I SA/Po 238/26
WyrokWSA w Poznaniu2026-03-17
Skład orzekający: Zbigniew Kruszewski, Izabela Kucznerowicz, Szymon Widłak
Analiza orzeczenia
Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.
Zagadnienie prawne
Czy Dyrektor Izby Administracji Skarbowej prawidłowo utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego przedłużające termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, pomimo potencjalnego przerwania ciągłości tych przedłużeń i braku wyczerpującego uzasadnienia?Ratio decidendi
Sąd uchylił zaskarżone postanowienie, uznając, że organ odwoławczy nie wykazał, iż zachowana została ciągłość przedłużeń terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Brak wykazania tej ciągłości oraz niewyczerpujące uzasadnienie postanowienia, które nie odniosło się do wszystkich zarzutów strony i nie wyjaśniło wpływu pandemii COVID-19 na postępowanie, narusza przepisy Ordynacji podatkowej oraz zasady postępowania administracyjnego.Stan faktyczny
Spółka M. Sp. z o.o. złożyła deklaracje VAT za październik i listopad 2018 r. z wykazaną kwotą podatku naliczonego do zwrotu. Naczelnik Urzędu Skarbowego wielokrotnie przedłużał termin zwrotu, powołując się na potrzebę weryfikacji transakcji z kontrahentem V. C. sp. z o.o. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał w mocy postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu do 31 grudnia 2021 r. Spółka zaskarżyła to postanowienie, zarzucając naruszenie przepisów ustawy o VAT i Ordynacji podatkowej, w tym bezpodstawne wydłużanie terminu zwrotu i brak prawidłowego uzasadnienia. WSA w Poznaniu pierwotnie oddalił skargę, ale NSA uchylił ten wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania.Rozstrzygnięcie
Uchylił zaskarżone postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej oraz zasądził od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania sądowego.Pełny tekst orzeczenia
Dnia 17 marca 2026 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Zbigniew Kruszewski Sędzia WSA Izabela Kucznerowicz (spr.) Sędzia WSA Szymon Widłak po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 17 marca 2026 roku sprawy ze skargi M. Sp. z o.o. w R. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia [...] stycznia 2022r. nr [...] w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za październik i listopad 2018 roku I. uchyla zaskarżone postanowienie; II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 597,- zł (pięćset dziewięćdziesiąt siedem) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Naczelnik Urzędu Skarbowego w K. postanowieniem z 9 sierpnia 2021 r., nr [...] przedłużył M. R. (dalej zwanej również: spółką, stroną, skarżącą) termin zwrotów nadwyżek podatku naliczonego nad należnym za październik 2018 r. w kwocie 20.674 zł oraz za listopad 2018 r. w kwocie 54.717 zł do 31 grudnia 2021 r.
Wyjaśniono, że skarżąca 25 listopada 2018 r. złożyła deklarację VAT-7 za październik 2018 r., w której wykazała kwotę podatku naliczonego do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni w wysokości 20.674 zł. Następnie 27 grudnia 2018 r. złożono deklarację za listopad 2018 r. z wykazaną kwotą podatku naliczonego do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni w wysokości 54.717 zł. Zasadność zadeklarowanego zwrotu była przedmiotem kontroli podatkowej. Na etapie kontroli podatkowej wydano postanowienia z 18 stycznia 2019 r., 19 lutego 2019 r. oraz 20 marca 2019 r. w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania spornych zwrotów. W toku postępowania podatkowego termin zwrotów został zaś przedłużony postanowieniami z 2 grudnia 2019 r. i 18 grudnia 2019 r., 5 listopada 2020 r., 11 lutego 2021 r., 6 maja 2021 r. Na mocy ostatniego postanowienia termin zwrotu wydłużono do 31 sierpnia 2021 r.
