I SA/Bd 38/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Leszek Kleczkowski (spr.) Sędziowie sędzia WSA Urszula Wiśniewska asesor WSA Joanna Ziołek Protokolant referent Anna Szymanowska po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 17 marca 2026 r. sprawy ze skargi A. [...] w T. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia [...] nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług 1. uchyla zaskarżoną interpretację indywidualną, 2. zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz A. [...] w T. kwotę 697 zł (sześćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. We wniosku z dnia [...] września 2025 r. (uzupełnionym pismem z dnia [...] listopada 2025 r.) o wydanie interpretacji indywidualnej przepisów prawa podatkowego [...] sp. z o.o. w T. (skarżąca) wskazała, że jej działalność polega na świadczeniu usług pasażerskiego transportu kolejowego. Wnioskodawczyni – jako przewoźnik kolejowy - korzysta z infrastruktury kolejowej zarządzanej przez [...] S.A. na podstawie umowy zawartej z tą spółką. W ramach tej umowy wnioskodawca jest uprawniony również do korzystania z peronów. Kontrahent wnioskodawczyni (dalej: "kontrahent") jest operatorem obiektów infrastruktury usługowej - stacji pasażerskich. W ocenie kontrahenta, świadczył on na rzecz wnioskodawczyni usługi dostępu do infrastruktury usługowej. W związku z tym kontrahent wystawił na rzecz wnioskodawcy za okres od [...] grudnia 2017 r. do [...] grudnia 2020 r. faktury na łączna kwotę [...]zł brutto ([...] zł netto). Kontrahent, uzasadniając swoje stanowisko, argumentował, że w ramach wykonywania swojej działalności skarżąca korzysta również z obiektów infrastruktury usługowej zarządzanych przez kontrahenta, tj. stacji pasażerskich. W związku z tym, powołując się na art. 36c ust. 1 ustawy z dnia 28 marca 2003 r. ustawy o transporcie kolejowym (dalej: "u.t.k."), wskazał, że wnioskodawczyni obowiązana była wystąpić o udostępnienie wymienionych obiektów infrastruktury usługowej i zawrzeć z operatorem umowę. Spółka z kolei stała na stanowisku, że jako przewoźnik kolejowy korzysta z pomieszczeń wyłączonych z obszaru obiektów infrastruktury usługowej (stacji pasażerskich) na podstawie oddzielnych umów i na odrębnych zasadach, a mianowicie na podstawie umów zawartych z [...] S.A. Skarżąca nie uważała się natomiast za korzystającego z infrastruktury usługowej – stacji pasażerskich - a tym samym - obowiązanego do zawarcia w związku z tym dodatkowej umowy z kontrahentem w trybie art. 36c u.t.k. W myśl tego stanowiska, wnioskodawczyni konsekwentnie uważała, że kontrahent nie świadczy na jej rzecz żadnych usług, a tym samym faktury VAT przesyłane do wnioskodawcy nie dokumentują czynności rzeczywiście dokonanych. Stąd też wnioskodawca odmawiał ich zapłaty, odsyłał je kontrahentowi i nie uwzględniał ich w swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej. W związku z podejrzeniem naruszenia art. 36c u.t.k., Prezes Urzędu Transportu Kolejowego w styczniu 2019 r. wszczął postępowanie administracyjne, w którym wydał w dniu [...] lipca 2019 r. decyzję, w której nie zgodził się ze stanowiskiem skarżącej i stwierdził naruszenie przez przewoźnika przepisów z zakresu kolejnictwa, tj. art. 36c ust. 1 u.t.k., poprzez korzystanie z usług świadczonych w obiektach infrastruktury usługowej – stacjach pasażerskich zarządzanych przez kontrahenta, bez zawartej umowy o udostępnienie obiektów infrastruktury usługowej. Wnioskodawczyni, nie godząc się z tym stanowiskiem, złożyła do wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy. Po rozpatrzeniu wniosku, Prezes Urzędu Transportu Kolejowego decyzją z dnia [...] września 2019 r. utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję. Na decyzję wnioskodawca wniósł skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. W dniu 17 lipca 2020 r. WSA w Warszawie wydał wyrok, w którym oddalił skargę wnioskodawcy, ponieważ zaskarżona decyzja ani decyzja ją poprzedzająca nie naruszają przepisów prawa w sposób uzasadniający ich uchylenie. Następnie wnioskodawca złożył skargę kasacyjną do NSA, który w wyroku wydanym w dniu 23 kwietnia 2024 r., sygn. II GSK 94/21, oddalił przedmiotową skargę i utrzymał w mocy decyzję. W dniu [...] grudnia 2024 r. Sąd Okręgowy w T. VI Wydział Gospodarczy wydał wyrok sygn. [...], w którym zasądził od wnioskodawcy kwotę [...] zł na rzecz kontrahenta wraz z ustawowymi odsetkami za opóźnienie oraz zwrot kosztów procesowych w kwocie [...]zł za opóźnienie tytułem korzystania przez wnioskodawcę ze stacji pasażerskich zarządzanych przez kontrahenta w okresie od [...] grudnia 2017 r. do [...] grudnia 2020 r. bez zawartej umowy, o której mowa w art. 36c ust. 1 u.t.k. oraz bez uiszczenia na rzecz kontrahenta opłaty, o której mowa w art. 36e u.t.k. Przedmiotowy wyrok stanowi, według spółki, podstawę stwierdzenia zasadności wystawienia faktur VAT. W dniu [...] lutego 2023 r. wnioskodawczyni zawarła z kontrahentem umowę o korzystanie z infrastruktury usługowej. W odniesieniu do świadczeń wykonanych za okresy przed tą datą, w dniu [...] marca 2025 r. kontrahent zawarł ze skarżącą porozumienie, którego celem była zapłata należności z faktur VAT oraz zmniejszenie płatności na rzecz kontrahenta zasądzonych przez Sąd Okręgowy w T. VI Wydział Gospodarczy w wyroku z dnia [...] grudnia 2024 r. o 10% odsetek oraz koszty postępowania sądowego. W związku z zaginięciem pierwotnie wystawionych faktur VAT (tj. egzemplarzy dla nabywcy, które zostały odesłane przez wnioskodawcę bez ich księgowania) w marcu 2025 r. kontrahent wystawił i przesłał wnioskodawczyni duplikaty faktur VAT. Spółka odebrała duplikaty faktur VAT i zamierza uwzględnić je w swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej oraz dokonać odliczenia podatku naliczonego z tytułu otrzymanych duplikatów faktur VAT w rozliczeniu podatku od towarów i usług za ich miesiąc otrzymania. W uzupełnieniu opisu zdarzenia przyszłego spółka wskazała, że nie ma wiedzy, czy faktury VAT wystawione pierwotnie zaginęły. Działania kontrahenta, w ocenie wnioskodawczyni, pozwalają natomiast przyjąć, że tak się faktycznie stało. Gdyby było inaczej, kontrahent zamiast proponować wystawienie duplikatów, przesłałby do wnioskodawcy pierwotnie wystawione faktury VAT. W związku z tak przedstawionym opisem stanu faktycznego skarżąca zadała następujące pytanie, czy w świetle opisanego stanu faktycznego ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego, wynikającego z otrzymanych duplikatów faktur VAT, za okres, w którym je otrzymała lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych? Zdaniem skarżącej, ma ona prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego, wynikającego z otrzymanych duplikatów faktur VAT, za okres, w którym je otrzymała lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych. W interpretacji indywidualnej z dnia [...] listopada 2025 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznał stanowisko wnioskodawcy przedstawione we wniosku za nieprawidłowe. Organ stwierdził, że aby odpowiedzieć na wątpliwości wnioskodawczyni, koniecznym staje się ustalenie terminu otrzymania faktur VAT dokumentujących usługi dostępu do infrastruktury usługowej, pod kątem stosowania regulacji art. 86 ust. 10 w związku z treścią art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (dalej: "u.p.t.u."). Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej zauważył, że późniejsze (tj. w miesiącu marcu 2025 r.) otrzymanie duplikatów faktur VAT, które zostały już uprzednio otrzymane przez skarżącą, w żaden sposób nie pozwala na dokonanie kwalifikacji jakoby faktury te zostały otrzymane w marcu 2025 r. (tj. w miesiącu otrzymania duplikatu). Taka kwalifikacja byłaby zasadna w sytuacji, w której w ogóle uprzednio skarżąca nie otrzymałaby faktur VAT "pierwotnych". Z okoliczności sprawy wynika, że skarżąca otrzymała faktury VAT, a następnie kwestionując wykonanie na jej rzecz usług, odesłała je do wystawcy. Fakt odesłania faktur VAT do kontrahenta i domniemania, że wystawione pierwotnie faktury VAT zaginęły u kontrahenta oraz nieuwzględnienie ich w ewidencji rachunkowej i podatkowej, zdaniem organu, nie daje podstaw do uznania, że skarżąca nie otrzymała i nie dysponowała ww. fakturami VAT pierwotnymi. Ponadto dokonanie korekty faktury jest możliwe jedynie w przypadku, gdy pierwotna faktura została wprowadzona do obrotu prawnego. Tym samym, skoro zostały wystawione duplikaty faktur pierwotnych oraz faktury korygujące, to nie można podważyć istnienia i wprowadzenia do obrotu prawnego faktur pierwotnych. Skoro faktury VAT "pierwotne" zostały otrzymane przez skarżącą w okresie od stycznia 2019 r. do lutego 2021 r., to w okresach rozliczeniowych obejmujących te miesiące powstało uprawnienie do realizacji prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z otrzymanych faktur. W związku z powyższym organ stwierdził, że spółka nie może dokonać obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego wynikającego z otrzymanych w marcu 2025 r. duplikatów faktur VAT, w rozliczeniu za okres za okres, w którym je otrzymała lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych, z uwagi na fakt otrzymania "pierwotnych" faktur VAT. Jeżeli skarżąca nie zrealizowała tego prawa, możliwym staje się jego realizacja w trybie przewidzianym brzmieniem art 86 ust. 13 u.p.t.u., a zatem w drodze korekty deklaracji podatkowej za okres, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, nie później jednak niż w ciągu 5 lat, licząc od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku. Zatem spółka może zrealizować prawo do odliczenia podatku naliczonego z otrzymanego w marcu 2025 r. duplikatu faktury VAT poprzez korektę deklaracji podatkowej za okres, w którym powstało prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z "pierwotnej" faktury VAT wystawionej na rzecz skarżącej w dniu [...] lutego 2021 r. lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych - nie później niż w ciągu 5 lat licząc od początku roku, w którym to prawo powstało. Natomiast spółka nie może zrealizować prawa do odliczenia podatku naliczonego z otrzymanych w marcu 2025 r. duplikatów faktur VAT poprzez korektę deklaracji za okres w którym powstało prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z "pierwotnych" faktury VAT wystawionych na jej rzecz w okresie od stycznia 2019 r. do października 2020 r. lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych, ponieważ zgodnie z art. 86 ust. 13 u.p.t.u. minął okres 5 lat od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z "pierwotnych" faktur. W skardze do tut. Sądu skarżąca zaskarżonej interpretacji zarzuciła: 1) naruszenie przepisów postępowania, w sposób mający istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 14b § 1, art. 14c § 1 i § 2 oraz art. 120 i art. 121 § 1 w związku z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (dalej: "O.p.") poprzez: a) wydanie interpretacji zawierającej niepełną ocenę stanowiska spółki poprzez ograniczenie się do przepisania stanu faktycznego, przytoczenia przepisów i syntetycznej oceny stanowiska skarżącej jako nieprawidłowej, bez odniesienia się do pełnego i szczegółowo przedstawionego przez spółkę opisu stanu faktycznego, co skutkowało wydaniem oceny prawnej w oderwaniu od konkretnego i indywidualnego przypadku spółki, podczas gdy spółka wyraźnie podnosiła, że zaistniały w jej przypadku stan faktyczny jest nietypowy i bez tej analizy nie sposób właściwie zrozumieć i ocenić prawnopodatkowego stanowiska spółki, b) niewskazanie w interpretacji stanowiska wraz z wyczerpującym uzasadnieniem prawnym odnoszącym się do stanu faktycznego, pomimo negatywnej oceny stanowiska spółki, przy czym powyższe zarzuty prowadzą do wniosku, że c) organ dokonał