik ten można stosować do wszystkich wskaźników kosztów pracy pracowników zaangażowanych w projekty B+R stanowiących przychody ze stosunku pracy w rozumieniu art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., takich jak w szczególności: wynagrodzenie zasadnicze, wynagrodzenie za czas choroby, wynagrodzenie za urlop, dodatki do wynagrodzenia, dodatkowe świadczenia oraz do składek od ww. przychodów, określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych (Dz. U. z 2019 r., poz. 300 ze zm.), w części finansowanej przez płatnika składek? 3. Czy w przedstawionym stanie dochody z tytułu sprzedaży programów komputerowych (gier komputerowych), stanowiących utwory podlegające ochronie na podstawie ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych, a w powstałych w ramach projektów B+R realizowanych przez Spółkę, mogą być w całości uznane za kwalifikowane dochody z kwalifikowanych praw własności intelektualnej, o których mowa w art. 30ca u.p.d.o.f., co upoważni zainteresowanego do opodatkowania dochodów uzyskanych z tego tytułu z zastosowaniem stawki 5%, o której mowa w art. 30ca ust. 1 u.p.d.o.f. 4. Czy kwalifikacja wynagrodzenia pracownika, w części związanej z projektami B+R, tj. tej wynikającej ze wskaźnika B+R, jako "a" we wskaźniku NEXUS jest poprawne? 5. Czy w przedstawionym opisie możliwym jest równoległe stosowanie ulgi IP Box oraz tej związanej z działalnością badawczo-rozwojową? Odnośnie do zagadnienia dotyczącego pytania drugiego Skarżący wskazał, że na potrzeby ulgi badawczo-rozwojowej, o której mowa w art. 26e u.p.d.o.f., jako wspólnicy Spółki mogą stosownie do postanowień art. 8 ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. oraz art. 5 ust. 2 u.p.d.o.p. uznać za koszty kwalifikowane koszty pracy, w wysokości ustalonej z zastosowaniem wskaźnika B+R, wynikającego z prowadzonej przez Spółkę ewidencji. Dotyczy to też części dotyczącej wynagrodzeń za czas choroby, wynagrodzeń za urlop oraz składek od ww. przychodów określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w części finansowanej przez płatnika. Odnośnie do zagadnienia objętego pytaniem piątym Skarżący wskazał, że możliwe jest stosowanie równoległe tzw. ulgi IP Box (odpowiednio art. 30ca u.p.d.o.f.) i rozwiązań związanych z ulgą B+R (art. 26e u.p.d.o.f.). Ulga B+R dotyczyć będzie działań rozwojowych podejmowanych przez Spółkę w celu wytworzenia nowych lub ulepszonych produktów (gier komputerowych), natomiast ulga IP Box znajdzie zastosowanie do dochodu z kwalifikowanego IP, którym w przypadku wnioskodawców będą autorskie prawa do programów komputerowych (gier komputerowych), objęte ochroną prawną na podstawie przepisów ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych. W zaskarżonej interpretacji indywidualnej uznano za prawidłowe stanowisko Skarżącego dotyczące pytania pierwszego, pytania drugiego w części dotyczącej wynagrodzeń ze stosunku pracy w rozumieniu art. 12 u.p.d.o.f., tj. wynagrodzeń zasadniczych, dodatków do wynagrodzenia, dodatkowych świadczeń, należności wymienionych w art. 13 pkt 8 lit. a) u.p.d.o.f. oraz składek od ww. należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w części finansowanej przez płatnika; pytania trzeciego; pytania czwartego. Natomiast uznano za nieprawidłowe stanowisko Skarżącego dotyczące pytania drugiego w części dotyczącej wynagrodzeń za czas choroby, wynagrodzeń za urlop oraz składek od ww. przychodów określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w części finansowanej przez płatnika oraz w odniesieniu do pytania piątego, tj. możliwości równoległego zastosowania ulgi IP Box oraz ulgi B+R związanej z działalnością badawczo-rozwojową. W uzasadnieniu zaskarżonej interpretacji indywidualnej organ interpretacyjny odnosząc się do zakwestionowanej części pytania drugiego wskazał, że przepisy podatkowe (art. 26e ust. 2 pkt 1 i 1a w zw. z art. 26e ust. 1 u.p.d.o.f. i art. 13 pkt 8 lit. a u.p.d.o.f.) dają możliwość uznania za koszty kwalifikowane m.in. należności z tytułu wynagrodzeń pracownika, który realizuje wskazany cel, tj. wykonuje prace badawczo-rozwojowe. Istotne jest aby pracownik faktycznie wykonywał zadania będące realizacją prac badawczo-rozwojowych, wówczas wynagrodzenie takiego pracownika oraz koszty