Z dotychczasowych ustaleń organu pierwszej instancji wynika, że w spornym okresie skarżąca dokonała zakupu towarów (tworzyw sztucznych) i usług (usługi transportowe oraz usługi mielenia tworzyw) od V. C. sp. z o.o. Czynności te w ocenie Naczelnika nie zostały wykonane. Skarżąca poza fakturami nie przedłożyła żadnych wiarygodnych dowodów świadczących o faktycznym wykonaniu czynności podlegających opodatkowaniu przez jej kontrahenta.
Naczelnik Drugiego [...] Urzędu Skarbowego w K. decyzją z 20 stycznia 2020 r. określił spółce wysokość zobowiązań podatkowych za sporne okresy oraz ustalił wysokość dodatkowych zobowiązań podatkowych.
W decyzji tej uznano, że skarżąca nie miała prawa do pomniejszenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur zakupu od V. C. sp. z o.o.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej decyzją z 29 października 2020 r., uchylił decyzję Naczelnik Drugiego [...] Urzędu Skarbowego w K. decyzją z 20 stycznia 2020 r. i sprawę przekazał organowi pierwszej instancji do ponownego rozpatrzenia w celu uzupełnienia materiału dowodowego.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wskazał na powinność przeprowadzenia dodatkowych czynności pozwalających na prawidłowe ustalenie stanu faktycznego dotyczącego transakcji zakupu tworzyw sztucznych i nabycia usług transportowych oraz usług przerobu tworzyw od V. C. sp. z o.o. Zwrócono uwagę na podejrzenie, że również inny kontrahent skarżącej, tj. S. Sp. z o.o. w P. nie prowadził rzeczywistej działalności gospodarczej.
Organ pierwszej instancji wyjaśnił, że niezbędne jest pozyskanie zabezpieczonych przez Prokuraturę Rejonową we W. faktur dokumentujących zakupy z S. sp. z o.o.za listopad 2018 r. oraz wszelkich innych dowodów i odpisów czynności przeprowadzonych przez Prokuraturę. Wyjaśniono, że po otrzymaniu tych dokumentów przeprowadzona zostanie ich analiza w celu weryfikacji rzetelności wzajemnych transakcji handlowych zawartych pomiędzy skarżącą a S. sp. z o.o. W sytuacji gdy otrzymane dokumenty okazałyby się niewystarczające dla potwierdzenia rzetelności wzajemnych transakcji pomiędzy firmami, konieczne będzie uzupełnienie materiału dowodowego m. in. o przeprowadzenie dowodu z zeznań prezesa skarżącej. Zaznaczono również, że z uwagi na stan zagrożenia epidemicznego działania organu są znacznie utrudnione.
Spółka wniosła zażalenie na wymienione na wstępie postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego z 9 sierpnia 2021 r., domagając się uchylenia zaskarżonego postanowienia w całości oraz niezwłoczne dokonanie zwrotu zadeklarowanych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej postanowieniem z 20 stycznia 2022 r., nr [...] utrzymał w mocy wymienione na wstępie postanowienie organu pierwszej instancji.
W ocenie organu odwoławczego warunek zakładający, że przed upływem ustawowego terminu zwrotu podjęte zostały czynności zmierzające do zweryfikowania jego zasadności, lecz nie dały one jeszcze rezultatu lub jest on niejednoznaczny został spełniony. W tym kontekście przytoczono w ślad za organem pierwszej instancji okoliczności, które w jego ocenie uzasadniają wydłużenie terminu zwrotu.
Odnosząc się do zarzutu wyznaczenia terminu zwrotu z uchybieniem terminów ustawowych wskazano, że Naczelnik gromadzi materiał dowodowy i w związku z tym trudno jest wyznaczyć dokładne ramy czasowe, w których możliwe jest dokonanie stosownych czynności procesowych. Stwierdzono również, że termin zakończenia postępowania podatkowego określony w art. 139 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa ( Dz. U. z 2025 r. poz. 111- dalej: "O.p.") nie jest terminem tożsamym z terminem przedłużenia zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, który to jest określonym terminem zakończenia weryfikacji powyższych zwrotów, a nie terminem ustawowym zakończenia postępowania podatkowego.
