III SA/Wa 1546/17

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Honorata Łopianowska (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Beata Sobocha, sędzia WSA Anna Zaorska, Protokolant referent stażysta Anna Barska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 7 czerwca 2018 r. sprawy ze skargi Z. sp. z o.o. z siedzibą w B. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] lutego 2017 r. nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2010 r. oddala skargę 1. Decyzją Dyrektora Izby Skarbowej w W. ["DIS"] z [...] lutego 2017 r., nr [...], utrzymano w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. ["UKS"] z [...] września 2016 r., nr [...], w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2010 r. 2. Zaskarżona decyzja została wydana wobec wszczęcia postanowieniem z [...] kwietnia 2014 r. nr [...] z urzędu postępowania kontrolnego wobec podmiotu Z. sp. z o.o. z siedzibą w B. ["Spółka", "Skarżąca", "Strona"] w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 2010 rok [tom I, k. 1 akt post.]. Organ podkreślił, że 18 marca 2011 r. Spółka złożyła w [...] Urzędzie Skarbowym w R. zeznanie podatkowe CIT-8, w którym wykazała: przychody w wysokości 75 240 345,47 zł; koszty uzyskania przychodów w wysokości 74 645 296,99 zł; dochód w kwocie 595 048,48 zł; podstawę opodatkowania w kwocie 595 048,00 zł oraz podatek należny w wysokości 113 059,00 zł. Organ wyeksponował, że prowadzona przez Spółkę działalność gospodarcza polega na skupowaniu jaj od hodowców drobiu nieśnego działających zarówno w charakterze podatników VAT czynnych, jak i rolników ryczałtowych, a następnie ich sprzedaży na rzecz odbiorców: m.in. sklepów oraz firm z branży spożywczej. Nabycie jaj przez Spółkę było dokumentowane wystawianą przez dostawcę fakturą VAT lub przez Spółkę fakturą VAT RR. W wyniku przeprowadzonego postępowania kontrolnego stwierdzono, że księgi rachunkowe prowadzone przez Stronę zarówno w zakresie przychodów, jak i kosztów uzyskania przychodów, nie spełniają wymogów określonych w art. 9 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych [tj. Dz. U. z 2000 r., Nr 54, poz. 654, z póżn. zm., dalej "u.p.d.o.p."], są nierzetelne, a więc nie zapewniają możliwości określenia wysokości dochodu [straty], podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku. Ustalono, że w Spółce prowadzona była podwójna księgowość przy pomocy dwóch różnych systemów księgowych: programu Subiekt i programu Symfonia Finanse i Księgowość, przy czym dane dotyczące przychodów, kosztów uzyskania przychodów i dochodów ustalane na podstawie faktur wystawionych przez Spółkę, a także faktur przez Spółkę otrzymanych, wykazanych w rachunku zysków i strat oraz w zeznaniu podatkowym, pochodzą z programu Symfonia Finanse i Księgowość, natomiast w programie Subiekt ewidencjonowano rzeczywiste transakcje nabycia towarów. Na podstawie analizy zgromadzonego materiału dowodowego organ kontroli skarbowej stwierdził, że Skarżąca w zeznaniu podatkowym CIT-8 za 2010 rok: - zawyżyła wysokość kosztów uzyskania przychodów poprzez ustalenie kosztów zakupu towarów na podstawie faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj w wysokości wyższej od faktycznie poniesionych z tego tytułu wydatków o kwotę 5 088 629,00 zł, - zaniżyła koszty uzyskania przychodów o kwotę 1 312 367,00 zł poprzez nie uwzględnienie kosztów wynikających z dodatkowo wypłaconych wynagrodzeń na rzecz pracowników, które nie zostały ujęte w ewidencji, - zaniżyła wysokość osiągniętego przychodu o kwotę 129 599,42 zł poprzez niewykazanie w księgach wszystkich przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj, - zaniżyła wysokość osiągniętego przychodu o kwotę 1 195,01 zł poprzez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży towarów dla D. L.. Uwzględniając powyższe ustalenia stwierdzono, że: - przychody Spółki wynoszą 75 371 139,90 zł i wynikają z wyliczenia: kwota przychodów wykazana w zeznaniu CIT-8 74 240 345,47 zł; przychód niezaewidencjonowany w księgach ustalony na podstawie dowodów WZ [+] 129 599,42 zł; przychód niezaewidencjonowany w księgach ustalony na podstawie zeszytu "D.L." [+] 1 195,01 zł. - koszty uzyskania przychodów Spółki wynoszą 70 869 035,00 zł i wynikają z wyliczenia: kwota kosztów wykazana w zeznaniu CIT-8 74 645 297,00 zł; zawyżenie kosztów z tytułu uwzględnienia zbyt dużej kwoty dot. zakupu towarów [-] 5 088 629,00 zł; zaniżenie kosztów z tytułu wypłaconych w 2010 r., nieujętych w ewidencji nieoficjalnych wynagrodzeń [+] 1 312 367,00 zł. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej stwierdził, że o nierzetelności prowadzonych ksiąg świadczą, m.in. twierdzenia wspólników Spółki zamieszczone w piśmie "czynny żal", złożonym w toku innego postępowania kontrolnego dotyczącego odpowiedzialności za niepobranie podatku od wypłaconych wynagrodzeń [tom VIII, k. 1514-1519 akt adm.]. Wspólnicy w w/w piśmie stwierdzili, że po dokonaniu dostawy i zapłaceniu dostawcy wynagrodzenia wynikającego z wystawionej faktury zdarzało się. że dostawcy jaj [będący zarówno rolnikami ryczałtowymi, jak i czynnymi podatnikami VAT] zwracali cześć kwoty zapłaconej uprzednio na podstawie wystawionej przez Spółkę faktury w związku ze stwierdzeniem wad lub niewłaściwym posortowaniem. W/w okoliczności w okresie od początku 2007 r. do czerwca 2013 r. nie były potwierdzone poprzez wystawienie korekt do wcześniej wystawionych faktur. Zwracane od rolników w gotówce pieniądze nie były ani ewidencjonowane w księgach Spółki, ani nie były odnoszone na wynik podatkowy Spółki. Dodatkowo wspólnicy zeznali, że środki zwracane przez rolników w gotówce do Spółki były wypłacane pracownikom Spółki jako nieoficjalne wynagrodzenia, które nie były ujmowane w oficjalnej ewidencji. Organ podkreślił, że w przeprowadzonym postępowaniu wykorzystano dowody przekazane przez Centralne Biuro Śledcze w W. , wśród których znalazł się program komputerowy Subiekt wraz z bazą danych oraz kilkanaście zeszytów formatu A5 z zapisami dotyczącymi transakcji z kontrahentami w latach 2008-2013 zabezpieczonych podczas przeszukania 15 lipca 2013 r. w siedzibie Skarżącej. Jeden z nich dotyczy bezpośrednio okresu objętego kontrolą: zeszyt oznaczony "L. D." [k. 1601-1605 IX tom akt adm.]. W zeszycie tym znajdują się odręczne zapisy dotyczące transakcji dokonywanych z D.L., która jest rolnikiem ryczałtowym, od którego Spółka nabywała jaja, wystawiając równocześnie faktury VAT RR. W przypadku D.L. znajdujące się w zeszycie transakcje dotyczą okresu od 6 listopada 2007 r. do 22 maja 2012 r. Poza zeszytami z transakcjami obejmującymi rok 2010 zabezpieczono także zeszyty dotyczące: A. S., M. i A. J., J. i U.T., Z.P., D.L., S. H., S. i L.D., R. z zapisami dotyczącymi transakcji w latach późniejszych niż rok 2010. Organ podkreślił, że nie dotyczą one bezpośrednio okresu objętego niniejszym postępowaniem, ale pokazują mechanizm dokumentowania przez Spółkę operacji gospodarczych [k. 315-353 III tom akt adm.]. Zdaniem organu, zapisy w zeszytach są bardzo szczegółowe, pisane w sposób staranny i systematyczny. Obejmują swoim okresem wiele lat i podają rozliczenia dla danej transakcji ze szczegółowością do dwóch miejsc po przecinku. Pod każdą transakcją ujętą w zeszycie znajduje się wpisane ołówkiem saldo, stanowiące podsumowanie wszystkich zapisanych w zeszycie operacji, które zwiększa się po transakcjach typu: "kontrahent dał", a zmniejsza się po transakcjach opisanych "kontrahent wziął". Na początku zeszytów znajduje się wpisana ołówkiem kwota i informacja "saldo z przeniesienia", co świadczy, że zeszyty były prowadzone w sposób ciągły, a saldo przenoszono z poprzednio zapisanego zeszytu. Organ stwierdził, że analiza zapisów w zabezpieczonym programie Subiekt wskazuje, że w przypadku wartości transakcji zakupu jaj powtórzono w nim zapisy z zeszytu, wartość zakupionych jaj wynikająca z programu Subiekt jest zgodna z wartością jaj wykazaną w zeszytach. Organ zwrócił uwagę, że wśród zabezpieczonych w siedzibie firmy dokumentów są także dokumenty magazynowe PZ [przyjęcie materiału z zewnątrz] [k. 375-824 III-IV tom akt adm.]. W przypadku dokumentów PZ dokumentujących przekazanie jaj od kontrahentów: A.S., M.J., T.J. i U. D.L. znajdują się na nich zapisane przez pracowników Spółki zielonym długopisem, w prawnym dolnym rogu, numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy Subiekt. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. wykorzystał treść złożonych zeznań osób przesłuchanych w charakterze świadka w trakcie prowadzonych postępowań kontrolnych wobec Spółki w zakresie podatku od towarów i usług za lata 2008 i 2010 oraz w zakresie zaliczek na podatek dochodowy od wypłaconych przez Spółkę wynagrodzeń za 2010 rok, które włączono do akt sprawy postanowieniem z[...] czerwca 2016 r. nr [...] [k. 1342 VII tom akt]. Jako dowód w sprawie uznano przesłuchania: M.R. z [...] kwietnia 2014 r. [k. 1343-1356 VII tom akt adm.]; A. K. z [...] stycznia 2015 r [k. 1357-1369 VII tom akt adm.]; A. R. z [...] stycznia 2015 r. [k. 1370-1375 VIII tom akt adm.]; R.Z. z [...] stycznia 2015 r. [k. 1376-1381 VII tom akt adm.]; A. W. z [...] lutego 2015 r. [k. 1381-1390 VII tom akt adm.]; A.S. z [...] lutego 2015 r. [k. 1391-1397 VIII tom akt adm.]; D.L. z [...] lutego 2015 r. [k. 1398-1402 VIII tom akt adm.]; J.T. z [...] lutego 2015 r. [k. 1403-1406 VIII tom akt adm.]; M.J. z [...] lutego 2015 r. [k. 1407-1412 VIII tom akt adm.]; S.H. z [...] lutego 2015 r. [k. 1413-1417 VIII tom akt adm.]; A.J. z [...] lutego 2015 r. [k. 1418-1422 VIII tom akt adm.]; A.C. z [...] stycznia 2015 r. [k. 1423-1433 VIII tom akt adm.]; D.S. z [...] marca 2015 r. [k. 1434-1440 VII tom akt adm.]; A.K. z [...] stycznia 2014 r. i z [...] kwietnia 2015 r. [k. 1445-1453 VIII tom akt adm.]; Z. P. z [...] kwietnia 2015 r. [k. 1454-1461 VIII tom akt adm.]. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. nie dał wiary zeznaniom przesłuchanych świadków w zakresie w jakim stwierdzili, że faktury VAT RR wystawiane przez Skarżącą dokumentują rzeczywiste zdarzenia gospodarcze, uznając, że rzeczywiste dostawy odzwierciedlone są w zeszytach oraz w dodatkowo prowadzonym programie Subiekt, w których przedstawiono rozliczenia finansowe z danym dostawcą, dane dotyczące rzeczywiście dostarczonego towaru, w rzeczywistych cenach zakupu oraz rzeczywisty koszt nabycia towarów. Nie dano również wiary twierdzeniom przesłuchanych świadków w zakresie, w jakim twierdzili, że jedynym rzetelnym programem księgowym w firmie jest program Symfonia Finanse i Księgowość, faktury VAT RR, a zapisy dokonywane w zeszytach kontrahentów, a także w programie Subiekt nie miały żadnego znaczenia księgowego i były jedynie narzędziem pomocnym prezesom firmy, sporządzanym na potrzeby prywatne, gdyż nie wszystkie transakcje były do niego wpisywane. Przeczy temu rodzaj dokonywanych w zeszycie wpisów, tj.: numery, daty i wartości faktur VAT RR wystawianych przez Spółkę, a także rodzaj asortymentu nabywany przez firmę. Uznano, że są to elementy bezpośrednio związane z prowadzoną przez Spółkę działalnością gospodarczą, a nie prywatnymi potrzebami prezesów. Świadczy o tym również fakt, że zapisy prowadzone były na przestrzeni wielu lat. Nie dano również wiary twierdzeniom, że przyczyną niszczenia zeszytów po ich zapisaniu był fakt, że nie miały one znaczenia dla Spółki, a były prowadzone wyłącznie na użytek własny prezesów. W ocenie organu pierwszej instancji przyczyną niszczenia zeszytów po ich zapisaniu była chęć ukrycia ich zapisów i minimalizacji ryzyka ujawnienia nieprawidłowości, gdyż pokazywały one rzeczywisty obraz transakcji gospodarczych z kontrahentami. Organ kontroli stwierdził, że wystawione przez Spółkę faktury VAT RR dokumentujące zakup towarów są nierzetelne, a Spółka prowadziła podwójną księgowość do ewidencjonowania zdarzeń gospodarczych, odrębną dla celów podatkowych i odrębną dla zobrazowania faktycznego przebiegu transakcji. Zdaniem organu, poza dowodami z przesłuchań świadków i Strony wniosek ten potwierdzają także inne dowody i okoliczności, tj.: 1. treść "czynnego żalu" złożonego do Urzędu Skarbowego w Z. z [...] sierpnia 2013 r. przez członków zarządu A.K. i Z.P. [k. 1514-1519 VIII tom akt adm.], z którego wynika, że: - po pierwsze, w Spółce były nieprawidłowości przy wystawianiu faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj [nie dokumentowano korekt związanych ze zwrotem części ceny za nabyte towary], co oznacza, że część faktur dokumentujących koszty uzyskania przychodów jest nierzetelna; po drugie zaś, Spółka miała środki pieniężne w gotówce, których nie ujmowała w księgach rachunkowych, służące między innymi do wypłacania nieoficjalnego wynagrodzenia w gotówce pracownikom; 2. zabezpieczone dowody PZ oraz dane zaewidencjonowane w programie Subiekt. Kontrolujący porównali dokumenty PZ z zapisami w programie Subiekt. Z porównania wynika, że transakcjom zakupu jaj od A.S., J. i U. T. , A. i M. J. oraz D.L., zapisanym w programie Subiekt, odpowiadają dokumenty magazynowe PZ. Porównanie dokumentów PZ oraz zapisów dokonanych w programie Subiekt potwierdza, zdaniem organu pierwszej instancji, fakt wykazywania rzeczywistych transakcji i ich wartości w cenach nabycia w programie Subiekt, przez co okoliczności wynikające z faktur uznano za nierzetelne; 3. dublowanie zapisów dotyczących kwot transakcji w zeszytach i w programie Subiekt. Na podstawie porównania danych z programu Subiekt z zapisami w zachowanym zeszycie opisanym "D.L.", dokumentującym transakcje dotyczące kontrolowanego okresu, stwierdzono że dane wpisane do programu Subiekt są zgodne z widniejącymi w zeszytach zapisami transakcji, co świadczy o tym, że były dublowane; 4. zapisy w zeszytach "RSP P." są zgodne z prawdą i odzwierciedlają faktyczne wartości nabywanych jaj. Organ podkreślił, że kontrolujący porównali wszystkie zapisy w zeszycie opatrzone datami z 2010 r. z fakturami VAT z 2010 r. ujętymi w księdze rachunkowej. Wszystkie wykazane w zeszycie faktury, odpowiadają wystawionym fakturom, które zostały zaksięgowane na koncie "RSP P.", co świadczy o tym. że zeszyty nie były prowadzone dla prywatnego użytku prezesów, natomiast dane z nich wynikające obrazują rzeczywisty przebieg transakcji z kontrahentami Spółki; 5. dokładność danych wpisywanych do zeszytów kontrahentów w postaci: - numeru, daty i wartości z faktur VAT RR wystawionych przez Skarżącą z tytułu zakupu jaj, które widnieją przy wpisach typu "kontrahent wziął", saldo wpisane ołówkiem do zeszytu, które ulega zmniejszeniu po tego typu zapisie, - zapisów transakcji sprzedaży i użyczenia, - zapisów dotyczących przepływu gotówki opisanych "gotówka zwrot do kasy", - zapisów w zeszytach salda po każdej transakcji, świadczą o tym, że zeszyty służyły do ewidencjonowania faktycznego przebiegu transakcji gospodarczych, nie do prywatnych celów prezesów Spółki; 6. wypłaty gotówki z konta przez A.S.. W ramach postępowania kontrolnego prowadzonego wobec A.S. przeanalizowano jego rachunki bankowe związane z prowadzoną działalnością rolniczą i stwierdzono, że A.S. regularnie, kilka razy w miesiącu dokonywał wypłat gotówkowych o dużej wartości. W 2010 r. łącznie A.S. wypłacił w gotówce kwotę ponad 3,6 mln zł. A.S. dokonywał wypłat gotówki, pomimo faktu, że koszty swojej działalności gospodarczej w całości opłacał w formie przelewów. Organ stwierdził, że w przypadku kontrahentów: Ferma [...] w S. – M.J. w S. ; J.A. w Z.; Ferma [...] - S.A. w D. ; Ferma [...] T. J. i U. w S. oraz L.D. Gospodarstwo Rolne w Z. – to program komputerowy Subiekt, a nie faktury VAT RR, obrazuje rzeczywisty przebieg transakcji zakupu jaj i na jego podstawie określił wysokość kosztów nabycia jaj od w/w podmiotów, stanowiącą koszt uzyskania przychodu. W tym celu organ kontroli skarbowej dokonał porównania zapisów dotyczących transakcji zaewidencjonowanych w programie Subiekt i na dokumentach PZ z wystawionymi przez Spółkę fakturami VAT RR i fakturami VAT: - w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z D.L. stwierdzono, że Spółka ewidencjonowała tylko część nabyć dokonywanych od tego kontrahenta. W całym 2010 r. wystawiono tylko cztery faktury dokumentujące nabycie jaj [dwie faktury VAT RR i dwie faktury VAT wystawione na zasadach ogólnych], podczas gdy w zeszycie, programie Subiekt i w dokumentach magazynowych PZ prowadzono zapisy dokumentujące nabycia przez cały rok. Z dokonanego porównania wynika, że kwoty podane na fakturach VAT RR są niezgodne z rzeczywistą wartością nabytego towaru. Ustalono, że wartość nabycia jaj wykazana na fakturach VAT i ujęta w księgach rachunkowych wynosi: netto 33 318 zł, natomiast wartość nabycia jaj i masy jajecznej wykazana w programie Subiekt i w zeszycie wynosi 46 448,10 zł. Ponieważ kwoty należne za dostawę produktów rolnych wykazane w programie Subiekt zawierały kwotę podatku od towarów i usług, a podatek ten wynosił 2 255,01 zł, stwierdzono, że kwota netto nabyć wynosi 44 193,10 zł [tj. 46 448,10 zł – 2 255,01]. W związku z powyższym ustalono, że koszt nabycia jaj od D.L. został zaniżony o kwotę: 10 875,10 zł [tj. 44 193,10 zł – 33 318 zł]; - w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z A. S. stwierdzono, że kwoty podane na fakturach VAT RR różnią się od kwot wykazanych w programie Subiekt. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach VAT RR i ujęta w księgach rachunkowych wynosi netto 6 619 080,00 zł. Wartość nabycia jaj i masy jajecznej od A.S. wykazana w programie Subiekt wynosi 3 904 969,92 zł. Ponieważ kwoty należne za dostawę produktów rolnych wykazane w programie Subiekt zawierają kwotę podatku od towarów i usług w wysokości 113 736,99 zł, uznano że kwota netto nabyć produktów rolnych wynosi 3 791 232,93 zł [tj. 3 904 969,92 zł – 113 736,99 zł]. W związku z powyższym ustalono, że koszt nabycia jaj od A.S. został zawyżony o kwotę 2 827 847,07 zł [tj. 6 619 080 zł – 3 791 232,93 zł]; - w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z J. i U.T. stwierdzono, że kwoty podane na fakturach VAT RR różnią się od kwot wykazanych w programie Subiekt. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach VAT RR i ujęta w księgach rachunkowych wynosi: netto 2 337 174,00 zł. Natomiast wartość nabycia jaj i masy jajecznej wykazana w programie Subiekt wynosi 1 450 138,98 zł. Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku VAT wynosi 82 083,34 zł i jest zawarta w kwocie należnej wykazanej w programie Subiekt. Po uwzględnieniu zryczałtowanego zwrotu podatku VAT dotyczącego rolników ryczałtowych kwota netto nabyć produktów rolnych wynosi 1 368 055,64 zł [tj. 1 450 138,98 zł – 82 083,34 zł]. W związku z powyższym uznano, że koszt nabycia jaj od J. i U.T. został zawyżony o kwotę 969 118,36 zł [tj. 2 337 174 zł- 1 368 055,64 zł]; - w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z M.J. i . J. stwierdzono, że kwoty podane na fakturach VAT RR różnią się od kwot wykazanych w programie Subiekt. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach i ujęta w księgach rachunkowych wynosi: netto 4 633 276,35 zł. Wartość należna nabycia jaj i masy jajecznej wykazana w programie Subiekt wynosi 3 484 677,26 zł. Ponieważ kwoty należne za dostawę produktów rolnych wykazane w programie Subiekt zawierały kwotę podatku od towarów i usług stwierdzono, że kwota netto nabyć wynosi 3 330 737,68 zł. W związku z powyższym uznano, że koszt nabycia jaj od M. i A.J. został zawyżony o kwotę 1 302 538,67 zł [tj. 4 633 276,35 zł – 3 330 737,68 zł]. Stwierdzono zatem, że Skarżąca wykazywała w księgach rachunkowych koszty nabycia towarów na podstawie nierzetelnych dokumentów, faktur VAT RR, przedstawiając nierzeczywiste wartości transakcji przeprowadzonych z D.L., A. S. , J. i U. T. , M. i A.J., w wyniku czego zawyżyła wysokość kosztów uzyskania przychodów w 2010 r. o 5 088 629,00 zł [tj. 2 827 847,07 zł + 969 118,36 zł + 1 302 538,67 zł – 10 875,10 zł]. Ponadto w toku postępowania kontrolnego stwierdzono, że w prowadzonych przez Spółkę księgach nie uwzględniono kosztu wypłaconych w 2010 r. nieoficjalnych wynagrodzeń. Zgodnie z wynikiem kontroli nr [...] z [...] listopada 2014 r. [k. 1522-1526 VIII tom akt adm.] Skarżąca przeznaczyła w 2010 r. na nieoficjalne wynagrodzenia kwotę: 1 312 367,00 zł brutto. Uwzględniając treść art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p., na postawie którego kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1 u.p.d.o.p., organ kontroli stwierdził, że za koszt uzyskania przychodów należy uznać faktycznie poniesione przez Spółkę wydatki na zakup jaj, a nie kwoty wykazane na nierzetelnych fakturach VAT RR, a także faktycznie wypłacone pracownikom Spółki wynagrodzenia, ustalając te koszty w wysokości 70 869 035,00 zł [tj. 74 645 297,00 zł [kwota z deklaracji] – 5 088 629,00 zł + 1 312 367,00 zł]. W toku postępowania kontrolnego organ stwierdził również nieprawidłowości w zakresie ustalenia przychodów. Organ ocenił dokumenty zabezpieczone w siedzibie Spółki przez funkcjonariuszy CBŚ i pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej w O., w tym dokumenty WZ [k. 224-281 II tom akt]. Kontrolujący porównali powyższe dokumenty z fakturami sprzedaży jaj. W przypadku kontrahenta K. i A. S. s.c. w O. , stwierdzono, że nie cała sprzedaż udokumentowana jest wystawionymi fakturami ujętymi w księgach rachunkowych, pomimo wydania towaru i otrzymania zapłaty za dostarczony towar, co wynika z pokwitowań odbioru gotówki za dostarczony towar podłączonych do dokumentów WZ. Uwzględniając treść zeznań prezesów Spółki, podczas których wyjaśnili, że zdarzały się sytuacje, gdy na życzenie niektórych odbiorców Strona nie wystawiała faktur VAT, pomimo zrealizowanej sprzedaży, ustalono wysokość sprzedaży nie ujętej w fakturach VAT, wynikającej z dowodów wydania towarów WZ wyłącznej wysokości 133 487,40 zł brutto, a po odjęciu kwoty podatku od towarów i usług, ustalono, że wartości nieewidencjonowanego przychodu w 2010 r. wynosi 129 599,42 zł. Ponadto organ kontroli skarbowej dokonał analizy zapisów w zeszycie "D.L." [k. 1601-1605 IX tom akt adm.] w celu porównania sprzedaży ujętej na fakturach ze sprzedażą wykazaną w w/w zeszycie. Ustalono, że wysokość nieewidencjonowanej sprzedaży za 2010 r. na rzecz D.L. wyniosła łącznie 1 457,92 zł brutto, po odjęciu kwoty podatku od towarów i usług wartość niezaewidencjonowanego przychodu ze sprzedaży towarów na rzecz D.L. w 2010 r. wyniosła: 1 195,01 zł [tj. 1 457,92 zł/1,22]. Po uwzględnieniu opisanych wyżej nieprawidłowości w zakresie ustalenia przez Spółkę przychodów podlegających opodatkowaniu stwierdzono, że przychód Spółki za 2010 rok wynosi 75 371 139,90 zł [tj. 75 240 345,47 zł [kwota przychodu z zeznania] + 129 599,42 zł [przychód udokumentowany dokumentami WZ niezaewidencjonowany przez Spółkę w księgach] + 1 195,01 zł [przychód ze sprzedaży ustalony na podstawie zeszytu "D.L."]. Ustalenia zostały spisane w protokole z badania ksiąg nr [...] z [...] czerwca 2016 r. [k. 1622-1666], w którym stwierdzono, że księgi rachunkowe Spółki za 2010 rok w zakresie przychodów oraz kosztów ich uzyskania nie spełniają wymogów określonych w art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. W związku ze stwierdzeniem, że Skarżąca prowadziła księgi podatkowe w sposób nierzetelny, na podstawie art. 193 § 6 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa [tekst jednolity: Dz. U. z 2015 r., poz. 613 z późn. zm., dalej "O.p."], w protokole stwierdzono, że nie uznaje się ich za dowód w zakresie: - zawyżenia w 2010 r. wysokości kosztu uzyskania przychodu poprzez uwzględnianie kosztów z faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj w wysokości wyższej od faktycznie poniesionych kosztów; - zaniżenia w 2010 r. wysokości kosztu uzyskania przychodu poprzez nie uwzględnienie kosztów wypłaconych wynagrodzeń; - zaniżenia w 2010 r. wysokości osiągniętego przychodu poprzez nie wykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj; - zaniżenia w 2010 r. wysokości osiągniętego przychodu poprzez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży towarów dla D. L.. Na podstawie art. 23 § 2 pkt 2 O.p. organ kontroli skarbowej odstąpił od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, uznając, że dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalały na określenie podstawy opodatkowania. Pismem z 28 czerwca 2016 r. [k. 1674-1704 IX tom akt adm.] Skarżąca złożyła zastrzeżenia do protokołu z badania ksiąg prezentując stanowisko, że tylko faktury VAT i księgi rachunkowe prowadzone przy użyciu programu komputerowego Symfonia odzwierciedlają rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych a program Subiekt i zeszyty nie miały żadnego znaczenia z perspektywy działalności gospodarczej Spółki, w szczególności nie ma podstaw, by traktować je jako miarodajne źródło informacji o rzeczywistym przebiegu dokonywanych transakcji. Spółka stwierdziła, że zeszyty były wykorzystywane wyłącznie przez A. K. oraz Z. P. , jako jedno z narzędzi ułatwiających negocjacje i ocenę skutków i kosztów czynności marketingowych w relacjach z odbiorcami, jak również do ich prywatnych rozliczeń, w związku z czym jako zbędne były niszczone. Zdaniem Skarżącej, na podstawie przeprowadzonych dowodów z zeznań świadków można stwierdzić, że treść wpisów ujęta w programie Subiekt była przypadkowa, w programie dokonywano wpisów według własnego uznania, w sposób nieskoordynowany, bez wyraźnie określonego celu oraz funkcji z perspektywy działalności gospodarczej Spółki a organ pierwszej instancji dokonał błędnego ustalenia wysokości przychodów i kosztów uzyskania przychodów, gdyż faktury VAT są jedynymi rzetelnymi dokumentami potwierdzającymi dokonane transakcje zakupu towaru. Ponadto Skarżąca stwierdziła, że kwoty nieoficjalnego wynagrodzenia pochodziły przeważnie z prywatnych środków prezesów. Skarżąca przedłożyła kserokopię umowy wypożyczenia drukarki z 1 grudnia 2008 r. zawartej pomiędzy Stroną a A.J., co ma dowodzić, że Spółka przekazywała nieodpłatnie rolnikom tusz do drukarki, a zapisy dokonywane w zeszytach są prywatnymi zapiskami prezesów firmy. Skarżąca wniosła o przeprowadzenie dowodów z zeznań świadków: D.S., A. C., P. C. na okoliczności związane z obsługą logistycznego przyjmowania jaj do skupu, charakteru tego procesu logistycznego i wynikających z tego konsekwencji dla funkcjonowania przedsiębiorstwa, a w konsekwencji prawidłowości rozliczeń podatkowych dokonywanych na podstawie faktur VAT oraz faktur VAT RR ujętych w ewidencji księgowej Spółki a także o przesłuchanie biegłych sporządzających opinię przedłożoną do akt sprawy: tj. P. M., P. P. oraz K.B. na okoliczność treści opinii i intencji autorów wyrażających zawarte w niej poglądy, otoczenia rynkowego prowadzonej przez Spółkę działalności, charakterystykę działalności Spółki, prawidłowości prowadzonej przez Spółkę ewidencji księgowej, a co za tym idzie właściwego obliczenia i opłacenia należności publicznoprawnych wynikających z podatku dochodowego od osób prawnych. Decyzją z [...] września 2016 r. nr [...] Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. określił Skarżącej zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2010 r. w wysokości 855 400,00 zł [k. 1717-1754 akt adm.]. Organ odniósł się też do wniosku Strony zawartego w piśmie z 28 czerwca 2016 r. o przeprowadzenie dowodów z przesłuchania świadków, stwierdzając że wnioski te są albo nieuzasadnione, albo dowody zostały już uprzednio przeprowadzone w prowadzonym postępowaniu kontrolnym. 2. Pismem z 21 października 2016 r. Skarżąca wniosła odwołanie od powyższej decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O.. 3. Dyrektor Izby Skarbowej w W. zaskarżoną decyzją utrzymał w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O.. W uzasadnieniu decyzji organ odwoławczy stwierdził, że sprawie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia na skutek okoliczności, o których mowa w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Organ podkreślił, że [...] czerwca 2013 r. Prokuratura Okręgowa w O. wszczęła wobec Spółki postępowanie sygn. akt [...] w sprawie o przestępstwo skarbowe polegające na prowadzeniu nierzetelnej dokumentacji oraz uszczupleniu należności podatkowych. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. pismem z 21 października 2013 r. zawiadomił Stronę o zawieszeniu z dniem [...] czerwca 2013 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za okres od 1 stycznia 2008 r. do 30 czerwca 2013 r. na skutek wystąpienia przesłanki, o której mowa w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Postępowanie karno-skarbowe sygn. akt [...] jest nadal w toku, nie wystąpiły zatem okoliczności, o których mowa w art. 70 § 7 O.p. Zatem bieg terminu przedawnienia został zawieszony w okresie od [...] czerwca 2013 r. do 31 grudnia 2016 r., tzn. na 1 283 dni, z czego wynika, że organy podatkowe są uprawnione do podjęcia merytorycznego rozstrzygnięcia w sprawie. W opinii Dyrektora Izby Skarbowej w W. , z przeprowadzonego postępowania w sposób bezsporny wynika, że Skarżąca oprócz sprzedaży potwierdzonej wystawionymi na rzecz odbiorców fakturami VAT realizowała również sprzedaż, która nie została udokumentowana fakturami i jednocześnie nie została uwzględniona w prowadzonych przez Spółkę księgach, co w efekcie spowodowało zaniżenie przychodów wykazanych w złożonym zeznaniu podatkowym. Z przeprowadzonego postępowania wynika, zdaniem organu, że Spółka w 2010 r. dokonała sprzedaży jaj na rzecz firmy K. i A. S. o wartości 133 487,40 zł [netto 129 599,42 zł], której nie wykazała w prowadzonych księgach rachunkowych. Wartość w/w sprzedaży ustalono poprzez porównanie wystawionych przez Spółkę dokumentów WZ potwierdzających wydanie towaru, z wystawionymi fakturami za sprzedaż jaj na rzecz w/w odbiorcy i stwierdzono, że pomimo wydania towaru i otrzymania zapłaty za dostarczony towar Strona nie ujęła wartości sprzedaży w prowadzonych księgach rachunkowych. Okoliczność, że przypadki niewystawiania faktur na życzenie niektórych odbiorców miały miejsce, potwierdzili prezesi Spółki w czasie przesłuchania w charakterze strony. Ponadto w trakcie przeprowadzonego postępowania stwierdzono, że Spółka dokonała sprzedaży na rzecz D.L. rozpuszczalnika do drukarki, siatki, folii strecz o wartości netto 1 195,01 zł, co wynika z dokumentów WZ potwierdzających wydanie w/w towarów oraz z adnotacji znajdujących się w zeszytach, z których wynika, że należność D.L.za sprzedane Spółce jaja została pomniejszona o wartość wydanych przez Spółkę towarów. Zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w W. , w sprawie ustalono bezspornie, że zarówno sprzedaż jaj niepotwierdzona fakturą wystawioną na rzecz nabywcy, jak i sprzedaż na rzecz D.L. rozpuszczalnika do drukarki, siatki, folii strecz wiązała się z wydaniem towarów. Zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w W. , z przeprowadzonego postępowania wynika, że osoby dostarczające towar Spółce dokonywały na rzecz Spółki zwrotu części uiszczonych na podstawie faktur należności, przez co nie można stwierdzić, że wydatki udokumentowane fakturami były faktycznie poniesionymi wydatkami o charakterze definitywnym. Wydatki jedynie tymczasowo poniesione, następnie zwrócone podatnikowi, nie stanowią wydatków poniesionych w celu uzyskania przychodu. Organ uznał, że w postępowaniu ustalono, że Spółka dokonywała zakupu jaj od rolników a zakupy dokumentowano fakturami VAT i VAT RR, które nie przedstawiały faktycznej wartości zakupionego towaru. Spółka dokonywała płatności za wystawione przez rolników towary, a następnie rolnicy dokonywali zwrotu Skarżącej części zapłaconej kwoty wynikającej z faktury. Zwracane przez rolników w gotówce kwoty nie były ujmowane w księgach rachunkowych Spółki, były natomiast ewidencjonowane za pomocą programu Subiekt w formie komputerowej, a także w zeszytach prowadzonych na nazwiska poszczególnych dostawców w formie papierowej. W opinii Dyrektora Izby Skarbowej w W. Skarżąca niesłusznie zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów wartość netto wynikającą z nierzetelnych faktur wystawionych przez dostawców jajek a wystawione faktury nie odzwierciedlają bowiem faktycznych wydatków na zakup towarów. Dyrektor Izby Skarbowej w W. uznał, że faktyczne wydatki związane z zakupem towaru wynikają z programu Subiekt i prowadzonych zeszytów kontrahentów. Zdaniem organu odwoławczego, z doświadczenia życiowego wynika, że nikt nie prowadzi odrębnej ewidencji, jeżeli jest to nieuzasadnione ekonomicznie. Prowadzenie ewidencji przy pomocy zeszytów angażowało bowiem dodatkowy czas pracowników, a co za tym idzie wiązało się z ponoszeniem przez Spółkę dodatkowego kosztu związanego z zatrudnieniem, który w przypadku braku celowość prowadzonych ewidencji byłby nieuzasadniony dla Spółki. Skoro zatem Spółka prowadziła ewidencję za pomocą programu komputerowego, to robiła to, zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w W., w celu ewidencjonowania rzeczywistego przebiegu transakcji, kontroli należności i rozliczeń pomiędzy Spółką a dostawcami. Odnosząc się do podniesionego w odwołaniu zarzutu, że doszło do naruszenia przepisu art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. poprzez uznanie, że zwracane przez rolników kwoty, ponad te, które zostały wydatkowane na nieoficjalne wynagrodzenia albo nie miały miejsca, albo dotyczyły wyłącznie prywatnych rozliczeń między rolnikami oraz Z.P. i A.K. , Dyrektor Izby Skarbowej w W. zauważył, że twierdzenia Strony w tym zakresie cechują się niekonsekwencją. Gdyby zwracane kwoty dotyczyły prywatnych rozliczeń pomiędzy rolnikami a prezesami Spółki, to najprawdopodobniej dotyczyłyby wszystkich zwrotów, a nie tylko tych, które nie zostały wydatkowane na dodatkowe wynagrodzenia. Ponadto gdyby zwroty były prywatnymi pieniędzmi prezesów nie mogłyby być wydatkowane na sfinansowanie wynagrodzeń. Jak wskazał Dyrektor Izby Skarbowej w W. , uznanie przez UKS, że dokonane zwroty dotyczyły rozliczeń Spółki z rolnikami, a środki z tych zwrotów z uwagi na ich wydatkowanie na dodatkowe wynagrodzenia dla pracowników zostały uznane za koszt uzyskania przychodu, spowodowała konieczność dopasowania się Strony do ustalonego stanu faktycznego, co przejawia się twierdzeniem Strony, że tylko część zwrotów dotyczyła prywatnych rozliczeń prezesów. Powyższe twierdzenia, zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w W. , są niewiarygodne. Organ zauważył, że okoliczność dokonywania przez rolników zwrotów gotówki została udowodniona i nie jest przez Stronę kwestionowana. Materiał dowodowy zgromadzony w sprawie świadczy natomiast o tym, że zwracane kwoty nie były prywatnymi rozliczeniami prezesów Spółki, A.K. i Z. P. , a środkami należącymi do Spółki, wynikającymi z funkcjonującego w Spółce przez wiele lat mechanizmu umożliwiającego ukrywanie faktycznie ponoszonych kosztów na zakup towarów. Ustaloną przez organ pierwszej instancji okoliczność, że środki pochodzące ze zwrotów wydatków były środkami Strony, Dyrektor Izby Skarbowej w W. uznał za prawidłową, co przesądza o tym, że zarzut bezpodstawnego obniżenia kosztów uzyskania przychodów o kwoty zwracane Spółce przez rolników jest nieuzasadniony. W odniesieniu do naruszenia art. 122 i art. 187 § 1 O.p., w związku z art. 188 O.p., poprzez nieuwzględnienie przez organ kontroli skarbowej przeprowadzenia dowodów z zeznań świadków wnioskowanych przez Stronę w piśmie z 28 czerwca 2016 r., Dyrektor Izby Skarbowej w W. zauważył, że zgodnie z art. 188 O.p., żądanie strony dotyczące przeprowadzenia dowodu należy uwzględnić, jeżeli przedmiotem dowodu są okoliczności mające znaczenie dla sprawy, chyba że okoliczności te stwierdzone są wystarczająco innym dowodem. Organ zaznaczył, że piśmie z 28 czerwca 2016 r. pełnomocnik Strony wniósł o przeprowadzenie dowodów z zeznań świadków: - pracowników Skarżącej: D.S. , A. C. , P. C. na okoliczności związane z obsługą procesu logistycznego przyjmowania jaj do skupu, charakteru tego procesu i wynikających z tego konsekwencji dla funkcjonowania przedsiębiorstwa, a