III SA/Wa 3337/17

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Sylwester Golec, Sędziowie sędzia WSA Beata Sobocha (sprawozdawca), asesor WSA Agnieszka Wąsikowska, Protokolant specjalista Robert Powojski, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 3 sierpnia 2018 r. sprawy ze skargi Z. sp. z o.o. z siedzibą w B. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] lipca 2017 r. nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz Z. sp. z o.o. z siedzibą w B. kwotę 12 983 zł (słownie: dwanaście tysięcy dziewięćset osiemdziesiąt trzy złote) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Zaskarżoną decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. ("DIAS") z [...] lipca 2017 r., utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno- Skarbowego w O. (dalej "organ I instancji") z [...] marca 2017 r., w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r. Organ podkreślił, że 3 kwietnia 2009 r. Spółka złożyła w [...] Urzędzie Skarbowym w R. zeznanie podatkowe CIT-8, w którym wykazała: przychody w wysokości 84 915 494,33 zł; koszty uzyskania przychodów w wysokości 84 391669,95 zł; dochód w kwocie 523 824,38 zł; podstawę opodatkowania w kwocie 523 824 zł oraz podatek należny w wysokości 99 527 zł. Organ wyeksponował, że prowadzona przez Spółkę działalność gospodarcza polega na skupowaniu jaj od hodowców drobiu nieśnego działających zarówno w charakterze podatników VAT czynnych, jak i rolników ryczałtowych, a następnie ich sprzedaży na rzecz odbiorców: m.in. sklepów oraz firm z branży spożywczej. Nabycie jaj przez Spółkę było dokumentowane wystawianą przez dostawcę fakturą VAT lub przez Spółkę fakturą VAT RR. W wyniku przeprowadzonego postępowania kontrolnego stwierdzono, że księgi rachunkowe prowadzone przez Stronę zarówno w zakresie przychodów, jak i kosztów uzyskania przychodów, nie spełniają wymogów określonych w art. 9 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (tj. Dz. U. z 2000 r., Nr 54, poz. 654 z późn. zm., dalej "u.p.d.o.p."), są nierzetelne, a więc nie zapewniają możliwości określenia wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku. Ustalono, że w Spółce prowadzona była podwójna księgowość przy pomocy dwóch różnych systemów księgowych: programu Subiekt i programu Symfonia Finanse i Księgowość, przy czym dane dotyczące przychodów, kosztów uzyskania przychodów i dochodów ustalane na podstawie faktur wystawionych przez Spółkę, a także faktur przez Spółkę otrzymanych, wykazanych w rachunku zysków i strat oraz w zeznaniu podatkowym, pochodzą z programu Symfonia Finanse i Księgowość, natomiast w programie Subiekt ewidencjonowano rzeczywiste transakcje nabycia towarów. Na podstawie analizy zgromadzonego materiału dowodowego organ kontroli skarbowej stwierdził, że Skarżąca w zeznaniu podatkowym CIT-8 za 2009 rok: - zawyżyła wysokość kosztów uzyskania przychodów poprzez ustalenie kosztów zakupu towarów na podstawie faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj w wysokości wyższej od faktycznie poniesionych z tego tytułu wydatków o kwotę 4 172 873,35 zł, - zaniżyła koszty uzyskania przychodów o kwotę 1.279.752 zł przez nie uwzględnienie kosztów wynikających z dodatkowo wypłaconych wynagrodzeń na rzecz pracowników, które nie zostały ujęte w ewidencji, - zaniżyła wysokość osiągniętego przychodu o kwotę 132.433,40 zł przez niewykazanie w księgach wszystkich przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj, - zaniżyła wysokość osiągniętego przychodu o kwotę 9.019,58 zł przez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży towarów dla D. L.. Uwzględniając powyższe ustalenia stwierdzono, że: - przychody Spółki wynoszą 85.056 947,31 zł i wynikają z wyliczenia: kwota przychodów wykazana w zeznaniu CIT-8 84.915 494,33 zł; przychód niezaewidencjonowany w księgach ustalony na podstawie dowodów WZ (+) 132.433, 40 zł; przychód niezaewidencjonowany w księgach ustalony na podstawie zeszytu "D. L." (+) 9, 019, 58 zł. - koszty uzyskania przychodów Spółki wynoszą 81.498 548,60 zł i wynikają z wyliczenia: kwota kosztów wykazana w zeznaniu CIT-8 84.391.669,95 zł; zawyżenie kosztów z tytułu uwzględnienia zbyt dużej kwoty dot. zakupu towarów (-) 4.172.873,35 zł; zaniżenie kosztów z tytułu wypłaconych w 2010 r., nieujętych w ewidencji nieoficjalnych wynagrodzeń (+) 1.279.752 zł. Organ I instancji stwierdził, że o nierzetelności prowadzonych ksiąg świadczą, m.in. twierdzenia wspólników Spółki zamieszczone w piśmie "czynny żal", złożonym w toku innego postępowania kontrolnego dotyczącego odpowiedzialności za niepobranie podatku od wypłaconych wynagrodzeń. Wspólnicy w ww. piśmie stwierdzili, że po dokonaniu dostawy i zapłaceniu dostawcy wynagrodzenia wynikającego z wystawionej faktury zdarzało się, że dostawcy jaj (będący zarówno rolnikami ryczałtowymi, jak i czynnymi podatnikami VAT) zwracali cześć kwoty zapłaconej uprzednio na podstawie wystawionej przez Spółkę faktury w związku ze stwierdzeniem wad lub niewłaściwym posortowaniem. Wskazane okoliczności w okresie od początku 2007 r. do czerwca 2013 r. nie były potwierdzone przez wystawienie korekt do wcześniej wystawionych faktur. Zwracane od rolników w gotówce pieniądze nie były ani ewidencjonowane w księgach Spółki, ani nie były odnoszone na wynik podatkowy Spółki. Dodatkowo wspólnicy zeznali, że środki zwracane przez rolników w gotówce do Spółki były wypłacane pracownikom Spółki jako nieoficjalne wynagrodzenia, które nie były ujmowane w oficjalnej ewidencji. W toku przeprowadzonego postępowania w zakresie obowiązków płatnika, w którym ustalono wysokość należnych zaliczek na podatek dochodowy od wypłat wynagrodzeń dokonanych w okresie od stycznia do grudnia 2009 roku wynikało, iż Spółka wypłaciła w 2009 r. pracownikom dodatkowe wynagrodzenia, nie ujęte w księgach podatkowych w łącznej wysokości 1.049.392 zł. Organ podkreślił, że w przeprowadzonym postępowaniu wykorzystano dowody przekazane przez Centralne Biuro Śledcze w [...], wśród których znalazł się program komputerowy Subiekt wraz z bazą danych oraz kilkanaście zeszytów formatu A5 z zapisami dotyczącymi transakcji z kontrahentami w latach 2008-2013 zabezpieczonych podczas przeszukania 15 lipca 2013 r. w siedzibie Skarżącej. Jeden z nich dotyczy bezpośrednio okresu objętego kontrolą: zeszyt oznaczony "L. D.". W zeszycie tym znajdują się odręczne zapisy dotyczące transakcji dokonywanych z D. L., która jest rolnikiem ryczałtowym, od którego Spółka nabywała jaja, wystawiając równocześnie faktury VAT RR. W przypadku D. L. znajdujące się w zeszycie transakcje dotyczą okresu od 6 listopada 2007 r. do 22 maja 2012 r. Poza zeszytami z transakcjami obejmującymi rok 2009 zabezpieczono także zeszyty dotyczące: A. S., M. i A. J., J. i U. T., Z. P., z zapisami dotyczącymi transakcji w latach późniejszych niż rok 2009. Organ podkreślił, że nie dotyczą one bezpośrednio okresu objętego niniejszym postępowaniem, ale pokazują mechanizm dokumentowania przez Spółkę operacji gospodarczych. Zdaniem organu, zapisy w zeszytach są bardzo szczegółowe, pisane w sposób staranny i systematyczny. Obejmują swoim okresem wiele lat i podają rozliczenia dla danej transakcji ze szczegółowością do dwóch miejsc po przecinku. Pod każdą transakcją ujętą w zeszycie znajduje się wpisane ołówkiem saldo, stanowiące podsumowanie wszystkich zapisanych w zeszycie operacji, które zwiększa się po transakcjach typu: "kontrahent dał", a zmniejsza się po transakcjach opisanych "kontrahent wziął". Na początku zeszytów znajduje się wpisana ołówkiem kwota i informacja "saldo z przeniesienia", co świadczy, że zeszyty były prowadzone w sposób ciągły, a saldo przenoszono z poprzednio zapisanego zeszytu. Organ stwierdził, że analiza zapisów w zabezpieczonym programie Subiekt wskazuje, że w przypadku wartości transakcji zakupu jaj powtórzono w nim zapisy z zeszytu, wartość zakupionych jaj wynikająca z programu Subiekt jest zgodna z wartością jaj wykazaną w zeszytach. Organ zwrócił uwagę, że wśród zabezpieczonych w siedzibie firmy dokumentów są także dokumenty magazynowe PZ (przyjęcie materiału z zewnątrz). W przypadku dokumentów WZ dokumentujących przekazanie jaj od kontrahentów: A. S., M. J., T. J. i U., D. L. znajdują się na nich zapisane przez pracowników Spółki zielonym długopisem, w prawnym dolnym rogu, numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy Subiekt. Organ I instancji wykorzystał treść złożonych zeznań osób przesłuchanych w charakterze świadka w trakcie prowadzonych postępowań kontrolnych wobec Spółki, jako dowód w sprawie uznano przesłuchania: M. R. z 24 kwietnia 2014 r., A. K. z 8 stycznia 2015 r., A. R. z 13 stycznia 2015 r., R. Z. z 13 stycznia 2015 r., A. W. z 3 lutego 2015 r., A. S. z 19 lutego 2015 r., T. B. z 7 grudnia 2015 r., D. L. z 19 lutego 2015 r., J. T. z 24 lutego 2015 r., M. J. z 24 lutego 2015 r.; S. H. z 26 lutego 2015 r., A. J. z 26 lutego 2015 r., A. C. z 15 stycznia 2015 r. D. S. z 31 marca 2015 r., A. K. z 9 kwietnia 2015 r. i Z. P. z 14 kwietnia 2015 r. Organ I instancji nie dał wiary zeznaniom przesłuchanych świadków w zakresie w jakim stwierdzili, że faktury VAT RR wystawiane przez Skarżącą dokumentują rzeczywiste zdarzenia gospodarcze, uznając, że rzeczywiste dostawy odzwierciedlone są w zeszytach oraz w dodatkowo prowadzonym programie Subiekt, w których przedstawiono rozliczenia finansowe z danym dostawcą, dane dotyczące rzeczywiście dostarczonego towaru, w rzeczywistych cenach zakupu oraz rzeczywisty koszt nabycia towarów. Nie dano również wiary twierdzeniom przesłuchanych świadków w zakresie, w jakim twierdzili, że jedynym rzetelnym programem księgowym w firmie jest program Symfonia Finanse i Księgowość, faktury VAT RR, a zapisy dokonywane w zeszytach kontrahentów, a także w programie Subiekt nie miały żadnego znaczenia księgowego i były jedynie narzędziem pomocnym prezesom firmy, sporządzanym na potrzeby prywatne, gdyż nie wszystkie transakcje były do niego wpisywane. Przeczy temu rodzaj dokonywanych w zeszycie wpisów, tj.: numery, daty i wartości faktur VAT RR wystawianych przez Spółkę, a także rodzaj asortymentu nabywany przez firmę. Uznano, że są to elementy bezpośrednio związane z prowadzoną przez Spółkę działalnością gospodarczą, a nie prywatnymi potrzebami prezesów. Świadczy o tym również fakt, że zapisy prowadzone były na przestrzeni wielu lat. Nie dano również wiary twierdzeniom, że przyczyną niszczenia zeszytów po ich zapisaniu był fakt, że nie miały one znaczenia dla Spółki, a były prowadzone wyłącznie na użytek własny prezesów. W ocenie organu pierwszej instancji przyczyną niszczenia zeszytów po ich zapisaniu była chęć ukrycia ich zapisów i minimalizacji ryzyka ujawnienia nieprawidłowości, gdyż pokazywały one rzeczywisty obraz transakcji gospodarczych z kontrahentami. Organ kontroli stwierdził, że wystawione przez Spółkę faktury VAT RR dokumentujące zakup towarów są nierzetelne, a Spółka prowadziła podwójną księgowość do ewidencjonowania zdarzeń gospodarczych, odrębną dla celów podatkowych i odrębną dla zobrazowania faktycznego przebiegu transakcji. Zdaniem organu, poza dowodami z przesłuchań świadków i Strony wniosek ten potwierdzają także inne dowody i okoliczności, tj.: 1. treść "czynnego żalu" złożonego do Urzędu Skarbowego w Z. z 30 sierpnia 2013 r. przez członków zarządu A. K. i Z. P., z którego wynika, że: - po pierwsze, w Spółce były nieprawidłowości przy wystawianiu faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj (nie dokumentowano korekt związanych ze zwrotem części ceny za nabyte towary), co oznacza, że część faktur dokumentujących koszty uzyskania przychodów jest nierzetelna; po drugie zaś, Spółka miała środki pieniężne w gotówce, których nie ujmowała w księgach rachunkowych, służące między innymi do wypłacania nieoficjalnego wynagrodzenia w gotówce pracownikom; 2. zabezpieczone dowody PZ oraz dane zaewidencjonowane w programie Subiekt. Kontrolujący porównali dokumenty PZ z zapisami w programie Subiekt. Z porównania wynika, że transakcjom zakupu jaj od A. S., J. i U. T., A. i M. J. oraz D. L., zapisanym w programie Subiekt, odpowiadają dokumenty magazynowe PZ. Porównanie dokumentów PZ oraz zapisów dokonanych w programie Subiekt potwierdza, zdaniem organu I instancji, fakt wykazywania rzeczywistych transakcji i ich wartości w cenach nabycia w programie Subiekt, przez co okoliczności wynikające z faktur uznano za nierzetelne; 3. dublowanie zapisów dotyczących kwot transakcji w zeszytach i w programie Subiekt. Na podstawie porównania danych z programu Subiekt z zapisami w zachowanym zeszycie opisanym "D. L.", dokumentującym transakcje dotyczące kontrolowanego okresu, stwierdzono że dane wpisane do programu Subiekt są zgodne z widniejącymi w zeszytach zapisami transakcji, co świadczy o tym, że były dublowane; 4. zapisy w zeszytach "RSP Przyszłość" są zgodne z prawdą i odzwierciedlają faktyczne wartości