W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej zasadne jest ustalenie okoliczności transportu, m.in. załadunku, wyładunku towaru, ustalenia, czy towar przewożony przez V. C. sp. z o.o. dotarł do odbiorcy. Podjęcie powyższych czynności wynika z istnienia konieczności dalszej weryfikacji zasadności zwrotów za październik i listopad 2018 r. w celu pozbycia się przez organ podatkowy wątpliwości co do fikcyjności transakcji z V. C. sp. z o.o. w zakresie zakupu towarów (tworzyw sztucznych) i nabycia usług (usługi transportowe oraz usługi mielenia tworzyw). Zdaniem organu odwoławczego zaistniały obiektywne okoliczności uzasadniające dodatkową weryfikacją zwrotów podatku za październik i listopad 2018 r. w ramach prowadzonego postępowania podatkowego.
Skarżąca, reprezentowana przez profesjonalnego pełnomocnika wniosła skargę na omówione powyżej postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej . Wniesiono o uchylenie zaskarżonego postanowienia w całości oraz rozważenie uchylenia w całości postanowienia organu pierwszej instancji, a także o zasądzenie od organu na rzecz skarżącej zwrotu kosztów postępowania według norm przepisanych, w tym kosztów zastępstwa procesowego.
Zaskarżonemu postanowieniu zarzucono naruszenie:
1) art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług ( Dz. U. z 2025 r., poz. 775 - dalej: "ustawa o PTU") polegające na bezpodstawnym wydłużaniu terminu zwrotów nadwyżek podatku naliczonego nad podatkiem należnym;
2) przepisów prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
a) art. 217 § 2 w zw. z art. 121 § 1 O.p. poprzez brak sporządzenia uzasadnienia w zakresie przedłużenia terminu zwrotów stronie nadwyżek podatku naliczonego nad należnym za październik 2018 r. i listopad 2018 r., co stanowi naruszenie zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych;
b) art. 139 § 1 w zw. z art. 120 oraz art. 121 § 1 O.p. polegające na:
- nieznajdującym oparcia w przepisach prawa wyznaczeniu terminu zakończenia sprawy z uchybieniem terminów ustawowych, co w konsekwencji stanowi naruszenie zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych;
- wyznaczeniu ww. terminu z uwagi na gromadzenie materiału dowodowego nakierowanego na udowodnienie z góry przyjętej tezy o braku uprawnienia spółki do uzyskania zwrotu zadeklarowanych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym;
c) art. 125 § 1 O.p. polegające na dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku od towarów usług poprzez prowadzenie postępowania podatkowego w sposób godzący w zasady szybkości i prostoty tego postępowania.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie wnosząc o oddalenie skargi.
Wojewódzki Sąd Administracyjny wyrokiem z 18 maja 2022 r., I SA/Po 221/22 oddalił skargę.
W uzasadnieniu wyroku Sąd stwierdził, że w zaskarżonym postanowieniu wykazano, iż zasadność zwrotów wymaga dodatkowego zweryfikowania. Treść zapadłych w sprawie rozstrzygnięć wskazuje, że przyczyną uzasadniającą wydłużenie terminów zwrotu spornych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym były wątpliwości organów dotyczące transakcji skarżącej z V. C. sp. z o.o. i S. sp. z o.o.
Sąd zauważył, że w postanowieniu organu pierwszej instancji wskazano, że w związku z zaleceniami Dyrektora Izby Administracji Skarbowej wynikającymi z decyzji z 29 października 2020 r., organ pierwszej instancji winien przeprowadzić dodatkowe czynności pozwalające na prawidłowe ustalenie stanu faktycznego dotyczącego transakcji zakupu tworzyw sztucznych i nabycia usług transportowych oraz usług przerobu tworzyw od V. C. sp. z o.o. Istnieje także podejrzenie, że inny kontrahent skarżącej - S. sp. z o.o. nie prowadzi rzeczywistej działalności gospodarczej, a jedynie ją pozoruje.