świadczeń poniesionych na jego rzecz będą mogły stanowić dla wnioskodawcy koszt kwalifikowany w całości. W przypadku, gdy pracownik nie wykonuje czynności w ramach prac B+R, będąc na zwolnieniu lekarskim, czy na urlopie a w ramach należności ze stosunku pracy otrzymywał, m.in. wynagrodzenie za czas urlopu oraz inne usprawiedliwione nieobecności, itp. – zasadnym jest wyodrębnienie (wyłączenie z ulgi badawczo-rozwojowej) tej części wynagrodzenia oraz świadczeń wypłaconych pracownikom zajmującym się działalnością badawczo-rozwojową, a także składek od tych przychodów, określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, która nie jest związane z realizacją działalnością B+R. Odnośnie zakwestionowania przez organ podatkowy możliwości stosowania równoległego obydwu ulg to zauważono, że ulga B+R to ulga kosztowa (możliwość ponownego odliczenia wydatków już wcześniej uwzględnionych w kosztach podatkowych, tym razem w zeznaniu rocznym od podstawy opodatkowania), a preferencja IP Box to preferencja dochodowa (tj. skupiająca się na dochodzie przez możliwość wyboru 5% stawki podatkowej w zeznaniu rocznym). Wskazano na art. 10 ust. 1 pkt 3 u.p.d.o.f., art. 26 ust. 1 i art. 30c u.p.d.o.f. uznając, że ulga B+R nie podlega uwzględnieniu w obliczeniu podstawy opodatkowania podlegającej 5% podatkowi z IP Box, a podatnik nie może łącznie stosować ulgi B+R oraz 5% opodatkowania w stosunku do jednego (tego samego) dochodu. 2.1. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu Skarżący zarzucił zaskarżonej interpretacji indywidualnej dokonanie błędnej wykładni prawa materialnego, tj. - art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.o.d.o.f. oraz art. 26e ust. 2 pkt 1a u.p.o.d.o.f. poprzez uznanie, iż wynagrodzenie wypłacane pracownikom za okres usprawiedliwionej nieobecności w pracy (zwolnienie lekarskie, urlop wypoczynkowy) nie może zostać uznane za kwalifikowane koszty pracownicze wskazane w art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f., podczas gdy wszelkie należności wypłacane przez pracodawcę na rzecz pracowników wynikające ze stosunku pracy stanowią przychody ze stosunku pracy wskazane w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. przez co mogą zostać uznane za kwalifikowane koszty związane z działalnością badawczo-rozwojową w zakresie w jakim wiążą się one z kosztami kwalifikowanymi działalności badawczo-rozwojowej podatnika; - art. 26e u.p.d.o.f. oraz art. 30ca u.p.d.o.f. poprzez uznanie, iż ulga na działalność badawczo-rozwojową nie mogą być stosowane równolegle; - art. 14c § 2, art. 121, art. 2a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2019 r., poz. 900 ze zm.; dalej: "O.p.") poprzez nieprzedstawienie wyczerpującego uzasadnienia prawnego co do braku możliwości równoległego stosowania ulgi B+R oraz IP Box, podczas gdy organ podatkowy jest zobowiązany w sytuacji wydania negatywnej interpretacji podatkowej w sposób wyczerpujący uzasadnić swoje stanowisko oraz ustosunkować się do argumentów przedstawionych przez wnioskodawcę. W związku z powyższym wniesiono o uchylenie zaskarżonej interpretacji oraz zasądzenie od organu podatkowego kosztów postępowania według norm przepisanych. 2.2. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie. 2.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w odniesieniu do zakwestionowanej części pytania drugiego zauważył, że Skarżący wskazuje, że wynagrodzenie wypłacane pracownikom za okres usprawiedliwionej nieobecności w pracy (zwolnienie lekarskie, urlop wypoczynkowy) powinno zostać uznane za kwalifikowane koszty pracownicze, odwołuje się w tym względzie do pojęcia czasu pracy z art. 128 § 1, art. 29, art. 151, art. 151a ustawy z dnia 26 czerwca 1974 r. Kodeks pracy (t.j.: Dz. U. z 2019 r., poz. 1040 ze zm., dalej: "k.p."). Podnosi, że czas w którym pracownik przebywa na urlopie wypoczynkowym, zwolnieniu lekarskim, etc. modyfikuje podstawę wymiaru czasu pracy a nie stanowi wyłączenia z kosztów kwalifikowanych. Sąd pierwszej instancji odniósł się do treści art. 26e ust. 1 i 2 u.p.d.o.f. w relacji do treści art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. Następnie zauważył, że ustawodawca operuje dwoma pojęciami czasu: "czas poświęcony na realizację działalności