nabywanych jaj. Organ podkreślił, że kontrolujący porównali wszystkie zapisy w zeszycie opatrzone datami z 2008 r. z fakturami VAT z 2008 r. ujętymi w księdze rachunkowej. Wszystkie wykazane w zeszycie faktury, odpowiadają wystawionym fakturom, które zostały zaksięgowane na koncie "RSP Przyszłość", co świadczy o tym, że zeszyty nie były prowadzone dla prywatnego użytku prezesów, natomiast dane z nich wynikające obrazują rzeczywisty przebieg transakcji z kontrahentami Spółki; 5. dokładność danych wpisywanych do zeszytów kontrahentów w postaci: - numeru, daty i wartości z faktur VAT RR wystawionych przez Skarżącą z tytułu zakupu jaj, które widnieją przy wpisach typu "kontrahent wziął", saldo wpisane ołówkiem do zeszytu, które ulega zmniejszeniu po tego typu zapisie, - zapisów transakcji sprzedaży i użyczenia, - zapisów dotyczących przepływu gotówki opisanych "gotówka zwrot do kasy", - zapisów w zeszytach salda po każdej transakcji, świadczą o tym, że zeszyty służyły do ewidencjonowania faktycznego przebiegu transakcji gospodarczych, nie do prywatnych celów prezesów Spółki; 6. wypłaty gotówki z konta przez A. S.. W ramach postępowania kontrolnego prowadzonego wobec A. S. przeanalizowano jego rachunki bankowe związane z prowadzoną działalnością rolniczą i stwierdzono, że A. S. regularnie, kilka razy w miesiącu dokonywał wypłat gotówkowych o dużej wartości. Organ stwierdził, że w przypadku kontrahentów: Ferma Drobiu w S. – M. J. w S.; J. A. w Z.; Ferma Drobiu – S. A. w D.; Ferma [...] T. J. i U. w S. oraz L. D. Gospodarstwo Rolne w Z. – to program komputerowy Subiekt, a nie faktury VAT RR, obrazuje rzeczywisty przebieg transakcji zakupu jaj i na jego podstawie określił wysokość kosztów nabycia jaj od w/w podmiotów, stanowiącą koszt uzyskania przychodu. W tym celu organ kontroli skarbowej dokonał porównania zapisów dotyczących transakcji zaewidencjonowanych w programie Subiekt i na dokumentach PZ z wystawionymi przez Spółkę fakturami VAT RR i fakturami VAT: - w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z D. L. stwierdzono, że Spółka ewidencjonowała tylko część nabyć dokonywanych od tego kontrahenta. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach VAT i ujęta w księgach rachunkowych wynosi netto 975 590 zł, brutto: 1 034 125,40 zł. Wartość nabycia jaj i masy jajecznej wykazana w programie Subiekt i w zeszycie wynosi 797.688 zł, w tym kwota zryczałtowanego zwrotu podatku wyniosła 45.152,15 zł. Po uwzględnieniu powyższego kwota nabyć od D. L. wyniosła 752.535,85 zł (797.688 zł – 45.152,15 zł). W związku z powyższym koszt nabycia jaj od D. L. został zawyżony o kwotę: 223.054,15 zł (tj. 975.590 zł – 752.535,85 zł); - w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z A. S. stwierdzono, że kwoty podane na fakturach VAT RR różnią się od kwot wykazanych w programie Subiekt. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach VAT RR i ujęta w księgach rachunkowych wynosi netto 6.316.501,40 zł, brutto: 695.491,48 zł. Wartość nabycia jaj i masy jajecznej od A. S. wykazana w programie Subiekt wynosi 5.286.770 zł. Ponieważ kwoty należne za dostawę produktów rolnych wykazane w programie Subiekt zawierają kwotę podatku od towarów i usług w wysokości 299.251,13 zł. uznano iż kwota netto nabyć produktów rolnych wynosi 4.987.518,87 zł (tj. 5 286 770 zł – 299 251,13 zł). W związku z powyższym ustalono, iż koszt nabycia jaj od A. S. został zawyżony o kwotę 1.328.982,53 zł (tj. 6.316.501,40 – 4.987.518,87 zł): - w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z J. i U. T. stwierdzono, że kwoty podane na fakturach VAT RR różnią się od kwot wykazanych w programie Subiekt. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach VAT RR i ujęta w księgach rachunkowych wynosi: netto 3.160.566,20 zł. Natomiast wartość nabycia jaj i masy jajecznej wykazana w programie Subiekt wynosi 2.390.825,30 zł. Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku VAT wynosi 135.329,73 zł i jest zawarta w kwocie należnej wykazanej w programie Subiekt. Po uwzględnieniu zryczałtowanego zwrotu podatku VAT dotyczącego rolników ryczałtowych kwota netto nabyć produktów rolnych wynosi 2.255.495,57 zł (tj. 2.390.825,30 zł – 135.329,73 zł). W związku z powyższym koszt nabycia jaj od J. i U. T. został zawyżony o kwotę 905.070,63 zł (tj. 3.160.566,20 zł – 2.255.495,57 zł); - w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z M. J. i A. J. stwierdzono, że kwoty podane na fakturach VAT RR różnią się od kwot wykazanych w programie Subiekt. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach i ujęta w księgach rachunkowych wynosi: netto 6.699.250 zł. Wartość nabycia jaj i masy jajecznej wykazana w programie Subiekt wynosi 5.282.493 zł. Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku VAT wynosi 299.009,04 zł i jest zawarta w kwocie należnej wykazanej w programie Subiekt. Po uwzględnieniu zryczałtowanego zwrotu podatku VAT dotyczącego rolników ryczałtowych kwota netto nabyć produktów rolnych wynosi 4.983.483,96 zł (tj. 5.282.493,00 zł – 299.009,04 zł). W związku z powyższym koszt nabycia jaj od M. i A. J. został zawyżony o kwotę 1.715.766,04 zł (tj. 6.699.250 zł – 4.983.483,96 zł). Stwierdzono zatem, że Skarżąca wykazywała w księgach rachunkowych koszty nabycia towarów na podstawie nierzetelnych dokumentów, faktur VAT RR, przedstawiając nierzeczywiste wartości transakcji przeprowadzonych z D. L., A. S., J. i U. T., M. i A. J., w wyniku czego zawyżyła wysokość kosztów uzyskania przychodów w 2009 r. 4.172.873,35 zł (tj. 223.054,15 zł + 1.328.982,53 zł + 905.070,63 zł +1.715.766,04 zł). Ponadto w toku postępowania kontrolnego stwierdzono, iż w prowadzonych przez Spółkę księgach nie uwzględniono kosztu wypłaconych w 2009 r. nieoficjalnych wynagrodzeń. Zgodnie z wynikiem kontroli nr [...] Z.K. przeznaczyła w 2009 r. na nieoficjalne wynagrodzenie kwotę: 1.279.752 zł brutto. Uwzględniając treść art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, na postawie którego kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1, organ kontroli stwierdził, iż za koszt uzyskania przychodów w przedmiotowej sprawie należy uznać faktycznie poniesione przez Spółkę wydatki na zakup jaj. a nie kwoty wykazane na nierzetelnych fakturach VAT RR, a także faktycznie wypłacone pracownikom Spółki wynagrodzenia. Mając na uwadze treść cytowanego przepisu po uwzględnieniu opisanych wyżej nieprawidłowości koszty uzyskania przychodów Spółki za 2009 r. ustalono w wysokości 81.498.548,60 zł (tj. 84.391.669, 95 zł (kwota z deklaracji) – 4.172.873,35 zł + 1.279.752 zł). W toku postępowania kontrolnego organ stwierdził również nieprawidłowości w zakresie ustalenia przychodów. Organ ocenił dokumenty zabezpieczone w siedzibie Spółki przez funkcjonariuszy CBŚ i pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej w [...], w tym dokumenty WZ. Kontrolujący porównali powyższe dokumenty z fakturami sprzedaży jaj. W przypadku kontrahenta K. i A. S. s.c. w O., stwierdzono, że nie cała sprzedaż udokumentowana jest wystawionymi fakturami ujętymi w księgach rachunkowych, pomimo wydania towaru i otrzymania zapłaty za dostarczony towar, co wynika z pokwitowań odbioru gotówki za dostarczony towar podłączonych do dokumentów WZ. Uwzględniając treść zeznań prezesów Spółki, podczas których wyjaśnili, że zdarzały się sytuacje, gdy na życzenie niektórych odbiorców Strona nie wystawiała faktur VAT, pomimo zrealizowanej sprzedaży, ustalono wysokość sprzedaży nie ujętej w fakturach VAT, wynikającej z dowodów wydania towarów WZ wyłącznej wysokości 136.406,40 zł brutto, a po odjęciu kwoty podatku od towarów i usług, ustalono, że wartość nieewidencjonowanego przychodu w 2009 r. wynosi 132.433, 40 zł. Ponadto organ kontroli skarbowej dokonał analizy zapisów w zeszycie "D. Ł." w celu porównania sprzedaży ujętej na fakturach ze sprzedażą wykazaną w w/w zeszycie. Ustalono, że wysokość nieewidencjonowanej sprzedaży za 2009 r. na rzecz D. Ł. wyniosła łącznie 11.003,89 zł brutto, po odjęciu kwoty podatku od towarów i usług wartość niezaewidencjonowanego przychodu ze sprzedaży towarów na rzecz D. Ł. w 2009 r. wyniosła: 9.019,58 zł (tj. 11.003.89 zł/1,22). Po uwzględnieniu opisanych wyżej nieprawidłowości w zakresie ustalenia przez Spółkę przychodów podlegających opodatkowaniu stwierdzono, że przychód Spółki za 2009 r. wynosi 85.056.947,31 zł (tj. 84.915.494,33 zł (kwota przychodu z zeznania) + 132.433,40 zł (przychód udokumentowany dokumentami WZ niezaewidencjonowany przez Spółkę w księgach) + 9.019,58 zł (sprzedaż na podstawie zeszytu "D. L.")). Ustalenia zostały spisane w protokole z badania ksiąg nr [...] z dnia [...] stycznia 2017 r., w którym stwierdzono, że księgi rachunkowe Spółki za 2009 r. w zakresie przychodów oraz kosztów ich uzyskania nie spełniają wymogów określonych w art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. W związku ze stwierdzeniem, że Skarżąca prowadziła księgi podatkowe w sposób nierzetelny, na podstawie art. 193 § 6 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jednolity: Dz. U. z 2015 r., poz. 613 z późn. zm., dalej "O.p."), w protokole stwierdzono, że nie uznaje się ich za dowód w zakresie: - zawyżenia w 2009 r. wysokości kosztu uzyskania przychodu poprzez uwzględnianie kosztów z faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj w wysokości wyższej od faktycznie poniesionych kosztów; - zaniżenia w 2009 r. wysokości kosztu uzyskania przychodu poprzez nie uwzględnienie kosztów wypłaconych wynagrodzeń; - zaniżenia w 2009 r. wysokości osiągniętego przychodu poprzez nie wykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj; - zaniżenia w 2009 r. wysokości osiągniętego przychodu poprzez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży towarów dla D. Ł. Na podstawie art. 23 § 2 pkt 2 O.p. organ kontroli skarbowej odstąpił od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, uznając, że dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalały na określenie podstawy opodatkowania. Pismem z 7 lutego 2017 r. Skarżąca złożyła zastrzeżenia do protokołu z badania ksiąg prezentując stanowisko, że tylko faktury VAT i księgi rachunkowe prowadzone przy użyciu programu komputerowego Symfonia odzwierciedlają rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych a program Subiekt i zeszyty nie miały żadnego znaczenia z perspektywy działalności gospodarczej Spółki, w szczególności nie ma podstaw, by traktować je jako miarodajne źródło informacji o rzeczywistym przebiegu dokonywanych transakcji. Spółka stwierdziła, że zeszyty były wykorzystywane wyłącznie przez A. K. oraz Z. P., jako jedno z narzędzi ułatwiających negocjacje i ocenę skutków i kosztów czynności marketingowych w relacjach z odbiorcami, jak również do ich prywatnych rozliczeń, w związku z czym jako zbędne były niszczone. Zdaniem Skarżącej, na podstawie przeprowadzonych dowodów z zeznań świadków można stwierdzić, że treść wpisów ujęta w programie Subiekt była przypadkowa, w programie dokonywano wpisów według własnego uznania, w sposób nieskoordynowany, bez wyraźnie określonego celu oraz funkcji z perspektywy działalności gospodarczej Spółki, a organ I instancji dokonał błędnego ustalenia wysokości przychodów i kosztów uzyskania przychodów, gdyż faktury VAT są jedynymi rzetelnymi dokumentami potwierdzającymi dokonane transakcje zakupu towaru. Ponadto Skarżąca stwierdziła, że kwoty nieoficjalnego wynagrodzenia pochodziły przeważnie z prywatnych środków prezesów. Skarżąca wniosła o przeprowadzenie dowodów z zeznań świadków: D. S., A. C., P. C. na okoliczności związane z obsługą logistycznego przyjmowania jaj do skupu, charakteru tego procesu logistycznego i wynikających z tego konsekwencji dla funkcjonowania przedsiębiorstwa, a w konsekwencji prawidłowości rozliczeń podatkowych dokonywanych na podstawie faktur VAT oraz faktur VAT RR ujętych w ewidencji księgowej Spółki, a także o przesłuchanie biegłych sporządzających opinię przedłożoną do akt sprawy: tj. P. M., P. P. oraz K. G. B. na okoliczność treści opinii i intencji autorów wyrażających zawarte w niej poglądy, otoczenia rynkowego prowadzonej przez Spółkę działalności, charakterystykę działalności Spółki, prawidłowości prowadzonej przez Spółkę ewidencji księgowej, a co za tym idzie właściwego obliczenia i opłacenia należności publicznoprawnych wynikających z podatku dochodowego od osób prawnych. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie decyzją z [...] marca 2017 r. określił Skarżącej zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r. w wysokości 676.096 zł. Pismem z 11 kwietnia 2017 r. Skarżąca wniosła odwołanie od powyższej decyzji. Dyrektor Izby Skarbowej w [...] zaskarżoną decyzją utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. W uzasadnieniu decyzji organ odwoławczy stwierdził, że w sprawie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia na skutek okoliczności, o których mowa w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Organ podkreślił, że 27 czerwca 2013 r. Prokuratura Okręgowa w [...] wszczęła wobec Spółki postępowanie sygn. akt [...] w sprawie o przestępstwo skarbowe polegające na prowadzeniu nierzetelnej dokumentacji oraz uszczupleniu należności podatkowych. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] pismem z 21 października 2013 r. zawiadomił Stronę o zawieszeniu z dniem 27 czerwca 2013 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za okres od 1 stycznia 2008 r. do 30 czerwca 2013 r. na skutek wystąpienia przesłanki, o której mowa w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Postępowanie karno-skarbowe sygn. akt [...] jest nadal w toku, nie wystąpiły zatem okoliczności, o których mowa w art. 70 § 7 O.p. Zatem bieg terminu przedawnienia został zawieszony w okresie od 27 czerwca 2013 r. do 31 grudnia 2015 r., tzn. na 917 dni, z czego wynika, że organy podatkowe są uprawnione do podjęcia merytorycznego rozstrzygnięcia w sprawie. W opinii Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...], z przeprowadzonego postępowania w sposób bezsporny wynika, że Skarżąca oprócz sprzedaży potwierdzonej wystawionymi na rzecz odbiorców fakturami VAT realizowała również sprzedaż, która nie została udokumentowana fakturami i jednocześnie nie została uwzględniona w prowadzonych przez Spółkę księgach, co w efekcie spowodowało zaniżenie przychodów wykazanych w złożonym zeznaniu podatkowym. Z przeprowadzonego postępowania wynika, zdaniem organu, że Spółka w 2009 r. dokonała sprzedaży jaj na rzecz firmy K. i A. S. o wartości 136.406,40 zł (netto 132.433,40 zł), której nie wykazała w prowadzonych księgach rachunkowych. Wartość ww. sprzedaży ustalono poprzez porównanie wystawionych przez Spółkę dokumentów WZ potwierdzających wydanie towaru, z wystawionymi fakturami za sprzedaż jaj na rzecz w/w odbiorcy i stwierdzono, że pomimo wydania towaru i otrzymania zapłaty za dostarczony towar Strona nie ujęła wartości sprzedaży w prowadzonych księgach rachunkowych. Okoliczność, że przypadki niewystawiania faktur na życzenie niektórych odbiorców miały miejsce, potwierdzili prezesi Spółki w czasie przesłuchania w charakterze strony. Ponadto w trakcie przeprowadzonego postępowania stwierdzono, że Spółka dokonała sprzedaży na rzecz D.Ł. rozpuszczalnika do drukarki, siatki, folii strecz o wartości netto 11.003,89 zł, co wynika z dokumentów WZ potwierdzających wydanie w/w towarów oraz z adnotacji znajdujących się w zeszytach, z których wynika, że należność D.Ł.za sprzedane Spółce jaja została pomniejszona o wartość wydanych przez Spółkę towarów. Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...], w sprawie ustalono bezspornie, że zarówno sprzedaż jaj niepotwierdzona fakturą wystawioną na rzecz nabywcy, jak i sprzedaż na rzecz D.Ł. rozpuszczalnika do drukarki, siatki, folii strecz wiązała się z wydaniem towarów. Zdaniem DIAS, z przeprowadzonego postępowania wynika, że osoby dostarczające towar Spółce dokonywały na rzecz Spółki zwrotu części uiszczonych na podstawie faktur należności, przez co nie można stwierdzić, że wydatki udokumentowane fakturami były faktycznie poniesionymi wydatkami o charakterze definitywnym. Wydatki jedynie tymczasowo poniesione, następnie zwrócone podatnikowi, nie stanowią wydatków poniesionych w celu uzyskania przychodu. Organ uznał, że w postępowaniu ustalono, że Spółka dokonywała zakupu jaj od rolników a zakupy dokumentowano fakturami VAT i VAT RR, które nie przedstawiały faktycznej wartości zakupionego towaru. Spółka dokonywała płatności za wystawione przez rolników towary, a następnie rolnicy dokonywali zwrotu Skarżącej części zapłaconej kwoty wynikającej z faktury. Zwracane przez rolników w gotówce kwoty nie były ujmowane w księgach rachunkowych Spółki, były natomiast ewidencjonowane za pomocą programu Subiekt w formie komputerowej, a także w zeszytach prowadzonych na nazwiska poszczególnych dostawców w formie papierowej. W opinii DIAS, Skarżąca niesłusznie zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów wartość netto wynikającą z nierzetelnych faktur wystawionych przez dostawców jajek, a wystawione faktury nie odzwierciedlają bowiem faktycznych wydatków na zakup towarów. DIAS uznał, że faktyczne wydatki związane z zakupem towaru wynikają z programu Subiekt i prowadzonych zeszytów kontrahentów. Zdaniem organu odwoławczego, z doświadczenia życiowego wynika, że nikt nie prowadzi odrębnej ewidencji, jeżeli jest to nieuzasadnione ekonomicznie. Prowadzenie ewidencji przy pomocy zeszytów angażowało bowiem dodatkowy czas pracowników, a co za tym idzie wiązało się z ponoszeniem przez Spółkę dodatkowego kosztu związanego z zatrudnieniem, który w przypadku braku celowość prowadzonych ewidencji byłby nieuzasadniony dla Spółki. Skoro zatem Spółka prowadziła ewidencję za pomocą programu komputerowego, to robiła to, zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...], w celu ewidencjonowania rzeczywistego przebiegu transakcji, kontroli należności i rozliczeń pomiędzy Spółką a dostawcami. Odnosząc się m.in. do zarzutu naruszenia prawa materialnego, tj. art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 1 i 4 oraz art. 16 ust. I pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych przez ich niezastosowanie (nieuwzględnienie nieudokumentowanych wydatków, części składek ZUS oraz błędne ustalenie kosztu sprzedanych towarów, a także nieuwzględnienie terminu powstania obowiązku podatkowego i prawa do odliczenia podatku VAT), organ odwoławczy uznał je za nieuzasadnione. Wedle DIAS, koszty nabycia towarów od rolników ryczałtowych (D. L., A. S., J. i U. T., M. i A. J.) ustalono na podstawie zapisów z programu Subiekt, natomiast kosztów nabycia towarów od innych kontrahentów nie kwestionowano. Koszty ustalono przez porównanie zapisów dotyczących transakcji zaewidencjonowanych w księgach Spółki na podstawie faktur, z zapisami transakcji wynikającymi z programu Subiekt dokonywanych na podstawie wystawionych dokumentów PZ, które dotyczyły ww. rolników ryczałtowych. Natomiast księgi zostały zakwestionowane tylko w zakresie stwierdzonych nieprawidłowości opisanych szczegółowo zarówno w protokole, jak i w zaskarżonej decyzji, co oznacza, iż koszty nabycia towarów od ww. rolników ryczałtowych ustalone przez Spółkę na podstawie wystawionych i otrzymanych faktur, zastąpiono kosztami ustalonymi przez organ w toku postępowania na podstawie zapisów w programie Subiekt. Podobnie postąpiono w zakresie przychodów, które Spółka zrealizowała, a nie uwzględniła w prowadzonych księgach. W pozostałej części zapisów wynikających z ksiąg nie kwestionowano. Zatem do kosztów sprzedanych towarów zostały zaliczone koszty nabycia takiej samej ilości sprzedanych towarów, jak Spółka uwzględniła w księgach, mimo tego, iż koszt ich zakupu ustalono w innej kwocie. Odnosząc się do zarzutu błędnego ustalenia kosztu sprzedanych towarów w związku z nieuwzględnieniem okoliczności wynikających ze sporządzonego spisu z natury na dzień 31 grudnia 2009 r. o wartości 213.716, 64 zł, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] stwierdził, iż organ I instancji nie kwestionował dokonanej przez Stronę korekty kosztów o zmianę stanu zapasów na początek i koniec roku, tj. o różnicę wynikającą ze spisów z natury na początek i koniec roku. Ponadto należy zauważyć, iż z przedstawionego przez Pełnomocnika wydruku obrotów na koncie "300 Rozliczenie zakupu towarów" wykazano saldo Wn (debetowe) - odzwierciedlające dostawy w drodze, czyli wartość towarów, których nabycie zostało już udokumentowane fakturami, ale składniki aktywów nie zostały jeszcze jednostce dostarczone. Saldo wykazywane na tym koncie nie może świadczy natomiast w żadnym stopniu o ilości towarów, które zostały Spółce dostarczone, a których sprzedaż jeszcze nie nastąpiła. Wartość spisu z natury towarów powinna zgadzać się z saldem konta "Towary". Z kolei odnosząc się do zarzutu nieuwzględnienia kosztów uzyskania przychodów w części dotyczącej pochodnych wynagrodzeń w postaci opłaconych składek na ubezpieczenie emerytalne, rentowe i chorobowe, stwierdzono, iż Spółka nie zapłaciła w terminie składek na ubezpieczenie społeczne od części wynagrodzeń sfinansowanych ze zwrotów dokonanych przez dostawców, zatem składki zapłacone po terminie nie mogły stanowić kosztów uzyskania przychodu i nie wpływały na wysokość podatku. W odniesieniu do nieprawidłowości w ustaleniach w części dotyczącej podatku VAT, organ odwoławczy zauważa, iż zarówno ustalona przez organ pierwszej instancji wysokość kosztów, jak i przychodów, nie zawierają podatku VAT. W ocenie DIAS, w sprawie nie doszło zatem do nieprawidłowości w tym zakresie w ustaleniu podstawy opodatkowania. DIAS podkreślił, że nie jest kwestionowana ustalona pomiędzy podmiotami cena, ale brak uiszczenia przez Spółkę w całości kontrahentom, gdyż jej część była zwracana do kasy w wyniku obowiązującego w Spółce modelu finansowania zakupu towarów. Spółka wykazywała dochody mniejsze od faktycznych, nie na skutek wystąpienia powiązań rodzinnych i ustalania cen odmiennych od rynkowych, lecz na skutek fałszowania dokumentacji. Wedle organu, nie doszło do naruszenia przepisu art. 121 O.p. w wyniku niezastosowania art. 11 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Wedle DIAS, nie doszło również do naruszenia art. 121 O.p. przez niezastosowanie przepisu art. 15 ust. 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. W wymiarze podatku dochodowego uwzględniono bowiem koszt nabycia tej samej ilości towarów, które Spółka uwzględniła w księgach handlowych. Skorygowano jedynie wartość nabycia tych towarów w związku z dokonanymi ustaleniami, z których wynika, iż część kwot za zakup jaj była zwracana Spółce w formie gotówkowej. Za nieuzasadniony uznano również zarzut naruszenia art. 188 w związku z art. 180 § 1 i art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. przez niepodjęcie wszelkich niezbędnych działań mających na celu zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego. W ocenie DIAS, w toku prowadzonego postępowania organ pierwszej instancji podjął wszelkie niezbędne działania zmierzające do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy, realizując tym samym dyspozycję art. 122 O.p., w tym zebrano i wyczerpująco rozpatrzono materiał dowodowy (art. 187 § 1 ww. ustawy). Skarżąca w skardze z dnia 5 września 2017 r. do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie zarzuciła naruszenie: art. 207 § 1 i 2 O.p. w związku z art. 210 § 1 pkt 1-3 O.p. przez doręczenie pełnomocnikowi Strony za pośrednictwem platformy ePUAP pisma z Izby Administracji Skarbowej w [...] zatytułowanego "decyzja", które to pismo nie zawiera nagłówka, nie zawiera oznaczenia organu podatkowego, daty wydania, oznaczenia Strony, a wskutek tego obarczone jest kwalifikowaną wadą prawną, uzasadniającą konieczność wyeliminowania wadliwego dokumentu z obrotu prawnego, a ponadto zawiera informację, że rozpatrzone zostało odwołanie Spółki od decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w [...], który to organ został zniesiony ustawą z dnia 16.11.2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2016 r. poz. 1947 z późn. zm.), naruszenie art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c O.p. w związku z art. 113 § 3 ustawy Kodeks karny skarbowy oraz 313 § 1 i 2 ustawy Kodeks postępowania karnego przez ich błędne zastosowanie i uznanie, że w sprawie doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2009 r., podczas gdy termin do wydania decyzji w tym zakresie upłynął w dniu 31 grudnia 2015 r., art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) O.p. przez utrzymanie w mocy decyzji zamiast uchylenia w całości lub w części rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji nie zawierającego jednego z istotnych elementów rozstrzygnięcia w zakresie odsetek za zwłokę, tj. art. 24 ust. 