Za bezzasadne uznano zarzuty dotyczące naruszenia zasady szybkości postępowania wyrażonej w art. 125 § 1 O.p. Wyjaśniono, że poza granicami sprawy pozostaje kwestia ewentualnej bezczynności lub przewlekłości postępowania.
Wyjaśniono, że przedmiotem kontroli w niniejszym postępowaniu jest jedynie zaskarżone postanowienie wraz z poprzedzającym je postanowieniem organu pierwszej instancji. Uznano, że w realiach niniejszej sprawy Sąd administracyjny nie jest władny do oceny terminowości wprowadzenia do obrotu prawnego wcześniejszych postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu spornych nadwyżek podatku. Zaznaczono przy tym, że utrzymane w mocy zaskarżonym rozstrzygnięciem wymienione na wstępie postanowienie organu pierwszej instancji zostało doręczone przed upływem terminu zwrotu spornych nadwyżek wyznaczonym poprzednim postanowieniem Naczelnika z 9 sierpnia 2021 r.
Odwołując się do orzecznictwa NSA przyjęto, iż w przypadku kierowanych do tego samego podatnika postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za ten sam okres rozliczeniowy, nie występuje tożsamość stanów faktycznych. Każde kolejne postanowienie wydawane jest bowiem na gruncie okoliczności faktycznych istniejących w dacie wydania tegoż postanowienia. W rezultacie każde przedłużenie terminu zwrotu może być oparte na innych przesłankach faktycznych, a merytoryczna zasadność wydania "pierwszego" postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku nie musi przekładać się na zasadność wydania kolejnych postanowień w tym przedmiocie. Niewątpliwie istnieje powiązanie pomiędzy kolejno wydawanymi postanowieniami o przedłużeniu terminu zwrotu podatku, wynikające z konieczności doręczenia następnego postanowienia zanim upłynie termin wyznaczony w postanowieniu poprzednim. Tym niemniej powiązanie to nie sprawia, że wszystkie postanowienia wydawane są w granicach tej samej sprawy. Każde z tych postanowień podlega odrębnemu zaskarżeniu zażaleniem, co wynika z art. 274b § 2 O.p. Na każde z tych postanowień przysługuje skarga do sądu administracyjnego. Każde więc z tych postanowień jest przedmiotem odrębnej sprawy.
Wskazano również m. in. na prawomocny wyrok WSA w Poznaniu z 4 listopada 2021 r., I SA/Po 642/21. Wyrokiem tym oddalono skargę skarżącej na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 24 maja 2021 r., nr [...] utrzymujące w mocy postanowienie Naczelnika Drugiego [...] Urzędu Skarbowego w K. z 11 lutego 2021 r. Wskazane ostatnio postanowienie dotyczyło spornych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym.
Niejako w konkluzji uznano, że przedłużając termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do 31 grudnia 2022 r. nie naruszono przepisów O.p. Uznano, że przedłużenie terminu zwrotów znajduje uzasadnienie w świetle wytycznych sformułowanych decyzją organu odwoławczego związanych z uzupełnieniem materiału dowodowego.
Skarżąca, reprezentowana przez profesjonalnego pełnomocnika wywiodła skargę kasacyjną od omówionego wyroku. NSA wyrokiem z 19 listopada 2023 r., I FSK 1825/22 uchylił wyrok Sądu i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania.