badawczo-rozwojowej", "ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu". Przy czym niewątpliwie ten pierwszy termin zawiera się w tym drugim terminie. Czas poświęcony na realizację działalności badawczo-rozwojowej nie może być dłuższy niż ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu. Ale w sytuacji, gdy pracownik poświęca czas na realizację działalności badawczo-rozwojowej i innej działalności, to czas ten powinno być też uwzględniony w tym wskaźniku. Wojewódzki Sąd Administracyjny odniósł się także do regulacji czasu pracy zawartych w k.p. Sąd zauważył, że zawarta w interpretacji indywidualnej wykładnia przepisów nie wynika z treści art. 26e ust. 2 pkt 1 i pkt 1a u.p.d.o.f. Organ podatkowy mówi o wyłączeniu z ulgi B+R tej części wynagrodzenia oraz świadczeń wypłaconych pracownikom zajmującym się działalnością badawczo-rozwojową, a także składek od tych przychodów, określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, które nie są związane z realizacją działalnością B+R albowiem byli na urlopie wypoczynkowym czy zwolnieniu. Tymczasem przepis nie wyklucza tego typu należności z kosztów kwalifikowanych odsyła jedynie do treści art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz do przepisów ustawy o systemie ubezpieczeń społecznych i wskazuje na część w jakiej ww. należności (pracownicze i ubezpieczeniowe) mogą być uwzględnione jako koszty kwalifikowane. Odnośnie do kwestii równoległego stosowania ulgi B+R oraz preferencji IP Box to w uzasadnieniu prawnym zaskarżonej interpretacji dotyczącym pytania piątego organ podatkowy wskazał na art. 10 ust. 1 pkt 3 u.p.d.o.f., art. 26 ust 1 i art. 30c u.p.d.o.f. i przepisał treść objaśnień Ministra Finansów z dnia 15 lipca 2019 r., dotyczących preferencyjnego opodatkowania dochodów wytwarzanych przez prawa własności intelektualnej IP Box (choć tam się do nich nie odwołał). Analiza treści uzasadnienia zaskarżonej interpretacji i treści ww. objaśnień s. 65-66 (akapity 150-154) wskazywała na taki rodzaj działania, o czym świadczy dokładne powtórzenie treści objaśnień w treści uzasadnienia. Objaśnienia podatkowe zostały uregulowane w art. 14a § 1 pkt 2 O.p., a ich istotą jest powiązanie treści przepisu z jego praktycznym zastosowaniem w odniesieniu do przykładowych sytuacji. Przy czym podatnik może z nich skorzystać lecz nie musi. Uzasadnienie interpretacji powinno być na tyle wyczerpujące, aby wynikało z niego, że organ ocenił wszystkie istotne dla sprawy elementy stanu faktycznego oraz argumenty wnioskodawcy. W ocenie Sądu pierwszej instancji zaskarżona indywidualna interpretacja podatkowa takiego uzasadnienia nie zawierała. Sąd nie negował aby organ podatkowy posługiwał się argumentacją pomocniczą wynikającą z objaśnień podatkowych, lecz argumentacja ta nie mogła zastąpić interpretacji przepisów prawa podatkowego. Stwierdził zatem, że doszło do naruszenia art. 14c § 2 O.p., art. 121 § 1 O.p. w zw. z art. 26e i art. 30ca u.p.d.o.f. 3.1. Pełnomocnik organu podatkowego wniósł skargę kasacyjną i zaskarżył powyższy wyrok w całości zarzucając mu na podstawie art. 174 pkt 1 i 2 p.p.s.a.: I. naruszenie przepisów postępowania w sposób mający istotny wpływ na wynik sprawy, tj.: - art. 146 § 1, art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i art. 151 p.p.s.a. w związku z art. 26e ust. 2 pkt 1 i pkt 1a u.p.d.o.f. poprzez uwzględnienie skargi, uchylenie zaskarżonej interpretacji (we wskazanej w sentencji wyroku części) i w konsekwencji bezpodstawne przyjęcie przez Sąd, iż Organ dokonał błędnej wykładni powyższych przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przyjmując, iż nie uwzględnia się w kosztach kwalifikowanych należności wypłacanych w związku z okolicznościami, w których pracownik nie świadczył pracy, a tym samym nie mógł wykonywać działalności badawczo-rozwojowej, tj. wynagrodzeń za czas urlopu oraz za czas zwolnienia chorobowego i innych usprawiedliwionych nieobecności oraz składek na ubezpieczenie od tych należności; - art. 146 § 1, art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) oraz art. 151 p.p.s.a. w związku z art. 14c § 2, art. 121 § 1 O.p. w związku z art. 26e i art. 30ca u.p.d.o.f. poprzez uwzględnienie skargi Skarżącego, uchylenie zaskarżonej interpretacji (we wskazanej