I SA/Kr 794/25

WyrokWSA w Krakowie2026-01-22

Skład orzekający: Waldemar Michaldo, Wiesław Kuśnierz, Borys Marasek

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r., złożony po upływie 5-letniego terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, ale w okresie uwzględniającym 71-dniowe zawieszenie biegu terminu przedawnienia wynikające z art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID-19, powinien zostać uznany za złożony w terminie?
Ratio decidendi
Sąd uznał, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty złożony po upływie 5-letniego terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, ale w okresie uwzględniającym 71-dniowe zawieszenie biegu terminu przedawnienia wynikające z art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID-19, powinien zostać uznany za złożony w terminie. Sąd oparł się na analogii legis do przepisów prawa administracyjnego oraz na zasadzie in dubio pro tributario, uznając, że celem ustawy COVID-19 była ochrona obywateli, a wydłużenie terminu do złożenia wniosku o nadpłatę jest realizacją tego celu.
Stan faktyczny
Spółka złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r. po upływie 5-letniego terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, argumentując, że termin ten został zawieszony na 71 dni z powodu pandemii COVID-19. Organy podatkowe odmówiły wszczęcia postępowania, powołując się na uchwałę NSA I FPS 2/22, która wykluczyła stosowanie art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID-19 do przedawnienia zobowiązań podatkowych. Spółka wniosła skargę do WSA w Krakowie, podnosząc m.in. naruszenie zasady in dubio pro tributario i błędną wykładnię przepisów.
Rozstrzygnięcie
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie uchylił zaskarżone postanowienie Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie oraz poprzedzające je postanowienie Prezydenta Miasta Krakowa i zasądził od Samorządowego Kolegium Odwoławczego na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia: WSA Waldemar Michaldo Sędziowie: WSA Wiesław Kuśnierz (spr.) WSA Borys Marasek po rozpoznaniu w dniu 22 stycznia 2026 r. na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym sprawy ze skargi B. sp. z o.o. z siedzibą w W. na postanowienie Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie z dnia 6 października 2025 r. nr SKO.Pod/4140/631/2025 w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r. I. uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Prezydenta Miasta Krakowa z dnia 25 marca 2025 r., znak: PD-01-4.3120.2.3.2025, II. zasądza od Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie na rzecz strony skarżącej kwotę 597 (słownie: pięćset dziewięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania. Prezydent Miasta Krakowa (dalej: Prezydent, organ I instancji) postanowieniem z dnia 25 marca 2025 r., znak: [...] odmówił wszczęcia na wniosek B. sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej: Spółka, Podatnik, Skarżąca) z dnia 7 marca 2025 r. postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r. w łącznej kwocie 57.412,00 zł. Jako podstawę prawną postanowienia organ I instancji wskazał art. 165a, w zw. z art. 79 § 2 w zw. z art. 70 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r. poz. 111; dalej: O.p.). W uzasadnieniu postanowienia organ I instancji stwierdził, że do ww. wniosku Spółka dołączyła korektę deklaracji na podatek od nieruchomości za 2019 r., w której zmniejszyła podstawę opodatkowania budynków związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej z 31.962,73 m2 do 29.477,35 m2. Prezydent wskazał, że w uzasadnieniu wniosku Podatnik, powołując się na orzecznictwo sądów administracyjnych, w tym wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 3 września 2024 r., sygn. akt III FSK 600/24, wskazał, że korzystne dla podatników orzecznictwo, będące konsekwencją uchwały o sygn. akt I FPS 2/22, wyrażającej zakaz orzekania przez organy podatkowe z urzędu w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego z uwagi na jego przedawnienie, nie uzasadnia pozbawienia podatników prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W ocenie Spółki nie można bowiem pominąć skutków wynikających z regulacji art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 2 marca 2020 r. o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych (Dz.U. z 2020 r. poz. 568 ze zm.; dalej: ustawa COVID). Spółka przyjęła, że z uwagi na obowiązywanie przepisów szczególnych wprowadzonych w związku z pandemią COVID-19 termin przedawnienia zobowiązania podatkowego uległ zawieszeniu na 71 dni. Odnosi się to również do możliwości dokonania korekty zobowiązania przez Podatnika, a w konsekwencji termin na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty za 2019 r. także uległ przedłużeniu. Odnosząc się do stanowiska Spółki organ I instancji wskazał, iż zgodnie z art. 79 § 2 O.p. prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o jej zwrot wygasa z upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że przepisy szczególne przewidują inny tryb zwrotu podatku. Z kolei art. 70 § 1 O.p. stanowi, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Zgodnie natomiast z art. 15zzr ust. 1 ustawy COVID, w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 31 marca 2020 r. o zmianie ustawy o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2020 r. poz. 568 ze zm.; dalej: ustawa z dnia 31 marca 2020 r.), w okresie obowiązywania stanu zagrożenia epidemicznego albo stanu epidemii ogłoszonego z powodu COVID-19 bieg przewidzianych przepisami prawa administracyjnego terminów: 1. od zachowania których uzależnione jest udzielenie ochrony prawnej przed sądem lub organem, 2. do dokonania przez stronę czynności kształtujących jej prawa i obowiązki, 3. przedawnienia, których niezachowanie powoduje wygaśnięcie lub zmianę praw rzeczowych oraz roszczeń i wierzytelności, a także popadnięcie w opóźnienie, 4. zawitych, z niezachowaniem których ustawa wiąże ujemne skutki dla strony, 5. do dokonania przez podmioty lub jednostki organizacyjne podlegające wpisowi do właściwego rejestru czynności powodujących obowiązek zgłoszenia do tego rejestru, a także terminów na wykonanie przez te podmioty obowiązków wynikających z przepisów o ich ustroju — nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu na ten okres. Kolejno Prezydent wskazał, że przepis art. 15zzr ustawy COVID został uchylony z dniem 16 maja 2020 r. na mocy art. 46 pkt 20 w zw. z art. 76 ustawy z dnia 14 maja 2020 r. o zmianie niektórych ustaw w zakresie działań osłonowych w związku z rozprzestrzenianiem się wirusa SARS-CoV-2 (Dz.U. z 2020 r. poz. 875 ze zm.; dalej: ustawa nowelizująca). Zgodnie z art. 68 ust. 1 i 2 ustawy nowelizującej, terminy, o których mowa w art. 15zzr ust. 1 ustawy COVID, których bieg nie rozpoczął się na podstawie art. 15zzr ust. 1 lub których bieg uległ zawieszeniu na podstawie tego przepisu, rozpoczynają bieg lub biegną dalej po upływie 7 dni od dnia wejścia w życie