NSA za zasadny uznał zarzut naruszenia art. 141 § 4 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143- dalej w skrócie: "p.p.s.a."). Stwierdzono, że Sąd pierwszej instancji powielił jedynie stanowisko organów podatkowych, nie odnosząc go do okoliczności niniejszej sprawy, a co szczególnie istotne – do zarzutów skargi i wskazywanej tam argumentacji na poparcie tezy o braku podstaw do kolejnego przedłużania terminu zwrotu podatku od towarów i usług. Uznano, że w uzasadnieniu uchylonego wyroku brak jest całościowej oceny okoliczności niniejszej sprawy wskazywanych zarówno przez organy, jak i przez skarżącą. Uznano, że pominięcie w rozważaniach Sądu pierwszej instancji wyjaśnienia kwestii wskazanych w skardze kasacyjnej dotyczących m.in.: zagadnienia przerwania ciągłości przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT, momentu wystąpienia przez organy podatkowe do Prokuratury Okręgowej oraz wpływu epidemii COVID-19 na niniejsze postępowanie, godzi w powołany ostatnio przepis. Za przedwczesne uznano przy tym odnoszenie się do zarzutów skargi kasacyjnej dotyczących naruszenia art. 87 ust. 2 ustawy o PTU. Zaznaczono, że obowiązkiem Sądu powtórnie rozpatrującego sprawę będzie uwzględnienie oceny prawnej NSA oraz dokonanie, przez pryzmat zarzutów skargi, oceny zasadności wydanych w niniejszej sprawie postanowień w przedmiocie przedłużenia terminu żądanego zwrotu.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje:
Skarga okazała się zasadna.
Rozstrzygnięcie sporu wymaga dokonania kontroli zgodności z prawem zaskarżonego postanowienia. Postanowieniem tym utrzymano w mocy wymienione na wstępie postanowienie organu pierwszej instancji przedłużające skarżącej termin zwrotu nadwyżek podatku naliczonego nad należnym za październik i listopad 2019 r. do 31 grudnia 2021 r. W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej zaistniały obiektywne okoliczności uzasadniające dodatkową weryfikację zwrotu. Skarżąca kwestionując legalność zaskarżonego postanowienia na obecnym etapie wskazuje m. in. na przerwanie ciągłości przedłużeń terminów zwrotu. Kwestionuje się również prawidłowość uzasadnienia zaskarżonego postanowienia.
W pierwszej kolejności należy wyjaśnić, że zgodnie z art. 190 p.p.s.a., sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Nie można oprzeć skargi kasacyjnej od orzeczenia wydanego po ponownym rozpoznaniu sprawy na podstawach sprzecznych z wykładnią prawa ustaloną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Związanie sądu, któremu przekazano sprawę oceną prawną oznacza, że nie może on formułować nowych ocen prawnych, sprzecznych z wyrażonym wcześniej w orzeczeniu sądowym poglądem i zobowiązany jest do podporządkowania się mu w pełnym zakresie [tak: wyrok NSA z 10 listopada 2011 r., I FSK 6/11]. Uchylenie przez NSA w całości wyroku pierwszoinstancyjnego i to wyłącznie z powodów procesowych powoduje, że odżywa skarga w zakresie, w jakim sąd ten nie odniósł się do kwestii materialnoprawnych związanych z daną sprawą podatkową, a ocena zastosowania przez dany organ podatkowy tych regulacji lub dokonania ich wykładni (poddana weryfikacji przez sąd pierwszej instancji) ma znaczenie dla rozstrzygnięcia tej sprawy [tak: wyrok NSA z 17 kwietnia 2013 r., II FSK 1587/11].
Podstawę prawną wydania zaskarżonego postanowienia jak i poprzedzającego go rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji stanowił art. 87 ust. 2 ustawy o PTU.
Zgodnie z art. art. 87 ust. 2 zdanie pierwsze tego aktu, zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b, 6, 6a i 6d, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, sporządzonego na piśmie, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu.
Zgodnie zaś z art. 87 ust. 2 zdanie drugie analizowanej ustawy, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego.
Jak stanowi zaś art. 87 ust. 2 zdanie trzecie ustawy o PTU, jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Na tle przytoczonej regulacji podkreślić należy, że określony w art. 87 ust. 2 w zw. z ust. 6 ustawy o PTU termin do zwrotu różnicy podatku zostaje przedłużony, jeżeli przed jego upływem podatnikowi doręczono postanowienie naczelnika urzędu skarbowego o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających [tak: wyrok NSA w składzie 7 sędziów z 23 kwietnia 2018 r., I FSK 255/17]. Uzasadniając powyższy pogląd w pierwszej kolejności zwrócono uwagę na materialnoprawny charakter terminów określonych w art. 87 ust. 2 w zw. z ust. 6 ustawy o PTU. Ich upływ wywołuje bowiem skutek w postaci nabycia przez podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że organ podatkowy określi ją w innej wysokości (art. 99 ust. 12 ustawy o PTU). Materialnoprawny charakter terminów określony w art. 87 ust. 2 w związku z ust. 6 ustawy o VAT oznacza także, że po ich upływie organ podatkowy traci uprawnienie do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. Skuteczne przedłużenie terminu możliwe jest jedynie przed jego upływem. Próba przedłużenia terminu po jego upływie nie będzie skuteczna. Jeśli bowiem termin już upłynął, to nie ma czego przedłużać.