w sentencji wyroku części) i w konsekwencji bezpodstawne przyjęcie przez Sąd, iż Organ nie przedstawił prawidłowego i wyczerpującego uzasadnienia prawnego odnośnie braku możliwości równoległego stosowania ulgi B+R (tj. ulgi na działalność badawczo-rozwojową) oraz ulgi IP Box (art. 30ca u.p.d.o.f), a w konsekwencji błędne uznanie prze Sąd, iż Organ naruszył wskazane powyżej przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz przepisy ustawy Ordynacja Podatkowa. Powyższe naruszenie przepisów postępowania doprowadziło Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu do bezpodstawnego uchylenia odpowiadającej prawu indywidualnej interpretacji prawa podatkowego we wskazanej w sentencji wyroku części, podczas gdy w przedmiotowej sprawie zaistniały przesłanki do oddalenia skargi w całości, gdyż Organ nie dopuścił się naruszenia wskazanych powyżej przepisów u.p.d.o.f., a wydając przedmiotową interpretację oparł się na opisie stanu faktycznego przedstawionego przez Skarżącego, dokonując jego wszechstronnej i szczegółowej analizy, co znalazło odzwierciedlenie w uzasadnieniu interpretacji. II. naruszenie przepisów prawa materialnego, tj. art. 26e ust. 2 pkt 1 w zw. z art. 26e ust. 1 u.p.d.o.f poprzez błędną wykładnię i niewłaściwą ocenę zastosowania, a w konsekwencji bezpodstawne przyjęcie przez Sąd, że należności przysługujące pracownikowi za czas usprawiedliwionej nieobecności w pracy (tj. wynagrodzenie za czas urlopu, za czas zwolnienia chorobowego i innych usprawiedliwionych nieobecności a także finansowane przez płatnika składki od tych przychodów, określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych) mogą zostać uznane za kwalifikowane koszty pracownicze. Wskazując na powyższą podstawę wniesiono o uchylenie w całości na podstawie art. 188 p.p.s.a. zaskarżonego wyroku rozpoznanie skargi i jej oddalenie, lub o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi pierwszej instancji oraz o zasądzenie od strony przeciwnej na rzecz reprezentowanego przeze mnie Organu kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa prawnego według norm przepisanych. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, o następuje: 4.1. Skarga kasacyjna podlega uwzględnieniu, choć nie wszystkie z poniesionych w niej zarzutów zasługują na uwzględnienie. 4.2. Na wstępie należy wskazać, że zgodnie z art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu zaś bierze pod rozwagę jedynie nieważność postępowania. Analiza akt sprawy wskazuje, że nie zachodzi żadna z przesłanek wskazanych w art. 183 § 2 p.p.s.a. Rozważania Naczelnego Sądu Administracyjnego mogą zatem dotyczyć jedynie naruszeń przepisów wskazanych w skardze kasacyjnej oraz ich uzasadnienia jako podstawy kasacyjnej. Koniecznym warunkiem uznania, że strona prawidłowo powołuje się na jedną z podstaw kasacyjnych jest wskazanie, które przepisy ustaw zostały naruszone, na czym to naruszenie polegało oraz jaki mogło mieć to wpływ na wynik sprawy. Podkreślenia wymaga, że w świetle art. 176 p.p.s.a. skarga kasacyjna jest sformalizowanym środkiem prawnym i powinna czynić zadość nie tylko wymaganiom przewidzianym dla pisma w postępowaniu sądowym, lecz także właściwym dla niej wymaganiom konstrukcyjnym. Wiąże się to z powinnością prawidłowego skonstruowania podstaw kasacyjnych, co obejmuje zarówno obowiązek prawidłowego ich przytoczenia jak i uzasadnienia. Aby skarga kasacyjna mogła być w pełni przedmiotem merytorycznego rozpoznania, powinna wskazywać konkretny przepis prawa materialnego naruszony przez sąd ze wskazaniem na czym, zdaniem strony skarżącej, polegała niewłaściwa wykładnia lub niewłaściwe zastosowanie tego przepisu przez sąd, jaka powinna być wykładnia właściwa lub jaki inny przepis powinien być zastosowany, a także na czym polegało naruszenie przepisów postępowania sądowego i jaki istotny wpływ na wynik sprawy (treść orzeczenia) mogło ono mieć (art. 174 pkt 1 i 2 p.p.s.a.). Zarzuty kasacyjne nie odpowiadające tym warunkom uniemożliwiają Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu ocenę ich zasadności. Sąd nie może domniemywać intencji strony i samodzielnie uzupełniać, rozszerzać, precyzować czy też konkretyzować zarzutów kasacyjnych (por. np. wyrok NSA z dnia 16 listopada 2011 r., sygn. akt II FSK 861/10, publ. CBOSA). 