w konsekwencji prawidłowości rozliczeń podatkowych dokonywanych na podstawie faktur VAT oraz faktur VAT RR ujętych w ewidencji księgowej, - P. M., P.P. , K. B. na okoliczność treści opinii i intencji autorów wyrażających zawarte w niej poglądy, otoczenia rynkowego prowadzonej przez Stronę działalności, charakterystykę działalności Strony, prawidłowości prowadzonej przez Stronę ewidencji księgowej, a co za tym idzie właściwego obliczania i opłacania należności publicznoprawnych wynikających z podatku dochodowego od osób prawnych. Dyrektor Izby Skarbowej w W. zauważył, że D. S. i A.C. zostały przesłuchane w trakcie prowadzonego postępowania, podczas którego udzieliły obszernych wyjaśnień na temat swojego udziału w działalności Spółki a w związku z tym ponowne przeprowadzanie tych samych dowodów nie było zasadne. Ponadto w dniu [...] grudnia 2015 r. przesłuchano kierownika magazynu [k. 827-836 IV tom akt adm.], który opisał proces logistyczny przyjmowania jaj do Skarżącej. Na temat procesu logistycznego w swoich zeznaniach wypowiadali się ponadto prezes A.K. , jak i Z. P. . W związku z powyższym przesłuchiwanie P. C. oraz właścicieli Strony na okoliczność, która była już przedmiotem dowodu z przesłuchań pracowników zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w W. było niezasadne. Odnosząc się do wniosku o przesłuchanie P. M., P. P. , K. B. na okoliczność prawidłowości prowadzonej przez Stronę ewidencji księgowej Dyrektor Izby Skarbowej w W. podkreślił, że to we właściwości organów podatkowych jest ocena prawidłowości ewidencji księgowej pod kątem prawidłowego rozliczania przez podatników podatku. Z tego powodu przedłożona przez Stronę opinia, sporządzona na wniosek Strony przez osoby przez nią wynajęte, nie może zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w W. stanowić podstawy do zmiany ustaleń stanu faktycznego dokonanego przez organ kontroli skarbowej. Dyrektor Izby Skarbowej w W. zatem uznał, że przeprowadzanie dowodu z przesłuchań P. M. , P. P. i K. B. nie jest zasadne. Odnosząc się do zarzutu naruszenia art. 121 § 1 i art. 122 O.p., w związku z art. 197 § 1 O.p. Dyrektor Izby Skarbowej w W. zauważył, że zgodnie z art. 197 § 1 O.p., w przypadku gdy w sprawie wymagane są wiadomości specjalne, organ podatkowy może powołać na biegłego osobę dysponującą takimi wiadomościami, w celu wydania opinii. Strona wniosła o powołanie biegłego informatyka, specjalizującego się w analizie programów finansowo-księgowych, celem prawidłowego zabezpieczenia i analizy materiału dowodowego w postaci danych zapisanych w programie Subiekt, dokonania prawidłowej analizy tych danych, w szczególności pod kątem ustalenia, czy istnieje techniczna możliwość migracji danych z systemu Subiekt do stosowanego u Strony systemu Symfonia i czy do takiej migracji danych dochodziło, a w konsekwencji oparcie istotnych ustaleń faktycznych o niezweryfikowane, nie nieodzwierciedlone w aktach postępowania "porównanie" treści zeszytów z zapisami znajdującymi się w programie Subiekt. Dyrektor Izby Skarbowej w W. podał, że dla rozstrzygnięcia sprawy nie ma znaczenia, czy pomiędzy programami Subiekt i Symfonia istniała możliwość przenoszenia, migracji danych. W trakcie prowadzonego postępowania dowiedziono bowiem, że program Subiekt służył Spółce do prowadzenia ewidencji rozliczeń pomiędzy Spółką a jej dostawcami, a więc do ewidencjonowania rzeczywistych, należnych kwot z tytułu nabycia przez Spółkę jaj od wybranych, zaufanych kontrahentów. Natomiast w programie Symfonia dokonywano zapisów na podstawie wystawionych i otrzymanych faktur, których wiarygodność podważono. Okoliczność migracji danych pomiędzy programami nie ma, zdaniem organu, znaczenia dla sprawy, a w związku z tym powołanie biegłego informatyka na okoliczność sprawdzenia, czy pomiędzy programami Subiekt i Symfonia można było wymieniać dane było bezzasadne. Dyrektor Izby Skarbowej w W. uznał również za nieuzasadniony zarzut naruszenia art. 121 § 1 i art. 123 § 1 O.p., w związku z art. 292 i art. 291 § 2 O.p., poprzez nierozpatrzenie i niezawiadomienie Strony o sposobie rozpatrzenia zastrzeżeń do protokołu kontroli z [...] czerwca 2016 r., złożonych przez Stronę pismem z 28 czerwca 2016 r. Organ zauważył, że przepis art. 291 O.p. jest przepisem Działu VI "Kontrola podatkowa". Odnosi się on do protokołu wydawanego na podstawie art. 280 O.p. kończącego procedurę kontroli podatkowej. W niniejszym postępowaniu kontrolnym nr [...] organ kontroli skarbowej nie przeprowadził kontroli podatkowej uregulowanej w Dziale VI Ordynacji podatkowej; nie wydano także protokołu na podstawie art. 290 O.p. Ponadto za nieuzasadniony należało, zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w W., uznać zarzut naruszenia art. 122 § 1 O.p., w związku z art. 124 Ordynacji O.p., poprzez nieustosunkowanie się lub jedynie ogólnikowe ustosunkowanie się przez organ kontroli skarbowej do zarzutów podnoszonych przez Spółkę w ramach prowadzonego postępowania, bowiem pełnomocnik nie wskazał w odwołaniu do jakich zarzutów organ kontroli skarbowej nie ustosunkował się w ogóle lub do których ustosunkował się jedynie ogólnikowo. Odnosząc się do zarzutów zawartych w piśmie z 14 grudnia 2016 r. i 29 grudnia 2016 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. stwierdził, w odniesieniu do zarzutu wydania zaskarżonej decyzji bez ewentualnej decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2010 r., że rozstrzygnięcie w postępowaniu w zakresie podatku VAT, które nie zostało jeszcze zakończone, nie ma wpływu na podjęte rozstrzygnięcie w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych. Organ odwoławczy zauważył, że zarówno kwoty ustalonych w toku postępowania dodatkowych przychodów, a także kosztów uzyskania przychodów nie zawierają podatku VAT. Odnośnie zarzutu dotyczącego prowadzenia postępowań za lata 2008-2012 w diametralnie odmiennej procedurze, a także nieważności doręczonego Stronie protokołu z badania ksiąg z uwagi na to, że badanie to odbyto się poza kontrolą podatkową, Dyrektor Izby Skarbowej w W. wyjaśnił, że postępowanie kontrolne jest podstawowym trybem kontroli skarbowej, w toku którego organ kontroli skarbowej może, ale nie musi przeprowadzić kontrolę podatkową. Postępowanie kontrolne i kontrola podatkowa to dwa odmiennie uregulowane tryby postępowania. W toku postępowania kontrolnego organ kontroli skarbowej może przeprowadzić badanie ksiąg podatkowych, które kończy się wydaniem protokołu z badania ksiąg, o którym mowa w art. 193 O.p. Jeżeli natomiast w sprawie prowadzona była kontrola podatkowa, o której mowa w Dziale VI O.p., w protokole kontroli kończącym kontrolę podatkową mogą być zawarte również ustalenia dotyczące badania ksiąg. W tym przypadku nie sporządza się odrębnego protokołu badania ksiąg, o którym mowa w art. 193 § 6 [art. 290 § 5 O.p.]. Dyrektor Izby Skarbowej w W. wskazał, że w sprawie nie prowadzono jednak kontroli podatkowej, a postępowanie kontrolne, w ramach którego przeprowadzono szereg czynności dowodowych, w tym badanie ksiąg, których wynik uwidoczniono w protokole z badania ksiąg. Postępowanie kontrolne, zgodnie z art. 24 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej [t.j. Dz. U. z 2016 r., poz. 720 ze zm., dalej "u.k.s."] organ kontroli skarbowej kończy natomiast wydaniem decyzji, gdy ustalenia dotyczą podatków, których określanie lub ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych, lub wynikiem kontroli. Zatem twierdzenie Strony, że protokół badania ksiąg musi być każdorazowo poprzedzony protokołem kontroli jest nieuzasadnione. Odnosząc się do zarzutu dotyczących nieprawidłowości protokołu zbadania ksiąg, który zdaniem Strony nie zawiera badania ksiąg, lecz analizę zebranych dowodów, a w protokole znajdują się elementy protokołu kontroli, tj. opis czynności dowodowych, brak jest natomiast opisu ksiąg Spółki, a także metod ich badania, organ zauważył, że przepisy podatkowe nie normują szczegółowo, jak powinien wyglądać protokół z badania ksiąg – w protokole tym organ powinien nie tylko wskazać za jaki okres i w jakiej części nie uznaje ksiąg za dowód, ale przede wszystkim wykazać, dlaczego w tym zakresie księgi są nierzetelne bądź wadliwe. Odrzucenie księgi jako dowodu wymaga bowiem obalenia domniemania ich zgodności z prawem. Ogólną definicję rzetelności podatkowej księgi zawiera art. 193 § 2 O.p. Zgodnie z nim księga jest rzetelna, jeśli dokonywane w niej zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty. W protokole z badania ksiąg z [...] czerwca 2016 r. nr [...] organ kontroli skarbowej szczegółowo wyjaśnił, w jakim zakresie i dlaczego nie uznaje prowadzonych ksiąg za dowód, zaś powodem tym był przede wszystkim fakt, że dokumenty na podstawie których ustalono koszty zakupu towarów [jaj] nie odzwierciedlały faktycznie poniesionych na ten cel wydatków, a także w: księgach prowadzonych przez Spółkę uwzględnione zostały wyłącznie przychody, które zostały potwierdzone wystawionymi fakturami, a Spółka realizowała również dostawy, na które faktur nie wystawiała. Zdaniem organu, twierdzenie Strony, że nie wskazano w protokole ani w decyzji, jakiego zakresu dotyczy stwierdzona nierzetelność, jest nieuzasadnione. Odnosząc się do zarzutu, że nierzetelność ksiąg stwierdzono na podstawie zabezpieczonych zeszytów za lata 2008-2009 i 2011-2013 oraz prywatnych, fragmentarycznych i błędnych zapisów z programu Subiekt, a także zeznań świadków, nie dokonując w ogóle ich badania, Dyrektor Izby Skarbowej w W. zauważył, że księgi Spółki zostały zakwestionowane tylko w zakresie wskazanym w protokole, w więc w zakresie ustalania kosztów nabycia towarów, a także w zakresie ustalenia przychodu ze sprzedaży jaj i przychodów ze sprzedaży wytłaczanek. tuszu do drukarek. Na podstawie całego zebranego w sprawie materiału dowodowego stwierdzono bowiem, że dane wynikające z wystawionych przez Spółkę faktur VAT RR oraz faktur otrzymanych od dostawców jaj nie odzwierciedlały faktycznych wydatków na ich zakup, gdyż część kwot uiszczonych na podstawie faktur była Spółce zwracana. Ponieważ zapiski w zeszytach oraz zabezpieczonym w Spółce programie Subiekt umożliwiały obliczenie faktycznej kwoty wydatków poniesionych przez Spółkę na zakup jaj, a także faktyczną kwotę uzyskanych przychodów ze sprzedaży jaj, zapisy z programu Subiekt oraz z zabezpieczonych zeszytów wykorzystano w celu ustalenia rzeczywistej wartości przychodów i kosztów uzyskania przychodów. Odnosząc się do zarzutu, że organ kontroli nie dokonał oszacowania podstawy opodatkowania mimo tego, że stwierdził nierzetelność ksiąg, nie uzasadnił przyczyn z powodu których nie mogły znaleźć zastosowania metody szacunku określone w art. 23 § 3 O.p., a także nie wskazał co najmniej dwóch metod szacunku, i nie umożliwił podatnikowi ustosunkowania się do nich przed wydaniem rozstrzygnięcia, DIS zauważył, że na podstawie art. 23 § 2 O.p. organ podatkowy może odstąpić od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, jeżeli dane wynikające z ksiąg podatkowych uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalają na określenie podstawy opodatkowania. Zatem nie każdy przypadek, w którym organ podatkowy zakwestionuje rzetelność ksiąg jest równoznaczny z obowiązkiem ustalenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania. W sprawie odstąpiono od szacowania podstawy opodatkowania, gdyż dane wynikające z ksiąg uzupełnione dowodami zgromadzonymi w toku postępowania umożliwiały ustalenie podstawy opodatkowania. W opinii Dyrektora Izby Skarbowej w W. , nie znajduje również uzasadnienia zarzut, że organ kontroli w ogóle nie porównał danych z dokumentów źródłowych z zapisami w księgach oraz nie sprawdził zgodności deklaracji i oświadczeń składanych przez podatnika z księgami rachunkowymi Spółki. Koszty nabycia towarów ustalono poprzez porównanie zapisów dotyczących transakcji zaewidencjonowanych w księgach Spółki na podstawie faktur, z zapisami transakcji wynikającymi z programu Subiekt i z wystawionych dokumentów PZ. Organ zauważył, że księgi zostały zakwestionowane tylko w zakresie stwierdzonych nieprawidłowości opisanych szczegółowo zarówno w protokole, jak i w zaskarżonej decyzji, co oznacza, że koszty nabycia towarów ustalone przez Spółkę na podstawie wystawionych i otrzymanych faktur, które uznano za nierzetelne, zastąpiono kosztami ustalonymi przez organ w toku postępowania. Podobnie postąpiono w zakresie przychodów, które Spółka zrealizowała, a nie uwzględniła w prowadzonych księgach a w pozostałej części zapisów wynikających z ksiąg nie kwestionowano. Zatem zarzut o niesprawdzeniu zapisów wynikających z dokumentów źródłowych z zapisami w księgach jest, zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w W. , nieuzasadniony, podobnie jak zarzut niesprawdzenia zgodności złożonego zeznania CIT-8 z księgami rachunkowymi Spółki. Dane wykazane w złożonym przez Spółkę zeznaniu wynikały bowiem z analizowanego w toku postępowania kontrolnego rachunku zysków i strat sporządzonego przez Spółkę, co znalazło odzwierciedlenie w opisie stanu faktycznego przedstawionego zarówno w protokole badania ksiąg z [...] czerwca 2016 r., a także w decyzji UKS. 4. Pismem z 14 marca 2017 r., Skarżąca złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z [...]lutego 2017 r., nr [...] , zarzucając naruszenie: - art. 207 O.p. poprzez utrzymanie w mocy rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji, które nie spełnia wymogów decyzji rozstrzygającej co do istoty sprawy, tj.: a) nie zawiera ani w sentencji, ani w uzasadnieniu powołania podstawy prawnej prawa materialnego, na podstawie której organ kontroli skarbowej wydał decyzję, tj. przepisu art. 27 ust. 1 w zw. z art. 25 ust. 10 u.p.d.o.p., który daje organowi podatkowemu prawo do wzruszenia prawidłowości zeznania podatkowego i określenia podatku dochodowego od osób prawnych w innej wysokości niż zadeklarowana; art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. stanowiącego, że przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym jest dochód, który jest nadwyżką sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania; art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p. stanowiącego, że koszty uzyskania przychodów bezpośrednio związane z przychodami, poniesione w latach poprzedzających rok podatkowy oraz w roku podatkowym, są potrącalne w tym roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody; art. 18 u.p.d.o.p. dot. podstawy opodatkowania; art. 19 ust. 1 u.p.d.o.p. dot. wysokości podatku, b) nie zawiera prawidłowego rozstrzygnięcia; c) nie spełnia wymogów określonych w art. 210 § 1 pkt 6 O.p. [uzasadnienia faktycznego i prawnego] wskutek popełnienia szeregu błędów rachunkowych i merytorycznych w ustaleniu podstawy opodatkowania, w szczególności błędnego ustalenia kosztów sprzedaży towarów bez uwzględnienia zasad określonych w art. 11, art. 15 ust. 1 i 4 oraz art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p., a w szczególności spisu z natury na dzień 31 grudnia 2010 r., a także wszystkich pochodnych wynagrodzeń; - art. 15 § 1 i art. 16 O.p. w związku z art. 24 ust. 2a ustawy z 28 września 1991 r. u.k.s., art. 4-6 ustawy z 13 listopada 2003 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego [t.j. Dz. U. z 2016 r. poz. 198 ze zm., dalej "u.d.j.s.t."] oraz art. 111 pkt 1 ustawy z 27 września 2009 r. o finansach publicznych [t.j. Dz. U. z 2016 r. poz. 1870 ze zm., dalej "u.f.p."] poprzez naruszenie właściwości rzeczowej przez organ pierwszej instancji w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych, przez co nastąpiło wydanie rozstrzygnięcia przez nieuprawniony organ; - art. 193 § 4 O.p. poprzez stwierdzenie nierzetelności ksiąg w oparciu o protokół z badania ksiąg, w którym nie zawarto elementów badania ksiąg rachunkowych; - art. 23 § 1 pkt 2 O.p. przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania, mimo stwierdzenia nierzetelności ksiąg, istnienia powiązań gospodarczych i osobowych, nieposiadania wszystkich danych do określenia podstawy opodatkowania; - art. 233 § 1 i pkt 1 O.p. przez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji bez powołanej podstawy prawnej odnoszącej się do powstania zobowiązania podatkowego i jego zadeklarowania w zeznaniu, tj. art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 4, art. 18, art. 19 ust. 1, art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p. oraz nieprawidłowego określenia zobowiązania podatkowego w związku z popełnieniem błędów merytorycznych i rachunkowych; - art. 188 w związku z art. 180 § 1, art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. poprzez niepodjęcie wszelkich niezbędnych działań, mających na celu zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego oraz bezzasadne nieuwzględnienie wniosków dowodowych Skarżącej, w tym w szczególności wniosku o oszacowanie podstawy opodatkowania; - art. 120 O.p. poprzez niezastosowanie przez organ przepisów prawa materialnego, tj.: art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p., nakazujących oszacowanie dochodu Spółki, jeżeli w wyniku powiązań rodzinnych zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały, a także poprzez niezastosowanie art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p., regulującego zaliczanie do kosztów uzyskania przychodu danego roku podatkowego odpowiadających im kosztów nabycia sprzedanych towarów oraz wynagrodzeń brutto, czyli łącznie ze wszystkimi pochodnymi; - art. 121 § 1 O.p. poprzez niewyjaśnienie w sposób należyty i niezbędny do prawidłowego rozstrzygnięcia niniejszej sprawy wszystkich okoliczności faktycznych oraz nieprowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, w tym pomijanie okoliczności korzystnych dla Skarżącej; - art. 122 w związku z art. 191 O.p. poprzez nieprawidłowe, pobieżne, wyrywkowe ustalenie stanu faktycznego, niewyjaśnienie i nieuwzględnienie wielu istotnych dla sprawy okoliczności faktycznych, nieprzeprowadzenie istotnych dla sprawy dowodów, głównie w zakresie szacunkowego ustalenia podstawy opodatkowania w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych; - art. 2 w zw. z art. 42 ust. 