Kierując się powyższym zapatrywaniem stwierdzić należy, że przerwanie ciągłości w przedłużaniu terminu zwrotu nadwyżki podatku powoduje, że jakiekolwiek dalsze czynności procesowe, w szczególności wydanie kolejnych postanowień o przedłużeniu terminu tego zwrotu, nie mogą być prawnie skuteczne. Innymi słowy, skoro wcześniejsze postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT zostało wydane lub doręczone po terminie zwrotu podatku, to kolejne postanowienia nie mogą skutecznie przedłużać terminu zwrotu podatku za ten sam okres [por. wyrok NSA z 30 lipca 2020 r., I FSK 318/20 oraz wyrok tego Sądu z 18 listopada 2021 r., I FSK 1791/18]. Organ dokonując wykładni postanowień art. 87 ust. 2 ustawy o PTU nie stwierdził aby warunkiem prawidłowości rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji było zachowanie ciągłości przedłużeń terminów zwrotu. Powyższe świadczy o przyjęciu wadliwej wykładni wskazanego przepisu.
Ocena prawidłowości zastosowania regulacji prawa materialnego musi uwzględniać regulacje O.p. normujące reguły prowadzenia postępowania podatkowego jak i reguły sporządzania rozstrzygnięć organów podatkowych.
Zgodnie z art. 124 O.p., organy podatkowe powinny wyjaśniać stronom zasadność przesłanek, którymi kierują się przy załatwianiu sprawy, aby w miarę możliwości doprowadzić do wykonania przez strony decyzji bez stosowania środków przymusu.
Rozwinięcie tej zasady stanowią m. in. postanowienia art. 217 § 2 powołanej ostatnio ustawy. Zgodnie z tym przepisem, postanowienie zawiera uzasadnienie faktyczne i prawne, jeżeli służy na nie zażalenie lub skarga do sądu administracyjnego oraz gdy wydane zostało na skutek zażalenia na postanowienie.
Zasada informowania o motywach rozstrzygnięcia i przekonywania o jego zasadności oznacza, że uzasadnienie decyzji powinno wyczerpująco informować stronę o motywach, którymi kierował się organ, załatwiając sprawę, odzwierciedlać tok rozumowania organu, a w szczególności powinno zawierać ocenę zebranego w postępowaniu materiału dowodowego, dokonaną przez organ wykładnię zastosowanych przepisów oraz ocenę przyjętego stanu faktycznego w świetle obowiązującego prawa.
Na organie podatkowym ciąży obowiązek wyjaśnienia motywów podjętego rozstrzygnięcia w taki sposób, który umożliwi nie tylko samej stronie zapoznanie się ze stanowiskiem organu, ale także pozwoli na przeprowadzenie kontroli sądowej zaskarżonego orzeczenia w sytuacji, gdy strona postępowania zażąda tego, poprzez wniesienie skargi do sądu [tak: wyrok NSA z 6 czerwca 2019 r., II FSK 1954/17]. Zgodnie zaś z art. 127 O.p., postępowanie podatkowe jest dwuinstancyjne. W świetle wskazanej zasady postępowanie odwoławcze polega na ponownym rozstrzygnięciu sprawy administracyjnej (podatkowej), która była przedmiotem rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji. Istotą administracyjnego toku instancji jest więc dwukrotne rozpoznanie i rozstrzygnięcie sprawy, nie zaś kontrola zasadności zarzutów podniesionych w stosunku do orzeczenia organu pierwszej instancji. Przyjęta konstrukcja zakłada więc ponowną analizę (badanie) sprawy w toku postępowania odwoławczego.