4.3. Przyznać należy rację organowi, że wbrew stanowisku Sądu pierwszej instancji zaskarżona interpretacja w zakresie odpowiedzi na pytanie 5 nie naruszała art. 14c § 2 w zw. z art. 14h i art.121 § 1 O.p. poprzez uzasadnienie stanowiska organu treścią identyczną z treścią objaśnień podatkowych z 15 lipca 2019 r., wydanych przez Ministra Finansów, w zakresie możliwości równoległego stosowania ulgi z art. 26e u.p.d.o.p. oraz ulgi IP Box. Aczkolwiek można byłoby oczekiwać, że organ interpretujący wskaże na źródło swojego stanowiska, to jednak brak wskazania tego źródła nie powoduje, że interpretacja indywidualna w tym zakresie nie spełnia swojej funkcji udzielenia podatnikowi rzetelnej informacji co do zastosowania przepisów prawa w opisanym przez wnioskodawcę stanie faktycznym lub zdarzeniu przyszłym. Zwrócić należy uwagę, że celem objaśnień podatkowych, o których mowa w art. 14a § 1 pkt 2 O.p. jest m.in. powiązanie treści przepisu z praktycznym jego zastosowaniem oraz stworzenie alternatywy dla występowania przez podatników o wydanie indywidualnych interpretacji podatkowych przy zapewnieniu identycznej ochrony w wyniku zastosowania się do tych objaśnień, jak w przypadku zastosowania się do indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego (por. K. Teszner [w:] Ordynacja podatkowa. Komentarz pod red. L.Etela, Warszawa 2017, s.183). Dodatkowo wydawanie tych objaśnień ma służyć zapewnieniu jednolitości w stosowaniu prawa przez organy podatkowe. Tym samym uzasadniając swoje stanowisko w wydanej interpretacji w sposób identyczny jak w objaśnieniach podatkowych, wydanych w tym zakresie przez Ministra Finansów, organ interpretujący uwzględnił cel wydawanych objaśnień, jakim jest ujednolicenie stosowania prawa przez organy podatkowe. Trudno także uznać, że nie uwzględnił on stanu faktycznego przedstawionego we wniosku, skoro wskazał, że art. 26e u.p.d.o.f. oraz art. 30ca u.p.d.o.f. nie mogą być stosowane równolegle do tych samych kosztów kwalifikowanych. Wyjaśnił też w jaki sposób podatnik może korzystać z ulgi odnoszącej się do wydatków na prace badawczo-rozwojowe i obniżenia stawki opodatkowania w przypadku ulgi IP Box, wskazując na trzy dostępne dla podatnika rozwiązania. Mimo zatem, że nie odniósł się wprost do szczegółów stanu faktycznego podanego we wniosku, to jednak niewątpliwie z podanych w uzasadnieniu interpretacji motywów wynika, że zauważył on wskazany we wniosku argument dotyczący w istocie równoległego prowadzenia prac badawczo-rozwojowych oraz osiągania dochodów z komercjalizacji wyników tych prac (w jednym roku podatkowym), skoro wskazał na możliwość naprzemiennego stosowania ulg z art. 26e u.p.d.o.f. oraz art. 30ca u.p.d.o.f Zauważyć zresztą należy, że mimo tak przedstawionego stanowiska i zarzutu co do prawidłowości interpretacji w tym zakresie, Skarżący był w stanie sformułować zarzut merytoryczny do dokonanej przez organ wykładni art. 26e u.p.d.o.f. oraz art. 30ca u.p.d.o.f wskazując na brak zastrzeżenia, co do zakazu korzystania jednocześnie z obu możliwości wskazanych w wyżej wymienionych przepisach, mimo wprowadzenia ulgi IP Box w czasie, gdy obowiązywał już art. 26e u.p.d.o.f. i celu wprowadzenia przez ustawodawcę obu tych preferencji. Sąd, uwzględniając zarzut naruszenia art. 14c § 2 w zw. z art. 14h i art.121 § 1 O.p. zauważył jedynie, że organ powtórzył treść objaśnień podatkowych, nie wyjaśnił jednak, dlaczego jego zdaniem treść tych objaśnień nie przystawała do stanu faktycznego przedstawionego we wniosku i w jakim zakresie nie stanowiła rzetelnej informacji dla wnioskodawcy co do stosowania tych przepisów do przedstawionego przez niego stanu faktycznego. Z wytycznych co do dalszego postępowania, zawartych w uzasadnieniu nie wynika ponadto, czy organ w ogóle nie może odwołać się do objaśnień podatkowych, dlaczego zdaniem Sądu objaśnienia te (stanowiące wszak w założeniu powiązanie treści przepisu z praktycznym jego zastosowaniem) nie mogą być przywołane w uzasadnieniu interpretacji, skoro są adekwatne do przedstawionego we wniosku o wydanie interpretacji stanu faktycznego i w jakim zakresie stanowisko organu było niewystarczające w kontekście przedstawionego przez wnioskodawcę stanu faktycznego. Sąd