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej, zgodnie z którym odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, pomimo, iż z uzasadnienia decyzji organu II instancji wynika, iż dokonano rozstrzygnięcia w tym zakresie, art. 233 § 1 pkt 1 O.p. przez utrzymanie w mocy rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji nie spełniającego wymogów określonych art. 210 § 1 pkt 6 O.p. przez błędne określenie zobowiązania podatkowego, będące skutkiem popełnienia szeregu błędów rachunkowych i merytorycznych w ustaleniu podstawy opodatkowania, skutkujących nieprawidłowym ustaleniem kosztów uzyskania przychodów ze sprzedaży towarów bez uwzględnienia zasad określonych w art. 11, art, 15 ust. 1 i 4 oraz art. 16 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, art. 210 § 4 O.p. przez nieuzasadnienie przez organ odwoławczy w rozstrzygnięciu przyczyn odrzucenia wszystkich wniosków dowodowych złożonych przez Skarżącą oraz brak właściwej oceny zarzutów dotyczących m.in. konieczności uwzględnienia spisu z natury na dzień 31 grudnia 2009 r. oraz nieuznania za koszt 2009 r. składek ponoszonych przez podatnika (pracownika, ubezpieczonego), które są elementem wynagrodzenia brutto, oraz powołanie się na niewłaściwy przepis art. 15 ust. 4h ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych dotyczących składek ponoszonych przez płatnika, art. 121 § 1 O.p. w związku z art. 2a tej ustawy przez nieprowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, niewyjaśnienie w sposób należyty i niezbędny do prawidłowego rozstrzygnięcia wszystkich okoliczności faktycznych, w tym pomijanie okoliczności korzystnych dla Skarżącej, a w rezultacie wydanie rozstrzygnięcia na niekorzyść Strony, pomimo istnienia wątpliwości co do zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego, a także popełnienie istotnych błędów merytorycznych przy ustaleniu podstawy opodatkowania polegających na nieprawidłowym ustaleniu kosztów sprzedanych towarów, nieuwzględnieniu w kosztach 2009 r. wszystkich pochodnych wynagrodzeń w części przypadającej na podatnika, a także ustaleń w zakresie podatku VAT za 2009 r. oraz powiązań rodzinnych zarządu Spółki z niektórymi dostawcami, art. 188 w związku z art. 180 § 1, art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. przez niepodjęcie wszelkich niezbędnych działań, mających na celu zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego oraz bezzasadne nieuwzględnienie wniosków dowodowych Skarżącej, w tym w szczególności wniosku o przeprowadzenie dowodu z dokumentów księgowych pominiętych przez organ pierwszej instancji (spisu z natury i zapisów na kontach księgowych), wniosku o oszacowanie podstawy opodatkowania, protokołu z postępowania kontrolnego w zakresie podatku VAT za 2009 r., protokołu z kontroli ZUS oraz dokumentów związanych z zawieszeniem biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, art. 233 § 1 pkt 1 O.p. przez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji z naruszeniem przepisów o właściwości organów kontroli skarbowej, tj. art. 15 § 1 i art. 16 Ordynacji podatkowej w związku z art. 24 ust. 2a ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, art. 4-6 ustawy z dnia 13 listopada 2003 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego (t.j. Dz. U. z 2016 r. poz. 198 ze zm.) oraz art. 111 pkt 1 ustawy z dnia 27 września 2009 r. o finansach publicznych (t.j. Dz. U. z 2016 r. poz. 1870 ze zm.) poprzez naruszenie właściwości rzeczowej przez organ I instancji w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych, przez co nastąpiło wydanie rozstrzygnięcia przez nieuprawniony organ, art. 193 § 4 O.p. przez stwierdzenie nierzetelności ksiąg Spółki w oparciu o protokół z badania ksiąg, w którym nie zawarto elementów badania ksiąg rachunkowych, art. 23 § 1 pkt 2 O.p. przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania, mimo stwierdzenia nierzetelności ksiąg, istnienia powiązań gospodarczych i osobowych, nieposiadania wszystkich danych do określenia podstawy opodatkowania, m.in. dotyczących nieudokumentowanych wydatków oraz kosztu sprzedanych towarów, a także nie uwzględnienie terminu obowiązku podatkowego i prawa do odliczenia podatku VAT, art. 233 § 1 pkt 1 O.p. przez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji, w której nie powołano podstawy prawnej odnoszącej się do powstania zobowiązania podatkowego i jego zadeklarowania w zeznaniu, tj. art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 4, art. 18, art. 19 ust. 1, art. 27 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, oraz w zakresie odsetek za zwłokę, tj. art. 24 ust. 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej, uniemożliwiając merytoryczne ustosunkowanie się Strony do zastosowanej w rozstrzygnięciu podstawy prawnej, art. 233 § 1 pkt 1 oraz art. 120 O.p. przez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji mimo niezastosowania się przez organ do przepisów prawa materialnego, tj. art. 11 ust. 1-6 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, nakazujących oszacowanie dochodu Spółki, jeżeli w wyniku powiązań rodzinnych zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały, a także poprzez niezastosowanie art. 15 ust. 4 ustawy podatku dochodowym od osób prawnych, regulującego zaliczanie do kosztów uzyskania przychodu danego roku podatkowego odpowiadających im kosztów nabycia sprzedanych towarów oraz wynagrodzeń brutto łącznie ze wszystkimi pochodnymi, art. 122 w związku z art. 191 O.p. przez nieprawidłowe, pobieżne, wyrywkowe ustalenie stanu faktycznego, niewyjaśnienie i nieuwzględnienie wielu istotnych dla sprawy okoliczności faktycznych, nieprzeprowadzenie istotnych dla sprawy dowodów, głównie w zakresie spisu z natury na dzień 31.12.2009 r., ustaleń dokonanych w trakcie postępowania w zakresie podatku VAT za 2009 r., protokołu z kontroli ZUS Oddział w Płocku, a także dowodów o powiązaniach rodzinnych zarządu Spółki z kontrahentami, art. 2 w zw. z art. 42 ust. 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej w zw. z art. 16 i art. 48 ust. 1 i 2 Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej przez naruszenie zasady demokratycznego państwa prawnego i wynikającego z tej zasady nakazu ochrony zaufania obywateli do państwa i stanowionego przezeń prawa, przejawiające się w pozbawieniu Skarżącej możliwości skorzystania z domniemania niewinności oraz pozbawienie Skarżącej prawa do obrony poprzez oparcie rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie na niepełnym materiale dowodowym, dopuszczenie się rażących błędów proceduralnych i w rezultacie osądzenie Skarżącej i wydanie rozstrzygnięcia na długo przed fizycznym wydaniem skarżonej decyzji. Ponadto z ostrożności procesowej zaskarżonej decyzji Strona zarzuca naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: 1) art. 7 ust. 1 i 2 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych stanowiącego, że przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym jest dochód, który jest nadwyżką sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania, przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania; art. 11 ust. 1-6 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nakazującego oszacowanie dochodu Spółki, gdyż w wyniku powiązań rodzinnych Strony z dostawcami zostały ustalone i narzucone warunki dostaw różniące się od warunków, jakie Spółka stosowała z podmiotami niezależnymi, w wyniku czego Spółka zadeklarowała dochody nieznacznie różniące się od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały; art. 15 ust. 1 i 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych stanowiącego, że kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1, oraz koszty te są potrącalne w tym roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody, poprzez nieuwzględnienie nieudokumentowanych wydatków dotyczących pochodnych wynagrodzeń oraz kosztu sprzedanych towarów, art. 16 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania i pominięcie istotnych danych do jej określenia, tj. nieuwzględnienie terminu powstania obowiązku podatkowego i prawa do odliczenia podatku VAT; art. 27 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania i pominiecie istotnych danych do jej określenia, tj. nieuwzględnienie terminu powstania obowiązku podatkowego i prawa do odliczenia podatku VAT, art. 24 ust. 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej przez jego niezastosowanie pomimo, iż decyzja organu pierwszej instancji nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, gdyż postępowanie kontrolne było prowadzone przez okres 30 miesięcy, w szczególności z powodu przerw związanych z jednoczesnym wykonywaniem czynności kontrolnych w kilkunastu postępowaniach prowadzonych przez ten sam zespół kontrolny, przepisów ustawy o rachunkowości, a w szczególności art. 6 ustawy z 29 września 1994 r. o rachunkowości (Dz. U. z 2013 r., poz. 330, ze zm., dalej "u.o.r."), poprzez niezastosowanie ich przy określaniu podstawy opodatkowania w zakresie kosztu własnego sprzedanych towarów oraz pochodnych wypłaconych wynagrodzeń oraz przyjętej polityki rachunkowości. W związku z powyższymi zarzutami Strona wniosła o stwierdzenie nieistnienia decyzji organu I instancji, ewentualnie w przypadku nieuwzględnienia wniosku z ostrożności procesowej o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i umorzenie postępowania w sprawie, lub uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i przekazanie sprawy organowi II instancji do ponownego rozpatrzenia oraz zasądzenie od organów podatkowych na rzecz Skarżącej kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych. W piśmie z 25 lipca 2018 r., wniosła o przeprowadzenia dowodów uzupełniających z dokumentów, na okoliczność art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 46 a u.p.d.o.p. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] wniósł o oddalenie skargi. Na rozprawie w dniu 3 sierpnia 2018 r. oddalono wnioski zwarte w piśmie z dnia 25 lipca 2018 r. Pełnomocnik Skarżącej oświadczył, że składki ZUS w części ponoszonej przez pracownika stanowią koszty pośrednie uzyskania przychodu i nie zostały zapłacone w 2009 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył co następuje: Skargę należało uwzględnić, choć nie wszystkie argumenty podniesione w niej są trafne. Skarżąca w złożonym zeznaniu podatkowym wykazała zobowiązanie podatkowe w wysokości innej, niż wysokość należnego zobowiązania podatkowego. Stąd, zdaniem organów podatkowych, zaistniała przesłanka do określenia wysokości zobowiązania podatkowego w drodze decyzji. W ocenie DIAS, Spółka oprócz sprzedaży potwierdzonej wystawionymi na rzecz odbiorców fakturami VAT realizowała również sprzedaż, która nie została udokumentowana fakturami i jednocześnie nie została uwzględniona w prowadzonych przez Spółkę księgach, co w efekcie spowodowało zaniżenie przychodów wykazanych w złożonym zeznaniu podatkowym. Nadto, osoby dostarczające towar Spółce dokonywały na rzecz Spółki zwrotu części uiszczonych na podstawie faktur należności, przez co nie można stwierdzić, iż wydatki udokumentowane fakturami były faktycznie poniesionymi wydatkami o charakterze definitywnym, ze skutkiem na zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów. W konsekwencji Strona niesłusznie zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów wartość netto wynikającą z nierzetelnych faktur wystawionych przez dostawców jajek, ponieważ faktury nie odzwierciedlają faktycznych wydatków na zakup towarów. Jak wynika ze stanu faktycznego, Strona w skardze zakwestionowała zarówno prawidłowość prawnych form działania organów (w tym budowę uzasadnienia decyzji), ocenę instytucji zawieszenia biegu terminu przedawnienia, dokonane ustalenia stanu faktycznego (poprzez, przykładowo, pominięcie wniosków dowodowych, istotnych okoliczności korzystnych dla Strony, uznanie nierzetelności ksiąg Spółki), - jak i prawidłowość oceny właściwości organu czy niezastosowanie art. 23 § 1 pkt 2 O.p. przy ustalaniu podstawy opodatkowania. Konsekwencją tych błędów jest, w jej ocenie, (rażące) naruszenie u.p.d.o.p., u.k.s., ustawy o rachunkowości. Zdaniem Sądu, spór co do przyjętej przez Stronę wysokości zobowiązania podatkowego wynikał ze sposobu przyjęcia przychodu i kosztów uzyskania przychodów, będących następstwem zastosowanego sposobu postepowania w tym względzie i – przede wszystkim – prawidłowości ustalenia stanu faktycznego sprawy. Dla wyniku sporu najważniejsze znaczenie ma ocena zastosowania procedury, w szczególności metod ustalania stanu faktycznego. Naruszenie prawa materialnego jest, jak wynika z treści skargi - następstwem zastrzeżeń odnośnie stosowania przepisów postępowania, stąd kolejność badania zarzutów. Skarżąca nie wykazała bowiem wad rozumienia prawa przez organ podatkowy, natomiast sugerowane w skardze wady stosowania są następstwem niekorzystnych dla Strony ustaleń stanu faktycznego. Sąd wskazuje, że jest zobowiązany do uwzględniania wskazań wynikających z dorobku prawnego w podobnych sprawach oraz, w szczególności, do uwzględniania wskazań zawartych w orzeczeniach wydanych względem Skarżącej (por. uzasadnienie z 21 czerwca 2018 r. III SA/Wa 2839/17, III SA/Wa 1546/17, CBOSA): dotyczących podatku dochodowego za 2008 r. i za 2009 r. Niewskazane bowiem jest, by zbliżona okoliczność została na podstawie podobnych przepisów i – do tego – w podobnym stanie faktycznym oceniona w różny sposób, zwłaszcza w odniesieniu do jednego podmiotu i za kolejne lata podatkowe. Wobec zbieżności zarzutów ze skarg w sprawach III SA/Wa 2839/17 oraz III SA/Wa 1546/17 oraz niewystępowania odrębności w okolicznościach sporu o podatek za 2009 r. ze sporami za lata 2008 i 2010 ocena Sądu, co do tych zarzutów w niniejszej sprawie nie może różnić się w istotnych elementach. Pomimo poczynionej powyżej uwagi, wątpliwości