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej w zw. z art. 16 i art. 48 ust. 1 i 2 Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej poprzez naruszenie zasady demokratycznego państwa prawnego i wynikającego z tej zasady nakazu ochrony zaufania obywateli do państwa i stanowionego przezeń prawa, przejawiające się w pozbawieniu Skarżącej możliwości skorzystania z domniemania niewinności oraz pozbawienie Skarżącej prawa do obrony poprzez oparcie rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie na niepełnym materiale dowodowym, dopuszczenie się rażących błędów proceduralnych i w rezultacie osądzenie Skarżącej i wydanie rozstrzygnięcia na długo przed fizycznym wydaniem skarżonej decyzji. Ponadto z ostrożności procesowej zaskarżonej decyzji Skarżąca zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p.; art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p.; art. 15 ust. 1 i 4 u.p.d.o.p.; art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p.; art. 27 u.p.d.o.p. mogącego dać organowi podatkowemu prawo do wzruszenia prawidłowości zeznania podatkowego i określenia podatku dochodowego od osób prawnych w innej wysokości niż zadeklarowanej oraz art. 6 ustawy z 29 września 1994 r. o rachunkowości [Dz. U. z 2013 r., poz. 330, ze zm., dalej "u.o.r."], poprzez niezastosowanie ich przy określaniu podstawy opodatkowania w zakresie kosztu własnego sprzedanych towarów oraz pochodnych wypłaconych wynagrodzeń. Skarżąca dopełniła zarzuty skargi dwoma pismami. W piśmie z 8 marca 2018 r., w którym dopełniła zarzuty o postulat uwzględnienia składek na ubezpieczenia społeczne podatnika [ubezpieczonego] i na tę okoliczność załączyła kopię protokołu kontroli przez Zakład Ubezpieczeń Społecznych u Skarżącej jako płatnika składek na ubezpieczenia z 2016 r. a także o zarzut nieuwzględnienia w decyzji organu kontroli skarbowej obliczenia odsetek za zwłokę. W drugim piśmie, z dnia 17 maja 2018 r. Skarżąca podniosła zarzut naruszenia art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 46 a u.p.d.o.p. poprzez bezpodstawne zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów o podatek naliczony VAT z tytułu nabycia towarów od rolnika ryczałtowego A.S., którego podatku nie miał prawa odliczenia, co – zdaniem Skarżącej – powodowało zawyżenie podstawy opodatkowania. Skarżąca argumentuje, że organ posłużył się wydaną wobec pana A.S. w dniu [...] listopada 2015 r. przez organ kontroli skarbowej decyzją, w której stwierdzono, że "A.S. w 2010 r. utracił prawo do korzystania ze statusu rolnika ryczałtowego i powinien wystawiać faktury VAT opodatkowane 3 % stawką podatku", podczas gdy nabycie przez Skarżącą produktów rolnych od tego dostawcy nastąpiło w 2010 r., w którym A.S. dostarczał produkty z własnego gospodarstwa jako rolnik ryczałtowy. 5. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. wniósł o oddalenie skargi. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył co następuje: 1. Skarga jest niezasadna. 2. Na wstępie podkreślenia wymaga, że, w sprawie doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2010 r., który upływałby – gdyby do takiego zawieszenia nie doszło – z końcem 2016 r. Z akt postępowania wynika, że w dacie [...] czerwca 2013 r. Prokuratura Okręgowa w O. wszczęła wobec Spółki postępowanie sygn. akt [...] w sprawie o przestępstwo skarbowe polegające na prowadzeniu nierzetelnej dokumentacji oraz uszczupleniu należności podatkowych. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. pismem z 21 października 2013 r. zawiadomił Skarżącą o zawieszeniu z dniem [...] czerwca 2013 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za okres objęty śledztwem Prokuratury Okręgowej w O. o sygn. [...] , tj. od 1 stycznia 2008 r. do 30 czerwca 2013 r. na skutek wystąpienia przesłanki, o której mowa w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. [akta post. adm., tom X, k. 1843]. Przepis art. 70 § 6 pkt 1 O.p. stanowi, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego zostaje zawieszony z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. W świetle powyższego, warunkiem zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego było wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe o czyn wiążący się z niewykonaniem tego zobowiązania, o którym to postępowaniu podatnik został zawiadomiony. W ocenie Sądu, przepis art. 70 § 6 pkt 1 O.p. interpretować należy w ten sposób, że wszczęcie śledztwa lub dochodzenia w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe zawiesza bieg terminu przedawnienia, jeśli podatnik został o tym fakcie zawiadomiony najpóźniej z upływem terminu wskazanego w art. 70 § 1 O.p., lub z okoliczności sprawy wynika, kiedy dowiedział się o toczącym się postępowaniu i jego przedmiocie, którym musi być podejrzenie popełnienie przestępstwa lub wykroczenia związanego z niewykonaniem zobowiązania podatkowego. W rozpoznawanej sprawie Skarżąca została zawiadomiona przed upływem terminu przedawnienia o wszczęciu postępowania o przestępstwo karne skarbowe, wiążące się ze spornym zobowiązaniem. Zawiadomienie Naczelnika [...]Urzędu Skarbowego w R. pismem z 21 października 2013 r. spełnia wymogi zakomunikowania o zawieszeniu biegu terminu stawiane treścią art. 70c O.p., co potwierdza uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z 18 czerwca 2018 r. w spr. I FPS 1/18, zgodnie z którą "zawiadomienie podatnika dokonane na podstawie art. 70c ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa [Dz. U. z 2015 r. poz. 613 z późn. zm.] informujące, że z określonym co do daty dniem, na skutek przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego podatnika za wskazany okres rozliczeniowy, jest wystarczające do stwierdzenia, że nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia tego zobowiązania na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 wyżej wymienionej ustawy". W rezultacie, bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2010 r. uległ zawieszeniu od dnia [...] czerwca 2013 r. W rozpoznawanej sprawie, wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe miało bowiem miejsce w dniu [...] czerwca 2013 r., zaś o tym fakcie Skarżącą powiadomiono pismem Naczelnika [...]Urzędu Skarbowego w R. z 21 października 2013 r. a Skarżąca pismo to odebrała 24 października 2013 r. [akta post. adm., tom X, k. 1842] W sprawie zaszły zatem okoliczności powodujące zawieszenie biegu terminu przedawnienia, o których stanowi art. 70 § 6 pkt 1 O.p. 3. Nie był zasadny postawiony w skardze zarzut naruszenia art. 207 O.p. [w uzasadnieniu skargi prezentowany jako zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 207 O.p.] Skarżąca w skardze postawiła zarzut naruszenia art. 207 O.p. poprzez utrzymanie w mocy rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji, które nie spełnia wymogów decyzji rozstrzygającej co do istoty sprawy, tj. nie zawiera ani w sentencji, ani w uzasadnieniu powołania podstawy prawnej prawa materialnego, na podstawie której organ kontroli skarbowej wydał decyzję [przepisu art. 27 ust. 1 w zw. z art. 25 ust. 10 u.p.d.o.p., który daje organowi podatkowemu prawo do wzruszenia prawidłowości zeznania podatkowego i określenia podatku dochodowego od osób prawnych w innej wysokości niż zadeklarowanej; art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. stanowiącego, że przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym jest dochód, który jest nadwyżką sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania; art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p.; art. 18 u.p.d.o.p. dot. podstawy opodatkowania; art. 19 ust. 1 u.p.d.o.p. dot. wysokości podatku], nie spełniającej wymogów określonych w art. 210 § 1 pkt 5 O.p. a także nie spełniającej wymogów określonych w art. 210 § 1 pkt 6 O.p. [uzasadnienia faktycznego i prawnego] wskutek popełnienia szeregu błędów rachunkowych i merytorycznych w ustaleniu podstawy opodatkowania, w szczególności błędnego ustalenia kosztów sprzedaży towarów bez uwzględnienia zasad określonych w art. 11, art. 15 ust. 1 i 4 oraz art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p., a w szczególności spisu z natury na dzień 31 grudnia 2010 r., a także wszystkich pochodnych wynagrodzeń. Odnosząc się do kwestii braku powołania w podstawie prawnej decyzji organu odwoławczego przepisów prawa materialnego, Sąd stoi na stanowisku, że brak wskazania takich przepisów nie stanowi – w realiach rozpoznawanej sprawy – wady, skutkującej koniecznością uchylenia zaskarżonej decyzji. Decyzja ta nie ma bowiem charakteru reformatoryjnego, ale stanowi rozstrzygnięcie utrzymujące w mocy decyzję organu pierwszej instancji. Ta zaś przywołuje w uzasadnieniu pełną materialnoprawną podstawę podjętego rozstrzygnięcia, wskazując na zastosowane przepisy. W tej sytuacji istnieje możliwość ustalenia w sposób niebudzący wątpliwości przepisów prawa materialnego zastosowanych przez organ odwoławczy przy rozstrzyganiu sprawy. Decyzja ta zawiera też pełne uzasadnienie prawne, a wskazywane w tym uzasadnieniu przepisy prawa materialnego obowiązywały w dacie jej wydawania. Jak podkreśla się zaś w orzecznictwie błędne powołanie podstawy prawnej, czy też jej niepowołanie w sytuacji gdy podstawa taka istnieje w przepisach prawa, a nadto przesłanki do jej zastosowania zostały spełnione, nie można uznać, za istotne naruszenie prawa, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy [por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 15 lipca 2003 r. I SA 371/03 Lex nr 149553]. Zatem wydaje się, że tak skrajnie formalne traktowanie wymogu powołania podstawy prawnej w sentencji rozstrzygnięcia nie jest uzasadnione [por. Jan Zimmermann, Ordynacja podatkowa. Komentarz. Postępowanie podatkowe, Toruń 1998r., str. 223-224]. Ponadto, zarzut naruszenia art. 210 § 1 pkt 6 O.p. został uzasadniony tym, że organ odwoławczy jako podstawę wydanej decyzji wskazał jedynie przepis prawa procesowego, tj. art. 233 § 1 pkt 1 O.p., zaś jako podstawa prawna rozstrzygnięcia powinny być – zdaniem Skarżącej – wskazane również przepisy prawa materialnego. Zdaniem Sądu w przypadku wydania przez organ odwoławczy decyzji utrzymującej w mocy decyzję organu pierwszej instancji podanie art. 233 § 1 pkt 1 O.p. jako podstawy prawnej wydanej decyzji nie stanowi naruszenia prawa procesowego, a tym bardziej naruszenia prawa procesowego uzasadniającego uchylenie zaskarżonej decyzji. Zarzut naruszenia art. 210 § 1 pkt 6 O.p. należy zatem uznać za niezasadny. Zarzut ten został sformułowany jako konsekwencja naruszenia prawa materialnego i naruszenia przepisów procesowych. Skoro w ocenie Sądu brak podstaw do uznania za zasadne pozostałych zarzutów, to w konsekwencji nie można uznać za zasadne zarzutów naruszenia art. 207 O.p. Dodać należy, że dokonywanie przez organy podatkowe wykładni przepisów prawa odmiennej od oczekiwanej przez stronę nie stanowi naruszenia przepisu art. 207 O.p. Również brak akceptacji strony dla sposobu uzasadnienia wydanej decyzji nie oznacza, że postępowanie nie było prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych. Powyższe zapatrywanie zostało potwierdzone w orzecznictwie – w wyroku z 25 września 2007 r. w spr. o sygn. akt I FSK 657/06 [to i następne orzeczenia dostępne na stronie: http://orzeczenia.nsa.gov.pl] Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że wskazanie przepisów prawa materialnego, stanowiących podstawę prawną zaskarżonej decyzji, jedynie w jej uzasadnieniu, nie może być uznane za takie naruszenie art. 210 § 1 pkt 4 i pkt 6 oraz § 4 O.p., które mogłoby mieć istotny wpływ na wynik sprawy w rozumieniu art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. [co uzasadniałoby jej wzruszenie]. Pogląd ten podtrzymał Naczelny Sąd Administracyjny w innych orzeczeniach, przykładowo wyroku z 21 listopada 2008 r. w spr. II FSK 503/08. Sąd podziela powyższe poglądy, dostrzegając zarazem że uzasadnienie zaskarżonej decyzji wyjaśnia motywy, którymi kierował się organ w dokonanym rozstrzygnięciu, wskazuje także podstawę prawną dokonanych rozstrzygnięć. Powyższe czyni również niezasadnym zarzut naruszenia art. 233 § 1 i pkt 1 O.p. przez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji bez powołanej podstawy prawnej odnoszącej się do powstania zobowiązania podatkowego i jego zadeklarowania w zeznaniu, tj. art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 4, art. 18, art. 19 ust. 1, art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p. oraz nieprawidłowego określenia zobowiązania podatkowego w związku z popełnieniem błędów merytorycznych i rachunkowych [zarzut oznaczony w skardze nr 5]. 4. Nie zasługiwał także na uwzględnienie stawiany w skardze zarzut naruszenia art. 15 § 1 i art. 16 O.p. w zw. z art. 24 ust. 2a ustawy z 28 września 1991 r. u.k.s., art. 4-6 ustawy z 13 listopada 2003 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego [t.j. Dz.U. z 2016 r. poz. 198 ze zm., dalej "u.d.j.s.t."] oraz art. 111 pkt 1 ustawy z 27 września 2009 r. o finansach publicznych [t.j. Dz. U. z 2016 r. poz. 1870 ze zm., dalej "u.f.p."] poprzez naruszenie właściwości rzeczowej przez organ pierwszej instancji w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych, przez co nastąpiło wydanie rozstrzygnięcia przez nieuprawniony organ, którego zasadności Skarżąca upatruje w zaniechaniu powołania w przez organ kontroli skarbowej w rozstrzygnięciu podstawy prawnej dającej prawo do wzruszenia prawidłowości złożonego przez Spółkę zeznania. Zdaniem Skarżącej takie prawo ma jedynie organ podatkowy a nie organ kontroli skarbowej, któremu przysługuje jedynie możliwość wydania wyniku kontroli, który powinien zostać przekazany do właściwego naczelnika urzędu skarbowego, a to z tego względu, że "ustawodawca nie dał organowi kontroli skarbowej prawa m.in. do wydawania decyzji zabezpieczających [do 31.12.2015 r.], w podatku od spadków i darowizn, o odpowiedzialności osób trzecich czy w podatkach lokalnych". Skarżąca wskazała, że z art. 21 § 2 O.p. wynika domniemanie zgodności z prawem deklaracji podatkowej której weryfikacja może być dokonana jedynie w postępowaniu podatkowym prowadzonym przez właściwy organ podatkowy, tj. ten, do którego wpłynęła dana deklaracja zaś "organ kontroli skarbowej jest uprawniony jedynie do przeprowadzenia postępowania kontrolnego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych i powinien był wydać wynik kontroli, zgodnie z treścią art. 24 ust. 1 pkt 2 lit. a u.o.k.s., w przypadku gdy ustalenia kontroli dotyczą nieprawidłowości stanowiących dochód jednostek samorządu terytorialnego ustawodawca nie przewidział dla organu kontroli skarbowej dyspozycji do wydania decyzji". W takim toku rozumowaniu, zaprezentowanym na str. 10-12 skargi, Skarżąca zdaje się nie dostrzegać regulacji art. 24 ust. 1 pkt 1 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej [Dz.U. z 2016 r., poz. 720 ze zm.], zgodnie z którym w przypadku wykrycia nieprawidłowości w zakresie podatków, których określanie lub ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych, podatku akcyzowego praz podatku od wydobycia kopalin organ kontroli skarbowej kończy postępowanie kontrolne decyzją w rozumieniu ustawy Ordynacja podatkowa. W prezentowanej argumentacji Skarżąca nie dostrzega także, że z postanowienia o wszczęciu kontroli [akta post., tom I, k. 1] wynika, że kontrola prowadzona jest w zakresie "rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 2010 r.". Organowi kontroli skarbowej [w rozpoznawanej sprawie: Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. przysługiwało zatem uprawnienie do przeprowadzenia postępowania kontrolnego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych i zakończenia tego postępowania decyzją. 5. Skarżąca podniosła zarzuty naruszenia przepisów postępowania dotyczących prowadzenia postępowania dowodowego, w tym art. 120, 121 § 1, art. 122 w zw. z art. 191, art. 188 O.p. w zw. z art. 180 § 1, art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. oraz art. 2 w zw. z art. 42 ust. 3 Konstytucji, przez prowadzenie postępowania w sposób niebudzący zaufania do organu, niepodjęcie wszystkich niezbędnych działań celem dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i nieuwzględnienie wszystkich dowodów, a także dokonanie dowolnej i sprzecznej z zasadami logiki i doświadczenia życiowego oceny dowodów, co miało wpływ na wynik sprawy, zaniechania działań mających na celu zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego, nieuwzględnienie wniosków dowodowych Skarżącej, pozbawienia Skarżącej możliwości korzystania z domniemania niewinności oraz prawa do obrony poprzez oparcie rozstrzygnięcia na niepełnym materiale dowodowym. Sąd nie dopatrzył się w działaniu organów obu instancji naruszenia tych oraz innych przepisów postępowania. Sąd, odnosząc się do zarzutów naruszenia przepisów postępowania, stwierdza, że poczynione w toku postępowania kontrolnego oraz odwoławczego ustalenia, zgodnie z którymi Skarżąca zaniżyła przychody a także wykazała w nieprawidłowej wysokości koszty ich uzyskania znalazły potwierdzenie w zgromadzonym materiale dowodowym. Materiał ten Sąd uznaje za kompletny i stanowiący wystarczającą podstawę rozstrzygnięć podjętych w rozpoznanej sprawie. Przypomnienia wymaga, że w świetle przepisów regulujących postępowanie dowodowe, obowiązek zgromadzenia materiału dowodowego stanowiącego podstawę ustaleń faktycznych obciąża organy podatkowe [art. 122 w zw. z art. 187 § 1 O.p.]. Zgodnie z tymi przepisami, w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy. Organ podatkowy jest obowiązany zebrać i w sposób wyczerpujący rozpatrzyć cały materiał dowodowy oraz ocenić na jego podstawie, czy dana okoliczność została udowodniona. Dowody powinny zostać zebrane i ocenione bezstronnie, zaś ich analiza i ocena winna być dokonana w całokształcie i wzajemnym powiązaniu, zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów [art. 191 O.p.]