ustawy nowelizującej. Dalej organ I instancji stwierdził, że ustawa nowelizująca weszła w życie w dniu 16 maja 2020 r., a więc siódmy dzień od tej daty przypadł na 23 maja 2020 r. Oznacza to, że terminy, o których mowa w art. 15zzr ust. 1, rozpoczęły bieg na nowo od dnia 24 maja 2020 r. Prezydent podkreślił, że prawodawca powiązał początek okresu zawieszenia biegu terminów nie z dniem wejścia w życie ustawy COVID (31 marca 2020 r.), lecz z dniem ogłoszenia stanu zagrożenia epidemicznego (a następnie stanu epidemii), co nastąpiło w dniu 14 marca 2020 r. na podstawie rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 13 marca 2020 r. w sprawie ogłoszenia na obszarze Rzeczypospolitej Polskiej stanu zagrożenia epidemicznego (Dz.U. z 2020 r. poz. 433 ze zm.). Następnie organ I instancji wskazał, że z treści art. 15zzr ust. 1 ustawy COVID wynika, iż w okresie obowiązywania stanu zagrożenia epidemicznego albo stanu epidemii ogłoszonego z powodu COVID-19 terminy wymienione w pkt 1-6, określone w przepisach prawa administracyjnego, których bieg rozpoczął się przed ogłoszeniem tego stanu, ulegają zawieszeniu. Kolejno Prezydent stwierdził, że na tle wykładni powyższego przepisu w orzecznictwie sądów administracyjnych pojawiły się wątpliwości, czy prawo podatkowe stanowi odrębną, autonomiczną gałąź prawa publicznego, wywodzącą się z prawa administracyjnego oraz finansów publicznych. Wskazał, że w doktrynie dominuje pogląd, zgodnie z którym prawo podatkowe nie jest sytuowane w obrębie prawa budżetowego, lecz powinno być traktowane jako odrębna gałąź prawa (Z. Ofiarski, Prawo podatkowe, LexisNexis 2006). W piśmiennictwie wskazuje się, że od blisko dwudziestu lat prawo podatkowe postrzegane jest już nie tylko jako część zespołu norm prawa finansowego, lecz jako samodzielna gałąź prawa publicznego. Jako przyczyny zmiany statusu prawa podatkowego i jego wydzielenie jako odrębnej gałęzi prawa organ I instancji wskazał: - wyodrębnieniem legislacyjnym norm prawa podatkowego, - ich szczególnym charakterem i funkcjami, - istnieniem rozbudowanej części ogólnej, - funkcjonowaniem wyspecjalizowanego systemu organów administracji podatkowej, - odrębną procedurą podatkową oraz odmiennościami w sferze stosowania prawa podatkowego (J. Zimmermann (red.), Aksjologia prawa administracyjnego, t. I, WKP 2017). O ile więc prawo podatkowe przez wiele lat traktowane było jako jeden z działów prawa finansowego, o tyle obecnie nie budzi już wątpliwości, że stanowi ono odrębną gałąź prawa (vide: A. Mariański, Rozstrzyganie wątpliwości na korzyść podatnika, Oficyna Wolters Kluwer Business 2011). Podobne stanowisko zajął także Minister Finansów (pismo z dnia 1 maja 2020 r., znak: SP 5.055.2.2020). Dalej Prezydent wskazał, że w uchwale z dnia 6 marca 2017 r., sygn. akt I FPS 8/16, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że autonomia prawa podatkowego stanowi swoisty kompromis pomiędzy zasadami spójności i zupełności systemu prawa, do którego prawo podatkowe przynależy, a jego niezależnością w ramach tego systemu - przede wszystkim w stosunku do innych gałęzi prawa publicznego sensu largo (M. Zirk-Sadowski, Problem autonomii prawa podatkowego w świetle orzecznictwa NSA, "Kwartalnik Prawa Podatkowego" 2001, nr 2, s. 39-58; R. Mastalski, Autonomia prawa podatkowego a spójność i zupełność systemu prawa, "Przegląd Podatkowy" 2003, nr 10, s. 12; A. Gomułowicz [w:] A. Gomułowicz, J. Małecki, Podatki i prawo podatkowe, Warszawa 2002, s. 136 i n.; uchwała NSA z dnia 2 kwietnia 2012 r., sygn. II FPS 3/11). Organ I instancji podzielił stanowisko dotyczące autonomii prawa podatkowego i wskazał, że przyjęcie poglądu o jego odrębności prowadzi do wniosku, że przepisy O.p. nie powinny być oceniane przez pryzmat regulacji zawartej w art. 15zzr ust. 1 ustawy COVID, gdyż nie można ich utożsamiać z szeroko rozumianym prawem administracyjnym. Do powyższej konkluzji zdaniem Prezydenta prowadzi również wykładnia systemowa wewnętrzna przepisów ustawy o szczególnych rozwiązaniach związanych z COVID-19. Zagadnienia odnoszące się do materii prawa podatkowego zostały w tej ustawie w przeważającym zakresie uregulowane odrębnie (np. art. 15zzj, który dotyczy m.in. skutków złożenia w wydłużonym terminie zeznania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r.). Prezydent podkreślił również, że NSA w uchwale z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I FPS 2/22 stwierdził, iż art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID, w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 31 marca 2020 r., nie dotyczy wstrzymania, rozpoczęcia ani zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Zdaniem Prezydenta treść ww. uchwały NSA nie budzi żadnych wątpliwości interpretacyjnych. Organ podatkowy I instancji nie jest uprawniony do przyjęcia wykładni przepisów prawa odmiennej od tej, która została wyrażona w sentencji uchwały NSA. W konsekwencji Prezydent stwierdził, że prawo Spółki do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r. wygasło z dniem 31 grudnia 2024 r. Tymczasem Podatnik złożył przedmiotowy wniosek dopiero w dniu 7 marca 2025 r. Organ I instancji podkreślił, że zgodnie z art. 70 § 1 O.p. przedawnienie następuje z mocy prawa. Organ podatkowy I instancji nie jest uprawniony do oceny, czy przedawnienie stanowi okoliczność korzystną bądź niekorzystną dla podatnika, gdyż — jako zdarzenie zależne wyłącznie od upływu czasu, a nie od woli stron — ma ono charakter obiektywnie neutralny. Przyjęcie odmiennego poglądu groziłoby powstaniem stanu niepewności prawnej co do tego, czy zobowiązanie podatkowe wygasło, czy też nie. Tymczasem pewność prawa stanowi istotny element zasady demokratycznego państwa prawnego, który podlega ochronie (wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 28 grudnia 2023 r., sygn. akt I SA/Kr 965/23). Zdaniem Prezydenta stanowisko zaprezentowane przez Spółkę sprowadza się do twierdzenia, że zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku od nieruchomości za 2019 r. wobec organu podatkowego uległo przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2024 r., co uniemożliwia wszczęcie postępowania w sprawie określenia wysokości tego zobowiązania, jednocześnie jednak, samo zobowiązanie przedawniło się dla niej dopiero po upływie dodatkowych 71 dni. W praktyce "wydłużony" termin przedawnienia miałby zastosowanie wyłącznie w sytuacjach, w których podatnik koryguje deklarację na swoją korzyść i wnosi o stwierdzenie nadpłaty. Gdyby natomiast podatnik nie uiścił podatku od nieruchomości za 2019 r. wykazanego w deklaracji, organ egzekucyjny — z uwagi na upływ terminu przedawnienia — nie mógłby dochodzić jego zapłaty po dniu 31 grudnia 2024 r. W ocenie organu I instancji niedopuszczalna jest sytuacja, w której termin przedawnienia tego samego zobowiązania podatkowego jest inny dla organu podatkowego, a inny dla podatnika (przy czym dla podatnika jest dłuższy tylko wtedy, gdy wywodzi on z niego korzystne dla siebie skutki prawne. Taka