Sądu wzbudziły jednak kwestie (sygnalizowane już w odwołaniu) w zakresie remanentu (spisu z natury) i różnic, co do wysokości kosztów uzyskania przychodów. Jak sam organ podatkowy wskazał w aktach podatkowych (k 2191 akt podatkowych), a Skarżąca powtórzyła w skardze (s. 31 skargi, karta 18 akt sadowych) stan remanentu wynosił 293716,62 zł, zaś wysokość kwoty świadczy o tym, że wynik remanentu obejmował faktury wystawione przez A. S., D. Ł., A. J. O rzeczywistym rozmiarze obrotu z przywołanymi kontrahentami świadczą również zapisy w "zeszycie" (por. k.1312-1352, VIII tom akt podatkowych), na które, w innych okolicznościach, powołuje się sam organ podatkowy. Wskazują na to także dokumenty magazynowe PZ (przyjęcie materiału z zewnątrz - k 1388-1495, III-IV tom akt) oraz istnieją numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy Subiekt (k 1388-1495, akt podatkowych). Wątpliwości, co do wzmiankowanej okoliczności zostały jednoznacznie zaakcentowane w odwołaniu (s. 19 odwołania, k. 2245 akt podatkowych) i wzmiankowana w skardze (s. 4, s 29 skargi, k 17 akt sądowych). Sąd wskazuje, że w polskim systemie prawa podatkowego przepisy regulujące podatki dochodowe wprowadziły podział kosztów uzyskania przychodów na koszty bezpośrednio związane z przychodami (koszty bezpośrednie) oraz koszty inne niż bezpośrednio związane z przychodami (koszty pośrednie). Co do zasady, koszty uzyskania przychodów bezpośrednio związane z przychodami, poniesione w latach poprzedzających rok podatkowy oraz w roku podatkowym, są potrącalne w tym roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody, z zastrzeżeniem ust. 4b i 4c (art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p.). W ocenie Sądu, z treści protokołu kontroli organów wynika, że różnice z przywołanych faktur zostały uwzględnione, pomniejszone zostały koszty uzyskania przychodów sprzedaży towarów: oznacza to, że organ uznał te różnice za różnice dotyczące towarów sprzedanych (k. 2033 akt podatkowych). W konsekwencji, w sytuacji, gdy towary te były (jednak) uwzględnione w remanencie (spisie), to takie działanie organu byłoby nieuprawnione, ponieważ zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów obejmowałoby różnice dotyczące towarów niesprzedanych. Dlatego organ powinien poddać analizie kwestie wielokrotnie podnoszone w postępowaniu (także w odwołaniu), w zakresie większym niż wynika to z (znikomej) treści zaskarżonej decyzji. Gdyby bowiem, te różnice w kosztach zostały rozliczone, jak podnosi Strona, to miałoby to wpływ na wynik sprawy, ponieważ koszty zostałyby zaniżone o różnice występujące przy zakupach udokumentowanych fakturami wskazanymi w skardze. W ocenie Sądu, materiał faktyczny, na którym w myśl zasady określonej w art. 122 i 187 § 1 O.p. winien być oparty wymiar podatku, stanowią - o ile wymiar taki ma odpowiadać prawdzie - tylko takie dane uzyskane w postępowaniu podatkowym, z których wysokość podstawy opodatkowania bądź bezpośrednio wynika, bądź też z którymi pozostaje w ścisłym związku. Użyte w procesie kalkulacji po stronie kosztów i po stronie przychodów wartości powinny pozostawać w logicznej "łączności". W szczególności materiał taki dla ustalenia faktu sprzedaży określonego towaru i w konsekwencji odtworzenia wartości podstawy opodatkowania może wynikać z danych dotyczących nabywania określonego towaru, który jest jednocześnie towarem handlowym podatnika – a zatem i zbywania. Chociaż z takich danych podstawa opodatkowania bezpośrednio nie wynika, to jednak z takimi danymi pozostaje w ścisłym związku o tyle, że dane o wartości zakupu z uwzględnieniem wartości początkowej i sprzedaży, dają wartość przychodu. Braki w tym względzie musiały skutkować naruszeniem art. 187 § 1 w zw. z art. 191 O.p., ponieważ postępowanie dowodowe, powinno doprowadzić do zrekonstruowania konkretnego prawno-podatkowego stanu faktycznego, zatem musi obejmować te fakty i dowody, które mają prawne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy podatkowej – zwłaszcza przy jednoznacznych, sygnalizowanych przez Stronę wynikach arytmetycznych. Niezbędne w procesie kalkulacji dane mogą wynikać nie tylko z księgi, ale także z faktur, remanentów, wysokości marż i innych dokumentów źródłowych. Obowiązkiem organów podatkowych jest zatem poszukiwanie elementów stanu faktycznego, mających, tak jak w niniejszej sprawie, odniesienie do prawno-podatkowego stanu faktycznego rozpatrywanej sprawy, czyli zmierzających do ustalenia (lub zaprzeczenia) warunków hipotezy określonej normy materialnego prawa podatkowego, która ma mieć w sprawie zastosowanie. Postępowanie dowodowe w sprawach podatkowych stanowi bowiem poszukiwanie odpowiedzi, czy w określonym stanie faktycznym, sytuacja podatnika podpada, czy też nie podpada pod hipotezę (a w konsekwencji i dyspozycję) określonej normy prawa materialnego podatkowego: w tym wypadku dotyczącej kosztów. uzyskania przychodów. W konsekwencji, zdaniem Sądu badającego niniejszy spór, brak możliwości przeprowadzenia dowodu powinien być uzasadniony w sposób niebudzący wątpliwości. Uzasadnienie, które nie zawiera wyjaśnienia istotnych wątpliwości sygnalizowanych w treści odwołania, narusza zasady postępowania podatkowego wynikające z O.p.: zasadę zaufania do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.), przekonywania (art. 124 O.p.), zupełności postępowania podatkowego (art. 187 O.p.) oraz swobodnej oceny dowodów (art. 191 O.p.). Nie ma bowiem pewności czy organ podjął wszelkie działania w celu zebrania i rozpatrzenia w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego ważnego dla rozstrzygnięcia sprawy. W tym, ściśle określonym zakresie trafny jest zarzut naruszenia art. 210 § 1 pkt 6 O.p. w powiazaniu z art. 15 ust. 1 i 4 u.p.d.o.p. oraz art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p. Okoliczności te powinny zostać zbadane przez organ z uwzględnieniem poczynionych przez Sąd powyżej uwag. Odnosząc się do pozostałych zarzutów Sąd zauważa, że zaskarżona decyzja została podpisana elektronicznie i doręczona pełnomocnikowi Strony za pośrednictwem platformy ePUAP w formie pliku w formacie xades, ten sam plik został doręczony organowi pierwszej instancji (Naczelnikowi [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] oraz Naczelnikowi [...] Urzędu Skarbowego w [...]), nadto wysłany Stronie plik zawierający podpisaną elektronicznie decyzję z dnia [...] lipca 2017 r. został również otworzony przez DIAS w celu wydrukowania i włączenia do akt niniejszej sprawy. Decyzja ta zawiera wszystkie elementy z art. 210 § 1 O.p., w szczególności zawiera oznaczenia organu podatkowego, datę wydania oraz oznaczenie Strony. Natomiast trudności z prawidłowym otwarciem pliku nie mogą świadczyć o tym, iż decyzja nie zawiera w/w obligatoryjnych elementów, o których mowa w w/w przepisie, ze skutkiem dla oceny skuteczności zarzutu naruszenia art. 207 § 1 i 2 w zw. z art. 210 § 1 pkt 1, 2 i 3 O.p. Odnośnie domniemanej wady w budowie decyzji znajdującej wyraz w wadliwym oznaczeniu organu Sąd wskazuje, że oczywista ta omyłka została sprostowana postanowieniem z dnia 28 września 2017 r. nr [...] (k 2329 akt administracyjnych). Nie jest również trafny zarzut przedawnienia, tj. naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. i art. 113 § 1 k.k.s. oraz 313 § 1 i 2 k.p.k. Spółka, jako podatnik podatku dochodowego od osób prawnych, obowiązana była do złożenia zeznania podatkowego za sporny 2009 r. w tym podatku w terminie do 30 marca 2010 r. i w tym terminie zgodnie z treścią art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p. upływał termin płatności podatku wynikającego z zeznania podatkowego. Stąd termin przedawnienia zobowiązania Strony we wskazanym wyżej podatku zaczynał biec w dniu 31 grudnia 2010 r. i upływał w dniu 31 grudnia 2015 r. (art. 70 § 1 O.p.). Skoro Prokuratura Okręgowa w [...] wszczęła 27 czerwca 2013 r. wobec Spółki postępowanie w sprawie o przestępstwo skarbowe polegające na prowadzeniu nierzetelnej dokumentacji oraz uszczupleniu należności podatkowych (sygn. akt [...]), zaś Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] pismem z dnia 21 października 2013 r. (doręczonym w dniu 24 października 2013 r.) zawiadomił Stronę o zawieszeniu z dniem 27 czerwca 2013 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za okres od 1 stycznia 2008 r. do 30 czerwca 2013 r. na skutek wystąpienia przesłanki, o której mowa wart. 70 § 6 pkt 1 O.p., to bieg terminu przedawnienia został zawieszony w okresie od dnia 27 czerwca 2013 r. do dnia 31 grudnia 2015 r., tzn. na 917 dni (por. akta post. adm., tom X, k. 1843). Dla skuteczności przerwania biegu terminu przedawnienia nie ma wpływu postawienie Stronie zarzutów w postępowaniu karno-skarbowym, lecz istotne jest tylko poinformowanie Strony przed upływem terminu przedawnienia o wszczęciu postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe. Wobec powyższych, wynikających z rzetelnej analizy akt, poglądów Sąd uznaje za trafne uwagi w przywołanych wyrokach, zgodnie z którymi z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. wynika, że warunkiem zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego było wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe o czyn wiążący się z niewykonaniem tego zobowiązania, o którym to postępowaniu podatnik został zawiadomiony. Dlatego też art. 70 § 6 pkt 1 O.p. interpretować należy w ten sposób, że wszczęcie śledztwa lub dochodzenia w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe zawiesza bieg terminu przedawnienia, jeśli podatnik został o tym fakcie zawiadomiony najpóźniej z upływem terminu wskazanego w art. 70 § 1 O.p., lub z okoliczności sprawy wynika, kiedy dowiedział się o toczącym się postępowaniu i jego przedmiocie, którym musi być podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia związanego z niewykonaniem zobowiązania podatkowego. Zdaniem Sądu zatem zawiadomienie dokonane przez organ pismem z 21 października 2013 r. spełnia wymogi zakomunikowania o zawieszeniu biegu terminu stawiane treścią art. 70c O.p., co potwierdza uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z 18 czerwca 2018 r., I FPS 1/18. W rezultacie, bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2010 r. uległ zawieszeniu od dnia 27 czerwca 2013 r. W ocenie Sądu, skoro zaskarżona decyzja rozstrzygała sprawę wysokości zobowiązania podatkowego za 2009 r., a nie o wysokości zaległości podatkowej, to porównanie określonego decyzją zobowiązania podatkowego z dokonanymi na poczet tego zobowiązania wpłatami świadczy o wysokości zaległości podatkowej, którą podatnik winien uiścić wraz z należnymi odsetkami naliczonymi zgodnie z przepisami podatkowymi. Brak rozstrzygnięcia w tej kwestii nie mógł być przyczyną uchylenia decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, ponieważ kwestia odsetek nie jest przedmiotem rozstrzygnięcia. Zasadą jest, że nie nalicza się odsetek za zwłokę po upływie 6 miesięcy trwania postępowania kontrolnego (od wszczęcia postępowania do doręczenia wydanej w tym postępowaniu decyzji), chyba że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu podatkowego. Wskazany w art. 24 ust. 5 u.k.s. – jako zasada – okres 6 miesięcy trwania postępowania, kończy się doręczeniem decyzji. Powyższe oznacza, że organ kontroli skarbowej w ramach prowadzonego postępowania nie ma możliwości pewnego stwierdzenia, w jakim dniu będzie doręczona kontrolowanemu decyzja, niezależnie od czasu trwania postępowania kontrolnego. Skarżący nie oznaczył w skardze podstaw do odstąpienia od poglądu wyrażonego w wyrokach zapadłych w sprawach opatrzonych sygnaturami III SA/Wa 2839/17 oraz III SA/Wa 1546/17. Dlatego nie jest trafny zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 2 O.p. w zw. z art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s. Nie może zostać, w ocenie Sądu, uznany za skuteczny zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 w związku z art. 15 § 1 i art. 16 O.p., art. 24 ust. 2a u.k.s. oraz art. 4-6 ustawy o dochodach jednostek samorządu terytorialnego, art. 111 pkt 1 ustawy o finansach publicznych poprzez naruszenie właściwości rzeczowej przez organ pierwszej instancji. Przede wszystkim, na podstawie art, 24 ust. 1 pkt 1 u.k.s. w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w zakresie podatków, których określanie lub ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych, podatku akcyzowego oraz podatku od wydobycia kopalin organ kontroli skarbowej kończy postępowanie kontrolne decyzją w rozumieniu ustawmy Ordynacja podatkowa. Nie doszło zatem do naruszenia przepisów o naruszeniu właściwości rzeczowej i miejscowej przy wydawaniu decyzji przez organ pierwszej instancji. Sąd nie uznaje również za trafny zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 i art. 210 § 1 pkt 6 O.p. w zw. z wymienionymi przepisami prawa materialnego (s 4 skargi) – poza