. Przyjęcie tej zasady w postępowaniu podatkowym oznacza, że organy podatkowe nie są skrępowane regułami dotyczącymi wartości poszczególnych dowodów, orzekając na podstawie własnego przekonania, popartego zasadami wiedzy i doświadczenia życiowego. Organy podatkowe powinny przy tym działać na podstawie przepisów prawa, a postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych [art. 120 i art. 121 § 1 O.p.]. Cechom tym odpowiadało postępowanie przeprowadzone w rozpoznanej sprawie. W rozpoznawanej sprawie organy działały na podstawie obowiązujących przepisów prawa, zapewniając Skarżącej czynny udział w każdym stadium postępowania oraz możliwość wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Organy prowadzące postępowanie zgromadziły wystarczający do wydania decyzji materiał dowodowy, a następnie dokonały jego oceny, zgodnej z zasadami logiki i doświadczenia życiowego, a więc w sposób obiektywny, logiczny i przy wykorzystaniu wiedzy z zakresu prawa podatkowego. Organy przeprowadziły szereg dowodów służących wykazaniu wykazać okoliczności istotnych z punktu widzenia ustalenia prawidłowego rozliczenia Skarżącej. Organ włączył w poczet materiału dowodowego materiał zgromadzony w ramach innych postępowań [akta post., tom VIII, k. 1342], w tym program komputerowy Subiekt wraz z bazą danych [tom VIII, k. 1513, tom V, k. 885-984] a także zabezpieczone podczas przeszukania kilkanaście zeszytów formatu A5 z zapisami dotyczącymi transakcji Skarżącej z wybranymi kontrahentami za lata 2008-2013 [akta post. pod., tom II, k. 282-294, tom III, k. 315-353, tom V, k. 987-1002, tom IX, k. 1601-1621]. W sprawie został też przeprowadzony dowód z opinii biegłego z zakresu informatyki śledczej [postanowienie o włączeniu m.in. materiału przekazanego przez Komendę Główną Policji Centralne Biuro Śledcze – akta post. pod., tom VII, k. 1342, tom VIII, k. 1509-1512] a Skarżąca ze swej strony złożyła opinię prywatną w zakresie oceny dokumentacji przebiegu działalności gospodarczej zebranej w ramach postępowania kontrolnego oraz wykorzystanej przy obliczaniu ewentualnego domiaru podatkowego [tom V, k. 846-880]. Z opinii biegłego powołanego przez Komendę Główną Policji Centralne Biuro Śledcze [opinia z 5 marca 2014 r. wraz z opinią uzupełniającą – tom VIII, k. 1509-1510, 1511-1512] wynika, że badaniu poddano zabezpieczony przez organ ścigania dysk twardy z zapisem baz danych z użytkowanych przez Skarżącą programów Sage Symfonia oraz Subiekt. W sprawie przeprowadzono dowód z przesłuchania w charakterze strony prezesa Skarżącej Z. P. [akta post. pod., tom VIII, k. 1454-1461], dwukrotnego przesłuchania w charakterze strony wiceprezesa zarządu Skarżącej A.K. [akta post. pod., tom VIII, k. 1441-1444, k. 1445-1453-1539] a także przeprowadzono dowody z przesłuchania szeregu świadków [postanowienie Dyrektora Urzędu kontroli Skarbowej w O. z [...] czerwca 2016 r. – akta post. pod., tom VII, k. 1342]: pracownika biurowego Skarżącej a także spółki G. sp. z o.o. M. R. [tom VII, k. 1343-1356]; pracownika działu handlowego – kasjerki Skarżącej A. K. [tom VII, k. 1357-1368]; referenta księgowego Skarżącej A.R. [tom VII, k. 1370-1374]; kasjerki, referenta biurowego, sekretarki A. W.[tom VII, k. 1383-1389]; specjalisty ds. jakości – pracownika działu handlowego R. Z. [akta post. pod., tom VII, k. 1376-1382]; kierownika magazynu Skarżącej T.B. [tom IV, k. 828-833]; kontrahentów Skarżącej A.S. [tom VIII, k. 1391-1396]; D.L.[tom VIII, k. 1398-1402]; J. T. [tom VIII, k. 1403-1406]; M. J. [tom VIII, k. 1407-1411]; S. H. [tom VIII, k. 1413-1416]; A.J.[tom VIII, k. 1418-1421]; A. C. [tom VIII, k. 1423-1432]; D.S. [tom VIII, k. 1434-1439], W.W. [tom VIII, k. 1471-1474] a także podmiotu badającego sprawozdanie finansowe Skarżącej, pana A. N. [tom VIII, k. 1417-1469]; pracownika innej spółki zarządzanej przez Z.P. i A.K. W.G. [tom VIII, k. 1462-1465]. Dokonana w postępowaniu przez organy ocena, że program finansowo – księgowy Subiekt stanowi źródło informacji o kwotach, jakie powinny zostać ujęte w przychodach a także kosztach uzyskania przychodów jest prawidłowa. Skarżąca w tej mierze stara się przekonać, że prawidłowe dane były ewidencjonowane w programie finansowo – księgowym Symfonia, zaś zapisy w programie Subiekt oraz w zeszytach miały znaczenie jedynie pomocnicze zaś system Subiekt nie był źródłem pełnych i miarodajnych informacji o wartościach istotnych z punktu widzenia rozliczeń podatkowych, a zeszyty nie były i nie są dokumentami związanymi z działalnością spółki ale "prywatnymi notatkami A. K. i Z.P. " [argumentacja z odwołania – akta post. pod, tom X, k. 1813-1814]. Ustalenia dokonane w postępowaniu wskazują, że Skarżąca, poza "oficjalnym" systemem finansowo księgowym Symfonia przez kilka lat [2008-2015] prowadziła równoległe zapisy księgowe w systemie Subiekt, przy czym są one spójne z zawartością zeszytów formatu A5, opisujących transakcje z kontrahentami Skarżącej oraz z dokumentami magazynowymi PZ. Organy w wyniku analizy dokumentów PZ w powiązaniu z zawartością zeszytów oraz zapisów w programie Subiekt ustaliły, że na dokumentach magazynowych PZ widnieją w prawym dolnym rogu numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy Subiekt, co wskazuje, że zapisy księgowe w systemie Subiekt oraz zeszytach dotyczących wybranych [zaufanych] kontrahentów cechuje spójność i takie usystematyzowanie, które wskazuje, że tego rodzaju dodatkowa ewidencja nie służyła jedynie jako materiał pomocniczy, porządkujący dokonywane z kontrahentami operacje i służący jednie pomocniczo członkom zarządu do wewnętrznych kalkulacji, "jako jedno z narzędzi ułatwiających negocjacje i ocenę skutków i kosztów czynności marketingowych w relacjach z odbiorcami" [stanowiący – jak podaje Skarżąca – "prywatne notatki A.K. i Z. P. "], ale że te zapisy obrazowały rzeczywiste operacje, w tej części, w której Skarżąca dokonywała obrotu ze sprawdzonymi kontrahentami nie ewidencjonując transakcji w rzeczywistych wartościach [w konsekwencji: zawyżając koszty uzyskania przychodów]. Wniosek ten potwierdza treść oświadczeń członków zarządu Skarżącej A.K. i Z. P. zamieszczona w złożonych "czynnych żalach" przez każdego z nich, w części zawierającej wyjaśnienie istotnych okoliczności dotyczących czynu zabronionego [tom VIII, k. 1514-1519 akt adm.]. A. K. oraz Z. P. podawali, że po dokonaniu dostawy i zapłaceniu dostawcy wynagrodzenia wynikającego z wystawionej faktury zdarzało się, że dostawcy jaj [rolnicy ryczałtowi jak i czynni podatnicy VAT] zwracali część kwoty zapłaconej uprzednio na podstawie wystawionej przez Spółkę faktury w związku ze stwierdzeniem wad lub niewłaściwym posortowaniem; w okresie od początku 2007 r. do czerwca 2013 r. zwroty te nie były potwierdzane korektami faktur do wcześniej wystawionych faktur a zwracane od rolników w gotówce pieniądze nie były ani ewidencjonowane w księgach Spółki, ani nie były odnoszone na wynik podatkowy Spółki, a ponadto środki zwracane przez rolników w gotówce do Spółki były wypłacane pracownikom Spółki jako nieoficjalne wynagrodzenia, nie ujmowane w oficjalnej ewidencji. Nie stanowi przy tym potwierdzenia stanowiska Skarżącej, że wyłącznie program Symfonia dokumentował pełne i prawidłowe operacje, zaś program Subiekt a także zeszyty były bez znaczenia wskazywana przez Skarżącą w postępowaniu okoliczność, że kontrahenci [dostawcy] Skarżącej, tj. rolnicy ryczałtowi A.S., J.T., M. J., S. H., których te zapisy dotyczyły a także główna księgowa Skarżącej D.S. nie mieli świadomości, że takie zeszyty są prowadzone i opatrzone nazwiskami niektórych dostawców [argumentacja z pisma z 28 czerwca 2016 r. – akta post. pod., tom IX, k. 1686]. Podkreślenia bowiem wymaga, że osoby mające pełnię wiedzy i mocy decyzyjnej w osobach członków zarządu Skarżącej nie zaprzeczali, że taka dodatkowa ewidencja w programie Subiekt oraz w zeszytach była prowadzona, przypisywali jej jednak odmienne znaczenie [tj. pomocnicze, mające nie wpływać na wartość informacyjną zapisów dokonywanych w programie Symfonia]. Pan A.K. [przesłuchanie w charakterze strony z [...] stycznia 2014 r. – akta post. pod., tom VIII, k. 1441-1444] podał, że spółka posiadała nieformalne listy płac, one zostały zabezpieczone przez CBŚ, a także że nie ujmowane w księgach środki, przeznaczone na wypłatę wynagrodzeń dla współpracowników stanowiły środki zwracane od rolników w gotówce do spółki, przy czym kwoty zwrócone przez rolników ryczałtowych w gotówce z wypłaconymi, niezaewidencjonowanymi wypłatami na rzecz współpracowników bilansowały się. Ponadto, o tym, że zapisom w zeszytach przypisywano istotne znaczenie i określoną doniosłość w działalności Skarżącej świadczy, że pracownicy Skarżącej potwierdzili dokonywanie takich zapisów pod dyktando członków zarządu zaś członkowie zarządu podawali, że taki stan miał miejsce. I tak, pani M.K. zatrudniona w momencie przesłuchania u Skarżącej jako kasjer – referent potwierdziła prowadzenie zapisów w programie księgowym Subiekt oraz zeszytach przypisując im jednak znaczenie pomocnicze – podała, że jedynym rzetelnym programem księgowym jest Symfonia, a zeszyty nie miały znaczenia księgowego stanowiąc narzędzie pomocne głównie prezesom, służące nie na potrzeby spółki lecz "tylko na potrzeby własne prezesów"; potwierdziła też wprowadzanie, na polecenie prezesów Skarżącej na ich dyktando zapisów do zeszytów oraz programu Subiekt, podając, że nie ma wiedzy, czy te zapisy obrazują rzeczywiste transakcje, dokonywała ich na polecenie [zeznania A. K. , tom VII, k. 1357-1368]. Byłe pracownice Skarżącej A.W. oraz R. Z. także potwierdziły wprowadzanie zapisów do programu Subiekt oraz zeszytów na polecenie prezesów Skarżącej [zeznania A.W. – tom VII, k. 1383-1389, R. Z.– k. 13761382], podobnie jak dyrektor zakładu Skarżącej A. C.przyznała dokonywanie sporadycznie takich zapisów [zeznania A.C., tom VIII k. 1423-1432]. Wprawdzie główna księgowa Skarżącej D. S. zaprzeczyła [akta post, tom VIII, k. 1434-1439], by widziała zeszyty oraz wiedziała o funkcjonowaniu w Spółce programu Subiekt, jednak organy trafnie nie dały wiary tym zeznaniom – niewątpliwie zeszyty i ów program w Spółce były wykorzystywane, skoro zostały one zabezpieczone przez właściwy organ a pracownicy potwierdzali dokonywanie w nich zapisów, stąd trudno zgodzić się, że zatrudniona od 2003 r. u Skarżącej a w latach 2008-2012 r. na stanowisku głównej księgowej pani D. S. nie miała wiedzy o funkcjonującej u Skarżącej praktyce. Pan A. K. [przesłuchanie w charakterze strony z [...] kwietnia 2015 r. – akta post. pod. tom VIII, k. 1447v] podał – w zakresie zapisów w zeszytach oznaczonych danymi kontrahentów "L.D.", "J.", "H. S.", "S. A.", "T. J.", "S. L.", że dyktował pracownikom zapisy w zeszycie a także, że niektóre zapisy były robione na podstawie dowodów WZ lub PZ dostarczanych przez pracowników obecnych przy dostawie a on sam dyktował ceny. Podobnie, prezes zarządu Skarżącej, Z.P. potwierdził, że w spółce miała miejsca praktyka zwrotów pieniędzy przez dostawców na rzecz Spółki [zeznania Z.P., tom VIII, k. 1452-1461]. Wniosek organów, zgodnie z którym program Subiekt obrazuje transakcje nie ujmowane w programie finansowo – księgowym Symfonia znajduje potwierdzenie w zgromadzonym materiale. Organy ustaliły przy tym, że analiza zapisów w programie Subiekt wskazuje, że w przypadku wartości transakcji zakupu jaj powtarzano w nim zapisy z zeszytu, a wartość zakupionych jaj wynikająca z programu Subiekt jest zgodna z wartością jaj wykazaną w zeszytach. Wartości te są przy tym skorelowane z treścią dokumentów magazynowych PZ [przyjęcie materiału z zewnątrz] – co do dokumentów PZ dokumentujących przekazanie jaj od kontrahentów: A.S., M.J., T. J. i U. , D.L. na dokumentach PZ pracownicy Skarżącej zamieszczali, w prawym dolnym rogu, numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy Subiekt. Przy tym, jeśli chodzi o znaczenie programu Subiekt dla dokonania ustaleń w sprawie, zapisy w nim zamieszczane przez Skarżącą zostały uznane przez organy za oddające rzeczywiste transakcje z wybranymi kontrahentami [A.S., M.J., T.J. i U., D.L.] również z uwzględnieniem zawartości zapisów w zeszytach i zgodności ich treści z dowodami magazynowymi PZ. Nie przeczy tej ocenie argumentacja [str. 22 skargi], zmierzająca do wykazania, że gdyby traktować zapisy w programie Subiekt jako pełne i zupełne [wiarygodne], prowadzące do uznania że brak zapisów w tym programie oznacza brak nabycia towarów, to trzeba byłoby konsekwentnie uznać, że brak takich zapisów w programie Subiekt o sprzedaży na rzecz C., N., T., S.także oznacza, że nie dokonano sprzedaży na rzecz tych podmiotów. Zdaniem Skarżącej, "dane zawarte w programie Subiekt oraz zeszytach A5 nie mogą być uznane za źródło informacji o podstawach rozliczeń podatkowych Spółki, mające podstawowe i bezkrytyczne znaczenie dla prawidłowego ustalenia podstawy opodatkowania, jak to uczyniły organy w zaskarżonych decyzjach." Dostrzeżenia jednak wymaga, że Skarżąca dokonywała zakupów jaj, ewidencjonowanych w dodatkowej ewidencji [program Subiekt oraz zapisy w dedykowanych poszczególnym kontrahentom zeszytach] w odniesieniu do wybranych, sprawdzonych kontrahentów, to jest tych z którymi wiązało ją tego rodzaju porozumienie, że po dokonanej na rzecz Skarżącej sprzedaży i udokumentowaniu jej fakturą VAT RR, sprzedawca z powrotem zwracał Skarżącej część otrzymanej kwoty [finalnie te kwoty stanowiły źródło finansowania równie nieformalnych, nieewidencjonowanych wypłat na rzecz współpracowników Skarżącej]. Tego rodzaju proceder potwierdził każdy z członków zarządu Skarżącej: panowie A.K. oraz Z.P. w złożonych "czynnych żalach" oświadczyli jednobrzmiąco, że po dokonaniu dostawy i zapłaceniu dostawcy wynagrodzenia wynikającego z faktury zdarzało się, że dostawcy jaj [rolnicy ryczałtowi jak i czynni podatnicy VAT] zwracali część kwoty zapłaconej uprzednio na podstawie wystawionej przez Spółkę faktury w związku ze stwierdzeniem wad lub niewłaściwym posortowaniem, przy czym w okresie od początku 2007 r. do czerwca 2013 r. zwroty te nie były potwierdzane korektami faktur a zwracane od rolników w gotówce pieniądze nie były ani ewidencjonowane w księgach Spółki, ani nie były odnoszone na wynik podatkowy Spółki, a środki zwracane przez rolników w gotówce były wypłacane pracownikom Spółki jako nieoficjalne wynagrodzenia, nie ujmowane w oficjalnej ewidencji. Proceder zwracania na rzecz Skarżącej przez sprzedawców jaj kwot wynikających z faktur dotyczył zatem wybranych kontrahentów i w takim zakresie dokumentowany był w programie Subiekt oraz zeszytach, nie dotyczył więc ogółu kontrahentów. Na uwagę zasługuje przy tym zakres dokonanej przez organy korekty kosztów uzyskania przychodów Skarżącej w 2010 r. [korekta ta – w części in minus, a więc bez dokonanego podwyższenia tych kosztów o wypłacone wynagrodzenia na rzecz pracowników – polegała na zmniejszeniu kosztów uzyskania przychodów o relatywnie niewielką część, wynikającą z przyjętych jako prawidłowe zapisów w programie Subiekt. W rezultacie z ujętej przez Skarżącą w zeznaniu CIT-8 łącznej kwoty kosztów uzyskania przychodów 74 645 296,99 zł, organy wyłączyły te koszty, które na podstawie faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj zostały przyjęte w wysokości wyższej od faktycznie poniesionych z tego tytułu wydatków tj. 5 088 629,00 zł. Gdyby przyjąć stanowisko Skarżącej, że program Subiekt nie miał żadnej wartości informacyjnej i znaczenia w działalności Skarżącej a służył jedynie członkom zarządu pomocą do wewnętrznych kalkulacji jako jedno z narzędzi ułatwiających negocjacje i ocenę skutków i kosztów czynności marketingowych w relacjach z odbiorcami [stanowił "prywatne zapiski"] to nie byłby prowadzony systemowo, przez kilka lat, łącznie z uporządkowanymi zapisami w zeszytach za lata 2008-2013 i w korelacji z dowodami magazynowymi PZ. Przeczy takiemu znaczeniu programu Subiekt – po pierwsze – staranność dokonywanych zapisów i powiązanie ich z dokumentami magazynowymi, po drugie zaś – treść "czynnych żalów’" złożonych przez członków zarządu Skarżącej panów Z.P. i A.K., którzy potwierdzili praktykę dokonywania zakupu jaj oraz zwrotów przez sprzedawców części kwot, z których to kwot Skarżąca finansowała dodatkowe, nieujmowane w ewidencji wynagrodzenia dla pracowników i współpracowników. W istotnym zakresie ustalenia prowadzące do wniosku o znaczeniu programu Subiekt jako źródle informacji o rzeczywistych wartościach dostaw na rzecz Skarżącej zostały dokonane na podstawie zeznań członków zarządu Skarżącej: Z.P. i A.K. a także złożonych w dniu [...] sierpnia 2013 r. przez Z.P. i A.K. identycznie brzmiących "czynnych żalów" [tom VIII, k. 1514-1519 akt adm.], w których każdy z członków zarządu potwierdził, że Skarżąca dopuszczała się nieprawidłowości w dokumentowaniu transakcji nabywania jaj. Każdy z członków zarządu – pan Z.P. oraz A.K. podał, że nabycie jaj było każdorazowo dokumentowane wystawioną przez dostawcę fakturą VAT lub przez spółkę fakturą VAT RR, w przypadku dostaw realizowanych przez rolników ryczałtowych, opiewającą na kwotę skalkulowaną według deklaracji dostawcy jaj co do ich klasy, rozmiaru, masy; następnie Spółka dokonywała sortowania jaj, które uprzednio zostały nieprawidłowo posortowane lub w ogóle nieposortowane przez dostawców, weryfikacji parametrów jaj a także w celu ustalenia liczby dostarczonych jaj stłuczonych lub nienadających się do handlu z innych przyczyn. Panowie Z.P. oraz A.K. następnie podali, że po dokonaniu dostawy i zapłaceniu dostawcy wynagrodzenia wynikającego z wystawionej faktury, zdarzało się, że dostawcy jaj, będący zarówno rolnikami ryczałtowymi jak i podatnikami VAT czynnymi zwracali Spółce część zapłaconych przez nią ceny w związku z wadami jaj, ich niewłaściwym posortowaniem, przy czym w tych okolicznościach w okresie od początku 2007 do czerwca 2013 r. nie były korygowane faktury VAT RR a Spółka w rozliczeniach podatku VAT uwzględniała kwotę podatku naliczonego wynikającego z otrzymanych faktur oraz wystawionych faktur VAT RR a otrzymywane w gotówce pieniądze nie były ani ewidencjonowane w księgach Spółki, ani odnoszone na wynik podatkowy Spółki. Panowie Z.P. raz A.K. w ramach wyjaśnienia istotnych okoliczności dotyczących czynu zabronionego przyznali się też, że w okresie od maja 2008 r. do czerwca 2013 r. Spółka wypłacała swoim pracownikom i zleceniobiorcom wynagrodzenie za wykonaną pracę w dwóch częściach – od części wynagrodzenia płaconego pracownikom w gotówce lub przelewami Spółka pobierała i odprowadzała zaliczki na PIT oraz składki ZUS, w tym część składek, którą Spółka obowiązana była finansować z własnych środków, co uwzględniała w odpowiednich deklaracjach oraz część wynagrodzenia, którą współpracownicy otrzymywali w kwocie brutto bez potrącania zaliczek na podatek oraz składek ZUS. Członkowie zarządu Z.P. oraz A.K. podali, że Spółka jako płatnik skorygowała za okres 2008 – 2012 deklaracje PIT-4R, skorygowała lub złożyła informacje PIT-11 i uiściła za okres od maja 2008 r. do czerwca 2013 r. zaległe zaliczki PIT w wysokości 920 642 zł oraz zaległe składki ZUS w wysokości 3 312 970,13 zł wraz z odsetkami za zwłokę; co do pracowników zatrudnionych na próbę może się okazać, że Spółka nie będzie w stanie w ogóle przygotować deklaracji ZUS w tym zakresie. Skarżąca wprawdzie, następczo stara się przekonać, że wymienieni członkowie zarządu, nie będąc prawnikami złożyli te oświadczenia nie w pełni świadomi co do ich skutków [tak też przesłuchanie w charakterze strony Z.P.