interpretacja art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID, jak również jakiegokolwiek innego przepisu prawa, pozostaje w sprzeczności z zasadami demokratycznego państwa prawnego. Spółka wniosła zażalenie na ww. postanowienie Prezydenta z dnia 25 marca 2025 r. W uzasadnieniu zażalenia podniosła, że już we wniosku wskazała, iż zgodnie z art. 70 § 1 O.p. termin przedawnienia zobowiązania podatkowego wynosi 5 lat. Co do zasady, zobowiązanie podatkowe za 2019 r. uległoby więc przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2024 r. Jednakże, w ocenie Spółki, zastosowanie ma art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID, zgodnie z którym w okresie obowiązywania stanu zagrożenia epidemicznego albo stanu epidemii ogłoszonego z powodu COVID-19 bieg przewidzianych przepisami prawa administracyjnego terminów przedawnienia ulegał zawieszeniu. W świetle tego przepisu oraz aktualnej linii orzeczniczej sądów administracyjnych Spółka przyjęła, że z uwagi na obowiązywanie regulacji szczególnych dotyczących skutków pandemii COVID-19 termin przedawnienia zobowiązania podatkowego został zawieszony, w tym również w odniesieniu do możliwości dokonania korekty zobowiązania przez podatnika. W konsekwencji termin na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty za 2019 r. również uległ wydłużeniu, a Spółce nadal przysługiwało prawo do złożenia przedmiotowego wniosku. Organ podatkowy I instancji natomiast, powołując się na uchwałę NSA z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I FPS 2/22 uznał, że zobowiązanie podatkowe za 2019 r. przedawniło się z dniem 31 grudnia 2024 r. W konsekwencji Prezydent stwierdził, że zachodzi podstawa do odmowy wszczęcia postępowania podatkowego, albowiem w dacie złożenia wniosku zobowiązanie podatkowe już nie istniało, a tym samym wygasło również prawo do ubiegania się o stwierdzenie nadpłaty. Tymczasem Spółka stoi na stanowisku, że w niniejszej sprawie doszło jednakże do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, a w związku z tym w dacie złożenia wniosku (czyli 7 marca 2025 r.) o stwierdzenie nadpłaty zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku od nieruchomości za 2019 r. nie uległo jeszcze przedawnieniu. Tym samym Spółka zachowała prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty. Już we wniosku Spółka powołała się na liczne orzeczenia sądów administracyjnych, które wspierają prezentowane stanowisko. Z orzecznictwa tego wynika przede wszystkim prymat zasady in dubio pro tributario, która - w ocenie sądów - wymaga stosowania przepisów prawa podatkowego w taki sposób, aby ewentualne wątpliwości były rozstrzygane z perspektywy konkretnej sytuacji podatnika, a nie poprzez formułowanie ogólnych ocen odnoszących się do wszystkich podatników w oderwaniu od ich indywidualnych okoliczności prawno-faktycznych. Spółka podniosła, że na konieczność respektowania tej zasady w procesie wykładni prawa podatkowego zwracał uwagę również Trybunał Konstytucyjny. W wyroku z dnia 18 lipca 2013 r., sygn. akt SK 18/09, wskazano jednoznacznie, że niejasnych regulacji podatkowych nie wolno interpretować na niekorzyść podatników, a w konsekwencji - jeśli regulacje te okażą się ostatecznie wieloznaczne - należy stosować rozwiązanie korzystne dla zobowiązanego. Stanowisko to zdaniem Skarżącej znajduje potwierdzenie m.in. w wyrokach: WSA w Gliwicach z dnia 11 czerwca 2024 r., sygn. akt I SA/GI 1609/23; WSA w Warszawie z dnia 26 maja 2023 r., sygn. akt III SA/Wa 2002/22; WSA w Białymstoku z dnia 16 października 2024 r., sygn. akt I SA/Bk 257/24; WSA we Wrocławiu z dnia 23 kwietnia 2024 r., sygn. akt I SA/Wr 864/23 oraz NSA z dnia 3 września 2024 r., sygn. akt III FSK 600/24. Za WSA we Wrocławiu Spółka podniosła, że nałożenie się obowiązywania art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID i dotychczasowych przepisów O.p. - w tym jej art. 79 § 2 - wywołało stan uniemożliwiający jasne przewidzenie skutków wprowadzonych ekstraordynaryjnie przepisów i rzutowało na podejmowane przez podatników decyzje przy prowadzeniu ich własnych spraw. Jednocześnie w okresie tzw. lockdownu obywatele mieli znacznie utrudnioną możliwość realizacji swoich praw, m.in. z powodu ograniczonego dostępu do organów oraz poczty. Uzasadnione jest więc zapewnienie im niezbędnej ochrony przed skutkami upływu terminu, którego dotrzymanie było niemożliwe lub znacząco utrudnione - w przeciwieństwie do organów, które nie były ograniczone w możliwości wszczynania i prowadzenia postępowań. W rezultacie należy odwołać się do zasady in dubio pro tributario, a regulacja zawarta w art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID ma wpływ na zawieszenie biegu terminu przedawnienia również w sprawach dotyczących wniosków o stwierdzenie nadpłaty. Spółka zakwestionowała przyjęcie przez organ podatkowy, że niedopuszczalne jest, aby termin przedawnienia tego samego zobowiązania podatkowego był różny dla organu podatkowego i podatnika (przy czym dla podatnika byłby wydłużony wyłącznie w przypadku uzyskania korzyści prawnej). Zdaniem Podatnika argumentacja ta jest całkowicie sprzeczna z zasadą in dubio pro tributario, zgodnie z którą wszelkie wątpliwości powstałe w związku ze stosowaniem przepisów prawa podatkowego powinny być rozstrzygane na korzyść podatnika. Ustawodawca nie wprowadził analogicznego podejścia w stosunku do organów podatkowych, co oznacza, że teza postawiona przez organ I instancji jest błędna i nie znajduje uzasadnienia prawnego. Strona podkreśliła, że uchwała z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I FPS 2/2 niewątpliwie ma charakter wiążący w zakresie wykładni i stosowania art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID w sprawach, w których termin przewidziany w art. 70 § 1 O.p. zobowiązuje organ podatkowy I instancji do wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego. Uchwała ta zdaniem Spółki nie obejmuje natomiast terminu wskazanego w art. 79 § 2 O.p., który określa ramy czasowe dla działania podatnika składającego wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Powyższe wynika z faktu, że uchwała jest tzw. uchwałą konkretną (podstawą jej wydania był art. 15zzr ust. 1 pkt 3 w zw. z art. 187 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi). Oznacza to, że dotyczy ona zagadnienia prawnego budzącego poważne wątpliwości w konkretnej sprawie administracyjnej. Spółka przywołała orzecznictwo wyjaśniające charakter i konsekwencje podjęcia przez NSA uchwały konkretnej na tle określonego stanu faktycznego i prawnego, wskazując, że w związku z tym, zgodnie z art. 187 § 2 P.p.s.a., ma ona charakter wiążący tylko dla tej sprawy (wyrok NSA z dnia 20 maja 2021 r., sygn. akt I FSK 49/21). Zdaniem Podatnika ustalenie zakresu mocy wiążącej uchwały konkretnej powinno uwzględniać okoliczności właściwe sprawie, w której uchwała została podjęta, a nie stan faktyczny sprawy rozpoznawanej przez sąd w innym postępowaniu. Moc wiążąca uchwały wynika zasadniczo z jej sentencji, a