zastrzeżeniami poczynionymi powyżej w niniejszym uzasadnieniu. W szczególności, nie doszło do popełnienia błędów merytorycznych przy nieuwzględnieniu kosztów uzyskania przychodów dotyczących pochodnych wynagrodzeń w postaci opłaconych składek na ubezpieczenie emerytalne, rentowe i chorobowe, w części opłacanej przez ubezpieczonego. W odniesieniu do składek ZUS od wynagrodzeń, ustawodawca w sposób szczególny uregulował kwestię momentu zaliczania wydatków poniesionych na ich wypłatę do kosztów uzyskania przychodu. Moment ujęcia składek ZUS (w części finansowanej przez pracodawcę), jako kosztu podatkowego jest uregulowany w art. 15 ust. 4h u.p.d.o.p. Z brzmienia tego przepisu wynika, że składki z tytułu należności, o których mowa w ust. 4g, określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w części finansowanej przez płatnika składek, składki na Fundusz Pracy oraz Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych, z zastrzeżeniem art. 16 ust. 1 pkt 40, stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który należności te są należne, pod warunkiem że składki zostaną opłacone: a) z tytułu należności wypłacanych lub postawionych do dyspozycji w miesiącu, za który są należne - w terminie wynikającym z odrębnych przepisów; b) z tytułu należności wypłacanych lub postawionych do dyspozycji w miesiącu następnym, w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony - nie później niż do 15 dnia tego miesiąca. W przypadku uchybienia tym terminom do składek tych stosuje się art. 16 ust. 1 pkt 57a i ust. 7d. Stosownie natomiast do treści art. 16 ust. 1 pkt 57a u.p.d.o.p., nie uważa się za koszty uzyskania przychodów nieopłaconych do Zakładu Ubezpieczeń Społecznych składek, z zastrzeżeniem pkt 40 oraz art. 15 ust. 4h, określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w części finansowanej przez płatnika składek. Z powyższych przepisów wynika zatem, iż moment zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów składek określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w części finansowanej przez płatnika składek, należnych od wypłaconych wynagrodzeń z tytułu umowy o pracę uzależniony jest od momentu wypłaty tych wynagrodzeń oraz uiszczenia ww. składek. W przypadku, gdy wynagrodzenia wypłacane są w miesiącu, za który są należne, składki od tych wynagrodzeń stanowią koszty uzyskania przychodu miesiąca, za który należne są ww. wynagrodzenia, o ile składki te uiszczone zostały w terminach wynikających z odrębnych przepisów. Natomiast w przypadku, gdy wynagrodzenia wypłacane są w miesiącu następnym po miesiącu, za który wynagrodzenia te są należne (o ile termin tej wypłaty wynika z przepisów prawa pracy, np. z regulaminu wynagradzania lub zwartej umowy) składki należne od tych wynagrodzeń stanowią koszty uzyskania przychodów: a) miesiąca, za który należne są te wynagrodzenia, o ile uiszczone zostały do 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, za który wynagrodzenia te są należne, b) w momencie ich zapłaty, jeżeli uiszczone zostały w terminie późniejszym. Zgodnie z ustaleniami stanu faktycznego składki ZUS należne od wynagrodzeń za 2009 r. (w części finansowanej przez pracodawcę), zostały uregulowane przez Skarżącą znacznie później, bo dopiero w 2016 r. Tym samym, nie zostaną spełnione wymogi wskazane w art. 15 ust. 4h u.p.d.o.p. W związku z tym, że wydatki te nie zostały uregulowane przez Skarżącą we właściwych momentach 2009 r. to też będą mogły stanowić koszty uzyskania przychodów w momencie ich faktycznej zapłaty. Podstawowym warunkiem umożliwiającym zaliczenie zapłaconych składek na ubezpieczenie społeczne do kosztów uzyskania przychodów roku podatkowego, za który wynagrodzenie jest należne, jest ich terminowe opłacenie. W niniejszej sprawie taka sytuacja nie miała miejsca, gdyż składki nie zostały zapłacone w terminie. Zatem zarzut niewłaściwego powołania podstawy prawnej, tj. przepisu art. 15 ust 4h u.p.d.o.p., nie znajduje uzasadnienia. Nadto, zarówno Z. P. oraz A. K. w ramach wyjaśnienia istotnych okoliczności dotyczących czynu zabronionego przyznali się też, że w okresie od maja 2008 r. do czerwca 2013 r. Spółka wypłacała swoim pracownikom i zleceniobiorcom wynagrodzenie za wykonaną pracę w dwóch częściach – od części wynagrodzenia płaconego pracownikom w gotówce lub przelewami Spółka pobierała i odprowadzała zaliczki na PIT oraz składki ZUS, w tym część składek, którą Spółka obowiązana była finansować z własnych środków, co uwzględniała w odpowiednich deklaracjach oraz część wynagrodzenia, którą współpracownicy otrzymywali w kwocie brutto bez potrącania zaliczek na podatek oraz składek ZUS. Członkowie zarządu Z. P. oraz A. K. podali, że Spółka jako płatnik skorygowała za okres 2008 – 2012 deklaracje PIT-4R, skorygowała lub złożyła informacje PIT-11 i uiściła za okres od maja 2008 r. do czerwca 2013 r. zaległe zaliczki PIT w wysokości 920.642 zł oraz zaległe składki ZUS w wysokości 3.312.970,13 zł wraz z odsetkami za zwłokę; co do pracowników zatrudnionych na próbę może się okazać, że Spółka nie będzie w stanie w ogóle przygotować deklaracji ZUS w tym zakresie. Nie zostało wykazane przez Stronę naruszenie art. 210 § 4 O.p. Nie ma bowiem potwierdzenia w aktach sprawy pogląd o nieuzasadnieniu przez organ odwoławczy w rozstrzygnięciu przyczyn odrzucenia wszystkich wniosków dowodowych złożonych przez Skarżącą. Zarówno organ pierwszej instancji jak i organ odwoławczy odniósł się do składanych w toku postępowania wniosków dowodowych. Rozstrzygnięciu organów podatkowych w tej materii nie sprzeciwia się ani art. 180 § 1, ani art. 188 O.p. Przedstawione na potwierdzenie argumentacji Strony dokumenty, na okoliczność których Strona wnosiła o przeprowadzenie dodatkowego postępowania dowodowego, stanowią materiał dowodowy i zostały ocenione w postępowaniu odwoławczym jako nie mające znaczenia dla sprawy. Skarżąca nie wykazała wadliwości tego poglądu, co jest warunkiem uznania skuteczności zarzutu. Zdaniem Sądu, z akt sprawy nie wynika, by istniały wątpliwości, co do zawieszenia biegu terminu przedawnienia. W szczególności to, że, termin przedawnienia w niniejszej sprawie został zawieszony wskutek wszczętego postępowania karno-skarbowego wynika z prostego zastosowania treści przepisów i wskazań z dorobku orzecznictwa, powołanego powyżej. Co więcej, w sprawie nie wystąpiły żadne wątpliwości co do treści zastosowanych przepisów, natomiast dyspozycja art. 2a O.p. nie ma zastosowania do usuwania wątpliwości dotyczących stanu faktycznego, lecz jedynie - przepisów prawa. Zasada in dubio pro tributario nie może być rozumiana w ten sposób, iż w przypadku wątpliwości interpretacyjnych organy podatkowe są zobowiązane przyjąć punkt widzenia podatnika. Zasada ta bowiem ma zastosowanie wyłącznie wtedy, gdy wykładnia przepisu prawa przy zastosowaniu wszystkich jej aspektów (językowego, systemowego, funkcjonalnego) nie daje zadowalających rezultatów. Zasada in dubio pro tributario nakazuje rozstrzyganie na korzyść podatnika wątpliwości, jednakże tylko tych, które dotyczą prawa, nie zaś wątpliwości co do stanu faktycznego, który podlega ustaleniu zgodnie z zasadami reguł postępowania (por wyrok z 20 grudnia 2017 r., II FSK 3555/15, CBOSA). Stąd ocena zarzutu naruszenia art. 121 § 1 w zw. z art. 2a O.p. Ubocznie tylko Sąd zauważa, ze wątpliwości co do stanu faktycznego wyjaśnia się w toku postępowania podatkowego. Wątpliwości te jednak nie wystąpiły w sprawie. Nie mogą zostać uwzględnione zarzuty mające za przedmiot naruszenia art. 188 w związku z art. 180 § 1 i art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. poprzez niepodjęcie wszelkich niezbędnych działań mających na celu zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego. W szczególności, podjęcie przez organy odmiennego rozstrzygnięcia, niż życzyłaby sobie Strona, nie powoduje automatycznego naruszenia zasady praworządności, czy zaufania do organów podatkowych wyrażonej w art. 121 O.p. Należy zauważyć, że postępowanie trwało od kwietnia 2014 r. do wydania decyzji organu drugiej instancji, a zatem przez prawie trzy lata a Skarżąca uczestniczyła w nim czynnie. Składane przez Skarżącą dokumenty były przyjmowane i stanowiły przedmiot refleksji. Fakt, że dokonana przez organy ocena nie jest satysfakcjonująca dla Skarżącej, nie czyni postępowania wadliwym. Sąd zaznacza, że zapewniono Skarżącej czynny udział w każdym stadium postępowania oraz możliwość wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Organy prowadzące postępowanie zgromadziły wystarczający do wydania decyzji materiał dowodowy, a następnie dokonały jego oceny, zgodnej z zasadami logiki i doświadczenia życiowego, a więc w sposób obiektywny, logiczny i przy wykorzystaniu wiedzy z zakresu prawa podatkowego. Organy przeprowadziły szereg dowodów służących wykazaniu okoliczności istotnych z punktu widzenia ustalenia prawidłowego rozliczenia Skarżącej. I tak Sąd zaznacza, że organy podatkowe włączyły w poczet materiału dowodowego materiał zgromadzony w ramach innych postępowań (akta post., tom VIII, k. 1342), w tym program komputerowy Subiekt wraz z bazą danych (tom VIII, k. 1513, tom V, k. 885-984), a także zabezpieczone podczas przeszukania kilkanaście zeszytów formatu A5 z zapisami dotyczącymi transakcji Skarżącej z wybranymi kontrahentami za lata 2008-2013 (akta post. pod., tom II, k. 282-294, tom III, k. 315-353, tom V, k. 987-1002, tom IX, k. 1601-1621). W sprawie został też przeprowadzony dowód z opinii biegłego z zakresu informatyki śledczej (postanowienie o włączeniu m.in. materiału przekazanego przez Komendę Główną Policji Centralne Biuro Śledcze – akta post. pod., tom VII, k. 1342, tom VIII, k. 1509-1512), a Skarżąca ze swej strony złożyła opinię prywatną w zakresie oceny dokumentacji przebiegu działalności gospodarczej zebranej w ramach postępowania kontrolnego oraz wykorzystanej przy obliczaniu ewentualnego domiaru podatkowego (tom V, k. 846-880). Z opinii biegłego powołanego przez Komendę Główną Policji Centralne Biuro Śledcze (opinia z 5 marca 2014 r. wraz z opinią uzupełniającą – tom VIII, k. 1509-1510, 1511-1512) wynika, że badaniu poddano zabezpieczony przez organ ścigania dysk twardy z zapisem baz danych z użytkowanych przez Skarżącą programów Symfonia oraz Subiekt. Nadto należy podkreślić, ze w sprawie przeprowadzono dowód z przesłuchania w charakterze strony prezesa Skarżącej Z. P. (akta post. pod., tom VIII, k. 1454-1461), dwukrotnego przesłuchania w charakterze strony wiceprezesa zarządu Skarżącej A. K. (akta post. pod., tom VIII, k. 1441-1444, k. 1445-1453-1539), a także przeprowadzono dowody z przesłuchania szeregu świadków (postanowienie Dyrektora Urzędu kontroli Skarbowej w [...] z 10 czerwca 2016 r. – akta post. pod., tom VII, k. 1342): pracownika biurowego Skarżącej, a także spółki G. P. sp. z o.o. M. R. (tom VII, k. 1343-1356); pracownika działu handlowego – kasjerki Skarżącej A. K. (tom VII, k. 1357-1368); referenta księgowego Skarżącej A. R. (tom VII, k. 1370-1374); kasjerki, referenta biurowego, sekretarki A. W. (tom VII, k. 1383-1389); specjalisty ds. jakości – pracownika działu handlowego R. Ż. (akta post. pod., tom VII, k. 1376-1382); kierownika magazynu Skarżącej T. B. (tom IV, k. 828-833); kontrahentów Skarżącej A. S. (tom VIII, k. 1391-1396); D.Ł.(tom VIII, k. 1398-1402); J. T. (tom VIII, k. 1403-1406); M. J. (tom VIII, k. 1407-1411); S. H. (tom VIII, k. 1413-1416); A. J. (tom VIII, k. 1418-1421); A. C. (tom VIII, k. 1423-1432); D. S.