III SA/Wa 3516/12

WyrokWSA w Warszawie2013-07-09

Skład orzekający: Beata Sobocha, Sylwester Golec, Anna Wesołowska

Analiza orzeczenia

Sekcja wygenerowana przez AI na podstawie treści orzeczenia — nie stanowi cytatu.

Zagadnienie prawne
Czy wynagrodzenie pracownika zatrudnionego przy realizacji projektu finansowanego ze środków Unii Europejskiej, ale niebędącego bezpośrednim beneficjentem programu, podlega zwolnieniu z podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych?
Ratio decidendi
Wynagrodzenie otrzymane przez pracownika zatrudnionego przy realizacji projektu finansowanego ze środków bezzwrotnej pomocy unijnej nie podlega zwolnieniu podatkowemu z art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f., jeśli podatnik nie jest bezpośrednim beneficjentem programu, lecz podmiotem, któremu beneficjent zleca wykonanie określonych czynności. Zwolnienie przysługuje wyłącznie podatnikom bezpośrednio realizującym cel programu finansowanego ze środków międzynarodowej pomocy.
Stan faktyczny
Skarżąca złożyła korektę zeznania PIT-37 za 2005 rok, wykazując zwolnienie z podatku dochodowego wynagrodzenia finansowanego ze środków Unii Europejskiej. Organ podatkowy odmówił stwierdzenia nadpłaty, uznając, że Skarżąca nie jest bezpośrednim beneficjentem programu i nie przysługuje jej zwolnienie podatkowe. Skarżąca odwołała się od decyzji, podnosząc błędną wykładnię przepisów i nieprawidłowe ustalenia faktyczne dotyczące realizacji programu.
Rozstrzygnięcie
Oddalił skargę.

Pełny tekst orzeczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Beata Sobocha, Sędziowie sędzia WSA Sylwester Golec, sędzia WSA Anna Wesołowska (sprawozdawca), Protokolant referent stażysta Katarzyna Smaga, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 9 lipca 2013 r. sprawy ze skargi J. M. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] października 2012 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2005 r. oddala skargę Skarżąca, Pani J. M. złożyła 27 kwietnia 2006 w Urzędzie Skarbowym w W. zeznanie PIT-37 o wysokości osiągniętego w 2005 roku dochodu (poniesionej straty), dokonując indywidualnego rozliczenia dochodów i wykazując podatek należny w wysokości 2.957,00 zł. Następnie, pismem z dnia 27.12.2011 r., Skarżąca wystąpiła do Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2005 rok w związku z wykazaniem w zeznaniu podatkowym złożonym za ten okres przychodów sfinansowanych ze środków Unii Europejskiej, zwolnionych, jej zdaniem, z opodatkowania na mocy przepisu art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000r. Nr 14, poz. 176 z późn. zm., zwanej dalej u.p.d.o.f.). Do wniosku dołączona została korekta zeznania podatkowego PIT-37 za 2005 rok, w której Skarżąca wyłączyła z przychodów podlegających opodatkowaniu część wynagrodzenia otrzymanego w związku z zatrudnieniem w Ministerstwie Infrastruktury przy realizacji projektu Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (SPOT), współfinansowanego w 75% ze środków Unii Europejskiej i wykazała podatek należny w wysokości 0 zł. Skarżąca złożyła również kserokopię zaświadczenia z dnia 22.08.2011 r. wydanego przez pracodawcę, Ministerstwo Infrastruktury, potwierdzającego fakt uzyskiwania przez Skarżącą w 2005 roku wynagrodzenia finansowanego w 75 % z funduszy unijnych w związku z zatrudnieniem przy realizacji projektu Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (SPOT). Z przedłożonego zaświadczenia wynika, iż przychód osiągnięty przez Stronę w 2005 roku podlegał finansowaniu ze środków Unii Europejskiej w kwocie 24.167,90 zł, zaś w pozostałej kwocie 14.955,22 zł został sfinansowany ze środków budżetu państwa. Powyższy wniosek przekazany został zgodnie z właściwością miejscową do Naczelnika Urzędu Skarbowego W. (NUS). Organ ten postanowieniem z dnia 27.02.2012 r. wszczął wobec Skarżącej postępowanie podatkowe w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2005 rok, a następnie decyzją z dnia [...].04.2012 r., określił wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2005 rok w kwocie 2.927,50 zł. Następnie, decyzją z [...] kwietnia 2012 r. NUS odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych wskazując w uzasadnieniu, że z uwagi na zasadniczy charakter