przeprowadzenia sprawy z pominięciem zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych oraz pominięciem zasady legalizmu; 2) błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwą ocenę co do zastosowania przepisów prawa materialnego, tj.: a) art. 86 ust. 10 oraz 10b pkt 1 w zw. z ust. 13 u.p.t.u. w zw. z art. 64 ust. 1 i 3 w zw. z art. 2 oraz art. 31 ust. 3 Konstytucji RP poprzez: - błędne uznanie, że do skutecznego doręczenia faktur doszło w okresach, w których spółka pierwotnie otrzymała te faktury, a nie w okresie otrzymania duplikatów tych faktur, mimo że: + w okresach, w których pierwotnie dokonywano prób doręczenia faktur nie istniały przesłanki pozwalające potwierdzić, że [...] [...] S.A wykonały na rzecz spółki jakiekolwiek usługi podlegające \/AT, w związku z czym + faktury te zasadnie mogły być przez spółkę uznane za niedokumentujące faktycznie wykonanych usług; tym samym nie można uznać, że w tych okresach faktury te mogły być skutecznie wprowadzone do obrotu prawnego, a tym samym + spółka mogła, bez skutku doręczenia, wskazane faktury odesłać do kontrahenta; - pominięcie okoliczności, że oprócz istnienia rzeczywistej transakcji – warunkiem powstania prawa do odliczenia jest również możliwość potwierdzenia zaistnienia tej rzeczywistej transakcji przez nabywcę; organ nie dokonał wykładni skarżonych przepisów przez pryzmat tego, czy w momencie pierwotnego doręczenia faktur racjonalnie działający podatnik mógł przyjąć, że dokumentowały one rzeczywiste, podlegające opodatkowaniu VAT transakcje, tj. czy dokumentowane fakturami świadczenia podlegały VAT i czy powstał w związku z nimi obowiązek podatkowy; pominięto, że do czasu wydania przez NSA wyroku z dnia 23 kwietnia 2024 r. (sygn. II GSK 94/21) istniał spor na gruncie przepisów u.t.k., co do istnienia podlegającego VAT stosunku zobowiązaniowego, a w związku z tym do czasu jego rozstrzygnięcia równie dobrze przesłane faktury mogły być "puste"; dopiero po rozstrzygnięciu sporu możliwe było stwierdzenie, że transakcje rzeczywiście miały miejsce; - niezgodne z konstytucyjnymi zasadami zaufania do państwa i stanowionego przez nie prawa oraz zasadą proporcjonalności, jak również z zasadami podatku od wartości dodanej, tj. zasadą neutralności, zasadą proporcjonalności i zasadą skuteczności, dokonanie wykładni tych przepisów w sposób prowadzący do pozbawienia rozsądnego i starannie działającego podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego, b) art. 86 ust. 13 u.p.t.u. poprzez wynikające z powyższego błędne określenie terminu realizacji prawa do odliczenia; Organ przyjął, że pięcioletni termin na realizację prawa do odliczenia należy liczyć od momentu pierwotnego doręczenia faktur, którego zostały ocenione jako faktury "puste" i odesłane, nie zaś od momentu doręczenia duplikatów. W związku z powyższymi zarzutami skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej interpretacji. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o oddalenie skargi. W piśmie z dnia [...] marca 2026 r. – "Replice odpowiedzi na skargę", spółka podtrzymała w całości skargę. Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje. Zgodnie z art. 3 § 2 pkt 4a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r., poz. 935 ze zm., dalej: "p.p.s.a.") kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na pisemne interpretacje przepisów prawa podatkowego wydawane w indywidualnych sprawach. Zakres kontroli sprawowanej przez wojewódzkie sądy administracyjne określa ustawa z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 1267), stanowiąc w art. 1 § 2, że sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej pod względem jej zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. W myśl art. 57a p.p.s.a. skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Należy zauważyć, że w myśl art. 14c § 1 O.p. interpretacja indywidualna winna zawierać wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Od