(tom VIII, k. 1434-1439), W. W. (tom VIII, k. 1471-1474), a także podmiotu badającego sprawozdanie finansowe Skarżącej, A. N. (tom VIII, k. 1417-1469); pracownika innej spółki zarządzanej przez Z. P. i A. K. W. G. (tom VIII, k. 1462-1465). Sąd zauważa również, że dokonana w postępowaniu przez organy ocena, że program finansowo – księgowy Subiekt stanowi źródło informacji o kwotach, jakie powinny zostać ujęte w przychodach, a także kosztach uzyskania przychodów jest prawidłowa. Skarżąca w tej mierze stara się przekonać, że prawidłowe dane były ewidencjonowane w programie finansowo – księgowym Symfonia, zaś zapisy w programie Subiekt oraz w zeszytach miały znaczenie jedynie pomocnicze zaś system Subiekt nie był źródłem pełnych i miarodajnych informacji o wartościach istotnych z punktu widzenia rozliczeń podatkowych, a zeszyty nie były i nie są dokumentami związanymi z działalnością spółki ale "prywatnymi notatkami A. K. i Z. P." (akta post. pod, tom X, k. 1813-1814). W ocenie Sądu, ustalenia dokonane w postępowaniu wskazują, że Skarżąca, poza "oficjalnym" systemem finansowo księgowym Symfonia przez kilka lat (2008-2015) prowadziła równoległe zapisy księgowe w systemie Subiekt, przy czym są one spójne z zawartością zeszytów formatu A5, opisujących transakcje z kontrahentami Skarżącej oraz z dokumentami magazynowymi PZ. Organy w wyniku analizy dokumentów PZ w powiązaniu z zawartością zeszytów oraz zapisów w programie Subiekt ustaliły, że na dokumentach magazynowych PZ widnieją w prawym dolnym rogu numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy Subiekt, co wskazuje, że zapisy księgowe w systemie Subiekt oraz zeszytach dotyczących wybranych (zaufanych) kontrahentów cechuje spójność i takie usystematyzowanie, które wskazuje, że tego rodzaju dodatkowa ewidencja nie służyła jedynie jako materiał pomocniczy, porządkujący dokonywane z kontrahentami operacje i służący jednie pomocniczo członkom zarządu do wewnętrznych kalkulacji, "jako jedno z narzędzi ułatwiających negocjacje i ocenę skutków i kosztów czynności marketingowych w relacjach z odbiorcami" (stanowiący – jak podaje Skarżąca – "prywatne notatki A. K. i Z. P."), ale że te zapisy obrazowały rzeczywiste operacje, w tej części, w której Skarżąca dokonywała obrotu ze sprawdzonymi kontrahentami nie ewidencjonując transakcji w rzeczywistych wartościach (w konsekwencji: zawyżając koszty uzyskania przychodów). Trafne jest powoływanie się przez organy podatkowe na treść oświadczeń członków zarządu Skarżącej A. K. i Z. P. zamieszczoną w złożonych "czynnych żalach" przez każdego z nich, w części zawierającej wyjaśnienie istotnych okoliczności dotyczących czynu zabronionego (tom VIII, k. 1514-1519 akt adm.). W tym kontekście nie stanowi przy tym potwierdzenia stanowiska Skarżącej, że wyłącznie program Symfonia dokumentował pełne i prawidłowe operacje, zaś program Subiekt, a także zeszyty były bez znaczenia. Wskazywana przez Skarżącą w postępowaniu okoliczność, że kontrahenci (dostawcy) Skarżącej, tj. rolnicy ryczałtowi A. S., J. T., M. J., S. H., których te zapisy dotyczyły, a także główna księgowa Skarżącej D. S. nie mieli świadomości, że takie zeszyty są prowadzone i opatrzone nazwiskami niektórych dostawców (argumentacja z pisma z 28 czerwca 2016 r. – akta post. pod., tom IX, k. 1686) pozostaje bez wpływu na wynik postępowania. Sąd zaznacza, że osoby mające pełnię wiedzy i mocy decyzyjnej w osobach członków zarządu Skarżącej nie zaprzeczali, że taka dodatkowa ewidencja w programie Subiekt oraz w zeszytach była prowadzona, przypisywali jej jednak odmienne znaczenie (tj. pomocnicze, mające nie wpływać na wartość informacyjną zapisów dokonywanych w programie Symfonia). Przykładowo, A.K.(przesłuchanie w charakterze strony z 31 stycznia 2014 r. – akta post. pod., tom VIII, k. 1441-1444) podał, że spółka posiadała nieformalne listy płac, one zostały zabezpieczone przez CBŚ, a także że nie ujmowane w księgach środki, przeznaczone na wypłatę wynagrodzeń dla współpracowników stanowiły środki zwracane od rolników w gotówce do spółki, przy czym kwoty zwrócone przez rolników ryczałtowych w gotówce z wypłaconymi, niezaewidencjonowanymi wypłatami na rzecz współpracowników bilansowały się. Ponadto, o tym, że zapisom w zeszytach przypisywano istotne znaczenie i określoną doniosłość w działalności Skarżącej świadczy, że pracownicy Skarżącej potwierdzili dokonywanie takich zapisów pod dyktando członków zarządu zaś członkowie zarządu podawali, że taki stan miał miejsce. M. K. zatrudniona w momencie przesłuchania u Skarżącej jako kasjer – referent potwierdziła prowadzenie zapisów w programie księgowym Subiekt oraz zeszytach przypisując im jednak znaczenie pomocnicze – podała, że jedynym rzetelnym programem księgowym jest Symfonia, a zeszyty nie miały znaczenia księgowego, stanowiąc narzędzie pomocne głównie prezesom, służące nie na potrzeby spółki lecz "tylko na potrzeby własne prezesów"; potwierdziła też wprowadzanie, na polecenie prezesów Skarżącej na ich dyktando zapisów do zeszytów oraz programu Subiekt, podając, że nie ma wiedzy, czy te zapisy obrazują rzeczywiste transakcje, dokonywała ich na polecenie (zeznania A. K., tom VII, k. 1357-1368). Byłe pracownice Skarżącej A. W. oraz R. Ż. także potwierdziły wprowadzanie zapisów do programu Subiekt oraz zeszytów na polecenie prezesów Skarżącej (zeznania A. W. – tom VII, k. 1383-1389, R. Ż. – k. 13761382), podobnie jak dyrektor zakładu Skarżącej A. C. przyznała dokonywanie sporadycznie takich zapisów (zeznania A. C., tom VIII k. 1423-1432). Stąd, zdaniem Sądu, trafny jest wniosek organów, zgodnie z którym program Subiekt obrazuje transakcje nie ujmowane w programie finansowo – księgowym Symfonia znajduje potwierdzenie w zgromadzonym materiale. Organy prawidłowo ustaliły przy tym, że analiza zapisów w programie Subiekt wskazuje, że w przypadku wartości transakcji zakupu jaj powtarzano w nim zapisy z zeszytu, a wartość zakupionych jaj wynikająca z programu Subiekt jest zgodna z wartością jaj wykazaną w zeszytach. Wartości te są przy tym skorelowane z treścią dokumentów magazynowych PZ (przyjęcie materiału z zewnątrz) – co do dokumentów PZ dokumentujących przekazanie jaj od kontrahentów: A. S., M. J., T. J. i U., D. Ł. na dokumentach PZ pracownicy Skarżącej zamieszczali, w prawym dolnym rogu, numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy Subiekt. Zdaniem Sądu, gdyby przyjąć stanowisko Skarżącej, że program Subiekt nie miał żadnej wartości informacyjnej i znaczenia w działalności Skarżącej a służył jedynie członkom zarządu pomocą do wewnętrznych kalkulacji jako jedno z narzędzi ułatwiających negocjacje i ocenę skutków i kosztów czynności marketingowych w relacjach z odbiorcami (stanowił "prywatne zapiski") to nie byłby prowadzony systemowo, przez kilka lat, łącznie z uporządkowanymi zapisami w zeszytach za lata 2008-2013 i w korelacji z dowodami magazynowymi PZ. Nadto, przeczy takiemu znaczeniu programu Subiekt – po pierwsze – staranność dokonywanych zapisów i powiązanie ich z dokumentami magazynowymi, po drugie zaś – treść "czynnych żalów’" złożonych przez członków zarządu Skarżącej Z. P. i A. K., którzy potwierdzili praktykę dokonywania zakupu jaj oraz zwrotów przez sprzedawców części kwot, z których to kwot Skarżąca finansowała dodatkowe, nieujmowane w ewidencji wynagrodzenia dla pracowników i współpracowników. Zdaniem Sądu, podstawą oceny dokonanej przez organy nie były jedynie zeznania świadków, ale także (przede wszystkim) pozostałe dowody: zawartość programu komputerowego Subiekt, zeszytów a także dokumenty PZ oraz zeznania świadków. Całokształt tego materiału prowadził do ustalenia, że Skarżąca w swojej działalności prowadziła podwójne zapisy – w oficjalnym programie Symfonia, a także w dopełniającym te zapisy programie Subiekt oraz w zeszytach. Stąd zeznania M. R. w zestawieniu z pozostałymi dowodami, tj. treścią zeszytów, dokumentów PZ potwierdzają to ustalenie. Nie jest zatem tak, jak stara się wykazać Skarżąca, że organy dały wiarę jedynie zeznaniom tego świadka – wbrew bowiem tej tezie, podstawą dokonanej oceny był całokształt przeprowadzonych dowodów. Dopiero szereg przeprowadzonych w sprawie dowodów – w ocenie Sądu – potwierdza wniosek, że Skarżąca prowadziła podwójny system księgowania i że w zakresie wybranych dostawców to program Subiekt oraz zgodne z jego zawartością zapisy w zeszytach dotyczące innych lat odzwierciedlają rzeczywiste wartości nabyć jaj od rolników ryczałtowych, nie zaś wystawiane faktury VAT RR. W ocenie Sądu, organ nie naruszył też przepisów postępowania poprzez odmowę przeprowadzenia dowodów ze świadków (m.in. D. S., A. C., P. C.), a także ekspertów, którzy sporządzili zleconą przez Skarżącą opinię (tj. P. M., P. P. oraz K. G. B., por. postanowienie Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w [...] z [...] lipca 2016 r., tom IX, k. 1706). Sąd podziela stanowisko organu podatkowego, że część postulowanych przez Skarżącą świadków została w toku postępowania przesłuchana, natomiast żądanie przesłuchania trzech osób, które sporządziły złożoną w toku postępowania opinię prywatną w zakresie oceny dokumentacji przebiegu działalności gospodarczej zebranej w ramach postępowania kontrolnego oraz wykorzystanej przy obliczaniu ewentualnego domiaru podatkowego (tom V, k. 846-880), tj. na okoliczność treści opinii i intencji autorów wyrażających zawarte w niej poglądy, otoczenia rynkowego prowadzonej przez Spółkę działalności, charakterystykę działalności kontrolowanej, prawidłowości prowadzonej przez Spółkę ewidencji księgowej słusznie zostało uznane przez organ kontroli skarbowej (akta post., tom IX, k. 1572-1573) za niezasadne z uwagi na to, że to we właściwości organu jest dokonanie oceny prawidłowości ewidencji księgowej podatnika. To rzeczą organu jest bowiem zebranie materiału dowodowego, a następnie jego ocena. Dowód z przesłuchania osób sporządzających opinię prywatną, a także własne, dokonane przez Autorów tej opinii rozliczenie sprzedaży z kontrahentami Skarżącej wraz z symulacją skutków tych ustaleń w zakresie podatku VAT w istocie wkracza w rolę organów, których zadaniem jest przeprowadzenie kontroli i wyciągnięcie z niej wniosków. Postępowanie kontrolne, zgodnie z art. 24 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (t.j. Dz. U. z 2016 r., poz. 720 ze zm., dalej "u.k.s.") organ kontroli skarbowej kończy natomiast wydaniem decyzji, gdy ustalenia dotyczą podatków, których określanie lub ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych, lub wynikiem kontroli. Zatem twierdzenie Strony, że protokół badania ksiąg musi być każdorazowo poprzedzony protokołem kontroli jest nieuzasadnione. Stąd nie mógł zostać uwzględniony zarzut naruszenia art. 15 § 1 i art. 16 O.p. w zw. z art. 24 ust. 2a ustawy z 28 września 1991 r. u.k.s., art. 4 - 6 ustawy z 13 listopada 2003 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego (t.j. Dz.U. z 2016 r. poz. 198 ze zm., dalej "u.d.j.s.t.") oraz art. 111 pkt 1 ustawy z 27 września 2009 r. o finansach publicznych (t.j. Dz. U. z 2016 r. poz. 1870 ze zm., dalej "u.f.p."), dotyczący właściwości rzeczowej organu pierwszej instancji w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych (zarzut wydania rozstrzygnięcia przez nieuprawniony organ). Zasadności tego zarzutu Skarżąca upatruje w zaniechaniu powołania przez organ kontroli skarbowej w rozstrzygnięciu podstawy prawnej dającej prawo do wzruszenia prawidłowości złożonego przez Spółkę zeznania. Zdaniem Skarżącej, takie prawo ma jedynie organ podatkowy a nie organ kontroli skarbowej, któremu przysługuje jedynie możliwość wydania wyniku kontroli, który powinien zostać przekazany do właściwego naczelnika urzędu skarbowego, a to z tego względu, że "ustawodawca nie dał organowi kontroli skarbowej prawa m.in. do wydawania decyzji zabezpieczających (do 31 grudnia 2015 r.), w podatku od spadków i darowizn, o odpowiedzialności osób trzecich czy w podatkach lokalnych". W rozumowaniu, zaprezentowanym w skardze, Skarżąca zdaje się nie dostrzegać regulacji art. 24 ust. 1 pkt 1 u.k.s., zgodnie z którym w przypadku wykrycia nieprawidłowości w zakresie podatków, których określanie lub ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych, podatku akcyzowego praz podatku od wydobycia kopalin organ kontroli skarbowej kończy postępowanie kontrolne decyzją w rozumieniu ustawy Ordynacja podatkowa. Skarżąca nie dostrzega także, że z postanowienia o wszczęciu kontroli (akta post., tom I, k. 1) wynika, że kontrola prowadzona jest w zakresie "rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 2010 r.". Organowi kontroli skarbowej przysługiwało zatem uprawnienie do przeprowadzenia postępowania kontrolnego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych i zakończenia tego postępowania decyzją. Sąd nie może również uwzględnić zarzutu naruszenia art. 193 § 4 O.p. poprzez stwierdzenie nierzetelności ksiąg Spółki w oparciu o protokół z badania ksiąg, w którym nie zawarto elementów badania ksiąg rachunkowych (zarzut nr 8, k 6 akt sadowych oraz s 52 n skargi). Jej zdaniem, brak dowodu w postaci opisu i badania ksiąg całkowicie dyskwalifikuje jako dowód w sprawie protokół kontroli. Sąd wskazuje, że protokół z kontroli podatkowej stanowi dokument wytwarzany w toku kontroli służy zreferowaniu i usystematyzowaniu ustaleń postępowania i ujęciu ich w zbiorczy sposób, tak by strona mogła do niego wyrazić zastrzeżenia, wyjaśnienia i wnioski dowodowe. W rozpoznawanej sprawie w protokole z badania ksiąg z 18 stycznia 2017 r. nr UKS2891/W2P2/42/I67/14/117/099 sporządzonym w ramach postępowania kontrolnego, zawarto ustalenia w zakresie badania ksiąg. Organ kontroli skarbowej szczegółowo wyjaśnił, w jakim zakresie i dlaczego nie uznaje prowadzonych ksiąg za dowód. Powodem tym był przede wszystkim fakt, iż dokumenty, na podstawie których ustalono koszty zakupu towarów (jaj) nie odzwierciedlały faktycznie poniesionych na ten cel wydatków, a także w księgach prowadzonych przez Spółkę uwzględnione zostały wyłącznie przychody, które zostały potwierdzone wystawionymi fakturami, a spółka realizowała również dostawy, na które faktur nie wystawiała. Stąd twierdzenie Strony, iż nie wskazano w protokole ani w decyzji, jakiego zakresu dotyczy stwierdzona nierzetelność, jest