– akta post. pod., tom VIII, k. 1455v], jednak dostrzeżenia wymaga, że pan Z.P. i A.K. pełnią funkcje członków zarządu od bardzo dawna [pan P. podał, że od ok. 20-30 lat, od założenia spółki, podobnie pan K. oświadczył, że funkcję wiceprezesa pełni od początku założenia spółki], posiadają więc odpowiednie rozeznanie w rozmaitych, wiążących się z działalnością gospodarczą procedurach a oświadczenia składane na użytek postępowania karnego, w celu zmniejszenia odpowiedzialności nie są składane bezrefleksyjnie i bez namysłu, lecz zawierają zestaw doniosłych oświadczeń, opracowanych wcześniej. Przypomnienia wymaga, że zarząd obowiązany jest do samodzielnego monitorowania sytuacji zarządzanej spółki, do czego obliguje przepis art. 5 ust. 2 oraz 52 ustawy z 29 września 1994 r. o rachunkowości [tekst jedn.: Dz. U. z 2016 r. 1047]. Członka zarządu obowiązuje przy wykonywaniu jego funkcji, zgodnie z art. 355 § 2 Kodeksu cywilnego oraz z art. 293 § 2 Kodeksu spółek handlowych zachowanie należytej staranności wynikającej z zawodowego charakteru jego działalności – zgodnie z art. 201 § 1 Kodeksu spółek handlowych zarząd prowadzi sprawy spółki i reprezentuje spółkę a gdy zarząd jest wieloosobowy, każdy członek zarządu ma prawo i obowiązek prowadzenia spraw spółki. Zarząd spółki może rozmaicie kreować swoje wewnętrzne relacje, jednak organem spółki jest zarząd jako całość, a nie jego poszczególni członkowie, z czego wynika obowiązek posiadania przez każdego członka zarządu elementarnej wiedzy o najważniejszych sprawach spółki a wszyscy członkowie zarządu jako zobowiązani do prowadzenia spraw spółki, mają obowiązek kontrolowania jej finansów. Złożenie czynnego żalu, w celu zmniejszenia odpowiedzialności ponoszonej na gruncie prawa karnego stanowi czynność podejmowaną świadomie, której skutek składający takie oświadczenie poddaje odpowiedniej refleksji. Powyższe nakazuje traktować wyrażone w ramach złożonych "czynnych żalów" oświadczenia członków zarządu z pełną powagą, jako obrazujące sposób funkcjonowania Skarżącej oraz dokonywane w niej operacje. Ponadto Skarżąca zarzuca nieuzasadnione – jej zdaniem – danie wiary zeznaniom świadka M.R. , mimo, że została ona skazana wyrokiem za oszustwa na szkodę Skarżącej [złożone przez Skarżącą wyroki – akta post. pod., tom II, k. 301-312]. W ocenie Sądu, okoliczność, że pani M.R. została skazana za dokonane w ramach z góry powziętego zamiaru przyjęcie korzyści majątkowej w kwocie 260 496 zł za nadużycie uprawnień pracowniczych w G. sp. z o.o. nie wpływa negatywnie na ocenę jej zeznań – skazanie nastąpiło bowiem na podstawie ustaleń przeprowadzonych w toku postępowania karnego a ewentualna skłonność do współpracy z organem ścigania umotywowana chęcią uzyskania niższej kary nie jest równoznaczna ze skłonnością do podawania nieprawdy co do działalności Skarżącej, skoro od tego zależeć miałby wymiar kary. W takim wypadku sytuacja procesowa tego świadka skłaniała raczej do rzetelnej współpracy aniżeli podawania nieprawdy. Dostrzeżenia przy tym wymaga, że podstawą oceny dokonanej przez organy nie były jedynie te zeznania, ale także pozostałe dowody: zawartość programu komputerowego Subiekt, zeszytów a także dokumenty PZ oraz zeznania świadków. Całokształt tego materiału prowadził do ustalenia, że Skarżąca w swojej działalności prowadziła podwójne zapisy – w oficjalnym programie Symfonia a także w dopełniającym te zapisy programie Subiekt oraz w zeszytach. Zeznania pani M.R. w zestawieniu z pozostałymi dowodami, tj. treścią zeszytów, dokumentów PZ potwierdzają to ustalenie. Nie jest zatem tak, jak stara się wykazać Skarżąca, że organy dały wiarę jedynie zeznaniom tego świadka – wbrew bowiem tej tezie, podstawą dokonanej oceny był całokształt przeprowadzonych dowodów. Ponadto, pani M.R., jako były pracownik Skarżącej, niezainteresowany i nieuzależniony od dalszej współpracy ze Skarżącą nie ma więzi, która skłaniałaby do powściągliwości w zakresie składanych oświadczeń, które mogłyby zaszkodzić pracodawcy. Świadek ten [pani M.R. była zatrudniona od 15 marca 2004 r. do 24 listopada 2011 r. na stanowisku specjalisty ds. jakości, kasjera, pracownika biurowego] podawał, że nie wszystkie faktury załączone do raportów kasowych były kosztami związanymi z działalnością firmy; były faktury przynoszone przez osoby nie związane z firmą a faktury te zwiększały koszty tylko "na papierze". Pani M.R. potwierdziła też przekazywanie pracownikom wynagrodzeń poza wynagrodzeniem wynikającym z umów a także istnienie tzw. "nieoficjalnej listy płac", a także, że środki na te wypłaty pochodziły w większości z wystawionych dodatkowych fikcyjnych faktur VAT. Podała też, że pod koniec danego miesiąca dzwoniono od Skarżącej do dostawców jaj z pytaniami, na ile skrzynek można wystawić fakturę VAT RR, aby się wszystko w dokumentacji danego dostawcy zgadzało a faktury widniejące za sprzedaż jaj były w o wiele wyższych wartościach, niż były sprzedawane oraz – po okazaniu zeszytów formatu A5 opisanych "D.L.", "S. H. " – że przedstawiają one rzeczywiście dostarczony towar, w rzeczywistych cenach zakupu, nie takich jakie są uwidocznione w fakturach znajdujących się w księgowości; odzwierciedlają rozliczenia z danym dostawcą, zawierają saldo które było odpowiednio zwiększane lub zmniejszane po transakcji, przy czym dane które są w zeszytach wprowadzano do systemu Subiekt. Pani M.R. wyjaśniła też, że na podstawie dokumentu PZ otrzymanego od magazyniera były wprowadzane dane do zeszytów oraz równolegle do programu Symfonia, przy czym nr pod którym dany wpis był wprowadzany do programu Subiekt wpisywano kolorem zielonym, temu zaś, który wpisywany był do programu Symfonia – nadawano kolor czerwony [zeznania M.R. , tom VII, k. 1343-1356]. Przeprowadzone w sprawie dowody – w ocenie Sądu – potwierdzają wniosek, że Skarżąca prowadziła podwójny system księgowania i że w zakresie wybranych dostawców to program Subiekt oraz zgodne z jego zawartością zapisy w zeszytach dotyczące innych lat odzwierciedlają rzeczywiste wartości nabyć jaj od rolników ryczałtowych, nie zaś wystawiane faktury VAT RR. Organ nie naruszył też przepisów postępowania poprzez odmowę przeprowadzenia dowodów ze świadków w osobach D. S., A. C., P.C. na okoliczności związane z obsługą logistycznego przyjmowania jaj do skupu, charakteru tego procesu logistycznego i wynikających z tego konsekwencji dla funkcjonowania przedsiębiorstwa, a w konsekwencji prawidłowości rozliczeń podatkowych dokonywanych na podstawie faktur VAT oraz faktur VAT RR ujętych w ewidencji księgowej, a także ekspertów, którzy sporządzili zleconą przez Skarżącą opinię tj. P. M., P. P. oraz K.B. na okoliczność treści opinii i intencji autorów wyrażających zawarte w niej poglądy, otoczenia rynkowego prowadzonej przez Spółkę działalności, charakterystykę działalności kontrolowanej, prawidłowości prowadzonej przez Spółkę ewidencji księgowej [postanowienie Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. z [...] lipca 2016 r., tom IX, k. 1706]. Dostrzeżenia wymaga, że część postulowanych przez Skarżącą świadków została w toku postępowania przesłuchana [A. C., D. S. ], natomiast żądanie przesłuchania trzech osób, które sporządziły złożoną w toku postępowania opinię prywatną w zakresie oceny dokumentacji przebiegu działalności gospodarczej zebranej w ramach postępowania kontrolnego oraz wykorzystanej przy obliczaniu ewentualnego domiaru podatkowego [tom V, k. 846-880], tj. P.M., P. P. oraz K. B. na okoliczność treści opinii i intencji autorów wyrażających zawarte w niej poglądy, otoczenia rynkowego prowadzonej przez Spółkę działalności, charakterystykę działalności kontrolowanej, prawidłowości prowadzonej przez Spółkę ewidencji księgowej słusznie zostało uznane przez organ kontroli skarbowej [akta post., tom IX, k. 1572-1573] za niezasadne z uwagi na to, że to we właściwości organu jest dokonanie oceny prawidłowości ewidencji księgowej podatnika. To rzeczą organu jest bowiem zebranie materiału dowodowego a następnie jego ocena. Dowód z przesłuchania osób sporządzających opinię prywatną, stanowiącą w istocie opracowanie księgowe wybranych aspektów działania Skarżącej oraz ocenę ustaleń dokonanych w postępowaniu kontrolnym [na str. 8 tej opinii – akta post. pod., tom V, k. 846-880, wyeksponowano cel opracowania tej opinii: "Ze względu na rozbieżność stanowisk Kontrolowanej oraz Organu co do miejsca ewidencjonowania i dokumentowania rzeczywistych zdarzeń gospodarczych Kontrolowana za pośrednictwem pełnomocnika zwróciła się do Zespołu Biegłych o przeprowadzenie niezależnej oceny jakości dokumentacji dotyczącej przebiegu działalności gospodarczej, zebranej w ramach postępowania kontrolnego oraz wykorzystanej przy obliczeniu ewentualnego domiaru podatkowego"] a także własne, dokonane przez Autorów tej opinii rozliczenie sprzedaży z kontrahentami Skarżącej wraz z symulacją skutków tych ustaleń w zakresie podatku VAT w istocie wkracza w rolę organów, których zadaniem jest przeprowadzenie kontroli i wyciągnięcie z niej wniosków. Niezasadne są tym samym także zarzuty naruszenia art. 188 w związku z art. 180 § 1, art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. poprzez niepodjęcie wszelkich niezbędnych działań, mających na celu zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego oraz bezzasadne nieuwzględnienie wniosków dowodowych Skarżącej, w tym w szczególności wniosku o oszacowanie podstawy opodatkowania. Jak wskazuje lektura akt postępowania, trwało ono od kwietnia 2014 r. do wydania decyzji organu drugiej instancji [[...] luty 2017 r.], a zatem przez prawie trzy lata a Skarżąca uczestniczyła w nim czynnie. Składane przez Skarżącą dokumenty były przyjmowane i stanowiły przedmiot refleksji. To, że dokonana przez organy ocena nie jest satysfakcjonująca dla Skarżącej, nie czyni postępowania wadliwym. W konsekwencji, Sąd nie podzielił zarzutu naruszenia art. 122 w związku z art. 191 O.p. poprzez nieprawidłowe, pobieżne, wyrywkowe ustalenie stanu faktycznego, niewyjaśnienie i nieuwzględnienie wielu istotnych dla sprawy okoliczności faktycznych, nieprzeprowadzenie istotnych dla sprawy dowodów, głównie w zakresie szacunkowego ustalenia podstawy opodatkowania w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych. Wbrew stanowisku Skarżącej [zarzut naruszenia art. 121 § 1 O.p. poprzez niewyjaśnienie w sposób należyty wszystkich okoliczności faktycznych oraz nieprowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, w tym pomijanie okoliczności korzystnych dla Skarżącej], organy poddawały refleksji podejmowane przez Skarżącą czynności i wnioski, uwzględniały też okoliczności korzystne dla Skarżącej, co znalazło wyraz w protokole z badania ksiąg z [...] czerwca 2016 r. nr [...] [tom IX, k. 1622-1666] jak i w tej części rozstrzygnięć zawartych w decyzjach organów obu instancji, które uwzględniają w kosztach uzyskania przychodów wydatki nieujęte przez Skarżącą, to jest dotyczące wypłaconych, niezaewidencjonowanych wynagrodzeń dla pracowników i współpracowników Skarżącej w wysokości 1 312 367,00 zł w szczególności. Reasumując, postępowanie przeprowadzono w sposób prawidłowy, zapewniając Skarżącej czynnym w nim udział i z poszanowaniem standardów konstytucyjnych. Nie został zatem naruszony – mimo takiego zarzutu skargi – także art. 2 w zw. z art. 42 ust. 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej w zw. z art. 16 i art. 48 ust. 1 i 2 Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej. W konsekwencji, zebrany w spawie materiał dostarczył podstaw do uznania, że Skarżąca w 2010 r. dokonała sprzedaży jajek na rzecz firmy K. i A.S. o wartości 133 487,40 zł [netto 129 599,42 zł], której nie wykazała w prowadzonych księgach rachunkowych – wartość tej sprzedaży ustalono poprzez porównanie wystawionych przez Spółkę dokumentów WZ potwierdzających wydanie towaru, z wystawionymi fakturami za sprzedaż jaj na rzecz odbiorcy, stwierdzając, że mimo wydania towaru i otrzymania zapłaty za towar Skarżąca nie ujęła wartości sprzedaży w prowadzonych księgach rachunkowych. Trafną jest też ocena, że Skarżąca dokonywała na rzecz D.L. sprzedaży rozpuszczalnika do drukarki, siatki, folii strecz o wartości netto 1 195,01 zł, co wynika z dokumentów WZ potwierdzających wydanie w/w towarów oraz z adnotacji znajdujących się w zeszytach oznaczonych "D.L.", z których wynika, że należność D.L.za sprzedane Spółce jaja została pomniejszona o wartość wydanych przez Spółkę towarów ["L.dała" – gdy mamy do czynienia ze sprzedażą na rzecz Skarżącej; "L. wzięła" – gdy Skarżąca przekazywała pani D. L. rozpuszczalnik do drukarki, siatkę, czy folię strecz]. Zasadne są też te ustalenia, które skutkowały zwiększeniem kosztów uzyskania Skarżącej, dokonane wobec uznania, że oficjalny program finansowo – księgowy Symfonia nie oddawał rzeczywistych zapisów a miarodajne dla ustalenia wysokości faktycznej ilości i ceny zakupionych przez Skarżącą jaj są nie wystawiane na rzecz rolników ryczałtowych faktury VAT RR, ale odręczne zapisy w zeszytach, powielone w programie finansowo – księgowym Subiekt odpowiadające treści dowodów magazynowych PZ. Przy ustaleniu funkcjonowania u Skarżącej "podwójnej księgowości" organy prawidłowo bowiem przyznały prymat zapisom w tym drugim, "nieoficjalnym" systemie zapisywania operacji u Skarżącej, skoro to one odpowiadały treści dowodów magazynowych obrazujących rzeczywiście przyjęte przez Skarżącą towary, towarzyszyły im gotówkowe przepływy środków opisywane "gotówka zwrot do kasy", a praktykę zwrotów środków na rzecz Skarżącej przez rolników ryczałtowych – sprzedawców jaj potwierdziły osoby mające największą wiedzę o sprawach spółki, jej funkcjonowaniu i finansach, tj. członkowie zarządu Skarżącej. 6. W zakresie zarzutu naruszenia art. 193 § 4 O.p. poprzez stwierdzenie nierzetelności ksiąg Spółki w oparciu o protokół z badania ksiąg, w którym nie zawarto elementów badania ksiąg rachunkowych, Sąd nie stwierdził jego zasadności. Skarżąca uważa w powyższym zakresie, że każdorazowo protokół z badania ksiąg musi być poprzedzony protokołem z kontroli, sporządzonym na podstawie art. 290 O.p., przy czym – zdaniem Skarżącej – z art. 290 § 5 O.p. wynika, że nie sporządza się odrębnego protokołu z badania ksiąg, jeśli ustalenia z badania ksiąg zawarte zostały w protokole z kontroli. Skarżąca podkreśliła, że w postępowaniu sporządzono jedynie protokół z badania ksiąg z [...] czerwca 2016 r. w trybie art. 193 § 6 O.p. Protokół z kontroli podatkowej stanowi dokument wytwarzany w toku kontroli służy zreferowaniu i usystematyzowaniu ustaleń postępowania i ujęciu ich w zbiorczy sposób, tak by strona mogła do niego wyrazić zastrzeżenia, wyjaśnienia i wnioski dowodowe. W rozpoznawanej sprawie sporządzony na podstawie art. 193 § 6 Op. protokół z badania ksiąg z [...] czerwca 2016 r. nr [...] [tom IX, k. 1622-1666] zawiera nie tylko omówienie treści przeprowadzonych dowodów, w tym zeznań świadków oraz ich ocenę, obejmuje też ocenę rzetelności zapisów w zeszytach i programie Subiekt. Lektura protokołu wskazuje [przykładowo jego str. 53, 69, 70, 72], że zawarto w nim wyjaśnienie w jakim zakresie i z jakich powodów nie uznano prowadzonych ksiąg za dowód. W protokole tym organ kontroli skarbowej szczegółowo wyjaśnił, w jakim zakresie i dlaczego nie uznaje prowadzonych ksiąg za dowód. Powodem tym był przede wszystkim fakt, że dokumenty na podstawie których ustalono koszty zakupu towarów [jaj] nie odzwierciedlały faktycznie poniesionych na ten cel wydatków, a także w: księgach prowadzonych przez Spółkę uwzględnione zostały wyłącznie przychody, które zostały potwierdzone wystawionymi fakturami, a Spółka realizowała również dostawy, na które faktur nie wystawiała. Z tego względu zarzut, że nierzetelność ksiąg Skarżącej stwierdzono na podstawie protokołu, w którym nie zawarto elementów badania ksiąg rachunkowych nie zasługuje na uwzględnienie. W protokole tym zamieszczono też pouczenie o możliwości złożenia wobec treści tego protokołu zastrzeżeń, przedstawienia dowodów. 