tego wymogu można odstąpić jedynie w sytuacji, gdy stanowisko wnioskodawcy okaże się w ocenie organu prawidłowe w pełnym zakresie. Natomiast w razie negatywnej oceny stanowiska wnioskodawcy interpretacja indywidualna winna każdorazowo zawierać wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym (art. 14c § 2 O.p.). Z wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej i jego uzupełnienia wynika, że spółka specjalizuje się w świadczeniu usług międzymiastowego transportu kolejowego na rzecz pasażerów. Wnioskodawczyni - jako przewoźnik kolejowy, korzysta z infrastruktury kolejowej zarządzanej przez [...] S.A. na podstawie umowy zawartej z tą spółką. Kontrahent skarżącej jest operatorem obiektów infrastruktury usługowej - stacji pasażerskich. W ocenie kontrahenta, świadczył on na rzecz strony usługi dostępu do infrastruktury usługowej. W związku z tym kontrahent wystawił na rzecz wnioskodawczyni za okres od dnia [...] grudnia 2017 r. do dnia [...] grudnia 2020 r. faktury, łącznie na kwotę [...]zł. [...] S.A. uzasadniając swoje stanowisko, argumentowała, że w ramach wykonywania swojej działalności skarżąca korzysta również z obiektów infrastruktury usługowej zarządzanych przez nią, tj. ze stacji pasażerskich. W związku z tym, powołując się na art. 36c ust. 1 u.t.k., wskazała, że skarżąca obowiązana była wystąpić o udostępnienie wymienionych obiektów infrastruktury usługowej i zawrzeć z operatorem umowę. Z kolei wnioskodawczyni stała na stanowisku, że jako przewoźnik kolejowy korzysta z pomieszczeń wyłączonych z obszaru obiektów infrastruktury usługowej (stacji pasażerskich) na podstawie oddzielnych umów i na odrębnych zasadach, a tym samym nie jest obowiązana do zawarcia dodatkowej umowy z kontrahentem w trybie art. 36c u.t.k. Stąd konsekwentnie uważała, że [...] S.A. nie świadczy na jej rzecz żadnych usług, a tym samym faktury VAT przesyłane wnioskodawczyni nie dokumentują czynności rzeczywiście dokonanych. Dlatego też skarżąca odmawiała ich zapłaty, odsyłała je kontrahentowi i nie uwzględniała ich w swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej. W związku z podejrzeniem naruszenia art. 36c u.t.k., Prezes Urzędu Transportu Kolejowego w styczniu 2019 r. wszczął postępowanie administracyjne zakończone wydaniem w dniu [...] lipca 2019 r. decyzji, w której nie zgodził się ze stanowiskiem spółki i stwierdził naruszenie przez skarżącą art. 36c ust. 1 u.t.k. poprzez korzystanie z usług świadczonych w obiektach infrastruktury usługowej - stacjach pasażerskich zarządzanych przez [...] S.A., bez zawartej umowy o udostępnienie obiektów infrastruktury usługowej. Spór ten zakończył ostatecznie wyrok NSA z dnia 23 kwietnia 2024 r., II GSK 94/21 oddalający skargę kasacyjną spółki A. [...]. W następstwie tego Sąd Okręgowy w T. VI Wydział Gospodarczy wyrokiem z dnia [...] grudnia 2024 r., [...] zasądził od spółki A. [...] kwotę [...]zł na rzecz [...] S.A. wraz z ustawowymi odsetkami, tytułem korzystania przez skarżącą ze stacji pasażerskich zarządzanych przez kontrahenta w okresie od dnia [...] grudnia 2017 r. do dnia [...] grudnia 2020 r., bez zawartej umowy, o której mowa w art. 36c ust. 1 u.t.k. oraz bez uiszczenia na rzecz kontrahenta opłaty, o której mowa w art. 36e u.t.k. W ocenie strony przedmiotowy wyrok stanowi podstawę stwierdzenia zasadności wystawienia faktur VAT. W związku z zaginięciem pierwotnie wystawionych faktur VAT (tj. egzemplarzy dla nabywcy, które zostały odesłane przez wnioskodawczynię bez ich księgowania), w marcu 2025 r. kontrahent wystawił i przesłał spółce duplikaty faktur VAT. Wnioskodawczyni odebrała duplikaty faktur VAT i zamierza uwzględnić je w swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej oraz dokonać odliczenia podatku naliczonego z tytułu otrzymanych duplikatów faktur VAT w rozliczeniu podatku od towarów i usług za ich miesiąc otrzymania. W związku z tym spółka