postępowań w sprawie określenia zobowiązań podatkowych, w stosunku do postępowania o stwierdzenie nadpłaty, wydając decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie przeprowadza się postępowania podatkowego po raz wtóry lecz biorąc pod uwagę wydaną decyzję określającą, rozstrzyga się w sprawie stwierdzenia nadpłaty. NUS wskazał następnie, że wobec wydania decyzji określającej zobowiązanie podatkowe na kwotę 2.927,50 złotych brak jest podstaw do stwierdzenia, że powstała nadpłata na kwotę 2.963,30 złotych. Skarżąca wniosła od powyższej decyzji odwołanie do Dyrektora Izby Skarbowej w W. (DIS), zarzucając : a. błędną wykładnię w zakresie przepisu art. 21 ust.1 p. 46 u.p.d.o.f. poprzez przyjęcie, że ustalony w sprawie stan faktyczny nie podpada pod wyżej wskazane zwolnienie przedmiotowe dochodów zwolnionych od podatku b. naruszenie przepisu art. 75 §2 pkt 1 lit. a) ustawy Ordynacja podatkowa, c. błąd w ustaleniach faktycznych mający istotny wpływ na treść rozstrzygnięcia w przedmiotowej sprawie poprzez ustalenie, że odwołująca się jako pracownik nie była bezpośrednim beneficjentem priorytetu 3 Programu operacyjnego Transport na lata 2004-2006 - wsparcie wyodrębnionych pracowników ministra właściwego ds. transportu - oraz, że nie realizowała bezpośrednio celów programu. Z uwagi na powyższe Skarżąca wniosła o zmianę zaskarżonej decyzji i określenie zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2005 r. przy uwzględnieniu, że jej dochody w zakresie wskazanym we wniosku o stwierdzenie nadpłaty korzystają ze zwolnienia od podatku. W uzasadnieniu Skarżąca powołała się na orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego i wskazała, że nie może zgodzić się ze stanowiskiem organu, iż pojawienie się pośrednika – instytucji pośredniczącej w tym konkretnym przypadku Ministerstwa Transportu wyklucza możliwość spełnienia przesłanki z art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f Podniosła, że przyjęty przez organ podatkowy sposób interpretacji tego warunku zgodnie z którym ze zwolnienia korzystają środki tylko u jej bezpośredniego beneficjenta, czyli podmiotu, który bezpośrednio realizuje projekty jest błędne albowiem nie uwzględnia zasad wykładni teologicznej, która w tym przypadku winna zostać zastosowania albowiem wyniki wykładni językowej wypaczają sens tej regulacji i celów , dla których te zwolnienia zostały wprowadzone do ustawy podatkowej. Podkreśliła, że z przedstawionego w decyzji zakresu jej obowiązków wykonywanych w ramach Instytucji Pośredniczącej wynika dobitnie, iż wszystkie realizowane zadania były związane z wdrażaniem funduszy strukturalnych. W ocenie Skarżącej, organ podatkowy zawęził bezprawnie zakres zwolnienia z art. 21 ust. 1 pkt 46 lit. b u.p.d.o.f. jedynie do podmiotów pełniących role beneficjentów projektów (Instytucji Pośredniczącej). Analiza treści art. 21 ust.1 p. 46 b) u.p.d.o.f. wskazuje wprost, że cytowany zapis odnosi się wyłącznie do podatników w rozumieniu u.p.d.o.f., a więc osób fizycznych, a nie np. przedsiębiorstw, organów administracji rządowej czy samorządowej. Tym samym, cytowanej przesłanki nie należy odnosić do innych podmiotów, np. płatnika podatku. Tym samym już nawet wykładnia językowa nie pozwala tworzyć interpretacji tego przepisu w kierunku przyjętym przez organ podatkowy. Niedopuszczalne jest stosowane przez organy podatkowe uzasadnienie, iż w przypadku projektów dotyczących wynagradzania ze środków funduszy strukturalnych pracowników instytucji wchodzących w skład systemu wdrażania funduszy UE stanowi "zlecanie przez podatnika bezpośrednio realizującego cel programu wykonania określonych czynności w związku z realizowany przez niego programem". Po rozpoznaniu odwołania Skarżącej DIS decyzją z dnia [...].10.2012 r. utrzymał w mocy decyzję NUS, wskazując, że odmowa stwierdzenia nadpłaty jest konsekwencją określenia Skarżącej kwoty zobowiązania podatkowego za 2005 r. decyzją NUS z 5 kwietnia 2012 r., zmienioną następnie decyzją z [...] lipca 2012 r. na kwotę 2.957 złotych. Podtrzymał stanowisko organu pierwszej instancji, że postępowanie w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego ma charakter procedury zasadniczej w stosunku do postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Następnie DIS podniósł, że z postępowania przeprowadzonego przez organ pierwszej instancji w sprawie określenia zobowiązania w podatku dochodowym od osób fizycznych wynika, że Skarżącej nie przysługuje zwolnienie o którym mowa w art. 21 ust 1 pkt 46 u.p.d.o.f. DIS wskazał, że z przepisu art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. wynika, że zwolnione od podatku dochodowego od osób fizycznych są dochody, które spełniają łącznie dwie przesłanki: a) są finansowane ze środków bezzwrotnej pomocy pochodzących od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub instytucji finansowych, b) podatnik uzyskujący te dochody bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. DIS podniósł, że na podstawie pisma Biura Dyrektora Generalnego Ministerstwa Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej z dnia 14.02.2012 r. ustalono, że Skarżąca została w dniu 03.09.2003 r, zatrudniona przez Ministerstwo Infrastruktury w Departamencie Finansowania Infrastruktury i Funduszy Europejskich na stanowisku ds. monitorowania wdrażania projektów infrastrukturalnych, finansowanych ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRR) w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego Transport (SPOT). Celem ww. Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRR) w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego Transport (SPOT) było zwiększenie spójności transportowej kraju oraz polepszenie dostępności przestrzennej miast, obszarów i regionów Polski w układzie Unii Europejskiej. Realizacja tego celu dokonywała się poprzez koncentrację środków finansowych na trzech priorytetach SPOT: Priorytet 1. Zrównoważony gałęziowo rozwój transportu, Priorytet 2. Bezpieczniejsza infrastruktura drogowa, Priorytet 3. Pomoc techniczna. Beneficjentami działań na podstawie Priorytetu 3. byli: Ministerstwo Rozwoju Regionalnego, Ministerstwo Transportu lub Ministerstwo Gospodarki Morskiej oraz beneficjenci, którzy w ramach Priorytetu 1. lub 2., w tym Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad, PKP Polskie Linie Kolejowe S.A., urzędy morskie, zarządy portów, Morska Służba Poszukiwania i Ratownictwa (SAR), Główny Inspektorat Transportu Drogowego, miasta na prawach powiatu, w zależności od charakteru realizowanego projektu, Państwowa Straż Pożarna, Policja. Zgodnie z zapisami uzupełnienia SPOT dotyczyło m.in. wsparcia wyodrębnionych pracowników urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw rozwoju regionalnego, ministra właściwego do spraw transportu lub urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw gospodarki morskiej, a także pracowników beneficjentów zaangażowanych we wdrażanie SPOT oraz zatrudnienie personelu zaangażowanego we wdrażanie SPOT oraz finansowanie ich wynagrodzeń wraz z ubezpieczeniem społecznym, składkami na fundusz pracy oraz nagród i innych świadczeń. Skarżącej, zatrudnionej przez Ministerstwo Infrastruktury w Departamencie Finansowania Infrastruktury i Funduszy Europejskich na stanowisku ds. monitorowania wdrażania projektów infrastrukturalnych, finansowanych ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRR) w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego Transport (SPOT), powierzono w okresie od 01.01.2005 r. do 31.12.2005 r. wykonywanie zadań związanych z przygotowaniem i selekcją pomocy i działań w zakresie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRR), działaniami w zakresie posiedzeń komitetów nadzorujących i podkomitetów związanych z wykonywaniem pomocy ze środków EFRR, audytem oraz kontrolami działań na miejscu w zakresie EFRR. DIS wskazał następnie, że z analizy materiału dowodowego zgromadzonego w postępowaniu podatkowym dotyczącym określenia wysokości zobowiązania podatkowego Skarżącej za 2005 r. wynika, że uzyskiwała ona w 2005 roku przychody ze stosunku pracy z instytucji, która korzystała z dofinansowania ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Jakkolwiek Skarżąca w ramach umowy o pracę była zaangażowana w realizację zadań kwalifikowanych w obrębie Sektorowego Programu Operacyjnego Transport, to jednak nie ma wątpliwości, iż wykonywała zadania dotyczące realizacji projektu współfinansowanego ze środków unijnych