Zadanie organu drugiej instancji nie ogranicza się do kontroli rozstrzygnięcia pierwszoinstancyjnego [tak: wyrok NSA z 27 kwietnia 2022 r., I FSK 2245/21]. Zasada dwuinstancyjności postępowania tworzy obowiązek dwukrotnego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego, dwukrotnego ustalenia stanu faktycznego i dwukrotnej wykładni przepisów prawa [tak: wyrok NSA z 21 kwietnia 2017 r., II FSK 844/15]. W orzecznictwie dostrzegając wyjątkowy charakter przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym zaznacza się, że skorzystanie z tej kompetencji powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione. Wskazuje się, że uzasadnienie winno zostać tak sporządzone aby nie było wątpliwości, iż w danej sprawie rzeczywiście istnieje konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu [tak: wyrok NSA z 12 lipca 2023 r., I FSK 372/23].
W ocenie Sądu uzasadnienie zaskarżonego postanowienia nie czyni zadość wymogą art. 124 w zw. z art. 217 § 2 O.p.
Organ nie przedstawił bowiem wszystkich okoliczności istotnych z punktu widzenia dokonania oceny prawidłowości zastosowania normy wyrażonej w art. 87 ust. 2 ustawy o PTU.
Jak wynika z powyższych rozważań warunkiem skutecznego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jest doręczenie podatnikowi rozstrzygnięcia w tym przedmiocie przed upływem terminu zwrotu. W konsekwencji ewentualne przerwanie ciągłości w przedłużeniu terminu zwrotu omawianej nadwyżki skutkuje tym, że ewentualne dalsze rozstrzygnięcia w przedmiocie przedłużenia nie mogą być skuteczne.
Obowiązkiem organu podatkowego jest wykazanie, że spełnione zostały przesłanki umożliwiające przedłużenie terminu zwrotu nadwyżek podatku naliczonego nad należnym. W konsekwencji, w przypadku wydawania kolejnych rozstrzygnięć w tym zakresie do obowiązków organu należy wykazanie, że zachowana została ciągłość przedłużeń terminu zwrotu. Wykazanie powyższej okoliczności wymaga zaś wskazania wszystkich zapadłych w sprawie rozstrzygnięć w przedmiocie przedłużenia, dat ich wprowadzenia do obrotu prawnego oraz wskazania okresów do których w każdym z tych rozstrzygnięć wydłużano termin zwrotu. W przypadku skorzystania przez podatnika z prawa do wniesienia zażaleń na wcześniejsze rozstrzygnięcia obowiązkiem organu staje się ustalenie wyniku kontroli instancyjnej organu odwoławczego. W przypadku gdy którekolwiek ze wcześniejszych rozstrzygnięć organów w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu zostało zaskarżone do Sądu administracyjnego do obowiązku organu należy również wyjaśnienie czy w sprawach tych doszło do wydania orzeczeń, a jeżeli tak to czy są one prawomocne czy też nie. W przypadku wydania przez Sąd prawomocnych orzeczeń w tym zakresie do obowiązków organów należy również ustalenie czy w tego rodzaju sytuacji kwestia skuteczności dokonywanych uprzednio przedłużeń terminu zwrotu może w ogóle stanowić przedmiot ich autonomicznej analizy czy też w tym zakresie zachodzi związanie normami wyrażonymi w art. 170 i art. 171 p.p.s.a. [por. np. wyrok NSA z 5 października 2022 r., I FSK 922/22; z 27 stycznia 2022 r., I FSK 676/20; z 27 stycznia 2022 r., I FSK 141/20; z 8 grudnia 2020 r., I FSK 1413/20; z 8 września 2020 r., I FSK 1658/19; z 8 września 2020 r., I FSK 1658/19; z 8 grudnia 2020 r., I FSK 1413/20; z 5 października 2022 r., I FSK 922/22].