zadała pytanie, czy w świetle opisanego stanu faktycznego ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego, wynikającego z otrzymanych duplikatów faktur VAT, za okres, w którym je otrzymała lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych? Zdaniem skarżącej, ma ona prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego, wynikającego z otrzymanych duplikatów faktur VAT, za okres, w którym je otrzymała lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznał to stanowisko za nieprawidłowe. Odwołując się do art. 86 ust. 10 w związku z treścią art. 86 ust. 10b pkt 1 u.p.t.u. w zaskarżonej interpretacji stwierdzono, że późniejsze (w marcu 2025 r.) otrzymanie duplikatów faktur VAT, w żaden sposób nie pozwala na dokonanie kwalifikacji jakoby faktury zostały otrzymane przez spółkę w marcu 2025 r. (w miesiącu otrzymania duplikatów). Taka kwalifikacja byłaby zasadna w sytuacji, w której skarżąca w ogóle uprzednio nie otrzymałaby pierwotnych faktur VAT. Z okoliczności sprawy wynika jednak, że spółka otrzymała faktury VAT, a następnie kwestionując wykonanie usług, odesłała je do wystawcy. W konsekwencji, według organu, wnioskodawczyni nie może zrealizować prawa do odliczenia podatku naliczonego z otrzymanych w marcu 2025 r. duplikatów faktur VAT poprzez korektę deklaracji za okres w którym powstało prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z pierwotnych faktury VAT wystawionych na rzecz strony w okresie od stycznia 2019 r. do października 2020 r. lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych, ponieważ zgodnie z art. 86 ust. 13 u.p.t.u. minął okres 5 lat od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z pierwotnych faktur. Podkreślenia wymaga, że w świetle utrwalonego orzecznictwa sądowego uzasadnienie prawne interpretacji indywidualnej, spełniające wymagania wynikające z art. 14c § 2 O.p. powinno zawierać nie tylko przytoczenie przepisów prawa, na których organ oparł swoje stanowisko, ale również wyjaśnienie znaczenia tych przepisów w kontekście podanego przez stronę stanu faktycznego, ze wskazaniem jego istotnych znamion. Uzasadnienie stanowiska organu interpretacyjnego musi być na tyle wyczerpujące, aby wynikało z niego, że ocenił on wszystkie istotne dla sprawy argumenty wnioskodawcy w stanie faktycznym przez niego przedstawionym. Z uzasadnienia prawnego interpretacji powinien wynikać tok rozumowania organu interpretacyjnego, który doprowadził z jednej strony do zanegowania stanowiska wnioskodawcy, a z drugiej strony do przyjęcia przez organ stanowiska odmiennego. Interpretacja indywidualna musi bowiem stanowić rzetelną informację dla wnioskodawcy, dlaczego w jego sprawie określone przepisy znajdują zastosowanie, a także dlaczego wyrażony przez niego pogląd nie zasługuje na uwzględnienie (por. wyroki NSA: z dnia 15 czerwca 2021 r., I FSK 236/20; z dnia 15 listopada 2019 r., II FSK 3911/17; z dnia 5 czerwca 2019 r., II FSK 2433/17; wyrok WSA w Krakowie z dnia 23 lutego 2024 r., I SA/Kr 25/24). Dopiero takie uzasadnienie realizuje też cel określony w art. 121 O.p., mającym zastosowanie w postępowaniu interpretacyjnym na podstawie art. 14h O.p., a którym jest pogłębianie zaufania do organów podatkowych (por. wyrok NSA z dnia 29 maja 2025 r., I FSK 232/22). Zdaniem Sądu, wydając zaskarżoną interpretację organ pominął całą argumentację spółki zawartą w jej stanowisku, wskazującą na nietypową sytuację prawnopodatkową w jakiej się znalazła. Skarżąca wskazała bowiem, że świadcząc usługi przewozów pasażerskich od lat korzystała z infrastruktury kolejowej na podstawie umów z [...] S.A. i nie uważa się za podmiot korzystający ze stacji pasażerskich. W jej ocenie, w wyniku zawarcia umowy na korzystanie ze stacji pasażerskich - zważywszy na umowy zawarte z kontrahentem - w praktyce musiałaby płacić dwukrotnie. Dlatego od samego początku twierdziła, że [...] S.A. nie świadczyła na jej rzecz żadnych usług. W