nie z uzasadnienia. Zdaniem Podatnika w niniejszej sprawie zestawienie okoliczności właściwych dla rozpoznawanej sprawy oraz okoliczności sprawy, na tle której podjęto uchwałę, wykazuje różnice. W sprawie, która była podstawą uchwały, stosunek prawny dotyczył działania organu podatkowego z urzędu, zakończonego wydaniem decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, natomiast w sprawie niniejszej stosunek prawny dotyczy działania podatnika, który wystąpił z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Z uwagi na występującą rozbieżność między stanem faktycznym będącym przedmiotem oceny w ramach uchwały NSA a stanem faktycznym zaistniałym w niniejszej sprawie, Spółka wskazała, że jej zindywidualizowana sytuacja faktyczno-prawna nie uzasadnia zastosowania wyłącznie sentencji uchwały do rozstrzygnięcia spornego zagadnienia. Nie kwestionuje wielokrotnie wyrażanego w orzecznictwie poglądu, iż uchwały NSA wiążą tylko w zakresie wyrażonym w sentencji. Zauważyła jednak, że ich moc wiążąca jest ograniczona kontekstem "danej sprawy", w ramach której uchwała została wydana, co wynika wprost z orzecznictwa NSA. Według Podatnika stan faktyczny i prawny leżący u podstaw uchwały jest na tyle odmienny od stanu faktycznego niniejszej sprawy, że uchwała NSA nie ma dla niej mocy wiążącej. Upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, który warunkuje wydanie przez organ decyzji określającej wysokość zobowiązania w postępowaniu podatkowym, należy odróżnić od możliwości złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty - kwestii będącej przedmiotem sporu. Wobec powyższego, wniosek Spółki należy uznać za złożony skutecznie. Spółka podkreśliła również, że aktualna linia orzecznicza bezpośrednio potwierdza jej prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty w niniejszej sprawie. W jednym z najnowszych wyroków NSA Sąd stwierdził, że "Spółka miała prawo złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty w terminie, który uwzględniał okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID-19. Takie stanowisko zapewnia realizację zasady ochrony uzasadnionych oczekiwań oraz budowania zaufania do organów państwowych, wynikającej z zasady demokratycznego państwa prawnego określonej w art. 2 Konstytucji RP.". W przywołanej sprawie stan faktyczny i prawny był zbliżony do niniejszego - spółka twierdziła, że w chwili składania wniosku o stwierdzenie nadpłaty przedawnienie jeszcze nie nastąpiło, natomiast organy podatkowe uważały, że termin przedawnienia już upłynął. NSA uznał za prawidłowe stanowisko strony skarżącej, podkreślając przy tym, że znane jest mu stanowisko zawarte w uchwale składu siedmiu sędziów NSA z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I FPS 2/22, jednak jak słusznie wskazał NSA w wyroku z dnia 3 września 2024 r., sygn. akt III FSK 600/24, korzyści dla podatników wynikające z uchwały o sygn. akt I FPS 2/22, wprowadzającej zakaz orzekania przez organy podatkowe z urzędu w sprawach dotyczących wysokości zobowiązań podatkowych z powodu przedawnienia, nie stanowią podstawy do podważania prawa do składania wniosków o stwierdzenie nadpłaty z powodu upływu terminu przedawnienia, przy pominięciu skutków wynikających z przepisu art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Z uwagi na powyższą argumentację oraz słuszny interes podatnika zdaniem Spółki należy przyjąć, że miała prawo złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty w terminie uwzględniającym okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Stanowisko to zapewnia realizację zasady ochrony uzasadnionych oczekiwań oraz budowania zaufania do organów państwowych, wynikającej z zasady demokratycznego państwa prawnego określonej w art. 2 Konstytucji RP (wyrok NSA z dnia 4 grudnia 2024 r., sygn. akt III FSK 446/24, LEX nr 3844081). Końcowo Spółka podniosła, że potwierdzenie ww. stanowiska można odnaleźć również w wyroku WSA w Gliwicach z dnia 11 czerwca 2024 r., sygn. akt I SA/GI 1609/23, w którym stwierdzono m.in.: "Korzystne dla podatników orzekanie w konsekwencji uchwały w sprawie o sygn. akt I FPS 2/22, wyrażające się zakazem orzekania przez organy podatkowe z urzędu w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego z uwagi na przedawnienie, nie uzasadniało kwestionowania prawa do wnioskowania o stwierdzenie nadpłaty z powodu upływu terminu przedawnienia, przy pominięciu korzystnych skutków dla podatnika wynikających z regulacji art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID-19. Zasada in dubio pro tributario wymaga stosowania i oceny korzyści z perspektywy konkretnej sytuacji podatnika, a nie formułowania oceny horyzontalnej i kierunkowej dla wszystkich podatników, w oderwaniu od ich zindywidualizowanej sytuacji prawno-faktycznej. W związku z powyższym, art. 2a Ordynacji podatkowej znajduje zastosowanie do art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej w powiązaniu z art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID-19." W świetle powyższego, zdaniem Spółki, mając na uwadze wątpliwości interpretacyjne dotyczące art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID w odniesieniu do art. 79 § 2 O.p., uzasadnione było zastosowanie przez organ podatkowy zasady in dubio pro tributario. W konsekwencji Spółka podniosła, że złożenie przez nią wniosku o stwierdzenie nadpłaty w dniu 7 marca 2025 r. było prawnie skuteczne. Wskazując na powyższe wniosła o uchylenie postanowienia Prezydenta z dnia 25 marca 2025 r. w całości i merytoryczne rozpatrzenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2019 w łącznej kwocie 57.412,00 zł, w związku z nadpłatą tego podatku. Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie (dalej: organ II instancji, Kolegium, SKO) postanowieniem z dnia 6 października 2025 r. znak SKO.Pod/4140/631/2025, na podstawie art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID, art. 70 § 1 i art. 79 § 2, art. 76 § 1, art. 76a § 1 w zw. z art. 216 § 1 oraz art. 17, a także art. 239 i art. 233 § 1 pkt 1 O.p., utrzymało ww. postanowienie Prezydenta z dnia 25 marca 2025 r. w mocy. W uzasadnieniu postanowienia organ II instancji podkreślił, że w literaturze i orzecznictwie dominuje pogląd, że prawo podatkowe stanowi odrębną i autonomiczną gałąź prawa publicznego, wyodrębnioną ze względu na specyfikę norm, funkcje, część ogólną, procedury administracyjne oraz funkcjonowanie wyspecjalizowanego systemu organów (Z. Ofiarski, Prawo podatkowe, LexisNexis 2006; A. Mariański, Rozstrzyganie wątpliwości na korzyść podatnika, WKP 2011; J. Zimmermann, Aksjologia prawa administracyjnego, t. I, WKP 2017). Stanowisko to podziela również Minister Finansów. Autonomia prawa podatkowego, potwierdzona m.in. uchwałą NSA z dnia 6 marca 2017 r., sygn. akt I FPS 8/16, pozwala na wyodrębnione stosowanie przepisów podatkowych bez odwoływania się do ogólnych regulacji prawa administracyjnego. Dalej Kolegium wskazało, że na gruncie art. 15zzr ust. 1 ustawy COVID terminy administracyjne, których