7. W zakresie zarzutów nakierowanych na wykazanie naruszenia art. 23 § 1 pkt 2 O.p. przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania, mimo stwierdzenia nierzetelności ksiąg, istnienia powiązań gospodarczych i osobowych, nieposiadania wszystkich danych do określenia podstawy opodatkowania, Sąd zauważa, że w sprawie organy zakwestionowały rzetelność ksiąg, przy czym w protokole z badania ksiąg stwierdzono, że Skarżąca prowadziła księgi podatkowe w sposób nierzetelny, na podstawie art. 193 § 6 O.p., w protokole z badania ksiąg z [...] czerwca 2016 r. [akta post. adm., tom IX, k. 1622-1658] stwierdzono, że nie uznaje się ich za dowód w zakresie: zawyżenia w 2010 r. wysokości kosztu uzyskania przychodu poprzez uwzględnianie kosztów z faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj w wysokości wyższej od faktycznie poniesionych kosztów; zaniżenia w 2010 r. wysokości kosztu uzyskania przychodu poprzez nie uwzględnienie kosztów wypłaconych wynagrodzeń; zaniżenia w 2010 r. wysokości osiągniętego przychodu poprzez nie wykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj; zaniżenia w 2010 r. wysokości osiągniętego przychodu poprzez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży towarów dla D. L.. Na podstawie art. 23 § 2 pkt 2 O.p. odstąpiono jednak od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, gdyż dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalały na określenie podstawy opodatkowania, zaś organ kontroli skarbowej dał temu wyraz na str. 53 protokołu z badania ksiąg [akta post. adm., tom IX, k. 1648]. Należy bowiem zwrócić uwagę, że uregulowana w art. 23 O.p. instytucja oszacowania podstawy opodatkowania wiąże się w sposób ścisły z kwestią dotyczącą warunków, jakie muszą zostać spełnione, aby określone wydatki mogły być uznane za koszty uzyskania przychodów na gruncie u.p.d.o.p. Warunkiem określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania jest wykazanie faktu poniesienia kosztów. Dopiero po wykazaniu tego faktu możliwe jest określenie wysokości podstawy opodatkowania przy użyciu metod oszacowania. W rozpoznawanej sprawie Skarżąca ewidencjonowała faktury nieodzwierciedlające rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, a wynikające z nich kwoty ujmowała w księgach podatkowych po stronie kosztów uzyskania przychodów. Tym samym, nie stosowała się do zasad rzetelnego prowadzenia ksiąg podatkowych, uniemożliwiając określenie dochodu z uwzględnieniem dowodu, jaki stanowiły te księgi – w zakresie nieprawidłowo zaewidencjonowanych wydatków a także przychodów. Zarówno z przepisów Ordynacji podatkowej, jak i przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie da się wywieść twierdzenia, że organ podatkowy jest zobowiązany do oszacowania podstawy opodatkowania w sytuacji, gdy podatnik zaniedbuje swoje obowiązki w zakresie dokumentowania zdarzeń gospodarczych [wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 19 listopada 2010 r. sygn. akt II FSK 1179/09]. W rozpoznawanej sprawie organy podatkowe nie zakwestionowały zarazem całej prowadzonej przez Skarżącą dokumentacji rachunkowej. Organy nie uwzględniły w kosztach uzyskania przychodów wyłącznie nierzetelnych faktur VAT RR dotyczących kilku kontrahentów Skarżącej. Sąd wyraża zapatrywanie, że podstawa opodatkowania jest ustalana – co do zasady – na podstawie dokumentacji prowadzonej przez podatnika i innych dokumentów, które zawierają dane niezbędne do jej ustalenia. W sytuacji, gdy dokumentacji tej brakuje albo też jest ona niekompletna, co uniemożliwia organowi podatkowemu ustalenie tej podstawy, znajduje zastosowanie instytucja oszacowania podstawy opodatkowania. Oszacowanie można zastosować dopiero wtedy, gdy nastąpi uprzednie stwierdzenie nierzetelności ksiąg podatkowych. Nie jest dopuszczalna odwrotna kolejność. Jednakże zgodnie z art. 23 § 2 O.p., organ podatkowy odstąpi od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, jeżeli dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalają na określenie podstawy opodatkowania. Podkreślił to w swoim orzeczeniu Sąd Najwyższy, który stwierdził, że w sytuacji, w której obliczenie dochodu jest możliwe na podstawie posiadanej przez spółkę dokumentacji, to nie ma podstaw do jego szacowania [por. wyrok Sądu Najwyższego z 18 grudnia 2003 r., sygn. akt III RN 136/02, PP 2004/4/49]. Pogląd ten został również zaakceptowany w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego [por: wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 lipca 2007 r., sygn. akt II FSK 974/06; z 4 czerwca 2009 r., sygn. akt II FSK 218/08; z 6 października 2009 r., sygn. akt II FSK 644/08; z 17 sierpnia 2010 r., sygn. akt II FSK 615/09]. Powyższe zasady postępowania wskazują, że obliczenie dochodu było możliwe na podstawie posiadanej przez Skarżącą dokumentacji i brak było podstaw do jego szacowania, skoro pozostałe zapisy dotyczące kosztów uzyskania przychodów były prawidłowe. Za zasadne należy zatem w przedmiotowej sprawie uznać stanowisko organów podatkowych, że nie mógł mieć zastosowania wobec podatnika art. 23 § 1 Ordynacji podatkowej w zakresie określenia w drodze szacunkowej rzeczywistych wydatków poniesionych zamiast udokumentowanych nierzetelnymi fakturami, gdy było możliwe dokonanie na podstawie posiadanej dokumentacji obliczenia podstawy opodatkowania, zgodnie z art. 23 § 2 Ordynacji podatkowej. Jak podkreślił Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 7 czerwca 2011 r., sygn. akt II FSK 462/11: "Nierzetelności nie można więc oszacować w trybie art. 23 § 1 pkt 2 O.p., ale należy ją ocenić w trybie art. 191 tej ustawy". Tak też postąpiły organy podatkowe podając szczegółowe uzasadnienie tej oceny. W konsekwencji Sąd nie podzielił zarzutów naruszenia zarówno art. 23 § 1 pkt 2 O.p. jak i art. 188 w związku z art. 180 § 1, art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. poprzez niepodjęcie wszelkich niezbędnych działań, mających na celu zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego oraz bezzasadne nieuwzględnienie wniosków dowodowych Skarżącej, w tym w szczególności wniosku o oszacowanie podstawy opodatkowania. Nie jest zasadny zarzut naruszenia art. 120 O.p. poprzez niezastosowanie przez organ przepisów prawa materialnego, tj.: art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p., nakazujących oszacowanie dochodu Spółki, jeżeli w wyniku powiązań rodzinnych zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały, a także poprzez niezastosowanie art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p., regulującego zaliczanie do kosztów uzyskania przychodu danego roku podatkowego odpowiadających im kosztów nabycia sprzedanych towarów oraz wynagrodzeń brutto, czyli łącznie ze wszystkimi pochodnymi. Skarżąca stawiając powyższe zarzuty postuluje dokonanie ustalenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania z uwzględnieniem faktu, że między Skarżącą [osobami ją reprezentującymi] a kontrahentami dokonującymi sprzedaży jaj występują powiązania rodzinne, co dotyczy "powinowactwa II stopnia ze Spółką: A.S. jest szwagrem prezesa Spółki Z.P. , M.J. jest szwagrami prezesa Spółki Z. P. " [argumentacja ze str. 23 skargi, pismo Skarżącej z 8 marca 2018 r.]. Fakt takich powiązań, nawet w szerszym aniżeli postulowany w skardze zakresie, potwierdził prezes zarządu Skarżącej Z.P.[przesłuchanie w charakterze strony Z. P. , tom VIII, k. 1452-1461], podając, że pan A.S. jest mężem siostry prezesa zarządu Skarżącej Z. P. , A.J. jest bratem żony pana Z. P. , M.J. – bratem [...] żony, pani N. S. – siostrą pana Z. P., L.S. – synem A.S., pan J. T. jest spokrewniony ze wspólnikiem Skarżącej panem A. K. a zarazem jest przyjacielem pana Z.P. . Powiązania rodzinne mają, zdaniem Skarżącej, bezpośredni wpływ na ustalanie cen zakupu jaj, które różniły się od cen w przypadku dostawców niezależnych a różnice te mają wynikać z faktu konieczności ponoszenia wspólnych wydatków na promocję i sprzedaż jaj przez Spółkę z jej powiązanymi dostawcami w celu poszerzenia rynku zbytu. Art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. przewiduje, że jeżeli w wyniku powiązań, w tym powiązań rodzinnych między podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych a jego kontrahentami zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały – dochody danego podatnika oraz należny podatek określa się bez uwzględnienia warunków wynikających z tych powiązań. W rozpoznawanej sprawie istniały między członkami zarządu Skarżącej a jej niektórymi kontrahentami powiązania rodzinne zaś ustalone warunki współpracy obejmowały zawyżanie wysokości sprzedaży na rzecz Skarżącej, które to wydatki Skarżąca ujmowała w koszty uzyskania przychodów. Organy, stosując między innymi dyspozycję art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p., ustaliły koszty uzyskania przychodów w prawidłowej wysokości, uwzględniając ewidencje stosowane przez Skarżącą, w tym zapisy w programie finansowo – księgowym Subiekt a także dokumentach magazynowych PZ. W konsekwencji, prawidłowe jest stanowisko prezentowane przez organy, że istniejące powiazania rodzinne nie stanowiły czynnika determinującego ukształtowanie w sposób odmienny warunków we wzajemnych relacjach gospodarczych [przyjmowania we wzajemnych relacjach cen niższych lub wyższych, jednostronnie korzystniejszych], bowiem to nie nierynkowe kształtowanie wzajemnych operacji stanowiło przyczynę zawyżenia kosztów uzyskania przychodów, ale zwracanie przez dostawców części zapłaconych im kwot na rzecz Skarżącej. Nie zachodziły zatem podstawy do stosowania dyspozycji art. 11 u.p.d.o.p. 8. Skarżąca wyraża też zapatrywanie [pismo procesowe Skarżącej z 8 marca 2018 r.], zgodnie z którym organ winien był zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów Skarżącej składki na ubezpieczenia społeczne podatnika [ubezpieczonego]. W powyższym zakresie, organ kontroli skarbowej – co zostało podtrzymane w decyzji organu odwoławczego – uznał, że Skarżąca zaniżyła koszty uzyskania przychodów o 1 312 367,00 z tytułu niezaliczonych do tych kosztów wydatków na "nieoficjalne" wynagrodzenia dla pracowników i współpracowników. Powyższego rozstrzygnięcia organ dokonał z zastosowaniem art. 15 ust. 4g u.p.d.o.p., zaliczając wskazane wydatki do kosztów uzyskania przychodów. Podkreślenia bowiem wymaga, że lektura decyzji organu kontroli skarbowej [jej str. 4, akta post., tom IX, k. 1718v] wskazuje, że organ po przeprowadzonej kontroli dokonał zwiększenia kosztów uzyskania przychodów Skarżącej za 2010 r. o kwotę 1 312 367,00 zł [1 076 115 zł "nieoficjalnych" wynagrodzeń wypłaconych w 2010 r. i 236 252 zł z tytułu zaliczek na podatek dochodowy od tych wypłat, wpłaconych 8 października 2013 r.]. Zarówno kwoty wypłat dokonanych w 2010 r. na rzecz pracowników jak i wpłaconych blisko pięć lat później, tj. w 2013 r. odpowiadających im zaliczek na podatek dochodowy nie zostały przez Skarżącą zaliczone do kosztów uzyskania przychodów. Nieujęte w ewidencji a wypłacone wynagrodzenia ["nieoficjalne wynagrodzenia"] zostały poniesione w 2010 r. i pozostają w związku z przychodami Skarżącej, o którym stanowi art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. Organ kontroli skarbowej [str. 4 decyzji tego organu – tom IX, k. 1718v] a za nim organ odwoławczy uznał, że tego rodzaju wypłaty [a także zapłacone w 2013 r. zaliczki na podatek dochodowy] stanowią koszt uzyskania przychodów z mocy art. 15 ust. 4g u.p.d.o.p. Przepis ten stanowi, że należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 i 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych [Dz.U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 z późn. zm.], oraz zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego wypłacane przez zakład pracy stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który są należne, pod warunkiem że zostały wypłacone lub postawione do dyspozycji w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony. W przypadku uchybienia temu terminowi do należności tych stosuje się art. 16 ust. 1 pkt 57. Organ kontroli skarbowej a za nim organ odwoławczy na podstawie tego przepisu uznał, że elementem wynagrodzenia, o którym stanowi powołany przepis są zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych, które pracodawca potrąca i odprowadza na rachunek właściwego urzędu, a skoro Skarżąca wypłaciła wynagrodzenia, których nie ujęła w księgach rachunkowych a zaliczki na podatek zostały pobrane i wpłacone wraz z korektą deklaracji PIT-4R w dniu 8 października 2013 r. [argumentacja ze str. 4 decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O., tom IX, k. 1718v]. Jeśli chodzi o składki na ubezpieczenia społeczne – koszty wynagrodzeń ubezpieczonego [pracownika], w tym składek na fundusz emerytalny, rentowy i chorobowy, naliczonych przez organ Zakładu Ubezpieczeń Społecznych w 2016 r., to w tym wypadku dostrzeżenia wymaga, że nie zostały one doliczone przez organy do kosztów uzyskania przychodów. Skarżąca domagając się zaliczenia wydatków z tego tytułu do kosztów uzyskania przychodów, pomija, że nie zostały one poniesione w związku z dokonywanymi w 2010 r. wypłatami na rzecz pracowników i współpracowników, lecz dopiero w 2016 r. Zdaniem Skarżącej, skoro organ uznał za koszt uzyskania przychodów roku 2010 zaliczki na podatek dochodowy zapłacone później, to tak samo powinien postąpić z zapłaconymi w 2016 r. składkami na ubezpieczenia społeczne [jak podaje Skarżąca na str. 15 skargi: "Postępowanie organu kontroli skarbowej jest niezrozumiałe i niekonsekwentne w świetle zwiększenia w decyzji kosztów uzyskania przychodów o kwotę netto wynagrodzeń wraz z podatkiem dochodowym od osób fizycznych"]. Zgodnie z art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p., kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów ze źródła przychodów lub w celu zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1 tej ustawy. Zasadą jest, że koszty są potrącalne w tym roku, którego dotyczą. Przepis art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. stawia zatem jako warunek uznania danego wydatku za koszt uzyskania przychodów najpierw jego poniesienie, a następnie pozostawanie tego wydatku w takim związku z osiąganymi przychodami, że wydatek ten służy ich powstaniu, powiększeniu albo zabezpieczeniu ich źródła. Natomiast przepis art. 15 ust. 4g u.p.d.o.p. wprost pozwala na zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 i 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych [Dz.U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 z późn. zm.], oraz zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego wypłacanych przez zakład pracy w miesiącu, za który są należne, jednak pod warunkiem że zostały wypłacone lub postawione do dyspozycji w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony. Przepis przewiduje, że w przypadku uchybienia temu terminowi do należności tych stosuje się art. 16 ust. 1 pkt 57. Z art. 15 ust. 4h u.p.d.o.p. wynika zaś, że składki z tytułu należności ze stosunku pracy określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w części finansowanej przez płatnika składek, składki na Fundusz Pracy oraz Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który należności te są należne, pod warunkiem że składki zostaną opłacone: 1) z tytułu należności wypłacanych lub postawionych do dyspozycji w miesiącu, za który są należne – w terminie wynikającym z odrębnych przepisów; 2) z tytułu należności wypłacanych lub postawionych do dyspozycji w miesiącu następnym, w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony – nie później niż do 15 dnia tego miesiąca. W przypadku uchybienia tym terminom do składek tych stosuje się art. 16 ust. 1 pkt 57a i ust. 7d ustawy. Z powyższych przepisów wynika, że zasadą jest, że dwie kategorie szeroko rozumianych wydatków na wynagrodzenia pracownicze: należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 i 6 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych [a zatem ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy; z członkostwa w rolniczej spółdzielni produkcyjnej lub innej spółdzielni zajmującej się produkcją rolną], oraz zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego wypłacanych przez zakład pracy a także składki z tytułu należności ze stosunku pracy określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w części finansowanej przez płatnika składek, składki na Fundusz Pracy oraz Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych stanowią koszt uzyskania przychodów [o tym stanowią odpowiednio art. 15 ust. 4g oraz ust. 4h u.p.d.o.p.], jednak pod tym warunkiem, że zostaną one zapłacone w terminie. Zarówno dotyczący należności ze stosunku pracy art. 15 ust. 4g u.p.d.o.p. jak i obejmujący składki z tytułu należności ze stosunku pracy określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w części finansowanej przez płatnika, składki na Fundusz Pracy oraz Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych przepis art. 15 ust. 4h u.p.d.o.p. zawierają zastrzeżenie, że w przypadku uchybienia terminom do płatności tych należności stosuje się – co do należności pracowniczych o których mówi art. 15 ust. 4g u.p.d.o.p. – przepis art. 16 ust. 1 pkt 57 u.p.d.o.p., zaś co do finansowanych przez płatnika składek na ubezpieczenia społeczne, Fundusz Pracy oraz Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych – przepis art. 16 ust. 1 pkt 57a oraz art. 15 ust. 6d u.p.d.o.p. Zgodnie zaś z art. 16 ust. 1 pkt 57 u.p.d.o.p., nie uważa się za koszty uzyskania przychodów niewypłaconych, niedokonanych lub niepostawionych do dyspozycji wypłat, świadczeń oraz innych należności z tytułów określonych w art. 12 ust. 1 i 6, art. 13 pkt 2 i 4–9 oraz w art. 18 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, a także zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego wypłacanych przez zakład pracy, z zastrzeżeniem art. 15 ust. 4g powołanej ustawy. Konsekwentnie, z art. 16 ust. 1 pkt 57a u.p.d.o.p. wynika, że nie uważa się za koszty uzyskania przychodów nieopłaconych do Zakładu Ubezpieczeń Społecznych składek, z zastrzeżeniem pkt 40, określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w części finansowanej przez płatnika składek. Art. 16 ust. 7d. u.p.d.o.p. stanowi zaś, że przepis ust. 1 pkt 57a stosuje się odpowiednio, z zastrzeżeniem ust. 1 pkt 40, do składek na Fundusz Pracy oraz Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych. Skarżąca natomiast składek na ubezpieczenia społeczne od dokonanych wypłat wynagrodzeń nie poniosła w 2010 r., a wręcz wydatków na ponoszone, lecz nieujmowane w ewidencji wynagrodzenia wcale nie eksponowała i nie traktowała jako koszty uzyskania przychodów. Jak wskazują ustalenia zawarte w wyniku kontroli wydanym wobec Skarżącej [tom VIII, k. 1522-1523], Skarżąca nie ujmowała w żaden sposób części wypłacanych wynagrodzeń, nie ponosiła z tego tytułu także narzutów na wynagrodzenia takich jak zaliczki na podatek dochodowy czy składki na ubezpieczenia, prowadziła zarazem na tę okoliczność czytelną sprawozdawczość, obejmującą oficjalne i nieoficjalne listy płac, a dopiero po dokonaniu przez funkcjonariuszy CBŚ i pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej w O. przeszukania i zabezpieczenia dokumentów w siedzibie spółki Skarżąca złożyła w dniach [...] września 2013 r. i [...] października 2013 r. korekty pierwotnych deklaracji PIT-4R. Natomiast składki na ubezpieczenia społeczne Skarżąca zapłaciła dopiero po kontroli Zakładu Ubezpieczeń Społecznych zakończonej w 2016 r. [stanowisko Skarżącej wyrażone w piśmie z 8 marca 2018 r., akta post. sądowego, k. 77-119]. Zatem wydatki na ubezpieczenia społeczne od dokonanych wypłat wynagrodzeń nie stanowią – w myśl art. 16 ust. 1 pkt 57 oraz 57a u.p.d.o.p. – kosztów uzyskania przychodów Skarżącej w roku 2010. Nie zasługiwał z tych względów także podniesiony "z ostrożności procesowej" zarzut naruszenia art. 15 ust. 1 i 4 u.p.d.o.p. stanowiącego, że kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1 u.p.d.o.p. oraz koszty te są potrącalne w tym roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody, poprzez nieuwzględnienie nieudokumentowanych wydatków dotyczących pochodnych wynagrodzeń oraz kosztu sprzedanych towarów. Jak wskazano wyżej, skutki nieopłacenia w terminie należności pracowniczych a także składek na ubezpieczenia społeczne regulują przepisy art. 15 ust. 4g oraz ust. 4 h u.p.d.o.p. a także art. 16 ust. 1 pkt 57 i 57a u.p.d.o.p., te zaś przewidują, że nie stanowią kosztów uzyskania przychodów m.in. pochodne należności ze stosunku pracy a także składki do Zakładu Ubezpieczeń Społecznych finansowane przez płatnika – w przypadku uchybienia terminów w ich płatności. 