nieuzasadnione. Ponadto zamieszczenie w protokole szczegółowej treści zeznań świadków nie stanowi o tym, iż organ kontroli nie dokonał badania ksiąg. W protokole tym zamieszczono też pouczenie o możliwości złożenia wobec treści tego protokołu zastrzeżeń, przedstawienia dowodów. Sąd podziela pogląd organu podatkowego, zgodnie z którym organ podatkowy może odstąpić od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, jeżeli dane wynikające z ksiąg podatkowych uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalają na określenie podstawy opodatkowania. Zdaniem Sądu, nie każdy przypadek, w którym organ podatkowy zakwestionuje rzetelność ksiąg jest równoznaczny z obowiązkiem ustalenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania. Jak zaznaczono powyżej, organy podatkowe wskazały zakres i przyczyny uznania ksiąg za nierzetelne. W konsekwencji, odstąpiono od szacowania podstawy opodatkowania, ponieważ dane wynikające z ksiąg uzupełnione dowodami zgromadzonymi w toku postępowania umożliwiały ustalenie podstawy opodatkowania, przy czym organ poinformował Stronę o powodach odstąpienia od szacowania. Skoro w ogóle odstąpiono od szacowania, to organ nie musiał uzasadniać przyczyn, dla których nie mogły znaleźć zastosowania metody szacunku określone w art. 23 § 3 O.p. Nie miał również obowiązku wskazywania dwóch metod szacunku i umożliwienia Stronie ustosunkowania się do nich przed wydaniem rozstrzygnięcia. Sąd wskazuje, że warunkiem określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania jest wykazanie faktu poniesienia kosztów na gruncie u.p.d.o.p. Dopiero po wykazaniu tego faktu możliwe jest określenie wysokości podstawy opodatkowania przy użyciu metod oszacowania. Skoro Skarżąca ewidencjonowała faktury nieodzwierciedlające rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, a wynikające z nich kwoty ujmowała w księgach podatkowych po stronie kosztów uzyskania przychodów, to nie stosowała się do zasad rzetelnego prowadzenia ksiąg podatkowych, uniemożliwiając określenie dochodu z uwzględnieniem dowodu, jaki stanowiły te księgi – w zakresie nieprawidłowo zaewidencjonowanych wydatków a także przychodów (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 19 listopada 2010 r. sygn. akt II FSK 1179/09, CBOSA). Zarazem organy podatkowe nie zakwestionowały całej prowadzonej przez Skarżącą dokumentacji rachunkowej. Organy nie uwzględniły w kosztach uzyskania przychodów wyłącznie nierzetelne faktury VAT RR dotyczące kilku kontrahentów Skarżącej. Sąd wyraża zapatrywanie, że podstawa opodatkowania jest ustalana – co do zasady – na podstawie dokumentacji prowadzonej przez podatnika i innych dokumentów, które zawierają dane niezbędne do jej ustalenia. W sytuacji, gdy dokumentacji tej brakuje albo też jest ona niekompletna, co uniemożliwia organowi podatkowemu ustalenie tej podstawy, znajduje zastosowanie instytucja oszacowania podstawy opodatkowania. Natomiast, jeżeli dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalają na określenie podstawy opodatkowania, to jak podkreślił to w swoim orzeczeniu Sąd Najwyższy, który stwierdził, że w sytuacji, w której obliczenie dochodu jest możliwe na podstawie posiadanej przez spółkę dokumentacji, to nie ma podstaw do jego szacowania (por. wyrok Sądu Najwyższego z 18 grudnia 2003 r., sygn. akt III RN 136/02, PP 2004/4/49, wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 lipca 2007 r., sygn. akt II FSK 974/06; z 4 czerwca 2009 r., sygn. akt II FSK 218/08; z 6 października 2009 r., sygn. akt II FSK 644/08; z 17 sierpnia 2010 r., sygn. akt II FSK 615/09, CBOSA). Obliczenie dochodu w sprawie było możliwe na podstawie posiadanej przez Skarżącą dokumentacji i brak było podstaw do jego szacowania, skoro pozostałe zapisy dotyczące kosztów uzyskania przychodów były prawidłowe. Nie mógł mieć zastosowania wobec podatnika art. 23 § 1 Ordynacji podatkowej w zakresie określenia w drodze szacunkowej rzeczywistych wydatków poniesionych zamiast udokumentowanych nierzetelnymi fakturami, gdy było możliwe dokonanie na podstawie posiadanej dokumentacji obliczenia podstawy opodatkowania, zgodnie z art. 23 § 2 Ordynacji podatkowej. Jak podkreślił Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 7 czerwca 2011 r., sygn. akt II FSK 462/11, CBOSA: "Nierzetelności nie można więc oszacować w trybie art. 23 § 1 pkt 2 O.p., ale należy ją ocenić w trybie art. 191 tej ustawy". Tak też postąpiły organy podatkowe podając szczegółowe uzasadnienie tej oceny. Zdaniem Sądu, niewymienienie w podstawie prawnej art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 4, art. 18 i art. 19 ust. 1, art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p., tj. przepisów dotyczących podstawy opodatkowania, nie miało wpływu na treść podjętego rozstrzygnięcia. Przepisy te zostały bowiem w sprawie prawidłowo zastosowane, ustalono bowiem podstawę opodatkowania jako różnicę pomiędzy uzyskanym przez Stronę przychodem a kosztami uzyskania przychodów. Oczywistym jest, ze skoro w sprawie wątpliwe były wielkości przychodów i kosztów wpływające na wysokość podstawy opodatkowania w decyzji jako podstawę prawną wskazano te przepisy, które dotyczyły rozstrzyganych spornych kwestii. W tym względzie Sąd podziela poglądy wyrażane w dorobku prawnym, z których wynika, że wskazanie przepisów prawa materialnego, stanowiących podstawę prawną zaskarżonej decyzji, jedynie w jej uzasadnieniu, nie może być uznane za takie naruszenie art. 210 § 1 pkt 4 i pkt 6 oraz § 4 O.p., które mogłoby mieć istotny wpływ na wynik sprawy (por. wyrok z 25 września 2007 r., I FSK 657/06, z 21 listopada 2008 r., II FSK 503/08, CBOSA). Dlatego zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 O.p. w zw. z art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 4, art. 18 i art. 19 ust. 1, art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p. i art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s. nie mógł spowodować wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonej decyzji. Nie jest zasadny zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 120 O.p. poprzez niezastosowanie przez organ przepisów prawa materialnego, tj.: art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p., nakazujących oszacowanie dochodu Spółki, jeżeli w wyniku powiązań rodzinnych zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały, a także poprzez niezastosowanie art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p., regulującego zaliczanie do kosztów uzyskania przychodu danego roku podatkowego odpowiadających im kosztów nabycia sprzedanych towarów oraz wynagrodzeń brutto, czyli łącznie ze wszystkimi pochodnymi. Skarżąca postuluje bowiem dokonanie ustalenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania z uwzględnieniem faktu, że między Skarżącą (osobami ją reprezentującymi) a kontrahentami dokonującymi sprzedaży jaj występują powiązania rodzinne (szczegółowy opis na s 58 i s 59 skargi). Fakt takich powiązań, nawet w szerszym aniżeli postulowany w skardze zakresie, potwierdził prezes zarządu Skarżącej Z. P. (przesłuchanie w charakterze strony Z. P., tom VIII, k. 1452-1461). Sąd zauważa, że w rozpoznawanej sprawie istniały między członkami zarządu Skarżącej a jej niektórymi kontrahentami powiązania rodzinne zaś ustalone warunki współpracy obejmowały zawyżanie wysokości sprzedaży na rzecz Skarżącej, które to wydatki Skarżąca ujmowała w koszty uzyskania przychodów. Organy, stosując między innymi dyspozycję art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p., ustaliły koszty uzyskania przychodów w prawidłowej wysokości, uwzględniając ewidencje stosowane przez Skarżącą, w tym zapisy w programie finansowo – księgowym Subiekt, a także dokumentach magazynowych PZ. W ocenie Sądu, prawidłowe jest stanowisko prezentowane przez organy, że istniejące powiazania rodzinne nie stanowiły czynnika determinującego ukształtowanie w sposób odmienny warunków we wzajemnych relacjach gospodarczych (przyjmowania we wzajemnych relacjach cen niższych lub wyższych, jednostronnie korzystniejszych), ponieważ to nie nierynkowe kształtowanie wzajemnych operacji stanowiło przyczynę zawyżenia kosztów uzyskania przychodów, ale zwracanie przez dostawców części zapłaconych im kwot na rzecz Skarżącej. Nie doszło również do naruszenia art. 120 O.p. poprzez niezastosowanie przepisu art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p. W wymiarze podatku dochodowego uwzględniono bowiem koszt nabycia tej samej ilości towarów, które Spółka uwzględniła w księgach handlowych. Skorygowano jedynie wartość nabycia tych towarów w związku z dokonanymi ustaleniami, z których wynika, iż część kwot za zakup jaj była zwracana Spółce w formie gotówkowej. Zdaniem Sądu, postępowanie podatkowe przeprowadzono w sposób prawidłowy, zapewniając Skarżącej czynny w nim udział i z poszanowaniem standardów konstytucyjnych. Nie został zatem naruszony – mimo takiego zarzutu skargi – także art. 2 w zw. z art. 42 ust. 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej w zw. z art. 16 i art. 48 ust. 1 i 2 Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej. W szczególności, postępowanie podatkowe prowadzone było zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa materialnego i procesowego, zaś przeprowadzone postępowanie kontrolne miało na celu prawidłowe ustalenia stanu faktycznego i sprawdzenie, czy podatnik prawidłowo wywiązywał się ze swoich obowiązków wynikających z obowiązujących przepisów prawa. W sprawie ustalono w sposób wyczerpujący wszystkie elementy stanu faktycznego konieczne do podjęcia merytorycznego rozstrzygnięcia. Nie doszło zatem do naruszenia przepisu art. 122 w zw. z art. 191 O.p. Zasadne są też te ustalenia, sankcjonowane zresztą w dwóch uprzednio wydanym względem Strony (przywołanych uprzednio) orzeczeniach, które skutkowały zwiększeniem kosztów uzyskania Skarżącej, dokonane wobec uznania, że oficjalny program finansowo – księgowy Symfonia nie oddawał rzeczywistych zapisów – w przeciwieństwie do odręcznych zapisów w zeszytach, powielonych w programie finansowo – księgowym Subiekt odpowiadające treści dowodów magazynowych PZ. Przy ustaleniu funkcjonowania u Skarżącej "podwójnej księgowości" organy prawidłowo bowiem przyznały prymat zapisom w tym drugim, "nieoficjalnym" systemie zapisywania operacji u Skarżącej, skoro to one odpowiadały treści dowodów magazynowych obrazujących rzeczywiście przyjęte przez Skarżącą towary, towarzyszyły im gotówkowe przepływy środków opisywane "gotówka zwrot do kasy". Jak zostało zaakcentowane na wstępie zarzuty naruszenia prawa materialnego są następstwem niezgodnego z oczekiwaniami Strony sposobu zgromadzenia materiału dowodowego. Nie jest bowiem sporny sposób rozumienia treści nadanej przepisom przez ustawodawcę, lecz jedynie ich zastosowanie w konkretnej sprawie, na podstawie ustalonego stanu faktycznego. Dlatego, w ocenie Sądu, skoro Stronie nie udało się zwalczyć przyjętych przez organ podatkowy ustaleń faktycznych, nie mogą zostać uwzględnione w realiach niniejszej sprawy – co do zasady – zarzuty dotyczące naruszenia prawa materialnego. Sąd podziela przy tym sposób rozumienia art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p.; art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p.; art. 15 ust. 1 i 4 u.p.d.o.p.; art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p.; art. 27 u.p.d.o.p., oraz art. 6 u.o.r. zaprezentowany przez organy w zaskarżonej decyzji i w odpowiedzi na skargę oraz przez Sąd w dwóch orzeczeniach, w których były rozpatrywane zbliżone zarzuty (wyroki z 21 czerwca 2018 r. III SA/Wa 1546/17 i III SA/Wa 2839/17, CBOSA): wątpliwości Sądu dotyczyły tylko, w zarysowanych aspektach, prawidłowości ustalenia stanu faktycznego, będącego podstawą stosowania przywołanych przepisów. Natomiast ocena, co do zarzutu naruszenia art. 24 ust. 5 i ust. 6 u.k.s., została poczyniona powyżej: decyzja rozstrzygała bowiem sprawę wysokości zobowiązania podatkowego za 2009 r., a nie o wysokości zaległości podatkowej. Dopiero porównanie określonego decyzją zobowiązania podatkowego z dokonanymi na poczet tego zobowiązania wpłatami świadczy o wysokości zaległości podatkowej, którą podatnik winien uiścić wraz z należnymi odsetkami naliczonymi zgodnie z przepisami podatkowymi. Brak rozstrzygnięcia w tej kwestii nie mogło być przyczyną uchylenia decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego. Z tych powodów Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit c ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sadami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r., poz. 1302, dalej jako "u.p.p.s.a.") stwierdził jak w sentencji. O kosztach Sąd orzekł na podstawie art. 200 § 3 ust. 1 pkt 1 lit g rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 31 stycznia 2011 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu (Dz.U. z 2011 r. Nr 31, poz. 153 ze zm.).