bieg został zawieszony w okresie stanu zagrożenia epidemicznego lub stanu epidemii, odnoszą się do terminów przewidzianych w prawie administracyjnym, takich jak terminy czynności kształtujących prawa i obowiązki, terminy przedawnienia roszczeń administracyjnych oraz terminy wynikające z wpisów do rejestrów. Zgodnie z uchwałą NSA z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I FPS 2/22, przepis ten nie odnosi się do terminów przedawnienia zobowiązań podatkowych określonych w O.p., w tym podatku od nieruchomości. Zatem organy podatkowe nie są uprawnione do interpretowania art. 15zzr ust. 1 ustawy COVID w sposób dowolny, w tym wybiórczo korzystny dla podatnika w odniesieniu do terminów podatkowych, gdyż prowadziłoby to do sprzeczności z ustawą oraz zasadami demokratycznego państwa prawnego. W ocenie Kolegium niemożliwe jest przyjęcie wykładni, w której termin przedawnienia tego samego zobowiązania podatkowego różniłby się dla organu i podatnika wyłącznie w celu osiągnięcia korzystnych skutków prawnych. Zastosowanie takiego stanowiska prowadziłoby do niepewności prawnej co do wygaśnięcia zobowiązań podatkowych, naruszałoby zasadę pewności prawa oraz mogłoby rodzić konflikty interpretacyjne w stosowaniu prawa. Organ II instancji zwrócił uwagę, że w przedmiotowej sprawie nie wystąpiły żadne okoliczności faktyczne, które uniemożliwiałyby Spółce terminowe złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Upływ terminu przedawnienia zobowiązania przypadał po zakończeniu okresu pandemii. Tymczasem z akt sprawy wynika, że pełnomocnik Spółki prowadził korespondencję z organem podatkowym I instancji w formie elektronicznej, a operat związany z korektą deklaracji podatkowej był dostępny od początku 2021 r. Zatem decyzja o złożeniu wniosku w marcu 2025 r. była świadomym działaniem Podatnika, niezależnym od ograniczeń wynikających z pandemii. Wskazując na powyższe Kolegium stanęło na stanowisku, że Prezydent prawidłowo przyjął, iż prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r. wygasło Spółce z dniem 31 grudnia 2024 r., a Jej wniosek złożony w dniu 7 marca 2025 r. nie mógł zostać uwzględniony. Odmowa wszczęcia postępowania była w pełni uzasadniona, zgodna z przepisami O.p. oraz interpretacją obowiązującego orzecznictwa sądowego, w tym uchwał i wyroków NSA. Kolejno Kolegium zwróciło uwagę na jeden z najnowszych wyroków NSA z dnia 11 lutego 2025 r., sygn. akt I FSK 1794/21 (LEX nr 3866280), w którego tezach wskazano, że stanowisko zaprezentowane w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia nie znajduje uzasadnienia w świetle uchwały NSA z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I FPS 2/22. W powołanej uchwale NSA jednoznacznie stwierdził, iż art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID, w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 31 marca 2020 r., nie obejmuje wstrzymania, rozpoczęcia ani zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Tym samym orzeczenia wojewódzkich sądów administracyjnych przyjmujące odmienne stanowisko podlegają uchyleniu przez NSA. Błędne jest zdaniem SKO przyjmowanie, że prawo podatkowe nie stanowi odrębnej gałęzi prawa, lecz mieści się w zakresie pojęcia prawa administracyjnego. Niezasadne jest uznanie, że w sprawie nie doszło do przedawnienia zobowiązań podatkowych z dniem 31 grudnia 2020 r. Kolegium w pełni podzieliło stanowisko wyrażone w postanowieniu organu I instancji, że przepisy art. 15zzr ust. 1 ustawy COVID nie regulują kwestii rozpoczęcia, zawieszenia ani wstrzymania biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Zgodnie z dominującym poglądem doktryny prawo podatkowe jest odrębną, autonomiczną gałęzią prawa publicznego, wyodrębnioną legislacyjnie i proceduralnie, niezależną od szeroko rozumianego prawa administracyjnego i prawa budżetowego. Wydzielenie prawa podatkowego obejmuje m.in. specyficzne funkcje norm, rozbudowaną część ogólną, odrębny system organów administracji podatkowej oraz odrębną procedurę podatkową (Adam Mariański, "Rozstrzyganie wątpliwości na korzyść podatnika", 2011; Jan Zimmermann, red., "Aksjologia prawa administracyjnego. Tom I", WKP 2017; pismo Ministra Finansów z dnia 1 maja 2020 r., znak: SP5.055.2.2020). Końcowo Kolegium podkreśliło, że przedawnienie zobowiązania podatkowego jest zjawiskiem neutralnym, zależnym od upływu czasu, niezależnym od stron postępowania. Nie podlega ocenie pod kątem korzystności dla podatnika. Przyjęcie odmiennego stanowiska w praktyce mogłoby prowadzić do niepewności prawnej w zakresie wygaśnięcia zobowiązania, co stoi w sprzeczności z zasadą pewności prawa i demokratycznego państwa prawnego (art. 2 Konstytucji RP; wyrok WSA w Krakowie z dnia 28 grudnia 2023 r., sygn. akt I SA/Kr 965/23). Co do zasady in dubio pro tributario Kolegium podkreśliło, że jej zastosowanie nie może prowadzić do tworzenia odrębnych terminów przedawnienia dla podatników. Zasada ta działa w granicach obowiązującego prawa i w kontekście wątpliwości interpretacyjnych w konkretnych sprawach, jednak nie może kształtować skutków prawa wbrew wyraźnym przepisom dotyczącym przedawnienia. W oparciu o powyższe wywody organ II instancji przyjął, że przepisy O.p. nie powinny być oceniane przez pryzmat art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Uchwała NSA z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I FPS 2/22, jednoznacznie stwierdza, że przepis ten nie odnosi się do biegu terminów przedawnienia zobowiązań podatkowych. Organ nie może dokonywać wykładni odmiennej od sentencji uchwały NSA. W konsekwencji prawo Spółki do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r. wygasło z dniem 31 grudnia 2024 r., co wynika z art. 70 § 1 O.p. Skarżąca wniosła na ww. postanowienie Kolegium skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie zarzucając naruszenie przepisów: 1) prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, tj. art. 70 § 1 i art. 79 § 2, art. 165a § 1 O.p. oraz art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID w zw. z art. 2a O.p. i uchwałą składu 7 sędziów NSA z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I FPS 2/22, poprzez: - błędną wykładnię i w rezultacie niewłaściwe zastosowanie polegające na przyjęciu, że w analizowanej sprawie złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r. nastąpiło po terminie, podczas gdy należało uznać, że doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, a w konsekwencji że wniosek o stwierdzenie nadpłaty wraz z korektą deklaracji na podatek od nieruchomości zostały złożone przez Spółkę w terminie (tj. na moment złożenia wniosku zobowiązanie za 2019 r. nie było przedawnione z uwagi na zawieszenie terminu na 71 dni); - poprzez niezastosowanie zasady in dubio pro tributario, podczas gdy z uchwały wynika wymóg wzięcia pod uwagę zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika przy wykładni art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID; 2. postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 121 § 1 