Uzasadnienie zaskarżonego postanowienia nie czyni zadość powyższym wymogą. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej ograniczył się bowiem do wskazania wcześniejszych postanowień w przedmiocie przedłużenia terminów zwrotu. Nie przedstawiono jakichkolwiek informacji na temat dat ich doręczenia. Nie wskazano również okresów, do których w każdym z postanowień wydłużono termin zwrotu. W konsekwencji niemożliwe jest dokonanie przez Sąd weryfikacji twierdzeń wskazujących na niezachowanie ciągłości przedłużenia terminów dokonania zwrotów pomiędzy postanowieniem z 20 marca 2019 r. a postanowieniem z 2 grudnia 2019 r.
W uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia nie odniesiono się do wszystkich argumentów zażalenia, co świadczy o naruszeniu przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego. Podkreślić należy, że już w zażaleniu spółka podnosiła, że nie wiadomo czy organ w ogóle zwrócił się do prokuratury z wnioskiem o udostępnienie zabezpieczonych przez Prokuraturę Rejonową we W. faktur dokumentujących zakupy z S. za listopad 2018 r. oraz wszelkich innych dowodów i odpisów czynności.
Nie przedstawiono również żadnych argumentów umożliwiających odniesienie się do aktualnie podnoszonych twierdzeń, że skarżąca nie poznała przeszkód napotkanych przez organ podatkowy w związku z wystąpieniem COVID-19 skutkujących koniecznością wydłużenia przewidywanego terminu zakończenia weryfikacji spornych zwrotów. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej nie wskazał bowiem żadnych konkretnych, wynikających ze stanu pandemii okoliczności uzasadniających pogląd o konieczności wydłużenia terminu weryfikacji zwrotów.
W ocenie Sądu wywiązanie się ze wskazań NSA sformułowanych w wyroku z 19 listopada 2023 r., I FSK 1825/22 musi zostać poprzedzone sporządzeniem przez organ uzasadnienia zaskarżonego aktu wyjaśniającego kwestie dostrzeżone przez NSA. Brak odniesienia się przez organ do tych kwestii uniemożliwia bowiem poznanie tutejszemu Sądowi stanowiska organu w tym zakresie, rzutując tym samym na możliwość odniesienia się przez Sąd do zarzutów skargi.
Mając na uwadze charakter stwierdzonych uchybień za przedwczesne należało uznać odnoszenie się do zarzutów bezpodstawnego przedłużenia terminów zwrotu spornych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym.
Definitywna ocena w tym zakresie musi zostać poprzedzona wydaniem przez organ postanowienia zawierającego uzasadnienie czyniące zadość wymogą art. 217 § 2 w zw. z art. 124 O.p. W toku powtórnego postępowania obowiązkiem organu będzie uwzględnienie wykładni prawa zawartej w niniejszym orzeczeniu. Obowiązkiem organu będzie w szczególności uwzględnienie przedstawionej powyżej wykładni art. 87 ust. 2 ustawy o PTU zakładającej, że przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jest możliwe wyłącznie w sytuacji zachowania ciągłości przedłużonych terminów zwrotu. Kierując się tego rodzaju wykładnią organ dokonana powtórnej oceny możliwości przedłużenia skarżącej terminów zwrotu spornych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym. Obowiązkiem organu będzie również wyjaśnienie jakie to konkretnie przeszkody wynikające z wystąpienia pandemii COVID-19 uzasadniają wydłużenie spornych terminów.
Mając powyższe na uwadze Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) w zw. z § 2 p.p.s.a., orzekł, jak w pkt I. sentencji.
O kosztach Sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 powołanego aktu. Na kwotę zasądzonych kosztów postępowania składa się: wpis od skargi w kwocie 100 zł, równowartość opłaty skarbowej od dokumentu pełnomocnictwa procesowego w kwocie 17 zł oraz wynagrodzenie pełnomocnika skarżącej w kwocie 480 zł należne na podstawie § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych ( Dz. U. z 2026 r. poz. 118).
Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 27.07.2026. · Źródło