pominął także przy ocenie zarzutów procesowych treść całej interpretacji, w tym odpowiedź na pytanie 4, dotyczące kwalifikacji kosztów "a" uwzględnianych we wzorze nexus jako kosztów wynagrodzeń pracowników z B+R. Odpowiedź na to pytanie wiąże się bowiem z odpowiedzią na pytanie 5. Z tych względów zasadny jest także zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. Słusznie też organ wskazuje na pewne niedokładności w uzasadnieniu, jak przykładowo przywołanie art. 121 O.p. bez wskazania jednostki redakcyjnej czy pominięcie w podstawie rozstrzygnięcia art. 151 p.p.s.a. oraz uzasadnienia oddalenia skargi. Te uchybienia nie miały jednak istotnego wpływu na wynik sprawy, a jedno z nich (podstawa oddalenia skargi) dotyczyło niezaskarżonej części wyroku. 4.4. Nie ma natomiast racji skarżący organ co do zarzutu naruszenia prawa materialnego. W tym zakresie stanowisko Sądu pierwszej instancji zostało wyczerpująco uzasadnione i uznać je należy za prawidłowe. Przede wszystkim słusznie zauważył sąd pierwszej instancji, że zgodnie z art. 26e ust. 2 u.p.d.o.f. za koszty kwalifikowane uznaje się: 1) poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1, oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu; 1a) poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 13 pkt 8 lit. a i c, oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na wykonanie usługi w zakresie działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w całości czasu przeznaczonego na wykonanie usługi na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło w danym miesiącu. W myśl art. 26e ust. 7 pkt 1 u.p.d.o.f. kwota kosztów kwalifikowanych nie może przekroczyć w przypadku gdy podatnik, o którym mowa w ust. 3a, jest mikroprzedsiębiorcą, małym lub średnim przedsiębiorcą, w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 6 marca 2018 r. - Prawo przedsiębiorców - 150% kosztów, o których mowa w ust. 2-3a. W myśl art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. za przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy uważa się wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń, a w szczególności: wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop i wszelkie inne kwoty niezależnie od tego, czy ich wysokość została z góry ustalona, a ponadto świadczenia pieniężne ponoszone za pracownika, jak również wartość innych nieodpłatnych świadczeń lub świadczeń częściowo odpłatnych. Za przychody z działalności wykonywanej osobiście, o której mowa w art. 10 ust. 1 pkt 2, uważa się: przychody z tytułu wykonywania usług, na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło, uzyskiwane wyłącznie od osoby fizycznej prowadzącej działalność gospodarczą, osoby prawnej i jej jednostki organizacyjnej oraz jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej; przedsiębiorstwa w spadku z wyjątkiem przychodów uzyskanych na podstawie umów zawieranych w ramach prowadzonej przez podatnika pozarolniczej działalności gospodarczej oraz przychodów, o których mowa w pkt 9 (art. 13 pkt 8 lit. a) i c) u.p.d.o.f.). Po pierwsze, należy zauważyć, że ustawodawca operuje dwoma pojęciami czasu: "czas poświęcony na realizację działalności badawczo-rozwojowej", "ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu". Przy czym niewątpliwie ten pierwszy termin zawiera się w tym drugim terminie. Czas poświęcony na realizację działalności badawczo-rozwojowej nie może być dłuższy niż ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu. Ale w sytuacji, gdy pracownik poświęca czas na realizację działalności badawczo-rozwojowej i innej działalności, to czas ten powinno być też uwzględniony w tym wskaźniku. Zgodnie z art. 80 k.p. wynagrodzenie (wymienione expressis verbis w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f.) przysługuje pracownikowi za pracę wykonaną. Za czas niewykonywania pracy pracownik zachowuje prawo do wynagrodzenia tylko wówczas, gdy przepisy prawa pracy tak stanowią. Przepisami normującymi przyznanie pracownikowi należności za czas niewykonywania pracy są m.in.: art. 92 k.p. dotyczący obowiązku wypłaty wynagrodzenia za czas choroby, wypadku w drodze do pracy, poddania się niezbędnym badaniom lekarskim, art. 171 § 1 k.p. dotyczący ekwiwalentu pieniężnego w przypadku