konsekwencji uważała, że przesłane faktury VAT nie dokumentują żadnych rzeczywiście wykonanych usług. Z odmienną interpretacją art. 36c ust. 1 u.t.k. się nie godziła i dążyła do jej obalenia w ramach postępowania administracyjnego, a następnie sadowoadministracyjnego. Istniejący spór ostatecznie rozstrzygnął NSA w wyroku z 2024 r., na niekorzyść strony. Stąd, w ocenie wnioskodawczyni, dopiero od tego momentu można uważać za rzecz pewną, że usługi zostały faktycznie wykonane na jej rzecz i w związku z ich wykonaniem powstał obowiązek podatkowy. Spółka wskazała, że jeżeliby wynik sporu dotyczącego przepisów u.t.k. był odmienny, to potwierdzałoby to, że świadczenie usług w ogóle nie miało miejsca, a co za tym idzie faktury wystawiane przez kontrahenta od samego początku byłyby "puste". W świetle powyższego, gdyby przyjąć stanowisko organu, spółka zostałaby pozbawiona prawa do odliczenia podatku naliczonego z tego powodu, że popełniła błąd w interpretacji przepisów prawnych, oraz z tego powodu, iż ostateczne rozstrzygnięcie sporu przed sądem administracyjnym i przed sądem gospodarczym co do korzystanie z usług świadczonych w obiektach infrastruktury kolejowej (stacjach pasażerskich) nastąpiło po upływie okresu 5 lat, wskazanego w art. 86 ust. 13 u.p.t.u. Z takim stanowiskiem skarżąca się nie zgadza i uważa, że wykładnia gramatyczna pozwala nabywcy odliczyć podatek naliczony w momencie otrzymania faktury, nawet jeśli od obowiązku podatkowego upłynął okres 5 lat. Dla uzasadnienia swoich racji strona powołała się na wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 21 marca 2018 r. w sprawie C-533/16, z którego - jej zdaniem - wynika, że upływ terminu zawitego nie może stanowić podstawy do odmowy zwrotu podatku naliczonego, jeżeli podatek został zapłacony przez wystawcę, a odbiorca faktury nie mógł skutecznie wykonać prawa do zwrotu. W rezultacie spółka uważa, że prawo do odliczenie podatku naliczonego może skutecznie zrealizować dopiero od daty doręczenia duplikatów faktur VAT, i do takiej realizacji tego prawa jest uprawniona. W zaskarżonej interpretacji organ nie odniósł się do powyższej argumentacji spółki uważanej przez nią za istotną dla rozstrzygnięcia sprawy. Jak to już wskazano uzasadnienie stanowiska organu interpretacyjnego musi być na tyle wyczerpujące, aby wynikało z niego, że ocenił on wszystkie istotne dla sprawy argumenty wnioskodawcy. Powinno więc ono przedstawiać stanowisko, z którego będzie jednoznacznie wynikać, dlaczego argumenty wnioskodawcy organ uznał za nietrafne i jakie argumenty przemawiały za stanowiskiem organu. Innymi słowy, aby interpretacja indywidualna stanowiła rzetelną informację dla wnioskodawcy, powinna zawierać wyjaśnienie, dlaczego wyrażony przez niego pogląd jest błędny. W zaskarżonej interpretacji nie wyjaśniono, dlaczego argumentacja spółki nie zasługuje na uwzględnienie i dlaczego, mimo że znalazła się w nietypowej sytuacji, nie może odliczyć podatku naliczonego. Wskutek tego organ naruszył art. 14c § 2 oraz art. 121 w zw. z art. 14h O.p. Odniesienie się przez organ do powyższej kwestii dopiero w odpowiedzi na skargę nie może odnieść skutku. Odpowiedź na skargę jako pismo procesowe nie może być traktowane jako aneks do interpretacji indywidualnej. W odpowiedzi na skargę organ powinien odnieść się do podniesionych zarzutów, a nie dokonywać ocen prawnych, które powinny znaleźć się w interpretacji. Ponownie rozpatrując sprawę organ będzie miał na uwadze wywody i wskazania Sądu zawarte w tym wyroku. W tym stanie rzeczy, na podstawie art. 146 i art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a., Sąd uchylił zaskarżoną interpretację. O zwrocie kosztów postępowania orzeczono na podstawie art. 200, art. 205 § 4 i art. 209 p.p.s.a. Na koszty te składa się uiszczony wpis od skargi (200 zł), wynagrodzenie pełnomocnika (480 zł) oraz uiszczona opłata skarbowa od udzielonego pełnomocnictwa (17 zł).