9. W zakresie – podniesionego "z ostrożności procesowej" – zarzutu naruszenia art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p. przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania i pominięcie istotnych danych do jej określenia, tj. nieuwzględnienie terminu powstania obowiązku podatkowego i prawa do odliczenia podatku VAT dodatkowo eksponowanego w piśmie Skarżącej z 17 maja 2018 r., Sąd zwraca uwagę, że Skarżąca powyższy zarzut wiąże z bezpodstawnym – w jej ocenie – zmniejszeniem kosztów uzyskania przychodów o podatek VAT naliczony z tytułu nabycia towarów od rolnika ryczałtowego w osobie pana A.S.. Lektura decyzji organu pierwszej instancji a także protokołu z badania ksiąg Skarżącej wskazuje, że w zakresie zapisów transakcji z tym kontrahentem Skarżącej ustalono, że kwoty w wystawianych przez Skarżącą fakturach VAT RR różnią się od kwot, które ujęto w programie Subiekt: z wystawionych faktur VAT RR, ujętych następnie w księgach Skarżącej wynika wartość sprzedaży na rzecz Skarżącej 6 619 080,00 zł netto, natomiast w programie Subiekt wykazano sprzedaż o wartości 3 904 969,92 zł brutto, w tym 113 736,99 zł podatku VAT. Konsekwencją ustalenia zawyżenia wartości sprzedaży przez tego rolnika ryczałtowego na rzecz Skarżącej było przyjęcie przez organy tej wartości na podstawie programu Subiekt, które organy uwzględniły bez podatku od towarów i usług, a zatem w kwocie netto sprzedaży wynikającej z tego programu 3 904 969,92 zł i taką wartość przyjęły jako wartość rzeczywistej sprzedaży. Organy zarazem uwzględniły fakt utraty przez dostawcę – pana A.S. od 2010 r. [wyciąg z decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. z [...]listopada 2016 r. wydanej wobec tego podmiotu] – statusu rolnika ryczałtowego [co wynika z następczo wydanej wobec pana A.S. decyzji z [...] listopada 2015 r.], a to z kolei skutkuje, że powinien on był w 2010 r. wystawiać faktury VAT w miejsce wystawianych przez nabywcę faktur VAT RR. Natomiast Skarżąca stoi na stanowisku, że w 2010 r. nie miała wiedzy o nie posiadaniu przez kontrahenta statusu rolnika ryczałtowego, zwolnionego z mocy art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług [w wystawianych fakturach zamieszczano oświadczenie dostawcy w brzmieniu: "oświadczam, że jestem rolnikiem ryczałtowym zwolnionym od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług"] a zatem podatek od towarów i usług od sprzedaży na jej rzecz dokonanej przez pana A.S. [113 736,99 zł] powinien stanowić koszt uzyskania przychodów na podstawie art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 46a u.p.d.o.p., który organy winny były uwzględnić w dokonanych rozstrzygnięciach. Zgodnie z regulacjami ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług [Dz.U. z 2004, Nr 54, poz. 535 ze zm.], do ceny produktów rolnych, wymienionych w załączniku nr 2 do tej ustawy nabywcy tych produktów doliczają zryczałtowany podatek od towarów i usług w wysokości 3 % ceny netto produktów rolnych sprzedawanych przez rolnika ryczałtowego. Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 46a u.p.d.o.p., nie uważa się za koszty uzyskania przychodów podatku od towarów i usług z tym, że jest kosztem uzyskania przychodów podatek naliczony, - jeżeli podatnik zwolniony jest od podatku od towarów i usług lub nabył towary i usługi w celu wytworzenia albo odsprzedaży towarów lub świadczenia usług zwolnionych od podatku od towarów i usług, - w tej części, w której zgodnie z przepisami o podatku od towarów i usług podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty lub zwrot różnicy podatku od towarów i usług – jeżeli naliczony podatek od towarów i usług nie powiększa wartości środka trwałego lub wartości niematerialnej i prawnej. W świetle powyższego przepisu, Skarżąca nie była zwolniona od podatku od towarów i usług ani nie nabywała towarów i usług w celu wytworzenia albo odsprzedaży towarów lub świadczenia usług zwolnionych od podatku od towarów i usług. Nie jest też tak – jak stara się wykazać Skarżąca, że zgodnie z przepisami o podatku od towarów i usług Skarżącej nie przysługuje obniżenie kwoty lub zwrot różnicy podatku od towarów i usług. 10. Sąd nie podzielił też zarzutu wskazującego na błędne ustalenie kosztu własnego sprzedanych towarów, w tym nieuwzględnienie spisu z natury sporządzonego u Skarżącej na 31 grudnia 2010 r. czym, zdaniem Skarżącej, ma zostać naruszony przepis art. 15 ust. 1 i ust. 4 u.p.d.o.p. W ocenie Skarżącej pominięcie kosztu własnego zakupionych w 2010 r., lecz nie sprzedanych w tym roku towarów [jaj świeżych], które zostały ujęte w spisie z natury z 31 grudnia 2010 r. stanowi naruszenie art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p., który nakazuje uwzględnienie kosztów uzyskania przychodów w tym roku, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody, bowiem wartość nabytych i nie sprzedanych w 2010 r. towarów stanowiłaby koszt uzyskania przychodów nie tego roku, lecz następnego. Na uwagę bowiem zasługuje argumentacja Skarżącej [str. 13 skargi], zgodnie z którą organ dokonał błędnego wyliczenia kosztów uzyskania przychodów, zniżając koszty podatkowe o kwotę 66 726,88 zł kosztu własnego sprzedanych towarów, stanowiącą w części skorygowaną przez organ wartość zakupionych w 2010 r., lecz nie sprzedanych towarów, ujętych w spisie z natury na dzień 31 grudnia 2010 r. z następujących dokumentów [...]. Organ kontroli skarbowej zmniejszył w decyzji koszty zakupu towarów [jaj] o skorygowaną wartość [wg programu Subiekt i dokumentów Pz] wszystkich faktur zakupu otrzymanych przez Spółkę w 2010 r., nie uwzględniając dyspozycji z art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p. [...]". Sąd zwraca uwagę, że w rozpoznawanej sprawie organy nie kwestionowały ustalonych przez Skarżącą kosztów uzyskania przychodów [w tym z uwzględnieniem stanów magazynowych wynikających ze spisu z natury], a dokonały jedynie pomniejszenia tych kosztów w taki sposób, jaki odpowiada zawartości wpisów w programie Subiekt oraz odzwierciedlających transakcje wpisów w prowadzonych dla kontrahentów zeszytach, w powiązaniu z dowodami magazynowymi PZ dotyczącymi danych transakcji. Jeśli bowiem zapisy w programie Subiekt a także zeszytach odzwierciedlają rzeczywiste operacje z kontrahentami, dla których je prowadzono, zaś wystawiane w tym zakresie faktury VAT RR opiewają na kwoty wyższe, a zarazem posiadający największą wiedzę o sprawach spółki i sposobie kształtowania relacji z kontrahentami członkowie zarządu Skarżącej Z.P. oraz A.K. podali ["czynne żale" oraz zeznania Z.P. oraz A.K.] potwierdzili dokonywanie do Skarżącej przez rolników zwrotów środków wypłaconych na podstawie faktur, to zasadny jest wniosek, że nie stanowią miarodajnego źródła o wysokości ponoszonych kosztów faktury zakupu. Nie jest przy tym możliwe ustalenie, że wynikające z faktur koszty zakupu jaj dotyczą właśnie tych towarów, które nie zostały sprzedane przez Skarżącą. Argumentacja Skarżącej [pismo z 30 marca 2018 r. a także str. 18-20 skargi] wskazująca na pominięcie przy ustalaniu prawidłowej wysokości kosztów uzyskania przychodów wartości towarów wynikającej ze spisów z natury nie uwzględnia więc, że organy nie dokonywały rekonstrukcji podniesionych przez Skarżącą wydatków w całości na podstawie dostępnych informacji [w tym spornego spisu z natury], lecz dokonały korekty tych kosztów [zarówno in plus – jeśli chodzi o koszty nieujętych w ewidencji wynagrodzeń, jak i in minus – jeśli chodzi o zawyżone wartości zakupów od części dostawców jaj], jaka wynikała z posiadanych informacji: oświadczeń członków zarządu o funkcjonującej w spółce praktyce zwracania przez dostawców na rzecz Spółki wypłaconych im środków za sprzedane jaja; prowadzonych w sposób ciągły i usystematyzowany przez kilka lat zapisów w programie Subiekt oraz spójnych z zawartością tego programu oraz dowodami magazynowymi zapisów w dedykowanych poszczególnym dostawcom zeszytach. Z tych względów Sąd uznał, że przyjęta przez organy metoda określenia rzeczywistej wysokości kosztów uzyskania przychodów pozwala na prawidłowe ustalenie tej wartości, zaś wartość spisu z natury na koniec 2008 r. pozostaje neutralna dla tych ustaleń. Zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów o część kwot wynikających z faktur wystawionych w grudniu do wartości tych dostaw na rzecz Skarżącej wynikających z zapisów w zeszytach oraz programie Subiekt nie skutkuje bowiem przyjęciem w zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej decyzji organu kontroli skarbowej wyższej wartości kosztów uzyskania przychodów, bowiem organ pomniejszył przypisane przez Spółkę do tego roku koszty uzyskania przychodów wynikające z faktur VAT RR wystawianych na rzecz D.L., A.S., J. i U. T. , M. i A. J. do tych wartości, jakie – w odniesieniu do zaliczonych do kosztów uzyskania przychodów roku 2010 r. – wynikają z zapisów w programie Subiekt i zeszytach. Stanowisko Skarżącej zmierza zatem do większego, aniżeli przyjęte w zaskarżonej decyzji zmniejszenia kosztów uzyskania przychodów Skarżącej. Podkreślenia bowiem wymaga, że dokonane przez organy zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów z poszczególnych faktur nie polegało na uznaniu, że cała wartość z którejkolwiek faktury nie stanowi takiego kosztu, lecz na zmniejszeniu – stosownie do odpowiednich zapisów w programie Subiekt i zeszytach – wysokości kosztów uznanych przez Skarżącą za koszty uzyskania przychodów roku 2010. Powyższe oznacza, że argumentacja Skarżącej zmierza do wyłączenia w całości wydatków na nabycie jaj nie sprzedanych w 2010 r., podczas gdy organ spośród wydatków zaliczonych przez Skarżącą do kosztów uzyskania przychodów 2010 r. [a zatem dotyczących także nabycia tych jaj] nie wyłączył całości wydatków a jedynie taką ich część, jaka nie znajdowała odzwierciedlenia w zapisach w programie Subiekt i zeszytach. Analiza protokołu z badania ksiąg, w którym wyspecyfikowano dotyczące 2010 r. [zaliczone do kosztów tego roku przez Skarżącą] faktury w powiązaniu z odpowiednimi wpisami w programie Subiekt oraz odpowiadającymi im dokumentami magazynowymi PZ wskazuje, że zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów do wartości wynikających z programu Subiekt [co obejmuje też dwie wymienione przez Skarżąca faktury] dotyczy tych [faktur], które Skarżąca ujmowała w kosztach roku 2010. Z tych względów nie był też zasadny podniesiony "z ostrożności procesowej" zarzut naruszenia art. 6 ustawy z 29 września 1994 r. o rachunkowości [Dz.U. z 2013 r., poz. 330, ze zm., dalej "u.o.r."], poprzez niezastosowanie ich przy określaniu podstawy opodatkowania w zakresie kosztu własnego sprzedanych towarów. 11. W zakresie podniesionego w piśmie z 8 marca 2018 r. zarzutu dotyczącego naruszenia art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s. poprzez brak w decyzji organu pierwszej instancji rozstrzygnięcia kwestii odsetek za zwłokę, istotnej z uwagi na przekroczenie 6-miesięcznego okresu prowadzenia postępowania kontrolnego Skarżąca podniosła w tym zakresie, że zaskarżoną decyzją organ drugiej instancji utrzymał w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. pominął iż nie rozstrzyga ona istotnej w niniejszej sprawie kwestii okresu naliczania odsetek za zwloką wynikającej z art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s. Zgodnie z tym przepisem odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji, jeśli decyzja nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania w niniejszej sprawie postępowanie kontrolne zostało wszczęte w dniu 29 kwietnia 2014 r. i zakończone wydaniem decyzji w dniu [...] września 2016 r., a zatem trwało prawie 29 miesięcy tj. powyżej ustawowego terminu. Skarżący oświadcza, co ma potwierdzenie w aktach sprawy że nie przyczynił się w żadnym stopniu do opóźnienia w wydaniu decyzji, uczestniczyli aktywnie w postępowaniu, udostępniając niezbędne dokumenty i udzielając wszelkich wyjaśnień na każde wezwanie i żądanie organu. W ocenie Skarżącej to wyłącznie działania organu podatkowego przyczyniły się do przedłużenia aż o 23 miesiące okresu postępowania w podatku od osób prawnych za 2010 r., w konsekwencji czego w sprawie powinien znaleźć zastosowanie art. 24 ust. 5 i 6 u.o.k.s., który tu przepis powinien być obligatoryjnie stosowany przez organy kontroli skarbowej w celu niepobierania przez organy podatkowe odsetek za zwłokę w nienależnej wysokości, a w związku z tym w uzasadnieniu skarżonej decyzji powinna być rozstrzygnięta kwestia odsetek za zwłokę. Biorąc pod uwagę tak zaprezentowaną argumentację, Sąd zwraca uwagę, że postępowanie wszczęto w zakresie "rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 2010 r." [postanowienie o wszczęciu postępowania kontrolnego z 11 kwietnia 2014 r., akta post. pod., tom I, k. 1]. Konsekwentnie, wydana przez organ kontroli skarbowej decyzja z [...] września 2016 r., nr [...] ma za swój przedmiot określenie wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2010 r. Zgodnie z art. 24 ust. 5 ustawy o kontroli skarbowej, jeżeli decyzja kończąca postępowanie kontrolne nie została doręczona kontrolowanemu w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, nie nalicza się odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji. Jeżeli więc organ podatkowy przekroczy 6-miesięczny termin prowadzenia postępowania, ostatnim dniem, za który powinny być naliczane odsetki jest dzień doręczenia podatnikowi postanowienia o wszczęciu postępowania. W myśl natomiast art. 24 ust. 6 ustawy o kontroli skarbowej, przepisu ust. 5 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu podatkowego. Z powyższych przepisów wynika więc, że zasadą jest, że nie nalicza się odsetek za zwłokę po upływie 6 miesięcy trwania postępowania kontrolnego [od wszczęcia postępowania do doręczenia wydanej w tym postępowaniu decyzji], chyba że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu podatkowego. Wskazany w art. 24 ust. 5 ustawy o kontroli skarbowej – jako zasada – okres 6 miesięcy trwania postępowania, kończy się doręczeniem decyzji. Powyższe oznacza, że organ kontroli skarbowej w ramach prowadzonego postępowania nie ma możliwości pewnego stwierdzenia, w jakim dniu będzie doręczona kontrolowanemu decyzja, niezależnie od czasu trwania postępowania kontrolnego. Brak w decyzji wyliczenia w zakresie odsetek, uwzględniającego przywołane regulacje, w tym wskazującego, czy i w jakim okresie organ kontroli skarbowej uznał, że mimo przekroczenia sześciomiesięcznego czasu trwania postępowania kontrolnego odsetki się nalicza z uwagi na to, że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu podatkowego nie stanowi podstawy do jej uchylenia. Decyzja organu kontroli skarbowej wydana bowiem została na podstawie art. 24 ust. 1 pkt 1 lit a ustawy o kontroli skarbowej oraz art. 21 § 1 pkt 1, § 3 O.p. Przepis art. 21 § 1 pkt 1 O.p., stanowi, że zobowiązanie podatkowe powstaje z dniem zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania. W myśl art. 21 § 3 O.p., jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo, że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, albo powstałego zobowiązania nie wykazano, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego. Wydawana decyzja ma zatem charakter decyzji określającej zobowiązanie podatkowe a nie zaległość podatkową. Konsekwencją wydania decyzji określającej zobowiązanie podatkowe jest naliczenie odsetek od niewpłaconego w terminie podatku, co należy do podatnika. Kwestia odsetek nie stanowi więc przedmiotu decyzji określającej zobowiązanie podatkowe. 12. Sąd, mając powyższe okoliczności na względzie uznał za zasadne oddalenie skargi, na mocy art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi [t.j. Dz.U. z 2017 r. poz. 1369, 1370 ze zm.], gdyż postawione w skardze zarzuty nie mogły być uznane za uzasadniające uchylenie zaskarżonej decyzji.