niewykorzystania przysługującego pracownikowi urlopu w całości lub w części z powodu rozwiązania lub wygaśnięcia stosunku pracy i art. 172 k.p. przyznający pracownikowi wynagrodzenie za czas urlopu w takiej samej wysokości, jak wynagrodzenie, jakie by otrzymał, gdyby w tym czasie pracował. Tym samym wynagrodzenia za czas urlopu lub choroby stanowią należności z tytułu stosunku pracy, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. Należnością z tytułu umowy zlecenia lub o dzieło będzie wynagrodzenia za wykonanie tej umowy. Jeżeli w jego wysokości uwzględnia się m.in. należność za czas choroby lub za czas urlopu w okresie wykonywania umowy, to również te należności uznać należy za należności wypłacone z tytułu, o którym mowa w art. 13 pkt 8 lit. a) u.p.d.o.f. Skoro w odniesieniu do należności z tytułu stosunku pracy ustawodawca odwołuje się wprost do art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., to nie ma podstaw do wyłączania z ich zakresu wynagrodzeń za urlop czy zwolnienie chorobowe oraz składek odprowadzanych z tego tytułu zgodnie z ustawą z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych. 4.5. Faktyczny czas pracy pracownika ma znaczenie dopiero przy obliczaniu proporcji czasu przeznaczonego na działalność badawczo-rozwojową w ogólnym czasie pracy. W zaskarżonym wyroku odwołano się do pojęcia czasu pracy, określonego w art. 128 § 1 k.p. i uznano, że pojęcie to odpowiada pojęciu ogólnego czasu pracy, użytego w art. 26e ust. 2 u.p.d.o.f. Sąd pierwszej instancji stwierdził, że w tym przypadku nieobecność z powodu choroby czy urlop pracownika ma znaczenie dla wyliczenia tej wartości dla potrzeb obliczenia wysokości kosztów kwalifikowanych i proporcji, w jakiej należy uwzględnić należności wypłacone z tytułu stosunku pracy w wyliczeniu kosztów kwalifikowanych. Zarówno okres urlopu, jak i okres zwolnienia chorobowego nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, ale są związane ze stosunkiem pracy i pracownikowi przysługują z tego tytułu od pracodawcy określone w ustawie świadczenia Tym samym w ramach należności, które proporcjonalnie należy uwzględnić przy obliczaniu kosztów kwalifikowanych uwzględnić należy każdą należność pieniężną, wypłaconą pracownikowi, niezależnie od tego, czy dotyczy ona zapłaty za czas faktycznie przepracowany, czy też za czas usprawiedliwionej nieobecności w pracy(urlopu, choroby). Natomiast przy obliczaniu proporcji, w jakiej należności te można zaliczyć do kosztów kwalifikowanych, czas nieświadczenia pracy z uwagi na urlop lub chorobę ma znaczenie dla ustalenia ogólnego czasu pracy i czasu poświęconego na wykonywanie zadań z zakresu prac badawczo-rozwojowych. Jeśli zatem strony ustalą, że w ramach tego wynagrodzenia wypłacane będzie wynagrodzenie za urlop czy chorobę, to także te kwoty wchodzić będą w skład kosztów kwalifikowanych, oczywiście w proporcji czasu wykonywania umowy do faktycznego czasu wykonywania usługi w zakresie prac badawczo-rozwojowych. Właśnie to odniesienie do proporcji czasu przeznaczonego na faktyczne wykonywanie prac badawczo-rozwojowych do ogólnego czasu pracy lub czasu przeznaczonego na wykonanie całej usługi pozwoli na uwzględnienie w kosztach kwalifikowanych wyłącznie tych związanych faktycznie z pracami badawczo-rozwojowymi (por. także wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 lutego 2021 r., II FSK 1038/19). Co do zasady pogląd ten uznać należy za słuszny. Podkreślenia jednak w tym miejscu wymaga, że proste odwołanie się do normy wynikającej z art. 128 § 1 k.p. jest nadmiernym uproszczeniem. Należy bowiem w tym miejscu wskazać, że jak trafnie wskazano w uzasadnieniu wyroku NSA z dnia 8 lutego 2023 r., sygn. akt II FSK 1537/20 (publ. CBOSA), wyjaśnienie zwrotu ustawowego użytego w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. (stanowiącego analogiczny zapis do analizowanego w sprawie art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f.) mówiącego o "ogólnym czasie pracy", poprzez sięgnięcie do przepisów prawa pracy, aczkolwiek być może kierunkowo słuszne, to jednak zawiera nazbyt duże uproszczenie, ponieważ w analizowanym przepisie podatkowym, tj. art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. (jak również w w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p.), mowa jest o "ogólnym czasie pracy", a nie o "czasie pracy". Skoro zatem ustawodawca nie zdecydował się na posłużenie się w tym przepisie zdefiniowanym w art. 128 § 1 k.p. pojęciem "czasu pracy", lecz użył innego pojęcia, oznacza to raczej, że nie chodziło mu o "czas pracy" w rozumieniu tego właśnie przepisu prawa pracy, lecz o inną kategorię prawną. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie orzekającym w niniejszej sprawie nie podziela wniosków wyciągniętych przez Sąd pierwszej instancji na podstawie art. 128 § 1 k.p. co do sposobu rozumienia użytego na gruncie art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. pojęcia "ogólny czas pracy", podobnie jak nie podziela analogicznego stanowiska w tym zakresie wyrażonego w szeregu orzeczeń Naczelnego Sądu Administracyjnego (por. np. wyroki: z dnia 5 lutego 2021 r. sygn. akt akt II FSK 1038/19, z dnia 11 stycznia 2022 r. sygn. akt II FSK 1247/21, z dnia 29 czerwca 2022 r. sygn. akt II FSK 2921/19). Należy zauważyć, że bezpośrednio po art. 128 k.p., w ustawie tej zamieszczony został rozdział II działu szóstego - czas pracy, zatytułowany "normy i ogólny wymiar pracy". Wprawdzie tu również nie pojawia się dosłowne sformułowanie "ogólny czas pracy", niemniej można dowodzić, że sformułowanie z przepisu podatkowego nawiązuje właśnie do tego ogólnego wymiaru pracy, rozumianego jako nominalny czas pracy, czyli liczę godzin, którą pracownik powinien przepracować w skali przyjętego przez pracodawcę okresu rozliczeniowego. Wskazać również należy, że przy przyjęciu takiego sposobu rozumienia pojęcia "ogólny czas pracy", w każdym przypadku w dzielniku (mianowniku) określonej w spornym przepisie proporcji, będzie figurowała jakaś wartość odpowiadająca właśnie owemu nominalnemu czasowi pracy. Podkreślenia wymaga, że przyjęcie jednego z dwóch konkurencyjnych sposobów rozumienia zwrotu "ogólny czas pracy" ma realne przełożenie na ostateczny wynik owej proporcji, a różnice w tym wyniku są nie tylko duże, ale wręcz diametralne. 4.6. Naczelny Sąd Administracyjny, uwzględniając wprawdzie tylko część zarzutów skargi kasacyjnej, uznał za zasadne na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. uchylenie zaskarżonego wyrok w punkcie pierwszym. Sąd pierwszej instancji prawidłowo uchylił interpretację w zakresie dotyczącym odpowiedzi na pytanie drugie, jednakże mimo trafnego zastosowania w tym zakresie środka w postaci uchylenia interpretacji, naruszył przepisy postępowania, stosując ten sam środek kontroli w odniesieniu do stanowiska organu co do pytania piątego. Nie było zatem możliwe zastosowanie art. 184 p.p.s.a. (oddalenie skargi, gdyż mimo wadliwego w części uzasadnienia rozstrzygnięcie odpowiadało prawu), ani art. 188 p.p.s.a., sąd pierwszej instancji nie wypowiedział się bowiem merytorycznie co do możliwości jednoczesnego zastosowania preferencji z art. 26e ust. 1 u.p.d.o.f. Rozstrzygnięcie w tym zakresie przez Naczelny Sąd Administracyjny pozbawiłoby stronę niezadowoloną z rozstrzygnięcia możliwości skorzystania z rozpoznania jej sprawy w dwóch instancjach. Przy ponownym rozpoznaniu sprawy Sąd pierwszej instancji zobowiązany będzie wypowiedzieć się co do prawidłowości stanowiska organu odnośnie do pytania piątego (możliwości równoległego skorzystania, w odniesieniu do tych samych kosztów kwalifikowanych na podstawie art. 26e u.p.d.o.f..) oraz uwzględnić wykładnię prawa, dokonaną przez Naczelny Sąd Administracyjny odnośnie do pytania drugiego. 4.7. Naczelny Sąd Administracyjny uznał także, że jedynie częściowe uwzględnienie zarzutów skargi kasacyjnej uzasadnia odstąpienie od zasądzenia na rzecz organu kosztów postępowania kasacyjnego. Podstawę prawną rozstrzygnięcia o kosztach stanowi art. 206 w zw. z art. 207 § 1 p.p.s.a. Częściowe uchylenie interpretacji było bowiem prawidłowe, co oznaczało obowiązek poniesienia kosztów postępowania przed sądem pierwszej instancji przez organ. Także w postępowaniu kasacyjnym skarga kasacyjna została uwzględniona tylko w niewielkiej części, przy czym uwzględnienie zarzutu procesowego nie przesądziło jeszcze o ostatecznym wyniku postępowania przed sądami administracyjnymi.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 13.07.2026. · Źródło