w ramach umowy o pracę zawartej w 2003 roku z Ministerstwem Infrastruktury. Projekt, przy realizacji którego Strona była zatrudniona, był finansowany w 75% ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej pochodzących z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, zapewniającego wsparcie finansowe dla krajów Unii Europejskiej. Beneficjentem pomocy unijnej było Ministerstwo, które realizowało projekt przy pomocy wyodrębnionych w swojej strukturze jednostek organizacyjnych oraz zatrudnionych pracowników. Zdaniem DIS, fakt zatrudnienia Skarżącej przez wspomnianą instytucję jako bezpośredniego wykonawcę na podstawie umowy o pracę oznacza, że Skarżąca nie otrzymywała środków pomocowych, lecz wynagrodzenie za pracę, które przeznaczała na swoje osobiste potrzeby, a nie na czynności związane z realizowanym programem, co potwierdza w ocenie DIS treść wyroku WSA z dnia 19.06.2007 r. sygn. akt III SA/Wa 742/07. DIS nie podzielił również poglądu Skarżącej, co do spełnienia przez nią warunku bezpośredniej realizacji celu programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy i, odwołując się w tym zakresie do orzecznictwa NSA wskazał, że do podmiotów objętych zwolnieniem podatkowym nie mogą być zaliczane osoby będące pracownikami bezpośredniego wykonawcy zadań finansowanych ze środków bezzwrotnej pomocy, mimo że są one zatrudnione przy wykonywaniu prac związanych z realizacją tych projektów. Na powyższą decyzję Skarżąca wniosła do tutejszego sądu skargę, w której w całości podtrzymała zarzuty i ich uzasadnienie zawarte w odwołaniu od decyzji organu pierwszej instancji i wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie i podtrzymał dotychczasowe stanowisko. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył co następuje : Skarga jest nieuzasadniona i jako taka podlega oddaleniu. Na wstępie wskazać należy, że należy, że zgodnie z art. 21 § 2 O.p., jeżeli przepisy prawa podatkowego nakładają na podatnika obowiązek złożenia deklaracji, a zobowiązanie podatkowe powstaje z dniem zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania, podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty, natomiast w myśl art. 21 § 3 tej ustawy, jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik mimo ciążącego na nim obowiązku nie zapłacił w całości lub w części podatku nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję w której określa wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego. Złożenie przez Skarżącą korekty deklaracji w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2005 r. wywołało takie same skutki, jak złożenie pierwotnego zeznania. Zeznanie (także skorygowane) kształtuje wysokość zobowiązania podatkowego dopóki nie zostanie zastąpione decyzją organu podatkowego. O ile zatem, w dacie złożenia korekty deklaracji Skarżąca wykazała nadpłatę, to ten stan rzeczy może ulec zmianie ze względu na wydanie decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego za dany rok. Rozstrzygnięcie to jest wynikiem postępowania podatkowego, które ma na celu stwierdzenie, czy dane zawarte w korekcie, mające wpływ na wysokość tego zobowiązania, są zgodne ze stanem faktycznym i czy podatek został w niej wyliczony w prawidłowej wysokości. W toku tego postępowania organ podatkowy określa samodzielnie prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego bądź umarza to postępowanie, jeżeli stwierdzi, że podatnik zadeklarował podatek w prawidłowej wysokości. Z decyzji wymiarowej wynikają dalsze konsekwencje podatkowe, gdyż jest ona podstawą stwierdzenia nadpłaty tego podatku lub też ustalenia, że podatnika obciąża zaległość podatkowa. Sąd rozpoznający sprawę wskazuje, że w pełni podziela wyrażany w orzecznictwie pogląd, zgodnie z którym "nie jest możliwe orzekanie przez organy podatkowe w sprawie stwierdzenia nadpłaty (pozytywnie lub negatywnie dla wnioskodawcy), bez uprzedniego określenia podatnikowi wysokości zobowiązania podatkowego. Decyzja wydana przez organ podatkowy I instancji w sprawie nadpłaty, musi uwzględniać sentencję rozstrzygnięcia w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego i z pewnością rozstrzygnięcie to, będzie w konsekwencji miało wpływ na treść rozstrzygnięcia w sprawie nadpłaty