O.p. poprzez naruszenie zasady zaufania wyrażonej w przepisach, co skutkowało uznaniem, że w sprawie nie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia na 71 dni, podczas gdy w sprawie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia na 71 dni na podstawie art. 79 § 2 w zw. z art. 70 § 1 O.p. w zw. z art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Mając na uwadze powyższe naruszenia Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżanego postanowienia oraz o przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia organowi II instancji, zasądzenie na rzecz Spółki zwrotu kosztów postępowania sądowego, w tym kosztów zastępstwa procesowego (wraz z kwotą opłaty skarbowej od pełnomocnictwa), według norm przypisanych prawem, a także przeprowadzenie rozprawy. W uzasadnieniu Skarżąca powtórzyła i rozszerzyła swoje dotychczasowe stanowisko, uzupełniając je o dodatkowe orzecznictwo sądów administracyjnych. W odpowiedzi na skargę Kolegium wniosło o jej oddalenie, powtarzając argumentację zawartą w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia i uznając zarzuty skargi za bezzasadne. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył, co następuje. Zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz.U. z 2024 r., poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Stosownie do art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 935, dalej: P.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. W ramach swej kognicji sąd bada, czy przy wydaniu zaskarżonego aktu nie doszło do naruszenia prawa materialnego i przepisów postępowania. Zgodnie z art. 134 § 1 P.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Zobowiązany jest natomiast do wzięcia z urzędu pod uwagę wszelkich naruszeń prawa, w tym także tych nie podnoszonych w skardze, które są związane z materią zaskarżonych aktów administracyjnych. Orzekanie odbywa się z uwzględnieniem wówczas obowiązujących przepisów prawa. Na podstawie art. 135 P.p.s.a. Sąd podejmuje środki w celu usunięcia naruszenia prawa, w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego załatwienia sprawy. Uwzględnienie skargi następuje w przypadkach naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt. 1 lit. a P.p.s.a.), naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego (art. 145 § 1 pkt. 1 lit. b P.p.s.a.), oraz innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt. 1 lit. c P.p.s.a.). W przypadkach, gdy zachodzą przyczyny określone wart. 156 Kodeksu postępowania administracyjnego lub w innych przepisach sąd stwierdza nieważność decyzji lub postanowienia (art. 145 § 1 pkt. 2 P.p.s.a.). Rozpatrując sprawę w tak zakreślonych granicach Sąd stwierdził, że skarga jest zasadna, albowiem zaskarżone postanowienie SKO oraz poprzedzające je postanowienie organu I instancji naruszają prawo w stopniu, który powoduje konieczność wyeliminowania ich z obrotu prawnego. Istotą sporu w niniejszej sprawie jest ustalenie, czy w związku z art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za 2019 r., a w konsekwencji, czy Skarżąca mogła skutecznie złożyć wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty po 31 grudnia 2024 r. Spór sprowadza się zatem do kwestii zakresu zastosowania art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID i jego wpływu na możliwość skorzystania z uprawnienia do złożenia wniosku o nadpłatę. Na wstępie należy nadmienić, że tożsame sprawy były już przedmiotem rozstrzygnięć sądów administracyjnych. W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego ukształtowała się jednolita linia orzecznicza z której wynika, że podatnicy mogą skorzystać z uprawnienia do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty dokonując tej czynności w terminie uwzględniającym okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID (por. np. wyroki NSA z dnia: 22 lutego 2024 r., sygn. akt III FSK 4744/21; 3 września 2024 r., sygn. akt III FSK 600/24; 5 września 2024 r., sygn. akt III FSK 1548/23; 4 grudnia 2024 r., sygn. akt III FSK 446/24; 14 października 2025 r., sygn. akt III FSK 765/24 oraz np. wyroki WSA w Warszawie z dnia 26 maja 2023 r. sygn. akt III SA/Wa 2002/22 czy WSA w Gdańsku z dnia 23 stycznia 2024 r. sygn. akt I SA/Gd 931/23). Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę w pełni podziela stanowisko zaprezentowane w tych wyrokach, toteż posłuży się częściowo argumentacją zawartą w ich uzasadnieniach. W skardze zasadnie zarzucono, że zaskarżonemu postanowieniu naruszenie przepisu art. 79 § 2 O.p. oraz art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID w brzmieniu obowiązującym do 16 maja 2020 r. w zw. z art. 2a O.p. poprzez niewłaściwe zastosowanie i przyjęcie, że w analizowanej sprawie nie było możliwe złożenie przez Skarżącą wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r., co skutkowało odmową wszczęcia postępowania w tym zakresie. Na wstępie Sąd wskazuje na stanowisko zawarte w uchwale składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 27 marca 2023 r., sygn. akt I FPS 2/22, w świetle którego "Art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 2 marca 2020 r. o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych (Dz. U. poz. 374, z późn. zm.) w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 31 marca 2020 r. o zmianie ustawy o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 568, z późn. zm.) nie dotyczy wstrzymania, rozpoczęcia i zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych". W ocenie zarówno Prezydenta jak i SKO przytoczona uchwała ma moc wiążącą w sprawie dotyczącej wniosku o stwierdzenie nadpłaty, o którym stanowi art. 79 § 2 O.p. Sąd wskazuje, że przywoływana uchwała NSA została podjęta na skutek pytania prawnego dotyczącego możliwości stosowania zawieszenia biegu terminu przedawnienia z art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID w sprawie dotyczącej określenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług. Uchwała dotyczyła zatem możliwości określenia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 1 pkt 1 i § 3 O.p. w kontekście upływu terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 O.p. W tej kwestii Sąd podziela argumentację przedstawioną w wyroku NSA z dnia 3 września 2024 r. III FSK 600/24 (nota bene przywołanym w zażaleniu i skardze przez Skarżącą), w którym skład orzekający uznał, że korzyści dla podatników wynikające z uchwały o sygn. akt I FPS 2/22, która wprowadza zakaz orzekania przez organy podatkowe z urzędu w sprawach dotyczących wysokości zobowiązań podatkowych z powodu przedawnienia, nie stanowią podstawy do podważania prawa do składania wniosków o stwierdzenie nadpłaty z powodu upływu terminu przedawnienia, pomijając skutki wynikające z przepisu art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Z uwagi na przedstawioną argumentację oraz słuszny interes podatnika, należy przyjąć, że Skarżąca miała prawo złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty w terminie, który uwzględniał okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Takie stanowisko zapewnia realizację zasady ochrony uzasadnionych oczekiwań oraz budowania zaufania do organów państwowych, wynikającej z zasady demokratycznego państwa prawnego określonej w art. 2 Konstytucji RP. Realizacja uprawnienia podatnika wynikającego z art. 79 § 2 O.p., tj. do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty, może zostać przedłużona na zasadzie analogii legis, o okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, w oparciu o normę prawną wynikającą z art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Za pożądane bowiem należy uznać, aby przy takim samym ratio legis ustawy COVID dotyczącym prawa administracyjnego, obowiązywały takie same postanowienia ustawy dotyczące prawa podatkowego. Skład rozpoznający niniejszą sprawę zwraca uwagę na następujący, adekwatny do realiów rozpoznawanej sprawy, fragment uzasadnienia uchwały o sygn. akt I FPS 2/22. NSA wskazał: "Problemy związane z istotą oraz zakresem prawa administracyjnego i jego demarkacją od prawa podatkowego powinno się powiązać z zasadą in dubio pro tributario wyrażoną jako reguła interpretacyjna w art. 2a O.p. Nie przesądzając w sposób radykalny doktrynalnego sporu, czy prawo podatkowe stanowi element prawa administracyjnego, należy stwierdzić, że ów spór powinien być rozstrzygnięty na korzyść podatnika. Pamiętać bowiem trzeba, że sąd administracyjny przeprowadza kontrolę aktu wydanego w sprawie administracyjnej mającej znaczenie i treść materialnoprawną, przy czym w art. 2 p.p.s.a. ustawodawca posługuje się terminem "sprawa sądowoadministracyjną". W tym znaczeniu jest to termin szerszy niż "sprawa administracyjna" i można się zastanawiać, czy chodzi tylko o wyróżnienie spraw o charakterze procesowym, czy też na przykład spraw podatkowych. Kwestia ta nie może być jednak przedmiotem rozstrzygnięcia przez Naczelny Sąd Administracyjny w niniejszej sprawie, ale zagadnienie rozdzielenia prawa administracyjnego materialnego i prawa podatkowego materialnego nie jest zagadnieniem prostym i oczywistym, a więc odwołanie się do zasady in dubio pro tributario w rozumieniu wynikającym z art. 2a O.p. jest usprawiedliwione. Przechodząc do szczegółowych rozważań, zasygnalizować trzeba, że skoro ustawodawca nie objął zakresem interpretowanego przepisu art. 15zzr ust. 1 ustawy COVID w sposób wyraźny i jednoznaczny unormowań z zakresu prawa podatkowego, to należy uznać, że nie wolno tego "dopowiadać" czy też "doprecyzowywać" interpretatorowi i zaistniała wątpliwość nie może być interpretowana na niekorzyść podatnika. Na konieczność odwołania się do tej zasady wielokrotnie wskazywał w swoim orzecznictwie Naczelny Sąd Administracyjny, podnosząc, że zasada ta wywodzona była z konstytucyjnej zasady demokratycznego państwa prawnego (art. 2 Konstytucji) oraz z zasady ustawowej regulacji prawa podatkowego daninowego (art. 48 i art. 217 Konstytucji). Z orzecznictwa NSA wynika, że obowiązywanie tej zasady nakazuje, aby w razie potrzeby rozstrzygania między różnymi wchodzącymi w grę wariantami interpretacyjnymi organy stosujące prawo wybrały rezultat najbardziej korzystny dla podatnika (por. np. uchwały NSA z dnia 17 listopada 2014 r., w sprawach o sygn. akt II FPS 3/14 i II FPS 4/14, wyrok z 25 maja 2018 r., sygn. akt II FSK 1292/16). Na konieczność respektowania tej zasady w procesie wykładni przepisów prawa podatkowego zwracał również uwagę Trybunał Konstytucyjny, stwierdzając w uzasadnieniu wyroku z 18 lipca 2013 r. o sygn. akt SK 18/09, że zgodnie z wymogami konstytucyjnymi niejasnych regulacji podatkowych nie wolno interpretować na niekorzyść podatników, a w konsekwencji jeśli takie regulacje okazują się ostatecznie wieloznaczne, to zgodnie z zasadą in dubio pro tributario należy opowiedzieć się za rozwiązaniem uwzględniającym interes podmiotu obowiązanego do świadczeń podatkowych. Zasadę tę należy rozumieć w ten sposób, że jeśli występują wątpliwości co do znaczenia przepisu w konkretnej sytuacji faktycznej, których nie będzie można usunąć w wyniku prawidłowo prowadzonej wykładni przepisów prawa podatkowego (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 11 maja 2018 r., sygn. akt II FSK 1126/16), to wówczas, stosując art. 2a O.p., należy przyjąć znaczenie przepisów korzystniejsze dla podatnika, ponieważ mamy do czynienia z "niedającą się usunąć wątpliwością" dotyczącą treści przepisu prawa podatkowego (por. S. Bogucki, Zasada in dubio pro tributario po jej normatywizacji, "Zeszyty Naukowe Sądownictwa Administracyjnego" 2021, nr 3-4, s. 97 i n.). W omawianym kontekście oznacza to, że gdy ustawodawca posłużył się zwrotem "bieg przewidzianych przepisami prawa administracyjnego terminów", to niedopuszczalne jest rozumienie tego przepisu w sposób stawiający podatnika w niekorzystnej sytuacji, polegającej na tym, że przedłużony byłby bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Wynika stąd konieczność uwzględnienia pozajęzykowych kontekstów leżących u podstaw interpretowanej regulacji, które służą ujawnieniu rzeczywistej i pożądanej przez ustawodawcę treści interpretowanego przepisu, a więc oparcie procesu wykładni i namysłu argumentacyjnego na zasadzie interpretatio cessat in claris, co oznacza zastosowanie wykładni kompleksowej, obejmującej wszystkie dostępne typy argumentów i reguły interpretacyjne, a zwłaszcza funkcjonalnych i systemowych (por. B. Wojciechowski, Stosowanie prawa podatkowego przez sądy administracyjne w sytuacji interpretacyjnego pluralizmu instytucjonalnego i otwartej tekstowości prawa, Państwo i Prawo 2019 nr 12, s. 58-72). W szczególności użyteczna może być następująca dyrektywa: "Dokonując wykładni funkcjonalnej należy odtworzyć pełną ocenę globalną przypisywaną prawodawcy racjonalnemu, a więc taką wypowiedź, która uwzględniać będzie nie tylko wartość będącą celem (ewentualnie wartości będące celami) normy, ale również inne wartości wchodzące w grę w danym przypadku (w przypadku danej normy) (O. Bogucki, Model wykładni funkcjonalnej w derywacyjnej koncepcji wykładni prawa, Szczecin 2016, s. 262). Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego niezbędne jest podkreślenie, że celem regulacji obejmującej szczególne rozwiązania związane z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych była między innymi ochrona obywateli, których dobrostan został zagrożony przez epidemię." Na gruncie przedstawionych wyżej wywodów należy przyjąć, że NSA nie przesądził kategorycznie relacji zachodzącej pomiędzy prawem administracyjnym a materialnym prawem podatkowym uznając, że zagadnienie to budzi istotne wątpliwości zarówno w orzecznictwie, jak i w nauce prawa administracyjnego. Przyjmując przedstawioną w uchwale ocenę prawną kierował się zasadą wyrażoną w art. 2a O.p., wedle której niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika. Biorąc zatem pod uwagę przedstawioną argumentację, kierując się słusznym interesem podatnika należy przyjąć, że Skarżąca mogła skorzystać z uprawnienia do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty dokonując tej czynności w terminie uwzględniającym okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID. Przedstawione stanowisko gwarantuje zrealizowanie zasady ochrony uzasadnionych oczekiwań i budowania zaufania do organów państwa wynikającej z zasady demokratycznego państwa prawnego ujętej w art. 2 Konstytucji RP. Jak wskazano powyżej, celem rozwiązania przewidzianego w art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID była między innymi ochrona obywateli, których dobrostan został zagrożony przez epidemię. Realizacją tego celu jest również odpowiednie wydłużenie podatnikowi terminu do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, z uwzględnieniem zawieszenia biegu terminu przedawnienia w okresie obowiązywania stanu zagrożenia epidemicznego albo stanu epidemii ogłoszonego z powodu COVID-19. Wskazać również należy, że przywołana powyżej uchwała o sygn. akt I FPS 2/22 jest tzw. uchwałą konkretną, która została podjęta w następstwie wniesienia konkretnego pytania prawnego na podstawie art. 187 § 1 P.p.s.a. Kompetencje do wydawania tego rodzaju uchwał zawiera art. 15 § 1 pkt 3 P.p.s.a. Zgodnie z tym przepisem Naczelny Sąd Administracyjny podejmuje uchwały zawierające rozstrzygnięcie zagadnień prawnych budzących poważne wątpliwości w konkretnej sprawie sądowoadministracyjnej. Istotną właściwością uchwały konkretnej, stanowiącą jednocześnie jedną z dwóch przesłanek dopuszczalności jej podjęcia, jest istnienie bezpośredniego, merytorycznego i logicznego związku pomiędzy zagadnieniem prawnym przedstawionym do rozstrzygnięcia a sprawą sądowoadministracyjną rozpoznawaną przez Naczelny Sąd Administracyjny, obejmującą jej faktyczne tło. Celem szeroko rozumianej procedury uchwałodawczej, niezależnie od trybu w jakim została zainicjowana, nie jest zastąpienie składu orzekającego w rozstrzygnięciu danej sprawy. Wynika to z faktu, że każda sprawa sądowoadministracyjna osadzona jest w określonych, indywidualnych okolicznościach faktycznych. Może się zatem zdarzyć, że szczególne uwarunkowania konkretnej sprawy uniemożliwią bezpośrednie zastosowanie stanowiska wyrażonego w uchwale. W odniesieniu do takich przypadków swoiste "wyłączenie ogólnej mocy wiążącej uchwały" ma swoje źródło nie tyle w braku zgody na stanowisko wyrażone w sentencji, lecz w obiektywnej niemożności jego zastosowania z uwagi na szczególne okoliczności danej sprawy, których ocena w toku wyrokowania należy wyłącznie do sądu orzekającego w tej sprawie. Sąd zaznacza, że w niniejszej sprawie nie ziściły się przesłanki przewidziane w art. 269 § 1 P.p.s.a., zgodnie z którym "jeżeli jakikolwiek skład sądu administracyjnego rozpoznający sprawę nie podziela stanowiska zajętego w uchwale składu siedmiu sędziów, całej Izby albo w uchwale pełnego składu Naczelnego Sądu Administracyjnego, przedstawia powstałe zagadnienie prawne do rozstrzygnięcia odpowiedniemu składowi. Przepis art. 187 § 1 i 2 stosuje się odpowiednio". Powoływanie się na wyżej wymienioną uchwałę nie jest adekwatne w realiach tej konkretnej sprawy. Jak wskazano wielokrotnie na gruncie niniejszego uzasadnienia, uchwała o sygn. akt I FPS 2/22 podjęta została bowiem w innym stanie faktycznym, gdzie NSA zastanawiał się nad możliwością zastosowania art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID w sprawie dotyczącej określenia przez organy podatkowe zobowiązania podatkowego, w której to sprawie wymiar podatku dokonywany był z urzędu. Uchwała dotyczyła zatem możliwości określenia zobowiązania podatkowego w trybie art. 21 § 1 pkt 1 i § 3 O.p. z uwagi na upływ terminu przedawnienia z art. 70 § 1 O.p. Natomiast w niniejszym przypadku sprawa dotyczy wniosku Skarżącej o stwierdzenie nadpłaty. Z powyższych względów Sąd uznał, że rozstrzygnięcie niniejszej sprawy nie było determinowane sentencją uchwały NSA o sygn. akt I FPS 2/22, tym samym nie był związany przepisem art. 269 § 1 P.p.s.a. Na marginesie Sąd wskazuje, że zestawiając in abstracto stanowisko przyjęte w uchwale w sprawie o sygn. akt I FPS 2/22 i stanowisko prezentowane przez Sąd w niniejszej sprawie, można argumentować, że zachodzi pewnego rodzaju asymetria w podejściu do zagadnienia przedawnienia zobowiązania podatkowego. Zresztą zasygnalizował to w postanowieniu Prezydent argumentując za swoim stanowiskiem (cyt. "W ocenie organu podatkowego niedopuszczalna jest sytuacja, w której termin przedawnienia tego samego zobowiązania podatkowego jest inny dla organu podatkowego, a inny dla podatnika (przy czym dla podatnika jest dłuższy tylko wtedy, gdy wywodzi on z niego korzystne dla siebie skutki prawne)." - s. 5 postanowienia Prezydenta z dnia 25 marca 2025 r.). Jednak zdaniem Sądu w istocie ta asymetria nie występuje, gdyż niniejsza sprawa dotyczący terminu do złożenia wniosku w trybie art. 79 O.p., a uchwała dotyczy terminu przedawnienia w sprawach wymiarowych. Zatem możliwe jest rozstrzygnięcie powyższej kwestii na korzyść podatnika w sprawie nadpłatowej, poprzez zastosowanie przepisu art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID i w konsekwencji wydłużenie terminu do włożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty w oparciu o przepis art. 72 § 2 O.p., jak też możliwe jest rozstrzyganie na korzyść podatnika w sprawach wymiarowych, poprzez nie stosowanie wspomnianego powyżej przepisu ustawy COVID i w konsekwencji nie wydłużanie terminu przedawnienia, o którym mowa w przepisie art. 70 § 1 O.p., co właśnie wynika z uchwały NSA sygn. akt I FPS 2/22. Z przytoczonych względów Sąd uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie organu I instancji, gdyż akty te naruszają przepis art. 79 § 2 O.p. w zw. przepisem art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy COVID w brzmieniu obowiązującym do 16 maja 2020 r. oraz w zw. z przepisem art. 2a O.p. Na tle okoliczności niniejszej sprawy oznacza to, że bieg terminu złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2019 r. uległ zawieszeniu na okres 71 dni, a tym samym wniosek o stwierdzenie nadpłaty złożony w dniu 7 marca 2025 r., został złożony przed upływem terminu przedawnienia, który z uwzględnieniem okresu zawieszenia jego biegu, przypadał na dzień 12 marca 2025 r. Przy ponownym rozpatrywaniu sprawy organ uwzględni ocenę prawną zawartą w uzasadnieniu niniejszego wyroku. Mając powyższe na uwadze, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i lit. c oraz art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. P.p.s.a orzekł jak w pkt 1 sentencji wyroku. O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 i § 4 P.p.s.a. w zw. z w zw. z § 2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r., poz. 1687), zasądzając od organu drugiej instancji na rzecz Skarżącej kwotę 597 zł, na którą składają się kwota uiszczonego wpisu od skargi (100 zł), kwota wynagrodzenia doradcy podatkowego (480 zł) oraz kwota uiszczonej opłaty skarbowej od pełnomocnictwa (17 zł).

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 21.07.2026. · Źródło