i jego podstawę prawną" (por. m.in. wyrok NSA z dnia 22 lutego 2007 r., sygn. akt II FSK 345/06, LEX nr 216725). Wykazany wyżej związek postępowania zainicjowanego wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, złożonym przez Skarżącą w dniu 27 grudnia 2011 r. na podstawie art. 75 § 1 O.p., z wszczętym na podstawie art. 21 § 3 tej ustawy postępowaniem wymiarowym obligowałoby, co do zasady sąd administracyjny do wyeliminowania z obrotu prawnego decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w przypadku uchylenia decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego. Jednak rozwiązanie to, w realiach niniejszej sprawy nie mogło znaleźć zastosowania. Tutejszy sąd wyrokiem z 9 lipca 2013 r. III SA/Wa 3515/12 uchylił decyzję DIS z [...] października 2012 r., określającą Skarżącej wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2005 jak również poprzedzające ją decyzje organu pierwszej instancji wskazując w uzasadnieniu, że postępowanie podatkowe zostało wszczęte, a następnie było kontynuowane już po upływie terminu przedawnienia, to jest w warunkach bezprzedmiotowości postępowania co uznać należy za naruszenie art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej w związku z art. 208 tejże ustawy. Sąd wskazał dalej, że wygaśnięcie zobowiązania podatkowego na skutek przedawnienia powoduje, że organ podatkowy nie może już określić wysokości należnego podatku wszczynając postępowanie wymiarowe, przy czym nadal jest zobowiązany rozpatrzyć wniosek podatnika w zakresie istnienia nadpłaty. Rozwijając powyższy pogląd wskazać należy, że sąd rozpoznający sprawę w pełni podziela poglądy wyrażane przez Naczelny Sąd Administracyjny zgodnie z którymi, określony w art. 208 § 1 O.p. upływ terminu przedawnienia stanowi ujemną przesłankę procesową do orzekania przez organ podatkowy, co do przedawnionego zobowiązania podatkowego, gdyż skutkuje bezprzedmiotowością postępowania. Wyjątek w tym zakresie musi być wskazany jednoznacznie w ustawie, jak to ma miejsce np. w przypadku instytucji zwrotu nadpłaty, określonej w art. 79 O.p., gdzie w § 2 stwierdzono, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. A contrario wynika z tego, że w przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1Ordynacji podatkowej (wyroki NSA z 14 marca 2013 r. I FSK 63/13, z 12 marca 2013 r. I FSK 12/13, z 16 listopada 2013 r. II FSK 711/11). W konsekwencji stwierdzić należy, że w realiach niniejszej sprawy uchylenie decyzji określających zobowiązanie podatkowego z uwagi na jego przedawnienia a co za tym idzie bezprzedmiotowość postępowania, nie mogło skutkować automatycznie uchyleniem decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty. Jak już wyżej wskazano, w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, nie dochodzi do bezprzedmiotowości postępowania w sprawie złożonego przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Oznacza to, że sąd zobowiązany byłby uchylić decyzję odmawiającą stwierdzenia nadpłaty tylko wówczas, gdyby uznał, że organ nie odniósł się w niej do kwestii dotyczącej wysokości zobowiązania podatkowego, poprzestając jedynie na powołaniu się fakt wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania, ewentualnie gdyby nie podzielił stanowiska organu co do porównania uiszczonej kwoty podatku, z kwotą zobowiązania, które podatnik winien był zapłacić. W niniejszej sprawie organ pierwszej instancji odmawiając stwierdzenia nadpłaty powołał się jedynie na fakt wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego za 2005 r. Organ drugiej instancji co do zasady podzielił stanowisko organu pierwszej instancji, że postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty ma charakter wtórny w stosunku do postępowania określającego wysokość zobowiązania podatkowego. W uzasadnieniu decyzji DIS zawarte jednak zostały rozważania co do możliwości skorzystania przez Skarżącą ze zwolnienia, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. Wobec powyższego sąd zobowiązany był do zbadania, czy poczynione przez organ ustalenia faktyczne i przedstawiona przezeń wykładnia art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f., skutkująca odmową przyznania Skarżącej możliwości skorzystania ze zwolnienia, o którym mowa w tymże przepisie, a w konsekwencji odmowa stwierdzenia nadpłaty jest prawidłowa. W ocenie sądu rozpoznającego sprawę DIS dokonał prawidłowej wykładni art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. wskazując, że wynikające z niego zwolnienie dotyczy tylko i wyłącznie podatników bezpośrednio realizujących cel programu finansowanego ze środków międzynarodowej pomocy, przy czym podatnikiem bezpośrednio realizującym cel programu może być jedynie podmiot, któremu powierzono w sensie ekonomicznym i technicznym realizację konkretnego programu, nie można zaś za takiego podatnika uznać podmiotu, któremu bezpośredni beneficjent programu zleca, bez względu na rodzaj umowy, wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem. Stanowisko powyższe (wbrew twierdzeniom Skarżącej zawartym w odwołaniu i w skardze) uznać należy za dominujące również w orzecznictwie sądów administracyjnych. Wskazują na to poglądy wyrażone w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z 4 czerwca 2013 r. II FSK 2024/11, 4 kwietnia 2013 r., II FSK 1518/11, 28 marca 2013r., i II FSK 1558/11, z 20 marca 2013 r., II FSK 1405/11, z 27 lutego 2013 r., II FSK 1369/11. W wyrokach tych NSA w pełni podzielił poglądy przedstawione we wcześniejszych orzeczeniach (wyroki NSA: wyroki NSA: z dnia 12 kwietnia 2012 r., II FSK 1883/10; z dnia 20 stycznia 2012 r., II FSK 1425/10; z dnia 16 lutego 2011 r., II FSK 1838/09; podobnie np. wyroki NSA: z dnia 25 maja 2011 r., II FSK 106/10; z dnia 17 listopada 2010 r., II FSK 1265/09 z dnia 21 czerwca 2011 r., II FSK 279/10; z dnia 25 maja 2011 r., II FSK 106/10; z dnia 13 maja 2011 r., II FSK 48/10; z dnia 30 listopada 2010 r., II FSK 1305/09; z dnia 18 listopada 2010 r., II FSK 1214/09; z dnia 17 listopada 2010 r., II FSK 1265/09; z dnia 16 listopada 2010 r., II FSK 1188/09; z dnia 28 września 2010 r., II FKS 772/09; z dnia 5 sierpnia 2010 r., II FSK 517/09; z dnia 17 grudnia 2009 r., II FSK 1121/08; z dnia 15 kwietnia 2009 r., II FSK 58/08 - publ. http://orzeczenia.nsa.gov.pl), w tym w cytowanym obszernie w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji wyroku NSA z 5 sierpnia 2012 r. II FSK 517/09, 17 listopada 2010 r. II FSK 1265/09, 13 listopada 2009 r. II FSK 921/08, z 13 maja 2011 r. II FSK 48/10. Sąd zwraca uwagę w tym miejscu na treść Ministerstwa Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej z 14 lutego 2012 r. (znajdującego się w aktach administracyjnych dołączonych do akt sprawy III SA/WA 3517/12, z których dowód dopuszczony został w trybie art. 106 § 3 p.p.s.a w toku rozprawy w dniu 9 lipca 2013 r.), z którego wynika, że do obowiązków Skarżącej należała m.in. weryfikacja dokumentacji projektowej, nadzór nad realizacją projektów finansowanych ze środków EFRR w ramach SPOT oraz współpraca z beneficjentami pomocy udzielanej na realizację projektów infrastrukturalnych. Z pisma powyższego wynika również, że to Ministerstwo Infrastruktury jako Instytucja Zarządzająca SPOT a następnie Instytucja Pośrednicząca w Zarządzaniu SPOT było odpowiedzialne za efektywne i prawidłowe zarządzanie i wdrażanie SPOT, zgodnie z zapisem art. 34 Rozporządzenia Rady (WE) nr 1260/99 czyli było odpowiedzialne za realizację wszystkich celów programu. Wobec powyższego, sąd pełni podziela ustalenia faktyczne poczynione przez organ podatkowy, z których wynika, że Skarżąca w 2005 r. zatrudniona była przy realizacji projektu finansowanego w 75% ze środków bezzwrotnej pomocy, jednak beneficjentem pomocy było Ministerstwo, które realizowało projekt przy pomocy wyodrębnionych w swojej strukturze jednostek organizacyjnych oraz zatrudnionych pracowników. Podzielenie powyższych ustaleń faktycznych oznacza, że DIS postąpił prawidłowo uznając, że otrzymane przez Skarżącą w 2005 r. wynagrodzenie nie podlegało zwolnieniu przewidzianemu w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. a w konsekwencji, decyzja odmawiająca stwierdzenia nadpłaty odpowiada prawu. Z uwagi na powyższego, uznając zarzuty podniesione w skardze za niezasadne, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie na podstawie art. 151 p.p.s.a. oddalił skargę.

Źródło: Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl), pozyskano 29.07.2026. · Źródło